3ZKKA

Structure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04 in complex with xylotetraose
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DDKTITFWHNASAGEGRQYWENLAKSFEEANPGTKVEIQAIQNEDFAGKLQTAMQDPASGPDVFMSLGGAKTKEMIDAGQVMDLTDKISDTVKTDMKTTLSAATFDGKVYGVPVSVEPGGMWYSKDLFKKAGVSDVPATYEELLADAKKLKDSGTDAIALGAKDAWPAAHWYYWLVLRECSPEVYDKSVQDHDFSNACWVNAGKKLQELKDLKVFNDGFLTTTAQQGANSSAGLLANHKAAMELMGAWEPGVLKDLTPDQKPMADLGFFAFPEVAGGEGEPGALMGGVTYFCVNPKASQTSIDFVNYMGEKKNQEDYAKAFSTIPASEPARAVVTDESLKQVIEYLDKAPSMQLWMDTALGTNIGNALNAAVVNMLSGQGSPEDIVKAMQDAAQKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Arabinoxylo-Oligosaccharide Capture by the Probiotic Bifidobacterium Animalis Subsp. Lactis Bl-04
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04
molecule keywords XOS BINDING PROTEIN
total genus 140
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zkkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zkkA02
1GTKA 4LATA 2I4CA 3G3JA 1PC3A 1TWYA 2Y7RA 3TQLA 3PUVE 4F22A 1DTGA 1L5TA 3KN3A 4NF5B 3C31A 1M5DA 2OZZA 1H44A 3G3GA 1B7UA 1DMBA 1ZLQA 3A3UA 3LC8A 4JB7A 3V89B 4H8IA 4JBZA 3TTLA 2XXXA 1LAFE 1GGGA 4POWA 3PV0E 3OO7A 3W9VA 3K6WA 4EQ9A 2UXAA 2O1LA 2B3FA 1EZ9A 4DXBA 1B0LA 1B7ZA 4PE5B 1BTJA 1Q1KA 3C36A 1SYHA 3T22A 4Q8RA 1N04A 4KFQA 1I69A 2Y7WA 4LA9A 1RYXA 1P1OA 4FJPA 4PFUA 1M5FA 1B1HA 4G68A 1TFDA 1YAEA 4MFIA 3R6UA 2OJTA 4GLIA 1NNTA 3W15C 3PD9A 3T9UA 2DE3A 5I56A 1A7LA 4DXCA 1M5BA 2AL5A 4I9DA 2HFBA 2OWSA 2Q2AA 4KCCA 1H3DA 4ELOA 2Y7PA 2QS3A 4DXUA 3TTNA 4BLAA 1DOTA 2ZXTA 4R2BA 4R6HA 4OHNA 3RY3A 1A8EA 1NL5A 3H7MA 4EQBA 4C1UA 4FORA 1O64A 4Z7EA 4MLVA 5DT6A 1FTLA 1FQFA 1B52A 3TFLA 3TCGA 1MDQA 4C1TA 1F9BA 3EF7A 2M8CA 2GHAA 3HSTA 1USYE 2F36A 3VLVA 4IO3A 4RJZA 1N3XA 2PT1A 3Q25A 4XXUA 1LB9A 2VOZA 4GXAA 1MH3A 4LQ5A 3K1NA 1LLSA 1OLAA 4GRKA 2ZNSA 1B40A 3QK6A 3CR9A 4LZ8A 3HN0A 4IO4A 2I3VA 5DVJA 4HS7A 2PX1A 1MXVA 3KOSA 3THIA 1B32A 1MH4A 3FJMA 3B6TA 4ZEKA 4GWOA 2QL3A 1FTKA 1XHYA 4IO6A 5CRYA 3FUZA 4QSCA 3MVXA 4ZDMA 4P0IA 4P0GA 1TXFA 2XXUA 1R1NA 3MUQA 2XXWA 5DVFA 3IAZA 1POTA 4ZEFA 2FA7A 2RF1A 1ZJLA 3CIJA 4OQOA 1N7XA 1P1WA 3C35A 5H8SA 4Q5TA 4RK2A 3KGCA 1DPPA 3FZVA 4NF8B 2RCAA 3UN6A 4G68B 5I2KB 4G8HA 2QS1A 3IO6A 4TLLB 5L9MA 4O3AA 3G3IA 2O68A 1NKXA 3H3GA 3P7IA 3CI8A 3VVEA 5I56B 1IQ7A 5AA4A 4I1DA 2F7CA 2ZYNA 2ANJA 1B46A 3K2DA 3VXCA 4K3FA 2HXWA 1ZU0A 4HW8A 4PQJA 4IGTA 4XKPA 1OMPA 1ZKBA 3IL1B 4H5FA 4F1UA 1N0TA 1FQBA 2RCBA 4XKNA 4IB2A 1B51A 2Z23A 1TT1A 1M5CA 5J1DA 3D4GA 4ELQA 2BJJX 3I3VA 2F34A 3T9HB 2DYXA 1Y9UA 4BDMA 3FXRA 3K02A 4R6YA 2PYYA 3MZ1A 4EQ7A 3A09A 5I58A 2V84A 4F18A 4BDRA 1H45A 1ZBMA 1QULA 1O7TA 2O84X 2UYFA 3IB1A 1Z7ME 5A5XB 4RK9A 4THIA 4ZEBA 1IITA 4NF4B 3IOVA 3O6IA 1LAHE 3H6TA 2DQVA 5AA1A 1AOVA 3HHFA 2GH9A 4NMYA 2D5WA 1MY3A 3SEVA 1GV8A 1LAGE 3EHTA 1S50A 1Y4TA 4FAJA 3EHSA 3PD8A 1H76A 1URGA 3N26A 3KN7A 3IJXB 4OZ9A 1Z7NE 1FCKA 4QFOA 1MRPA 2F7AA 4F3PA 3HV1A 2H25A 4PETA 2IEEA 2H4IA 3S2VA 1UIVA 2XX9A 3RT6B 3N6UA 3KJ7A 3SERA 3V5AA 3F11A 2P2AA 5ITPA 4DDDA 2DS9A 1NNPA 1JW1A 3C32A 1II5A 4OMBA 1DSNA 2QJEA 4OENA 4NWCA 3UP9A 1ATGA 3E9XA 1S9TA 1IXIA 5FTIA 3TYHA 3O6GA 3OXNA 4ONYA 2X26A 5H8QB 5TP9A 3GBAA 4OYVA 1MM7A 1UTBA 4QHQA 3BFTA 3E13X 2Z8DA 1WDNA 4M1VA 4R6KA 4X48A 3K0VA 1B58A 5I2NA 1GVCA 3DP8A 4NF6B 5AA3A 2PT2A 1B3LA 3OELA 1SQYA 3BFUA 1MS7A 4UACA 1T0KA 4O3BA 3T9VA 3T96B 5L9OA 1FTOA 4LQ2A 1I6QA 3FD3A 3Q29A 2V3UA 2F78A 4HTGA 1YPNA 3V83A 2CMOA 2ZYMA 3PPQA 1Y1ZA 4JSOA 3MZBA 1NH7A 3MAMA 3PUXE 2RC9A 5AE4A 5I59A 4R2FA 3M3FA 3O6HA 1FQAA 3KEIA 2XD3A 4I8CA 3TAJA 5DVIA 4H5GA 3USDA 1PDAA 3DLNA 5H8NB 1WODA 4ND9A 3FJGA 3PPNA 3TTKA 1IXHA 4EF1A 4ZE9A 3G3FA 1LFHA 1ANFA 3OOAA 3TPAA 4LVQA 1JEUA 4QFNA 4YKJA 3CFLA 3MBPA 2NVUB 4JWXA 1MY2A 3JV9A 3G3KA 2UVGA 3KFMA 3QSLA 3U92A 1VR5A 1YTVA 4EXLA 1MXWA 1BLFA 3MPLA 5ISUA 3IORA 1MY1A 3CSBA 2QSXA 1B3HA 5CM6A 1H43A 3SEYA 3VDFA 5ICQA 2O7UA 3E3KA 3KSXA 1IXCA 2UYEA 2W7YA 5KDTB 4IY5A 2RKMA 4L17A 2GRVA 4WXJA 1Y20A 1QUIA 4RY1A 1N76A 4OEUA 1EZOA 4XKQA 4DCXA 4MF3A 4U1OA 4F1YA 2DXYA 5I57A 3I6VA 4U4SA 2H9BA 2ONKE 4QFLA 1IIWA 1SBPA 2A5TB 4YICA 2A5SA 4ZEIA 3LUYA 2X7PA 2Q88A 4N13A 2ALUA 5I2NB 1HSEA 3SETA 1CB6A 4OVJA 1MQDA 3DELB 5FHMA 4YB5A 4YAHX 1SW5A 3IOTA 4YMAA 2PBWA 1VFDA 1MY4A 4YB6A 3PUZE 2NUVA 3RLFE 1D3KA 1A55A 4Q30B 4BDQA 2O69A 5H8HA 3KN8A 4DZ1A 2R9JA 3BKIB 3D4CA 3CRBA 3HO7A 2Q8JA 4MH5A 5I84A 2XXYA 1R9LA 3UA8A 3EHUA 3FATA 1JETA 3O29A 4DE8A 2Y84A 2QS4A 4GOTA 3FV2A 3S9MC 3PPRA 2DVZA 4AQ4A 2I48A 2F8DA 3FXQA 1JQFA 3C33A 4R75A 3MVZA 2FYIA 3VE1B 4GQOA 4OXVA 3SDFA 1SW1A 4F3SA 1MM6A 5AA2B 4F2OA 4WEDA 1VE4A 1PB8A 2O7IA 3PUYE 2QS2A 3QXMA 5TU0A 1SDXA 4QSEA 2UVJA 1LBBA 4U21A 1FQCA 1LSTA 2DXRA 2V93A 1MQHA 3MVWA 3MQ9A 4GXSB 5CMMA 4AB5A 3GXAA 3VLWA 3O97A 4KYEA 5JTYA 1MQIA 5BWJA 5TPAA 1UTHA 3H4ZA 3HHGA 3C34A 3MC2A 4U2RA 1XVYA 4QFKA 5ELVA 4BDLA 1MPDA 5KCJA 1QUJA 4YKPA 3TTMA 1R6ZA 5I57B 3ZKLA 2IA4A 3R26A 1SVXB 2Z22A 5F1QA 1BIYA 2VHAA 1N3WA 3FGSA 4H0WA 3MPKA 4H6DA 1JVYA 1IEJA 1B7HA 3S9LC 2XXTA 2I0BA 3FXUA 3LSLA 1IZ1A 4PFWA 4Q0CA 3GLBA 4G4PA 5HBCA 2P0SA 4GL8A 4R9FA 4LONB 5B70A 2E1SA 4G8NA 3OO6A 4NE4A 3W9WA 1M5EA 3MVYA 2XXRA 1OQHA 5KZTA 2XHDA 2I0CA 3A3CA 4IY6A 1LCTA 4U23A 3UK4A 3OO8A 1MXYA 1WVJA 3U94A 1QUKA 5H8FA 3LSWA 2I49A 3TODA 1B3FA 4U4XA 2F97A 1B5IA 5DEXA 3VVDA 4N07A 2H98A 1Y3NA 1TFAA 1OVBA 4OERA 1ZIUA 3TDJA 4OFJA 3SEXA 5EHMA 1US4A 3M8UA 3TZAA 2O6AA 2DOJA 4F31B 3VLUA 1RKMA 2DSFA 2HCAA 1SD3A 3ILTB 2DE2A 2E0SA 4FEBA 2Y7KA 3LSXA 1B05A 5EYFA 2HAUA 3FV1A 2XD2A 1KWHA 4NF5A 1AIVA 3TMGA 1ZMGA 3BBRA 4YB7A 2XX8A 3C4MA 4QRZA 4KCDA 4KPTA 1O63A 2VP1A 1JNFA 1LAXA 5DTBA 4EXKA 3DM0A 3K1MA 3KBRA 3K6UA 1PEBA 3OMBA 3FVGA 4BDNA 5AA2D 1POY1 3RT8A 1MXXA 3HPIA 1UTHB 1D4NA 3RQTA 3K4UA 4KR5A 2O51A 4NEDA 2OLBA 5HPQA 5DYHA 2LAOA 4ZEDA 3ILUB 4PFYA 3KJTA 5KCJB 3OENA 2HEUA 3VXBA 1FTMA 3TCFA 3IR1A 4UA8A 1UIUA 3TTRA 4F29A 1B4ZA 3T66A 1PBQA 3C9HA 5CBSA 3RTFB 1JW5A 3LBSA 4R74A 1B6HA 5AA4B 4YKIA 2RC8A 1MXZA 1B5HA 3N6TA 3RTWB 1XVXA 4TQUQ 3H06B 3QYTA 2DWAA 3HCQA 2OBGA 2RC7A 1QKAA 1LFIA 2Z8EA 2PVUA 1I6BA 2ZYKA 3M3KA 5ICTA 1LGBC 4QFPA 1IXGA 4YU0A 4P11A 3WAFA 2P1SA 2PMSA 3PMVA 3JZJA 3MW0A 1MDP1 2RINA 3E4RA 5B7DA 2OWTA 3GBBA 3IOUA 4XTCQ 3IB2A 2O1MA 3AXFA 1Y3PA 3WAEA 4U1ZA 5K2YA 5I58B 2ESNA 3PPOA 1N7WA 1Q35A 1P1UA 1OLCA 1EU8A 1ZTYA 3IOWA 3KOTA 3IX1A 1PB7A 2I3WA 4OESA 4EDPA 3GZGA 3T93B 5LOMA 1MQJA 3IO4A 4GFRA 1XS5A 1URSA 3EPEA 4ESWA 4H65A 5CMBA 4RPNA 3RGYA 3PUWE 1QKBA 3CFZA 4KYDA 3RUMA 2HQ0A 3ODBA 3TELA 4LUBA 3PU5A 3VVFA 4FIMA 3U72A 3FIRA 1OVTA 4EF2A 4AB6A 2XXIA 2NOOA 3K00A 2VD3A 3TKDA 1EZPA 4U22A 2VGQA 4HCYA 1VSOA 2G93A 2D21A 1RYOA 2R6GE 4F1VA 2GFEA 5CBRA 1JW4A 3QUFA 5TP9B 3O9PA 2I6EA 4RNSA 3K01A 1LCFA 2OK2A 4OFOA 3VFJA 1UTBB 3OSRA 4IO5A 4ZECA 3DP6A 1A40A 5K2XA 4NF8A 4F19A 2HZKA 5I2KA 3JYRA 1B2HA 4EUOA 2H5YA 1A99A 2YLNA 1J1NA 1NFTA 4NWDA 1VFEA 4F2QA 3QAXA 2B3BA 3MJNA 3U8QA 2XXPA 5ITOA 3L6HA 2NWJA 3EQ1A 1MG1A 4LZ7A 4JSDA 1JVXA 3KSJA 3LR1A 1N84A 3IJOB 1FQDA 1NMUA 5JEIA 2QMXA 4QSDA 1FW0A 2F6GA 3CG1A 2Q89A 4Z0IA 3N5LA 4JXIA 2AL4A 2ZMBA 1MPBA 4G8MA 1S7YA 3EN3A 2XXQA 5I59B 2THIA 1DTZA 3H6WA 3KZGA 4FATA 1SW4A 4X9TA 2V3QA 3O28A 3IK6B 1B3EA 3ZKKA 4WKMA 5IAIA 1GR2A 1B3GA 4TOZA 1IUDA 4LP2B 5IKBA 3O2AA 4IO2A 2F7BA 3O66A 3SESA 3TEPA 5A5XA 4JWOA 2ZYOA 4NF4A 3L6GA 5CI5A 1QW0A 4XKRA 1Y3QA 1MQGA 2DWHA 4PFTA 5CMKA 3V8XB 3KG2A 4KYSA 2YJPA 2WKYA 1Y4CA 3B6WA 4NTLA 4MLQA 2AYSA 1BKAA 3TCHA 2ABHA 2ZNTA 3G3HA 4M4GA 2KLFA 3CSGA 3ZSFA 2UVHA 4ZE8A 3OEMA 2HZLA 2HAVA 3MZ9A 4XIGQ 3MP1A 1QVSA 4JWYA 4IO7A 4FECA 1R9QA 4OEVA 4RXLA 5H8QA 4RA1A 4OTEA 1HSLA 2I58A 4QF9A 2OCUA 4GVOA 5L9SA 4PP0A 4DCYA 4GL0A 1PBPA 3UIFA 5L8DA 4ZS9A 3K6VA 3VV5A 1B9JA 2I4BA 3MP8A 1ELJA 3FJ7A 4NF6A 3SKPA 3N94A 1US5A 3FVNA 3RPWA 2R71A 5FTHA 3PGFA 5FHNA 2X7QA 1SW2A 3CFXA 3B6QA 2DE4A 2QPQA 1PB9A 4POXA 2DWJA 2GHBA 4TLMB 3S9NC 4DIGA 5F7VA 1QJMA 3FASA 4KHZE 4C0RA 3T9XB 2F6PA 3PPPA 3I5OA 2AIXA 1URDA 1OQGA 3OD7A 2CZLA 1B4HA 3G7WA 4H67A 5H8HB 4OWDA 3MP6A 4I62A 1NNFA 2REGA 4OFLA 1MXUA 5H8NA 3R7XA 1FTJA 4N6PA 4G2ZA 2DVCA 1JEVA 2F5XA 4R9GA 4YKKA 2NXOA 1XOCA 1P99A 1DPEA 1XT8A 4H1XA 1B1XA 4R73A 3OO9A 3M3LA 3H6VA 4DLDA 4KQPA 2XXHA 4ELRA 4H8JA 3UORA 3OSQA 2G29A 5HM4B 1NH8A 1NNKA 1CE2A 4FE8A 1XC1A 4FEDA 4JDFA 4RPOA 2V3TA 1I6AA 1B5JA 3Q27A 3ONMA 5BUUA 3CG3A 3IB0A 3U93A 4F39A 3U1OA 1EH3A 2ONRA 3RN8A 4X1DA 3Q28A 3DP4A 2DP8A 1B0HA 5JK4A 5JTYB 5KDTA 4O3CA 5M2VA 2YPNA 5TPAB 4G68C 1AL3A 2Q2CA 2XXVA 1OIBA 5CMCA 2ZNUA 3B7DA 2Q9TA 3QUJA 5CC2A 3K1PA 4KD5A 3RNNA 3CVGA 1SYIA 5EHSA 3TQWA 4ESXA 2B65A 3K6XA 4OETA 3UGWA 2A5TA 2XX7A 2QMWA 2V25A 1FQEA 4ECFA 4X1BA 1MPCA 3TUSA 3S9EA 4E0WA 1MY0A 4HCWA 2D3IA 1A54A 1D9YA 4LZ5A 4ZZAA 3H03A 4GIZA 2H99A 1Y1MA 3PMWA 1AMFA 4GF8A 3PMXA 4IGRA 3FVOA 4ELPA 2Y7IA 3LSFB 1USYH 1UQWA 2ONSA 4F3GA 2REJA 1SI0A 2F35A 1YCJA 1P1QA 4ISUA 2QRYA 4YZZA 1BP5A 4E0XA 4BDOA 1A8FA 3FVKA 2Z8FA 3H6UA 1AH5A 3SEUA 3MWBA 1SI1A 3ECRA 4WEPA 5H8FB 1P1NA 1LFGA 4RYAA 1D9VA 4MBPA 3S4UA 4R72A 5FHOA 4KI0E 4YMBA 2VD2A 5DEXB 3QIMA 2DWIA 2UVIA 4F3BA 1LB8A 3SEWA 3Q26A 4G77A 3OEKA 4GD5A 3ZS6A 4ZZEA 1HSJA 2FNCA 5AA2A 1LBCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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