4F31B

Kainate bound to the d655a mutant of the ligand binding domain of glua3
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLASGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 3
total genus 79
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B02
3O66A 4YB5A 2A5SA 1RYXA 2HZKA 3W15C 5IKBA 2W7YA 1AMFA 1LCFA 2DE4A 5EHSA 4GQOA 2D5WA 3B6WA 3G3IA 3OENA 3ODBA 1LFGA 3N94A 3K1PA 4C1TA 5I59B 1NL5A 4IO5A 2REJA 4F39A 1SW4A 3C33A 2F6PA 1NFTA 3TZAA 3FXQA 3PU5A 1OVBA 3HCQA 5BWJA 1MXXA 3O97A 2B3FA 4EUOA 3C32A 4KYSA 1TFAA 1PB9A 1GTKA 2YLNA 1N7XA 5KCJA 1JETA 1YPNA 3JYRA 3O6GA 2DOJA 5KDTB 4MLVA 2P2AA 2V3QA 3FUZA 2F35A 1MY1A 4G77A 3LUYA 3T9UA 2H25A 3BKIB 4NF6A 2F97A 1LBBA 2H99A 4Z0IA 2E0SA 3ZS6A 3K6UA 2R71A 4QSCA 1FQBA 4OXVA 4EQBA 3LC8A 4TQUQ 5F7VA 4JWOA 1SDXA 1NKXA 2DE2A 4XTCQ 5IAIA 1B52A 3L6GA 5AA2B 2H98A 1Z7NE 1Q35A 4DIGA 3PD8A 3OO7A 5AA2D 3HHFA 4R9GA 1UIVA 4KFQA 2XXXA 4GWOA 2DS9A 3G3GA 4RK2A 4EQ7A 4FECA 4IO6A 1FCKA 1EU8A 3U94A 1QUJA 2VD3A 1RYOA 3AXFA 3RUMA 4RJZA 3CVGA 4ZEFA 4FORA 3UA8A 3C9HA 4IO7A 5CC2A 4BDMA 5I84A 2VP1A 4G8NA 3SEXA 1SW5A 3LSFB 1PC3A 4EXKA 5EHMA 2Z8FA 3RY3A 2QMXA 4XKNA 4WKMA 3MVXA 4G4PA 5LOMA 3DP8A 4P0IA 3R6UA 3FXUA 2QL3A 3GBAA 2Q9TA 3VLVA 2G29A 1QW0A 1VE4A 2PT1A 3LBSA 3I5OA 4P11A 5AA4A 1URGA 4FAJA 2ZYOA 1FW0A 1LBCA 4R74A 1JW4A 5KCJB 1OMPA 2Y84A 3U93A 2VOZA 4NF4A 3MVYA 1MXYA 1CE2A 5CM6A 4WEDA 4ELRA 3TFLA 5JEIA 1A8FA 1LAXA 2H5YA 2XXTA 1ZJLA 3S2VA 3VE1B 1B9JA 1PBPA 3IOVA 3RT8A 2VHAA 1P1UA 3TTMA 4F3PA 4G68A 1URDA 1SYIA 3E9XA 1HSJA 1ZTYA 1XHYA 1M5FA 3KN7A 2GHAA 1B0HA 3JZJA 2OWTA 2I58A 4EF1A 4H1XA 1D3KA 3OOAA 1QVSA 2ZMBA 3IOTA 3HSTA 4XXUA 1D9YA 2ALUA 3H6TA 2XXRA 4NTLA 3K0VA 4JDFA 4QSEA 1UTBB 4OESA 1B7ZA 4FEBA 1H43A 1LLSA 2ZNTA 2Q89A 1ZU0A 3IR1A 5HBCA 4OENA 1SD3A 2DQVA 1MG1A 2OZZA 2CMOA 2G93A 2DWIA 4XKPA 4YAHX 4RA1A 1MY2A 2P1SA 4OFOA 5A5XA 4ZS9A 5ICTA 1A8EA 2D3IA 3CFZA 1N84A 2DVZA 1FQAA 2Z8EA 5CMMA 2ABHA 3G3HA 3LR1A 5DVFA 1XC1A 3TQWA 3IX1A 2Z22A 4DDDA 1BTJA 3QXMA 3MZBA 3KG2A 3M3KA 3THIA 3OO6A 4HS7A 4X1DA 3ECRA 2REGA 4BDOA 2XXPA 3QUJA 2I3WA 3VLUA 5JK4A 3PMWA 2DXYA 4U1OA 2I3VA 2AIXA 3OD7A 4GRKA 4F1YA 3KJ7A 1NH7A 3DP4A 4OERA 2R6GE 4XKRA 1FQEA 4YKKA 4LQ2A 3TUSA 2CZLA 3I3VA 3T9VA 2ZYKA 4F2OA 1USYE 3IJXB 1A54A 4HW8A 5FHNA 3E3KA 5ICQA 1S7YA 2O6AA 4Z7EA 3O29A 4LZ8A 5CRYA 3UK4A 1POTA 1B3EA 1I69A 5I58B 4F29A 3HV1A 3M3FA 4OETA 4KR5A 3EHSA 1O7TA 1J1NA 1P1OA 3FXRA 5BUUA 4G8HA 2F7BA 5I56B 3S4UA 3OXNA 1TXFA 4F22A 3CSBA 3TTLA 1DPPA 1GGGA 5I59A 3MZ9A 3OSRA 4DE8A 1B05A 2I6EA 4MBPA 1P1QA 2O51A 4P0GA 4LATA 2Q8JA 4TLMB 3SETA 3C31A 4ELOA 4ESWA 1B5HA 1MQGA 4IGTA 2HQ0A 4PFTA 5ELVA 5KDTA 4MFIA 3ZSFA 4YKPA 4I1DA 3P7IA 1EH3A 4KYEA 2QS4A 1DMBA 3G3KA 1IXGA 4O3AA 3V8XB 4GF8A 1D4NA 3MW0A 3O2AA 4K3FA 3RTFB 5ISUA 3E4RA 2WKYA 5B70A 2XXIA 2YPNA 4YMAA 1BLFA 4C1UA 3G3JA 1MQIA 3T9HB 4H5FA 3MAMA 2V3UA 4U23A 5DTBA 2E1SA 3PUXE 1O63A 1N0TA 3N6TA 3IAZA 4R6YA 3H4ZA 1OLAA 4E0XA 1ATGA 1IUDA 2V25A 1Y1ZA 3CFLA 1ELJA 2FYIA 3IORA 2OK2A 4RNSA 1PBQA 2Z23A 2NOOA 2V93A 3TQLA 4X1BA 2XXWA 3DLNA 3QIMA 4ZZAA 5FHMA 1VFDA 2QS3A 4IY6A 4YU0A 3K6XA 4O3BA 1B3FA 4U1ZA 3SEVA 3OELA 1IZ1A 1SYHA 2UVIA 4YB7A 1US5A 4F3SA 3PMVA 3IO4A 1I6AA 4BLAA 4H8IA 3OO8A 1B51A 1TFDA 4PE5B 1DTGA 4R73A 3D4CA 4WXJA 3WAFA 2KLFA 4QFOA 2DVCA 1MPBA 1MM6A 3O9PA 5K2YA 3TODA 5I2NA 3HPIA 1S50A 3T93B 4AQ4A 3UORA 4PQJA 3B6TA 2GHBA 2O7IA 3TKDA 1MY3A 5FHOA 1R6ZA 2RCAA 1SI0A 3PD9A 4LUBA 3SEYA 4MH5A 3QYTA 3H3GA 3C35A 1AL3A 4R75A 3FZVA 1ZLQA 2A5TB 1F9BA 3S9MC 2IA4A 4ZEKA 5DVJA 3U92A 1H76A 4ND9A 2FNCA 5I57B 1FTJA 1UTBA 3KSJA 1B7HA 2DYXA 4JBZA 4Q5TA 1P99A 4JWXA 3U8QA 4LVQA 3OEKA 2I0CA 3PUZE 4OEVA 3FVKA 1XVYA 4IGRA 5H8SA 4GL0A 1WODA 5H8HA 2F6GA 2I49A 3K01A 1QUKA 1FTLA 2HFBA 1IXIA 4POXA 5AA3A 5DYHA 2QSXA 1QULA 2XXQA 5DEXB 2DE3A 4G2ZA 2Y7RA 2M8CA 1LSTA 2UYEA 4GL8A 3K02A 2OCUA 3IJOB 5TPAA 3PPPA 2OWSA 2NWJA 1IQ7A 4ELQA 1JNFA 4ONYA 1I6QA 3MPKA 5CMBA 5I2NB 1JW1A 1LCTA 3WAEA 3FVOA 2R9JA 2B65A 2YJPA 3RT6B 4OHNA 1B32A 4GOTA 3VXBA 4ZEIA 3RTWB 2RINA 2OLBA 3DM0A 1FTMA 4OFJA 1DPEA 5FTHA 1A55A 4BDQA 1LFHA 3K2DA 3C34A 2ZXTA 1B6HA 3VDFA 4NF5B 4Q30B 4YKIA 1JVXA 1KWHA 5I58A 1VSOA 1JW5A 1QUIA 3TCGA 4YICA 1VR5A 3T22A 5H8NB 1YTVA 5L9OA 3MZ1A 1A40A 1VFEA 4GVOA 3DELB 2RKMA 1WDNA 3MJNA 4KYDA 1Y4TA 3IO6A 5HPQA 2F34A 4PP0A 3EN3A 5I56A 1MY0A 3T66A 3VVDA 1Y20A 2QPQA 3E13X 4I62A 2HEUA 5H8HB 4YZZA 2UYFA 1T0KA 3TTNA 4H65A 1POY1 2QMWA 1OVTA 2THIA 3RQTA 2PBWA 3ONMA 5CBSA 1AOVA 4U22A 4H67A 3L6HA 3H6UA 4Q0CA 4QFKA 3IK6B 2HCAA 4UACA 4R9FA 1BP5A 5TPAB 3O6HA 3VVFA 2VGQA 3TYHA 4R2BA 2PX1A 3V5AA 3CIJA 2B3BA 4FATA 3EHTA 2LAOA 2ONSA 3FV2A 3BFUA 4KCCA 1USYH 1MQJA 1B2HA 2UVGA 1D9VA 4JXIA 2XXUA 5CMKA 4GXAA 2I4BA 1PDAA 3VVEA 4PFWA 3PMXA 2RC7A 2ZNUA 4N13A 3IB2A 3TTRA 3PUYE 2X26A 4MLQA 1SQYA 4ZEDA 1DTZA 1UQWA 1LB8A 4GXSB 3MP8A 4KPTA 1H44A 5DVIA 3FD3A 4UA8A 4JSOA 2F36A 2ZNSA 2BJJX 4N6PA 2XX9A 3RGYA 2RF1A 4OWDA 2V3TA 2DSFA 1FQCA 1RKMA 3PUWE 1SI1A 2I4CA 3KZGA 1OIBA 3R7XA 4EDPA 3CG1A 3PGFA 4F2QA 1MPCA 4KD5A 3UIFA 1MXZA 1SVXB 3TPAA 3GBBA 3HO7A 1JEVA 1LFIA 3GLBA 1LAHE 4KCDA 4TLLB 1TWYA 1B3HA 3ILTB 1PB7A 4OZ9A 3SDFA 2HAUA 4ZE9A 2HXWA 1N3WA 4F3BA 3QK6A 4NMYA 3RNNA 1LAGE 4PFYA 3Q25A 4YB6A 2GRVA 4ELPA 2NXOA 2XHDA 4Q8RA 4RXLA 4KHZE 3PUVE 4BDRA 1FTKA 3C36A 1YAEA 2FA7A 4C0RA 1MRPA 2A5TA 4NE4A 2I48A 4GD5A 5M2VA 3QUFA 3H6WA 3H03A 5ITPA 3Q29A 3CR9A 5I57A 2AYSA 3MQ9A 4KQPA 4OYVA 3UGWA 3BBRA 4U4XA 1HSEA 3CG3A 4R2FA 3VV5A 5TU0A 4X48A 4H5GA 3IOUA 1H45A 1QJMA 5I2KB 1GR2A 4THIA 4ZZEA 5K2XA 4LA9A 3K1NA 3FJ7A 3CI8A 1JVYA 1NH8A 2V84A 2HAVA 2Y7WA 1JEUA 1N76A 1OQHA 1PEBA 4R6KA 4LP2B 4EQ9A 4HCYA 2I0BA 4FE8A 4E0WA 2PMSA 3FATA 3B6QA 4NF8B 2F8DA 3TELA 2UVHA 3O6IA 4FEDA 5J1DA 5DEXA 3JV9A 2DWHA 3PPNA 3EHUA 5HM4B 2F5XA 4OMBA 1A99A 3S9LC 2O7UA 4F19A 4H8JA 1N3XA 1P1NA 3PPRA 1Y3QA 1L5TA 2XXYA 3IB0A 5CMCA 4YKJA 3QSLA 4L17A 2PYYA 1WVJA 3LSWA 4DLDA 3EPEA 4O3CA 4R6HA 4PETA 4OQOA 5TP9B 1FTOA 1B7UA 2PT2A 3Q27A 1XT8A 4GIZA 4OFLA 4U4SA 3KN8A 1O64A 1ZKBA 1B1XA 1IXCA 3K1MA 3SERA 2XD2A 3C4MA 3FJGA 4QFNA 4ISUA 5L9MA 4QFLA 2OBGA 3MP1A 4NF5A 4EXLA 5JTYB 4RY1A 3U72A 1PB8A 1ZMGA 3GZGA 2HZLA 2F7AA 2UXAA 5H8NA 4H6DA 3GXAA 2Y7IA 1UTHA 3N5LA 4OEUA 1MQHA 3LSLA 3KJTA 2XX8A 1XVXA 3MC2A 5H8FA 4RPOA 1N04A 1II5A 4ESXA 1US4A 1YCJA 4IO4A 3T9XB 4DZ1A 5H8QB 3W9WA 3A09A 4F18A 2AL4A 4DXBA 2O1LA 1EZPA 1Q1KA 1B3LA 4OVJA 1IITA 3ZKKA 3ILUB 3KOTA 2RCBA 3CSGA 3OEMA 1M5CA 3SEUA 3KN3A 3CRBA 1ZIUA 1FQDA 2Y7KA 3FVNA 3VLWA 3FIRA 4G8MA 3HN0A 4AB6A 1NNFA 4F3GA 1BIYA 4RYAA 1MS7A 4GLIA 2VD2A 1UIUA 3ZKLA 1AIVA 3KSXA 1URSA 3M3LA 2P0SA 3USDA 4TOZA 3FVGA 2UVJA 4ECFA 1B5JA 2RC9A 4R72A 3T96B 3LSXA 3RLFE 4IO3A 1QKBA 1M5DA 2O1MA 2DWJA 1M5EA 2RC8A 1SW1A 4DXUA 1IXHA 4NF6B 3PPQA 4HCWA 4F1UA 3FGSA 1A7LA 1S9TA 2Y7PA 1Y9UA 3UN6A 1R1NA 4H0WA 3TCFA 1Y1MA 3O28A 1B0LA 1CB6A 1QKAA 4DXCA 2D21A 3M8UA 1AH5A 1HSLA 4BDNA 3MPLA 1UTHB 3EF7A 4EF2A 5AE4A 4I8CA 2XX7A 5H8FB 1EZOA 3MVWA 1B5IA 2ONRA 4LZ5A 1TT1A 4WEPA 5CBRA 1LAFE 2F7CA 3TCHA 1LB9A 3Q28A 2Z8DA 3RPWA 1NMUA 3FASA 3H7MA 3BFTA 3W9VA 4GFRA 4NWDA 1B40A 2F78A 4POWA 1Y3PA 3R26A 4F1VA 4HTGA 2QJEA 4IY5A 1P1WA 4U2RA 1NNPA 4NEDA 1OQGA 4QF9A 1IEJA 1MXWA 3TEPA 3PV0E 2DWAA 2XD3A 3IOWA 3D4GA 4F31B 2PVUA 1MH3A 1XOCA 3CFXA 4LONB 5B7DA 3KBRA 1I6BA 5AA4B 3EQ1A 4ZE8A 3F11A 2GH9A 1SW2A 3VFJA 1B58A 4OTEA 3SEWA 1B46A 4U21A 3RN8A 3MP6A 5F1QA 1NNKA 1IIWA 4NF4B 1DOTA 3SESA 4DCXA 3KEIA 1MH4A 1LGBC 4QRZA 1OLCA 4KI0E 4I9DA 3N6UA 2QRYA 3IB1A 1MY4A 4X9TA 1Y3NA 5DT6A 2QS2A 4G68B 1MXUA 1GV8A 3S9EA 4YMBA 3TDJA 3PPOA 3H6VA 1NNTA 5I2KA 5AA1A 3H06B 3KFMA 1JQFA 1B4HA 1ANFA 4AB5A 2AL5A 1MPDA 1EZ9A 1MXVA 5CI5A 4LZ7A 4G68C 4JWYA 3I6VA 3QAXA 4JSDA 3TAJA 1M5BA 1XS5A 3B7DA 2Q88A 3IL1B 4FIMA 1R9LA 4RPNA 4M4GA 4JB7A 3MBPA 3G3FA 3FV1A 1ZBMA 3V89B 4NF8A 2NUVA 2XXHA 2ZYMA 1BKAA 4DCYA 5L9SA 3Q26A 5EYFA 2H4IA 3DP6A 3MVZA 2QS1A 4ZECA 4PFUA 1SBPA 3K4UA 4ZEBA 5A5XB 5L8DA 2DXRA 2DP8A 3S9NC 1Y4CA 3V83A 1B1HA 2XXVA 4ZDMA 5ITOA 4NWCA 4XIGQ 1Z7ME 3HHGA 4FJPA 2NVUB 1B4ZA 1B3GA 4MF3A 3OSQA 1MQDA 1R9QA 5KZTA 2ZYNA 3MWBA 2O69A 4N07A 3UP9A 3TMGA 3U1OA 3OO9A 4LQ5A 3K6VA 5TP9A 3A3CA 3G7WA 1DSNA 2ESNA 1MM7A 1MDQA 3SKPA 4XKQA 3TTKA 3KGCA 3FJMA 3K00A 2OJTA 4IB2A 4QFPA 3MUQA 3K6WA 2IEEA 2ONKE 1N7WA 5JTYA 3OMBA 2Q2AA 4QSDA 5AA2A 3N26A 2O84X 4IO2A 1MDP1 1H3DA 3VXCA 4QHQA 3KOSA 1FQFA 2O68A 4M1VA 5FTIA 2GFEA 3A3UA 2H9BA 2X7PA 2ANJA 4BDLA 2Q2CA 5H8QA 1GVCA 4RK9A 2X7QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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