4F31B

Kainate bound to the d655a mutant of the ligand binding domain of glua3
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLASGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
total genus 79
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B02
1ZJLA 2F7CA 1B51A 2XXWA 3C32A 2ONRA 4Q5TA 5K2YA 4ZE9A 4DXUA 5DVJA 3ECRA 2G93A 3PGFA 4JBZA 3H4ZA 5CM6A 1XVXA 5CBSA 4LATA 5IAIA 2E1SA 4E0WA 2RKMA 5AA2B 1UTBB 1B0LA 1YAEA 2OLBA 2QS4A 2VD3A 2XXXA 3K6XA 4NTLA 1LCTA 1RYOA 5I57A 1YCJA 5I58A 3ZS6A 2V93A 3Q29A 4JXIA 3UGWA 1B7UA 1VFEA 3Q26A 4JWYA 3CIJA 4EF2A 4DLDA 2F97A 1MY2A 3VV5A 3O2AA 2DWJA 3QSLA 3IOUA 1IZ1A 1TFAA 2R71A 3K1MA 4IO3A 3PPQA 3H7MA 1PB8A 5B7DA 1USYH 1OVTA 1TWYA 3BFTA 1US5A 3MVXA 3PUVE 5FHNA 2XXVA 1WDNA 3C33A 5TP9B 5H8FA 1JETA 1Y1ZA 3TCHA 3H6VA 3TQWA 1LAHE 2ZYMA 1JNFA 2NUVA 3PUZE 2Q88A 1I6QA 1ZTYA 1FW0A 1Y3QA 3FVKA 4F3SA 1UIUA 3HPIA 1Q35A 1NMUA 3ILTB 3MBPA 1D9VA 5I2KB 4NWDA 5DEXA 1T0KA 3PMXA 3SKPA 5KCJA 1NFTA 4GQOA 4KYDA 4PE5B 1I6BA 3R6UA 2I6EA 1P1OA 1II5A 1SDXA 4YKPA 2XXRA 3IR1A 4O3BA 1I69A 1TFDA 5HBCA 2A5SA 1B1XA 4FEDA 5I56B 3MZ1A 1MDP1 2XXHA 5ELVA 1JQFA 4X1DA 1B3GA 2I3WA 3TTNA 2B3FA 1MQIA 3HO7A 1B05A 1J1NA 4KYEA 4ESWA 1Z7NE 1H45A 5DVFA 2I49A 3S9EA 4Z0IA 1NH8A 4JB7A 1B4HA 3SETA 1AH5A 2Z8EA 2QSXA 2Y7KA 3HHFA 1OLCA 2F35A 4OEUA 1A99A 2I4CA 3LC8A 4R2BA 3TPAA 2THIA 1GV8A 2PMSA 3OO9A 4OQOA 3MUQA 2DE4A 4QFOA 1MM6A 5FTHA 2O68A 4AB5A 1S50A 4QSCA 1L5TA 2H5YA 4LUBA 2AL5A 4NF8A 4PFYA 4TLLB 4TOZA 4ZZEA 1EH3A 2DS9A 1B58A 3CG1A 1B3HA 1MS7A 1OVBA 2FYIA 2PX1A 2CMOA 1PEBA 4OESA 4ZEKA 2Y84A 2NVUB 1IUDA 4F18A 4EXKA 5KZTA 4U1OA 4LZ8A 3UP9A 3FXRA 3MQ9A 2OBGA 5DT6A 5LOMA 2NXOA 1DPPA 4FE8A 4KHZE 1NNTA 2HEUA 1SBPA 3UORA 5H8SA 3IOTA 3LSFB 1SW4A 3TEPA 3EPEA 3DP4A 2LAOA 5JK4A 4G8MA 4ELRA 1FTOA 4ND9A 1LBCA 1N3XA 4OZ9A 1UTBA 1QW0A 1MQHA 4RK2A 3MP6A 1MPBA 1A55A 3EN3A 2Q8JA 3V5AA 3GZGA 3KJTA 3QAXA 3RGYA 5A5XB 2UYFA 4Q8RA 4NF8B 3K0VA 4ZEIA 1A7LA 1CB6A 3CFXA 1MY4A 5DYHA 3SESA 4X48A 5JEIA 2ESNA 2A5TA 2V25A 3K6VA 3KSJA 2AYSA 4GIZA 4OTEA 3H6UA 4LZ7A 3RLFE 2Y7WA 2Z8FA 4QFLA 3MP1A 3UK4A 1D3KA 3UIFA 5I58B 2IEEA 2QS3A 4PFWA 2I3VA 3HV1A 2D5WA 4DXCA 4F3GA 3O6HA 2REJA 3VLUA 5CI5A 3RPWA 1LB8A 3T9UA 3N6TA 3EHSA 1B2HA 3RT8A 2ZYOA 2HXWA 5L9MA 5L8DA 2VP1A 2E0SA 1MXVA 3MC2A 5BUUA 1SVXB 4GXSB 1OLAA 1URGA 5EHSA 5CBRA 4U21A 3EHUA 4OEVA 3RY3A 4OWDA 3T9VA 3VVFA 2R9JA 2W7YA 2PT2A 5CMMA 1IXHA 2D3IA 3D4CA 3ZSFA 1LAXA 1N0TA 4R6YA 3IOVA 1N7WA 3SEVA 2Q89A 4ECFA 3PD8A 3GXAA 4WKMA 2ZYKA 1QUIA 3RTWB 1FTKA 2QMWA 3A3UA 3LUYA 3M3KA 2OCUA 2UVIA 3QK6A 4OMBA 1M5EA 4YMBA 5KDTA 3DP8A 3IX1A 3K6WA 1DOTA 3GBAA 3RUMA 4HTGA 5FHOA 5ISUA 1FQCA 4FAJA 5I2NB 4OETA 5TP9A 1LBBA 1JVXA 2OJTA 3TTMA 1Y4CA 2QJEA 1IITA 2F34A 3H6TA 1FTJA 1R9QA 3IL1B 1QKAA 3VFJA 4DCXA 1MRPA 5JTYB 2XXUA 2ZNTA 1B7HA 4MH5A 4QHQA 3TKDA 1N3WA 3ZKKA 3LSXA 4EQBA 5I56A 2YJPA 2GH9A 2XHDA 2ZNSA 1SI1A 2DWIA 1A40A 3AXFA 3CRBA 3FXUA 4G68A 4IO6A 1JEVA 5A5XA 5BWJA 3TELA 3LSWA 4JWOA 3IJXB 1B52A 3B6QA 3VLWA 1P1WA 2H99A 3B6TA 3KSXA 3UA8A 1EZPA 3A09A 1FQAA 4YICA 4G68C 4IO7A 4U4SA 3O9PA 4IY6A 1VSOA 4BDQA 4X1BA 3FD3A 3KGCA 4F2OA 1USYE 4ZEBA 4KD5A 4PFTA 4OXVA 4IGTA 2ZYNA 2UVGA 3MJNA 3TDJA 2DP8A 4ZZAA 3TCFA 4U4XA 1IQ7A 4M4GA 3HN0A 3O28A 2AIXA 4OYVA 4NF4A 3BBRA 3T9HB 5HPQA 3E3KA 3OSQA 3MAMA 1EU8A 1QKBA 1D9YA 1LB9A 1JEUA 1QJMA 1ZBMA 2R6GE 5DVIA 3S9LC 1TXFA 3E13X 3QUFA 1MG1A 2YLNA 4Q30B 1N04A 3K6UA 2DQVA 1BKAA 3C34A 3FV2A 2AL4A 4RK9A 5DEXB 3FVGA 1B7ZA 3Q25A 4IY5A 5F1QA 3RN8A 3W9WA 2BJJX 5I2NA 1YTVA 4LQ2A 2F7BA 2DVZA 4ELOA 1SW2A 4JSOA 5I84A 1FQFA 1P1QA 5KDTB 4AQ4A 3C36A 4IGRA 3O97A 2B3BA 4U23A 1LCFA 4WXJA 1O63A 3TMGA 4DE8A 4F29A 1MPDA 2DWHA 3PPRA 3T96B 1Z7ME 3KN7A 3Q27A 4POWA 1UIVA 3KN3A 4GF8A 2FA7A 1R9LA 1LGBC 3CSGA 4DDDA 2HZKA 3DM0A 2Q2CA 3IB1A 4H1XA 5AE4A 2QS1A 3HCQA 3SERA 3KOSA 1SYHA 1GTKA 5I59A 3F11A 4OFOA 4QFKA 3MPLA 3IOWA 4RPOA 2VOZA 3LSLA 3SEYA 3S2VA 4ELPA 1DTZA 3T66A 2V3TA 4RJZA 3USDA 4FORA 1R1NA 4R74A 3WAEA 3R26A 2DYXA 3ODBA 1N7XA 4P0IA 2H4IA 4RNSA 2UVJA 5M2VA 2F6GA 2XD2A 4PQJA 1LSTA 3T9XB 4H5FA 3E4RA 3QUJA 3CSBA 4G77A 4HCYA 4U1ZA 1UTHA 1CE2A 1MPCA 4JSDA 1FCKA 4XKPA 4R72A 4O3AA 4H6DA 3U93A 2UVHA 3H03A 1O7TA 3OO6A 4O3CA 4NF6A 4XIGQ 2Z22A 1NNKA 4ONYA 4MLQA 3CI8A 1VFDA 3PMVA 4KPTA 4X9TA 2OWTA 4BLAA 4F31B 3S9MC 3KFMA 5IKBA 2P2AA 1MY1A 3E9XA 2ZXTA 4G2ZA 4IO4A 3O66A 4AB6A 1URDA 1NNPA 4KR5A 4H67A 4R6HA 5CMKA 1PDAA 2ZNUA 2F7AA 4R75A 1JW5A 4LP2B 1PB7A 3VVEA 3IO6A 4U22A 2O1LA 5AA3A 1LAGE 4YKKA 3W9VA 4GOTA 4MFIA 1H3DA 2DE2A 1QVSA 1XOCA 2Y7IA 3KJ7A 4I1DA 3TTLA 3VDFA 4K3FA 4BDLA 4EXLA 5ICQA 2A5TB 3FASA 2RINA 4GL0A 5H8FB 3U72A 3CG3A 3FGSA 4KCCA 4RYAA 2V3QA 2P0SA 1MXUA 3TFLA 5AA2A 2ABHA 4N13A 1VR5A 4PP0A 3TTRA 4XTCQ 1ELJA 1IEJA 1NKXA 2CZLA 1SW5A 1A54A 2OWSA 2PVUA 3GLBA 4QSEA 1SW1A 2RC7A 3FVNA 3R7XA 2XXIA 2VGQA 5ITPA 4F22A 4KFQA 4FIMA 2DVCA 3H6WA 1BIYA 1N76A 3G3IA 3T93B 3SEUA 4OVJA 1IIWA 1DTGA 3MVYA 4BDNA 4FJPA 1TT1A 1S7YA 2I0BA 3G3GA 1M5CA 5AA2D 4EQ7A 3OMBA 3THIA 3H06B 5KCJB 1AIVA 1FTMA 1DSNA 1ZIUA 1MH4A 2QL3A 1XS5A 5TU0A 1MXZA 1NL5A 2HCAA 3SEWA 4ZEDA 4C1UA 5I57B 1SYIA 3KN8A 4LA9A 3TUSA 1R6ZA 4THIA 1Y4TA 2ONSA 1LLSA 3ZKLA 3MW0A 3O29A 4XKRA 3TCGA 1GR2A 2G29A 4EDPA 3MVWA 4ZS9A 5L9SA 1LAFE 1FQBA 1SQYA 5H8NB 3W15C 3RQTA 3H3GA 1H76A 1JVYA 3B7DA 4M1VA 2DXYA 4DIGA 1QUJA 4GFRA 4KQPA 4ZECA 2I0CA 3FV1A 2ZMBA 5TPAA 3TTKA 4TLMB 4ZE8A 1IXGA 1D4NA 3T22A 2QMXA 3Q28A 5FHMA 4ZDMA 3JZJA 1MY3A 3MWBA 5CMCA 1ZU0A 4R9GA 1Y1MA 3HHGA 3PD9A 5K2XA 2O7IA 4IB2A 1MXWA 4H8JA 5AA4B 3FUZA 2M8CA 2IA4A 1IXCA 2O51A 2Q9TA 4G4PA 4U2RA 4XKNA 4F1UA 2XD3A 3EQ1A 1ZKBA 1QULA 3OELA 3O6GA 4EF1A 4KCDA 1EZOA 3PUXE 1B3EA 3C35A 4QSDA 2VHAA 4DCYA 4YAHX 3IO4A 3SDFA 3U8QA 3MVZA 1MXYA 1FQDA 3PV0E 2UYEA 4LONB 4NF5A 2REGA 1AMFA 2DWAA 3OEKA 1FQEA 2V3UA 3OOAA 3PPOA 4IO5A 4NMYA 3S4UA 1WODA 3CVGA 1MQDA 1US4A 4H0WA 4I8CA 3TZAA 2H9BA 4WEDA 1URSA 1B5IA 3C9HA 1A8EA 2WKYA 3FJMA 3IB2A 3QIMA 4GWOA 3C31A 4F1YA 2NWJA 2FNCA 3WAFA 4BDMA 1YPNA 3MPKA 4H5GA 3SEXA 3KBRA 4P11A 4F3BA 2I58A 3MZBA 3G7WA 1NH7A 1OIBA 2GHBA 1B4ZA 2Z23A 3KZGA 3V89B 5J1DA 2O7UA 4R9FA 2ALUA 1M5BA 5CMBA 1BP5A 5FTIA 4R2FA 4ELQA 3FJ7A 3EHTA 3K4UA 4YB6A 4YB5A 1BLFA 2PT1A 3M3LA 1I6AA 1AL3A 3K2DA 1N84A 1Y9UA 2Y7PA 3LR1A 4UA8A 4YMAA 1B6HA 2HAUA 1RKMA 3K1NA 3PU5A 2OK2A 1B5JA 2Q2AA 3LBSA 5JTYA 2F5XA 2O69A 3BFUA 2RC9A 1VE4A 4PETA 4Z7EA 3OSRA 1KWHA 2XX8A 3S9NC 2UXAA 1ANFA 2XX9A 3JYRA 4ZEFA 1HSEA 4F3PA 2ANJA 3CR9A 3V83A 3PUYE 3HSTA 5AA1A 4F39A 4QFNA 2O84X 4HCWA 5F7VA 1GVCA 3L6GA 3M3FA 1FTLA 1ZLQA 3G3KA 1DPEA 2OZZA 2X26A 3PUWE 4YKIA 4NF5B 4H8IA 4FECA 3KG2A 3MP8A 4NF6B 3M8UA 4QFPA 3FIRA 4WEPA 3N26A 4OENA 2HFBA 2DSFA 3OENA 1LFGA 1XHYA 3N5LA 4OFJA 2X7QA 3JV9A 4E0XA 3OO8A 3L6HA 1HSJA 2QPQA 3K1PA 3FVOA 4MBPA 1MQJA 2D21A 2YPNA 3IK6B 2RCAA 4FEBA 2I48A 1B0HA 3CFZA 2QRYA 1LFIA 3N6UA 3PPPA 3IAZA 4G8HA 2Z8DA 4R73A 4RA1A 5ITOA 1OMPA 3ONMA 4MLVA 1P99A 1AOVA 2DXRA 3VLVA 5L9OA 2X7PA 3K01A 3TODA 3GBBA 4JWXA 5TPAB 1PB9A 5DTBA 3OO7A 3PPNA 4LZ5A 1XVYA 3PMWA 1P1NA 5H8QB 1F9BA 1JW1A 2RCBA 3TYHA 3O6IA 4GL8A 4OERA 3RT6B 2RF1A 3I3VA 2VD2A 3P7IA 1O64A 4LQ5A 4R6KA 4XKQA 4F19A 4RXLA 1H43A 5EYFA 5AA4A 3UN6A 2I4BA 5H8HA 1POTA 1B46A 3OXNA 4GD5A 4OHNA 3RNNA 3VVDA 2XX7A 4ESXA 3VE1B 5HM4B 1UQWA 1MY0A 1H44A 1OQGA 1RYXA 2PYYA 3C4MA 1M5DA 2O1MA 1B5HA 4EQ9A 1MDQA 2NOOA 4EUOA 1A8FA 4IO2A 1SI0A 3B6WA 4I62A 5I2KA 3ILUB 1Y20A 3G3JA 2F78A 4NE4A 4DZ1A 1MQGA 5H8HB 4HW8A 2HZLA 1Y3NA 1B9JA 3CFLA 3TQLA 4UACA 3V8XB 5ICTA 2HAVA 1QUKA 2O6AA 3K00A 1ATGA 3BKIB 4YKJA 3QXMA 4YB7A 3IB0A 3EF7A 1UTHB 2P1SA 1JW4A 3FATA 4C0RA 5B70A 1B32A 2H25A 4GVOA 4KI0E 2F36A 2PBWA 3MZ9A 2XXYA 2GFEA 4POXA 3A3CA 1HSLA 4Q0CA 4DXBA 1LFHA 2Y7RA 3I6VA 3OD7A 2XXPA 4QF9A 1WVJA 1XC1A 2HQ0A 4N6PA 4QRZA 4BDRA 3G3HA 5EHMA 2H98A 3G3FA 4HS7A 1EZ9A 4I9DA 4GRKA 3U94A 4KYSA 3FJGA 4BDOA 5CRYA 4RY1A 5CC2A 5I59B 4G68B 2B65A 1MM7A 4N07A 4NEDA 1B3LA 1MXXA 3TAJA 4FATA 4GXAA 4YZZA 4RPNA 4NWCA 2RC8A 1PBQA 3DP6A 5H8QA 1NNFA 4JDFA 4TQUQ 4NF4B 2XXTA 5H8NA 1Q1KA 4LVQA 3RTFB 1DMBA 2QS2A 4H65A 4XXUA 1M5FA 1GGGA 2F8DA 3KOTA 4PFUA 3FXQA 4G8NA 1PBPA 3QYTA 3K02A 4YU0A 1P1UA 2DOJA 1B3FA 3I5OA 3N94A 4L17A 4C1TA 1BTJA 2F6PA 3DELB 4GLIA 4OFLA 1OQHA 4ISUA 3VXCA 3DLNA 2V84A 2XXQA 3KEIA 3U1OA 4F2QA 1XT8A 1B1HA 4F1VA 1MH3A 1Y3PA 2GRVA 2ONKE 3IORA 3OEMA 1SD3A 2DE3A 2KLFA 4MF3A 3D4GA 4P0GA 3VXBA 3FZVA 1S9TA 3IJOB 3U92A 2GHAA 1B40A 1POY1 1ZMGA 1PC3A 1IXIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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