4F31B

Kainate bound to the d655a mutant of the ligand binding domain of glua3
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLASGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 3
molecule tags Transport protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
total genus 79
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B02
3SEWA 1QW0A 1SW1A 2B65A 4H5FA 4KYDA 1PBQA 3IAZA 1A40A 1QUKA 3G3IA 5CRYA 4EXLA 1BP5A 1FTKA 1FQCA 2V3UA 3HO7A 4LVQA 3O9PA 5CMMA 3OEMA 3FUZA 1WVJA 5H8FA 1ATGA 1MRPA 2I48A 3WAEA 4QF9A 3EHUA 1XC1A 1B1HA 2A5SA 4OEUA 3Q29A 3OO7A 1NH7A 2Z23A 3C36A 3PMWA 1IXHA 1O64A 3KSXA 1B51A 1JVYA 2DE3A 4ZE8A 3RTFB 4IO6A 1FQAA 3TFLA 4BDOA 2ZNSA 1II5A 3PGFA 1DMBA 1FTJA 1B5JA 2GH9A 3JZJA 4GQOA 2Z8FA 2X26A 4YU0A 4ZEFA 2OWTA 3K6XA 4DDDA 1SW5A 4F31B 3ZS6A 4LA9A 3CRBA 3KN8A 4KD5A 1B58A 3GBBA 5M2VA 4QHQA 4Q5TA 3Q27A 1QKBA 3SDFA 4H65A 3CIJA 4ECFA 4KHZE 3UA8A 1MXWA 4GWOA 1B5HA 4ISUA 5DVIA 2Y7WA 2O7IA 4F2OA 3QAXA 4Z0IA 3G3FA 2YLNA 3SETA 3UK4A 1JEUA 4XKPA 3M3LA 1B9JA 2UVGA 3DP4A 2G29A 1FQEA 2ONKE 1B0HA 3MC2A 5TPAB 3L6GA 1NNTA 1AH5A 4Z7EA 4QFNA 3OO9A 2VOZA 3DM0A 3FVKA 5JTYA 2RC8A 2UVHA 2O69A 4C1TA 2ZYOA 3D4CA 2DOJA 1Y3NA 1CE2A 3MJNA 1RKMA 1N7XA 1PBPA 3I6VA 3FVOA 2HXWA 3HSTA 3SEYA 4MLQA 5B70A 1B3FA 4DCYA 4NF4A 3KN3A 5F7VA 2I3VA 1A8FA 1UTBA 2X7PA 4FE8A 2DP8A 1EH3A 2A5TA 4NTLA 3K2DA 3PMVA 3U8QA 3G3HA 4F19A 2PYYA 1IUDA 1ANFA 4U1OA 1SYHA 3H6TA 1XT8A 4JSOA 2H25A 2HFBA 4FAJA 1Y3PA 3VXCA 1MPCA 3L6HA 1PB8A 4WXJA 4X48A 2Z8DA 3KFMA 2XXYA 2VHAA 4NF5B 4BDNA 3F11A 5I84A 4E0WA 2F5XA 3PUWE 3RTWB 4GXSB 4X1BA 5KZTA 2QSXA 3CSBA 4XKQA 4NF5A 3MP1A 1DTGA 1FTOA 2I6EA 1GR2A 3H6VA 2H9BA 3CFLA 4U4SA 2HAUA 2UXAA 2P1SA 3QSLA 3TTKA 2XX9A 4RPNA 5H8NB 4NE4A 4ELQA 4P0IA 5J1DA 5H8QA 1TXFA 1D9VA 3FV2A 1AMFA 2XXWA 1ZKBA 5ICTA 4AB6A 1FQDA 4YKPA 4WKMA 4OYVA 4G8NA 4LP2B 3MP6A 1NMUA 5BUUA 1UQWA 1M5CA 1I69A 3K4UA 3S9EA 3H6WA 2RF1A 5CMKA 1OIBA 1H43A 2RCAA 3PUVE 4OERA 1QUJA 4IGTA 1SQYA 4POWA 3E4RA 4ELPA 2R9JA 3KBRA 2F7AA 2GRVA 4PQJA 3G7WA 3KJTA 4IO3A 1B4HA 1YTVA 4EQBA 4F3PA 4RK2A 2PVUA 3B7DA 3TELA 4NF8B 1B05A 2I3WA 4GXAA 4X9TA 2RC9A 3Q25A 2F36A 4TOZA 3OO6A 2DSFA 1B0LA 3K1MA 2Z8EA 4N6PA 2Y7RA 1MXYA 2ZYKA 4H67A 1MY0A 3OXNA 1LFGA 1MQJA 3V8XB 4HCYA 1GGGA 2QS1A 5H8SA 4ZZAA 3K1NA 5L9OA 2XHDA 5H8HA 3P7IA 3Q28A 4F18A 1HSEA 5DEXB 1D9YA 3N6UA 2I4BA 5I56A 1LB8A 5FTHA 1OMPA 5L9SA 5DTBA 2DWIA 2XXTA 2VD2A 3A3UA 3H4ZA 4RNSA 3THIA 3FZVA 2QL3A 3TQLA 2NOOA 3ZSFA 1LLSA 2I0BA 2DWAA 5CI5A 2Y7IA 4PFUA 4QSCA 3BFTA 4F1UA 1URSA 4P0GA 5I58B 3SEVA 4FIMA 3FD3A 4LUBA 1Q1KA 2Q8JA 5I59B 2O51A 1YAEA 3PPPA 4LQ2A 4DXUA 4IB2A 1M5EA 1N3WA 4ND9A 5KCJB 1POY1 1ELJA 1VFEA 1XVYA 4DZ1A 5I2KA 2NVUB 4IO5A 1OVBA 4YB5A 3VFJA 2V84A 5CC2A 4WEPA 2Z22A 1B52A 2P2AA 3HV1A 1LGBC 5HM4B 4YMAA 3MP8A 4G68A 4QFPA 2Y7PA 1RYXA 3TUSA 1S9TA 3V89B 4Q8RA 3FVGA 3CI8A 4AQ4A 2DE4A 4EF2A 3O2AA 4PFYA 3SEXA 3M3FA 4G8HA 4AB5A 4HW8A 5JK4A 2DQVA 1OLAA 3EF7A 4JWOA 1JETA 4ELRA 3BKIB 3PMXA 4OMBA 3E13X 4DLDA 2V25A 3D4GA 1TFAA 4R2BA 5H8FB 4QSDA 3SKPA 1B32A 4G8MA 1I6BA 3EPEA 5TP9A 3RT8A 4JB7A 3C31A 4F22A 4NWDA 5FTIA 1XS5A 1DTZA 5LOMA 1LCFA 1VR5A 3N5LA 1R6ZA 2DWJA 1MPBA 1MY4A 5FHNA 3CG1A 4NF6A 3PUXE 4PFTA 4QFLA 4ZECA 2DVCA 1JNFA 4ZE9A 3U94A 1N76A 3K1PA 1S50A 3PPNA 4OTEA 3E3KA 2OZZA 1SDXA 3FVNA 3HHGA 1LSTA 2GHAA 1M5BA 5DYHA 3PD8A 1URGA 1SW2A 5HBCA 3JV9A 3MZBA 3GLBA 3IO6A 5K2XA 4C0RA 1NFTA 4F3SA 5KDTA 2OJTA 1TWYA 3C34A 3B6TA 3S9MC 2CZLA 2VP1A 3PV0E 2VD3A 3CR9A 4R2FA 1NKXA 3MPLA 2BJJX 2OLBA 1I6QA 1HSJA 1A8EA 1LAGE 3OOAA 4R75A 2F34A 5IKBA 4OQOA 3KJ7A 3VE1B 2CMOA 2XX8A 5JTYB 1D3KA 3C9HA 2QS2A 2IEEA 3VVDA 3ILUB 3T22A 2B3FA 4HS7A 1J1NA 4PE5B 1B3EA 2DXRA 3SESA 5HPQA 4X1DA 4FATA 4GL0A 1Z7ME 1MXXA 4NF4B 5FHOA 1S7YA 1UTBB 1Y4TA 3BBRA 3LSXA 1MQHA 2A5TB 4U21A 1HSLA 4DE8A 3CG3A 3M8UA 4POXA 3H6UA 3MAMA 1A54A 1XVXA 4LZ7A 4GD5A 3W9WA 3TCGA 1H3DA 5CM6A 5F1QA 4XIGQ 4F3BA 3O6HA 4O3BA 1UIUA 1N04A 1MY3A 4KCDA 1IEJA 1NNFA 1AOVA 2ONSA 1B4ZA 2REJA 4OESA 2O7UA 2Q2CA 2AL5A 4MBPA 4RPOA 4OFJA 1VFDA 4MLVA 3U1OA 2V3QA 1IXIA 2PX1A 1QKAA 4EF1A 1FW0A 4KYEA 1JW4A 3TTNA 1MM6A 2XXHA 1H45A 2HAVA 4G4PA 3T96B 4I8CA 4R9GA 2QRYA 3UIFA 4ZEBA 3O97A 3OO8A 3CFXA 5H8QB 1SBPA 4EDPA 3H06B 4OENA 2F6GA 1B3HA 3WAFA 1EU8A 4ZEIA 2ZMBA 2ZYNA 1B3GA 3KG2A 4R6YA 1FTMA 4GFRA 4TLMB 5L9MA 1XHYA 5EYFA 1MH4A 4NWCA 4G68C 5ICQA 5JEIA 2R6GE 5AA4B 2H98A 1H76A 4I62A 1A7LA 5AA2D 1LAHE 3PPOA 3FJGA 3DELB 3UGWA 1IXCA 1PB7A 5AA4A 1LAXA 3IJOB 1USYH 4JDFA 3S9NC 4H8JA 4DXBA 1DPPA 4G77A 4M4GA 1MXVA 2XXRA 4YKKA 3W15C 1OVTA 3I5OA 4YMBA 4GVOA 4GLIA 1IITA 2QMWA 3K6WA 1T0KA 5H8HB 3TKDA 4F2QA 4THIA 2ZXTA 1F9BA 1MPDA 1QJMA 2ABHA 3S9LC 1B5IA 4OHNA 3MWBA 3RGYA 1AIVA 4OVJA 3KN7A 5I56B 2XXPA 1MS7A 4P11A 1KWHA 5DVFA 3RQTA 3S4UA 3V83A 2LAOA 3JYRA 3GBAA 4LQ5A 1Y1ZA 1R9QA 3IR1A 4EUOA 2I4CA 3RY3A 3FIRA 1ZMGA 2PT1A 2F7CA 3VXBA 5ITPA 1CB6A 5AA1A 4PFWA 3QUJA 3LSFB 1RYOA 3DLNA 3VLVA 1N3XA 4H5GA 3FJ7A 1ZJLA 2V3TA 1P1OA 3EHTA 4KCCA 2RC7A 1LBBA 1BLFA 2GFEA 4PP0A 4U2RA 4EXKA 5I2KB 3N6TA 3MVWA 1Y9UA 4BDQA 4RJZA 4U23A 1POTA 1IIWA 3QXMA 4DXCA 3C35A 1VE4A 2V93A 3R6UA 4IY6A 4IO7A 4H1XA 1SI0A 3OELA 3O29A 4G68B 3IX1A 3FXUA 1P1NA 1N0TA 1UIVA 5A5XA 3UORA 1GTKA 4OFOA 2Q88A 1LBCA 3EQ1A 2Q2AA 2D21A 4ZDMA 4H6DA 1B6HA 3HPIA 4Q30B 3IOVA 3FATA 1MQDA 1L5TA 3LR1A 4H8IA 3BFUA 1FTLA 2ZYMA 4H0WA 3M3KA 1MG1A 2OBGA 3O6IA 3MZ9A 2KLFA 4YKJA 4LATA 4XKRA 2W7YA 4O3AA 4YB6A 4GRKA 3T9HB 4R73A 3OD7A 2ZNTA 1Y20A 3KOSA 1NNKA 1SD3A 2Y7KA 3OSQA 5TP9B 2NWJA 1UTHA 3GZGA 3KGCA 2UYEA 1QUIA 3C33A 5I57A 1B1XA 2AYSA 3FGSA 2GHBA 4YZZA 3VVFA 4FEDA 5AA2A 2E1SA 2I58A 3RPWA 4BDMA 2F6PA 3RUMA 3PUZE 2O1LA 1MXUA 2FA7A 3R26A 4OFLA 1A99A 4WEDA 4LZ8A 3RNNA 3K01A 1ZBMA 4KQPA 4Q0CA 1DPEA 1YCJA 4ESXA 4NF6B 3B6QA 2F7BA 2F78A 4TQUQ 1MDQA 1DOTA 1PB9A 1US4A 1LCTA 2YJPA 1LFIA 3TZAA 3QUFA 4DIGA 4NEDA 3V5AA 1JEVA 2HZKA 1P1UA 1VSOA 3VLWA 1LFHA 3TEPA 3KZGA 4ELOA 2F8DA 4KPTA 3H7MA 3TYHA 3TCHA 3T9XB 4JWYA 3OMBA 4OZ9A 4TLLB 4XXUA 5ITOA 3IB0A 4F1YA 1O63A 3RN8A 4ZZEA 3RLFE 1YPNA 4U4XA 2XXQA 3VV5A 2PT2A 5KDTB 1USYE 2XD2A 1Z7NE 1URDA 1N7WA 5CMBA 3KSJA 5EHMA 3T9VA 2XD3A 1NL5A 1MQGA 1JW1A 3AXFA 1ZIUA 2QJEA 2XXXA 3IO4A 4JXIA 3FJMA 1R9LA 1MM7A 2DVZA 4HTGA 1IQ7A 5ELVA 2ANJA 3E9XA 3KEIA 1ZLQA 1B46A 4YKIA 3TODA 1P1WA 3O6GA 3T66A 1M5FA 5CBRA 3DP6A 4M1VA 2I0CA 2Y84A 4YAHX 2NXOA 4RYAA 3G3GA 3TAJA 3TQWA 3LBSA 5AA3A 4ONYA 3R7XA 3EHSA 3MPKA 4QSEA 2DE2A 1IZ1A 4U22A 4IO2A 5FHMA 1Q35A 4GF8A 4BDLA 2E0SA 2AIXA 4QFKA 5CBSA 3CSGA 2H4IA 3MZ1A 3DP8A 1FQBA 3MUQA 5TPAA 3TCFA 3K02A 2QS3A 2DS9A 2YPNA 2HEUA 3B6WA 1MY2A 4IY5A 3TMGA 4LZ5A 1JQFA 1R1NA 2OK2A 4R6HA 3LUYA 3MBPA 4IGRA 4DCXA 1P1QA 3MW0A 2O6AA 4BLAA 4I1DA 2X7QA 2DYXA 4YB7A 1SI1A 3MVXA 3T9UA 4JSDA 4NMYA 4ESWA 4GOTA 4XTCQ 3ODBA 3MVZA 3G3JA 4FECA 1QULA 2OCUA 3GXAA 2WKYA 4HCWA 5BWJA 3ONMA 2Q9TA 3TTLA 2XXUA 3PPRA 3QIMA 3A3CA 4BDRA 1P99A 4F3GA 4QRZA 1D4NA 1Y3QA 1A55A 3VLUA 4EQ7A 4R9FA 3FASA 3FXQA 2I49A 3LSWA 4OETA 5B7DA 2HQ0A 2VGQA 1TFDA 4ZEKA 2DXYA 1EZOA 3IOWA 3FXRA 1MH3A 3IK6B 1LB9A 2D3IA 3TDJA 1O7TA 1PEBA 3KOTA 2NUVA 5DT6A 3QYTA 4KYSA 3O66A 4MF3A 3TTRA 3CVGA 4MH5A 4C1UA 3PU5A 1I6AA 4K3FA 2R71A 2O84X 1FCKA 4IO4A 4LONB 4YICA 4N07A 3Q26A 2AL4A 5H8NA 1US5A 1DSNA 2UVIA 2H5YA 1PDAA 3ZKLA 1B7UA 1MDP1 3C4MA 2THIA 2FNCA 2PBWA 3IORA 3C32A 1XOCA 4R6KA 4U1ZA 4F1VA 2D5WA 1ZU0A 4E0XA 1IXGA 2ZNUA 3H03A 4RK9A 3IL1B 3OENA 5IAIA 4RY1A 1OQHA 4KFQA 3VVEA 4FJPA 2FYIA 3OEKA 3EN3A 2RKMA 4OEVA 4F39A 1BIYA 5L8DA 3T93B 1EZPA 1TT1A 4GL8A 2ALUA 2QMXA 3UN6A 3PD9A 3LC8A 4NF8A 3IOTA 1B3LA 3HHFA 3SEUA 4UACA 2QS4A 1LAFE 4RA1A 1H44A 2RCBA 2UVJA 1BTJA 1Y1MA 1Y4CA 3A09A 4OXVA 3K6UA 3TPAA 4JBZA 4O3CA 3QK6A 3U93A 3LSLA 3TTMA 2UYFA 2ESNA 4UA8A 2H99A 2QPQA 1MXZA 4MFIA 3H3GA 5DEXA 3VDFA 1B7ZA 4KR5A 2M8CA 3G3KA 2Q89A 2P0SA 5I2NB 1WDNA 2O1MA 4ZEDA 1M5DA 1MY1A 3U72A 1N84A 4I9DA 1JW5A 3RT6B 3HN0A 2OWSA 5A5XB 1EZ9A 4N13A 1SVXB 2F97A 3N26A 3FV1A 5I58A 3CFZA 3ILTB 5I2NA 3PPQA 3IJXB 3K00A 3I3VA 3IOUA 3OSRA 1B7HA 1AL3A 1MQIA 4R74A 3MQ9A 2G93A 1SYIA 1QVSA 2REGA 5CMCA 5I59A 1B2HA 1GV8A 3S2VA 2XXIA 5ISUA 3W9VA 1GVCA 5KCJA 4F29A 1NNPA 2ONRA 4FORA 5K2YA 4PETA 3USDA 2PMSA 3U92A 3PUYE 1JVXA 3MVYA 3ECRA 1OQGA 3K6VA 3O28A 1SW4A 5EHSA 1ZTYA 2RINA 5DVJA 2XXVA 1PC3A 4OWDA 2O68A 2IA4A 1NH8A 1UTHB 1OLCA 4G2ZA 4JWXA 5I57B 4GIZA 4RXLA 3SERA 2DWHA 5AE4A 4XKNA 5AA2B 3K0VA 3N94A 1FQFA 4QFOA 4ZS9A 3ZKKA 3IB1A 5TU0A 1B40A 3IB2A 4KI0E 2HCAA 2F35A 2B3BA 1BKAA 3HCQA 4R72A 4EQ9A 1WODA 2XX7A 2HZLA 4L17A 4FEBA 3UP9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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