4F31B

Kainate bound to the d655a mutant of the ligand binding domain of glua3
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLASGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
total genus 79
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B02
4NF5B 3U93A 2XX9A 4EQ7A 1DPPA 1JEUA 1FTJA 2DVCA 2Q9TA 3IJOB 1XVXA 3IL1B 3MPLA 4U1OA 5H8HB 1S9TA 4BLAA 4F1YA 3FV1A 3Q28A 1EZPA 4MF3A 1D3KA 2RINA 1BIYA 1IXHA 1N76A 5FHMA 4IGTA 3VVEA 5A5XA 1I6BA 3C4MA 3D4GA 4OERA 4QFNA 3OO7A 3RY3A 2B65A 2DQVA 2PMSA 2XD3A 5M2VA 2BJJX 5AA3A 1LSTA 3EHSA 4YICA 2FNCA 1B1XA 2O6AA 4IGRA 4X9TA 1SI0A 4F3PA 2X7PA 3KBRA 2YPNA 1NNPA 1SW2A 2OBGA 5K2XA 4ELQA 5I2NB 1B3FA 2D3IA 2YJPA 1B5IA 1HSLA 3KOSA 4F3SA 3V8XB 1USYH 2I0BA 4I9DA 4GVOA 2XXYA 3VLVA 3B6QA 1VFDA 4F2QA 5TP9B 4ESXA 4Q8RA 1GV8A 3M3FA 3TTLA 2ONKE 2HXWA 5FTHA 2V3UA 3HHFA 2E0SA 1WODA 3H06B 3TCFA 1TWYA 4P0IA 4NF4B 5EYFA 4Q0CA 1N84A 5HPQA 5I56A 3RTFB 3UN6A 5KCJB 1D4NA 2QS1A 4F3GA 5H8FA 4G68A 5KDTA 1I69A 4FEDA 2H4IA 3P7IA 1USYE 2QS4A 3KJ7A 3PMVA 4U23A 1QJMA 3SERA 4EF2A 2I58A 1LFHA 2QL3A 4OXVA 1FQAA 4THIA 4X1DA 4FAJA 3MW0A 3IOUA 5FTIA 4PP0A 3QSLA 4ZE8A 3SKPA 3VV5A 5L9OA 3AXFA 5FHNA 3FJMA 1Y1ZA 4XKQA 4NF8A 4U1ZA 3TZAA 3L6GA 2UYFA 4JWXA 4LZ7A 4JSOA 2V93A 4OFJA 4C0RA 3HCQA 4YMAA 1JETA 4IO3A 2Z8DA 2HCAA 4OVJA 3FATA 4ZDMA 1AMFA 5I59A 4ISUA 3MBPA 2OJTA 1PC3A 1XS5A 3V83A 3MZBA 2H98A 4RPNA 1URDA 1P1UA 2HZKA 2OLBA 3OOAA 4HS7A 3VDFA 5A5XB 1QUJA 4LZ5A 1WVJA 1MDQA 2ANJA 3PUZE 2H5YA 5DEXB 4DXBA 1UIUA 2IA4A 3PD8A 4ECFA 2DS9A 3JV9A 1YPNA 1IIWA 2F78A 5F7VA 1FTOA 4ZZEA 4WXJA 4R73A 1ZIUA 1FQBA 1B0HA 2RC8A 3N6TA 2Y7RA 1UTBA 3D4CA 3DM0A 1US4A 2Y7PA 3O6GA 3PPNA 4K3FA 1Z7ME 4YKIA 4JWYA 1NNTA 2ABHA 2HAUA 3H03A 4ELRA 1IEJA 3O29A 5I84A 1SYHA 2HZLA 3MZ9A 3RNNA 3RPWA 2ALUA 1FCKA 1VSOA 3E9XA 3FVOA 3C33A 4L17A 4KQPA 5H8NB 4DE8A 1PB9A 3MWBA 3U1OA 2M8CA 4N6PA 4TQUQ 4G4PA 4MLQA 3ZKKA 4IO4A 1WDNA 1JW5A 4Z7EA 1OQHA 2DE2A 5AA1A 4BDNA 3WAFA 4EF1A 1OMPA 1LAFE 5BWJA 4F39A 4NF6B 2H9BA 1LB9A 3C9HA 1B5JA 3K0VA 3SEVA 4GXSB 1AL3A 1DMBA 3JZJA 3EQ1A 2NXOA 3H6TA 4BDRA 3FXRA 3HPIA 1DOTA 1MM7A 1D9VA 4POXA 2REGA 3MP6A 2GH9A 2Q89A 4R74A 4XKPA 5ITOA 3M3KA 5CBRA 2H25A 1A8FA 1XOCA 1YCJA 3MPKA 3UIFA 4DXCA 3MAMA 2A5TA 2XXUA 3IX1A 1N0TA 4YU0A 3RQTA 2XHDA 1Y4CA 3DELB 3IOWA 3TTMA 2I48A 4H5FA 5DTBA 2Z8FA 3PUXE 2I4CA 3HV1A 4LA9A 2F34A 2ZYNA 5KZTA 2HEUA 3DP8A 4QFPA 1FTKA 5H8FB 1LCTA 1PBPA 1US5A 4KYDA 1SW5A 2CZLA 4PETA 2Y7KA 4RY1A 3DLNA 3FJ7A 3PPPA 4FECA 4G68B 4JDFA 5I58A 2FA7A 4U4SA 3KSXA 3CFZA 2ZNTA 3IK6B 3K6WA 4NF4A 3ZS6A 4R6KA 3W9WA 4DCYA 5I56B 5CBSA 4QSEA 3A09A 3PUVE 4P0GA 1LBBA 4R2BA 3G3FA 4UACA 3S9NC 1MPBA 3FVNA 1XVYA 4JB7A 2XX7A 3TTKA 1XHYA 1LAGE 2QS3A 3EHTA 4RA1A 1A40A 4H8IA 4LQ2A 4F1UA 2UVHA 1ZTYA 3FASA 2HFBA 4FJPA 3TFLA 1SQYA 5L8DA 2F7AA 2GHAA 2NUVA 1P1NA 2XXPA 1QVSA 1Y1MA 2P0SA 2ZXTA 3CFXA 2VOZA 3KFMA 2QMWA 4QHQA 4QRZA 5DT6A 2DWIA 1MQIA 3SDFA 3F11A 5BUUA 1ZKBA 4IY5A 2OWSA 1P1QA 3Q29A 2P1SA 4JSDA 5EHMA 3HSTA 4NEDA 4OQOA 3PD9A 2ESNA 3T22A 1ZBMA 3O9PA 3SEXA 3L6HA 5DVFA 4PFUA 3K1PA 2HQ0A 4Z0IA 3C35A 1O63A 1MQDA 1QUKA 1S50A 2D5WA 4R2FA 2XXXA 4H5GA 4RYAA 3VVDA 3IB0A 3SEYA 3T66A 2AL4A 1PDAA 1QULA 3H6WA 4H0WA 2UXAA 3THIA 3O66A 5I2KB 1NKXA 1B52A 2PVUA 1IXGA 1Y3QA 2Z8EA 3Q27A 3O6IA 4NF8B 3LC8A 4TLMB 1M5EA 2O7UA 3KN3A 5B7DA 2Z22A 3MZ1A 1SW1A 2ZYOA 3K01A 3LSFB 3E3KA 1POY1 2D21A 3RLFE 3U72A 4F2OA 2R71A 1GTKA 3UP9A 2F6GA 1ELJA 3BFUA 4ZEFA 1Q35A 4OETA 3VVFA 2F8DA 5CRYA 5KDTB 4IB2A 4ZEKA 1NNFA 3VFJA 5ICTA 1B7UA 1B4ZA 1IUDA 2DOJA 1IXIA 2PBWA 4G8HA 4U21A 4XKRA 4KPTA 4ESWA 5I58B 4OENA 3MP1A 3QXMA 2PX1A 2O51A 1EZOA 4NWDA 1MY1A 1MY0A 4AQ4A 4UA8A 5CMKA 4KCCA 3OO6A 4EUOA 4LUBA 3PPOA 1MXVA 3VLWA 4H6DA 3A3UA 4GQOA 1MQJA 3IAZA 4OMBA 3DP4A 5TP9A 2PT2A 5AA4B 3IORA 2A5TB 3LSWA 3B6TA 3TELA 1PEBA 2OWTA 1DTZA 3PPRA 1FTMA 1HSJA 3UA8A 5JTYB 4ZS9A 3EF7A 2ZNSA 2DE3A 1URGA 1SBPA 2XXIA 1OIBA 1FQDA 4LATA 2DSFA 3TTRA 4DZ1A 1SW4A 1Y3PA 2V3TA 1PB8A 4FATA 3OXNA 2X7QA 1DPEA 3IR1A 1MY4A 5AA2D 3BKIB 1T0KA 3TQLA 3USDA 1MQGA 2OK2A 3RT8A 4YAHX 3TCHA 4AB5A 2F36A 3G3KA 3GLBA 3OEKA 3OSRA 1B05A 1QKBA 2I0CA 3H7MA 4IO5A 4H67A 4DLDA 1J1NA 4DIGA 1MS7A 2ONRA 4F18A 3S9LC 1BTJA 1EZ9A 3O28A 1NH8A 2DP8A 5DVIA 3W9VA 4XXUA 3I5OA 1IXCA 1KWHA 1MXWA 4GD5A 4O3AA 4OFOA 5L9SA 4QSDA 4U4XA 3IB2A 1SYIA 4EDPA 4H65A 3U92A 1TFAA 3E13X 2DVZA 3MVWA 3I3VA 4FEBA 1FQFA 2RCBA 4IO2A 4LVQA 2H99A 4R72A 2Y84A 3MQ9A 4BDLA 4QFOA 2B3FA 4R6HA 3UK4A 3K6XA 3N26A 3TKDA 5IAIA 2GFEA 3HO7A 1MY2A 3TQWA 4HTGA 1MPDA 3TYHA 3FVKA 4N07A 4QFKA 1SI1A 2I3WA 3PUYE 2PT1A 4GXAA 3FXUA 3GXAA 3TODA 5JEIA 3VLUA 3TUSA 1R1NA 1UQWA 3CRBA 4R9FA 5B70A 4C1TA 4EQ9A 3K2DA 5DVJA 4G68C 2O68A 1LAHE 3I6VA 4FORA 5FHOA 2Q8JA 1A55A 1B7HA 1LCFA 1TXFA 3C36A 4OTEA 4PFTA 5JTYA 2GHBA 4M4GA 1IITA 3QIMA 3N5LA 5AA2A 1GR2A 1TFDA 4I62A 1B58A 2UVGA 1ZLQA 1B9JA 2P2AA 4KCDA 5I57A 1IZ1A 3K00A 1RKMA 3FGSA 1IQ7A 3SEWA 3CG1A 3OSQA 3T9XB 1H43A 2VD2A 3KEIA 4EXKA 2AIXA 1N3XA 4GIZA 3TPAA 4EQBA 3FXQA 1AOVA 3R7XA 3W15C 1Y3NA 3GBAA 4IO6A 5H8QB 4O3BA 3SEUA 4JWOA 3GZGA 3RTWB 1Z7NE 4HCYA 2XXHA 4ONYA 3MJNA 4PFWA 4G77A 4RXLA 1LFGA 5JK4A 3HHGA 4ZZAA 3M3LA 2XXTA 1M5CA 1NH7A 2NWJA 4GL8A 1JQFA 3LBSA 5TPAA 5HM4B 1LBCA 2ZNUA 1H76A 1LLSA 3FUZA 1P1WA 3MUQA 3QUFA 2GRVA 3K02A 2DXRA 3MVZA 3C34A 2VP1A 4WEPA 5H8SA 2REJA 3EN3A 1MXUA 2F97A 3N6UA 3PUWE 1UTBB 4H1XA 4OWDA 4R75A 4HW8A 5I2KA 2I49A 4GF8A 5I57B 2F35A 4BDQA 2OZZA 1L5TA 4ZEDA 4KYSA 3OENA 5I2NA 4KFQA 4JXIA 1MPCA 5DEXA 2Y7IA 2RC9A 3M8UA 1OVBA 1B3LA 2Z23A 2I6EA 4GL0A 4MBPA 3EPEA 3LUYA 2OCUA 3G3JA 4PQJA 3S9MC 1O7TA 2UYEA 2F7CA 3CG3A 3C32A 4YB6A 1SDXA 3UGWA 3LSXA 1YTVA 3K6UA 4RNSA 1BP5A 5AE4A 3EHUA 1B3GA 1YAEA 1B6HA 2VD3A 3IO6A 4GWOA 1XC1A 2R6GE 3T9VA 5ICQA 4YKKA 4NE4A 3H3GA 1JW1A 3FZVA 2UVIA 4MFIA 1P1OA 3FJGA 3K1MA 4NMYA 2XX8A 4R6YA 1LAXA 3S9EA 4Q30B 1M5DA 2O84X 2IEEA 2LAOA 2Y7WA 3G3HA 4MLVA 3KZGA 4WEDA 1H44A 2F7BA 3SESA 3KGCA 1M5BA 1B46A 3B6WA 1UTHA 2VHAA 3QK6A 4G8NA 4RK2A 3ILTB 4DDDA 2XXVA 2Q2AA 1B3HA 3KSJA 1Y4TA 4OEUA 2I3VA 5EHSA 3O97A 2DE4A 1POTA 3C31A 4GOTA 3HN0A 3CFLA 2RF1A 3MVXA 1ZMGA 1JW4A 1MH4A 3K6VA 2O1MA 3KJTA 3R6UA 4HCWA 4KD5A 3T9UA 5KCJA 4YMBA 2R9JA 1H45A 2AL5A 2F6PA 4ZECA 2XXQA 4OFLA 4X48A 1MXXA 3OMBA 4ELPA 1AH5A 5IKBA 3ECRA 1II5A 4OESA 1P99A 2V25A 1OQGA 1R9QA 2G93A 1MXYA 1XT8A 1ATGA 4ND9A 4AB6A 2ZMBA 3FVGA 1B1HA 4F22A 4F3BA 1TT1A 3CVGA 1PB7A 4LP2B 4R9GA 3FD3A 4Q5TA 4IY6A 4XTCQ 1NMUA 3OO9A 1AIVA 3PV0E 2KLFA 2I4BA 5AA4A 4F19A 1A8EA 1BKAA 1H3DA 3CR9A 4YZZA 1JEVA 1O64A 1EH3A 5HBCA 4KR5A 1A99A 3T93B 4QF9A 4RK9A 4RPOA 1EU8A 1OLCA 4NF6A 3TDJA 4DCXA 3PMXA 3CI8A 3MVYA 3H6UA 1FTLA 1B0LA 3ZKLA 2ZYMA 4EXLA 4OEVA 2WKYA 2ONSA 4OHNA 2XD2A 1MRPA 1OVTA 1NFTA 3ONMA 2A5SA 4NF5A 1I6AA 4NWCA 2QMXA 4OYVA 4QSCA 4ZEBA 3SETA 4X1BA 2V84A 5H8NA 4GLIA 4BDMA 4M1VA 2QPQA 3QAXA 1B51A 4TOZA 3LSLA 4QFLA 3V5AA 1RYXA 1GGGA 2DXYA 4IO7A 2Q2CA 3H4ZA 2F5XA 2VGQA 4YB5A 2QJEA 4YKJA 1MH3A 3MC2A 3U94A 2CMOA 4BDOA 1A54A 1B40A 5DYHA 3CSGA 1B4HA 1CE2A 3TTNA 4U22A 3TAJA 5AA2B 3G3IA 1MG1A 4PE5B 1SVXB 1ZU0A 2Q88A 1LB8A 1I6QA 1VE4A 3KN8A 1N7XA 3PPQA 4I8CA 2DWAA 2B3BA 4E0WA 4YB7A 2FYIA 2AYSA 3BBRA 4ZE9A 4XKNA 1D9YA 3B7DA 4NTLA 3N94A 3IB1A 3H6VA 4GFRA 3O2AA 3VXBA 5F1QA 2DYXA 3O6HA 5CMCA 4ZEIA 4F29A 2UVJA 4KHZE 2HAVA 3QUJA 1FQEA 2XXWA 3OELA 1ANFA 3Q26A 3G3GA 1S7YA 4JBZA 4P11A 5CM6A 3V89B 1BLFA 3IOTA 1HSEA 3R26A 2QS2A 1MDP1 5CMBA 1MXZA 3TEPA 1QW0A 5ISUA 3FV2A 3UORA 4TLLB 1LFIA 2O69A 3CSBA 4RJZA 2RKMA 5L9MA 3ZSFA 3PMWA 2QRYA 4I1DA 1B32A 3JYRA 4POWA 4F1VA 5CC2A 2QSXA 1M5FA 1N04A 2W7YA 3OEMA 4LZ8A 4MH5A 2THIA 2ZYKA 4WKMA 1VFEA 1OLAA 1NL5A 4H8JA 4U2RA 1PBQA 5TU0A 1LGBC 3PU5A 4LQ5A 3T9HB 5LOMA 3CIJA 4KI0E 1FW0A 4LONB 5J1DA 1JVYA 1MQHA 3IOVA 2NOOA 1Y9UA 4YKPA 3RT6B 1DTGA 2XXRA 2RC7A 1FQCA 4FE8A 4E0XA 3IO4A 1RYOA 5K2YA 1MM6A 2DWHA 3S2VA 1SD3A 5I59B 1Y20A 4G8MA 3FIRA 1ZJLA 3T96B 1B3EA 1N7WA 4F31B 3TMGA 3KOTA 1R9LA 3OD7A 3A3CA 1B2HA 1UIVA 3PGFA 4N13A 2E1SA 4C1UA 3KN7A 1NNKA 3DP6A 1N3WA 3LR1A 4OZ9A 5ITPA 1VR5A 4ELOA 3VXCA 2NVUB 1JVXA 3BFTA 4DXUA 1DSNA 5TPAB 2DWJA 5CMMA 3K4UA 5ELVA 1Q1KA 3RGYA 1A7LA 4GRKA 3E4RA 2V3QA 5CI5A 3RUMA 1CB6A 3KG2A 4G2ZA 3QYTA 1R6ZA 4PFYA 2X26A 5H8HA 3WAEA 1B5HA 1URSA 3S4UA 3U8QA 4XIGQ 1F9BA 3Q25A 1B7ZA 3G7WA 3ILUB 1JNFA 3K1NA 3OO8A 1UTHB 5H8QA 2PYYA 3ODBA 4O3CA 3RN8A 3IJXB 2O1LA 3TCGA 3VE1B 1QKAA 2G29A 2O7IA 4FIMA 1GVCA 4KYEA 3MP8A 3GBBA 1QUIA 1MY3A 2YLNA 2RCAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EQ7A 3FV1A 5L9OA 3C4MA 3D4GA 1FBGA 3OO7A 2B65A 2PMSA 5M2VA 4IGRA 1SI0A 4N17A 1DK4A 5K2XA 4ELQA 1B3FA 1HSLA 4PDDA 3VLVA 1VFDA 3TTLA 2HXWA 4PFRA 3H06B 4PBHA 1TWYA 4NF4B 4P47A 1FPGA 5H8FA 5KDTA 3P7IA 1USYE 3SERA 4PP0A 4ZE8A 3VV5A 3TZAA 3L6GA 4GBWA 1JETA 2HCAA 4ISUA 3MBPA 2H98A 1URDA 4HS7A 4PC9A 3VDFA 4F1YA 2IA4A 1YPNA 1IIWA 4ZZEA 4WXJA 4R73A 2RC8A 3DM0A 1UTBA 3O6GA 1CNQA 4JWYA 1FPDA 1NNTA 2ABHA 3H03A 1IEJA 5I84A 1SYHA 2ALUA 5H8NB 4KQPA 4DE8A 3U1OA 4TQUQ 4G4PA 4MLQA 4XEQA 4N6DA 3WAFA 4EF1A 1OMPA 5BWJA 2H9BA 3H6TA 2NXOA 4GWSA 1DOTA 4XKPA 4R74A 5ITOA 4PTKA 3IX1A 4PF8A 2XHDA 4H5FA 2Z8FA 4LA9A 1FTKA 5H8FB 1US5A 2CZLA 5ISUA 3FJ7A 3PPPA 4FECA 1FPKA 5I58A 1NV0A 3CFZA 2ZNTA 3ZS6A 3W9WA 4DCYA 5CBSA 1LBBA 4R2BA 1MPBA 1FPLA 4RA1A 3EHTA 2QVVA 2GQ1A 4H8IA 3TFLA 1P1NA 2XXPA 2VOZA 4JVCA 1ZKBA 2P1SA 4JSDA 3HSTA 3T22A 5A5LA 1EYIA 1S50A 3NOHA 2XXXA 3H6WA 3O66A 2PVUA 1IXGA 1Y3QA 2Z8EA 3LC8A 1SW1A 3E3KA 2D21A 1NUZA 1GTKA 4ZEFA 5IZ3B 3SZPA 1Q35A 3VVFA 5ICTA 4ZEKA 1B4ZA 1IUDA 4ESWA 1IXIA 4KPTA 5I58B 3QXMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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