2XX8A

Crystal structure of n,n-dimethyl-4-(3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7- tetrahydro-1h-indazol-1-yl)benzamide in complex with the ligand binding domain of the rat glua2 receptor and glutamate at 2.2a resolution.
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
NKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
publication title Integration of Lead Optimization with Crystallography for a Membrane-Bound Ion Channel Target: Discovery of a New Class of Ampa Receptor Positive Allosteric Modulators.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 86
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xx8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xx8A02
4O3BA 1N04A 4AB6A 4H8IA 4F31B 2X7PA 1B5IA 1ZBMA 4TQUQ 3DELB 4DE8A 2D3IA 4IO4A 4NEDA 2VP1A 1D9VA 4QFOA 1B51A 4U22A 1US4A 2H25A 4PETA 3TYHA 4F22A 4ZZAA 4YKIA 3U1OA 4TLMB 4NF8B 3FVNA 1QUIA 5ITPA 1OQHA 2CMOA 3VVFA 1WODA 1US5A 4BDMA 3WAFA 4LZ5A 3VVDA 4PFTA 1IXIA 3O66A 4YMAA 4XKQA 3Q25A 4F1YA 2QSXA 1R6ZA 1PC3A 1O64A 4PFUA 3Q27A 4R6HA 1GTKA 4HW8A 3DP6A 3P7IA 2O1MA 4YAHX 4X9TA 3L6GA 3ZKLA 2DWIA 5I56A 2HFBA 2NOOA 1FTKA 5K2YA 2NVUB 3CI8A 4C1TA 4MH5A 3OEKA 1ZMGA 3IO6A 1Y20A 1SQYA 2A5SA 5FHOA 4XKPA 2DE2A 1Z7ME 1Y3NA 2DQVA 1RKMA 1XHYA 4OEUA 5B7DA 5DVIA 3N6UA 1B7ZA 4UA8A 4GD5A 4R75A 1MXYA 1B1XA 5ISUA 4ND9A 1O63A 2RC7A 3OSRA 3TMGA 3OO9A 3N94A 1M5EA 3CFLA 3SEUA 4LQ2A 4NMYA 4R6YA 2F7CA 3VVEA 3ZKKA 2Y7KA 1A99A 1M5DA 3UIFA 4U21A 1OQGA 2XD2A 3ZSFA 1NKXA 2OLBA 2ANJA 4ZEBA 1BLFA 1MXXA 4GXSB 3U72A 4E0XA 3QIMA 5EHMA 3O6GA 5AE4A 4NF4B 4XKRA 3K0VA 3ODBA 4WEPA 2PT1A 4KCDA 4ELQA 4GVOA 3PUXE 3HHFA 5H8NB 5L9SA 1OVTA 5L8DA 3RNNA 4R6KA 2UVHA 4PFYA 4OFJA 4XIGQ 3TODA 2VGQA 4KYSA 5A5XA 3FVGA 3IL1B 3TQWA 4R74A 4Q0CA 4GL0A 4OETA 4DLDA 1POTA 1ZU0A 1NNPA 3S9MC 5F1QA 1B4ZA 4X48A 3FJMA 4YB6A 2HXWA 1M5FA 4RY1A 3IX1A 4OHNA 2XXIA 3OO6A 2H4IA 3TTRA 3MWBA 4BDQA 2AL4A 1N3WA 2IEEA 4I1DA 5H8QA 4NF6B 3TQLA 5I57B 3T96B 1FQFA 2XX8A 5B70A 1ZTYA 4I62A 2B3FA 3FV1A 4QRZA 1MM7A 4YB7A 2RC8A 3FIRA 4X1DA 4OYVA 3OO8A 1IQ7A 1VFDA 3OD7A 5H8SA 3HN0A 2V25A 1DPPA 1DTGA 4JSDA 1IEJA 4Z7EA 2PMSA 1B6HA 1P1OA 1JNFA 1MH4A 1N76A 1QULA 3GLBA 3MJNA 5CRYA 2V3QA 4ZS9A 1AIVA 1Z7NE 4QSDA 3K6VA 2PT2A 1B1HA 2H98A 1DPEA 3PGFA 2HEUA 3VXCA 2F78A 2DS9A 1MPBA 1MPDA 2NWJA 3RGYA 1RYXA 1B3LA 3BFTA 1SW4A 2PVUA 2QJEA 4ESXA 3A09A 3K6WA 3DM0A 3ZS6A 4QSEA 2REGA 4ZEIA 1LB8A 1FTOA 3KFMA 3QAXA 5AA4A 5DYHA 1OLAA 4WXJA 3KJ7A 5IAIA 4H6DA 2QS4A 4IB2A 3G7WA 4ZEKA 3UP9A 2XXRA 1UQWA 4YU0A 3ILUB 5TU0A 4EXLA 2I49A 3N26A 2NUVA 5AA1A 2GH9A 3VLWA 3O6IA 4U1OA 5TPAA 5AA4B 4OESA 4WEDA 3KGCA 3H6VA 3HPIA 1MY4A 3D4GA 1IXGA 2KLFA 1LFHA 1MM6A 2OWSA 3G3GA 2OK2A 2AYSA 5H8HA 2O1LA 4JWYA 2O7UA 2H5YA 2I0BA 3C4MA 1VSOA 5L9MA 3O9PA 3CG3A 2F35A 4JXIA 4IGTA 2XXPA 1JEUA 1TT1A 4DXBA 1SD3A 2ONKE 3FV2A 1OVBA 1NMUA 1JVYA 2VD2A 3CRBA 3ILTB 2D21A 2M8CA 3MBPA 1MY3A 4KQPA 3H4ZA 5ITOA 3U8QA 4YZZA 3N5LA 3PD8A 2QS2A 1XS5A 4NF5B 2UXAA 4C1UA 4U4XA 1USYE 1NNKA 1B2HA 1ZJLA 3UGWA 1BTJA 3KSXA 2GHBA 3EHTA 3MP6A 4GLIA 3K1NA 2B3BA 3TEPA 3S9NC 4XTCQ 1MXZA 5CMCA 2HAVA 2ALUA 4HTGA 3KSJA 4OMBA 4LATA 3SEWA 3SETA 2P1SA 4GL8A 2F6GA 4RK2A 2H99A 4EQ9A 2F5XA 4F1UA 3T9VA 5TP9B 1JQFA 4ESWA 2Q2CA 3H6TA 1IUDA 1A7LA 3IR1A 2F7BA 3KBRA 4JB7A 1L5TA 1YCJA 2Y7RA 4OWDA 4HCYA 2ZXTA 1SDXA 4G68B 1P1WA 4IO7A 3E13X 2XHDA 3O29A 2XXYA 3U92A 1TWYA 4LONB 2F34A 4QFKA 1DSNA 4WKMA 3TCHA 4YKJA 4QF9A 1SW2A 1LCFA 4H5GA 1JW4A 1N0TA 1SI1A 3THIA 5ELVA 3W9VA 4IY5A 3KEIA 5I58B 5HM4B 1P1NA 3FATA 3IOVA 1B0LA 2Y7PA 1IXHA 5JTYA 4F18A 3EHUA 2DXRA 2Z23A 2UVGA 3PUYE 3OO7A 3IOWA 3MQ9A 3DP8A 4OEVA 1DMBA 4EQ7A 1EZPA 1LSTA 3G3FA 2DVCA 3PPPA 4JWOA 3IAZA 1LGBC 1P99A 1H44A 1NH8A 3LSXA 4U23A 3TAJA 3PPQA 1B3FA 1BIYA 3MP1A 5JTYB 1KWHA 3QK6A 3K1PA 2DSFA 1LAHE 3TZAA 4LP2B 4GOTA 5ICTA 2ZMBA 4KYEA 3TPAA 1JETA 2H9BA 4FJPA 3HHGA 1MDP1 1AMFA 3C32A 2F97A 3T9XB 3MUQA 3QSLA 1Y4CA 5DEXA 3PPOA 2W7YA 3IOUA 1A55A 3SKPA 3UN6A 4DCXA 2ZNSA 4ZZEA 4H8JA 3T93B 1LBCA 3SDFA 4DCYA 2OWTA 3RTFB 3IK6B 3RPWA 5I56B 3MW0A 1AH5A 3I6VA 5DVFA 1H43A 3SESA 4QFNA 1B58A 4AQ4A 3QUFA 3MVXA 2YJPA 2Q9TA 2D5WA 3V83A 4XXUA 2E1SA 1ZIUA 1SBPA 3EQ1A 4KR5A 1A54A 2ZYKA 2QMXA 4IO6A 2Q88A 3K6UA 3BBRA 4F29A 3B6QA 4RNSA 1ATGA 3C36A 3TDJA 5K2XA 1H76A 3C34A 3FXQA 1QKAA 4I9DA 3FXUA 3K02A 4MF3A 3U93A 4RK9A 1FTJA 4FAJA 3MAMA 3Q29A 5DTBA 4ZDMA 3EHSA 2V93A 2OCUA 3SEXA 4DXUA 3PMWA 4M1VA 4N6PA 3RLFE 1FTMA 2GHAA 2R71A 2GRVA 2NXOA 4MLVA 3AXFA 3TTLA 2Q89A 4GRKA 4LUBA 2P2AA 3EN3A 4DXCA 1QW0A 1IZ1A 1EH3A 3IJOB 1SYIA 1TFDA 2Q2AA 3FJGA 5A5XB 3LUYA 4KD5A 2B65A 4QFLA 1Q1KA 3O6HA 4OXVA 1BKAA 4LQ5A 3EPEA 4QSCA 1MY2A 4H0WA 4IY6A 3HSTA 4AB5A 4K3FA 4NTLA 2XX7A 2ZYMA 1EU8A 2OZZA 2P0SA 1HSLA 2O6AA 1MXUA 1AL3A 1A8EA 2DOJA 4P0IA 5H8QB 3PD9A 5F7VA 1MXVA 4OFOA 4EXKA 3DLNA 4G68C 4MFIA 2G93A 3GBBA 2XXXA 5BWJA 2F6PA 4E0WA 1PBPA 2IA4A 3MZ9A 1OLCA 2FYIA 2PBWA 3HCQA 3RT8A 3QYTA 3LC8A 4JDFA 1NH7A 1P1UA 2DWAA 3GBAA 2DP8A 1MRPA 1UIUA 1Y3QA 4Q8RA 4OERA 2A5TA 4P11A 2E0SA 1MY0A 1WDNA 4DDDA 3FUZA 1N3XA 1Y3PA 1H45A 5CM6A 1OIBA 1GVCA 4L17A 5H8FA 4FEDA 2G29A 2XXVA 2REJA 1UTHA 1S7YA 5KCJA 2RCAA 4KI0E 1XC1A 5I2NA 4G8MA 3ONMA 2A5TB 4JBZA 3K6XA 2I48A 1YAEA 3C33A 3FGSA 3A3UA 4JSOA 4THIA 1DOTA 3VXBA 1QJMA 2Y7WA 5I59A 1VE4A 2F7AA 5KDTA 1NNTA 5H8FB 4RXLA 4F3BA 3C9HA 1VR5A 1A40A 5I2KA 1RYOA 4RJZA 2ZYOA 5I2NB 3PMVA 2Q8JA 3FJ7A 3C35A 3H03A 2UYEA 2Z8DA 3V8XB 3G3KA 3HO7A 1GV8A 1JW1A 3RQTA 4R9FA 1B7UA 5CBRA 4EDPA 1D3KA 1JW5A 5FTIA 3MP8A 1J1NA 5TPAB 1GR2A 1D4NA 4FECA 1B05A 3IB1A 5FTHA 1HSJA 3LSWA 4XKNA 1URSA 1LLSA 2THIA 5H8HB 4F3SA 2DYXA 2O51A 3KOSA 1QKBA 3M8UA 3PUZE 2ZYNA 1F9BA 3G3HA 1PBQA 1YPNA 1IIWA 4F2OA 2Z8EA 4TLLB 3CFZA 1SW1A 4LVQA 5L9OA 2VD3A 1FW0A 1N7XA 1R1NA 4U4SA 3W15C 1UIVA 5CBSA 3E3KA 5ICQA 3QXMA 3SEYA 4YB5A 2X7QA 1MQDA 2R9JA 1OMPA 4YKPA 1SYHA 5BUUA 1FCKA 2RINA 5CMBA 2V3UA 3MPLA 3VV5A 3H3GA 3MC2A 4JWXA 3OOAA 4R9GA 2XXWA 4MLQA 1SVXB 4PE5B 4LZ8A 3PMXA 2DWHA 4ZEDA 4R73A 1VFEA 2QS1A 2RC9A 1O7TA 4QFPA 3WAEA 4G4PA 2O68A 3MZBA 1I6BA 3R7XA 3TFLA 1HSEA 3H7MA 1B7HA 2XXHA 3PUWE 1P1QA 4GQOA 3GXAA 5CI5A 1CB6A 4R72A 2YLNA 1EZ9A 2DXYA 5KZTA 1LCTA 3FVKA 4NF8A 1MQGA 3M3FA 5AA2D 3FD3A 3LSLA 1XVYA 3RTWB 3IJXB 3RN8A 2QL3A 3CSBA 2I3WA 3W9WA 3K01A 1Y9UA 2HZLA 3SEVA 3G3JA 4ELRA 1B32A 1WVJA 4ZE8A 4H5FA 3O28A 2Y7IA 4BDOA 3PV0E 4OZ9A 3VFJA 4H67A 4N07A 4NWCA 1MS7A 4OQOA 4OVJA 3TTKA 1FTLA 2ABHA 4ONYA 2UYFA 1R9LA 3KN7A 4GXAA 1POY1 3RY3A 2V84A 3MPKA 3RT6B 1PEBA 4FORA 4U1ZA 4R2BA 1ANFA 1I6QA 3IB2A 1PB7A 1LAFE 1S9TA 1LAXA 1JEVA 4IO5A 1D9YA 4MBPA 4M4GA 3BFUA 1MQHA 1LFIA 2I4BA 4F19A 5CMKA 5JK4A 3GZGA 3KOTA 1XOCA 1MQJA 4P0GA 3TCFA 1JVXA 3CFXA 2FNCA 4PP0A 2O84X 3S2VA 2I58A 1NNFA 4BDLA 4RYAA 3TCGA 5DT6A 5EYFA 4F1VA 4OFLA 4I8CA 2HAUA 5DEXB 1SW5A 3H6WA 3FVOA 1NL5A 3S4UA 2ONRA 4KFQA 2GFEA 2O7IA 4Q30B 4RPOA 2XXUA 1ZLQA 2QMWA 3KN8A 1N7WA 5I84A 1R9QA 4NF4A 1B3EA 3B7DA 1BP5A 1II5A 4UACA 1UTBA 2I4CA 2XXQA 4FE8A 4GIZA 1MH3A 1MDQA 5H8NA 3TUSA 4DIGA 4QHQA 3I3VA 1CE2A 4ISUA 1LFGA 4ZE9A 2FA7A 4FIMA 4EF2A 1H3DA 3MVYA 2DE4A 3BKIB 2LAOA 1URGA 1N84A 3PU5A 1UTBB 3PPRA 2ZNUA 4KPTA 3TKDA 4EF1A 1EZOA 4IGRA 2AIXA 1PB9A 3UK4A 1S50A 4F2QA 3E4RA 4HS7A 1FQAA 4NF6A 4Z0IA 5I57A 2HQ0A 2Z22A 3H06B 1FQBA 5CC2A 1B4HA 3T9HB 3R26A 1TXFA 2I6EA 4YMBA 2ZNTA 3O2AA 1Y4TA 4F3GA 2DVZA 2V3TA 2ESNA 4RA1A 1AOVA 1B52A 5M2VA 5FHMA 2VOZA 3N6TA 4YKKA 3OENA 3PUVE 1QUJA 4R2FA 3JZJA 3C31A 3S9LC 1IITA 3F11A 1MPCA 1NFTA 3M3LA 1MQIA 1FQEA 2I0CA 2QS3A 2XXTA 1LAGE 3K2DA 3LSFB 1B9JA 1PB8A 3T66A 3IB0A 3KZGA 4DZ1A 3I5OA 3OELA 1B3GA 3RUMA 3B6WA 4IO2A 3M3KA 3OMBA 3SERA 3MVWA 4F39A 4G2ZA 3CIJA 1Y1ZA 2DE3A 4ZECA 4RPNA 2RKMA 1SI0A 3IORA 3H6UA 4POWA 5HBCA 2OJTA 2QPQA 3LR1A 1Y1MA 1A8FA 5IKBA 4ELOA 1URDA 3TTMA 3V5AA 3KN3A 4ECFA 4PFWA 1QUKA 1M5BA 2I3VA 2WKYA 4ZEFA 3V89B 3LBSA 2XD3A 2CZLA 3FASA 5EHSA 3VE1B 1B5HA 4LA9A 3G3IA 4HCWA 3B6TA 3D4CA 3TTNA 1PDAA 2RCBA 3EF7A 3OEMA 1B40A 3CG1A 3TELA 1GGGA 3OSQA 3O97A 3IOTA 3KJTA 3L6HA 1B5JA 3CSGA 1MG1A 1UTHB 5HPQA 5KCJB 4OENA 4PQJA 3A3CA 3ECRA 3T22A 3K00A 3S9EA 4G77A 2UVJA 1FQDA 2OBGA 3MZ1A 4G8NA 2HZKA 3R6UA 5J1DA 4GFRA 5I59B 4EUOA 5KDTB 4TOZA 1USYH 1MY1A 3FXRA 4KHZE 3KG2A 5I2KB 3DP4A 3T9UA 1B3HA 5DVJA 3UORA 4NF5A 2X26A 3VLVA 4FEBA 4GWOA 3OXNA 4F3PA 3USDA 4GF8A 2XX9A 2UVIA 2PYYA 3UA8A 4O3CA 1ELJA 1LB9A 3CVGA 4O3AA 5JEIA 3VLUA 1B46A 1DTZA 3QUJA 3E9XA 2Z8FA 4POXA 3K4UA 4BDNA 4LZ7A 3JYRA 4X1BA 2ONSA 5TP9A 5AA2A 3HV1A 1LBBA 3MVZA 4C0RA 1ZKBA 1XVXA 4NE4A 2Y84A 1YTVA 4NWDA 1T0KA 4H65A 4YICA 4ELPA 1I6AA 2O69A 4IO3A 1TFAA 4G68A 1I69A 1Q35A 2BJJX 2F8DA 2R6GE 2F36A 2HCAA 2QRYA 1IXCA 2RF1A 3Q26A 1MXWA 2PX1A 2YPNA 4G8HA 4N13A 3U94A 5AA2B 3Q28A 5CMMA 4BLAA 1FQCA 4OTEA 4KCCA 1XT8A 5AA3A 3VDFA 2DWJA 3PPNA 4H1XA 5FHNA 1B0HA 5LOMA 3K1MA 4BDRA 4EQBA 3CR9A 5I58A 3FZVA 3JV9A 4FATA 2VHAA 4U2RA 3IO4A 2AL5A 1QVSA 4Q5TA 4KYDA 1M5CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FIXA 1FPBA 4O3BA 3NOHA 1N04A 4AB6A 1FJ9A 4H8IA 4F31B 2X7PA 1B5IA 1ZBMA 4TQUQ 3DELB 4DE8A 2D3IA 4IO4A 4NEDA 2VP1A 1D9VA 4QFOA 4OA4A 1B51A 4U22A 1US4A 2H25A 4PETA 3TYHA 5IZ3A 4F22A 4ZZAA 4YKIA 3U1OA 4NGUA 4TLMB 4NF8B 3FVNA 1QUIA 5ITPA 1OQHA 2CMOA 1SPIA 3VVFA 1WODA 3IFAA 1US5A 4BDMA 3WAFA 3KBZA 4LZ5A 3VVDA 4PFTA 1IXIA 3O66A 4YMAA 4XKQA 5DW8A 3Q25A 4F1YA 2QSXA 1R6ZA 1PC3A 4PCDA 1O64A 4PFUA 3Q27A 1VDWA 4R6HA 1GTKA 4HW8A 3DP6A 3P7IA 2O1MA 1LBXA 4YAHX 4X9TA 4P3LA 3L6GA 2XWVA 3ZKLA 2DWIA 5I56A 2HFBA 2NOOA 1FTKA 5K2YA 2NVUB 3CI8A 4C1TA 5J16A 4MH5A 3OEKA 1ZMGA 3BIGA 3IO6A 1Y20A 1SQYA 4NAPA 2A5SA 5FHOA 4HE0A 4XKPA 2DE2A 1Z7ME 1Y3NA 2DQVA 1RKMA 4PFRA 1XHYA 4OEUA 5B7DA 5DVIA 3N6UA 1B7ZA 4UA8A 1FBFA 4GD5A 4R75A 1MXYA 1B1XA 5ISUA 4ND9A 1O63A 2RC7A 1NV5A 3OSRA 3TMGA 3OO9A 3N94A 1M5EA 2FIEA 3CFLA 3SEUA 4LQ2A 4NMYA 1EYJA 4R6YA 2F7CA 3VVEA 3ZKKA 2Y7KA 1A99A 1M5DA 3UIFA 4U21A 5ET6A 1OQGA 2XD2A 3ZSFA 1NKXA 2OLBA 1D9QA 2ANJA 1BLFA 1MXXA 4ZEBA 4GXSB 3U72A 4E0XA 3QIMA 5EHMA 3O6GA 2FHYA 5AE4A 4NF4B 4XKRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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