2XX8A

Crystal structure of n,n-dimethyl-4-(3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7- tetrahydro-1h-indazol-1-yl)benzamide in complex with the ligand binding domain of the rat glua2 receptor and glutamate at 2.2a resolution.
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
NKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Integration of Lead Optimization with Crystallography for a Membrane-Bound Ion Channel Target: Discovery of a New Class of Ampa Receptor Positive Allosteric Modulators.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
total genus 86
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xx8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xx8A02
3THIA 1FTOA 1PC3A 3RN8A 4ISUA 4ESXA 3C32A 4OFLA 4AQ4A 3H7MA 3G3HA 5J1DA 5F7VA 3PUXE 1JEVA 4UA8A 4KFQA 5HBCA 3KOTA 3H6VA 5B70A 4F18A 4OFJA 4YMAA 4F39A 4H0WA 1EH3A 3MZBA 1B46A 3TZAA 1MPBA 4ZEBA 4U22A 2NVUB 3JV9A 3AXFA 3T93B 5L9MA 3GBAA 3PMWA 1H43A 3I5OA 1MQDA 5KDTA 4F3SA 1B2HA 3CFZA 3U94A 3PPQA 1AIVA 1IXIA 1XVXA 2OJTA 3FJGA 3TCGA 4F1VA 1H44A 3TDJA 4EQBA 1SW4A 1ANFA 4IO4A 4H1XA 3FATA 2XHDA 2OBGA 4YKJA 3UP9A 4F29A 2RC7A 4QF9A 4PFYA 1B5IA 2WKYA 5KDTB 1FQFA 3IOTA 2F78A 3C31A 3VVEA 2VP1A 2ZYMA 3CSBA 5CRYA 3Q29A 1OLAA 2G29A 4NE4A 2HAUA 3C35A 3USDA 4L17A 4NWCA 3EPEA 1IXGA 1P1OA 3N26A 3ZKLA 1SW2A 2QS3A 4XKPA 1WDNA 2I49A 3ILUB 1LAXA 2X7PA 2AIXA 1M5DA 1OLCA 4GFRA 4GL0A 1D9VA 2FYIA 1L5TA 3L6HA 4JSDA 4N07A 4GXSB 4IGTA 3HHGA 5DYHA 4KQPA 2CZLA 5M2VA 3O28A 3TYHA 3N6UA 1US4A 1R9QA 2ONSA 2DP8A 4KYDA 4F22A 1GV8A 2O1MA 4U21A 1NNTA 4GQOA 3T22A 1B1XA 1B40A 2NWJA 1SI0A 4R6YA 4G4PA 1FQDA 2A5TA 1S7YA 3K1NA 3KFMA 3G3FA 3SEUA 1UTBB 2QPQA 2E1SA 3TKDA 3SEWA 4Q0CA 5K2YA 4ZEDA 1JVYA 1MG1A 3CR9A 1R6ZA 4EUOA 3IOUA 3QSLA 4I9DA 4G68A 3U92A 1N7WA 5A5XA 1VFDA 1II5A 3FGSA 5K2XA 2FNCA 1JVXA 1TFDA 4G8NA 2O7IA 2UVHA 1OVTA 2ABHA 2A5TB 1PEBA 4M4GA 4R9GA 4R9FA 4YKKA 1QUJA 1N3XA 1XC1A 1B05A 4ECFA 2GH9A 1O63A 2I0BA 4NTLA 5AE4A 3R7XA 2THIA 2HCAA 3FVKA 3HN0A 1S9TA 3DM0A 3CIJA 1LB8A 5JEIA 4GLIA 3G3GA 4NEDA 1B4ZA 3A3CA 4ELPA 2X26A 5BUUA 1IITA 2A5SA 1GR2A 5A5XB 1Z7ME 1QVSA 2QS1A 4NF6B 4IY6A 2DVCA 3IB0A 4RK9A 2I4CA 2F34A 1MXWA 1JW5A 1DTGA 2I6EA 3RQTA 4EQ9A 3MQ9A 5ISUA 4EF2A 3MPLA 1B5JA 4R2BA 1MY1A 3G7WA 4LZ7A 4U1ZA 3T9UA 4C1UA 4F3BA 2PT1A 2V3QA 1B7UA 1Z7NE 3IB1A 4KYSA 4OTEA 4G2ZA 1AMFA 3H3GA 1URSA 4AB5A 2QL3A 4DXBA 4OMBA 1AOVA 2ZXTA 3JYRA 1JW1A 3MZ1A 4ZEFA 3T9VA 1D4NA 1N7XA 1NNPA 2Z8FA 1YTVA 2HXWA 2P2AA 5H8NA 1H45A 4HCWA 3CSGA 3H6WA 4RPOA 3V5AA 4JB7A 3U72A 4OXVA 1IZ1A 3CVGA 3H03A 5TPAB 2OWTA 4K3FA 3ZKKA 4P11A 4GVOA 1OQGA 5KCJA 4KYEA 3TAJA 1J1NA 4H5FA 2B65A 3CI8A 1FQBA 3VVDA 1LAHE 3LSLA 4HCYA 4XKRA 2Q88A 1N84A 2ZNTA 4ZEIA 4FJPA 3OELA 2R6GE 4ELOA 3U8QA 1N04A 2F7AA 4YB5A 2F36A 3LSFB 3MW0A 1NH7A 3Q25A 3G3JA 1OQHA 3PPRA 1MQHA 5DVIA 5KCJB 4O3BA 1YAEA 3K00A 4Q8RA 2B3BA 5F1QA 1I69A 3S2VA 2GFEA 3B6WA 2RC9A 2DVZA 4TLLB 2ONRA 1I6BA 1NNFA 3OO7A 1B32A 1TXFA 4UACA 4XXUA 4OETA 3TEPA 3OO9A 3E3KA 2XXYA 3TFLA 2GHAA 2Y7IA 1IXCA 3PU5A 3K6VA 2D3IA 3HHFA 2IA4A 2XXXA 2O1LA 4H5GA 4WEDA 1VFEA 4BDRA 5LOMA 1ZMGA 3MJNA 1D3KA 5CMCA 4OERA 4WXJA 3TMGA 2DSFA 4OWDA 1AH5A 1FTLA 3IJXB 5CBRA 4FORA 3O6IA 1LFIA 3QYTA 3MP6A 3MWBA 3DELB 1QKBA 3MPKA 4JXIA 1MDQA 4ZS9A 1P99A 3KSXA 2PMSA 3DLNA 3W9VA 3Q28A 4P0IA 4DE8A 3BFTA 1DMBA 4DCYA 1RYXA 2REJA 1XVYA 3I3VA 1XT8A 5TP9A 1B3EA 2QMXA 3QAXA 4BDNA 1MY0A 1QKAA 3SESA 5EYFA 1P1NA 4O3CA 1H76A 2I4BA 2B3FA 3VLUA 2AL5A 1LAGE 1M5CA 4ZZAA 1TWYA 1B52A 1ZU0A 3VVFA 1A99A 1IXHA 4ZDMA 2KLFA 1OIBA 2P1SA 1MY4A 2X7QA 1QULA 1B3LA 1DPPA 1XOCA 1QUIA 5I2NA 5I59A 5CM6A 1PB8A 5FHOA 3IOVA 5L8DA 4XKQA 3BKIB 4IO6A 1IIWA 4JDFA 3G3KA 3S4UA 1Y3PA 4QSCA 1M5BA 3IR1A 3KN8A 1ATGA 3MUQA 3C9HA 2ZNSA 1BP5A 2O7UA 5DT6A 3GXAA 4YKPA 2F5XA 3CFLA 3HV1A 4DXUA 1MH3A 4ELRA 1URGA 4P0GA 4AB6A 2ZYKA 1ZJLA 1B3FA 2UXAA 1PDAA 3W15C 4KR5A 5I2NB 5I59B 1NH8A 3LSXA 3KZGA 1MPCA 2V3TA 3SETA 1ELJA 4KD5A 2AYSA 3R6UA 3OO6A 3B6TA 1MPDA 1CE2A 3K01A 3F11A 3RT6B 4X9TA 4ND9A 4XIGQ 1FW0A 4RK2A 4X48A 4YU0A 1B3HA 4ZEKA 3FJ7A 3C4MA 2OWSA 1PB7A 1DPEA 3PMXA 4THIA 3RTFB 5AA3A 4BLAA 3MBPA 4F3PA 3HPIA 3K6UA 4DLDA 5CMMA 3FVOA 5I2KA 2F6PA 3KN3A 1MXVA 4JSOA 3FUZA 4LQ2A 4U1OA 2DOJA 3TTMA 4RYAA 1RYOA 1F9BA 3A3UA 1SQYA 3LR1A 1LFGA 3PD8A 3UA8A 2ESNA 1O64A 1MQJA 2AL4A 3V89B 3K1PA 3MP8A 1I6QA 1O7TA 5CC2A 1A40A 4R6KA 2G93A 2PX1A 2VD3A 3OENA 3MZ9A 2XXVA 4PFTA 5JTYA 2YPNA 4FECA 3V8XB 2Q8JA 3K1MA 3VLVA 1D9YA 5FHMA 2V93A 5HPQA 3OO8A 2V84A 3H6TA 4N13A 4M1VA 3DP6A 4H65A 5L9SA 3M8UA 4FAJA 3TTLA 1SD3A 4ZE8A 2QRYA 4H6DA 5JTYB 4H8JA 4IGRA 4TLMB 4MFIA 1MM7A 3I6VA 3MVXA 1A8EA 3JZJA 5AA1A 1FQEA 3OSRA 1Y3NA 1SW5A 3ZSFA 4GRKA 4FATA 1LCFA 1Y4TA 4MBPA 3T9HB 3LSWA 3SEXA 2XX8A 4C0RA 1B6HA 2O69A 2GHBA 1LBBA 4OESA 4EXKA 3O9PA 4I62A 4G68B 1MY2A 2HAVA 3O29A 2Z23A 4X1BA 4OYVA 4U2RA 4FE8A 1SW1A 3FZVA 1TT1A 2D21A 1H3DA 2V25A 3KG2A 3SEYA 3CG3A 3HCQA 4JWOA 3PGFA 2I58A 4LATA 4O3AA 4GF8A 2VHAA 5H8HA 1MS7A 3GBBA 3EF7A 4F2QA 4PFWA 2DE2A 3VDFA 1MXXA 4HW8A 5I84A 4GOTA 2O84X 3PPNA 5DEXA 5ITOA 1MQIA 3FVGA 1HSEA 4QSEA 1GGGA 1ZLQA 1P1QA 1NL5A 2UVIA 4RJZA 4OHNA 4JWXA 4F1YA 1B0LA 3OSQA 3S9EA 4EF1A 4ZECA 5AA4A 2E0SA 1B3GA 4EQ7A 3T9XB 1POY1 3TQWA 2YJPA 4Q30B 1DTZA 1ZIUA 4I1DA 3OEKA 1RKMA 3LC8A 4ONYA 4R73A 2H25A 1Y4CA 2XXUA 4QRZA 3RUMA 1TFAA 2Y7WA 5CBSA 3KN7A 1PBQA 4ZE9A 4KI0E 2YLNA 2DWHA 3KJTA 3S9LC 1ZKBA 4POXA 2UYFA 4PETA 1EZOA 1A54A 5H8FA 4LA9A 4YAHX 5H8NB 4OEVA 2DE3A 3RGYA 1SVXB 4N6PA 2OK2A 1UIVA 4OZ9A 3EHTA 2OCUA 3K2DA 3IJOB 4QHQA 2M8CA 3PUYE 4LQ5A 1JETA 1VE4A 2QSXA 3KSJA 3KEIA 4F3GA 2O51A 3SDFA 5AA2A 3B6QA 4G8HA 2F97A 3RTWB 3TQLA 4G8MA 1UTHA 1Y3QA 4E0XA 3V83A 5FTIA 3QUFA 2I48A 3M3LA 1JNFA 2XXHA 1FTJA 4IO5A 1QUKA 3TTRA 3TUSA 1JQFA 3RLFE 5H8QA 3EHUA 2XXTA 1NFTA 3ODBA 1B0HA 4F19A 4R72A 5ELVA 3G3IA 1HSLA 1MY3A 1OMPA 4YZZA 3SEVA 2Z8DA 2PYYA 1B58A 4IO7A 2QMWA 3H6UA 5CMKA 4NF5A 3D4GA 1N76A 2RC8A 1FTMA 3RNNA 4IO3A 3IAZA 4G77A 4DZ1A 1B7ZA 3QUJA 3IOWA 3FVNA 5EHMA 3FXQA 4KPTA 5B7DA 1DSNA 3IO6A 2PBWA 2ALUA 3RPWA 2RCAA 1MQGA 4KHZE 1LFHA 4U4SA 3QXMA 1SYIA 5IAIA 4LZ8A 3B7DA 1S50A 4YB7A 2O68A 3WAEA 4NF5B 2F35A 3QK6A 1Q1KA 2DWAA 1PB9A 3PUVE 2ZYNA 1GVCA 4E0WA 1MXYA 3DP4A 3W9WA 5I58A 1B9JA 1IUDA 1XS5A 3O2AA 5TP9B 2QS4A 4HS7A 2VOZA 3ZS6A 2PT2A 4OENA 3VFJA 1SBPA 2Y84A 5H8SA 4YICA 4FEDA 3ECRA 2RF1A 3IO4A 1B51A 4OFOA 1LAFE 2ZMBA 1WODA 2Z8EA 5JK4A 2I3WA 3KGCA 3RY3A 1WVJA 3L6GA 1ZBMA 4MLQA 5I58B 4LZ5A 3KJ7A 2HQ0A 1Q35A 3TCFA 4NF8A 2H99A 3S9MC 3SKPA 3DP8A 4LUBA 3FD3A 4F31B 1B4HA 4R6HA 4H67A 3IL1B 1YCJA 2F7BA 4GWOA 2UVGA 3H4ZA 1P1WA 1KWHA 3VE1B 3O6HA 1MXZA 3TELA 1EZ9A 2XX7A 4PE5B 4BDMA 3ONMA 5DVFA 4POWA 1MXUA 4X1DA 3VV5A 2P0SA 3N5LA 1B7HA 1Y1ZA 4DXCA 1A55A 3OD7A 1LGBC 3IX1A 4NF8B 3UIFA 3C33A 3Q27A 1JEUA 1CB6A 1UIUA 1AL3A 2NUVA 3M3FA 4FIMA 4GIZA 3FV1A 4Q5TA 2O6AA 3PV0E 4MLVA 1I6AA 1R9LA 1A7LA 4ZZEA 4RY1A 4YMBA 2ONKE 2Y7KA 2DYXA 5L9OA 3K0VA 4RNSA 3S9NC 3LBSA 3P7IA 4NMYA 2GRVA 1UTBA 1YPNA 3FV2A 4YKIA 5I2KB 3IK6B 2VGQA 2OLBA 1B5HA 5BWJA 2DWJA 4QFPA 4BDLA 1HSJA 3U93A 3WAFA 1NNKA 2UYEA 1T0KA 3PPOA 4EXLA 4LONB 4YB6A 3VLWA 2ZNUA 3CRBA 3R26A 3FIRA 1SI1A 3MP1A 1MRPA 1ZTYA 3PUZE 2R9JA 4IY5A 2Q89A 1MDP1 1POTA 4DCXA 3HO7A 1N3WA 2H98A 5FHNA 4QSDA 2W7YA 5CI5A 3BFUA 2F8DA 4RA1A 3TTKA 2XX9A 3N6TA 3PD9A 3K02A 2DWIA 5AA2D 1FQAA 2H5YA 3U1OA 2F7CA 4I8CA 1USYH 1R1NA 4NF6A 3E4RA 3KOSA 3UGWA 1BKAA 3N94A 2CMOA 3O6GA 3OMBA 4TOZA 1URDA 1QJMA 2I3VA 1IQ7A 2XD3A 3TPAA 4EDPA 1EU8A 5ICQA 4GD5A 3PPPA 3VXCA 1LSTA 4RXLA 2NOOA 2ANJA 4R75A 3EHSA 3Q26A 3CG1A 1LCTA 2QJEA 4DIGA 2DE4A 3RT8A 4KCDA 5ITPA 4NF4A 5HM4B 4JWYA 4WKMA 2REGA 1NKXA 3K6XA 1PBPA 4QFNA 4PP0A 4R74A 1VSOA 2FA7A 2NXOA 3O66A 3MVWA 1GTKA 4JBZA 1A8FA 4BDQA 2H4IA 5I56A 2HZLA 4TQUQ 1EZPA 4NWDA 3FXUA 3MAMA 3KBRA 1QW0A 1Y9UA 2RCBA 2Z22A 2VD2A 5TPAA 3K4UA 3BBRA 2ZYOA 3O97A 3VXBA 5TU0A 4NF4B 3SERA 1MH4A 2DXRA 2PVUA 3MVYA 5H8HB 2OZZA 2Q9TA 3GZGA 2XD2A 1IEJA 4LVQA 3UK4A 5FTHA 3ILTB 4U23A 3C36A 5I56B 3A09A 3H06B 4OQOA 5DEXB 3EQ1A 5EHSA 2HFBA 1BIYA 4Z0IA 1VR5A 4IB2A 2IEEA 5DVJA 1MM6A 1SYHA 4MH5A 4QFLA 4WEPA 5AA4B 2Y7PA 4BDOA 4ELQA 3IORA 4DDDA 2H9BA 4C1TA 5ICTA 1LLSA 4IO2A 4R2FA 2Y7RA 1FQCA 4QFKA 4QFOA 1M5FA 5DTBA 3PMVA 2DQVA 3FXRA 3PUWE 3OXNA 5I57A 3M3KA 3FASA 2V3UA 4XKNA 2XXQA 4GL8A 3D4CA 3UORA 3CFXA 4XTCQ 1BTJA 2BJJX 2QS2A 4HTGA 1Y20A 4F1UA 1FCKA 3E9XA 1LBCA 2DS9A 4ESWA 3T66A 5H8FB 2R71A 4H8IA 3TCHA 1USYE 4F2OA 1OVBA 2I0CA 1B1HA 2XXIA 4OEUA 3OEMA 2XXPA 5KZTA 3E13X 2D5WA 1LB9A 5I57B 5AA2B 2Q2AA 3MC2A 4PFUA 4G68C 2XXWA 3IB2A 3EN3A 1N0TA 1UTHB 2XXRA 2RKMA 1Y1MA 2HZKA 3GLBA 4KCCA 4MF3A 4RPNA 5CMBA 2F6GA 2Q2CA 1P1UA 3TODA 1JW4A 1US5A 3FJMA 3C34A 1M5EA 3MVZA 1NMUA 2HEUA 2UVJA 3T96B 1XHYA 3UN6A 2RINA 2DXYA 1BLFA 5H8QB 3TTNA 4OVJA 4FEBA 3HSTA 4GXAA 1DOTA 3K6WA 4U4XA 1UQWA 1FTKA 4PQJA 5IKBA 1SDXA 3LUYA 4LP2B 4Z7EA 2LAOA 3QIMA 3OOAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THIA 4O94A 1FTOA 1PC3A 3RN8A 4ISUA 4ESXA 4PGPA 3C32A 2CEYA 4OFLA 1K9YA 4PDHA 4AQ4A 3H7MA 5EQ9A 3G3HA 4MMPA 5J1DA 5F7VA 3PUXE 1JEVA 4UA8A 4KFQA 5HBCA 3KOTA 3H6VA 5B70A 4F18A 4OFJA 4YMAA 4F39A 4H0WA 1EH3A 3MZBA 1B46A 3TZAA 1MPBA 2XA5A 2FIEA 4ZEBA 2VT5A 4U22A 2NVUB 3JV9A 3AXFA 1XI6A 4GBWA 3T93B 5L9MA 3GBAA 3PMWA 1H43A 3I5OA 2QVRA 1MQDA 3LUZA 5KDTA 4F3SA 1G0IA 1B2HA 3CFZA 3U94A 3PPQA 1NV2A 1AIVA 1IXIA 1XVXA 2OJTA 1IMFA 3FJGA 3TCGA 4F1VA 1H44A 3TDJA 4EQBA 1SW4A 4P3LA 1ANFA 4IO4A 4H1XA 4MCOA 3FATA 4HE0A 2XHDA 2OBGA 4YKJA 3UP9A 4F29A 2F3BA 2PFYA 2RC7A 4QF9A 4PFYA 1B5IA 2WKYA 4P56A 5KDTB 1FQFA 3IOTA 2F78A 3C31A 3VVEA 1FPDA 2VP1A 4PAFA 2ZYMA 3CSBA 4X04A 5CRYA 3Q29A 1OLAA 2G29A 4NE4A 2HAUA 3C35A 2PCRA 3USDA 4L17A 5IZ3B 4N15A 2FVZA 3EPEA 3FBPA 4NWCA 1IXGA 1P1OA 3N26A 3ZKLA 1SW2A 2QS3A 4XKPA 1WDNA 2I49A 2HXRA 3ILUB 1LAXA 2X7PA 2VPNA 2AIXA 1M5DA 1OLCA 4NHBA 1IMAA 4GFRA 4GL0A 1D9VA 2FYIA 1L5TA 3L6HA 4JSDA 4N07A 4GXSB 4IGTA 3HHGA 5DYHA 4KQPA 2CZLA 1DK4A 5EQ7A 5M2VA 3O28A 1RDZA 3TYHA 3N6UA 1US4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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