2XX8A

Crystal structure of n,n-dimethyl-4-(3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7- tetrahydro-1h-indazol-1-yl)benzamide in complex with the ligand binding domain of the rat glua2 receptor and glutamate at 2.2a resolution.
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
NKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
publication title Integration of Lead Optimization with Crystallography for a Membrane-Bound Ion Channel Target: Discovery of a New Class of Ampa Receptor Positive Allosteric Modulators.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein
total genus 86
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xx8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xx8A02
3S9NC 2B3FA 2H4IA 1DPPA 1ZTYA 2Q2CA 3LSWA 4OEUA 4RJZA 1NNKA 5L8DA 1MY0A 1LB8A 1MY4A 2RCAA 2OCUA 2V3TA 4U1OA 1LBCA 3OMBA 3IB0A 1OMPA 3T22A 5FTHA 4E0WA 2QJEA 3MVZA 2VP1A 4HTGA 3FV2A 1HSLA 3QIMA 4IO6A 3OO7A 2XXYA 1TWYA 1LCFA 4NMYA 5A5XB 1MXUA 2VHAA 4LZ8A 3RT6B 1LB9A 5AA3A 1A8FA 1B4ZA 1LSTA 1VSOA 3MPKA 1Y3QA 4F3GA 3H6VA 4YMBA 4YKJA 4JWYA 4LQ5A 2G29A 2OBGA 2YLNA 3JYRA 5FHNA 3U92A 4O3AA 3N6UA 4ZEFA 1XT8A 4EQ9A 1UTBB 1M5BA 2QS1A 2HZLA 5IKBA 4EF2A 1DTGA 2XXXA 1B58A 1BKAA 4PQJA 1UTBA 3K1MA 4F39A 1DOTA 5ITOA 5I59B 2DVCA 4NF5A 4F1VA 1R9LA 3OEKA 1JNFA 2I49A 3N94A 5I59A 4GIZA 3HV1A 4H5GA 1ZLQA 4OEVA 5KZTA 2ZYOA 1FTOA 4TLLB 3LSFB 3PV0E 4OETA 1MRPA 2HAUA 2XX9A 1NNFA 2F36A 2OWSA 5DEXB 3OO6A 4F2QA 2DWHA 3CG3A 4QSCA 1DPEA 1ZMGA 1A7LA 3TAJA 4H8IA 3RUMA 4IO3A 1ZIUA 3TTKA 1IXHA 2V93A 2ZYKA 2DVZA 3ZKKA 4DXBA 5EYFA 3E4RA 2XX8A 1D4NA 4O3BA 4KI0E 2VOZA 3DP6A 5AA2B 4KFQA 3OELA 1A99A 3VVEA 2DE2A 2UVHA 4XTCQ 4ZEKA 2VD3A 5AA2A 4YB7A 4BDRA 5F1QA 1JVYA 3FXUA 1SYIA 2I3VA 4POXA 5DYHA 4F18A 4U2RA 1H3DA 4PFWA 1NH7A 4YMAA 3SEYA 3H3GA 5KDTB 2OLBA 4RPNA 3SERA 1MY1A 3FXQA 4G8NA 1QKBA 5BUUA 5ELVA 1H76A 2B3BA 5KDTA 4R2BA 3E13X 1TT1A 1LGBC 1FQFA 3Q28A 4DXUA 3K1NA 4U22A 1IXCA 1FQAA 4IY6A 3ONMA 3T9UA 3UP9A 2QS2A 1JW5A 3PUWE 3MVWA 4JDFA 2DP8A 4YICA 4HS7A 5DVIA 2R71A 3HPIA 2VGQA 4G4PA 3SDFA 4F1YA 5H8QA 3C32A 2ZYNA 3IOUA 4YB5A 3H03A 4YB6A 5HM4B 3TZAA 1B3FA 1XHYA 2HCAA 1NKXA 1VFEA 2Z23A 3C34A 4U23A 5CC2A 4K3FA 3B6TA 3PPNA 1I6QA 1WDNA 2KLFA 1LLSA 5KCJA 2H9BA 3VLUA 4G68C 3DELB 1P1OA 2UVGA 2F6PA 4KYDA 1MQHA 4BLAA 1POTA 3UN6A 1N0TA 1LFHA 2REGA 3PPOA 1NNPA 4GL0A 2VD2A 1FQEA 4QFLA 1BTJA 1MPCA 4QFPA 3UK4A 4Z0IA 3PGFA 1B0LA 4XIGQ 1IZ1A 2QSXA 4FEDA 4FIMA 1EZPA 4BDOA 2PT1A 3AXFA 3IOVA 3KOTA 1Y9UA 1A40A 2RC9A 2Z8EA 4P11A 3TELA 3EF7A 4NF6A 1M5EA 2Z22A 2WKYA 3LBSA 3QAXA 2W7YA 4ZZAA 2UVIA 4QF9A 2HQ0A 3FGSA 2UVJA 5DVFA 3WAFA 1SQYA 4OFOA 4GQOA 4YKPA 5K2YA 4PFYA 1WVJA 5I2NA 2RKMA 1WODA 1OLAA 3KFMA 4G68B 2OK2A 2ZNUA 5ICQA 3H6WA 1QKAA 2G93A 5I56B 5CBSA 1P1WA 3LR1A 3SEXA 2THIA 3I6VA 3MC2A 4G68A 5TPAA 1QUJA 3OO8A 4MLVA 4N6PA 5I56A 2B65A 2Y7KA 3HCQA 2DWJA 2O51A 1OVTA 4LUBA 2OWTA 3MZ1A 3TTLA 4F3SA 4AQ4A 1A54A 2F7AA 3K00A 4KCCA 3I3VA 4N13A 2I4CA 3CIJA 1GR2A 4JWXA 2GHAA 3N6TA 2AL5A 1NNTA 4X1BA 3V5AA 3USDA 3C33A 3VDFA 2H99A 3MVXA 3JZJA 3VE1B 5EHSA 2F35A 2F97A 2Y7PA 5H8NB 3L6HA 3R7XA 2DXRA 3A3CA 3RLFE 2DS9A 4DCXA 1PDAA 3OSQA 3O6HA 5H8NA 1R6ZA 1QULA 4FAJA 4BDLA 2X7PA 4BDQA 3G3JA 2DE4A 4LP2B 3ZSFA 1B51A 3QK6A 1US4A 2QMWA 2PYYA 3VV5A 1TFDA 3O97A 4WEPA 2O84X 2GRVA 4PETA 1OVBA 4XXUA 3SKPA 1Y1ZA 1MY2A 3EN3A 4MLQA 3MBPA 1URSA 5CM6A 5ICTA 2PT2A 1SDXA 4OVJA 4ZS9A 4QSDA 4JXIA 2Y7RA 3K6XA 4KQPA 3G3KA 1SD3A 1VR5A 4PP0A 1N3WA 1M5CA 3B6QA 3RY3A 3E9XA 4U21A 1EZ9A 3TKDA 3LSXA 4OFJA 1Y3PA 3FVKA 3IJOB 3ZKLA 2F78A 1SI1A 2IA4A 1FQDA 2CMOA 4LATA 1B7UA 3TTMA 3CSBA 2BJJX 3FVGA 2RC8A 4EF1A 5BWJA 4KD5A 2H25A 5I58B 2QPQA 5H8HB 4GRKA 2FA7A 1IITA 1I69A 1TFAA 3O29A 4ELOA 2XD2A 3CG1A 5I58A 1POY1 5H8HA 4EXKA 3B6WA 3FD3A 2D5WA 2LAOA 3BBRA 4F19A 1GVCA 3RNNA 3ODBA 1LFIA 5A5XA 3TEPA 3OO9A 1SI0A 3I5OA 1B9JA 3KJTA 3TPAA 3TCFA 4JB7A 1UQWA 1LAFE 1Z7NE 3T93B 3BFUA 3VVDA 2O69A 2O6AA 4IB2A 4QRZA 2XXWA 1XOCA 3PUVE 2DE3A 3HHFA 2XXTA 3EPEA 5M2VA 2ONRA 4OZ9A 2H98A 2DSFA 1OLCA 2DOJA 4YZZA 5I84A 1J1NA 1D9VA 1LBBA 3M8UA 5I2KB 4R6HA 1IIWA 1Y20A 4G77A 2Q2AA 5L9OA 4C0RA 3G7WA 1MQIA 1AH5A 4EQ7A 1O63A 4UACA 3TQWA 4OHNA 1H44A 2OZZA 3K2DA 4OERA 1B3GA 1FQBA 2D21A 1GGGA 3FIRA 2REJA 3T66A 3CR9A 1DSNA 3TMGA 1BP5A 4TQUQ 4YKIA 1MPDA 2UXAA 4L17A 3FJ7A 1SVXB 4HCYA 4R9GA 4BDMA 2O1LA 2GFEA 5DEXA 2Y84A 4NE4A 1Q1KA 2PX1A 4ISUA 3TTRA 4LA9A 2ZMBA 1B52A 5ISUA 3QSLA 4GF8A 1ATGA 1US5A 1QUKA 3QUJA 3T96B 1S7YA 3DLNA 3RQTA 4LONB 4ZEDA 3K6WA 4JSOA 1Y4TA 2V25A 4DCYA 1EZOA 1B46A 4ZECA 5JTYB 1B3EA 4GFRA 3PPQA 5DT6A 3VVFA 1IEJA 3M3FA 1YCJA 2XX7A 4I8CA 1FTMA 5JTYA 3KEIA 2NUVA 2QS3A 2HAVA 1YTVA 2I0CA 4RK2A 4YKKA 4EQBA 3IB2A 1MH4A 2ZNTA 5FHMA 4X48A 4H67A 5JK4A 1MXVA 4JBZA 3RGYA 4ELRA 4FJPA 1VE4A 4NEDA 1GV8A 3HSTA 4THIA 4R9FA 1XVXA 2PVUA 3FXRA 2I3WA 3ZS6A 4IO5A 1MQJA 5H8SA 4ZZEA 3PU5A 2X26A 1PEBA 3UIFA 2UYEA 3BKIB 3SESA 4GL8A 2XD3A 5H8FB 3KN7A 3C35A 1S50A 2HXWA 1GTKA 1B1XA 4ZEIA 2QL3A 1F9BA 4XKQA 5AA1A 3IX1A 1MY3A 4H1XA 4H6DA 2XXPA 4H65A 4MFIA 3C36A 4KPTA 4ZDMA 2PMSA 3THIA 1Z7ME 3A09A 1SW4A 4MF3A 1SW1A 4NF4B 3EHUA 3UA8A 1I6BA 2ONSA 2YJPA 1T0KA 1BIYA 2O68A 5CMMA 1SW2A 1USYE 4NF4A 2A5SA 3N5LA 3Q25A 3T9XB 4PFUA 1B7ZA 4EDPA 2QMXA 3HN0A 3GXAA 3Q26A 3O6GA 3UGWA 2M8CA 3QYTA 1MPBA 2F8DA 4KYEA 2ONKE 3SEVA 3S2VA 3VFJA 2HFBA 3H6UA 3K6UA 3G3HA 3IOTA 2DWAA 4EXLA 1XVYA 3Q27A 4IGTA 4ZE9A 3CI8A 3B7DA 1JVXA 4XKRA 3TDJA 4IO2A 3MJNA 2NVUB 1N04A 1MM6A 3VLWA 1SYHA 1JETA 3R6UA 3O2AA 4X1DA 1P1QA 5TU0A 2Z8DA 1OQHA 1FTKA 4NTLA 2F6GA 1Q35A 4GXAA 4ZEBA 1IQ7A 3G3IA 3JV9A 3GZGA 3OSRA 3FZVA 1URGA 4I9DA 1FTJA 1PC3A 3MUQA 3KG2A 2ANJA 3KSJA 4IGRA 2Q9TA 2QRYA 2UYFA 3FJGA 4RXLA 4MH5A 2YPNA 4OMBA 3W9WA 1ZKBA 4OQOA 3MP8A 3PMVA 1YAEA 3TYHA 3IJXB 1NFTA 4P0IA 3MVYA 3KZGA 3IAZA 3FJMA 3TUSA 2PBWA 2ZNSA 4RY1A 5K2XA 4F2OA 3T9HB 2DYXA 4QSEA 4FEBA 3FASA 3UORA 3OOAA 3U1OA 5LOMA 4GVOA 3PPPA 1B1HA 1O7TA 1FCKA 3HHGA 4IO4A 2NOOA 3V89B 4XKNA 4DLDA 1PB9A 5AA2D 3H06B 3U72A 1JEVA 1PB7A 2AIXA 1N7WA 2XXUA 3W15C 1AL3A 3PMWA 3TODA 3KSXA 4M4GA 3MW0A 1B32A 5CI5A 4FECA 3IO6A 4WXJA 1MDP1 2FYIA 1PBQA 3U8QA 3CFZA 2E1SA 3RT8A 3VLVA 3V83A 1AOVA 3QXMA 3PUYE 5EHMA 2F7CA 4I62A 1MS7A 1R9QA 3V8XB 1QUIA 3IB1A 3F11A 2XXIA 2O7UA 1B3HA 1UTHB 1B5IA 3PUZE 1UIVA 3PD9A 1IUDA 1LCTA 4H5FA 3IK6B 1OIBA 3U93A 2E0SA 3C31A 1UTHA 3DP4A 2DQVA 1XC1A 4R2FA 4HW8A 1O64A 1H45A 1MDQA 3KJ7A 3HO7A 1M5DA 3G3GA 4GXSB 1CB6A 3OENA 1MXZA 1NMUA 2V3UA 1B4HA 2V3QA 2XXRA 3FVNA 5IAIA 3K02A 1LAXA 3ECRA 4NWDA 3MP1A 3PUXE 3SETA 1MXYA 4Q30B 4KYSA 2P2AA 4JSDA 1FW0A 4ND9A 2R9JA 1BLFA 2DWIA 4ESWA 3S9MC 4ESXA 5AA4B 4QHQA 4KHZE 1FQCA 2O1MA 4FORA 4C1TA 1MXWA 4NF8B 4F3BA 5CBRA 1P1NA 1RKMA 3DM0A 5AA4A 2RINA 3CRBA 2V84A 4ELPA 3K6VA 1ANFA 2XXVA 1P1UA 4NF8A 3DP8A 2X7QA 4JWOA 4YU0A 1MXXA 3TTNA 3EHTA 3G3FA 1ELJA 1AMFA 2I58A 3SEUA 2CZLA 2NXOA 1IXGA 4NF5B 4KCDA 4GWOA 3FUZA 4H0WA 2I6EA 1ZU0A 4AB6A 1N3XA 4H8JA 5I2KA 1SW5A 4QFKA 3N26A 3E3KA 4F29A 5CMBA 2XXHA 4OYVA 5DVJA 4G8HA 1L5TA 1PBPA 2I48A 1R1NA 3CFLA 4OTEA 5L9MA 3D4CA 5CMKA 4F31B 5HPQA 1Y4CA 3TQLA 1QW0A 1A55A 3H7MA 1HSJA 1DTZA 1JW1A 3IR1A 2P1SA 3ILUB 3KN8A 3TCGA 4G2ZA 1PB8A 1LFGA 1N84A 4WEDA 4Q8RA 2GHBA 3LC8A 3IO4A 4GLIA 3H4ZA 4LZ5A 3EHSA 1DMBA 3IOWA 2F34A 1QJMA 3L6GA 3PMXA 1B0HA 4E0XA 1CE2A 1B5JA 2Z8FA 3CFXA 4OFLA 2QS4A 2RC7A 3K01A 1B6HA 3OXNA 2HZKA 3ILTB 3LSLA 4DE8A 2A5TB 4F3PA 4F22A 4U1ZA 4AB5A 2IEEA 4LZ7A 3BFTA 2A5TA 3RN8A 1AIVA 1OQGA 2I4BA 1B3LA 1S9TA 3RTFB 2OJTA 1B2HA 4DZ1A 2O7IA 4KR5A 5H8QB 5TP9B 3MPLA 2ALUA 2Y7WA 5B70A 1USYH 3U94A 1I6AA 5TP9A 4DIGA 5FHOA 4IY5A 2F7BA 4GOTA 1HSEA 3OEMA 5H8FA 2Y7IA 4R6KA 4F1UA 3C9HA 4PFTA 1NH8A 4MBPA 3CVGA 4UA8A 5B7DA 2Q88A 3W9VA 3S9EA 4Q5TA 5KCJB 1H43A 3PPRA 3MAMA 3FVOA 1JW4A 4XKPA 4ELQA 2I0BA 2DXYA 4OWDA 2ABHA 2H5YA 2XHDA 4GD5A 3RTWB 1IXIA 4RA1A 1B7HA 1D3KA 1VFDA 1Y3NA 5AE4A 4IO7A 3T9VA 2F5XA 2GH9A 3TFLA 1B40A 3KBRA 1EU8A 3GBBA 3O66A 1MM7A 4HCWA 3MZBA 3RPWA 3O6IA 2Q8JA 3KGCA 2D3IA 3IORA 2AL4A 2NWJA 4R72A 1II5A 2ESNA 4NF6B 4U4XA 3C4MA 3FATA 1P99A 4ZE8A 4TOZA 1A8EA 1URDA 1XS5A 4R73A 3VXBA 1NL5A 5J1DA 2R6GE 4NWCA 1KWHA 4R6YA 4PE5B 1Y1MA 5I2NB 3TCHA 1RYXA 3CSGA 4RYAA 3K0VA 4QFOA 1D9YA 5DTBA 3WAEA 1ZBMA 4WKMA 5TPAB 2ZXTA 5L9SA 4N07A 1MQGA 1RYOA 2AYSA 3PD8A 1MH3A 3K1PA 4R75A 4Z7EA 3FV1A 1MG1A 2HEUA 4C1UA 4BDNA 3O9PA 4POWA 2Q89A 4YAHX 3MWBA 3S9LC 3VXCA 3P7IA 3M3LA 3H6TA 5JEIA 1JQFA 2RF1A 4ECFA 3KOSA 5FTIA 4M1VA 4OXVA 1N7XA 5ITPA 1LAGE 4LQ2A 4G8MA 3Q29A 4X9TA 3OD7A 4RPOA 3LUYA 3KN3A 4I1DA 4R74A 3GBAA 3GLBA 5CMCA 4OENA 3SEWA 1FTLA 2RCBA 4FATA 4DXCA 4Q0CA 2XXQA 3MQ9A 1YPNA 1UIUA 1TXFA 5I57B 1B05A 3O28A 3K4UA 3QUFA 1M5FA 4RNSA 5I57A 2P0SA 4O3CA 2ZYMA 4RK9A 4U4SA 4ONYA 4EUOA 2FNCA 3R26A 4TLMB 5F7VA 3MP6A 3IL1B 4OESA 1ZJLA 4P0GA 4QFNA 5HBCA 4FE8A 3MZ9A 4LVQA 3A3UA 3S4UA 3EQ1A 1N76A 1B5HA 3D4GA 1MQDA 1SBPA 5CRYA 1LAHE 1JEUA 3M3KA 1EH3A 4DDDA 1QVSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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