1AIVA

Apo ovotransferrin
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKSVIRWCTISSPEEKKCNNLRDLTQQERISLTCVQKATYLDCIKAIANNEADAISLDGGQAFEAGLAPYKLKPIAAEVYEHTEGSTTSYYAVAVVKKGTEFTVNDLQGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLLHRGAIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDPKTKCARNAPYSGYSGAFHCLKDGKGDVAFVKHTTVNENAPDQKDEYELLCLDGSRQPVDNYKTCNWARVAAHAVVARDDNKVEDIWSFLSKAQSDFGVDTKSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPSLMDSQLYLGFEYYSAIQSMRKDQLTPSPRENRIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGDVECTVVDETKDCIIKIMKGEADAVALDGGLVYTAGVCGLVPVMAERYDDESQCSKTDERPASYFAVAVARKDSNVNWNNLKGKKSCHTAVGRTAGWVIPMGLIHNRTGTCNFDEYFSEGCAPGSPPNSRLCQLCQGSGGIPPEKCVASSHEKYFGYTGALRCLVEKGDVAFIQHSTVEENTGGKNKADWAKNLQMDDFELLCTDGRRANVMDYRECNLAEVPTHAVVVRPEKANKIRDLLERQEKRFGVNGSEKSKFMMFESQNKDLLFKDLTKCLFKVREGTTYKEFLGDKFYTVISSLKTCNPSDILQMCSFLEGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of hen apo-ovotransferrin. Both lobes adopt an open conformation upon loss of iron
pubmed doi rcsb
molecule keywords OVOTRANSFERRIN
molecule tags Iron transport protein
total genus 135
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aivA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aivA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aivA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aivA03
1FQBA 4EQ7A 5HPQA 1SW1A 3C4MA 1P1WA 3U1OA 3U94A 3K01A 5IKBA 3ZS6A 2I3WA 4LQ5A 4ZZEA 3S4UA 3K1MA 2HZKA 1B32A 2Q2CA 3PPPA 3MQ9A 3SKPA 4F1UA 3U92A 3Q27A 4OENA 2XD3A 1DSNA 5I56B 2OWTA 2A5SA 5H8NA 2DE4A 3MZBA 3TTNA 2H98A 3T9VA 2W7YA 5CMBA 4LZ8A 1B58A 1MPBA 1TXFA 4FATA 1I6BA 3EHSA 1I6AA 5I59B 3E13X 4R9GA 1MXVA 1QKAA 2QL3A 4U2RA 1US4A 4NTLA 3PV0E 4PP0A 1S50A 4PE5B 3KGCA 3EN3A 4P0GA 2AL5A 4R75A 4ND9A 2PMSA 4I9DA 4F31B 2UVJA 4NF6B 2NWJA 1LB9A 3H6TA 4ZE9A 3OXNA 2O6AA 4NMYA 5AA2D 1NH8A 1WVJA 1Y3QA 1MG1A 3K00A 1B5HA 2I49A 1MXYA 2D3IA 3FVGA 5TP9B 4DCYA 4QF9A 1D4NA 1GGGA 1DTZA 1B4ZA 3BFUA 2PX1A 4JB7A 5BWJA 3B6WA 1FW0A 3GBAA 4QSCA 3S9MC 3S9LC 4BDLA 1TFDA 1ZMGA 1M5BA 3G3GA 4GFRA 3PD8A 3OSRA 2ZNTA 3MJNA 1Y4CA 3EHTA 4LZ7A 1XVYA 1PB8A 1IXIA 4FEDA 3SDFA 5IAIA 4R72A 3PGFA 3LR1A 3KFMA 4G68A 3S2VA 3TKDA 3UORA 4PFYA 3DP4A 3T22A 4QSEA 4JDFA 5I2NB 1S9TA 2X26A 1M5DA 3V8XB 4QFKA 4R6KA 4EQ9A 3RN8A 2DOJA 2F34A 1FQEA 2OCUA 2HAUA 1QJMA 2XXVA 3QUJA 1EZOA 1HSJA 3N5LA 2PT1A 2YJPA 3T96B 1AH5A 3W9VA 5FHOA 2I3VA 1CE2A 4C1TA 1N3XA 1FTMA 3PMWA 1BP5A 3LSLA 5BUUA 4JWYA 3Q28A 3TQWA 4AB5A 2YPNA 3VLWA 2YLNA 1B4HA 3FXUA 1B3GA 5L9MA 1MQHA 1SBPA 2B3FA 1IUDA 2Z8FA 4MLVA 2H9BA 3IOVA 4BDOA 1NL5A 1RYOA 3D4CA 3TPAA 1Y9UA 5AE4A 1VFEA 3C36A 5I58A 1POY1 3SESA 3MVXA 4ELOA 4OMBA 1MQGA 1CB6A 3TTRA 5H8HA 5AA4A 1WDNA 4OZ9A 1P1NA 1M5FA 4G8NA 1NH7A 2GHBA 3V89B 1OIBA 1A40A 3FATA 1OVTA 3U72A 2B3BA 4N07A 5H8FB 4RK2A 3K2DA 4ZECA 1MM6A 2DWHA 2XX8A 4DXUA 2D21A 4JWXA 1Q35A 1UTBA 4F18A 3QYTA 4O3BA 1MS7A 3UGWA 3GBBA 3LBSA 4QSDA 3T93B 2Q2AA 2NVUB 3LC8A 1NFTA 3R6UA 3VDFA 2DS9A 3PUWE 3KJTA 4ECFA 2DP8A 2XXWA 3C32A 3Q29A 3VXCA 1YCJA 2OBGA 4KYEA 1SD3A 3C35A 1PDAA 3A3CA 4JSOA 3H6WA 5A5XB 3ECRA 4HTGA 2QPQA 3O6IA 4Q0CA 4RK9A 3KEIA 4MBPA 1URSA 1J1NA 3EPEA 4YB5A 4ZE8A 4OFOA 4FE8A 1SQYA 1ZKBA 1B05A 2DXYA 1NNTA 4YB7A 4NF4B 2AYSA 2QMWA 4BDQA 2H5YA 1B7ZA 1L5TA 4EF1A 3TMGA 3TCHA 1Z7NE 1FTOA 4NEDA 4EUOA 3HCQA 4DZ1A 3GZGA 3M3LA 3W9WA 1B1HA 3O2AA 2GRVA 4OXVA 3IAZA 1N76A 1IXGA 2ABHA 4OFJA 1JQFA 1SYIA 4QFNA 3I3VA 1VSOA 2RF1A 3RY3A 1JEUA 4U1OA 5I56A 3FASA 4YAHX 1M5CA 3TTKA 4YMBA 4DXBA 1TWYA 1TT1A 3E4RA 2I0BA 2KLFA 4RPOA 5I59A 3V5AA 1MXWA 5CMMA 3G3HA 4M4GA 1DPPA 4RNSA 3DP6A 4MH5A 5CRYA 3Q25A 2ZNUA 3OENA 4F3GA 1ELJA 5KDTB 4ELPA 4TQUQ 4YKJA 3SERA 2V93A 2PVUA 4F29A 3N6TA 4NF6A 2I48A 1USYE 5I57B 4EF2A 1OQHA 4ZZAA 3LSWA 2RC9A 3EQ1A 1ATGA 1B2HA 3UP9A 3KSJA 1B3HA 2RC8A 4N6PA 2RINA 3KSXA 2XXTA 3H6VA 5TP9A 4X9TA 3C34A 1MQIA 1FTJA 4Z7EA 3OMBA 4H5FA 2VD3A 5L9SA 2UVIA 1PBPA 4U4XA 4Q30B 3KN3A 3KOTA 1URGA 4IY5A 4P0IA 3IOWA 4R9FA 3MAMA 1UTHB 1HSEA 1LFGA 3K4UA 3L6HA 1JW5A 3IOTA 1FQAA 2QJEA 2V3TA 2IEEA 3TELA 3CI8A 2Y84A 4OQOA 4X1DA 3OO8A 4EDPA 1MXUA 1D9YA 5HBCA 4G8HA 3JZJA 3K6VA 4G68C 1VFDA 5DVFA 1QUKA 3TYHA 3QSLA 5EYFA 5JEIA 3IO6A 1BKAA 4R6YA 5I2NA 1LFIA 1JEVA 1SW4A 2OZZA 1Y3PA 4IO4A 1II5A 2O1MA 5DEXB 4Z0IA 4IY6A 5B7DA 4UACA 3ILUB 3T9HB 2RCBA 3HV1A 2Y7PA 1B7HA 4XKNA 4IGTA 4ISUA 3MVWA 4H8JA 3MWBA 1MPDA 4OHNA 1MH3A 1R9QA 5FTIA 3N94A 4ELRA 2Q8JA 2PBWA 1QULA 2REGA 1MXXA 1B51A 2HCAA 5AA2B 1XOCA 4XKRA 4YKPA 4GWOA 2Q89A 2O68A 3EHUA 4U4SA 4NWCA 1Y1MA 3M3KA 3WAEA 1MDP1 2DSFA 4HCWA 4RY1A 4FAJA 4TLLB 3K6XA 3KZGA 3ONMA 2FA7A 4FECA 4H8IA 4R73A 1B0HA 2DWJA 1NMUA 3S9EA 1UIUA 2I4CA 3RTFB 4U22A 4LONB 2QS4A 1ZLQA 1RYXA 4WEDA 1PBQA 3O6HA 1TFAA 3A09A 3MP6A 3MBPA 3R26A 4ZEKA 3IB2A 3ZKLA 4XKPA 1A8FA 1N04A 2VOZA 4HCYA 1O64A 3B6TA 4ESXA 4P11A 2AL4A 4OEVA 2UXAA 4H5GA 4HS7A 1R9LA 2CMOA 2ZYMA 4PQJA 3OO7A 4KR5A 2F35A 1XT8A 1LAHE 1QVSA 2F36A 3WAFA 5K2YA 4L17A 2NUVA 3OO6A 4BDNA 4GOTA 5H8FA 4PETA 1H3DA 1H43A 4TLMB 4GXAA 4NF8B 2Y7IA 5LOMA 5FHNA 3K0VA 4F3BA 2Z8DA 1SDXA 1IXHA 2O69A 1QW0A 5H8NB 1B5IA 4U1ZA 4EQBA 4E0XA 2LAOA 1UQWA 3SEUA 3W15C 4N13A 1SW2A 3IO4A 3S9NC 2ZNSA 3C9HA 3PUYE 3VVDA 3RLFE 1GV8A 5A5XA 3IK6B 4IO7A 1DOTA 4JWOA 5DVIA 2QS1A 1SVXB 3CSGA 3TTMA 2PYYA 1OQGA 3VFJA 4OTEA 4ESWA 3FJMA 1XHYA 5K2XA 1QKBA 1N0TA 3ILTB 1FQFA 2DWAA 4NF4A 4BLAA 2UYEA 3M3FA 4KPTA 1USYH 1SI1A 3FXRA 1PC3A 3H7MA 4KYDA 1ZBMA 4LA9A 3BBRA 1P1QA 4F2OA 1Z7ME 1JW1A 4RJZA 1MQDA 5H8SA 4ZDMA 3FD3A 1NNKA 4F3PA 1LSTA 4OWDA 3U8QA 4E0WA 2OWSA 5F7VA 4JXIA 1I6QA 2F97A 2F8DA 4DCXA 1POTA 4I8CA 2D5WA 4DXCA 3B7DA 3DM0A 3VE1B 2OLBA 5TPAB 3TUSA 4KFQA 3MPLA 4C1UA 2DVCA 1NNFA 2H25A 1S7YA 4FJPA 3H6UA 1ZJLA 4XIGQ 3SEXA 5I2KB 4YMAA 1DMBA 3Q26A 3G3KA 3ZSFA 5CMCA 1OVBA 4R2BA 1YTVA 4H6DA 2M8CA 1LLSA 1LCFA 1JW4A 4H0WA 3OELA 3HN0A 2O84X 3O28A 1B1XA 1O7TA 2F7CA 5M2VA 2B65A 4ELQA 5I57A 4JBZA 2R6GE 4F19A 4G4PA 1OMPA 2GH9A 5F1QA 3G3IA 4GVOA 2P0SA 3PPOA 3FJGA 4F1YA 3RTWB 2VP1A 3FVNA 1EH3A 2A5TB 1ANFA 3G7WA 2G93A 1H76A 1D3KA 1B40A 2F5XA 1UTHA 1B46A 2X7PA 1NKXA 3IB0A 1Y1ZA 4DDDA 1LBCA 5KZTA 4DE8A 4GQOA 1B3FA 4RPNA 4BDRA 1Q1KA 1A54A 4NWDA 4WXJA 2RC7A 1WODA 3HSTA 4JSDA 2HQ0A 4MF3A 1JVYA 3RUMA 1B3EA 1XC1A 1B9JA 4KI0E 1YPNA 1R1NA 3TQLA 5FTHA 2ANJA 2ZYNA 2Y7WA 2XX9A 2OJTA 1LAFE 5DEXA 5ITOA 3FZVA 3E3KA 1IEJA 3UIFA 3IL1B 3ZKKA 2GHAA 1FTKA 2XX7A 2UYFA 2DYXA 3I5OA 4G2ZA 3HO7A 5CBSA 5AA2A 1US5A 4NF5B 3N6UA 3PUXE 4ZEDA 3IB1A 1B52A 4GD5A 4U23A 1FTLA 2THIA 3JV9A 2UVGA 2FNCA 3G3JA 3TCGA 1AOVA 3CG3A 3K1PA 3KN7A 4KHZE 3K6WA 3TTLA 3K1NA 4QFLA 4ZEBA 1IXCA 2DXRA 2F7BA 4IB2A 4G77A 3RGYA 2DE3A 4POWA 5JTYB 4LUBA 1N3WA 1T0KA 1OLAA 3KBRA 3KG2A 2R9JA 3P7IA 2VHAA 3LSFB 4KCDA 2DQVA 1A8EA 3PMXA 1SI0A 5KCJB 3UN6A 3R7XA 1B3LA 4O3AA 3O6GA 1DTGA 4I1DA 2XD2A 4POXA 4YZZA 4GIZA 4BDMA 4THIA 3A3UA 1BTJA 1B5JA 1MQJA 1LGBC 3EF7A 3SETA 4KD5A 3H03A 1M5EA 5AA1A 2Y7KA 4C0RA 1SW5A 1MY3A 1H44A 2F78A 3CSBA 1Y4TA 3TAJA 3VLVA 2RKMA 2XHDA 2OK2A 1EU8A 3T9XB 2ONKE 4NF8A 4KQPA 2NXOA 4YKIA 5CM6A 4GXSB 3PPNA 4U21A 1SYHA 3FGSA 1BLFA 4H67A 1B7UA 4YU0A 2QMXA 3HHGA 4OEUA 1EZPA 1FCKA 5B70A 2I58A 2I4BA 3DP8A 2VD2A 3OEMA 2ZYOA 2VGQA 3L6GA 5DYHA 3B6QA 4PFUA 3O66A 3OSQA 1YAEA 3MUQA 3MVYA 1A55A 3FUZA 3CG1A 2X7QA 4ZEFA 2P1SA 5DT6A 3O29A 4F39A 3CIJA 2DWIA 5I84A 1P1UA 4NE4A 2V84A 4YICA 3FJ7A 3RPWA 3VLUA 3K6UA 3TZAA 4F1VA 3VV5A 2E0SA 1B6HA 3I6VA 2ALUA 5H8QB 4R6HA 4QRZA 4GF8A 4ONYA 2XXIA 5EHSA 1MY2A 2HZLA 5AA3A 2O7UA 3E9XA 3IJXB 1JVXA 5ICQA 3USDA 2WKYA 4XTCQ 3LUYA 4IO2A 5J1DA 2E1SA 4YB6A 2DE2A 5L9OA 2H4IA 5TPAA 4IO5A 2R71A 4K3FA 1ZIUA 4IO3A 2Q88A 3FVKA 2HFBA 4FEBA 5I2KA 3UA8A 1R6ZA 4PFWA 3OOAA 4ZEIA 4QHQA 4H65A 1MM7A 3TFLA 4FORA 2O51A 4RA1A 1GR2A 3HPIA 1UIVA 3PPQA 3H06B 3FV1A 2REJA 3O97A 1MY0A 3MP8A 4PFTA 2Y7RA 2XXRA 3D4GA 2RCAA 3H3GA 3BKIB 3PUZE 1LB8A 4OYVA 3F11A 1NNPA 2F6PA 3FXQA 1AIVA 4OETA 1QUJA 1FQCA 4F2QA 2QS3A 2ONSA 4QFPA 1QUIA 1F9BA 2P2AA 4EXKA 2O7IA 2A5TA 3TEPA 4LP2B 5ISUA 4IO6A 4ZS9A 1EZ9A 1O63A 4YKKA 3JYRA 2Z8EA 2GFEA 2QSXA 1IZ1A 1H45A 2NOOA 3SEVA 3PPRA 4R74A 1JNFA 3CR9A 5CBRA 2UVHA 1I69A 2Q9TA 3FIRA 2Z22A 1MXZA 4I62A 3TODA 3O9PA 4WKMA 3MZ9A 5JK4A 1Y20A 3IJOB 3MVZA 1N7WA 2ESNA 4X1BA 3OO9A 3BFTA 5CC2A 1ZU0A 3QIMA 1IIWA 4WEPA 4Q8RA 1Y3NA 4XKQA 5DVJA 3H4ZA 3QAXA 1KWHA 2XXHA 5CMKA 3CRBA 4G68B 2HXWA 1OLCA 2F7AA 4AQ4A 4TOZA 3VVFA 5KDTA 4OESA 1DPEA 2XXQA 3C31A 3PMVA 4HW8A 4OFLA 1AMFA 1P99A 1A7LA 3RQTA 4MFIA 4NF5A 2ONRA 3VVEA 2ZMBA 2Z23A 3PD9A 1GVCA 2V25A 4LATA 1P1OA 5CI5A 3RT6B 1LCTA 1HSLA 3T9UA 3VXBA 5HM4B 1D9VA 2O1LA 3QXMA 1GTKA 3CFXA 2XXUA 5JTYA 3GXAA 4R2FA 1IITA 2G29A 3CVGA 4FIMA 4RYAA 4X48A 2F6GA 1PB7A 1ZTYA 4MLQA 1MPCA 1LAGE 3C33A 3SEYA 1MDQA 2BJJX 5KCJA 1B0LA 1VR5A 4M1VA 4F22A 4DIGA 3QUFA 3G3FA 3K02A 3PUVE 3MC2A 3V83A 5I58B 3TCFA 2ZYKA 3T66A 3KJ7A 1RKMA 1N84A 1MH4A 2ZXTA 4GLIA 1VE4A 5H8HB 5AA4B 2QS2A 2DVZA 4GL8A 2IA4A 4LZ5A 3MPKA 3MZ1A 3SEWA 4EXLA 1A99A 5ICTA 4XXUA 1MY4A 2XXXA 1FQDA 5L8DA 4G8MA 1PB9A 2H99A 1LAXA 4DLDA 1LBBA 3GLBA 4H1XA 3LSXA 3TDJA 4OVJA 1MY1A 1MRPA 3MW0A 4RXLA 1LFHA 5FHMA 3OEKA 4GRKA 5ITPA 2I0CA 1XVXA 1PEBA 3M8UA 3IOUA 3ODBA 1UTBB 1N7XA 4UA8A 5TU0A 1URDA 2XXYA 2HAVA 4AB6A 3CFLA 3UK4A 4OERA 2HEUA 1IQ7A 3FV2A 2XXPA 3RT8A 4Q5TA 4KCCA 3U93A 2PT2A 3IR1A 3PU5A 2QRYA 2I6EA 3DELB 3FVOA 1AL3A 3HHFA 3N26A 3THIA 2AIXA 2V3UA 4LVQA 5H8QA 3AXFA 5DTBA 1BIYA 4IGRA 3MP1A 3QK6A 3IORA 5EHMA 5ELVA 3RNNA 4O3CA 4LQ2A 3KOSA 3OD7A 4F3SA 2FYIA 3CFZA 4QFOA 4GL0A 1XS5A 2CZLA 3IX1A 2V3QA 4KYSA 3DLNA 3KN8A 1JETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FQBA 4EQ7A 5HPQA 1SW1A 3C4MA 1P1WA 3U1OA 3U94A 3K01A 1NV7A 5IKBA 3ZS6A 2I3WA 2VPNA 4LQ5A 4ZZEA 3S4UA 3K1MA 2HZKA 1B32A 2Q2CA 3PPPA 3MQ9A 3SKPA 4F1UA 3U92A 1NV1A 3Q27A 4OENA 2XD3A 1DSNA 5I56B 2OWTA 2A5SA 5H8NA 2DE4A 3MZBA 3TTNA 2H98A 5LDZA 2FHYA 3T9VA 5ET7A 2W7YA 5CMBA 4LZ8A 1B58A 1MPBA 1TXFA 4FATA 1I6BA 3EHSA 3PTYA 1I6AA 2CEXA 5I59B 3E13X 4R9GA 1MXVA 3MYUA 1QKAA 2QL3A 4U2RA 1US4A 4NTLA 3PV0E 4PP0A 1S50A 4PE5B 3KGCA 3EN3A 4P0GA 2AL5A 4R75A 4ND9A 2PMSA 4I9DA 4F31B 2UVJA 4NF6B 2NWJA 1LB9A 3H6TA 4ZE9A 3OXNA 2O6AA 4NMYA 5AA2D 4N4UA 1NH8A 1WVJA 4NN3A 5A5LA 1Y3QA 1MG1A 1FBGA 3K00A 1B5HA 2I49A 1NUYA 1MXYA 4PBQA 2D3IA 3FVGA 5TP9B 2WEFA 4HXVA 4DCYA 4QF9A 1D4NA 1GGGA 1DTZA 1B4ZA 4NQ8A 3BFUA 2Y5KA 4FBPA 4QBAA 2HPGA 5DW8A 4JVDA 2PX1A 1LBVA 4JB7A 5BWJA 3B6WA 1FW0A 3GBAA 4QSCA 3S9MC 3S9LC 4BDLA 1TFDA 1ZMGA 1M5BA 3G3GA 2QFLA 4GFRA 3PD8A 3OSRA 2ZNTA 3MJNA 1Y4CA 3EHTA 4LZ7A 5ESYA 1XVYA 1FSAA 1KZ8A 2B4LA 1PB8A 4AS4A 1IXIA 4FEDA 5EQ9A 3SDFA 5IAIA 4R72A 3PGFA 3LR1A 3KFMA 4GWUA 2WX9A 4G68A 4XEQA 3S2VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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