3L6GA

Crystal structure of lactococcal opuac in its open conformation
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
DKKVDLVYMNWDSEVASINVLTQAMKEHGFDVKTTALDNAVAWQTVANGQADGMVSAWLPNTHKTQWQKYGKSVDLLGPNLKGAKVGFVVPSYMNVNSIEDLTNQANKTITGIEPGAGVMAASEKTLNSYDNLKDWKLVPSSSGAMTVALGEAIKQHKDIVITGWSPHWMFNKYDLKYLADPKGTMGTSENINTIVRKGLKKENPEAYKVLDKFNWTTKDMEAVMLDIQNGKTPEEAAKNWIKDHQKEVDKWFKGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Ligand binding and crystal structures of the substrate-binding domain of the ABC transporter OpuA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Betaine ABC transporter permease and substrate binding prote
molecule tags Glycine betaine-binding protein
source organism Lactococcus lactis
total genus 84
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3l6gA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3l6gA02
2IEEA 5KZTA 1CB6A 1B0LA 1OVTA 4ZS9A 3KOSA 1PBQA 2VGQA 3OENA 3DP6A 3K4UA 1FQAA 2YJPA 5FTIA 4GXAA 3TODA 2DWIA 3T9XB 4EF1A 3EN3A 1USYH 4YMAA 1SQYA 4QSDA 3G3HA 1UIVA 1FQFA 5DVFA 3CG1A 2I6EA 2FNCA 2I3WA 2UVIA 2A5TB 4QHQA 5I2KA 4G68C 5I59B 3IAZA 3O28A 1B2HA 5H8QB 4U21A 1MY2A 3U8QA 3V5AA 4YU0A 1R9LA 4EQBA 4HTGA 2P1SA 4IB2A 3RUMA 2H98A 4DCXA 2VD2A 5K2YA 4FIMA 2V93A 4I62A 5ELVA 2QS3A 4RA1A 4EXLA 2P2AA 2ALUA 3K0VA 3PUWE 4OWDA 5CRYA 1KWHA 1B51A 1MDP1 2Q9TA 5M2VA 4XKPA 3OMBA 3HCQA 1Y3NA 3MZBA 3PV0E 1O64A 3CRBA 4H6DA 5F1QA 4JWOA 2KLFA 2RC7A 3GZGA 4RPOA 2XXTA 3U72A 1OMPA 3CIJA 4WEPA 1Q1KA 3MVYA 1QKBA 4E0XA 1SYIA 4FAJA 2QMXA 3VXBA 1PB7A 3RT8A 4F39A 1LAFE 3H6UA 5KDTA 3W9WA 2V3UA 4QFPA 2DVZA 1D3KA 4GRKA 3PD9A 1MQHA 1N3XA 3MP8A 4P0IA 3I5OA 2DWJA 4KCDA 1N76A 3H7MA 2Z8DA 2DWHA 3OXNA 5BUUA 3S9NC 4F29A 5HBCA 4EXKA 1PDAA 4UACA 1SDXA 2AL4A 3USDA 3R26A 2NVUB 1PB8A 3EF7A 3TKDA 1MH3A 4IY5A 2GH9A 1B9JA 4P0GA 3UN6A 4ZECA 3MC2A 2DYXA 2XXVA 4PETA 1LAGE 1RKMA 1M5BA 2UXAA 4KR5A 4LA9A 1POY1 5JTYB 2PX1A 4ECFA 3IX1A 3JYRA 1D9YA 3N94A 3UK4A 4RPNA 4YZZA 3E13X 5AA2B 3CVGA 2V3QA 2RKMA 2Q2AA 4DDDA 3E3KA 4BLAA 4YMBA 1FTMA 2VP1A 1QULA 2HAVA 3TAJA 1IXIA 2XXIA 3TCFA 3CG3A 3T66A 3DLNA 2CZLA 1LFHA 1MQIA 3LSXA 5DEXB 2DE2A 1HSLA 2DQVA 2G29A 3MVXA 5H8FB 1JEVA 2PT1A 4FE8A 3CFLA 1TFAA 3MQ9A 3JZJA 1B4ZA 4OHNA 1POTA 2XXYA 3O6IA 3ILUB 1B46A 3K6WA 3L6GA 4ONYA 3OD7A 2UVJA 4QFKA 1UQWA 4H5FA 1BKAA 3V89B 3MW0A 4GL8A 4U1ZA 3T93B 4ZZEA 4I1DA 3Q25A 4DXBA 4ELOA 5CM6A 4XKQA 4F3GA 1S50A 4KQPA 1SVXB 3BKIB 1MXUA 2O1MA 4X1BA 4KCCA 3RY3A 4ND9A 4C0RA 3OO9A 1I69A 4FECA 3D4CA 4F2OA 2VHAA 1YAEA 2F6GA 1QVSA 2PYYA 3K6UA 2NWJA 1P99A 2O69A 3G3KA 4F1VA 2V25A 2DXRA 4BDQA 2XXQA 1A8FA 1CE2A 2QRYA 2ZYNA 3KGCA 1MM7A 4XTCQ 1I6AA 3TTLA 3MP1A 3KN8A 1Y1MA 4YKIA 4F22A 1FCKA 1MRPA 2HCAA 2AIXA 3T9UA 1A99A 1DTZA 2ONRA 5KDTB 1URDA 4O3CA 4MF3A 3LR1A 4HCYA 2XX8A 2XD2A 4NWDA 3EHUA 3C31A 1D9VA 2I49A 4BDOA 3MBPA 1JEUA 4NEDA 5CMKA 5DTBA 1UTBA 2HQ0A 1EH3A 5JK4A 1DMBA 2DOJA 2DXYA 3O29A 3TFLA 2PBWA 2XX9A 2E1SA 1ATGA 3LC8A 4OETA 2HZKA 3IB1A 3KN7A 3RT6B 1VR5A 3TDJA 1Y20A 1NNPA 1N0TA 4E0WA 4LQ2A 1BIYA 1YPNA 3RTFB 4UA8A 1MQJA 1P1NA 1FTOA 3OOAA 1D4NA 5K2XA 5I56A 4O3BA 1WVJA 1Y9UA 3MPLA 3W15C 4OQOA 5ITPA 4I8CA 1ZKBA 4DCYA 4OEUA 1FQCA 4M4GA 1SI0A 4DZ1A 2RCBA 4FATA 1UIUA 4Q8RA 2X7QA 1AMFA 4NWCA 1SYHA 2R71A 1FW0A 4ESWA 3N6UA 1NKXA 2ANJA 1LBBA 1ELJA 3K00A 4KHZE 3TTKA 4R73A 5EHMA 1JQFA 3IORA 3D4GA 3PD8A 1MXWA 2O1LA 5I58A 2PVUA 4Z0IA 3TTRA 2O84X 2F97A 1OQHA 4U4SA 5A5XA 1S7YA 3N5LA 4MH5A 3MZ9A 1LCFA 4RXLA 5AA1A 4YB7A 5HM4B 2H4IA 1TWYA 4KPTA 1VFEA 4IY6A 4F3SA 1O7TA 2QS4A 2I3VA 3K1NA 3FUZA 3OO6A 4FEDA 4U2RA 5I2NA 4FJPA 1SW5A 2DWAA 4OFJA 4AQ4A 3UGWA 4AB6A 2NOOA 4EDPA 2I0CA 4ELQA 1US5A 3TTNA 3OEKA 2AL5A 4GOTA 3VLVA 4R72A 3RQTA 3OSQA 3KSXA 3H3GA 4QFLA 2QMWA 2ZXTA 3Q28A 3MVWA 4N13A 1OQGA 5L9OA 1H45A 4XKNA 3OSRA 5H8SA 1R1NA 2CMOA 3U1OA 1J1NA 3VLWA 1RYXA 3FXQA 4FORA 2THIA 4LONB 5DVIA 4EF2A 1JW5A 4JSDA 4OYVA 2HAUA 5B70A 3B7DA 4RK2A 1MQGA 3FVOA 4NF4B 3LBSA 4ESXA 3V83A 1B7UA 1TXFA 3H6WA 5H8HB 1LFGA 1GVCA 4RYAA 4IO4A 2PT2A 1QUKA 4PQJA 4PFYA 4FEBA 4NF5A 2R6GE 5TPAB 3BFUA 2RC8A 1N84A 3G3FA 2XX7A 3PPNA 3TCGA 3KG2A 2X26A 3LSWA 4I9DA 3QUFA 4RNSA 5AA4A 4GD5A 4DXCA 3S4UA 3CSGA 2I4CA 2UVHA 3RLFE 3HPIA 2D3IA 4JSOA 3SEYA 1NH7A 1IXHA 1I6QA 3T9HB 4EUOA 4NF8A 3RNNA 1PBPA 1XS5A 4Q0CA 4ELRA 2PMSA 4R9GA 4KYDA 1WDNA 4F18A 5ICTA 4Q30B 3T96B 4U23A 5L9SA 1IIWA 3H06B 3V8XB 2HEUA 2UVGA 1B5HA 2VOZA 2Q88A 5LOMA 2XXHA 5TP9A 2DP8A 3H03A 4F3BA 2X7PA 1IZ1A 3KZGA 1NNKA 4N07A 3S9LC 4GL0A 2GFEA 3PMXA 5I58B 4QSEA 1Y4CA 2GHBA 4KFQA 3U94A 4YB6A 2F36A 3PMWA 5A5XB 1QKAA 3THIA 4LQ5A 3OEMA 1I6BA 4K3FA 1USYE 3VVEA 1FTJA 4OFOA 4ZEBA 1UTHA 1P1QA 1PC3A 4JWYA 4ELPA 1B4HA 3QIMA 3VLUA 1FQEA 3ECRA 3RGYA 5DVJA 1XC1A 2Z8FA 4ZEFA 2IA4A 3SDFA 4OESA 3FJGA 3HSTA 4XIGQ 2YLNA 3SEVA 2HFBA 4JXIA 1B3GA 1FQBA 1LCTA 1IEJA 1AOVA 3IO6A 2ESNA 1A55A 3KEIA 1OIBA 3WAEA 4YKJA 3ILTB 1EU8A 1SI1A 5DT6A 4GLIA 2H25A 5BWJA 4QRZA 2Y7RA 3KJ7A 2ZNUA 5IKBA 2I48A 3EHSA 3IJXB 3VVDA 3C33A 4TLLB 4P11A 1LB8A 4YB5A 2Y7PA 1ZJLA 1AL3A 1B3LA 5I2KB 4BDRA 1NH8A 2OK2A 1MS7A 1O63A 1Y3PA 3EPEA 5AE4A 3FJMA 3MPKA 1TT1A 2ZYKA 4ZEKA 5CMMA 2XHDA 2HXWA 5B7DA 1L5TA 3M3KA 4G4PA 2UYFA 2BJJX 1B52A 1P1WA 4QFOA 3SERA 4G2ZA 2ABHA 3PUVE 3RPWA 4JDFA 3S2VA 1Z7NE 5I84A 3K1MA 1H3DA 1GR2A 2H99A 3MWBA 1B32A 1IQ7A 3KFMA 3FATA 3KBRA 3SEXA 2QL3A 1M5FA 2RF1A 3E9XA 2B3BA 1RYOA 2RC9A 2FYIA 1SBPA 2F8DA 3L6HA 4PFWA 3MVZA 4TOZA 2FA7A 2REJA 3GXAA 4H0WA 3ODBA 3VVFA 4NF8B 4GFRA 3LUYA 1SW4A 4R74A 3QXMA 1P1UA 3HHGA 1IXGA 1S9TA 2A5SA 3A3CA 4Q5TA 4F31B 4BDNA 5I57A 1H44A 1SD3A 2A5TA 2QS1A 5I59A 5JEIA 1M5EA 1LSTA 3MUQA 4F19A 4MLVA 4HS7A 3S9MC 3MZ1A 2F7BA 1DSNA 1MXVA 4JWXA 4RY1A 3VE1B 1T0KA 3A3UA 4DE8A 3CSBA 1OVBA 4H8JA 2B3FA 3ZKKA 3DP8A 4MFIA 5AA3A 1M5DA 3P7IA 4F1YA 4NTLA 3FGSA 3SEUA 4OERA 4OEVA 1B7ZA 2UYEA 2H9BA 4WEDA 2Z22A 4NF6A 4JBZA 3IR1A 4C1UA 4L17A 2DE4A 1SW1A 3KN3A 3H6TA 2RCAA 3OO7A 4GQOA 2Z8EA 4XKRA 1UTHB 2ZYMA 3C36A 1LAHE 1R6ZA 4YAHX 3KJTA 3W9VA 3H4ZA 3M3LA 2OWSA 4QF9A 3LSFB 1MQDA 1LAXA 3FVKA 3QSLA 4R75A 3UORA 3CFZA 1MXZA 4ZDMA 1MPBA 3C35A 3DP4A 1MXXA 3VV5A 1YTVA 4QFNA 3PUXE 2F78A 3IOTA 5F7VA 1B58A 2WKYA 2V3TA 3KOTA 5AA2D 3C34A 4X48A 1BLFA 1QW0A 2HZLA 2F6PA 4RK9A 2D21A 1A8EA 3EQ1A 3CI8A 3CFXA 2G93A 4LVQA 1B5IA 1B5JA 3HO7A 4LZ8A 3M3FA 2GHAA 2ZNSA 4R2FA 3O2AA 1BP5A 3VFJA 3FXRA 4C1TA 1LBCA 1A7LA 5JTYA 3QYTA 5ICQA 3O97A 1ZLQA 3K2DA 3G3IA 4R6KA 4XXUA 2Y7IA 3UP9A 5AA2A 3TELA 3OO8A 2F7CA 3ONMA 3IK6B 1JW4A 5KCJA 1B6HA 4DXUA 1B40A 2LAOA 3T9VA 3R7XA 3O66A 4EQ7A 3Q26A 3AXFA 3FV2A 2E0SA 3O9PA 3TZAA 4ZEDA 1LLSA 2O6AA 3TQWA 5CMBA 3TUSA 1DTGA 2I0BA 1QUJA 4NE4A 4H67A 3PPOA 3PU5A 3SETA 1A40A 1GGGA 1TFDA 5DEXA 4U4XA 3GBBA 5H8FA 3MP6A 1N04A 4GIZA 5I57B 3CR9A 4GWOA 1ZBMA 2QS2A 5HPQA 4NMYA 3OELA 1UTBB 4PE5B 1M5CA 2RINA 5FHNA 3HN0A 4M1VA 1NL5A 3SEWA 1EZPA 3TPAA 3TCHA 4IGTA 1PB9A 4GXSB 3FV1A 5H8NA 2Q2CA 2O7IA 4N6PA 1A54A 3MJNA 1B1HA 1NNTA 2OZZA 1LFIA 4NF6B 1GV8A 1AIVA 1VSOA 5CBSA 2DE3A 3QUJA 3VDFA 1MM6A 3PMVA 5I56B 1QUIA 3QAXA 2R9JA 4F2QA 3RN8A 2QSXA 3PUZE 4OMBA 1FTLA 3HHFA 3FIRA 3TMGA 1QJMA 3TYHA 2F7AA 1Z7ME 4ISUA 1N7XA 3K1PA 2OCUA 3G3JA 3GBAA 5CC2A 2Y7KA 3T22A 2NUVA 2Y84A 4ZZAA 4IO3A 5FHOA 1MH4A 2QJEA 4PP0A 4LZ5A 4G8HA 2F35A 3C4MA 3B6TA 5FTHA 5EYFA 4IO7A 1MPDA 3FASA 3O6GA 4ZEIA 1ZMGA 4Z7EA 4OZ9A 1DPEA 3DM0A 2O7UA 1ZIUA 1Q35A 4OVJA 1NNFA 3Q27A 4HCWA 2V84A 4WXJA 1OLCA 4AB5A 1DPPA 3IL1B 4KYEA 1JW1A 3UA8A 4PFTA 4H8IA 3N26A 4G68A 3IB0A 5I2NB 5CI5A 5KCJB 3TEPA 3E4RA 4LATA 2B65A 1IUDA 1IITA 1BTJA 3IOVA 1MDQA 3ZKLA 3C9HA 2NXOA 4DLDA 4HW8A 1B7HA 4U22A 3IJOB 2GRVA 2REGA 3K6VA 3RTWB 4POWA 1VE4A 2O68A 3B6QA 2XD3A 3UIFA 3ZSFA 1MY3A 3EHTA 4MLQA 4KYSA 1ZTYA 3SESA 3FXUA 4R2BA 1F9BA 3FD3A 1B3EA 4R6YA 2I4BA 5L8DA 5ISUA 3U93A 3QK6A 4DIGA 1N3WA 4H5GA 1H43A 4NF5B 2QPQA 1SW2A 1OLAA 3A09A 3N6TA 4IGRA 4OTEA 5CMCA 2ONSA 5H8NB 5AA4B 1II5A 3GLBA 3R6UA 2OLBA 3BBRA 1XHYA 1US4A 4ZE8A 4R9FA 2ONKE 2XXPA 3FJ7A 4KD5A 3WAFA 1R9QA 5J1DA 3TQLA 1Y1ZA 3JV9A 3U92A 3TTMA 3ZS6A 1Y3QA 1P1OA 3PPRA 1B05A 3BFTA 2OJTA 1DOTA 3PPPA 3HV1A 2W7YA 3PPQA 2XXXA 4BDLA 1MPCA 1N7WA 4ZE9A 1AH5A 2YPNA 4WKMA 3G7WA 1MY1A 1JVYA 1YCJA 1LB9A 5H8QA 2Q89A 5TP9B 1IXCA 1XVXA 4X9TA 1EZ9A 4LP2B 2OWTA 4THIA 3K02A 4X1DA 5FHMA 4POXA 3H6VA 4YKPA 3O6HA 4H65A 4BDMA 4NF4A 4F3PA 3MAMA 4GF8A 4QSCA 5H8HA 1NFTA 3IB2A 1Y4TA 2H5YA 2F34A 2XXUA 2Z23A 1XVYA 3LSLA 3K6XA 3PGFA 1JVXA 1URGA 5TPAA 3F11A 1B0HA 2AYSA 1JNFA 4YICA 5IAIA 1GTKA 3C32A 4KI0E 4EQ9A 4F1UA 5L9MA 3IOUA 4TLMB 2P0SA 3S9EA 4IO2A 4MBPA 2XXWA 4G68B 1FTKA 2Q8JA 1B1XA 2ZNTA 3K01A 2O51A 3KSJA 4G8NA 4G77A 4RJZA 1MXYA 2DVCA 4H1XA 2OBGA 1HSJA 3B6WA 3I3VA 5EHSA 1MG1A 4R6HA 4OXVA 5ITOA 3G3GA 3PUYE 1URSA 4PFUA 3DELB 1LGBC 1JETA 5TU0A 3FVNA 2DS9A 1MY4A 3IOWA 1ZU0A 2VD3A 2I58A 2M8CA 2F5XA 3VXCA 4JB7A 1FQDA 1WODA 4GVOA 4U1OA 1HSEA 1XOCA 4IO6A 1NMUA 2ZMBA 2XXRA 2Y7WA 2D5WA 1VFDA 1EZOA 4OFLA 4G8MA 1ANFA 4LZ7A 4OENA 1B3FA 3FZVA 3SKPA 4TQUQ 1PEBA 2ZYOA 3IO4A 3M8UA 3Q29A 4IO5A 1H76A 1B3HA 3FVGA 4YKKA 1XT8A 4LUBA 5CBRA 2DSFA 3I6VA 5DYHA 4O3AA 1MY0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5LTCA 2AL4A 3USDA 2WBBA 3R26A 2NVUB 1PB8A 1NV0A 3EF7A 4HXVA 3RYDA 3TKDA 1MH3A 4IY5A 2GH9A 1B9JA 4H45A 1RDYA 2L5VA 4P0GA 3UN6A 4ZECA 3MC2A 1LBYA 2DYXA 2XXVA 2XWOA 4PETA 1LAGE 1RKMA 1M5BA 2UXAA 4KR5A 4OVSA 4LA9A 1POY1 5JTYB 4OVTA 2PX1A 4ECFA 3IX1A 2FHYA 3JYRA 1D9YA 3N94A 5EYGA 3UK4A 4RPNA 4YZZA 3E13X 5AA2B 3CVGA 1FBPA 3MSTA 2V3QA 3PTYA 2RKMA 5IZ3B 1SPIA 2Q2AA 4DDDA 3E3KA 4BLAA 4YMBA 1FTMA 3ISPA 2VP1A 4MCOA 1QULA 2HAVA 3TAJA 1IXIA 4PDHA 1FBEA 2XXIA 3TCFA 3CG3A 3T66A 3DLNA 2CZLA 1LFHA 1MQIA 4NAPA 3MYUA 2ZZXA 1LBWA 3RPLB 3LSXA 5DEXB 2DE2A 1HSLA 2DQVA 2G29A 3MVXA 5H8FB 1JEVA 2PT1A 4FE8A 3CFLA 1TFAA 3MQ9A 3JZJA 1B4ZA 4OHNA 1POTA 2XXYA 3O6IA 4PFRA 3ILUB 1B46A 2CZIA 3K6WA 3L6GA 4ONYA 3OD7A 2UVJA 4QFKA 1UQWA 4H5FA 1BKAA 3V89B 1KZ8A 3MW0A 4GL8A 2PFYA 4U1ZA 3T93B 4ZZEA 4PGPA 4I1DA 3Q25A 4DXBA 4ELOA 5CM6A 4XKQA 4F3GA 1S50A 2R8TA 4JVDA 4KQPA 1SVXB 3BKIB 1LBVA 1MXUA 2O1MA 4X1BA 4KCCA 3RY3A 4ND9A 4C0RA 3OO9A 4PAFA 1I69A 4FECA 4OA4A 4QBAA 3D4CA 4F2OA 2VHAA 1YAEA 2F6GA 1QVSA 2F3DA 2PYYA 3K6UA 2NWJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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