3L6GA

Crystal structure of lactococcal opuac in its open conformation
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
DKKVDLVYMNWDSEVASINVLTQAMKEHGFDVKTTALDNAVAWQTVANGQADGMVSAWLPNTHKTQWQKYGKSVDLLGPNLKGAKVGFVVPSYMNVNSIEDLTNQANKTITGIEPGAGVMAASEKTLNSYDNLKDWKLVPSSSGAMTVALGEAIKQHKDIVITGWSPHWMFNKYDLKYLADPKGTMGTSENINTIVRKGLKKENPEAYKVLDKFNWTTKDMEAVMLDIQNGKTPEEAAKNWIKDHQKEVDKWFKGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Betaine ABC transporter permease and substrate binding prote
publication title Ligand binding and crystal structures of the substrate-binding domain of the ABC transporter OpuA.
pubmed doi rcsb
source organism Lactococcus lactis
molecule tags Glycine betaine-binding protein
total genus 84
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3l6gA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3l6gA02
1QUJA 4LZ8A 3O97A 1FQDA 1I69A 3MPLA 3RY3A 1A99A 3O66A 2Q89A 3FASA 4OESA 4C1UA 1LFGA 4BDNA 4ZZAA 3F11A 3A09A 5AA2B 2NOOA 3EN3A 3FUZA 3FVOA 4Q5TA 2V93A 3CIJA 2O1MA 3E3KA 4LZ7A 1P1NA 3PUVE 1Y4CA 1H44A 2QJEA 3IORA 1NL5A 2ZMBA 2V3TA 4POWA 1LB8A 5KDTB 3PPOA 5I59B 2RCAA 4F1UA 3USDA 1IXCA 1JW1A 1NH7A 4K3FA 1SI0A 2UVHA 2V25A 1FW0A 4IGRA 1BP5A 3O28A 3Q26A 4PE5B 1OIBA 3U93A 2VD2A 2RF1A 5CBSA 1ZKBA 2UVIA 4AQ4A 1QVSA 4PQJA 2NXOA 2ZNSA 5AA1A 4XKNA 3FGSA 4I62A 2B3FA 4GD5A 4ZEKA 1NKXA 4XKQA 1B3FA 1MQGA 2F7CA 3S4UA 4O3CA 5KDTA 1P1UA 1UIUA 1B5JA 3T9HB 3S9MC 2Z23A 1D3KA 1S9TA 1VE4A 3CRBA 1N76A 3B6TA 3IJOB 4NF6A 4GRKA 4RYAA 2F34A 3RT6B 4BDRA 3C4MA 3N6UA 1EZ9A 3CR9A 1FQBA 4MLQA 3PD9A 4NF4A 4IO5A 4ELRA 2F6GA 1DOTA 1SW4A 4ESXA 2P1SA 3SEYA 4LP2B 4TOZA 1LAFE 1ZBMA 1ZIUA 4XTCQ 3KN3A 2DWIA 4ZEIA 5K2XA 1EU8A 1SW1A 4RPOA 3LSLA 2THIA 1P1WA 4XKRA 4PFWA 3UIFA 1SI1A 2QS1A 1JVYA 4KHZE 3D4GA 3MBPA 1II5A 3PMVA 4JSOA 1ELJA 2DP8A 4MBPA 4IY6A 1FQFA 3VFJA 2B3BA 4G68A 4IO6A 1Q1KA 1A40A 5H8NB 1MXVA 4F39A 3CFLA 1B0HA 2DWHA 4X1DA 3DLNA 3I5OA 4G8HA 3OXNA 1N3WA 1B4ZA 4ZECA 3IOTA 3OEMA 1B9JA 3EQ1A 4OERA 3M8UA 3T96B 3TFLA 3I6VA 4GQOA 1A55A 4YMBA 2UVJA 4IO3A 1B7ZA 3M3KA 2D3IA 5ISUA 5L9MA 5H8FA 2O7UA 1GGGA 4U22A 2P2AA 3SESA 3EHUA 2NVUB 3K2DA 5EHMA 2XXVA 1TFAA 4G8NA 5AA4A 2RKMA 5FHMA 4OYVA 3GBBA 2E1SA 3QUJA 4XXUA 5A5XA 3C33A 2NWJA 2WKYA 4N13A 5ICTA 3H6UA 4C1TA 5L8DA 4GXAA 3S9LC 1B40A 1JVXA 4X9TA 3ILTB 4BDOA 1B46A 1IXIA 3HSTA 2IEEA 4RK2A 2OCUA 4ECFA 2Y7WA 1TFDA 2AYSA 3N26A 1POTA 2B65A 1FTOA 3LSFB 3TUSA 3G3IA 1D9YA 1HSJA 3O6IA 4O3AA 4ZEDA 4YKIA 2GRVA 5I56B 3ECRA 3FV2A 4KPTA 1N04A 2A5SA 3KJ7A 3RT8A 4U2RA 2O51A 2HQ0A 3HV1A 3LUYA 5I84A 1R1NA 1ZTYA 4DLDA 3BKIB 4YZZA 1USYH 3TCFA 2DQVA 1QULA 4H0WA 3E4RA 3K6UA 4ESWA 4R75A 4OFOA 1AL3A 3KOTA 1B51A 2REGA 2DS9A 2BJJX 3C35A 3B7DA 3TMGA 3ONMA 1BLFA 2QS2A 4F22A 5CMBA 2CZLA 5JK4A 3U92A 4H5GA 3MWBA 2Y7KA 2Z8FA 4PFUA 3EHSA 3OSQA 3FATA 1ANFA 3MJNA 4GLIA 4N6PA 5H8QB 2I6EA 1MQJA 3KGCA 4LZ5A 2FNCA 2OBGA 4NWDA 5TPAA 4BDQA 4QRZA 4G68C 5IAIA 2UYEA 4YB6A 3OSRA 2H5YA 4U1OA 1PB8A 1MXXA 2VHAA 3C34A 1Z7ME 2HXWA 3CSGA 3JYRA 3MQ9A 5IKBA 3PU5A 4YKPA 3H6WA 2DWJA 1JNFA 1I6QA 2ZYNA 1NNTA 1BTJA 1JETA 2HCAA 2V84A 4F2OA 4P0GA 2YJPA 4JWYA 4R2BA 5KCJA 2Z8EA 3PMXA 5HM4B 4I1DA 4E0XA 5H8QA 4IGTA 5H8HA 4R6YA 1IXGA 2DE2A 4F3GA 3TYHA 2UYFA 4F31B 4PP0A 1SW5A 2I58A 4POXA 3LC8A 4GIZA 4EF1A 2DWAA 1LFHA 3P7IA 4H5FA 4OZ9A 2PT2A 4ONYA 2PVUA 3N6TA 2Y7IA 1YTVA 1EZOA 2H25A 1FTJA 1OVBA 3WAFA 3TQWA 3PD8A 2UVGA 1MY4A 2R6GE 4IY5A 4OFLA 2ABHA 4WEDA 1B3LA 1IUDA 4FATA 4DZ1A 4MLVA 1M5CA 1R9LA 3IR1A 4U21A 4GL0A 1S50A 2ZNTA 3A3CA 3V89B 1B7HA 1LAXA 1Y3QA 3UN6A 2VGQA 4OMBA 4G77A 4I8CA 3BFTA 3RUMA 2PYYA 3FJGA 5AA3A 4JDFA 2F8DA 3D4CA 3DP4A 5JEIA 1JEVA 3DP8A 4QFKA 3FJ7A 3FV1A 3IOUA 1JW5A 2XXPA 2Y7PA 2V3UA 1QUIA 3O9PA 1MH3A 1LAHE 2I0BA 1GTKA 3VLUA 5DVFA 3V8XB 2F7AA 4WXJA 2H9BA 4JWOA 1NFTA 2REJA 1H43A 2XXQA 1F9BA 3S9EA 4R2FA 1MQDA 1CE2A 4OTEA 1JW4A 2ZYMA 2DVZA 2XXTA 4KCDA 4ZZEA 2XXIA 5CMMA 1ZMGA 4NF6B 2XXHA 2Q88A 4ZS9A 5AE4A 1LBBA 4LQ2A 4EUOA 2DE3A 2G93A 4QFLA 3K0VA 2O68A 3TQLA 1IITA 3RN8A 2O69A 1IIWA 4FIMA 4NF4B 3TTRA 5J1DA 4R6KA 4GFRA 2XXUA 3TAJA 3H06B 3CI8A 2X7PA 3V83A 4HCWA 1QKAA 5B70A 4OEVA 4DIGA 1MM6A 1I6BA 3RNNA 3HPIA 1FQEA 2HZKA 2OK2A 4QFPA 1UTHB 3QSLA 3TPAA 4LQ5A 1PEBA 1MH4A 4G68B 4FEDA 3TKDA 1QUKA 4I9DA 1MY0A 1USYE 1SDXA 3O29A 4U1ZA 1DSNA 3SEUA 3FXQA 1B1XA 2I4BA 3I3VA 2Q9TA 1ZJLA 3RPWA 2DXYA 3S9NC 2H4IA 2OWTA 3M3LA 2Z22A 3K1PA 1N7XA 1WDNA 4DXUA 3UK4A 1MPBA 5H8FB 3RTWB 2RINA 1UTHA 3LSWA 4F18A 4Q8RA 3L6GA 5AA4B 4KI0E 4FEBA 5ICQA 1TWYA 3B6QA 2QL3A 3RGYA 1T0KA 4H8JA 5CRYA 1B3HA 4JBZA 3VV5A 1SYHA 5A5XB 4F3PA 2QS3A 3CVGA 5HBCA 3OEKA 4P0IA 1YPNA 3G3KA 5K2YA 3QXMA 4NWCA 3W9WA 3N5LA 3QAXA 1XC1A 4F3BA 3OELA 1I6AA 3MAMA 3H03A 4QFNA 4XIGQ 1QKBA 1LAGE 3U8QA 5JTYA 1N7WA 2XXYA 3E9XA 4TLLB 4EXKA 2AL5A 1NMUA 3GZGA 4EDPA 2F5XA 4ISUA 4RXLA 3ZKLA 4KR5A 4DE8A 4HTGA 2OWSA 2YPNA 4AB6A 2D5WA 4NF8B 1B05A 4WEPA 3IO4A 5CC2A 1B52A 3FVGA 1B1HA 4C0RA 2UXAA 2IA4A 2FA7A 2HFBA 3R7XA 1N84A 3VVEA 1PB7A 2XX9A 5EYFA 2HAVA 3UORA 4IO2A 3TDJA 4KFQA 3L6HA 1SQYA 4F2QA 3IB2A 5I2NA 1B32A 4ZEFA 2O7IA 3TELA 5AA2D 3UGWA 3VLVA 5CI5A 3TCHA 3IL1B 4OHNA 5F1QA 5BWJA 4G4PA 3HN0A 3S2VA 2P0SA 1LB9A 1HSEA 3BFUA 4R72A 4R73A 4HS7A 3OO8A 3K02A 4ZEBA 4PFYA 5LOMA 3ODBA 3TTLA 4NF8A 2Y84A 1EZPA 5B7DA 1B5HA 2H98A 4YB5A 2M8CA 2Q2CA 1S7YA 1SD3A 2NUVA 4PETA 5L9OA 1EH3A 3PPQA 1IXHA 2A5TB 3K00A 2F36A 3TTKA 3JV9A 5TPAB 3G7WA 3OO6A 3KSXA 1N0TA 2X7QA 4QSDA 4GWOA 3O2AA 4DCYA 1IQ7A 1N3XA 1UQWA 2R9JA 1URDA 2I4CA 3BBRA 4ELOA 1H3DA 1L5TA 2ALUA 1XS5A 3KZGA 1TT1A 5TU0A 3QYTA 1D9VA 1LSTA 2DOJA 4Z7EA 1FQCA 1MS7A 5KCJB 3O6GA 3C9HA 5H8HB 1P1QA 2A5TA 4OETA 3RTFB 3WAEA 5TP9A 1OQHA 1MY3A 3FXUA 3O6HA 3PUYE 3ZS6A 4GVOA 3KN7A 4NMYA 4ZDMA 3VXBA 1LLSA 1MM7A 1XVXA 4OENA 1LBCA 1Y3PA 1VSOA 1YCJA 3K1MA 3KN8A 1PDAA 1JQFA 4OWDA 4BDMA 3MVXA 5H8SA 1QJMA 2VD3A 3MVWA 4QFOA 3PPRA 4R9FA 1A7LA 5FTHA 1Y4TA 3C32A 1UIVA 4UACA 1VFDA 3E13X 2DXRA 3LBSA 1JEUA 2DYXA 4IO4A 2DE4A 4RPNA 2F97A 4YKKA 3PUXE 3DM0A 1HSLA 4FJPA 2I48A 3CSBA 1Y1ZA 4Q30B 1P1OA 1SW2A 4U4XA 5DEXB 1B3GA 2ZNUA 5DVIA 5CM6A 1M5BA 1QW0A 3ZSFA 3IO6A 1KWHA 2D21A 1VR5A 3T93B 3R26A 3OENA 1WODA 3EF7A 3KEIA 3QIMA 3U1OA 4JSDA 2PT1A 1A8FA 3VVFA 3PPPA 3G3HA 1MXYA 5BUUA 4NF5A 3G3GA 4RJZA 4YAHX 1A54A 4KYEA 4M4GA 1RYOA 4ELPA 5DEXA 1H76A 3T66A 1ZU0A 3H6TA 3TTNA 3FIRA 4E0WA 4MF3A 3PGFA 4DXCA 3G3FA 4KQPA 1P99A 1MQHA 1Y1MA 2F78A 2XX7A 4NEDA 2ONSA 3OO9A 1ATGA 1IEJA 3CFZA 4MH5A 1DPPA 4XKPA 1AIVA 1AOVA 3T9XB 3MP8A 5FHOA 2AL4A 4BDLA 3IAZA 5I2KB 3GXAA 3SKPA 1PBQA 4ND9A 1AH5A 3HHFA 3VE1B 4QHQA 4IB2A 4BLAA 4LUBA 3T9UA 1FTLA 2G29A 3HCQA 2HAUA 4YICA 3A3UA 3KJTA 3KBRA 1UTBA 4M1VA 4N07A 3TTMA 4P11A 1DPEA 3DELB 2FYIA 3R6UA 4WKMA 5DYHA 3CFXA 4QSCA 1NNKA 3CG1A 1R9QA 2ZYOA 5I2KA 4H1XA 3QK6A 3THIA 1MPCA 4LONB 1J1NA 2F7BA 3GLBA 4DXBA 3EPEA 5AA2A 4HW8A 3IOVA 4GL8A 1R6ZA 3RLFE 5F7VA 3SDFA 4RNSA 4R74A 2OJTA 5M2VA 3FVKA 1CB6A 1LCTA 3FVNA 4JWXA 3RQTA 5I59A 3ILUB 2LAOA 3KOSA 4RA1A 2HEUA 1US4A 1NNPA 1B7UA 3DP6A 4F29A 4F1YA 4JXIA 1OLCA 3H7MA 3K4UA 3U94A 3T22A 3H6VA 3UA8A 4EQBA 4YMAA 1OMPA 4OEUA 4OVJA 3Q29A 2VP1A 1B3EA 2GHBA 2GHAA 2Q8JA 3VLWA 2RCBA 3MVYA 3T9VA 4RK9A 2XD3A 2XHDA 2H99A 2VOZA 4NE4A 5JTYB 5FHNA 1GV8A 1GVCA 5I57B 3EHTA 3MVZA 5FTIA 3SERA 3H3GA 3QUFA 1B6HA 5KZTA 4QSEA 2F6PA 2DVCA 3GBAA 3MP6A 2RC9A 1WVJA 3C31A 3OMBA 3TCGA 4FORA 4MFIA 3VDFA 1DTGA 3PMWA 1US5A 4EQ9A 4TLMB 1FCKA 2QMWA 4OXVA 1OVTA 3MPKA 4R6HA 1MDQA 5I2NB 4EXLA 3PV0E 3IB1A 2E0SA 4PFTA 4KD5A 5I57A 2AIXA 3ZKKA 3PPNA 2QSXA 5DTBA 3M3FA 3IJXB 5I58B 4H65A 4AB5A 5EHSA 2HZLA 3FZVA 3LR1A 2F35A 5L9SA 4L17A 4LATA 2XXXA 3HO7A 1H45A 4IO7A 1Z7NE 5H8NA 3TEPA 4Q0CA 4H6DA 2PMSA 3UP9A 2R71A 4G2ZA 3U72A 1A8EA 5ELVA 3TZAA 3N94A 1AMFA 2XXRA 1Y3NA 3W9VA 4F19A 3VXCA 3K6WA 1M5FA 2PX1A 4RY1A 2XXWA 5DT6A 4GOTA 2V3QA 3AXFA 1FTMA 1RYXA 4TQUQ 5CMKA 2CMOA 4LA9A 2I3VA 5I58A 3MW0A 3B6WA 1B5IA 2O6AA 1MDP1 1O7TA 1URSA 3PUWE 2QMXA 2X26A 4ELQA 4YB7A 4U23A 2Z8DA 2PBWA 1XT8A 2Q2AA 1M5EA 5HPQA 1O64A 4GF8A 4YKJA 1B2HA 1NH8A 1LGBC 3K6XA 5CBRA 5TP9B 4OQOA 5CMCA 4F3SA 3IOWA 1OLAA 4H8IA 2I49A 4EQ7A 2YLNA 3SEXA 4ZE8A 4EF2A 4JB7A 3OD7A 2O1LA 4X1BA 2ONKE 1FTKA 3W15C 2W7YA 3FJMA 3K1NA 3JZJA 1SBPA 1SVXB 1B58A 5ITOA 3MC2A 2I0CA 5I56A 4H67A 4KYSA 2QS4A 1D4NA 1URGA 1LFIA 3G3JA 1B4HA 3K01A 2GH9A 3CG3A 1IZ1A 1SYIA 4FAJA 1BKAA 4HCYA 3MUQA 3Q25A 1MXZA 2QPQA 4DDDA 2ZXTA 1XOCA 2RC7A 1MPDA 1MG1A 3SEVA 1VFEA 4DCXA 2ESNA 3MP1A 1Y9UA 3OO7A 1MRPA 4FECA 3TODA 1PBPA 3PUZE 1PC3A 1B0LA 1RKMA 4GXSB 1MQIA 4FE8A 4O3BA 2RC8A 4NTLA 5DVJA 1YAEA 3Q27A 4ZE9A 3FD3A 3V5AA 4F1VA 1M5DA 2O84X 1NNFA 4NF5B 3MZ1A 1MXUA 4KYDA 3KG2A 3SEWA 1XVYA 3MZ9A 1OQGA 2XX8A 4Z0IA 3HHGA 2GFEA 1Q35A 2XD2A 4G8MA 4THIA 3KFMA 3IX1A 1MY2A 3IB0A 3IK6B 3KSJA 5ITPA 3C36A 4LVQA 3K6VA 2ANJA 2I3WA 3H4ZA 3Q28A 4X48A 1MXWA 2DSFA 2OLBA 1PB9A 4KCCA 1POY1 3OOAA 1MY1A 2QRYA 3SETA 2ZYKA 1TXFA 3MZBA 1ZLQA 3FXRA 4OFJA 2ONRA 4R9GA 4QF9A 2Y7RA 1GR2A 3VVDA 4UA8A 1DTZA 1DMBA 4U4SA 1O63A 1UTBB 1LCFA 1XHYA 1BIYA 2OZZA 3LSXA 2KLFA 4YU0A 1FQAA 1Y20A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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