3L6GA

Crystal structure of lactococcal opuac in its open conformation
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
DKKVDLVYMNWDSEVASINVLTQAMKEHGFDVKTTALDNAVAWQTVANGQADGMVSAWLPNTHKTQWQKYGKSVDLLGPNLKGAKVGFVVPSYMNVNSIEDLTNQANKTITGIEPGAGVMAASEKTLNSYDNLKDWKLVPSSSGAMTVALGEAIKQHKDIVITGWSPHWMFNKYDLKYLADPKGTMGTSENINTIVRKGLKKENPEAYKVLDKFNWTTKDMEAVMLDIQNGKTPEEAAKNWIKDHQKEVDKWFKGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Ligand binding and crystal structures of the substrate-binding domain of the ABC transporter OpuA.
pubmed doi rcsb
source organism Lactococcus lactis
molecule tags Glycine betaine-binding protein
molecule keywords Betaine ABC transporter permease and substrate binding prote
total genus 84
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3l6gA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3l6gA02
3MAMA 2ZYKA 2OWSA 3EN3A 4QFOA 4R6HA 4U4SA 3TDJA 3VVFA 2HZLA 3FD3A 3M8UA 5I59A 3FJ7A 1FTMA 4TLLB 4F3BA 3KBRA 2HXWA 1B52A 1N7WA 5ICTA 2XXYA 4G8HA 4GL0A 1B58A 4E0XA 4ESWA 2ANJA 3LSXA 5LOMA 1A55A 1OIBA 5KCJA 1N84A 5AA2D 3VV5A 4KQPA 4JB7A 4IGTA 3IX1A 3Q26A 1S50A 3TTRA 1MQHA 1USYE 4WXJA 1N04A 1DSNA 2PT1A 4QRZA 3QAXA 3TKDA 4ZEIA 3VVEA 2X26A 1GR2A 1MXZA 3BFUA 2VGQA 4KCDA 3QXMA 5BUUA 2O68A 2ZMBA 1R1NA 4PFYA 3K6UA 4PFTA 4EDPA 5B7DA 1PB7A 2VHAA 3RPWA 5ITPA 1MY4A 5CBSA 3SETA 1MQJA 2ZNUA 3LC8A 3QUJA 4QHQA 4BDOA 1MRPA 3CRBA 4KFQA 2GHAA 2THIA 2UYEA 1SYHA 3OXNA 5JK4A 1MQGA 1BTJA 3IL1B 1N0TA 2I58A 1NNKA 2VP1A 4HTGA 3U92A 3UA8A 1QUIA 4NWCA 1JW5A 1NMUA 1DPPA 1MY1A 2GH9A 2XX9A 3DLNA 4M4GA 4NF4A 3OSQA 5H8HA 4ECFA 3A3UA 3H06B 1TXFA 1B51A 1DTZA 3PPRA 4RJZA 2QS1A 4NF6A 1MY0A 1JEVA 1H43A 2CMOA 3GBAA 4OESA 4R2FA 4RYAA 5I56B 1MY2A 5FTIA 1MH4A 2D5WA 4IY5A 1GVCA 2H4IA 1SDXA 1YAEA 2Q9TA 2XXTA 4QSCA 2V3UA 4YB6A 3W9WA 3QUFA 4ZEKA 1B3EA 1B0HA 2F35A 1FTKA 4DZ1A 2DVCA 1OLAA 2NXOA 2PMSA 3SEXA 3VFJA 1I69A 1Y3QA 5FTHA 3MQ9A 3L6GA 3IR1A 3PMVA 3H6VA 2Q88A 3G7WA 3E3KA 5CC2A 3Q27A 4MBPA 3T9VA 5JEIA 5EHSA 3FASA 2P1SA 3R6UA 5L9SA 2DP8A 2O69A 1FQEA 4PP0A 3OEKA 4ZDMA 1SI0A 4R9FA 1NNFA 1FQCA 4N07A 3DP4A 4GQOA 4XKNA 2O51A 3MJNA 5CM6A 4IGRA 4QSEA 1XHYA 4EQBA 3S9MC 5DEXB 5TU0A 3TMGA 1M5CA 1PB8A 2F78A 1TT1A 5ELVA 3VXBA 3A09A 4KD5A 2F7CA 4ZEDA 1Y3PA 2AL5A 2H5YA 4F39A 4ND9A 4BDQA 4BDMA 1P1UA 2QMXA 2PBWA 2XXVA 4R75A 2R6GE 5HM4B 3PUZE 1IQ7A 3ODBA 2DE3A 2XX7A 2P0SA 3LUYA 3PPQA 2H25A 2Y7PA 4LATA 4F19A 5ICQA 2W7YA 2DXYA 3ZKKA 4GL8A 3UGWA 2G29A 2B65A 3MPLA 3TUSA 1QUKA 2Q8JA 1B3GA 2XXQA 1B7UA 1Y3NA 1P1NA 2UYFA 1I6BA 3K0VA 4YU0A 3ZKLA 3U93A 4JXIA 4C1TA 4KYSA 2NUVA 1PEBA 3KZGA 4N6PA 4O3BA 2XHDA 3O2AA 5FHNA 4EF1A 5AA2B 3M3FA 3PMWA 4IB2A 4MLVA 4JSOA 2XXRA 2DVZA 4GD5A 3U1OA 3FVOA 4Q8RA 3CSBA 5A5XB 1LCFA 2Y7RA 4KCCA 1AOVA 2RC9A 1XS5A 2DWIA 3JZJA 3PUWE 2DS9A 3TQLA 4BDRA 1PDAA 4G8MA 1B6HA 2F34A 1B5HA 3IB2A 5F1QA 3FV2A 1JVXA 3PMXA 5H8QA 3T93B 1SW4A 4C1UA 1YTVA 1SVXB 4DCYA 4RPNA 2NVUB 2ZYMA 5FHMA 4EXKA 4OTEA 3MUQA 3PUYE 2AYSA 1M5FA 1Y1MA 1XVXA 2UVJA 1QUJA 2RINA 3H3GA 4H5FA 4KI0E 3VLVA 1TFAA 4DE8A 4YICA 1D9VA 2FA7A 1MDQA 5DT6A 3TPAA 2DXRA 1HSEA 2XXPA 4OFOA 1Y1ZA 1Z7NE 3WAEA 4ZE9A 5JTYA 2X7QA 3PPNA 4R2BA 4U23A 4WKMA 4DXUA 4FAJA 1RKMA 3B6TA 4YKJA 1MG1A 2LAOA 5I59B 3FXQA 3FIRA 3GZGA 4IY6A 3D4CA 3TTLA 3I5OA 3ONMA 4OFLA 3G3JA 3IB1A 4F2OA 4O3CA 1H45A 1MQIA 3K2DA 1SQYA 4ZE8A 1NKXA 5HBCA 1N76A 4FJPA 2P2AA 3LSLA 2QJEA 2QS2A 3HCQA 3LR1A 4U22A 5KDTB 1MPBA 4Q30B 4GFRA 2M8CA 1UIVA 2H98A 3MZBA 1N3XA 2DWJA 1MXUA 3FJMA 2PYYA 3R26A 1TWYA 1ZIUA 2ONKE 4GXAA 4NEDA 3Q25A 4OEUA 4TQUQ 3FJGA 3SEWA 4BDLA 4QFNA 1B4HA 1LB8A 2ZYOA 3V8XB 3O29A 5CMCA 2DYXA 1O64A 1AL3A 5H8FA 3PUXE 3TTMA 4NF6B 1B1HA 3KSJA 3H6WA 3CI8A 4PQJA 3EHUA 4FEDA 1O63A 1NH7A 1LAXA 2DSFA 3OSRA 1F9BA 4KR5A 4QF9A 1UQWA 1UTHB 3S9LC 3I3VA 3KFMA 4F1YA 4MF3A 1LBCA 4I8CA 1LAGE 3TTKA 4JBZA 2HZKA 4JWXA 4WEPA 4U2RA 3HV1A 4ESXA 1US4A 3TFLA 4DXCA 3KEIA 5AA2A 3VLUA 3FVKA 4LP2B 4KPTA 5DEXA 4C0RA 5I58A 2DWAA 3RN8A 3TODA 4OEVA 3FUZA 4JSDA 4F31B 4GXSB 3RNNA 1N3WA 1PBQA 2I0CA 3PU5A 1EU8A 1US5A 2O7IA 3N5LA 3C34A 2ZNSA 3DELB 3FVGA 4OYVA 2RF1A 4RNSA 3RT8A 5H8QB 1VR5A 3IORA 3MP6A 2A5TB 3MZ1A 3FV1A 2I48A 4F22A 3LSFB 5DYHA 3MVXA 2HQ0A 3SESA 4Z7EA 2RKMA 1A8EA 1POY1 2OLBA 2VD3A 3WAFA 4ELPA 1Y4TA 4JWYA 1CE2A 1D4NA 3U72A 1MM6A 3EHTA 4EQ9A 3K6XA 1FTJA 1JVYA 1MY3A 2QMWA 3FXUA 3TYHA 2F36A 2YJPA 4XKRA 1LFIA 2E0SA 2CZLA 4NMYA 2NOOA 1ZMGA 3KJ7A 2E1SA 1YPNA 2PT2A 2VOZA 3CIJA 3H7MA 1P1QA 2Z8DA 2XD3A 4LQ5A 1P99A 4HS7A 4M1VA 4F29A 2XXHA 4X1DA 3CVGA 3B6QA 1MXVA 2XD2A 2OCUA 4NF5A 1PB9A 3VVDA 3TQWA 1LGBC 4G2ZA 4NF5B 3TCFA 5AA3A 3TEPA 5KDTA 1S7YA 5AA4B 1SW2A 3OO7A 1ZLQA 1JETA 2Q2CA 4H0WA 4THIA 1XOCA 2F8DA 4YB5A 1MH3A 2B3BA 1PBPA 1BIYA 1NFTA 5F7VA 4Q5TA 5TP9B 3SEYA 2KLFA 2QPQA 1LBBA 3HO7A 5DVIA 1FW0A 1MS7A 1MPDA 3IOUA 3O66A 4ELOA 1URSA 1WVJA 3G3FA 3VXCA 2V3QA 2ZYNA 2YLNA 3RGYA 3PD8A 3M3LA 1AIVA 1LAFE 4UA8A 2O84X 1DMBA 5I2KA 4OERA 2DOJA 2DE2A 3FGSA 1SW5A 4H5GA 1B3HA 2QSXA 1URDA 2Z8FA 3DP8A 4YKIA 4MH5A 2F7AA 3UP9A 4TLMB 3S2VA 2DQVA 1QKBA 1B05A 1Q35A 4MLQA 4EQ7A 1B5IA 5I58B 3U94A 1VFEA 4FIMA 5ITOA 1IIWA 1FTOA 2UXAA 1H76A 3JV9A 3MZ9A 3O28A 3LBSA 2GFEA 1ZKBA 4ZECA 4Q0CA 1Z7ME 1EZPA 2ALUA 1IXGA 4DIGA 4H67A 1LFGA 4RA1A 4RK2A 1EZOA 3OOAA 4GLIA 5B70A 4ISUA 4G68A 2V3TA 3FVNA 3KSXA 4GIZA 4U1OA 3MC2A 4G68B 4ZS9A 2V25A 4IO3A 1LAHE 4I9DA 2Z22A 1ELJA 4WEDA 4DLDA 4ONYA 3VDFA 3G3IA 4LZ5A 1IITA 1IXHA 3C33A 1MXWA 3S9EA 3G3GA 4H6DA 2UVIA 1D3KA 1QVSA 2XXUA 3E4RA 2F7BA 4GVOA 4H8IA 3BKIB 3KN7A 4RXLA 2F97A 3R7XA 3W9VA 3F11A 4IO4A 4JWOA 3E9XA 3IO6A 3TCGA 4ZZAA 1A40A 4R6KA 2PVUA 3K02A 1NL5A 3HHGA 4XKQA 1A99A 4AB6A 5KZTA 5I57B 1OMPA 1KWHA 5L8DA 4YAHX 2H99A 1HSJA 4QFKA 3KGCA 4YKKA 3K1PA 5EHMA 3KN8A 4G8NA 2I4CA 5IKBA 1DPEA 4BDNA 1AH5A 1BLFA 2HFBA 3CFZA 5FHOA 3T9XB 2Z8EA 2O6AA 3AXFA 1XC1A 1DOTA 1EZ9A 2I0BA 2ESNA 3K6VA 3PGFA 5IAIA 4PFUA 3GXAA 4O3AA 3L6HA 4HW8A 1T0KA 3T9HB 1LFHA 3TAJA 3IOTA 3B7DA 5I2NA 1B0LA 4X9TA 3IK6B 4R9GA 3KOTA 1ZBMA 2RCAA 5TP9A 3A3CA 2B3FA 4IO2A 4R6YA 4KYDA 3G3HA 2A5TA 4GOTA 3OD7A 1OVBA 1JW4A 3PPPA 4Z0IA 4OETA 3MBPA 1RYXA 1B1XA 4H65A 4E0WA 3GBBA 3E13X 1SD3A 1MDP1 3OMBA 4NWDA 4EF2A 4IO5A 4F2QA 2QS4A 4LZ7A 4GWOA 2IEEA 3H6TA 3DM0A 3VE1B 3H4ZA 2OWTA 5AE4A 3CG3A 5DVFA 5H8NA 1B2HA 2DWHA 2H9BA 4R74A 4R73A 3RY3A 4QSDA 3S4UA 3D4GA 3UN6A 4FEBA 2HAUA 2AIXA 4OMBA 3PPOA 1HSLA 2XX8A 3HSTA 3T66A 3TELA 1OVTA 4DCXA 4YB7A 4ZEFA 1I6AA 3O9PA 4F18A 4FE8A 1ZU0A 4P0GA 1B3FA 4YMBA 4LZ8A 4LVQA 4EXLA 1FQBA 2GRVA 4NF4B 1VSOA 4I62A 3EHSA 3OENA 1UIUA 3C4MA 3CG1A 1IZ1A 2F6PA 2QS3A 3RLFE 1NH8A 5K2XA 4ELQA 1O7TA 4UACA 1QW0A 2FYIA 1MXXA 1YCJA 3V83A 4G77A 1M5EA 3KOSA 3O97A 5DVJA 2V93A 2Q89A 3RT6B 2BJJX 1M5DA 3OELA 2UVGA 3LSWA 3MVWA 3UORA 2I6EA 3V5AA 1N7XA 4POWA 4FATA 1OQHA 4LA9A 5CBRA 3CFLA 2FNCA 3MPKA 1WDNA 3G3KA 4OFJA 4QFLA 5K2YA 1JQFA 1MM7A 3BBRA 4OXVA 1A8FA 3MP8A 3MWBA 4LONB 1NNPA 5BWJA 2I3WA 3IB0A 2Z23A 1B9JA 4P11A 3H6UA 1JEUA 5CMBA 1FQFA 3H03A 3GLBA 4POXA 4NF8B 3T96B 5HPQA 1M5BA 3IO4A 1MQDA 3IJXB 1QULA 3C35A 2REGA 1D9YA 2XXWA 1FQDA 1P1WA 5AA4A 3Q28A 4H1XA 4F3SA 1MXYA 3FZVA 3O6IA 1RYOA 4U21A 4XXUA 5H8HB 3SDFA 3K1NA 2Y84A 3CSGA 2O7UA 4BLAA 4PFWA 5L9MA 5H8SA 4HCYA 4PETA 4ELRA 3EPEA 3PD9A 3B6WA 2XXXA 1OQGA 4LUBA 3TTNA 1A54A 3MW0A 3K00A 2F5XA 4JDFA 3VLWA 1I6QA 2ZNTA 3ILTB 3N26A 3RQTA 1VFDA 5I56A 4P0IA 2IA4A 4HCWA 2OZZA 4IO6A 3OO9A 4I1DA 4OQOA 4OWDA 4YZZA 4RK9A 3KG2A 1NNTA 1SW1A 3IAZA 5AA1A 4DXBA 2G93A 3C36A 3Q29A 3OEMA 4YMAA 4XIGQ 1R6ZA 2Y7KA 3V89B 2HAVA 1IEJA 1UTBB 3RUMA 3SEUA 1POTA 1SI1A 3O6HA 4H8JA 1UTBA 1XVYA 4N13A 2R9JA 4TOZA 5TPAA 2QRYA 3UK4A 5I84A 1J1NA 4NTLA 5ISUA 1FCKA 3ILUB 3K4UA 3TZAA 2DE4A 2NWJA 3K01A 2YPNA 2AL4A 3M3KA 3DP6A 3RTWB 1GV8A 1B32A 1S9TA 3K1MA 1LLSA 3QSLA 5I2NB 1SYIA 1B7HA 2D21A 2R71A 4PE5B 4F1VA 2OJTA 2O1LA 4G4PA 4KYEA 2F6GA 4NF8A 3RTFB 4F3GA 5J1DA 3CFXA 5KCJB 1DTGA 5CRYA 4EUOA 3BFTA 2RC8A 4GF8A 1Y4CA 3QIMA 4K3FA 3TCHA 1ZTYA 2I49A 2RCBA 1H3DA 4DDDA 1IXCA 1GTKA 4XTCQ 5I57A 5CMKA 3QYTA 4F3PA 2UVHA 4G68C 1L5TA 5L9OA 3SKPA 1QKAA 1SBPA 4R72A 4IO7A 5H8FB 3S9NC 3ECRA 5H8NB 1OLCA 3N94A 2OK2A 2ZXTA 3QK6A 3KJTA 1B46A 4U1ZA 4X1BA 1UTHA 5CMMA 3ZSFA 3ZS6A 3I6VA 3IOVA 4OHNA 1XT8A 1ANFA 3C31A 3FXRA 4QFPA 1Q1KA 3C32A 2OBGA 4U4XA 4FORA 1ATGA 1B3LA 3N6TA 1B4ZA 1LCTA 2ONSA 4RPOA 1FTLA 3MVYA 1JNFA 3O6GA 4FECA 5CI5A 5M2VA 2XXIA 3U8QA 1IXIA 1FQAA 3JYRA 4AQ4A 5A5XA 1LB9A 1IUDA 2VD2A 3PV0E 1P1OA 2X7PA 3UIFA 3IJOB 3T9UA 1II5A 2ONRA 1GGGA 1PC3A 1R9LA 3K6WA 4NE4A 3HN0A 2QL3A 2REJA 1USYH 1H44A 1ZJLA 1Y20A 2V84A 1WODA 4GRKA 2HCAA 4L17A 3P7IA 2RC7A 2Y7IA 4YKPA 5DTBA 4X48A 4OZ9A 1MPCA 1R9QA 4ZEBA 3OO6A 3HHFA 1URGA 2I4BA 1TFDA 1B5JA 3N6UA 3MVZA 3EF7A 3PUVE 1AMFA 3CR9A 3OO8A 4XKPA 3T22A 3USDA 3FATA 4F1UA 2Q2AA 2WKYA 1JW1A 2O1MA 5I2KB 2A5SA 1Y9UA 4RY1A 3W15C 2PX1A 1VE4A 3EQ1A 3IOWA 1CB6A 3KN3A 2ABHA 2D3IA 4MFIA 4OVJA 1A7LA 1B40A 1EH3A 2I3VA 1LSTA 2Y7WA 5EYFA 3SEVA 3SERA 1B7ZA 4ZZEA 3THIA 2HEUA 1BP5A 2GHBA 1QJMA 3HPIA 4OENA 5TPAB 1BKAA 4KHZE 5JTYB 3MP1A 4LQ2A 3C9HA 4AB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZYKA 4R6HA 4U4SA 4QFOA 3M8UA 3SZPA 2HXWA 4NX1A 4G8HA 1B58A 4E0XA 4ESWA 1FPBA 5KCJA 5AA2D 4KQPA 4JB7A 4AS4A 3IX1A 3RPLA 3QAXA 4DI4B 2WX9A 1MXZA 2KR0A 2VHAA 5ITPA 1MY4A 5CBSA 1MQJA 1INPA 4KFQA 3OXNA 1JW5A 1NMUA 3DLNA 4FATA 3OSQA 4RJZA 1B51A 1DTZA 3NOHA 4NF6A 1MY0A 4HE1A 2CMOA 5FTIA 1Q9DA 4QSCA 4YB6A 4ZEKA 1B3EA 4DZ1A 2DVCA 1I69A 4JVDA 4NAPA 4P1LA 5CC2A 3E3KA 3T9VA 3FASA 3R6UA 1D9QA 1FQEA 4PAIA 3OEKA 3MJNA 5CM6A 4QSEA 5DEXB 1TT1A 2F7CA 4ZEDA 1Y3PA 4F39A 2H5YA 4BDMA 2QMXA 2XXVA 4R75A 3T1BA 5I3SA 4LATA 2H25A 4F19A 3UGWA 3U65A 1K9ZA 3TUSA 2Q8JA 1B3GA 3ZKLA 3D1RA 3U93A 1PEBA 4O3BA 4MX6A 4EF1A 4IB2A 3FVOA 3CSBA 4KCCA 2RC9A 2DWIA 1LBWA 3TQLA 1B6HA 3IB2A 3PMXA 1YTVA 4EXKA 4F3BA 1XVXA 2UVJA 1TFAA 5DT6A 1Y1ZA 4U23A 4DXUA 4WKMA 4FAJA 1RKMA 1MG1A 5I59B 3TTLA 3ONMA 1IMAA 3IB1A 2PFZA 4F2OA 1H45A 1MQIA 3K2DA 4MEVA 1SQYA 4U22A 2QJEA 4GFRA 3MZBA 1N3XA 2DWJA 3R26A 5ET5A 2VPNA 3KBZA 4BDLA 1B4HA 3O29A 5CMCA 1O64A 3PUXE 1O63A 3OSRA 3S9LC 1UTHB 4PDDA 3KFMA 4O7MA 2HZKA 3TFLA 5I58A 4C0RA 3FUZA 4F31B 4GXSB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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