3L6GA

Crystal structure of lactococcal opuac in its open conformation
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
b'DKKVDLVYMNWDSEVASINVLTQAMKEHGFDVKTTALDNAVAWQTVANGQADGMVSAWLPNTHKTQWQKYGKSVDLLGPNLKGAKVGFVVPSYMNVNSIEDLTNQANKTITGIEPGAGVMAASEKTLNSYDNLKDWKLVPSSSGAMTVALGEAIKQHKDIVITGWSPHWMFNKYDLKYLADPKGTMGTSENINTIVRKGLKKENPEAYKVLDKFNWTTKDMEAVMLDIQNGKTPEEAAKNWIKDHQKEVDKWFKGS'
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Betaine ABC transporter permease and substrate binding prote
publication title Ligand binding and crystal structures of the substrate-binding domain of the ABC transporter OpuA.
pubmed doi rcsb
source organism Lactococcus lactis
molecule tags Glycine betaine-binding protein
total genus 84
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3l6gA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3l6gA02
1VSOA 2R71A 3ILTB 4AB5A 4KPTA 3RN8A 1LGBC 2HZLA 1Y3NA 4JB7A 3UP9A 4U21A 1AOVA 3MJNA 2QMWA 4H5FA 1MM6A 5F1QA 1MXYA 4PFUA 3K1PA 4H0WA 5B7DA 3N26A 4DXUA 4FIMA 3SEYA 5H8NA 4EDPA 2I48A 2QPQA 4TLMB 5HBCA 1JW1A 4KR5A 3CIJA 4F39A 4QSDA 1BKAA 4PE5B 3CI8A 4NWDA 4KFQA 4I8CA 4ELQA 2V93A 3QYTA 5AA2B 2DWJA 4ZEIA 3I5OA 2KLFA 3PUXE 1ZIUA 3VXBA 4THIA 1ZTYA 1A8EA 3I6VA 2DYXA 3K02A 1B5IA 1MY4A 3HV1A 4HCWA 4N07A 4RPNA 2XXTA 3TZAA 3OENA 2E1SA 3A3CA 3K6VA 4EUOA 2XD2A 4GWOA 4OMBA 1QVSA 3H03A 3PPPA 3C31A 3IOUA 4KHZE 5CMBA 1SYHA 3G3GA 2VD3A 1R1NA 2OJTA 3PUYE 4LQ2A 5CMMA 4U1ZA 1XHYA 1TT1A 2M8CA 4U2RA 1PB8A 4PFWA 2QS4A 2O1LA 2Y84A 1VFDA 4G8MA 1B3HA 1B9JA 3FZVA 1TWYA 2UYFA 1O63A 4LUBA 3CR9A 4YAHX 3SEXA 5JK4A 4ZE8A 2AL5A 3IO4A 5I2NB 3Q26A 3FASA 3ODBA 2I0CA 1MXVA 1N7WA 2DXYA 3K6XA 3KN3A 1OIBA 4N6PA 3TTKA 1ZLQA 4R75A 1A40A 4MBPA 3VDFA 2NVUB 2ZYNA 1H76A 2IEEA 4U23A 3B6WA 3DM0A 1M5FA 3PPNA 3QUFA 3T22A 1BIYA 1ANFA 2D3IA 5L9SA 5CM6A 3M3FA 5AA1A 2E0SA 3C35A 2OBGA 3L6HA 3OEMA 1DMBA 4QFNA 2GFEA 4FAJA 1M5EA 1LCTA 3BBRA 1JNFA 1GVCA 1XVYA 3T9HB 3IOVA 1R6ZA 1MRPA 5EHSA 3ILUB 4GXAA 2O7IA 1L5TA 2HAVA 1B1XA 4ZEDA 1MQGA 5CBSA 2RKMA 4KYEA 3KSXA 2X26A 2DS9A 4IGRA 3K6UA 5J1DA 1DOTA 3TUSA 3C36A 4DE8A 1NMUA 2VGQA 4PFTA 1MQHA 4YKIA 4EQ7A 4NF8B 1B58A 3IOWA 1Y20A 5I59B 4GL0A 1B4ZA 1ZBMA 5H8HB 1F9BA 4QFOA 3C32A 3OO7A 4YU0A 2H9BA 2G29A 1QUKA 1Y1ZA 1GGGA 2ZNSA 3S9MC 2REJA 2REGA 3MWBA 1XC1A 5AA4B 3HHFA 1QW0A 1B32A 4YMAA 4KI0E 3CVGA 2RINA 1ZKBA 1OQGA 1MH3A 1YAEA 1LAHE 1N3WA 3VVFA 2XXVA 3O28A 4FJPA 5TPAB 5EHMA 3LC8A 3U72A 2DXRA 1LB8A 2A5TA 3TODA 5I57B 1Y4TA 2VD2A 4C1UA 3OEKA 3U8QA 1P1NA 3Q28A 4JBZA 3RPWA 5TP9B 3IL1B 4G2ZA 4ZEFA 2DWIA 3UK4A 3QIMA 4GQOA 2XXXA 5BUUA 4F19A 4OERA 1Y3PA 4JWOA 4GOTA 2HQ0A 4YB7A 1YPNA 2OCUA 2ANJA 4DCXA 1ATGA 1B0LA 3EN3A 1MY1A 3BKIB 2PT2A 1TFAA 3V89B 3FATA 1ELJA 4HCYA 1USYE 4YKPA 5A5XB 1II5A 1N0TA 5I58A 3M8UA 1B3LA 3EQ1A 3IB0A 3Q27A 3MC2A 3QAXA 3IR1A 1B7ZA 4KYDA 2DE3A 1D3KA 4R6KA 3N6TA 3OXNA 3TCHA 3GZGA 3IO6A 2FA7A 1UTHB 4OFLA 4GLIA 5LOMA 4EXKA 4U22A 2ONKE 3SKPA 3T9VA 3H06B 3GBAA 4JWXA 4EQBA 4DDDA 4PETA 1EZ9A 1ZU0A 3K0VA 1B1HA 1CB6A 5CMCA 2F36A 2GHAA 3OSQA 3IOTA 3MVXA 3K00A 4BDRA 2XXPA 4G8HA 4OFJA 3DP4A 1QULA 4U1OA 4F1YA 2PVUA 3O9PA 3TDJA 4E0WA 4G68A 4ESWA 1LCFA 1MY2A 3K01A 2NWJA 4NF4B 4DXCA 4ND9A 2ZYMA 3IJOB 5K2XA 1I6QA 1IUDA 5DT6A 1POY1 2X7PA 1IEJA 2XX7A 3O2AA 2I58A 4GL8A 5H8FB 2I0BA 1PB9A 3C34A 3H6UA 3MP6A 3S9NC 1LFGA 4YZZA 2R6GE 5DEXA 4Q30B 3KEIA 1B52A 3PMXA 3WAEA 1JEVA 1GR2A 4BDOA 3RTWB 4RXLA 3CSGA 2V25A 1SYIA 4F31B 4XKQA 5ICTA 2DWAA 4R72A 3HO7A 2OLBA 1IXCA 3OSRA 1B46A 4BDMA 4L17A 2Q2CA 2YJPA 1KWHA 1DSNA 4PP0A 3V8XB 2DOJA 4H8JA 4QFPA 4EF2A 1N04A 4O3AA 4RA1A 2Z8FA 3SERA 3G3KA 3UORA 4EQ9A 1EZPA 3O97A 1FQFA 3QK6A 3H7MA 3ZS6A 2NUVA 3KFMA 3HPIA 2D5WA 1Y1MA 5I84A 3KGCA 4OQOA 1Y9UA 5F7VA 2DP8A 4OFOA 4H65A 5AA2D 1P99A 3IB2A 3FVGA 1TFDA 3MW0A 3VV5A 4XKRA 4ZECA 1EU8A 4Q0CA 1NKXA 1ZJLA 3O66A 1URDA 4NF6A 3TCFA 1HSEA 1LB9A 2O6AA 4P0GA 1Z7ME 5ICQA 4MLQA 5ITOA 4EXLA 3H6WA 1POTA 3W15C 2OK2A 2THIA 3THIA 3O6HA 1FTJA 3USDA 1MXZA 2QJEA 1IITA 5I56B 4Z0IA 3MBPA 3FJMA 1XOCA 4X1BA 1OVTA 3PMVA 4LQ5A 1LAGE 4YB5A 1UIVA 4IB2A 2F7BA 4WKMA 5I59A 3M3LA 4G77A 5CMKA 2I3WA 4BDLA 4X1DA 1J1NA 3MZBA 3FVKA 4OZ9A 2GHBA 3E4RA 3LR1A 2DVCA 1TXFA 3IORA 3RTFB 3D4CA 2HZKA 2RC7A 2NXOA 2PYYA 3OO8A 2Y7WA 1N3XA 4HS7A 4LVQA 3LSWA 2VOZA 5TPAA 3OMBA 4NE4A 1AMFA 4O3BA 1MQJA 3QXMA 5I2KA 1QUJA 3EHSA 1N7XA 5KDTB 2UVHA 2QL3A 4GFRA 4LZ5A 3MAMA 1SQYA 5JTYB 1O64A 2Y7IA 3SEUA 1VR5A 3RY3A 4RYAA 3RLFE 2QSXA 1JVXA 4LZ8A 1S7YA 3OO9A 2B65A 2DWHA 4C1TA 1JVYA 5CBRA 5K2YA 1EZOA 4XIGQ 2W7YA 3PV0E 3K4UA 1PB7A 4O3CA 4ONYA 4ZEKA 3U1OA 2V3QA 1Z7NE 2PBWA 1FQCA 3FXQA 5H8NB 5H8SA 2UVIA 3T9XB 2XXUA 1RKMA 3RGYA 4OHNA 3MVZA 2QRYA 3I3VA 4F29A 1LBBA 1Q1KA 1ZMGA 2OWTA 2YLNA 4UA8A 3O6GA 3G7WA 2O51A 1GTKA 4XKNA 2VHAA 2F34A 2XX9A 1PBPA 4YKKA 3ZKKA 1MQDA 4QHQA 2UYEA 3Q29A 5DYHA 1URSA 2FNCA 3RNNA 5CRYA 4N13A 3R7XA 2O68A 5ISUA 4XTCQ 5EYFA 4OETA 1MXUA 4NMYA 1RYOA 4YMBA 1JETA 2GRVA 3OO6A 1JEUA 1EH3A 4DIGA 3CFZA 2QS3A 4LONB 3HCQA 4YKJA 3LBSA 4WEDA 3ZSFA 1T0KA 3VE1B 1S9TA 2Y7KA 4F18A 3DP8A 5FHOA 5ITPA 3O29A 3L6GA 3P7IA 3SESA 3LSFB 4G68C 5KCJA 3CG1A 1UTBA 1IXHA 1UIUA 2F78A 1JQFA 1P1UA 1SI1A 2O69A 3TEPA 3IAZA 1FTLA 3KN7A 3FXUA 3MPKA 4RPOA 1NL5A 4KCCA 4F1UA 4ZZAA 4XKPA 2AYSA 4ZE9A 1I6BA 3A09A 3N6UA 3JYRA 3OOAA 1NFTA 3MVWA 5DVFA 2I3VA 4JSDA 1LSTA 3M3KA 4KYSA 5KZTA 1MPBA 1FCKA 4R6HA 2RF1A 4F1VA 2F8DA 1P1QA 2Y7RA 3VVEA 1I6AA 3HN0A 5DVJA 1S50A 2PT1A 3FJ7A 4Q8RA 2Z22A 3LSXA 2F7CA 1D9YA 4RY1A 2Q88A 4FATA 4KCDA 3GLBA 3TQLA 3TFLA 4POXA 4Q5TA 1OQHA 1B6HA 5FHMA 3IK6B 3RUMA 1IXGA 2H5YA 4IO4A 3UA8A 2BJJX 1SW1A 5HPQA 1PEBA 1JW5A 4ZZEA 5FTIA 1USYH 3CFLA 3KSJA 1H45A 2H4IA 4DZ1A 3U93A 3MZ9A 3K2DA 4JSOA 3CSBA 1A99A 1B5JA 1UQWA 2V84A 2R9JA 3PPRA 5AA2A 2HXWA 1B3FA 3TCGA 2QMXA 4QFLA 2B3FA 1NH7A 3B6TA 5HM4B 3MUQA 2D21A 4ELRA 3H3GA 2V3TA 4ECFA 4OXVA 2HFBA 4X48A 5FTHA 2ZMBA 3VLVA 3SETA 3WAFA 4OTEA 2PX1A 3K1NA 1FQBA 1CE2A 2RCBA 5I56A 3UGWA 4M1VA 1B7UA 3C9HA 3TTLA 2HEUA 4PFYA 3PUZE 1MXXA 1WVJA 2XXHA 1O7TA 4R2FA 2I4BA 3H4ZA 5AE4A 2F5XA 1MG1A 1WDNA 2P0SA 4H6DA 5JEIA 3DP6A 1OLCA 3G3FA 4R73A 2DSFA 2A5TB 4QF9A 3RT8A 1FQDA 5I2NA 3ECRA 3KZGA 3IJXB 4P0IA 3T9UA 1B4HA 1A7LA 1H3DA 3K6WA 2ONSA 5L9OA 3TYHA 1B05A 3PD9A 4GXSB 1P1WA 2F6GA 3TELA 3GBBA 3PPQA 4IGTA 3W9VA 2AL4A 5IKBA 3T96B 4F3GA 3U94A 1RYXA 2VP1A 4IO3A 4JDFA 3KBRA 3RT6B 3R6UA 4BDQA 2NOOA 2F97A 4MLVA 2OWSA 1FQEA 4ESXA 3H6VA 2XHDA 4KQPA 1SDXA 1JW4A 3FJGA 1YTVA 4F2QA 2ABHA 2Y7PA 1PC3A 3G3HA 4NF5B 1SW4A 5TU0A 2ONRA 3TQWA 5I58B 3PMWA 3VXCA 3MQ9A 4R74A 1B40A 2ZXTA 1MY0A 1SBPA 1DTZA 2XD3A 1H43A 1NNFA 4QFKA 3FD3A 3FV2A 3FUZA 4I62A 4OENA 3G3IA 4GVOA 4OEVA 1Y4CA 3JV9A 4M4GA 2DE4A 5AA3A 3FV1A 2H99A 4GD5A 4G8NA 1Q35A 5DVIA 3C33A 3SDFA 4TQUQ 3TPAA 2XXWA 3Q25A 1FTMA 4GF8A 1A54A 1OLAA 2F6PA 2Z8EA 3UIFA 1PDAA 3V83A 1NNKA 3KOTA 1SD3A 4NF8A 4G68B 3MVYA 2F35A 1XVXA 3R26A 4FEDA 3GXAA 3VFJA 4P11A 5H8HA 2GH9A 1XT8A 3V5AA 1MDP1 2FYIA 4H5GA 2ZYOA 1FTOA 1M5CA 4U4XA 4KD5A 4FECA 1QJMA 4H67A 5AA4A 1B51A 2CMOA 4OEUA 4MF3A 4R6YA 1D9VA 3FVOA 3TMGA 5DEXB 1IQ7A 5H8QB 2V3UA 5L9MA 2UXAA 1VE4A 1IXIA 1M5BA 1VFEA 5I57A 4G4PA 2RCAA 2ZNTA 1H44A 4OWDA 1MS7A 4GRKA 4OYVA 1LLSA 5TP9A 3FGSA 3EHUA 3K1MA 2PMSA 2IA4A 2ZNUA 3MP1A 5ELVA 3PPOA 3ZKLA 4UACA 4RK2A 3EPEA 1LAFE 4ZEBA 2RC9A 4QSEA 1LFIA 4JXIA 4LZ7A 2H98A 4X9TA 3ONMA 4F3PA 4IO6A 1NNPA 4TLLB 1N84A 5IAIA 3MPLA 3FVNA 3D4GA 2B3BA 5A5XA 2QS2A 4NWCA 3TAJA 1MQIA 1AIVA 2Q8JA 1SW5A 3KG2A 4R9GA 2O7UA 1OMPA 1LAXA 3KN8A 1Y3QA 3KOSA 4RJZA 4PQJA 4NF6B 3DLNA 1UTHA 4YICA 4RNSA 1MPCA 2ESNA 1B3EA 2AIXA 1OVBA 3OELA 3HSTA 3CG3A 1I69A 2XXYA 2I49A 2P2AA 2CZLA 4JWYA 4QSCA 3S2VA 1FTKA 4Z7EA 1DPEA 4NEDA 2DE2A 5B70A 3PUVE 3S4UA 3O6IA 2O84X 1D4NA 4ELOA 3KJTA 3BFUA 1P1OA 3VLWA 4AQ4A 3LSLA 1QKBA 3SEVA 1LBCA 4LATA 4NF4A 3E13X 4F3SA 2ALUA 3U92A 3LUYA 4OESA 3PD8A 3EF7A 1HSJA 2F7AA 4IO5A 2P1SA 3IX1A 1GV8A 3TKDA 2QS1A 4U4SA 3F11A 3TTMA 5H8FA 3TTNA 4WXJA 3FXRA 1SI0A 1LFHA 2I4CA 3VLUA 2Q89A 4YB6A 2O1MA 3PGFA 5CI5A 3S9EA 2DQVA 3AXFA 3W9WA 1MPDA 1NNTA 3TTRA 5I2KB 3N5LA 1URGA 4EF1A 5L8DA 2A5SA 3PU5A 4LA9A 4AB6A 1BLFA 4DLDA 1DPPA 4WEPA 3UN6A 1FW0A 3B7DA 4BDNA 5FHNA 4IO2A 3OD7A 1BTJA 1PBQA 2HCAA 4GIZA 2RC8A 1MDQA 3VVDA 2DVZA 4R2BA 1B3GA 1SW2A 1A8FA 3A3UA 4FE8A 3PUWE 4F22A 2UVJA 3DELB 1NH8A 2I6EA 4FORA 2YPNA 1A55A 3MZ1A 3RQTA 3CRBA 4BLAA 2XXRA 4NF5A 3EHTA 1MH4A 3BFTA 2Q2AA 1AH5A 4ELPA 4F3BA 2LAOA 3HHGA 4ZDMA 4DCYA 1IIWA 4HTGA 2XX8A 1MXWA 1US5A 3G3JA 5CC2A 2XXIA 4MFIA 3CFXA 4ZS9A 4K3FA 1B2HA 1XS5A 4XXUA 4F2OA 1US4A 1B7HA 1SVXB 1B0HA 4NTLA 2Q9TA 3E9XA 4IO7A 3MP8A 3N94A 4QRZA 4ISUA 1N76A 1MM7A 4I1DA 1M5DA 2HAUA 4POWA 1R9QA 2WKYA 5M2VA 5KCJB 3E3KA 1R9LA 1UTBB 2Z23A 1MY3A 3SEWA 3T93B 1QKAA 4I9DA 3T66A 4H1XA 3IB1A 4MH5A 1HSLA 3FIRA 4FEBA 1WODA 5BWJA 2ZYKA 2Z8DA 1BP5A 4IY6A 3JZJA 1AL3A 4IY5A 3S9LC 2UVGA 1QUIA 3B6QA 4TOZA 3H6TA 4C0RA 4OVJA 2XXQA 2OZZA 4HW8A 4E0XA 4R9FA 2X7QA 5H8QA 1IZ1A 1DTGA 4H8IA 5DTBA 3KJ7A 3C4MA 1FQAA 4LP2B 1YCJA 4RK9A 3QSLA 5KDTA 2G93A 1B5HA 2H25A 4DXBA 3QUJA 5JTYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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