3L6GA

Crystal structure of lactococcal opuac in its open conformation
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
DKKVDLVYMNWDSEVASINVLTQAMKEHGFDVKTTALDNAVAWQTVANGQADGMVSAWLPNTHKTQWQKYGKSVDLLGPNLKGAKVGFVVPSYMNVNSIEDLTNQANKTITGIEPGAGVMAASEKTLNSYDNLKDWKLVPSSSGAMTVALGEAIKQHKDIVITGWSPHWMFNKYDLKYLADPKGTMGTSENINTIVRKGLKKENPEAYKVLDKFNWTTKDMEAVMLDIQNGKTPEEAAKNWIKDHQKEVDKWFKGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Glycine betaine-binding protein
source organism Lactococcus lactis
publication title Ligand binding and crystal structures of the substrate-binding domain of the ABC transporter OpuA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Betaine ABC transporter permease and substrate binding prote
total genus 84
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3l6gA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3l6gA02
2CMOA 3MWBA 3TELA 5L9MA 3VDFA 1B5IA 1Y9UA 4IO4A 2OBGA 4ZDMA 4G68B 2HEUA 2F8DA 1Y3NA 3PUXE 2RCBA 2NVUB 4MLVA 5CMCA 2V93A 3OEKA 1OLCA 1DPPA 1H76A 4R9GA 1Y4TA 3CVGA 2ONSA 1USYE 3H03A 1FQFA 4H67A 4R2BA 4ND9A 1OIBA 3T9HB 3N6TA 3FXRA 1RKMA 3MBPA 3VLVA 1IITA 3FJGA 3MP8A 2OWTA 4BDQA 3C32A 3T66A 2E1SA 2UXAA 5AA2A 1B3HA 3MC2A 2P1SA 1YAEA 3IAZA 1GTKA 1SI1A 3IOTA 1JEUA 4RYAA 3MUQA 1ANFA 1M5DA 3B6QA 3KGCA 2UYEA 2R9JA 3TYHA 3TODA 4NEDA 4RPOA 2Y7WA 1SQYA 2QPQA 1Y1ZA 4TLMB 5JTYA 4FEBA 1DPEA 4YZZA 2O51A 1JW4A 3QAXA 1TXFA 2ZYMA 4PFUA 4QFLA 2I58A 3SERA 2XXXA 3T93B 1MPCA 4ONYA 2NXOA 2Q88A 4KCCA 4N07A 3M3FA 4Z0IA 1UTBB 4PFTA 3W9VA 3TEPA 3RPWA 1B51A 1TFAA 2UVGA 2PBWA 2PT1A 1UQWA 5HBCA 3QSLA 1B3GA 2DQVA 3TTKA 3A09A 1MY0A 3SDFA 3LBSA 3E3KA 3TMGA 4OETA 3PV0E 3GBAA 2ZXTA 2XD2A 3MP6A 1VFEA 1FQAA 2XXTA 1ELJA 1PEBA 4N6PA 4YB7A 2G93A 3LUYA 4YKPA 3SEVA 3MZBA 4LATA 4YAHX 5AA2B 3PD9A 3D4CA 4F31B 4IGRA 2ZYOA 1A54A 2Z8FA 3V89B 4F2QA 1MM6A 1B2HA 1MPDA 4EXKA 3K6XA 5EHSA 1I69A 2DE4A 1MQGA 1IXCA 4YB5A 5ITOA 3DELB 1PBPA 3O28A 4GFRA 4PQJA 4OERA 5B7DA 2R71A 1ZIUA 4GXSB 5DYHA 5JTYB 2Z8EA 2A5SA 3A3CA 2A5TB 5CC2A 2GRVA 4H8JA 1J1NA 3HPIA 1D3KA 4OQOA 4NWDA 3KN3A 2M8CA 2X7QA 3K2DA 4HTGA 4O3CA 4RNSA 1MG1A 4U23A 4OTEA 5H8FA 5BUUA 1O64A 4ZE9A 5H8QB 3G7WA 4YMAA 4BDLA 3PUYE 2XXHA 4PFWA 2F7AA 3HN0A 2Z23A 5ICQA 4ELRA 2V3QA 1R9LA 1R9QA 1B5HA 5HM4B 3LSWA 2FA7A 2DP8A 2Y84A 4GL0A 2LAOA 2ABHA 4LQ2A 1ZMGA 1TFDA 2F7CA 2QRYA 4GIZA 3FASA 1FTMA 3VV5A 4EQBA 1N0TA 1ZJLA 2P0SA 3T96B 5I57B 1B7UA 4X1DA 1WDNA 4P11A 3ZSFA 3IB2A 4YB6A 3H6UA 3T9UA 2Z8DA 3OMBA 3C35A 3H7MA 3TTRA 5I58B 1EH3A 4HW8A 5I84A 1OVBA 1JVXA 3H6TA 4PFYA 3H6VA 1HSEA 1JVYA 2XXUA 1QKBA 1MPBA 3K1PA 1URSA 3LSXA 2RC7A 1SBPA 4U21A 3R26A 4G68C 1P1OA 2REJA 4F19A 4GLIA 1IUDA 3O6GA 2I0CA 3P7IA 3HHFA 3U94A 3RTFB 3E4RA 4POWA 1IIWA 3C9HA 2DYXA 3E9XA 4TQUQ 1VSOA 2H4IA 4EDPA 4DE8A 5CMKA 1QVSA 5K2YA 2RC9A 1POTA 4IO2A 2ZNSA 1XS5A 4OENA 3TAJA 3S9MC 1MY2A 4QFOA 4KYSA 1UIVA 2DSFA 3CFZA 4ZEDA 4NF8A 5AE4A 1NH8A 3IK6B 3PU5A 4BDMA 3EQ1A 1QUIA 3U93A 4IB2A 5I2NA 2O6AA 4ZEKA 3FVKA 1MDQA 1BKAA 4X48A 4I1DA 4OFOA 4OESA 3IO6A 2UVHA 3SEUA 3KSJA 4LA9A 4KR5A 4EQ9A 4F22A 1QUJA 2XX8A 3T9XB 1M5BA 2O7UA 2HAVA 3I5OA 2KLFA 5TU0A 4LP2B 3CR9A 3V8XB 1OLAA 4QSDA 1B3FA 4I62A 2D5WA 1YPNA 3IR1A 3OENA 4AB5A 2QMWA 2QS2A 4GD5A 1Y4CA 1LFGA 5ISUA 2G29A 5H8NB 3PUWE 4F2OA 3MVYA 1LAGE 1B0HA 3ILUB 4FECA 4R6KA 3S9LC 2ZNTA 2ZNUA 3M3KA 5KDTA 2ZYKA 5DEXB 5JK4A 2I6EA 4ESWA 1H3DA 3FJMA 3G3FA 4YICA 3MPLA 5CBSA 1GR2A 3BFTA 3C34A 3JZJA 4XXUA 4RK9A 3TTLA 2GHAA 3ZS6A 4I9DA 4EUOA 1US4A 1FTKA 1SW5A 3CSGA 3U92A 3B6WA 2PX1A 1EZ9A 2W7YA 5AA4B 4NF6A 3IORA 3IJOB 3PGFA 1SW1A 4U4SA 1DMBA 1B0LA 4RPNA 5DT6A 3S9NC 1R1NA 3UA8A 1S7YA 4TOZA 2Q8JA 4YKJA 2HZLA 2O68A 1SDXA 5H8SA 2ZYNA 3KFMA 4LONB 1B1HA 1N04A 2DOJA 4XIGQ 1Z7ME 3JYRA 4POXA 3MJNA 1MH4A 1I6BA 1WODA 1LB9A 4Q0CA 5F7VA 4F29A 1S9TA 5TPAA 4H5GA 3A3UA 1MXZA 5H8HA 5B70A 4IGTA 1ZBMA 3CSBA 3CRBA 3OO6A 4QHQA 1MS7A 2Y7PA 3DP8A 4H6DA 2XXWA 5F1QA 4OMBA 4R74A 2B3BA 3B6TA 4KD5A 4ZE8A 1OQHA 1MY4A 4WKMA 3O2AA 3TCFA 5ITPA 1CE2A 5KDTB 2XXVA 1HSLA 4FE8A 4FORA 1B5JA 4ZEBA 4KQPA 3UORA 2QS3A 4JSOA 4G8HA 4O3AA 1UIUA 2OZZA 3FXQA 1SYIA 3RN8A 1ZKBA 3VXBA 4TLLB 1FTOA 4QF9A 4X1BA 4WEPA 1SYHA 5DVIA 5K2XA 3E13X 2O84X 1D4NA 3DM0A 2YPNA 4LZ7A 5EHMA 1I6AA 2HCAA 2PYYA 2X26A 2AYSA 1M5EA 2DWIA 1HSJA 4M1VA 3N5LA 3T22A 5LOMA 1UTHA 3FJ7A 3U8QA 1NL5A 4MH5A 3MP1A 1N84A 1DOTA 1B9JA 5CMMA 2V25A 2V3TA 4ZEFA 2XXPA 1P1QA 3OSQA 4F3SA 5I2KA 1LFHA 2OK2A 4U4XA 1OQGA 2FNCA 4Q8RA 4R2FA 1FQCA 2Q9TA 1MXUA 1JW5A 5ICTA 3CIJA 1H45A 1B32A 1PC3A 3PPOA 2UVJA 2OCUA 4K3FA 4F1UA 4JBZA 2P2AA 1SW2A 3HCQA 3QUFA 5JEIA 2QS4A 2AL5A 4QSCA 4KYEA 2NWJA 3FVOA 3KEIA 4RA1A 3TQLA 1GGGA 1SVXB 1NNTA 2D21A 4ZEIA 2Y7KA 3SETA 3FVNA 4DDDA 4G77A 2H9BA 4LUBA 1XT8A 4E0WA 3UGWA 4MLQA 1LFIA 1MXYA 2O1MA 4XTCQ 1US5A 3VLUA 1N7WA 3K1NA 2HAUA 4FIMA 4IY6A 4DXUA 3LSLA 3RUMA 4UACA 1XOCA 2ZMBA 2H98A 3TTNA 3H4ZA 4X9TA 1POY1 2PT2A 5EYFA 1N76A 4OXVA 3CFLA 3UK4A 4YMBA 4KFQA 4KPTA 5KCJA 1QULA 1RYOA 2I49A 4R75A 3BBRA 4GVOA 1XHYA 3K6UA 4AB6A 2RC8A 4OZ9A 3CG3A 3V5AA 3VXCA 4JDFA 3Q29A 1QW0A 1OMPA 2YLNA 5I59A 4H1XA 1BTJA 1Y1MA 3RGYA 3PUZE 1Z7NE 3OELA 2GFEA 3M3LA 4IO3A 4U1OA 2XHDA 2I48A 4NF5A 4P0GA 1MQJA 1N3XA 3ZKLA 1P99A 3QK6A 4N13A 5ELVA 1Y20A 3G3IA 3HHGA 1Q35A 4OFJA 5DVFA 5CM6A 3WAEA 1FTJA 3IB0A 1XC1A 4OHNA 3EHTA 3RQTA 5AA1A 4OWDA 2VGQA 1BP5A 1IXIA 3K4UA 1DTGA 4H65A 4LZ8A 3TFLA 3C4MA 4JWOA 3O6IA 2F35A 1SW4A 1IXHA 1NNFA 2VD3A 4R9FA 1MXWA 3KZGA 2R6GE 2OLBA 3EHUA 3SEXA 4NF4A 4UA8A 4R73A 2ESNA 4JWYA 1QUKA 4THIA 3RY3A 1USYH 1A8FA 1LBCA 5J1DA 2CZLA 3M8UA 3W9WA 2QSXA 1ZTYA 5FTIA 2Y7RA 5TP9A 1NFTA 3HO7A 4YKIA 2F97A 1XVXA 5H8FB 2O7IA 2XD3A 4DXCA 2X7PA 1JW1A 1A7LA 3QYTA 2DVCA 3PPNA 1B7HA 3TKDA 3Q25A 3G3HA 5CI5A 1RYXA 4E0XA 4YKKA 1MY3A 3TCHA 1Y3QA 4OVJA 2F5XA 3FUZA 4ESXA 3RT8A 4Q30B 3V83A 4G68A 1MRPA 3DP4A 3K6VA 2DWJA 4XKQA 4HCYA 1YCJA 3H6WA 3MZ9A 2VP1A 1SI0A 3SESA 1LSTA 1M5FA 1B1XA 3I3VA 4KHZE 4ZZAA 2D3IA 3OO9A 1LBBA 3GZGA 2GHBA 4ZS9A 3K01A 4Q5TA 3KSXA 3F11A 4JWXA 2V84A 1ATGA 3VVFA 4GXAA 1II5A 3PD8A 3KN7A 2ALUA 1MQIA 3FXUA 4ZZEA 1NKXA 4ELPA 4LZ5A 1WVJA 3TDJA 3GLBA 5DTBA 4NWCA 1YTVA 3W15C 3MW0A 4OEUA 1A55A 4GF8A 3K0VA 1PDAA 1B46A 2HZKA 3ILTB 1QKAA 2RKMA 2F36A 2H25A 4P0IA 4PETA 2DWAA 1MY1A 3PUVE 3S4UA 3Q28A 4MFIA 3CI8A 2I3VA 3BKIB 1T0KA 2FYIA 1PBQA 3K1MA 4GRKA 3SEWA 1B7ZA 3FZVA 4ISUA 4FAJA 2ANJA 4NF8B 4RXLA 4EF1A 1UTBA 3Q26A 1O63A 4DXBA 5CRYA 3IJXB 3KN8A 2IEEA 3LSFB 1XVYA 2H5YA 5I2NB 4ELQA 3VFJA 3C31A 4G8MA 3IOWA 2E0SA 2XXRA 1LGBC 3O97A 1B58A 1MXXA 4R6HA 4G4PA 1B52A 3O29A 4U22A 4BDOA 2B65A 2VHAA 4U1ZA 3QXMA 5L9SA 4C1UA 2Y7IA 2O1LA 3RNNA 3MAMA 1I6QA 3KJ7A 1SD3A 1A8EA 3TUSA 3WAFA 3RT6B 1JETA 2QJEA 2H99A 4OEVA 3MQ9A 4G2ZA 3QIMA 1IZ1A 3L6GA 1M5CA 3EHSA 1NNPA 3K02A 4XKNA 3UIFA 4L17A 4F3PA 4BLAA 2QMXA 1FQBA 5IKBA 3GXAA 4FJPA 3PMXA 3R6UA 4ELOA 3KBRA 4IO5A 4HS7A 1VFDA 3KG2A 3L6HA 3ONMA 4GL8A 1B3EA 2XXYA 3O66A 4R72A 1B05A 4Z7EA 4HCWA 4PP0A 3OSRA 2XXQA 3S9EA 4IO7A 5CMBA 3K6WA 5AA2D 1AH5A 2A5TA 3FVGA 4DIGA 3THIA 2Q89A 3MZ1A 5CBRA 3KOSA 3IOUA 3S2VA 1ZLQA 4NF6B 2DXYA 3QUJA 3PMVA 5KZTA 2IA4A 4F1VA 1LB8A 3G3GA 2OWSA 2AL4A 3RTWB 1IEJA 3VE1B 3VVEA 2HFBA 1O7TA 3C33A 2GH9A 2I3WA 1IQ7A 3G3KA 2I4BA 1D9YA 2F6GA 5H8QA 1AL3A 3IB1A 1N3WA 3ECRA 4MF3A 3KJTA 2VD2A 3OO8A 3U1OA 4M4GA 2DE2A 3OO7A 1MQDA 1BLFA 2RINA 5BWJA 4F3BA 4XKPA 3CG1A 3OOAA 5HPQA 4DCYA 3MVZA 4F3GA 1A99A 3MVXA 3H06B 1FQDA 1GV8A 4KI0E 1FQEA 5DVJA 3O9PA 3I6VA 5TPAB 2ONRA 2ONKE 3EPEA 1P1UA 1DSNA 4EXLA 5L8DA 3AXFA 5H8HB 3OD7A 5I57A 2XX9A 3N6UA 3PPQA 2PMSA 1Y3PA 2DE3A 4F1YA 3UN6A 4NTLA 1FCKA 1NNKA 5I58A 3OXNA 1LAFE 4NMYA 2DWHA 4BDRA 1CB6A 3OEMA 3LR1A 4H5FA 1QJMA 1EZPA 1TT1A 1BIYA 5FTHA 3B7DA 2F78A 2QS1A 3DP6A 2PVUA 4EQ7A 1H44A 2QL3A 1A40A 4KYDA 2YJPA 1EU8A 3RLFE 1OVTA 2F6PA 2VOZA 3Q27A 3R7XA 4EF2A 4DZ1A 3TQWA 4RK2A 3N94A 2RCAA 4ECFA 4IO6A 1UTHB 4GWOA 4ZECA 4FEDA 2RF1A 3TPAA 3ODBA 3VVDA 2NOOA 1R6ZA 5FHNA 1URDA 1LLSA 2BJJX 4IY5A 5I2KB 2I0BA 2UYFA 4DCXA 1JNFA 3O6HA 1MQHA 3FGSA 4RY1A 2NUVA 3JV9A 2UVIA 4WEDA 4H8IA 3FIRA 4QFPA 1B4HA 1N7XA 1JEVA 5IAIA 1PB9A 4LVQA 4JB7A 1AIVA 1TWYA 1VR5A 3D4GA 4JXIA 2F34A 4C1TA 1AOVA 5A5XA 3U72A 1JQFA 5AA3A 4KCDA 3FD3A 4DLDA 3LC8A 2WKYA 2HQ0A 1Q1KA 5I56A 4AQ4A 5H8NA 1PB8A 4OFLA 3BFUA 3CFXA 4WXJA 3K00A 4FATA 1PB7A 3USDA 1URGA 2V3UA 1MM7A 3SEYA 1LAHE 3TCGA 1B6HA 3TZAA 2THIA 1LCFA 3IL1B 1H43A 3FATA 3H3GA 1NMUA 2F7BA 4R6YA 5DEXA 5FHMA 4PE5B 1D9VA 4QSEA 2DVZA 4YU0A 5KCJB 2REGA 1ZU0A 4QFNA 2XX7A 1B40A 2DS9A 3MPKA 1FTLA 2OJTA 3IOVA 3SKPA 1NH7A 5I59B 5AA4A 5M2VA 4JSDA 1EZOA 1DTZA 1MH3A 4NE4A 4QRZA 4O3BA 4U2RA 1LCTA 4NF5B 1IXGA 2B3FA 1S50A 3EF7A 2AIXA 4QFKA 3HV1A 3DLNA 4F18A 1P1WA 1P1NA 4C0RA 1L5TA 4BDNA 1GVCA 5A5XB 3UP9A 3TTMA 1B3LA 1LAXA 4I8CA 3IX1A 4NF4B 3GBBA 3ZKKA 3G3JA 3FV2A 1MXVA 2O69A 1B4ZA 2HXWA 4H0WA 4XKRA 5I56B 4OYVA 2Q2AA 4MBPA 3PPRA 3MVWA 5TP9B 3PPPA 3C36A 1FW0A 2XXIA 3EN3A 3T9VA 3VLWA 4LQ5A 5FHOA 3IO4A 2I4CA 3N26A 4GQOA 3FV1A 4F39A 4G8NA 1F9BA 1VE4A 1KWHA 2Q2CA 2DXRA 1AMFA 4GOTA 3PMWA 5L9OA 1MDP1 2Z22A 3HSTA 4RJZA 3KOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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