3L6GA

Crystal structure of lactococcal opuac in its open conformation
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
DKKVDLVYMNWDSEVASINVLTQAMKEHGFDVKTTALDNAVAWQTVANGQADGMVSAWLPNTHKTQWQKYGKSVDLLGPNLKGAKVGFVVPSYMNVNSIEDLTNQANKTITGIEPGAGVMAASEKTLNSYDNLKDWKLVPSSSGAMTVALGEAIKQHKDIVITGWSPHWMFNKYDLKYLADPKGTMGTSENINTIVRKGLKKENPEAYKVLDKFNWTTKDMEAVMLDIQNGKTPEEAAKNWIKDHQKEVDKWFKGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Glycine betaine-binding protein
molecule keywords Betaine ABC transporter permease and substrate binding prote
publication title Ligand binding and crystal structures of the substrate-binding domain of the ABC transporter OpuA.
pubmed doi rcsb
source organism Lactococcus lactis
total genus 84
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3l6gA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3l6gA02
4FORA 4GFRA 2XXQA 1VE4A 2QSXA 5ICQA 3CSBA 3C36A 3KGCA 4H1XA 4QSCA 1SDXA 3K2DA 4YMBA 3FXRA 2P2AA 4KFQA 1NH7A 4RYAA 1DMBA 3PUYE 4Q0CA 4F2OA 4P0GA 4XXUA 4LZ8A 5DVIA 3C4MA 4OESA 2PMSA 1JW5A 3T9XB 2F78A 1GVCA 2HZLA 1MQIA 5L9OA 5AA2B 4YKIA 4NTLA 4DXUA 2DWAA 3IO6A 1A7LA 3PMVA 3ONMA 4F3BA 3E13X 5HPQA 4GXAA 4BDMA 1FQCA 5ELVA 3ZS6A 3BKIB 2NWJA 2KLFA 3UIFA 3K00A 5L9SA 2XX9A 3M3KA 3MP6A 2D21A 3KG2A 3PV0E 3A3UA 4WEDA 3W15C 2I4CA 1IXCA 4X1BA 1D9YA 4DE8A 5A5XA 2E1SA 4ELPA 4OETA 3EN3A 1A99A 3MVXA 1SVXB 3MPLA 4H0WA 4IO6A 3RQTA 2QJEA 2Q9TA 2Y7KA 5AA4A 3IO4A 1MM7A 3TAJA 1I69A 1DTZA 3MPKA 2DS9A 4H5GA 3RPWA 1MY4A 5DVJA 4HCYA 4KPTA 3AXFA 2F7BA 1YTVA 2XD3A 3O28A 4EXLA 3OSRA 3B6WA 3V5AA 2AL4A 3O2AA 1B2HA 5DEXB 4LONB 1ZKBA 1Y1ZA 4YKPA 4LATA 3O6GA 4LQ5A 5DT6A 2Q8JA 1JNFA 2B3FA 5KDTB 3C35A 3FV2A 1FCKA 2HFBA 3K1NA 4PQJA 1MY3A 3QYTA 1ANFA 2F6PA 3PPNA 4G8HA 1LBBA 2H98A 1XS5A 3TTLA 4DLDA 3VLUA 1R1NA 3PD8A 2Z8FA 1POTA 5F1QA 4HS7A 3VLVA 3HN0A 1BLFA 3LUYA 4QHQA 5ISUA 2DP8A 4U23A 3T9HB 3FVKA 1HSEA 1MXYA 2XXWA 1I6BA 3DLNA 1OLAA 3OMBA 4EXKA 1MRPA 3E3KA 3PD9A 2IA4A 1N0TA 3EF7A 1BTJA 1HSJA 4HCWA 3K01A 4ZE9A 3VVEA 2F97A 3F11A 3CSGA 5CM6A 4F31B 1B4ZA 3R26A 4RNSA 3OOAA 4PFTA 4LUBA 4IO7A 3VVFA 4F3PA 1N04A 2GRVA 3OEMA 1MXZA 1UTHA 3JZJA 1QUJA 4KCCA 2R9JA 5H8QA 1USYH 3D4GA 1F9BA 4R72A 5I84A 5A5XB 1B4HA 2CZLA 3PUXE 1POY1 1M5CA 2XD2A 4MLQA 1OLCA 5EYFA 3QUFA 1S9TA 4XKNA 2Z8EA 4OFOA 5AA4B 3FJGA 3T9VA 3PUZE 2V25A 1B40A 2PYYA 1SW1A 4JWOA 4H65A 4U21A 2HAVA 3G3GA 4DCXA 2OCUA 4IGTA 3SERA 3GBBA 4I8CA 1JVYA 3QSLA 1J1NA 3C33A 4N13A 4GL0A 1H44A 4LQ2A 4KYDA 4OHNA 1MDQA 4L17A 1JW4A 1B0HA 1SI0A 3L6GA 1WVJA 4HTGA 1B3EA 3PPQA 4HW8A 3IL1B 4GQOA 2OWSA 2ZNUA 3QAXA 5JEIA 1XVYA 1IUDA 2DXRA 1WDNA 3UA8A 2Y7IA 1A54A 5FTHA 5HBCA 2Q89A 4U22A 4KR5A 2YJPA 3U8QA 5KZTA 3A3CA 4ONYA 4R2FA 1LGBC 1HSLA 3MP1A 2ZYOA 4TQUQ 3H03A 5I58A 4DZ1A 3TCHA 2G93A 4N07A 1UIUA 3VLWA 1EU8A 4YB6A 3TTNA 2A5SA 4XIGQ 2H99A 2RC7A 2QS1A 3OO9A 3SEXA 3PGFA 1EZPA 4UACA 1B52A 2UYFA 1UTHB 1IEJA 4WXJA 2HZKA 5L9MA 3MBPA 3CG1A 5H8QB 1FQBA 4QSEA 3CVGA 4XKPA 1P1WA 1MM6A 1A8EA 1O64A 3CG3A 4EQBA 4O3CA 4ZEDA 2ONRA 4G8MA 2PVUA 3O66A 4PP0A 2ONKE 2UVJA 3C34A 2Q88A 1VSOA 5K2XA 4QFOA 1R9QA 2I4BA 1USYE 3LBSA 3MWBA 1OQHA 4JB7A 1B46A 4JWXA 3KFMA 1Y3PA 4FIMA 3LSWA 4MBPA 3TCGA 1FTJA 3QIMA 1MQJA 4BDNA 3VE1B 2Y7RA 1MXXA 2XX8A 2REJA 3RTWB 1N76A 1B1XA 3U92A 4PFWA 1MS7A 2UVIA 3SEUA 1N84A 2GHBA 3M8UA 4NF4A 1ATGA 4ELQA 4ZE8A 3V89B 4G68C 3U94A 3IB1A 1Z7ME 5FHOA 1B3FA 3C9HA 4ZEBA 1H45A 4OEUA 2DVZA 5AA1A 2O6AA 1VR5A 1XC1A 2I58A 1N3WA 3RTFB 2QS3A 3HSTA 2DE2A 2YLNA 4GLIA 2E0SA 3TZAA 4ZEKA 4THIA 1MG1A 3PUWE 3TMGA 4AB5A 5BUUA 1NKXA 1CE2A 2NXOA 3T93B 3H6UA 1LCFA 4LZ7A 2DE4A 3G7WA 3ODBA 5I58B 2VGQA 3TQWA 2A5TA 2HCAA 2X7PA 1B3LA 3P7IA 1SBPA 3MVZA 1PBPA 3G3HA 5TU0A 4F1YA 3G3IA 1LSTA 2DQVA 3KBRA 4R9GA 3TKDA 4KYEA 1B7ZA 3FD3A 3K1PA 3WAFA 4GL8A 2FYIA 4Q8RA 1DPPA 3QXMA 1SQYA 2VP1A 3PPPA 1TWYA 1AL3A 3RGYA 4GRKA 4YKJA 3C32A 5H8SA 1NH8A 5IKBA 2OBGA 1XOCA 1OVTA 5I2KA 3JV9A 4R6KA 5TPAA 4X48A 3H6TA 1JEUA 3KSXA 5LOMA 4M4GA 1PB9A 4BDQA 2FA7A 2QS2A 1MXUA 1A55A 1TT1A 2I3WA 3TQLA 2VHAA 2ALUA 1SW5A 4O3AA 3T66A 4LVQA 2HAUA 3IORA 2QMXA 1TXFA 4OVJA 4DDDA 5K2YA 3E9XA 4XKRA 2I3VA 4RPOA 4KHZE 3FXQA 4NF5A 1Y20A 3R7XA 3PMXA 3K02A 1QW0A 3G3FA 1DPEA 4LA9A 4IY6A 3H7MA 1QKBA 2XXXA 1FQDA 2PT1A 3SDFA 5CMCA 3I6VA 4DCYA 4QSDA 1UIVA 3OEKA 3TPAA 4NF4B 3TDJA 4R2BA 2V84A 1NNTA 3S9NC 1Y1MA 2O7IA 3G3KA 1ZTYA 3ZSFA 4F1VA 4JSDA 1FW0A 2DWIA 4YZZA 1QKAA 2DSFA 3MUQA 4WEPA 1Y3NA 5H8NA 3FIRA 1PB7A 3SETA 1B3GA 4X1DA 3B6TA 4ZECA 4RY1A 2AYSA 2B65A 1LBCA 1AMFA 2VOZA 2QRYA 2XXRA 3UK4A 3O9PA 3V8XB 5FHNA 4QFPA 2AL5A 3TTRA 1Q35A 4IO3A 3SEWA 4IY5A 2DWHA 4EDPA 2A5TB 1B9JA 4YKKA 1DTGA 2UXAA 3GZGA 1OIBA 2Y7PA 1LAHE 5EHMA 1EZ9A 1QVSA 1II5A 1JW1A 1B51A 1MXWA 1JETA 2RCBA 2BJJX 1M5BA 4R6YA 2OWTA 2X26A 4RJZA 3FATA 3M3FA 2Q2AA 3LSFB 1M5EA 1SW2A 4OTEA 2X7QA 4E0WA 2Y84A 5I2KB 5TPAB 3K0VA 2OZZA 3H4ZA 4NWCA 2Z22A 1GTKA 4Z0IA 1P1UA 1LFIA 3EHTA 3IB2A 4NEDA 4G68A 3RN8A 4ECFA 4IB2A 4DIGA 3KOSA 4PETA 4H8JA 1Y9UA 4ZDMA 2F34A 3CIJA 4N6PA 2ABHA 2W7YA 4YU0A 1URSA 1QULA 3TEPA 1P1NA 3UORA 2V3QA 4POXA 3EHSA 4U1OA 3T22A 3VXBA 4XTCQ 4NF5B 3HCQA 3KJ7A 3VXCA 2ONSA 4ND9A 3BBRA 2XXYA 2V3UA 5DVFA 2D3IA 2ZYMA 3UN6A 3MQ9A 5AA2D 4QFKA 2PT2A 3OO6A 2IEEA 5H8FA 3K6VA 4QFLA 2H9BA 5B7DA 1JVXA 3LR1A 1Y3QA 4R9FA 3ZKLA 1IXGA 5H8NB 4P11A 3UP9A 1ZLQA 4MF3A 3IAZA 5I56A 4YICA 1M5FA 4OEVA 3BFUA 4DXBA 1IXHA 1N3XA 3IR1A 3I3VA 5ICTA 3W9WA 4F39A 3RT6B 4UA8A 1LFHA 4IGRA 3CR9A 4NF6A 1B5HA 2RF1A 1US5A 3FUZA 4IO5A 1NNFA 3C31A 5DYHA 3EQ1A 4JWYA 4R74A 4RXLA 4F2QA 1OMPA 4BLAA 1Z7NE 1KWHA 5I2NA 3OENA 3BFTA 2VD3A 3IOVA 5CRYA 4R6HA 3TFLA 1S50A 4GXSB 1AIVA 2O7UA 1FTKA 3TCFA 4G68B 1O63A 2UVHA 3OD7A 4OENA 4P0IA 4C1UA 3MW0A 2PBWA 3LSXA 4KI0E 1FQAA 2ZMBA 4IO2A 2WKYA 1Q1KA 3HHGA 4TOZA 4F19A 3O6IA 4PFYA 1SYIA 1EZOA 4F22A 1FQFA 1PB8A 4Q5TA 1JQFA 1BP5A 1RYXA 3DP6A 1ZBMA 1MQDA 2GFEA 2H4IA 4I1DA 2Y7WA 1H3DA 1OQGA 3S2VA 1QUIA 5H8HA 4RA1A 4EUOA 3IOWA 1PBQA 3ECRA 1MPCA 3IOUA 1NMUA 1IQ7A 3O6HA 5H8FB 1SI1A 3T96B 4FATA 4R73A 3FJMA 3HV1A 3K6WA 3PU5A 3OSQA 3TTKA 1URDA 1NNKA 1T0KA 4ZZEA 2DYXA 4ESWA 4XKQA 3R6UA 4ZZAA 1GR2A 5I56B 3FVOA 3V83A 2V93A 1YAEA 5JTYA 1MY2A 3ILUB 3GLBA 5HM4B 4OYVA 1URGA 4EQ9A 5JK4A 1IIWA 4KCDA 2HEUA 3RLFE 5IAIA 3KJTA 2OLBA 3DM0A 4NF6B 4GF8A 4IO4A 2REGA 3H3GA 1MXVA 4PFUA 2XXUA 3TTMA 4OZ9A 4GVOA 2F35A 3S4UA 4H8IA 4OQOA 3USDA 2RC8A 4POWA 5I57A 5EHSA 3LC8A 1SYHA 4GD5A 4KYSA 1MH4A 1RKMA 2Q2CA 3A09A 2ZXTA 2GHAA 2ANJA 3Q29A 4FEDA 1ZJLA 4X9TA 1YCJA 4RK9A 5I2NB 1EH3A 1D9VA 3OELA 4OFJA 3K6XA 4GWOA 1MPDA 1MQGA 1IXIA 2DOJA 1ZMGA 1B7HA 4OERA 5FHMA 3LSLA 1CB6A 5FTIA 3O97A 3CFZA 4MLVA 4F3GA 5I59A 2XHDA 5CMBA 3N5LA 3N6TA 1B5JA 2H25A 4H6DA 5ITPA 1LAGE 2F36A 1PEBA 2OK2A 1AH5A 5CBRA 3O29A 4O3BA 2NOOA 5J1DA 1FTOA 4FEBA 1B3HA 3OO8A 2B3BA 3FV1A 1ELJA 2I0CA 1N7WA 2UVGA 4BDOA 3FVGA 2Z23A 2XXHA 3VFJA 5CC2A 3MZ9A 3FASA 3W9VA 5H8HB 4G8NA 3D4CA 1B6HA 2I48A 1H76A 4G2ZA 1AOVA 4GIZA 2RC9A 4U1ZA 2QL3A 4OXVA 3IOTA 3VV5A 1GV8A 1SD3A 4F29A 4Q30B 4KD5A 3HPIA 2P0SA 4YAHX 1FTLA 2M8CA 1XVXA 2D5WA 3KN8A 1B0LA 3Q28A 5JTYB 2R71A 4WKMA 2OJTA 1FQEA 3L6HA 5BWJA 1MH3A 2ZYKA 4U4XA 1PC3A 5TP9A 4ZEFA 2QMWA 3TELA 3E4RA 4BDRA 4OMBA 3Q26A 3VDFA 4ELRA 1B7UA 4TLLB 3THIA 3SKPA 4JDFA 3TUSA 2UYEA 1B32A 3PPRA 3IK6B 5L8DA 2VD2A 4I9DA 3PMWA 1LAFE 2NVUB 4ZEIA 4C0RA 1JEVA 3UGWA 1S7YA 1A8FA 4JBZA 4U4SA 2I0BA 3K1MA 4NF8A 3B6QA 3S9EA 2P1SA 5I57B 4NMYA 2AIXA 1Y4TA 5M2VA 1QJMA 5CI5A 5CMKA 4OFLA 3FZVA 1A40A 3FGSA 2O51A 1P99A 4ZS9A 2FNCA 3ZKKA 1UQWA 4F3SA 3RUMA 1L5TA 1R9LA 3FVNA 5AA3A 1QUKA 3K4UA 1M5DA 3KN7A 5CMMA 3H6WA 1IITA 4H67A 1N7XA 4GOTA 2I49A 3OO7A 2H5YA 1ZU0A 3RT8A 3IJOB 5I59B 1VFDA 3DP8A 3MAMA 3N26A 3U1OA 4H5FA 3ILTB 5DTBA 1NFTA 1B1HA 3I5OA 4TLMB 3CFLA 1ZIUA 3JYRA 3U72A 3S9LC 1NL5A 3Q27A 4AB6A 1OVBA 1Y4CA 4I62A 4Z7EA 3Q25A 1B58A 4YMAA 1NNPA 2ESNA 1BKAA 2DWJA 1IZ1A 5KCJA 2O1LA 3KEIA 1MPBA 2PX1A 4U2RA 3GBAA 3EPEA 4LP2B 3S9MC 1DSNA 1RYOA 3MP8A 3CFXA 2I6EA 2YPNA 3HO7A 3MC2A 4ELOA 3U93A 3SEYA 4F18A 2QS4A 5TP9B 2O69A 1UTBA 2DXYA 4QFNA 2XXTA 2ZNSA 3WAEA 1H43A 3OXNA 1B5IA 2RKMA 2F7CA 3TODA 3KN3A 2DVCA 1YPNA 1D4NA 2ZNTA 4NF8B 1D3KA 1PDAA 5CBSA 4EF2A 1MY0A 2O1MA 4MFIA 3IX1A 2XX7A 2O84X 3H06B 2XXPA 4QRZA 4QF9A 1R6ZA 3HHFA 3M3LA 5B70A 4RPNA 1GGGA 3SESA 1LAXA 2F7AA 2Z8DA 2LAOA 1TFAA 2F5XA 4YB7A 1WODA 3G3JA 2G29A 3FJ7A 3DELB 1MY1A 1LFGA 3MVYA 1BIYA 4RK2A 4EF1A 1LLSA 3K6UA 5AA2A 4OWDA 4FE8A 4KQPA 3KOTA 4EQ7A 4LZ5A 3N6UA 3PPOA 3TYHA 1DOTA 3T9UA 2V3TA 4F1UA 4G4PA 2HQ0A 3GXAA 4AQ4A 4BDLA 2XXIA 3RNNA 1O7TA 1VFEA 4C1TA 2F8DA 1XHYA 3QUJA 3KSJA 3SEVA 3CRBA 4G77A 4YB5A 3DP4A 5KCJB 1LB8A 3MVWA 2NUVA 3MJNA 3N94A 1US4A 1MQHA 1XT8A 3QK6A 1MDP1 3FXUA 5ITOA 2R6GE 2RINA 3MZ1A 1P1OA 1I6AA 4M1VA 1FTMA 4JSOA 2ZYNA 3IJXB 3B7DA 4E0XA 2GH9A 1LCTA 4PE5B 2THIA 4DXCA 5AE4A 4FECA 2QPQA 4K3FA 2XXVA 1UTBB 3PUVE 3EHUA 3KZGA 1LB9A 5F7VA 3IB0A 1P1QA 4R75A 2O68A 2DE3A 4JXIA 4NWDA 5DEXA 4NE4A 4MH5A 4FAJA 3RY3A 1B05A 2HXWA 4ISUA 1TFDA 2CMOA 5KDTA 2RCAA 1I6QA 3MZBA 4FJPA 2F6GA 3H6VA 4ESXA 1SW4A 3CI8A 3VVDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FORA 4GFRA 4NF0A 2XXQA 1VE4A 2QSXA 5ICQA 3CSBA 3C36A 3KGCA 4H1XA 4QSCA 1SDXA 3K2DA 4YMBA 5IZ3A 3FXRA 2P2AA 4KFQA 1NH7A 4RYAA 1DMBA 4GWXA 3PUYE 4Q0CA 4F2OA 4P0GA 4XXUA 4LZ8A 5DVIA 3C4MA 4OESA 2PMSA 1JW5A 4IR8A 3T9XB 1LBVA 2F78A 1GVCA 2HZLA 1MQIA 5L9OA 5AA2B 4MNCA 4YKIA 4NTLA 4DXUA 2DWAA 3IO6A 1A7LA 3PMVA 3ONMA 4F3BA 3E13X 3HFUA 5HPQA 4GXAA 4BDMA 1FQCA 5ELVA 3ZS6A 3BKIB 2NWJA 2KLFA 3UIFA 4GX6A 3K00A 5L9SA 2ZZVA 2XX9A 3M3KA 3MP6A 2D21A 3KG2A 3PV0E 3A3UA 4PAIA 4WEDA 3W15C 2I4CA 1IXCA 2PFYA 4X1BA 1D9YA 4DE8A 5A5XA 2E1SA 4ELPA 4OETA 3EN3A 2ZZWA 1A99A 3MVXA 1SVXB 3MPLA 4H0WA 4IO6A 2QJEA 2Q9TA 2Y7KA 3D1RA 5AA4A 3IO4A 1MM7A 3TAJA 1I69A 1DTZA 3MPKA 2DS9A 4H5GA 3RPWA 1MY4A 5DVJA 4HCYA 4KPTA 3AXFA 2F7BA 1YTVA 2XD3A 3O28A 4EXLA 3OSRA 4OVRA 3B6WA 3V5AA 2CEYA 2AL4A 3O2AA 1B2HA 3GYYA 1YYZA 5DEXB 4LONB 1IMEA 1ZKBA 1Y1ZA 4YKPA 4LATA 3O6GA 4LQ5A 5DT6A 3B50A 2Q8JA 1JNFA 2B3FA 5KDTB 3C35A 3FV2A 1FCKA 2HFBA 3K1NA 4PQJA 4AS5A 1MY3A 3QYTA 5FBPA 1ANFA 2F6PA 4GWSA 4OA4A 3PPNA 4G8HA 1LBBA 2H98A 1XS5A 3TTLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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