3L6GA

Crystal structure of lactococcal opuac in its open conformation
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
b'DKKVDLVYMNWDSEVASINVLTQAMKEHGFDVKTTALDNAVAWQTVANGQADGMVSAWLPNTHKTQWQKYGKSVDLLGPNLKGAKVGFVVPSYMNVNSIEDLTNQANKTITGIEPGAGVMAASEKTLNSYDNLKDWKLVPSSSGAMTVALGEAIKQHKDIVITGWSPHWMFNKYDLKYLADPKGTMGTSENINTIVRKGLKKENPEAYKVLDKFNWTTKDMEAVMLDIQNGKTPEEAAKNWIKDHQKEVDKWFKGS'
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Ligand binding and crystal structures of the substrate-binding domain of the ABC transporter OpuA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Betaine ABC transporter permease and substrate binding prote
source organism Lactococcus lactis
molecule tags Glycine betaine-binding protein
total genus 84
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3l6gA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3l6gA02
2HFBA 4R2FA 2XXPA 3W9VA 1SDXA 2RC7A 3V89B 1DPEA 4QHQA 3IX1A 5ELVA 4BLAA 1MG1A 4IGTA 2QPQA 1B46A 3FXUA 2D5WA 3ZKLA 3DELB 2O7IA 3B6QA 4OENA 1B40A 1MY3A 4O3CA 3EQ1A 1MPDA 4JSDA 2P1SA 1YAEA 1QULA 3KFMA 2PYYA 2V84A 1OQGA 3VXCA 3HPIA 2Z8DA 3PUVE 2THIA 2I48A 5JTYA 3H6UA 2XX9A 4NF8B 3E4RA 2XXQA 3H7MA 3M3KA 4O3BA 4F2QA 1N3XA 1PC3A 3MW0A 3B6WA 4MFIA 4YB5A 4H1XA 2H5YA 5TPAB 3H3GA 4AB5A 1ZTYA 1Y1ZA 3WAEA 5I59A 2OWSA 3MVXA 3UP9A 3MVYA 5CBRA 3G3JA 5A5XA 1BTJA 3TAJA 2Q88A 3PU5A 4GQOA 3O29A 3G3GA 3OSRA 2O1MA 1MY4A 3OD7A 3CSBA 2RC8A 1M5EA 2ZXTA 3K01A 3MC2A 2O6AA 3TODA 1SVXB 3U1OA 2QRYA 3C36A 1XHYA 4NWCA 3L6HA 4G77A 2VD2A 4IO7A 1B3LA 4QFLA 2DE3A 2ONRA 4NF5B 1OVBA 3U94A 4ND9A 5CM6A 1XOCA 2E0SA 4OMBA 2PX1A 4DLDA 3U93A 2OJTA 4KYSA 1IXCA 4F3GA 1FQBA 1LFHA 3RGYA 4OYVA 2B65A 1JW5A 2A5TB 4EF1A 4OZ9A 4BDOA 5DEXB 1I69A 4F18A 1VSOA 2XXRA 3OENA 5I2KA 3FATA 2KLFA 4EXKA 1IXGA 5TP9A 3JZJA 3FASA 1QKBA 3GBBA 1FTJA 3VVDA 4M4GA 3FJGA 4G68B 3QSLA 2UYFA 3O28A 1ATGA 1GTKA 5H8HA 1Y1MA 3IOUA 2Q2AA 2F7AA 2UVIA 3SEYA 5AA2A 4HS7A 1IEJA 3OXNA 2QS1A 2DXRA 4GXAA 3RTWB 4C1UA 1OLAA 1LAGE 4PETA 1QUKA 4MF3A 1I6QA 3C31A 2F8DA 1B05A 1VFEA 3HO7A 2O1LA 4RPNA 1I6AA 3K1MA 3IAZA 1B3EA 1GVCA 4GD5A 1DMBA 2I4CA 3ZKKA 1OLCA 4EXLA 1USYH 5BUUA 1B3FA 3RN8A 4DXUA 1FQFA 4IO5A 2ONSA 4QFPA 2AL4A 3IORA 4DXCA 3SEVA 1Z7NE 1JW1A 3JYRA 1B7ZA 2Y7RA 4ZECA 3RLFE 2H4IA 1B51A 2ZNUA 2H9BA 4C1TA 4IB2A 4POWA 4I8CA 4RK9A 2QS2A 4R73A 4ZZAA 5BWJA 2GHBA 3PUXE 1MDP1 4JWOA 4BDMA 3OOAA 1LAHE 3IO6A 4G68C 3Q27A 3C9HA 3IL1B 5I57A 1MXUA 1LGBC 3SEXA 2OWTA 3H6VA 2QMWA 4FIMA 5I84A 4YKPA 1IXHA 2PVUA 5KDTA 4ZEDA 2DWIA 3H6TA 3TTMA 1SW5A 2PT2A 5TP9B 2H99A 3VLWA 2OLBA 3OEKA 4ESXA 4I1DA 5FTHA 1JEVA 1RKMA 1LLSA 1D3KA 4IGRA 3UK4A 2O69A 4O3AA 3BFUA 1AH5A 1B0LA 1MXWA 1URDA 4ZEIA 3MP6A 4OEUA 3T93B 1RYXA 1POY1 1H45A 3PMWA 1S50A 4RPOA 1URGA 3R7XA 3OEMA 1HSEA 4FATA 1IQ7A 1LB8A 4GXSB 5CMBA 4LZ5A 1MXXA 4RNSA 1UTBB 1FTKA 4GWOA 3PUWE 4BDQA 1VE4A 4F39A 5I56B 3TTNA 3PUYE 4KI0E 3KG2A 1A99A 1NNPA 2I4BA 3U92A 3FVKA 1IUDA 3TCFA 3TFLA 1MS7A 2XXIA 1VFDA 1MQDA 2XXVA 3FJMA 2V3TA 3B6TA 3W15C 4LZ8A 1LAXA 1H44A 3K4UA 2ANJA 3H06B 5CMCA 3W9WA 4RA1A 4LP2B 4PP0A 1SD3A 4GF8A 4NTLA 4U4XA 2VD3A 3I3VA 4E0WA 4HCYA 4R74A 1P1NA 1T0KA 3MVZA 2V3UA 1SW4A 2HZKA 1UQWA 2F6GA 4ZEKA 1WDNA 5AA4B 3CFXA 4UACA 3Q25A 2HCAA 3THIA 3FZVA 3O66A 4I62A 4QF9A 4EUOA 1JVXA 5H8QA 2GHAA 4P11A 4XKNA 2X26A 4JXIA 4ZEFA 4U2RA 2F78A 1D9YA 4OFLA 1XS5A 4DDDA 3HCQA 3EHSA 4F3PA 3HSTA 4U1OA 3TMGA 3MJNA 3N94A 4ECFA 2FA7A 4PFWA 3MPKA 3LSLA 5I2NA 4Q5TA 4QFNA 2VOZA 4ELRA 4U21A 1B32A 4ISUA 1B0HA 1N04A 4NF4B 3S9EA 1LCTA 3M3LA 4YKIA 4QSCA 3SESA 4QSEA 1CB6A 4H5GA 2RCAA 4H65A 3PPNA 3RT8A 2DE2A 3PUZE 1A8FA 3A3UA 3OSQA 4X1DA 4BDRA 3SERA 3HHFA 1B1XA 4GOTA 1D4NA 1FTOA 5H8FA 5DTBA 1SQYA 3FVGA 4E0XA 1ZIUA 2O51A 1SYIA 3MBPA 2DYXA 1A7LA 1LSTA 3Q26A 2I6EA 5AA3A 1EH3A 1M5CA 2XXWA 4DCXA 1B4ZA 4L17A 3C32A 3C34A 3K1PA 1DTGA 1LBCA 1O63A 3HV1A 2AYSA 3KSJA 4XKQA 4FORA 3O97A 5I58A 5HM4B 1FCKA 5AA1A 4OWDA 3CG3A 5L9OA 1MY2A 1FQCA 3IR1A 4YB7A 4EQBA 4XIGQ 5CC2A 2F36A 4R2BA 4OETA 1S7YA 2I0BA 4HW8A 1B9JA 1NNTA 3C33A 4NF6A 1NH7A 3PPOA 2F34A 2R71A 3TTLA 3O9PA 1PB7A 3QK6A 3QYTA 3BBRA 1BLFA 3G3IA 3IB0A 3TDJA 4DZ1A 3EF7A 4JWXA 1D9VA 1MPBA 3BKIB 2RF1A 3GXAA 3GZGA 4LA9A 2Z22A 1CE2A 4ZDMA 4ESWA 1IZ1A 4H67A 3FUZA 1JEUA 1XVXA 4IO6A 3T9HB 4WKMA 3KGCA 1UIUA 2F97A 4EF2A 2BJJX 3K6VA 4HCWA 1L5TA 5I2NB 3KJ7A 3LBSA 4U4SA 4OERA 2ZNTA 2DWHA 1US5A 4F29A 3KN3A 4BDLA 4KPTA 4QRZA 4LZ7A 5CRYA 4QSDA 4KD5A 1PEBA 3TKDA 4GL0A 3IOVA 3RUMA 5L8DA 4KR5A 3IO4A 3KOTA 2Z8EA 1A40A 2QL3A 2V25A 2O68A 1XC1A 1XT8A 2NUVA 4IY5A 3I6VA 4P0IA 1R9LA 1MDQA 4H8IA 2CZLA 3L6GA 3O6HA 4F31B 2QS3A 1AOVA 1B3HA 1PBQA 2H98A 2D21A 4C0RA 1NNFA 5JTYB 4YB6A 2UVGA 4OQOA 4ZE8A 1R1NA 1B3GA 4U22A 2YLNA 1AIVA 3S9LC 4TLLB 5I59B 1P1QA 5EHSA 3OO7A 3UGWA 3KBRA 2I0CA 5A5XB 3VLUA 4ELQA 3LUYA 2O7UA 2DE4A 4M1VA 4YU0A 3IK6B 1Y3QA 1F9BA 2IEEA 3T9VA 3KSXA 4WXJA 3TTKA 4PFYA 1MM6A 4OFOA 5LOMA 2RC9A 1N76A 1SBPA 3MZBA 4MLVA 1LB9A 3LSWA 1P1UA 3D4CA 5M2VA 2XXHA 4DE8A 3EPEA 4F1UA 3CFZA 1DOTA 5B70A 1FQEA 1VR5A 1FTLA 1Y4CA 2PMSA 2O84X 1Z7ME 1TFAA 1PB9A 5KCJA 1MRPA 2DWJA 3PPQA 3FV2A 1TXFA 3KZGA 4R6KA 4NWDA 4KCDA 2PBWA 3T96B 1N0TA 2GH9A 5I2KB 3OMBA 5H8NA 1BIYA 4TLMB 4H0WA 4YKJA 1B1HA 1N7WA 2V3QA 2HEUA 1MY0A 1MQHA 4OVJA 1UTHA 4JSOA 4ZS9A 1O7TA 3MZ9A 4KYEA 1ZMGA 3V8XB 4G8MA 5JK4A 2REGA 4IO4A 5H8HB 1QKAA 2ZYNA 3E13X 3QIMA 3PMVA 1XVYA 2B3FA 1WVJA 4LUBA 5DVFA 2DOJA 1R6ZA 4XKPA 4DXBA 5AA2B 3TTRA 5HPQA 1B7HA 4LQ2A 3K6WA 1ZJLA 5ICQA 3QUJA 3G3HA 4WEDA 1OQHA 3MPLA 4G8HA 5KZTA 4IY6A 1MH4A 2Z8FA 4KYDA 3LSFB 4YMBA 3CRBA 4GL8A 3FGSA 3G7WA 1HSLA 2NOOA 1JQFA 3LC8A 1POTA 4LVQA 2YJPA 1SW1A 4JDFA 3FVOA 1Y3NA 3FVNA 2OCUA 4X9TA 1QUJA 1P1OA 1B6HA 2HAUA 3TQWA 2I3VA 3VVEA 4NF8A 4NE4A 2R6GE 4YKKA 2Q8JA 2XX7A 2Y7IA 4FEDA 3G3KA 2CMOA 1YTVA 4YZZA 3M8UA 5I57B 5KCJB 5TPAA 4FECA 2Y7WA 1QW0A 3CI8A 3VLVA 1SI1A 4Q0CA 1H43A 1NMUA 3A09A 1HSJA 4X1BA 4ELPA 5KDTB 3IJXB 1MQGA 4XXUA 3Q28A 3E9XA 1GGGA 1DSNA 4F3BA 3S4UA 5B7DA 4LONB 4NF5A 3SEUA 4Z7EA 3K6XA 3K6UA 3H6WA 1BKAA 2G29A 2OK2A 3RY3A 1EZOA 2QJEA 4RK2A 4F3SA 2R9JA 2F7BA 4GIZA 1B58A 5K2XA 4ZEBA 4F22A 2A5TA 1PB8A 5DEXA 3QAXA 4N07A 1B7UA 2XXXA 5ISUA 3FV1A 1IIWA 1LCFA 3HHGA 3K1NA 1SYHA 5CMKA 3WAFA 3PMXA 1II5A 3QUFA 3P7IA 2PT1A 3O6GA 3KN7A 1JNFA 1FW0A 4G8NA 1OIBA 3N5LA 1UIVA 3PD9A 3UIFA 1O64A 3O6IA 4FE8A 4OEVA 4RXLA 3C4MA 2ABHA 4G68A 1ZLQA 5L9SA 3VDFA 2HXWA 2WKYA 4F2OA 2Q9TA 2Y7KA 4PQJA 1JETA 3UN6A 1NKXA 1EZPA 2ESNA 4UA8A 4N6PA 4THIA 4RYAA 3PD8A 3ECRA 2HAVA 3S9MC 1EZ9A 5FHOA 4YICA 1B4HA 4GRKA 3PGFA 4EQ9A 5K2YA 2AIXA 1SW2A 1MY1A 2DVCA 1IITA 4OFJA 3U72A 2GFEA 3ZSFA 4YMAA 3O2AA 3TELA 2REJA 4ONYA 2Y84A 1AMFA 2DSFA 2H25A 2F6PA 1WODA 1ZU0A 3JV9A 2OZZA 2NXOA 3MP8A 2UVHA 3T66A 3VE1B 5H8QB 3R26A 2UXAA 4HTGA 3EHTA 3V83A 2D3IA 3RT6B 4NMYA 3DLNA 2I3WA 1QVSA 4FJPA 3RTFB 1SI0A 1FQAA 5EYFA 4GVOA 1ANFA 2X7QA 3UORA 4ZZEA 3K00A 4I9DA 3K0VA 5DVIA 3DM0A 3VFJA 4EQ7A 1B52A 4R9GA 2RCBA 1QUIA 3PPPA 3MAMA 2ALUA 2DWAA 4IO3A 3MQ9A 2B3BA 5L9MA 3EN3A 5J1DA 1M5BA 1TT1A 3TCGA 4IO2A 3Q29A 1Y20A 1N7XA 1OMPA 1IXIA 3C35A 4N13A 4XKRA 3IJOB 3TCHA 5FTIA 5H8FB 2DVZA 4Z0IA 2XXUA 5F1QA 4F19A 3UA8A 4RY1A 1MM7A 1P1WA 2I58A 2HZLA 4R6HA 3IB2A 2ONKE 2ZMBA 4OHNA 2E1SA 2RINA 5DVJA 4F1VA 3K2DA 3MWBA 4DIGA 3BFTA 3T9XB 3N6UA 3CIJA 3T9UA 2XX8A 5I58B 3FD3A 4LQ5A 1MQIA 1US4A 3H03A 2G93A 4QFOA 1NH8A 3MVWA 1Q35A 4MH5A 2Q2CA 1UTBA 2FYIA 3ONMA 2FNCA 4OXVA 5I56A 1JVYA 3U8QA 4ELOA 5FHMA 5DT6A 3IOWA 4NF6B 4U23A 1B5HA 1EU8A 1MH3A 3K02A 2VGQA 1MPCA 3ILUB 3OO9A 4KHZE 2ZYKA 3M3FA 2ZYOA 2QS4A 4BDNA 2M8CA 1R9QA 2A5SA 3QXMA 2LAOA 3PV0E 2Y7PA 3SKPA 2V93A 3PPRA 3CVGA 4FAJA 2AL5A 4KFQA 1DPPA 3AXFA 4JWYA 1P99A 4TQUQ 2IA4A 4OTEA 3E3KA 2OBGA 1TFDA 4Q8RA 3CG1A 1GV8A 2DS9A 2P0SA 1N3WA 5AA4A 3DP8A 3TEPA 1MQJA 5TU0A 2VP1A 4DCYA 3MP1A 3ILTB 2X7PA 1S9TA 4G2ZA 1ELJA 3EHUA 3R6UA 1B5JA 5CI5A 4EDPA 3TUSA 1A54A 3FXRA 4GLIA 3N26A 3VVFA 3CSGA 3LSXA 2UYEA 1B5IA 3V5AA 1ZBMA 3RNNA 1QJMA 4KCCA 3SDFA 1Q1KA 3GLBA 3S2VA 3KJTA 2DP8A 3D4GA 3SEWA 1DTZA 1LFGA 1Y4TA 2Q89A 4WEPA 1LFIA 3H4ZA 4AQ4A 1I6BA 1J1NA 3VXBA 2DQVA 3ZS6A 4FEBA 4JB7A 1FTMA 2QSXA 4QFKA 3OELA 3HN0A 5EHMA 1KWHA 3GBAA 4Q30B 3KEIA 4NF4A 4U1ZA 4ZE9A 2NVUB 1LBBA 2QMXA 4MLQA 1H3DA 1Y3PA 3F11A 4POXA 5IAIA 3CFLA 4MBPA 2DXYA 3KOSA 3DP6A 4RJZA 4R6YA 3TZAA 4GFRA 5ICTA 2RKMA 2I49A 1Y9UA 1JW4A 4F1YA 4H5FA 5FHNA 5H8SA 4X48A 2W7YA 3KN8A 3FXQA 3CR9A 4NEDA 1YCJA 1A55A 4R9FA 4R75A 2P2AA 5F7VA 3SETA 1FQDA 1LAFE 2VHAA 2YPNA 3S9NC 4P0GA 3G3FA 1RYOA 3OO8A 5HBCA 3VV5A 5CMMA 2F35A 3IOTA 1MXVA 3T22A 1NFTA 1GR2A 5ITOA 3LR1A 5AE4A 3N6TA 5AA2D 3TYHA 2XXYA 3OO6A 4AB6A 3TPAA 4K3FA 4LATA 1PBPA 3FIRA 4KQPA 2GRVA 1AL3A 2XD2A 1PDAA 2ZNSA 3DP4A 4G4PA 4H6DA 4H8JA 1ZKBA 1TWYA 3MZ1A 3A3CA 1NNKA 1OVTA 2UVJA 3I5OA 3IB1A 3B7DA 4PFUA 5H8NB 4PFTA 1BP5A 1YPNA 3ODBA 5DYHA 2Z23A 2XHDA 1UTHB 5ITPA 4PE5B 2HQ0A 3TQLA 4JBZA 1N84A 4OESA 1A8EA 2F7CA 1MXZA 5CBSA 2F5XA 4TOZA 2ZYMA 3FJ7A 1NL5A 4R72A 2NWJA 1M5FA 1H76A 4YAHX 3RPWA 2XD3A 3MUQA 1B2HA 1M5DA 3USDA 1MXYA 3RQTA 1USYE 4XTCQ 5JEIA 1URSA 2XXTA 5IKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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