4ZECA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocin 84
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
total genus 152
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zecA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zecA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zecA02
3B6WA 1NNTA 4YB5A 3DRFA 2XD2A 4JSOA 4N13A 5DVIA 4GWOA 4OQOA 2H5YA 2REJA 1O64A 1Z7ME 2YJPA 5DEXB 3ECRA 1NMUA 1ZBMA 4F31B 2UVHA 3FJ7A 1AIVA 1B7ZA 1MQDA 4O3AA 2HXWA 3TTNA 5CMBA 3CFXA 3DP4A 1IXGA 5FHNA 3DRKA 4P0GA 1NL5A 2ZMBA 1FQDA 3CSGA 4ZZAA 3QSLA 5M2VA 2F34A 2V3QA 2Y7KA 1WODA 2V84A 4ZEDA 1VSOA 1Y3NA 4UA8A 2DE4A 4Q0CA 3FATA 3EPEA 1MQHA 4ZEIA 2UYEA 4YB7A 2ESNA 3K1NA 3GZGA 3GLBA 3P7IA 4TQUQ 5I84A 2V93A 2XX7A 4R2BA 1JW5A 1ZTYA 4RXLA 1I6QA 3MVYA 2H25A 3N6UA 1QJMA 1OIBA 3CFZA 3VVDA 4ELPA 2O1MA 4BDRA 2XXIA 4Z0IA 3EHSA 3FXQA 3I3VA 4KYEA 4QSDA 1SW1A 2G93A 4KFQA 3VXCA 1LFHA 4F3SA 4R6KA 1SW2A 4AB6A 3FV2A 3S9EA 2E1SA 5KCJB 4GL8A 2F5XA 3MP1A 2ANJA 4DE8A 3FGSA 3PUZE 4F19A 5ITPA 3Q27A 2HFBA 4FATA 2Y7WA 1F9BA 4YAHX 1YPNA 3FVGA 1PBPA 3QUFA 4LQ2A 1MM7A 4ZECA 3KN7A 1PC3A 5AA4A 4GIZA 1US4A 1MY2A 2O7IA 3K00A 1FTKA 1IIWA 4PQJA 3DRJA 1SI1A 2Z23A 4G8HA 3USDA 5AA3A 5TPAB 4JXIA 3S9LC 2X26A 3UA8A 5H8HB 3PPPA 3N6TA 2Y84A 1ANFA 1LGBC 4F2OA 3IK6B 1BIYA 4R72A 4Z7EA 1MXXA 4MLQA 2H4IA 1FTOA 2RINA 1ELJA 2XXUA 2Y7IA 3L6GA 3MVZA 3OENA 3MW0A 3BKIB 3VDFA 2GHAA 3Q25A 2F7AA 4GFRA 4NF8B 4THIA 3IX1A 3G3HA 1B1XA 3ZKLA 2WOLA 3CI8A 3EQ1A 4NF5B 4PE5B 5IKBA 3VV5A 5L9MA 4NF5A 5FHOA 3RTWB 3SETA 4G8MA 1FQFA 3U94A 1Y4CA 1R6ZA 2GH9A 5ICQA 2FA7A 3DLNA 4IO3A 3K02A 4XKQA 3RUMA 4U1ZA 4F3BA 4QRZA 2RC9A 4ZEKA 1GR2A 4YKPA 1FQEA 1DPPA 4G2ZA 1H45A 4RA1A 4Q8RA 3O6IA 4GQOA 3F11A 2DP8A 2XD3A 3A3CA 3T93B 1OVTA 2I0BA 2V25A 3CHGA 5H8NA 1MDQA 1FQCA 5F7VA 5HPQA 3GXAA 3G3JA 1MS7A 1I69A 1MDP1 2A5TB 4ND9A 1AMFA 2DOJA 3WAEA 2RCAA 5TP9A 4EDPA 2XXTA 3G3IA 5CMMA 3R6UA 5K2XA 3KOTA 4OMBA 1JQFA 1B3GA 3QAXA 1BLFA 3PPRA 2A5SA 4U4XA 1DTGA 4POXA 3KSJA 5I57B 2AL4A 1IQ7A 4PFYA 2AIXA 1P1OA 2I3VA 4RPNA 1IEJA 1QKBA 2DQVA 4MBPA 2ZYNA 2FNCA 3LC8A 5EHMA 4GXSB 3EF7A 2P0SA 3G3KA 3T96B 4Q30B 3TQLA 4KHZE 2VGQA 1HSLA 1M5EA 4H8IA 5DTBA 3O2AA 3OELA 3VVEA 3K6VA 2PBWA 3IORA 5CBSA 2OZZA 3TQWA 3RYBA 3C31A 3C36A 2E0SA 3RY3A 4JB7A 1N7XA 4R6YA 4U23A 3PMVA 2DSFA 3TTLA 2XHDA 4HTGA 2B4LA 5EYFA 2D3IA 5JTYB 3ILTB 4IO4A 3SEYA 1GV8A 2XXXA 3CRBA 4ESXA 3JYRA 2OWSA 1SW5A 2OCUA 3TELA 4R6HA 1J1NA 1B6HA 3OSQA 1BKAA 2XXYA 4BDLA 3QIMA 1FTLA 3TKDA 1MXYA 1PBQA 2QRYA 5ICTA 5AA2B 4TOZA 2ONKE 5AA2A 4EQ7A 3H06B 2ABHA 4ELQA 3TAJA 2THIA 3PV0E 4NF6A 1AL3A 3QXMA 1D9VA 4XIGQ 2H99A 1JEUA 1UTBA 1VFDA 3MAMA 4R2FA 5DT6A 3EN3A 4F39A 5EHSA 2F7CA 1XHYA 2LAOA 3JZJA 4OVJA 3Q28A 4YZZA 5FTIA 1R1NA 4H1XA 5KDTB 2YPNA 3VVFA 3LUYA 1OQGA 1ZIUA 1I6AA 2WOKA 2B3FA 4H0WA 4YKIA 5K2YA 2AYSA 4C1UA 2ALUA 2NVUB 2AL5A 1B1HA 2DE2A 1N84A 2DXYA 3PUWE 3M3LA 4OZ9A 4G68B 1SQYA 1MPDA 4G68A 1RKMA 4F1YA 1TT1A 2P1SA 3MZBA 4ZE9A 3R7XA 4F1VA 2H98A 3TCGA 5CMCA 4RYAA 1JNFA 1VFEA 4YICA 4LVQA 4KCDA 1EU8A 2F36A 3O29A 3CG3A 4O3BA 3RT8A 5AA2D 3TCHA 4IO5A 5I58A 3O28A 2DVZA 5KZTA 4QHQA 2P2AA 4QFPA 4NE4A 1GGGA 4DCYA 1TFAA 2O6AA 3MUQA 3IB0A 5LOMA 1US5A 1R9LA 3SESA 4IY5A 3HO7A 2F7BA 3U92A 1URSA 2WOPA 1A55A 1P1UA 2G29A 1B3FA 4U4SA 5BWJA 3RN8A 4OWDA 3ZS6A 1QUJA 3DRHA 4EUOA 2I49A 3PMWA 1YAEA 1JVYA 1B32A 4N07A 1IZ1A 2VOZA 1VR5A 2QMXA 1H44A 1PB8A 3IOWA 2DWIA 4P11A 4DXUA 2BJJX 2Y7PA 3S9NC 4ESWA 4X48A 3H6VA 2R71A 1RYOA 4BDMA 3FD3A 5L9OA 3FASA 2F35A 4HCWA 3DRIA 2B4MA 1M5CA 2OK2A 4F3PA 5I2KA 3MQ9A 4OFOA 3ONMA 1XOCA 2Z8EA 2D5WA 4M4GA 4OHNA 3ILUB 2QPQA 1SD3A 3N26A 1ZLQA 2HCAA 3FVNA 3M3FA 2YLNA 3FJMA 1B4HA 3MZ1A 1N3XA 4RPOA 2DXRA 2O68A 4GRKA 3UP9A 3UK4A 1B2HA 3K4UA 2F6PA 2IEEA 2XXPA 4H8JA 5AA4B 4KCCA 3UN6A 1LAFE 4U21A 4WKMA 3U93A 1A40A 5HM4B 4QFNA 1FQBA 4XTCQ 1Y9UA 1S50A 3G7WA 2GFEA 3KEIA 3VLUA 1MRPA 4EXLA 3JV9A 3N5LA 3FXUA 4FIMA 4OETA 1T0KA 2H9BA 3T66A 5L8DA 2PT2A 1LB8A 3PU5A 3S9MC 3TEPA 3FXRA 4FORA 4KQPA 1TWYA 3TFLA 4QFKA 4MLVA 2Q2AA 1GVCA 5I2NA 4BDNA 3IOVA 3C33A 3OO9A 4FEDA 3E4RA 2O1LA 3Q29A 1IXHA 3HHFA 3KOSA 4OERA 2ZYMA 3T22A 1QVSA 3V89B 4F2QA 1EZPA 3LBSA 5H8FA 1UIUA 1N0TA 2VD2A 3K0VA 3CR9A 2GRVA 4NMYA 4JBZA 4JWYA 4QSEA 4M1VA 1IITA 5B7DA 4F3GA 4NWCA 2I0CA 2QJEA 3CIJA 3TCFA 1LLSA 3HPIA 4F29A 4JSDA 3KSXA 1Y3PA 1LBCA 3E9XA 1LFIA 1PDAA 1N7WA 1Y1ZA 3WAFA 1B3HA 5FHMA 2ONRA 3DM0A 1UTHA 5H8QB 3PMXA 1B4ZA 5H8QA 2XXWA 3PPQA 4ELRA 1O7TA 3T9XB 3UGWA 1M5DA 5IAIA 2RKMA 2NUVA 2Z8FA 4K3FA 3SDFA 2NXOA 3DRGA 1NH8A 3VE1B 1KWHA 5H8NB 1ZU0A 3FIRA 1LB9A 4ISUA 3E13X 2NWJA 4LATA 2XX8A 1SI0A 4OYVA 4DXCA 5CC2A 4IB2A 2XXHA 1H3DA 3VFJA 1OMPA 4FEBA 1B05A 3TZAA 4C1TA 5TP9B 3U1OA 3S4UA 1OLAA 1UQWA 5CM6A 1ATGA 2I4BA 2X7PA 3HHGA 3OOAA 2V3TA 5DYHA 3RT6B 4HW8A 1NNFA 4G77A 1MG1A 5H8SA 1B5HA 3RLFE 1VE4A 1OQHA 1IUDA 2F97A 4X1DA 3DP8A 4PFUA 4R9GA 4RNSA 3OEKA 1EZOA 4ECFA 1LCTA 4OESA 2HZKA 3OO6A 2B65A 4G8NA 3HSTA 3H3GA 3QK6A 4RK9A 1QUIA 1MH3A 3O6GA 4KI0E 3CFLA 4LZ8A 1Y4TA 3T9UA 4U1OA 1LSTA 3R26A 4YMAA 3DP6A 2R6GE 1WDNA 3FTOA 4AQ4A 4G68C 2HAVA 1B5JA 1LFGA 3RQTA 4U22A 3IR1A 1EZ9A 1D9YA 1LCFA 3QYTA 1H43A 4GXAA 3KN8A 3LVUA 1WVJA 3HV1A 3FVOA 4LA9A 5CI5A 2I4CA 4H5FA 3V5AA 1NKXA 5ISUA 3MP6A 3OO7A 4RK2A 3THIA 4XKPA 1FW0A 3W9VA 3RTFB 4DDDA 4JWXA 3V83A 3M8UA 1LAXA 1II5A 1PB7A 2I6EA 3K01A 1MQGA 1BP5A 1OVBA 5F1QA 3H6WA 2Q8JA 3OXNA 5ITOA 1SDXA 4OFJA 4XXUA 2QS1A 4NEDA 4FAJA 3OD7A 3PGFA 2QS2A 3PAMA 4NF6B 3B7DA 5JEIA 4PFWA 1A8EA 4I9DA 4IGTA 3S2VA 1B3EA 3OSRA 3SEVA 3KG2A 2DWJA 2VP1A 3UIFA 4R73A 3LSXA 2I3WA 1UTBB 5CMKA 2ZYKA 3KJ7A 2IA4A 3RNNA 4OEVA 2Y7RA 4QSCA 1DTZA 3B6TA 1QKAA 4U2RA 3PUXE 4GLIA 4NWDA 3O97A 1DMBA 4Q5TA 2ZNSA 2UXAA 3BFTA 1ZKBA 2DWAA 2F8DA 4TLMB 2HAUA 5CRYA 1UIVA 3V8XB 1XVXA 1NNPA 1JW4A 3CVGA 4NF4A 5AA1A 5DVFA 3K6UA 3IJOB 1P99A 3KFMA 4IO2A 2RC8A 2PMSA 4N6PA 4YMBA 3U72A 4GD5A 5JK4A 2V3UA 2OJTA 2XX9A 4ELOA 4EF2A 4LZ7A 1FQAA 3MC2A 4E0XA 2D21A 5I58B 3ODBA 1QUKA 1YTVA 4YB6A 1BTJA 1AOVA 1CE2A 4ZEBA 1B52A 4WEDA 4R74A 3H4ZA 1O63A 1P1QA 1MY1A 4GOTA 3C9HA 4OFLA 4JWOA 5DEXA 1A7LA 4GVOA 2VD3A 1B7HA 2GHBA 3LR1A 4R75A 4G4PA 3MBPA 3C4MA 1QULA 2Q88A 3SEXA 1Q35A 2I58A 4MH5A 5TU0A 1B0HA 3K1MA 5FTHA 1P1NA 3O6HA 2ZYOA 4R9FA 1MH4A 3T9VA 1N3WA 1FTJA 2VHAA 4ZZEA 1SVXB 2M8CA 3SEWA 5AE4A 1B7UA 5I2KB 1MPCA 3PD8A 3W15C 3PUYE 3D4CA 4MFIA 2I48A 3FJGA 3O6PA 3RPWA 4ONYA 5J1DA 2HQ0A 4ZS9A 1HSJA 3CG1A 3IO4A 2DS9A 4QFOA 3Q26A 2O69A 3L6HA 2ZXTA 3I5OA 4YKJA 1A8FA 4WXJA 4HCYA 1OLCA 1MXVA 3AXFA 5KCJA 4BDOA 1NH7A 3H6UA 4O3CA 3A09A 2Q9TA 1IXCA 3MVWA 5B70A 1XVYA 4IO7A 2QSXA 1M5FA 1USYH 2ZNTA 3H6TA 1JEVA 1Z7NE 4MF3A 3MVXA 1MM6A 3A3UA 2O51A 1MPBA 3FVKA 1MY0A 3IL1B 3LSLA 1FCKA 1S9TA 3OO8A 4LP2B 3KBRA 1B3LA 4P0IA 3EHUA 1XT8A 3VLVA 3UORA 1TFDA 3PPNA 2O84X 5I2NB 1URDA 1A54A 4HS7A 3BFUA 1RYXA 1ZMGA 4FE8A 5TPAA 1B40A 5H8HA 4OENA 4IY6A 3G3FA 1CB6A 3GBBA 4EF1A 1MQJA 1USYE 3IOTA 4NTLA 5H8FB 3PUVE 1B46A 4DLDA 2PX1A 4FJPA 1A99A 3TUSA 3LSFB 3OMBA 3RGYA 3ZSFA 3W9WA 2UVIA 4OXVA 5ELVA 4BDQA 3MJNA 2PT1A 3IAZA 3IB2A 3KJTA 1SYIA 1D4NA 4LQ5A 3LSWA 4NF8A 4XKNA 3B6QA 3IB1A 4BLAA 4F1UA 1DOTA 3KGCA 2Q89A 2XXQA 1LAHE 2ZNUA 4JDFA 2UVJA 1EH3A 3OEMA 3GBAA 1UTHB 1XC1A 3K2DA 3TPAA 3RYAA 2Z8DA 1SW4A 2XXRA 2PYYA 2HZLA 1SYHA 2W7YA 2Z22A 4KD5A 4OEUA 1S7YA 3KZGA 1L5TA 3T9HB 2F6GA 4EXKA 3TMGA 3IOUA 1URGA 1TXFA 2DE3A 2NOOA 4DIGA 3DELB 1JETA 1Y20A 3EHTA 3IO6A 1FTMA 4RJZA 3VLWA 3FV1A 2QS3A 1HSEA 1AH5A 2CZLA 2RCBA 4EQBA 2QMWA 4YKKA 2XXVA 4E0WA 3MPKA 1P1WA 4KYDA 3C34A 4GF8A 2A5TA 3K1PA 1PB9A 2DYXA 1LBBA 1QW0A 3TTRA 1Q1KA 4IO6A 4AB5A 4TLLB 1MY4A 1H76A 4EQ9A 1MY3A 1POY1 2OBGA 1I6BA 3CSBA 3MZ9A 5L9SA 3IJXB 1NFTA 1DSNA 1POTA 1Y1MA 4C0RA 3PPOA 2RF1A 1JW1A 1YCJA 4H67A 1MXUA 5DVJA 5I57A 1JVXA 3KN3A 3VXBA 4LZ5A 4PFTA 4ZEFA 5A5XB 3I6VA 5CBRA 5A5XA 3K6XA 3TODA 2QS4A 4X9TA 4DZ1A 1NNKA 3BBRA 2HEUA 2DWHA 4IGRA 4L17A 5I56B 4POWA 3HN0A 5I56A 4FECA 4XKRA 3TYHA 3SERA 1D3KA 3MWBA 1ZJLA 4I62A 3QUJA 3SKPA 3TTKA 4LUBA 1B9JA 4X1BA 4QFLA 4ZDMA 1N76A 4YU0A 4PP0A 2DVCA 2WKYA 3O66A 3D4GA 1R9QA 4I1DA 4F22A 5HBCA 5JTYA 2ONSA 5BUUA 1MXZA 1Y3QA 3N94A 1MXWA 4I8CA 1PEBA 3M3KA 3SEUA 1GTKA 2B3BA 3PD9A 3TDJA 4H6DA 2PVUA 2UYFA 3E3KA 1B0LA 4F18A 1SBPA 4RY1A 2REGA 3ZKKA 4WEPA 3C32A 2QL3A 2RC7A 4DXBA 3U8QA 3FUZA 4H5GA 4GL0A 4KYSA 3H03A 2OWTA 2F78A 1IXIA 3O9PA 1B58A 2CMOA 3K6WA 3G3GA 3MPLA 1B5IA 5I59B 5KDTA 5I59A 1DPEA 1M5BA 1XS5A 2X7QA 4NF4B 2OLBA 4ZE8A 4QF9A 3TTMA 3FZVA 3C35A 1LAGE 2Q2CA 1N04A 3MP8A 2UVGA 1MQIA 2R9JA 3H7MA 4UACA 2FYIA 4KPTA 4H65A 2KLFA 3HCQA 1B51A 4DCXA 4KR5A 2O7UA 4OTEA 4LONB 4PETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B6WA 1NNTA 4YB5A 3DRFA 2XD2A 4JSOA 4N13A 5DVIA 4GWOA 4OQOA 2HPGA 2H5YA 3FBPA 2REJA 3LUZA 1O64A 1Z7ME 2YJPA 5DEXB 4NGUA 3ECRA 1NMUA 1ZBMA 4F31B 2UVHA 4NN3A 3FJ7A 1AIVA 1B7ZA 1MQDA 4O3AA 2HXWA 1FPKA 3TTNA 5CMBA 3CFXA 3DP4A 1IXGA 5FHNA 3DRKA 4P0GA 1NL5A 2ZMBA 1FQDA 1LEVA 3CSGA 4ZZAA 3QSLA 5M2VA 2F34A 2V3QA 2QVVA 2Y7KA 1WODA 2V84A 4ZEDA 1VSOA 4PFIA 1Y3NA 4UA8A 5ET5A 1BK4A 2DE4A 4Q0CA 3FATA 3EPEA 1MQHA 4ZEIA 5IM2A 4H45A 4MMPA 2UYEA 4YB7A 2ESNA 3K1NA 3GZGA 3GLBA 3P7IA 4N8GA 4TQUQ 4OANA 3GYYA 5I84A 2V93A 2XX7A 4R2BA 1JW5A 1ZTYA 4RXLA 1I6QA 5EQ7A 3MVYA 3T1BA 2H25A 3N6UA 1QJMA 1OIBA 1NV1A 3CFZA 3VVDA 4ELPA 2O1MA 4BDRA 5I7IA 2XXIA 4Z0IA 3EHSA 3FXQA 2OX3A 3I3VA 4KYEA 4QSDA 1SW1A 2G93A 1KZ8A 4KFQA 3VXCA 1LFHA 4F3SA 4R6KA 1SW2A 4AB6A 3FV2A 1EYIA 5ET7A 3S9EA 2E1SA 4OVQA 5KCJB 4GL8A 2F5XA 5LTCA 3MP1A 2ANJA 4DI3D 4DE8A 3FGSA 3PUZE 4F19A 5ITPA 3Q27A 2HFBA 4FATA 4O8MA 2Y7WA 1NV4A 1F9BA 4KXPA 4YAHX 1YPNA 3FVGA 1PBPA 3QUFA 4LQ2A 2XA5A 5FBPA 4MHFA 1MM7A 2L5VA 4ZECA 3KN7A 4OVSA 1PC3A 5AA4A 4GIZA 4PDDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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