4ZECA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocin 84
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
total genus 152
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zecA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zecA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zecA02
4N6PA 2QS4A 2XXTA 1MM6A 3RTWB 3DM0A 5AE4A 3VXBA 3DRHA 4PE5B 5CMCA 3GBAA 4ND9A 5H8QB 4R2BA 3Q28A 4YB5A 1B1XA 2D3IA 4AQ4A 2RC9A 3KSXA 1II5A 3KBRA 1JETA 2VD3A 1BLFA 4FIMA 3TPAA 2OCUA 4OYVA 3I5OA 1LB9A 3RNNA 1Y1MA 4QSCA 2AYSA 3LUYA 1PBQA 2DVCA 2GHAA 2R9JA 2DXYA 4KPTA 2P1SA 1A54A 4PFTA 4U21A 1A99A 2HCAA 4ESWA 2G29A 1MG1A 4RA1A 4MF3A 1HSJA 4YKPA 4GWOA 3RT8A 1PEBA 1SI1A 1MY2A 2P0SA 3OO7A 5HPQA 4ONYA 1MQDA 2ZXTA 5I2NB 3IB1A 4OWDA 5I84A 2RCBA 3MP6A 3PU5A 4OVJA 1MXZA 5TU0A 4LUBA 3PUYE 4L17A 3TQLA 1P1QA 5CMMA 3OEMA 1SDXA 3IB0A 2V3QA 1Q35A 5I2NA 5L8DA 1Y3PA 3MVWA 3THIA 2UYEA 4P0GA 4EQBA 3ILTB 4E0XA 3A09A 3BFUA 4P11A 5M2VA 1JQFA 2XXVA 3FASA 3M3LA 1EH3A 4GIZA 3MPLA 2DWHA 4KR5A 3DRKA 2YPNA 4IGRA 3OEKA 2V3UA 3AXFA 2UYFA 1QUJA 3DP6A 4Q30B 4KYDA 3OO9A 3TTRA 2I4BA 2W7YA 4NF4B 4C0RA 4WXJA 1RKMA 3H6WA 1XVYA 3DRFA 1LFGA 1EU8A 3JZJA 4X48A 2PVUA 1H44A 3IL1B 1RYOA 5FHMA 4GD5A 1TXFA 4NF4A 1ZIUA 5HBCA 2WOPA 4I9DA 4IO5A 1KWHA 1LB8A 2Q2AA 3S2VA 2UXAA 3MQ9A 3K1NA 1IXIA 3K4UA 1OQGA 3FVKA 4GXAA 2RCAA 4LATA 2QS3A 3MVXA 3KJTA 1B5IA 1MH3A 3D4GA 1ZJLA 1NH8A 3LSWA 4PFYA 5H8NB 3RTFB 2ONKE 4G68C 3IOTA 2B4MA 3VXCA 2F5XA 4LZ5A 2NVUB 3G3FA 1JEUA 5AA2D 2XXHA 3CFXA 1R1NA 5TPAA 3TTKA 4TLMB 3C33A 3T9UA 1D3KA 2I48A 3SEYA 2XX8A 2DOJA 1N76A 3VVDA 2I58A 4M1VA 2H9BA 5HM4B 1TFDA 3LSLA 1NMUA 4NE4A 1MQHA 4FORA 1OLCA 2A5TA 1A55A 2OWTA 4R2FA 1LAGE 1MXWA 1H76A 4R6KA 3K0VA 4R73A 4R75A 2QL3A 1Y4CA 3WAEA 4LA9A 2XD2A 3IO6A 2XHDA 1F9BA 3C36A 3JYRA 1B05A 2M8CA 1NL5A 3TDJA 4LZ7A 4ZDMA 1FTLA 4YKJA 4ZS9A 4XTCQ 4ISUA 1AMFA 4H5GA 2HZKA 1H43A 1B3EA 4R72A 3FD3A 3H7MA 4EDPA 3O9PA 3QUFA 3DP4A 4U1ZA 1B46A 5L9SA 1MS7A 1LFHA 2D5WA 4R6HA 2REGA 3PPPA 1SQYA 4P0IA 3O66A 1B7UA 3MZ9A 3SETA 3PD9A 2ABHA 1OVBA 2PYYA 4XIGQ 3HHFA 4H1XA 1TT1A 3IORA 4U2RA 3KOSA 2FA7A 4DDDA 5AA4B 3PAMA 3TTLA 5B70A 1M5DA 4WKMA 3FTOA 3N26A 4XKPA 3K1PA 1P1WA 2QSXA 4H8IA 4OTEA 1FQAA 2XXYA 4OMBA 5AA4A 1ANFA 3IAZA 3CG1A 2NUVA 3HO7A 4ELOA 1BIYA 1B5JA 2A5SA 3FXQA 1XC1A 5DVJA 3ZS6A 4DCYA 1NNPA 1HSLA 4RNSA 5KCJB 1MM7A 4YMAA 3CSBA 1JW1A 2I6EA 1IXGA 3DRGA 4IO7A 4X1DA 4I62A 3SEWA 3Q26A 4KCCA 3QXMA 3O29A 5KCJA 2HAVA 2KLFA 4TLLB 2GFEA 3T9HB 1MRPA 1B7ZA 2UVGA 3T66A 1QJMA 3SKPA 4GL0A 1QUIA 1UIVA 4NF6B 3K6XA 1UQWA 1IQ7A 4KCDA 1B0LA 1SW1A 2F7CA 4IO4A 3RUMA 2ZNTA 1JW5A 1ELJA 4BDOA 3FXUA 2F6GA 2AL4A 2FNCA 3W15C 4F3GA 4KYEA 3MZ1A 1ATGA 1URGA 2NXOA 3FATA 5ICTA 3RYBA 3FIRA 4ZEDA 3O6IA 2ZMBA 4IY5A 4GOTA 1AL3A 2Y84A 4RPOA 2WKYA 3G3JA 1DTGA 2REJA 3H6TA 4IGTA 4F18A 1ZTYA 4O3BA 4QFKA 3A3CA 3IO4A 2QMWA 1DOTA 2Q9TA 3MBPA 2RC7A 1A8EA 4Z7EA 1N3WA 4IB2A 4GXSB 1B3LA 5L9OA 3K02A 2ESNA 2X26A 3IOWA 4F31B 2B65A 3N6TA 4XXUA 1BP5A 4RYAA 1Y4TA 3N94A 1SI0A 2DVZA 3K6VA 5JEIA 2THIA 3UA8A 2PT1A 3SERA 1SW4A 3RN8A 1FQEA 3HPIA 3C9HA 3FGSA 3EHTA 2AL5A 4DCXA 1DMBA 1MPBA 4HCYA 2H4IA 1Y1ZA 3TCGA 4F39A 4U1OA 2YJPA 5H8QA 4GF8A 3PPRA 1B2HA 1N3XA 1S7YA 4LZ8A 4G4PA 3R6UA 3PUXE 4E0WA 4KD5A 1GV8A 4FE8A 1WODA 5DVFA 4FEBA 4F1VA 4YKKA 4MH5A 5AA2B 3EN3A 4MBPA 4TOZA 1D9VA 4F3SA 2CMOA 2HZLA 1YAEA 4U22A 2F34A 2X7PA 1Z7NE 2VOZA 4F29A 5I2KB 2O1LA 3CRBA 5TP9B 4QFLA 1PC3A 1FQDA 4OQOA 2VHAA 3CSGA 2H5YA 4N07A 3Q27A 3P7IA 3TYHA 3DELB 4HW8A 3T9XB 2DS9A 1YPNA 3QYTA 3MW0A 4NF8B 2D21A 3U93A 4EXKA 2XXPA 1DPPA 3OD7A 2ANJA 3I6VA 4ZE8A 3FXRA 2O69A 1DSNA 3PUWE 4OETA 3V5AA 2XD3A 3K01A 2R71A 3ONMA 3C32A 1R9LA 1EZPA 2QMXA 1MY3A 3SEXA 4RK9A 4I1DA 1LBBA 4XKQA 4LVQA 2HAUA 2I3VA 2P2AA 3OO8A 3TUSA 4KI0E 2Z22A 3FJ7A 4LP2B 5F7VA 2RF1A 4ZEIA 1DTZA 1LSTA 4YU0A 3VLWA 3KN8A 4K3FA 4ZZEA 4NEDA 3E4RA 3U92A 2DXRA 4IO3A 3MAMA 1ZU0A 2NOOA 1MXXA 2DQVA 4ZECA 2F36A 3D4CA 3B6QA 1EZ9A 4U23A 4Q5TA 4NWDA 4DXCA 4JWXA 3O6PA 5DYHA 3H3GA 3KN3A 3PMXA 2WOLA 1SW5A 4GFRA 2Y7IA 3FJGA 1M5EA 4U4SA 2Z8FA 4XKRA 1LAFE 2OBGA 1QULA 2OJTA 3MWBA 5B7DA 2Z8EA 4POWA 3A3UA 1LBCA 2WOKA 5DT6A 4MLVA 4H6DA 1N0TA 3UORA 2QJEA 3S9LC 5I58B 3H4ZA 3GLBA 1PB8A 3V89B 3Q25A 4FJPA 3QAXA 1R9QA 3IJOB 3GBBA 5H8NA 5I58A 5IAIA 3UN6A 2I4CA 3M3FA 4U4XA 3O2AA 3OMBA 1DPEA 1I6QA 1NNFA 4DLDA 1P1UA 2DWJA 1OVTA 2RKMA 5BWJA 1IUDA 4JWYA 3MVYA 3T96B 4H8JA 1B7HA 4RK2A 3HSTA 1D9YA 3O28A 3TTNA 1O7TA 1N84A 1A8FA 1VSOA 1UIUA 1OQHA 1UTBB 1IEJA 4HCWA 3RLFE 4OENA 5JK4A 1LCTA 3G7WA 1GR2A 4QFPA 3VE1B 3R7XA 1IXHA 3VV5A 3O6HA 4G8MA 5DEXB 4XKNA 1T0KA 2PMSA 2O1MA 5JTYB 1UTBA 1USYH 3EF7A 2HEUA 3C35A 2LAOA 1WVJA 5EHMA 1XS5A 3BKIB 3TAJA 5H8HB 1SYHA 1JEVA 4YAHX 5DEXA 1B4ZA 5FTIA 4G77A 1POY1 4X9TA 1Z7ME 4FEDA 3HHGA 1MXVA 3FJMA 2O51A 3QIMA 5A5XB 1B5HA 5H8HA 5FHNA 4KYSA 3V8XB 4OEUA 4DIGA 4C1TA 5IKBA 2UVIA 1MY0A 3VLVA 1AH5A 4R74A 3TKDA 2B3FA 1LGBC 4JDFA 1NFTA 1N7XA 1POTA 3S9EA 3MJNA 1N04A 1JNFA 1Y3NA 4JXIA 1B9JA 3RT6B 3USDA 4H0WA 2XXXA 3U94A 4ELQA 3U8QA 2IEEA 3CR9A 4ESXA 4ECFA 1MDP1 2NWJA 4BDQA 3ECRA 1XVXA 3TFLA 4IO2A 3KG2A 3SEUA 3GXAA 3KN7A 4NMYA 1B51A 2V93A 1MY4A 3T22A 4G2ZA 3T93B 2HQ0A 4BDLA 4Z0IA 1SVXB 1WDNA 2DSFA 2OWSA 4JSOA 5ISUA 3RY3A 1IITA 3BBRA 2H98A 2R6GE 3LC8A 5CI5A 5H8SA 5CM6A 3CIJA 3RYAA 1ZLQA 3MC2A 1AIVA 3RPWA 1AOVA 1M5BA 3FUZA 4GRKA 5I57B 4FECA 1MQGA 4NF6A 2HXWA 1SD3A 5AA3A 2XX9A 2DE3A 4NF5B 3N5LA 3U72A 4EXLA 4QFNA 5ITOA 1MH4A 2Y7PA 3TQWA 2F78A 4NWCA 5I56B 3QSLA 5ITPA 2UVJA 1CE2A 4NF5A 2OZZA 4R9FA 3PV0E 1USYE 4R6YA 4JSDA 3F11A 1PBPA 1D4NA 5I56A 3N6UA 2I3WA 4QF9A 4EF2A 3KOTA 2ONSA 1B0HA 1TFAA 1US4A 5J1DA 2XXWA 4JB7A 1URDA 4NTLA 4EUOA 1J1NA 1FTOA 2RINA 3MUQA 2ZNSA 2I0BA 2Z23A 1Y3QA 5K2XA 1URSA 4AB5A 3FVGA 5KDTB 3OSQA 4OFJA 2Q89A 4AB6A 2PT2A 3VFJA 3H06B 4FAJA 1P1NA 3E3KA 1US5A 3DRJA 2GH9A 2F8DA 2F35A 1BTJA 5I59B 2VGQA 5L9MA 5KDTA 3PMWA 4ELRA 3PUZE 1QW0A 1I6BA 1FTMA 1B4HA 1MQIA 3PUVE 5I59A 4EF1A 3UIFA 3KEIA 3G3IA 4POXA 1TWYA 1MY1A 1PDAA 4RXLA 3H03A 3TELA 3FV2A 2QS2A 3IK6B 5CMBA 3V83A 1FQBA 3MVZA 1OIBA 1LAHE 2G93A 3IJXB 1VR5A 4KFQA 2ONRA 5AA2A 2CZLA 4UACA 2O7IA 4PP0A 5EHSA 2H25A 3PPQA 2V25A 3EHUA 5I2KA 3VVFA 3ILUB 1B6HA 3VVEA 2Y7KA 5TP9A 4OHNA 2ZYNA 2O7UA 1OLAA 3TTMA 3UP9A 3IX1A 1RYXA 3ODBA 1MQJA 3IOVA 2VD2A 3O6GA 2Q2CA 4NF8A 2Z8DA 2B3BA 4BDNA 4QFOA 3OENA 4BLAA 3DLNA 2GRVA 3OSRA 2Y7WA 2F6PA 4KQPA 3FV1A 4OESA 1ZMGA 1S9TA 1MDQA 3K6UA 3C31A 3SESA 3LSFB 3UK4A 4MLQA 3M8UA 1IXCA 1MXUA 2UVHA 3EHSA 4G8HA 1JVYA 3L6GA 1FTJA 4IY6A 3B6TA 3SDFA 3B7DA 3H6VA 1UTHB 1FTKA 3PGFA 1VFEA 3H6UA 2Q8JA 4GQOA 3KFMA 2ZYKA 1NH7A 1XHYA 3RGYA 4TQUQ 2Q88A 1I6AA 3LBSA 1GTKA 4QRZA 3K00A 4JWOA 1JW4A 1ZBMA 4H5FA 2FYIA 1UTHA 1H45A 2VP1A 1YCJA 2RC8A 4QSDA 3G3KA 4QHQA 4OERA 1LFIA 3PPOA 3SEVA 3KSJA 4Q8RA 1B1HA 4MFIA 4GL8A 4FATA 1MXYA 1ZKBA 3MP8A 2B4LA 2ZYOA 3E9XA 3FZVA 1O63A 4DXBA 1R6ZA 1VE4A 1B3GA 3E13X 4THIA 3S4UA 5BUUA 2XXIA 3MZBA 2X7QA 1HSEA 2PX1A 3KZGA 3DRIA 1MPDA 3R26A 5KZTA 3DP8A 4ZEBA 2DWAA 4DXUA 3Q29A 1FQFA 2E0SA 3S9MC 1OMPA 5TPAB 5LOMA 4O3CA 2O84X 2GHBA 2BJJX 3TCHA 3L6HA 3G3HA 4PFUA 3CFLA 5CBSA 5AA1A 2V84A 1FW0A 2A5TB 4YZZA 1YTVA 4GLIA 3K2DA 3ZKKA 2DWIA 2QS1A 3CI8A 3OELA 4KHZE 3G3GA 2QPQA 1SW2A 2XXUA 3LSXA 4PFWA 2XXQA 1XT8A 4ELPA 4BDMA 3CG3A 4WEDA 1Q1KA 3TCFA 1XOCA 3IR1A 2F7AA 4PETA 3UGWA 4F3BA 1I69A 3VDFA 2ALUA 4N13A 3ZKLA 4OFOA 4F19A 1NNKA 3EPEA 5JTYA 3FVNA 1L5TA 4UA8A 3JV9A 1IIWA 1SYIA 4DE8A 4YB6A 4I8CA 3OOAA 1FCKA 1P1OA 2IA4A 1QKAA 1SBPA 4HS7A 3T9VA 5F1QA 3WAFA 3BFTA 3TEPA 4LQ5A 3IB2A 5A5XA 2F7BA 1GVCA 3QK6A 1QKBA 1VFDA 2HFBA 2OLBA 1B40A 2ZNUA 1O64A 4X1BA 2XX7A 4EQ7A 4C1UA 2YLNA 3I3VA 4DZ1A 5EYFA 3CHGA 3EQ1A 1P99A 1EZOA 5FHOA 4ZZAA 3KJ7A 4RPNA 4HTGA 3TODA 3ZSFA 1QUKA 3K1MA 4ZEFA 3LVUA 2O68A 3LR1A 4PQJA 1B58A 5FTHA 3HCQA 3HV1A 5CC2A 3W9VA 4JBZA 1BKAA 5K2YA 4YB7A 5DVIA 1NKXA 1PB7A 2ZYMA 1B52A 1B3HA 4F1YA 2DE4A 1FQCA 3B6WA 2I49A 4F22A 2DYXA 4LONB 3TMGA 4H65A 2QRYA 3C4MA 4OFLA 4YKIA 5H8FB 4F1UA 2H99A 1N7WA 4G8NA 3S9NC 4QSEA 5DTBA 3IOUA 3C34A 4R9GA 4WEPA 3K6WA 5H8FA 1GGGA 4F2QA 1LCFA 2DE2A 5CRYA 1PB9A 2E1SA 1CB6A 5ICQA 2PBWA 3CVGA 1IZ1A 2AIXA 4BDRA 2OK2A 3PD8A 1LAXA 2Y7RA 1Y9UA 5I57A 5CMKA 5CBRA 2XXRA 1S50A 1M5FA 3TZAA 3U1OA 4Q0CA 1B32A 3CFZA 3KGCA 4OZ9A 3MPKA 4M4GA 3MP1A 1H3DA 1JVXA 4LQ2A 1B3FA 3HN0A 4OXVA 3GZGA 4RY1A 2I0CA 4G68B 4YMBA 1A40A 2F97A 4ZE9A 4RJZA 2DP8A 3O97A 4GVOA 2O6AA 5ELVA 4ZEKA 4G68A 3OXNA 4EQ9A 4F2OA 3W9WA 3FVOA 4H67A 3PMVA 4F3PA 1M5CA 1QVSA 3PPNA 3RQTA 4YICA 4OEVA 3OO6A 4O3AA 4IO6A 3VLUA 3QUJA 1LLSA 2V3TA 1A7LA 1Y20A 3M3KA 1MPCA 1NNTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N6PA 2QS4A 2XXTA 1MM6A 3RTWB 3DM0A 4DI3D 5AE4A 4PDHA 3VXBA 3DRHA 4PE5B 5CMCA 3GBAA 4ND9A 5H8QB 4R2BA 3Q28A 4YB5A 1B1XA 2D3IA 4XEQA 4AQ4A 2RC9A 3KSXA 4P3LA 1II5A 3KBRA 1JETA 2VD3A 1JP4A 1BLFA 4FIMA 3KC0A 3TPAA 2OCUA 4OYVA 3I5OA 3B8BA 1LB9A 3LUZA 2MKZA 3RNNA 4NX1A 1Y1MA 4QSCA 2AYSA 3LUYA 1PBQA 2DVCA 4QBAA 2GHAA 2R9JA 2DXYA 1EYJA 4KPTA 2P1SA 1A54A 4PFTA 4U21A 1A99A 2HCAA 4ESWA 1NUZA 3FXBA 2G29A 1MG1A 4RA1A 4MF3A 1HSJA 4YKPA 4GWOA 3RT8A 1PEBA 1SI1A 1MY2A 1NUXA 2P0SA 3OO7A 2PCRA 5HPQA 4ONYA 1MQDA 2ZXTA 5I2NB 3IB1A 1LBZA 4OWDA 5I84A 2RCBA 3MP6A 4O8MA 3PU5A 4OVJA 1MXZA 5TU0A 5I7IA 4LUBA 3PUYE 2Q74A 4L17A 3TQLA 1P1QA 5CMMA 1NUYA 3OEMA 1SDXA 3IB0A 2V3QA 1Q35A 4MNCA 5I2NA 5L8DA 1Y3PA 4N17A 5A5LA 4P1EA 3MVWA 3THIA 1NV3A 5I5PA 2UYEA 4P0GA 4EQBA 3ILTB 3HFUA 4E0XA 3A09A 3BFUA 4P11A 5M2VA 1JQFA 2XXVA 3FASA 2OX3A 3M3LA 1EH3A 4GIZA 3MPLA 2DWHA 4KR5A 3DRKA 2YPNA 4IGRA 3OEKA 4PAKA 2V3UA 3AXFA 2UYFA 1QUJA 3DP6A 4Q30B 4PE3A 4KYDA 3OO9A 3TTRA 5IZZA 2I4BA 4PBHA 2W7YA 5FBPA 4NF4B 4C0RA 4WXJA 1RKMA 3H6WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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