4ZECA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocin 84
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule tags Transport protein
total genus 152
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zecA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zecA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zecA02
2XXQA 4MLQA 5DVJA 4G68B 3TTRA 3GXAA 1F9BA 1SW1A 3H03A 5AE4A 4ZEFA 3TQWA 2NUVA 1LGBC 4G8HA 5TP9B 1B7UA 4TLLB 3OSRA 2FA7A 4OHNA 3MZ1A 3C9HA 3F11A 1GVCA 1B2HA 4QFNA 3CFXA 4G68C 4Q8RA 1H3DA 3IR1A 4U23A 5HM4B 2Q9TA 2DSFA 2XXUA 3I6VA 2ZYMA 3B7DA 4EUOA 4L17A 3K02A 3K6WA 3PUZE 5AA2D 3N6TA 4JBZA 3MZ9A 3S9MC 3EF7A 3CHGA 4FATA 1LBBA 3VDFA 2VP1A 1GTKA 3MJNA 3SESA 3WAEA 2A5SA 1WODA 3OO9A 4DDDA 1MQDA 2GHBA 4OETA 1N0TA 3OEKA 5AA2B 3IJOB 4RXLA 1N3XA 3RUMA 1QW0A 2F36A 2F8DA 4DZ1A 2O69A 3DRHA 3EHUA 3VVDA 3SKPA 3HO7A 4FJPA 4WXJA 5TPAB 3TFLA 1MDQA 1URSA 1P1WA 4R73A 1Q35A 3KJ7A 2LAOA 3CRBA 1B46A 1XS5A 5J1DA 1JNFA 3DP4A 3MW0A 3H6VA 2F34A 3RN8A 2I4CA 3Q26A 4MFIA 1POY1 4EF1A 2XX9A 4QF9A 1H44A 3KFMA 3IAZA 5K2XA 3I5OA 5L8DA 2Q2CA 3FVNA 3TTNA 2QS2A 4C0RA 4F3SA 2RCBA 4OEUA 4N13A 4NWDA 2NWJA 5JTYB 5H8QB 1MY2A 4JSOA 2Z22A 5AA1A 5CBSA 5ITPA 1UIUA 3H3GA 4F2OA 5KZTA 2UYEA 1M5FA 1QUKA 1KWHA 2VHAA 3LSFB 1B3EA 1EZOA 1M5CA 1DOTA 4KR5A 2Y7RA 1HSJA 2F7CA 2ABHA 3MVXA 3FVKA 1PB8A 5I56A 5KCJA 2UVHA 2GHAA 4ND9A 1MXZA 1SI1A 3T9XB 5I57A 2I0CA 4NF6B 4DIGA 2E1SA 5I58B 3MQ9A 2F5XA 3PV0E 3PAMA 2P1SA 4BDOA 3O6GA 3VLWA 2RCAA 4H8JA 4Z0IA 3EN3A 5FTIA 3EHSA 2RC8A 3U94A 2XXWA 5B70A 3MPLA 2UVIA 1MXWA 2H9BA 3LSLA 1SDXA 4YKIA 5DEXB 3VVFA 4NMYA 4KYSA 5CMMA 1R9QA 2HFBA 2ZXTA 2REGA 4OYVA 1UTHB 3QK6A 4PETA 2DYXA 5FTHA 3B6WA 3EHTA 2X7PA 4U4SA 1FTOA 4R2BA 1SBPA 3SEXA 4M1VA 4IO4A 1VE4A 3UN6A 3CSGA 4IB2A 1MY1A 2Y7KA 1Y4TA 2I4BA 2UXAA 1OMPA 4YKJA 3O97A 2XX8A 5F7VA 1QKBA 3TZAA 2Z8FA 1O64A 4DE8A 3QUJA 1YCJA 4DLDA 2H98A 1PBQA 3R26A 4LZ8A 5I59A 2AL5A 1D4NA 2XHDA 4NF6A 1B5IA 3CI8A 1ZLQA 1FQAA 1S7YA 3O29A 2P0SA 1NNFA 1B3LA 4ELOA 3OO8A 4R6KA 4IY6A 3A3UA 4ZZEA 3P7IA 5I84A 3RTWB 3SDFA 3RTFB 2O84X 2O1LA 1IIWA 3T9UA 4O3CA 4XXUA 4I8CA 4X48A 4RNSA 4OVJA 3IB0A 2XD2A 5L9SA 3ZS6A 1NNTA 1UTBB 2BJJX 4LZ7A 2F35A 2PVUA 2Q88A 3E3KA 3CG3A 2VD3A 1VSOA 3FTOA 4KD5A 4YICA 4LQ2A 2AL4A 1LBCA 3TAJA 3FD3A 4GL8A 3PU5A 1ANFA 1FQEA 2DXRA 3A09A 4ESXA 1P99A 2ZYNA 4I1DA 3V89B 2GRVA 1A54A 4GQOA 4F2QA 3OELA 3HHGA 3G3GA 4WEPA 4NEDA 3IX1A 4FEBA 2OZZA 2B3FA 2KLFA 2DOJA 1Y1ZA 4G8MA 3IO6A 3N5LA 1ZU0A 1VR5A 1N84A 3O28A 4P11A 1TXFA 1N76A 3SETA 3UK4A 3MVWA 3B6TA 1FCKA 3OD7A 3RYAA 1BP5A 3SEYA 3MP6A 3G3IA 1NNKA 3JZJA 4GFRA 2D3IA 5BUUA 3LC8A 1DMBA 2RKMA 1CB6A 1VFDA 3HCQA 1OLAA 4NF8B 3THIA 4G8NA 4EDPA 3D4GA 5EHMA 2O7UA 2DWHA 1POTA 4H67A 2V84A 1LCTA 4Q5TA 4I62A 4X9TA 2R9JA 1SQYA 1D9VA 1EZPA 3S2VA 4OTEA 5L9MA 4WKMA 1B4ZA 3KN7A 4ZEIA 4GOTA 2G29A 3IK6B 4DXUA 3CFLA 3FXQA 2DWAA 3BFUA 2HAVA 4U4XA 1FTMA 5CI5A 4QFKA 2I0BA 3KBRA 4BDRA 3T9VA 1UIVA 1NFTA 5CMCA 2QJEA 2ONRA 1H43A 5K2YA 5F1QA 3Q28A 5AA4B 3OO6A 1MG1A 5H8NA 2I3VA 4GRKA 3RYBA 3QXMA 1MXXA 5DTBA 3TPAA 1IZ1A 1MDP1 1M5BA 4JDFA 2I48A 2Z23A 1I6QA 1WVJA 3K00A 5ICQA 3TKDA 2OK2A 1B32A 4ELPA 1I6AA 1IITA 3FJGA 3IOVA 4NF8A 3N6UA 4F3BA 1YAEA 1XT8A 1NH7A 3EPEA 3M8UA 3QSLA 3LR1A 1EH3A 3T93B 3HSTA 3VFJA 2O6AA 3VXBA 2OCUA 1PDAA 1US5A 1AMFA 4RK9A 4ZE8A 1LLSA 2PYYA 1PEBA 5AA3A 3TCGA 5EYFA 4R72A 3UA8A 3KSJA 1LAXA 3IOTA 2XXPA 1NKXA 4WEDA 2V3TA 4IY5A 4IO7A 5CRYA 1GR2A 2WOPA 1PBPA 5B7DA 4AB5A 3LSWA 1OQGA 2Q8JA 4AB6A 1B52A 4FORA 2OWTA 3TELA 5AA4A 2F78A 2F6PA 1HSLA 2HZLA 5DT6A 3FV2A 3HV1A 5FHOA 3IOWA 2GFEA 3R6UA 5ELVA 3GBBA 1B1XA 3TCFA 4ELQA 3HPIA 1A55A 3CR9A 3KEIA 3K1MA 4TOZA 4IGTA 5I56B 5KCJB 2QS3A 5I2NA 2ONKE 2G93A 3K6UA 1FQFA 1R9LA 4R74A 4ZEKA 4QSCA 3TDJA 5I57B 1ZMGA 4POWA 1IXHA 4KYDA 3KN3A 4H65A 3Q29A 1I6BA 1XOCA 2VOZA 1SYHA 2V3UA 3VLVA 2CZLA 2WOKA 3CFZA 3PPOA 1TFAA 5EHSA 3HN0A 1BKAA 4GD5A 1B9JA 2PMSA 3DP6A 1HSEA 1MPDA 4H5FA 2DP8A 1MH3A 2XXXA 1B58A 4ELRA 4Z7EA 2CMOA 4YB5A 4PQJA 3JYRA 3O6IA 4G4PA 1FQBA 1XHYA 4DXCA 4AQ4A 1H45A 4E0WA 4ZEBA 4F1VA 2Y7PA 1MM6A 3DRGA 1BLFA 4BLAA 1LCFA 2R6GE 1Y3NA 3L6HA 3I3VA 4TQUQ 2XXTA 2D21A 5ICTA 4G2ZA 1Y3PA 1S9TA 3USDA 4R2FA 3TMGA 5H8HA 5A5XA 3TEPA 3V83A 4U1ZA 1YTVA 3KOSA 4MBPA 1B1HA 4NF5A 1WDNA 2NXOA 3H06B 1CE2A 4FECA 1IEJA 5I59B 3O66A 3C35A 4R6HA 4H8IA 1Y9UA 2V25A 2XXHA 3FV1A 3FXUA 3UGWA 1OVBA 3Q27A 3IB2A 4YKPA 5FHMA 3K6XA 4HCWA 4IO5A 1LB8A 2H99A 1MRPA 1IQ7A 1J1NA 3H4ZA 3T66A 3N26A 3CG1A 4XIGQ 2XD3A 4EQBA 3H6WA 4GWOA 3QUFA 3ZKLA 2HEUA 2RINA 1N7WA 3G7WA 2DE3A 2F7BA 3OOAA 1B7HA 2AIXA 2HQ0A 4THIA 3N94A 5DYHA 4JB7A 1B51A 1LAGE 3S9NC 3MP8A 1IXCA 2YLNA 3K0VA 3T96B 4U1OA 2UVJA 1JETA 2UYFA 2B4LA 3IO4A 3MAMA 1MQIA 2RF1A 4HW8A 5TU0A 3GLBA 4JWOA 4YB6A 4ISUA 3VE1B 3TTKA 2HCAA 3SEWA 1L5TA 1LFIA 2XX7A 3RT8A 1N7XA 4H0WA 4U21A 1T0KA 3EQ1A 4C1UA 2I49A 3FZVA 3K2DA 3K01A 1MPCA 3S9LC 1FW0A 1EU8A 1Y1MA 2F6GA 4POXA 2D5WA 3VVEA 2WOLA 5JK4A 1NH8A 5JEIA 3FJMA 3UORA 2FNCA 3PUWE 2DS9A 3ILUB 2O1MA 1USYH 2ZNUA 4GIZA 3D4CA 3SEVA 4EQ9A 2ZYKA 4PE5B 3IJXB 4OQOA 1MXUA 3K4UA 3DM0A 4PFYA 4O3AA 4H5GA 3W15C 1TWYA 5CMBA 5I2KA 1DPEA 5LOMA 2DWIA 4JWYA 3C4MA 3KG2A 4UA8A 4ZE9A 3AXFA 3PUXE 5H8NB 4F18A 4QFOA 4F3PA 1MXVA 4XKQA 2THIA 4RJZA 5IAIA 3OMBA 3TQLA 3Q25A 4LATA 3G3JA 3O2AA 4LUBA 2W7YA 2XXRA 4YB7A 1R6ZA 2A5TB 4HTGA 3RNNA 2RC9A 4OWDA 2PX1A 1OLCA 1MPBA 4FIMA 1DTGA 4LA9A 3PD8A 1LB9A 3TTLA 3LBSA 4XTCQ 3MPKA 4M4GA 1Z7ME 2F97A 1IUDA 1XC1A 1SW5A 1B0HA 1JW5A 3IORA 4PFUA 1LAFE 4H1XA 2B65A 2HAUA 3CSBA 3PMXA 3RQTA 4FEDA 1PC3A 1QVSA 3DRIA 2M8CA 5FHNA 3DRKA 3U72A 3PPNA 5CBRA 1M5EA 1OIBA 3U1OA 3IOUA 1ATGA 1Y4CA 2DVZA 4O3BA 4JWXA 4OERA 4KPTA 1JVXA 4LP2B 2YJPA 3O6PA 3TCHA 2A5TA 1A8FA 1MQHA 2E0SA 4NF4A 1SYIA 5I2NB 3DRFA 4ECFA 3V5AA 1SVXB 4MH5A 1QJMA 3K1NA 4F19A 4X1DA 3U93A 1PB7A 5M2VA 2QMWA 3PPRA 3JV9A 2NVUB 3M3LA 4DCXA 3PD9A 3DELB 4ZDMA 2IEEA 3MVYA 4NTLA 4RA1A 1O7TA 3FVOA 1H76A 4PFWA 1BIYA 5H8FA 3PUVE 4GF8A 1B5HA 2DXYA 3RPWA 1O63A 1AL3A 3RT6B 1P1UA 5HPQA 3RGYA 3UP9A 4YMAA 4PP0A 3MVZA 4Q0CA 2P2AA 1RKMA 3H6UA 1B5JA 4OFOA 4OZ9A 4LONB 1LAHE 2V3QA 3MWBA 1B4HA 1URGA 4BDMA 4QFPA 4YMBA 1US4A 5H8HB 5A5XB 5L9OA 2XXVA 1QUJA 4RY1A 3FUZA 4NF5B 1P1NA 1B3FA 4DCYA 3BFTA 5CC2A 3A3CA 2OBGA 3QIMA 3DRJA 3DP8A 1USYE 1MY4A 4RPOA 4N07A 3VV5A 4G68A 2DVCA 2WKYA 3MBPA 3CIJA 1N04A 5TP9A 3M3FA 4GXSB 3E4RA 4JSDA 1D9YA 2I3WA 3PGFA 1LFHA 4IO6A 1DPPA 1II5A 3MC2A 1IXGA 1SI0A 4QHQA 3MZBA 3IB1A 5CMKA 2ONSA 1JEVA 2Q89A 3FXRA 5KDTB 3PMWA 1LFGA 4GL0A 2PBWA 3W9WA 2IA4A 4QSDA 2QRYA 3E13X 2XXYA 4X1BA 3FVGA 3OO7A 1P1QA 1Z7NE 3LVUA 2DE4A 1B40A 4F1YA 2X7QA 2NOOA 1SW4A 2UVGA 4GXAA 3KSXA 4C1TA 1JVYA 3MP1A 3QYTA 4KQPA 3GBAA 3S4UA 4YAHX 4UACA 5AA2A 4F22A 1R1NA 3S9EA 1GV8A 4MLVA 3C36A 1MQGA 4ZEDA 3PUYE 3UIFA 4MF3A 3O9PA 1FTJA 1ZKBA 2PT1A 1ZBMA 2B3BA 2RC7A 5TPAA 3VXCA 4E0XA 4Q30B 4IGRA 3GZGA 3TODA 2B4MA 1TT1A 1B6HA 2O51A 3WAFA 3W9VA 1GGGA 1BTJA 2V93A 4EXLA 1A7LA 3B6QA 5ITOA 3H6TA 4F31B 1ZTYA 3PMVA 3VLUA 2HZKA 3ZSFA 5KDTA 1AOVA 1QULA 2YPNA 1AH5A 4F39A 1MH4A 2X26A 3G3KA 4IO2A 1OVTA 4ONYA 2AYSA 2ZNSA 2ZNTA 2QSXA 3BKIB 1TFDA 2VGQA 3MUQA 1EZ9A 1MM7A 4KYEA 1FTLA 4F3GA 1LSTA 3V8XB 1Y3QA 4OMBA 2ANJA 1FQCA 5JTYA 3RLFE 4RYAA 5H8QA 3K6VA 1JW1A 2DQVA 1MY3A 3KGCA 1NNPA 5CM6A 5IKBA 4XKNA 1Y20A 4RPNA 5I2KB 4OXVA 4QSEA 4IO3A 3SEUA 4FE8A 2O68A 2I58A 3ZKKA 4XKRA 4YU0A 4I9DA 4F29A 1P1OA 3G3HA 3M3KA 5I58A 2Z8EA 4TLMB 1B7ZA 3QAXA 1XVXA 4QFLA 3DLNA 1JQFA 4F1UA 3OSQA 4HCYA 3R7XA 5ISUA 1JEUA 4R9FA 4OENA 3FATA 2REJA 4ESWA 4GLIA 3C33A 2ZMBA 5DVIA 4ZECA 2OJTA 4KCDA 5H8SA 1SD3A 4N6PA 4NE4A 3BBRA 3OENA 5DEXA 1D3KA 3H7MA 1A40A 1UTHA 4EQ7A 1Q1KA 2FYIA 3ONMA 1ZJLA 3FIRA 3FJ7A 1ZIUA 3CVGA 4G77A 1MXYA 5BWJA 3IL1B 3OEMA 4KI0E 2Y84A 1IXIA 2O7IA 2PT2A 4R6YA 2ESNA 2Q2AA 2QL3A 4EF2A 1M5DA 1RYXA 3U92A 1FQDA 4GVOA 3T9HB 2QPQA 3KOTA 3C31A 2QMXA 4U2RA 3G3FA 2Y7IA 4YKKA 3TUSA 4KCCA 3O6HA 3RY3A 1JW4A 1NMUA 2H5YA 3L6GA 3ODBA 1MY0A 1S50A 1B0LA 4PFTA 3SERA 4R75A 3KJTA 5DVFA 4P0GA 1NL5A 1MQJA 3T22A 4QRZA 4NF4B 4LVQA 1XVYA 1URDA 4YZZA 3KZGA 3E9XA 2OWSA 2DE2A 1A8EA 2H25A 4OEVA 1UTBA 1B3HA 1MS7A 4K3FA 4ZZAA 3HHFA 4KFQA 4OESA 3TYHA 4RK2A 4ZS9A 2Z8DA 2I6EA 1QUIA 4BDLA 1N3WA 1YPNA 1UQWA 3C34A 5H8FB 2Y7WA 4KHZE 3U8QA 1ELJA 2R71A 4JXIA 4HS7A 2ALUA 4OFJA 3LUYA 3PPPA 2QS4A 1B05A 3OXNA 4U22A 3PPQA 1OQHA 1DSNA 3C32A 1I69A 1AIVA 1B3GA 4LQ5A 4BDQA 4R9GA 4FAJA 1DTZA 3FGSA 1QKAA 1A99A 3LSXA 3ILTB 5HBCA 3K1PA 4BDNA 2H4IA 1VFEA 1SW2A 4LZ5A 2F7AA 2HXWA 4EXKA 2ZYOA 2QS1A 4OFLA 4NWCA 2GH9A 4H6DA 3FASA 1RYOA 2DWJA 3TTMA 2XXIA 3ECRA 1FTKA 2OLBA 1PB9A 4DXBA 3KN8A 4XKPA 4P0IA 2VD2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XXQA 4MLQA 5DVJA 4G68B 3TTRA 2VT5A 4PBHA 3GXAA 1NV6A 3U65A 1F9BA 1SW1A 4I3YA 3H03A 5AE4A 4ZEFA 3TQWA 2NUVA 1LGBC 4G8HA 5TP9B 1B7UA 1RDYA 4MNIA 4TLLB 3OSRA 2FA7A 4OHNA 3MZ1A 4O7MA 3C9HA 3F11A 1GVCA 1B2HA 4QFNA 3CFXA 4G68C 4Q8RA 1H3DA 3IR1A 4U23A 5HM4B 2Q9TA 2DSFA 2XXUA 3I6VA 2ZYMA 3B7DA 4EUOA 4L17A 3K02A 3K6WA 5EQ7A 3PUZE 4N8YA 5AA2D 3N6TA 4JBZA 3MZ9A 3S9MC 3EF7A 1NI9A 3FXBA 3CHGA 4OVTA 5IZ1A 4FATA 1LBBA 3VDFA 2VP1A 1GTKA 3MJNA 3SESA 2F3BA 3WAEA 2A5SA 1WODA 3OO9A 4DDDA 1MQDA 4P8BA 2XWKA 2GHBA 4OETA 1N0TA 2QVRA 3OEKA 1AWBA 5AA2B 3IJOB 4RXLA 1N3XA 3RUMA 1QW0A 2F36A 2F8DA 4DZ1A 2O69A 1NV1A 3DRHA 3EHUA 3VVDA 3SKPA 3HO7A 4PAFA 4FJPA 4WXJA 5TPAB 3HFUA 3TFLA 1MDQA 1URSA 5F24A 1G0HA 1P1WA 4R73A 1Q35A 3KJ7A 4NAPA 2LAOA 4GWZA 3CRBA 1B46A 1XS5A 5J1DA 1JNFA 3DP4A 3MW0A 3H6VA 2F34A 3RN8A 2I4CA 3Q26A 4MFIA 1POY1 4EF1A 2XX9A 1NV5A 5I5PA 4QF9A 1H44A 3KFMA 3IAZA 5K2XA 1NUXA 3I5OA 5L8DA 4N6DA 2Q2CA 3FVNA 3TTNA 2QS2A 4C0RA 4F3SA 2RCBA 4OEUA 4N13A 1KA0A 4NWDA 2NWJA 4XFEA 5JTYB 1FPGA 5H8QB 1Q9DA 1MY2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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