4ZECA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocin 84
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
total genus 152
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zecA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zecA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zecA02
4P0IA 3PD9A 2DXYA 1JQFA 2REGA 4R72A 2I3WA 1USYE 2QPQA 3CFLA 4G4PA 1LCTA 4WEDA 1M5BA 4R74A 1Y3QA 4FAJA 4YB6A 1LFHA 1BLFA 1N0TA 1MDQA 4F3BA 2B65A 3VLUA 4DCXA 3O6PA 1JW1A 4YICA 1MPBA 5I58B 1PC3A 3E9XA 4QFKA 3TTLA 1H45A 4ZS9A 3Q25A 3S9NC 3PPQA 5H8SA 1XVXA 5H8HB 1R9LA 5ICQA 1FTKA 3KEIA 3CVGA 2Z23A 5DVFA 2UVGA 4IO2A 4M1VA 4EF2A 2XX7A 3I6VA 4H5FA 3K01A 4ELQA 3PD8A 1IEJA 3N94A 2Q88A 2I4BA 3QIMA 3HN0A 3RPWA 3O6GA 3KGCA 1MY0A 3HHGA 1IXHA 4QFPA 2XXTA 3GXAA 2THIA 4RNSA 1SBPA 3FGSA 4F3GA 4JXIA 4MFIA 2UYEA 1MY4A 2XHDA 2NOOA 3K2DA 1NL5A 4N13A 2HAVA 3K6UA 4KI0E 4MF3A 4OETA 3MVXA 1NNFA 3VLWA 5CMKA 2VD3A 1FQEA 1SW2A 3JYRA 3QUJA 5KCJA 1LBBA 4BDRA 3D4GA 5I2NA 1UTHA 2DS9A 3O97A 3VLVA 3RLFE 4F31B 4F39A 1QW0A 3RN8A 4MLQA 5FTHA 1UIUA 1UTHB 3SEUA 2ZNSA 2O1LA 3TCFA 1NNKA 1QUJA 1PB7A 3G3KA 3IOTA 3K6WA 5DT6A 1IIWA 1VE4A 1QULA 4X1DA 1NNTA 4FEBA 5FTIA 4OEUA 3E3KA 1OLCA 2V84A 4PFUA 4EDPA 4C1UA 4NF6B 3USDA 2O1MA 2UVIA 4YB5A 2F34A 5I59B 4ZEKA 2QJEA 1H3DA 3FXRA 1B2HA 2F8DA 3G3GA 3SEXA 1DTGA 1RKMA 1FQBA 1MDP1 3MVWA 1NKXA 2ESNA 1D9VA 1N7WA 4G68C 1LBCA 4F22A 1EZOA 1MM6A 4IO5A 5AA4A 1B1HA 1US4A 3ONMA 1XOCA 2W7YA 4HS7A 1B3EA 1SI1A 3QAXA 4XKPA 4NF4B 3PAMA 3C35A 3FUZA 4POWA 3MWBA 5CMBA 5I56A 2DWJA 1A8FA 2QRYA 2ZYMA 2F78A 3G3JA 1O63A 1JVXA 4AB6A 4PFWA 3O66A 3DRIA 4XXUA 4IO6A 1Y3PA 1B3FA 3UK4A 1IQ7A 2VD2A 1H44A 1LAXA 3MPKA 1S7YA 1MXUA 2FYIA 2G29A 4RPNA 3CSBA 5HPQA 1MPDA 1USYH 1ZLQA 1MY3A 3MZ1A 4OHNA 2H4IA 4EXLA 4PP0A 2ABHA 1VSOA 2DSFA 3IB2A 2VGQA 3DP6A 3N5LA 1P1QA 1I6BA 3S9MC 3I3VA 3OOAA 3OO8A 3DRHA 1QUKA 2M8CA 2OK2A 3JZJA 4OENA 5L9SA 2RC7A 4X1BA 5CMMA 5BWJA 5I56B 1PB9A 2I4CA 2RKMA 1OQGA 4X9TA 5DYHA 2HXWA 4FORA 2DOJA 1UTBA 2F5XA 3H06B 4FIMA 4GQOA 5HBCA 3VXCA 3UGWA 3MVYA 2O68A 3WAEA 1B0HA 4PE5B 1SYIA 4HTGA 2OLBA 1YPNA 1MM7A 4ZEFA 2Q2AA 5ITPA 2D21A 4U2RA 3DP4A 2VP1A 5KCJB 4KPTA 5CRYA 5I59A 1WVJA 5KZTA 3PPPA 3N6UA 4BLAA 4OZ9A 1KWHA 1MQHA 2OWSA 1MPCA 3CFXA 4JWOA 3PUWE 4BDOA 4XIGQ 4TLLB 4TOZA 5B70A 3C31A 2ZYKA 2IA4A 2HZLA 3TEPA 1LB9A 3K02A 1SQYA 1QKBA 1LFGA 2FA7A 3IORA 3MC2A 4F18A 4KCCA 3UA8A 2OBGA 4GL0A 4U1ZA 1OMPA 1IXCA 4F1UA 4KFQA 2XXVA 1TT1A 4DIGA 4YMAA 1H76A 1PBQA 1FQDA 1UTBB 1FCKA 3C34A 1ZJLA 3FATA 2PT2A 3K00A 3S9EA 1MS7A 1ATGA 2OWTA 2PMSA 2QL3A 1XS5A 1Q35A 3RT6B 3DRKA 3Q28A 3TQWA 3EHTA 3U92A 2UVJA 5J1DA 4GL8A 2Z8DA 1JW4A 1IITA 1MXXA 4IGRA 1B6HA 1BTJA 1XHYA 2A5SA 1FTOA 3MZ9A 3ILTB 1BP5A 4POXA 4R73A 4G8NA 2I48A 5DEXA 1AMFA 4OESA 1N7XA 4WXJA 5JTYB 1Z7ME 1FTJA 3TMGA 4R6KA 3T93B 4ZEIA 4F29A 2WOPA 4HCWA 2WKYA 3C32A 3FJ7A 3D4CA 4LP2B 1POY1 3FJMA 2Q8JA 3UN6A 4DXUA 2PX1A 2GH9A 4DZ1A 3DRFA 2HQ0A 2F36A 1OLAA 5AA2A 3V89B 4I8CA 2I0CA 4IB2A 3OENA 3ODBA 1II5A 2D3IA 3FXUA 1IUDA 4G77A 2DQVA 3PMVA 1IZ1A 2DE2A 4E0WA 4GRKA 2QS4A 4LATA 4G68A 3B7DA 3JV9A 3RNNA 3W9WA 4RPOA 1XC1A 3GLBA 4ZDMA 5I2NB 3OO9A 2O69A 1MH3A 4OYVA 2OJTA 2RCAA 3CG3A 2DXRA 4H6DA 2QS1A 3FZVA 2B3FA 3G3HA 4XTCQ 5FHMA 1JVYA 1Y1ZA 2PBWA 3RY3A 4LA9A 3VVDA 1YTVA 2HAUA 2VHAA 3MBPA 4ESWA 4R9GA 4N07A 4YB7A 4F3PA 4JDFA 3G3FA 3IJXB 1P1WA 3V5AA 1MXZA 1B7ZA 3S9LC 1JNFA 3BFUA 3MW0A 2V93A 4U4XA 1JEUA 3PPOA 4H0WA 3T9VA 4U21A 3CG1A 3TQLA 3LR1A 2P0SA 4YKIA 4U23A 3M3KA 2DWHA 2KLFA 4Q8RA 1SD3A 1YCJA 3IO4A 4KQPA 4PFYA 5ELVA 5F1QA 5M2VA 1A55A 2Q9TA 2Q2CA 4XKNA 4QSEA 4RY1A 5ITOA 5AA1A 3RGYA 4QFOA 3MQ9A 3MUQA 3PMWA 4JWYA 4NF8A 3IK6B 4H67A 2R71A 3A3UA 4Q0CA 4ZZEA 2GRVA 4YKPA 5H8NA 5K2XA 3MJNA 1DPPA 4EXKA 3B6TA 4XKQA 3SKPA 3TODA 3EF7A 2Z8FA 3KN3A 1NFTA 1B3LA 1N84A 1PEBA 1M5DA 3FJGA 1Q1KA 3KJ7A 2UXAA 2AIXA 4YMBA 3KFMA 1MQDA 3G3IA 3DRGA 1M5FA 3KZGA 2RF1A 3LBSA 4GOTA 5DVJA 4DXBA 5B7DA 2ANJA 2DWAA 2Y7KA 3K6XA 3O29A 4KD5A 3EN3A 3H03A 4U4SA 3MZBA 3TFLA 1AIVA 2RCBA 1VFEA 2XX8A 1B32A 4RYAA 5I57A 4KYDA 4ZEBA 4GD5A 2RC9A 4GF8A 3RYAA 5I2KB 4C1TA 4EQ9A 1ANFA 3EQ1A 4OTEA 1PBPA 1SDXA 2F35A 4BDLA 2F7CA 1UQWA 3L6GA 1B46A 4ELRA 4ZE9A 1QJMA 2Z22A 3N26A 3SEVA 1LB8A 1FQAA 1F9BA 4NMYA 3K6VA 3T9HB 3ZSFA 4EQBA 4RA1A 4ONYA 4ZECA 3KJTA 3ILUB 4QRZA 3E13X 1D9YA 4R9FA 1B4HA 4PQJA 4E0XA 4DLDA 1ZTYA 4PFTA 1VFDA 3H7MA 1UIVA 1MXWA 3PU5A 4QF9A 3LSLA 3OO7A 3FXQA 1B7UA 3IOVA 3ECRA 3OEMA 4AB5A 4LQ5A 3UIFA 4EF1A 5CBSA 1HSEA 2Y7WA 1J1NA 1S50A 1RYOA 2Y7PA 2H25A 3CR9A 1A99A 4OFLA 4H65A 4QSCA 4O3CA 5DVIA 2XXUA 2ZYOA 3ZKKA 4R75A 3T96B 3MAMA 4EUOA 3H6VA 1B05A 4I62A 2E0SA 1WDNA 5H8NB 3QUFA 1A54A 2QMXA 5H8QA 2NVUB 3I5OA 5A5XB 1EZ9A 2VOZA 2ONRA 4NF8B 3PMXA 4I9DA 3IR1A 3DP8A 1OIBA 3H6TA 3OSQA 5DTBA 1ZU0A 3RT8A 3BKIB 2XD2A 1N76A 1P99A 4JWXA 3VVFA 1H43A 5H8FA 2DE3A 2F7AA 3A09A 5JTYA 4ZEDA 4R6HA 2B3BA 3VDFA 4F2QA 1R6ZA 3U1OA 3U93A 4ESXA 1XVYA 3KN8A 1POTA 3KOTA 1US5A 3TPAA 3P7IA 1FQFA 4P0GA 3PV0E 1L5TA 3TZAA 3VE1B 3FTOA 3U8QA 2D5WA 3TDJA 1URSA 2Y7IA 2O84X 4QFNA 2GHBA 3RTFB 3RUMA 3QXMA 2A5TA 3SEWA 4OFJA 3UP9A 5AA2B 3SETA 4FJPA 3GBBA 4Z0IA 3ZKLA 5AA3A 2IEEA 5L8DA 1P1UA 1HSLA 3R6UA 5TU0A 1IXGA 3OD7A 4ECFA 2ONSA 1SVXB 4JSDA 1NNPA 3A3CA 3C4MA 4IY5A 1SW4A 5I58A 2R9JA 3CI8A 2DVCA 1P1OA 4G8MA 1DSNA 3TTMA 1B51A 2I0BA 3TCGA 2H99A 1GGGA 1Y4CA 2QSXA 2V3UA 1JEVA 1SI0A 3OO6A 4FE8A 5F7VA 4MH5A 3T9XB 3LSFB 5K2YA 2LAOA 4DXCA 3ZS6A 2Z8EA 3CHGA 4OQOA 5FHNA 2O7IA 3DLNA 3FVKA 2CMOA 2NUVA 3H6UA 1SYHA 4GWOA 3RTWB 1B58A 4DCYA 1MQGA 4GFRA 4GIZA 4H8JA 2Y84A 3EHSA 2AYSA 3FASA 4MBPA 5KDTA 1ZIUA 5CBRA 3R7XA 3FVOA 2P1SA 1NH8A 3MP8A 2XXXA 3DM0A 1T0KA 1B1XA 2B4LA 3LUYA 4H1XA 3WAFA 2XXIA 4NWDA 1TWYA 2GHAA 4R6YA 2I6EA 5JEIA 3RQTA 5LOMA 5CI5A 1DPEA 1GR2A 1LLSA 3KOSA 2BJJX 1NMUA 3PPNA 3PUZE 2X7QA 3LC8A 5H8QB 5A5XA 3FD3A 3BBRA 3V83A 4BDQA 3SERA 1B5IA 3DRJA 2DYXA 4BDNA 1B9JA 4DE8A 2PVUA 2ZMBA 2I58A 4LZ5A 4XKRA 1PDAA 4YAHX 1ZMGA 2XXPA 3C33A 5CC2A 2UVHA 1I6QA 2NXOA 1QUIA 2QS2A 4GXSB 1IXIA 1FQCA 1A8EA 1LAHE 2OZZA 3PPRA 2AL4A 3EPEA 5DEXB 4FATA 4JBZA 4QSDA 1TFDA 2H9BA 2Q89A 2RC8A 4YKKA 3SEYA 5EHMA 5CM6A 5IKBA 2XX9A 2ZNTA 3K1NA 2F7BA 3GBAA 5H8FB 3FV1A 4FEDA 4O3AA 4LUBA 4HCYA 4QHQA 1VR5A 1MXYA 3G7WA 1Y20A 2ZNUA 3KSJA 3MP6A 4GLIA 4M4GA 2G93A 2F6GA 3HSTA 4UACA 2V25A 5AE4A 3Q27A 3IOUA 4NF4A 1R9QA 1R1NA 4LQ2A 5FHOA 2NWJA 1DMBA 3T22A 3TAJA 3M3FA 1O64A 4RK9A 4F1YA 1FW0A 1OVBA 2HZKA 3FVNA 3S2VA 4G8HA 3TCHA 1I69A 3OEKA 2P2AA 4LONB 1LAGE 3PUXE 3THIA 1GVCA 3TYHA 1ZKBA 2H98A 4OFOA 3O28A 1MG1A 4IO4A 4P11A 1GV8A 4ND9A 4ISUA 3C36A 5CMCA 4PETA 1YAEA 1MY1A 3K1MA 3KBRA 4OVJA 1Y3NA 1HSJA 3TKDA 1B3HA 2XXRA 2V3QA 4AQ4A 1B5JA 2FNCA 4NTLA 3W15C 1TXFA 3QK6A 4G2ZA 4IO7A 4R2FA 4WKMA 4O3BA 1Y1MA 4YU0A 4I1DA 3H4ZA 3T66A 4OMBA 3K4UA 2Y7RA 4F2OA 2WOLA 1MXVA 5I84A 1OQHA 3F11A 2I49A 1N04A 2XXWA 2XXHA 2ONKE 2QMWA 4JB7A 2UYFA 3B6QA 1XT8A 4H5GA 3RYBA 1B40A 3R26A 5IAIA 1EZPA 4F1VA 1M5CA 3IO6A 5L9MA 3GZGA 4BDMA 4OEVA 4GVOA 1JW5A 2X26A 3Q29A 4F19A 1RYXA 2ALUA 1ELJA 2O51A 5EYFA 2HEUA 2QS3A 3O2AA 4YKJA 3K1PA 3W9VA 1DTZA 1MH4A 1ZBMA 2I3VA 3MVZA 4F3SA 2XD3A 1EH3A 4OERA 3VV5A 3HHFA 4EQ7A 1D3KA 1S9TA 1B7HA 2B4MA 1BIYA 3O6IA 4C0RA 4HW8A 3B6WA 2F97A 2YPNA 3EHUA 3PGFA 4IO3A 3U94A 4U22A 4Z7EA 1TFAA 3U72A 3H3GA 5KDTB 3FIRA 5AA4B 4K3FA 2V3TA 1SW1A 2DWIA 3BFTA 3HV1A 4LZ8A 4LZ7A 4Q30B 1B3GA 3O9PA 3MPLA 4R2BA 5TPAA 1B52A 3HPIA 4N6PA 3CSGA 1B5HA 1AL3A 1PB8A 5JK4A 1CB6A 2AL5A 2F6PA 4RJZA 3TTRA 3KG2A 1N3WA 2RINA 3M3LA 1GTKA 3UORA 3IL1B 3SDFA 4DDDA 1EU8A 2O7UA 4NF6A 4NF5B 4X48A 5TPAB 1B0LA 1FTMA 1LGBC 1FTLA 1URGA 4GXAA 2PT1A 4KYSA 1QKAA 4ELPA 2YJPA 3S4UA 5ISUA 1DOTA 2DP8A 2X7PA 3HCQA 3PUVE 3HO7A 4RK2A 1MQIA 1N3XA 3TELA 1LSTA 3KSXA 3N6TA 2O6AA 1MY2A 4G68B 1SW5A 4RXLA 1NH7A 3O6HA 5BUUA 2A5TB 3T9UA 4WEPA 2HFBA 1Y9UA 2HCAA 2WOKA 2PYYA 3IJOB 3QYTA 1D4NA 3IX1A 4OWDA 4UA8A 3V8XB 3H6WA 5H8HA 2XXQA 3PUYE 4L17A 2R6GE 1A7LA 1I6AA 3DELB 4KYEA 3VXBA 3TUSA 1BKAA 3IAZA 3C9HA 3E4RA 1MRPA 3LSWA 4NE4A 1URDA 2CZLA 4TQUQ 4KR5A 2H5YA 4TLMB 3FV2A 4IY6A 1WODA 2YLNA 3FVGA 4ELOA 1AH5A 2E1SA 3CRBA 1MQJA 3K0VA 3L6HA 3QSLA 4Q5TA 3TTNA 5L9OA 1AOVA 4H8IA 4JSOA 1Z7NE 2ZXTA 3CFZA 3MP1A 1LCFA 3IOWA 4FECA 1P1NA 3IB1A 4MLVA 4NEDA 3LVUA 3KN7A 4KCDA 3OMBA 3OXNA 4ZZAA 5I57B 1B4ZA 1LFIA 3M8UA 2OCUA 5HM4B 4IGTA 1QVSA 3IB0A 3OSRA 1O7TA 4QFLA 2ZYNA 4THIA 5TP9A 3SESA 3OELA 4ZE8A 1OVTA 3TTKA 3VFJA 1Y4TA 4LVQA 4OXVA 1LAFE 3LSXA 1CE2A 2DE4A 3VVEA 5I2KA 1M5EA 5TP9B 5AA2D 2GFEA 2XXYA 5EHSA 3Q26A 1JETA 4NWCA 4NF5A 4YZZA 5ICTA 4U1OA 2REJA 4KHZE 3AXFA 1A40A 3CIJA 2DVZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WX9A 4P0IA 1FJ6A 2I3WA 1EYJA 3CFLA 4G4PA 1FSAA 4WEDA 1N0TA 4F3BA 3VLUA 4DCXA 3O6PA 4YICA 4QFKA 3PPQA 5H8HB 4N17A 4PCDA 3CVGA 3I6VA 3K01A 4PAKA 3QIMA 4I3YA 4QFPA 2UYEA 2NOOA 4N13A 3K6UA 1FPEA 4PBHA 3QUJA 3D4GA 4F31B 4F39A 4H46A 4MNPA 2KQZA 1UIUA 3SEUA 2O1LA 3TCFA 3K6WA 1PB7A 1NNTA 4FEBA 2V84A 1IMDA 2QVVA 2O1MA 4YB5A 2QJEA 3FXRA 1FQBA 1N7WA 4F22A 1NUZA 1B1HA 4HS7A 1SI1A 3QAXA 4NF4B 1JVXA 4AB6A 4PFWA 4O7IA 2ZZVA 1IQ7A 3MPKA 1H44A 4RPNA 3CSBA 4PP0A 1VSOA 2VGQA 3DP6A 3N5LA 3I3VA 3OO8A 1QUKA 2OK2A 2I4CA 4GQOA 5HBCA 3WAEA 3MVYA 2OLBA 1YPNA 4GWXA 3DP4A 2VP1A 1WVJA 3N6UA 4JWOA 4TLLB 5B70A 3TEPA 3K02A 5FBPA 3IORA 2FA7A 2OBGA 4U1ZA 4NAPA 4DIGA 4YMAA 1UTBB 3C34A 1ZJLA 2OWTA 3TQWA 4N91A 5J1DA 4GL8A 1B6HA 4OVRA 3MZ9A 3ILTB 4PTKA 4R6KA 5EYGA 4F29A 2WOPA 2WKYA 3FJMA 2GH9A 1VDWA 1OLAA 3OENA 2D3IA 2DQVA 4OVTA 1FPFA 3GLBA 4MEVA 2QS1A 3FZVA 2PFZA 2PBWA 3RY3A 3VVDA 1FPIA 4N4UA 3G3FA 3S9LC 1MXZA 3T9VA 4U21A 3CG1A 3M3KA 2Y5LA 2Q2CA 4XKNA 3MQ9A 4JWYA 3A3UA 5IZZA 4XKQA 2Z8FA 4X8RA 4YMBA 1PEBA 1M5DA 3KZGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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