4ZECA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocin 84
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule tags Transport protein
total genus 152
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zecA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zecA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zecA02
3SDFA 2XX8A 1Y4CA 2XXTA 4LZ5A 2XXHA 1PDAA 4NWDA 3TFLA 2I49A 1MG1A 5DVJA 1MM6A 1R1NA 4DDDA 1N3WA 3SEXA 1HSEA 3MUQA 2ZYNA 1QUJA 1LAGE 2Z23A 1N3XA 3C34A 3I3VA 3E13X 3IK6B 3IO4A 2Q2CA 3PPRA 3GLBA 3KGCA 2H25A 4OERA 4EF1A 3FVGA 3OEKA 5H8NA 3VE1B 3SERA 4NF5A 4U1ZA 2XX9A 1B4HA 3IB2A 3T9XB 1ZTYA 1AL3A 4C0RA 3OELA 2Y7WA 3I6VA 3OMBA 2CMOA 3MP8A 2XXVA 3TQLA 3O29A 1MDP1 1QUKA 4YKKA 2THIA 1B1XA 1NKXA 5TU0A 2XD3A 1II5A 1N7WA 4QFLA 1QULA 4GLIA 2D21A 2V84A 4N07A 3VVFA 1EZ9A 1B51A 3VXBA 4IY6A 3IR1A 4OFOA 1LBBA 5DYHA 2ANJA 1LBCA 4G8HA 3IORA 3PMVA 5I59B 1UTBA 1URDA 2ZYKA 2B4MA 4KFQA 4KPTA 1UIUA 4H6DA 2YPNA 3MJNA 3RQTA 5I57B 4O3CA 3FD3A 2Q89A 4KYEA 1DOTA 2AYSA 2P1SA 3GZGA 4Q0CA 3CRBA 3TKDA 2A5TA 1MH4A 3PMWA 4YKPA 4U2RA 4NF4A 3ZS6A 1ZMGA 4JWXA 4Z0IA 3VVEA 1QW0A 5CBSA 1LAFE 3O6PA 4PFWA 5HPQA 2PYYA 3K6VA 2NWJA 2OBGA 2VOZA 3EQ1A 4GIZA 3HCQA 5EHSA 1DPEA 1OQHA 1SDXA 3QXMA 2HFBA 4U4SA 1P99A 4N13A 2D3IA 4XKQA 4MF3A 3O2AA 2HZKA 1XVXA 3KFMA 3PUYE 3K6WA 3HSTA 3BFTA 3JYRA 3SESA 2PT1A 4FJPA 4H1XA 3G3FA 3IL1B 3Q29A 4QSCA 4I8CA 4F3BA 5AA4B 3UIFA 2VD3A 3TODA 4I1DA 3TELA 1JW5A 5KCJB 2DQVA 3LBSA 1Y1ZA 1LFGA 3TZAA 5FTHA 1LB8A 4KCDA 1VFEA 1URSA 3G3IA 4BDRA 2Q2AA 2M8CA 4F3PA 5KZTA 1OVTA 1SYIA 3C33A 2DWJA 4ESXA 3KSXA 5J1DA 2RC8A 3L6HA 3IOTA 2HAVA 3CSGA 3V5AA 2HCAA 4ND9A 5AE4A 1B3FA 3JZJA 1Y3PA 4OYVA 4YMBA 3C31A 3IOWA 4PETA 2O1MA 1GGGA 3T66A 3C9HA 3IAZA 2DOJA 1B5HA 1FQBA 3KEIA 2QPQA 2WOLA 1ZIUA 2RINA 2PVUA 1A8EA 3B7DA 1JVXA 5CMMA 3S2VA 5I58A 3W9VA 5I84A 3SEWA 5LOMA 1AIVA 3PUVE 3M8UA 1POTA 4ZEDA 2XXYA 3H4ZA 3FXUA 2G29A 1Q35A 4ZECA 1P1OA 1SYHA 3SKPA 3FXRA 1IUDA 4JSOA 4ZE8A 2I4CA 4PQJA 2QS1A 5I57A 1IQ7A 4F3GA 3DP8A 1MXXA 5AA1A 3CI8A 5JTYA 3H03A 5H8FA 1MXUA 4F19A 1LGBC 3B6QA 4GQOA 1VE4A 2B65A 2GRVA 1JQFA 4MLVA 2ZXTA 4YAHX 3GXAA 2OWSA 4NWCA 1WVJA 2CZLA 4NF8A 1S7YA 3D4GA 3LR1A 3IOUA 3A3UA 1N7XA 3M3FA 2X7QA 4I62A 3LVUA 1OMPA 3TPAA 3K01A 1LCTA 3I5OA 1D3KA 3MZBA 1ZBMA 4RXLA 3TTLA 5I2NA 3Q28A 2XXQA 2H98A 2HQ0A 1O64A 2GHAA 1LCFA 4C1UA 1QKAA 2P2AA 3P7IA 4FEBA 2O7IA 2XD2A 1NNTA 3TQWA 1S50A 1FQDA 5BUUA 2Y7RA 1FQFA 1B3EA 3UP9A 3VVDA 1JNFA 3RPWA 2ONSA 4L17A 2R71A 5H8QB 1N04A 3WAFA 2R9JA 1AMFA 4R9FA 2P0SA 4Q8RA 5I56B 1MY1A 4BDLA 2Q88A 4QRZA 4F2OA 1QKBA 4DXUA 3CFXA 5FHMA 1JVYA 5K2XA 4RNSA 1FTMA 1A40A 1KWHA 2OLBA 3K6XA 5CI5A 1MDQA 4ZE9A 4FEDA 3SEVA 2OK2A 3Q27A 4FORA 2I0CA 4PFTA 1ELJA 2Q8JA 2Q9TA 1EU8A 5TPAB 1BTJA 4DLDA 4DE8A 1FTKA 1SW5A 1US5A 3IJXB 2WOPA 3CIJA 3C36A 3K1PA 3KOTA 4RJZA 5F7VA 4F29A 3QSLA 5TP9A 3VXCA 3K02A 4ZDMA 2W7YA 4OESA 2F97A 2F7BA 4FAJA 4P0GA 1PB7A 1Y9UA 1MY3A 1MQJA 3O97A 4KR5A 5DTBA 3OSQA 3JV9A 1URGA 4R2FA 1M5BA 4YB5A 3QUFA 4QFPA 1YPNA 3RGYA 3TCHA 1UTHA 1FTLA 3QYTA 4FIMA 3SEUA 1FQCA 3QAXA 1A55A 3O6HA 3IO6A 4RK9A 3LC8A 4M4GA 1Y20A 2Z22A 4EUOA 3TEPA 5EHMA 2B3BA 3K6UA 4U23A 4TOZA 4LA9A 1NNPA 4BDNA 5AA2D 3EN3A 1JW1A 1CE2A 1DTZA 1BP5A 3PPPA 2O6AA 2WOKA 4ONYA 2B3FA 3GBBA 4YZZA 2OZZA 2DVCA 1SW4A 4OXVA 1Z7NE 4RA1A 3AXFA 4JDFA 1H3DA 2PMSA 5DEXA 2UVHA 5ICQA 4NF6A 3B6TA 2O69A 3ZSFA 3V89B 4RPNA 1P1WA 3TMGA 3PGFA 1UIVA 1SI1A 3G3HA 4ZEKA 3TTMA 4U21A 1B4ZA 4YU0A 4TLLB 5H8SA 4U1OA 5L9MA 2HEUA 3PAMA 2DE3A 4IO3A 1OIBA 4OENA 1Y1MA 5H8QA 2UYFA 4XKRA 2F6PA 3H3GA 2ONKE 4PFUA 4LQ5A 4F1VA 5A5XA 5I56A 1MY0A 4Q5TA 4FATA 2DE2A 4IO4A 1LFIA 1H44A 1ZLQA 3PU5A 1NNFA 4LUBA 2E1SA 1A54A 2I6EA 1TT1A 3RT6B 3D4CA 2ABHA 4LATA 3EPEA 4WXJA 3S4UA 2DP8A 2KLFA 3IOVA 2X7PA 3EHSA 1O7TA 4F18A 2DVZA 2DXYA 4Q30B 4R75A 4WKMA 2XXRA 3CG1A 3C4MA 1I6QA 3N5LA 4ZEBA 1B0LA 1I6AA 3G7WA 5HBCA 3HHGA 2RCAA 4BLAA 4NEDA 3RY3A 4ELQA 2XX7A 1FCKA 1Y4TA 4HCWA 1RKMA 3RUMA 4GD5A 1B7UA 3S9EA 4ELPA 2DS9A 4X48A 2NOOA 1SVXB 1MY2A 3GBAA 3IJOB 1DTGA 5CMKA 4XKPA 1XS5A 3OEMA 2PT2A 1L5TA 4RK2A 5FHNA 4DIGA 5L8DA 4JBZA 4PFYA 3PPNA 5JK4A 4KQPA 1FTOA 2ZYOA 1DSNA 1A99A 2REJA 1MM7A 3K1MA 4DZ1A 3M3LA 1B1HA 1SD3A 4ZZAA 1BIYA 4JB7A 3RNNA 1US4A 4QHQA 3PUXE 5BWJA 1B3HA 4UA8A 3N6TA 1FQEA 1A7LA 2HXWA 3KZGA 1YTVA 3DLNA 1SQYA 4X9TA 3VLUA 1D9YA 2GHBA 2H9BA 1UQWA 3MQ9A 4EQBA 3HO7A 1JEVA 4N6PA 2HAUA 4G77A 1WDNA 3TTRA 3MWBA 4DCYA 3MC2A 1B46A 4ISUA 1NNKA 3PMXA 1FQAA 1Y3QA 3DP4A 3LSXA 5K2YA 2XXIA 1H43A 3VLWA 2D5WA 2FA7A 3HHFA 2UVJA 1PC3A 4RPOA 1LAXA 1B58A 1NL5A 2A5SA 4H5FA 4GF8A 5CRYA 4R6HA 4HCYA 3RN8A 2IEEA 4IB2A 2IA4A 1R9LA 3SEYA 5I59A 3R26A 5IKBA 3CSBA 3O6GA 1TWYA 1PBQA 2O84X 2QSXA 3BBRA 3MPLA 2XXXA 1SW2A 4ESWA 2Y7KA 1IZ1A 3FV2A 1QJMA 4F1YA 4G8NA 2LAOA 3W15C 3LSWA 4H5GA 3FATA 1ZKBA 1VFDA 3H7MA 4KI0E 4H0WA 4R73A 3O6IA 2F5XA 2NVUB 3BKIB 3S9NC 1JETA 1OVBA 4Z7EA 3PV0E 1XOCA 4EQ9A 4H67A 4YB7A 1TFDA 4G68B 4OWDA 1RYXA 1N0TA 1BKAA 4HW8A 1EZOA 5HM4B 3U1OA 1VSOA 2H99A 1VR5A 2OWTA 3FASA 1P1UA 1R6ZA 2ZNUA 3HV1A 2QRYA 3G3GA 1POY1 2AL4A 3E9XA 1T0KA 2DWHA 4NTLA 5AA4A 3RLFE 3FJMA 2VHAA 3C35A 1ZJLA 3IB0A 2DSFA 5KCJA 1PBPA 3O66A 4JWOA 4LONB 1M5EA 1MQHA 3THIA 4E0XA 1B32A 5KDTB 3OO7A 4ELRA 1YCJA 3CFZA 3R7XA 5F1QA 2RC7A 2I48A 3DRHA 1WODA 4MFIA 4F22A 3O9PA 3F11A 4JSDA 3EHTA 3RYAA 3T22A 1NFTA 1ATGA 1RYOA 3KBRA 4IY5A 3U93A 5CC2A 2NXOA 1SW1A 1MXVA 1R9QA 1O63A 3MAMA 2XXWA 4EF2A 3Q26A 3DRKA 4R6YA 4QSEA 4F1UA 3KN7A 1UTBB 4QFNA 3H06B 4YKIA 5AA3A 1MPDA 2O1LA 2Z8DA 3MZ1A 1IIWA 2VD2A 2A5TB 5L9SA 4YMAA 3U72A 4NF4B 4IO2A 4XKNA 2GH9A 2I3VA 3OENA 1PEBA 3OXNA 3TDJA 3FGSA 3FVNA 1OLCA 3T9VA 3MZ9A 4C1TA 3RTWB 1Q1KA 3CVGA 4OTEA 2DE4A 5I2KB 5DVFA 4OEUA 2F6GA 1MPCA 3WAEA 2I0BA 4R6KA 3KG2A 3BFUA 1MH3A 4XIGQ 3CG3A 1HSJA 1MPBA 1B7ZA 2V3UA 3OD7A 2Y7PA 1OLAA 3KOSA 3Q25A 3E3KA 4ZZEA 1XVYA 2ZNTA 3MPKA 4OHNA 1FW0A 1HSLA 3B6WA 1IXGA 1XC1A 3G3KA 3PD8A 1EH3A 2XHDA 2Z8FA 1S9TA 3QIMA 2I3WA 1CB6A 4JXIA 2DWIA 3PPOA 4G68A 1GR2A 4GXAA 4M1VA 4XTCQ 4IO7A 1B5IA 4I9DA 2ZYMA 4E0WA 3M3KA 2RCBA 1GV8A 4GL0A 3DP6A 1B40A 3MVXA 2RF1A 3VV5A 2V3QA 2QMXA 1B0HA 1IXHA 1USYH 3R6UA 3H6VA 3TCGA 1ANFA 3V83A 1B3LA 3TYHA 4OEVA 5IAIA 3LUYA 2ZMBA 3HN0A 3QUJA 2F7AA 4P0IA 5KDTA 4TLMB 4UACA 2X26A 2F78A 1B9JA 4FECA 2HZLA 1PB9A 3RTFB 3DRJA 2NUVA 3USDA 3CFLA 2GFEA 4GWOA 4U4XA 3FVOA 5B70A 4OETA 5I58B 1Z7ME 3ILTB 2BJJX 4O3AA 4BDMA 3DRFA 4NMYA 3T96B 3V8XB 4H8JA 1IXCA 5ICTA 5ELVA 2O7UA 3KN3A 4THIA 1B6HA 4ZEIA 4NE4A 1M5FA 3S9MC 1GVCA 1M5CA 1XHYA 1TFAA 2ESNA 5H8HB 5TPAA 1MRPA 2V25A 1LSTA 2R6GE 5JTYB 4K3FA 3DELB 3HPIA 1B05A 3LSFB 4RY1A 2Z8EA 1MXYA 5H8FB 3MBPA 4YKJA 3C32A 3U8QA 3PPQA 3FXQA 4POXA 3ODBA 3FZVA 4IO5A 4EDPA 1IEJA 4KHZE 4OMBA 4OVJA 3DRGA 3UA8A 3RYBA 4R9GA 2FYIA 5I2KA 2RKMA 4NF8B 5CM6A 1M5DA 5ITOA 3CHGA 1SI0A 3KJTA 4R74A 2AIXA 2QS4A 3U94A 1YAEA 3VDFA 3MW0A 4YICA 4GRKA 4G8MA 5FTIA 5I2NB 2PX1A 5CMCA 1MQDA 3LSLA 4H65A 3H6WA 3K2DA 3U92A 1SBPA 3N26A 3QK6A 4WEPA 3W9WA 3OOAA 3ZKKA 3DRIA 5ISUA 2UVGA 5AA2B 5CBRA 1NMUA 1GTKA 2REGA 4IGTA 4KYDA 4F3SA 2ZNSA 5FHOA 3SETA 3OO6A 1B52A 4MBPA 2ONRA 4G2ZA 3K4UA 1I6BA 5EYFA 1B2HA 1A8FA 5JEIA 4YB6A 4LP2B 3K1NA 3E4RA 3TTKA 1NH7A 3VLVA 4MLQA 2VGQA 1DPPA 3O28A 3TAJA 4OFLA 3DM0A 2QL3A 3FIRA 3T93B 4WEDA 3OO8A 4LVQA 1TXFA 3UGWA 3ILUB 4JWYA 3K0VA 4G4PA 4F39A 3MP6A 4BDQA 2WKYA 2F7CA 3UN6A 1MXWA 5M2VA 1H45A 2Y84A 2UVIA 3MVYA 2OCUA 4LQ2A 2AL5A 2G93A 3UK4A 2H5YA 5TP9B 4EQ7A 1D9VA 2F36A 3L6GA 1EZPA 2OJTA 1LLSA 1J1NA 4DXBA 1QVSA 4POWA 3KJ7A 3A3CA 5H8HA 5DVIA 2QJEA 4KCCA 1BLFA 3VFJA 4BDOA 1UTHB 4GXSB 3ONMA 4O3BA 2YLNA 3H6UA 3S9LC 4EXLA 1LFHA 5B7DA 5DT6A 2Y7IA 1JW4A 2F8DA 3K00A 4QSDA 1B3GA 2I4BA 2V3TA 4DCXA 1F9BA 3OO9A 2DYXA 2F35A 1N84A 3FUZA 4TQUQ 1N76A 3RT8A 3IB1A 3T9HB 1IXIA 3H6TA 1ZU0A 4GFRA 1B5JA 4EXKA 3T9UA 4RYAA 3KSJA 5H8NB 3PUZE 4AQ4A 4NF5B 2B4LA 4X1BA 1FTJA 4GVOA 3TCFA 4LZ7A 1NH8A 3OSRA 2RC9A 3N6UA 5ITPA 3TTNA 2ALUA 5DEXB 4AB6A 3G3JA 2XXUA 2H4IA 4NF6B 1JEUA 4QFKA 2QMWA 5AA2A 2I58A 4P11A 1P1QA 3IX1A 1I69A 1MXZA 4R72A 3FTOA 2DWAA 1XT8A 2O68A 1Y3NA 4DXCA 5CMBA 4QFOA 2QS3A 4R2BA 4XXUA 4ZEFA 3CR9A 2V93A 2QS2A 2FNCA 4OZ9A 4QF9A 1MY4A 4OFJA 4PP0A 4AB5A 5A5XB 2XXPA 3UORA 4G68C 4HTGA 2F34A 3EF7A 3FV1A 4KD5A 1AH5A 4OQOA 4X1DA 1MS7A 3N94A 3PUWE 3FJ7A 2UXAA 3FVKA 4FE8A 4ECFA 1MQIA 1USYE 4F31B 1D4NA 1OQGA 1PB8A 2PBWA 4IGRA 4HS7A 2E0SA 3MVWA 4MH5A 4ZS9A 2DXRA 4PE5B 4H8IA 2YJPA 3ECRA 1MQGA 3TUSA 3MVZA 3ZKLA 1P1NA 4KYSA 3A09A 4LZ8A 4IO6A 1DMBA 1AOVA 1QUIA 3FJGA 4GL8A 1B7HA 5L9OA 4GOTA 3KN8A 4ELOA 2UYEA 3MP1A 1LAHE 1IITA 2VP1A 1LB9A 1H76A 2O51A 3PD9A 4F2QA 4U22A 3EHUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N17A 3SDFA 2XX8A 1Y4CA 2XXTA 4LZ5A 2XXHA 1PDAA 4NWDA 3TFLA 2I49A 1MG1A 4PAIA 5DVJA 3A29A 1MM6A 1R1NA 4PTKA 4DDDA 1N3WA 4OANA 3SEXA 1HSEA 3MUQA 2ZYNA 2FBPA 1QUJA 1LAGE 2Z23A 1N3XA 3C34A 3I3VA 3E13X 3IK6B 3IO4A 2Q2CA 3PPRA 3GLBA 3KGCA 2H25A 4OERA 4EF1A 3FVGA 1NV3A 3OEKA 5H8NA 3VE1B 3SERA 1FBGA 4QXDA 4NF5A 4U1ZA 2XX9A 1B4HA 3IB2A 4FBPA 5F24A 3T9XB 1ZTYA 1AL3A 4C0RA 3OELA 1IMFA 2Y7WA 3I6VA 3OMBA 4I3EA 2CMOA 4N4UA 3MP8A 2XXVA 3TQLA 3O29A 1MDP1 1QUKA 4YKKA 2THIA 1RDYA 2F3BA 1B1XA 4DI3D 1NKXA 5TU0A 2XD3A 1II5A 1N7WA 4QFLA 1QULA 4GLIA 2D21A 2V84A 4N07A 3VVFA 1EZ9A 1B51A 3VXBA 4IY6A 2KR0A 3IR1A 4I40A 4OFOA 1LBBA 5DYHA 2ANJA 1LBCA 4G8HA 3IORA 3PMVA 5I59B 1UTBA 1URDA 2ZYKA 2B4MA 4KFQA 4KPTA 1UIUA 4H6DA 4X04A 1FBHA 2YPNA 3MJNA 5IZ3A 3RQTA 5I57B 4O3CA 3FD3A 1LBXA 2Q89A 4KYEA 1DOTA 2AYSA 4Q0CA 2P1SA 3GZGA 3CRBA 5EQ9A 3TKDA 2A5TA 1MH4A 4PF6A 3PMWA 4YKPA 4U2RA 4NF4A 4PDDA 3ZS6A 4NAPA 1ZMGA 4JWXA 4Z0IA 3VVEA 3LUZA 1QW0A 4GBVA 5CBSA 1LAFE 4OVSA 3O6PA 1D9QA 1LBVA 4PFWA 5HPQA 2PYYA 3K6VA 2NWJA 2OBGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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