4ZECA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocin 84
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
b'RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule tags Transport protein
total genus 152
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zecA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zecA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zecA02
4LZ7A 2XXRA 3OXNA 2E1SA 5I57B 4ZS9A 4KPTA 1WVJA 2D21A 1VFEA 4LP2B 1JVXA 4ZZEA 1XOCA 3RLFE 2DVCA 5CMCA 2OCUA 2HXWA 4C1UA 1M5CA 4ZEKA 2F7BA 5IKBA 2UVIA 3ODBA 4GLIA 4FAJA 3BFUA 4ESWA 1I6BA 1NNKA 1B1XA 1PBPA 1OLAA 2P0SA 2RCBA 1FCKA 4N6PA 4NF6B 3TELA 1JW5A 4GIZA 3H7MA 3EHSA 1NNFA 1MXZA 3H3GA 1DSNA 1NFTA 2DWJA 2Q88A 4BDMA 4DZ1A 1N0TA 2I3WA 3IR1A 2RCAA 3O66A 4YKPA 3SETA 3OO8A 3R6UA 1IXHA 4G77A 4DCXA 4RPOA 4R9GA 4DXBA 3QIMA 3H6WA 3DELB 2UYEA 3BFTA 4POWA 3DLNA 2B4LA 2R9JA 3LC8A 5M2VA 3VLWA 1B32A 1XT8A 4PFUA 3IOUA 1USYE 3T9UA 1CB6A 4F1YA 3G3JA 5EHSA 3IK6B 3D4CA 2QMWA 4GD5A 4MLQA 2DP8A 3MJNA 4C0RA 4GOTA 1M5BA 2XD2A 3HHGA 2I48A 5HPQA 1M5DA 1URDA 3BBRA 2VOZA 1IZ1A 3PMVA 2PT1A 4PP0A 4NF4A 4QFNA 2Q2AA 3KSJA 2DOJA 1WODA 3EPEA 3VXCA 3TTLA 1LFHA 4ZEDA 3A09A 2NOOA 1H43A 4M1VA 3RNNA 4XIGQ 5H8HA 4F1UA 1N7WA 2Y7KA 5AA2A 3THIA 3B6TA 3TMGA 1JVYA 1FW0A 4PQJA 1Y1ZA 4IO2A 2H98A 2ABHA 3O6HA 3C36A 2ESNA 1FTKA 3I5OA 4K3FA 1A40A 3KJ7A 5A5XB 1B5HA 3TEPA 1TFAA 1A54A 3E13X 5ELVA 3F11A 3B6WA 3GXAA 3PV0E 3OEKA 4R6KA 3IO4A 3G3HA 1N3XA 3W9VA 1BLFA 1SYIA 1N84A 2R6GE 1US4A 1IXIA 4KD5A 5AE4A 5K2XA 1IUDA 4MLVA 1O64A 5CBSA 4EXKA 4LA9A 3S9LC 3N6TA 5H8SA 4KHZE 4ELRA 2HAVA 3FASA 2XX7A 1QUIA 4F31B 4BDQA 1LAFE 4GF8A 4JB7A 1MQIA 5CM6A 2A5SA 3O97A 3N26A 2V3QA 2O1MA 1LB8A 4F39A 4ELPA 4H67A 4OYVA 3UA8A 5I59B 3T9HB 4LATA 3S4UA 1TT1A 3O29A 1IXCA 2HFBA 1P1NA 2Y7RA 1MH3A 1VE4A 2HCAA 5AA3A 1JW1A 3IJXB 1MPBA 3LSLA 4R73A 2V3TA 4QFPA 3CR9A 4YB7A 3FV2A 3SEYA 3DP8A 1OMPA 4P11A 3FXQA 5CMKA 4R75A 2ZYKA 4WXJA 1LGBC 3PPNA 5DTBA 1LCTA 3TCGA 1US5A 3MP1A 4WEDA 5TP9B 1Q1KA 2DQVA 4I9DA 1IITA 4F3PA 2OBGA 2O68A 1M5EA 3CFLA 5L8DA 4M4GA 1SW1A 5AA1A 3Q27A 3MW0A 3KG2A 4Q30B 2V25A 2WOPA 4IO4A 4Q5TA 4XXUA 2F8DA 1MXWA 1B7HA 1SVXB 1FQDA 2P2AA 1PB8A 4L17A 4DXUA 2XXUA 5I56A 3CSGA 4KI0E 4FE8A 1PEBA 4O3AA 3VLUA 1SW4A 4PFWA 4IGTA 2VD2A 3I6VA 3G3FA 5CRYA 3TTKA 1SYHA 4LQ2A 1QW0A 3OSQA 3ZSFA 1SI1A 1LLSA 5CC2A 1P1OA 3U8QA 2Q8JA 3RTFB 1ZU0A 4GWOA 4DIGA 3I3VA 1RKMA 1SD3A 2O7UA 2RF1A 1DMBA 3TTRA 2KLFA 4X48A 3LBSA 3LSXA 4F2OA 3W9WA 4KYSA 1PDAA 3PMXA 3U72A 1JW4A 3W15C 3FVKA 3RT8A 3EHUA 3H06B 4R6YA 3K6XA 3OENA 1LCFA 5I2NA 3R7XA 3SKPA 3DRHA 4F2QA 4ZEIA 4KYEA 1SW2A 4OETA 2QSXA 2QRYA 1B52A 1XHYA 2A5TB 4G8MA 4H0WA 4X9TA 3RUMA 1MXYA 2OWTA 4X1BA 5ITOA 3FTOA 3RTWB 1TFDA 1LBBA 3N94A 3WAEA 5DVJA 3H6VA 3OOAA 2ZMBA 3TCHA 2OJTA 1AH5A 4EUOA 2O1LA 1UTHB 4XTCQ 4F3SA 3H6UA 3KN3A 3IB1A 4MFIA 4R72A 3MAMA 5JEIA 2H9BA 3LSWA 3PAMA 3VXBA 5H8FB 3T96B 3ZKLA 3TCFA 2Q9TA 4PFYA 2OK2A 5FHNA 4H5FA 4X1DA 3C33A 1SBPA 2I0CA 2VHAA 2B3BA 3MPLA 1R6ZA 4XKPA 2GHAA 4PE5B 2QS2A 3H4ZA 2IA4A 4NF8A 3FV1A 4THIA 4G68A 3IB0A 2ONRA 4GXSB 2Y84A 3DRJA 1AIVA 1MS7A 4ELQA 1B9JA 3LR1A 4F22A 4EDPA 1LB9A 3MQ9A 3SEVA 1UTBA 3VE1B 1UIUA 2F6PA 2F35A 4GRKA 1N3WA 3H03A 3K2DA 1I6QA 1FTOA 4RA1A 3C32A 5EYFA 2QS4A 3E9XA 4RNSA 3GZGA 5EHMA 4F1VA 3DRKA 2W7YA 5JK4A 3M3LA 1B51A 5I57A 5AA2D 1TWYA 3CIJA 2V93A 3A3CA 3UK4A 1B3EA 5IAIA 2DYXA 4N13A 3QSLA 3T9VA 1P1WA 4QSEA 1NH7A 3CG3A 2X26A 3FXUA 3RYBA 3SEXA 2ZYOA 1A7LA 2ONKE 3K6UA 4OTEA 4NF6A 3MZ9A 1B3GA 4YB5A 5F7VA 1Y9UA 2QL3A 4YKIA 1B3LA 3CRBA 4C1TA 4QSDA 4F18A 1QJMA 5ICQA 1MQGA 2NVUB 3CVGA 1FQFA 1P99A 2V84A 1DTZA 2Y7WA 3KFMA 3EF7A 3IOTA 4EF2A 1B46A 1OIBA 2DVZA 4JWOA 5JTYB 3PUWE 1FTLA 4ZE9A 3UIFA 1Y4CA 3KOSA 3FUZA 2VP1A 2RKMA 2HQ0A 3ONMA 5TPAB 4RK2A 4IY5A 2XXYA 2QJEA 3IO6A 3T66A 1AOVA 4NWCA 3ZKKA 4F19A 1SDXA 1ZKBA 4BDRA 3B7DA 1Y1MA 1B2HA 4DLDA 1LSTA 5H8QB 1FTJA 3PMWA 3Q29A 4GL0A 1BTJA 1YCJA 4OXVA 1POTA 4EQ7A 4RJZA 2Z8FA 2XXTA 2XX8A 3KZGA 1NNTA 1ELJA 2HZLA 5H8QA 3IB2A 3VVDA 3S9EA 3PGFA 4IY6A 4JSOA 3BKIB 3K1PA 1SI0A 5A5XA 3O6GA 3MP6A 4FATA 4H1XA 2B3FA 2I4CA 4NE4A 4H8JA 1DPEA 1FQCA 3EN3A 3RT6B 2XXXA 4OFJA 1MQDA 4QFOA 4QF9A 4OESA 4GFRA 2HZKA 3IORA 1BIYA 2G29A 2DWAA 3JYRA 2B65A 3PPRA 2DXYA 1QKAA 4HS7A 2REGA 3HPIA 1Z7NE 1QUJA 3MC2A 2V3UA 1ZMGA 4OENA 1MDP1 3O6PA 2HAUA 3T93B 2UXAA 1XS5A 2F7CA 2GFEA 4RYAA 1O7TA 5AA4B 5I59A 2UVGA 4P0IA 1NH8A 1B05A 4OVJA 3L6HA 1B4HA 3A3UA 2PVUA 2F7AA 2DS9A 1DPPA 3C34A 1B5IA 3TQLA 1LFGA 3VDFA 3MBPA 2FNCA 1USYH 5BWJA 4OMBA 2PT2A 5H8NB 4FECA 3TZAA 4NF5B 1JNFA 4O3CA 3CHGA 3OELA 4R74A 3CSBA 5LOMA 1AL3A 5TP9A 3KSXA 3VLVA 5H8NA 1B3FA 1MDQA 4I8CA 5KCJB 2QMXA 3HV1A 1Y3NA 4ELOA 1QULA 1LFIA 1QUKA 1TXFA 4KR5A 2F34A 1S7YA 4OERA 4NWDA 3FVOA 1PBQA 3N5LA 3TFLA 5I84A 4G8NA 3OMBA 1JETA 2NWJA 2I4BA 1MXXA 3SDFA 1ZLQA 1EU8A 2FA7A 1B7UA 3S9MC 2RC9A 4ONYA 1A55A 2PBWA 4OZ9A 3C4MA 1QVSA 1Q35A 2XXQA 5ISUA 2QS3A 2I0BA 4QFLA 1HSEA 4IO3A 4H6DA 4N07A 4GVOA 4XKQA 3U1OA 4H5GA 3C31A 3T22A 3RGYA 1B1HA 1UIVA 3OO6A 1PB9A 3VFJA 2H5YA 1NMUA 1S9TA 4UA8A 2XXHA 2B4MA 3IL1B 5ICTA 1B40A 3TTMA 2DXRA 4RY1A 1L5TA 2YJPA 3L6GA 1POY1 3G7WA 3HCQA 5KDTB 4OEVA 1Y3QA 2WOLA 1MQHA 5KZTA 3V83A 2ZXTA 4HCYA 3C9HA 1MM6A 2F78A 2XX9A 1DOTA 2F97A 1II5A 2ZYMA 3ECRA 3VVFA 4OFOA 1N7XA 4OEUA 2RC7A 3RY3A 3OSRA 4QFKA 1N04A 1XVYA 3MVYA 3U93A 3G3GA 3HHFA 2QS1A 4HCWA 4OWDA 4E0WA 4EF1A 4NEDA 2XD3A 4GL8A 1H44A 2A5TA 2DWIA 3RQTA 2GRVA 5DYHA 3QUJA 4YAHX 2G93A 4R2BA 4LONB 1MY0A 2ANJA 4BDLA 1JEVA 2XXWA 3PUYE 3EHTA 2R71A 3MZBA 3SEWA 1UTHA 1MG1A 2DSFA 3FVGA 3SEUA 3HSTA 1UQWA 1URSA 2IEEA 1FTMA 3H6TA 5H8FA 3KJTA 3MZ1A 5BUUA 1D3KA 3IOVA 3UORA 3PD8A 1LAHE 1T0KA 3R26A 4MF3A 1D4NA 3IJOB 5I58B 5K2YA 3HN0A 4HW8A 3CG1A 1EZPA 1B0LA 3WAFA 3VV5A 4U1OA 1GVCA 1OQHA 1MXUA 5I2KB 1MM7A 3FVNA 2CMOA 3KEIA 4EQ9A 3U92A 4IO6A 4AB6A 5CI5A 1LAXA 3K02A 2X7PA 5I58A 2RC8A 5DEXB 3VVEA 1I6AA 2Z22A 3DRGA 3QK6A 4XKRA 2NUVA 1N76A 5I2KA 1RYXA 1PB7A 1MY2A 2Q89A 2THIA 5CBRA 1MH4A 3PPQA 4JWYA 3SERA 4FORA 3KN8A 1GR2A 4BLAA 4ZECA 5DEXA 4ECFA 1A99A 2PYYA 3OEMA 5FTIA 3FZVA 4LQ5A 1GV8A 1JQFA 2I6EA 1VSOA 4RXLA 4FEDA 2DE3A 3UN6A 1HSJA 1LAGE 2DE2A 1DTGA 4F29A 3M8UA 2ZNTA 3O6IA 5B70A 3FIRA 2DWHA 4EQBA 4JBZA 5FHOA 1CE2A 2Q2CA 3FD3A 4ZE8A 3Q26A 1Y4TA 1HSLA 1MRPA 3ZS6A 2O7IA 3V8XB 2H99A 2O51A 1EH3A 3HO7A 4KYDA 3JV9A 3M3KA 3QYTA 2XXVA 4OHNA 5CMBA 3TDJA 1KWHA 4KQPA 3PUZE 3U94A 3IAZA 4IB2A 4U2RA 3MVXA 4KFQA 4BDOA 4U4XA 2P1SA 4I1DA 2ONSA 4YZZA 4QHQA 4NF4B 3PPPA 1A8EA 3E4RA 4ZEBA 2LAOA 2I58A 5L9SA 2O84X 3DM0A 2WOKA 3G3IA 5JTYA 3ILUB 5H8HB 1YTVA 2AL4A 3KOTA 2UVHA 3V89B 4Q8RA 5AA2B 4ZEFA 1GGGA 3QAXA 3K01A 2UVJA 4IO7A 3FJGA 4YMAA 1ATGA 2Z23A 3G3KA 2WKYA 5TPAA 2OWSA 1OVBA 1NL5A 3TTNA 3LUYA 2D3IA 2YPNA 4YICA 2Z8DA 4FEBA 4F3BA 4R6HA 3TODA 2E0SA 4YKKA 3O28A 1MXVA 4RK9A 3GBAA 1XC1A 4JSDA 4YB6A 3N6UA 3OO9A 3FJMA 3DP4A 2H4IA 3OD7A 3E3KA 1GTKA 1ZTYA 4RPNA 4YU0A 1IQ7A 1SQYA 4WEPA 2XHDA 4KCDA 1IIWA 4Z7EA 2DE4A 1OVTA 3DRIA 1SW5A 3FJ7A 2OZZA 3CFXA 3Q28A 2VD3A 3CI8A 3PD9A 5CMMA 3RYAA 1XVXA 3PUVE 4DXCA 4QRZA 3MVWA 1VFDA 4TOZA 4ND9A 4YKJA 4DCYA 5F1QA 3IOWA 4U22A 5ITPA 2ZNUA 4H8IA 1PC3A 1YPNA 2PX1A 2I49A 4POXA 1EZOA 4MH5A 4JWXA 1H3DA 4R9FA 2F6GA 1MY4A 3FGSA 5L9MA 3JZJA 2GHBA 4U21A 3P7IA 1H76A 3M3FA 3T9XB 5L9OA 1B0HA 1ZIUA 2VGQA 1RYOA 1FQAA 1LBCA 4JDFA 3K4UA 4ISUA 5AA4A 3TKDA 4U23A 1MY1A 4FIMA 4DE8A 2GH9A 1J1NA 5FHMA 2XXIA 3Q25A 1Z7ME 4G8HA 3IX1A 3K00A 3B6QA 3O2AA 3ILTB 1Y3PA 3V5AA 2PMSA 1F9BA 3KBRA 1VR5A 2Y7IA 3K0VA 3FXRA 4NF5A 4IGRA 2OLBA 4MBPA 3MWBA 1M5FA 4ESXA 1D9VA 5I56B 1IXGA 1MPCA 4GQOA 3TQWA 1B58A 3K6VA 1B4ZA 4KCCA 3D4GA 1MPDA 1BKAA 2XXPA 5KCJA 4AB5A 3DP6A 5DVIA 3QXMA 4TLMB 3K1MA 1R9QA 1D9YA 1O63A 3PUXE 1QKBA 2O69A 4LZ8A 3PU5A 4I62A 4E0XA 2UYFA 2X7QA 4TLLB 3MPKA 4QSCA 3LVUA 4WKMA 5FTHA 2F5XA 2REJA 2AL5A 1B3HA 4Z0IA 1FQEA 4G2ZA 3KN7A 5DVFA 2AYSA 2ZNSA 3K1NA 1B6HA 2YLNA 5HM4B 3MP8A 1B5JA 1EZ9A 4IO5A 2F36A 3S9NC 3UGWA 4H65A 4NMYA 1ZJLA 3DRFA 2HEUA 3GLBA 3FATA 4GXAA 5I2NB 4Q0CA 1P1QA 4PETA 3RN8A 3MUQA 2D5WA 1BP5A 1MQJA 4FJPA 4O3BA 4LVQA 2CZLA 3QUFA 4P0GA 4AQ4A 4HTGA 2FYIA 4R2FA 4U1ZA 3TYHA 3GBBA 5KDTA 1OQGA 1FQBA 4EXLA 2BJJX 3EQ1A 1B7ZA 3TAJA 1IEJA 1R1NA 1R9LA 1NKXA 3K6WA 1JEUA 4UACA 4F3GA 1AMFA 2ZYNA 3UP9A 4DDDA 2QPQA 3MVZA 4LZ5A 4PFTA 3TPAA 4U4SA 1ZBMA 3O9PA 3C35A 3KGCA 3SESA 5HBCA 5TU0A 3S2VA 3USDA 1P1UA 2M8CA 3RPWA 4ZZAA 1MY3A 1OLCA 1WDNA 3OO7A 2H25A 5B7DA 3TUSA 4BDNA 3LSFB 2RINA 2Y7PA 4NF8B 1NNPA 4LUBA 2ALUA 4G68B 4TQUQ 3AXFA 1Y20A 5DT6A 1H45A 1ANFA 1URGA 2O6AA 4G4PA 4JXIA 1UTBB 4G68C 2AIXA 4OQOA 4YMBA 1S50A 4XKNA 1A8FA 1I69A 4NTLA 2NXOA 1YAEA 2I3VA 5J1DA 2Z8EA 4OFLA 3PPOA 4ZDMA 3CFZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LZ7A 2XXRA 3OXNA 2E1SA 5I57B 4ZS9A 4KPTA 1WVJA 1FBCA 2D21A 1VFEA 4LP2B 1JVXA 4ZZEA 1XOCA 4PFRA 3RLFE 2DVCA 5CMCA 2OCUA 2HXWA 4C1UA 1M5CA 4ZEKA 2F7BA 4QXDA 5IKBA 2UVIA 3ODBA 4GLIA 4FAJA 4PF6A 3BFUA 4ESWA 1I6BA 1NNKA 4O7IA 1B1XA 1PBPA 1EYKA 1OLAA 2P0SA 2RCBA 1FBPA 1FCKA 4N6PA 1FBGA 4NF6B 1JW5A 4GIZA 3TELA 4P1LA 3H7MA 3EHSA 1NNFA 1MXZA 3H3GA 1DSNA 4OVPA 5A5LA 1NFTA 2DWJA 2Q88A 4HE2A 4BDMA 4DZ1A 1YYZA 1N0TA 2I3WA 2OX3A 3IR1A 2RCAA 3O66A 4YKPA 2PFYA 3OO8A 3SETA 3R6UA 1IXHA 4G77A 4DCXA 4RPOA 4R9GA 4DXBA 3QIMA 3H6WA 3DELB 2UYEA 3BFTA 4POWA 3DLNA 2B4LA 2R9JA 3LC8A 5M2VA 3VLWA 1B32A 1XT8A 4PFUA 3IOUA 1USYE 3T9UA 1CB6A 4F1YA 2XWKA 4UABA 4GX6A 2WYPA 3G3JA 5ET5A 5EHSA 3IK6B 3BIHA 3D4CA 2QMWA 4GD5A 4MLQA 2DP8A 3MJNA 5EQ9A 4C0RA 4GOTA 1M5BA 2XD2A 3HHGA 2I48A 5HPQA 1M5DA 1URDA 2FIXA 3BBRA 2VOZA 1IZ1A 3PMVA 2PT1A 4OVTA 4PP0A 4NF4A 4QFNA 2Q2AA 3KSJA 2DOJA 1WODA 3EPEA 2CEYA 3VXCA 2XXKA 3TTLA 1LFHA 4X04A 4ZEDA 3A09A 2NOOA 1H43A 4M1VA 3RNNA 4XIGQ 5H8HA 4F1UA 1N7WA 2Y7KA 3E79A 5AA2A 3THIA 3B6TA 3TMGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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