4ZECA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocin 84
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
total genus 152
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zecA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zecA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zecA02
1LAHE 4RK2A 3QIMA 2UVIA 1SYHA 2HCAA 1URSA 2DOJA 3HV1A 4OFJA 3PPQA 4LP2B 4NEDA 3KG2A 1XOCA 3ILUB 4FEBA 4ECFA 1RKMA 4G68A 4R9FA 3TTLA 4YMAA 3ZS6A 1FTJA 2AYSA 1FTOA 2F34A 3JV9A 3TYHA 4R6YA 3KGCA 3H7MA 2P0SA 1XVXA 1GTKA 2HXWA 4ELPA 3R6UA 2DWJA 5TP9A 1N7XA 2O84X 3MC2A 1HSLA 1J1NA 1DMBA 4BDQA 1LBCA 3G3GA 3I3VA 2D21A 2O51A 4M1VA 3Q26A 3OO7A 2VP1A 3GZGA 4UA8A 4ZDMA 4X9TA 4MFIA 1FTMA 2F35A 5CMKA 1IQ7A 5EHSA 3VFJA 1MQGA 1VR5A 1MPCA 3I5OA 1USYH 4R9GA 4U2RA 2OLBA 3K1MA 3UORA 5J1DA 2B3FA 4ZEDA 4IO7A 3K1NA 3KOTA 1LBBA 4F3PA 2YLNA 5HBCA 1TXFA 2PT1A 2Y7IA 3D4GA 3H6UA 2OZZA 1MXUA 1N0TA 3ZKKA 5CM6A 1B3FA 1VFDA 5B70A 5JTYB 3ZKLA 5I59A 3TAJA 1WDNA 4MH5A 1KWHA 3MBPA 1QULA 4PP0A 4YKIA 3F11A 4N6PA 2QJEA 1AOVA 2DE3A 2H9BA 3I6VA 4NWCA 2RC7A 3OEKA 5JTYA 3MVZA 1ZJLA 1MPDA 3G3JA 3SESA 4FATA 2X7PA 4NF8B 3RQTA 2ZYKA 1IXIA 4DCYA 1QUIA 1D4NA 4DXBA 3A3UA 3OSRA 2DP8A 1QJMA 4FE8A 1B5IA 2QPQA 2FYIA 2Z8DA 3S9LC 3CI8A 1AMFA 1FQEA 3E3KA 1OVTA 2PBWA 2QRYA 3CR9A 1POY1 3PUZE 4GXAA 3RPWA 3SDFA 3Q28A 3IB2A 4KI0E 3MW0A 4ELQA 3IOTA 3TFLA 2CZLA 4OEUA 1OLCA 5CBSA 3FXRA 1B4HA 1P1WA 2I4BA 3RTFB 3LUYA 5KCJA 1SYIA 4LQ5A 1B52A 2O1LA 3C31A 4ELRA 5FHMA 5HPQA 4GRKA 3SEVA 5ISUA 4ELOA 1I6QA 1BTJA 4F2OA 4RPNA 3TELA 5K2YA 4C1UA 2ZNUA 3K00A 3O9PA 3OENA 3QSLA 3JZJA 4LZ5A 1B7ZA 4BLAA 2F5XA 1OVBA 2X7QA 3GLBA 1XHYA 4HCYA 4YZZA 5CI5A 5L9MA 1B05A 1PEBA 5H8QA 2I3VA 3QK6A 2DQVA 3VXBA 3M3FA 4IO6A 3SKPA 4E0XA 2AL5A 3TODA 1QKAA 1P99A 4RXLA 4XTCQ 2ZXTA 3PMXA 2DYXA 1YCJA 3IOWA 3K6VA 4P11A 4WKMA 5DVFA 5FHOA 3TDJA 4POXA 1SBPA 4IO3A 4IY6A 2ALUA 3KJTA 5L8DA 3N5LA 3FXQA 4N13A 1MY2A 3K4UA 1FQAA 3EN3A 5K2XA 3O97A 4U4XA 5TU0A 1Y3QA 4NWDA 3RNNA 2UXAA 2DE2A 3E13X 4U23A 3VLUA 2QS1A 4G8MA 1B4ZA 3FTOA 4ZEKA 3VVDA 5I58B 2Z23A 4KFQA 5AA4B 3TCFA 1IITA 1SW4A 4ZECA 2QS4A 4DXUA 3S9EA 2QS3A 1DTZA 2G29A 3H3GA 1ANFA 4I62A 3DRKA 3DRFA 1URGA 1IZ1A 3EF7A 1NNPA 4U22A 3RN8A 3R7XA 5BUUA 4EXLA 2XXIA 3LSLA 1BP5A 3QYTA 4JDFA 1P1QA 4QHQA 3O66A 4U21A 3UP9A 1POTA 3S9NC 3CG3A 4YKJA 3DRGA 5HM4B 1Z7ME 1MY4A 3TCGA 4ISUA 1QUKA 3T9UA 2A5SA 3Q25A 5DVIA 1M5BA 3CVGA 3UN6A 4F29A 3CSBA 1SI1A 1SDXA 4OEVA 4MLVA 1B1HA 4OETA 3IB1A 1WODA 3H6TA 1GGGA 1UTHB 5H8HB 1I6BA 2ESNA 3C33A 1P1OA 1WVJA 4GD5A 1RYOA 1MQIA 3OSQA 3MVYA 1A7LA 2Y7WA 3ILTB 4YICA 1D9YA 1ZBMA 1MS7A 5DT6A 1PB7A 3U72A 1URDA 5CBRA 2XHDA 1II5A 2I6EA 3T22A 2F8DA 2NWJA 3WAEA 2UVHA 1B0HA 2Z22A 2Q2AA 3BKIB 2ZNTA 4XIGQ 4L17A 3KZGA 4KYDA 5H8HA 3VDFA 2ZMBA 2Q9TA 4QSDA 4ESWA 3H6WA 4DE8A 3TPAA 1EZPA 4BDOA 2RF1A 1QVSA 3Q29A 4NF5B 1B7UA 1F9BA 5LOMA 1MY1A 1NNTA 3T93B 3FD3A 4F39A 4X1DA 1Y20A 1DPPA 3IJOB 3MJNA 2WKYA 3RT6B 1B3GA 5CC2A 4YU0A 2GRVA 4U4SA 1VSOA 1HSJA 2OK2A 3PUVE 4QSEA 4RJZA 1N04A 3IK6B 4DIGA 4ZE8A 3V83A 3IL1B 2RKMA 4R2FA 3H4ZA 1XT8A 4ZZAA 4EF1A 4F2QA 1M5DA 4R74A 1L5TA 3E9XA 3FUZA 1TT1A 3FZVA 4R6KA 2HAVA 1Z7NE 2VHAA 2Q8JA 4R73A 4F19A 4C1TA 2I0BA 3U1OA 3FV1A 1MXZA 2Q88A 1JEVA 4DXCA 4PFYA 4IB2A 1O7TA 3LSXA 5KDTB 4MLQA 2H99A 2NOOA 5JK4A 2F97A 4DZ1A 2ANJA 1JQFA 3K6XA 1N84A 5TP9B 3PAMA 2I48A 5B7DA 1JEUA 4FAJA 3MWBA 3N6UA 1TWYA 2F36A 4KYSA 2QSXA 1S50A 5TPAA 3G3KA 4MF3A 4TLLB 4YB7A 1MY0A 4F3BA 1SW5A 4IGTA 3IOVA 5AA2D 4F1UA 3FJMA 4H5FA 2HFBA 1GV8A 4YKKA 1ZKBA 3MP8A 4I8CA 1BLFA 1IXCA 1LCFA 1DTGA 1DSNA 3R26A 3T9XB 3B6TA 4OXVA 1DPEA 4U1ZA 4AB5A 3IO6A 1SVXB 2XXUA 4QFKA 2UVGA 4G4PA 5DEXB 2HZLA 4KCDA 4C0RA 3H03A 5CMMA 5A5XB 5H8FA 1FW0A 1B3LA 5H8QB 4GXSB 2H5YA 2DVZA 1NH7A 2D5WA 2DWAA 3SERA 2P1SA 5DYHA 1M5FA 3O6IA 3LSFB 4P0IA 2RCAA 4RK9A 3UA8A 4E0WA 3RUMA 4HW8A 1HSEA 1NNFA 1JW5A 1Y1MA 3PMWA 1LAFE 2G93A 3EHUA 4TLMB 4KR5A 3C34A 3G7WA 2RC8A 3K01A 3OD7A 4EXKA 1MM6A 3QUJA 4KHZE 1FQFA 1VE4A 3CG1A 1BKAA 4UACA 1LLSA 1P1NA 1PBPA 3IR1A 3N94A 4IO4A 1JETA 3TMGA 4QF9A 5FTHA 4RA1A 4AQ4A 3U8QA 5AA4A 3USDA 4F1YA 4XKRA 4OFLA 1Y4CA 3DELB 3PUWE 3H06B 4GL0A 4GLIA 3CHGA 4QFPA 2Y7PA 3KSXA 1H45A 4NF5A 1LAGE 1UTHA 3HSTA 3O6PA 1D3KA 2NXOA 2XXVA 4KD5A 4JXIA 3LR1A 4NF4B 5H8SA 3RGYA 4KYEA 1N7WA 4R6HA 2THIA 3N26A 5KDTA 1QKBA 1BIYA 4H6DA 4NF6A 1B51A 1PB8A 4N07A 3K6WA 5AA2B 3FASA 1A55A 2FNCA 4Q8RA 1I69A 1LB8A 2B4MA 3MUQA 2AL4A 2HQ0A 5I56B 1H76A 3TUSA 3ECRA 3K6UA 3OELA 1NNKA 4PFWA 3VV5A 3WAFA 3HN0A 1OQGA 2CMOA 4Z7EA 1Y9UA 4IO2A 1JVXA 1JNFA 4PFUA 3SETA 3BFTA 3EQ1A 3VE1B 5IKBA 1NFTA 2E1SA 5KZTA 5EYFA 4HCWA 1EZOA 1MXXA 3PUXE 4Q0CA 5I56A 3GBBA 2VD3A 4M4GA 2A5TA 4WEDA 3W9VA 1YTVA 1RYXA 4H8IA 3T9HB 1PB9A 4R2BA 1NH8A 1Y3NA 3OO8A 1CE2A 2F7AA 1B3HA 2ZNSA 3LC8A 4LVQA 5KCJB 2H25A 3UIFA 3K1PA 3MQ9A 4G68C 1MH3A 1OMPA 3MZ9A 1ZMGA 3MVWA 3DP4A 1ZLQA 1AL3A 3HPIA 3K2DA 5TPAB 2UYEA 4OMBA 3DRJA 1SI0A 2V93A 4GL8A 1ZU0A 1UTBA 1XS5A 4Q5TA 1H3DA 3RYBA 2DS9A 2PT2A 3IAZA 4LONB 1OLAA 3S9MC 1LCTA 5ICQA 1MQJA 1LFHA 1FQBA 3PPNA 4OFOA 2XXHA 2UYFA 4G68B 3TCHA 1JW4A 4WEPA 5L9OA 1R1NA 1CB6A 3K0VA 1MG1A 1ATGA 4YKPA 3K02A 1PC3A 4G8HA 4ZZEA 2BJJX 2D3IA 2IA4A 2WOLA 3SEUA 5I57A 5JEIA 1USYE 3SEYA 2OBGA 4HTGA 3T9VA 2ONRA 3B7DA 4RYAA 1IXGA 3C35A 3FGSA 2B65A 3C9HA 3H6VA 4LUBA 4PE5B 1PBQA 1GVCA 3OO9A 1B32A 4POWA 1EH3A 4JB7A 2GH9A 3CSGA 3UK4A 3E4RA 3FVKA 2DE4A 4OENA 2WOKA 3V8XB 5L9SA 3L6HA 5I2KB 4P0GA 1A8FA 2DWHA 1H44A 4ONYA 2REGA 3FVNA 3DP6A 2O68A 3QUFA 3FIRA 5H8NA 3O6HA 3S4UA 3M8UA 2ONSA 2XD3A 1LFGA 1MY3A 3C4MA 3IORA 2I0CA 3TTNA 4NF8A 3PPOA 4GWOA 4H1XA 4IY5A 3TKDA 3EHTA 3O6GA 4YMBA 1LB9A 4GQOA 3HO7A 4H65A 3MZBA 1N3WA 1UIUA 3MP1A 4PFTA 1LFIA 2GHAA 4GF8A 4OVJA 3U94A 4OYVA 4F1VA 4OHNA 2LAOA 2I49A 5I58A 1IIWA 3O28A 2O6AA 5ITOA 2PYYA 3ODBA 4OWDA 2O7IA 1IEJA 1US4A 3KFMA 2PMSA 4IO5A 4MBPA 4Z0IA 2R71A 1A40A 3PD9A 3GXAA 4JBZA 3VVFA 4OQOA 4O3BA 3ONMA 1I6AA 1O63A 1N3XA 4OERA 1Y3PA 2XXWA 4KCCA 5EHMA 4PQJA 3VVEA 2ONKE 5H8NB 3OOAA 4X1BA 4RNSA 2YPNA 4H67A 2I58A 2AIXA 1SD3A 3JYRA 2OJTA 1B46A 4OZ9A 2OWSA 3G3HA 1MM7A 1SW2A 4KQPA 3RY3A 1LSTA 2F7CA 2Q89A 1JVYA 3EHSA 1A8EA 1VFEA 3QXMA 4QFNA 4FECA 1B58A 4OTEA 4BDRA 2XX9A 4XKQA 2VGQA 5I2NA 2NUVA 2Y7RA 4FIMA 4NTLA 1UIVA 2V25A 3D4CA 3PPRA 3S2VA 1AIVA 1ZTYA 1US5A 2W7YA 2NVUB 1B5JA 2DXRA 1LAXA 5I57B 5ICTA 3FATA 2E0SA 2XXPA 2Z8FA 3DLNA 3M3LA 1B5HA 3MPLA 4F22A 2Q2CA 4DDDA 4ZE9A 2IEEA 4IGRA 4NF4A 4TOZA 4RPOA 2ABHA 4R72A 1A54A 5CMCA 3PU5A 3G3IA 1EZ9A 2UVJA 3KEIA 1B9JA 2GHBA 3A3CA 4H0WA 3HHFA 3BBRA 2F78A 3TQWA 2XXTA 3DRHA 1OIBA 3L6GA 2I3WA 3OO6A 1QUJA 3PUYE 3N6TA 3OXNA 3TQLA 3IX1A 1Q35A 4KPTA 1NL5A 1PDAA 2RCBA 5FTIA 2XXYA 4F18A 3AXFA 4O3CA 1MQHA 3A09A 3PGFA 2XX8A 4H8JA 5FHNA 1ZIUA 2WOPA 1FTKA 2P2AA 1B1XA 2HZKA 5AA1A 3RTWB 2ZYOA 4XXUA 1MPBA 3KSJA 5ELVA 3KN8A 1FCKA 2FA7A 2VOZA 4BDNA 1DOTA 3MPKA 3CFZA 3MAMA 3DP8A 5CMBA 3PV0E 1A99A 1XC1A 1Y4TA 1B0LA 3ZSFA 3IJXB 1B7HA 4EQBA 1TFAA 3TTMA 2V3TA 3P7IA 5I84A 3KJ7A 1GR2A 2XXXA 3KN7A 1MDP1 4QSCA 3LSWA 3CFXA 1YAEA 3DM0A 3FVOA 2R6GE 2XX7A 3BFUA 2RINA 2HEUA 3LBSA 4R75A 3QAXA 3SEWA 4NF6B 5M2VA 2O7UA 3VLWA 1TFDA 1R9QA 1AH5A 1XVYA 2RC9A 3HHGA 1JW1A 1SQYA 2DWIA 1FTLA 3B6QA 3U93A 1ELJA 2VD2A 4NMYA 4GOTA 3W15C 5DVJA 2PVUA 3IB0A 3G3FA 3CRBA 4ZEIA 3KBRA 3FV2A 4GFRA 2OWTA 1R9LA 1LGBC 2XD2A 3FXUA 3TTKA 5I2NB 2Y7KA 3KN3A 2Z8EA 4JWYA 1MH4A 4WXJA 4JWXA 3V89B 4BDLA 4G2ZA 1O64A 1SW1A 3CIJA 3EPEA 2HAUA 1IXHA 3RLFE 4AB6A 1B3EA 2ZYNA 4QFLA 4NE4A 1R6ZA 1B6HA 2I4CA 3RYAA 1T0KA 2Y84A 4DLDA 4EF2A 2R9JA 4TQUQ 4F3SA 2H4IA 5ITPA 2B3BA 4LZ7A 2F7BA 4QFOA 3CFLA 4EUOA 3THIA 1MDQA 4I1DA 5AA3A 3PMVA 2PX1A 5H8FB 4LQ2A 4YAHX 5AE4A 3TEPA 3M3KA 5DEXA 2QL3A 4BDMA 3C36A 4G8NA 4EQ9A 1H43A 2X26A 1IUDA 4I9DA 1FQCA 1MXYA 1S7YA 3PPPA 4F3GA 5BWJA 3FJ7A 4JWOA 1EU8A 3OMBA 3VXCA 4ZS9A 4OESA 1B2HA 2KLFA 3SEXA 4G77A 2YJPA 1P1UA 4GIZA 1MXWA 4GVOA 5F1QA 1MXVA 1M5CA 5IAIA 1Y1ZA 3OEMA 1N76A 2M8CA 5DTBA 3T96B 4LATA 2DSFA 2B4LA 3MVXA 4YB5A 5F7VA 5AA2A 3MP6A 4RY1A 1MRPA 1M5EA 1S9TA 1UTBB 2A5TB 2REJA 3U92A 3V5AA 3TZAA 1OQHA 2DXYA 1FQDA 4ESXA 3O29A 4Q30B 4EQ7A 1NKXA 3MZ1A 5I2KA 2QMXA 3PD8A 3FJGA 4ZEFA 2QMWA 5I59B 3TTRA 3HCQA 1YPNA 4FJPA 1D9VA 4HS7A 2H98A 4THIA 3FVGA 4XKNA 3T66A 2F6GA 3W9WA 5A5XA 3IOUA 4EDPA 2ZYMA 4JSOA 3C32A 3UGWA 3RT8A 4DCXA 2DVCA 4X48A 4U1OA 4ZEBA 4JSDA 4ND9A 2QS2A 2OCUA 3B6WA 4QRZA 1QW0A 1NMUA 2V3QA 4O3AA 4FEDA 3VLVA 3Q27A 4XKPA 3DRIA 2V84A 3O2AA 3LVUA 1UQWA 1MQDA 1Q1KA 2O1MA 2F6PA 2O69A 2V3UA 2XXRA 3IO4A 3KOSA 4FORA 4K3FA 4PETA 3GBAA 5CRYA 1B40A 4LA9A 4H5GA 4YB6A 4LZ8A 4F31B 2GFEA 2XXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LAHE 3QIMA 3HV1A 4GWZA 1URSA 4FEBA 1RKMA 3KC1A 3LUZA 2DWJA 5TP9A 1HSLA 4BDQA 2D21A 2O51A 4UA8A 4X9TA 3VFJA 2B3FA 3K1NA 1LBBA 4F3PA 3ZKKA 1MXUA 1B3FA 5B70A 4MH5A 1KWHA 3F11A 4NWCA 3OEKA 1NV7A 1D4NA 3E78A 2HXRA 4FE8A 2QPQA 3CI8A 1AMFA 1FQEA 2PBWA 3CR9A 1POY1 3IB2A 1AWBA 3MW0A 3MSTA 4OEUA 1P1WA 5J16A 1B52A 4GRKA 3B50A 1BTJA 4RPNA 4C1UA 3O9PA 3QSLA 5AA2A 3JZJA 3ROJA 1B7ZA 3GLBA 1B05A 4NX1A 1NUWA 1P99A 4P11A 4NAPA 3IOWA 3TDJA 3K6VA 5FHOA 4IO3A 4IY6A 4DI3D 2ALUA 3KJTA 3FXQA 4N13A 4PAIA 1FJ9A 2DE2A 3E13X 2QS1A 3S9EA 4ZECA 2G29A 3PTYA 1URGA 5BUUA 1IZ1A 3LSLA 3QYTA 1P1QA 4U21A 3S9NC 5HM4B 3TCGA 4ISUA 1QUKA 4XF5A 3CVGA 4PTKA 4F29A 3CSBA 4OEVA 5H8HB 4GD5A 1WVJA 1RYOA 3TFLA 2I6EA 5H8HA 2ZNTA 1IMAA 4N8YA 2RF1A 1F9BA 4F39A 1DPPA 3RT6B 4U4SA 1VSOA 1HSJA 2OK2A 3IK6B 3IL1B 1XT8A 4ZZAA 1M5DA 4R74A 3E9XA 1TT1A 2Q8JA 2ZZVA 4C1TA 4IB2A 5JK4A 2F97A 2ANJA 3K6XA 5TP9B 3PAMA 2BJIA 2QSXA 4MF3A 4TLLB 4YB7A 1SW5A 1NV1A 1GV8A 5IZ1A 3T9XB 4OXVA 4QFKA 2UVGA 4KCDA 3A29A 3H03A 4P56A 4RK9A 1NNFA 3C34A 5T3JA 4UACA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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