1PB7A

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with glycine at 1.35 angstroms resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
289
structure length
281
Chain Sequence
TRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Mechanisms of activation, inhibition and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding core
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-methyl-D-aspartate Receptor Subunit 1
total genus 78
structure length 281
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb7A02
1B3FA 1N04A 2PBWA 2I0BA 2PT2A 1NNTA 3E3KA 2Y7WA 4KR5A 1SYHA 3CSGA 4KHZE 3RNNA 5LOMA 5I57B 2QPQA 4R73A 3U92A 2DXRA 1B3LA 1H76A 3PUXE 3RGYA 1FTMA 1H44A 4GVOA 4YKIA 3HN0A 3CG3A 1EZOA 4XXUA 1EZ9A 4AB6A 1N76A 3GBBA 4BDQA 1IIWA 4ELPA 1MQIA 1II5A 3KOTA 3H3GA 4QFNA 1JW1A 3KGCA 1LAHE 4JWYA 1A40A 5JTYB 2KLFA 4JB7A 3JZJA 1AOVA 1A8EA 3KOSA 1Z7NE 3I3VA 4IO6A 2RC7A 5HPQA 4M4GA 4AB5A 1ZJLA 5KCJB 1ZKBA 1OLAA 3PPNA 1FQDA 4AQ4A 3LSWA 1B4HA 3FATA 3CIJA 2P1SA 3T9XB 2GHBA 1Y3QA 4JBZA 4G8NA 3IO4A 1JEUA 2X7PA 4PP0A 4F1UA 5CMKA 4XKQA 4HTGA 2G29A 4JSDA 1D3KA 3FJ7A 2DWIA 5H8NA 2F97A 3EHSA 3PMWA 1LBBA 1R6ZA 4FATA 3FV2A 4HS7A 4QFPA 4LUBA 3CSBA 3TTRA 5AA4B 5I2KB 4NTLA 1OMPA 4DCXA 1LFIA 3O6IA 1B5HA 1B52A 1US4A 1VFEA 1PBQA 3LSLA 5M2VA 3M3LA 4IO4A 2THIA 4OEVA 4F3GA 3TYHA 4GLIA 3VLUA 4DXBA 3K00A 1B51A 3EF7A 1ZMGA 2D21A 4F31B 2F8DA 1MY1A 1SW2A 4F3SA 1UTBB 1P1UA 3KSXA 2I3WA 3FD3A 1JNFA 1UTHB 3VVDA 5H8HA 1O7TA 4HCWA 1LFHA 3PUWE 3LSXA 3UP9A 3OO8A 3CI8A 3ECRA 1VR5A 1SYIA 2PVUA 3TTMA 3T66A 4POWA 3KN7A 5B70A 5KDTB 3RUMA 5DYHA 2R9JA 1MY0A 2GFEA 3SEUA 3TMGA 4N13A 4WEPA 1SVXB 3N5LA 4FE8A 3BFTA 3TPAA 1PB8A 3T9UA 3T22A 3PPQA 3THIA 4KI0E 5FHNA 2UYFA 4JSOA 1SW5A 1MM6A 4MH5A 1RYOA 4KPTA 3DELB 3KZGA 3FJMA 2P0SA 3K1NA 1R9LA 4G2ZA 4ND9A 4G68B 4GL8A 3DP4A 4I9DA 4UA8A 1J1NA 3K02A 4YMBA 3TCHA 5TP9B 2I6EA 5DEXA 2AL4A 1Y9UA 3PU5A 4LP2B 2OBGA 3TTKA 4RJZA 1Q35A 3TDJA 3FJGA 2OWTA 3PMXA 1Y3NA 4NF8A 2I4CA 1F9BA 2DVCA 1A55A 2H9BA 4QF9A 5I56B 3FVGA 2V3QA 4ESXA 1GR2A 3HCQA 4EQBA 3HHFA 2E1SA 2XX7A 4H0WA 1AIVA 2Z8DA 4JWXA 3TZAA 1SQYA 3V89B 1IXIA 2RCBA 1JEVA 3PPRA 4PETA 4R74A 1FTKA 1S50A 3B7DA 3B6WA 4GD5A 1ATGA 1URSA 3OO7A 2A5TB 1ZIUA 1MG1A 4EF1A 4NF4A 3PMVA 4E0WA 3H6TA 1FQCA 3D4GA 3TAJA 3MP1A 1ZTYA 1H43A 2O6AA 1BP5A 3RT6B 1MRPA 3WAEA 2CZLA 3V83A 3SEYA 4NEDA 3TELA 1NNFA 3H6WA 1Z7ME 2ZYOA 2FYIA 3HV1A 2VP1A 1IXGA 3M3KA 2UVIA 1JW4A 3MAMA 5CBRA 1VE4A 1N3XA 3T96B 4G8MA 3AXFA 4ZEBA 1QUIA 4ELRA 3N26A 1DMBA 3C31A 3LC8A 1B9JA 1FW0A 3EPEA 1B7ZA 3E4RA 1N84A 2IA4A 5DVIA 4YAHX 5I58A 4IGRA 1DTGA 1YAEA 4FIMA 1HSJA 1JW5A 1ANFA 2OZZA 2DS9A 3MZ1A 2O84X 1SBPA 4PQJA 1B1XA 3PD9A 2F7CA 4U22A 1HSLA 1XHYA 2D3IA 3VXBA 5DVFA 3IOUA 5ISUA 3WAFA 4Q8RA 4FEBA 3W9VA 3VLVA 5ICTA 2GRVA 1I6AA 3C32A 2DE4A 4LZ7A 3V5AA 4IO2A 1PB7A 1LFGA 1SW1A 2F78A 3QSLA 4NMYA 1URDA 2RC8A 3ZKKA 4Q0CA 2RCAA 2I0CA 3MZBA 1B3HA 3A09A 2B3FA 3E9XA 4IY6A 3UIFA 1MQDA 1XVYA 1LCTA 5ITOA 1MH3A 2IEEA 3G3FA 4EDPA 5L9SA 3FV1A 5I57A 2QS3A 1Y3PA 2ANJA 2RKMA 5CMCA 2XHDA 2ZYMA 1YPNA 3MC2A 3Q27A 1B0LA 1P99A 2UVHA 3Q26A 2AIXA 1EU8A 5HBCA 3PD8A 1H45A 1LB8A 5AA1A 3C35A 4RYAA 4QSCA 1MPDA 3LSFB 1MQHA 1AMFA 5L9OA 3U1OA 1P1WA 3CFXA 1B3EA 4U4SA 3OXNA 3H03A 4PFTA 1EZPA 3KN3A 3TUSA 4R9FA 3FXRA 1QVSA 5TPAB 1A8FA 1B4ZA 4O3AA 1HSEA 3TEPA 1B32A 5JTYA 2WKYA 2F5XA 2ZNUA 3S9LC 2ONRA 5DTBA 1A7LA 4OQOA 4IGTA 1WVJA 1I69A 2O7IA 3O97A 4YKKA 5KCJA 3G3HA 5CBSA 3IL1B 3IOWA 3OELA 3USDA 1TFAA 3FUZA 1P1OA 3EN3A 3T93B 3GLBA 2B65A 3L6HA 3OOAA 1CE2A 4NF6B 1Q1KA 4QHQA 2HFBA 4N07A 4X48A 5CC2A 4ZS9A 3QK6A 3H4ZA 3CRBA 3OMBA 4GXSB 5FHMA 3VDFA 1B58A 1DPPA 3IOTA 4Q30B 5L9MA 4GF8A 3VLWA 4GFRA 4NWCA 4L17A 2O68A 1M5DA 2V3UA 4LZ5A 1MPCA 3VVFA 1FTOA 1URGA 3OEMA 4ZE9A 2NOOA 3BBRA 3TKDA 4X9TA 4ONYA 3MVWA 2XXTA 1XVXA 1Y4TA 5AA4A 5I2KA 2O51A 3G3GA 2FA7A 2VD3A 5I2NB 1LSTA 1NMUA 4U23A 4GWOA 4R6YA 2ESNA 1Y1ZA 4O3BA 4KYDA 2BJJX 3T9VA 1A99A 4F19A 1N7XA 5CRYA 5H8SA 4KD5A 3FXUA 4OEUA 4C0RA 3O28A 3A3CA 2XXRA 2Q9TA 2W7YA 3KEIA 1LAXA 1CB6A 3TODA 3ZKLA 2B3BA 2DE2A 4E0XA 1LAGE 4OETA 2F36A 3JV9A 5KZTA 3G3JA 3RLFE 4OHNA 4PFUA 1LAFE 2XXXA 3GXAA 4U4XA 5AA2B 1OLCA 2GHAA 4F18A 1SI0A 4TLLB 4C1UA 4K3FA 2Y84A 3RT8A 3O6GA 3R6UA 5ICQA 1MY3A 5KDTA 3IJOB 5AA3A 1TWYA 5IKBA 2YLNA 1PC3A 1N0TA 2OCUA 2GH9A 2X7QA 3SETA 3S9EA 2XXYA 4UACA 2UXAA 1PDAA 5H8QA 2Q2AA 2R6GE 1US5A 3OSQA 2Y7KA 3I6VA 4KYEA 2HAVA 1S9TA 4F1VA 1DPEA 4TOZA 2ZMBA 4N6PA 1MDP1 3LR1A 1IZ1A 2DOJA 4Z7EA 3TCFA 1TT1A 2F6PA 5CMBA 2F34A 4F2OA 4ZECA 5TP9A 2QS1A 2XD3A 4U1OA 4RPNA 2RINA 3P7IA 1FQAA 4YB7A 1B7HA 3F11A 1YTVA 2I4BA 5I59B 3FVNA 4ECFA 2REGA 1L5TA 4U1ZA 4LZ8A 4XTCQ 1N3WA 3U8QA 4QFOA 3HPIA 2Q89A 2QJEA 1A54A 4X1DA 3Q28A 2O1LA 1XOCA 1B2HA 5H8HB 1B1HA 4OERA 1POTA 1PEBA 3UK4A 2Q2CA 3PV0E 2VHAA 3CVGA 1Y20A 4ZDMA 1P1NA 3H7MA 3SESA 4DDDA 3S9NC 2OWSA 3QUFA 4YB6A 4MBPA 3FXQA 2P2AA 2A5TA 4BLAA 3QUJA 3OO9A 1MQGA 2Y7RA 1Y4CA 5BUUA 2DYXA 1GVCA 3TCGA 3TFLA 2QRYA 1IXCA 4QFLA 5ITPA 4ISUA 1ZBMA 2UYEA 2XXQA 2AL5A 3K6UA 3BKIB 1TFDA 3S2VA 4EQ9A 3PUZE 4FEDA 1QKAA 3BFUA 3L6GA 4RK2A 1OIBA 1D9YA 5H8FB 2ZNTA 1P1QA 5DEXB 3EHUA 4R6HA 4R9GA 3I5OA 4NWDA 1OQHA 3GBAA 2Q88A 2VOZA 1NNPA 2V93A 1JQFA 5FHOA 1UQWA 4ELOA 3QIMA 4KCCA 5F1QA 4IB2A 3UN6A 4Z0IA 2H5YA 1PB9A 4H67A 4OMBA 2Y7PA 1T0KA 2A5SA 1B40A 2I3VA 3QAXA 3KJTA 4ZEFA 1QUJA 1MXVA 4LQ5A 4R2BA 4OFLA 5B7DA 3B6TA 4O3CA 5JK4A 1FQEA 1XS5A 4P11A 1SW4A 4QSEA 4ZZEA 1MXXA 1VSOA 2DWAA 5A5XA 1NNKA 4H6DA 3MZ9A 2HQ0A 4FAJA 4QSDA 2O69A 4F3PA 4I1DA 3N6TA 4YU0A 3PUYE 4IO7A 4OESA 1B05A 1N7WA 1FQBA 4GL0A 4H8IA 1MXWA 3PPOA 4H5GA 2ZYKA 3ZSFA 4DIGA 4YZZA 3K1MA 3S9MC 5EHMA 2Z23A 3G3KA 4XIGQ 3G7WA 1O64A 3OENA 4JDFA 5BWJA 4XKNA 4NF5B 4DZ1A 4LONB 1PBPA 1QW0A 4YKPA 2DWJA 3ILTB 4G68C 4OYVA 4HW8A 1R1NA 3O66A 4GQOA 1YCJA 1NL5A 2DQVA 1DOTA 3PUVE 3MP6A 5TPAA 4ZZAA 2PX1A 4EXLA 5AA2D 3VFJA 1M5CA 4U21A 2CMOA 1MH4A 4LQ2A 4MF3A 2QL3A 3SKPA 2OK2A 1B6HA 4FECA 3VXCA 3KN8A 2H25A 4U2RA 2VGQA 4XKRA 3TQLA 1I6QA 2DP8A 5CM6A 4KYSA 4IO5A 5EHSA 1MM7A 3DLNA 3K0VA 1ZU0A 3H6UA 1UIVA 4JXIA 2HZKA 3IX1A 4RPOA 2O7UA 2QS4A 3C36A 3D4CA 3H06B 4F2QA 4BDNA 2F7BA 2H4IA 2ZXTA 4F39A 5I84A 3OSRA 3MWBA 2R71A 3OEKA 1MPBA 1ZLQA 3MVYA 1LBCA 3SDFA 2DVZA 1RYXA 3K01A 1FQFA 3R26A 2V25A 3LBSA 2I48A 1JVXA 2DE3A 5I2NA 4F22A 3W9WA 4YB5A 3MP8A 1QUKA 2RC9A 3FVOA 2HXWA 3KJ7A 1MXYA 1MY4A 1B3GA 3A3UA 4DCYA 1JETA 1R9QA 4R72A 2OLBA 2HEUA 4YMAA 2REJA 1M5FA 3K6WA 4MLVA 1SDXA 1D9VA 2XXVA 2XD2A 1MXZA 1GTKA 3GZGA 1BIYA 2M8CA 4H5FA 1H3DA 1B7UA 3IR1A 4GXAA 4JWOA 3KFMA 4DE8A 4EXKA 2F7AA 2QMWA 5AA2A 3CFZA 5FTIA 3IB1A 4EF2A 2O1MA 3MQ9A 4PE5B 3FASA 4C1TA 3TQWA 2DWHA 1JVYA 1Y1MA 3K6XA 1LB9A 3SEVA 3SERA 1UTBA 3M8UA 3IB2A 1UTHA 4KFQA 4LATA 2NWJA 1O63A 2DXYA 1OVTA 3Q25A 4G77A 2ABHA 5JEIA 5K2XA 4G4PA 3TTLA 1XT8A 2XX8A 3ZS6A 4FJPA 1LCFA 2D5WA 5AE4A 3SEXA 2YPNA 1BLFA 5J1DA 2HZLA 4OENA 5ELVA 4IY5A 1NH8A 2HAUA 2UVGA 3DM0A 5I59A 2X26A 5H8NB 5FTHA 1M5EA 4PFWA 2E0SA 4TQUQ 3C34A 4BDLA 1B5JA 4GOTA 3Q29A 3SEWA 4ZEIA 3IB0A 4F29A 3KSJA 3VE1B 4G68A 1RKMA 2Z22A 3MPKA 2XX9A 3N94A 2XXPA 4WKMA 3UA8A 3MW0A 3O6HA 4G8HA 4P0GA 5F7VA 1BKAA 4DLDA 4MFIA 2FNCA 3JYRA 4LVQA 4POXA 3S4UA 1FTJA 1TXFA 3C9HA 2ZYNA 3HSTA 4OFJA 5EYFA 1VFDA 1NKXA 3K2DA 3V8XB 1OQGA 2QSXA 5I56A 5CMMA 3MUQA 4GIZA 5H8QB 2PT1A 3O2AA 4GRKA 4M1VA 1IITA 1MXUA 2UVJA 4ESWA 2Z8FA 3E13X 4QRZA 3RQTA 2NXOA 3FVKA 4QFKA 4P0IA 3EHTA 3HO7A 2ONSA 1ELJA 4ZE8A 3RTFB 5L8DA 5H8FA 4DXCA 1BTJA 4RNSA 3G3IA 3R7XA 1SI1A 3MVZA 4WXJA 4DXUA 1GGGA 2Z8EA 4LA9A 3OD7A 4R6KA 2V84A 4MLQA 2PYYA 1B46A 4RA1A 3C4MA 4H1XA 4EUOA 3U72A 4YICA 3ONMA 3VVEA 1WODA 4BDMA 1MDQA 4OWDA 1IXHA 3B6QA 1DSNA 2XXWA 4OZ9A 4EQ7A 1B0HA 5DT6A 2XXHA 1NH7A 3RTWB 4F3BA 4R75A 4KCDA 1B5IA 3UGWA 3H6VA 2I58A 3CFLA 1USYE 1KWHA 2I49A 3K6VA 1IEJA 4NF8B 1SD3A 4OTEA 4TLMB 4BDOA 3IK6B 3MPLA 1POY1 3LUYA 3MBPA 4H8JA 4IO3A 1D4NA 4OFOA 3MJNA 3IOVA 2Q8JA 2ONKE 4X1BA 3KG2A 1NFTA 3IAZA 5K2YA 1QKBA 1EH3A 2QMXA 3CR9A 5IAIA 4OVJA 3TTNA 1QJMA 2YJPA 4NF5A 3K1PA 2QS2A 1USYH 3OO6A 2F35A 2F6GA 3FIRA 4RY1A 1I6BA 4NF4B 1FTLA 4HCYA 3ILUB 2HCAA 4NE4A 1AL3A 1S7YA 3W15C 4FORA 1WDNA 3T9HB 3FGSA 2ALUA 3VV5A 4F1YA 4I8CA 2RF1A 1XC1A 1MY2A 3RN8A 3N6UA 4THIA 3RY3A 4I62A 3O9PA 3HHGA 5CI5A 2VD2A 2LAOA 3IO6A 3EQ1A 5A5XB 4H65A 4YKJA 4KQPA 1M5BA 4BDRA 1DTZA 1QULA 2Y7IA 4RXLA 2NUVA 2NVUB 2H98A 2H99A 2G93A 4OXVA 1OVBA 4ZEKA 2AYSA 1LLSA 3IORA 3FZVA 3MVXA 2ZNSA 1UIUA 2DSFA 3ODBA 5I58B 1IQ7A 3IJXB 1FCKA 3DP8A 5HM4B 2OJTA 1IUDA 4ZEDA 3U93A 3QXMA 3RPWA 3QYTA 3CG1A 1LGBC 3UORA 1MQJA 3O29A 5TU0A 5DVJA 2V3TA 3M3FA 3KBRA 3K4UA 4R2FA 3PGFA 2XXIA 4Q5TA 1MS7A 4PFYA 4NF6A 1GV8A 2PMSA 4ELQA 3PPPA 2XXUA 3DP6A 4WEDA 3C33A 4XKPA 4RK9A 3U94A 1AH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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