1PB7A

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with glycine at 1.35 angstroms resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
289
structure length
281
Chain Sequence
TRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanisms of activation, inhibition and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding core
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Ligand binding protein
molecule keywords N-methyl-D-aspartate Receptor Subunit 1
total genus 78
structure length 281
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb7A02
4HTGA 5DTBA 3H6VA 1TWYA 3G3HA 1LAGE 3L6GA 4NF6A 4R9GA 4RNSA 2DOJA 3EPEA 4IO4A 2NWJA 1QKAA 2FA7A 2Y7WA 4MH5A 4DCYA 5I2NB 1UTHA 1MH3A 1FCKA 3IL1B 1JQFA 1YTVA 1UTBB 2E1SA 5H8FA 3AXFA 4TLLB 2O7UA 3PUYE 4WEDA 1D9VA 2G29A 4KI0E 4JWXA 3TQWA 1Q1KA 1EZ9A 1MXUA 1XVYA 4NF4B 2THIA 3FATA 2VOZA 4U1ZA 1TFDA 1YPNA 1ZTYA 1MXWA 3T9UA 5KCJB 1IXHA 1SVXB 3IB0A 4OWDA 2QRYA 3O28A 4Z0IA 2F7AA 3O66A 2F34A 3SEXA 4F22A 5L8DA 1LLSA 3KJTA 5AA4B 1UQWA 1NFTA 2DE2A 5EHMA 5KCJA 4POWA 4IGRA 1Y1ZA 2OJTA 4F1UA 4JWOA 1R6ZA 4DLDA 1MY0A 2G93A 4JB7A 4ELOA 3Q28A 3DP6A 4YKJA 1MXYA 2E0SA 4NWCA 1LGBC 1LFIA 3KN3A 3Q25A 4ONYA 4QFLA 3TKDA 4ESWA 5ISUA 1WDNA 2Y84A 4LQ2A 2UVGA 4Q0CA 2NXOA 3TEPA 3C35A 1JW1A 2R71A 4BLAA 5DVJA 3DP4A 1B5HA 4DDDA 1HSEA 1OLAA 2F5XA 2R9JA 4IB2A 5H8HB 4EQ9A 2F78A 3G7WA 1TFAA 3GZGA 2D21A 4OQOA 4HS7A 4F3BA 3IO4A 2GHAA 5CC2A 4U1OA 1B3EA 1VFDA 2ONRA 2XXWA 3T93B 4LVQA 3H6WA 4KPTA 2XXRA 1B51A 3C4MA 3IK6B 2X7PA 3E4RA 4M1VA 3RUMA 4DCXA 5AA2D 5JEIA 3T9HB 3TTMA 2ABHA 3VLUA 4MF3A 3N6TA 3PD8A 2M8CA 4LZ5A 4PFYA 3QUJA 1QUIA 4XTCQ 5A5XB 3A3UA 1MXVA 1PBQA 1JNFA 1SDXA 2I0CA 4YICA 4M4GA 4GLIA 4F1YA 1PEBA 1I6BA 2QMXA 3MZ1A 2XHDA 3UIFA 3ZS6A 1B3FA 1UTBA 3MUQA 5H8FB 1H43A 3OO6A 4EDPA 1D3KA 4GIZA 4O3CA 1GV8A 2Z23A 1B7UA 3PD9A 3IORA 3PU5A 1L5TA 5BWJA 3H3GA 3JYRA 1T0KA 3MZ9A 1O64A 1IITA 4C1TA 5HBCA 1Z7ME 1NKXA 1M5DA 1PDAA 3IB2A 5B70A 2ZYNA 4NF5B 1IXGA 3RY3A 3DELB 2OBGA 5ELVA 4BDMA 4YMBA 4I8CA 1I6AA 2R6GE 2O6AA 2QS4A 2V84A 4YU0A 3V5AA 2H5YA 3C31A 2UVJA 3KN8A 4PFUA 3T9XB 4BDLA 4ZE9A 2H4IA 3C9HA 3PPQA 2ZNTA 3FUZA 4JXIA 4NF5A 2FNCA 3K02A 4KYEA 4PQJA 3ECRA 3FVGA 4WKMA 4F19A 1QUJA 1NH7A 2XXHA 5K2YA 1B1XA 4LP2B 1MY1A 4U21A 1A7LA 2A5SA 1BKAA 3F11A 5HPQA 1MXZA 1LB8A 3H7MA 2D3IA 2AL5A 1ATGA 3CI8A 3ILUB 4YB5A 3VVEA 5HM4B 4OERA 3S9LC 3IB1A 3FJGA 3OO7A 3RQTA 5JK4A 4R2BA 4XKNA 3FXQA 3MP1A 5FTIA 4G4PA 3VE1B 1FQAA 1JEVA 2KLFA 1S7YA 5AA4A 4P0GA 3HV1A 3O2AA 3OOAA 4OFJA 5LOMA 3S9NC 3MC2A 4AB5A 1USYH 1B3HA 2VHAA 3O29A 1Y3PA 4RPOA 4G8NA 3UP9A 4XKRA 3BBRA 2UXAA 3HN0A 1D4NA 1OVBA 1OVTA 1II5A 3MBPA 4ZS9A 3FJ7A 4OXVA 5I59B 1ANFA 1MQDA 1SI1A 1TXFA 1Y20A 2RC7A 3IJXB 4GL0A 4IO2A 4ND9A 1Y4TA 3DM0A 2O69A 2O84X 1J1NA 2Q88A 3EHSA 3KSJA 3MQ9A 3QYTA 4H5GA 4H5FA 4LATA 2I58A 3GLBA 3A09A 5DYHA 4ZE8A 5EYFA 4X1BA 3RPWA 5I56A 2QL3A 3SEVA 3MVZA 2ONKE 4FAJA 5TU0A 4ZDMA 1B3LA 2HZKA 4QFPA 3ZSFA 3THIA 4BDOA 4HW8A 3MVWA 1POTA 4IGTA 1B6HA 1PB7A 3FASA 3TYHA 2HAUA 2REJA 3CSBA 3M3FA 3QIMA 1MS7A 2O1LA 1MXXA 3R26A 4FORA 2BJJX 5CRYA 4IY6A 3U72A 1PB9A 4U23A 1B7HA 2P1SA 4R6HA 1HSLA 3TCFA 3C32A 3ZKLA 3LBSA 3C33A 1VE4A 1PC3A 5H8SA 4BDNA 4RK2A 1POY1 3VLVA 4DXBA 4NF6B 4POXA 1FTMA 1H3DA 4L17A 3USDA 3K6VA 4OFOA 5FHNA 4F3PA 2UVHA 4GXSB 3L6HA 5I56B 1QVSA 4K3FA 4O3BA 4OENA 3RTWB 3W9VA 1FQCA 3EN3A 4NE4A 3S9MC 4X9TA 1NNPA 2OWTA 4DXUA 3BFTA 3FV1A 2UYFA 2I4CA 4R9FA 3TMGA 2CZLA 3UGWA 4H8IA 2OK2A 2YJPA 4FE8A 3FJMA 3K6WA 3UK4A 1MY4A 1N3XA 3A3CA 4WEPA 5H8NB 3U94A 2IA4A 2RC8A 2DSFA 2F8DA 4EUOA 3MVYA 3OMBA 3RT8A 3MZBA 3PUVE 4ELPA 4GQOA 2XXPA 1AL3A 3GBBA 3N6UA 1O63A 1B3GA 1MQJA 3MP6A 4XIGQ 3I6VA 1SBPA 2Z8FA 4ISUA 3SERA 1Z7NE 3OO8A 4F3SA 4BDQA 5I59A 4RA1A 3K1NA 1XOCA 5CI5A 3K00A 1MDP1 3VFJA 3EQ1A 4LZ7A 4QFKA 4OEUA 5DEXB 1O7TA 4GF8A 4JSDA 3SEYA 2I3VA 1FTJA 1IXIA 3U1OA 5AA1A 4PP0A 2HZLA 2ZMBA 1FTLA 4IY5A 4QSEA 2PX1A 5DVIA 4I1DA 2ESNA 3KZGA 3R6UA 2Z8EA 4XKPA 2Q8JA 4QRZA 5ICQA 1LBCA 1OQGA 3IOUA 1PBPA 1AIVA 2RKMA 5KDTA 4UACA 1A55A 4IO6A 5M2VA 2P2AA 2DWJA 1Y1MA 1B7ZA 3W15C 3H06B 3O6GA 2QPQA 4XXUA 4JDFA 1B40A 2RCBA 1R1NA 3K6UA 3MPKA 3QAXA 1I6QA 3G3GA 2H25A 1US5A 3MJNA 4YB7A 1MDQA 3E3KA 3D4CA 4DZ1A 4R6YA 1ZU0A 4ZEBA 4DIGA 4OHNA 4E0WA 1H76A 5CM6A 5KZTA 3HHFA 1RYXA 1QW0A 2NVUB 1NH8A 2ONSA 3H6UA 3TQLA 3WAEA 2GH9A 2NOOA 5CMBA 4JWYA 1MM6A 3CFZA 1Y9UA 1SW1A 5CBSA 3V8XB 4KD5A 4PFTA 3TUSA 5H8HA 1DTZA 4F29A 4YKKA 4P0IA 1KWHA 1LAXA 1XT8A 2QSXA 2VGQA 4NF4A 2O68A 3N94A 4R73A 2HAVA 4GWOA 1A54A 4LQ5A 3T96B 2ANJA 5TP9A 3TPAA 3S9EA 4HCWA 2RCAA 1MY3A 5KDTB 1ZMGA 3TODA 1QJMA 1A99A 2ALUA 2DWIA 4RXLA 4ZZEA 4F3GA 1LSTA 4MLQA 2LAOA 1JVYA 1SW5A 3CG1A 3G3JA 3I3VA 4H65A 1GR2A 4QFNA 3RGYA 1GGGA 3M3LA 4LONB 3T66A 5L9OA 4ZEKA 1P1QA 1A40A 3UA8A 1P99A 1MM7A 3OO9A 2V3QA 4G68A 3IOWA 1BP5A 4I62A 3CR9A 3FIRA 4FECA 4G8MA 2I4BA 4F31B 1N04A 2B3BA 4QF9A 1SW4A 3VXCA 4H8JA 1URDA 1URSA 1I69A 1LFGA 4G68B 4ZEIA 3FVKA 4THIA 3TTNA 3PMVA 1UTHB 1DPEA 2XXIA 4OYVA 1JW4A 3KEIA 3H03A 4R75A 4F39A 1FQFA 3IX1A 1ZJLA 2OCUA 2PVUA 4ESXA 1M5BA 3CFLA 2DQVA 3ODBA 3E13X 3MAMA 3V83A 4OETA 4QFOA 2RF1A 3PUWE 3B7DA 2H98A 2ZNUA 1N84A 1OQHA 4H0WA 3FVNA 3PV0E 2Z8DA 3OXNA 3Q26A 4TQUQ 1ZLQA 5J1DA 4FEDA 1JEUA 3SETA 4H6DA 2HQ0A 3MVXA 1JETA 5I2KA 4R2FA 5EHSA 3RN8A 4QSDA 2AIXA 3JZJA 1BLFA 3TTRA 1MPCA 5AA2A 1CE2A 2XXYA 2XX8A 2DXYA 1LAFE 2F7CA 2VD2A 2X26A 1B9JA 2Q9TA 1HSJA 4RYAA 4WXJA 5AA2B 3B6TA 3LR1A 4F1VA 1MY2A 3S4UA 3VLWA 3T9VA 4EF2A 4F2QA 1DTGA 1DSNA 1M5CA 2F35A 2I0BA 3RNNA 2V3TA 3FD3A 3KN7A 1BTJA 3B6QA 4OVJA 3SESA 1P1NA 1M5EA 1SW2A 4NEDA 3GBAA 1VSOA 3K1MA 4I9DA 3U92A 5A5XA 2PT1A 1RYOA 3TELA 3ONMA 4IO3A 1USYE 3FXRA 4KCCA 1XVXA 2Y7KA 4KCDA 2UVIA 1B46A 2DWHA 1Y3NA 4RY1A 4DXCA 1H45A 2O1MA 3EF7A 3PPPA 2PYYA 4GD5A 1B2HA 4ZEFA 3SEUA 2Q2AA 2UYEA 4U2RA 1AOVA 3KOSA 4QSCA 1ELJA 3LUYA 4OESA 4Q5TA 1NMUA 1IIWA 2I3WA 5AE4A 1VFEA 2DS9A 3TZAA 3PUZE 1B5IA 4TLMB 3KOTA 2XX7A 1SQYA 1B5JA 1US4A 3IJOB 3QK6A 1B4ZA 4DE8A 2F97A 2Q89A 5TPAA 5CMKA 5I57B 1MPBA 4KYSA 2F7BA 4QHQA 4H1XA 1B0HA 4KQPA 4GOTA 2HFBA 1WODA 2ZYOA 3K01A 3T22A 3EHUA 1LBBA 4U4XA 3QSLA 3Q29A 5BUUA 4GRKA 1B05A 3O97A 2QS3A 4KHZE 4NMYA 2DXRA 4UA8A 5L9SA 4GVOA 3G3IA 1DPPA 1B1HA 1SYHA 2A5TA 2DVCA 3HCQA 3P7IA 3PPNA 5CMCA 1YAEA 2OLBA 2XXXA 3TCGA 1N76A 1M5FA 1Y4CA 1BIYA 2DE4A 1FQBA 3CVGA 5DVFA 3U93A 1NNTA 3LSLA 4NF8B 1NNKA 4ECFA 2O51A 3MP8A 4OTEA 5I2KB 2A5TB 4OMBA 4BDRA 5I84A 2XXUA 4KR5A 2RC9A 3K1PA 3MWBA 4O3AA 1H44A 3LSXA 3KG2A 3SEWA 2DWAA 3I5OA 2QS2A 3ZKKA 5DT6A 4JSOA 1EU8A 4OEVA 4YZZA 3M8UA 3HPIA 3TTLA 2YLNA 1MQHA 4PFWA 4GFRA 3BKIB 5H8NA 5I57A 1S9TA 1Y3QA 3FGSA 1P1UA 1RKMA 1UIUA 3KSXA 2PMSA 4XKQA 1N7WA 4N6PA 4FIMA 3CRBA 4ELRA 4IO7A 1SYIA 2V25A 4PETA 4F2OA 5JTYA 1IUDA 2GHBA 3K4UA 5L9MA 4U22A 5TPAB 2ZNSA 4NWDA 1MQIA 3K6XA 3MW0A 3FVOA 3B6WA 2ZXTA 1N3WA 1XHYA 4NF8A 2Q2CA 1IZ1A 3CFXA 3O9PA 5CMMA 4E0XA 1XS5A 3IOTA 1SI0A 3PPOA 4LA9A 1FTOA 5I58B 4R74A 1R9LA 3IO6A 4Q30B 4G77A 4GXAA 2H99A 3TAJA 1A8FA 1MH4A 1QKBA 3FXUA 3JV9A 4NTLA 1P1WA 3EHTA 4FJPA 3VXBA 3PMWA 4MFIA 5I58A 1SD3A 3N5LA 3D4GA 2Y7RA 3LC8A 4ZZAA 4ELQA 4X1DA 3VVDA 3FZVA 2ZYMA 3O6IA 1DMBA 1TT1A 3MPLA 1AMFA 2AL4A 2O7IA 5FHOA 2GFEA 4G8HA 5ITOA 3CSGA 2GRVA 4R6KA 3VV5A 3KGCA 3H6TA 4RK9A 5TP9B 3OELA 1A8EA 3SKPA 2ZYKA 3LSWA 5CBRA 2V3UA 1Q35A 4EQBA 1MQGA 2V93A 1MRPA 1OLCA 2X7QA 3HO7A 3UORA 3S2VA 3QXMA 2B65A 2NUVA 1UIVA 3U8QA 4EQ7A 2RINA 3OENA 1FW0A 3RLFE 3OEKA 2PBWA 2Y7IA 5IKBA 2AYSA 5I2NA 4F18A 2I48A 1B52A 2I49A 1IQ7A 3WAFA 2OWSA 4U4SA 1EZPA 3RT6B 1CB6A 1QULA 1EZOA 4ZEDA 3CG3A 4YAHX 1B32A 5FHMA 1WVJA 4KFQA 5ICTA 2B3FA 5K2XA 1N0TA 4RJZA 2XXTA 2Y7PA 4G68C 3FV2A 4EXLA 1FQEA 2YPNA 2DE3A 4N13A 4RPNA 4YB6A 2FYIA 3R7XA 3SDFA 3N26A 1GVCA 3C34A 3W9WA 3Q27A 2QS1A 3HSTA 2VD3A 3O6HA 4YKPA 2IEEA 4P11A 3E9XA 1P1OA 4C1UA 1B0LA 2HCAA 1XC1A 2D5WA 1OIBA 2DYXA 2XD3A 2W7YA 3PUXE 2F6PA 4OFLA 3GXAA 5B7DA 1DOTA 4C0RA 2XX9A 1N7XA 3IOVA 2F6GA 3TDJA 1PB8A 1ZIUA 1D9YA 1EH3A 2PT2A 4HCYA 1ZKBA 4AQ4A 4LZ8A 1AH5A 1S50A 2XXQA 3DLNA 4X48A 1MG1A 3OD7A 2I6EA 3QUFA 1LCTA 3K2DA 2REGA 1LAHE 5H8QA 3BFUA 3KFMA 3DP8A 4LUBA 5AA3A 2OZZA 1IEJA 1NL5A 3K0VA 5JTYB 1MPDA 2QMWA 1GTKA 4MLVA 1OMPA 4PE5B 1VR5A 3PPRA 3V89B 3TCHA 1QUKA 3LSFB 2DP8A 5F7VA 1NNFA 2XD2A 3KBRA 1URGA 1B4HA 3ILTB 1LB9A 2HEUA 4MBPA 5FTHA 4Q8RA 1IXCA 2H9BA 5IAIA 4KYDA 3OEMA 2P0SA 3VVFA 3PMXA 1B58A 1FQDA 2DVZA 4EF1A 2Z22A 3G3FA 3M3KA 3TTKA 4ZECA 4G2ZA 1R9QA 2QJEA 3VDFA 4AB6A 1F9BA 4GL8A 4H67A 4TOZA 4YMAA 2XXVA 3G3KA 4YKIA 2VP1A 3OSRA 5DEXA 2F36A 1ZBMA 3C36A 3IAZA 3PGFA 4IO5A 4EXKA 1YCJA 4FATA 4OZ9A 3HHGA 2HXWA 5ITPA 1JW5A 1LCFA 4JBZA 5H8QB 4Z7EA 4N07A 1LFHA 3KJ7A 1FTKA 3IR1A 1JVXA 3OSQA 3CIJA 3RTFB 4FEBA 5F1QA 3H4ZA 4R72A 3UN6A 3TFLA 2CMOA 2WKYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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