1BIYA

Structure of diferric buffalo lactoferrin
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKNVRWCTISQPEWLKCHRWQWRMKKLGAPSITCVRRAFVLECIRAITEKKADAVTLDGGMVFEAGLDPYKLRPVAAEIYGTKESPQTHYYAVAVVKKGSNFQLDQLQGRNSCHTGLGRSAGWNIPMGILRPYLSWTESLEPLQGAVAKFFSASCVPCVDRQAYPNLCQLCKGEGENQCACSPREPYFGYSGAFKCLQDGAGDVAFVKETTVFENLPEKADRDQYELLCLNNTRAPVDAFKECHLAQVPSHAVVARSVDGKEDLIWKLLSKAQEKFGKNKSGSFQLFGSPPGQRDLLFKDSALGFLRIPSKVDSALYLGSRYLTALKNLRETAEEVQARRARVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQIVTCATASTTDDCIALVLKGEADALSLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIANQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLNREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSLSERAAHVEQVLLHQQALFGENGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Iron-binding protein
molecule keywords LACTOFERRIN
publication title Structure of buffalo lactoferrin at 3.3 A resolution at 277 K.
pubmed doi rcsb
total genus 187
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1biyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1biyA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1biyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1biyA03
3PU5A 3ILUB 4DDDA 2ZYMA 1Z7NE 5DVIA 2DVZA 2M8CA 2ZNTA 3E9XA 1M5EA 3UN6A 1IUDA 4QFPA 3O29A 1BIYA 3SESA 2QPQA 5HM4B 1O63A 1PB7A 3ECRA 3MVZA 2PT2A 4U23A 4NF6B 3BFUA 4FAJA 1MQGA 3LSLA 5AE4A 3H6WA 4R2FA 3S4UA 1QJMA 4UA8A 4ELRA 2D21A 1URGA 3T9HB 1MRPA 4R72A 3IX1A 1SW1A 1N84A 2I0CA 3FXUA 3K1MA 5L9SA 1POY1 1SD3A 5HBCA 3T9VA 4I9DA 1IXCA 3T96B 2GH9A 3VLVA 1ATGA 1JVXA 1DOTA 2BJJX 1EZ9A 4GL0A 3HHFA 1B3GA 1OMPA 1MG1A 3IOUA 4FECA 3MPKA 5I57B 1I6BA 2PYYA 4ISUA 2REGA 3PUZE 4MH5A 3DLNA 1MXUA 1JEUA 3B6WA 1MM7A 4C0RA 3TQWA 4EDPA 2HXWA 3KSXA 4F31B 1Y4TA 3UA8A 1PBQA 1AL3A 2YPNA 5ITOA 3TCGA 3K4UA 1B52A 5I2KA 4OWDA 4TLLB 4LZ8A 4RJZA 4KHZE 3SEWA 5TPAA 5FHOA 3KG2A 1LFHA 4U22A 2DSFA 1JNFA 3TQLA 4N07A 5CC2A 3MP8A 4WKMA 3C36A 2Z8DA 4OTEA 1H45A 2QRYA 5DEXB 3K6UA 1Y20A 4LUBA 3LBSA 4KYDA 3R6UA 4FIMA 3LSXA 4OMBA 3OO6A 4F3BA 4FEBA 1T0KA 5IKBA 4JSOA 4P0IA 3EN3A 1QKAA 2RC8A 3UIFA 5JTYB 3H06B 1S7YA 3K01A 1DSNA 1LGBC 4QHQA 3OO7A 3PUYE 1XHYA 3Q25A 1GGGA 4H1XA 5H8QA 3FXRA 5CBRA 2F78A 2XXIA 1R9LA 4DE8A 1MQJA 4JSDA 2OZZA 4M1VA 4H67A 2Q88A 2X7PA 3FVOA 1M5CA 1N0TA 4IY6A 2XXTA 2ZNSA 2Z8FA 1HSLA 4DIGA 2Q8JA 3VFJA 4LQ2A 3TODA 1D9YA 4I8CA 2DE4A 4HCWA 1B0LA 1EU8A 3HSTA 2XHDA 2ALUA 1QUJA 2I6EA 3RN8A 3QAXA 1POTA 3PGFA 1IQ7A 1IZ1A 1MY4A 3LSWA 1RYXA 3TCFA 3C35A 4F39A 4JWXA 1JW1A 4KFQA 4U4SA 4H0WA 1H43A 4H5GA 1US5A 4MLQA 4OENA 1N3XA 3IJXB 4H5FA 4O3CA 2XD3A 4O3BA 2DWAA 3KN3A 5I2KB 1MXVA 4LZ5A 5TPAB 1US4A 4JBZA 4EXLA 4RPOA 2O1LA 4QFKA 3DP4A 4ZDMA 4RK2A 2DWIA 4ZE8A 4YB7A 4ZS9A 4KI0E 2O51A 1NNFA 3TEPA 4PE5B 3FVGA 4KYSA 4PETA 4G77A 3RTFB 1LLSA 4R75A 3C33A 4YMAA 4ZEIA 2G93A 1MY3A 2W7YA 2OWSA 4RY1A 3CSBA 4MF3A 2E1SA 4F2OA 5AA2A 3O28A 1N3WA 5FHMA 4IO5A 4YZZA 3ILTB 5H8QB 3ZKKA 1B7HA 1P99A 1LAHE 5H8HA 2V3QA 2V25A 4Z0IA 3RUMA 2XX7A 1MPDA 3I5OA 1WVJA 4RYAA 5CMBA 4N13A 4YU0A 2Z23A 2H9BA 5J1DA 1MQHA 2OJTA 4G8NA 5AA4A 2AL5A 3OSRA 5I56A 2VD2A 3K1PA 3K6WA 4EF2A 4U21A 4YAHX 3OELA 4PFYA 2QS4A 5JK4A 4JB7A 3IORA 4GFRA 3KBRA 1B46A 2ANJA 2ZXTA 4GLIA 4R74A 1DPPA 4NF8A 4G8HA 3GXAA 1XVXA 3EF7A 4Q0CA 3IB1A 4IO6A 4OESA 3LC8A 5CBSA 2Q2AA 2KLFA 4GOTA 2ONSA 3N26A 3GBAA 5M2VA 3OEKA 1B3FA 4EQ7A 2DWHA 3B7DA 3I3VA 1LSTA 3CIJA 3SDFA 1NFTA 3PD9A 1NNPA 3QXMA 1XS5A 2ESNA 1SYIA 3SETA 1EZPA 3EHUA 3HN0A 2O1MA 3T93B 3QIMA 3HCQA 2FNCA 1MH3A 4R2BA 2I49A 1JW5A 4UACA 1B58A 5AA2B 4FEDA 4C1TA 1LCTA 1UIUA 3GLBA 1B7UA 3HV1A 3W15C 1QVSA 3TDJA 3VV5A 3VE1B 3IK6B 3TTKA 4BLAA 3F11A 3IOWA 5H8HB 3KFMA 1B3EA 2THIA 3U1OA 3PPQA 3H4ZA 5H8NA 3KZGA 4IO3A 1LCFA 2F97A 1O64A 2GHBA 2H4IA 4NF4A 2QL3A 3E13X 1FQDA 1UIVA 1N76A 2A5SA 1TFAA 3PD8A 3LR1A 4OYVA 2OK2A 5AA4B 3QSLA 3S9EA 2RINA 3TZAA 4R73A 3FJMA 3K00A 1B5JA 3S9NC 4BDNA 1MXYA 2QJEA 1AH5A 1LAGE 3UP9A 2R6GE 4GRKA 2Z8EA 4NF8B 4G68C 1P1UA 4GXAA 1IXIA 4KCCA 3ODBA 3SEXA 3U94A 1TFDA 3I6VA 4F1YA 3PPNA 5CRYA 4HTGA 3W9VA 2ZYOA 2VD3A 4AB6A 5DVJA 3TTNA 5H8FA 3SEVA 2E0SA 4ZZAA 1IITA 3FJ7A 2QMWA 3IAZA 4LATA 1P1NA 1SW5A 2R71A 4HS7A 2OWTA 2Q89A 1MPCA 4GXSB 2X26A 3C31A 3MZBA 4OXVA 2F34A 3ZKLA 3EPEA 3T9UA 4YICA 4ONYA 1VFDA 2DP8A 1B40A 4LP2B 1YCJA 3FD3A 4OETA 3CG3A 1FQCA 3CFLA 3RNNA 2RF1A 4ZEDA 2P1SA 4I62A 3MVWA 4M4GA 1B0HA 3VLUA 1CE2A 1BP5A 3IJOB 1FTOA 3V89B 3PMXA 4OERA 4QF9A 3K6XA 3QYTA 1VSOA 4FE8A 2HAUA 2Y7PA 2H5YA 2XXPA 3O2AA 4WEDA 1N7XA 1OQHA 4IO7A 4IGRA 1JETA 3LUYA 3RPWA 2WKYA 4IGTA 2QS1A 3N6UA 4ND9A 1HSJA 4LQ5A 5CMCA 2XD2A 4QFNA 3FIRA 1Y4CA 4ESXA 3VXCA 3S9LC 1MPBA 2F7BA 3OEMA 1SW4A 1LAFE 3IL1B 3TAJA 4DXCA 2Y7RA 4QRZA 3QUJA 1OVBA 4YB6A 1MH4A 5A5XA 3HO7A 1FQBA 2XXVA 3FXQA 2DYXA 2GRVA 3O6HA 2F8DA 2GFEA 2VGQA 5L9MA 2CMOA 1B6HA 2REJA 2NOOA 2ZMBA 2B65A 3MQ9A 5IAIA 4EXKA 3QUFA 4X48A 3V8XB 3OD7A 4F1UA 4RXLA 3WAEA 1OLCA 1LBBA 2XXXA 4OVJA 4DZ1A 1NNTA 2PT1A 5H8FB 4U1OA 4C1UA 3B6QA 1XVYA 5DT6A 1WODA 5KDTA 3TYHA 4ZEKA 1UTHA 1Y1MA 2PMSA 3CFXA 3OSQA 2AL4A 2ZNUA 4FATA 4OFOA 4QSDA 3PPRA 4KD5A 3HHGA 1B9JA 4G2ZA 3MWBA 2DOJA 1ZMGA 1USYH 5BWJA 3R26A 3RTWB 4WEPA 5ITPA 4ESWA 2H25A 5ICTA 3USDA 2I3VA 3CRBA 3G3GA 3FV2A 1MQIA 3TTLA 1P1WA 3A3CA 1GV8A 3BFTA 3BBRA 2DQVA 4YKKA 5DVFA 3MVYA 1MXZA 4K3FA 3M3FA 3QK6A 3CG1A 3FVNA 1B4HA 3O6IA 4XKPA 2RC9A 2F6PA 4ZE9A 1SVXB 3TMGA 1IXHA 1FTKA 2AIXA 4GL8A 1SI1A 4H8JA 4E0XA 2VHAA 2O84X 1A54A 1OVTA 1NNKA 5A5XB 1QKBA 2A5TA 1MQDA 1QULA 1Q35A 1UTBA 1II5A 1QUIA 5CI5A 1PBPA 2XX8A 3DM0A 5I58A 3H3GA 3O66A 3RGYA 1A55A 4R6YA 3CSGA 1GR2A 2PVUA 4JWOA 2YLNA 2RCBA 1JVYA 4OFLA 2H98A 4GVOA 1IIWA 1A99A 3H6TA 1M5DA 3Q26A 2RKMA 2UVIA 4XKRA 4F3PA 2PX1A 4QFLA 3G3IA 4F18A 1D4NA 5KDTB 3K02A 1UTHB 3PUVE 3VVDA 3K6VA 2VP1A 4NWCA 3SERA 2V3TA 2DWJA 2NWJA 3C9HA 1XT8A 5AA2D 4JWYA 4MBPA 1O7TA 3D4CA 3FATA 3A3UA 4X9TA 3KOTA 2B3BA 1P1QA 1ZLQA 5F7VA 1ZTYA 3MJNA 1OIBA 1SI0A 4R9FA 4DXBA 3CFZA 3V5AA 3IB0A 1XC1A 1A8EA 4QSCA 3PUWE 3SEYA 1DTGA 4Q30B 4R6HA 2ONKE 2Q9TA 2XXHA 1B2HA 1NH7A 5KCJA 3ONMA 4BDOA 1SDXA 4F1VA 1R1NA 3IO4A 3N5LA 1YTVA 1IEJA 1PB9A 1MDQA 4KCDA 4QFOA 4LA9A 1Y3PA 4N6PA 4BDRA 2XXYA 3K2DA 3RT8A 3VVFA 1SBPA 3AXFA 5K2XA 3U8QA 3DP8A 3N6TA 2QSXA 2G29A 2I0BA 1MXWA 1D3KA 4BDLA 2RC7A 2F35A 3MBPA 3E4RA 3TKDA 4ELOA 1S9TA 4G8MA 2HZLA 2IEEA 2QS3A 1EH3A 4AQ4A 4F22A 4XXUA 3RLFE 4PQJA 1B1XA 2D3IA 1M5BA 2ZYNA 1OLAA 2V93A 4G68A 5FTHA 1NL5A 3K0VA 1LAXA 1BTJA 2QMXA 1UQWA 1GTKA 1B51A 1SW2A 4LVQA 3MAMA 3VDFA 3TTMA 1JEVA 2OBGA 4P0GA 3CVGA 1TXFA 4IY5A 5BUUA 2P0SA 3TELA 5B70A 5I56B 1NKXA 3H6UA 1I6AA 1ZU0A 3PMWA 2F36A 2OCUA 1AOVA 3MZ9A 4NE4A 4F29A 4ZECA 3UK4A 1A8FA 5JEIA 3FASA 5DEXA 3PUXE 5DTBA 3MC2A 4PFWA 4PP0A 2P2AA 5EHMA 3OENA 1B7ZA 4GD5A 2DXYA 3KN8A 4F3SA 2HAVA 4GWOA 1FTLA 5ISUA 1NMUA 3EQ1A 4YKPA 5JTYA 2B3FA 3TCHA 2Q2CA 4I1DA 4MFIA 4ECFA 4EF1A 4Q8RA 1LFGA 2UYEA 2I48A 3Q28A 1ZBMA 5AA1A 5LOMA 5KCJB 5ELVA 4ELPA 5CM6A 4OFJA 1ZIUA 4IO2A 2NVUB 1FCKA 3OXNA 1AIVA 3TPAA 4DCXA 3FVKA 5L8DA 2H99A 1ZJLA 2Y7IA 4WXJA 3M3KA 1WDNA 4NF5A 1N04A 4ZZEA 3ZSFA 1Y3QA 3MZ1A 3THIA 2UXAA 1MS7A 3FV1A 3L6GA 2DE3A 1FQAA 3CR9A 2F7AA 1H3DA 3CI8A 5I59A 4JXIA 2AYSA 2HFBA 1MDP1 2HZKA 2HEUA 3U72A 1FTJA 1B3HA 2UVJA 5H8SA 4F3GA 3G3HA 4OEUA 3S9MC 3FZVA 5H8NB 4G68B 4R6KA 1N7WA 4DLDA 1HSEA 3W9WA 3VVEA 3C4MA 3D4GA 3IB2A 3V83A 5HPQA 4KR5A 4NF4B 4GQOA 1PB8A 3E3KA 5CMKA 4GIZA 3GZGA 3C34A 4P11A 1NH8A 4TOZA 4ELQA 2ONRA 4DCYA 1B1HA 3N94A 1VE4A 2XXWA 3G3KA 1MM6A 1I69A 3WAFA 2R9JA 2ZYKA 1D9VA 3SKPA 2CZLA 2F6GA 3KOSA 3IR1A 3O9PA 4GF8A 5EHSA 5L9OA 3SEUA 3Q29A 1XOCA 4OHNA 3H6VA 4OEVA 2F7CA 1B5IA 4X1DA 4BDQA 3RT6B 1LFIA 1JQFA 3EHTA 2PBWA 3S2VA 4F2QA 5ICQA 3FGSA 4FORA 3JZJA 3C32A 3T66A 1H44A 2XXRA 4MLVA 3T22A 3P7IA 1B32A 3RQTA 3RY3A 5I2NA 4RPNA 2Z22A 1VR5A 2VOZA 3MUQA 4NF5B 1F9BA 1LBCA 4O3AA 1JW4A 4IB2A 4KYEA 1B3LA 4ZEBA 5I59B 4YB5A 5TP9A 4QSEA 1L5TA 1DPEA 3IO6A 1FQFA 2ABHA 2I4CA 4LZ7A 1Y9UA 3U92A 1FTMA 3KEIA 1VFEA 3UGWA 5B7DA 3KN7A 2O7UA 5F1QA 3MPLA 1CB6A 4H8IA 5K2YA 4RA1A 3JYRA 4KQPA 3TUSA 3IOVA 1MY2A 2UVHA 5I84A 1SQYA 4NEDA 4X1BA 4U2RA 1DMBA 4RK9A 4NTLA 5AA3A 1PC3A 1RYOA 4TQUQ 1ANFA 2DVCA 1RKMA 1URDA 1USYE 1Q1KA 3FUZA 4PFUA 5EYFA 1J1NA 4RNSA 1FW0A 3OMBA 2I58A 4KPTA 4G4PA 2F5XA 4EQBA 2GHAA 3MP6A 1SYHA 4XKQA 2XXQA 2HCAA 1ZKBA 1DTZA 4E0WA 1TT1A 4YKJA 3B6TA 4EUOA 1Y3NA 4F19A 1OQGA 4BDMA 2O7IA 3PPOA 1FQEA 2IA4A 4NWDA 2HQ0A 4JDFA 3Q27A 3M3LA 4ZEFA 3M8UA 4YKIA 2OLBA 2Y7WA 3FJGA 4HW8A 4OQOA 4DXUA 1Z7ME 3LSFB 3O97A 4NMYA 3JV9A 1YPNA 4THIA 4FJPA 5DYHA 1IXGA 3HPIA 2UVGA 2I3WA 4XIGQ 3G3FA 2XXUA 1PDAA 1I6QA 5I2NB 4PFTA 2FYIA 1TWYA 4POWA 1MXXA 3PV0E 5TU0A 3ZS6A 4R9GA 2V3UA 1BLFA 1Y1ZA 4OZ9A 5CMMA 4H6DA 4L17A 3KJTA 4U4XA 1YAEA 3O6GA 4Q5TA 1PEBA 2DE2A 5TP9B 3U93A 1ELJA 5KZTA 2O69A 1LB8A 1B4ZA 1GVCA 1QW0A 4EQ9A 1R9QA 3T9XB 1M5FA 2Y84A 3PMVA 4NF6A 5FTIA 3UORA 3G3JA 4HCYA 2O68A 2X7QA 1KWHA 1AMFA 2DXRA 3H7MA 2YJPA 3OO9A 1P1OA 4H65A 1R6ZA 3KGCA 2UYFA 1A7LA 3H03A 3DELB 2QS2A 3KJ7A 3TFLA 2D5WA 4XTCQ 1MY0A 1BKAA 3R7XA 1EZOA 1LB9A 4YMBA 2A5TB 2V84A 2FA7A 3MP1A 4TLMB 3MVXA 1UTBB 1QUKA 3VXBA 4IO4A 4U1ZA 3OO8A 3GBBA 3BKIB 1URSA 3TTRA 5I58B 1B5HA 4Z7EA 3OOAA 2XX9A 5I57A 3DP6A 4XKNA 2NUVA 3L6HA 2NXOA 5FHNA 2O6AA 3MW0A 1S50A 2Y7KA 3PPPA 3G7WA 3IOTA 3EHSA 2I4BA 1A40A 1MY1A 1B05A 2LAOA 3K1NA 3KSJA 4LONB 3A09A 4POXA 2DS9A 4AB5A 2RCAA 3VLWA 1H76A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PU5A 3ILUB 4GWUA 4DDDA 2ZYMA 1Z7NE 4PAIA 5DVIA 2DVZA 2M8CA 2ZNTA 3E9XA 1M5EA 3UN6A 2WYPA 1IUDA 4QFPA 3O29A 1BIYA 3SESA 2QPQA 5HM4B 1O63A 1PB7A 3ECRA 3MVZA 2PT2A 4U23A 4NF6B 3BFUA 4FAJA 1MQGA 1FBFA 3LSLA 5AE4A 3H6WA 4R2FA 3S4UA 1QJMA 1D9QA 1FBEA 4UA8A 4X04A 4ELRA 2XWKA 2D21A 1URGA 3T9HB 1MRPA 4R72A 3IX1A 1SW1A 1FBDA 1N84A 2I0CA 3FXUA 3K1MA 4PFRA 1NV0A 3BIGA 4GBWA 1RDYA 5L9SA 1POY1 1SD3A 3KC1A 5HBCA 3T9VA 4PDHA 2WBBA 4PAFA 4I9DA 1IXCA 3T96B 2GH9A 3VLVA 1ATGA 1K9ZA 4MAGA 1JVXA 1DOTA 2BJJX 1EZ9A 4GL0A 3HHFA 4PE3A 1B3GA 1OMPA 1MG1A 3MYUA 3IOUA 4NGUA 4FECA 3MPKA 5I57B 3A29A 1I6BA 4MJOA 2PYYA 4ISUA 2REGA 3PUZE 1FPIA 4MH5A 3DLNA 1MXUA 1JEUA 3B6WA 1MM7A 4C0RA 2KQZA 3TQWA 4EDPA 2HXWA 3KSXA 4F31B 1Y4TA 1G0HA 3UA8A 1PBQA 1AL3A 2YPNA 5ITOA 5IZ1A 3K4UA 3TCGA 1B52A 5I2KA 4OWDA 4TLLB 4LZ8A 4RJZA 4KHZE 3SEWA 5TPAA 5FHOA 3KG2A 1LFHA 4N8YA 4U22A 2DSFA 1JNFA 3TQLA 4N07A 4GWXA 5CC2A 3MP8A 4WKMA 3C36A 2Z8DA 4OTEA 1H45A 2QRYA 5DEXB 3K6UA 1Y20A 4LUBA 3LBSA 4KYDA 3R6UA 4FIMA 3LSXA 4OMBA 3OO6A 4F3BA 4FEBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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