1M5FA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j-y702f) in complex with acpa at 1.95 a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 85
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5fA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5fA01
4HTGA 2NVUB 4ZZAA 1B05A 4Z0IA 3BKIB 5TPAA 4DCXA 3U1OA 2W7YA 4H8IA 4H67A 3I5OA 1IEJA 1N04A 2OWTA 4ZS9A 1SQYA 4LQ5A 2Z8DA 4HCWA 3G3GA 2XX8A 5I2NB 2RF1A 2H5YA 3MVZA 4EQ9A 4MFIA 3T9VA 1DOTA 1I6AA 1POY1 1CE2A 2XXQA 3ZKKA 1XT8A 5J1DA 2F5XA 4YKIA 5ICTA 4ZECA 1B3HA 2OJTA 3FVOA 3VLUA 5CI5A 3PPPA 3G3KA 5DVFA 2PYYA 3OSQA 1MRPA 3K0VA 3QIMA 2DWHA 1ELJA 3RNNA 2QL3A 3TTMA 1B0LA 5KDTA 3KZGA 3C34A 3Q27A 1JETA 1N84A 4LVQA 2ZYOA 5I56B 3O9PA 4XKPA 4IO4A 4EF1A 5KCJA 3H7MA 3LSLA 4JWXA 1B46A 5DT6A 3M3FA 5B7DA 1DSNA 2OZZA 3CG1A 1NKXA 3MW0A 1B5IA 1MM7A 2XD2A 1JNFA 4BDNA 4F2OA 3B6QA 3OO7A 3IX1A 3MPKA 3PUWE 5I84A 2O51A 1NH8A 3HSTA 4BDLA 4U4XA 2R6GE 3SEWA 4PE5B 3Q29A 2HXWA 5FTHA 2DS9A 1XVXA 2Y7KA 3GXAA 2DWAA 1ZIUA 5DEXA 4XKRA 4N13A 2Q8JA 5ISUA 2O7IA 4R6HA 2QS1A 2ZYNA 1Y1ZA 3KBRA 1BP5A 1D3KA 2AL5A 4RK9A 3V89B 3K6XA 1SW4A 1Z7ME 4QFNA 4F3BA 1O63A 2G29A 4FJPA 3L6HA 3KN8A 4ZE8A 3RT8A 4C1UA 1Y4TA 4DZ1A 3KOTA 2V25A 2ZNTA 4O3CA 3ECRA 1MQIA 3RLFE 5KCJB 4XTCQ 4YU0A 4ESXA 2PBWA 2NWJA 2ZMBA 2XX9A 3FVNA 2DE4A 2PT2A 2I6EA 1GR2A 4G4PA 4I1DA 4F39A 2HQ0A 1SYIA 1A7LA 4IO7A 1YAEA 4EDPA 1DTGA 1OQGA 5CC2A 1BLFA 3V8XB 3TMGA 5DEXB 1T0KA 4QSCA 1YPNA 3RTFB 4GXSB 5DVIA 1USYH 4OENA 4FAJA 3UK4A 1WDNA 4TLMB 1R6ZA 3TKDA 2H4IA 3BFUA 2ESNA 4EQBA 1N0TA 1UTHB 2BJJX 4LZ5A 3VLVA 2XX7A 4DIGA 4ESWA 1TFDA 1TWYA 1SD3A 3A3UA 3PPNA 1DPPA 1NL5A 1US5A 3IORA 1MH3A 5JEIA 3GBAA 1II5A 1MXZA 1S50A 3LC8A 2XXXA 1P1OA 4NWDA 1JVXA 5H8QB 1JVYA 4NMYA 1MG1A 2F8DA 1IITA 1LAFE 2DWIA 3MJNA 1MPDA 1M5CA 1B9JA 3QSLA 1D4NA 1N3XA 5TP9A 1I69A 2HFBA 4QFLA 4H5FA 1MDP1 3TYHA 1ZTYA 4AQ4A 3OEMA 4MLVA 2HAUA 3OO8A 2B65A 3GLBA 4OYVA 3PD9A 3G3HA 4DDDA 2CZLA 3IJXB 4ECFA 1ZKBA 2GFEA 3RY3A 4JB7A 2YJPA 1P99A 1PBQA 3L6GA 3VVFA 4KCCA 4Q0CA 3MC2A 4Q8RA 1LAXA 1GTKA 4DXCA 2QS2A 3N6UA 3U93A 2V3TA 1NMUA 1B0HA 2P2AA 4KYDA 3OMBA 1NNTA 4JSOA 1IXCA 5DTBA 2F35A 4ELRA 1ZLQA 3N26A 4H65A 3ODBA 4YKPA 3C36A 2Y84A 2NOOA 1B32A 3TELA 1R9QA 5IKBA 4KHZE 4OXVA 3CFXA 1NFTA 2QRYA 3S9LC 5L9OA 2D5WA 5M2VA 5HM4B 4F29A 3RPWA 5BUUA 4G8NA 4R75A 3QYTA 3T93B 5TP9B 3K6UA 5JTYA 3CG3A 1XS5A 1PB9A 1AL3A 1UTBB 3U72A 2UYEA 1B3LA 2ONRA 1A8EA 4OVJA 5CMMA 1ZMGA 3G3IA 3PD8A 3T22A 3E9XA 2ALUA 3C4MA 3DP8A 1MXWA 4ZE9A 3RT6B 3KG2A 1JEUA 1MY4A 1LLSA 3IB0A 4GL0A 1AIVA 4H1XA 5F7VA 3TQWA 3S2VA 3PUVE 3GZGA 3MP6A 1XC1A 5L9SA 3BFTA 3PUYE 1B7UA 2F78A 4IO2A 2Q88A 4Q5TA 3H6WA 1FQBA 1NNPA 2F7BA 1MQDA 2O69A 2QJEA 4MH5A 5KZTA 2Y7WA 5H8HA 1IXHA 3K1MA 4ZEFA 4R6YA 4XIGQ 1Y4CA 3G3FA 3E3KA 2KLFA 5ELVA 3TCHA 4DCYA 2UVGA 5AA3A 4LZ7A 5JTYB 5CBSA 2V3UA 3CSGA 1PB8A 1FTKA 1PDAA 1MQGA 3WAEA 3ZSFA 4OMBA 3CFZA 3ILTB 1P1WA 3R6UA 3IB2A 1P1UA 3VVEA 2XXYA 1VFEA 1QKBA 1Y3QA 1FW0A 4OESA 3N5LA 4R9GA 1FTJA 4ZZEA 3LBSA 3O6HA 1SYHA 4UA8A 4NEDA 3O2AA 1FQFA 2OBGA 2XHDA 3FXQA 3MVWA 1FTMA 1MY0A 1PB7A 1M5FA 4ELPA 2I0CA 3S9EA 2Z8FA 5H8HB 3QUFA 4BDOA 3TQLA 1EZOA 2DWJA 4PP0A 4F31B 5I59A 2RINA 1B7ZA 1OVBA 1B58A 1MDQA 1VE4A 2RC8A 4GL8A 4OFLA 3D4GA 5BWJA 2HEUA 2G93A 1Y3PA 2QS3A 2O1MA 1FQCA 5DVJA 3SEXA 2Q9TA 3VXCA 4LZ8A 4OWDA 3K6VA 2I0BA 1USYE 3O97A 4IB2A 4R73A 1MPBA 3VXBA 1OQHA 1H44A 3PPOA 5TPAB 1R9LA 3MVYA 1MM6A 2Z8EA 3H03A 2ABHA 4LUBA 1HSEA 3K6WA 3MP8A 1QUJA 1N76A 3QK6A 1ZJLA 3B6TA 3C33A 4ZEBA 3FXUA 1MQJA 1MXXA 2LAOA 3IO6A 1ZU0A 3MZ1A 3HPIA 2OWSA 3DP6A 3OEKA 2H99A 1JEVA 1M5EA 2UVHA 3K00A 1MPCA 1ATGA 3TPAA 4WEDA 2DXYA 3SESA 3O6GA 1WODA 3B7DA 5I59B 2O1LA 2QMWA 2X7QA 4FEDA 4OFOA 3Q26A 3Q28A 2H25A 1NNFA 4PFYA 1NNKA 4G77A 4R2BA 3IAZA 5KDTB 4YB7A 1B4ZA 4FEBA 4H0WA 4O3BA 3HCQA 4THIA 3IK6B 2Y7IA 4GRKA 3AXFA 5JK4A 1PC3A 2DQVA 1H45A 5B70A 3ILUB 4DLDA 2F97A 5CRYA 4N6PA 1QUIA 2D21A 3CI8A 2GHAA 3QAXA 4RA1A 5EHMA 3G3JA 2XXTA 1B1HA 4U4SA 5HPQA 1SI0A 1LBCA 4YKKA 1MY1A 4MLQA 4GOTA 1MH4A 3FJ7A 1EZ9A 4KD5A 4OETA 2P0SA 2ZYMA 4TQUQ 3UN6A 3OSRA 4F2QA 4OEUA 1SBPA 3CVGA 1QJMA 1HSJA 3IO4A 3FVGA 1L5TA 3TUSA 2RCAA 4OZ9A 2DVZA 2VD3A 3ONMA 3EPEA 5DYHA 3FV1A 4RPNA 3UA8A 3WAFA 2ONKE 4TLLB 5CMBA 4JSDA 3IOTA 3RUMA 1UIUA 1URSA 2AL4A 4F1UA 4HCYA 3H06B 1YCJA 3LSXA 4X1DA 4KR5A 4G68A 2FA7A 1CB6A 1Q35A 4M1VA 3QXMA 3TZAA 2GHBA 4M4GA 2DVCA 3BBRA 3OO9A 3SEUA 2M8CA 5TU0A 1Q1KA 3F11A 3S4UA 3IOVA 4BDRA 2DE3A 3PPQA 1R1NA 3LSFB 4GWOA 4N07A 1OLCA 1LB9A 4U21A 3IJOB 3KJTA 2VGQA 1M5BA 4FECA 2YPNA 4MBPA 4FATA 5AA4A 4YB5A 3MAMA 2XXVA 1XOCA 4F18A 3JYRA 4HS7A 1QULA 3FJGA 2DSFA 5CMKA 1SI1A 4GFRA 3KJ7A 2I4CA 4EQ7A 1B4HA 4JXIA 1XHYA 1JW5A 3MZ9A 4QHQA 3O66A 4GXAA 5IAIA 2Z22A 1B5HA 2B3FA 4EF2A 1B3FA 3W9WA 4RY1A 1US4A 5CBRA 3KSJA 1A8FA 3S9NC 2Y7PA 1SVXB 2X7PA 4QFPA 1NH7A 1RKMA 3TTRA 1I6BA 2I48A 1AH5A 4C1TA 4P0IA 2RC7A 4X48A 3M3LA 4RPOA 1H3DA 4KYEA 5EYFA 4K3FA 2PVUA 4R2FA 5AA2A 2DYXA 2F7AA 2HZKA 1JW4A 4NF5A 4GD5A 1FTLA 4JWOA 1A40A 3PMWA 4MF3A 1B3GA 3R26A 1Y9UA 1POTA 1B2HA 5ITPA 4NF8A 3IB1A 5AA4B 3K4UA 3FATA 2QMXA 5I58A 5CMCA 4YMAA 1B51A 3E4RA 3H6UA 4JDFA 3G7WA 3M8UA 4FORA 4QFOA 3H6VA 2D3IA 3A09A 3OELA 3TTLA 4KI0E 2RC9A 3E13X 2E1SA 2Z23A 1ZBMA 3MWBA 3TFLA 3UIFA 4ZEIA 1VFDA 4FE8A 4LATA 4XKQA 3UGWA 3OO6A 1FQEA 3SERA 3HHGA 5I2NA 1RYXA 4R74A 3I3VA 2O68A 3U8QA 1N7XA 4YB6A 1SW1A 2Q2AA 3TEPA 4BDMA 1QUKA 4RJZA 3CSBA 2PMSA 4P0GA 3KEIA 5K2YA 1EH3A 1MXYA 3IL1B 4RNSA 4NF5B 3MP1A 4Q30B 2P1SA 3TODA 4P11A 2IEEA 4EUOA 3EHUA 4DXUA 2XD3A 2DP8A 1F9BA 1VR5A 5L9MA 3O28A 1FQAA 4NF8B 3C32A 5FHOA 2X26A 5I2KA 2E0SA 1LFGA 3M3KA 3A3CA 5I58B 1HSLA 3K02A 2ZXTA 1A54A 1QKAA 4DXBA 3VLWA 4QFKA 4GIZA 1GGGA 3FJMA 1N3WA 4RK2A 2XXRA 3T66A 1FCKA 2FNCA 2THIA 4BLAA 4G8HA 2FYIA 4NF4A 3LUYA 2R9JA 3EQ1A 4WEPA 2XXUA 3KFMA 4NE4A 2GH9A 5FHNA 1BIYA 4I9DA 3RN8A 2OK2A 3ZKLA 1PBPA 2QPQA 1H76A 3HO7A 3T9HB 2YLNA 3N6TA 1J1NA 2DOJA 1H43A 5AA1A 4YKJA 1MY3A 3H4ZA 3S9MC 1KWHA 4JBZA 3HV1A 4PQJA 4OQOA 3ZS6A 4OERA 4U1ZA 4NF6A 4R6KA 1B5JA 1LCFA 4PFWA 3UP9A 2OCUA 2ZNUA 2REGA 3C9HA 3TTKA 5AA2D 5I2KB 3PPRA 3PMVA 2DXRA 4JWYA 3RQTA 5L8DA 1OIBA 1P1NA 3O6IA 5AE4A 2A5SA 2UVJA 3MBPA 1IIWA 3TCFA 3PV0E 3KOSA 4GQOA 4ZEDA 1DTZA 3I6VA 4EXKA 4QRZA 1P1QA 4EXLA 3FXRA 2HCAA 3OD7A 4NF4B 2V93A 3FZVA 4GF8A 4G8MA 4RYAA 1EU8A 1LBBA 1URDA 4LP2B 4WXJA 1IQ7A 5FTIA 3T9UA 1JW1A 4ZDMA 4IO6A 3FASA 1O64A 3CFLA 3USDA 2F6PA 3SEYA 3JV9A 4F3SA 5FHMA 4PFUA 2Y7RA 1IUDA 2QS4A 1MY2A 5H8NA 1AOVA 2I3VA 1RYOA 1UTHA 1D9VA 3TTNA 3T96B 1Y3NA 4ELQA 5K2XA 4KCDA 3U94A 4G2ZA 2I58A 2V84A 3CIJA 4UACA 3EHSA 4NF6B 3DP4A 1LB8A 3THIA 2V3QA 3SKPA 4NWCA 1QVSA 4BDQA 1BKAA 3K01A 4YMBA 1LSTA 4XXUA 5H8QA 4POWA 3N94A 1LFIA 1S9TA 1A99A 4AB6A 3P7IA 2NUVA 3SEVA 1OMPA 4IGRA 4LONB 2VP1A 4LA9A 3CR9A 3R7XA 3HHFA 2F7CA 3W15C 1JQFA 4H5GA 4ONYA 1FTOA 4GLIA 4Z7EA 1N7WA 1B7HA 5A5XA 3IR1A 2Q2CA 3FUZA 2QSXA 2B3BA 2GRVA 3MPLA 2ZYKA 2O6AA 1B6HA 3K1NA 3HN0A 1A55A 5H8NB 2Q89A 1IXIA 1B1XA 2F6GA 3MQ9A 1B3EA 4PFTA 3TCGA 4F3PA 3C35A 4ELOA 2O7UA 1TXFA 4YICA 3H6TA 3RGYA 5H8FA 4XKNA 3K2DA 4X9TA 5LOMA 2UYFA 1UIVA 4NTLA 5I57A 3LSWA 4I8CA 1TFAA 2XXHA 4YZZA 4IO3A 1I6QA 2REJA 4F19A 1B40A 2RCBA 3VE1B 1LGBC 2A5TA 3TDJA 3PGFA 1FQDA 3OOAA 1UTBA 1MXVA 4L17A 3PMXA 4U23A 3VDFA 2DE2A 2HZLA 5F1QA 5A5XB 2ONSA 3IOWA 2ZNSA 4OTEA 3UORA 4QSDA 1DPEA 3B6WA 2UXAA 3PUZE 1BTJA 2H98A 4OEVA 1S7YA 3FIRA 2ANJA 1Y20A 1Y1MA 2XXPA 2VOZA 1YTVA 2I3WA 3DLNA 3SETA 5HBCA 5ICQA 3PU5A 3V5AA 1EZPA 4G68B 2O84X 2R71A 1IZ1A 3VVDA 1MS7A 3KN3A 3SDFA 1MXUA 4E0XA 1IXGA 3KGCA 5H8FB 3RTWB 3V83A 2CMOA 3JZJA 2IA4A 1XVYA 1SW2A 4KFQA 4U2RA 4KYSA 5I57B 4POXA 2I4BA 3FV2A 3MUQA 4ZEKA 4X1BA 5EHSA 3DELB 4IY5A 2UVIA 3CRBA 1O7TA 4IO5A 4AB5A 2AIXA 4DE8A 2I49A 4F22A 2A5TB 2AYSA 2XXWA 1SW5A 3IOUA 4H6DA 4QF9A 1UQWA 2PX1A 4R72A 4ND9A 4H8JA 3K1PA 4KPTA 3VFJA 2NXOA 3T9XB 1VSOA 3W9VA 3MVXA 1M5DA 2OLBA 2F34A 1LAGE 2PT1A 3DM0A 1LCTA 3LR1A 5ITOA 3FGSA 4WKMA 1DMBA 4FIMA 1QW0A 3PUXE 5CM6A 1GV8A 3C31A 3Q25A 4U1OA 4R9FA 3FD3A 3MZBA 4PETA 3KN7A 5H8SA 3OXNA 4G68C 1D9YA 4I62A 4OHNA 1LFHA 4YAHX 1AMFA 3O29A 2VD2A 1LAHE 3D4CA 3H3GA 4O3AA 4F1YA 4U22A 1B52A 1PEBA 2F36A 5AA2B 4GVOA 2WKYA 3GBBA 4F1VA 1MQHA 2XXIA 1Z7NE 2H9BA 4KQPA 1ANFA 4E0WA 4QSEA 4IGTA 2VHAA 3EF7A 4IY6A 2RKMA 2HAVA 1OLAA 3U92A 1WVJA 4C0RA 3VV5A 1TT1A 1GVCA 1URGA 3TAJA 4HW8A 3EN3A 3EHTA 4OFJA 3QUJA 3KSXA 5I56A 4F3GA 1SDXA 1OVTA 4ISUA 3OENA 4TOZA 4RXLA 4LQ2A 3FVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N91A 4HTGA 2NVUB 4OVPA 4ZZAA 2PCRA 1B05A 4Z0IA 3BKIB 5TPAA 4DCXA 4P9KA 3U1OA 2W7YA 4H8IA 4H67A 3I5OA 1DBZA 1IEJA 1N04A 2OWTA 4ZS9A 1SQYA 4LQ5A 1BK4A 2Z8DA 4HCWA 3G3GA 2XX8A 5I2NB 2RF1A 2BJIA 2H5YA 3MVZA 4EQ9A 2XWIA 4MFIA 2GQ1A 3T9VA 1DOTA 1I6AA 1POY1 1CE2A 2QVRA 2XXQA 3ZKKA 1XT8A 5J1DA 2F5XA 4YKIA 5ICTA 4ZECA 1B3HA 2OJTA 3FVOA 3VLUA 5CI5A 3PPPA 3G3KA 5DVFA 2PYYA 3OSQA 1MRPA 3K0VA 3QIMA 1KA1A 2DWHA 1IMAA 3IFCA 1ELJA 3RNNA 4XEQA 2QL3A 3TTMA 1IMEA 1B0LA 5KDTA 3KZGA 3C34A 3Q27A 1JETA 1N84A 4LVQA 2ZYOA 5I56B 3O9PA 4XKPA 2B4LA 4IO4A 4EF1A 5KCJA 3H7MA 3LSLA 4JWXA 1B46A 1NV6A 5DT6A 1Q9DA 1LBZA 3M3FA 5B7DA 1DSNA 4JVCA 2OZZA 3CG1A 1NKXA 3MW0A 1B5IA 1MM7A 2XD2A 1JNFA 4BDNA 4F2OA 3B6QA 3OO7A 3IX1A 3MPKA 3PUWE 5I84A 2WBDA 1JP4A 2O51A 4I3EA 2R8TA 1NH8A 3HSTA 4BDLA 4U4XA 2R6GE 3SEWA 4PCDA 4PE5B 3Q29A 4PDDA 2HXWA 4HXVA 5FTHA 2DS9A 1XVXA 2Y7KA 3GXAA 2DWAA 1ZIUA 5DEXA 4XKRA 4N13A 2Q8JA 5ISUA 2O7IA 4R6HA 2QS1A 2ZYNA 1Y1ZA 3KBRA 1BP5A 1D3KA 2AL5A 4RK9A 3K6XA 1SW4A 3V89B 1Z7ME 4QFNA 1FBHA 4F3BA 1O63A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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