1M5FA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j-y702f) in complex with acpa at 1.95 a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 85
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5fA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5fA01
3TTMA 3OO8A 2AYSA 4LQ5A 4BLAA 3HCQA 5CMBA 4BDMA 2QMWA 1CE2A 3RN8A 1FQEA 2V3QA 4OXVA 4ONYA 2H4IA 5CBRA 2I48A 5TP9B 1LFIA 3G3HA 3IORA 4Q0CA 3SEXA 1YCJA 3THIA 5FTHA 3TQLA 4JWYA 2H98A 3SDFA 2O6AA 2Y7PA 3KG2A 3B6QA 4F18A 1B9JA 1URDA 3S9LC 3PPPA 3O9PA 2Z8EA 3RNNA 1QVSA 2AL5A 4LZ8A 2I3WA 4IY6A 4NF5B 4F2OA 4ESWA 1BKAA 4ELRA 2D5WA 3PU5A 3FXRA 3K1MA 3H6VA 1H43A 1USYH 3B6WA 3T96B 3VV5A 1SI1A 3ILUB 2DS9A 4ZS9A 4EXLA 3VLUA 5I2KA 4YKJA 1N7XA 5I56A 4ELOA 5EYFA 1Q35A 1AIVA 3UIFA 5ELVA 2ESNA 1MXYA 3OSQA 3Q29A 3B6TA 3ODBA 3MBPA 3IR1A 3U72A 4RY1A 4IO6A 3AXFA 3VVEA 4F29A 2UVGA 5ITPA 1B6HA 3IOUA 1JVYA 3T22A 2W7YA 3OMBA 1BIYA 4OESA 4G68C 1B7HA 1QUJA 1FQFA 2DE3A 3HHGA 3R26A 3TTKA 3EPEA 2ALUA 1JETA 3FATA 5I59B 1D9VA 1IQ7A 5FHOA 2F6PA 2B3FA 3DP8A 5EHMA 4Q8RA 4M1VA 3IB1A 1OQHA 1B3HA 3IB2A 3TODA 3TPAA 4DE8A 4X48A 1FW0A 1N04A 4PFYA 3TYHA 2VHAA 2XXQA 2QJEA 1Y4CA 3H3GA 3K2DA 3V5AA 2NOOA 2ZNSA 2DOJA 3IAZA 1SQYA 3TTRA 1ZU0A 4H8IA 2ZYKA 1SDXA 3VXCA 3FD3A 3PD8A 3FJGA 4R6HA 3OEKA 5FTIA 3SEVA 2ZYMA 5CI5A 3OO7A 2F78A 2RCAA 2QRYA 1LCFA 2I58A 2RKMA 3O6IA 2NXOA 1P1OA 1MS7A 1BTJA 1MXWA 4YMAA 3GBAA 4LUBA 1UTBA 3K6XA 2HQ0A 4H65A 1MM7A 1SYIA 3MPLA 3M3LA 4I62A 2RC9A 1N0TA 3H4ZA 5I58B 4BDLA 2O1LA 5CMCA 2REJA 2PT1A 4G68A 4F3GA 3QIMA 3PMWA 5IKBA 3RUMA 1MH4A 3FJMA 3KGCA 4OFLA 4ZEDA 1JQFA 4XKPA 3KEIA 5DEXA 2Y7KA 5H8SA 3W9VA 3O28A 2DE4A 1CB6A 3FASA 4YU0A 2DVCA 5K2XA 3RGYA 1URGA 2PX1A 1MY2A 2CZLA 2ZNUA 3RPWA 1SVXB 4NEDA 4WKMA 2Y7WA 3WAFA 4GRKA 5K2YA 4R6YA 4YB6A 1UTHA 3H03A 1B0LA 4ZEFA 4R9GA 2XD2A 1ZTYA 5CMKA 2O7IA 2P0SA 5J1DA 2F97A 5HM4B 4R75A 5DVIA 1J1NA 2XX7A 4OHNA 1XHYA 4OZ9A 4KYEA 1VR5A 5FHMA 4EQ9A 3UA8A 3K02A 3MC2A 1GV8A 3OD7A 2H9BA 4QHQA 4JB7A 1SD3A 2OBGA 4GQOA 4G2ZA 4YICA 4YZZA 3MVXA 5AA1A 4U22A 4EQBA 3OELA 3VXBA 3G3JA 1B3FA 1IUDA 4FATA 2O7UA 4KI0E 2VD3A 5H8QA 4YAHX 4DZ1A 1ZMGA 1Y1ZA 4F1VA 3IOTA 4XXUA 4EQ7A 1M5EA 3S9EA 2I49A 1TFAA 1QUIA 3SEUA 1OLAA 3MWBA 2Q9TA 1EZPA 4ZZAA 2QMXA 1TFDA 1XS5A 3GXAA 4HCWA 4Z0IA 2F7CA 4LVQA 3RT8A 2QS2A 2FNCA 1MQIA 1B3GA 3T9XB 1ZBMA 3FV2A 4JWXA 1B51A 1SI0A 4TOZA 4JSOA 5DTBA 4OYVA 5H8FA 4PE5B 1XC1A 2HXWA 3JYRA 4NMYA 2QS1A 2Z22A 2QL3A 1WVJA 5DVJA 2Y7RA 4H1XA 1ZIUA 4MBPA 4GL0A 2ONSA 2GRVA 2RC8A 1US4A 1MPDA 3PMXA 1M5DA 3S9NC 1B32A 2XXRA 1N3WA 4DCYA 3PUWE 1ELJA 4QSDA 2XX8A 3GBBA 3OSRA 1DPPA 4IGRA 3JZJA 3Q26A 3H6UA 4N07A 1JEUA 4R74A 3C36A 4LZ7A 3A3UA 5DVFA 2I0BA 3L6HA 1SBPA 3T93B 1JW5A 2XXYA 3H6WA 4POXA 3RY3A 1P1NA 1LCTA 4BDQA 4ZECA 1F9BA 1OLCA 2HAVA 3Q28A 4NWDA 4XKNA 3FXQA 5TP9A 3OOAA 2V25A 1B7ZA 4XIGQ 3O66A 5AA4B 5AA2B 3DP6A 3SEWA 4Z7EA 1LSTA 1UIUA 5JEIA 1IXIA 3BKIB 3U93A 5KCJB 2H5YA 1Q1KA 3N26A 2IEEA 3RQTA 4RA1A 3LSWA 4NF5A 3K0VA 3KSXA 1B4HA 1PBQA 1Z7ME 3MZ9A 1HSLA 1A40A 4RNSA 1P1QA 5F1QA 3KN3A 2B3BA 1JNFA 4U2RA 1MPBA 1B58A 1OQGA 1Y20A 4ZDMA 4U1OA 4QFPA 3S2VA 4HTGA 1GGGA 2QSXA 3C35A 1MDQA 3C32A 1MPCA 2X7PA 4QFKA 3SETA 2DSFA 1YTVA 5M2VA 2FA7A 3W15C 2F34A 3M3FA 1H44A 1NNTA 4GD5A 4LONB 1B0HA 1VFDA 3CR9A 3KOTA 4G8MA 2HZKA 2VP1A 2GFEA 4P0IA 5KDTB 1XVYA 4G4PA 1IITA 3T66A 1IXGA 1TWYA 3KN7A 2HZLA 1Y4TA 3OENA 4PFWA 1Z7NE 4KPTA 1USYE 4IO5A 5HPQA 3RTFB 1LLSA 5I59A 3FGSA 4KD5A 3K1PA 3CFLA 5L9SA 4FEBA 4LP2B 5BUUA 4PQJA 3I3VA 1B5HA 1B5IA 4H5FA 1LAFE 3VVFA 1NFTA 2O51A 3V83A 4BDNA 2PYYA 4WEDA 2ANJA 4IB2A 5EHSA 1VFEA 4F31B 3RTWB 4BDOA 1MXXA 3T9UA 2XXWA 3TMGA 5TPAB 2FYIA 4DXUA 1PEBA 2RC7A 3ZS6A 1FTJA 4RXLA 1MRPA 4R6KA 2OLBA 4HW8A 3U92A 4GXSB 4DXCA 3EF7A 3B7DA 3KJ7A 1SW2A 3E9XA 4F22A 1P99A 4GXAA 4QFNA 5CMMA 4DIGA 1O63A 3IK6B 1JEVA 2QS4A 3PUVE 1LFHA 2P1SA 1POY1 2M8CA 2DWIA 4X1BA 4XTCQ 3CVGA 5I58A 3FXUA 5DT6A 4EF1A 2A5TB 2I4BA 4JBZA 4KYSA 3H7MA 4G8HA 1AOVA 2DWAA 2XXPA 4YB5A 4OEUA 4YKKA 2D21A 4X9TA 4DDDA 4N6PA 2OCUA 1FTKA 4NF8B 3CRBA 1NH7A 4LATA 1Y3PA 2HFBA 3DELB 4DXBA 2XXHA 3CFXA 1ZKBA 4GIZA 1FTLA 2OWTA 4ND9A 3K6UA 4F1YA 1MQGA 3DLNA 1MXZA 2DYXA 1AH5A 4HCYA 3PPRA 4IY5A 1MDP1 1NNPA 2G93A 4NF4B 3KBRA 4OERA 2UXAA 1II5A 3HHFA 4DCXA 1XVXA 1PDAA 4GL8A 3LC8A 4IO3A 2KLFA 2Y84A 2XX9A 2X7QA 2Q2AA 3O97A 2XXUA 3I6VA 4IO7A 4NF6B 1XOCA 2H25A 5JTYB 3IJOB 3CG1A 1DSNA 1SW5A 3MW0A 4UA8A 2A5SA 4R2BA 3HN0A 5B70A 1EU8A 1IEJA 5TU0A 5FHNA 1ZLQA 1PB8A 4F3BA 3TCGA 4U23A 4C1TA 4H67A 1Y9UA 3TKDA 3C33A 1WODA 2V3TA 4C0RA 3FVOA 1LBBA 1B1HA 3S4UA 3CSBA 2P2AA 1TXFA 2R6GE 3PUZE 1Y3QA 3L6GA 2Y7IA 4OMBA 3QK6A 1LB8A 3FJ7A 3G3KA 3BBRA 4EXKA 3PPNA 1MY1A 3DM0A 4ZZEA 1D4NA 3QXMA 2DQVA 2PT2A 2ABHA 1B1XA 5AA3A 3ZSFA 4RK2A 3M8UA 3CSGA 4KCCA 1A7LA 3PUYE 5H8HB 1O64A 2ZYNA 2O84X 5F7VA 4GWOA 3MZBA 3HSTA 1FCKA 4IGTA 2XXTA 3HO7A 5BWJA 4OWDA 4RK9A 4GLIA 1UIVA 3I5OA 5AA2D 1DPEA 3EHTA 1M5FA 1LAXA 2UVJA 3GZGA 4PFUA 3CFZA 1N7WA 1FQCA 5LOMA 1AL3A 3IB0A 3TCHA 1P1WA 1IXCA 3FZVA 2GHAA 4GFRA 3ECRA 2XHDA 5I57B 3CG3A 1NNKA 3S9MC 3TUSA 4NWCA 2RF1A 3K4UA 3OO9A 4TLMB 1UQWA 3ZKKA 1AMFA 3R6UA 3ILTB 4OFJA 4QFOA 1NKXA 3PD9A 4BDRA 4GVOA 5AA4A 3IOWA 5AA2A 1B05A 1FTMA 2I6EA 2G29A 2I4CA 1EH3A 1PC3A 1ZJLA 3PPQA 4OQOA 4FEDA 3KZGA 2Q2CA 3R7XA 3SKPA 5KCJA 1A8EA 2DWJA 4ZEBA 3VFJA 2PVUA 2OJTA 1XT8A 4C1UA 3LUYA 4N13A 3MVYA 3U94A 2VD2A 3HPIA 3TTLA 3PGFA 3VLWA 1MQJA 1LAGE 3N5LA 4KYDA 4RYAA 1LB9A 4E0WA 4YKPA 4OEVA 1OVTA 2Z8DA 4I9DA 3OEMA 4YMBA 1IZ1A 1N84A 5L8DA 4JWOA 2HCAA 2WKYA 1H45A 2HEUA 2ONRA 4KR5A 5H8NB 4OFOA 1MQDA 2R9JA 2R71A 4YB7A 1WDNA 4L17A 1GTKA 1KWHA 4QF9A 1Y1MA 1PBPA 3OXNA 4U1ZA 1RYXA 1LFGA 2UYFA 2F8DA 3QYTA 3P7IA 3MP6A 3E4RA 5IAIA 1R1NA 4H6DA 4MLVA 2VOZA 4I1DA 4O3CA 3SERA 5KDTA 2V3UA 4FECA 1MY3A 3E3KA 5A5XB 1BLFA 3GLBA 2F36A 2REGA 1M5CA 4NTLA 1FQBA 4O3AA 4Q5TA 2ONKE 4MF3A 4G8NA 1N76A 1R9LA 3BFUA 1R6ZA 2Z8FA 2NVUB 5AE4A 2QPQA 4RJZA 3D4GA 4LZ5A 3TQWA 1B40A 1QW0A 4ZEKA 1FQDA 3KFMA 4KHZE 2XXIA 4F2QA 3IOVA 2CMOA 2F6GA 4GF8A 4P11A 1B7UA 4EF2A 5I2NB 3UORA 4LQ2A 4G77A 3IL1B 1HSEA 3UGWA 3KSJA 1B2HA 1YAEA 2ZNTA 2BJJX 3C31A 4XKQA 2O68A 5TPAA 2XD3A 2UVIA 2PBWA 5CBSA 1FTOA 1OVBA 1DTZA 4TLLB 1MQHA 3E13X 2ZYOA 5CC2A 1RKMA 4ISUA 4U21A 1B52A 3EN3A 4IO4A 2GHBA 2Q88A 5JK4A 3TAJA 4H0WA 1QKBA 2DXRA 4WEPA 4O3BA 4RPNA 4EUOA 4UACA 4OTEA 3CI8A 3ZKLA 1D3KA 2QS3A 3MAMA 5ITOA 3K6VA 2E1SA 2A5TA 1B4ZA 1OIBA 3IO6A 1GVCA 1M5BA 1NH8A 3IJXB 1VSOA 4H5GA 4R9FA 3TEPA 3V8XB 3VVDA 2Q8JA 3TDJA 4F39A 2YPNA 4JXIA 5KZTA 3QSLA 1LGBC 3TZAA 1BP5A 4H8JA 4NF8A 3FV1A 2Q89A 4RPOA 3WAEA 2I0CA 3SESA 4U4XA 2ZXTA 1T0KA 3KN8A 4MLQA 2NWJA 3MUQA 3O6GA 5ICTA 2F35A 5I2KB 2D3IA 3VDFA 1B3LA 3VLVA 5I56B 2XXVA 4E0XA 1N3XA 3G3GA 1MXVA 2F5XA 3EHUA 4NF4A 4TQUQ 5DYHA 4IO2A 1MM6A 4QSEA 5HBCA 3M3KA 4ELQA 1DMBA 2DP8A 2YLNA 4YKIA 1NL5A 3G7WA 4NF6A 4PP0A 3MP8A 1I6BA 4FE8A 1I6AA 1QULA 3D4CA 5JTYA 1S9TA 3EHSA 4AQ4A 3LBSA 4THIA 5L9OA 1SW4A 1NNFA 4KCDA 4FORA 1S50A 4OETA 3H6TA 1ATGA 3RT6B 4FAJA 4Q30B 1JVXA 2DXYA 2I3VA 3PMVA 3UK4A 1TT1A 2O69A 3KJTA 2O1MA 4AB6A 2DWHA 3MVZA 5CM6A 3A09A 2RINA 3QUFA 4JDFA 2IA4A 3N6TA 3PV0E 4FJPA 2Z23A 4ESXA 3JV9A 1ANFA 1QKAA 2ZMBA 2V84A 4QRZA 1GR2A 4ZE8A 5H8HA 2OK2A 1H76A 1URSA 4F3PA 3K6WA 1B3EA 3W9WA 1DOTA 1EZOA 4WXJA 3Q27A 3C34A 3TCFA 3FIRA 4OVJA 5L9MA 4KQPA 3LSFB 4ZEIA 3BFTA 3V89B 3H06B 3PPOA 1OMPA 1NMUA 1IXHA 4EDPA 1A54A 4KFQA 3OO6A 1UTBB 1LAHE 1MH3A 3Q25A 3FVGA 5I57A 2AIXA 4POWA 3IX1A 2PMSA 1HSJA 2OWSA 3LSXA 1MG1A 3FVKA 2H99A 3LR1A 4G68B 4R2FA 4K3FA 3USDA 1SYHA 1LBCA 3FUZA 2V93A 4P0GA 2HAUA 3U1OA 2OZZA 3G3IA 5DEXB 1I6QA 3A3CA 1A8FA 2RCBA 3ONMA 4MFIA 1PB7A 1YPNA 2E0SA 3MJNA 2F7BA 3KOSA 3LSLA 4ZE9A 4ECFA 1JW4A 3C9HA 3MVWA 3UN6A 2F7AA 5CRYA 2GH9A 1UTHB 3N6UA 1A99A 3FVNA 1L5TA 1VE4A 3SEYA 3N94A 4PFTA 3T9VA 3K00A 3HV1A 2X26A 3TFLA 1US5A 5H8NA 4F19A 4AB5A 2B65A 2DE2A 5B7DA 4NE4A 1DTGA 3IO4A 2THIA 3TTNA 4QSCA 3MP1A 4X1DA 2LAOA 4ELPA 1QJMA 3TELA 1B5JA 1JW1A 1EZ9A 1QUKA 3QAXA 3DP4A 1R9QA 4R72A 5ISUA 5H8QB 3O6HA 2XXXA 4MH5A 1MY4A 5A5XA 1IIWA 3RLFE 2AL4A 1MXUA 4OENA 3PUXE 3K01A 3UP9A 4HS7A 2UVHA 4U4SA 4XKRA 3K1NA 5I84A 1H3DA 1O7TA 3QUJA 1RYOA 2DVZA 1FQAA 4GOTA 4PETA 3VE1B 5H8FB 3MQ9A 1B46A 4F1UA 3EQ1A 3O29A 3CIJA 4LA9A 5I2NA 4R73A 1S7YA 4M4GA 1P1UA 3F11A 4DLDA 4JSDA 1MY0A 1A55A 2VGQA 4I8CA 3O2AA 4QFLA 3U8QA 5ICQA 4FIMA 1POTA 3MZ1A 2NUVA 1SW1A 1D9YA 1Y3NA 2UYEA 3T9HB 1PB9A 2YJPA 1I69A 4F3SA 3C4MA 3MPKA 3G3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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