1M5FA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j-y702f) in complex with acpa at 1.95 a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 85
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5fA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5fA01
3E3KA 5CMKA 4R2FA 1LAGE 3O9PA 5JK4A 3M8UA 3W9WA 1A54A 3VLWA 1TT1A 3N26A 4YB7A 4G2ZA 1N7XA 1N84A 2Q88A 3LUYA 4YKKA 4F39A 4EQ9A 2M8CA 3BKIB 2Q2CA 1EH3A 1PBPA 1IQ7A 3K6VA 4XKNA 3AXFA 2QS2A 5CC2A 4Z7EA 2OWTA 1JEVA 2RC9A 3EHSA 3SEUA 4HS7A 3PGFA 2DP8A 2H5YA 1BLFA 1D9VA 3L6HA 4GWOA 1ELJA 5CM6A 3MJNA 3RQTA 4PQJA 1FTOA 4GXAA 4XIGQ 1HSJA 3SESA 3VE1B 3LSWA 1LBCA 1CE2A 4PFYA 4C1UA 4EXLA 3FV2A 1MPDA 1SDXA 2I4CA 2I58A 4H65A 4P0GA 3H6UA 2YPNA 4H67A 4OFJA 3RLFE 2XXRA 2VGQA 1DTGA 3Q25A 4LONB 3PPNA 1YPNA 4PE5B 4EQBA 4H8IA 5AA2D 1OLCA 3CI8A 2DWIA 1MPBA 1USYE 5TP9B 1SYIA 3KFMA 2B65A 3LSFB 3G7WA 5TP9A 3CFZA 3RN8A 4YMAA 1DMBA 4YAHX 2RKMA 2O51A 4IO3A 4M1VA 1XS5A 4I1DA 1MRPA 2UYEA 1M5DA 3S9LC 4G8HA 2F6GA 1MY4A 3PPQA 3SERA 4I62A 4X9TA 2Q9TA 1UIVA 2Q8JA 1FQAA 3PD9A 5J1DA 4F1YA 3RY3A 1MQIA 2QJEA 3BFTA 3KN3A 3GZGA 2AL5A 2DE3A 3MC2A 4ECFA 1MQGA 3K02A 2NXOA 3KN7A 3KBRA 1B4HA 1B3LA 3K4UA 2ZNSA 4F2OA 3T9HB 3GBBA 4F3PA 4RA1A 4QF9A 4KFQA 3KZGA 4Q5TA 2XXUA 4OWDA 4JSDA 1SI0A 1XVYA 5F1QA 4OQOA 3O97A 3ODBA 2OJTA 1N04A 2ONSA 3RNNA 4F3BA 4LVQA 3TQLA 1O64A 3TCHA 1VSOA 3C4MA 2UXAA 3G3IA 3O28A 4XXUA 3FASA 2OWSA 1GTKA 3TTMA 3RUMA 3IB1A 1XHYA 4KQPA 5FHNA 3O29A 3B6QA 1EZ9A 2IEEA 3Q28A 1B46A 3FV1A 4KHZE 2REGA 2B3BA 1D4NA 3HHFA 1P1QA 3Q29A 1OLAA 2DWJA 1USYH 2ZYKA 3EN3A 4OETA 4H1XA 1DSNA 1BIYA 3MBPA 5H8HB 1N0TA 2F7AA 5H8HA 4R73A 4OEVA 5KZTA 3RTFB 3RTWB 4MBPA 3RGYA 1MY2A 1P1WA 5ICQA 3VLVA 5A5XB 1OVBA 4ZE8A 4ZS9A 2HZKA 1FQCA 1VFDA 3G3JA 2UVHA 4OEUA 4EUOA 4NWDA 1QUKA 4YZZA 4G8NA 2VHAA 4LZ7A 1N76A 5AA1A 3DLNA 3HCQA 3VLUA 2A5TB 2OZZA 2A5TA 1ATGA 1HSEA 1DPPA 1ZJLA 3R7XA 1NH7A 1H76A 2YJPA 2Y7RA 5I84A 4FIMA 2ALUA 2DVCA 5ELVA 3VVDA 1JQFA 2D5WA 1MDP1 2NWJA 3IO4A 4XKQA 1FQFA 5CMBA 3T93B 3JYRA 5EYFA 4C0RA 2UVGA 1Z7ME 3FVKA 5CMMA 1T0KA 3KOTA 2PT2A 3F11A 3RT6B 1I6QA 3IO6A 3CR9A 2X26A 4EF2A 3U94A 1NH8A 2ABHA 5CBRA 1DTZA 4AQ4A 3QAXA 1M5BA 5M2VA 2VOZA 4WEPA 3V5AA 2HEUA 4ELRA 3K1PA 4G68B 1US4A 5B7DA 1A7LA 3HV1A 4G68A 3TAJA 3B6WA 3EQ1A 5L9MA 5JTYB 2NVUB 4RYAA 1H43A 5JTYA 3KSXA 1I69A 4HW8A 5K2YA 4U4SA 4F19A 1B1HA 4U1ZA 1XC1A 1LGBC 3UP9A 4WEDA 4F2QA 3MP8A 3GXAA 4ZZAA 3FVOA 3TTKA 4BDQA 2ZYNA 1B1XA 4OFOA 3A09A 4POXA 2QS3A 3MVWA 3IOUA 2QMXA 3ECRA 1SVXB 4LP2B 3IOVA 3IB2A 5FHOA 2ONKE 1IXGA 4M4GA 1N3XA 3G3FA 4YB5A 1SD3A 3FD3A 2DWAA 2F7CA 3FVGA 4I8CA 3ZKLA 2D21A 1B3GA 4QSEA 4ZECA 4XTCQ 3KG2A 5ISUA 1B52A 1JW1A 3VDFA 3O66A 3TPAA 1N3WA 1MXUA 2V25A 3PD8A 2F5XA 1SW1A 4LA9A 3TEPA 1Z7NE 1B0HA 4FE8A 2FA7A 3OO8A 4JWXA 5AA2B 2I4BA 3B6TA 5AA2A 4ELQA 5I2NB 4H6DA 1Y3QA 1MS7A 4OVJA 3PMXA 3IK6B 1S7YA 1LFIA 3VVFA 4JXIA 3CG3A 3TFLA 3K0VA 2CMOA 4KCCA 1NFTA 1RKMA 1AIVA 4FECA 3CRBA 4R6KA 4YMBA 3SEXA 1DPEA 1Y4TA 2AL4A 4EXKA 3A3UA 1TFDA 4R72A 4FJPA 1LAHE 3DP4A 2PX1A 1B6HA 2HQ0A 3N94A 1B3EA 4R9FA 1Y3NA 2YLNA 4QFKA 2FNCA 2G93A 4RY1A 4O3BA 4R75A 1NMUA 3MPKA 4N6PA 1MPCA 5TU0A 4G8MA 4X1DA 4NWCA 3EHTA 4KR5A 2OBGA 3S9NC 3H4ZA 3MAMA 4IO7A 5H8QB 3SDFA 3OO9A 5H8QA 1EZPA 3QK6A 1A8FA 4NTLA 3KGCA 4F29A 4OHNA 3KEIA 3H6VA 3VV5A 4IGRA 3TUSA 2GH9A 4F1VA 1AH5A 3R26A 4EQ7A 3V89B 2ZXTA 2F7BA 2OCUA 1LAFE 1LAXA 5CMCA 4TQUQ 4HCWA 4HCYA 2D3IA 4GIZA 4LZ5A 3TZAA 3UN6A 2HAVA 4BDRA 3UIFA 1JEUA 1GV8A 1LB9A 1RYOA 3K01A 3W15C 1B7ZA 3PUXE 4GOTA 3VFJA 3M3KA 3FJMA 2ESNA 5H8NA 2DE2A 5I58B 5ITPA 4ZE9A 1AMFA 1QUJA 2O84X 3TTLA 5I58A 1OVTA 3JV9A 4KCDA 4RPNA 4Q8RA 5FTIA 4DXCA 1Y3PA 3N6TA 1ZBMA 4E0XA 3MZBA 4OXVA 2A5SA 3ZKKA 1ZTYA 1UTHB 3TCGA 4R9GA 4DLDA 1UTHA 1P99A 3OEMA 1H3DA 2XX7A 3Q27A 5EHMA 3E13X 4EF1A 3G3GA 1URDA 1ZU0A 4QFPA 3OENA 1KWHA 4IO5A 3K6XA 3B7DA 2XXYA 3O2AA 2V93A 1N7WA 4E0WA 1WODA 5L9SA 2GHAA 1SYHA 3C34A 1EZOA 3GBAA 4NF6B 1GVCA 4NF6A 3IB0A 5KCJB 5KCJA 1A40A 4LZ8A 3U8QA 4DCXA 3PMVA 2XXQA 4BLAA 1Y4CA 4JWOA 2O6AA 1OQGA 1YCJA 1B3FA 1POTA 4ESWA 1MXYA 2H25A 3I6VA 5DVIA 2XD2A 4RK9A 2DXRA 3MP6A 3FXRA 4OENA 4G77A 4FORA 2RC8A 3SEWA 3TELA 4PFTA 2F35A 1B0LA 4IB2A 3CSBA 3UA8A 2XX9A 3CFXA 2Z23A 2VD2A 3USDA 4YKJA 1PDAA 4O3AA 4JBZA 2I6EA 4MLQA 3QUJA 2E0SA 2CZLA 1EU8A 1R9LA 3G3HA 2XXPA 4JWYA 2NUVA 3E9XA 5FTHA 5KDTB 1B5IA 4C1TA 3IAZA 2XD3A 5KDTA 3MUQA 3MVXA 4NF5B 3UGWA 1D9YA 2Z8FA 4U22A 3OO6A 2O7UA 3O6IA 2HFBA 4NF5A 3U92A 1ANFA 4FAJA 1JETA 5L9OA 3PUWE 3JZJA 4H8JA 3VXCA 2PYYA 1M5EA 2Z22A 3DP8A 1NL5A 4ISUA 5BWJA 4U23A 4FEBA 1I6AA 5EHSA 4AB6A 1FTMA 3RPWA 1MXVA 4XKRA 2X7QA 3L6GA 1MXZA 1B05A 2QS4A 3HPIA 2WKYA 4ELOA 1WVJA 5ITOA 1SBPA 1FCKA 1I6BA 5DT6A 5AA3A 1B2HA 3OELA 2R71A 3K6WA 1LLSA 1PB8A 3OD7A 3I5OA 4GLIA 2I0CA 4ZEKA 4LATA 1WDNA 3T9VA 1MQJA 4OFLA 1MY3A 4DXUA 1TXFA 2RINA 4KYSA 2O1LA 1PEBA 4NMYA 3K00A 4ONYA 4RXLA 1MM6A 1DOTA 1POY1 3LBSA 4G4PA 4RJZA 3MVZA 2DSFA 1AOVA 4IY5A 4OESA 1JVXA 4X1BA 3K2DA 4NF8A 3R6UA 2O69A 3TYHA 1NNPA 1FQDA 4H5FA 3EPEA 2I3VA 3T9XB 1SW5A 3OO7A 2Y7PA 4YICA 1URSA 4RPOA 2QS1A 1A8EA 2PT1A 2I3WA 3PMWA 3S9MC 1ZMGA 3N6UA 4BDNA 4GL0A 4N07A 4O3CA 4U1OA 2ANJA 3FXQA 1A55A 1D3KA 4QFLA 2GHBA 2XXVA 1B7UA 2O7IA 1JNFA 3BFUA 4QSDA 1O63A 2PVUA 4Q0CA 4MF3A 4U21A 1QKBA 1MDQA 1UIUA 2DVZA 5H8FB 2H4IA 2R6GE 4RK2A 3ILUB 3S2VA 3MP1A 1RYXA 2F6PA 5H8FA 5DVFA 2REJA 3IX1A 1VE4A 3GLBA 1A99A 4OMBA 4HTGA 3PPPA 1MH3A 3FATA 5DVJA 5AE4A 3D4CA 1NKXA 1B7HA 3FJGA 1NNTA 5I56A 3PV0E 3IOTA 4ZEBA 4H0WA 1OQHA 5I57B 5I57A 2P0SA 3O6GA 1B4ZA 4ZEIA 1M5CA 4GVOA 3HN0A 1QULA 3TTRA 3KSJA 2HCAA 4U4XA 1XT8A 2QPQA 1MXWA 3U72A 4JSOA 1QKAA 3KOSA 4OYVA 3EHUA 3K1MA 4ZEDA 3ZSFA 3OSRA 1ZIUA 2DS9A 2F8DA 1MY0A 4KYDA 2DXYA 2ZNUA 4R6HA 3HHGA 3IOWA 4UA8A 1IZ1A 3T96B 3H06B 1UTBB 3QIMA 4LUBA 3IJXB 2ZNTA 5H8SA 1UTBA 1H44A 4NF4B 4THIA 4IGTA 4F31B 4NF4A 4UACA 3ZS6A 2XXIA 3FGSA 1FW0A 3BBRA 3RT8A 4IO4A 5K2XA 3TKDA 3TMGA 1PB7A 1ZLQA 5IAIA 4ZDMA 1R9QA 3PUYE 1QUIA 2G29A 4F18A 1QW0A 3H7MA 3MZ1A 4YKIA 3I3VA 3DP6A 3S4UA 4MH5A 1XOCA 1LB8A 1UQWA 4GFRA 2HAUA 3QUFA 3V83A 4NE4A 3KN8A 1TFAA 5ICTA 3SEYA 4KI0E 5CBSA 1VR5A 3FXUA 2HZLA 3QYTA 2F34A 2I48A 3MQ9A 5L8DA 3T22A 3CG1A 1MXXA 1LBBA 4PP0A 3TODA 3C36A 1FTKA 3O6HA 1Y1MA 2VD3A 1SW4A 1Y1ZA 1CB6A 2O1MA 5H8NB 4KYEA 4YU0A 3UK4A 2UVIA 1S50A 2RF1A 3H03A 3S9EA 4MLVA 1IUDA 2X7PA 1LCFA 1HSLA 3IR1A 4TOZA 4Z0IA 4TLLB 4ELPA 3OMBA 3QSLA 4POWA 4G68C 4R2BA 2H98A 3KJ7A 4DZ1A 3OOAA 3WAFA 4BDMA 1B5JA 3T66A 1FTJA 1Q1KA 4DIGA 3T9UA 4EDPA 1FQBA 4N13A 4FEDA 1OIBA 3C33A 1B40A 1SI1A 2P1SA 3K1NA 2Z8EA 3U93A 3MPLA 1JW5A 1IIWA 3MZ9A 2B3FA 1TWYA 2XXXA 2RCAA 4DE8A 1IITA 3G3KA 1S9TA 3LC8A 2F97A 3M3FA 3VXBA 5HBCA 3UORA 4QRZA 3A3CA 2THIA 2DQVA 3KJTA 2W7YA 2ZYOA 2PBWA 3MW0A 2H99A 2QMWA 2KLFA 1F9BA 3CVGA 2V84A 1SW2A 1B32A 1AL3A 4WXJA 1LFGA 4L17A 1LCTA 4GD5A 1LFHA 3C32A 4F3GA 1O7TA 2UVJA 2E1SA 1GGGA 4RNSA 3VVEA 3PU5A 3THIA 2XXHA 3OXNA 1YTVA 3PUVE 1H45A 4IO6A 4TLMB 4YKPA 3CFLA 1FQEA 4JB7A 3LR1A 1MH4A 5HM4B 1JVYA 4LQ5A 4P11A 3OSQA 4P0IA 2IA4A 4IO2A 3FVNA 4KPTA 2DE4A 4JDFA 4OZ9A 1M5FA 1MM7A 1P1NA 3LSLA 4DCYA 4F22A 2I49A 5JEIA 4QFNA 4BDOA 1B51A 4GXSB 5BUUA 3V8XB 4PETA 5A5XA 4DXBA 2Z8DA 1YAEA 2Q2AA 2OK2A 4PFUA 1IXCA 5DTBA 3TQWA 2Y7IA 2AIXA 4PFWA 5CI5A 4XKPA 4ZZEA 5AA4B 2V3QA 2LAOA 5AA4A 2PMSA 4OTEA 3TDJA 2I0BA 1FTLA 4QHQA 1VFEA 2QRYA 1MY1A 4AB5A 1B58A 4QSCA 1GR2A 2V3UA 5HPQA 3TCFA 1R1NA 2DOJA 5FHMA 4X48A 3PPOA 3MWBA 3H6TA 4F1UA 4K3FA 1MQDA 4ESXA 2P2AA 1J1NA 3E4RA 3EF7A 3W9VA 1SQYA 4KD5A 2NOOA 4BDLA 2RC7A 1Y20A 1R6ZA 2XHDA 3SETA 1PBQA 2F78A 4NF8B 2Y7KA 3H6WA 2UYFA 1BTJA 4I9DA 1PC3A 3WAEA 2Q89A 3HSTA 1IXHA 4GQOA 4MFIA 3DELB 2DWHA 1L5TA 1P1UA 2ZMBA 2V3TA 3C35A 3SEVA 1NNKA 3FZVA 1Q35A 4FATA 4NEDA 3CIJA 2O68A 3C31A 3ILTB 3H3GA 4GF8A 2VP1A 4ZEFA 3FJ7A 3TTNA 4Q30B 1BKAA 5DEXB 2H9BA 3IJOB 4YB6A 2QL3A 3N5LA 1II5A 5DEXA 2FYIA 3CSGA 5B70A 1PB9A 1Y9UA 3D4GA 4H5GA 4QFOA 4R74A 3FIRA 2XXTA 3MVYA 2Y7WA 3FUZA 1B3HA 2R9JA 5TPAB 3DM0A 4R6YA 2OLBA 3ONMA 5F7VA 2XXWA 5TPAA 3K6UA 4IY6A 2F36A 4WKMA 1OMPA 1P1OA 4OERA 5I56B 3PPRA 1QVSA 5LOMA 4DDDA 1NNFA 5CRYA 5I59B 3IL1B 1QJMA 1US5A 1JW4A 2HXWA 3Q26A 5I59A 1BP5A 1ZKBA 4GRKA 2AYSA 1MG1A 5I2KB 3QXMA 3HO7A 3C9HA 5I2KA 4LQ2A 5DYHA 4F3SA 2ZYMA 3PUZE 3SKPA 4U2RA 1B5HA 2GRVA 1LSTA 3U1OA 1B9JA 3LSXA 5I2NA 3P7IA 2ONRA 2QSXA 2DYXA 1MQHA 2BJJX 2Y84A 1XVXA 2RCBA 5IKBA 3M3LA 2GFEA 1URGA 1IXIA 2XX8A 4ND9A 3IORA 1IEJA 3OEKA 4GL8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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