1B6HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-norvalyl-lysine
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 193
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b6hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b6hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b6hA02
2XXXA 5EHSA 3H3GA 2Y7RA 2IEEA 3OD7A 2DWJA 1MQJA 3L6HA 2VHAA 1GVCA 3K6XA 3FXQA 1LAFE 3IOUA 3S9EA 2HZLA 1OVBA 5ICTA 1JEUA 3WAEA 1MY1A 2F5XA 5K2YA 3C34A 3MZBA 2O6AA 2F36A 3QYTA 1B4HA 3KOSA 5I57B 4H5FA 4OERA 1EZOA 3K6UA 1R9QA 4TLLB 4DCXA 3RY3A 1QULA 4OFOA 3CFLA 4LUBA 4EUOA 3V83A 3BBRA 3B7DA 4QSEA 2G93A 3K01A 3MJNA 3MWBA 1IITA 3GBBA 2XXYA 4C0RA 5H8FB 1ELJA 4ZZEA 2ZNTA 4IO4A 3TCHA 4F3SA 4R9GA 4OEVA 1A40A 3CFXA 4TQUQ 1OQHA 1RKMA 3G3JA 4OESA 4Z0IA 4X48A 3RPWA 3L6GA 4DCYA 1FQFA 5TP9A 3GXAA 3R7XA 4GL8A 4KCDA 3O6GA 2RCBA 3IB0A 1EZ9A 3LC8A 1MH3A 4YKKA 4ZE9A 3H6UA 3TODA 4G68B 2Y7KA 1UTHA 4H8IA 3MVXA 2RCAA 5TU0A 2WOLA 1SBPA 3K1MA 1OLCA 4ZZAA 3DRKA 3K02A 1JVYA 1XOCA 4GLIA 4NWDA 1I6QA 1LB8A 2AYSA 3K2DA 1B7ZA 1QKAA 1NL5A 3TMGA 3OXNA 4YMBA 3FVOA 1ANFA 3MUQA 4MBPA 5CI5A 3PMVA 4IO2A 2Z8EA 1MRPA 1VR5A 2OWSA 3H7MA 5JTYA 5FHMA 2XX8A 1AIVA 3PUZE 4NWCA 1BKAA 3MVWA 1MDQA 1TXFA 2F7AA 3SKPA 4ELRA 3EF7A 2HQ0A 3N6UA 3OO9A 2O84X 4F1UA 5J1DA 3QIMA 1EU8A 1VFDA 3PMWA 5I2NA 3QSLA 3P7IA 4YZZA 5I59A 4UA8A 1UQWA 1Z7NE 3DRIA 4U22A 3RYAA 4ZE8A 2OLBA 1XHYA 5TPAA 4QFOA 3CSBA 2Z8DA 1YPNA 3E4RA 3C35A 3F11A 4NF4B 3ZSFA 2F6GA 5CBSA 3N26A 3PPOA 4NF6B 2UYFA 4U21A 1H43A 3B6WA 3IO6A 1DMBA 4GWOA 5HBCA 1B0HA 1MXUA 4MH5A 3W9WA 2V3QA 5HM4B 3K4UA 1M5EA 1DTGA 1B05A 5ITOA 1OQGA 1QUJA 2V3TA 2HXWA 1SW1A 2UYEA 1A55A 1I69A 4LA9A 2Z23A 4P0IA 4XTCQ 1ZIUA 4GD5A 4XXUA 4OEUA 4XKQA 2AIXA 3UN6A 4QSDA 1AOVA 2KLFA 3PGFA 2XD3A 5DVFA 2H98A 3HPIA 2ANJA 3R26A 4NEDA 3KGCA 3FJMA 3O6IA 4H8JA 4GVOA 5H8QB 4NF8B 4F39A 4RK2A 4KYSA 1MM7A 3Q25A 3TUSA 1MPCA 2B3FA 1IXIA 4U1OA 4OZ9A 4N6PA 1NFTA 4N13A 1IXHA 4EDPA 3V89B 1IIWA 1ZBMA 1B46A 1MXZA 1IQ7A 2PT2A 5AA2D 4IO7A 1PBPA 4C1UA 3G3HA 3VLUA 3KN7A 4RXLA 1P1OA 3ECRA 3VE1B 4IY6A 2O7UA 3CSGA 3TEPA 3KJ7A 2REGA 3O6PA 1QVSA 4F3PA 3T9VA 5AA3A 3H6TA 4BDMA 4F1VA 1LGBC 4OXVA 4IY5A 2NOOA 3IR1A 2YJPA 3TTMA 4OETA 2DYXA 3CG3A 2XXWA 2I58A 4NMYA 4DXUA 4RY1A 4YICA 4FEBA 4L17A 5I57A 4YMAA 3IOTA 3CVGA 3IOVA 4NF5B 1LFHA 3G7WA 4RNSA 1H44A 1POTA 3I6VA 5CC2A 3K00A 3T9HB 4KCCA 1B3HA 3UGWA 1SI1A 1MS7A 3KFMA 3CG1A 2G29A 3HN0A 1FTOA 3SEWA 1IUDA 3O28A 4ZS9A 1VE4A 3PD8A 4ZEFA 3PPPA 1B3LA 1IEJA 4LVQA 1L5TA 4ESWA 4UACA 1MPDA 1PB8A 4LZ7A 5H8FA 4F29A 2Y7PA 3DP6A 3LSLA 5L9SA 4YKJA 1LAXA 1ZJLA 4BDRA 1TWYA 1B58A 4H6DA 1LFIA 3FTOA 4ZEBA 2PX1A 3S2VA 2YLNA 3TDJA 5AE4A 1H3DA 3FV1A 1UTBB 3T93B 4R6HA 2OWTA 2HCAA 1M5CA 1NKXA 3SEXA 2R6GE 3FASA 5AA2B 3W15C 1SQYA 1AH5A 3LSWA 3EHSA 1URSA 1ATGA 2DE4A 4ELQA 3QK6A 4OVJA 1Y4CA 2I49A 2OJTA 5CMBA 4G68A 4U23A 2XX9A 3W9VA 3U92A 2YPNA 1SW5A 4LP2B 1AL3A 2DSFA 1I6AA 5I2KB 1SDXA 3KBRA 4TOZA 1P1NA 2DXRA 1FQBA 1N3WA 3OEKA 2Z8FA 5IKBA 3CIJA 4POXA 3S9MC 3O97A 4LZ5A 3VLWA 3MC2A 4X1DA 1WVJA 3RLFE 5CMKA 1N04A 3WAFA 1NNKA 4ELPA 4HW8A 3O9PA 1RYOA 1YAEA 1MXXA 4JSDA 3HCQA 2VD3A 3VXBA 4G2ZA 1ZLQA 2PT1A 3VDFA 2I3WA 1B1XA 2D3IA 1Y20A 3MZ1A 3TELA 4E0WA 5DVIA 4BLAA 3UP9A 3CRBA 3SDFA 3MZ9A 1N7XA 4G8MA 3D4GA 3GLBA 4IO3A 4WXJA 3O2AA 4JB7A 2ZYNA 4TLMB 1NNPA 4Q5TA 1FW0A 3EHUA 3QXMA 4MF3A 3SEVA 2XXQA 3Q29A 1YCJA 5BWJA 2Z22A 3A09A 3SEUA 1FTMA 5EHMA 2O7IA 1S7YA 2Q2AA 1QKBA 4NF4A 5K2XA 3QUFA 4P11A 4PE5B 1FCKA 4WEDA 4NF6A 1MPBA 4LONB 2UVHA 2VD2A 4XKPA 3S4UA 1MG1A 4MLVA 4JSOA 5FTHA 4FATA 1GR2A 1MXWA 3KSXA 3C32A 4F18A 3K6WA 1N0TA 3Q27A 3FVGA 1JNFA 2QS4A 5M2VA 2QL3A 1BP5A 4JBZA 3OO8A 1M5FA 4YB7A 1B2HA 4H5GA 4LQ5A 4PFYA 1MY4A 1FTKA 3TTLA 1B3GA 3BFTA 3UK4A 2O51A 1VSOA 1LCTA 1JVXA 3N6TA 4OHNA 1WODA 2QMWA 4K3FA 1F9BA 1R9LA 5H8QA 4NF8A 4FJPA 4R75A 2VGQA 5IAIA 3CI8A 3FD3A 2RC8A 4DXBA 4O3CA 1QUIA 4ND9A 4P0GA 4G68C 1ZU0A 2P1SA 3USDA 2PVUA 3PUYE 2DE2A 1HSJA 3A3UA 3C33A 4EXLA 5CBRA 4GOTA 5DYHA 4YB6A 1II5A 4YKIA 5DEXB 1XT8A 4IGTA 3DLNA 5I84A 4OTEA 2O1MA 1MQIA 2GHBA 1SD3A 4OMBA 4JWXA 3DRFA 3U93A 3IJOB 2THIA 1A8FA 2NXOA 2F97A 3PU5A 1B5IA 1PDAA 5H8NB 2PBWA 1B52A 3U8QA 2IA4A 3FJ7A 1JW1A 5I58B 3HO7A 3T66A 2X26A 3FV2A 1TFAA 1A54A 2F78A 3ILUB 1VFEA 4IO5A 4U4SA 5ISUA 3ILTB 4EQ7A 1A7LA 1DOTA 4NF5A 4AB5A 1LBBA 4R2FA 3TTNA 3OMBA 2OCUA 5AA1A 4F19A 3H03A 4ZEDA 2QRYA 3PPNA 4QFNA 1PB7A 1EH3A 4GXAA 4FAJA 1XC1A 2D5WA 1P1UA 2BJJX 3DELB 3DP4A 5L9OA 1GTKA 3A3CA 2DWIA 2PYYA 3PAMA 5HPQA 3JYRA 4Q0CA 4YU0A 3PUXE 4N07A 1UIUA 4GXSB 5KCJB 1O64A 4O3BA 3CR9A 3SEYA 3OSQA 1JW4A 3RUMA 2O68A 1Y3QA 2ZYOA 3FXUA 4HS7A 1RYXA 3H6WA 2DWHA 2I4BA 2XXIA 1JW5A 3PPRA 3MBPA 3RN8A 4QFPA 5ICQA 4BDQA 2XX7A 4JDFA 4OFLA 1US4A 1B51A 4PQJA 1B7HA 2XXTA 1H76A 2Y84A 4YB5A 3HV1A 2GHAA 4X1BA 3KZGA 4M4GA 5FTIA 4RPNA 1NH8A 2B4LA 2X7PA 3PMXA 4KQPA 3PPQA 4DE8A 3IJXB 2QS1A 3N5LA 3OELA 5CMCA 3ZS6A 2DE3A 5H8HB 4I62A 3LR1A 1Y1MA 4QRZA 2DVCA 1EZPA 2H4IA 1B5JA 2X7QA 4WKMA 2I48A 5KZTA 4KD5A 4AQ4A 2XD2A 2HZKA 1DTZA 1Z7ME 2R9JA 4G4PA 1M5DA 2QS3A 3K0VA 4DXCA 1MDP1 4DLDA 3TQLA 3ZKLA 2VP1A 2UVIA 1OLAA 1US5A 2FA7A 3OSRA 1Q1KA 2Q8JA 4RPOA 1O7TA 4HTGA 2OBGA 2GRVA 4EQBA 1SW2A 1FQAA 4F31B 4QSCA 3K6VA 4OFJA 3G3GA 3EN3A 1B1HA 4PETA 1FQDA 1Y3PA 5LOMA 1MY2A 2H5YA 3I3VA 5TPAB 3M3FA 3IL1B 2PMSA 3MPKA 1A8EA 5JK4A 3MW0A 2DP8A 5BUUA 3RQTA 4KHZE 4KR5A 3RTWB 1IXCA 4F2QA 4X9TA 1PB9A 4QHQA 4DIGA 4POWA 3AXFA 3K1NA 1B0LA 1FTLA 5F7VA 2LAOA 3U94A 4KPTA 2I3VA 2I0BA 4ZECA 3VVFA 1DPPA 4EQ9A 2XHDA 4ESXA 3HHGA 5AA4B 3VLVA 3FVNA 4G77A 3RTFB 2ZYMA 4PFTA 1A99A 3SETA 3C9HA 4F3GA 3T9XB 1QW0A 3BKIB 4IB2A 1GV8A 4MLQA 1PC3A 1KWHA 1WDNA 1SW4A 1TT1A 3CFZA 4QFLA 4ZDMA 5L8DA 3EPEA 4PFWA 2HEUA 2F7BA 5EYFA 1URDA 3JV9A 4NE4A 5H8NA 4FEDA 4GF8A 2HAUA 2XXPA 2ONRA 4ELOA 3KN8A 5I58A 3VFJA 1Y4TA 1AMFA 1CB6A 1J1NA 2DXYA 2WOPA 1NH7A 4Z7EA 3ODBA 3IX1A 5B7DA 5KDTB 4DDDA 4KYEA 3H6VA 1FTJA 3VV5A 1QJMA 4PP0A 2E1SA 1NNFA 1S50A 4BDLA 4KI0E 4EF1A 2I4CA 5DVJA 3O29A 4OQOA 1O63A 4EXKA 4DZ1A 1FQEA 1MM6A 1B40A 3FZVA 4LZ8A 3V5AA 2A5TB 1JQFA 1URGA 2Q9TA 1BLFA 1YTVA 4IGRA 1D9VA 5H8SA 3G3IA 4U2RA 3FGSA 4JWYA 4FECA 3PD9A 3MP8A 3SESA 3C31A 3KN3A 1QUKA 5KCJA 1UIVA 4PFUA 1ZKBA 2WKYA 3IB2A 1JETA 2V3UA 2QSXA 4OWDA 3EQ1A 5ITPA 2FNCA 2O69A 1N7WA 3KOTA 3PUWE 3LSFB 4U4XA 1LFGA 4FORA 3GBAA 2HAVA 2XXUA 1P1QA 2HFBA 2UVGA 4KYDA 2P2AA 1MY0A 5A5XB 4R74A 1HSEA 5DT6A 5I56B 3UIFA 3FIRA 2DOJA 5L9MA 1N76A 4G8HA 5ELVA 3FVKA 3DRGA 2RINA 2RC9A 3TTRA 3RYBA 3TKDA 2H99A 1IZ1A 3TCFA 3QUJA 4WEPA 2ZNSA 4JWOA 3T22A 3ZKKA 1PBQA 1PEBA 5H8HA 2F6PA 2P0SA 1P99A 1R1NA 4FIMA 3OENA 4I1DA 4R2BA 2DVZA 2R71A 3D4CA 2D21A 4R6YA 3FJGA 5FHOA 1LCFA 4O3AA 4OYVA 1D9YA 2I0CA 3V8XB 1Y1ZA 3H4ZA 3O66A 1M5BA 3DM0A 4I8CA 3M8UA 4GIZA 1BIYA 4H0WA 1XVYA 3N94A 2XXRA 3MP1A 2XXVA 2ZXTA 1NMUA 2QPQA 3U1OA 3MP6A 5CMMA 1OIBA 1USYH 2W7YA 5B70A 2XXHA 3DRHA 3U72A 3IAZA 2ZMBA 3B6TA 3LBSA 4H65A 1LSTA 1SYHA 1LBCA 3G3FA 2B3BA 2V25A 1D4NA 3G3KA 1GGGA 1N3XA 1USYE 4GQOA 5FHNA 4R72A 5JEIA 3CHGA 1SI0A 4XIGQ 4YKPA 1Q35A 2F35A 4R9FA 3LSXA 4GFRA 3O6HA 1B32A 3TCGA 3KSJA 1B9JA 1UTBA 1H45A 2NVUB 5AA2A 2RC7A 3K1PA 2I6EA 4LQ2A 2NUVA 3DRJA 2ALUA 2V93A 3DP8A 1P1WA 3PV0E 3TAJA 3ONMA 2B65A 2ZNUA 3MVYA 3E9XA 2UXAA 4F1YA 4MFIA 1NNTA 4HCYA 1JEVA 3RGYA 4ISUA 5TP9B 2REJA 2ONSA 2H25A 3TQWA 3VXCA 1OVTA 5I2KA 2Y7WA 4G8NA 1ZMGA 2AL4A 3E13X 5AA4A 3IO4A 3S9LC 1LLSA 2AL5A 3I5OA 4LATA 4BDOA 4XKRA 1HSLA 4M1VA 2ABHA 1UTHB 2DWAA 2NWJA 2DQVA 4QF9A 4EF2A 1B6HA 4JXIA 3FATA 3M3KA 3C4MA 4QFKA 3MPLA 3OO7A 3MAMA 3KEIA 2M8CA 3VVEA 2F7CA 4H67A 3UORA 3KJTA 1S9TA 3SERA 3IB1A 2FYIA 3M3LA 4AB6A 1B7UA 1XS5A 3UA8A 1MH4A 1B3EA 1D3KA 2B4MA 4I9DA 4FE8A 5JTYB 4RA1A 2DS9A 5KDTA 1T0KA 3IORA 3PUVE 2UVJA 3H06B 3T9UA 1Y9UA 3B6QA 1B4ZA 4F22A 2Q89A 2O1LA 2F8DA 4OENA 4U1ZA 3TTKA 2GH9A 5CM6A 2OZZA 2A5TA 4ONYA 3OEMA 4XKNA 1XVXA 5I2NB 3LUYA 5I59B 3R6UA 4IO6A 1MQGA 1TFDA 3MQ9A 4THIA 1DSNA 4ECFA 2VOZA 2H9BA 4H1XA 3IOWA 3KG2A 4KFQA 1DPEA 1POY1 1SYIA 2RKMA 1I6BA 3TFLA 3OOAA 2ONKE 2QJEA 4NTLA 1ZTYA 3VVDA 3TZAA 4R6KA 2CMOA 1Y3NA 4GRKA 1LAHE 4RYAA 1MXYA 3HSTA 3MVZA 1CE2A 3S9NC 5F1QA 2QS2A 4C1TA 1R6ZA 3RNNA 4E0XA 2CZLA 1FQCA 2A5SA 4GL0A 1LAGE 1OMPA 3OO6A 3Q28A 2F34A 3FUZA 2ZYKA 3EHTA 5DTBA 5A5XA 2ESNA 5I56A 2QMXA 4YAHX 3HHFA 1IXGA 4Q8RA 3LVUA 1B3FA 3JZJA 3T96B 4F2OA 4R73A 5CRYA 2Q2CA 3FXRA 4ZEIA 1SVXB 4BDNA 3E3KA 3TYHA 4RK9A 4HCWA 3THIA 2E0SA 5DEXA 2OK2A 2Y7IA 1MXVA 2Q88A 4F3BA 1MQHA 2GFEA 3IK6B 1MY3A 1N84A 3RT6B 3BFUA 2WOKA 2V84A 2RF1A 4Q30B 1B5HA 3C36A 3TPAA 3GZGA 4RJZA 3QAXA 1MQDA 1BTJA 4ZEKA 1LB9A 3RT8A 3Q26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LBVA 1NV7A 4N81A 2XXXA 5EHSA 3H3GA 2Y7RA 2IEEA 5IM2A 3OD7A 2DWJA 1MQJA 3L6HA 2VHAA 5J16A 1GVCA 3K6XA 3FXQA 4KXPA 1D9QA 1LAFE 3IOUA 3S9EA 2HZLA 1OVBA 5ICTA 4GX4A 4MEVA 1JEUA 3WAEA 2XA5A 1FPBA 1MY1A 1LBWA 2F5XA 5K2YA 3C34A 3MZBA 2O6AA 4P56A 3ISPA 2F36A 3QYTA 1B4HA 3KOSA 5I57B 3RPLA 4H5FA 4OERA 1EZOA 3K6UA 1R9QA 4TLLB 2CEYA 2DDKA 4DCXA 3RY3A 1NV6A 1QULA 4OFOA 3CFLA 4LUBA 4EUOA 3V83A 3BBRA 3B7DA 4QSEA 1YXIA 2G93A 3K01A 3MJNA 3MWBA 1IITA 3GBBA 2XXYA 4C0RA 5H8FB 1ELJA 4I40A 4ZZEA 2ZNTA 4IO4A 3TCHA 4PTKA 4F3SA 2HPGA 4R9GA 4OEVA 1A40A 3CFXA 4TQUQ 1OQHA 1RKMA 2Q8MA 3G3JA 3RYDA 4OESA 4Z0IA 4X48A 3RPWA 4HE2A 3L6GA 4DCYA 1FQFA 4JVIA 5TP9A 3GXAA 2KQZA 3R7XA 4GL8A 4KCDA 3O6GA 2CZKA 2RCBA 3IB0A 4MJOA 1EZ9A 3LC8A 1MH3A 4YKKA 4ZE9A 3H6UA 3TODA 4G68B 2Y7KA 1UTHA 4H8IA 3MVXA 2RCAA 5TU0A 2WOLA 1FBDA 1SBPA 3K1MA 1OLCA 4ZZAA 3DRKA 3K02A 1JVYA 1XOCA 4GLIA 4NWDA 1I6QA 1LB8A 2AYSA 3K2DA 1FBPA 1B7ZA 1QKAA 1NL5A 3TMGA 4I3YA 3OXNA 4YMBA 3FVOA 1ANFA 3MUQA 4MBPA 4MCOA 5CI5A 3PMVA 4IO2A 2Z8EA 1MRPA 1VR5A 2OWSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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