4XKNA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and l-histidine)
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
molecule tags Transport protein
total genus 164
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xknA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xknA01
1R9QA 4X1DA 2UXAA 1MXVA 3K4UA 4FEDA 3FXRA 2D5WA 4POXA 5AA4B 4YB5A 4N6PA 1TXFA 2O1MA 3DRFA 4IB2A 4ZZEA 4HTGA 4EXLA 2QMXA 1UIVA 4KCDA 2P0SA 4YKKA 3EHTA 3DP6A 4GOTA 1B4ZA 5H8QA 1BTJA 4ECFA 1J1NA 4U4XA 5ISUA 2D3IA 3F11A 2XXYA 3A3CA 4N07A 2CMOA 2PX1A 3FASA 3SERA 3C36A 1B9JA 1OLCA 4NE4A 4YU0A 1Y3NA 4U4SA 4O3BA 3Q27A 5F7VA 4P0GA 4DCYA 4KPTA 3C34A 3SESA 3OEMA 4GWOA 4XKNA 4UACA 3S2VA 4HS7A 3O28A 1EU8A 4GL0A 2OK2A 4FIMA 4EF2A 2Y7KA 2DE4A 3VDFA 4IO6A 2H4IA 2HEUA 4F39A 1XVXA 4QF9A 1LLSA 2QS4A 4ZS9A 1B1HA 2DWAA 3K1NA 5K2YA 3V5AA 3CG3A 1MY1A 1ZU0A 3KJTA 4NF4B 4DDDA 3FUZA 3GBBA 1AOVA 3MZBA 4NF4A 3RTWB 2F36A 2VGQA 4OXVA 1N0TA 4NEDA 1IIWA 3K6WA 3TAJA 4BDOA 1LFHA 3A3UA 3CI8A 1MY3A 3LSFB 1A7LA 1SI1A 4Q8RA 1FQEA 4U1OA 2F97A 4PP0A 2F6GA 3RTFB 2REJA 3KGCA 1DOTA 4P0IA 3O6HA 1XT8A 2PT2A 4PE5B 1I6BA 5H8SA 3IOTA 3CSBA 3K1MA 3VLUA 1T0KA 3MPLA 2QS3A 3OELA 1AMFA 3G3KA 1FQCA 2XX7A 2V84A 3S9LC 2PBWA 3EHSA 4U2RA 1MQGA 1A54A 3SKPA 3O9PA 4FAJA 1O64A 3UIFA 2NXOA 3IB1A 4IY6A 1P99A 2XHDA 2DE3A 5I2NB 4RY1A 5I2NA 3KN7A 1Y1MA 2Y7IA 1OIBA 1MQHA 3MWBA 3FJGA 3L6GA 4ONYA 1M5DA 4WEDA 3S9NC 3N5LA 1POTA 3FXUA 3KSXA 2F7AA 4G8MA 4X9TA 2V3TA 3R6UA 3IB0A 2GH9A 3H06B 1FQAA 1FTOA 2RC9A 3IJXB 4NMYA 1Y4TA 4HW8A 1MH3A 1GTKA 1B0LA 1H44A 4MLVA 1LGBC 4LONB 4GVOA 3UK4A 5JTYB 5L9MA 5B70A 3GZGA 5JTYA 3D4CA 2E1SA 1I6AA 3LUYA 4JDFA 1JNFA 4NF5A 2F6PA 2IEEA 2XD3A 2ONKE 2HXWA 3G3JA 3IAZA 3DP4A 3PUYE 2ONRA 4H65A 5TU0A 3OXNA 1S9TA 2PVUA 3Q29A 2FA7A 2DOJA 1MY0A 3EF7A 2G93A 4EXKA 3CRBA 4G68B 4G68A 1Q35A 3SETA 3PPRA 2RINA 2B3FA 2BJJX 3JYRA 3IB2A 1USYE 4HCYA 1BP5A 3FV2A 3ZKKA 3FZVA 1B05A 3CR9A 3IO6A 1Y20A 4RK9A 4PFWA 3TMGA 4OFJA 2X26A 4WEPA 1R6ZA 3U1OA 4H1XA 1GGGA 2OBGA 1MXUA 3C35A 5DVIA 3QSLA 1B3FA 4JWOA 4OZ9A 3MW0A 1SDXA 2I58A 4YB6A 2RF1A 3LBSA 1FCKA 2DWIA 3ILUB 4OTEA 4BDLA 3CFXA 3MAMA 4GQOA 3TTRA 1B32A 4DXBA 2PMSA 3K6XA 2O84X 1PBPA 4KYEA 4ESWA 3PD8A 1P1UA 1OMPA 1Y3QA 4IGTA 4F1UA 3KN3A 4OERA 3IOWA 1MQIA 4ELQA 5HBCA 1YTVA 5IKBA 1LCFA 2ZYMA 4MF3A 1NL5A 4NF8B 4OWDA 2ZNTA 1PBQA 1JVYA 4DXUA 4XKQA 3GBAA 1NNPA 1EH3A 3C32A 3TFLA 3B6WA 4EF1A 4ZEIA 2VP1A 4R2FA 3DRJA 2HZLA 2WOPA 1OQGA 4H5FA 1B2HA 4QFPA 3PPOA 1H76A 4R74A 4RA1A 4RK2A 4ZE8A 2O7UA 4THIA 4XTCQ 5H8NB 3VXBA 1MM6A 3QXMA 3UA8A 4L17A 5H8NA 4G8HA 4LATA 4E0WA 2O68A 2V93A 2UVGA 2XD2A 2QJEA 3H4ZA 3VLVA 1MS7A 3TCHA 4P11A 1IITA 3RYBA 4KD5A 4R72A 1TFDA 4R6HA 1DPEA 2DXRA 2Z8EA 4YICA 2O69A 5HM4B 3IK6B 3OO6A 4GXSB 3MVWA 3RGYA 2Q89A 3K02A 2AYSA 1BKAA 2GHAA 4IO2A 3SEXA 1NH7A 4F22A 1QUIA 5K2XA 4I62A 1NNFA 5I58A 2XXXA 3UP9A 2DWHA 4KHZE 3C31A 2F8DA 3M3LA 1LAHE 3DLNA 4O3CA 3FXQA 3OOAA 4FE8A 1SW1A 2O51A 4GF8A 5I2KB 1WVJA 4OENA 5I2KA 3TELA 1DMBA 3HHFA 4F3SA 3ZKLA 4F2QA 3RT8A 3PMVA 4LA9A 5KCJB 2OJTA 4DCXA 4M1VA 5KCJA 4QFOA 3LC8A 4WKMA 1EZPA 3TPAA 1JW4A 4Q5TA 3U94A 1N84A 1B1XA 4RJZA 3MVXA 4EQ9A 5H8QB 3FV1A 4LVQA 3KBRA 2F5XA 1A99A 2VHAA 2QMWA 2ESNA 1IXCA 1NKXA 4QFNA 1YAEA 1QUJA 1IXIA 4U23A 2Q8JA 2H25A 1XC1A 3C9HA 3KN8A 1Y1ZA 4ELOA 4YKPA 1KWHA 4NWDA 2VOZA 3RQTA 4JWXA 5DVJA 1R1NA 1Z7NE 1NMUA 5I56B 3RN8A 3T9UA 1PC3A 5I56A 5FHNA 1SW2A 4C1TA 5BUUA 4GD5A 3MC2A 3EN3A 4OVJA 3SEVA 2AIXA 3M3KA 5J1DA 3RYAA 3OO8A 4FJPA 4Q30B 2NVUB 1XHYA 1B5IA 1ZTYA 3BBRA 2B4LA 2ZYNA 4JB7A 4QFLA 4RPNA 1JETA 3TDJA 3PUWE 4F31B 3U8QA 3B7DA 3PD9A 1Y3PA 1EZOA 1AH5A 1IZ1A 1VFDA 2DVZA 5TP9B 1L5TA 2UVIA 3LVUA 5TP9A 1XVYA 3EHUA 4ELPA 4DIGA 3N94A 4C0RA 2HCAA 1SD3A 3FJ7A 3T9XB 1B7UA 1M5CA 2FYIA 2RCBA 3TTKA 3MP1A 4F2OA 1VFEA 2REGA 4H5GA 4ESXA 2V3QA 2OCUA 3SEWA 4YB7A 2OWSA 5H8HB 3V89B 3LR1A 4MBPA 1DTGA 2F34A 4EDPA 5H8HA 3O29A 3KJ7A 2O1LA 3S4UA 3QUFA 3CSGA 3DM0A 3RLFE 2UVHA 3DRKA 1EZ9A 4YKIA 1HSJA 2I3WA 3DRHA 2WOLA 4GLIA 3H6TA 1FTKA 1YCJA 1FQBA 1QJMA 2I4BA 2VD3A 4O3AA 3H7MA 2QRYA 5KDTB 3TTLA 5KDTA 3FGSA 2R6GE 3PMWA 1OVBA 3FVGA 4XIGQ 4R73A 3H6WA 3TCGA 4ZZAA 3KG2A 1DPPA 4TQUQ 2XXRA 4JSDA 3EQ1A 4U1ZA 3KOSA 3V83A 2O6AA 1URDA 5DTBA 3B6TA 1TT1A 3FVKA 3Q28A 2ABHA 4F29A 3OO9A 4MH5A 3MBPA 3PPNA 1FQFA 4YMBA 1QUKA 1VE4A 3QIMA 3PGFA 2AL4A 4F3GA 4ZEDA 3CG1A 3S9MC 2VD2A 4F3PA 4KQPA 3M8UA 2Z8FA 2NUVA 4QFKA 3K0VA 4YZZA 1Q1KA 4FECA 2ONSA 4BDQA 4KCCA 4LQ5A 4QHQA 1USYH 4NF5B 4ZDMA 2DSFA 2HZKA 4EQBA 1HSEA 5L9OA 3TYHA 1VSOA 1YPNA 1MY2A 3SDFA 3OEKA 5BWJA 3LSXA 3FJMA 4POWA 4ND9A 4R9FA 1SW5A 4U21A 2V25A 2X7QA 3IOUA 3IO4A 3VVEA 3R26A 3USDA 1N3WA 4GRKA 4RYAA 4ZEBA 5I59B 4G68C 3RNNA 4OETA 5I59A 3MVZA 3V8XB 2H98A 5ITPA 1DTZA 2I3VA 2R71A 3DRIA 1LAGE 2XXWA 1FW0A 3FVNA 1LAFE 3E4RA 2P1SA 3RPWA 4GL8A 5HPQA 1UTHB 3R7XA 1UTHA 4R6KA 2I6EA 2I0BA 2XXUA 3Q26A 1IEJA 4UA8A 3DELB 3HPIA 1NH8A 1UIUA 1GR2A 1O7TA 2XX8A 1XS5A 3H6VA 4OQOA 3Q25A 3HHGA 4PETA 2QSXA 3GLBA 2F7BA 3I6VA 3RY3A 4LUBA 3VVFA 2R9JA 3K00A 2ZMBA 5B7DA 4YKJA 1N3XA 1O63A 4I9DA 3PPQA 4BLAA 1DSNA 2H99A 3PUZE 2E0SA 2ALUA 3MZ1A 3SEUA 1S7YA 1QULA 3MJNA 3QAXA 1ATGA 1A40A 4YMAA 4ELRA 4X1BA 3TTMA 4DXCA 1QKBA 1SW4A 3MZ9A 1D4NA 3P7IA 4H67A 3UORA 2Y7RA 1PDAA 2XXIA 3VFJA 2AL5A 1CB6A 3FTOA 1UTBA 2I49A 1B3EA 3TQLA 2GFEA 1PB9A 5I57B 4ZEFA 5I57A 3M3FA 2YPNA 3MP6A 5ELVA 1B51A 3IL1B 1IXHA 4XKRA 1FQDA 4G77A 5F1QA 5JEIA 3U72A 3PU5A 1ANFA 3THIA 2WOKA 3A09A 4IO5A 3VLWA 1I6QA 4ZEKA 1SI0A 4K3FA 1MQDA 4G8NA 1GV8A 4OESA 1B3GA 4H0WA 3L6HA 1LB9A 5LOMA 2LAOA 3VVDA 2Z22A 2UVJA 4M4GA 3VV5A 4LZ8A 4AQ4A 4FORA 1B40A 1ZMGA 5FHMA 2DYXA 2NOOA 3T96B 5I58B 3RT6B 1OQHA 4FATA 4MLQA 4KR5A 2XXVA 1N7XA 3ODBA 2DQVA 5AA2D 1SYHA 1MDQA 3VE1B 5L9SA 3O2AA 1SYIA 3HCQA 3MQ9A 1D9VA 3C4MA 3N6UA 1SVXB 4R75A 1PEBA 4PFUA 5FTHA 3W15C 3CVGA 3WAEA 1ZJLA 3K01A 2UYFA 4C1UA 3T66A 4OEVA 3H03A 2DXYA 3IX1A 4BDNA 2DP8A 2IA4A 1P1OA 4Z7EA 5CRYA 1LBBA 5L8DA 1NNKA 4R9GA 1B0HA 2XX9A 1Y4CA 3KZGA 2Q9TA 1BIYA 1BLFA 5AA4A 2Z23A 2NWJA 4U22A 1MH4A 3PPPA 2H9BA 2QPQA 1P1QA 2Q2CA 1JVXA 3WAFA 1P1WA 2RCAA 4KYSA 2F35A 3MUQA 4ZECA 3ILTB 4DLDA 2M8CA 5ICQA 4F19A 2B3BA 5M2VA 1H45A 1HSLA 1MPBA 2PT1A 5AA2B 5AA2A 3K6UA 1JEVA 5KZTA 3KEIA 4Q0CA 3IORA 4QRZA 1URGA 5CM6A 2ZNSA 2HFBA 2HQ0A 1B5JA 4GXAA 1MPDA 1N04A 2G29A 3HSTA 4IGRA 3GXAA 2W7YA 1MXZA 3HN0A 3K6VA 3VXCA 4DZ1A 1QW0A 1MG1A 1S50A 2QS2A 1LSTA 4AB5A 4BDRA 2HAUA 4XKPA 1RYXA 4PFYA 3G7WA 4R2BA 4IY5A 2Q88A 1IUDA 3N6TA 1OLAA 3D4GA 3K1PA 1VR5A 1A55A 1N76A 5DYHA 3JZJA 3W9VA 1MPCA 3OSRA 4LP2B 4JBZA 3OENA 3I3VA 4WXJA 4KYDA 1MM7A 4BDMA 5A5XB 3B6QA 5A5XA 2A5TB 3BKIB 2XXPA 4FEBA 2A5TA 4DE8A 4LZ5A 2THIA 3C33A 2D21A 4ZE9A 2A5SA 1D9YA 4OYVA 5DEXB 2ZYOA 4QSDA 1MDP1 5DEXA 2ANJA 5ICTA 1B7ZA 3PUXE 3JV9A 2B65A 4RNSA 5IAIA 1QKAA 1POY1 2DS9A 4TLMB 1B58A 3LSLA 3DRGA 4JXIA 1SBPA 4N13A 2QS1A 1ZKBA 2I4CA 2X7PA 4MFIA 4YAHX 4OFOA 2HAVA 4OFLA 3OO7A 4LZ7A 2CZLA 2I48A 3E9XA 4ISUA 3H6UA 4GIZA 5I84A 4KFQA 3ZS6A 1US5A 2P2AA 1URSA 4F18A 5EYFA 3CFZA 3FIRA 4OMBA 4IO3A 1H43A 1H3DA 4TLLB 4G4PA 3QUJA 1Z7ME 2YJPA 2B4MA 3O6GA 3OMBA 3N26A 2Y84A 5FHOA 3UGWA 4RXLA 1WODA 3UN6A 1MXWA 4EUOA 1LCTA 2F78A 1P1NA 5CMMA 3G3GA 4QSCA 3MPKA 4H8JA 3H3GA 1ZBMA 4JSOA 5CI5A 3ECRA 1ZIUA 5AA3A 3TCFA 3QK6A 3CHGA 4Z0IA 5DVFA 4E0XA 2XXTA 5AA1A 3G3IA 1A8EA 5FTIA 1JW5A 1JW1A 4X48A 3FVOA 1IXGA 1LFGA 2Q2AA 4NF6B 2Y7WA 4LQ2A 4NF6A 1AIVA 4EQ7A 2XXHA 1NFTA 3PV0E 3MVYA 1TFAA 1JQFA 3PMXA 1IQ7A 1MXYA 4JWYA 2PYYA 1LAXA 4IO7A 2ZXTA 3OD7A 4F1VA 1ZLQA 3TODA 1II5A 3W9WA 1D3KA 4R6YA 3TKDA 3FATA 3G3HA 2RC8A 1B5HA 3O97A 4NTLA 1MRPA 2F7CA 2WKYA 1M5FA 2GHBA 3G3FA 2OLBA 3I5OA 1B6HA 1LB8A 3T9HB 3O66A 3OSQA 3KFMA 2OWTA 4HCWA 3HO7A 5AE4A 1SQYA 2DWJA 5DT6A 1WDNA 3CIJA 2QL3A 1ELJA 1AL3A 4AB6A 3EPEA 3KOTA 5CMKA 4QSEA 2RC7A 2DVCA 3T93B 4PFTA 3IOVA 3ZSFA 4IO4A 3IR1A 1B52A 4KI0E 4H6DA 1N7WA 1B3HA 3TEPA 2H5YA 5CMCA 3BFTA 1M5EA 1UQWA 1PB8A 1A8FA 1FTLA 1F9BA 2RKMA 1QVSA 2KLFA 1MY4A 2DE2A 4NWCA 2UYEA 1B46A 2V3UA 1LBCA 1FTJA 1FTMA 5CBSA 3QYTA 5EHSA 3LSWA 3ONMA 4XXUA 3KSJA 5EHMA 3T9VA 3TQWA 1UTBB 4PQJA 3PAMA 1LFIA 3S9EA 1B4HA 5ITOA 4NF8A 4F3BA 1B7HA 3PUVE 3FD3A 1Y9UA 4OHNA 3RUMA 2GRVA 4TOZA 5CMBA 5JK4A 1B3LA 1NNTA 3MP8A 1R9LA 3TZAA 1XOCA 3AXFA 3O6IA 3IJOB 1RKMA 4I8CA 4RPOA 2Z8DA 3DP8A 3TTNA 3SEYA 4OEUA 3BFUA 1MQJA 2Y7PA 3U93A 2I0CA 1GVCA 1CE2A 2ZYKA 1MXXA 1TWYA 5H8FB 4F1YA 2XXQA 5CC2A 2FNCA 5H8FA 1I69A 3TUSA 1PB7A 4GFRA 3CFLA 1JEUA 1M5BA 3E3KA 2OZZA 3HV1A 3K2DA 3E13X 1OVTA 2ZNUA 3U92A 5TPAB 3O6PA 1US4A 4I1DA 5TPAA 1RYOA 4H8IA 3T22A 4G2ZA 2YLNA 2O7IA 5CBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1R9QA 4X1DA 2UXAA 1MXVA 3K4UA 2VPNA 4GX6A 4FEDA 4NX1A 3FXRA 2D5WA 4POXA 5AA4B 4YB5A 4N6PA 1TXFA 2O1MA 3DRFA 4IB2A 4ZZEA 4HTGA 4EXLA 4PC9A 2QMXA 1KA1A 1UIVA 2V4CA 4KCDA 4QBAA 2P0SA 4YKKA 3EHTA 3DP6A 4GOTA 1B4ZA 4HE2A 3LUZA 5H8QA 1BTJA 4ECFA 1J1NA 4U4XA 5ISUA 2D3IA 5ET7A 3F11A 2XXYA 3A3CA 1YXIA 4N07A 2FVZA 2CMOA 2PX1A 2WBDA 3FASA 2XWOA 3SERA 3C36A 1B9JA 1OLCA 4NE4A 4YU0A 1Y3NA 4U4SA 4O3BA 3Q27A 5F7VA 4P0GA 4DCYA 4KPTA 3C34A 3SESA 3OEMA 4GWOA 4XKNA 4UACA 3S2VA 4HS7A 3O28A 1EU8A 4GL0A 2OK2A 4FIMA 4EF2A 2Y7KA 2DE4A 3VDFA 4IO6A 2H4IA 2HEUA 1DK4A 4F39A 1DBZA 1XVXA 4QF9A 1LLSA 4NF0A 2Q8MA 2QS4A 2WBBA 4ZS9A 2PFZA 1B1HA 2DWAA 3K1NA 5K2YA 3V5AA 4KXPA 3CG3A 1MY1A 1ZU0A 1FTAA 3KJTA 4NF4B 4DDDA 3FUZA 3GBBA 1FPKA 3MZBA 1AOVA 4NF4A 3RTWB 2F36A 2VGQA 4OXVA 5EYHA 1N0TA 4NEDA 1FBPA 1IIWA 3K6WA 3TAJA 4BDOA 1LFHA 3A3UA 3CI8A 1MY3A 3LSFB 1A7LA 1SI1A 4Q8RA 3T0JA 1FQEA 4U1OA 1YZ0A 2F97A 4PBQA 4PP0A 5I3SA 2F6GA 3RTFB 2REJA 3KGCA 1DOTA 4P0IA 3O6HA 1XT8A 2PT2A 4PE5B 1I6BA 5H8SA 3IOTA 3CSBA 1NV5A 3K1MA 3VLUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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