4XKNA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and l-histidine)
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
molecule tags Transport protein
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
total genus 164
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xknA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xknA01
4OETA 3IO6A 5M2VA 3S9EA 4ELOA 1B7ZA 4KQPA 1P1NA 4PFYA 4IO4A 4ZZEA 3DRHA 2I0BA 1NNFA 3W9VA 1M5EA 4GF8A 1PB8A 2ZNUA 2UVGA 4UACA 3S9MC 3JZJA 3DM0A 3B6TA 4OQOA 1US5A 1MH4A 2XD3A 3IOVA 1A40A 2B4MA 4OHNA 3FV2A 2QL3A 2H25A 3TZAA 3UN6A 1JQFA 1VSOA 1Y4TA 3LSWA 2XXUA 1B6HA 4LZ8A 4YKPA 5DVIA 1HSLA 1FQDA 1POY1 3H03A 3M3KA 1CB6A 3RTWB 5A5XA 1TFDA 5L9MA 3RT6B 2RC8A 1QVSA 3CFZA 4HCWA 2OBGA 3TKDA 3TPAA 3OOAA 4MLVA 2HEUA 2PBWA 4NWDA 4TQUQ 5H8HA 1SW1A 3CHGA 2Q9TA 5CBRA 4OTEA 1MQDA 1B58A 4OERA 3C31A 4P0GA 4F3SA 1UTBA 2P1SA 3OELA 3QYTA 2O1LA 3PUXE 4LONB 1MY2A 3PMVA 3UORA 1N3XA 4BDOA 3QIMA 1FCKA 2FA7A 3S9LC 5JTYA 1B4HA 3PV0E 4F31B 1B3LA 5L9SA 4RJZA 1OLAA 3MVZA 3C4MA 3CVGA 2XXXA 5FHOA 3HN0A 3S9NC 1H3DA 1WVJA 3FZVA 1IITA 2D3IA 1B32A 3JV9A 3N26A 4IGRA 1US4A 2O51A 2PT1A 5DVJA 4X48A 3T9XB 1JVXA 4R2FA 4U4XA 5I2KA 3P7IA 3OEMA 1MY3A 1NNKA 5I56A 3PUYE 4BDNA 4WXJA 3LSFB 1DPPA 4ZDMA 4XKRA 4H5GA 3W15C 3G3GA 3O9PA 1MXWA 3MVXA 3FJ7A 3M3FA 4YKJA 3H06B 3FATA 2QRYA 3H3GA 3WAEA 2GHBA 1NFTA 5DEXB 4YB7A 3ZS6A 1LAGE 2F36A 1PBQA 3PPNA 4PP0A 2BJJX 3O66A 2DQVA 1ZKBA 5JEIA 1FTKA 4ZZAA 3T9HB 1LFHA 3TCGA 2D5WA 1QJMA 5CMMA 2QS2A 2DVCA 1UQWA 3I3VA 4NF8B 2XXQA 4BLAA 4EUOA 1LB9A 2F5XA 2QS3A 2VGQA 1JVYA 1P1QA 2I0CA 3PD9A 1QKAA 3ZSFA 5HPQA 4XXUA 3R7XA 5ISUA 3FGSA 2GRVA 1FTOA 5AA4B 3EF7A 1VR5A 3HSTA 1A8FA 1NNPA 3M8UA 3FJGA 1Y20A 2QMWA 1LCFA 1HSJA 5L9OA 2NVUB 1P1UA 4OEVA 5HM4B 1BIYA 3M3LA 1A7LA 1XT8A 4KYSA 3IB0A 3VLVA 4Q8RA 3PU5A 1XVYA 3EHUA 4F3GA 4NF4B 3H6TA 1H44A 3TELA 4ELPA 1WDNA 3C35A 3MBPA 2ABHA 3U8QA 3TUSA 1A8EA 1AIVA 3O28A 1A54A 1GVCA 4OWDA 1Y9UA 2DE2A 1EH3A 3TODA 1MS7A 1FQBA 3MP6A 4GD5A 4RK9A 5CRYA 4Q5TA 5DVFA 1USYE 1GV8A 1S7YA 2XXTA 5I58B 3K4UA 1POTA 2XXIA 3KFMA 1Y3PA 4BDQA 1MXVA 5DEXA 3VLWA 4TLLB 3VXBA 2FYIA 1OVBA 1FTMA 2O84X 1QUIA 3KSJA 1B46A 4OZ9A 3WAFA 5FHNA 1Q1KA 4PETA 3RY3A 4F2OA 2DP8A 5H8FA 2OJTA 2A5SA 1PEBA 1SYIA 3FVGA 5I2KB 2R6GE 1JW5A 4OFLA 2V93A 2UVHA 3CG1A 2I6EA 3C36A 3SEYA 1RYOA 2OWTA 1JNFA 1TXFA 2ZXTA 3K02A 3PGFA 4ZEIA 5L8DA 3PPQA 5CMBA 2F7AA 4G77A 4F1YA 3U1OA 2I3VA 3BFTA 4YMAA 4U23A 3K2DA 3LC8A 1MY4A 1QUJA 1Y3NA 4R75A 3IJOB 2O7UA 4YKIA 5TP9A 1H45A 3K6UA 2WOLA 1Y1MA 3KEIA 3MPLA 3RPWA 4ONYA 4QFKA 3U72A 1UIUA 3K6WA 3TTNA 4ISUA 4JSOA 4XIGQ 2XXPA 3RT8A 3T93B 1AOVA 3N6UA 1ZLQA 5K2YA 5JK4A 2HAUA 2Q89A 5ELVA 3LR1A 1B1HA 1H76A 1Z7ME 4OENA 4R2BA 4E0XA 5AA3A 1FQEA 1ZBMA 3FVNA 5H8NA 3VDFA 1MPBA 4QSEA 4AQ4A 1LB8A 3Q26A 5CBSA 3I5OA 1LFIA 1D4NA 5KDTA 4GRKA 1SD3A 4JWOA 4GL8A 5A5XB 4GL0A 4YB6A 3EN3A 4F22A 2NUVA 4U4SA 3T9VA 4DLDA 3G3IA 2G29A 4YICA 3CFXA 5ITPA 2VD2A 3TYHA 3BBRA 1SQYA 3UP9A 4DCYA 2NWJA 3THIA 4NF5A 2Q8JA 3T96B 5BUUA 3QUJA 1M5CA 1MXXA 2QJEA 4EQ9A 2UVIA 1MPCA 1MXYA 3R6UA 4NWCA 2HAVA 3OSRA 1SYHA 1AMFA 1P99A 2PVUA 3F11A 3RUMA 1QKBA 3GXAA 1FQFA 4YB5A 4EQ7A 4NF8A 1VFEA 3TTLA 5EHSA 2H9BA 2XD2A 4NF6A 4OFJA 3S4UA 4C1UA 5KCJB 5I2NA 1SW2A 2XX7A 4BDLA 4F3BA 2WOPA 3KOTA 4DIGA 4F3PA 1LLSA 2Z22A 3UK4A 3EHSA 3TDJA 1MM6A 2F7CA 3H6UA 3E4RA 2I58A 1II5A 3AXFA 2KLFA 1Y1ZA 2O6AA 3SEXA 4ESWA 1WODA 2QSXA 3T66A 3K1PA 5H8SA 3PPOA 3TAJA 5CMKA 2DVZA 2YJPA 3MC2A 4EQBA 4C0RA 4IGTA 1B2HA 2PT2A 4YKKA 4I8CA 1UIVA 2AL4A 1IQ7A 3D4CA 3H6WA 4LATA 3IOUA 3K01A 1R1NA 2XXHA 1T0KA 1FTLA 2PX1A 5F1QA 1SI1A 2HZLA 2XX8A 2ZYOA 3ODBA 3TQWA 2Z8EA 4POWA 5FTHA 3PUWE 4U21A 3SEUA 2R71A 4MH5A 3SERA 3MJNA 4OXVA 5BWJA 4RK2A 1LCTA 3MW0A 4LVQA 1IXHA 5B7DA 4YAHX 1MDQA 3RGYA 1YPNA 1N7XA 3HHGA 4R6KA 3KBRA 3DP4A 3OO9A 3USDA 4LP2B 3VLUA 1IXIA 3IK6B 3IORA 3PD8A 4H5FA 4M1VA 5LOMA 2HZKA 2Y84A 4G68B 3E9XA 4N13A 5ICTA 1AH5A 1TWYA 4XKPA 1NL5A 1TFAA 5ICQA 1ZIUA 3C9HA 3MUQA 2WOKA 4PFTA 1OMPA 1A55A 1MY0A 1JW4A 3A3CA 3K6XA 2X7QA 4NTLA 1B52A 4DZ1A 4JSDA 2F97A 4H8IA 4HS7A 3ILUB 3HPIA 1M5FA 5H8HB 3PPRA 1NH7A 2DWHA 1DSNA 3DLNA 2OWSA 4R9FA 4U1ZA 3K6VA 5B70A 2DS9A 1NNTA 2DWAA 2UVJA 2QMXA 3MQ9A 4I62A 1B7HA 4KD5A 1NH8A 4P11A 5KDTB 3EHTA 4FATA 4LA9A 2F7BA 1B4ZA 2G93A 3MPKA 3DRJA 3Q27A 4FECA 2HXWA 3O2AA 4ZEDA 1NKXA 5I59B 2ZYMA 1O64A 2AL5A 2RCAA 3FUZA 3KSXA 4ESXA 2IA4A 1DTGA 3TCHA 3OEKA 5TU0A 4ZEBA 2I49A 3W9WA 3G3JA 2PMSA 1BP5A 3FJMA 1IXGA 1IXCA 3RTFB 3V89B 3LUYA 4EF2A 4RPOA 3VFJA 4ELQA 3Q28A 1SW5A 1FW0A 5I59A 1O7TA 3GBAA 2NOOA 3GZGA 4AB6A 3KG2A 3IR1A 1DPEA 1N0TA 2DWIA 2VHAA 4LQ5A 3TTKA 4E0WA 1PC3A 3G3HA 4OVJA 3K00A 1MQJA 1XVXA 3MAMA 4LQ2A 1MH3A 3MP8A 1A99A 2VD3A 3ONMA 3L6GA 4F1VA 1YAEA 4ZEKA 3IJXB 4EXKA 5CM6A 3N94A 3FV1A 2O69A 3LVUA 3TCFA 1KWHA 3FXUA 1LBCA 1PB9A 3C32A 2F8DA 2H5YA 2OK2A 3SDFA 3VV5A 1XHYA 2GFEA 4KFQA 2M8CA 2ZNSA 4KR5A 3A3UA 1B3FA 3FIRA 2Y7WA 4QSDA 4WEPA 4ZEFA 4ECFA 1B9JA 4G2ZA 3OMBA 1ZJLA 1SW4A 2UYFA 4XKQA 2V25A 4G68A 4G68C 4MLQA 4N6PA 4X1DA 3U93A 2F6GA 4G4PA 4IB2A 4NMYA 3U94A 4R6YA 2Z23A 1B40A 1B1XA 1ELJA 2UYEA 3RNNA 2LAOA 1BLFA 2Y7IA 5CMCA 1GR2A 2H98A 3V8XB 4EF1A 5AA1A 1IUDA 1R9QA 2YPNA 4C1TA 3OO7A 3IL1B 3K0VA 3KGCA 5DYHA 3RLFE 4EXLA 2R9JA 3FASA 2ONRA 1MQGA 3SEVA 4BDMA 4PFWA 5I84A 4ZS9A 1I6BA 4KYEA 3EPEA 1RKMA 3E3KA 1M5BA 5J1DA 2ZYNA 2HFBA 3OD7A 3RN8A 1D9YA 2Q88A 3G3KA 4G8MA 3TMGA 2OCUA 2HQ0A 4ND9A 1UTHA 3VVFA 4RY1A 4F29A 1FTJA 5JTYB 3IOWA 4KPTA 3GLBA 3PUZE 3MVYA 4PQJA 2VP1A 1EU8A 4KI0E 1B5IA 1N04A 3RYAA 1Z7NE 4YZZA 2E0SA 1MXZA 2XXWA 2ONKE 1MY1A 4QRZA 4AB5A 2IEEA 4H8JA 2A5TB 4R73A 3IX1A 3DRGA 2DE3A 4LUBA 3ECRA 2RC7A 1B5JA 2O7IA 3RYBA 2H99A 4FE8A 1S50A 4F18A 5AE4A 4JXIA 2Z8FA 1SVXB 3OO6A 3SESA 5KCJA 3KN3A 2REGA 1JEVA 2PYYA 3C34A 3V5AA 4OYVA 4BDRA 4ELRA 1MDP1 3A09A 5F7VA 5I57B 4FAJA 3MZ9A 3QXMA 4JB7A 4KCDA 2RCBA 3PPPA 5TPAB 4POXA 1RYXA 5AA2B 1ANFA 1DTZA 1D3KA 2H4IA 1MXUA 2DE4A 2OZZA 2X26A 4U2RA 4XTCQ 1YTVA 3IB1A 3N6TA 4IO7A 1SDXA 2DSFA 2QPQA 1BKAA 1M5DA 4NF5B 5EYFA 3K1NA 1ATGA 4GLIA 1LFGA 1MQHA 3KZGA 2B3BA 1MPDA 5TPAA 2RINA 3PMWA 3EQ1A 2WKYA 4RXLA 3LBSA 5I57A 1Y3QA 4G8NA 4LZ5A 5CC2A 1H43A 1B51A 2VOZA 3OO8A 4GQOA 4RNSA 4QFNA 4M4GA 2CMOA 5HBCA 1D9VA 1DMBA 2B65A 4EDPA 5IAIA 1B3GA 1MM7A 5KZTA 1B05A 4DCXA 3FXRA 4NEDA 3IOTA 4Q0CA 4QSCA 4R9GA 2Y7PA 4TLMB 4QF9A 4DXCA 2XXRA 4O3BA 3HO7A 4QHQA 4Z0IA 2X7PA 1Y4CA 2AIXA 4U1OA 4ZE9A 3CRBA 3K1MA 4HTGA 3DP8A 1B0LA 4OFOA 2RC9A 1R6ZA 4KYDA 3TEPA 2AYSA 5TP9B 2Q2CA 4RYAA 3IO4A 5IKBA 2I4BA 4X9TA 3MVWA 1P1OA 4U22A 1R9LA 2P2AA 4QFLA 4QFOA 1I6AA 4H1XA 1MG1A 3T22A 1URDA 4DE8A 3V83A 3QAXA 2CZLA 4WEDA 1QULA 4R74A 4RPNA 5I58A 1XOCA 2Q2AA 1I6QA 2RF1A 4GWOA 3DELB 4HW8A 2FNCA 3BFUA 1DOTA 5FHMA 4ZECA 1UTBB 1EZOA 4IO2A 3TFLA 3PAMA 1OQGA 2XXVA 3L6HA 3KJ7A 3VVDA 1HSEA 2QS4A 1ZTYA 2YLNA 1LSTA 3N5LA 1QW0A 4FEDA 4ZE8A 1TT1A 3TTMA 4YU0A 2F34A 4KHZE 1GTKA 1LGBC 2E1SA 3Q25A 2RKMA 4HCYA 4OMBA 3KJTA 1P1WA 2ESNA 3HHFA 3I6VA 2NXOA 3KN8A 2XX9A 3HV1A 1JW1A 2D21A 2THIA 4NF4A 3RQTA 1PBPA 3UA8A 1IIWA 2V3TA 4XKNA 4GXSB 3IB2A 1I69A 3O97A 4FIMA 2Z8DA 4F19A 4DXBA 3TTRA 1B5HA 1XC1A 2V3QA 4NE4A 3SKPA 3B6QA 4Z7EA 3T9UA 1PB7A 4JWXA 2ZNTA 3O6PA 1OIBA 3OSQA 1ZMGA 3PMXA 3SEWA 4F39A 5AA4A 5I2NB 1ZU0A 2ALUA 2ONSA 4UA8A 4F2QA 1IEJA 2F35A 4MFIA 2HCAA 2I3WA 1QUKA 3O6HA 4F1UA 2F78A 1OVTA 4H0WA 3SETA 3G3FA 2XHDA 2O68A 1OQHA 4GFRA 1FQCA 4IO5A 5CI5A 3BKIB 5H8NB 3LSLA 3VE1B 1B3EA 4IO3A 1BTJA 2REJA 1MQIA 2ANJA 4THIA 4GIZA 3GBBA 3H6VA 3QUFA 5H8QB 3HCQA 3CSBA 1N84A 4LZ7A 2ZMBA 4JWYA 4DDDA 3H7MA 3MZBA 5DTBA 1F9BA 3IAZA 4MF3A 4TOZA 3O29A 2A5TA 2GH9A 3MZ1A 1EZPA 3G7WA 1Q35A 3DRIA 3KOSA 1JETA 1SBPA 3QK6A 3MWBA 3CSGA 3DRFA 3FVKA 5I56B 1LAHE 1YCJA 4G8HA 2OLBA 1N76A 3VXCA 2DXRA 4H65A 5K2XA 1UTHB 1VFDA 2DWJA 3O6IA 3R26A 4O3CA 4K3FA 2GHAA 1URSA 3DRKA 4JBZA 3DP6A 2V84A 4PE5B 4FJPA 5DT6A 3CFLA 3OENA 4L17A 4R72A 5AA2D 3ZKKA 4P0IA 4H67A 4JDFA 3ZKLA 4OEUA 1O63A 3FXQA 1B3HA 4RA1A 5H8FB 3PUVE 1N7WA 1VE4A 3O6GA 4IO6A 4WKMA 2UXAA 4R6HA 2B4LA 2P0SA 4I1DA 1USYH 1L5TA 1S9TA 4N07A 2DOJA 2F6PA 3B6WA 3LSXA 3C33A 1JEUA 4O3AA 1B7UA 1CE2A 1PDAA 2QS1A 3B7DA 3UIFA 3VVEA 2DXYA 3FTOA 4H6DA 2ZYKA 3S2VA 2Y7RA 3UGWA 5FTIA 3CR9A 3JYRA 2I48A 2XXYA 1OLCA 1NMUA 4IY5A 4Q30B 3Q29A 1LAXA 5EHMA 4DXUA 4OESA 3CG3A 4QFPA 1FQAA 2DYXA 3FD3A 3FVOA 1XS5A 3U92A 3OXNA 5AA2A 3ILTB 4GVOA 2B3FA 2V3UA 1AL3A 3H4ZA 1GGGA 4IY6A 1URGA 4FEBA 3CI8A 2Y7KA 4YMBA 4GOTA 4KCCA 3KN7A 1SI0A 1LBBA 1EZ9A 5H8QA 1N3WA 1B0HA 1J1NA 5ITOA 4MBPA 1LAFE 2W7YA 3MP1A 4FORA 4X1BA 1IZ1A 3E13X 1MRPA 4NF6B 4I9DA 4PFUA 3D4GA 4GXAA 2I4CA 3CIJA 3TQLA 2O1MA 3QSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EYIA 1P1NA 3PTYA 2I0BA 4GF8A 2FIEA 3S9MC 1JQFA 1Y4TA 2XXUA 1B6HA 4YKPA 5H8HA 5A5XA 3H03A 1CB6A 5L9MA 1SW1A 4N6KA 5CBRA 4P0GA 4F3SA 1KZ8A 2P1SA 3QYTA 3PUXE 3UORA 1N3XA 2FA7A 3S9LC 5IM2A 1B4HA 4F31B 5L9SA 1OLAA 5FHOA 1FBEA 1H3DA 1WVJA 4NGUA 1IITA 2D3IA 3JV9A 3N26A 5DVJA 2O51A 2WYKA 4R2FA 4U4XA 1NNKA 4BDNA 4WXJA 1DPPA 2ZZXA 4H5GA 4YKJA 3FJ7A 3H3GA 2F36A 4O7IA 3O66A 2DQVA 4GWSA 1QGXA 1LFHA 5CMMA 2D5WA 4BLAA 4EUOA 1EYKA 2L5VA 1P1QA 4PFBA 3FXBA 3M8UA 3FJGA 1Y20A 2NVUB 1P1UA 5HM4B 1BIYA 1XT8A 3PU5A 3KBZA 4MMPA 1H44A 1K9ZA 1WDNA 3MBPA 3U8QA 1EH3A 3TODA 1FQBA 1USYE 2XXIA 3KFMA 1FTMA 4F2OA 5A5LA 5H8FA 5I2KB 2R6GE 4OFLA 1IMFA 2OWTA 3PGFA 3U1OA 1Y3NA 4YKIA 3KEIA 3RPWA 4QFKA 3U72A 4JSOA 3RT8A 3N6UA 5K2YA 4KXPA 2HAUA 1B1HA 1H76A 4OENA 4R2BA 3FVNA 5H8NA 2NUVA 4GX6A 4U4SA 5ITPA 3T1BA 2NWJA 2Q8JA 1M5CA 2QJEA 5F24A 3OSRA 4EQ7A 4YB5A 2XX7A 4BDLA 4P56A 1DCUA 2KLFA 3SEXA 5IGAA 3PPOA 3TAJA 5CMKA 2YJPA 4N81A 4P1LA 1B2HA 2PT2A 3D4CA 3IOUA 3K01A 3E79A 2PX1A 5F1QA 1SI1A 1IMCA 2Z8EA 4MH5A 3T0JA 3MJNA 4RK2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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