4XKNA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and l-histidine)
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
molecule tags Transport protein
total genus 164
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xknA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xknA01
2Y7PA 5BWJA 3A3UA 1NFTA 1GGGA 3MWBA 2KLFA 2Y7KA 4QFKA 1M5EA 1P1OA 3U72A 3CIJA 3HSTA 3PMVA 2V93A 4BDQA 1LFGA 4F2QA 1B51A 1EZOA 3MP8A 1MQDA 1B3LA 3C34A 4OYVA 1Y4CA 3RPWA 4FE8A 3K6UA 2A5TB 4YMBA 3KOTA 1DMBA 3T96B 3PPRA 4ELPA 3TEPA 2UXAA 1SI1A 3OO8A 1ZKBA 4KYDA 4NE4A 3KJTA 2GHBA 4NEDA 3L6GA 5I57A 2A5SA 3LSLA 4FEDA 3M8UA 4THIA 3SESA 4KD5A 2F6GA 3TYHA 4QSCA 3TCHA 1USYE 2REJA 4TLMB 3H6TA 2XXPA 4IY6A 1SW2A 4KCDA 4BDNA 3LVUA 3TDJA 3CG3A 5TP9B 2AYSA 2F35A 4LP2B 2ZMBA 3JZJA 3FXRA 1IITA 4C1UA 5CBSA 4XXUA 2YLNA 2E0SA 4NF4A 1UIUA 2P2AA 4R74A 3TQWA 3ONMA 3HHFA 3DELB 1FQDA 5CRYA 3IJXB 1MDP1 2E1SA 2XXQA 3RNNA 2ANJA 5CMBA 3CHGA 5I57B 4F19A 1MY3A 2V3TA 3M3KA 3EHTA 4ZZAA 4DCXA 3IB1A 2DE2A 4N13A 5ELVA 4OFJA 1ZMGA 4OZ9A 4QHQA 5TU0A 1PC3A 2RCAA 3MAMA 1CE2A 2V3UA 2PYYA 1RKMA 2CMOA 5FTHA 5TPAA 3B7DA 2AL4A 3MJNA 3SDFA 4ZS9A 3TUSA 1MM6A 3DP8A 4K3FA 3T9VA 1SD3A 1OVBA 1MH3A 4C0RA 3UA8A 4IO5A 4M1VA 4G68C 3W15C 5I2NA 5AA4A 1NNFA 1SQYA 1MDQA 4GIZA 3KG2A 1NKXA 4LVQA 5L9SA 4WEPA 4YAHX 5I58A 3EF7A 4ESXA 4JSDA 1NNPA 4OXVA 3GLBA 3WAEA 1EU8A 3KJ7A 1ANFA 1N04A 2HAVA 4ZECA 1B5JA 3K6WA 4EXLA 1D3KA 3QAXA 5K2YA 5I84A 5AA2A 1SYIA 5ISUA 1A54A 3W9VA 4JWYA 2OBGA 1XOCA 3K01A 1DSNA 3MC2A 1B3HA 2THIA 3WAFA 3H7MA 4H5GA 1B0HA 4R6YA 1BIYA 1B3FA 4FORA 1NH8A 1MPCA 2NXOA 3N6TA 1SDXA 1A8EA 1XVXA 4BDRA 3KZGA 1MXUA 1H44A 2XXWA 1PB8A 1UTHA 4F18A 3OSQA 5JEIA 1YCJA 1KWHA 3PD9A 1WODA 2I58A 2DWAA 3PPOA 2F78A 1P1NA 1JVXA 2XXRA 3ODBA 2VP1A 3LR1A 4Q5TA 3ECRA 1QUJA 4IO3A 5H8FA 3OXNA 2D3IA 4G8HA 3TQLA 3PMXA 4R2FA 3KOSA 3U92A 1N0TA 3JV9A 1NNKA 2F97A 2FNCA 5AA2B 2VHAA 3N26A 3U8QA 3DRHA 5CI5A 3HV1A 3HPIA 1B3EA 1A7LA 3KGCA 3KN8A 1RYOA 4DIGA 1IXCA 1JW5A 2OWTA 2I48A 4QFPA 1UTHB 3G3IA 2O69A 1NL5A 1EH3A 3E9XA 3TTKA 1SW4A 2VOZA 4OERA 2DXYA 5L8DA 2Y84A 3DP4A 5H8FB 3V8XB 1JETA 4XKQA 1B1HA 3N6UA 3EHSA 4H6DA 1NH7A 2OWSA 1N7WA 5EHMA 1D9VA 4KQPA 3RGYA 3V83A 1OLAA 4JSOA 1XHYA 1LB9A 4PP0A 4QSEA 4OFLA 3PUVE 1N84A 2QS1A 2Q2CA 5ITPA 3MZ9A 3CSBA 5B70A 1JNFA 4ZEBA 1N3WA 5DYHA 3PMWA 1S50A 3M3FA 1IQ7A 3PGFA 4OFOA 1DOTA 3RT8A 1I69A 4RNSA 1FQCA 5KDTA 3S9EA 3D4CA 5I2KA 4F1VA 4GVOA 2UYEA 2VGQA 4NF6B 3RN8A 3T9HB 4PFTA 4LONB 1FQBA 3ZKKA 4RXLA 4IO7A 2XXUA 4H65A 2ESNA 1L5TA 1O63A 4NMYA 2UVIA 4TOZA 3H3GA 4DXCA 3IOVA 1LBCA 3KEIA 4MH5A 3SEVA 5CMMA 3VFJA 1IIWA 3K6VA 1H76A 1P1WA 1DTGA 2DVCA 4YKPA 1B1XA 2ZYNA 5J1DA 2Z8EA 1WVJA 1B7UA 2DWIA 3LC8A 4G4PA 1B05A 4G8MA 4JXIA 3O29A 4KYSA 1DPEA 4LUBA 1PEBA 3M3LA 4R6KA 3FASA 2X7PA 3RYAA 3QK6A 5I56A 4G68B 3ILTB 4AB6A 3Q28A 4MLQA 3RTFB 4BDMA 2XXIA 3FVKA 5DVJA 4JDFA 4F31B 3JYRA 4R6HA 2PX1A 3MVXA 3H03A 3A09A 1B58A 2XX9A 1XT8A 3KSJA 1BTJA 2Z22A 4F3PA 3QXMA 1MXYA 3K02A 2OJTA 1URGA 5L9MA 4GOTA 2AIXA 1B6HA 2XXYA 1Q1KA 3UORA 1RYXA 3C4MA 2DSFA 2Y7IA 1ATGA 1Y1MA 2DWJA 3QIMA 1MPDA 4OESA 1QKBA 1VFEA 2O51A 1GV8A 4OEVA 5TP9A 3Q25A 3H06B 1GVCA 2RCBA 3O9PA 2GHAA 3EHUA 5F7VA 3OO6A 4NWCA 1OVTA 4ZEKA 1MQIA 5I56B 3HHGA 3N5LA 2RC8A 5HBCA 3H6WA 4ECFA 3S2VA 1B0LA 3AXFA 4GXSB 4FJPA 1FTOA 4I8CA 3DRFA 4QFLA 1S9TA 1USYH 2RKMA 3OO7A 4HS7A 2XD2A 3GBAA 1JW1A 3OD7A 4F3GA 3K6XA 3O6PA 3B6QA 1M5BA 1MY4A 3EQ1A 2VD2A 4MBPA 4AQ4A 3U94A 2PVUA 4GL8A 1ZU0A 3IX1A 1LAFE 3FV2A 2F7AA 3RT6B 3FTOA 4PFUA 2V25A 5DVFA 4EQ9A 3MW0A 3FGSA 4PFYA 4JWXA 1J1NA 3C36A 3BFUA 4R2BA 4FEBA 3CR9A 4Z7EA 3DRJA 1UTBA 3SEWA 2LAOA 3MZ1A 3OEMA 5K2XA 1SW1A 1P99A 5AA2D 3I3VA 1Y1ZA 2ZNSA 2DXRA 3SEXA 1MRPA 2NWJA 5BUUA 2Z23A 4OETA 4ZE8A 3TTLA 3K4UA 5AA3A 5HPQA 3DRKA 3GXAA 4DE8A 4X1DA 1B2HA 4NF5A 3RYBA 3FXUA 2ZYOA 5FHMA 2G93A 2DS9A 1FCKA 1B32A 1B9JA 1P1UA 3BBRA 2F36A 3FIRA 3LUYA 2HZLA 1WDNA 1B3GA 2ONKE 5CBRA 4U1ZA 4RJZA 1AH5A 4YB6A 1UTBB 1PDAA 3Q27A 3SEYA 1IZ1A 2NOOA 3MBPA 4MF3A 3IJOB 4RK9A 1H43A 1AIVA 1SVXB 3CRBA 3N94A 1FQAA 1O7TA 2UYFA 4O3BA 5A5XB 2G29A 4ZDMA 3G3HA 3TELA 4NF8B 2H99A 4WKMA 4NF5B 1R9QA 5H8SA 2PT1A 4KR5A 3CVGA 4R9GA 3HCQA 4QSDA 4OEUA 4PFWA 4F3BA 1IEJA 5EYFA 4N6PA 2O7UA 2F5XA 2P1SA 3VLVA 4R72A 3G3GA 3FJ7A 4F3SA 3IB0A 4JB7A 2I49A 3K1PA 5CMKA 2Q8JA 2PT2A 3OENA 2I4CA 5AA1A 2DE3A 1US4A 2O1LA 3HO7A 3IOWA 4KHZE 3TODA 1B4ZA 4IY5A 1ELJA 1B7ZA 2X7QA 2X26A 3CFLA 5IKBA 4R73A 3OELA 3MVWA 3O6HA 3E3KA 1IXGA 3G3FA 3PAMA 2BJJX 1POY1 5FTIA 3KSXA 4EXKA 4WXJA 4F1YA 1XVYA 2H98A 3MVZA 2QS2A 3IO6A 1ZLQA 3C35A 3RTWB 3FV1A 2IEEA 2I4BA 2ONSA 4U4XA 1D4NA 3RQTA 3BFTA 4BDOA 4P11A 2OCUA 5DTBA 1Y3NA 5I59B 1N3XA 1MY1A 4R75A 1URDA 3DRGA 1FTLA 3B6TA 2I3VA 2Y7RA 1GTKA 4M4GA 3IORA 3EN3A 4NF6A 4DLDA 3VXBA 1A99A 1MQHA 4RK2A 4PQJA 5JTYB 5DVIA 3FXQA 1SYHA 4FECA 4EQ7A 1ZTYA 3KN3A 4P0IA 1MY0A 2QJEA 1MPBA 1LBBA 4OHNA 2NVUB 3FVGA 1BKAA 4YKIA 2O6AA 3VV5A 1URSA 5H8HB 1I6QA 3UIFA 4I62A 4YICA 1B40A 2O68A 5ITOA 2PBWA 1AMFA 3FJMA 1A8FA 1MXZA 2D5WA 1GR2A 4O3CA 1MY2A 4LATA 1SW5A 1JEVA 3V89B 4WEDA 4OVJA 4G68A 2I0BA 2ZYKA 1LCFA 2P0SA 2UVJA 2RC7A 4UA8A 3U93A 3SERA 5KCJB 1LAXA 1EZ9A 1Z7NE 5DEXA 3K2DA 3MP6A 3OMBA 5IAIA 3PU5A 3QUFA 3S9MC 1ZBMA 1MM7A 2YJPA 1IXHA 2Z8FA 2O84X 3IAZA 4KCCA 3LBSA 3O28A 1LSTA 1S7YA 2ALUA 1LAHE 4YMAA 4ZEFA 2Y7WA 3O6IA 3TFLA 5KZTA 1PBQA 4U21A 2UVHA 3FATA 4F22A 1FTKA 4X9TA 4RY1A 1Y9UA 1FQFA 5H8NB 3TZAA 3TAJA 4DCYA 3FVOA 2XXTA 4ZEDA 1FTMA 1NNTA 4LA9A 5M2VA 4RPNA 3TTMA 5JK4A 4YKJA 3TKDA 3VXCA 4ISUA 4N07A 4TQUQ 1EZPA 5ICQA 3LSFB 2GH9A 1MXXA 5DEXB 2F7CA 2HCAA 4QFOA 4L17A 4ZE9A 1Y3QA 1IUDA 2HEUA 2QS3A 1QKAA 4JWOA 4YU0A 1IXIA 2Z8DA 2HFBA 3C33A 4LQ2A 1B4HA 2Q2AA 3DLNA 1Y4TA 2R6GE 3DRIA 3T22A 4DXUA 2HAUA 2YPNA 4EDPA 1DTZA 1PBPA 4ELRA 3PV0E 5B7DA 1QULA 2DE4A 1B5HA 1HSJA 4DXBA 2I0CA 3FVNA 1YTVA 4F2OA 2Q88A 4G2ZA 1LFHA 1MXVA 3HN0A 3T93B 2OLBA 4LZ5A 1M5CA 2WOPA 3MPLA 4EUOA 4HCWA 4DZ1A 4IO6A 1JVYA 3IOUA 3KN7A 4QRZA 3CSGA 5FHNA 4H1XA 3G7WA 2O7IA 2RINA 5H8QB 3I6VA 3R26A 1OMPA 2I3WA 3G3KA 2QSXA 3MVYA 1BP5A 1MH4A 4OENA 2H25A 3E13X 4ND9A 3PUWE 1I6BA 1JEUA 4GRKA 3IK6B 1FW0A 2QMWA 3K1NA 1TWYA 4I9DA 1TXFA 4MLVA 4U4SA 3KFMA 1A40A 1OQHA 4YB5A 3FZVA 4P0GA 3Q29A 3H4ZA 3ZKLA 3OSRA 1LAGE 3MZBA 4XKRA 2QRYA 4GF8A 5FHOA 1MXWA 4Q0CA 4Q8RA 3IOTA 2UVGA 1QJMA 3LSXA 4U2RA 5A5XA 4POWA 3C31A 1Y3PA 2QPQA 1SI0A 4RPOA 3C32A 1AOVA 2DWHA 2AL5A 4NF8A 2ONRA 3L6HA 1A55A 4FAJA 2B3FA 5CM6A 3UN6A 3K1MA 3FUZA 4IGRA 3K00A 2H4IA 2RF1A 4YKKA 2IA4A 4IB2A 3UK4A 4GD5A 4XKNA 3UGWA 4AB5A 5EHSA 4ZZEA 3TPAA 3TMGA 1T0KA 1OLCA 2HXWA 1Y20A 1II5A 2WOKA 3FJGA 3V5AA 3ILUB 1R9LA 3U1OA 5HM4B 4GFRA 3MQ9A 4LZ7A 4MFIA 4OMBA 2CZLA 1PB7A 3OOAA 4OTEA 1DPPA 3CFXA 4ESWA 3S9NC 4NF4B 3A3CA 1YPNA 1QVSA 1N76A 2B65A 2QMXA 2H9BA 2F8DA 1XS5A 2B4LA 2DVZA 1HSLA 4FIMA 1O64A 3F11A 4O3AA 1MQJA 4EF1A 2OK2A 4GXAA 3PPPA 4OWDA 4QF9A 3T9UA 1US5A 4Z0IA 2QL3A 3EPEA 2XX8A 3RLFE 1TT1A 1TFDA 4PETA 2DQVA 3S9LC 2VD3A 4POXA 4F29A 3VLUA 2GRVA 3OEKA 2WOLA 1UQWA 3USDA 5CC2A 4KPTA 3Q26A 5I59A 1N7XA 5TPAB 4NWDA 3DP6A 3PUZE 3VLWA 3TCGA 4IO2A 3DM0A 4PE5B 5CMCA 4XIGQ 1LCTA 3O66A 1BLFA 2OZZA 3I5OA 4ELOA 3G3JA 1OIBA 5JTYA 2DP8A 1FQEA 5AE4A 3R6UA 2B4MA 3FD3A 2FYIA 5LOMA 1M5FA 5I2NB 5AA4B 4GLIA 2V3QA 2ZNUA 2XX7A 4E0WA 3IB2A 1VFDA 5F1QA 3QUJA 3R7XA 5I58B 1MQGA 5H8HA 4FATA 3PD8A 1ZJLA 2F34A 3SKPA 1QUIA 4XKPA 3C9HA 4NTLA 2D21A 4I1DA 3RY3A 2R9JA 1P1QA 2FA7A 1POTA 1M5DA 3OO9A 3IL1B 1LGBC 1VE4A 4X1BA 3B6WA 3SEUA 3P7IA 3S4UA 3MP1A 5KCJA 1VSOA 3T66A 4EQBA 4LZ8A 2NUVA 3TTNA 1Z7ME 3T9XB 3GZGA 4HCYA 3UP9A 3W9WA 2HZKA 3VVFA 4ELQA 4RA1A 4H8JA 4EF2A 4YZZA 1QW0A 3H6UA 3TCFA 3QSLA 4XTCQ 4F39A 3PPNA 4IO4A 1B46A 4QFNA 3IO4A 4U1OA 3D4GA 3ZSFA 2RC9A 2XXXA 4RYAA 2ZYMA 1B52A 4Q30B 4G8NA 4H5FA 2WKYA 4HTGA 5H8NA 3O97A 4U22A 3THIA 1MS7A 4GQOA 1ZIUA 2REGA 4X48A 2HQ0A 4KI0E 3VE1B 3MPKA 2DYXA 2XHDA 4OQOA 2H5YA 1QUKA 4IGTA 2GFEA 4ONYA 1TFAA 3CI8A 3GBBA 4UACA 3IR1A 1H45A 3SETA 1JQFA 4BLAA 4H0WA 2V84A 2M8CA 2XD3A 2F6PA 3QYTA 1CB6A 4GWOA 3K0VA 1FTJA 2F7BA 3O2AA 5L9OA 3VDFA 3BKIB 1OQGA 4TLLB 4JBZA 4YB7A 3PUYE 1Q35A 4BDLA 4F1UA 1B7HA 2PMSA 3LSWA 4H8IA 1R1NA 1AL3A 4LQ5A 3CFZA 3PUXE 4C1TA 1LB8A 3VVDA 2ZNTA 2ABHA 1HSEA 2R71A 2O1MA 1NMUA 1XC1A 3TTRA 3PPQA 4DDDA 1JW4A 1YAEA 1F9BA 1LFIA 2QS4A 2Q89A 1B5IA 3CG1A 4H67A 4G77A 3KBRA 2DOJA 2A5TA 4ZEIA 3RUMA 2XXVA 4U23A 4HW8A 1PB9A 4GL0A 1MG1A 5KDTB 5I2KB 5H8QA 3H6VA 4E0XA 4KYEA 5ICTA 1I6AA 2Q9TA 3E4RA 3VVEA 1LLSA 1R6ZA 2I6EA 5DT6A 2W7YA 4R9FA 3MUQA 1UIVA 3O6GA 2XXHA 2ZXTA 2B3BA 1VR5A 4KFQA 1H3DA 1D9YA 1SBPA 3ZS6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y7PA 5BWJA 3A3UA 1NFTA 1GGGA 1LBZA 3MWBA 2KLFA 2Y7KA 4QFKA 1M5EA 1P1OA 3U72A 3CIJA 3HSTA 3PMVA 2V93A 4BDQA 1LFGA 4F2QA 1FBDA 1B51A 1EZOA 3MP8A 1MQDA 1B3LA 3C34A 4OYVA 1Y4CA 3RPWA 4FE8A 3K6UA 2A5TB 4YMBA 3KOTA 4NQ8A 1DMBA 3T96B 3PPRA 4ELPA 3TEPA 2UXAA 5LDZA 1SI1A 4N6KA 3OO8A 1ZKBA 4KYDA 4NE4A 3KJTA 2GHBA 4NEDA 4PBHA 2FBPA 3L6GA 5I57A 2A5SA 3LSLA 4FEDA 3M8UA 4THIA 3SESA 3IFCA 4KD5A 2L5VA 2F6GA 2XWKA 3TYHA 4QSCA 4PE3A 3TCHA 1IMEA 1USYE 2REJA 1K9YA 4TLMB 3H6TA 2XXPA 4IY6A 1SW2A 4KCDA 4BDNA 3LVUA 3TDJA 4KXPA 3CG3A 5TP9B 2AYSA 2DDKA 2F35A 4LP2B 2ZMBA 3JZJA 3FXRA 1IITA 4C1UA 5EQAA 5CBSA 4XXUA 2YLNA 2E0SA 4NF4A 1UIUA 2P2AA 4R74A 3TQWA 3ONMA 3HHFA 3DELB 2Q8MA 4PDDA 1FQDA 1FPGA 5CRYA 3IJXB 2PCRA 1MDP1 2E1SA 2XXQA 1FPFA 3RNNA 2ANJA 5CMBA 3CHGA 5I57B 4PDHA 4F19A 1AWBA 1MY3A 2V3TA 2FIXA 3M3KA 3EHTA 4ZZAA 4DCXA 3IB1A 2DE2A 4N13A 5ELVA 4OFJA 1ZMGA 4OZ9A 4QHQA 5TU0A 1PC3A 2RCAA 3MAMA 1K9ZA 1CE2A 2V3UA 2PYYA 1RKMA 2CMOA 5FTHA 4X04A 5TPAA 3B7DA 2AL4A 3MJNA 3SDFA 4ZS9A 3TUSA 1MM6A 3DP8A 4K3FA 3T9VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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