4XKNA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and l-histidine)
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
molecule tags Transport protein
total genus 164
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xknA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xknA01
2RCBA 3ZKKA 1LAFE 3MZ9A 3A3CA 2DWJA 1QULA 4WEDA 3PD9A 3G3JA 2X26A 3G7WA 3M3LA 4BDMA 1FQFA 1ZLQA 4AB6A 1LLSA 1H76A 2XXXA 4XTCQ 4ELQA 2F36A 3H03A 1S9TA 2I4CA 2GHAA 2V84A 3I3VA 3TODA 5FHMA 2OWTA 3KBRA 1Y4CA 1O7TA 3M3KA 4R6YA 1MS7A 2OCUA 5EHMA 4NMYA 4JSOA 1B3HA 4LUBA 3OELA 1B7UA 1TFAA 2GHBA 1DSNA 4OVJA 2Z8FA 3KGCA 5BUUA 1OVBA 1DPEA 1EU8A 2XXRA 2F34A 3BBRA 4OEUA 4OZ9A 2R71A 2O69A 5JEIA 3K2DA 2I48A 5AA2B 4I8CA 4M4GA 1DOTA 1PBPA 4U1ZA 3PU5A 4RA1A 1USYE 4OYVA 3O6PA 2H25A 2RC7A 1UIVA 3UIFA 4YB7A 2DVCA 4KFQA 1IIWA 1ZJLA 2F35A 3TEPA 5DT6A 3TCFA 3ECRA 4FEDA 4E0WA 1B40A 2HAVA 5FTIA 1AIVA 3CFLA 4NF8A 3D4GA 3MAMA 3ODBA 3TTRA 2DWHA 2V25A 3M8UA 3U92A 3T9XB 2O1LA 2F6PA 3CRBA 3QAXA 5F7VA 4YMAA 3W15C 1MM6A 4QHQA 1S7YA 2I3VA 2ZNTA 2H4IA 3K6XA 2R6GE 4JXIA 2THIA 3V8XB 4F29A 3C31A 4N6PA 1N0TA 1JVYA 3BFTA 2O7UA 3K6VA 4QSCA 4F1UA 1UQWA 5AA1A 3OEMA 4GVOA 3VE1B 1OMPA 1WVJA 1NNTA 4GXAA 3SEYA 2Z23A 1ELJA 1UTBB 2B4MA 5KZTA 5DVFA 1A55A 4ECFA 5ELVA 1NMUA 5DVIA 3HHGA 1TFDA 2Z8DA 4ELOA 3EHSA 1SW4A 2I3WA 2Y7IA 5CI5A 5AA2A 2AIXA 1JVXA 3LC8A 5KCJA 2UYFA 1N3XA 4Q0CA 3FZVA 3TFLA 2GFEA 4XKNA 2HCAA 1PDAA 3VDFA 5DYHA 5TPAB 4NTLA 5FHNA 2I4BA 3MP1A 5EYFA 2HZKA 3C4MA 4PFUA 1IXHA 3LSFB 1B3LA 4RK9A 2UVIA 2DWAA 3CIJA 1GVCA 3C32A 3MPLA 4OHNA 3N5LA 2DE2A 3CVGA 4X48A 4OWDA 1MQGA 5FHOA 4GIZA 3D4CA 1HSLA 2WKYA 2FYIA 2ONKE 2ANJA 2Y7RA 1URDA 4EF1A 3K0VA 2XXIA 1FQBA 1NNKA 4NWCA 3DRJA 3V83A 2XHDA 1QUKA 3VXCA 1EH3A 2PMSA 3CSBA 3SEUA 3ILTB 3GXAA 1LAXA 4F3SA 3TTKA 3H6UA 5DTBA 4FATA 5CRYA 1UTBA 1SI0A 2F7AA 1URGA 5ITPA 5L9SA 2Y7WA 3MBPA 4GD5A 1ZBMA 2Q89A 1M5DA 2I0BA 5TPAA 1POTA 2HFBA 5H8NA 5ICTA 3TKDA 4M1VA 3KOSA 4UA8A 4DCYA 3FJGA 2UVJA 4IGRA 3WAEA 3G3KA 3A3UA 3O9PA 4LP2B 1TXFA 2NVUB 5CMKA 3QYTA 4KR5A 3KEIA 3U93A 4DE8A 1UTHB 2OZZA 4JBZA 5K2XA 4DXBA 3WAFA 4R2FA 3OO9A 1GGGA 2QJEA 4Q5TA 2QL3A 4I1DA 2WOPA 3T66A 1I6BA 4LZ7A 3CSGA 2DP8A 1MG1A 1JW1A 5CBSA 3TELA 1LB9A 1LBCA 3VV5A 2I58A 2HAUA 3KOTA 1DPPA 5JTYB 3GLBA 3IB1A 1YCJA 1JEUA 3SEXA 3MPKA 4ZE8A 3TDJA 4NF6B 4H8JA 5K2YA 3UORA 4OESA 1FCKA 3MP6A 5H8HB 1T0KA 4EQ9A 3S9NC 1LAHE 1USYH 4IO6A 2XD2A 1AL3A 3OENA 4OQOA 2A5TB 3ONMA 3KFMA 3H3GA 3G3HA 1AMFA 4H65A 4K3FA 1R6ZA 2M8CA 4OERA 1A7LA 4DXUA 5AA3A 4IY6A 2UVHA 1FQEA 3CR9A 3UGWA 1P1NA 4MLVA 3T22A 3MP8A 3Q26A 3RQTA 4RNSA 1MQJA 3Q25A 1DMBA 2F6GA 4Q8RA 3SETA 3SEWA 3HO7A 4FJPA 2I6EA 3FXUA 4ISUA 1UTHA 2Q2CA 1FQCA 4BDLA 3BKIB 3UA8A 3FJ7A 4ONYA 2Q9TA 4O3CA 3IAZA 1LAGE 4C0RA 2ZYKA 1Y4TA 2WOKA 3KSXA 1YAEA 4GOTA 1HSEA 5H8QB 5JTYA 1LFGA 2GRVA 4IGTA 3VXBA 2XXQA 4N13A 3R7XA 4YKKA 1FTJA 2Q88A 4NF6A 2X7QA 1YPNA 5H8HA 2DXRA 2XX9A 1SQYA 3TZAA 4X1DA 4JWYA 1ATGA 3BFUA 1B1XA 4LA9A 3QXMA 4NF8B 2P0SA 3EQ1A 4RY1A 3QUFA 3HCQA 3QUJA 4OETA 3FTOA 3FXQA 4LQ2A 2VP1A 4U4SA 3AXFA 4X1BA 5DVJA 4BDQA 3VVFA 3VLUA 1MY2A 3IOUA 1IEJA 2ESNA 3CHGA 2PT2A 1II5A 1MXVA 5I84A 3IO6A 3RTWB 2QS3A 2D5WA 3A09A 4LATA 4P0GA 1OLCA 4F1YA 4TLMB 4OTEA 1I69A 1GR2A 3LUYA 4H67A 4R6KA 3H7MA 3PUWE 4R73A 2XXPA 3MWBA 3RNNA 3UN6A 2ZMBA 3EN3A 4IO7A 4ESWA 5KCJB 2NWJA 3LSXA 5H8QA 1A99A 5HPQA 3PAMA 3SEVA 3H6TA 1VSOA 3PMVA 3HSTA 3T93B 5AA2D 4BDOA 2CMOA 3C35A 4ZEKA 5I58B 2QPQA 1Y9UA 2D3IA 4DDDA 4H1XA 3RPWA 4YKPA 1GV8A 2DS9A 1P1WA 4DZ1A 1P1QA 1SYHA 4G8NA 2O84X 1CE2A 4H5FA 3K01A 3RTFB 1B32A 3O29A 4EXLA 2H98A 3G3IA 1IXCA 1BKAA 2QRYA 3U1OA 4ZS9A 1N84A 3S9MC 3CI8A 3DP4A 3TQLA 3C33A 3TQWA 1MXXA 1MXWA 2ZYMA 4U22A 3N6UA 1IITA 1SBPA 2YJPA 5F1QA 2DSFA 2R9JA 3B6TA 1QKAA 3DRHA 4Z7EA 1EZPA 1IUDA 4EQ7A 2NXOA 1JW5A 3O28A 4PE5B 1A54A 1HSJA 3DM0A 1ZMGA 2HEUA 3TAJA 4QRZA 3RT8A 1MQHA 4DIGA 1A40A 3K02A 4TLLB 4G8HA 1M5FA 3FXRA 1EZOA 4I9DA 3LSWA 3QIMA 5H8NB 2G93A 1WODA 4NF5B 5IAIA 5I58A 3H6VA 5LOMA 2ONSA 2D21A 4O3AA 4OENA 4QFNA 4NEDA 4IO3A 4RYAA 3CFZA 5L9MA 4ZEFA 3EPEA 3TCGA 3PUXE 4U2RA 3K1NA 4HW8A 4ZEIA 2DYXA 1XS5A 1PB7A 1MM7A 1VFDA 5ISUA 2W7YA 3MW0A 2QS1A 3T96B 4KQPA 4C1TA 4YKJA 3QK6A 3IB2A 1IZ1A 4XKPA 4YKIA 2VHAA 3RN8A 1PB9A 3LR1A 3DRGA 1ANFA 2NUVA 5DEXA 1XT8A 1B5HA 3DP6A 4MH5A 4HCWA 4KYDA 4WEPA 3JV9A 1Y1MA 3PUYE 1WDNA 1MY3A 1D3KA 4EF2A 3IJXB 3HN0A 5A5XB 4G68A 5CMBA 3EHUA 2YPNA 1B2HA 3USDA 1VR5A 4YB6A 4RPNA 1OIBA 1SW2A 3VLVA 2QMXA 4JWXA 1PC3A 2XXUA 4C1UA 1H3DA 3IL1B 4GFRA 2RC8A 3VLWA 1Q35A 5B70A 3IO4A 2OBGA 4NF5A 3QSLA 1ZU0A 1JETA 5CMCA 2X7PA 3SDFA 2HZLA 2ZYNA 4POXA 1POY1 1FQAA 5HM4B 1SW1A 4G8MA 1H45A 2BJJX 3OO8A 5TU0A 2ZXTA 3ZSFA 3DELB 2AYSA 3MQ9A 4HTGA 1KWHA 3HV1A 2ZNUA 2Y7KA 3JYRA 3OSQA 1SD3A 1JNFA 4NWDA 4TOZA 4F2OA 4GQOA 5J1DA 1LFIA 4EQBA 2H9BA 3OO6A 3LVUA 1Q1KA 1MY4A 3PUZE 1ZKBA 3IORA 3MVYA 3R6UA 4ZE9A 2F7BA 4ND9A 3FVKA 1OQHA 3Q29A 5BWJA 2HXWA 4G4PA 3TCHA 5H8FA 1O63A 4H5GA 5A5XA 4FECA 1NH8A 4Q30B 5I59B 4ZECA 3I5OA 3O66A 3OD7A 3OMBA 3SERA 3S9EA 2XXYA 3MC2A 3IJOB 3MUQA 2DVZA 2HQ0A 1MXYA 5JK4A 3HHFA 4NF4B 3KN7A 3DRKA 2V93A 1XVXA 4HCYA 3B7DA 4OFOA 3Q28A 2QSXA 2O6AA 3CG1A 3TTLA 3O2AA 2VGQA 4YB5A 3E9XA 4F18A 4BDRA 1FQDA 4G68C 4JB7A 4P0IA 3PUVE 4THIA 3TMGA 2B3BA 3F11A 1EZ9A 4EXKA 1Y20A 4KCDA 3PMXA 3LBSA 5I2KA 4R2BA 4KI0E 2AL4A 5AA4B 4U21A 1IQ7A 4EUOA 3O97A 2I49A 3EHTA 2A5SA 1VFEA 2QMWA 4U4XA 1XVYA 2DE4A 1MDQA 3MVXA 1B3FA 4DXCA 4PFYA 3LSLA 3RLFE 1N3WA 3PGFA 4DCXA 2E1SA 1B4ZA 1D9YA 1LSTA 1NL5A 3KJTA 2V3TA 2RC9A 3RYAA 2P2AA 3FATA 4IB2A 5CMMA 2E0SA 4RPOA 1US5A 1VE4A 4O3BA 2Z22A 4QSEA 4GLIA 2F78A 5I59A 1B05A 1MRPA 1OLAA 1P99A 4G77A 4R6HA 4MLQA 3T9UA 2PX1A 3MVWA 4MF3A 4H6DA 4AB5A 1OVTA 4KD5A 3KJ7A 4PP0A 3PMWA 4YZZA 4NF4A 1Y3NA 2PYYA 3GZGA 4ZZEA 1P1OA 1RKMA 4PETA 1MQIA 4I62A 4FEBA 2RINA 3E3KA 2F97A 4RJZA 1MH4A 2ONRA 3I6VA 1H44A 2DE3A 3FUZA 5CM6A 2PT1A 3N26A 3PPRA 4QFOA 4ESXA 1F9BA 3FJMA 3O6HA 2WOLA 3IR1A 4R9FA 3FD3A 2B4LA 3THIA 3SESA 2AL5A 3U8QA 3TUSA 3VFJA 3C36A 4QFKA 2Y7PA 3OOAA 2FNCA 3RGYA 4BLAA 5AA4A 1QVSA 1ZTYA 4F3GA 1R1NA 3OXNA 4JDFA 3M3FA 1NFTA 4F19A 4FAJA 4XKQA 1XHYA 1FTMA 3H06B 2QS4A 5EHSA 4BDNA 1N04A 3O6IA 1B7HA 2O1MA 3MZ1A 2B3FA 4GWOA 5FTHA 3GBAA 1B0LA 4U23A 4KCCA 1AH5A 2XXVA 1A8FA 2DWIA 2DXYA 3O6GA 4WXJA 4FIMA 2UVGA 3FVNA 5TP9A 2KLFA 2QS2A 3E4RA 4IO5A 1QUJA 2RF1A 3RY3A 4OFJA 2UXAA 2B65A 3K00A 1DTGA 1B0HA 1B6HA 1FTLA 4UACA 3JZJA 4GL8A 4XXUA 1MY1A 2ZYOA 2XX8A 4GRKA 1B9JA 1RYOA 1TWYA 3PPNA 4QFPA 2O51A 2VD3A 4PQJA 4MFIA 5DEXB 4Z0IA 1B7ZA 1YTVA 1JEVA 4E0XA 1MPBA 1QKBA 4OMBA 3EF7A 3L6HA 1LBBA 1ZIUA 3PPOA 4IO4A 1NKXA 2YLNA 1B46A 4G68B 3OEKA 1LCFA 3ILUB 4U1OA 4F1VA 2PVUA 4X9TA 4POWA 4QFLA 1IXGA 1H43A 3T9HB 3IOTA 3RT6B 4ZDMA 1B3GA 4YMBA 1TT1A 4WKMA 3IK6B 2PBWA 1LGBC 3DRFA 2IA4A 2Z8EA 2OWSA 3IB0A 3H4ZA 4YICA 1GTKA 3OO7A 4FORA 2DQVA 1FTKA 3ZS6A 3DLNA 3C9HA 4MBPA 5I57B 2ZNSA 4JSDA 5KDTB 1US4A 4F3BA 1S50A 4P11A 4FE8A 4YAHX 5I56B 1URSA 2GH9A 2OK2A 5CC2A 3MJNA 1B1HA 4ZEDA 2REJA 3IOVA 4NE4A 2XXWA 3G3FA 3PPQA 1MH3A 4KYSA 4DLDA 2Q8JA 4QSDA 3S4UA 3B6WA 4OFLA 1MPCA 2RCAA 3SKPA 5M2VA 3PV0E 2H99A 3FVOA 2OJTA 3IOWA 1Y3QA 5IKBA 5H8FB 1XC1A 3H6WA 2H5YA 4R75A 3G3GA 1BIYA 2XX7A 2CZLA 3R26A 1NNPA 3KG2A 4F3PA 4KPTA 1QW0A 2RKMA 1B51A 1R9QA 5ICQA 3N6TA 1PEBA 4KHZE 3UP9A 5B7DA 3MZBA 1M5CA 1Y3PA 1B5IA 1N7XA 4LVQA 3K1MA 3V89B 1CB6A 4H8IA 3P7IA 4R74A 1PBQA 4HS7A 5ITOA 3TTNA 3FASA 4ELPA 4F22A 5I57A 4QF9A 5KDTA 4ELRA 1QJMA 2LAOA 4KYEA 3W9VA 4ZZAA 1MQDA 5I56A 5I2KB 5L8DA 1IXIA 4TQUQ 5CBRA 2I0CA 5I2NB 1Z7ME 4RK2A 3B6QA 5HBCA 4F2QA 4N07A 3HPIA 3IX1A 4RXLA 2FA7A 1B4HA 3W9WA 2OLBA 1MPDA 4PFTA 3RUMA 1A8EA 2V3UA 3ZKLA 1FTOA 1FW0A 3FVGA 2IEEA 1DTZA 4ZEBA 1MXZA 3PPPA 2O68A 4OXVA 3MVZA 3C34A 3DP8A 2ABHA 3GBBA 1NNFA 3KN3A 1P1UA 4F39A 2F8DA 1SVXB 1MY0A 1I6QA 3UK4A 4GF8A 2XD3A 2VD2A 3OSRA 5H8SA 2NOOA 1Y1ZA 4XIGQ 3FV1A 2G29A 4AQ4A 1SYIA 3E13X 3KSJA 1B52A 3PD8A 2P1SA 1LFHA 3TTMA 2ALUA 3KZGA 1B5JA 4PFWA 3L6GA 1BTJA 1RYXA 2Y84A 2XXTA 2O7IA 3Q27A 3FGSA 4EDPA 3KN8A 1LB8A 1MDP1 1LCTA 3VVDA 1Z7NE 2XXHA 4LZ8A 5I2NA 1AOVA 3TPAA 3CFXA 4F31B 4H0WA 3FV2A 4G2ZA 1J1NA 2DOJA 1R9LA 1BLFA 3CG3A 3N94A 2F7CA 1SW5A 5AE4A 1D9VA 4OEVA 2REGA 3V5AA 1QUIA 4LQ5A 4GXSB 4JWOA 4R72A 3TYHA 1SI1A 1UIUA 1N76A 4LZ5A 1NH7A 2UYEA 3K1PA 3K6UA 1N7WA 1XOCA 4GL0A 4XKRA 1B3EA 1O64A 2VOZA 1JW4A 5TP9B 1OQGA 4L17A 3U72A 3FIRA 3RYBA 4LONB 4YU0A 1L5TA 3U94A 5L9OA 1M5EA 2V3QA 1JQFA 2F5XA 3DRIA 3S9LC 3S2VA 1B58A 3T9VA 3K6WA 1MXUA 1SDXA 3VVEA 1PB8A 3K4UA 4R9GA 1M5BA 1D4NA 4IO2A 1BP5A 2A5TA 1I6AA 2Q2AA 4IY5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RCBA 3ZKKA 1LAFE 1FPLA 3E78A 3MZ9A 3A3CA 2DWJA 1QULA 4WEDA 3PD9A 3G3JA 2X26A 3G7WA 5IZ1A 3M3LA 4BDMA 5LDZA 1FQFA 1ZLQA 4AB6A 1LLSA 1H76A 2XXXA 4XTCQ 4ELQA 2F36A 3H03A 1S9TA 2I4CA 2GHAA 2V84A 3I3VA 3TODA 5FHMA 2OWTA 3KBRA 1Y4CA 1O7TA 3M3KA 4R6YA 1MS7A 2OCUA 5EHMA 4NMYA 4JSOA 1B3HA 2XWKA 4LUBA 3OELA 1B7UA 4PC9A 1TFAA 2GHBA 1DSNA 4OVJA 2Z8FA 3KGCA 4QXDA 5BUUA 1OVBA 1DPEA 1EU8A 1KA0A 1FPJA 2XXRA 2F34A 3BBRA 4OEUA 4OZ9A 2R71A 2O69A 4AS4A 5JEIA 3K2DA 2I48A 5AA2B 4I8CA 5EYGA 4M4GA 3LUZA 1DOTA 1PBPA 4U1ZA 3PU5A 4RA1A 1USYE 2XA5A 4OYVA 3O6PA 2H25A 2RC7A 1UIVA 1EYJA 3UIFA 4YB7A 4OVRA 2DVCA 4KFQA 1IIWA 1ZJLA 2F35A 3TEPA 5DT6A 3TCFA 3ECRA 4FEDA 4E0WA 1B40A 2HAVA 5FTIA 1AIVA 3CFLA 4NF8A 3D4GA 3MAMA 3ODBA 4N81A 3RYDA 3TTRA 2P3NA 2DWHA 2V25A 4NF0A 3M8UA 3U92A 3T9XB 2O1LA 2F6PA 2MKZA 3CRBA 3QAXA 5F7VA 5LTCA 4YMAA 3W15C 1MM6A 4QHQA 1S7YA 4GWXA 2I3VA 2ZNTA 2H4IA 3K6XA 2R6GE 2HHMA 4JXIA 2THIA 3V8XB 4F29A 3C31A 4N6PA 1N0TA 1JVYA 1KA1A 3BFTA 2O7UA 3K6VA 4QSCA 4F1UA 4MAGA 1UQWA 5AA1A 3OEMA 4GVOA 3VE1B 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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