4ONYA

Crystal structure of a abc transporter, periplasmic substrate-binding protein from brucella melitensis
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
583
structure length
583
Chain Sequence
ETAPDYALSMHGDVALPADYTHFPYTNPDAPKKGSLTVGVVGTFDSLNPFVLKSMRTTARGLYNDGEFGNMVYQTLMLRSRDEPFTLYSLLAEKVAIDPERKWVEFTLNPKAKWSDGQPVTVDDVLFTYDILTEKGRPPYNSRMSRVAKIEKTGERSVRFTFNEKSDREFPMLIAGSMPVLPKHAINRDTFGNSTLEPPIGSGPYVVASVQPGQRIVYKRNPDYWGKDLPSQRGFNNFDKISIEYYRNETSLFESFKKGILDIFIEGNPIRWEKLYDFPAVEQGKVIKDTFEKGTPADMLGFVFNTRRPIFADRRVRQALGLLFDFEWANSNLFAGQYRRTQSFWEGSQLSSVGRPADARERELLAPFPGAVREDVMNGTWHPPVTDGSGHDRVPAKKAYDLLSQAGFQFKDGMAIDPTAKPFAFEIMTRSPDEEKIALAYQRNLSRLGIAVEIHTVDDAQYQQRLQTFDYDMILGALASSLSPGNEQWLRWGSASRDVQGSFNFAGVADPAVDAMIEALLAARNRADFVSAVRALDRVLISGDYYVPLYHLPYQWVARWDRIEHPQKTPLSGYQLPAWWHTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 5
publication title Crystal structure of a ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein from Brucella melitensis
rcsb
source organism Brucella melitensis
molecule tags Transport protein
total genus 195
structure length 583
sequence length 583
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4onyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4onyA01
2DS9A 1B7HA 4E0XA 1ZIUA 2ZYNA 2ZNTA 3C4MA 4F3GA 4Z7EA 4POXA 3KFMA 4BDNA 1DTGA 4GD5A 1NL5A 1XT8A 1MH3A 4ZEBA 3H7MA 3KSXA 1A8EA 2WKYA 2AL5A 4ELPA 1FQFA 2PT2A 1RKMA 3E4RA 4MBPA 4XKNA 5DVJA 1MPCA 1GGGA 4H6DA 2F34A 1BP5A 4F3BA 2VD2A 3TCFA 4N6PA 4KR5A 2UVJA 3MZBA 3H03A 4EXLA 1AIVA 4NMYA 4XIGQ 2HEUA 3EHTA 4YB5A 2REGA 1NH8A 2Y7RA 2R6GE 4PFUA 3G3JA 3EHSA 5F1QA 1QUIA 2DXYA 1B3GA 3S9MC 3N6UA 2HAUA 5JEIA 2ONKE 4XKRA 3IO6A 3SERA 2REJA 2Y7IA 2WOLA 1XVYA 3UORA 3V83A 4OEUA 5ITOA 1MQIA 1H44A 4G2ZA 5DT6A 3SEXA 1B1XA 1MPBA 4GFRA 1H45A 3LSFB 1ZBMA 3C34A 3TFLA 2D5WA 1NNTA 2DP8A 1P1WA 2B3BA 1B51A 5I56B 3PPQA 5K2XA 3VXBA 3PD8A 2DWHA 3RGYA 2G93A 3MVYA 3H6TA 3V8XB 2W7YA 1XC1A 3HSTA 3F11A 2DWAA 1MS7A 4X48A 3IL1B 4G8NA 2E0SA 3FV1A 3UA8A 2PBWA 5KCJB 1USYE 1ZJLA 1ZTYA 3TKDA 5DEXB 4NEDA 1O64A 2UYFA 2XX8A 3MC2A 3MJNA 4H1XA 4ZS9A 2O84X 4ND9A 1XHYA 4XXUA 3IB1A 4O3CA 1B0HA 3DP4A 1P1QA 1NFTA 5FHNA 5I56A 4P0IA 1GV8A 4EF1A 4TLMB 4OHNA 4AB5A 1D9VA 3T66A 1BIYA 2YPNA 2HFBA 2V3QA 3PUYE 4YB6A 2DVCA 1SBPA 4DCYA 4YKJA 1Y20A 3SETA 2F7AA 2O68A 2QSXA 3IK6B 3TTKA 4M4GA 2UVGA 1Y4CA 4XKQA 3WAEA 2Y84A 5KCJA 1B40A 3R6UA 2O6AA 1B2HA 5DEXA 2Q9TA 3FXUA 2UXAA 2VOZA 4IO4A 1B1HA 1S9TA 2OWTA 1VE4A 1Y1ZA 2V3TA 4K3FA 5FTIA 3FIRA 4LONB 1MXWA 4F2QA 4R72A 3B6WA 3RYAA 4FIMA 1ELJA 3H3GA 3E3KA 4IGTA 5EHSA 1B9JA 1CE2A 4KPTA 4U21A 1N04A 2XXQA 3DRHA 3PPPA 5TPAB 1HSJA 1MDQA 3Q29A 2ZYOA 3O6HA 5L9MA 2LAOA 4X1DA 4ZEIA 1MY0A 4BDRA 1VFDA 4ELQA 5CBRA 1WODA 4YMAA 5AA3A 4MH5A 1LB8A 3PGFA 1PC3A 4EUOA 1TFDA 5CMCA 1KWHA 4YB7A 5B70A 1D9YA 2OBGA 4U4XA 3R7XA 3BFUA 2XXXA 1FQCA 3IJOB 4H67A 3Q25A 3VVEA 4THIA 4R9GA 1N3WA 4OWDA 1M5CA 1OQHA 1SW4A 5AA2B 1WDNA 3MQ9A 4OXVA 2P1SA 2P2AA 3PAMA 3FATA 1SW5A 1N84A 5TPAA 5JTYB 1Q35A 5H8SA 4F1YA 3OO7A 2Q88A 2WOPA 2PT1A 1JW5A 3KN3A 3KBRA 4Q5TA 1B7UA 1Z7ME 5B7DA 3M3LA 4QSDA 1B7ZA 5ICTA 4EQ7A 4R6YA 1B5HA 3K6VA 1MRPA 1TT1A 4EDPA 3FASA 3S9EA 2F8DA 3TQWA 2F5XA 4HTGA 3SEWA 1H76A 4NF8B 3FTOA 1QW0A 1YCJA 4F39A 1FTKA 3DRIA 4ISUA 4E0WA 4Z0IA 5I58A 2RCAA 1DOTA 1Y3NA 2ALUA 3KOTA 4IO6A 5AA2A 4GLIA 1YAEA 5IKBA 3FXRA 3UN6A 3TTNA 1NKXA 2QJEA 5JTYA 2X26A 2X7QA 3O66A 4ESWA 2DYXA 4ECFA 3VLUA 1XOCA 3MPKA 1II5A 4LQ5A 1MY3A 4U4SA 3V5AA 3TELA 3E9XA 4DLDA 3IB2A 4IO3A 3OO6A 3GBBA 5L9SA 2XXHA 4KD5A 4NF8A 3THIA 2XXRA 1F9BA 1O63A 2A5TB 3LBSA 4R73A 4NF6B 1M5DA 4LVQA 2QMXA 2QPQA 1VFEA 3UK4A 4PP0A 2GFEA 3O28A 3I5OA 3CFXA 4QSCA 4NF4B 4NTLA 4F2OA 1SW1A 2R71A 2DOJA 3RTFB 2H9BA 4UACA 2F97A 1B0LA 3IORA 3K4UA 5CRYA 3K2DA 4EQBA 1PB8A 1ATGA 4MLVA 1PB7A 4FEBA 5I57B 1FCKA 3SESA 1LAGE 4H8JA 1US5A 3DRJA 5L9OA 2DWJA 3U8QA 4RPOA 3SEVA 4R2FA 3N26A 1S7YA 3FVOA 3TODA 4R2BA 1B58A 1URDA 5KDTB 2UYEA 2A5TA 5F7VA 1IUDA 4NF6A 3PV0E 1Y1MA 4DXBA 2ZNSA 3OSQA 1Y4TA 4X9TA 2ANJA 4NF4A 1UIVA 2XXUA 2Q2AA 4DCXA 3USDA 4WEDA 4F29A 3K0VA 3VVFA 1LB9A 3K6UA 1S50A 2H5YA 4QFPA 2I0BA 2PVUA 3VV5A 4C1UA 1NNPA 4LUBA 2RC8A 3CVGA 3SEUA 1EZOA 3LUYA 2HAVA 3G3FA 1B32A 2I6EA 3VDFA 2ZYMA 5I2NB 4U2RA 3C32A 1OVTA 4JDFA 1FTJA 2RF1A 1LSTA 2ONSA 5CMMA 3VFJA 3RPWA 5KDTA 4XKPA 1DPEA 5H8HB 3W9WA 3G3HA 3FZVA 1TFAA 4OESA 2RC9A 3MP1A 3MUQA 4GRKA 5DVIA 3G3KA 4R6HA 4WXJA 3TDJA 1MM6A 4RA1A 2XXIA 1IIWA 3OEKA 1DMBA 5CI5A 1FQAA 1MQHA 1FTLA 2XXVA 2I3VA 1IEJA 1HSLA 3VLVA 4Q0CA 3T9UA 3CHGA 3GZGA 3GLBA 1BKAA 1MH4A 4ZECA 4LZ8A 1SYHA 1P1NA 5ITPA 3PUZE 1TWYA 2XD2A 5I2NA 2FA7A 1LLSA 2CMOA 4P0GA 3PPNA 3H4ZA 3G3GA 2I48A 2NXOA 1LFIA 1B3EA 4GXAA 2OLBA 4MFIA 1I6BA 1MXXA 3UGWA 4ELOA 1GVCA 5J1DA 4DE8A 3QUJA 1B46A 1PEBA 4FORA 3PU5A 4IO5A 2XHDA 3PPOA 4KYSA 1JEVA 3QK6A 3OXNA 4P11A 3K1NA 4BDMA 4G8HA 3FVKA 4F18A 1BTJA 3KGCA 2DVZA 5H8QB 4F1UA 4FAJA 2I4BA 2P0SA 4I1DA 2V84A 3FJMA 3UIFA 3CR9A 2NWJA 2ZMBA 3M3KA 1R9LA 3FGSA 2PMSA 2THIA 1R6ZA 2PX1A 4M1VA 1GR2A 4I62A 4PFWA 1HSEA 4PFTA 4OFLA 3CG1A 1Y3PA 3QYTA 3IOTA 2Y7WA 1N0TA 1MY1A 3FV2A 3OOAA 1LCTA 1MXUA 3LSWA 5FHMA 3ONMA 4BDLA 1POY1 3QUFA 4RJZA 5LOMA 1QKBA 2D21A 3K00A 4HW8A 4YKIA 4O3BA 3VLWA 1NNFA 1MG1A 3DRGA 3RN8A 4C0RA 4ZEDA 4ZE8A 4JXIA 4F19A 1NMUA 4QFKA 1YTVA 2XX7A 5H8QA 2DQVA 1MXVA 2X7PA 3HPIA 3O6PA 3E13X 1BLFA 2WOKA 1OIBA 2B65A 3SDFA 1B5IA 3V89B 3CSBA 4C1TA 2DWIA 4KI0E 3CFZA 5CM6A 5EHMA 2DXRA 5EYFA 3K1MA 1SYIA 4G8MA 2H4IA 3EQ1A 3A09A 3O97A 5I2KB 1LAFE 5AA4B 2OK2A 5JK4A 4FECA 3VE1B 3N6TA 1SI1A 2RCBA 1AL3A 2VGQA 2Q2CA 3L6GA 4GXSB 1AH5A 2RC7A 3CI8A 5A5XB 3G7WA 5HPQA 1URSA 3H6UA 2FNCA 4JB7A 1Y3QA 1M5FA 5KZTA 3HHFA 1DSNA 1N7WA 3PD9A 4YKKA 2GRVA 4R74A 4F1VA 1AOVA 5AA1A 1MXYA 3MZ1A 4ZZEA 3CSGA 1LFHA 3WAFA 4YMBA 2FYIA 1LBCA 2VD3A 5CMBA 2Q8JA 4BLAA 3Q26A 5I59B 1N3XA 5CMKA 1B3HA 1R9QA 1D4NA 3Q28A 2Y7KA 3TEPA 4OERA 4G68B 4TLLB 3U72A 4MLQA 1QKAA 5TP9B 1JW4A 3SEYA 3ECRA 3TCHA 2HZLA 3MAMA 3TCGA 4PE5B 4EQ9A 5CBSA 4RXLA 3HO7A 3UP9A 1H43A 5DYHA 4U23A 5A5XA 4OQOA 1A8FA 2YLNA 1MDP1 3LVUA 4LZ7A 4QHQA 2UVHA 1MQJA 3MVXA 2DE4A 4AB6A 2IEEA 3K6XA 3TYHA 3W9VA 2O7IA 3QAXA 3N5LA 4OEVA 4FJPA 4DXUA 2V3UA 2ONRA 3N94A 2RKMA 4G77A 1WVJA 1B3LA 1FQDA 2I49A 3KG2A 3DP6A 1LFGA 5BWJA 1OLAA 3T22A 1IXGA 3TPAA 1B6HA 1CB6A 3JZJA 1ANFA 2F78A 4RYAA 3RT6B 4KFQA 2YJPA 4G68A 1MM7A 4HCYA 4YU0A 1QUKA 4QF9A 5TP9A 2Z8DA 4PQJA 2F7BA 2XXPA 1IXIA 4LQ2A 4KQPA 4DZ1A 3LR1A 3EPEA 3ODBA 2DSFA 2H99A 3M8UA 4H5GA 3KSJA 5FTHA 3HCQA 4WKMA 3HV1A 3H6WA 1ZLQA 3PMVA 4PETA 2VHAA 3MZ9A 4NWCA 3KN7A 1FW0A 3FJ7A 4L17A 3RNNA 2ABHA 1D3KA 3BKIB 4ZZAA 3C36A 2F6PA 3GBAA 3OO8A 1LAHE 5ELVA 3DRFA 3S9LC 4WEPA 3MW0A 3PMXA 1L5TA 2V93A 1B4ZA 4N07A 3CFLA 3VXCA 3K01A 3O29A 4RY1A 3MVZA 3OELA 3R26A 3JYRA 3S9NC 1B5JA 2ZXTA 4HS7A 5I84A 1MPDA 1H3DA 2CZLA 1IZ1A 1QUJA 4LZ5A 1P99A 2PYYA 3LSLA 2AYSA 2M8CA 2KLFA 2HXWA 3C33A 4QFNA 2IA4A 3ILTB 2OWSA 1AMFA 3PUWE 3FXQA 3RTWB 3PPRA 3MVWA 1RYOA 4NWDA 3IOUA 4RK9A 1QVSA 2OZZA 1FTMA 3IX1A 3KJTA 4OMBA 2F36A 3TTLA 5I57A 4GL0A 1IXCA 2F6GA 2HCAA 1JEUA 3OD7A 3DM0A 3ZKLA 4DIGA 4NF5B 3SKPA 1B3FA 1SDXA 4F31B 1FQBA 1PB9A 3VVDA 3IR1A 1SD3A 4BDQA 3FVGA 4IGRA 2QL3A 5H8FB 4GWOA 4UA8A 3MP8A 4ESXA 3H06B 4YAHX 4ZEKA 1B05A 2O1MA 2VP1A 1IITA 4O3AA 3TTMA 3H6VA 3OEMA 1JNFA 2A5SA 1N7XA 1A99A 4KYEA 3MPLA 4YZZA 2HQ0A 3ILUB 2Z23A 4KYDA 5H8NB 3DLNA 3T9VA 4H8IA 2H25A 4ZEFA 4LATA 4FEDA 3L6HA 3C9HA 4R6KA 3GXAA 3I3VA 2OCUA 3RLFE 4YKPA 2AL4A 3IJXB 2I0CA 5DVFA 3CRBA 3S4UA 4NF5A 2NUVA 2DE3A 1A40A 4OENA 5H8HA 5H8FA 3B6QA 5FHOA 2Z8EA 3A3CA 2Z8FA 1MY4A 2V25A 4GL8A 3MWBA 4U1ZA 1MQGA 3IOVA 5HBCA 3IO4A 2Q89A 1EU8A 1PBQA 3BFTA 4Q30B 1GTKA 3RQTA 3IAZA 1UTHB 4TOZA 2ZNUA 4AQ4A 1J1NA 4BDOA 5H8NA 3D4CA 2B4MA 2E1SA 4IO2A 4OTEA 3T9HB 3MP6A 3QSLA 5AE4A 3U94A 1R1NA 3C35A 1N76A 1A7LA 3T96B 3IOWA 4RPNA 4TQUQ 3KN8A 4H0WA 4R9FA 1LBBA 4H65A 3RY3A 3AXFA 3OSRA 4JSOA 4I9DA 4RNSA 3CIJA 4OYVA 3T93B 1UTBB 1IQ7A 3HHGA 1VR5A 1EZ9A 2OJTA 1POTA 2ESNA 1T0KA 3TAJA 1UTHA 3IB0A 3OMBA 4KCDA 3TZAA 2O51A 1P1OA 2R9JA 1QULA 2F35A 4JWOA 1I69A 1USYH 3U1OA 1OQGA 4ONYA 4YICA 2AIXA 1UQWA 1NH7A 1PBPA 4QSEA 4JSDA 4NE4A 5K2YA 1Y9UA 4GF8A 1MXZA 3RUMA 1FTOA 3PUXE 2Y7PA 1FQEA 2RINA 3OO9A 3M3FA 3U93A 3TQLA 4IO7A 4OZ9A 1UTBA 1LAXA 5ISUA 3BBRA 1RYXA 3O9PA 3CG3A 3RT8A 1SVXB 4R75A 4F3SA 4QFOA 1DPPA 1B4HA 4MF3A 1VSOA 2GHAA 1M5BA 4POWA 4XTCQ 3KJ7A 5HM4B 2DE2A 2B3FA 2B4LA 5I58B 3DRKA 3B7DA 4DDDA 4OFJA 1OVBA 1US4A 3Q27A 4JWXA 1JVYA 2Z22A 3KZGA 1Q1KA 4OFOA 3U92A 3K1PA 3LC8A 5I2KA 2XD3A 3ZSFA 2GHBA 5AA4A 3HN0A 3DELB 4F22A 4GQOA 3QIMA 1JVXA 2UVIA 5ICQA 4JWYA 3K02A 4GOTA 4IY5A 1DTZA 3D4GA 2I3WA 2I58A 4IB2A 4FE8A 4GVOA 1JETA 2NVUB 3T9XB 1P1UA 2XX9A 2H98A 5L8DA 4EXKA 3P7IA 4FATA 3K6WA 5AA2D 4PFYA 1ZU0A 3B6TA 3PMWA 2HZKA 4G4PA 1URGA 4KHZE 4H5FA 1LGBC 3ZS6A 1NNKA 1MQDA 1TXFA 2F7CA 2QS4A 3EHUA 3KEIA 1OMPA 3O6IA 4ZDMA 2D3IA 5IAIA 5TU0A 1ZKBA 2O1LA 2QS3A 2O69A 4LA9A 4U22A 2NOOA 5I59A 4Q8RA 1OLCA 1XS5A 2BJJX 3O2AA 2I4CA 4F3PA 4N13A 4KCCA 5BUUA 1EH3A 4HCWA 2G29A 1UIUA 4LP2B 3TUSA 1A54A 1EZPA 3OENA 4I8CA 4EF2A 1MY2A 1XVXA 4JBZA 3RYBA 2QRYA 3QXMA 4OVJA 1ZMGA 3FJGA 3A3UA 1B52A 5M2VA 3FVNA 3ZKKA 2XXTA 3TMGA 4OETA 1JW1A 1JQFA 3DP8A 4GIZA 4QFLA 3W15C 3FD3A 2O7UA 1IXHA 4IY6A 5CC2A 3JV9A 4U1OA 1LCFA 3TTRA 1SI0A 4ZE9A 3LSXA 3FUZA 1A55A 4G68C 1YPNA 4QRZA 1I6AA 1SQYA 2XXWA 1PDAA 1M5EA 3G3IA 2XXYA 2QS1A 2QS2A 4DXCA 4ELRA 3EF7A 3PUVE 4X1BA 1O7TA 3O6GA 2ZYKA 2QMWA 3S2VA 3I6VA 3C31A 3MBPA 5DTBA 1QJMA 1Z7NE 2GH9A 3EN3A 4RK2A 1SW2A 3KOSA 1I6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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