4ONYA

Crystal structure of a abc transporter, periplasmic substrate-binding protein from brucella melitensis
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
583
structure length
583
Chain Sequence
ETAPDYALSMHGDVALPADYTHFPYTNPDAPKKGSLTVGVVGTFDSLNPFVLKSMRTTARGLYNDGEFGNMVYQTLMLRSRDEPFTLYSLLAEKVAIDPERKWVEFTLNPKAKWSDGQPVTVDDVLFTYDILTEKGRPPYNSRMSRVAKIEKTGERSVRFTFNEKSDREFPMLIAGSMPVLPKHAINRDTFGNSTLEPPIGSGPYVVASVQPGQRIVYKRNPDYWGKDLPSQRGFNNFDKISIEYYRNETSLFESFKKGILDIFIEGNPIRWEKLYDFPAVEQGKVIKDTFEKGTPADMLGFVFNTRRPIFADRRVRQALGLLFDFEWANSNLFAGQYRRTQSFWEGSQLSSVGRPADARERELLAPFPGAVREDVMNGTWHPPVTDGSGHDRVPAKKAYDLLSQAGFQFKDGMAIDPTAKPFAFEIMTRSPDEEKIALAYQRNLSRLGIAVEIHTVDDAQYQQRLQTFDYDMILGALASSLSPGNEQWLRWGSASRDVQGSFNFAGVADPAVDAMIEALLAARNRADFVSAVRALDRVLISGDYYVPLYHLPYQWVARWDRIEHPQKTPLSGYQLPAWWHTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Brucella melitensis
publication title Crystal structure of a ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein from Brucella melitensis
rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 5
total genus 195
structure length 583
sequence length 583
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4onyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4onyA01
3E3KA 3PMWA 3LR1A 3KG2A 4RNSA 5L9SA 1PC3A 1QJMA 4ZS9A 4G68C 3UK4A 1B3HA 3LSLA 5H8HA 2UVHA 4G8NA 1HSJA 2VD2A 2GHBA 4FIMA 4OETA 5KDTA 1B7ZA 4NWDA 4LVQA 5EYFA 3MUQA 2F35A 2OBGA 4WXJA 3VVDA 5J1DA 1MH3A 3I3VA 1WVJA 4QFOA 3VVEA 3TYHA 4ESWA 1RYXA 2AL5A 2Q89A 3PUXE 2DVZA 2RINA 4KD5A 3K6UA 1Z7ME 2HZLA 3VV5A 4YMAA 3OELA 1FQBA 3O66A 5TP9B 4LP2B 2REGA 4N6PA 4EDPA 4NF5A 2NWJA 2WOPA 5A5XA 3QK6A 2I4BA 3G3FA 3CHGA 3DM0A 2VD3A 4OYVA 5EHMA 3HV1A 1N76A 4YU0A 4GVOA 4C0RA 2O69A 3TTLA 4FECA 4K3FA 3K0VA 1EZOA 3SEUA 3DRFA 2Q88A 4QHQA 5FHNA 5I58B 3PGFA 4IO7A 1LGBC 4RJZA 1LCFA 1A99A 3TKDA 2XX9A 3DRIA 2O51A 4OTEA 1PBPA 1S9TA 1OMPA 1SW1A 4G68B 3MP6A 5DEXA 2O7UA 3H6TA 5TPAB 2DVCA 3DP6A 1XHYA 3T9HB 3FV1A 2G29A 1N0TA 4R6YA 4F1UA 2Y7IA 1JW4A 1MXUA 4YKKA 5EHSA 1MY2A 4FAJA 1ELJA 3H7MA 2ZYKA 4LONB 2OWSA 1MG1A 3FVGA 4DE8A 1B40A 4L17A 3VFJA 3CSGA 4RXLA 1QULA 4I9DA 1US4A 2XD2A 3V89B 1UTHA 3K1NA 1Y4CA 4U2RA 5B7DA 5KDTB 4ONYA 3T9XB 3FVNA 3FGSA 2I0CA 1B5HA 2LAOA 5CMMA 4ZEFA 3KFMA 2NXOA 5AA1A 1UTBB 3K6VA 4HW8A 4EQ9A 2DSFA 1JW1A 4JSDA 4JWXA 2F97A 2RF1A 1QUIA 4F31B 3TZAA 3FZVA 1UIUA 4OERA 3VDFA 3B6WA 4JXIA 1JNFA 2CZLA 3FATA 1H45A 2OLBA 3BBRA 1H76A 3ONMA 2ZNSA 3MZBA 4DLDA 2O7IA 1LFGA 1CE2A 3C4MA 1MM6A 2A5TA 4OENA 2ONRA 3CR9A 1NNPA 1JQFA 1ZTYA 1BLFA 3SEWA 3W9VA 4ELQA 1MRPA 2Z23A 2F34A 4C1UA 3KJ7A 4F1YA 1FTOA 3ZKKA 3BKIB 1Y3PA 3RNNA 2UXAA 2PMSA 3O6HA 3PU5A 1VSOA 2Z8DA 3UA8A 3TODA 1RYOA 2ALUA 4YICA 3QYTA 4PETA 3LC8A 1DPEA 4UA8A 3ECRA 2E0SA 1QUKA 1I6QA 4RPOA 2QL3A 3GLBA 4KYEA 1MXVA 1QUJA 1MDQA 3ODBA 5ITPA 3I6VA 3MWBA 3CVGA 3U94A 5AA4A 2XD3A 2OK2A 2DXYA 1B5IA 4U23A 3W15C 3G3GA 4Q0CA 4R73A 4E0XA 3CFXA 1R1NA 3IB0A 2RC7A 4R6HA 1A8FA 4IB2A 4R72A 2ZMBA 3SEYA 3KJTA 4MFIA 3C31A 2O84X 2Q2AA 4OEVA 2GHAA 4H8JA 1MY1A 4ZEKA 3RT8A 4UACA 4F22A 1VE4A 2THIA 4NE4A 3TMGA 2V84A 1T0KA 2XX7A 3HHGA 3GXAA 4ISUA 2B65A 4U4SA 4RPNA 4POWA 3VXBA 5BWJA 1LSTA 1UTHB 4TLLB 2Z22A 4NWCA 3QXMA 3AXFA 5H8NA 5F7VA 3SDFA 3LSFB 3LSXA 4G8MA 1NH8A 2I4CA 3RPWA 3TTKA 4YKIA 2ANJA 3LVUA 2P0SA 3OO6A 4EQBA 1MXXA 3IR1A 2PX1A 3O6PA 4QF9A 4KYDA 1IXHA 2Y7PA 3ZKLA 3H06B 4GL8A 1BTJA 4HTGA 3V83A 2F7AA 3S2VA 3RN8A 3IL1B 1RKMA 1XC1A 1OQGA 1H3DA 3KN8A 1URGA 1NNFA 4X48A 4ZE9A 1MPCA 1IQ7A 2R71A 4EF2A 3CG3A 4KHZE 1IZ1A 3TQLA 4JWOA 5CC2A 3S4UA 5DVFA 1POY1 4BDLA 4KR5A 3SERA 3Q26A 3WAEA 1GVCA 3KN3A 3KZGA 5B70A 2DP8A 2AIXA 3PPNA 5ICQA 5ITOA 1MXWA 3OSQA 2XHDA 2O1MA 1B3LA 4QFKA 2HAUA 4LZ8A 1D4NA 5H8QA 1GR2A 3G3KA 1SD3A 1QKBA 1QVSA 2BJJX 1O7TA 1VFEA 1B05A 3E4RA 3FJMA 3RT6B 1NH7A 3HHFA 5DVIA 4ZE8A 1MXYA 3BFUA 2IA4A 1D3KA 5KZTA 1M5CA 3PPOA 3V5AA 2QS3A 4H8IA 3EPEA 5I57A 4NMYA 4OVJA 1LCTA 1GGGA 4KQPA 1HSEA 2F78A 3CG1A 3KOSA 1LFIA 1OVBA 4FEDA 4HS7A 3C34A 3FXRA 4R2FA 1SBPA 1MPDA 1ATGA 1O63A 3C36A 2Y7RA 1ANFA 3QUJA 4IGTA 4KCDA 4AB5A 1B3EA 2REJA 4GL0A 4I8CA 4N13A 2Q8JA 1IXCA 3UGWA 4GIZA 5IKBA 4XKPA 3B6TA 1TT1A 2HXWA 1B46A 4RY1A 4F3SA 1AOVA 3C32A 1NNTA 3HCQA 3A3UA 1Z7NE 4QFLA 4RK2A 3K4UA 5L9MA 1ZKBA 5M2VA 2DWAA 3ZS6A 5L9OA 2R6GE 1P1UA 3K1MA 1AH5A 2XXWA 1II5A 4XTCQ 1B3FA 3ILUB 4BDOA 4JBZA 2DE3A 2X7PA 1Y9UA 1M5DA 4H5GA 1DTGA 3G3IA 2QMXA 4ZEDA 1FQAA 5ELVA 2E1SA 1EZPA 2QS1A 3TCFA 1FCKA 4R75A 1J1NA 4G4PA 2PT1A 5AA3A 4BLAA 3GZGA 1ZU0A 4NF6A 4C1TA 4F3GA 2WKYA 1US5A 5I2NA 5H8QB 3MVYA 2GFEA 1DTZA 3DP8A 4ELOA 5JK4A 2VOZA 2YPNA 5AA2A 3OEMA 5FHOA 1Y1ZA 5DT6A 3A3CA 4H6DA 2M8CA 2XXYA 3IOTA 4EQ7A 2ONSA 1FTKA 3E13X 3RTWB 1N7XA 3PUYE 1N04A 3MVWA 2B3FA 2F5XA 5I59A 5CMBA 3MQ9A 3OENA 5I57B 3H4ZA 1VR5A 3SESA 5KCJA 4DCXA 2UVJA 2DS9A 1WODA 3SKPA 3PUWE 1PBQA 5CI5A 1MXZA 4JB7A 3U72A 1FTJA 3MAMA 4OXVA 5H8HB 3OD7A 3O2AA 2NOOA 2UYFA 4ZZEA 2HCAA 1S7YA 5AE4A 1JW5A 4OHNA 3KEIA 2D5WA 3CIJA 1ZIUA 2QJEA 3O6IA 1B4ZA 3PAMA 3VLWA 4U1ZA 3FUZA 3MVZA 1L5TA 4M1VA 2I3WA 2HAVA 4Q30B 2WOLA 2Q2CA 1XOCA 4OFJA 2QS4A 1R9LA 3T66A 1IXIA 4G2ZA 2XXPA 1TXFA 2ZNTA 2RC8A 3DRHA 2I0BA 3FIRA 4MLQA 3TTRA 5CBRA 4MLVA 4R2BA 4BDMA 4ECFA 1BP5A 1AMFA 2NVUB 1D9VA 2ONKE 1N3WA 4H0WA 2V3QA 1MQHA 3UN6A 1FTLA 2ZYMA 2X26A 2FA7A 4G8HA 4GWOA 1Y4TA 4R9FA 4NF5B 4LZ7A 3H03A 1IEJA 2DOJA 3OEKA 5A5XB 2DWHA 4PFWA 3K6XA 4PQJA 2D3IA 4NF4A 4ESXA 4LQ5A 4GFRA 3FVKA 3T9UA 3EN3A 4OESA 4BDNA 2ZNUA 2H25A 1O64A 3KGCA 3K1PA 1B52A 4X9TA 1MQJA 3K2DA 1FQFA 3EHTA 3LBSA 3OOAA 1EU8A 1B1XA 1Y1MA 4PP0A 4NF6B 4U1OA 4YKPA 4YB7A 1BIYA 1SYHA 4GRKA 4PFYA 3FXUA 5ISUA 4F3BA 3K00A 1SVXB 3TEPA 4N07A 5AA2B 3USDA 3N26A 5DEXB 2ESNA 1DOTA 3TDJA 2OCUA 4QSCA 1S50A 3MPKA 1Y3QA 1PB8A 5I59B 2RCBA 4TQUQ 4O3CA 2DE4A 4HCYA 1MQGA 2QPQA 3G3JA 5DTBA 3C9HA 1D9YA 5KCJB 3H6UA 4RK9A 5TU0A 1MY0A 1TFAA 2XXQA 5DYHA 2XXXA 3IO4A 4OEUA 2B3BA 3T96B 3FXQA 4DXCA 1POTA 3BFTA 4TLMB 3U93A 4FJPA 1B9JA 5I56A 3PD9A 3FASA 3H6VA 1UIVA 4XKQA 3LUYA 4IO6A 4FATA 3FTOA 2O68A 5H8FA 4ELPA 4OMBA 4JWYA 1PB9A 1AL3A 1B7HA 1QW0A 3DELB 2Z8FA 4O3AA 4ZECA 1JEUA 2KLFA 5L8DA 3TQWA 1H43A 3MC2A 2V25A 1Y20A 1FQEA 1HSLA 4IO3A 4KPTA 2PYYA 2F7BA 5JEIA 3FJ7A 3GBBA 3IO6A 4WKMA 1XVYA 2A5TB 4GXAA 3C35A 3EF7A 2I6EA 2HFBA 3FD3A 4NF4B 3UP9A 2Q9TA 4OFOA 1MY3A 5CMCA 1BKAA 3CFLA 1LBCA 5AA2D 1SQYA 4TOZA 4F19A 4U4XA 3RTFB 5CM6A 2GH9A 4E0WA 3M3FA 3QUFA 1LB9A 4H67A 3OXNA 1IIWA 5DVJA 3K6WA 5FTHA 3E9XA 4H1XA 3R26A 3B7DA 5AA4B 1Q35A 5CMKA 2V3UA 1USYE 3PUZE 3RUMA 4IO4A 3THIA 1I6BA 2B4MA 4H65A 3VLUA 1NL5A 2I49A 3CRBA 3O6GA 4EF1A 2PVUA 4QRZA 4GF8A 2ZYNA 2NUVA 3R7XA 4POXA 1MH4A 1UQWA 4QFPA 3FJGA 4P11A 5K2YA 2HZKA 2I48A 4KI0E 3MZ9A 3UORA 4KFQA 3PPRA 4OFLA 1N84A 1P1QA 1N3XA 3Q28A 3V8XB 2RKMA 2YLNA 5H8NB 1B51A 2XXUA 2FNCA 3R6UA 1DPPA 5I56B 3L6GA 3ILTB 3TUSA 1P1NA 4Q8RA 1OLAA 4LATA 4X1BA 5K2XA 4YKJA 4U21A 5H8FB 5JTYA 3DLNA 5F1QA 2RCAA 2QMWA 3T93B 2F8DA 5BUUA 1UTBA 2A5SA 4AQ4A 4ZEBA 3TTMA 4R74A 2CMOA 1FW0A 3MP1A 1A8EA 4RA1A 4AB6A 3H3GA 1H44A 1YTVA 1SW4A 5FTIA 3O28A 4WEDA 3RQTA 1LAHE 3OO9A 1Q1KA 4KYSA 4EXKA 4YZZA 3U1OA 2F36A 1GTKA 3D4CA 4FE8A 1ZMGA 4XIGQ 2WOKA 2V93A 1SI0A 1ZLQA 1JVXA 2QSXA 3F11A 4DDDA 3CI8A 1LAFE 1M5EA 1VFDA 2Y7KA 4JDFA 2Z8EA 1MPBA 1B0HA 2G93A 1IXGA 4OQOA 1DSNA 3OMBA 1KWHA 1R9QA 4DIGA 2I3VA 4H5FA 1YCJA 1B58A 4Q5TA 2DYXA 4PE5B 3IAZA 4P0IA 2F6PA 4GQOA 4ZDMA 2Y7WA 3TCHA 1LLSA 3O97A 3M3KA 1IUDA 4XKRA 3Q25A 1TFDA 3MBPA 3PPPA 1OVTA 1LAGE 4DCYA 3RYBA 4ND9A 3HO7A 1P1OA 4F39A 3TCGA 5HM4B 2R9JA 4DXUA 3MJNA 2V3TA 3Q29A 1P99A 2XXHA 4RYAA 4GXSB 3HPIA 2UVGA 3PV0E 4F1VA 2UYEA 3N6TA 2GRVA 3MVXA 1FQDA 2P2AA 1NMUA 3M8UA 3TAJA 1Y3NA 3FV2A 1OLCA 2DQVA 3N94A 3TELA 4NF8A 2X7QA 1P1WA 3H6WA 3O29A 4I62A 2ZYOA 3O9PA 1A55A 4YAHX 1PB7A 5JTYB 3UIFA 3S9EA 4GD5A 3KOTA 3TPAA 4DZ1A 4ZZAA 4OZ9A 4F18A 3TFLA 5FHMA 3RY3A 1WDNA 2HEUA 3ZSFA 3KBRA 2YJPA 3PD8A 3KSJA 3SETA 1TWYA 2DWJA 3HN0A 1R6ZA 4LQ2A 1B6HA 2ABHA 2RC9A 3M3LA 2O1LA 1LFHA 4QFNA 1AIVA 3CSBA 4P0GA 3LSWA 3IJOB 3T9VA 1YAEA 3IK6B 3OO7A 4FEBA 2VP1A 3OSRA 5HBCA 2OZZA 1PDAA 5I2KA 3IOWA 4THIA 3S9LC 1B4HA 1OIBA 1NKXA 3DRKA 3EHUA 2IEEA 4QSDA 1MQIA 1B5JA 4XXUA 5I84A 1PEBA 2VHAA 4LZ5A 1IITA 3VLVA 4LA9A 1NFTA 2AYSA 3T22A 1XVXA 3IB2A 1EZ9A 1ZBMA 4IGRA 4GLIA 5IAIA 3PMVA 4I1DA 5I2NB 4X1DA 3DRJA 3IJXB 4F2QA 3B6QA 1SYIA 4NEDA 3G3HA 2P1SA 2UVIA 4DXBA 1MS7A 1A40A 3FVOA 2QS2A 4Z0IA 1LAXA 2W7YA 4BDRA 1SW5A 3I5OA 4ZEIA 3P7IA 1A7LA 4U22A 3IB1A 1SW2A 2HQ0A 1I6AA 3QIMA 4HCWA 4GOTA 4OWDA 2Y84A 2ZXTA 4YB6A 1M5FA 1URDA 5CBSA 3DP4A 1MM7A 2B4LA 5CRYA 3MZ1A 3G7WA 1USYH 3U92A 4NF8B 2AL4A 3IORA 3JYRA 1XT8A 1MDP1 1I69A 5H8SA 1B1HA 4O3BA 3IOVA 2OJTA 4JSOA 4XKNA 3DRGA 2XXRA 3EQ1A 3N5LA 4F29A 3PUVE 3S9MC 3IOUA 3CFZA 3GBAA 1FTMA 3RYAA 1SDXA 4M4GA 1B0LA 2DE2A 2H99A 2I58A 3RLFE 3SEXA 1XS5A 4G77A 2H5YA 3KSXA 2FYIA 3L6HA 1GV8A 3QSLA 3QAXA 4YB5A 1F9BA 3K01A 3K02A 3OO8A 1A54A 3KN7A 3JV9A 1EH3A 5LOMA 4F2OA 2H9BA 4Z7EA 3EHSA 2VGQA 3IX1A 4YMBA 2XXVA 5I2KB 1FQCA 1NNKA 2DXRA 2XXTA 5TP9A 4PFTA 2H4IA 4WEPA 1MY4A 4LUBA 1N7WA 3MP8A 1B7UA 2F7CA 1JETA 5ICTA 1ZJLA 4IY5A 2XX8A 4F3PA 4EUOA 2D21A 2H98A 5HPQA 1URSA 4KCCA 1B32A 2O6AA 4EXLA 4FORA 1JVYA 2OWTA 2DWIA 1LBBA 4MH5A 4IY6A 3A09A 1DMBA 3W9WA 4IO5A 3PPQA 5I58A 4BDQA 3JZJA 3D4GA 3VXCA 3C33A 2PT2A 4MF3A 4ELRA 2PBWA 4G68A 1B3GA 3Q27A 3U8QA 3MPLA 3VVFA 4NTLA 3S9NC 1SI1A 4R6KA 5TPAA 1YPNA 2F6GA 3SEVA 3RGYA 4PFUA 1LB8A 1MQDA 4QSEA 3N6UA 2XXIA 3MW0A 1QKAA 1OQHA 3HSTA 1B2HA 1CB6A 3PMXA 3VE1B 4R9GA 3TTNA 2QRYA 3WAFA 4MBPA 4IO2A 1M5BA 1JEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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