4ONYA

Crystal structure of a abc transporter, periplasmic substrate-binding protein from brucella melitensis
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
583
structure length
583
Chain Sequence
ETAPDYALSMHGDVALPADYTHFPYTNPDAPKKGSLTVGVVGTFDSLNPFVLKSMRTTARGLYNDGEFGNMVYQTLMLRSRDEPFTLYSLLAEKVAIDPERKWVEFTLNPKAKWSDGQPVTVDDVLFTYDILTEKGRPPYNSRMSRVAKIEKTGERSVRFTFNEKSDREFPMLIAGSMPVLPKHAINRDTFGNSTLEPPIGSGPYVVASVQPGQRIVYKRNPDYWGKDLPSQRGFNNFDKISIEYYRNETSLFESFKKGILDIFIEGNPIRWEKLYDFPAVEQGKVIKDTFEKGTPADMLGFVFNTRRPIFADRRVRQALGLLFDFEWANSNLFAGQYRRTQSFWEGSQLSSVGRPADARERELLAPFPGAVREDVMNGTWHPPVTDGSGHDRVPAKKAYDLLSQAGFQFKDGMAIDPTAKPFAFEIMTRSPDEEKIALAYQRNLSRLGIAVEIHTVDDAQYQQRLQTFDYDMILGALASSLSPGNEQWLRWGSASRDVQGSFNFAGVADPAVDAMIEALLAARNRADFVSAVRALDRVLISGDYYVPLYHLPYQWVARWDRIEHPQKTPLSGYQLPAWWHTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 5
publication title Crystal structure of a ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein from Brucella melitensis
rcsb
source organism Brucella melitensis
total genus 195
structure length 583
sequence length 583
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4onyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4onyA01
4F3PA 3LSLA 5ISUA 3GZGA 5BWJA 3KBRA 3DP6A 2PT1A 2QJEA 4JDFA 2GHBA 1N76A 1BP5A 1NH7A 3T9UA 4F19A 3I6VA 2R6GE 1H76A 1SBPA 1PB9A 3DRKA 3MBPA 3OENA 3K00A 3TCGA 2XHDA 2R71A 3E3KA 3O9PA 3C33A 1SVXB 1LFGA 2H25A 1M5DA 4DLDA 1IIWA 4Q5TA 2OBGA 4OWDA 3LSFB 4PFTA 3H6UA 1POY1 2Q9TA 3FJ7A 3S9EA 4P0GA 5I57A 3MWBA 3CSBA 1DSNA 4U22A 4F1YA 4GXSB 4UA8A 4ZS9A 3FVKA 3FV2A 3MP1A 3G3KA 4RY1A 4FEBA 2IA4A 4X1DA 1B32A 2DWJA 3TPAA 5A5XA 2B65A 3B6TA 4DXCA 2Q2AA 1IXHA 3CVGA 4LZ5A 3FUZA 4LQ5A 4P11A 4LA9A 1LAFE 3DRIA 1AMFA 3ZKLA 3U8QA 1SQYA 2DE2A 4ZEBA 3CIJA 1B51A 4HS7A 5CM6A 2G93A 3Q29A 1FTMA 2ZMBA 3IJOB 1MH3A 1NNFA 3SETA 4OENA 4FEDA 3TQLA 3WAEA 4KYEA 1US4A 1VFEA 1MXZA 4OETA 2FYIA 3PUXE 4PE5B 2P1SA 3FATA 3MVYA 4U21A 5DEXA 3TMGA 1JETA 1QW0A 3CI8A 2QMWA 2ZNUA 5CMCA 2XXQA 4Q8RA 1MQJA 2YLNA 1Y1MA 1LLSA 3K6UA 1GVCA 2UYEA 2F97A 3TELA 1N0TA 2E0SA 3KGCA 4XKPA 5TPAA 3UN6A 1JEUA 3N6UA 2HEUA 1N84A 3FVGA 2Y7KA 5BUUA 5EHMA 1IQ7A 3OO7A 3HN0A 1POTA 1B52A 1SW1A 3RUMA 3VLUA 4KCDA 2RC7A 3V89B 5H8HB 3Q25A 1LAXA 2AL5A 1B6HA 2QL3A 3O6PA 3MQ9A 4H0WA 3PUVE 4QFLA 2A5TB 2B4LA 3VLWA 5I2NB 2PT2A 2RKMA 1P1UA 4THIA 3U72A 4MBPA 1MXWA 3T9VA 3S9NC 4EQBA 5F1QA 1B5HA 3JYRA 2PVUA 2ZYKA 1JW1A 3HO7A 3G3FA 3EQ1A 1MY4A 1II5A 5I2KB 4RNSA 5DT6A 1PB7A 2RCBA 3CFZA 1JEVA 2WOPA 1Q35A 4NF6B 4FORA 4EDPA 1O64A 3VDFA 5I59A 1AIVA 4EQ7A 4RPNA 1ZBMA 4ND9A 3O29A 3Q27A 4GOTA 1QUIA 3W9WA 4BDMA 1QUJA 4NTLA 4WEDA 3PMXA 3E13X 3IL1B 2Y7PA 1JVXA 4X1BA 1GGGA 1NL5A 3KOSA 3PPRA 4FECA 1KWHA 3IOUA 4JWYA 4POWA 1PB8A 2OK2A 5K2XA 3LVUA 5I56A 1SW4A 1PBQA 1ELJA 3IR1A 4RXLA 5CMMA 3G3JA 2VP1A 5KCJB 3QK6A 1Y3QA 2UYFA 2ZYOA 3DELB 3UIFA 5IKBA 1B58A 5K2YA 1MY2A 4EXKA 1A8EA 4NMYA 5CC2A 1P1OA 3C34A 2PMSA 4KI0E 2PX1A 3H4ZA 4H1XA 2LAOA 3MP8A 3SEVA 3KFMA 2AL4A 5KDTA 4MF3A 3MJNA 4FE8A 4IO7A 1JVYA 2DVZA 1FQAA 1SYHA 4XIGQ 5I58B 1VR5A 4RK9A 1MXYA 1O7TA 4YMBA 2Q89A 4BDQA 3ODBA 3MW0A 1B5IA 2QS3A 2QS1A 1D9VA 2F8DA 1PC3A 4MLVA 1YTVA 1LFIA 3S4UA 3HPIA 3TTMA 4ISUA 1JNFA 1N3XA 3Q28A 4BDNA 1O63A 5I56B 4GF8A 2I0CA 3RLFE 1J1NA 2Z8DA 1Q1KA 1QKAA 4M1VA 3OOAA 4PFUA 4RYAA 1LAHE 2ONKE 4U4XA 4G8MA 3OSQA 3H7MA 1YAEA 3TTNA 2ESNA 3KSJA 4KFQA 1UTBB 3THIA 4DZ1A 2ABHA 3OO8A 1B1XA 2DQVA 3UGWA 4G68B 4OYVA 1IEJA 3ZKKA 3FXQA 2DP8A 5JEIA 3SEYA 1M5EA 3HHGA 4U2RA 3RT6B 3PPQA 2FA7A 4GXAA 4GL8A 4AB6A 2AYSA 1XS5A 1Y1ZA 3M3KA 3PGFA 4GFRA 4R2FA 1B3LA 3TQWA 4ZDMA 4HCYA 4F29A 2F78A 2V25A 4OEUA 3HHFA 3L6HA 1UIVA 3QSLA 4F3BA 3RTFB 3FASA 2DWAA 4O3BA 4OXVA 3FJMA 1SW5A 5FTHA 2UXAA 4YKKA 3CFXA 2V3UA 3OO6A 1UTHB 2VGQA 1ZMGA 3KN3A 4YAHX 5ICTA 3DRGA 1TXFA 3RYAA 4R6YA 4JBZA 5FHNA 3K4UA 1ZJLA 4BLAA 3K6WA 5HPQA 2A5SA 1S50A 3GXAA 4IO5A 3IOVA 1A40A 4YU0A 2X26A 2HZKA 1A55A 4I62A 1MQIA 1OVBA 2F34A 3RYBA 3H3GA 1QUKA 3ZSFA 5H8QB 1PDAA 2QPQA 1EZOA 3PUYE 1EZPA 4BDLA 1MDQA 1OVTA 4R9GA 2GH9A 3TKDA 2P2AA 1CB6A 2O1LA 1ATGA 3HSTA 3DRFA 1URDA 1FQCA 4H8JA 4O3CA 4YB6A 3ILUB 4GLIA 4OTEA 4OEVA 3G3HA 4ELRA 5AA1A 1WVJA 1LFHA 4ESXA 3HCQA 4FAJA 2DYXA 3FTOA 3P7IA 4YKJA 3O97A 2I49A 1SW2A 4MLQA 4G8NA 4NF8B 3IOTA 1A8FA 1AL3A 5ELVA 3O28A 1SD3A 4R73A 5CI5A 4F1UA 2I58A 2F7BA 1BLFA 3FV1A 4LZ7A 2XX9A 5B70A 3IORA 4LATA 1MQHA 4QF9A 1RYOA 4U1OA 1B0LA 2DS9A 3R6UA 3VLVA 2XD3A 3TTLA 3QYTA 1MY0A 1MPDA 3OO9A 1MXXA 1TT1A 1B3FA 3H06B 4FJPA 2AIXA 4BDOA 1MM7A 1LB9A 3VE1B 3TUSA 2F6GA 2OZZA 5B7DA 2I48A 3PAMA 2Y7IA 2WOKA 4C1TA 3DP8A 4TLMB 5H8HA 5H8NB 3I3VA 1Y3NA 4O3AA 2O1MA 1S9TA 3EF7A 2A5TA 4WEPA 1F9BA 1M5CA 4N13A 1DPPA 3BFUA 5I2NA 4P0IA 1TFDA 2HCAA 4LP2B 1XVXA 1R6ZA 2XXVA 3RNNA 1VE4A 1SYIA 4QFOA 3QAXA 4F31B 3RQTA 1AH5A 2O7UA 5IAIA 3MVWA 4G2ZA 3UORA 4OHNA 2HQ0A 2RCAA 1WODA 4ZEIA 2QSXA 4QFPA 5I2KA 5ITPA 3PUWE 3O66A 3FIRA 3DM0A 4WXJA 4NF6A 4JXIA 1D9YA 2I0BA 4ZE8A 4X9TA 1B0HA 3KOTA 3PU5A 3PD8A 3JZJA 2GHAA 4DDDA 4H5GA 1MS7A 2QS4A 4H6DA 5FHOA 1JQFA 4OESA 1EZ9A 1PBPA 2DE3A 1VFDA 4JWXA 4IGRA 4KYDA 1XT8A 4IY6A 4PP0A 2B4MA 2PBWA 4QFKA 3PMVA 3M3FA 1PEBA 4QSEA 2OJTA 5KCJA 3LR1A 5EYFA 4DCXA 4GQOA 1H45A 5L9SA 4TLLB 5DVIA 2Q2CA 1USYE 5CBRA 4G68C 3RPWA 4R74A 3CG3A 1MY1A 2QS2A 3CSGA 3K6VA 1B2HA 2NOOA 3K1NA 1RKMA 3TZAA 3K01A 4YB5A 5AA2D 5I58A 1B4HA 2THIA 2O7IA 4OVJA 1ZU0A 2VD3A 5ICQA 3T9XB 3SERA 1ZIUA 4U23A 3KSXA 1MY3A 1N7WA 3K1MA 4I1DA 1B7HA 2HZLA 3F11A 4JB7A 4HTGA 3IK6B 4KQPA 1WDNA 2Y7RA 3EPEA 4F2QA 2I3VA 2DWIA 3B6WA 2R9JA 2H9BA 2Z23A 3HV1A 3CG1A 4ZECA 3KN7A 4AQ4A 1NNKA 1UTBA 3K2DA 1LBCA 1ANFA 1MQGA 1HSEA 3EHTA 5JTYB 4FIMA 1LAGE 2Z8EA 3S9MC 2XXXA 4NF5B 2I3WA 4ONYA 4GD5A 5TP9A 3R7XA 1P1NA 4G68A 4ZE9A 5AA4B 4F1VA 3T96B 3N94A 3DRJA 1MDP1 3TYHA 2F6PA 4U1ZA 3KN8A 2I6EA 4DXUA 1R1NA 2XXUA 5L8DA 2I4CA 1OLAA 3DLNA 4LVQA 2XXRA 3T93B 3A09A 2F7AA 1IXIA 3LSXA 3RGYA 1Z7ME 1UTHA 3TCFA 1Y4TA 2F36A 2HFBA 4M4GA 4XKQA 4IB2A 3SDFA 3UP9A 3MPLA 1FQEA 4DCYA 1URSA 5FTIA 2UVIA 1OIBA 1TWYA 3UK4A 1MQDA 4AB5A 3GBBA 5TP9B 4F18A 2FNCA 3OELA 3IO4A 3IB2A 1DOTA 4YICA 3N5LA 2G29A 1DPEA 3D4GA 1I69A 4XXUA 2DWHA 4RPOA 5ITOA 3KEIA 5H8QA 3FVOA 1OMPA 2Z22A 3RY3A 2XXWA 1HSJA 3PUZE 3VXBA 4HW8A 4IGTA 2H4IA 1JW4A 5HBCA 1CE2A 3TDJA 3GLBA 1N04A 3K0VA 1B40A 4DXBA 1FTLA 4RA1A 2F35A 2ZNTA 4NEDA 3C32A 3MZ1A 3RTWB 3OSRA 4ECFA 4KPTA 2YJPA 3IOWA 2VOZA 1T0KA 1GV8A 3FJGA 3IO6A 3RT8A 3LSWA 5AA2B 3MPKA 4R9FA 2ALUA 3GBAA 3TTRA 2O68A 4PQJA 1R9QA 2WOLA 1L5TA 4GVOA 3H6TA 3EN3A 1AOVA 5J1DA 4NF8A 4R6KA 3BFTA 4TOZA 2H98A 1FTKA 3K1PA 5F7VA 1JW5A 2OWSA 3M3LA 5H8SA 3A3CA 4LZ8A 1Y9UA 4K3FA 5AA3A 4FATA 1LBBA 1IXCA 2V93A 3WAFA 3VXCA 3C4MA 1MPBA 3JV9A 2V3TA 2IEEA 3ONMA 4R6HA 5DTBA 3G3GA 1XOCA 3B7DA 3C31A 4NF4B 3U93A 4OFJA 1Y20A 5M2VA 4XKNA 4C1UA 5H8NA 3V83A 1IXGA 4GIZA 4NE4A 2M8CA 4C0RA 4EXLA 1OLCA 5JK4A 3V8XB 3T22A 3VVEA 4G77A 1N3WA 3VFJA 1Y3PA 3T66A 3MZBA 4JSOA 1TFAA 2DXYA 2XXHA 3KG2A 1B5JA 2V84A 3O6HA 4ELPA 2Q8JA 1IUDA 2X7PA 5H8FB 1XC1A 4RJZA 2OCUA 1BTJA 3H6VA 4N6PA 4ZZEA 1B7UA 4QSDA 2DXRA 3PD9A 1B3HA 3OMBA 2ZYMA 2DSFA 1SI0A 1A99A 1H3DA 3R26A 2D21A 4N07A 1H43A 4WKMA 3PMWA 4H65A 3OEKA 4F22A 4YMAA 4I8CA 3SEUA 1MXUA 3QIMA 4QFNA 1FW0A 1MRPA 3O6GA 2VHAA 3TAJA 3TCHA 2XD2A 2OWTA 1NMUA 2I4BA 3DRHA 1LB8A 1USYH 1Z7NE 4ESWA 4QRZA 3FXUA 1FQFA 5CMKA 4PETA 1FQDA 4OMBA 2REJA 2XXIA 1YPNA 3MUQA 2CZLA 2QMXA 4XTCQ 3AXFA 2XX7A 3IX1A 1LSTA 5I57B 3MZ9A 3TFLA 4KD5A 5DVJA 1DMBA 3FD3A 4IO4A 1UQWA 3ECRA 4RK2A 1MM6A 2BJJX 4KCCA 4GWOA 3O6IA 4F39A 4ZEKA 4KHZE 3OD7A 5L9MA 3OEMA 5CRYA 3E4RA 2RINA 3CHGA 1S7YA 1H44A 3TEPA 3SESA 4L17A 3IJXB 3LUYA 3FZVA 5A5XB 4ZZAA 3N26A 2V3QA 1P1WA 4PFYA 3N6TA 1ZLQA 4F3GA 1B05A 1IITA 1SI1A 3UA8A 4Z7EA 2Q88A 1NKXA 4PFWA 1D4NA 2REGA 4JSDA 3FVNA 4YKIA 4POXA 5I84A 4ZEFA 3G7WA 1I6BA 3SEXA 3LC8A 3V5AA 4XKRA 3MC2A 2UVHA 1SDXA 4YB7A 2WKYA 2YPNA 1DTZA 4LQ2A 1NH8A 5HM4B 1FQBA 4NWDA 5KZTA 1I6QA 5DEXB 2O51A 2E1SA 1MPCA 1DTGA 5JTYA 3ZS6A 1OQHA 1BIYA 4NF5A 3QUFA 1LCTA 1B9JA 4Q0CA 5AA4A 2H5YA 4F3SA 4R75A 4UACA 4EF1A 3H03A 2D3IA 1MXVA 1A54A 2HAUA 5TPAB 1LGBC 5DVFA 2F5XA 3TTKA 5CMBA 3EHUA 2NWJA 3VV5A 3TODA 4DE8A 5CBSA 2RC9A 3QUJA 1B3EA 3H6WA 5FHMA 1FTJA 3G3IA 3DP4A 4BDRA 1GR2A 5AE4A 2ONRA 4LONB 3T9HB 1US5A 2QRYA 2O84X 2ZNSA 2O69A 4IO6A 3PV0E 1GTKA 1B46A 4KYSA 4EUOA 1B3GA 3M8UA 3MAMA 3RN8A 3C36A 1EH3A 1QVSA 4E0XA 4MFIA 2NUVA 4QHQA 1IZ1A 1FCKA 2ANJA 3MP6A 4Z0IA 2D5WA 3BKIB 4F2OA 4KR5A 2PYYA 2UVGA 3SKPA 2XXTA 3KJ7A 3K6XA 4MH5A 4GL0A 1QULA 3BBRA 4TQUQ 4OFOA 4X48A 2X7QA 2HXWA 5I59B 3OXNA 3CRBA 2OLBA 4OFLA 3U1OA 1UIUA 1QKBA 3PPPA 2P0SA 4H8IA 3QXMA 1M5BA 4R72A 4E0WA 4JWOA 2KLFA 3LBSA 2GFEA 2H99A 3S2VA 2DVCA 4QSCA 3I5OA 1R9LA 3C9HA 1XHYA 2NXOA 1OQGA 2UVJA 1P99A 2B3BA 1M5FA 1VSOA 4EF2A 4OQOA 5AA2A 2XXYA 2RC8A 4OERA 1B1HA 1QJMA 1NNPA 1MG1A 4LUBA 3B6QA 1EU8A 3PPOA 3IB0A 2W7YA 1HSLA 4YKPA 2VD2A 4ELQA 3E9XA 5EHSA 2B3FA 2Y7WA 3IAZA 3ILTB 1I6AA 1ZKBA 4IO2A 4R2BA 3KJTA 1Y4CA 4H5FA 1N7XA 4U4SA 5DYHA 3W15C 3O2AA 3EHSA 4GRKA 5KDTB 3USDA 3Q26A 4HCWA 2RF1A 3PPNA 1B7ZA 4ZEDA 3KZGA 1MH4A 1BKAA 4NF4A 3MVZA 4I9DA 3MVXA 3FGSA 1XVYA 3IB1A 2ONSA 3K02A 3FXRA 1NNTA 2DE4A 4OZ9A 4IO3A 4G4PA 1FTOA 4IY5A 3A3UA 1NFTA 2XXPA 3VVDA 4EQ9A 2O6AA 4G8HA 1P1QA 3C35A 3CFLA 3U94A 1URGA 3L6GA 1LCFA 2DOJA 3SEWA 3VVFA 2ZYNA 3W9VA 5L9OA 4YZZA 3S9LC 2ZXTA 5H8FA 1A7LA 2HAVA 1RYXA 1D3KA 2NVUB 2F7CA 2Z8FA 4NWCA 1B4ZA 5TU0A 2XX8A 4ELOA 5LOMA 3CR9A 1YCJA 2CMOA 4DIGA 4Q30B 2GRVA 2Y84A 4H67A 3U92A 1ZTYA 3D4CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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