4ONYA

Crystal structure of a abc transporter, periplasmic substrate-binding protein from brucella melitensis
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
583
structure length
583
Chain Sequence
ETAPDYALSMHGDVALPADYTHFPYTNPDAPKKGSLTVGVVGTFDSLNPFVLKSMRTTARGLYNDGEFGNMVYQTLMLRSRDEPFTLYSLLAEKVAIDPERKWVEFTLNPKAKWSDGQPVTVDDVLFTYDILTEKGRPPYNSRMSRVAKIEKTGERSVRFTFNEKSDREFPMLIAGSMPVLPKHAINRDTFGNSTLEPPIGSGPYVVASVQPGQRIVYKRNPDYWGKDLPSQRGFNNFDKISIEYYRNETSLFESFKKGILDIFIEGNPIRWEKLYDFPAVEQGKVIKDTFEKGTPADMLGFVFNTRRPIFADRRVRQALGLLFDFEWANSNLFAGQYRRTQSFWEGSQLSSVGRPADARERELLAPFPGAVREDVMNGTWHPPVTDGSGHDRVPAKKAYDLLSQAGFQFKDGMAIDPTAKPFAFEIMTRSPDEEKIALAYQRNLSRLGIAVEIHTVDDAQYQQRLQTFDYDMILGALASSLSPGNEQWLRWGSASRDVQGSFNFAGVADPAVDAMIEALLAARNRADFVSAVRALDRVLISGDYYVPLYHLPYQWVARWDRIEHPQKTPLSGYQLPAWWHTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of a ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein from Brucella melitensis
rcsb
source organism Brucella melitensis
molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 5
total genus 195
structure length 583
sequence length 583
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4onyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4onyA01
4E0WA 3DRHA 1Y4CA 3UP9A 3VLWA 4GFRA 1OQHA 4NEDA 3TTKA 3M3LA 5CI5A 2RCAA 4HW8A 3UGWA 3HO7A 3OXNA 5CBRA 2DE4A 4RYAA 1LFGA 2XD3A 1MXZA 1PDAA 3GZGA 2Q8JA 3TMGA 3U72A 3M3KA 3K6VA 1N84A 2F6GA 3VLUA 2X7QA 4IY5A 1LLSA 1SQYA 4RXLA 2Y7WA 3C9HA 1NFTA 4G68A 1DTZA 3OEKA 1MRPA 1ZBMA 3N5LA 4GXAA 3PUYE 3ECRA 2GRVA 1XVXA 1M5EA 2F35A 3K00A 5AA2B 4HTGA 1Y1ZA 4N07A 4QSDA 1MM7A 1I69A 3KOSA 2PMSA 1S7YA 1MS7A 2YPNA 1ATGA 3KSJA 3MP6A 4YKIA 3G3FA 1UQWA 1IZ1A 1M5BA 3G3GA 3OSQA 4F18A 3QIMA 3BFTA 1QW0A 2RKMA 1MPCA 3KOTA 2FNCA 3OD7A 1JQFA 3IORA 1BP5A 3EHUA 1JEUA 3H7MA 3DRGA 1SBPA 3QUJA 3UA8A 4H65A 4ECFA 3TCGA 2O69A 2XXPA 3MPLA 3KEIA 4LZ5A 4M1VA 4OQOA 3K6UA 1AOVA 3OO8A 3RPWA 1JW4A 1B52A 3FXUA 3TCFA 1B1HA 4XXUA 5DVJA 1YAEA 2OZZA 3Q29A 5ITPA 2GHAA 3LSXA 3FUZA 3MZ1A 4H67A 4H0WA 3G3KA 4FORA 2OJTA 3R6UA 2Q89A 4MH5A 5EHSA 3RT8A 5L9MA 3ZKKA 2Z22A 5CC2A 5I59B 4LZ7A 1OVTA 4F1YA 3C33A 3IOUA 3Q28A 4NF4B 4ZDMA 4EF2A 1N76A 3FXRA 4G8HA 2I0BA 2B4MA 2RF1A 4ZEFA 1FQDA 3FIRA 4ZEDA 4YB7A 1P1WA 1D9YA 1NKXA 1VFEA 1ZTYA 2E0SA 4U4SA 1VR5A 5H8FA 1URSA 2ONRA 4KR5A 5DVIA 5K2YA 3SERA 1EU8A 3TFLA 1II5A 1URGA 1VSOA 4YB6A 3MAMA 4DZ1A 4OWDA 1Y4TA 2Z8EA 2Z8FA 1LFIA 1M5DA 3O6HA 4F31B 3P7IA 1A55A 2XXWA 3PMVA 3T66A 2WOLA 3IB0A 2RC8A 1FQCA 2VHAA 4KCCA 1UTBB 2H99A 3K01A 3DRKA 3MUQA 4OENA 4LQ2A 4U2RA 3W15C 5I56B 4NF6A 2I0CA 3K4UA 4I9DA 3FASA 1KWHA 2B4LA 3B6TA 3HV1A 1L5TA 5I2NA 1Y3PA 4ND9A 4AB5A 4DDDA 4OFOA 4RNSA 4ZEKA 1MXXA 1JNFA 3FV1A 4KQPA 1AH5A 4P0GA 2D5WA 3CFLA 3CR9A 3PV0E 4R75A 5I2KB 1S9TA 3IOWA 3RGYA 1RYOA 3B6WA 4PP0A 2DE2A 1S50A 3O9PA 1LBCA 1B6HA 1SW2A 1P1NA 2LAOA 2NXOA 4U1ZA 1XT8A 4U23A 2ZNUA 2ZYKA 1QULA 2F5XA 3LUYA 2THIA 4XTCQ 2NWJA 4F3GA 4R2BA 1IQ7A 4QFKA 3FVOA 3K02A 4PFWA 1PBPA 1PC3A 3PUWE 3QSLA 1LAGE 2R9JA 4G8MA 4MF3A 4Z0IA 1NNPA 1TFAA 3S4UA 1ELJA 1ZKBA 2A5SA 2ESNA 3GBBA 4AQ4A 2BJJX 5TPAA 1I6BA 2QMXA 3D4GA 4IO4A 4UA8A 5JTYB 3O6IA 3V5AA 4ELOA 1P1QA 3E9XA 3IO6A 1H43A 2F36A 3FD3A 4LUBA 4NF8B 4H5FA 1M5FA 4OMBA 1FTJA 5I57A 4LZ8A 1WODA 2R6GE 3S9EA 2DXYA 4QFLA 2XXVA 2Z23A 4GQOA 3TQLA 1R9QA 3OOAA 3RQTA 2G29A 4MFIA 4F3PA 2V3QA 3A09A 3FVNA 2FA7A 3TTMA 3CG3A 1JVYA 3H3GA 5CMBA 4ZE9A 2PBWA 3O29A 2XXXA 2O1LA 3N6UA 4KHZE 2V84A 4F2QA 5HM4B 3KJTA 1DOTA 5B70A 4N6PA 1QVSA 1MQGA 3U8QA 3S9NC 4U1OA 2PT1A 5EHMA 5IKBA 1P1UA 1GTKA 3Q26A 4P0IA 4X1BA 4EUOA 4FEBA 2W7YA 2OBGA 3M3FA 1Q35A 3C36A 5ICTA 5JEIA 3KN7A 3F11A 4GF8A 4TOZA 1N7XA 1LAXA 1USYH 3S9LC 1MXYA 3V8XB 5AA3A 4XKNA 3FGSA 3IB2A 3ONMA 3ILUB 4FECA 5I2KA 4PE5B 1EZPA 1R6ZA 3HN0A 2OLBA 1N04A 1B46A 2P0SA 4JWOA 3PU5A 5H8NA 1BKAA 1FTMA 1MXWA 1OIBA 4OFLA 3KGCA 4G68C 2AL5A 3DRJA 3MPKA 4TLLB 3TKDA 4K3FA 1FCKA 1EZOA 1UIVA 2I3WA 3OMBA 1H76A 3TELA 2PT2A 4BDOA 4O3AA 3TTRA 1UTBA 1Q1KA 2DS9A 4YMAA 1QUKA 5KCJA 3KZGA 2Z8DA 2H98A 3DP8A 1FW0A 1IUDA 3FZVA 3MP1A 3GBAA 4GWOA 1I6AA 2ZYMA 1B58A 2B3FA 5CMCA 5ELVA 2QS3A 4XKRA 1B1XA 3IL1B 5ITOA 3IK6B 4ZEBA 1TT1A 2I58A 2D3IA 2DWAA 3IX1A 4HCYA 4R6YA 4YAHX 3JV9A 4IO5A 1OQGA 1B7ZA 3EHSA 5B7DA 2Q88A 4JWYA 2IEEA 5H8NB 1FTKA 2H25A 4FATA 1LB8A 2F7BA 2RCBA 1PB9A 2UXAA 2QL3A 2XX9A 5AA2D 2DVZA 2QJEA 4OTEA 3SESA 1B3LA 4E0XA 2H4IA 2V25A 5AA2A 4OEVA 4OZ9A 2I3VA 2WOKA 1WDNA 1B2HA 1FQAA 3FV2A 2XXTA 2ZYNA 3MQ9A 3O66A 2QPQA 2I6EA 3TTLA 4F19A 4EQBA 4OXVA 1BTJA 3FJGA 4PFYA 2ZYOA 3SEXA 1JETA 3I6VA 1B3GA 5KZTA 3H6WA 1NNTA 1TFDA 5FTHA 3TODA 1POTA 3OSRA 5AA4A 3MVZA 1B5HA 1MY4A 3DLNA 2GHBA 3H06B 3LSFB 3A3CA 4GLIA 4NF5B 4O3CA 5L9SA 3TAJA 5HPQA 2Y84A 3W9WA 4DLDA 4LVQA 1ZMGA 2XXQA 4JXIA 4L17A 4QHQA 2UVJA 3CSBA 5BUUA 3THIA 3FVKA 3H6UA 4XKPA 3N94A 2WOPA 1DTGA 3FATA 4C0RA 5H8QA 1SVXB 3HHFA 2A5TB 1FQBA 2ZXTA 3IJOB 1SI0A 3K1NA 4KD5A 4X48A 4JBZA 5I59A 1B32A 3SEUA 1ANFA 4NTLA 4RJZA 2CMOA 3KBRA 5H8HB 4YMBA 2I4BA 3SKPA 1JW5A 1JEVA 3L6GA 5IAIA 1MG1A 4OEUA 2R71A 4G2ZA 2QS4A 2H5YA 3QXMA 3SETA 3V89B 2UVHA 3KSXA 3BKIB 4U21A 3KN3A 5FHOA 3PUZE 4O3BA 4OHNA 1LCFA 3OO6A 2RINA 4C1TA 3ILTB 2O68A 4F3SA 1A40A 1A8FA 4BDRA 1N0TA 1UIUA 2DSFA 1EZ9A 4IO7A 3MVWA 1MXVA 3N6TA 3SEYA 2QS1A 3OO7A 1LFHA 2XXIA 2DP8A 3QK6A 1D3KA 2ZNTA 5A5XA 5H8SA 2V3UA 3B7DA 3RUMA 3O28A 3ODBA 1QUIA 4G4PA 4KFQA 2HAUA 2VD3A 3C31A 4OVJA 4WEPA 1AMFA 2GH9A 1B05A 1WVJA 4ISUA 1B9JA 3CHGA 1I6QA 2DXRA 1BLFA 2V93A 3MVXA 1F9BA 3CFXA 3E13X 2AL4A 3PPPA 4R2FA 3RT6B 2KLFA 3HSTA 3U93A 3ZSFA 1B7UA 1QJMA 1US5A 4NWCA 1MDQA 3TUSA 3PMWA 4U22A 3FJ7A 5FTIA 4F22A 3CVGA 5TP9B 2ANJA 3U92A 3LR1A 4NF4A 5J1DA 3TQWA 3PD8A 3AXFA 3VLVA 4QFOA 2HZKA 3E4RA 2XXYA 2DQVA 4LATA 1IXGA 1SW5A 2Q2AA 2X26A 1A54A 4XIGQ 1Y1MA 2OCUA 3TZAA 3VE1B 3TCHA 1EH3A 4RPNA 4G68B 3T93B 3VXBA 3MBPA 1DMBA 1QKBA 2OK2A 3W9VA 3RLFE 3D4CA 2G93A 1B40A 1A7LA 1B51A 3MW0A 4X9TA 4YZZA 4EXKA 3SEVA 1VFDA 4H5GA 4YKPA 3T96B 2F78A 1XHYA 1A99A 2XX7A 3DRFA 3KJ7A 3S2VA 2QSXA 2XXRA 2VD2A 4DIGA 2UVIA 2VP1A 3MZ9A 4ZECA 4R74A 3PD9A 3ZKLA 2YJPA 3DP4A 4KYSA 2PVUA 5DTBA 3MC2A 5I58A 4MLQA 4EQ7A 4R73A 1B7HA 2M8CA 1R9LA 4DCYA 1NH7A 2HXWA 2ONSA 4I8CA 1BIYA 5CRYA 2UYEA 1B0HA 5KDTB 4KYEA 3R26A 4IGRA 1AL3A 1YTVA 4JSOA 4G8NA 4Q30B 4LA9A 4BLAA 2A5TA 4POXA 4N13A 4BDQA 2HEUA 3G7WA 5CMKA 2REGA 4IGTA 1MH3A 3EF7A 3VVFA 2NOOA 1YCJA 4X1DA 1OVBA 1LGBC 3FXQA 4IB2A 4XKQA 2Y7RA 1NNFA 5L8DA 4H8JA 1MPDA 3JYRA 4NWDA 2DOJA 5L9OA 1FQFA 5FHNA 1R1NA 3DM0A 1A8EA 3O6PA 4KYDA 2WKYA 3DELB 3PMXA 3VV5A 3G3IA 2HQ0A 3LBSA 4JB7A 4QRZA 5FHMA 3LSLA 2UVGA 4YKJA 1Z7ME 1FTOA 1NH8A 3IJXB 4EDPA 3MVYA 1SDXA 3TEPA 3TYHA 1PB7A 1GVCA 1O63A 4TLMB 1B5IA 1XC1A 3RY3A 1MXUA 5AA4B 1DPEA 5BWJA 4BDMA 2O7UA 1QKAA 3PPOA 1IXHA 2I4CA 1SI1A 2E1SA 1LAFE 1MM6A 5DT6A 2XX8A 5M2VA 4DXUA 3T9HB 3EQ1A 1SW1A 4JDFA 4WKMA 3BBRA 3U1OA 2XD2A 4ELRA 3CIJA 3G3JA 2XXHA 4H6DA 5H8QB 1US4A 3TDJA 1UTHA 2X7PA 4MLVA 4NMYA 5LOMA 4Q0CA 3QYTA 4RPOA 4QFNA 1JW1A 1QUJA 1Y3QA 3CSGA 1TXFA 1XVYA 3K0VA 1H45A 4JWXA 4YB5A 3PAMA 4YKKA 1MQDA 3LVUA 1IIWA 1IITA 2NUVA 3TPAA 3RTFB 4LONB 4TQUQ 4FJPA 3H4ZA 1DPPA 2HCAA 1OLCA 3OENA 4GOTA 5DEXB 1USYE 1POY1 1Y20A 1O64A 3K1MA 5F7VA 4ZZEA 1MY0A 1MDP1 4FEDA 4QSCA 1B4ZA 4IO2A 5I57B 3MWBA 1MY1A 4R6HA 1LSTA 4YICA 2RC7A 3USDA 4GL0A 1N3WA 4R72A 1IEJA 2F7AA 2IA4A 2Y7PA 4OETA 4R9FA 4F1VA 5I2NB 2ZMBA 1H3DA 5AE4A 2PX1A 1B0LA 1B3HA 2VGQA 4OYVA 5EYFA 2F6PA 3B6QA 2GFEA 2OWSA 3LSWA 3IB1A 3FTOA 2F8DA 1M5CA 2O51A 1MPBA 1LBBA 2REJA 4GD5A 3WAEA 2CZLA 2ZNSA 4IY6A 5F1QA 5DVFA 1Z7NE 1D4NA 3SEWA 1CE2A 1SYIA 1Y9UA 2Y7KA 2H9BA 4WEDA 5I58B 1GV8A 3C32A 4ZS9A 1MY2A 3RYAA 1ZJLA 3TTNA 2Y7IA 3PUXE 3RNNA 3FVGA 4ONYA 2ABHA 1LCTA 4NF8A 1J1NA 4GVOA 1MQHA 1ZIUA 3OEMA 5TPAB 3DP6A 1FTLA 3IR1A 4EXLA 4PFTA 4F1UA 3PPNA 2I48A 5AA1A 4F2OA 3RN8A 3VFJA 4LP2B 3CRBA 5CMMA 1VE4A 3K6XA 3SDFA 2V3TA 4RK2A 1PBQA 3CFZA 3O2AA 1P99A 3KG2A 3PGFA 4GL8A 4G77A 3I3VA 5TU0A 4EQ9A 5KCJB 1NNKA 2QMWA 2QRYA 3C4MA 1NMUA 4BDNA 4RA1A 1OMPA 3K6WA 1B3FA 4I62A 4FAJA 1H44A 4RK9A 5DYHA 3CG1A 1JVXA 4M4GA 3VDFA 4QF9A 1XS5A 4GRKA 4R6KA 3VVDA 4EF1A 1MQIA 1PB8A 4PETA 3QAXA 4F3BA 3UN6A 4ELQA 1CB6A 4GIZA 2FYIA 3EHTA 3FJMA 4HS7A 3UORA 3VXCA 5CBSA 4QFPA 2P2AA 3N26A 5ICQA 3M8UA 1LAHE 2RC9A 4FIMA 4P11A 3T9XB 3I5OA 1MQJA 3KN8A 3PUVE 1AIVA 3QUFA 1PEBA 3OELA 3DRIA 1XOCA 1RKMA 3MP8A 4IO6A 4DE8A 1T0KA 2PYYA 4C1UA 1MY3A 2O84X 4ESXA 3Q27A 4ESWA 3C35A 1N7WA 1ZLQA 2ONKE 3R7XA 4DXBA 3RTWB 3S9MC 2O7IA 1LB9A 2HFBA 2QS2A 2DE3A 2F34A 3RYBA 1SYHA 3H6VA 3O6GA 3O97A 3K1PA 2AIXA 4LQ5A 4U4XA 2O1MA 1IXIA 4PQJA 4ZZAA 4H1XA 4JSDA 1RYXA 3IO4A 4IO3A 2D21A 1Y3NA 2AYSA 2OWTA 2XXUA 4Q5TA 3T9UA 4Z7EA 1B4HA 1DSNA 1GR2A 1P1OA 2XHDA 3GXAA 3IAZA 3IOVA 4OFJA 3JZJA 4NF5A 4ELPA 4DCXA 4GXSB 5I84A 2B65A 3A3UA 3HPIA 3L6HA 4PFUA 1FQEA 3MZBA 3HCQA 3Q25A 4KCDA 4NE4A 4R9GA 5K2XA 3UK4A 4AB6A 2VOZA 1NL5A 3EN3A 4KI0E 3T9VA 1HSJA 4BDLA 3ZS6A 3H03A 3OO9A 4H8IA 1SD3A 5H8HA 2HZLA 4F39A 1HSLA 1URDA 2UYFA 5KDTA 5H8FB 3V83A 2Q2CA 3EPEA 2DWHA 3MJNA 1MH4A 1YPNA 3H6TA 2ALUA 3U94A 3PPQA 2Q9TA 3LC8A 2YLNA 3IOTA 1O7TA 4QSEA 3BFUA 4THIA 4DXCA 4Q8RA 5TP9A 3CI8A 2F7CA 3C34A 2I49A 4I1DA 4F29A 1HSEA 2DVCA 5JTYA 5ISUA 4WXJA 3WAFA 1UTHB 5JK4A 1SW4A 1OLAA 5I56A 4MBPA 1GGGA 4HCWA 2DWIA 5HBCA 4NF6B 3T22A 3HHGA 5CM6A 4RY1A 4YU0A 1B3EA 4ZE8A 3KFMA 4UACA 2F97A 3UIFA 2O6AA 1IXCA 2P1SA 3VVEA 1N3XA 4FE8A 2HAVA 2DYXA 5A5XB 1B5JA 3E3KA 4ZEIA 3GLBA 4POWA 3K2DA 4OESA 2NVUB 1TWYA 2B3BA 4KPTA 1D9VA 2DWJA 1ZU0A 3PPRA 4OERA 3G3HA 5DEXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Y4CA 4XEQA 1NV3A 4HW8A 3UGWA 3HO7A 1LFGA 3TMGA 1N84A 2X7QA 1LLSA 3C9HA 4G68A 3OEKA 2GRVA 3K00A 4QSDA 1I69A 3OSQA 1IZ1A 4F18A 1M5BA 1RDZA 3QIMA 1QW0A 2RKMA 3KOTA 1JQFA 3QUJA 3UA8A 3TCGA 4LZ5A 3OO8A 3RPWA 4XXUA 5ITPA 4H0WA 3FUZA 5EHSA 2OJTA 3RT8A 4XFEA 2Z22A 5I59B 4LZ7A 3C33A 4NF4B 4EF2A 2ZZVA 3FXRA 4G8HA 1LBZA 4MAGA 1NKXA 1VFEA 4YB7A 4U4SA 4KR5A 1EU8A 4YB6A 1Y4TA 1A55A 2XXWA 3A29A 2FIXA 2H99A 3MUQA 4OENA 5I56B 4PGNA 4NF6A 2I0CA 3K4UA 4I9DA 5I2NA 3HV1A 4OFOA 4RNSA 4P0GA 2D5WA 3PV0E 2R8TA 1RYOA 2DE2A 4U1ZA 1SW2A 2LAOA 4X1DA 2ZYKA 3LUYA 2QVUA 4QFKA 4DDDA 4PFWA 3PUWE 3SEUA 4Z0IA 1TFAA 5TPAA 2QMXA 3D4GA 4O94A 4IO4A 5JTYB 4LUBA 4GQOA 4PE3A 4F3PA 2V3QA 1JVYA 2PBWA 3N6UA 2V84A 3KJTA 3S9NC 4QXDA 1P1UA 1GTKA 3Q26A 3M3FA 3C36A 5JEIA 1N7XA 3NOHA 3FGSA 3ONMA 5I2KA 4FECA 3HN0A 3T0JA 3DRJA 4TLLB 1H76A 4N6DA 4BDOA 1QUKA 3DP8A 1IUDA 5CMCA 2B3FA 3IK6B 2DWAA 2IEEA 1FTKA 1PB9A 4O8MA 4OTEA 1WDNA 2QPQA 4EQBA 3SEXA 1JETA 2QVRA 3H06B 5HPQA 2Y84A 2UVJA 1DTGA 1FBPA 5H8QA 1SVXB 4X48A 1LBXA 3K1NA 4RJZA 4YMBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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