4ONYA

Crystal structure of a abc transporter, periplasmic substrate-binding protein from brucella melitensis
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
583
structure length
583
Chain Sequence
ETAPDYALSMHGDVALPADYTHFPYTNPDAPKKGSLTVGVVGTFDSLNPFVLKSMRTTARGLYNDGEFGNMVYQTLMLRSRDEPFTLYSLLAEKVAIDPERKWVEFTLNPKAKWSDGQPVTVDDVLFTYDILTEKGRPPYNSRMSRVAKIEKTGERSVRFTFNEKSDREFPMLIAGSMPVLPKHAINRDTFGNSTLEPPIGSGPYVVASVQPGQRIVYKRNPDYWGKDLPSQRGFNNFDKISIEYYRNETSLFESFKKGILDIFIEGNPIRWEKLYDFPAVEQGKVIKDTFEKGTPADMLGFVFNTRRPIFADRRVRQALGLLFDFEWANSNLFAGQYRRTQSFWEGSQLSSVGRPADARERELLAPFPGAVREDVMNGTWHPPVTDGSGHDRVPAKKAYDLLSQAGFQFKDGMAIDPTAKPFAFEIMTRSPDEEKIALAYQRNLSRLGIAVEIHTVDDAQYQQRLQTFDYDMILGALASSLSPGNEQWLRWGSASRDVQGSFNFAGVADPAVDAMIEALLAARNRADFVSAVRALDRVLISGDYYVPLYHLPYQWVARWDRIEHPQKTPLSGYQLPAWWHTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of a ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein from Brucella melitensis
rcsb
source organism Brucella melitensis
molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 5
total genus 195
structure length 583
sequence length 583
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4onyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4onyA01
3KN7A 4YMAA 4IGRA 2PT2A 3T22A 5B7DA 3ILTB 3PPQA 1UIUA 3VE1B 3TTMA 4C1TA 4OFLA 3MPKA 2Y7PA 3O28A 3QK6A 4KQPA 4RYAA 1BP5A 4U2RA 4KFQA 1QUIA 1AL3A 1J1NA 1URGA 4XIGQ 3UIFA 2DYXA 2I3WA 2NWJA 1UIVA 2XXIA 1UTHB 3TAJA 4U1ZA 1NNTA 3RTWB 4KHZE 1H43A 1CE2A 4JSOA 4PQJA 1N04A 3CRBA 3TUSA 3B7DA 3H6VA 1MXUA 2O51A 3HN0A 3KBRA 1B4ZA 1DSNA 1MM6A 3KG2A 3TMGA 3PPPA 3MW0A 4E0XA 2H25A 4IO5A 1O64A 2B3BA 2PBWA 3SEUA 3PPNA 1MY2A 2ANJA 3QUFA 4F18A 4LZ7A 2I4BA 2V93A 5BWJA 4QFOA 4G77A 4MH5A 4PFYA 1MRPA 4F39A 3D4CA 2O6AA 3MP8A 2DE4A 2VGQA 2QS2A 4DXCA 3RGYA 1QULA 1MXVA 4BDMA 1CB6A 1PBPA 2O7UA 2ZMBA 1A8FA 3O29A 1NFTA 4EQ7A 4X1DA 4FAJA 2I48A 3EPEA 4HTGA 4X9TA 5HPQA 5ELVA 1B3GA 1MH4A 3K1MA 5LOMA 4MF3A 2AYSA 3GZGA 3H6TA 3FJGA 5IKBA 1B3HA 2Y7KA 4F29A 1URDA 1EU8A 1LFIA 1LSTA 2XXQA 1B1XA 2D3IA 4FE8A 5CRYA 4GF8A 1Y4CA 2ONKE 2UVHA 5I84A 4P0IA 3T66A 3DP6A 3HSTA 5JTYB 3VLUA 3F11A 3O6HA 3W9VA 1LFHA 5I58B 4LONB 3OO9A 1TFAA 3I5OA 2UYEA 3LSLA 4RK2A 3S4UA 2REGA 1FQDA 3IO6A 1ZLQA 2ONRA 3MPLA 2GHAA 3PUWE 1SQYA 3R7XA 1B5HA 1ELJA 3JZJA 4DCXA 1GTKA 2ZYOA 3S9MC 3EHSA 3JV9A 3Q28A 3TCHA 1MQGA 2RKMA 2V3UA 1BIYA 1N7WA 3IAZA 4FIMA 3TQLA 1AOVA 5AE4A 3RY3A 3MZ1A 1MS7A 4ONYA 4G8NA 3G3HA 4ESWA 2RCBA 2I4CA 5KZTA 2XXVA 2VD3A 1MH3A 3PU5A 5CI5A 2P0SA 4ZDMA 5JTYA 1NH7A 3FD3A 3L6HA 4F3PA 1B7ZA 1I69A 3IJOB 5EHSA 1T0KA 3OO7A 2NVUB 2F6GA 4I8CA 1JEVA 1Z7ME 1B3LA 1Z7NE 4OFOA 2F7BA 2QJEA 3EF7A 3K1NA 4G8HA 4FECA 2Q2CA 3U94A 5K2XA 4IY6A 5M2VA 2R6GE 2QMXA 1NKXA 4YU0A 2REJA 3SEVA 5CMBA 4KYDA 4E0WA 4PETA 2XHDA 1SD3A 2O84X 1MXZA 3OENA 1VSOA 1ZJLA 2DE3A 5BUUA 2F8DA 3G3KA 1DTZA 4R75A 2QL3A 2FNCA 1R1NA 5EHMA 3DRIA 1A99A 4C0RA 4LZ8A 4F2OA 2VHAA 4H0WA 1WDNA 3FVGA 4F22A 5TPAA 1WODA 3V83A 4G4PA 3LVUA 1P1QA 3RPWA 5I59B 3FVKA 4MFIA 4YKKA 4JXIA 2QS1A 2Q88A 5J1DA 2DXRA 4ZS9A 2GH9A 4QFLA 1ZU0A 3MVWA 1MPCA 1BKAA 2XXWA 3TQWA 4QFPA 3OO6A 1Y20A 3E3KA 4ZECA 3MZ9A 1M5FA 2Z8DA 2Q9TA 3CVGA 1B5IA 1URSA 1DPPA 4IGTA 4YKPA 3R26A 3OD7A 3ILUB 2X7QA 1OLCA 2B65A 2OBGA 2V84A 3PUYE 4R6KA 3FUZA 1B7UA 4GFRA 5DVIA 3CSGA 4RPNA 2YPNA 5CM6A 5KCJA 5I59A 1N84A 1MY4A 2GRVA 3P7IA 4GD5A 2XX8A 4DIGA 4BDNA 1P1WA 2I0CA 3PV0E 3EHTA 3GBBA 3TTKA 4ZEDA 1LAGE 1FQCA 2O1MA 4LA9A 5AA2A 5I2NB 4PFTA 4FJPA 4PE5B 1POTA 3O9PA 2RC9A 1MQDA 2F34A 3KN3A 4G68A 3M8UA 3C36A 4M4GA 3K01A 2DSFA 2Q89A 4BLAA 4R6HA 5B70A 3IJXB 1MY0A 3OOAA 1MQHA 2D5WA 1LAXA 2QRYA 3RYAA 1JW1A 1B46A 1LAFE 1LBBA 1PB7A 3IOTA 3OSQA 4LUBA 2HZLA 3VLVA 2XXHA 4FORA 3SDFA 4WKMA 3WAEA 4U22A 4XKNA 4IO4A 4O3BA 2I6EA 2Z22A 3T9XB 4EXLA 4F3BA 1KWHA 5FHNA 3O6PA 5KCJB 1D9VA 4IO2A 5TU0A 1N0TA 4IO7A 4OETA 1A8EA 4LQ5A 2CZLA 2ZNUA 3HO7A 2XD3A 3OELA 1UQWA 1D4NA 3A3UA 5I2NA 1US4A 1ATGA 1OLAA 2WOPA 4OFJA 3KGCA 2V3QA 3VV5A 4KCDA 4BDOA 3CIJA 3B6TA 4UA8A 3E4RA 3N5LA 1A40A 1IEJA 2XXTA 1VFEA 4ZZAA 1XT8A 2DQVA 1ZMGA 4KYEA 3O2AA 3K6VA 4IY5A 2HCAA 4ZEKA 3KJ7A 2PX1A 2X7PA 3U72A 1Q1KA 1YTVA 4RK9A 5TPAB 3VXCA 3WAFA 3B6QA 3GBAA 2RCAA 3KOSA 1YCJA 3LSFB 3TKDA 3UN6A 4MLQA 5A5XA 2XD2A 4R2BA 4EDPA 1S9TA 3RT8A 4LQ2A 2YJPA 1OVBA 3FTOA 1H76A 1NH8A 2F7CA 2RC7A 1BTJA 3A09A 1FQBA 3PMVA 1B32A 4H67A 3PAMA 4GL8A 5ICQA 3H6UA 4NE4A 3DRGA 1PB8A 3MUQA 3PGFA 3PUVE 2G93A 3KJTA 2ZXTA 4O3AA 4DXBA 3LBSA 4NF5A 1AMFA 4R74A 1L5TA 4GLIA 2DWIA 3IB1A 4YB5A 2OLBA 1FTMA 4OTEA 3DM0A 2P1SA 2DS9A 3EN3A 1B1HA 3H03A 5AA3A 1H3DA 1NNFA 3PUZE 3QSLA 1Y4TA 2Z23A 2R9JA 4RY1A 4X48A 4MLVA 2WOLA 3QXMA 1B40A 5A5XB 2NUVA 2GHBA 2HFBA 1PDAA 1JVYA 3S9NC 1FQFA 4RPOA 1BLFA 4H1XA 5L9MA 5AA1A 4GOTA 1B3EA 1QUKA 1SDXA 3RT6B 3V5AA 2QSXA 3FV1A 3TCFA 1MXXA 3UORA 3S9EA 2FYIA 4G68B 1USYH 4U4SA 4NTLA 1MQIA 4NF4A 1MM7A 1ZBMA 4XKRA 1DOTA 3KFMA 3LSWA 2W7YA 3PD9A 4ZZEA 3W9WA 2IA4A 2V25A 2I49A 1EZOA 2QS3A 2UVJA 1IUDA 2ONSA 4K3FA 2OCUA 1HSLA 1D3KA 3TODA 3BFTA 3TFLA 3RYBA 3K6UA 4Q0CA 3KN8A 4TLLB 4R9GA 4WEPA 3K6XA 4F1YA 5AA4A 4F19A 2KLFA 3FATA 3QUJA 2NXOA 4Z0IA 1B58A 4GL0A 4HS7A 4OQOA 3GLBA 3TELA 5CMCA 1LLSA 5DYHA 1B5JA 2RC8A 2AIXA 4H6DA 4KI0E 1XVYA 1HSEA 2IEEA 3N94A 3LR1A 2E0SA 3M3LA 3G3IA 3IO4A 1AH5A 5ICTA 4JDFA 3D4GA 2Y7IA 1NNPA 4OHNA 5DVFA 1LB8A 3U1OA 4EF1A 2M8CA 3OEKA 5CMKA 1US5A 3UGWA 3V89B 4GXSB 4M1VA 5CBSA 3K02A 4KR5A 1RYOA 2A5SA 2F5XA 2XX9A 1I6BA 3CFZA 1XS5A 5AA4B 1II5A 5I56B 4X1BA 2UVIA 3DP4A 3UA8A 2F97A 3KZGA 5F1QA 4OESA 1S7YA 3EHUA 2CMOA 2OZZA 1TT1A 2HZKA 3FVOA 4GIZA 2HQ0A 3CHGA 2DE2A 1B0LA 4NF5B 4FATA 1RKMA 2XXUA 4ELRA 5CBRA 3S9LC 3TEPA 1OQHA 2THIA 3TTRA 1TFDA 1VR5A 1F9BA 3OSRA 2O7IA 2HEUA 4P11A 4HCWA 4NF6A 3LSXA 3MVYA 2Y7RA 3OMBA 3SETA 4XTCQ 3CSBA 2I0BA 1FCKA 1H45A 1VFDA 1ZKBA 2V3TA 1OIBA 1XVXA 4G8MA 4GQOA 4Q30B 3ZKKA 2PVUA 5I2KA 2Z8EA 5I56A 2XXYA 3KSJA 2VOZA 2VP1A 3MVXA 2Z8FA 4IO6A 3LC8A 4NF8A 1NL5A 4ZEBA 3SEWA 1FTJA 4F1VA 4PFWA 1IXHA 4TLMB 3A3CA 1IQ7A 4NF4B 3MP6A 1USYE 4JSDA 3T93B 3TZAA 3CR9A 1DTGA 2DXYA 2G29A 3HV1A 3IOUA 3H06B 4ZE9A 4EUOA 1QKAA 3GXAA 2DVCA 4I1DA 4LP2B 1UTBB 1IIWA 3IB2A 3IOWA 1OVTA 5AA2B 2H98A 3H3GA 1WVJA 1H44A 3VVDA 4EXKA 4N13A 1TWYA 4Z7EA 4OXVA 4UACA 5DVJA 1IITA 1P99A 1M5EA 4NWCA 5DT6A 4YB7A 3FV2A 1O7TA 3K1PA 1N3WA 3O66A 5K2YA 4ZEFA 4OZ9A 1QJMA 3DRJA 1IXCA 3I6VA 4RJZA 5L8DA 2XXRA 2A5TA 4DCYA 4KCCA 5KDTB 2E1SA 3G3GA 5IAIA 3M3FA 1LAHE 4QRZA 1VE4A 3FJ7A 4R73A 2NOOA 1GVCA 3VFJA 1MQJA 2ZYNA 4F1UA 4Q8RA 2FA7A 2H9BA 4QFKA 3VVEA 1R9QA 1UTBA 3RN8A 3IL1B 4LVQA 2X26A 4ZE8A 4I62A 5DEXA 3SEXA 3O6IA 2WKYA 5JK4A 4RA1A 3SEYA 1SI1A 2YLNA 3IOVA 1ZTYA 3RQTA 1M5DA 3IX1A 5FTHA 3OXNA 1POY1 3TYHA 1N3XA 2F36A 2OWTA 4IB2A 4HCYA 2DWAA 4ESXA 3K0VA 2ZNSA 3FGSA 3VXBA 1A55A 3H7MA 3ZSFA 1LFGA 1S50A 3CI8A 3R6UA 4RXLA 2Q8JA 3ZS6A 1YAEA 2ABHA 1Y3NA 5FTIA 3BKIB 2B4MA 4F3SA 4NF6B 3E9XA 1MY1A 1LCTA 1LBCA 4ZEIA 1MPDA 2UVGA 1D9YA 2H5YA 5DEXB 3BFUA 5I2KB 4GVOA 5H8QB 3HHGA 1DPEA 5FHOA 4L17A 4NF8B 4JB7A 5EYFA 4EQ9A 1TXFA 3G3FA 2DWJA 3H4ZA 3DELB 4KYSA 1Y9UA 1A7LA 4U1OA 2DP8A 4XXUA 4AQ4A 1JNFA 1JEUA 3CG3A 3KEIA 3QYTA 4DDDA 1GV8A 1FTKA 5F7VA 3OO8A 2LAOA 2O1LA 2PT1A 4ELOA 1JVXA 1EZPA 3TCGA 1OQGA 2GFEA 3B6WA 4P0GA 4QSCA 3VDFA 1MPBA 1NNKA 3ODBA 3AXFA 3RNNA 2HXWA 3DP8A 4KD5A 4QSEA 1RYXA 2QPQA 4OEUA 1SW2A 1O63A 3C32A 3K00A 4R6YA 2F6PA 4FEBA 4U4XA 3C31A 3DRHA 3H6WA 3KOTA 5H8SA 2R71A 2RF1A 1FQEA 3U93A 4AB5A 4DE8A 3E13X 1P1OA 3TTLA 2B4LA 2F35A 3U8QA 2A5TB 4ELPA 4F31B 4HW8A 5KDTA 2XXPA 5JEIA 2F78A 5ISUA 4YAHX 1I6AA 3MZBA 1B05A 3CG1A 4U21A 2VD2A 3RTFB 1QVSA 4POXA 1PEBA 2B3FA 1Y3QA 4N6PA 3FASA 1B51A 3FVNA 2ZNTA 1R9LA 3FXQA 3HPIA 4WXJA 3G7WA 3K6WA 3MBPA 3CFXA 1SYHA 2BJJX 3TDJA 1SVXB 3C4MA 3K2DA 3MQ9A 4RNSA 4YICA 3SERA 3T96B 1EH3A 1NMUA 1SW5A 2DVZA 3IB0A 5ITOA 2PYYA 3PMWA 1FTOA 4QF9A 3FZVA 1N7XA 5FHMA 3G3JA 4AB6A 2XXXA 3OEMA 3FJMA 1MXYA 3PD8A 4GRKA 4N07A 4YMBA 3IORA 4OYVA 4OWDA 3N6UA 2UYFA 5H8NB 4YKJA 3HHFA 2HAUA 2QS4A 2UXAA 1YPNA 3UK4A 2AL4A 4I9DA 4NEDA 3Q29A 1LGBC 3TPAA 2AL5A 3FXUA 4NMYA 3VLWA 3QAXA 4OENA 5H8QA 3DRKA 1M5CA 2PMSA 3IR1A 3KSXA 3PMXA 3USDA 5L9SA 4ISUA 5I57B 5HM4B 1GR2A 3PPOA 3PUXE 3Q25A 4LATA 4QHQA 1LCFA 4JWXA 1SW4A 2OK2A 2P2AA 3MWBA 4OERA 4OEVA 2Y84A 3O6GA 2ZYMA 4TQUQ 3DRFA 5CMMA 1PC3A 5HBCA 2ALUA 1JQFA 4R72A 3Q26A 4ELQA 1PB9A 4ND9A 5H8NA 3ONMA 3C35A 4BDLA 4YKIA 1MY3A 2I3VA 3DLNA 5DTBA 1QKBA 1FQAA 1P1UA 2D21A 4YZZA 4H5GA 1AIVA 4GXAA 1R6ZA 3ZKLA 1UTHA 4BDQA 2I58A 3I3VA 1QUJA 4BDRA 3QIMA 1XC1A 2Y7WA 5L9OA 2O68A 1P1NA 3ECRA 1XOCA 3Q27A 3TTNA 4H65A 4WEDA 3FXRA 1Y3PA 4DZ1A 4EQBA 1B3FA 1ZIUA 3SKPA 3VVFA 1EZ9A 1GGGA 3MJNA 1B6HA 5ITPA 2HAVA 2Q2AA 4JBZA 1MDQA 4JWOA 1A54A 1IZ1A 3CFLA 3C9HA 1HSJA 4THIA 3RLFE 3W15C 2ZYKA 3THIA 4OMBA 1B9JA 4IO3A 4Q5TA 4F3GA 1I6QA 2H4IA 3BBRA 4R2FA 1IXGA 3S2VA 1Y1ZA 4PFUA 1OMPA 2QMWA 2H99A 4QFNA 3LUYA 4XKQA 3IK6B 1FTLA 4G68C 4GWOA 5TP9B 3V8XB 1B2HA 4MBPA 5H8FA 4H5FA 3N26A 4FEDA 1Y1MA 4YB6A 1SBPA 1B4HA 2O69A 3SESA 3U92A 4DLDA 1LB9A 1FW0A 4OVJA 3MC2A 4EF2A 5H8HA 4F2QA 1IXIA 1N76A 3C33A 2DWHA 3M3KA 4G2ZA 4U23A 4XKPA 2OJTA 4KPTA 3T9HB 4ECFA 1XHYA 3PPRA 4NWDA 4R9FA 3FIRA 3HCQA 1SI0A 3MVZA 3JYRA 3T9UA 1JETA 2WOKA 1DMBA 2ESNA 2F7AA 4TOZA 3C34A 1Q35A 4POWA 4QSDA 1MXWA 2RINA 1ANFA 1B0HA 2OWSA 4H8IA 4JWYA 3UP9A 5AA2D 1MG1A 1M5BA 3EQ1A 4LZ5A 1SYIA 5TP9A 1SW1A 4C1UA 5H8FB 1MDP1 1PBQA 3MAMA 4DXUA 5I58A 3O97A 1B7HA 3N6TA 4O3CA 1JW4A 3T9VA 5I57A 3L6GA 4H8JA 1JW5A 2XX7A 1B52A 2DOJA 3K4UA 3MP1A 5H8HB 5CC2A 3RUMA 1QW0A 4PP0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5B7DA 2Y7PA 3O28A 4RYAA 4IR8A 2XXIA 1UTHB 1H43A 1CE2A 4JSOA 3CRBA 1IMFA 3H6VA 2O51A 5I3SA 1MM6A 3KG2A 3BIGA 4E0XA 2XA5A 4PFYA 1MRPA 3LV0A 4BDMA 2ZMBA 1A8FA 1NFTA 3RYDA 4HE2A 1B3HA 1IMBA 1LSTA 1B1XA 2D3IA 4GF8A 3OO9A 1TFAA 3LSLA 4MCOA 1ZLQA 2ONRA 4PC9A 3R7XA 3JZJA 2V3UA 3IAZA 3TQLA 3RY3A 3MZ1A 1MS7A 4ONYA 3G3HA 2RCBA 5KZTA 2XXVA 3PU5A 4ZDMA 5JTYA 1NH7A 3L6HA 1I69A 3OO7A 1Z7ME 2F7BA 4GWYA 2Y5KA 4G8HA 4FECA 5M2VA 4MIJA 2F3DA 4E0WA 3OENA 5BUUA 2F8DA 4O7MA 2QL3A 2FNCA 5EHMA 3DRIA 4LZ8A 3V83A 4H0WA 1P1QA 4QFLA 1DBZA 1MPCA 3TQWA 2Q9TA 4PBHA 3R26A 3OD7A 3ILUB 2V84A 2OBGA 5DVIA 1N84A 2GRVA 2XX8A 1P1WA 2I0CA 1FQCA 4LA9A 1POTA 4G68A 3KN3A 3M8UA 3K01A 4R6HA 3OOAA 2D5WA 2QRYA 4LUBA 1JW1A 1LBBA 1B46A 1LAFE 4XKNA 4IO4A 4F3BA 4EXLA 5KCJB 4NX1A 4IO7A 2ZZWA 1FBDA 1US4A 4OFJA 3VV5A 4KCDA 1A40A 1XT8A 2HCAA 2X7PA 1D9QA 1YTVA 4RK9A 3WAFA 3UN6A 1NV0A 2XD2A 3RT8A 2YJPA 1FBFA 4H67A 1BTJA 4NE4A 1FQBA 5LTCA 3PGFA 1PB8A 4NF5A 4R74A 4GLIA 2DWIA 2OLBA 1FTMA 2P1SA 2Z23A 4RY1A 2GHBA 1PDAA 2DDKA 4XEQA 3ZKLA 1B3EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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