4ONYA

Crystal structure of a abc transporter, periplasmic substrate-binding protein from brucella melitensis
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
583
structure length
583
Chain Sequence
ETAPDYALSMHGDVALPADYTHFPYTNPDAPKKGSLTVGVVGTFDSLNPFVLKSMRTTARGLYNDGEFGNMVYQTLMLRSRDEPFTLYSLLAEKVAIDPERKWVEFTLNPKAKWSDGQPVTVDDVLFTYDILTEKGRPPYNSRMSRVAKIEKTGERSVRFTFNEKSDREFPMLIAGSMPVLPKHAINRDTFGNSTLEPPIGSGPYVVASVQPGQRIVYKRNPDYWGKDLPSQRGFNNFDKISIEYYRNETSLFESFKKGILDIFIEGNPIRWEKLYDFPAVEQGKVIKDTFEKGTPADMLGFVFNTRRPIFADRRVRQALGLLFDFEWANSNLFAGQYRRTQSFWEGSQLSSVGRPADARERELLAPFPGAVREDVMNGTWHPPVTDGSGHDRVPAKKAYDLLSQAGFQFKDGMAIDPTAKPFAFEIMTRSPDEEKIALAYQRNLSRLGIAVEIHTVDDAQYQQRLQTFDYDMILGALASSLSPGNEQWLRWGSASRDVQGSFNFAGVADPAVDAMIEALLAARNRADFVSAVRALDRVLISGDYYVPLYHLPYQWVARWDRIEHPQKTPLSGYQLPAWWHTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 5
publication title Crystal structure of a ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein from Brucella melitensis
rcsb
source organism Brucella melitensis
molecule tags Transport protein
total genus 195
structure length 583
sequence length 583
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4onyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4onyA01
4GOTA 1II5A 2XXTA 2GFEA 3ONMA 3TQWA 4OEVA 4QFPA 2HAVA 1ZKBA 3H6TA 3W15C 5CBRA 2DWHA 2DVZA 1DOTA 2IA4A 4N13A 3TFLA 3HHGA 2F6PA 4LP2B 3UP9A 1MH4A 4N6PA 1TFAA 3FUZA 4EXKA 1VSOA 3FATA 3FJMA 1UTBB 1LFIA 4GL0A 1S7YA 4YKJA 3EHUA 2QS3A 4AQ4A 4AB5A 1SW2A 3PMXA 3IX1A 4FATA 2VD3A 5M2VA 4GIZA 3TCGA 5HM4B 4NTLA 2HZKA 4GD5A 3FV1A 2YPNA 3TTMA 2D5WA 3PUYE 3VVEA 2GHBA 1URDA 4BDOA 2PVUA 4DZ1A 4DCXA 4JDFA 2DE3A 3H6WA 3HSTA 4QRZA 1XVXA 4RK9A 3LR1A 3C31A 4DXCA 5DVJA 5EHSA 3CFZA 2DOJA 2UYFA 3CSGA 3M3LA 4PFUA 1MPBA 2B4LA 3WAEA 3W9WA 4G2ZA 1PDAA 2Y7IA 3FASA 4ZE9A 1JW4A 3H4ZA 2Q8JA 1H43A 3S4UA 4F31B 2O6AA 1NNTA 5CI5A 2XX7A 2F7AA 2AL4A 1B32A 2WOKA 2RCBA 3O6IA 4H5FA 3ZS6A 4LA9A 3K6WA 4YB7A 3Q26A 3QXMA 1RYXA 1AOVA 1JVXA 5AA4B 1A7LA 1P1WA 1J1NA 4TQUQ 4ONYA 2HZLA 3RT8A 3DRJA 2ALUA 4TLLB 4NF5B 4G8MA 1N7WA 1MG1A 1MXXA 2W7YA 1ZBMA 1MH3A 5I2NA 4OFOA 2VD2A 3FV2A 4GXAA 1IXHA 1JW5A 1XOCA 2ONRA 4H65A 3MPKA 3CFXA 4X9TA 4DXBA 4F2QA 3FVGA 2DSFA 3ECRA 1ZJLA 3LBSA 2QS1A 3K2DA 3PPNA 3EHTA 3LUYA 1ZU0A 3RYBA 2IEEA 4YKPA 3BFUA 3K6VA 3G3HA 3K1PA 4OFLA 1IQ7A 3OO9A 4U4XA 1MQHA 3SESA 4EF1A 5DT6A 3UIFA 4ESWA 1SQYA 4RPNA 5AA3A 5I59B 3RTFB 5I2KB 2XD3A 1MY4A 4OEUA 1DTGA 2Z22A 3MVXA 4QFNA 3ILTB 2XXUA 1FQCA 1B4ZA 2XXHA 5ICTA 4Q8RA 1I6AA 5H8FB 4GFRA 4F1VA 2HEUA 2DS9A 1B7UA 5L9MA 2GHAA 3PUZE 4G8HA 2V25A 3TODA 2NUVA 2F6GA 2ZNTA 4BDMA 1FTKA 3T9VA 3T66A 3MQ9A 4G68A 4ZEIA 4LATA 5HBCA 1GVCA 2V93A 3R7XA 3FJGA 4E0WA 3KN8A 1XS5A 5CMMA 4G8NA 1LBBA 3P7IA 4IB2A 1LAFE 1FQAA 2B4MA 3O29A 3KJTA 2OBGA 4EQ9A 3IAZA 1SW4A 4BDLA 4ZEFA 5I56A 2F35A 3CFLA 1SDXA 3K00A 4RPOA 1F9BA 2NXOA 1B3EA 4MLQA 1L5TA 4U4SA 3VV5A 3O2AA 2QSXA 3JYRA 2ZYNA 1US5A 4NF6B 4R2BA 3IB1A 4U2RA 5I58A 2VHAA 4IO5A 3K1NA 3MVZA 3VXCA 4E0XA 4PP0A 4IY6A 4QSDA 4HS7A 4RXLA 1KWHA 2DP8A 1SI0A 4FEDA 1OLAA 1CB6A 2Z8DA 3DELB 4R9GA 3UK4A 2HCAA 1O63A 3H06B 2I0CA 5JTYA 2PT2A 1O7TA 4LQ5A 2THIA 4LZ7A 5FHOA 4G77A 4XXUA 1DPPA 1A8EA 5TP9A 3T9XB 1LFGA 5IAIA 1LFHA 3KOSA 1N0TA 5CRYA 3E9XA 4F2OA 1XT8A 3B7DA 4ESXA 4KR5A 3VVFA 1N04A 5CMCA 1Y3QA 4YB5A 1GGGA 3GBAA 1B3FA 3CG1A 3B6QA 5AA1A 4DXUA 4R74A 4POWA 1MXZA 2GH9A 1SVXB 2Q89A 1ZLQA 1SW5A 5DEXB 3PGFA 5I57A 4GQOA 4OXVA 1NMUA 2ZNUA 3MC2A 3IOTA 3VLVA 2O7UA 3D4CA 4C1TA 2HFBA 3EQ1A 2PBWA 1B46A 4ELOA 3O6HA 2AL5A 4PETA 3TQLA 5DTBA 4JWXA 1SYHA 1BKAA 3TAJA 3VLWA 3G3IA 4NF4B 5FTIA 2I4BA 1PC3A 3TELA 2D3IA 3TMGA 3MVYA 2ZYKA 1FTMA 4HCYA 2RF1A 3KZGA 3USDA 2RC7A 1ZTYA 3H03A 3RY3A 3S9NC 2PMSA 1USYH 2AIXA 2AYSA 3MP1A 1IITA 3RGYA 1UTHB 4OVJA 5K2XA 2NWJA 3HO7A 1IXCA 1AL3A 4Q30B 1D9VA 5KDTB 3DRFA 3OEMA 4O3BA 3OXNA 1N3XA 3PD8A 3FVKA 2A5TA 3PU5A 3KN7A 1S50A 5A5XA 2CZLA 1GR2A 4IGRA 3SEXA 5B7DA 4F3SA 3G3FA 4OYVA 4R6HA 3VLUA 4XKQA 3PPOA 4ZS9A 5LOMA 2LAOA 3IB2A 5FHNA 1B3HA 3N6TA 1ELJA 1VE4A 1B6HA 4ZZEA 3R26A 3O9PA 1TT1A 4YKIA 1I69A 5BWJA 2ZYMA 5CM6A 4XKRA 2I58A 1FQFA 3TCFA 2F5XA 1UTBA 4U21A 4H1XA 3IB0A 3QYTA 1JQFA 5KCJB 1EZ9A 2I3WA 2OJTA 2R9JA 1MQGA 1D9YA 2DE2A 3F11A 1B3LA 3BFTA 3IL1B 1NH7A 1NFTA 3DP6A 4IO7A 4Q5TA 1QKBA 2X26A 4KI0E 4MF3A 3HCQA 1TWYA 1PB7A 2ZYOA 1B51A 4EXLA 3TYHA 3FJ7A 1LGBC 3EPEA 3C36A 1B5HA 3N26A 1P1NA 1NH8A 3T9UA 3K6XA 2UYEA 4M1VA 1A54A 4QF9A 3PD9A 1YTVA 1ZIUA 3H6VA 3CVGA 2P1SA 4R73A 4DDDA 3M8UA 1Q35A 1RYOA 4X1BA 3FVNA 4F1YA 1UQWA 1B3GA 2HXWA 2Q2CA 3RQTA 3GZGA 2Q2AA 3DRGA 5I84A 4KD5A 4YMBA 3K0VA 1MRPA 3CHGA 1MS7A 3K4UA 1BIYA 2B3FA 2G29A 4Z7EA 1MPCA 1JEVA 2YJPA 1QUJA 4THIA 3T22A 3B6TA 5JK4A 1S9TA 1EZPA 5AA4A 4QFLA 4KYDA 1NNKA 4Q0CA 4YKKA 2OWTA 2M8CA 4I8CA 1R1NA 2DWIA 1ZMGA 4NF5A 2I3VA 2XD2A 3SEYA 1A40A 3W9VA 2G93A 4QSCA 4EQBA 3T96B 3BKIB 3N94A 1B2HA 3TCHA 1A55A 1B05A 1IZ1A 1MM7A 3OSRA 1NKXA 3SEWA 3D4GA 4F39A 2VOZA 1TXFA 1QJMA 4MFIA 5H8HB 3U94A 4ZDMA 2KLFA 1Z7ME 4FIMA 3VFJA 4POXA 4KCDA 1Y4TA 3JV9A 1PB9A 3LVUA 1LAGE 3FIRA 5H8NB 2Y84A 3KGCA 5I59A 5I2KA 4ZECA 4G4PA 4RNSA 1VFEA 2UVHA 1ATGA 3MP8A 4OFJA 3DM0A 3V8XB 2FYIA 1AIVA 1A99A 3DLNA 5H8FA 4MLVA 1N7XA 3QIMA 2QS2A 4H8IA 1Y3PA 1XVYA 4H0WA 3TTLA 4NF8B 2X7QA 1LSTA 1IXGA 3OOAA 4JWOA 1MM6A 4I1DA 3O66A 4Z0IA 3O6GA 1D4NA 4GLIA 3V5AA 3S9MC 1Y4CA 3KN3A 1EZOA 2B3BA 1T0KA 3FXUA 4F1UA 3K1MA 3FXRA 3SERA 2DWJA 3ODBA 1MDQA 1MXUA 1LB9A 3QSLA 4TOZA 1NNFA 4RA1A 4QHQA 5F7VA 2YLNA 1Y9UA 4FAJA 1Y1MA 3OEKA 1Y3NA 1JETA 3SETA 4NF6A 3GXAA 3IOVA 4OTEA 1B58A 4JWYA 3IOWA 3TTRA 4GL8A 2WOLA 3VXBA 4ISUA 1US4A 1B0LA 3MJNA 4KYEA 3E13X 3KOTA 5FTHA 3KSXA 2XXPA 1OVBA 2F78A 4JB7A 3RLFE 1NNPA 5H8QB 2O1MA 1IUDA 2RCAA 3VVDA 3RPWA 1XC1A 4ECFA 5DVIA 4HCWA 4ELPA 2E0SA 2HQ0A 4AB6A 4LUBA 3PUVE 3OO6A 2R6GE 1FTOA 5AA2B 4NMYA 2RC9A 3MWBA 2HAUA 5DVFA 3HN0A 4R6KA 4IO4A 3K02A 2REGA 1B7ZA 4WKMA 5F1QA 4F3PA 2Q88A 2WKYA 3CRBA 1MY2A 2QS4A 3PPQA 5DEXA 2RKMA 3Q27A 3MAMA 5L9SA 3IO4A 3O97A 4XKPA 2VGQA 3U72A 3OO7A 1HSEA 3KBRA 4LVQA 2P0SA 4LZ5A 1B1HA 4GWOA 4GVOA 1VR5A 5TPAB 4P0IA 4KPTA 2ZXTA 2XX9A 1DPEA 2XXXA 4NF4A 4ELQA 3H7MA 5ELVA 1GTKA 4KFQA 2I48A 3VE1B 2OK2A 1B0HA 1HSLA 1MY1A 3H6UA 5KZTA 5EHMA 4DE8A 4DLDA 5B70A 4TLMB 2O1LA 4C0RA 1QULA 5K2YA 3G7WA 2I0BA 5IKBA 3G3KA 4YMAA 1UTHA 3ZKLA 3PPPA 4O3CA 1B7HA 4ZEDA 4PFTA 4PE5B 3UGWA 1MDP1 1LAXA 3IOUA 3HHFA 2QPQA 3T9HB 4JSDA 5KDTA 1LCFA 3N5LA 3GLBA 3EF7A 5JEIA 4XKNA 4WEPA 3OELA 1LCTA 4LONB 4FEBA 2XXIA 2PYYA 3TEPA 2FNCA 2H99A 3UN6A 3OMBA 1WVJA 4BDRA 4UA8A 4YB6A 3I5OA 3O6PA 2O68A 4P11A 3KG2A 2Q9TA 1P1QA 3C35A 3HPIA 1B1XA 3UA8A 4F19A 1LAHE 4JBZA 1URGA 5AE4A 5H8SA 2B65A 1Y20A 4EUOA 1RKMA 3TZAA 2QL3A 2UVGA 3V83A 4U1OA 4NEDA 4NWDA 5DYHA 2O84X 1DSNA 4YAHX 3DRHA 1H76A 3C9HA 4LQ2A 2F7BA 2I49A 3DP4A 3UORA 1P1OA 4O3AA 3SEUA 3SEVA 5KCJA 4BDNA 2DYXA 3IORA 3FGSA 3PUWE 1CE2A 3QUFA 3B6WA 4ZEBA 3N6UA 5FHMA 1H44A 2NOOA 3OO8A 2UVIA 3RUMA 2ONKE 4ZEKA 4FJPA 4U23A 3FD3A 5ICQA 1M5CA 1OQHA 5HPQA 4F29A 4YZZA 1SD3A 4ELRA 2P2AA 1Y1ZA 3S9LC 1OVTA 1WDNA 4JSOA 2QMWA 4KHZE 1M5FA 4OHNA 1QVSA 5CMKA 4WEDA 3H3GA 3DP8A 1MXWA 3HV1A 4FORA 3L6GA 2DQVA 3SDFA 5CMBA 3L6HA 1UIUA 1OQGA 4X1DA 1Z7NE 4OWDA 4EF2A 3CI8A 2FA7A 4MH5A 3KJ7A 1M5EA 3U93A 3TTKA 1SW1A 4OENA 4H8JA 4NWCA 2OCUA 5CC2A 3FXQA 4JXIA 3FTOA 3PMWA 1Q1KA 1POTA 3I3VA 3BBRA 3M3KA 1B9JA 4QFKA 1I6BA 1FQDA 3PV0E 1AMFA 4PQJA 2PT1A 3S2VA 2DXRA 4PFYA 3RTWB 2H4IA 2I4CA 3U1OA 3CIJA 1IXIA 1N3WA 2F7CA 3RYAA 2ESNA 2VP1A 2O51A 4R72A 4MBPA 4RK2A 3VDFA 4OESA 3A3CA 3S9EA 3LSLA 5I2NB 5H8HA 3QUJA 4M4GA 5EYFA 3A3UA 1QKAA 3TTNA 3IJXB 2XXQA 3E3KA 3EN3A 1BLFA 3C4MA 2XXWA 1FTJA 5CBSA 3PUXE 4IO3A 5H8NA 3T93B 4IO2A 5ISUA 1H3DA 3CSBA 3DRKA 3ZSFA 2V3UA 2I6EA 4XIGQ 5ITPA 4L17A 4RJZA 3RNNA 3OD7A 2R71A 2ZNSA 3SKPA 1B5JA 2Z8EA 3R6UA 1R9LA 4R75A 1YAEA 4RY1A 1MY0A 4X48A 1R6ZA 1JEUA 1ANFA 4IY5A 1QUIA 1OIBA 2UXAA 4NF8A 1BTJA 3MPLA 3ILUB 3G3GA 3LSWA 1AH5A 2NVUB 1XHYA 3RN8A 3DRIA 1JNFA 3U8QA 1NL5A 3FVOA 3TKDA 4OMBA 4QFOA 2Z23A 1LB8A 2F34A 1FTLA 3IR1A 3PMVA 1POY1 2OWSA 2Y7KA 3IK6B 4R9FA 2BJJX 2X7PA 1FW0A 3RT6B 4IO6A 4XTCQ 4G68B 1B4HA 5J1DA 3AXFA 4EQ7A 3I6VA 1H45A 4P0GA 2XXRA 2V84A 4YICA 4NE4A 3GBBA 1SYIA 1MXVA 1DMBA 1LLSA 3TPAA 5I56B 1D3KA 4OZ9A 4ND9A 4C1UA 3M3FA 1EH3A 2WOPA 1MQDA 3MVWA 5TU0A 2F36A 3C32A 3U92A 4F18A 4HW8A 2O69A 2UVJA 4KCCA 3CR9A 1IEJA 1QW0A 2D21A 5I58B 1B5IA 1WODA 4H67A 2RC8A 4GXSB 2F8DA 4GF8A 3CG3A 2XX8A 2DWAA 2Y7WA 1A8FA 1TFDA 5L9OA 3Q29A 3FZVA 3TUSA 4I62A 1P99A 5L8DA 1GV8A 4K3FA 5H8QA 5JTYB 2ANJA 3K6UA 4G68C 1HSJA 1YPNA 3QK6A 1IIWA 3KFMA 1P1UA 5ITOA 5TP9B 1USYE 1SI1A 3JZJA 1MQIA 3A09A 3MZ9A 3OSQA 5AA2A 1M5BA 1N84A 1DTZA 4ZZAA 2OZZA 2DXYA 3C34A 3KEIA 4H5GA 4KQPA 4PFWA 3TDJA 1EU8A 1JVYA 3THIA 1B52A 3G3JA 2REJA 2ZMBA 4YU0A 1FQEA 1VFDA 2H9BA 2ONSA 2QMXA 2V3TA 1PEBA 2ABHA 2XXYA 3MZ1A 3V89B 1MQJA 1FCKA 2DVCA 3IO6A 1MY3A 4QSEA 3QAXA 4OERA 3C33A 4R6YA 3MZBA 2A5SA 3LSXA 5BUUA 1PB8A 5I57B 5TPAA 4UACA 1I6QA 1M5DA 4EDPA 1MPDA 4ZE8A 4DCYA 2F97A 2H5YA 2Z8FA 2XXVA 3PPRA 1OLCA 3Q28A 3EHSA 3OENA 4GRKA 3KSJA 3MUQA 4RYAA 1URSA 3MP6A 3ZKKA 4DIGA 1MXYA 1R9QA 3Q25A 4F3GA 2CMOA 1OMPA 3K01A 1UIVA 2Y7RA 1SBPA 5AA2D 2XHDA 2Y7PA 2QJEA 1N76A 4FE8A 4WXJA 1PBPA 2QRYA 2O7IA 1B40A 3MW0A 1O64A 4F3BA 2V3QA 1YCJA 4IGTA 3O28A 4U22A 2H25A 2GRVA 4H6DA 1PBQA 4N07A 2E1SA 4R2FA 4KYSA 4OQOA 1BP5A 4OETA 3MBPA 2PX1A 2A5TB 2OLBA 4LZ8A 4U1ZA 3PAMA 1QUKA 5A5XB 2RINA 4HTGA 3WAFA 4BLAA 4F22A 4I9DA 4BDQA 3E4RA 1FQBA 4FECA 3IJOB 3LC8A 2H98A 3LSFB 2DE4A 1JW1A 1LBCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FPFA 4GOTA 1II5A 1KZ8A 2XXTA 2GFEA 3ONMA 3TQWA 4OEVA 4QFPA 2HAVA 1ZKBA 3H6TA 3W15C 5CBRA 2DWHA 2DVZA 1DOTA 2IA4A 4N13A 3TFLA 3HHGA 2F6PA 2QVUA 4PF6A 4LP2B 3UP9A 1MH4A 4N6PA 1TFAA 3FUZA 4EXKA 1VSOA 3FATA 3FJMA 1UTBB 2V4CA 4N15A 1LFIA 4GL0A 1S7YA 4O7MA 4YKJA 1NV6A 3EHUA 2QS3A 1FJ6A 4AQ4A 4AB5A 4XEQA 4G61A 4MX6A 1SW2A 3PMXA 3IX1A 4FATA 2VD3A 5M2VA 4GIZA 1NUWA 3TCGA 5HM4B 4NTLA 2HZKA 4GD5A 3FV1A 2YPNA 4HE0A 3TTMA 2D5WA 3PUYE 3VVEA 2GHBA 1URDA 4BDOA 2PVUA 4DZ1A 4DCXA 4JDFA 2DE3A 3H6WA 4MNCA 3HSTA 4QRZA 1XVXA 4RK9A 3LR1A 3C31A 4DXCA 5DVJA 5EHSA 3CFZA 5J16A 2DOJA 2UYFA 3CSGA 3M3LA 4PFUA 1MPBA 2B4LA 3WAEA 3W9WA 4G2ZA 1PDAA 2Y7IA 3FASA 4ZE9A 1JW4A 3H4ZA 2Q8JA 3RPLB 1H43A 2WBBA 3S4UA 4O7IA 4F31B 2O6AA 1NNTA 5CI5A 2XX7A 2F7AA 4XFEA 2AL4A 1EYKA 1B32A 2WOKA 4P1EA 1INPA 2RCBA 2ZZVA 3O6IA 4H5FA 3ZS6A 4LA9A 3K6WA 4YB7A 3Q26A 3QXMA 1RYXA 1AOVA 2XWOA 1JVXA 3KC0A 1A7LA 5AA4B 4UABA 1P1WA 2OX3A 1J1NA 4TQUQ 4ONYA 2HZLA 3RT8A 3DRJA 2ALUA 4TLLB 4NF5B 4G8MA 1N7WA 1MG1A 1MXXA 2W7YA 4H45A 1ZBMA 1MH3A 4NHBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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