4ONYA

Crystal structure of a abc transporter, periplasmic substrate-binding protein from brucella melitensis
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
583
structure length
583
Chain Sequence
ETAPDYALSMHGDVALPADYTHFPYTNPDAPKKGSLTVGVVGTFDSLNPFVLKSMRTTARGLYNDGEFGNMVYQTLMLRSRDEPFTLYSLLAEKVAIDPERKWVEFTLNPKAKWSDGQPVTVDDVLFTYDILTEKGRPPYNSRMSRVAKIEKTGERSVRFTFNEKSDREFPMLIAGSMPVLPKHAINRDTFGNSTLEPPIGSGPYVVASVQPGQRIVYKRNPDYWGKDLPSQRGFNNFDKISIEYYRNETSLFESFKKGILDIFIEGNPIRWEKLYDFPAVEQGKVIKDTFEKGTPADMLGFVFNTRRPIFADRRVRQALGLLFDFEWANSNLFAGQYRRTQSFWEGSQLSSVGRPADARERELLAPFPGAVREDVMNGTWHPPVTDGSGHDRVPAKKAYDLLSQAGFQFKDGMAIDPTAKPFAFEIMTRSPDEEKIALAYQRNLSRLGIAVEIHTVDDAQYQQRLQTFDYDMILGALASSLSPGNEQWLRWGSASRDVQGSFNFAGVADPAVDAMIEALLAARNRADFVSAVRALDRVLISGDYYVPLYHLPYQWVARWDRIEHPQKTPLSGYQLPAWWHTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of a ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein from Brucella melitensis
rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 5
molecule tags Transport protein
source organism Brucella melitensis
total genus 195
structure length 583
sequence length 583
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4onyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4onyA01
1OLCA 1MXXA 3MW0A 1MRPA 1NL5A 1O63A 4F18A 1YTVA 2B4LA 5H8NA 3TTLA 1NNFA 1D9YA 4H0WA 1KWHA 3IB0A 4KYEA 1QJMA 3PMWA 5ICQA 2XD2A 4AB5A 3MZBA 1OLAA 3A3CA 1Y3PA 4ELQA 4U4XA 1MDP1 4QFPA 2FA7A 5JTYA 3T93B 1H44A 5AA4A 2F5XA 4XKPA 4QSEA 4DXCA 1XT8A 3FJ7A 3IB2A 1SW2A 4F3SA 4IO4A 3MVWA 5I84A 4GIZA 1B58A 2ONRA 2ANJA 5CMCA 1FTLA 1AOVA 5L9MA 3KJ7A 3E4RA 4ELOA 1OQHA 1NH7A 1WODA 1Y20A 2RC7A 4LVQA 4R73A 3S9NC 1B2HA 1PBPA 3BFUA 3LC8A 2OWSA 4OHNA 1AL3A 1MY4A 4O3BA 3DRGA 2O1MA 1B46A 3G3KA 4OZ9A 5DVJA 3V89B 5DTBA 3MWBA 2XXIA 2VD2A 4HCYA 3R6UA 4LATA 2ZXTA 2H99A 2DE2A 5HBCA 3O6IA 4YKPA 4MF3A 1I69A 4G8MA 3RN8A 2Z22A 3SEYA 3O97A 3K6VA 4N07A 3DM0A 1UTBB 5I59A 2XXXA 1MXZA 4O3AA 1H3DA 3VVFA 3I6VA 4JDFA 1SD3A 2P1SA 1LCFA 3TQLA 3T66A 1JQFA 4PFWA 5FHOA 1B0HA 3K02A 4HCWA 1GGGA 5L8DA 1PDAA 1MM6A 2DWAA 3EHSA 3M3KA 3IO4A 3OD7A 1CB6A 2QS3A 5F1QA 2RC9A 1QVSA 1ZLQA 1P1OA 2VGQA 3Q27A 1ZTYA 1NNTA 4WEDA 3S9MC 3RPWA 3VXCA 2HEUA 1XVYA 2AL5A 3VXBA 3KSJA 5TPAB 1JETA 2QPQA 1HSJA 2V93A 3SESA 3USDA 4QFKA 4OMBA 2QRYA 4OFLA 3S2VA 4OFJA 3W9WA 3HHFA 3VLVA 5B7DA 3C4MA 4QHQA 4JXIA 2GRVA 3VFJA 1L5TA 5H8FB 1TWYA 3OMBA 4U1OA 1EH3A 3AXFA 1QW0A 4NF6B 3UORA 3ECRA 5ICTA 3UN6A 3MP6A 1B7ZA 2QMXA 5DVIA 4R6HA 3MBPA 2XXPA 2F36A 4NEDA 2ONKE 3CRBA 4ZEBA 1IZ1A 5J1DA 4LZ8A 1VE4A 4M1VA 2ZYNA 3CSBA 3PU5A 5I57B 4OETA 3JZJA 2UYFA 4BDMA 5H8HB 3TPAA 2KLFA 1SDXA 5H8QB 4YICA 5CM6A 3ZS6A 4X1DA 4F2QA 4ZZAA 1USYH 3C9HA 2H5YA 5I58B 3G3GA 1FQFA 4X48A 3OOAA 4EUOA 3G3FA 4ZEDA 4C1UA 2DXRA 4NF5B 1B3GA 3SDFA 3DRHA 4YB6A 2DOJA 3PGFA 2HXWA 1ZJLA 4EF2A 2PX1A 1SW4A 3H7MA 1MQHA 4R75A 3H6VA 2XXYA 5AA3A 1B4HA 4R9GA 2DXYA 1S50A 2O1LA 3HCQA 1RKMA 4GL8A 4H8JA 4YZZA 1BTJA 3MC2A 3P7IA 3EQ1A 4F31B 3HN0A 1I6AA 1B3LA 1FQAA 1UTBA 1VSOA 4AQ4A 2XXTA 1QUIA 4U4SA 3HSTA 5EHSA 2O7IA 1NKXA 4ESWA 2ESNA 5AA4B 4OEUA 3PD8A 3MP8A 1OMPA 2PBWA 4I1DA 4OWDA 1QUKA 3T96B 1SYHA 5ITPA 4F39A 4PFYA 2YPNA 5B70A 4KI0E 3RQTA 1B9JA 1AIVA 2H98A 2DQVA 5TU0A 4EXKA 3S9LC 3IX1A 4ZECA 4H6DA 2DVZA 2A5TB 3T9HB 1ZBMA 4EDPA 2F78A 2XXHA 3DRIA 3FXQA 1XOCA 2W7YA 1A99A 1T0KA 4R72A 3PPPA 4E0XA 3LSLA 5TPAA 2O7UA 3IJOB 4GXSB 3KN7A 3LUYA 4Z7EA 2I48A 3K6WA 3OEKA 3KBRA 2UVGA 5ITOA 1QUJA 3PPQA 3VVEA 3TEPA 3LSFB 3TFLA 1B3FA 2AYSA 2Z8DA 4NWDA 3TCHA 5H8FA 3IOWA 4U21A 2VHAA 1SBPA 4LQ5A 2THIA 4NF6A 3U1OA 1M5BA 2B65A 3C31A 2V25A 4H8IA 2ZYOA 3QXMA 3M8UA 1NNPA 3FV2A 4G8HA 2O68A 5CMMA 3R26A 1FTMA 4I8CA 4LONB 4XKQA 4KCCA 2QS4A 5I57A 4PQJA 1LLSA 5H8HA 3TQWA 4C0RA 2F7BA 2Z8EA 3CI8A 5H8QA 4PETA 4QFOA 3MZ1A 3IAZA 1OIBA 3GBAA 1JVYA 5I58A 2ZNUA 4NF5A 1VFEA 1LCTA 4HS7A 1MXUA 3Q28A 3QSLA 4NWCA 4DZ1A 1A8EA 4MBPA 3RNNA 1R9QA 3H6UA 3BKIB 3KGCA 3CG1A 1A55A 1N76A 4EF1A 1N3WA 4FIMA 4GRKA 3QK6A 4G77A 3VLWA 2I3VA 1MH3A 3GLBA 1LAHE 4LZ5A 1PB8A 1FQDA 3IOVA 4OTEA 3OO8A 4H5FA 4G68B 3DRJA 1B6HA 1WVJA 4NF8A 4JWXA 4R2FA 4NE4A 4Q30B 2O69A 1A7LA 2PVUA 2FYIA 3FXUA 3Q26A 1DPEA 2A5SA 3N26A 2WOLA 4KYSA 3O6HA 4OERA 2Y7WA 1YCJA 4IO7A 3K2DA 4LP2B 2HFBA 1LB8A 3L6GA 4JSDA 2BJJX 1POTA 2E1SA 4G2ZA 4P11A 1P1NA 3KN3A 1DTGA 2B3BA 2NOOA 4F29A 4I9DA 3GXAA 3T9UA 1Y3QA 4RK9A 2P0SA 2A5TA 2P2AA 4FATA 1B1XA 2VOZA 1DSNA 4Q8RA 3DP4A 1TFDA 4ECFA 1H45A 3OSQA 4XKNA 3S9EA 1URGA 4GXAA 5CC2A 3E13X 2ZNTA 4WKMA 3QIMA 1TT1A 2ONSA 1D9VA 5KCJB 4DIGA 5AE4A 1IUDA 4QFNA 1GTKA 4P0IA 3T22A 2HZLA 1SQYA 4RPNA 2QS2A 2D3IA 3FZVA 2B4MA 3RGYA 4YB5A 4IY6A 3V83A 3S4UA 1JEVA 3VLUA 2GHBA 3N5LA 2GHAA 4ZE9A 5AA1A 1LFIA 1Y4TA 4EQ7A 5I2NB 2H9BA 1GV8A 4LZ7A 5TP9B 4QFLA 2VP1A 3OO6A 3N94A 1DPPA 1DMBA 2DP8A 3CSGA 2RINA 1MM7A 2OWTA 5CBRA 1A54A 3IR1A 3KG2A 1Y1MA 4YMBA 2LAOA 1IXGA 5FTHA 4OEVA 4KCDA 4JB7A 4RPOA 3GBBA 5I2KB 1MG1A 3LR1A 3PUXE 4KFQA 2X7PA 4RY1A 4MLQA 1N0TA 4QF9A 4ZS9A 4FE8A 5EHMA 4GL0A 1FQBA 3ODBA 2Y7PA 3FVKA 2UXAA 2IEEA 4KYDA 1JW5A 2HAVA 4YAHX 1N7XA 4KQPA 4H5GA 2XXVA 3EHUA 1FTKA 2I4BA 4X9TA 3G3JA 3LSWA 3FGSA 3OEMA 3H6WA 3D4GA 1MY0A 1S9TA 4RK2A 1P1WA 1OVBA 2DSFA 5CRYA 1MH4A 4G68A 2V3UA 3MP1A 2PT1A 4RA1A 3G7WA 4KR5A 2O6AA 2OCUA 3PUVE 2DVCA 2Y7KA 4GOTA 3OELA 3RT8A 1N84A 2D5WA 3K6UA 3H3GA 3PAMA 2HQ0A 1MS7A 1B0LA 1M5EA 3B6WA 2WOKA 4F1UA 4ZEIA 1XS5A 3E9XA 3HHGA 4G4PA 4TLMB 1TFAA 1I6BA 3KSXA 3PD9A 5BWJA 1B52A 1PC3A 1LGBC 1HSLA 2B3FA 2F8DA 2HZKA 4ZDMA 2F7CA 2REJA 4BDQA 3QUJA 1MQDA 3OO9A 1R6ZA 3F11A 1YPNA 5HM4B 5ISUA 4OYVA 1JW4A 1O64A 1II5A 4ELRA 5IKBA 4DCYA 1EZPA 1IXIA 2I6EA 3T9VA 2RF1A 5I56B 1OVTA 3O29A 3KFMA 1FCKA 1N3XA 4F22A 3VV5A 1D4NA 3EPEA 1A8FA 5KCJA 2REGA 3CFLA 5A5XA 3LBSA 4OFOA 2DWIA 1PEBA 3C36A 4KHZE 3BFTA 3TMGA 1B3HA 4YKIA 4NF8B 1DTZA 2I0CA 3FD3A 3EF7A 3IK6B 1R1NA 2WKYA 1H43A 3PPOA 1XC1A 5I2NA 1VFDA 2DE3A 5TP9A 1NMUA 3PMXA 5FHNA 2ALUA 3L6HA 2UVJA 2QS1A 3PV0E 1I6QA 1AMFA 2F7AA 2Y7RA 4GVOA 3RY3A 1VR5A 4UA8A 3OENA 1BLFA 2ZYKA 1UTHB 4DE8A 4G68C 2OLBA 3K01A 3FJMA 3SEUA 2F35A 3VDFA 4ZE8A 5I2KA 3RTWB 3CR9A 1ANFA 4Q0CA 4XXUA 1LAFE 4GQOA 4E0WA 1ZU0A 4R2BA 3SEVA 4EQ9A 2XXWA 4OXVA 4XIGQ 4BDLA 2XXUA 3PUWE 2YLNA 1B5JA 3ZSFA 1Q1KA 4PFUA 3LSXA 1M5FA 3Q25A 1GR2A 3HV1A 3K00A 1SW5A 1EU8A 2IA4A 5DYHA 2FNCA 1HSEA 3N6TA 3V5AA 2E0SA 4BDNA 4HTGA 1N7WA 1M5DA 5K2XA 3K4UA 4LUBA 4IO3A 1UIUA 4GD5A 2XX8A 1LSTA 4EQBA 2R71A 1IIWA 2I58A 4U1ZA 3RT6B 3SKPA 4BDOA 3TODA 1DOTA 5K2YA 2UYEA 5DVFA 3THIA 4UACA 2H25A 1MXWA 3SERA 4ND9A 1H76A 2QL3A 5AA2D 3IL1B 3MVYA 3V8XB 3BBRA 1RYXA 5CBSA 2QJEA 4AB6A 3FVGA 3OSRA 3ONMA 3FIRA 3OXNA 2X7QA 2I4CA 4IO6A 3O66A 3B6QA 1B5IA 1ZKBA 2OBGA 4THIA 3TAJA 4Q5TA 2HAUA 5IAIA 1LFHA 1A40A 3H6TA 3QYTA 5I56A 4F3PA 1SYIA 2PMSA 1B7HA 1MPDA 1BP5A 1US5A 1Z7NE 2I49A 1IXHA 3TTKA 2V84A 2HCAA 2RCBA 3FV1A 3U8QA 4NF4B 3TCFA 1JNFA 3MQ9A 4IB2A 3TCGA 3H06B 4JWYA 1F9BA 3TTMA 4K3FA 5L9SA 2GFEA 1MQJA 2Z23A 4R6KA 4TOZA 5KDTA 3H4ZA 5AA2B 2XXQA 3IOUA 3MPLA 1URDA 1MXVA 3FXRA 3E3KA 1LAXA 3MUQA 1B7UA 3FTOA 3I3VA 1USYE 2RC8A 4F3GA 1Y9UA 1UTHA 1FTOA 2M8CA 1P1UA 3C33A 3O6GA 1MY2A 1LBBA 4RJZA 4MFIA 2ABHA 1LFGA 2ZMBA 3TTRA 3MVXA 3ILTB 1IEJA 1FTJA 2NUVA 4N6PA 4KD5A 4PFTA 3IB1A 1WDNA 2O84X 3DRKA 3U94A 2G29A 2XD3A 5L9OA 5A5XB 3SEXA 1FQEA 2XXRA 1PB9A 1POY1 3TTNA 5CMBA 3RYBA 3KJTA 1NNKA 4U2RA 3RUMA 1B3EA 1QKAA 1B1HA 2DE4A 3JV9A 4FECA 4NMYA 1ELJA 3C35A 3K0VA 1Z7ME 1N04A 4PP0A 2Z8FA 4RYAA 1Y3NA 1SVXB 4QRZA 1ATGA 3A3UA 3CIJA 1IXCA 2ZYMA 3QUFA 1PB7A 3PUZE 5LOMA 3KZGA 3TZAA 5HPQA 2NXOA 5F7VA 4NTLA 3O6PA 3A09A 4YKJA 4L17A 3WAFA 2AL4A 1SI0A 3RTFB 4H1XA 1LAGE 1UIVA 2QSXA 4OENA 1QKBA 3MJNA 4I62A 3K1MA 1IQ7A 5KZTA 1B05A 1S7YA 1ZIUA 2NWJA 5JK4A 4YU0A 3FASA 3TYHA 2Q2CA 4BDRA 1Y4CA 4JBZA 4BLAA 1BIYA 4F1VA 1LBCA 2VD3A 2GH9A 1MY3A 3RYAA 3K6XA 5CI5A 3TELA 1EZOA 2AIXA 3QAXA 3G3HA 4U22A 4RNSA 3IOTA 3M3LA 4IO2A 4DXBA 5DT6A 4IO5A 3KEIA 3FUZA 3PMVA 3UP9A 3CG3A 4NF4A 4R6YA 1NFTA 4EXLA 4FJPA 2CMOA 2R9JA 3G3IA 1MXYA 2RKMA 1UQWA 4M4GA 1MQIA 2R6GE 4Z0IA 4RXLA 2Q9TA 3O2AA 3FATA 2Q89A 3MAMA 4ISUA 2NVUB 2Q8JA 3B6TA 1RYOA 1JEUA 4IY5A 3PPRA 3CVGA 5H8SA 5DEXB 4FORA 3CFXA 3IJXB 5AA2A 5M2VA 2RCAA 2PYYA 2OJTA 1SW1A 4ZEFA 3U72A 2I3WA 3KOTA 1MDQA 4YKKA 1B40A 4R9FA 5FHMA 3UA8A 3CFZA 5CMKA 2DWHA 3D4CA 2F6PA 3DP8A 3R7XA 3FVOA 1JW1A 4H65A 5JEIA 1QULA 1B5HA 1PBQA 1MQGA 2XX7A 1MPBA 4LA9A 1LB9A 2V3TA 5EYFA 3MVZA 4ELPA 3I5OA 4JSOA 4XTCQ 3TDJA 4X1BA 2Q88A 2DYXA 5H8NB 4C1TA 4ONYA 3MZ9A 3H03A 2X26A 3TUSA 3DP6A 4OQOA 3U92A 5FTIA 1CE2A 3IORA 4N13A 1NH8A 5KDTB 1AH5A 2V3QA 4G8NA 1B51A 4JWOA 4U23A 4XKRA 4GWOA 4ZZEA 4YMAA 3ZKKA 4QSDA 4FEDA 3UIFA 5ELVA 5JTYB 1URSA 4LQ2A 4O3CA 3Q29A 1FW0A 3W15C 4IGRA 3CHGA 4P0GA 2ZNSA 1MY1A 3O9PA 2Y7IA 2Q2AA 4OESA 4DCXA 3M3FA 3UK4A 2DWJA 3JYRA 3W9VA 4POXA 1XVXA 3TKDA 3K1NA 2G93A 2XX9A 3OO7A 4FAJA 3PPNA 1P99A 3FVNA 3DLNA 2F97A 4GFRA 1SI1A 2OK2A 4WXJA 3LVUA 1Y1ZA 3KN8A 4YB7A 3UGWA 1D3KA 3KOSA 3MPKA 4F1YA 4R74A 4ESXA 1US4A 4TLLB 4POWA 4DXUA 1O7TA 3WAEA 4GLIA 3C34A 3IO6A 3EN3A 1XHYA 3B7DA 1MPCA 3VE1B 1ZMGA 1Q35A 3FJGA 3HO7A 3HPIA 2WOPA 1JVXA 4QSCA 2I0BA 3VVDA 4TQUQ 1B32A 5I59B 3DELB 2F6GA 2O51A 3GZGA 1P1QA 4DLDA 1TXFA 1B4ZA 3SETA 3ZKLA 4DDDA 2CZLA 4OVJA 1J1NA 4MLVA 2XHDA 1FQCA 4H67A 3T9XB 3O28A 2UVIA 1EZ9A 2DS9A 1IITA 3N6UA 4F3BA 1YAEA 3C32A 1GVCA 3PUYE 5DEXA 2H4IA 4WEPA 2QMWA 2PT2A 3SEWA 1OQGA 2YJPA 2OZZA 2D21A 4F2OA 3ILUB 3U93A 3EHTA 3K1PA 3RLFE 5BUUA 4IGTA 4GF8A 1R9LA 2F34A 1BKAA 4FEBA 2Y84A 4MH5A 2UVHA 4ZEKA 4KPTA 3DRFA 4F19A 1M5CA 4PE5B 4HW8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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