1DPPA

Dipeptide binding protein complex with glycyl-l-leucine
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
KTLVYCSEGSPEGFNPQLFTSGTTYDASSVPLYNRLVEFKIGTTEVIPGLAEKWEVSEDGKTYTFHLRKGVKWHDNKEFKPTRELNADDVVFSFDRQKNAQNPYHKVSGGSYEYFEGMGLPELISEVKKVDDNTVQFVLTRPEAPFLADLAMDFASILSKEYADAMMKAGTPEKLDLNPIGTGPFQLQQYQKDSRIRYKAFDGYWGTKPQIDTLVFSITPDASVRYAKLQKNECQVMPYPNPADIARMKQDKSINLMEMPGLNVGYLSYNVQKKPLDDVKVRQALTYAVNKDAIIKAVYQGAGVSAKNLIPPTMWGYNDDVQDYTYDPEKAKALLKEAGLEKGFSIDLWAMPVQRPYNPNARRMAEMIQADWAKVGVQAKIVTYEWGEYLKRAKDGEHQTVMMGWTGDNGDPDNFFATLFSCAASEQGSNYSKWCYKPFEDLIQPARATDDHNKRVELYKQAQVVMHDQAPALIIAHSTVFEPVRKEVKGYVVDPLGKHHFENVSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DIPEPTIDE BINDING PROTEIN
publication title Crystal structure of the dipeptide binding protein from Escherichia coli involved in active transport and chemotaxis.
pubmed rcsb
molecule tags Peptide binding protein
total genus 163
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1dppA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dppA02
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1dppA01
3VLVA 2DE2A 2UYFA 3FVKA 4FE8A 3ZKLA 2XX9A 3IO4A 3PU5A 2XXTA 4QRZA 3UGWA 3VXBA 4XKPA 3IX1A 1SW1A 1O63A 1XOCA 1M5BA 1QULA 3O6HA 1FQCA 4IO4A 4JB7A 1VE4A 4JWXA 4RK2A 3RNNA 3CG3A 3IOUA 4YKIA 1B5IA 3FVNA 1LBBA 3CRBA 4DXUA 4DZ1A 2O6AA 4Q8RA 1QVSA 1FTLA 2WKYA 1Y3QA 4RK9A 2Q88A 4GXAA 2PBWA 1JEUA 3SEUA 2GH9A 5FTHA 3G3JA 3VXCA 2F78A 3C34A 5EHSA 4POXA 4OERA 1YTVA 4KQPA 3T66A 2DS9A 5I2KA 3CVGA 3UA8A 3V5AA 3KG2A 3LSFB 4U1ZA 5H8NA 3VLWA 1I6AA 3SESA 3RN8A 3HSTA 2VOZA 5ITOA 1XT8A 1GR2A 2B4MA 1P1WA 4H6DA 3S9LC 4OYVA 4LUBA 1QUKA 2M8CA 2OK2A 4KYSA 2DE3A 3QSLA 3O9PA 2H9BA 4PFWA 3VVDA 4LATA 3HHGA 2X26A 1IIWA 3G3HA 1BLFA 2HZKA 1MPCA 3TTKA 4JDFA 4F3SA 1FQAA 3MZ1A 4TLLB 5AA4B 2A5SA 1JW1A 4AQ4A 3K1MA 4AB6A 5DVFA 4OTEA 5BWJA 3VVFA 4I8CA 3E9XA 2NOOA 4QFKA 2Q9TA 4F3GA 4RA1A 1ZLQA 4I62A 3H6VA 3GZGA 5FHOA 1UTHB 3M3KA 4L17A 1R1NA 1IXHA 4NF5A 4ZDMA 4MBPA 3FXUA 2DSFA 3LC8A 4RY1A 1B9JA 3I5OA 5CRYA 4BDRA 5DYHA 1XHYA 5TPAB 3PUWE 3TUSA 3PD9A 5AA4A 1B58A 5FHNA 3WAEA 3MC2A 1MY1A 3CHGA 4TOZA 1URGA 3TTMA 3S9NC 1LAXA 3BKIB 2KLFA 3DP6A 2ONRA 2XD3A 3FV2A 4I1DA 2G29A 1Y1MA 3C36A 4C1UA 2QRYA 3I6VA 1ZKBA 3HO7A 4MLQA 2Y7PA 3MP6A 5I84A 3QYTA 1NFTA 1B3LA 5J1DA 3CSBA 1XVXA 1LLSA 3IB1A 4OEUA 1ZU0A 3B6WA 4KPTA 4F18A 1B5JA 1HSJA 4F3PA 4WXJA 3BFTA 3ILUB 2HFBA 1SDXA 4KFQA 1MXUA 3RTWB 3E3KA 1SW2A 5HBCA 4NTLA 2I4BA 2Y7KA 3K6VA 5TP9A 3N5LA 4ZZEA 1IXIA 4YMAA 1LSTA 2QL3A 3MVXA 1MG1A 1RYXA 3S9EA 2Z8DA 1EU8A 4OESA 1JW4A 1A40A 3E13X 4LA9A 1NNPA 2THIA 3LVUA 3ZKKA 4EQ9A 3JZJA 4KHZE 4ZEFA 1LGBC 1ZTYA 2P2AA 2GRVA 3QAXA 3PPOA 5AA1A 4E0WA 4YKKA 2B3FA 4KCDA 2R6GE 1FCKA 3O6GA 5HM4B 3OELA 2DWHA 3OENA 4GVOA 4H5FA 2FA7A 4PQJA 5FTIA 4FAJA 1ATGA 1N04A 5DEXB 1BIYA 5CMMA 1MY3A 3K1PA 4OENA 1UTBB 1MXWA 3OEKA 2I6EA 1BKAA 2HQ0A 4X9TA 2ZNSA 1QUIA 1B05A 1EZ9A 4IO3A 5KCJA 4QHQA 3SDFA 3CFLA 3JV9A 1I69A 1B1HA 3PPRA 3MP8A 4YB6A 4F29A 2NVUB 4KR5A 4Z7EA 3DRJA 2VP1A 3ILTB 1H43A 3K6WA 4RPNA 4FATA 5AA2D 3RYBA 4U23A 1UTBA 3W9VA 3SEWA 4C1TA 3VV5A 1B4HA 2Z8FA 1FTJA 2RF1A 3OOAA 2B65A 3A09A 4H5GA 4KYEA 3EQ1A 2FYIA 2OLBA 3O66A 5B70A 3GBAA 5AA2A 1R9QA 1PBQA 4F2QA 4U21A 2V25A 4H65A 1PB7A 3B6TA 3K02A 3TELA 4PE5B 2WOKA 4EQBA 1JETA 5DVJA 4OMBA 1ZBMA 3VE1B 2REGA 2I0CA 2QS3A 1MS7A 2ABHA 4N6PA 3PV0E 1OLAA 1Q35A 2A5TB 3A3CA 2B4LA 4IGRA 4WKMA 1IEJA 1USYH 2B3BA 1FQEA 5LOMA 5H8QB 1IZ1A 2XX8A 4ZECA 3K4UA 1MXVA 2RINA 1QJMA 5A5XA 3FXRA 1B5HA 4F31B 4U4XA 1YAEA 2ALUA 5H8FA 1BTJA 3G3IA 1LFHA 5ISUA 1GVCA 3TQWA 3M3FA 3HPIA 2GHBA 1IQ7A 2QSXA 4H0WA 3IO6A 4Q5TA 4F1YA 3DRFA 4E0XA 3LBSA 1CB6A 2PVUA 4WEPA 4G4PA 2I3WA 1A8EA 4ZE9A 4N07A 5F1QA 4JWYA 5CI5A 2XHDA 4LZ5A 3THIA 3SEVA 2NXOA 5JK4A 3PPPA 3PUXE 3U92A 3H4ZA 3CI8A 1M5FA 1A7LA 3RT6B 4LZ7A 4PETA 5CBSA 3EF7A 4FEBA 5I58B 2Y7WA 3TDJA 1LCFA 2HCAA 1N3WA 1LAFE 2XXWA 1MQHA 3RYAA 1WODA 3K6UA 2PX1A 3L6GA 3EHSA 3IB0A 2O69A 4KYDA 3SKPA 4BLAA 2DQVA 2XXYA 5H8HB 1S7YA 1MDQA 4F3BA 4DE8A 1T0KA 5DTBA 5L9OA 4FIMA 1IXGA 1H76A 3RQTA 3KOTA 2F36A 2IEEA 2F7AA 4QF9A 1Y9UA 1MXXA 4QFLA 4FEDA 4NE4A 1NNFA 2RC9A 1A8FA 5I58A 1FQDA 3JYRA 3IJXB 4IY5A 4YICA 1UIVA 2FNCA 3PD8A 2OBGA 3S4UA 1B51A 2DWJA 3HV1A 4JWOA 5K2YA 3N94A 5IAIA 3Q26A 5H8HA 2I3VA 2HEUA 2VGQA 2F8DA 3PAMA 4WEDA 3DELB 5DVIA 3OD7A 2AYSA 3PPNA 5K2XA 4YKJA 1SYHA 3O6IA 4IO6A 3DRHA 2Z8EA 2E0SA 1H44A 3UK4A 3UN6A 1MXYA 4LVQA 5TU0A 3ECRA 2Q89A 4OWDA 3O29A 4LP2B 1FTMA 3HCQA 3RPWA 5I59B 3KN3A 3V83A 2RKMA 2ESNA 3DM0A 3SETA 3C35A 4OFJA 1XVYA 4ZS9A 4NF4B 3V8XB 4EXKA 4I9DA 4H8IA 1A54A 1TT1A 4YZZA 4ELPA 2VHAA 3RT8A 3PUYE 4R74A 5EYFA 3MZBA 2QMWA 1HSLA 5KDTB 1EZOA 4ECFA 2VD3A 3MQ9A 2P1SA 2ZXTA 1ZMGA 5I59A 2RC7A 1NKXA 1SYIA 1TFAA 3KBRA 2Q2CA 4UA8A 5JTYB 4NF4A 1EH3A 4GL8A 3LUYA 2W7YA 1B7UA 1S50A 1B7ZA 2REJA 1OQHA 4H8JA 1SW5A 3OO9A 4PFTA 2OZZA 3MWBA 5ELVA 2R71A 1UTHA 2CMOA 4ISUA 3R7XA 3RY3A 4G77A 3R26A 1SVXB 1MRPA 1FQFA 1JNFA 4QSEA 2GHAA 4XXUA 2YPNA 4YMBA 4O3BA 4R72A 2F97A 3IOTA 3OSRA 3HN0A 1IXCA 3LSXA 4HCYA 1NL5A 3KEIA 5TPAA 1AL3A 2Z22A 2I58A 3O6PA 3DRKA 4ELOA 2XXHA 3MPLA 2ANJA 4GXSB 2ONSA 3OMBA 2DVZA 3IORA 4THIA 1VFEA 4BDLA 2XXRA 4PFYA 1Y3PA 2Q2AA 3FV1A 1Q1KA 5AE4A 3KN8A 4ESXA 2DXRA 4ZEKA 2WOLA 1DPEA 4XKNA 4JBZA 5IKBA 3R6UA 4G8HA 2HAUA 2QJEA 2QMXA 2UYEA 4JSDA 3QXMA 4GF8A 4GOTA 4FORA 5CC2A 1NNKA 1LBCA 3FVGA 3TFLA 1IUDA 2ZYOA 3IK6B 4QSCA 1LCTA 2UVGA 2F7CA 2DP8A 1QKBA 1QKAA 4M1VA 1B0HA 4EXLA 1VR5A 3A3UA 4OFOA 1PDAA 4G8NA 3RUMA 5FHMA 3Q27A 2O1MA 2H99A 3FJMA 4AB5A 4OVJA 3K0VA 4QFPA 2D5WA 1PEBA 4ZEBA 3AXFA 5L9SA 1M5CA 2F5XA 4F19A 1CE2A 3FUZA 1PB9A 2F7BA 1FQBA 4ELRA 4YB7A 2UVIA 4NF8B 4R9FA 1O64A 2Z23A 4QFOA 4FJPA 3H06B 3EHTA 3TKDA 4BDOA 1QUJA 1NH8A 1B1XA 3HHFA 4G68B 3IL1B 1UIUA 4MLVA 1B3FA 4QFNA 4MF3A 2Y7IA 1XS5A 1MXZA 3GLBA 1AMFA 4DXBA 1TFDA 1Y20A 1SI0A 1IITA 3CIJA 3T9HB 1B6HA 5DEXA 1GGGA 3O28A 2ZYKA 4ELQA 4ZEIA 2O7IA 4OETA 1B3GA 2V3QA 3T9XB 1B3HA 1TXFA 4GD5A 3O2AA 4OZ9A 3UP9A 3QK6A 5L9MA 4DCXA 2O51A 4X1DA 2UXAA 3Q25A 1DTGA 3C9HA 1P1NA 3B6QA 3UIFA 4ESWA 4OEVA 4DCYA 3KSXA 4GIZA 3OO8A 2X7QA 4DLDA 3OO7A 1N84A 3KN7A 4M4GA 5CMBA 4HW8A 5CBRA 3L6HA 5ICQA 3K6XA 3USDA 2XXUA 2GFEA 2PT1A 2VD2A 3PUVE 4F2OA 3O97A 3RGYA 4XTCQ 1RKMA 4F1UA 1B7HA 2I0BA 4OXVA 5DT6A 4YU0A 4POWA 3FJGA 5KZTA 4OHNA 2OCUA 2QS1A 4PP0A 4YKPA 5F7VA 5I56B 2CZLA 3MP1A 1BP5A 1MQGA 3TYHA 1A55A 1MH4A 3FZVA 1ELJA 1B46A 5HPQA 4X48A 3H3GA 3G7WA 3EN3A 3LSLA 1NMUA 5JEIA 3FATA 1LFIA 3VFJA 2A5TA 3KSJA 1ANFA 2DE4A 5H8QA 3EHUA 2F35A 3N26A 3H7MA 3U93A 3B7DA 3C32A 4RXLA 4YB5A 3S2VA 4GL0A 2HXWA 3H6UA 1SQYA 4LQ2A 3T22A 2Q8JA 3OEMA 2PT2A 2ZMBA 2UVJA 1LB9A 3DP4A 1AIVA 2I49A 1MDP1 3EPEA 3VVEA 2D21A 3V89B 1Z7ME 3IOVA 1DSNA 3U94A 4F1VA 4N13A 3DRGA 1FTKA 4HTGA 3MZ9A 1D9YA 1WVJA 3K2DA 1Y4TA 5I2KB 1N7WA 3PMWA 5H8NB 5EHMA 4EDPA 2V93A 2RC8A 2AIXA 2HZLA 3GXAA 1L5TA 2F34A 3M8UA 4Q30B 3LSWA 2YLNA 3FXQA 4EUOA 2P0SA 4NWDA 3FIRA 3SEXA 4Q0CA 2DYXA 3T93B 4H67A 3TTLA 1QW0A 3K01A 2UVHA 4KCCA 3DP8A 3SEYA 4ONYA 4GFRA 3C4MA 2QS4A 1XC1A 1WDNA 2XX7A 3MJNA 3OSQA 2V84A 3P7IA 2AL5A 4JSOA 1KWHA 3TTRA 3IJOB 3MUQA 4R6YA 3FD3A 1UQWA 4NF5B 2H4IA 3DLNA 2PMSA 4BDMA 1LB8A 3H03A 3H6TA 1I6QA 2I48A 4U22A 4BDQA 1POY1 4GLIA 4LZ8A 5AA3A 2RCAA 4R9GA 3PPQA 1SBPA 1OVBA 1MQIA 1M5EA 1B40A 4MH5A 2I4CA 4U2RA 3TAJA 4R6KA 3BFUA 3WAFA 1D3KA 5H8SA 1Z7NE 3W15C 3MPKA 5ITPA 2OJTA 1B2HA 3G3KA 2IA4A 1A99A 1OVTA 1SD3A 2O84X 1JQFA 1SW4A 3IB2A 4BDNA 2Y84A 3MVWA 4IO7A 2RCBA 2R9JA 3FTOA 4UACA 1B0LA 1PBPA 4G2ZA 1URSA 5BUUA 1B3EA 2V3TA 5KDTA 1B52A 1URDA 3IOWA 1JW5A 3H6WA 4KD5A 2QPQA 1F9BA 4GWOA 1LFGA 4G8MA 3TTNA 1POTA 3QUJA 2O7UA 3K00A 3TODA 3OXNA 1JVXA 3ONMA 3QIMA 3FVOA 3C33A 3TQLA 4LONB 5CMKA 3RLFE 5L8DA 4X1BA 3QUFA 5JTYA 2O68A 4IGTA 5TP9B 3K1NA 3Q29A 1VFDA 1TWYA 1DPPA 2H25A 3KZGA 3CG1A 4IO5A 2XXXA 1VSOA 1ZIUA 4PFUA 4ZZAA 3W9WA 1GV8A 3VLUA 4NF6B 3TCHA 3MVZA 4HS7A 3ZS6A 2DWIA 1DOTA 3CSGA 4NEDA 3PMVA 3U72A 1MPBA 3DRIA 3KFMA 1JVYA 3U8QA 3RTFB 1D9VA 1HSEA 3KJ7A 2XXIA 2LAOA 3Q28A 4R6HA 3ZSFA 1AH5A 3TPAA 4MFIA 4F22A 4NMYA 2QS2A 2ZYNA 3PMXA 5I2NB 1H3DA 5KCJB 4YAHX 2ZNUA 1LAGE 1ZJLA 2D3IA 4NF6A 4IY6A 3IR1A 4DXCA 1DMBA 4EQ7A 4OFLA 4JXIA 1NNTA 1P99A 2H5YA 3G3GA 5M2VA 1P1QA 4P11A 1OMPA 3TCFA 1MH3A 2AL4A 3OO6A 1II5A 5ICTA 2XXPA 1Y3NA 4R73A 4OQOA 4QSDA 3F11A 4LQ5A 1H45A 5I2NA 4DDDA 1S9TA 4XKQA 3T96B 2Y7RA 3UORA 3SERA 5AA2B 3FASA 2XXVA 4H1XA 1B32A 4RPOA 3BBRA 4Z0IA 1I6BA 1AOVA 4EF2A 3KGCA 4NF8A 1US4A 3C31A 4DIGA 2XD2A 4GQOA 2NUVA 4FECA 1O7TA 4R2BA 3VDFA 5B7DA 3GBBA 4P0GA 3LR1A 3MW0A 3MAMA 4R75A 4F39A 2X7PA 4GRKA 4O3AA 4G68A 3T9VA 1MY2A 4EF1A 1Y1ZA 1PC3A 4IO2A 4RJZA 1LAHE 1FTOA 3I3VA 1YCJA 1OLCA 3MBPA 5CM6A 2YJPA 3PUZE 3E4RA 1B4ZA 1M5DA 4ZEDA 2OWSA 2E1SA 3ODBA 4HCWA 2OWTA 4XIGQ 3MVYA 3CFXA 3FJ7A 3TEPA 3PGFA 1N0TA 1N3XA 5A5XB 4U1OA 1MPDA 1D4NA 1MQDA 1EZPA 3D4GA 5H8FB 3U1OA 3T9UA 3TCGA 4O3CA 2BJJX 2XXQA 2O1LA 1N7XA 3N6UA 1GTKA 1DTZA 5I57B 2DVCA 1R9LA 3CFZA 4U4SA 1JEVA 1OIBA 2ONKE 1MY0A 1YPNA 4RNSA 3CR9A 2F6GA 1MY4A 2H98A 4KI0E 1R6ZA 1PB8A 1USYE 4IB2A 1P1UA 1US5A 1OQGA 3KOSA 2G93A 1FW0A 3TMGA 4XKRA 1J1NA 2NWJA 3S9MC 2HAVA 4RYAA 2DWAA 3TZAA 3KJTA 2DOJA 1MM6A 2ZNTA 1RYOA 1NH7A 3D4CA 1P1OA 5I56A 5I57A 4C0RA 2F6PA 2PYYA 4NWCA 3IAZA 3FGSA 1Y4CA 5CMCA 2ZYMA 4G68C 1MM7A 4ND9A 1MQJA 4P0IA 1SI1A 3M3LA 4TQUQ 2WOPA 3N6TA 3G3FA 2DXYA 1N76A 4K3FA 2V3UA 4TLMB 4ZE8A 4R2FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VLVA 1D9QA 2DE2A 2UYFA 4NGUA 4PF8A 1NV4A 3FVKA 4FE8A 3ZKLA 2XX9A 3IO4A 3PU5A 2XXTA 4QRZA 3UGWA 3VXBA 4XKPA 3IX1A 1SW1A 1O63A 1XOCA 1M5BA 1QULA 3O6HA 1FQCA 4IO4A 4JB7A 1VE4A 4JWXA 4RK2A 3RNNA 3CG3A 3IOUA 4YKIA 1B5IA 3FVNA 4PAIA 1LBBA 3CRBA 4DXUA 4DZ1A 1NUZA 2O6AA 4Q8RA 1QVSA 1FTLA 2WKYA 1Y3QA 4RK9A 4PTKA 2Q88A 4GXAA 2PBWA 2PFYA 4OANA 1JEUA 3SEUA 2GH9A 5FTHA 1FBGA 3G3JA 3VXCA 2F78A 3C34A 3T1BA 5EHSA 2MKZA 4POXA 4OERA 3ISPA 1YTVA 4KQPA 3T66A 4PBQA 2DS9A 1KZ8A 5I2KA 3CVGA 3UA8A 1FBFA 3V5AA 4MIJA 3KG2A 3LSFB 4U1ZA 5H8NA 4P9KA 3VLWA 1I6AA 3SESA 4O7MA 3RN8A 2CEXA 3HSTA 2VOZA 5ITOA 1XT8A 1GR2A 2B4MA 4MAGA 4JVCA 1P1WA 4H6DA 3S9LC 4OYVA 4LUBA 1QUKA 1K9YA 2M8CA 2OK2A 4KYSA 1FPJA 2DE3A 3MSTA 3QSLA 4XEQA 3O9PA 2H9BA 4PFWA 3FXBA 3VVDA 4O7IA 4LATA 1FJ9A 3HHGA 2X26A 1IIWA 3G3HA 1BLFA 2HZKA 1MPCA 3TTKA 4JDFA 4F3SA 1FQAA 3BIGA 3MZ1A 4TLLB 5AA4B 2A5SA 1JW1A 4AQ4A 3K1MA 4AB6A 5DVFA 4OTEA 5BWJA 3VVFA 4I8CA 2JJKA 3E9XA 2NOOA 4QFKA 2Q9TA 4F3GA 4RA1A 1ZLQA 4I62A 3H6VA 3GZGA 5FHOA 1UTHB 3M3KA 4L17A 1R1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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