1DPPA

Dipeptide binding protein complex with glycyl-l-leucine
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
KTLVYCSEGSPEGFNPQLFTSGTTYDASSVPLYNRLVEFKIGTTEVIPGLAEKWEVSEDGKTYTFHLRKGVKWHDNKEFKPTRELNADDVVFSFDRQKNAQNPYHKVSGGSYEYFEGMGLPELISEVKKVDDNTVQFVLTRPEAPFLADLAMDFASILSKEYADAMMKAGTPEKLDLNPIGTGPFQLQQYQKDSRIRYKAFDGYWGTKPQIDTLVFSITPDASVRYAKLQKNECQVMPYPNPADIARMKQDKSINLMEMPGLNVGYLSYNVQKKPLDDVKVRQALTYAVNKDAIIKAVYQGAGVSAKNLIPPTMWGYNDDVQDYTYDPEKAKALLKEAGLEKGFSIDLWAMPVQRPYNPNARRMAEMIQADWAKVGVQAKIVTYEWGEYLKRAKDGEHQTVMMGWTGDNGDPDNFFATLFSCAASEQGSNYSKWCYKPFEDLIQPARATDDHNKRVELYKQAQVVMHDQAPALIIAHSTVFEPVRKEVKGYVVDPLGKHHFENVSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords DIPEPTIDE BINDING PROTEIN
publication title Crystal structure of the dipeptide binding protein from Escherichia coli involved in active transport and chemotaxis.
pubmed rcsb
total genus 163
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1dppA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dppA02
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1dppA01
4KPTA 2HZKA 4G4PA 4I8CA 4H65A 3U1OA 1TXFA 3FUZA 3TTKA 4OETA 4IGRA 1WODA 4FECA 5EHMA 4YKJA 3GZGA 2Y7KA 2BJJX 5TU0A 5M2VA 2O1LA 3LBSA 3QUJA 1R6ZA 1OQGA 2OCUA 5AA1A 5H8FA 5ELVA 2P0SA 3GLBA 4AB5A 2ZYOA 5K2YA 5I58A 4H0WA 4NWCA 4XKQA 1ZU0A 4GFRA 5KZTA 1VFDA 3PGFA 5LOMA 4RXLA 3H3GA 2GFEA 4G68C 3MBPA 3IO4A 2QS3A 1QJMA 1PC3A 2O7IA 3EHSA 4IO6A 4P0IA 1MQGA 4GLIA 1LFHA 4OEUA 3KFMA 2V3UA 4BDNA 3IJOB 4ZEBA 3FZVA 3MPLA 3QAXA 2DP8A 3VVEA 1QUKA 5DYHA 1TT1A 4ZZAA 4YZZA 3MPKA 4DE8A 4EXKA 4DCYA 4ELRA 1MPDA 4F39A 3IR1A 1UIVA 3I5OA 2PBWA 4OVJA 3K6UA 1UIUA 3MVZA 1MH4A 3WAEA 1Y1MA 3VVDA 3VXBA 3DP6A 1LGBC 4PQJA 4BDMA 3CFLA 3PD9A 3KG2A 3UGWA 3OXNA 4I9DA 1JETA 2OZZA 3QXMA 4F3PA 3CSBA 4OERA 3D4GA 3PUVE 1USYH 3ILTB 2HAUA 3EHUA 4JXIA 1FQEA 2RC9A 3HHGA 1XHYA 5IAIA 1JW5A 2ZNUA 3SKPA 2F6PA 4X1BA 1B2HA 2XD2A 3HN0A 1XC1A 4RA1A 4Q8RA 4Z0IA 2O68A 2Z8DA 3Q28A 3B6QA 2H99A 3MP8A 1XVYA 1MY3A 4G68B 4NF6A 3MZBA 3G3JA 5TPAA 3B6TA 4ZZEA 4R75A 2V3TA 2X26A 2XXPA 2DYXA 3U92A 3RGYA 2NXOA 3HPIA 4OFOA 4PFYA 2D3IA 3KOSA 4OTEA 2Z8EA 1BP5A 4ZS9A 3JYRA 1XS5A 2HEUA 2VP1A 4P11A 5L9OA 4OWDA 2OWTA 5I57B 2XXTA 1P1QA 4DXUA 3P7IA 3B7DA 2UVGA 1B1HA 1FCKA 1UQWA 1YTVA 4YU0A 2XXIA 2RC8A 1LAFE 4IO4A 3T9HB 3K2DA 3PV0E 2F78A 3RUMA 3OEKA 3ONMA 1HSJA 4ZEKA 4R74A 4H67A 1A8FA 4OESA 3K6XA 1BIYA 3LVUA 1NH8A 2AIXA 3G7WA 1JVYA 2QRYA 4QSCA 3GBBA 1B3GA 4XXUA 1CB6A 4NF5B 3FD3A 4POXA 5I56B 1UTBB 2REJA 1H44A 1Y3PA 4R2FA 2H9BA 2ONRA 4UA8A 1LCFA 3UORA 1ANFA 3OO9A 3C33A 1MRPA 2B4MA 3I3VA 4NWDA 1II5A 4TOZA 2NWJA 2V84A 4Q5TA 2QS1A 4ND9A 3IB2A 4PFWA 3KN3A 3SERA 5FTIA 4EQ9A 4R9GA 3ZSFA 2VD3A 4HS7A 4KCCA 1OIBA 3MQ9A 4GQOA 4OMBA 4ECFA 5J1DA 4UACA 1L5TA 2OLBA 1Y1ZA 4F3GA 3SEVA 1JEVA 2ANJA 3HHFA 3M3KA 3KEIA 2QL3A 3JZJA 3FJ7A 3FXQA 3DM0A 4HTGA 4KYDA 4EF2A 4LQ5A 2NVUB 4H8JA 1Y3QA 5TP9B 5I2NB 1A40A 1SBPA 3FASA 3RTFB 1PB8A 3G3IA 4RPNA 5FTHA 1PDAA 3IK6B 3EN3A 2O84X 1URGA 4KI0E 3IB1A 2O69A 1SW4A 4EQBA 3SETA 3FVOA 1POTA 4YB5A 2DXYA 2ESNA 4YMBA 1EZOA 1O7TA 4Q0CA 1LAXA 3PPQA 5KCJA 4M4GA 1T0KA 1MQJA 1URDA 2F36A 5BWJA 4ELQA 2F35A 4H8IA 4YKIA 3A3CA 5JTYA 2Y7WA 1ZMGA 1B7HA 4HCYA 5EYFA 2H98A 4ELPA 3MP6A 1RKMA 3QSLA 3ZKKA 2PVUA 3IO6A 5AA3A 4YB7A 2XXXA 1TWYA 4ESXA 1B0LA 1MXWA 4DXBA 1AL3A 2OJTA 2R71A 4F2QA 1NKXA 4MH5A 3MC2A 1P99A 4ZEFA 1BLFA 5K2XA 4NF4A 4X1DA 2I4CA 1B40A 1MXZA 3UK4A 2O7UA 2XXRA 4LQ2A 4E0WA 3BFTA 3I6VA 3VE1B 1B51A 2A5TA 2WKYA 4U23A 4POWA 3S9MC 1JQFA 2F8DA 2NOOA 1IITA 1SW1A 5H8HA 5DEXB 2THIA 3C32A 1IXHA 1BKAA 1LFGA 4F29A 4PFUA 3M3FA 3KOTA 1MQHA 2Q88A 4GIZA 3O6IA 2HFBA 2Y7IA 1WVJA 2X7QA 2Z23A 3IJXB 3PUZE 4XTCQ 1IIWA 1BTJA 3IAZA 1M5BA 3TFLA 3GXAA 4TLMB 3VLVA 2H4IA 5DTBA 3C36A 3HV1A 3MJNA 3DRKA 5H8QB 4U4SA 2VD2A 4C1UA 2Q2CA 3OENA 4DXCA 1RYOA 3IOUA 3K4UA 3MW0A 4G2ZA 4YKPA 4QHQA 4THIA 3S9EA 3G3FA 1SYIA 3QIMA 3ILUB 3HO7A 5KDTA 2HZLA 3Q25A 4MF3A 2QS2A 4GXSB 1UTHA 4WEPA 1LB9A 3G3HA 1HSEA 4JSDA 5H8NB 2I3VA 3N94A 4NMYA 3VLWA 1YAEA 4TLLB 3MUQA 4YB6A 3FATA 3G3KA 1N04A 2QS4A 4FE8A 2E0SA 4E0XA 1ZKBA 3K1PA 1MY4A 1N3WA 1XT8A 2ZNTA 2UYFA 1Z7ME 5AA2A 2I4BA 4RPOA 1LBBA 1B58A 1GR2A 1N3XA 2E1SA 3OMBA 3UP9A 2DWIA 1DMBA 3TZAA 3MP1A 4QRZA 3H06B 3K1NA 2I3WA 4O3CA 1IXGA 3SDFA 3O97A 4XIGQ 1J1NA 2F7CA 4F31B 3LR1A 1FQBA 1H76A 2REGA 2ZYNA 3T22A 4IB2A 5DT6A 3OELA 1ATGA 3MVWA 1VFEA 3TAJA 3TCFA 3OOAA 2XXUA 4F1YA 3K1MA 5A5XA 4MLVA 3VLUA 3TTNA 2GHAA 4TQUQ 3H6VA 1SW5A 1Y3NA 4Z7EA 3DLNA 4FJPA 3LSWA 2PX1A 3RY3A 1B4ZA 1LB8A 2WOPA 3C35A 2QMWA 4KYSA 2I6EA 5AA4A 3VDFA 4BDOA 1LAHE 2KLFA 3PPOA 3DP4A 1MQIA 1OQHA 1B3HA 1MY0A 1YCJA 2ONSA 3RTWB 2OBGA 4IO7A 2ZMBA 3RT6B 4IGTA 2ZYMA 1Q35A 5AA2D 1LLSA 4EDPA 3PUWE 4OEVA 3V83A 4I1DA 1FQCA 5HPQA 1NFTA 3PPNA 1I69A 1SQYA 2ZXTA 2O51A 4OENA 4MBPA 1F9BA 3R7XA 2F5XA 2X7PA 3SEYA 2FYIA 1O64A 5CMBA 3OEMA 3ZKLA 1OVBA 3Q26A 1O63A 3FJGA 2GRVA 3DELB 4RJZA 3H4ZA 2YLNA 2O6AA 4H5FA 1US5A 3RYBA 2RF1A 3H03A 2I58A 1EH3A 4NF8B 1QULA 2G93A 3U93A 1MG1A 2XXHA 2CZLA 1NL5A 1B1XA 4LVQA 3DRFA 4LZ5A 3FXRA 4DIGA 1MM7A 5FHOA 2F7BA 2G29A 5AE4A 2ABHA 4JWOA 4XKRA 3TODA 4JDFA 3RYAA 2I48A 2ZNSA 3THIA 4G68A 3EHTA 3TTRA 4IO3A 3EF7A 4WKMA 3USDA 4OXVA 1B9JA 1N7XA 3B6WA 1FQDA 2ONKE 2Q9TA 1RYXA 3QK6A 3G3GA 3RNNA 2V3QA 1NMUA 5I84A 3CSGA 5DVIA 2XXWA 4QFOA 4U1ZA 5CM6A 3T66A 3O66A 4JBZA 3S2VA 2DVZA 4MLQA 1IUDA 4F1UA 5JEIA 1URSA 3M8UA 4R73A 2ALUA 1EZPA 4ZE8A 2A5SA 4OQOA 5I57A 1POY1 4N6PA 1MH3A 2R6GE 2I49A 4AB6A 1US4A 4P0GA 1M5CA 4RK2A 3CHGA 5L9MA 5I2KB 1NNPA 3SESA 1WDNA 1LSTA 4JSOA 4F18A 4F22A 3BFUA 4NF4B 3Q29A 2OK2A 1GTKA 3LSLA 4DCXA 3W15C 1A7LA 3MAMA 2FNCA 2HXWA 3U94A 1USYE 4ISUA 3WAFA 4GXAA 3TPAA 2QPQA 2CMOA 4RYAA 4F2OA 3PMVA 2RCBA 3TTLA 1SI1A 1SDXA 3TCGA 4WEDA 1Z7NE 4GWOA 1JEUA 3KN8A 1UTBA 3M3LA 4NTLA 4QFKA 2UVIA 5I59B 4R2BA 3N6TA 1KWHA 1D9VA 4U2RA 4PFTA 3DP8A 3K0VA 2F6GA 1PB9A 1NNKA 4F19A 1FTKA 4U21A 4ZEIA 4DDDA 2NUVA 2B4LA 3A3UA 1LCTA 2AL4A 4O3BA 1N84A 1MXUA 2DSFA 3O29A 4XKNA 4QFNA 5DVFA 3DRJA 3OSQA 1P1OA 5JK4A 1SI0A 3N5LA 4ESWA 4LUBA 3FTOA 1I6BA 2HAVA 4ZDMA 1OLCA 2Q8JA 2HQ0A 4LP2B 5CRYA 3V5AA 5TP9A 2PMSA 4YKKA 3Q27A 3T9XB 5I2NA 3MVXA 1QUIA 3RPWA 3V89B 5H8FB 3KZGA 4LA9A 1S50A 3PPPA 4OFJA 5I58B 5F7VA 2XXYA 1MS7A 4QSDA 1OMPA 3C4MA 5B70A 1MXXA 4ZE9A 1MPBA 4BDRA 4NE4A 3ECRA 2F97A 1MY1A 3S9NC 4NEDA 3LC8A 3KJ7A 4U4XA 2DWHA 2LAOA 1R1NA 3L6GA 5HM4B 3TKDA 1Y20A 1PEBA 4H6DA 3DRHA 3IX1A 1DPPA 4GL8A 5ITOA 2O1MA 3K6VA 4R6KA 4DLDA 4PE5B 3T9VA 4HCWA 2PT1A 5FHMA 4R72A 3E13X 3OD7A 1MM6A 4R6YA 4DZ1A 1B5JA 1GV8A 4ZECA 3PPRA 3HCQA 1LFIA 1Y4TA 3H6WA 3PMXA 3DRIA 2DQVA 4YICA 1NH7A 3T9UA 3UA8A 1OVTA 4PETA 4G8HA 1AMFA 3U72A 3H7MA 1EZ9A 4EXLA 4BDQA 2PT2A 2P1SA 3C34A 1MXYA 4IY6A 1ZBMA 4ZEDA 5IKBA 1FQAA 4F3BA 4JB7A 5AA4B 3FIRA 1B46A 1Y4CA 5CMMA 2V93A 4R9FA 1ZLQA 5DEXA 3FXUA 3TTMA 1XVXA 3EPEA 4G8NA 1B3EA 2Z8FA 4WXJA 2DE2A 3O6GA 2UXAA 4FORA 4IO5A 2UYEA 3N26A 4GD5A 4H5GA 5ISUA 4LATA 4NF6B 4FAJA 4KHZE 5TPAB 2QMXA 3PU5A 4U22A 1D3KA 2DVCA 1N7WA 1QUJA 3CI8A 3O6PA 1B32A 5H8QA 4LZ8A 5FHNA 4QFLA 3KGCA 5CBRA 3O28A 1D4NA 5ICTA 4KQPA 4YMAA 2RINA 1B0HA 3FVKA 1IZ1A 1PBQA 3PUYE 2XXVA 2HCAA 2IEEA 1B05A 3K01A 1QKAA 2I0CA 4X9TA 3BKIB 3VVFA 5BUUA 2UVJA 1SW2A 3IORA 3DRGA 1S9TA 5ICQA 1ZIUA 1SYHA 4LONB 3FVGA 1ZTYA 2I0BA 1XOCA 5H8NA 1JNFA 1A99A 5CI5A 2DWJA 2Y7RA 1H45A 3SEWA 1B3LA 4BDLA 4EUOA 4U1OA 1SD3A 3VXCA 2PYYA 4M1VA 1TFAA 3W9WA 3KSXA 4XKPA 3LSFB 3UIFA 3S9LC 1AH5A 4EF1A 1EU8A 1VSOA 3TCHA 2VGQA 4C1TA 3JV9A 3QUFA 4H1XA 3O6HA 3U8QA 3KBRA 4GOTA 4F1VA 3GBAA 4I62A 4HW8A 3TQLA 2DWAA 5F1QA 4QSEA 4KD5A 5EHSA 1A55A 4AQ4A 2DS9A 4JWXA 4KFQA 4RK9A 2RKMA 3KJTA 2V25A 2IA4A 4FEDA 3IL1B 5L9SA 3IOVA 3R6UA 5L8DA 3CFZA 1VE4A 1DTGA 2H5YA 3IOTA 3OO8A 3TDJA 1SVXB 2AYSA 4OFLA 2Q2AA 4LZ7A 1VR5A 2W7YA 1B3FA 3RQTA 2D21A 4O3AA 3CFXA 1AIVA 3KSJA 4PP0A 4GL0A 3BBRA 2XX7A 1P1NA 3ZS6A 2DE3A 2Y84A 3LSXA 3L6HA 1FTOA 1FW0A 4GF8A 1FQFA 3CIJA 1ZJLA 4KYEA 2GHBA 2AL5A 4L17A 1CE2A 2F34A 1DSNA 2RCAA 1MDP1 3CG1A 3H6TA 1B5HA 3O9PA 3T93B 1FTMA 5KCJB 2XD3A 4BLAA 4OHNA 3PD8A 4MFIA 2Y7PA 4N07A 1DTZA 5JTYB 1IQ7A 3O2AA 2P2AA 1FTJA 3OO7A 4ELOA 4QFPA 2XX8A 3W9VA 3FGSA 1NNFA 3TELA 4F3SA 1A8EA 1DPEA 2B3BA 3RT8A 1QKBA 1GGGA 2B65A 4JWYA 4X48A 1Y9UA 2QJEA 1B7ZA 5CMKA 2Q89A 3C9HA 3PUXE 3QYTA 4NF8A 4EQ7A 1AOVA 3PMWA 3K6WA 2D5WA 1Q1KA 2H25A 1QVSA 2OWSA 2ZYKA 5B7DA 3MZ9A 1MPCA 1IXIA 1R9LA 3R26A 2DOJA 3H6UA 1JW1A 1B4HA 2A5TB 3OSRA 4R6HA 3MZ1A 2F7AA 5H8HB 3AXFA 1H3DA 1B5IA 2RC7A 1S7YA 3FJMA 4OZ9A 3A09A 2GH9A 1MDQA 3ODBA 1H43A 1MQDA 4NF5A 5HBCA 5I56A 1JVXA 1YPNA 2UVHA 1MY2A 1M5DA 3FV1A 2R9JA 3KN7A 3CRBA 5CMCA 1P1UA 3CR9A 1P1WA 4FATA 4FIMA 3VFJA 2B3FA 1I6AA 3UN6A 3LUYA 2YPNA 3MVYA 2FA7A 4G77A 3RN8A 1A54A 5H8SA 3TYHA 3VV5A 3MWBA 5ITPA 4Q30B 4IY5A 3D4CA 4GVOA 1R9QA 1TFDA 2WOKA 5KDTB 1HSLA 3IB0A 1FTLA 5I2KA 1UTHB 4OYVA 2XX9A 3E9XA 3FVNA 4K3FA 1B6HA 4QF9A 3TEPA 5CC2A 1ELJA 3PAMA 4KR5A 4RY1A 1M5FA 4FEBA 2XXQA 1PB7A 2M8CA 3IOWA 3SEUA 4N13A 3FV2A 4ONYA 4G8MA 1PBPA 3N6UA 3CVGA 3OO6A 3TUSA 2Z22A 1QW0A 1N0TA 2VHAA 4KCDA 1OLAA 3V8XB 5AA2B 1LBCA 3TQWA 3K02A 3RLFE 1NNTA 3E4RA 3CG3A 1MXVA 1D9YA 4RNSA 2YJPA 2QSXA 1I6QA 2VOZA 3EQ1A 1N76A 1DOTA 1IXCA 5CBSA 5I59A 3HSTA 2DE4A 1IEJA 3F11A 4C0RA 1LAGE 4IO2A 3C31A 3S4UA 2DXRA 3T96B 1B7UA 1B52A 2WOLA 5A5XB 3SEXA 2XHDA 4YAHX 4GRKA 1M5EA 3E3KA 1GVCA 3TMGA 3K00A 1JW4A 5DVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KPTA 2HZKA 2WBBA 4G4PA 2PCRA 4I8CA 4H65A 3U1OA 5FBPA 1TXFA 3FUZA 3TTKA 3PTYA 4OETA 4IGRA 1WODA 4FECA 1LBXA 5EHMA 4YKJA 3GZGA 2Y7KA 2BJJX 5TU0A 5M2VA 4P56A 2O1LA 1BK4A 3LBSA 3QUJA 1R6ZA 1OQGA 2OCUA 5AA1A 5H8FA 5ELVA 2P0SA 1FBHA 3GLBA 4AB5A 2ZYOA 5K2YA 5I58A 4H0WA 4NWCA 4XKQA 1ZU0A 4GFRA 4PFBA 5KZTA 1VFDA 3PGFA 5LOMA 4RXLA 3H3GA 2GFEA 4G68C 4PTKA 4OVQA 5IZ1A 2V4CA 3MBPA 3IO4A 2QS3A 1QJMA 1PC3A 2O7IA 3EHSA 4IO6A 4P0IA 1MQGA 4GLIA 1LFHA 4OEUA 3KFMA 2V3UA 4BDNA 3IJOB 4ZEBA 3FZVA 3MPLA 3QAXA 5EQ7A 2DP8A 1RDXA 4X8RA 3VVEA 1QUKA 5DYHA 1TT1A 4ZZAA 4YZZA 3MPKA 4DE8A 4EXKA 4DCYA 4ELRA 1MPDA 4F39A 3IR1A 1UIVA 4I3YA 3I5OA 2PBWA 4OVJA 4OVSA 3K6UA 1UIUA 3MVZA 1MH4A 3WAEA 1FBDA 1Y1MA 3NOHA 3VVDA 3VXBA 3DP6A 1LGBC 4PQJA 4BDMA 3CFLA 5A5LA 3PD9A 3KG2A 3OXNA 3UGWA 4I9DA 1JETA 2OZZA 3QXMA 4F3PA 3CSBA 4OERA 3D4GA 3PUVE 1USYH 3ILTB 4MNPA 2HAUA 3EHUA 4JXIA 4OVRA 1FQEA 2RC9A 3HHGA 1XHYA 5IAIA 1JW5A 2ZNUA 3SKPA 2F6PA 4X1BA 1B2HA 2XD2A 3HN0A 1XC1A 4RA1A 2FVZA 4Q8RA 4Z0IA 4O8MA 2O68A 3Q28A 2Z8DA 3B6QA 4HE0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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