1UQWA

Crystal structure of ylib protein from escherichia coi
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
AAKDVVVAVGSNFTTLDPYDANDTLSQAVAKSFYQGLFGLDKEMKLKNVLAESYTVSDDGITYTVKLREGIKFQDGTDFNAAAVKANLDRASDPANHLKRHNLYKNIAKTEAIDPTTVKITLKQPFSAFINILAHPATAMISPAALEKYGKEIGFYPVGTGPYELDTWNQTDFVKVKKFAGYWQPGLPKLDSITWRPVADNNTRAAMLQTGEAQFAFPIPYEQATLLEKNKNIELMASPSIMQRYISMNVTQKPFDNPKVREALNYAINRPALVKVAFAGYATPATGVVPPSIAYAQSYKPWPYDPVKARELLKEAGYPNGFSTTLWSSHNHSTAQKVLQFTQQQLAQVGIKAQVTAMDAGQRAAEVEGKGQKESGVRMFYTGWSASTGEADWALSPLFASQNWPPTLFNTAFYSNKQVDDFLAQALKTNDPAEKTRLYKAAQDIIWQESPWIPLVVEKLVSAHSKNLTGFWIMPDTGFSFEDADLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ylib Protein from E.Coli
rcsb
molecule tags Zn binding protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords PUTATIVE BINDING PROTEIN YLIB
total genus 120
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1uqwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1uqwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1uqwA02
1LFIA 3OO6A 5CM6A 4NWDA 3E9XA 3VFJA 5H8HB 2PX1A 4JXIA 3FJ7A 2DWIA 3WAEA 1IITA 2Z8FA 2IEEA 1PB7A 3CG1A 1OIBA 5TPAB 3TTKA 2DWJA 3KJTA 1FTJA 3I5OA 4IO6A 2F6GA 1H44A 3SKPA 4OETA 1ZU0A 1AIVA 3DRIA 3KFMA 4XKPA 4GD5A 3OD7A 4M1VA 3K1NA 1MPCA 4YKIA 1R6ZA 3O28A 2HQ0A 4F1UA 2V25A 4G68B 1ANFA 4NF4B 5CMBA 3DRJA 4WEPA 3H06B 3DELB 4N13A 4N6PA 3FJMA 3A09A 2UVGA 1A8FA 1LAFE 4ZZEA 3VV5A 2GHBA 4G68C 4BDQA 1WDNA 1BP5A 2F7AA 2NVUB 3T93B 4OXVA 2HZLA 4F2QA 2DXRA 1XT8A 1SW5A 5EHMA 1Y9UA 3IX1A 4E0WA 4ELQA 4YKJA 1US5A 1NL5A 3PPRA 3U8QA 2OCUA 3UN6A 1MM7A 3W9WA 5ITOA 1Y4TA 3V5AA 3K6UA 5J1DA 1I69A 4DIGA 4ZS9A 1LBCA 4EXKA 2OBGA 1BTJA 3B6TA 4F3PA 4GLIA 1N04A 2M8CA 1EZPA 4DZ1A 4QSDA 4GF8A 4F19A 3N6TA 2RCAA 4O3CA 1TT1A 2VD2A 3RPWA 4JBZA 3VXCA 4H5GA 2RC7A 4NMYA 2DE3A 4YMAA 4KCDA 2O6AA 1J1NA 3QXMA 1MQJA 4G8HA 3MVZA 3S4UA 4DE8A 1D9YA 4MF3A 4NF6B 4RNSA 5HPQA 1M5CA 2I3WA 3KZGA 4QSCA 3WAFA 4JSOA 2NOOA 3EHUA 3OO9A 1M5BA 2ZNUA 4ZEDA 1PEBA 3E4RA 4NE4A 1NMUA 4KYDA 4IY5A 4EF1A 4NEDA 1D9VA 4U1ZA 2NWJA 4F1VA 5B7DA 3MQ9A 4GVOA 1SBPA 3LBSA 4OTEA 4TLMB 4ZEBA 3V89B 5A5XA 4OZ9A 1MY0A 4MFIA 5CBSA 1USYH 1WVJA 3IJXB 2ONKE 1N76A 2QS4A 4F18A 4U1OA 1Q1KA 2VOZA 3ZKLA 3E3KA 2GRVA 2VP1A 3UA8A 3DP6A 2E0SA 2WOLA 4IO7A 4K3FA 1SI1A 3KGCA 1GTKA 5I2NA 3D4CA 2PBWA 4LQ2A 1SDXA 2FA7A 3PPPA 3MW0A 3H03A 4AB6A 1VSOA 3LC8A 4XKQA 3RYBA 3PV0E 2H9BA 4EDPA 2H25A 2XXWA 5FTIA 1EZ9A 3TTMA 1GV8A 1MQIA 2V3UA 3JYRA 3FVNA 3TYHA 4OENA 2O84X 1B46A 1SYHA 1RYXA 1SW4A 3DP8A 1MM6A 4ESWA 1URGA 3TTNA 2B4LA 1TFDA 4R2FA 3IJOB 1FQFA 5DT6A 1KWHA 4XTCQ 1D4NA 2DOJA 4UACA 4N07A 4I8CA 3TMGA 1ZJLA 4P0GA 2GFEA 1JW4A 4GL0A 1N7WA 3PPQA 2GHAA 3MVXA 3TTLA 3UGWA 1TFAA 5FHMA 5CBRA 1DSNA 1SD3A 2Q2AA 5CMKA 1N3WA 4KPTA 2DP8A 2O68A 3RT8A 2DXYA 1JW5A 4IO4A 4KR5A 4DDDA 2ZXTA 2HFBA 4OEVA 3DM0A 4EXLA 2UVHA 5IKBA 3PGFA 1XHYA 4XIGQ 4I1DA 2V3TA 4KYSA 4U23A 1QKBA 3S9MC 2XX9A 2AL4A 3DRHA 3A3UA 3CIJA 1MY4A 3IO6A 4FEDA 3RNNA 2AYSA 3VXBA 3MP1A 2XXTA 2A5TA 1OQGA 1GR2A 1B32A 2XXQA 1MXUA 1LFHA 2QMWA 4OMBA 2REJA 1UIVA 4EF2A 1Z7ME 2ALUA 1NH7A 3TCGA 2DSFA 4QHQA 1AL3A 3M3KA 4R6YA 3MWBA 5KDTB 4POXA 5L8DA 3KSXA 3O6IA 2QS1A 1B7HA 3VE1B 3G3HA 3KBRA 4ISUA 4QFNA 3OEMA 5H8NA 3OELA 2DWHA 3LSFB 1H76A 4POWA 1DOTA 3S9NC 1USYE 3HSTA 3DRKA 4YB7A 1FQDA 4JB7A 3EF7A 1NFTA 2ZNTA 1B58A 1NNFA 5DEXB 4GL8A 5H8NB 4OEUA 1HSEA 1FTOA 1A8EA 3FGSA 3FVKA 3CSGA 4GQOA 3L6GA 3LSLA 1LAGE 1CB6A 1JNFA 1DPEA 4EQ7A 3I6VA 3QUJA 3MJNA 2O7UA 4YB6A 5DVJA 1B1HA 3PAMA 3C36A 3TCHA 3TQWA 3B6WA 4O3BA 5CMCA 1B9JA 4M4GA 1Q35A 3FVOA 4FORA 1P1QA 4GFRA 4BDRA 5HM4B 5TP9B 2ANJA 4JWXA 5ELVA 3U92A 1B4ZA 4OYVA 1IIWA 2I48A 3H6UA 4R9GA 2PYYA 3DRGA 4R73A 1XS5A 3SDFA 1IXHA 3QSLA 1ZLQA 3FV1A 5EYFA 2DS9A 4ZE9A 1ATGA 2I58A 3B7DA 5L9SA 4C1TA 2PT2A 1WODA 1LCFA 2XXHA 1M5EA 5AE4A 3C33A 4DCXA 2QJEA 1F9BA 2AIXA 4H0WA 3TCFA 3CVGA 1EH3A 5I57A 2Q8JA 4WEDA 1AOVA 5CMMA 1ZMGA 1AMFA 4Q30B 3EHTA 1URSA 1T0KA 1POY1 1QKAA 1EU8A 1XC1A 4LONB 3IOUA 2Z22A 3K6WA 2Q88A 1FQAA 2O1MA 3TZAA 2R71A 3T9VA 2XXXA 4H1XA 2YJPA 3N6UA 1LB8A 2XX8A 3KG2A 2VGQA 3MBPA 3PUWE 3O66A 3C31A 3S9EA 4U4XA 1QJMA 4OHNA 4IY6A 4HW8A 1XVYA 4MBPA 2H4IA 1OLCA 3OOAA 3CFLA 4H67A 1DTZA 5FTHA 2DE4A 2F5XA 4R74A 5DVFA 4FECA 4OERA 3O2AA 4R72A 2I4CA 2NXOA 3IO4A 1A55A 3U72A 3GZGA 5I2KA 3MZBA 3TFLA 4GRKA 2ZYOA 2RCBA 5I59A 3GBAA 1FTLA 3M3FA 4BDLA 3PD9A 4RK9A 5F7VA 5I2KB 4KI0E 4DCYA 3K6XA 5F1QA 3RLFE 1IXCA 1L5TA 1JQFA 4HCWA 3HCQA 2BJJX 1LGBC 4FEBA 1YCJA 1Y3PA 2GH9A 1IEJA 3O6GA 3W15C 2H98A 2UYEA 2ONSA 4OQOA 4JWYA 3N26A 1Y1MA 3ZSFA 3EN3A 1I6BA 1SVXB 4F39A 3LSXA 1UTBA 2YPNA 4F3BA 2O69A 1FW0A 1FTMA 1JEUA 3IAZA 3MZ9A 2D21A 3I3VA 1BKAA 1UTBB 4YKKA 3U93A 3K1PA 1D3KA 2P2AA 4H5FA 4NF8A 1P1OA 1S7YA 4ZZAA 1AH5A 1RYOA 4U4SA 2VD3A 3Q28A 1N7XA 3EQ1A 1MRPA 3BFTA 1IQ7A 1O63A 3KSJA 3KJ7A 4F31B 4FAJA 2P0SA 2UYFA 1BIYA 3VLVA 2RINA 4Q5TA 2RKMA 3L6HA 4U2RA 3ZKKA 4LZ7A 3O6PA 2H5YA 4KD5A 4EUOA 3MAMA 2YLNA 2XXPA 2Y7PA 2XHDA 3USDA 3FXRA 1Y3NA 1LB9A 1NKXA 3KOTA 4RYAA 2I0BA 1MS7A 3O97A 5BWJA 3MVWA 2F34A 5EHSA 4C0RA 4EQBA 5A5XB 3FV2A 4YMBA 5JTYA 4KCCA 3SETA 1QUKA 1DTGA 5B70A 2CZLA 2DQVA 1RKMA 5I56A 1EZOA 2ABHA 2Y7IA 5JTYB 3LR1A 5JEIA 4G4PA 3K2DA 1A7LA 5I2NB 3PUVE 5CRYA 3SESA 4Z0IA 1LFGA 3OO8A 3N5LA 4LQ5A 4JWOA 5M2VA 4IB2A 1SYIA 3MP6A 4DXBA 5BUUA 1FCKA 4WXJA 3T9XB 1MG1A 5H8QA 2F7BA 5KZTA 3VLUA 2HXWA 3QUFA 1IXGA 2DWAA 3FD3A 4RA1A 2V93A 3ONMA 3TEPA 3OXNA 4H6DA 1S50A 4F3GA 3KN3A 1US4A 4Z7EA 4E0XA 1A99A 3SEVA 1R9LA 1URDA 2V84A 3PUYE 4HTGA 3RTWB 5AA1A 4AB5A 1XVXA 3SERA 4IGRA 4PFTA 2DVCA 4TLLB 1IXIA 2WOPA 5AA4A 3TQLA 3PPNA 3PU5A 1PBQA 1B5HA 2I3VA 4G8NA 2O7IA 3G3FA 1PC3A 1B5JA 3EPEA 3F11A 4BDMA 2XXUA 1N0TA 3TUSA 3FUZA 1B3LA 4X1BA 5ICQA 2RC8A 2HZKA 5CC2A 2Y7WA 2OJTA 4RY1A 3MC2A 4G2ZA 1BLFA 1UQWA 4X1DA 1LAXA 4GOTA 3K02A 4JSDA 4ECFA 5K2YA 4UA8A 5LOMA 3N94A 4QSEA 4MH5A 2P1SA 4OFLA 3IOTA 2LAOA 2Z23A 4GWOA 3RT6B 3ZS6A 3H7MA 3K01A 5FHNA 4IO5A 4PETA 3VVDA 1LBBA 4MLVA 2RF1A 2VHAA 2A5TB 1VE4A 2QMXA 4PE5B 4PFUA 4RK2A 4X48A 4XKNA 3S2VA 2XXVA 1HSLA 2OWSA 3LSWA 4F2OA 4ZEFA 1MY3A 3C34A 2W7YA 3CRBA 3T9UA 5H8FA 3CSBA 2Z8DA 4ONYA 1NH8A 1VR5A 3KEIA 1MQDA 2ONRA 5I84A 3FZVA 3CFZA 4HCYA 3VLWA 5H8FB 3OSRA 3IORA 3PPOA 1NNPA 4KHZE 2F8DA 3T9HB 3DRFA 3ILTB 2E1SA 2G29A 4NF5A 5DTBA 1I6AA 3IL1B 5FHOA 1MH3A 1Y1ZA 4DXUA 3ECRA 4BLAA 4QF9A 4NF5B 2XX7A 2IA4A 2I0CA 3VDFA 5AA2D 4H8JA 4RPNA 3K1MA 1B6HA 3C9HA 4BDNA 2F7CA 3KN8A 3ILUB 4QFOA 2XD2A 2D5WA 4ELRA 1YTVA 1QULA 4O3AA 3FVGA 3IB2A 1A54A 4I9DA 3O9PA 4I62A 1ZKBA 5H8HA 2HEUA 3O6HA 1PB8A 4ESXA 3RN8A 3CG3A 4PQJA 3P7IA 3SEUA 5AA3A 2FNCA 3ODBA 2B4MA 4HS7A 3VVFA 4YB5A 3H6WA 4U21A 2R6GE 3TKDA 3G3JA 1A40A 1LSTA 2ZNSA 5TPAA 2RC9A 5I57B 3QAXA 4ZEIA 4PP0A 3OO7A 5I58A 4DLDA 3QIMA 3TODA 4ZECA 2D3IA 4BDOA 1HSJA 4OWDA 5I58B 5DYHA 3KN7A 4C1UA 4XKRA 3CI8A 3IK6B 3OEKA 4EQ9A 4PFYA 1B4HA 4ELPA 3IB0A 4G68A 3OMBA 1O64A 3Q26A 4NF4A 1I6QA 1B1XA 2OLBA 4ZE8A 1TXFA 1N3XA 4LP2B 3TTRA 4OESA 2WKYA 2F78A 3C35A 3IR1A 3MP8A 1B51A 1OQHA 4X9TA 1MY2A 1Y3QA 2F35A 1SW2A 1MY1A 2DE2A 3HHFA 1VFEA 4PFWA 2THIA 3G3KA 2Q9TA 1MDP1 3MPLA 3GXAA 3MUQA 3IOVA 1PDAA 2X7QA 2XXRA 4KFQA 1B3EA 1MXVA 4RXLA 1JEVA 4IO2A 5I59B 4MLQA 4U22A 1JETA 4LVQA 2UVJA 1B0HA 3HV1A 1POTA 4QFLA 1MDQA 1NNTA 3D4GA 5DVIA 1II5A 3E13X 1QVSA 2QSXA 3FATA 1OMPA 3IOWA 1P1NA 3JZJA 4GXSB 3K0VA 1FTKA 3LVUA 1B40A 2I49A 1ZTYA 4YU0A 3OSQA 3TPAA 1ELJA 3GBBA 1ZBMA 5CI5A 3R6UA 3SEYA 3CHGA 1B2HA 4F1YA 3UP9A 1OVTA 2ESNA 4ZDMA 1VFDA 1LAHE 2ZYMA 4R75A 2PVUA 4DXCA 3HN0A 2PMSA 2AL5A 4LA9A 3LUYA 1CE2A 3O29A 4NF6A 1OLAA 2QL3A 5HBCA 3C32A 4NF8B 5ITPA 4H8IA 2F36A 2F97A 4NTLA 3RUMA 1MH4A 4YICA 3MZ1A 2HCAA 3K6VA 5AA2A 4OFOA 2HAUA 2QS3A 2Y7KA 3FXQA 3DLNA 3BBRA 3QYTA 3FIRA 1OVBA 2XXYA 1DMBA 1YPNA 5AA2B 1PB9A 2B3BA 1SQYA 3C4MA 3HO7A 1GGGA 4QFPA 2B65A 3FXUA 1GVCA 1P1UA 4FJPA 3PMXA 4P11A 5K2XA 1IUDA 3UK4A 3H6VA 3GLBA 3T96B 4JDFA 3THIA 3BKIB 3SEWA 1JVXA 5ISUA 3G3IA 5I56B 1MXXA 3RQTA 1UIUA 1PBPA 4TQUQ 4H65A 3UIFA 5TU0A 1R1NA 1QUJA 1Z7NE 2UVIA 3HPIA 1M5FA 3Q25A 4LZ5A 3M3LA 4ZEKA 4QFKA 2ZYKA 5H8QB 4R6KA 3R26A 2Q89A 1B05A 4IO3A 2HAVA 3CR9A 2DVZA 4FIMA 1FQBA 4RPOA 3RTFB 2ZYNA 2ZMBA 3V8XB 1B3HA 3TELA 2CMOA 2Y84A 2R9JA 4GXAA 5KCJA 3RY3A 3FTOA 1B0LA 1YAEA 1S9TA 1P99A 2X7PA 4YAHX 1H43A 4P0IA 2OZZA 3A3CA 2WOKA 2XXIA 3UORA 5AA4B 4F22A 4OVJA 3K4UA 1ZIUA 5KCJB 3AXFA 4NWCA 4G77A 1MQHA 2F6PA 3W9VA 4XXUA 4Q0CA 2Z8EA 1B5IA 4KQPA 3K00A 3B6QA 2Y7RA 5L9OA 4G8MA 2REGA 4KYEA 3R7XA 1IZ1A 4AQ4A 4Q8RA 2QPQA 2H99A 4GIZA 4YKPA 4TOZA 2O1LA 4F29A 1B3FA 1N84A 4FE8A 1B3GA 3G3GA 1M5DA 1MPBA 3U94A 4ELOA 1LLSA 1QW0A 2I6EA 3KOSA 4LZ8A 2B3FA 1JVYA 3CFXA 3S9LC 3TAJA 3U1OA 1DPPA 2XD3A 1UTHA 2FYIA 5KDTA 3FJGA 3V83A 1TWYA 1MXZA 4L17A 3PUZE 2I4BA 2OK2A 3PUXE 5L9MA 1NNKA 1MXYA 3T66A 4R9FA 4WKMA 3RYAA 1UTHB 1Y4CA 1MPDA 3MVYA 4IGTA 1B7UA 5DEXA 4FATA 3H4ZA 2G93A 2DYXA 3DP4A 3MPKA 1SW1A 3HHGA 3PMVA 3RGYA 2A5SA 3QK6A 4LUBA 4ND9A 1P1WA 1MXWA 1MQGA 1LCTA 3TDJA 3JV9A 1Y20A 3FASA 4R6HA 5H8SA 2QS2A 3BFUA 3VVEA 3H3GA 5JK4A 4F3SA 3Q27A 2OWTA 3T22A 2O51A 2PT1A 3Q29A 3M8UA 3PMWA 5TP9A 4YZZA 4RJZA 1O7TA 5ICTA 1H45A 4LATA 1QUIA 1FQCA 4QRZA 1B52A 1JW1A 2QRYA 3IB1A 3EHSA 4THIA 2X26A 3PD8A 1XOCA 3H6TA 2V3QA 1FQEA 3SEXA 2UXAA 1H3DA 3OENA 4OFJA 1SI0A 2Q2CA 4R2BA 2KLFA 1B7ZA 3G7WA 1R9QA 2NUVA 5IAIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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