1UQWA

Crystal structure of ylib protein from escherichia coi
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
AAKDVVVAVGSNFTTLDPYDANDTLSQAVAKSFYQGLFGLDKEMKLKNVLAESYTVSDDGITYTVKLREGIKFQDGTDFNAAAVKANLDRASDPANHLKRHNLYKNIAKTEAIDPTTVKITLKQPFSAFINILAHPATAMISPAALEKYGKEIGFYPVGTGPYELDTWNQTDFVKVKKFAGYWQPGLPKLDSITWRPVADNNTRAAMLQTGEAQFAFPIPYEQATLLEKNKNIELMASPSIMQRYISMNVTQKPFDNPKVREALNYAINRPALVKVAFAGYATPATGVVPPSIAYAQSYKPWPYDPVKARELLKEAGYPNGFSTTLWSSHNHSTAQKVLQFTQQQLAQVGIKAQVTAMDAGQRAAEVEGKGQKESGVRMFYTGWSASTGEADWALSPLFASQNWPPTLFNTAFYSNKQVDDFLAQALKTNDPAEKTRLYKAAQDIIWQESPWIPLVVEKLVSAHSKNLTGFWIMPDTGFSFEDADLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Zn binding protein
molecule keywords PUTATIVE BINDING PROTEIN YLIB
publication title Crystal Structure of Ylib Protein from E.Coli
rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 120
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1uqwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1uqwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1uqwA02
3E9XA 4YB5A 1MXWA 4EQBA 4RPNA 1ZLQA 1IITA 1B6HA 3TQWA 3U8QA 1JVYA 3IOVA 3PGFA 1WODA 3RT6B 4IO6A 4DDDA 5M2VA 1Z7ME 5FHNA 1LB9A 4ZZAA 3Q29A 1MY0A 3DM0A 1US4A 4EXLA 5H8HA 3RLFE 1J1NA 5TPAA 2X26A 3OEKA 4Q30B 3WAEA 3M3LA 3OELA 4E0WA 1MH3A 1JEUA 1FTOA 2DWHA 2NXOA 1CE2A 5I59B 1BIYA 2G93A 4YMAA 4OTEA 3DRJA 1B32A 4U2RA 1GVCA 4QSEA 1VFDA 4EF2A 1CB6A 4G68C 3DP8A 5FTIA 1O7TA 2VD3A 3C35A 5HM4B 3QAXA 5I2KA 4U23A 2UVGA 4H5GA 1D4NA 3DRGA 3FZVA 2PYYA 1LSTA 2H5YA 3K00A 3MZBA 3O66A 3T96B 4LQ5A 1BLFA 1L5TA 1SD3A 3RUMA 2Q88A 2DXRA 3G3FA 3IL1B 3RYAA 3RT8A 1ZKBA 4ZE8A 1LAGE 4N6PA 3TTKA 4KQPA 4F31B 2RKMA 3EF7A 2QL3A 4H65A 2PMSA 3K1MA 2D3IA 3FXQA 4PFUA 2DE2A 3HCQA 1MXVA 4MBPA 4Z0IA 4R73A 3MJNA 1US5A 3CI8A 3KEIA 4YB6A 5JTYB 3PPQA 2I0CA 1UIVA 1LBCA 4KR5A 3E13X 3LUYA 1FCKA 1QKAA 4NF4A 3VLWA 4RYAA 3N5LA 4GIZA 1B4HA 4RXLA 1NFTA 1B7HA 3RPWA 3DLNA 4JDFA 1N7XA 5CM6A 5CMMA 1T0KA 2CZLA 3K6VA 4HCYA 3T9UA 2Y84A 1FTKA 1IXIA 1JEVA 1YTVA 3FATA 4R72A 1MG1A 1B52A 3KN7A 1AOVA 1FW0A 3PV0E 3MPKA 2RC7A 3K6UA 1MXUA 3TCHA 3MBPA 1TWYA 4JSDA 4G8NA 3IK6B 4NE4A 1NKXA 1MS7A 2F35A 3G3JA 2OWTA 4KD5A 4FATA 1QUIA 2QPQA 2NVUB 3RTWB 3TZAA 3LBSA 3F11A 4FE8A 4EF1A 1EH3A 3OXNA 3PUYE 1ZU0A 3FUZA 2OCUA 4OEUA 3TTLA 5JK4A 4LQ2A 4IY6A 1PB9A 3VVEA 5I56A 1N0TA 3O2AA 3I6VA 3MP6A 4NWDA 4GVOA 2O7IA 4GRKA 3ZKKA 2PT2A 2DWJA 2X7QA 2XXXA 1DSNA 1LCFA 1SYHA 4IO5A 4YMBA 2OK2A 2UYFA 2XXQA 4YKIA 4TLMB 1B7ZA 4ZEIA 3EHSA 3T93B 1I6BA 1JW4A 2O6AA 3D4GA 4OFJA 3TQLA 3PD8A 1MQDA 3MVYA 2RCAA 1N3WA 2V3QA 5AA4A 1N04A 3CR9A 1EZOA 3KG2A 3QUFA 4DXUA 4ESXA 1Y4CA 2XXRA 3QIMA 4ZEBA 2Y7RA 4IO3A 4M4GA 4X9TA 5H8SA 2REGA 4U21A 3CG1A 1SYIA 4NEDA 3LR1A 3U92A 2R71A 2OLBA 3C33A 4F2QA 4XKNA 5H8NB 5AA1A 3K2DA 5L9OA 3DRIA 1Z7NE 5DVIA 4POWA 4H6DA 2XX8A 3P7IA 4OXVA 2VD2A 1USYH 4RY1A 2XXIA 3PMXA 5AA2D 3V89B 3B6QA 3MW0A 2QS1A 4BLAA 3KSJA 3B7DA 5KDTA 3RN8A 3G3IA 1RYOA 5H8QB 2DVCA 3OEMA 4ELOA 1UTHA 1FTLA 3C4MA 2ZNUA 4QSDA 4C1TA 5DT6A 3DRKA 1M5DA 4DE8A 4GLIA 1Y3QA 4ND9A 3FD3A 5HPQA 1A55A 2E1SA 2XHDA 3ZKLA 3PUVE 3O6HA 2UVHA 5IAIA 3OO9A 3U72A 4LVQA 3R7XA 3M8UA 2ONSA 3D4CA 1H3DA 3THIA 2Q2CA 3SKPA 2H4IA 2GH9A 2RC8A 3PMVA 4RNSA 3MQ9A 2D21A 3C31A 4EDPA 2AIXA 1EZPA 1GV8A 3IORA 4LP2B 2E0SA 3FV2A 2DWIA 3K0VA 1B0HA 2NUVA 5DEXA 3SESA 4IY5A 3FVGA 4R74A 3KZGA 2R9JA 2Z8FA 3FJ7A 4LATA 4PFYA 4G4PA 3LSXA 1XOCA 2G29A 1UTBB 4FECA 3C9HA 5KCJB 3HSTA 1MY1A 1FQCA 4HTGA 2B3BA 2GHBA 4H1XA 3RNNA 4NF6A 3ECRA 3CFXA 3M3FA 3O28A 5ITOA 2B3FA 1MPBA 2VP1A 3LSLA 4F2OA 1AMFA 2PVUA 1ZIUA 4TOZA 5AA3A 3CG3A 3IAZA 3H6WA 3FV1A 3RTFB 2H99A 4YKJA 1P1QA 1TXFA 1OIBA 1B46A 4G2ZA 5H8FB 5B70A 3O6IA 3T9XB 4H8JA 3S9MC 4XTCQ 3CFLA 4PQJA 1LBBA 4OFLA 1WDNA 4FAJA 3ILTB 1LB8A 1M5FA 2QS2A 3Q28A 4NWCA 4I62A 4F1VA 3FIRA 2B4LA 4OESA 3TDJA 2WOPA 3LC8A 4BDRA 1A8EA 3SDFA 2O69A 1H43A 3ZSFA 2LAOA 2Y7IA 1MH4A 2IA4A 1N84A 1ELJA 2F7CA 5F1QA 2HAUA 3LSFB 2ZXTA 3OD7A 3UN6A 4FIMA 1H45A 3QXMA 5EYFA 3VXCA 2O68A 2I4CA 3T66A 2H98A 3VVDA 4NMYA 2HXWA 4H67A 2HEUA 2R6GE 2XXYA 3HHFA 5BUUA 1N7WA 1WVJA 3T9HB 4LUBA 1QJMA 5H8HB 3IX1A 3TEPA 1IIWA 3IOTA 1HSLA 1MQJA 4F3SA 4PE5B 1SW2A 4E0XA 4DIGA 2RF1A 4BDLA 3TELA 1LLSA 3U1OA 3KOTA 1MM6A 4FJPA 3MUQA 3IJOB 1FQFA 2DSFA 1SW4A 4GFRA 1PBPA 2V3TA 5CRYA 3W9VA 3BBRA 5CBRA 2Y7WA 2I58A 4JWOA 2HAVA 1EZ9A 4RA1A 3R26A 4U22A 3QSLA 4U4SA 1SQYA 2UYEA 4Q5TA 1BKAA 4Q8RA 3TCFA 4F3GA 1OLAA 1PB7A 1QKBA 5AA2A 4BDQA 3GLBA 4GQOA 1N76A 1P1WA 3QUJA 1OLCA 3E3KA 1NMUA 3TCGA 1QW0A 3RY3A 2HQ0A 4H5FA 3CRBA 4RJZA 2NOOA 3KJ7A 4GF8A 1B05A 2OZZA 2D5WA 3HPIA 2PX1A 3SEXA 4NF4B 3VV5A 4JWXA 3OMBA 4ZEFA 4JXIA 3B6WA 2I6EA 1MPDA 5JTYA 1M5BA 4I8CA 3PD9A 4IO7A 1MY4A 3N94A 3EHUA 3FXRA 3TTRA 2Y7KA 2DOJA 4GXSB 2A5TA 3TAJA 3PAMA 1TFAA 1LGBC 1QULA 4DXCA 3JZJA 1R6ZA 2FNCA 1HSJA 1IXHA 5CBSA 1XVXA 1VR5A 4FORA 4NF5A 3IJXB 3MC2A 1DPEA 4OFOA 5I58A 3SEWA 5FTHA 3RYBA 4RK9A 2XX9A 2V93A 3K02A 4ZS9A 4F22A 1XT8A 4QFPA 2RINA 2ZYKA 4QFLA 4EXKA 1M5EA 1PDAA 3QYTA 3TFLA 2UVJA 4IGRA 2F78A 1B3LA 1SW1A 3UIFA 4F3PA 4G68A 4XKPA 5I56B 3MP8A 2RC9A 3CHGA 1VFEA 3M3KA 3E4RA 3TKDA 3IO6A 2I0BA 1NL5A 3K1PA 2DVZA 3K01A 2V25A 3TTNA 4MLVA 4N13A 5B7DA 1MXYA 2Q9TA 2OWSA 1R9LA 1B2HA 4OZ9A 3DP4A 4GOTA 2O84X 4OENA 4YICA 3H6VA 4N07A 2Q89A 5AA4B 1B5IA 3OO8A 3PUZE 1TT1A 4KYSA 1I6QA 2ZYNA 4MH5A 5FHOA 4RK2A 4DCYA 2I48A 3FVOA 2YLNA 3R6UA 3SERA 2GFEA 1II5A 1Q1KA 2X7PA 1R9QA 4HW8A 3B6TA 3PUWE 3HV1A 5K2YA 3KFMA 1UQWA 3TUSA 3VFJA 3FTOA 1RKMA 4F1YA 5FHMA 1JW1A 3VE1B 1I69A 5L8DA 2AL5A 5A5XA 3TTMA 3A09A 2XXTA 4ZZEA 2F6GA 3CSGA 4PFTA 3KN8A 4ZECA 1MM7A 1A54A 4WEDA 2XD2A 4GD5A 3BFUA 3MWBA 3H06B 3CVGA 5KDTB 3IO4A 4F18A 3LVUA 1B7UA 1UTHB 3SEYA 2DYXA 3UGWA 4ISUA 1LAFE 3VVFA 1GGGA 1Y4TA 2A5SA 4TLLB 1LFIA 3Q25A 1B3FA 3H6UA 4GL8A 5L9SA 2F7AA 4FEDA 1OVBA 3MZ9A 4OEVA 1PBQA 4IO2A 3MAMA 4MLQA 4F3BA 2I49A 3S9NC 4R2FA 4ZEKA 4WEPA 5EHSA 3TMGA 3WAFA 2XX7A 3N6TA 1R1NA 4QFNA 1NNKA 2THIA 5CMBA 2GRVA 4EQ9A 1B58A 2B65A 3RGYA 3FVNA 2XXWA 5TP9A 1Y3NA 5DEXB 1MXXA 2DS9A 2DWAA 3U94A 1BP5A 2I3WA 3S9EA 4BDOA 4R6HA 4P11A 1AIVA 3O29A 2Q8JA 1ANFA 1RYXA 2YPNA 1SW5A 5I2NA 4ECFA 1XC1A 1S7YA 3G3HA 3SEUA 4HS7A 3BFTA 3C34A 2M8CA 1FQAA 2F97A 4OMBA 4G8MA 3VXBA 3C32A 4AQ4A 4ZDMA 3A3UA 4P0IA 1P1UA 4IGTA 2XXVA 1UTBA 4O3CA 4R9GA 4DLDA 5I57A 2ZYOA 5CMKA 1GR2A 3UK4A 2CMOA 2F6PA 2AL4A 5DTBA 3USDA 3W9WA 4R6KA 2ZNSA 3DRHA 2ZYMA 3IOUA 2O1MA 1Y1MA 3PPOA 4LZ8A 2I4BA 3C36A 4KI0E 3U93A 2F7BA 1A7LA 1MQHA 2Q2AA 3O97A 2RCBA 3KGCA 2QS4A 4R9FA 1B1HA 4NTLA 3H4ZA 3DRFA 2F5XA 4LONB 1B9JA 1B3HA 2HZLA 3CIJA 4ESWA 1YAEA 4NF8B 1MY2A 5DVJA 1M5CA 4R6YA 3HO7A 4X1DA 3TYHA 4LZ7A 1MDQA 5DYHA 4M1VA 3GBAA 3N6UA 1IXCA 2QMWA 5I84A 1SI1A 4JSOA 3OO7A 1UIUA 1S50A 3FJGA 2O1LA 3JV9A 5F7VA 1B40A 3KN3A 2HCAA 5BWJA 2QSXA 3H3GA 3K1NA 1LAXA 4OERA 4OQOA 3OOAA 5TPAB 3V5AA 2XXUA 4G77A 1H44A 2REJA 4QHQA 3V8XB 4U4XA 4KFQA 1FTJA 3LSWA 3VLVA 4BDMA 2PBWA 1XHYA 1Y3PA 4WXJA 4FEBA 5I2KB 4YKPA 1Y9UA 3TPAA 4DXBA 4QFKA 4YKKA 2I3VA 4I9DA 4PETA 1MRPA 5I59A 1LFHA 3G7WA 4PFWA 2P0SA 1URSA 4JBZA 2F8DA 1OVTA 1D9YA 5AA2B 3IB2A 3FGSA 1DPPA 4RPOA 3ZS6A 1MQGA 4IO4A 3O6PA 4KHZE 4POXA 3QK6A 3SEVA 1LCTA 3RQTA 3O6GA 1FQEA 1HSEA 4ZE9A 1FQDA 5ELVA 2B4MA 2Z22A 1A40A 1AH5A 1BTJA 1MDP1 1QUJA 2ONKE 3H6TA 2ZMBA 1AL3A 4ELQA 3O9PA 2QJEA 4G8HA 2Z8EA 3ILUB 2VHAA 3PPPA 2ALUA 2O7UA 2UVIA 4F1UA 3Q26A 4UACA 2XXPA 3PMWA 5CC2A 1ZMGA 3ODBA 5AE4A 2QS3A 3FJMA 4AB6A 3IB1A 2A5TB 2Y7PA 1P1OA 2ESNA 2WOLA 1DTZA 2ABHA 1ATGA 2H25A 5TU0A 4BDNA 2OJTA 1Y1ZA 3JYRA 5LOMA 4P0GA 4MFIA 4NF5B 3I5OA 3ONMA 1NNFA 1B5HA 2VOZA 5I58B 2F36A 5ICTA 3G3GA 2XXHA 3MPLA 1JNFA 4LZ5A 2BJJX 4O3BA 3HHGA 1DTGA 2QMXA 3H03A 3V83A 4QSCA 4ONYA 1SVXB 3PPNA 4G68B 3G3KA 1IEJA 1SBPA 1MPCA 1O63A 5ISUA 2YJPA 3H7MA 1O64A 1EU8A 4Q0CA 1JETA 4X1BA 5CMCA 1POY1 1MY3A 3GZGA 3I3VA 1Y20A 2HFBA 3IR1A 1IUDA 1A8FA 3SETA 4YB7A 4YU0A 1KWHA 3OO6A 2WKYA 2H9BA 2P2AA 1YCJA 5ITPA 1YPNA 1JVXA 1XS5A 4KCCA 4I1DA 4XXUA 4TQUQ 4ELRA 4KPTA 4WKMA 1PEBA 5J1DA 4YZZA 2V84A 1SDXA 5DVFA 3UA8A 1URDA 1JW5A 3T9VA 3AXFA 1D3KA 4OYVA 3L6HA 5A5XB 4L17A 3HN0A 3MVXA 2V3UA 5L9MA 1TFDA 2F34A 4JWYA 1NNTA 4IB2A 2DP8A 1S9TA 1B4ZA 3GBBA 2DE3A 2PT1A 4ZEDA 4KCDA 1DMBA 3S2VA 5KZTA 3TODA 1MQIA 4H0WA 2AYSA 1I6AA 2Z8DA 1OMPA 1XVYA 1PB8A 5H8NA 4R2BA 1FQBA 3S4UA 3MP1A 1POTA 2XD3A 3L6GA 1B3GA 1OQHA 4XIGQ 1Q35A 2O51A 5HBCA 1URGA 4OVJA 4EUOA 1SI0A 2NWJA 4O3AA 3KOSA 1D9VA 3W15C 1ZBMA 5H8QA 2OBGA 1MXZA 1IZ1A 1P99A 2FYIA 4QRZA 1IQ7A 4GXAA 4Z7EA 2GHAA 2FA7A 1NH8A 2DXYA 4QFOA 4UA8A 4C1UA 1B51A 3PUXE 2QRYA 1FTMA 4OHNA 5TP9B 1F9BA 1ZJLA 1VE4A 1OQGA 4ELPA 5CI5A 3T22A 4H8IA 3VDFA 1B5JA 4EQ7A 4X48A 3BKIB 3N26A 4YAHX 5I2NB 3PPRA 3FASA 4F19A 1ZTYA 5K2XA 3UORA 3KBRA 2WOKA 3GXAA 1N3XA 4JB7A 4F29A 3UP9A 5EHMA 4NF6B 4R75A 1QUKA 3EQ1A 2UXAA 2DQVA 4F39A 3FVKA 1QVSA 1B1XA 3KSXA 5I57B 3S9LC 4THIA 4OWDA 1NH7A 1USYE 5KCJA 4K3FA 2ANJA 4MF3A 3MVZA 1A99A 2VGQA 2W7YA 3VLUA 4QF9A 2IEEA 3K6WA 3MVWA 1LAHE 2HZKA 3IB0A 4XKRA 3OSQA 3K4UA 1PC3A 3DP6A 4HCWA 3DELB 3IOWA 3A3CA 3EPEA 2ONRA 3KJTA 4OETA 2ZNTA 1IXGA 4GWOA 3Q27A 4LA9A 3MZ1A 4AB5A 3EHTA 5H8FA 2P1SA 1LFGA 4PP0A 3K6XA 4GL0A 4C0RA 2Z23A 3FXUA 5ICQA 4U1OA 1VSOA 5IKBA 4DZ1A 3CFZA 3OENA 3CSBA 1B0LA 1JQFA 5JEIA 3PU5A 1GTKA 1NNPA 1B3EA 1H76A 4U1ZA 3EN3A 1DOTA 4KYEA 4KYDA 3OSRA 4DCXA 2KLFA 4XKQA 2DE4A 1P1NA 4NF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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