1UQWA

Crystal structure of ylib protein from escherichia coi
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
AAKDVVVAVGSNFTTLDPYDANDTLSQAVAKSFYQGLFGLDKEMKLKNVLAESYTVSDDGITYTVKLREGIKFQDGTDFNAAAVKANLDRASDPANHLKRHNLYKNIAKTEAIDPTTVKITLKQPFSAFINILAHPATAMISPAALEKYGKEIGFYPVGTGPYELDTWNQTDFVKVKKFAGYWQPGLPKLDSITWRPVADNNTRAAMLQTGEAQFAFPIPYEQATLLEKNKNIELMASPSIMQRYISMNVTQKPFDNPKVREALNYAINRPALVKVAFAGYATPATGVVPPSIAYAQSYKPWPYDPVKARELLKEAGYPNGFSTTLWSSHNHSTAQKVLQFTQQQLAQVGIKAQVTAMDAGQRAAEVEGKGQKESGVRMFYTGWSASTGEADWALSPLFASQNWPPTLFNTAFYSNKQVDDFLAQALKTNDPAEKTRLYKAAQDIIWQESPWIPLVVEKLVSAHSKNLTGFWIMPDTGFSFEDADLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Zn binding protein
molecule keywords PUTATIVE BINDING PROTEIN YLIB
publication title Crystal Structure of Ylib Protein from E.Coli
rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 120
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1uqwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1uqwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1uqwA02
3T9UA 1FQDA 3DM0A 3T22A 1IUDA 2O84X 3KOSA 4DZ1A 2Y84A 4PFTA 3MC2A 3QXMA 3PD8A 2XD3A 1B3HA 1ANFA 2DE4A 2R9JA 4ZECA 1URDA 1S50A 3OO8A 1BIYA 1BKAA 4H0WA 2HEUA 4YZZA 2V3QA 5K2XA 1OIBA 3FVKA 4PFYA 3CSGA 2UVGA 3O6HA 2F7CA 1MPBA 2AL5A 3MP6A 4F18A 1RYXA 4HCYA 2O1LA 5DTBA 4AB6A 1Y3QA 3OMBA 3PPOA 4RYAA 3KOTA 3R7XA 1B3LA 3PAMA 4G68A 1PBPA 4F2QA 4F2OA 5H8NA 3O6IA 2RC8A 3UORA 1NKXA 4ZZAA 1B0LA 5CMCA 3N5LA 1Y3NA 4TLLB 2DQVA 3MW0A 5H8SA 1ATGA 3E13X 2F6GA 5KDTB 3QUJA 1RYOA 2HXWA 5H8HB 3U1OA 1AL3A 1OQGA 4LZ5A 1MH4A 4NF6B 4WEPA 3UN6A 1Q1KA 1P1UA 3U8QA 4YB7A 1WVJA 4H5FA 1MQJA 1M5EA 3MAMA 4GOTA 1N3WA 2ALUA 3KN3A 1MXXA 4NTLA 1URSA 4P11A 4OEVA 4H6DA 2GRVA 2F7BA 2DWIA 4NWDA 2V93A 3IOUA 2Y7IA 5ICTA 3LSFB 1R1NA 3DLNA 2XXTA 2F97A 2THIA 3FVGA 4F29A 4GF8A 4YMAA 1SW4A 4YICA 2ONKE 1DTZA 4ESXA 4RNSA 4OFOA 2E1SA 4GVOA 1MRPA 3OO6A 1AIVA 4DCYA 2H98A 4HW8A 3FJ7A 2B4MA 2DWJA 4EXLA 4YB5A 2ZYNA 1VFEA 3CRBA 3O2AA 1FTOA 4NF8B 1UQWA 2XXVA 3MZ1A 1FCKA 3FV1A 4F3PA 4I9DA 2Q2CA 2DE2A 4TQUQ 3RT6B 4I62A 1LCTA 2GH9A 4OVJA 1DPEA 5B7DA 1B5JA 4R75A 1USYH 3SESA 1DMBA 4IGTA 4F1UA 4G77A 2XD2A 1OLCA 5DVFA 4AB5A 4N13A 3TCFA 2P0SA 3LSXA 4JBZA 4AQ4A 1FQFA 1B7ZA 3RYBA 1QULA 1IIWA 3UIFA 1NL5A 3QIMA 1USYE 1DSNA 4FEDA 3HHFA 4OWDA 2ZMBA 1B05A 3ECRA 1XT8A 1NMUA 1RKMA 3JV9A 1ZIUA 4RA1A 4U4XA 3E9XA 5H8FA 1UTBB 5HBCA 1VFDA 4YAHX 5LOMA 3ZKLA 2O7IA 4YKKA 4GXSB 1MM7A 4U1OA 3TTRA 3TDJA 3C33A 2OWTA 2QMXA 5AA2A 2QRYA 5ISUA 1B1HA 2H9BA 4TLMB 1NNFA 5KCJA 1JETA 3VE1B 1LAFE 3IB0A 4JDFA 2ZNUA 4C1UA 3SEXA 1CB6A 1YTVA 2HZKA 3S2VA 3B6TA 3SEVA 1GGGA 1MQGA 3IOTA 3OELA 3OXNA 2DS9A 1JW5A 2B65A 4F39A 4BDRA 1NH8A 1MXUA 4RPNA 4JWOA 3ZS6A 3IL1B 5JEIA 4KYEA 4QRZA 2A5TB 1EZPA 2FNCA 1B9JA 1QUIA 4OQOA 4I1DA 5KZTA 3K4UA 1B4ZA 1Y20A 4KCCA 4U4SA 4ZEDA 3T9XB 3MP1A 3EHSA 3G3FA 1UTHA 3B7DA 3O29A 2XXIA 3DELB 1MQHA 1B40A 1P99A 2ZNSA 1GTKA 2H5YA 1NFTA 3KGCA 1VE4A 2D21A 5K2YA 4MLVA 2B4LA 5I2NA 1A99A 4DIGA 3KN7A 3TCGA 3IR1A 5IAIA 3S9LC 2NWJA 4H8JA 2LAOA 4YB6A 3IJXB 4U21A 4FORA 4PE5B 2PYYA 3K0VA 4ZS9A 2RKMA 3C4MA 4N07A 5TP9B 2I4BA 3CI8A 5DYHA 3TTMA 1DTGA 2Z8EA 4FAJA 2D5WA 3FATA 4F1VA 4GFRA 1B52A 2V3UA 3TELA 4YU0A 1N0TA 4ELQA 3LSLA 4I8CA 1B7UA 4IGRA 2VD2A 1B0HA 3Q26A 4F3BA 3MJNA 3W9VA 3VFJA 4JSOA 2UVJA 4DCXA 1SW1A 2XXXA 4QFPA 1I6QA 3K6VA 3B6QA 2R6GE 1Y9UA 4ELRA 3ILTB 1N76A 3DP4A 3C32A 3A09A 1DOTA 3V5AA 3DRFA 2REJA 3MVWA 2UXAA 3HN0A 1XVYA 3TTKA 3CFLA 5DVIA 3G3HA 3H4ZA 4QSDA 4ZZEA 5L9OA 3MPLA 4QSCA 2DYXA 3RUMA 4KFQA 3KBRA 3S9NC 3FXQA 3L6HA 2F78A 4G8HA 3KJTA 4QSEA 3ONMA 5I58B 4RK9A 1SW5A 4R73A 3H7MA 5I56B 3KSJA 5H8QB 1R6ZA 2GFEA 3RTWB 4WXJA 1MH3A 1POY1 1B51A 2F5XA 1GR2A 1B5IA 2VD3A 4OERA 4OXVA 3N26A 4BDOA 3I3VA 5CMBA 3OEKA 5EHMA 2H4IA 5TPAA 3O6GA 3M3LA 1EU8A 1HSLA 3O9PA 4MH5A 1FQBA 3TAJA 3UP9A 3RT8A 1MXYA 1PDAA 1AOVA 2I3VA 3H6VA 4RK2A 4ZDMA 2O7UA 3C36A 1LFHA 1B4HA 2F8DA 4KYDA 4IB2A 4ISUA 5JTYB 2HQ0A 3IB1A 4OENA 2QS1A 5CI5A 4Q0CA 3U94A 1VSOA 4NE4A 1UIVA 1MDQA 1GV8A 4G68B 2O51A 2X7PA 2DE3A 4XKQA 1D9YA 4H8IA 2HAVA 1ZMGA 4G8MA 3MZ9A 1QJMA 3I5OA 1IXGA 3GBBA 2V84A 2V25A 4YKPA 1URGA 4DLDA 5DEXA 3T9VA 3TMGA 4OETA 2RINA 4OHNA 4JSDA 1XC1A 3IOWA 1TFAA 4ONYA 1B1XA 1IZ1A 4WEDA 3PMXA 3RYAA 4PP0A 4IY5A 2FA7A 2XHDA 4OFLA 1N3XA 3KEIA 1NNKA 2B3FA 1Z7NE 3FZVA 4ZEKA 1TFDA 3RGYA 2XXRA 4H1XA 4XKPA 4GL8A 2DXYA 5ITOA 3E3KA 3RY3A 2B3BA 1A8FA 2WOLA 2Y7KA 3H6UA 3RN8A 1EH3A 1BP5A 2FYIA 3EQ1A 2I3WA 3H06B 3FD3A 4LA9A 4H67A 3QUFA 1H45A 1H76A 3D4CA 2ZYMA 2ONSA 3O28A 2KLFA 5AA1A 3Q25A 3MVXA 2XXWA 3K6XA 3TFLA 3D4GA 4ZEBA 2Z8FA 2REGA 1LFGA 5JK4A 2QJEA 4GLIA 2NUVA 3PGFA 1BTJA 4G8NA 4R2FA 2Y7WA 3Q29A 3TYHA 1TT1A 4KCDA 4U23A 5F7VA 2RC7A 3O66A 1P1QA 4UA8A 4ZEFA 5HPQA 2YJPA 4OTEA 3ZSFA 5CBRA 3TKDA 1AH5A 2V3TA 2XXQA 3TEPA 4C0RA 1NNPA 1A8EA 3VDFA 4DDDA 2RC9A 3MZBA 3PPQA 5A5XA 4IO5A 3RNNA 1LLSA 3U92A 1MQIA 4XTCQ 4M1VA 3AXFA 2I58A 2XXPA 3IORA 3H3GA 3THIA 2I0CA 1FTJA 4FE8A 1J1NA 3V89B 2HAUA 2YPNA 1JVXA 1WDNA 3MVYA 1JQFA 1Z7ME 1PBQA 3GLBA 3FXRA 3FASA 2DVZA 1JNFA 5DVJA 3E4RA 3IOVA 3U93A 1A40A 5I57A 5I84A 3USDA 2CMOA 3VVEA 3TQWA 4Q8RA 2O6AA 5AA2B 4OZ9A 4U22A 3CFXA 4K3FA 1IXHA 4L17A 2OJTA 3OEMA 3EHUA 1SI0A 4C1TA 1JW4A 1ZKBA 3IX1A 1QUKA 4OEUA 2F35A 3U72A 1MG1A 4FATA 3RPWA 5FHOA 4H5GA 2QS2A 3SETA 1LAXA 3G3JA 1LCFA 4MBPA 1FW0A 4HTGA 3K2DA 4DE8A 1SYIA 1LBCA 2PT2A 2YLNA 3IB2A 3PUXE 3OENA 3O6PA 2ZYOA 4BLAA 2X26A 1ZBMA 2F6PA 4MFIA 4Z0IA 1XS5A 1IQ7A 4O3CA 2Q2AA 3KN8A 5AA4A 3BFTA 4EXKA 1OQHA 2UVHA 1UTHB 4NF4B 2Y7RA 3OO9A 3MBPA 3PV0E 3JZJA 5FTHA 3H6WA 5L8DA 2AYSA 3G3GA 1S9TA 3OO7A 1QUJA 1MY2A 3CVGA 3V83A 1SDXA 3QYTA 1PC3A 5I2NB 3IAZA 4JWYA 3RQTA 3A3UA 3VVDA 1VR5A 4XKRA 1N04A 1JW1A 4XXUA 2Q9TA 1L5TA 4KQPA 2QS4A 4NEDA 1IITA 3H03A 3MPKA 1B3GA 5J1DA 3OOAA 4DXBA 3G3KA 2XXUA 1FTMA 4R9GA 1P1WA 3MWBA 1NNTA 3T66A 1I6BA 3TTNA 4ESWA 3TCHA 3IJOB 4KHZE 4Q30B 2PVUA 4MLQA 3PUWE 3FVNA 3BBRA 2HFBA 5I59B 2OWSA 5CMKA 1DPPA 4NF5A 4PQJA 4R2BA 1XOCA 3K00A 3VV5A 3PUYE 3I6VA 1P1NA 2OLBA 1ZJLA 3DRHA 2E0SA 4DXCA 4OYVA 2UVIA 2F36A 1D4NA 4LZ8A 3T93B 2I4CA 5FHMA 3CG3A 2F7AA 1SW2A 3R6UA 4UACA 1SD3A 2WOPA 1PB7A 4LONB 3PD9A 4RPOA 1QKAA 5ITPA 2OK2A 3DRKA 3LVUA 4MF3A 4ZE9A 2H25A 4DXUA 4HS7A 3FUZA 4F1YA 1MXZA 4EQ9A 2VP1A 2RCAA 1N84A 2ANJA 3PU5A 3ODBA 2PX1A 3HV1A 2DXRA 4NWCA 2VHAA 4FECA 3O97A 1ZTYA 4F31B 5I2KA 3SEUA 3LC8A 2ZXTA 1T0KA 3C31A 5I58A 3G7WA 5ELVA 4R9FA 2Z8DA 1A54A 1MDP1 3S9MC 1P1OA 1O7TA 3FJMA 4WKMA 3T96B 4P0IA 3QAXA 3F11A 4LQ5A 3WAEA 3MVZA 4IO2A 4ELPA 4U1ZA 4X1DA 1H43A 1Y1ZA 1FQCA 4KPTA 5AA2D 2DP8A 3EF7A 2ZNTA 3V8XB 3HO7A 1TWYA 1GVCA 2F34A 5B70A 1FQEA 2ONRA 1OVBA 5H8NB 3A3CA 4F3GA 4LZ7A 3OSQA 3CG1A 5DEXB 2XXHA 2PBWA 2AIXA 2I0BA 4QF9A 5AA3A 4Z7EA 5JTYA 4QHQA 1MY4A 3R26A 3UGWA 2AL4A 4GL0A 4PETA 2G93A 4N6PA 1PB9A 5CRYA 3JYRA 3PMWA 2Z22A 4RXLA 2BJJX 1II5A 3FXUA 3HSTA 2GHAA 2DWAA 1XHYA 4FEBA 1LBBA 4QFOA 3BKIB 4JB7A 1O64A 1MXVA 3OD7A 1A55A 3PPNA 3LUYA 3QK6A 2IEEA 4EQ7A 1Y4TA 4LATA 1NH7A 5EHSA 5DT6A 1MY0A 4G2ZA 3FV2A 1PEBA 2QPQA 3FJGA 4ELOA 1LB8A 3K1PA 5KDTA 1SI1A 3PMVA 3FGSA 4ND9A 4QFNA 1US4A 3Q27A 4IO4A 2A5SA 5H8HA 2NVUB 1R9LA 1LAHE 1JEUA 3BFUA 4NF6A 3MP8A 1JEVA 2Z23A 2ZYKA 1MQDA 4BDNA 1EZ9A 2I6EA 3B6WA 4JWXA 3TUSA 2VGQA 1B32A 5TU0A 1N7WA 3RTFB 3W15C 1Q35A 1M5FA 4EQBA 3M8UA 1IXIA 1B3EA 4R74A 3P7IA 3K02A 1EZOA 3PPRA 4GQOA 3VVFA 3S9EA 3DP8A 3IK6B 3RLFE 3CFZA 3EPEA 4BDMA 1IXCA 2R71A 4IO7A 1MXWA 4M4GA 4P0GA 5A5XB 4GXAA 3K1NA 4KD5A 1H44A 2RF1A 3H6TA 5FHNA 2O68A 4G68C 1B2HA 3GXAA 3FVOA 4GD5A 2O69A 4R6KA 3G3IA 1B58A 4GRKA 4NF8A 3FTOA 4EUOA 4KI0E 1I69A 1FTKA 3VLWA 3VXCA 3PUZE 3VXBA 1UIUA 4FIMA 2OBGA 4GIZA 2PMSA 1OMPA 5H8FB 5IKBA 2XX9A 5I57B 3UK4A 2M8CA 1US5A 1MPDA 1PB8A 3K6WA 3SEWA 2I48A 3HPIA 2H99A 4H65A 4R6HA 4TOZA 5CC2A 3LSWA 3M3FA 3DP6A 2UYEA 3WAFA 5KCJB 3N94A 1YCJA 3HCQA 2HCAA 1XVXA 1LAGE 3TPAA 4EDPA 4BDQA 2NXOA 4O3BA 2P1SA 5CM6A 4QFKA 4GWOA 2X7QA 5CBSA 4PFUA 4R6YA 1UTBA 4XIGQ 3PPPA 4LVQA 3DRJA 1ELJA 3IO4A 3UA8A 4F22A 1HSJA 3LR1A 3K6UA 5AA4B 3DRIA 5AE4A 3S4UA 1D9VA 1M5BA 3T9HB 2Y7PA 2QMWA 1ZU0A 4LUBA 4JXIA 3K01A 4OMBA 3SDFA 2ESNA 4X1BA 4G4PA 4ZE8A 2DWHA 3GZGA 4NMYA 2OCUA 4THIA 5BUUA 1QVSA 2QSXA 3FIRA 1HSEA 2Q88A 3MQ9A 1AMFA 1Y3PA 4IY6A 1B5HA 2PT1A 1Y4CA 4ECFA 2HZLA 1B6HA 3KFMA 3M3KA 2QS3A 2DSFA 2A5TA 3TODA 1MS7A 4ZEIA 4OESA 2W7YA 2D3IA 1FTLA 4NF4A 2WOKA 2ABHA 3VLVA 2OZZA 1H3DA 1R9QA 1M5DA 2GHBA 1WODA 1FQAA 3OSRA 3Q28A 1LSTA 2Q89A 5EYFA 3KG2A 1B46A 3QSLA 1SBPA 3N6TA 1KWHA 1BLFA 4BDLA 5M2VA 3TQLA 3CHGA 3GBAA 4XKNA 5FTIA 3TTLA 4OFJA 3CIJA 3TZAA 3N6UA 4KR5A 1SQYA 4FJPA 4IO6A 1LGBC 4NF5B 1YAEA 3C34A 1QW0A 4POXA 5HM4B 3C9HA 4HCWA 1JVYA 1S7YA 1A7LA 2XXYA 4PFWA 5TP9A 3KJ7A 5ICQA 1OVTA 1POTA 3IO6A 4QFLA 2O1MA 5BWJA 1OLAA 3W9WA 3MUQA 1M5CA 2P2AA 4YKIA 3PUVE 3K1MA 4IO3A 2Q8JA 5CMMA 4EF2A 4O3AA 4F19A 2G29A 1D3KA 1O63A 4F3SA 3CR9A 1ZLQA 4LP2B 4U2RA 1MM6A 5F1QA 3CSBA 4X9TA 4RJZA 5I59A 4RY1A 3SERA 1TXFA 4YMBA 4E0WA 2XX7A 1B7HA 4EF1A 2I49A 1B3FA 5I2KB 2XX8A 2DOJA 1MY3A 3SKPA 4KYSA 4R72A 4LQ2A 3KSXA 4E0XA 1YPNA 3C35A 1Y1MA 1N7XA 2RCBA 1MY1A 5L9MA 2CZLA 2UYFA 1MPCA 5L9SA 1QKBA 3LBSA 4X48A 1IEJA 3ILUB 5TPAB 3HHGA 3EHTA 3ZKKA 2NOOA 3VLUA 1I6AA 4Q5TA 2DVCA 1SYHA 5I56A 3DRGA 3KZGA 1SVXB 2IA4A 5H8QA 2VOZA 4YKJA 1CE2A 3L6GA 4POWA 3EN3A 2WKYA 1LFIA 1F9BA 3SEYA 1LB9A 2QL3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T9UA 1FQDA 3DM0A 3T22A 1IUDA 2O84X 3KOSA 4DZ1A 2P3NA 2Y84A 4MNIA 4PFTA 3MC2A 3QXMA 3PD8A 2XD3A 3BIHA 1B3HA 1ANFA 2DE4A 2R9JA 4ZECA 1URDA 1S50A 2XA5A 3OO8A 1BIYA 1BKAA 4H0WA 4PAKA 1EYIA 2HEUA 4YZZA 4PC9A 2V3QA 5K2XA 1OIBA 3FVKA 4PFYA 3CSGA 2UVGA 3O6HA 2F7CA 1MPBA 4P56A 2AL5A 3MP6A 4XF5A 1NUZA 4F18A 1Q9DA 1RYXA 4HCYA 2O1LA 5DTBA 4AB6A 1Y3QA 3OMBA 1KA1A 3PPOA 4RYAA 3KOTA 3R7XA 1B3LA 2JJKA 3PAMA 4G68A 1PBPA 5IZ3A 4PF8A 4F2QA 1LEVA 4F2OA 5H8NA 3O6IA 2RC8A 3UORA 1NKXA 4ZZAA 1B0LA 5CMCA 3N5LA 1Y3NA 4TLLB 3ROJA 2DQVA 3MW0A 5H8SA 1ATGA 3E13X 2F6GA 5EYHA 3QUJA 5KDTB 1RYOA 1FPBA 2HXWA 5H8HB 3U1OA 1AL3A 1OQGA 4LZ5A 2CZHA 1MH4A 4NF6B 4WEPA 3UN6A 1Q1KA 1P1UA 3U8QA 4YB7A 1WVJA 4H5FA 1MQJA 1M5EA 3MAMA 4GOTA 1N3WA 2ALUA 4PDHA 3KN3A 1MXXA 4NTLA 1URSA 4P11A 4OEVA 4G61A 4H6DA 2GRVA 2F7BA 2DWIA 4NWDA 2V93A 3T0JA 3IOUA 2Y7IA 5ICTA 4JVCA 3LSFB 1R1NA 3DLNA 2XXTA 2F97A 1FRPA 2THIA 3FVGA 4F29A 4GF8A 4YMAA 1SW4A 4YICA 2ONKE 1DTZA 4ESXA 4RNSA 4OFOA 2E1SA 4GVOA 1MRPA 3OO6A 1AIVA 2XWVA 4DCYA 2H98A 4HW8A 3FJ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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