4RJZA

Crystal structure of atu4361 sugar transporter from agrobacterium fabrum c58, target efi-510558, an open conformation
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
VTLTLWSLDRDIQPAPNLIKEFNALNNGIKIEYRQLQFDDVVSESMRAYSTGNAPDIIAIDNPNHAMFASRGAFLDVTDMIAKSDVIKTENYFPGPLKSVTWDGKYFGVPKATNTIALYYNKDLFKAAGLDAAKPPQTWDELVDAARKLTNPAKNVYGISFSAKANEEGTFQFLPWAQMAGATYKNINTDGAVKALETWKTLLDEKLASPDTLTRSQWDSTATFNAGNAAMAISGPWEIDRMLKDAKFDWGVTLLPVPTPDAPRSSAMGDYNWAIFSKTKHPAEAFKAIEFFASKDKDMFKNFGQLPARSDIPVPPTGNALKDEALKTFVEQLKYAQPRGPSPEWPKISKAIQDAIQGALSGQMTPKAALDQAAEKIKLVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Maltoside Transporter ATU4361 from Agrobacterium Fabrum, Target EFI-510558
rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Sugar)
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium fabrum
total genus 126
structure length 382
sequence length 382
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rjzA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rjzA02
3VVEA 2F6PA 1B58A 1PB8A 2RC9A 1QUKA 2XXXA 5AA2B 3A3CA 2UYEA 1JETA 2DXYA 3KN8A 2DS9A 4P0GA 4KD5A 3CFZA 4HS7A 3FXRA 4GXSB 4UA8A 3SEXA 3OEKA 3C32A 4NF6A 3VLWA 2DVZA 4GRKA 1LBBA 1MPDA 3K1MA 3DP6A 1I6BA 1HSEA 4U4XA 1QVSA 1B3FA 3H4ZA 1B9JA 2ESNA 1OVBA 3C36A 1N7XA 2RINA 4JSDA 4U1OA 4K3FA 5DEXB 1B4HA 1NMUA 1SW5A 2O51A 3PMXA 1QUJA 4GVOA 3HPIA 2KLFA 1TWYA 4F1YA 1MM7A 1B46A 2Y7KA 4U22A 3RGYA 3UP9A 2P0SA 2B3FA 5I57A 4F31B 1II5A 3C33A 3E13X 2VD2A 3HV1A 1M5FA 4H65A 1B05A 1N0TA 2E1SA 2ZXTA 3T9VA 5ICQA 3FVNA 4QFPA 3D4GA 4ECFA 4OVJA 3R7XA 1I6QA 3FV1A 3DP4A 2QJEA 4GL8A 2O7IA 1FQFA 2REGA 2ZNUA 4KYEA 4MLVA 3PUYE 3MZ1A 3OO9A 4OMBA 4P0IA 4RJZA 4PP0A 2H25A 1XS5A 2F5XA 2F7CA 2P2AA 4ZZEA 3N6TA 1NNTA 1CE2A 3RT8A 3KN3A 1LAFE 2AL4A 1IITA 2DQVA 4QFLA 4PFTA 3TQWA 2M8CA 1VFEA 4XIGQ 1ZU0A 2HFBA 3RUMA 4LQ2A 4QFNA 2GHAA 4H0WA 1DPEA 5CBSA 2PT1A 1LB8A 3V8XB 1B3EA 3TZAA 1H3DA 1OQGA 2VHAA 3N94A 2VD3A 4JDFA 2PYYA 2XXPA 4JWOA 1OQHA 2DE4A 3KOTA 4RPNA 1DSNA 1MPCA 1UQWA 4NTLA 2Z8EA 4LQ5A 4YKPA 5AE4A 3S9LC 1N76A 1OLAA 3FIRA 4H6DA 1JVYA 4ZEKA 4GF8A 3MWBA 4PFUA 5AA4B 5DVFA 4LZ8A 3KBRA 4F39A 1USYH 1SI1A 2RC7A 2D21A 1USYE 3SEYA 2I49A 3ZKKA 4G68A 3IOWA 1IEJA 4GOTA 3L6HA 5ICTA 1R6ZA 2Y84A 5CI5A 3TTNA 2QL3A 3M3FA 5DYHA 3LSLA 3FD3A 5FHMA 2Z8FA 4DLDA 4TQUQ 1UTBB 1BIYA 3TPAA 3S9EA 3DLNA 4DCXA 1UIVA 1IZ1A 2W7YA 4OZ9A 2THIA 3D4CA 4EQ9A 3VXBA 2HEUA 4NF8B 3VLVA 3C34A 1TXFA 4HCYA 1A55A 1BP5A 1IXHA 1MM6A 2F35A 4IO2A 2OBGA 2XXTA 4UACA 1AL3A 2V25A 5H8HA 3CR9A 2V3UA 1B1XA 3MPKA 3MC2A 4DXUA 1P1OA 1MXVA 2XD2A 4O3BA 2B65A 3GLBA 3T9XB 3TTKA 2R6GE 2ZYNA 1B6HA 3HHFA 3OO8A 1LBCA 3Q27A 4OENA 3C35A 3A09A 2D3IA 4ZS9A 2YPNA 3LBSA 4U2RA 1A54A 1EZOA 3WAFA 4GXAA 1MRPA 2V93A 1AOVA 2DP8A 3EHUA 4U21A 4X9TA 4ELOA 3TTRA 3H03A 2PBWA 3U94A 1ZBMA 1IXGA 3FJGA 4Q5TA 1NKXA 3FJ7A 2QMXA 4E0XA 2O1MA 2XX7A 1XOCA 3T22A 3RTFB 3LUYA 1SYIA 4FIMA 1MY4A 4JSOA 4JB7A 5TU0A 3K6XA 3OELA 3PU5A 3V83A 2OCUA 5KZTA 5H8NB 1B3GA 4EXLA 3PV0E 2VOZA 2D5WA 1XT8A 5CRYA 3RTWB 4OETA 4AQ4A 3H6TA 2LAOA 3EPEA 4O3CA 3SERA 3FVOA 2XXVA 2QRYA 3OSRA 4YB5A 1IXCA 3T9UA 1NNPA 1YAEA 1OVTA 2RCBA 3BFTA 3K4UA 3G3IA 4ZEDA 4AB6A 3V89B 4YU0A 5AA1A 3JZJA 1A99A 1D9VA 2QPQA 3KSXA 4R72A 3FVGA 4IY6A 4OQOA 3G3JA 4YKKA 1J1NA 3OOAA 2DVCA 3K2DA 3OD7A 5H8FB 4U23A 4G8MA 4WEDA 5ISUA 2ONKE 5KDTB 3PPPA 3IOTA 4OWDA 1XHYA 4U1ZA 3B7DA 3R6UA 3TCHA 4IO5A 1A8EA 5CMMA 1UTHB 5I58B 1FCKA 4XXUA 3HO7A 1GV8A 5J1DA 1XVYA 4DE8A 3MVXA 2X26A 1B3HA 1VE4A 2QS3A 3K1NA 4BDLA 2Q8JA 3GBBA 3G3FA 1HSJA 1SVXB 1WDNA 3PPOA 4FORA 3EF7A 3ODBA 4HW8A 1BKAA 1FQEA 3MP6A 2RF1A 1OIBA 1IQ7A 3U1OA 4DXBA 3S4UA 1JNFA 4OXVA 2ZYOA 1LLSA 5I84A 4G68C 3CSGA 5L9OA 3IJXB 4R73A 2G93A 2ZMBA 4ESWA 3ILTB 2HCAA 3TDJA 4KYDA 3H6VA 3BBRA 4PETA 1N04A 1H45A 4ZEBA 2H5YA 4GQOA 5DTBA 2PX1A 3TTMA 4IGRA 3QK6A 4G4PA 3EHSA 4PFWA 3PUVE 3UGWA 1M5CA 3C31A 1Y20A 1MY3A 1JQFA 3TMGA 1A7LA 4YB6A 1SYHA 1B1HA 1TFDA 1LFGA 4QF9A 4H5GA 1M5DA 5HPQA 4F19A 3M8UA 4R9GA 1FTLA 2IA4A 2DOJA 5BUUA 2I6EA 1SQYA 3MAMA 3CRBA 5I2KB 1PBPA 3UA8A 3LR1A 1MXXA 1A8FA 1SW4A 1QKBA 2H4IA 2PMSA 3LSWA 5TPAB 2PVUA 5ITPA 2AYSA 5ELVA 3IR1A 3N26A 3FATA 5FHOA 3PMVA 4PQJA 3QXMA 1R9LA 5DVIA 1Y9UA 1SBPA 3I3VA 4MH5A 4M1VA 5A5XB 2QMWA 4EUOA 2RCAA 4I62A 3KJ7A 5BWJA 1R1NA 3QAXA 1F9BA 4ZEFA 3K00A 4YKIA 2XD3A 3UORA 3K6UA 3W9VA 3T9HB 3Q28A 4H8JA 5DVJA 5IAIA 1WVJA 2R71A 3E3KA 2QS4A 4MLQA 3ZKLA 5I2NB 3BFUA 4XKQA 4QSEA 1LCTA 4KFQA 1EH3A 2GH9A 2XXQA 1DOTA 3MW0A 2UXAA 4X1DA 5AA2A 1NL5A 4OTEA 3BKIB 1P1NA 4GFRA 1ZIUA 1Y1MA 3EN3A 1NFTA 1P1UA 3K6VA 3LC8A 3RNNA 2NUVA 3HHGA 4NWDA 1D9YA 2XXYA 3TELA 1S7YA 4YMBA 4FATA 4N13A 3K0VA 3RT6B 1ZMGA 2UVJA 4IO4A 1MY1A 1VFDA 3W9WA 4ELQA 2HZKA 5DEXA 3SESA 4RA1A 1Z7NE 5KCJB 4POXA 2Q2CA 2Y7IA 2F7AA 3FXQA 1MQHA 2OK2A 1PB7A 4OYVA 4QFKA 4YMAA 3TODA 2ZNSA 4F22A 4KR5A 4EXKA 1US4A 4RPOA 2F7BA 1B5HA 3KSJA 3VV5A 3LSXA 1SW1A 3FGSA 1O64A 4LUBA 3JV9A 4G2ZA 2XHDA 1URSA 1DPPA 2O68A 3IB0A 3HCQA 4HTGA 1LGBC 2H9BA 1ANFA 1NNFA 3OXNA 3IL1B 4O3AA 1LCFA 2ABHA 4NF4B 3CIJA 3OSQA 3ILUB 5CM6A 5K2YA 2V3TA 1VR5A 4ISUA 3H3GA 1LAXA 5I59B 3JYRA 3N5LA 5B70A 4TOZA 4YZZA 2XXRA 3ZS6A 1O63A 4OFJA 2DWHA 4M4GA 4OFOA 2F34A 1B2HA 4ND9A 2R9JA 4MBPA 3UK4A 4R75A 2I4BA 3I6VA 1JW1A 1B5JA 1MQGA 1FW0A 4TLMB 3O6IA 1JW5A 4H1XA 3PD9A 5CMBA 1RKMA 4POWA 2XX9A 1I6AA 5AA4A 4ZEIA 5H8SA 4BDMA 2FA7A 3TEPA 3W15C 4ZE9A 3O28A 4JWXA 2A5TB 4Z0IA 3KFMA 1Q1KA 3OENA 1MDP1 1MY2A 1MXZA 3VE1B 4RK2A 1N3XA 1YCJA 4BLAA 4KPTA 5B7DA 3MQ9A 4ZECA 4NF4A 1UTBA 3TKDA 3L6GA 4OERA 4BDQA 4NWCA 3PPQA 4ESXA 4NF8A 1MS7A 1FQAA 3M3KA 2O6AA 3IO4A 5F1QA 4RY1A 5FHNA 4IO6A 2Q89A 3FV2A 1PEBA 3T96B 2OLBA 5TP9B 4F1UA 1AMFA 3S9NC 3O97A 1ATGA 1Y4TA 2F78A 2Q2AA 3U8QA 5JK4A 1JEUA 3KZGA 3LSFB 3QIMA 3RN8A 2CZLA 3G7WA 3T66A 1MQIA 2XXHA 2E0SA 2DYXA 2V84A 3M3LA 2DE3A 4ONYA 1I69A 1QUIA 2I58A 4R6YA 1GTKA 3MP1A 5JTYB 2F97A 3G3HA 2UVHA 2F6GA 4X1BA 3KN7A 2UVIA 3Q25A 1AH5A 3E4RA 1XVXA 4ZDMA 3P7IA 4G8NA 1LAGE 1D3KA 3K6WA 2IEEA 3VDFA 1H43A 1ZKBA 1GVCA 4JBZA 3A3UA 4H67A 2QS1A 3Q26A 5LOMA 4H8IA 4YAHX 2OWTA 3TFLA 3IB2A 4G77A 5H8NA 1POY1 4X48A 2Q88A 5CBRA 3HN0A 1AIVA 3QUFA 2RKMA 4KHZE 5HM4B 1B0HA 1JW4A 1B52A 4GD5A 1MY0A 2YJPA 2ONSA 5AA3A 2Y7PA 2O69A 2Z8DA 2H99A 4F2QA 4NF5B 2UYFA 4LZ7A 5L8DA 3GZGA 4NF6B 2X7QA 3CG3A 5CC2A 4RXLA 1P99A 3MP8A 4EQBA 4LATA 1DTZA 5JTYA 3QSLA 1WODA 3DM0A 1ZTYA 3H6UA 4FAJA 5H8FA 3FUZA 1MPBA 1FQCA 4YICA 2FYIA 5KDTA 5FTIA 4BDOA 4NEDA 1DTGA 4OHNA 5EHSA 4XKPA 3G3KA 1UTHA 5I57B 2NVUB 2I4CA 3B6TA 5I58A 3PPRA 2PT2A 1IXIA 5I56B 1B0LA 1QULA 3OMBA 1B32A 1RYOA 1LSTA 1Y3PA 4MF3A 2ZNTA 2VP1A 2FNCA 2WKYA 4AB5A 3FXUA 1B7UA 4EDPA 4OEVA 2ALUA 3KOSA 3R26A 3MZ9A 1SI0A 1Z7ME 4XKRA 4QSDA 1S50A 4GLIA 1RYXA 4NF5A 4R9FA 4TLLB 3G3GA 2B3BA 3FZVA 3PUWE 5JEIA 4N07A 4MFIA 3U92A 1UIUA 1YPNA 3H7MA 2F8DA 4FEBA 1FQBA 3V5AA 2REJA 4GIZA 3FJMA 3IK6B 1S9TA 4IGTA 4Q8RA 4IO3A 3VVFA 2NOOA 5L9MA 4ELRA 5EHMA 4E0WA 3IX1A 3CSBA 1H76A 4R74A 4RK9A 3RQTA 3Q29A 1US5A 4WEPA 3KJTA 3H6WA 3GXAA 2OWSA 3IOVA 1GR2A 2QS2A 2NXOA 2O84X 4G8HA 4KYSA 5I56A 3S9MC 3MVYA 4PFYA 4G68B 4YKJA 5M2VA 3IB1A 4F3GA 1POTA 4I1DA 2Z23A 2ZYMA 3H06B 5I2KA 3PMWA 3SEUA 1OLCA 4LA9A 3O9PA 4ELPA 2QSXA 5TPAA 1H44A 1JEVA 2HAUA 1VSOA 3PUXE 3TYHA 3PPNA 1URDA 1IUDA 4Q0CA 4P11A 4NMYA 3U72A 5H8HB 4H5FA 1M5EA 3GBAA 2I3VA 3QUJA 4LONB 5A5XA 1O7TA 2I48A 2GRVA 2X7PA 1MH3A 1CB6A 1EZ9A 4Z7EA 1T0KA 1B4ZA 4WXJA 5L9SA 3SDFA 1TT1A 3QYTA 1ZLQA 2A5SA 1QJMA 1D4NA 4R2BA 1N84A 3OEMA 2Y7RA 5I2NA 2VGQA 4Q30B 1N3WA 2F36A 3MVWA 5EYFA 3HSTA 3IJOB 1Q35A 3KG2A 3ONMA 3EHTA 3B6WA 3KEIA 4EQ7A 3S2VA 4LVQA 1FTOA 4DXCA 4BDRA 1B5IA 3OO7A 4QSCA 2XXIA 1FQDA 4IY5A 1QKAA 1IIWA 3CFLA 4NE4A 3USDA 4R2FA 1ZJLA 4C1UA 1NNKA 3DP8A 4OEUA 2DSFA 3VFJA 3O2AA 1PDAA 3ECRA 4F3SA 4YB7A 3UN6A 1MG1A 4EF1A 1L5TA 1MDQA 2Y7WA 2BJJX 2G29A 3K02A 4KCDA 1MQDA 5KCJA 1P1WA 4KI0E 1SW2A 4KQPA 4RNSA 4F2OA 4DIGA 1P1QA 1BLFA 1URGA 4XKNA 3O29A 4F18A 2P1SA 2UVGA 4QHQA 1LFIA 1NH8A 5IKBA 4JWYA 1MXYA 3MVZA 4WKMA 3WAEA 3TUSA 1LFHA 1B3LA 2Q9TA 1R9QA 2DWAA 5H8QB 1FTKA 3SEWA 3KGCA 1MXUA 2ONRA 4THIA 1KWHA 2NWJA 3PGFA 5K2XA 1HSLA 1TFAA 1Y4CA 3T93B 4F3PA 1N7WA 4F3BA 1B40A 1XC1A 4GL0A 3O6GA 1M5BA 4I9DA 1QW0A 4QRZA 2GFEA 3CVGA 1EU8A 4OFLA 3RLFE 1GGGA 5I59A 4IO7A 2HQ0A 5HBCA 4IB2A 3SETA 1JVXA 1DMBA 2ZYKA 3B6QA 1Y3NA 3SKPA 5CMCA 3TTLA 3SEVA 4C0RA 4C1TA 2V3QA 2HXWA 1EZPA 3CFXA 2O1LA 3PD8A 2XXUA 3RY3A 3U93A 3IOUA 2I3WA 2AL5A 2OZZA 4LP2B 1PBQA 3MPLA 2GHBA 1OMPA 3MZBA 3IORA 4U4SA 4QFOA 2O7UA 4FECA 2DWIA 2DWJA 3C4MA 2Z22A 4ZE8A 4KCCA 1BTJA 4N6PA 1MQJA 3K1PA 3UIFA 3PUZE 5H8QA 2A5TA 3IAZA 3AXFA 1FTJA 2DE2A 4I8CA 3TCGA 3VVDA 5DT6A 3MJNA 3EQ1A 3O66A 4F1VA 5CMKA 2HAVA 2XX8A 1SD3A 3MBPA 4RYAA 3MUQA 1SDXA 1Y3QA 4XTCQ 3VXCA 3FVKA 3THIA 2ANJA 3TAJA 4FEDA 3I5OA 3N6UA 4R6KA 4DDDA 4HCWA 1YTVA 1MXWA 5TP9A 5FTHA 3ZSFA 2I0BA 4LZ5A 3CI8A 2RC8A 3F11A 2DXRA 4GWOA 2HZLA 2AIXA 5ITOA 3C9HA 4PE5B 4DCYA 1MH4A 3IO6A 3TQLA 4BDNA 3FASA 1B7ZA 3K01A 3CG1A 1LB9A 4F29A 4ZZAA 1Y1ZA 4FJPA 1NH7A 3TCFA 4FE8A 4R6HA 3OO6A 3RPWA 3DELB 2XXWA 2I0CA 1PC3A 3E9XA 1B51A 2CMOA 3VLUA 5F7VA 5AA2D 4JXIA 2YLNA 1B7HA 4L17A 4EF2A 1ELJA 3O6HA 1FTMA 1A40A 1LAHE 4DZ1A 2OJTA 2H98A 1PB9A 4OESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YZ0A 4HE1A 3VVEA 2F6PA 1B58A 1PB8A 1FJ6A 2RC9A 1QUKA 2XXXA 4O7IA 5AA2B 3A3CA 2UYEA 1JETA 2DXYA 2WYKA 3KN8A 2DS9A 4P0GA 4KD5A 3CFZA 4HS7A 3FXRA 4GXSB 4UA8A 3SEXA 3OEKA 3C32A 4NF6A 4GWUA 3VLWA 2DVZA 3B8BA 4GRKA 4N6KA 1LBBA 1FBCA 1MPDA 4HE2A 3K1MA 3DP6A 1I6BA 1HSEA 4U4XA 3FXBA 1IMAA 1QVSA 1B3FA 3H4ZA 1G0HA 1B9JA 2ESNA 4PBHA 2CZKA 1OVBA 3C36A 1N7XA 2RINA 4JSDA 4U1OA 4K3FA 5DEXB 1B4HA 1NMUA 1SW5A 2O51A 3PMXA 1QUJA 4GVOA 3HPIA 2KLFA 1TWYA 4F1YA 1MM7A 1B46A 2Y7KA 4U22A 3RGYA 3UP9A 5FBPA 2P0SA 2B3FA 5I57A 4KXPA 4QBAA 4F31B 1II5A 4PF6A 3C33A 3E13X 3BIGA 2VD2A 3HV1A 1M5FA 4H65A 1B05A 1N0TA 2E1SA 2ZXTA 3T9VA 5ICQA 3FVNA 4QFPA 3D4GA 4ECFA 4OVJA 3R7XA 1FTAA 1I6QA 3FV1A 3DP4A 2QJEA 4GL8A 2O7IA 1FQFA 4GBWA 2REGA 2ZNUA 4KYEA 4MLVA 3PUYE 3MZ1A 3OO9A 4OMBA 4P0IA 4RJZA 4PP0A 2H25A 1XS5A 2F5XA 2F7CA 4MMPA 2P2AA 4ZZEA 3N6TA 5I7IA 1NNTA 1CE2A 2MKZA 3RT8A 3KN3A 1LAFE 2AL4A 1IITA 2DQVA 4QFLA 4PFTA 3TQWA 2M8CA 2Y5LA 1VFEA 4XIGQ 1ZU0A 2HFBA 3RUMA 4LQ2A 4QFNA 2GHAA 4H0WA 4PGPA 4MCOA 1DPEA 5CBSA 2PT1A 1LB8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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