1B52A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with ktk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
515
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTAPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 188
structure length 515
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b52A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b52A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b52A02
4ZZEA 3RYAA 4M4GA 4NF8B 3SKPA 2ESNA 3CFXA 1SW2A 3BFUA 1OLCA 3EHTA 3IK6B 2E1SA 3JV9A 5ITPA 3M8UA 2OBGA 3K6VA 2GHAA 3THIA 1IITA 1S7YA 1VE4A 4NF4B 2F35A 5FHOA 1N76A 1Z7NE 3B6QA 3S9MC 3M3LA 3FJGA 3EHUA 3IO4A 4IY6A 1B52A 3K01A 5M2VA 3FVOA 4LQ5A 1SYIA 4POWA 1JQFA 4F19A 3FD3A 3PMWA 2QMXA 2CZLA 3M3FA 4IO7A 3TCFA 4KPTA 1FQAA 1TT1A 4LP2B 4TOZA 5F7VA 4C0RA 3O29A 5TP9B 1B7ZA 1VR5A 4G68A 4O3AA 5ITOA 3LVUA 4OVJA 3MUQA 2O69A 5I2NB 3TYHA 2RF1A 3RPWA 2QPQA 2ONSA 3O6GA 1RYOA 3EHSA 4EUOA 3H4ZA 2RC7A 3ZSFA 3IO6A 3O6PA 1UTHA 1B3LA 4IO3A 3PUVE 3DLNA 3PGFA 4L17A 3HCQA 4XKPA 2HQ0A 4QF9A 3N6UA 1QUKA 1QKBA 3UIFA 2PMSA 1XVXA 3O6IA 4TQUQ 4MLVA 4FECA 3S9LC 2XX7A 3S9EA 4FAJA 3CFLA 2QJEA 4YKPA 3T9HB 4OHNA 4EQBA 3G3GA 1B3HA 3Q28A 4GIZA 2NOOA 2O1LA 4EDPA 3MP8A 2RC9A 4RPOA 4YMAA 2R6GE 3CG1A 1D9YA 1FTMA 1MY0A 2W7YA 3C35A 2OWSA 5AA4B 5TU0A 1FQBA 3OXNA 3CVGA 5H8QB 5H8NB 1Y3QA 2OLBA 1I6AA 3OO7A 2ZXTA 4X48A 5CBRA 4OERA 4GD5A 4RK2A 2AL5A 5CMKA 3TMGA 1Y3PA 3LSLA 1POY1 3VLVA 4EQ7A 1Q1KA 3UP9A 3O2AA 5H8FB 2OZZA 3IB0A 3L6GA 2H9BA 4NF5B 4EF2A 1RYXA 1LFGA 3BKIB 2Y84A 1H3DA 4OQOA 4ESXA 1MQHA 3IR1A 2O7IA 4OZ9A 4X9TA 5ICQA 1B6HA 2UVIA 4N13A 1XS5A 1JNFA 3KOTA 1B9JA 4ELOA 3ILUB 2I49A 3D4CA 1UIUA 4IB2A 2O68A 1NKXA 3RYBA 3VXCA 1B05A 5CMMA 2V25A 2VGQA 3K6UA 4IY5A 1IXIA 5AA3A 4ESWA 3JZJA 4ZE8A 1OQHA 1MS7A 1NH8A 4GRKA 3MP6A 2O84X 4MLQA 1MG1A 2NWJA 2THIA 3K6XA 1MDP1 2DWHA 2HZLA 5CMCA 3DRIA 1EZOA 2ZYMA 4EF1A 2VHAA 1MXZA 1A8FA 1B5IA 1FQDA 3LSXA 3C36A 3G3FA 3OSQA 4NF4A 3G3KA 3K1PA 3LR1A 1WODA 3O66A 2DVZA 3OEMA 4IO6A 3MP1A 3OO9A 1YPNA 3IAZA 3TZAA 1SW1A 1DTGA 3H6VA 4LA9A 3SEUA 2XXIA 4ONYA 4IO5A 2Z8EA 1B3EA 3TEPA 3PD9A 3OOAA 4NEDA 2B3FA 1CB6A 1BP5A 3VLWA 1MQDA 4PFUA 4U1OA 1HSJA 5I57B 4R72A 3M3KA 4U4SA 5J1DA 4POXA 1FW0A 2Y7WA 2PBWA 5TP9A 1N3XA 2O6AA 3QUFA 3V5AA 5CM6A 3KN8A 2ZNUA 5L8DA 4R9FA 1NFTA 4ND9A 4R2FA 1LSTA 2PVUA 3Q27A 2Z8DA 3UGWA 2ZYNA 4YKJA 1B7UA 1Y1MA 1PDAA 2E0SA 1PBQA 4QFKA 4H67A 1SYHA 2UYEA 4KCCA 1F9BA 1OLAA 3UK4A 1OVTA 4F1YA 1LCFA 3TTLA 2PX1A 3E9XA 4G2ZA 4IGRA 1I6BA 4Q5TA 1H44A 4PFTA 3FZVA 2WOKA 3KSJA 4FATA 4HS7A 3G3IA 4F3PA 1OQGA 3GBAA 3MWBA 2I58A 4DLDA 4R6KA 4OENA 1XVYA 1Y4TA 4U1ZA 3OEKA 4OYVA 2I4CA 3IOUA 2DVCA 2Q2CA 2WOPA 4JWYA 2I4BA 5AA4A 1D3KA 1L5TA 4F3SA 5H8QA 3GZGA 4BDNA 1LBCA 2Q88A 4ELRA 4GLIA 5DVIA 5DYHA 4C1UA 3MPKA 3FV2A 4FEBA 3GBBA 4P0GA 1JW5A 3I6VA 1IXCA 2RKMA 2F7CA 3W15C 1H45A 1NMUA 1DPEA 1YCJA 2Q89A 4Z0IA 1MM7A 3FATA 1MM6A 5H8FA 4JWOA 1OIBA 4AQ4A 2Z8FA 5EYFA 5IKBA 1PB7A 4NF5A 1FTLA 3KGCA 1RKMA 1BLFA 1R6ZA 1P1UA 3T9XB 4BDMA 4F22A 2VOZA 4YAHX 2I3WA 3QAXA 4IO4A 1SW5A 2QS3A 1D9VA 4R9GA 1B0HA 3TCGA 2YPNA 4KYSA 3PMVA 5EHMA 1LB9A 3TPAA 2XXWA 3CIJA 1ATGA 2Y7PA 2I6EA 1JEVA 3K4UA 3UA8A 3U8QA 1Y3NA 2FA7A 2GFEA 3RY3A 2XD2A 3H7MA 4LUBA 4PE5B 1A7LA 4H0WA 2XHDA 3O9PA 4ZZAA 3VLUA 1XC1A 3P7IA 1US5A 5DTBA 4DDDA 1P1QA 4JBZA 1P1WA 2PYYA 2DYXA 3D4GA 2D21A 2DQVA 3SERA 1A55A 5KCJA 4I1DA 1JEUA 3SETA 3B7DA 3TFLA 2V3TA 1LB8A 4O3BA 4U23A 4JDFA 1B46A 3TTMA 1MRPA 1POTA 4ZECA 1MH3A 3FGSA 4EXKA 3TTNA 3LBSA 4MH5A 1QUJA 5CMBA 4KR5A 2X7PA 4OESA 2Z22A 3K00A 3CG3A 1MY2A 3RTWB 3PUXE 3MC2A 4IGTA 4QFNA 5I59B 3LSWA 2ZMBA 1DMBA 3R26A 4ISUA 5DT6A 2XXRA 3TTRA 4H8JA 2XXTA 1R1NA 5I57A 2B3BA 2HCAA 2GHBA 1CE2A 2H99A 2DOJA 3SEWA 1NL5A 2AIXA 4YKKA 4FORA 5CC2A 1SVXB 5JK4A 2I0BA 4DXBA 1DTZA 4MF3A 4OFJA 1BKAA 1SBPA 1MQGA 1R9LA 3MZBA 1B5HA 1UQWA 1Y9UA 2WOLA 2A5TB 4DZ1A 4G8NA 2DE3A 2OK2A 5I2KB 2DS9A 2Q9TA 2Y7IA 4KYDA 5K2XA 4KCDA 4DXUA 1MDQA 1YTVA 2XXHA 1WVJA 1LAGE 4I8CA 2F97A 2XXXA 3KSXA 3PUYE 1M5DA 3FASA 3U72A 4OXVA 3DP6A 3FVNA 4NTLA 5ISUA 3G7WA 4XKNA 3H6UA 4LATA 3DRFA 1LAFE 2V3UA 4O3CA 4N6PA 3A3CA 5FHMA 5CRYA 3ZKLA 1NNTA 2X26A 4Q8RA 5FTHA 2UYFA 3C32A 3WAFA 3ZS6A 4MBPA 2ZYKA 3KJ7A 2X7QA 1UTBB 3LC8A 3W9WA 2B4LA 2QL3A 5F1QA 3I3VA 2HFBA 4NWCA 2ANJA 4X1BA 5CBSA 3BBRA 3PPOA 1A99A 4YKIA 3SEXA 3LUYA 4YICA 3OSRA 3IX1A 5FTIA 4QHQA 3K1MA 1M5EA 4E0XA 4ZDMA 3MBPA 1B5JA 3K1NA 1LAHE 3L6HA 2QSXA 1Q35A 1LLSA 5A5XB 4OEUA 4WEDA 1GVCA 1MPCA 5K2YA 2F5XA 2Y7RA 2R9JA 1JW1A 1B1HA 1Z7ME 3KZGA 2G29A 3DELB 3ODBA 3K02A 2P2AA 2UXAA 1M5CA 5ELVA 3RGYA 3V8XB 2G93A 4QRZA 3O6HA 1DOTA 2ZYOA 4THIA 3TAJA 3O28A 2F7AA 5BUUA 5L9OA 4HCWA 3SESA 1A40A 4QFLA 1B58A 2ZNTA 3A3UA 2NUVA 2GRVA 1DPPA 2DXRA 1QUIA 1O7TA 3H06B 4H5FA 3K0VA 1ZLQA 5FHNA 1NNPA 3RNNA 4EQ9A 1LBBA 5KCJB 2ZNSA 1ELJA 4ZE9A 2FNCA 4F29A 3SDFA 1PB8A 1N0TA 3R6UA 5LOMA 2O1MA 4KI0E 2R71A 1I69A 3PUWE 3KOSA 1M5BA 5TPAA 1T0KA 3IORA 3CHGA 4R73A 2YJPA 3FXQA 4XKRA 3TUSA 4H1XA 1B32A 3MJNA 4QSCA 4WXJA 3G3HA 3IJOB 1EU8A 4ECFA 1KWHA 4MFIA 4XIGQ 3PPQA 4GVOA 5I84A 5DEXA 4JWXA 2GH9A 2HEUA 3EPEA 4UA8A 1N7XA 2DWAA 1BIYA 1QULA 4LZ8A 3C33A 1ZMGA 4RK9A 1Y4CA 2REJA 2P0SA 3DRJA 3IOTA 1FCKA 4GF8A 1M5FA 3C4MA 3U93A 5ICTA 2B65A 5I59A 4JB7A 3E13X 1IQ7A 1GTKA 3N26A 3PPPA 1BTJA 1JVYA 2V84A 3DM0A 1P1OA 4LZ7A 1MQJA 4AB5A 1MPBA 1GGGA 3QXMA 4NE4A 2BJJX 3Q29A 4F3BA 3H3GA 1EZPA 3MW0A 2DSFA 1AMFA 3FVGA 2A5TA 4N07A 3S4UA 3T66A 4Q0CA 3SEVA 5I2KA 3GXAA 5B70A 2XXVA 4YB5A 1XOCA 4OWDA 4H65A 2F36A 3PV0E 3A09A 1IEJA 3IB2A 3RLFE 4PETA 2UVJA 1JW4A 4FE8A 5AA1A 4XTCQ 1PEBA 2DXYA 1P99A 1JETA 3MPLA 3KJTA 4GOTA 4X1DA 4HTGA 4OFLA 4G8MA 2O51A 3T96B 3TODA 2REGA 1OMPA 2IEEA 5DVJA 2ABHA 3IJXB 3IOVA 4DXCA 3HV1A 3DP4A 4G77A 4F31B 3QIMA 2XXQA 3FVKA 1NNKA 2DP8A 4F2QA 4H5GA 4BLAA 1PBPA 4GWOA 1UTBA 1N04A 4GFRA 1SW4A 5HBCA 3BFTA 3TQWA 2F6PA 1WDNA 1HSEA 1B7HA 3HO7A 5CI5A 2HXWA 1N84A 1LAXA 2QRYA 1NH7A 3MAMA 2AYSA 2OCUA 2RCAA 4GL8A 2XX8A 3FJMA 2VD3A 2ONKE 2F8DA 3ONMA 2VP1A 3VFJA 5A5XA 3RN8A 3N5LA 4R6HA 4U21A 4RJZA 3TTKA 1LFIA 4ELQA 1FTJA 1QKAA 1B40A 3MVYA 2H4IA 1B4ZA 2QS2A 2XD3A 1ZIUA 2DE2A 4NF6B 4KQPA 5TPAB 4K3FA 1O63A 3TQLA 2PT2A 2XX9A 4BDRA 3FIRA 4YZZA 3FJ7A 2O7UA 4WKMA 3ECRA 1D4NA 1UIVA 2RC8A 4F39A 1B4HA 5DEXB 4LZ5A 3VVEA 1US4A 3MQ9A 3MZ1A 3HPIA 5KDTB 2FYIA 4U4XA 1LGBC 2RINA 5JTYB 3B6TA 3VVDA 5DVFA 2PT1A 1GR2A 3PPRA 1SI1A 4UACA 1DSNA 4LQ2A 1QW0A 3GLBA 3QSLA 3RT8A 1URSA 4M1VA 3MVZA 1NNFA 3MVXA 1MPDA 1II5A 4DCXA 2Z23A 3FV1A 3K2DA 1USYE 3OELA 3E3KA 1N7WA 4ZS9A 4ZEIA 4H6DA 2XXPA 3E4RA 1IXGA 4GL0A 1FQCA 4NMYA 5L9MA 3Q26A 3W9VA 2QMWA 4E0WA 1S9TA 2RCBA 3N6TA 1J1NA 2NVUB 3VE1B 5I58B 1PB9A 3FXRA 2WKYA 4DE8A 1B3FA 4HCYA 2D3IA 1IUDA 4RPNA 1ZKBA 3DP8A 4C1TA 1VSOA 3CI8A 2OJTA 2DE4A 4JXIA 3PD8A 3PAMA 1R9QA 5AE4A 1GV8A 1HSLA 1H43A 1AIVA 2A5SA 4P11A 2IA4A 3VV5A 3VXBA 4G68C 3U94A 3JYRA 1MXXA 1XHYA 2H25A 3AXFA 3KEIA 5I56B 1B51A 3B6WA 2H98A 3HHGA 3C31A 1ANFA 1MY1A 5HPQA 1URDA 3U92A 3RT6B 1ZTYA 4GQOA 5H8HB 3USDA 1I6QA 4GXAA 4KFQA 3H03A 1AH5A 1LCTA 5AA2B 2F6GA 2DWJA 3WAEA 3DRKA 1OVBA 3OO8A 1IIWA 4OEVA 4NWDA 4U2RA 3IL1B 3EQ1A 4H8IA 3KN3A 2NXOA 1MH4A 2M8CA 4TLLB 3KG2A 3KFMA 4HW8A 1USYH 4LONB 1FQFA 3H6WA 3OD7A 3IOWA 3R7XA 3S2VA 2I48A 3FUZA 2AL4A 3OMBA 4QSDA 1EZ9A 4FEDA 1LFHA 1SD3A 4RNSA 4BDOA 4R75A 3LSFB 4EXLA 2CMOA 2F34A 3CFZA 5HM4B 3HSTA 4XKQA 3K6WA 4QSEA 5KZTA 4KHZE 4F18A 1IXHA 3FTOA 4OTEA 1TFAA 4OETA 1PC3A 4LVQA 1VFEA 1MXVA 4R2BA 3UORA 1TXFA 1AOVA 2Q8JA 4FIMA 4ZEKA 4U22A 3TELA 1B1XA 1MXUA 3C9HA 4OMBA 3U1OA 1TWYA 3FXUA 4R6YA 4YB7A 1URGA 5AA2D 3TKDA 5IAIA 3T9UA 2LAOA 1MY4A 1EH3A 3UN6A 4NF8A 2HZKA 2V3QA 4RXLA 4F1VA 4ELPA 3VVFA 3EN3A 1B2HA 1Y20A 3DRGA 4NF6A 2UVGA 1MXWA 3MZ9A 1VFDA 3RUMA 1MQIA 3OO6A 1JVXA 1SDXA 4G68B 1SQYA 3TDJA 3CSGA 3CR9A 3I5OA 2ALUA 3C34A 4QFPA 3CSBA 4RA1A 1N3WA 4BDQA 1AL3A 3HN0A 3T22A 4F3GA 4RYAA 3OENA 3CRBA 4KD5A 3PPNA 1B3GA 1MY3A 1UTHB 4PFYA 4F1UA 5KDTA 3PMXA 3ZKKA 4QFOA 5JTYA 1ZJLA 3V83A 2OWTA 4Z7EA 3QUJA 4WEPA 5H8SA 4DCYA 2QS1A 4R74A 4ZEDA 4KYEA 1QJMA 1ZBMA 2H5YA 5I2NA 2DWIA 3KN7A 1B0LA 4DIGA 2F7BA 3O97A 3V89B 4G8HA 5JEIA 1FTKA 4P0IA 1FQEA 2UVHA 4FJPA 5EHSA 2Q2AA 1Y1ZA 4TLMB 4I9DA 1S50A 4G4PA 3QYTA 1XT8A 5I58A 2ONRA 3HHFA 1QVSA 4YU0A 2Y7KA 3VDFA 1SI0A 3QK6A 3TCHA 4PP0A 4BDLA 5L9SA 4ZEBA 4IO2A 2XXUA 3T93B 1TFDA 4JSDA 4I62A 2HAUA 3RTFB 4YMBA 4PFWA 3SEYA 3MVWA 2F78A 4Q30B 5I56A 5BWJA 3F11A 3IB1A 3N94A 5B7DA 1H76A 2YLNA 2VD2A 4XXUA 3DRHA 2V93A 1ZU0A 5H8HA 3S9NC 5H8NA 3PU5A 2P1SA 5AA2A 2B4MA 3EF7A 3G3JA 4OFOA 4F2OA 4AB6A 3ILTB 1YAEA 4GXSB 4PQJA 1P1NA 3Q25A 4JSOA 2I0CA 1A54A 4ZEFA 3T9VA 2XXYA 1IZ1A 3RQTA 4YB6A 2I3VA 1O64A 4RY1A 1MXYA 2QS4A 3PUZE 1A8EA 3KBRA 1FTOA 3H6TA 2KLFA 2D5WA 2HAVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZZEA 3RYAA 4M4GA 2WBDA 4NF8B 3SKPA 2ESNA 3CFXA 1SW2A 4PFIA 3BFUA 1OLCA 3EHTA 3IK6B 2E1SA 3JV9A 5ITPA 1Q9DA 3M8UA 2OBGA 3K6VA 1RDYA 2GHAA 3THIA 1IITA 1S7YA 1VE4A 4NF4B 2F35A 4PF8A 5FHOA 1N76A 1Z7NE 3B6QA 3S9MC 2PFYA 4MJOA 3M3LA 3FJGA 3EHUA 3IO4A 4IY6A 1B52A 3K01A 5M2VA 3FVOA 4LQ5A 4NN3A 1SYIA 4POWA 1NV3A 4N15A 1JQFA 4F19A 3FD3A 5I5PA 3PMWA 4O7IA 2QMXA 2CZLA 3M3FA 4IO7A 3TCFA 4PAIA 4KPTA 1FBGA 1FQAA 1TT1A 4LP2B 4MNIA 3KC0A 4TOZA 5F7VA 4C0RA 3O29A 5TP9B 1B7ZA 2FHYA 1VR5A 4G68A 4O3AA 5ITOA 3LVUA 4OVJA 3MUQA 2O69A 3T1BA 5I2NB 3TYHA 2RF1A 3RPWA 2QPQA 2ONSA 3O6GA 1RYOA 3EHSA 4NX1A 4EUOA 1KA0A 3H4ZA 5A5LA 2RC7A 4PF6A 3IO6A 5DW8A 3ZSFA 3O6PA 1UTHA 1B3LA 4IO3A 3PUVE 5IZ1A 4O94A 3DLNA 3PGFA 4L17A 3HCQA 4XKPA 2HQ0A 4QF9A 3N6UA 1QUKA 4H45A 3KBZA 1QKBA 4PAFA 3UIFA 2PMSA 1IMCA 1XVXA 3O6IA 2CZIA 4TQUQ 4MLVA 4FECA 3S9LC 2XX7A 3S9EA 4FAJA 3CFLA 2QJEA 4YKPA 3T9HB 4OHNA 4EQBA 3G3GA 1B3HA 3Q28A 4GIZA 4HE2A 2NOOA 2O1LA 4EDPA 3MP8A 2RC9A 4RPOA 4YMAA 2R6GE 3CG1A 1D9YA 1FTMA 1MY0A 2W7YA 3C35A 1NI9A 2OWSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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