3I6VA

Crystal structure of a periplasmic his/glu/gln/arg/opine family-binding protein from silicibacter pomeroyi in complex with lysine
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
TVRMGTEGAYPPYNFINDAGEVDGFERELGDELCKRAGLTCEWVKNDWDSIIPNLVSGNYDTIIAGMSITDERDEVIDFTQNYIPPTASSYVATSDGADLSGIVAAQTATIQAGYIAESGATLVEFATPEETIAAVRNGEADAVFADRDYLVPIVAESGGELMFVGDDVPLGGGVGMGLRESDGELRGKFDAAITSMKEDGTLNTMIKKWFGEDAAVY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a periplasmic His/Glu/Gln/Arg/opine family-binding protein from Silicibacter pomeroyi in complex with lysine
rcsb
source organism Silicibacter pomeroyi
molecule tags Transport protein
molecule keywords periplasmic His/Glu/Gln/Arg/opine family-binding protein
total genus 67
structure length 218
sequence length 218
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i6vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i6vA02
3D4CA 3QYTA 1EZOA 2QS2A 4XKNA 4LZ5A 3TUSA 2I49A 1OVBA 4JXIA 1NNPA 2ABHA 3BKIB 3IK6B 2QL3A 2X7PA 3IB2A 5TP9A 4Q8RA 1MS7A 2F7AA 1TFAA 5A5XA 3G3FA 1B7HA 4YICA 3RT8A 3VDFA 2A5TA 3R26A 3LSXA 1B1HA 5BWJA 2RC9A 3OMBA 4LQ5A 3MVWA 3TCHA 5JEIA 4OVJA 2GRVA 4R72A 4LATA 2Z23A 4KCCA 1NH8A 1M5EA 2CZLA 3LUYA 3OOAA 1I69A 2PT1A 1MH4A 3QXMA 4ZDMA 3TTRA 1DPEA 3JYRA 1YAEA 2W7YA 5DT6A 1B9JA 4C1UA 5CBSA 1ZBMA 3UP9A 2YLNA 2QPQA 4DCYA 4FATA 1RYOA 1D4NA 2HEUA 3B6WA 2XXHA 4H65A 4DXUA 1B4HA 3CRBA 4R6KA 2R9JA 2I3VA 3OELA 2V93A 1FW0A 4KYDA 4MLVA 2HAUA 2O84X 2F8DA 4X48A 2Y7RA 3HHFA 5DVJA 3SKPA 3VVEA 4JWOA 1LAGE 1JW4A 2X7QA 3IORA 3QK6A 1I6QA 4OZ9A 5H8QB 3HCQA 4XKPA 3T9XB 3FV1A 3TMGA 5KDTA 1FQBA 5AA4A 3BFTA 3A09A 3PPQA 4N6PA 3TKDA 2XXWA 3VVDA 4OETA 1JEVA 3K4UA 3R7XA 2O7IA 4WEPA 3AXFA 3IOTA 4PFWA 4XTCQ 3EF7A 3THIA 3UA8A 3FVOA 2IA4A 4G68C 4GIZA 2Z8EA 3T66A 4X9TA 4ELPA 4F2QA 4OQOA 4F3SA 2UVIA 3HV1A 4BDNA 5I59A 1Y3PA 3V8XB 1J1NA 2E1SA 1IZ1A 3RTWB 5H8NA 5CM6A 3ZS6A 3FV2A 4EQ9A 1FTOA 4IO4A 3CFXA 1DMBA 2RCAA 5DVIA 3TODA 4EF1A 1MDP1 5H8HA 3QSLA 4X1DA 1ZKBA 4RYAA 1OLCA 3FIRA 4QRZA 5AA2D 2ANJA 2F36A 1BKAA 1YCJA 1JVXA 3PMVA 3RGYA 3S2VA 1LLSA 1B3HA 1FTJA 2I58A 2Y7IA 4RK2A 5ICTA 3S9NC 4IGTA 3RN8A 1ZIUA 4IGRA 3PUZE 1FTMA 5DVFA 3U93A 2AIXA 5ICQA 5KZTA 1NH7A 3K0VA 1PB7A 1GTKA 4O3BA 4GXAA 4R73A 2Q89A 5FHMA 1A54A 3CVGA 2F6GA 1QUKA 3FATA 3G3KA 4PFTA 4YB7A 2GHAA 3D4GA 3M3LA 1RYXA 4F3GA 4TLMB 5FTIA 1SW5A 1D9VA 5M2VA 4G2ZA 3BFUA 5BUUA 1A8EA 1Y4CA 1DPPA 1MPDA 1TXFA 3PUVE 3TYHA 1VE4A 1EZPA 5FTHA 4ZEBA 5I2NB 1NNTA 2NWJA 1A55A 1N04A 3CI8A 1JW5A 2QS4A 4AB5A 1NKXA 4PP0A 2F97A 2OWSA 4JDFA 5AE4A 3HO7A 3BBRA 4QFKA 4FAJA 3I6VA 4YKPA 2DXYA 2V84A 5I58B 4OYVA 4H8JA 1FCKA 1B32A 1SYHA 2Y7PA 2DE4A 4G4PA 5CMCA 4GRKA 1P1WA 5DTBA 3RTFB 4TLLB 2QRYA 1DTZA 2GHBA 1JQFA 1BIYA 1LGBC 4JSDA 3SETA 3O29A 4XKRA 1YTVA 3KOTA 2XX9A 1A40A 3PV0E 1OQGA 4JB7A 1B6HA 3GXAA 3IAZA 3W9VA 1MM6A 2XD2A 4LQ2A 3S4UA 1P1NA 2OJTA 4R2FA 1N76A 2G29A 2QMXA 1B3LA 1B0HA 3HHGA 3PU5A 4YKKA 1WVJA 3IO6A 3E3KA 2REGA 1R9QA 3SEUA 1URGA 1R6ZA 2XXVA 3EHTA 3K01A 3W9WA 2ONKE 4BLAA 5H8FA 2QS3A 1ZU0A 2XXQA 3GBBA 1L5TA 3TDJA 5I84A 5KCJB 4LZ8A 1LCFA 2I3WA 2P1SA 4G8MA 3KGCA 3FJMA 1M5FA 1FQAA 1USYH 3H6VA 4QSCA 4NF8A 2DYXA 4NEDA 1N0TA 4MLQA 4OHNA 5L9MA 2PVUA 1A8FA 1IQ7A 5IKBA 3TTNA 3K1PA 4IY5A 3PPPA 4BDRA 4DIGA 4KHZE 3KSXA 4KPTA 2RKMA 2O51A 2DP8A 2QJEA 3TQWA 4YU0A 1PC3A 2I0BA 2I4CA 2ZNUA 3FD3A 1MXYA 1MQJA 3U92A 1Y1MA 3FZVA 4OXVA 1LAHE 3IL1B 1HSLA 1P1QA 1B5HA 1B5JA 1DOTA 3CFZA 3I3VA 5HBCA 1WODA 2Z8FA 4N07A 3MW0A 3DP4A 5KCJA 1QKAA 3B6QA 1N7XA 3IR1A 4GL0A 4JWYA 1B4ZA 1POTA 4R6HA 3RPWA 3OSRA 3GBAA 3USDA 1QJMA 1MQIA 3EHSA 4U4XA 5ITPA 3FVKA 1IXHA 3O28A 4XKQA 1Q35A 1XOCA 4GFRA 4H8IA 1F9BA 4WKMA 4HS7A 2XD3A 5L9OA 3DELB 3MZ9A 4FIMA 3FVNA 3KN3A 4PQJA 5AA3A 3TELA 4MF3A 5CBRA 4KYEA 1MQGA 1NNFA 4OMBA 4UACA 4U2RA 2DOJA 1LFIA 1B40A 1QW0A 4EDPA 4LONB 4ZEDA 1SBPA 3MUQA 2I6EA 1FQCA 4GL8A 3A3UA 4JSOA 3OEKA 1QKBA 2I4BA 4F18A 2F7CA 2ZYNA 3K6VA 4BDLA 4RPOA 2F7BA 2HXWA 3JV9A 4JWXA 1GVCA 2F35A 3U94A 4ELQA 5B7DA 1XVXA 2OCUA 2QMWA 1MG1A 5I2KB 1PBPA 1H45A 1B51A 2X26A 2GH9A 4RPNA 4DXBA 1JVYA 1AL3A 2V3UA 3KFMA 1HSEA 4H5GA 1SYIA 4I62A 3RNNA 1KWHA 1B3EA 3H06B 3VE1B 1PDAA 4F39A 2OLBA 2BJJX 4YZZA 3RUMA 5I58A 2LAOA 4ELRA 2D5WA 2ZNSA 1M5CA 4RK9A 3Q25A 4U4SA 2V25A 5DYHA 5F7VA 3FGSA 3T9UA 4Q5TA 1MQHA 4BDOA 1B05A 3LBSA 4DLDA 4EQ7A 4XIGQ 4MFIA 2YPNA 4AB6A 1JETA 1US5A 2B3FA 3O9PA 2F78A 4H6DA 3E4RA 1P99A 2DS9A 1B3GA 1UTHB 3K02A 3U1OA 4L17A 4PFUA 3CG1A 2XXRA 2A5TB 3UIFA 1JEUA 3UN6A 3MQ9A 2Q8JA 3KEIA 3ILTB 3DP8A 3WAEA 1LB8A 3UORA 4E0XA 5IAIA 3CG3A 1Y3QA 4QSEA 2V3QA 4NF4A 4EF2A 2PMSA 1GV8A 3TFLA 2WKYA 5EHMA 4Q30B 5H8FB 3U8QA 1H44A 4MH5A 1FQFA 4NF6A 2CMOA 3TTMA 4XXUA 1N7WA 2D3IA 2NXOA 2OZZA 4IO7A 4KFQA 4U23A 1S7YA 1B3FA 3G3JA 1XT8A 5CMKA 4YMAA 1Y4TA 1SD3A 4OENA 3MWBA 4Z0IA 3OO8A 3ZSFA 2HAVA 3DP6A 3IJXB 1TT1A 2PX1A 1BLFA 4HTGA 4H5FA 2Y7WA 4MBPA 1MPCA 2DE3A 4G68A 4YB5A 3TCFA 3M3FA 1H76A 1FQDA 4HCYA 3OO6A 1Y1ZA 4R75A 1CB6A 1YPNA 3EPEA 3G3IA 2DVCA 3L6HA 3MZBA 4RNSA 4P0GA 4RXLA 4U1OA 4X1BA 2RF1A 2ZXTA 4ZE9A 3V83A 3O2AA 3ILUB 2V3TA 3SEVA 4FJPA 4QSDA 5TPAB 3H7MA 3OO7A 5JK4A 2DSFA 3PGFA 1QUIA 3K6XA 1NNKA 3K00A 4O3AA 1ELJA 4LA9A 2QS1A 3IB0A 1ZTYA 1PEBA 5H8QA 4DXCA 2I48A 2DWHA 5TP9B 2XHDA 5A5XB 4FORA 5HPQA 3Q27A 1EH3A 5KDTB 4ONYA 5EYFA 3MBPA 4POWA 4IO5A 2Q2AA 5I56A 3RQTA 3RT6B 3N5LA 1H43A 1OIBA 2NUVA 3KN7A 1US4A 3O66A 3OSQA 1D9YA 3S9MC 4I8CA 3CIJA 3TCGA 4U22A 4NMYA 2ONRA 4LZ7A 4NF5A 2Y84A 2HCAA 1O7TA 3TPAA 4EXKA 4NTLA 3H3GA 1LBCA 4YB6A 1M5DA 4Z7EA 1I6AA 5L9SA 4EQBA 1DTGA 2VHAA 4H1XA 3T9HB 5H8NB 1VFDA 1B0LA 3O97A 4QFNA 4YKIA 3TAJA 1QULA 1AIVA 3IOUA 5JTYA 4C1TA 2P2AA 1TWYA 1B1XA 3CFLA 3Q28A 3UGWA 1JW1A 4YKJA 1MXZA 2A5SA 3PD8A 4O3CA 3MVZA 3C9HA 5CRYA 1OVTA 4ZEKA 3ZKLA 3O6HA 2I0CA 4C0RA 3VLVA 4LUBA 3SEYA 1P1OA 2DWJA 1ANFA 2DWAA 1SDXA 4GLIA 1MM7A 3VV5A 1XVYA 4GVOA 1XS5A 5AA4B 3A3CA 1ATGA 5FHNA 4F3PA 4BDMA 2ONSA 1T0KA 3B7DA 1I6BA 3CSBA 2XXTA 2OBGA 4FEBA 3PD9A 4GD5A 4HCWA 1MY1A 4KYSA 4OEUA 5K2XA 2H98A 1MRPA 1NFTA 1OMPA 1WDNA 3KOSA 3PPOA 4GXSB 4IO6A 4ZECA 2REJA 3KG2A 4R9GA 4EUOA 3N6TA 3DM0A 3FASA 1B7ZA 1JNFA 2DE2A 3CR9A 4NE4A 3WAFA 5AA2B 3K1NA 1MXUA 1QUJA 3VXCA 4GWOA 1P1UA 1B52A 3IOWA 4IO3A 4QHQA 1TFDA 4PETA 4RA1A 2Z8DA 1ZMGA 1O63A 4IB2A 3Q26A 4QF9A 2ZYMA 1IXIA 3HN0A 3MAMA 4OESA 3HPIA 5LOMA 4G77A 2Y7KA 3OENA 1IIWA 4M4GA 1IITA 4BDQA 1MXWA 5L8DA 1B2HA 3MP6A 4ESWA 3SDFA 4FEDA 3TEPA 1LAFE 1SW1A 1SI1A 1N3WA 3C34A 3OD7A 1MY4A 3ONMA 4H67A 1EZ9A 4NF4B 4Q0CA 2GFEA 4H0WA 1FTKA 5FHOA 2F5XA 3MVYA 4ZZAA 3MP1A 5HM4B 5ISUA 2UVJA 1R9LA 3G3HA 3C36A 1MQDA 1AMFA 5CC2A 3JZJA 4G8HA 3PMWA 3ODBA 4ZZEA 3C35A 3UK4A 1SW4A 1PB8A 2XXYA 2RC8A 4OFOA 1II5A 2VP1A 3FJ7A 4K3FA 2UYFA 2NVUB 3HSTA 3SESA 5I2NA 3H6TA 3IB1A 4RY1A 1R1NA 1RKMA 3K6WA 4IO2A 4F29A 5CMMA 1Y20A 2KLFA 2PT2A 4NF8B 4G68B 1LFHA 2DWIA 1D3KA 1MDQA 2OWTA 3LC8A 2H5YA 1UIUA 2UXAA 4LVQA 4ND9A 4ZE8A 4N13A 1DSNA 1EU8A 1BP5A 4P11A 3C32A 3VLWA 2H25A 4F22A 3VLUA 1B58A 2XXPA 4HW8A 2FYIA 4NWCA 4I1DA 1ZJLA 3DLNA 3K1MA 2AL5A 1MPBA 1Z7ME 2DXRA 2XXUA 4OWDA 1XHYA 2VOZA 1LCTA 1MY2A 4F31B 5DEXB 3KSJA 1O64A 1GGGA 3M3KA 4FE8A 3KJTA 3MVXA 4QFLA 2XX7A 2HZLA 3H6WA 3OO9A 2DVZA 1MH3A 4POXA 1N84A 1B46A 4ZS9A 3VFJA 1IXGA 4F3BA 1UTBA 4KR5A 2ZYKA 3N94A 2VGQA 2AL4A 4ECFA 1H3DA 2RCBA 5B70A 3C31A 2B65A 3F11A 3LSWA 4I9DA 4NF5B 4U1ZA 5I57B 1M5BA 4F1UA 4WEDA 4OERA 3GZGA 3E9XA 4NF6B 2H99A 3TTLA 1A7LA 3QUJA 3MZ1A 3RLFE 2B3BA 1NL5A 3EN3A 1LSTA 5H8SA 4YMBA 4F19A 2H9BA 1S9TA 1URDA 2NOOA 3EQ1A 3QAXA 5JTYB 4ELOA 1OLAA 5I57A 1IUDA 3PPNA 4AQ4A 1N3XA 2HZKA 1Y9UA 2P0SA 3ECRA 2OK2A 4LP2B 2FA7A 1BTJA 3GLBA 3TQLA 3N26A 3PUYE 3LR1A 4KI0E 4RJZA 3C4MA 2Q2CA 3V5AA 4FECA 3ZKKA 4F1VA 2O69A 2PBWA 1URSA 4P0IA 2F6PA 3P7IA 3MC2A 4ZEIA 5TPAA 5I2KA 2Z22A 4DDDA 1SVXB 3G3GA 3KZGA 3Q29A 2E0SA 3E13X 1VSOA 4KQPA 4OEVA 1S50A 2R71A 5ITOA 4WXJA 3T9VA 3G7WA 4GQOA 3VVFA 1MY3A 2O1MA 2ZMBA 2Q88A 3MJNA 3MP8A 2HQ0A 4G8NA 1SQYA 3IJOB 3MPLA 5AA2A 5CMBA 5ELVA 3VXBA 3PUXE 4R6YA 3FXQA 4OFLA 2D21A 2PYYA 5F1QA 1Y3NA 3K6UA 3PMXA 4ZEFA 3R6UA 3V89B 2RINA 1QVSA 3OEMA 3T96B 4M1VA 1OQHA 3FJGA 3TZAA 4DZ1A 4KD5A 3B6TA 3FVGA 4E0WA 5I59B 3MPKA 1MXVA 1LAXA 1UTHA 3H4ZA 1POY1 3KBRA 1NMUA 3FXUA 3LSFB 3O6GA 3CSGA 4R2BA 2F34A 2M8CA 2YJPA 3IO4A 4JBZA 4OTEA 1PB9A 1LFGA 2ALUA 1USYE 1AH5A 2RC7A 2VD2A 2ESNA 3QIMA 4U21A 2ZNTA 5H8HB 3N6UA 1SI0A 3O6IA 1UQWA 3KJ7A 4ISUA 2FNCA 1VR5A 3IOVA 5TU0A 4F1YA 1LBBA 4DCXA 4F2OA 1B7UA 2XX8A 3LSLA 3H03A 3K2DA 3U72A 2VD3A 2XXXA 1CE2A 3PUWE 3QUFA 4PFYA 4QFPA 4TQUQ 1HSJA 2O7UA 3RY3A 1XC1A 3SEXA 2UYEA 2XXIA 3I5OA 2ZYOA 1MY0A 1VFEA 5AA1A 1MXXA 2H4IA 3FXRA 4KCDA 3S9EA 3PPRA 4TOZA 1A99A 1B5IA 1IEJA 1Z7NE 4NWDA 4R74A 1LB9A 2Q9TA 3T93B 2HFBA 1PBQA 3FUZA 2AYSA 4YAHX 3SEWA 4GOTA 4DE8A 2G93A 2O68A 1SW2A 1FTLA 2THIA 3SERA 3L6GA 1ZLQA 1Q1KA 2IEEA 2O1LA 4EXLA 3TTKA 3S9LC 3M8UA 3W15C 2QSXA 2UVHA 3EHUA 3IX1A 1UIVA 4THIA 5CI5A 3C33A 3KN8A 5DEXA 4PE5B 3H6UA 3T22A 5J1DA 2UVGA 4GF8A 4UA8A 4IY6A 1FQEA 1GR2A 2O6AA 4R9FA 4OFJA 5EHSA 2R6GE 1AOVA 5K2YA 1UTBB 1IXCA 2DQVA 3OXNA 4QFOA 4ESXA 5I56B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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