3I6VA

Crystal structure of a periplasmic his/glu/gln/arg/opine family-binding protein from silicibacter pomeroyi in complex with lysine
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
TVRMGTEGAYPPYNFINDAGEVDGFERELGDELCKRAGLTCEWVKNDWDSIIPNLVSGNYDTIIAGMSITDERDEVIDFTQNYIPPTASSYVATSDGADLSGIVAAQTATIQAGYIAESGATLVEFATPEETIAAVRNGEADAVFADRDYLVPIVAESGGELMFVGDDVPLGGGVGMGLRESDGELRGKFDAAITSMKEDGTLNTMIKKWFGEDAAVY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Silicibacter pomeroyi
publication title Crystal structure of a periplasmic His/Glu/Gln/Arg/opine family-binding protein from Silicibacter pomeroyi in complex with lysine
rcsb
molecule keywords periplasmic His/Glu/Gln/Arg/opine family-binding protein
total genus 67
structure length 218
sequence length 218
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i6vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i6vA02
5AA1A 4LONB 3DELB 3RUMA 4FAJA 3VXCA 1H3DA 3N5LA 1PB8A 5H8QA 3GXAA 3E3KA 1XT8A 4ISUA 4OENA 4WKMA 2LAOA 3MC2A 3DP6A 2B65A 5BWJA 3H6UA 3RT6B 4WEDA 3LSLA 3T9UA 1O63A 3HHFA 1QULA 3KFMA 4R75A 5JK4A 1MXUA 3TCHA 3O66A 2XX9A 3N6TA 2RKMA 3PMWA 4RPNA 1T0KA 3LC8A 4ZEKA 1D4NA 5KDTB 3OO6A 4NWCA 1OVTA 2H98A 1M5FA 1I6BA 4F19A 1MG1A 2VP1A 2UVJA 3KJTA 1BLFA 1Y20A 3B7DA 4IO4A 5FHOA 2I58A 4LZ8A 3KN3A 1P1NA 3FGSA 3O9PA 1DPEA 3FXQA 1I6QA 2ZYKA 2WKYA 1QW0A 3PUVE 1NNKA 4FIMA 4U4SA 3OO9A 1NH8A 1IXHA 2Z22A 4RYAA 1FQAA 1LSTA 4I62A 2BJJX 3OEMA 3RLFE 4QRZA 1SI0A 4FJPA 4LQ2A 3IB0A 1BTJA 3HHGA 3JYRA 2AL5A 1QJMA 3K2DA 3OO8A 5L8DA 3IX1A 4POWA 3TUSA 3OXNA 5I2NB 1M5DA 3MVYA 3TTRA 3TMGA 4F2QA 3H7MA 3FJMA 4O3CA 2DVCA 3N94A 4IO3A 5CBRA 4GQOA 4YMAA 1MY2A 1B3LA 4LP2B 1MXWA 1LFGA 4KFQA 1Z7ME 1LBBA 4OEVA 4EF1A 1QUJA 1XS5A 1A8FA 5IAIA 3MW0A 4DDDA 1USYE 1TT1A 4HS7A 2XXIA 2O51A 4U21A 4JSOA 2DSFA 3FVGA 4H5GA 4X1BA 3G3GA 4Z7EA 4PP0A 3GBBA 3T96B 1VE4A 4DE8A 4XIGQ 4BDOA 1P1OA 5AA2A 3FIRA 5H8NA 2RF1A 3Q25A 1JQFA 1J1NA 3FZVA 3RTFB 3Q29A 1O64A 1B3FA 4ZE9A 1R9QA 3IOVA 1A99A 1YPNA 4MH5A 3M8UA 2THIA 1Q35A 4YAHX 2UVIA 1B9JA 3W9VA 2RINA 5L9OA 1UIVA 1IXIA 5TP9A 2F8DA 2RCBA 3DP8A 3IO6A 2DQVA 1UIUA 4GWOA 2ANJA 4THIA 3IJOB 2CZLA 2OLBA 2YLNA 1TFDA 2FYIA 2Q89A 3O6GA 4ZZEA 5CRYA 4ZEBA 3CG3A 4OETA 1YAEA 2W7YA 1MPCA 1ZBMA 4JXIA 2Z8FA 4F1UA 3TODA 4OQOA 3U8QA 4QSCA 2XD2A 1B0LA 3R7XA 3CI8A 3IJXB 4N13A 4H8JA 1S9TA 4TLLB 1SQYA 3FJGA 3U93A 1B5JA 3GBAA 4H5FA 5CBSA 4KYSA 3CFLA 2I4BA 1IXGA 5CM6A 4KQPA 4PQJA 3VVDA 5K2XA 4YKIA 3SKPA 3A09A 4JWOA 2F5XA 1PBPA 4QF9A 3V83A 3RTWB 1QKAA 1B05A 3UP9A 3D4GA 4RNSA 4M1VA 2QPQA 3N26A 1B3GA 4OESA 1ANFA 2O84X 2OWSA 4XTCQ 5TU0A 2QJEA 4BLAA 4EQ9A 3MBPA 3L6GA 5TPAA 5L9SA 1FTJA 4LA9A 4ZS9A 1EH3A 1FTOA 2E1SA 5A5XB 2REGA 1SD3A 1R9LA 2Y7PA 3KG2A 4G77A 2XXRA 3CVGA 4X1DA 3SEYA 4Q8RA 1SW1A 3H6WA 1I69A 3ILTB 3FUZA 2Y84A 3K0VA 1ZJLA 5H8QB 3VLUA 1NNFA 1JETA 2ONSA 3M3LA 3G7WA 4OFLA 1II5A 1SW5A 4GL0A 3FASA 2A5SA 2Q88A 3E4RA 4RPOA 4F3PA 3E13X 1URSA 1D3KA 1OQHA 2Z23A 2X7PA 4DXUA 3DM0A 5CMBA 4JDFA 1QKBA 4ND9A 5JTYA 4R2BA 1FTLA 3QIMA 1NL5A 1B1XA 2V3QA 4BDNA 1WVJA 3IOTA 4QFLA 1PC3A 2QS1A 4IY6A 1DOTA 2F97A 4FEDA 2QSXA 3RY3A 2XX7A 1B51A 1FTKA 2UVGA 4IO5A 3UORA 3KOTA 4F22A 4Z0IA 4KYDA 3C33A 3T9VA 4PE5B 3T66A 3C9HA 5I59B 1AMFA 1US5A 5I56A 3Q28A 5B70A 2Q9TA 3IK6B 4GL8A 3PUWE 3PUZE 5K2YA 5DVFA 1B6HA 1IQ7A 4GXAA 1MQHA 3SERA 3JV9A 1AH5A 5ICTA 3EF7A 2IEEA 3ZS6A 1YCJA 4WEPA 4R9GA 4YMBA 1TXFA 1QUIA 4IGTA 4NF8B 4DIGA 2H99A 1JEVA 5H8FA 2X7QA 5B7DA 4F1VA 4GRKA 3HPIA 4GF8A 5IKBA 3CSBA 3W9WA 1EZPA 2O6AA 4EQBA 4NTLA 3BBRA 3O6HA 4NF6B 4TLMB 1O7TA 3OO7A 2M8CA 2DE3A 1SW2A 3H6VA 2D5WA 1URGA 1GVCA 3M3KA 4AB6A 2YPNA 3LSFB 1H43A 2HQ0A 4QFOA 1MDQA 2GFEA 1RYOA 2V3TA 1A7LA 2PT1A 1IEJA 2QMXA 2V3UA 4GD5A 3TCFA 3K4UA 1SYHA 1FTMA 5F7VA 2P1SA 3OOAA 1XOCA 3RGYA 4DCXA 3THIA 2OZZA 1TWYA 2XXTA 2QS2A 3K1PA 2AL4A 4MLVA 3O2AA 4NF4A 5I57B 1LCTA 4YU0A 1CB6A 1QVSA 2O7UA 4O3AA 4O3BA 3U1OA 3EQ1A 3H06B 3FV1A 4F29A 1SBPA 1LFHA 4NMYA 1XVYA 2ZYMA 4LATA 4QFPA 4RA1A 2Y7IA 4E0XA 3SEWA 3CFXA 2DVZA 3K6VA 4Q0CA 4ZEIA 4M4GA 1EZOA 3U92A 4K3FA 3K6UA 4G68A 1PEBA 3PPOA 4P11A 1EZ9A 1OQGA 4LVQA 2H25A 4R74A 2O1MA 4XKQA 2OBGA 5AA4B 2GHBA 3FVOA 1AIVA 2I3VA 1B58A 1B46A 4YKJA 4TQUQ 2H9BA 1BIYA 1P1QA 2O1LA 3VLWA 4L17A 1H76A 4ESWA 2ALUA 4OTEA 3K01A 3Q26A 1JVYA 4H0WA 3H3GA 2KLFA 3Q27A 4GFRA 3UN6A 3HCQA 4WXJA 4KPTA 1N3WA 5DEXA 4EQ7A 2UYFA 2RC8A 4R73A 2E0SA 1GGGA 2RC7A 1A54A 3CRBA 2DS9A 1ZMGA 2F35A 1R6ZA 1IIWA 1FQFA 5HPQA 2DWHA 3TTNA 4U22A 4F18A 2VGQA 2UYEA 2IA4A 3FJ7A 3RT8A 4RY1A 3MPKA 3CR9A 4NEDA 3KOSA 1QUKA 1FQEA 4DZ1A 4YB5A 4LQ5A 1IITA 1DMBA 2F7AA 2I3WA 4HTGA 4R6KA 2HXWA 4C1UA 1JW4A 3MP1A 4ELRA 3C4MA 1MY4A 4F1YA 2NVUB 2ONRA 4NF5B 1A40A 1MXVA 3QUFA 4FE8A 1LAFE 3G3FA 3EHUA 2RC9A 4U1ZA 3FV2A 2A5TB 4ONYA 3B6WA 3FVKA 2DE4A 2XXVA 1LGBC 2B3FA 3M3FA 2YJPA 3C32A 5DTBA 3UK4A 3TEPA 2F34A 2Q2AA 5JTYB 1D9YA 1MXXA 4HW8A 1MQJA 3SEUA 5I2NA 3K1NA 4KHZE 2XD3A 1NFTA 1VR5A 2DWAA 2Y7RA 1N76A 2RCAA 2HCAA 4I9DA 1ZU0A 2I0BA 3MVZA 1ZLQA 1MPBA 3EN3A 3FVNA 3WAFA 1B32A 3E9XA 3V8XB 4JBZA 2VD3A 3DP4A 3PD8A 1GV8A 3GLBA 3SEXA 5DVIA 5FHMA 2HEUA 4YKKA 1VSOA 4F3GA 1B0HA 3LSXA 3PUYE 4RK2A 1UTBB 3GZGA 4ZEDA 3ECRA 4ELQA 4ESXA 4H65A 5I2KA 1L5TA 3WAEA 1MRPA 4PFTA 1LB9A 3IOWA 2OCUA 3ZKKA 3FATA 4GVOA 1N7XA 5I58B 3MJNA 5DT6A 4OMBA 4YICA 2DXYA 3CIJA 1USYH 3S9EA 4XXUA 1M5BA 2OJTA 4R6HA 3USDA 1SW4A 1LAHE 4KYEA 1JEUA 2VOZA 1ZIUA 1A8EA 3I3VA 2F78A 1N04A 3BKIB 3K1MA 5FHNA 5AE4A 2DYXA 1SYIA 1YTVA 4G8MA 3KN7A 5CI5A 3BFTA 2ONKE 1GR2A 1POY1 1BKAA 3C36A 3H03A 1NH7A 3OENA 2GH9A 3U72A 2AIXA 2I4CA 2PMSA 4GOTA 3ODBA 3MZ9A 3TCGA 2Y7KA 5FTHA 3R6UA 4GXSB 1A55A 4DXCA 3RNNA 4U4XA 2AYSA 3ZSFA 5M2VA 1LAGE 1B2HA 5LOMA 4IO6A 3IB1A 3JZJA 5L9MA 1WDNA 3FD3A 4EF2A 1B7UA 2ZXTA 2XXYA 5ELVA 2ZNUA 5F1QA 3TAJA 1WODA 4NE4A 1ATGA 2I6EA 3N6UA 1B3HA 1XHYA 1LBCA 1DTZA 1B1HA 3K00A 4OXVA 3QXMA 4P0GA 5CMKA 4YKPA 2XXPA 3LSWA 3EHTA 1MQIA 3PV0E 4IGRA 3MP8A 1B7ZA 2NXOA 1B5IA 4EUOA 4KI0E 3F11A 3LBSA 1KWHA 1H45A 2R71A 5EYFA 3TTLA 1BP5A 3QYTA 4G8HA 1MXYA 1HSLA 4XKRA 4OYVA 4C1TA 3VVEA 4LUBA 1MY0A 3HO7A 4QFKA 3I5OA 3PGFA 2ABHA 3V5AA 3MP6A 1P1UA 3RPWA 2FA7A 3QAXA 1UTHA 1IZ1A 4DXBA 4C0RA 2HAVA 3PPPA 1Y4TA 3W15C 5A5XA 1LLSA 1OMPA 2HFBA 3HSTA 1N7WA 3QK6A 3MZ1A 5JEIA 2QRYA 5DEXB 4JWXA 2PX1A 1N84A 1Z7NE 3K6XA 4YB6A 1FQBA 4QSDA 2V25A 4HCYA 1TFAA 1F9BA 5H8HA 4LZ7A 1NNTA 1HSJA 4YB7A 2ZNTA 3SDFA 1IXCA 1CE2A 4PETA 1SVXB 5AA2B 4RK9A 2UXAA 4F39A 5H8NB 3SESA 1MDP1 4KR5A 3C34A 4PFWA 3V89B 5ICQA 1RYXA 4I8CA 4ZECA 3MQ9A 3K6WA 1JVXA 1LFIA 5H8SA 4F3BA 3P7IA 1I6AA 1FQCA 3MWBA 1MM6A 1B40A 3PD9A 1DSNA 1OLAA 1MM7A 3PU5A 2NOOA 5AA2D 5KCJA 3A3UA 2PYYA 2R6GE 3I6VA 3RQTA 5TP9B 4GIZA 1ZKBA 5CMMA 4KD5A 5J1DA 2QS3A 2F7BA 3KGCA 4AQ4A 4ZE8A 5I59A 3TKDA 3O29A 3OELA 4HCWA 3PMXA 1VFEA 3AXFA 3G3KA 4LZ5A 3IO4A 1Y3NA 2ZYNA 2X26A 3EPEA 4G2ZA 4I1DA 1PB7A 3H4ZA 3RN8A 4FECA 3DLNA 3R26A 4R72A 3MPLA 4F3SA 4IO7A 2XXWA 2D3IA 4NF8A 1GTKA 2B3BA 1JW5A 1RKMA 1AOVA 3O6IA 1MQDA 1OVBA 1Y1ZA 3VFJA 4UA8A 4OERA 1LCFA 4R6YA 1Q1KA 3TDJA 1SDXA 4H6DA 3S9LC 1B52A 1MH4A 5KZTA 3S9MC 1M5CA 3TELA 4NF6A 3BFUA 3T22A 3PPNA 3OD7A 1H44A 2Q8JA 4ZZAA 4MLQA 4R2FA 1US4A 1Y4CA 4KCDA 1Y3QA 1POTA 2P2AA 1HSEA 2H4IA 1MXZA 4RXLA 5EHSA 5TPAB 3KZGA 2PBWA 4RJZA 4JSDA 5KDTA 5ISUA 4KCCA 5I2KB 3TPAA 1Y9UA 4ELPA 1FCKA 3T93B 3O28A 4F31B 4U23A 2V93A 4FORA 3KBRA 2XHDA 3HN0A 4G8NA 2QS4A 2UVHA 3CG1A 4YZZA 5I57A 1Y3PA 3LR1A 3IORA 3G3IA 3VVFA 3TTMA 3OEKA 2PT2A 3IR1A 4Q5TA 3C35A 3HV1A 3SETA 2OK2A 3H6TA 4MF3A 3MZBA 5BUUA 2HAUA 4F2OA 3EHSA 1FQDA 2FNCA 4MFIA 1DPPA 1JW1A 3TQWA 2O68A 4AB5A 1P99A 5HBCA 2XXQA 1SI1A 4QSEA 2V84A 3B6QA 3MVXA 4BDRA 4JWYA 5AA4A 3VLVA 1NMUA 1PB9A 2DE2A 4N6PA 4ZEFA 2ESNA 3MAMA 4NWDA 3UGWA 3G3JA 2ZMBA 4DCYA 3VE1B 3CFZA 4IB2A 5CMCA 4U1OA 4OEUA 3U94A 4N07A 4EXKA 3FXUA 4FATA 2I48A 4G4PA 4G68C 3IAZA 4XKPA 2O7IA 4PFYA 1B4HA 2XXUA 3KEIA 1Y1MA 4OZ9A 5I56B 1UQWA 2G29A 3K02A 3ILUB 2G93A 3OSRA 1MY3A 2XXXA 3S4UA 3UIFA 3KSXA 3S9NC 3ONMA 3IOUA 2DWJA 3O97A 3ZKLA 4POXA 2I0CA 5FTIA 4ZDMA 2XXHA 2Y7WA 2XX8A 1EU8A 4ECFA 1PBQA 1XC1A 2NWJA 2DWIA 4IY5A 2F7CA 4QFNA 1ELJA 3TTKA 1XVXA 2D21A 5H8FB 3FXRA 3T9HB 2DXRA 5AA3A 1UTHB 4H67A 2H5YA 3PPRA 3VDFA 3IL1B 1ZTYA 2CMOA 2QL3A 1S7YA 3OMBA 4OWDA 4NF5A 5CC2A 3CSGA 2DOJA 1MS7A 4E0WA 2NUVA 3TFLA 4GLIA 4EXLA 3KN8A 1OLCA 2Z8EA 5H8HB 2A5TA 2P0SA 3MUQA 4DLDA 1N3XA 1NNPA 3TYHA 3PUXE 4PFUA 5DYHA 3T9XB 3L6HA 3PMVA 4X48A 1JNFA 2HZLA 3QUJA 2QMWA 5ITPA 2Q2CA 4MBPA 3VV5A 2GHAA 1S50A 3UA8A 3KJ7A 1LAXA 1DTGA 2O69A 4TOZA 4IO2A 4H1XA 1LB8A 1MPDA 1M5EA 3C31A 4NF4B 2REJA 5I84A 1FW0A 2I49A 4X9TA 5EHMA 4UACA 3IB2A 2F36A 2PVUA 1R1NA 4ELOA 3MVWA 1B5HA 1IUDA 4BDQA 5KCJB 3TQLA 1NKXA 3OSQA 2OWTA 3A3CA 4JB7A 2GRVA 4OFOA 4OHNA 5HM4B 1B3EA 4P0IA 4G68B 5DVJA 4OFJA 1D9VA 4Q30B 4QHQA 2VHAA 1P1WA 3D4CA 4FEBA 3LUYA 3TZAA 1MQGA 1URDA 2R9JA 1UTBA 2F6GA 2VD2A 2F6PA 2ZNSA 1MY1A 1MH3A 1N0TA 4BDMA 1OIBA 3KSJA 2DP8A 1B7HA 4XKNA 4OVJA 4R9FA 1B4ZA 4U2RA 3VXBA 4EDPA 1AL3A 4BDLA 5I58A 3PPQA 4H8IA 3SEVA 5ITOA 3QSLA 2ZYOA 3S2VA 3B6TA 1PDAA 1VFDA 2Z8DA 2HZKA 3G3HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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