3I6VA

Crystal structure of a periplasmic his/glu/gln/arg/opine family-binding protein from silicibacter pomeroyi in complex with lysine
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
TVRMGTEGAYPPYNFINDAGEVDGFERELGDELCKRAGLTCEWVKNDWDSIIPNLVSGNYDTIIAGMSITDERDEVIDFTQNYIPPTASSYVATSDGADLSGIVAAQTATIQAGYIAESGATLVEFATPEETIAAVRNGEADAVFADRDYLVPIVAESGGELMFVGDDVPLGGGVGMGLRESDGELRGKFDAAITSMKEDGTLNTMIKKWFGEDAAVY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords periplasmic His/Glu/Gln/Arg/opine family-binding protein
publication title Crystal structure of a periplasmic His/Glu/Gln/Arg/opine family-binding protein from Silicibacter pomeroyi in complex with lysine
rcsb
source organism Silicibacter pomeroyi
molecule tags Transport protein
total genus 67
structure length 218
sequence length 218
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i6vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i6vA02
3OELA 3CI8A 3ONMA 4R75A 1GR2A 3BFUA 3ECRA 4EF2A 1FTMA 3RN8A 4POWA 1JW1A 2HCAA 4IGTA 3K6XA 3OO9A 3QXMA 1OVTA 4QHQA 3OO7A 4WEPA 2UYEA 4X1DA 3MC2A 4NF5B 3IAZA 2QS4A 2P0SA 1P1OA 1DSNA 4F29A 4OQOA 3TTKA 1A7LA 4R74A 2PT1A 4RYAA 1SW1A 4UA8A 2O7IA 3FVNA 1II5A 3H6UA 3QK6A 3AXFA 2FNCA 5TU0A 4OEVA 4H6DA 3GBAA 4ND9A 5JTYA 3DELB 4PP0A 1JNFA 1B3LA 2Y7KA 3PPQA 2THIA 3QUFA 1N3WA 1IXGA 3CFLA 2GHAA 4NWDA 1ATGA 3OEMA 1MXWA 4HCWA 5J1DA 5H8SA 1B58A 3ODBA 1EZPA 4OTEA 4Q0CA 2O1MA 1XT8A 3OENA 3E9XA 2DXRA 4P11A 4TLLB 3FD3A 4YB6A 3DLNA 3FJ7A 2DXYA 2F6PA 4ELPA 4THIA 1B0LA 3MP6A 4PFUA 1MPDA 3VLUA 2H99A 3FVGA 4FECA 3BBRA 1H43A 1LBBA 1HSLA 2I58A 5I2KB 1AIVA 1M5FA 4RJZA 1XOCA 2F7AA 4KFQA 1IIWA 4FIMA 2O6AA 3U8QA 4OENA 2DOJA 3KZGA 3I6VA 2NWJA 1BP5A 1URDA 3VFJA 4JB7A 3K2DA 1FW0A 2R71A 4DXUA 4RY1A 2D5WA 2AL5A 4IO5A 4N6PA 1I6QA 4OHNA 1IQ7A 2R9JA 2XXYA 3PUZE 1MH3A 4NTLA 1XHYA 1YPNA 2HZKA 3KOSA 3TMGA 1VFDA 2DYXA 1ZBMA 4Q30B 5DEXB 1B3EA 2HXWA 3H4ZA 3RLFE 4DDDA 3EHUA 4MLVA 3VLVA 1A54A 1MS7A 3TQWA 1UTHB 2QJEA 5AA2B 4IO3A 3FXRA 3BKIB 3CSGA 1B51A 4NF8A 3ZSFA 3D4GA 3KG2A 3HN0A 3CVGA 1NH7A 3A3CA 3B7DA 5I56A 3VVFA 4JWYA 1MH4A 3SDFA 1UTBA 2HZLA 3Q26A 5L9MA 3TPAA 5TP9A 4GD5A 3LUYA 5DVIA 2UVGA 5TPAB 2FA7A 2V3TA 1LLSA 4F39A 2H98A 3JZJA 1MY2A 4AB5A 4OWDA 2V3QA 1FQFA 4U23A 3LBSA 5I2NA 4DXBA 1FQCA 4NF4A 4GL0A 1B1XA 2I0CA 1B9JA 1FTOA 1AL3A 4ESXA 4EQBA 2DS9A 4U2RA 3UN6A 4O3CA 5CBSA 1H76A 5FTIA 2QL3A 4QFOA 3PMXA 4BDMA 4WKMA 2V93A 1N7XA 2GFEA 1SYHA 3KOTA 4RXLA 3RQTA 4YB7A 3TTLA 1PB9A 3O9PA 2CMOA 3P7IA 1SI0A 1JVXA 4YU0A 2QMWA 2D3IA 4QFLA 4XTCQ 5KDTB 1S9TA 4LZ7A 4KI0E 1GTKA 3EPEA 4NMYA 2H4IA 2VGQA 2DP8A 3CG1A 4MF3A 3UK4A 3OSQA 5H8QB 1H45A 1T0KA 2IEEA 1DPPA 3T9XB 5H8NA 1N76A 5K2YA 4RPNA 3IO6A 3JYRA 3KSXA 3M3FA 2HQ0A 1EH3A 3K0VA 2GH9A 4H8JA 1LBCA 4GIZA 2ZYKA 3USDA 1AMFA 5ITPA 1SDXA 1MPCA 2F8DA 4KD5A 3Q27A 1ZLQA 1PBQA 1MXZA 5H8HA 1DTGA 2AIXA 2OZZA 3IB2A 1Z7NE 1N84A 1DTZA 1BIYA 3K6UA 1MM7A 3ZKKA 3UGWA 1YTVA 4IO4A 3VXCA 2E0SA 1PB7A 2NOOA 3K4UA 3U93A 1YAEA 1OQGA 4TOZA 3N26A 1POY1 5I59B 1SW2A 3PPOA 1ANFA 4FE8A 4M4GA 3EHSA 2I4CA 4I62A 4OXVA 2F7CA 3GLBA 2XX8A 1JQFA 1N04A 5B70A 4X9TA 4IGRA 4Q8RA 4OESA 2RC9A 3C35A 4JWOA 4F1VA 5DTBA 2GHBA 3SETA 1JW5A 1ZMGA 5I58A 3HV1A 4AB6A 3RTWB 1JW4A 3N6UA 1NNKA 3FJMA 5HM4B 1B52A 3WAEA 5IAIA 1NMUA 4OFJA 5CC2A 1SQYA 5FHOA 3EF7A 2H25A 3G7WA 3RPWA 4F2OA 3R6UA 3C31A 2RC7A 3PMWA 3TCHA 1L5TA 3LSLA 1GGGA 5F7VA 3MP1A 1TFDA 2ZMBA 2Q2CA 5I57A 3G3GA 2Q89A 4RK2A 3W15C 3V5AA 2Y7PA 1R6ZA 3H03A 3SEXA 1IXIA 2NUVA 1B1HA 1MY4A 1Y4CA 1SI1A 4YMBA 4ONYA 3FASA 1EZOA 3W9VA 3MZBA 1LCTA 2XXTA 2OK2A 3QUJA 4H65A 2X7QA 4H5GA 4O3AA 4G8HA 1Z7ME 2Z22A 1XS5A 4KYSA 2RC8A 1URGA 3OO8A 3T93B 4DE8A 2NVUB 2DE2A 4QF9A 3F11A 3Q29A 3HSTA 4IY6A 1PC3A 5AE4A 1VSOA 3LSWA 3R7XA 3FV1A 1P1NA 3D4CA 2QSXA 4XXUA 3UP9A 3M3LA 3MZ9A 4LQ5A 4OMBA 4UACA 4F3PA 5KCJB 4XKQA 4Z7EA 3TCFA 1P1QA 3FXQA 1B4ZA 1B5HA 2Y7IA 4F3GA 2XXIA 1UQWA 3JV9A 3GXAA 1BLFA 4PFWA 3IX1A 3C33A 2Q2AA 4NF5A 3MUQA 2DVCA 3IL1B 3S9EA 1MDQA 3RGYA 3TTNA 4QSDA 3T66A 3S9MC 4ZZEA 3SEWA 4IO7A 4IO6A 3I3VA 2O1LA 1LAHE 4TQUQ 5BWJA 2BJJX 1Y3NA 3PMVA 3MPLA 1DPEA 1N0TA 5AA3A 4BDNA 2OCUA 3VV5A 4H0WA 1CB6A 2M8CA 1Y20A 3ILUB 2F35A 3KJTA 4XIGQ 2DWIA 2QS1A 3TFLA 1LFIA 3U72A 3H6TA 1HSEA 3KSJA 3K00A 2ESNA 3SEVA 4ESWA 1OLCA 3KN8A 2YJPA 3FJGA 5HPQA 1BTJA 2HFBA 3E4RA 2LAOA 4ELRA 1NNPA 1LGBC 5ITOA 3IB0A 1D4NA 5EYFA 2VOZA 1B7HA 4OFOA 4OETA 1O64A 3M3KA 3TAJA 4ZECA 4LZ5A 1J1NA 4BDRA 4LUBA 3GZGA 5M2VA 4ZE8A 1F9BA 1ZU0A 5EHMA 1QKAA 2OWSA 3T96B 3N5LA 4JXIA 2XXRA 3C36A 3A3UA 3O2AA 3W9WA 3V89B 2O7UA 2F5XA 4ELOA 1AH5A 3PPNA 5I2KA 4G68A 4EDPA 1UIUA 4DCYA 1FQEA 1TFAA 2XXXA 3CRBA 4NF6B 1Y4TA 4YKIA 4OYVA 3MJNA 3G3HA 4R2FA 5H8FB 3IOTA 1A8FA 4YKJA 3PUVE 2XXPA 1D9YA 3GBBA 4NWCA 2VP1A 3TDJA 2F7BA 4X48A 2HEUA 4KCDA 4E0WA 5F1QA 5CI5A 3N94A 3B6QA 3H3GA 3K1PA 3C34A 2XD2A 5AA2D 2GRVA 2I6EA 2V25A 4PFTA 1Y3QA 1H44A 1O63A 1B3HA 1Y1MA 5L8DA 4G77A 4JSOA 5AA4B 1TWYA 2VHAA 4I9DA 3LC8A 1UTHA 3T22A 1JVYA 5AA2A 4QRZA 4U21A 3H6VA 3SEYA 4ZS9A 3O28A 4H5FA 2Z8EA 4NEDA 3O97A 3Q28A 5KZTA 3V83A 4MFIA 3PGFA 3H06B 4KYDA 3PD9A 3MZ1A 3MP8A 1B5IA 4XKRA 2XX7A 3TTMA 3IR1A 1SW4A 5DVFA 3K6WA 3B6WA 4EUOA 2Z8FA 4KYEA 4YICA 2YPNA 2Q88A 4OVJA 2ONRA 4QFKA 3O6HA 1OLAA 2Z23A 3TZAA 4R9GA 2H9BA 2PT2A 4R2BA 4U4SA 3T9UA 3K01A 1FTKA 4BDLA 2QS3A 2Y7RA 3PUXE 4EQ7A 4FATA 1A40A 4QSEA 1TT1A 1Q35A 3VVDA 2XXHA 5CBRA 4GXAA 5ICTA 1MQJA 2HAVA 1NNTA 3TYHA 5L9OA 3DM0A 1GVCA 1P1UA 4F1YA 2Z8DA 1GV8A 2B65A 1I6AA 2VD3A 5JK4A 1USYE 1XVXA 1MPBA 3KN3A 5CMCA 3K6VA 5K2XA 3FV2A 3CIJA 3FVOA 3C4MA 2REJA 4KHZE 3HPIA 2ZYNA 4GWOA 1B4HA 4GF8A 2G29A 5H8QA 1SD3A 4RNSA 4ZEFA 4H1XA 1SYIA 4EQ9A 4LATA 1B05A 4R9FA 2X26A 4HTGA 3K1NA 3PPPA 1A99A 1US4A 4ZEDA 1B40A 3H6WA 2QPQA 4LP2B 1BKAA 1RYXA 2RF1A 1AOVA 1O7TA 1MQIA 1LAFE 4R6HA 3THIA 1P1WA 4I8CA 2A5TB 1B3FA 1IITA 4GVOA 2V84A 5A5XB 2ZXTA 3QSLA 3T9HB 1USYH 3E3KA 4LA9A 4F1UA 2XXQA 3EN3A 1M5CA 1M5DA 4YAHX 5ELVA 4R72A 4DLDA 3TQLA 2V3UA 3RNNA 4EXLA 2DVZA 4HCYA 4R6KA 1R9LA 5DYHA 4Q5TA 1VFEA 2UVIA 3OO6A 4F18A 1QKBA 1NFTA 4C1UA 4OZ9A 1OMPA 3EHTA 2Q8JA 5I59A 4C0RA 1H3DA 3TELA 2ANJA 5FHMA 1A55A 4MBPA 4OFLA 1IZ1A 5ISUA 1B5JA 1D3KA 1MY0A 2OWTA 4U4XA 4OERA 4N07A 3L6GA 2F6GA 3MVYA 2P2AA 3SKPA 2ZNUA 4TLMB 1JEVA 3MVZA 3N6TA 3LSXA 3IJXB 3VDFA 1QW0A 4U22A 5JEIA 4ELQA 1NNFA 4QFPA 4O3BA 4ZEIA 2OLBA 3LSFB 4JSDA 3KBRA 4ZZAA 1LB8A 4EXKA 5JTYB 1Q1KA 4FEDA 3EQ1A 3QIMA 1ZTYA 1PBPA 4FJPA 4M1VA 2FYIA 5BUUA 3FATA 2Y84A 1HSJA 2ALUA 5I84A 2W7YA 3R26A 3I5OA 3G3JA 1JETA 1XC1A 2AYSA 1CE2A 2F78A 3MVWA 2PMSA 3G3FA 2DWJA 5ICQA 4GL8A 3WAFA 3G3KA 4R6YA 3HO7A 1MG1A 2UYFA 5CMMA 4ZE9A 3FIRA 3FZVA 4G2ZA 4HW8A 1WVJA 3FXUA 2B3FA 1FQAA 1ZIUA 2ONKE 1KWHA 1EZ9A 4P0IA 3OMBA 1URSA 1N3XA 1FTJA 1Y9UA 3U92A 3TCGA 3IB1A 2DE4A 5DVJA 1OVBA 4DIGA 3PV0E 4PQJA 5FHNA 1SW5A 3RTFB 1MXXA 2ZNTA 3K02A 4IB2A 5L9SA 3PUYE 2DWHA 3Q25A 3CFXA 4K3FA 2YLNA 1B7UA 2I48A 3IORA 2PX1A 4DCXA 1B6HA 3SEUA 1XVYA 4KQPA 4U1ZA 1WODA 1Y1ZA 3RT6B 4PETA 1YCJA 4YMAA 2AL4A 3KEIA 1TXFA 5EHSA 2UVHA 3CFZA 1MY3A 1B7ZA 1DOTA 1SVXB 3IOUA 2OJTA 5KCJA 2XHDA 3E13X 1OQHA 1WDNA 3MPKA 1LAGE 2Q9TA 1RKMA 2RINA 3HCQA 1P99A 2PVUA 1OIBA 4X1BA 4G68B 2KLFA 3KJ7A 3IOVA 2I0BA 4ZEKA 1NKXA 1N7WA 4I1DA 1IXCA 1DMBA 2F97A 3VLWA 4FEBA 4NF8B 4F3SA 2IA4A 4N13A 1POTA 1PB8A 3MVXA 3SERA 2ZYMA 3O29A 1ZJLA 4GXSB 2P1SA 3S9LC 3MQ9A 5I56B 4F3BA 2RKMA 4G8NA 4E0XA 4RA1A 1FQBA 1PEBA 3QAXA 1Y3PA 1UTBB 1JEUA 5TP9B 1FTLA 1MXVA 4ISUA 3MAMA 1FCKA 2I3WA 2O84X 3ZKLA 3IO4A 3BFTA 4YKPA 4L17A 2QS2A 3C32A 1B46A 5I2NB 4BDQA 1QUKA 4ZDMA 1LFHA 4NF4B 1NL5A 3MW0A 1MM6A 2QMXA 2ONSA 1S7YA 2ZNSA 3CR9A 3O66A 4GFRA 1LCFA 1VE4A 4NE4A 3IJOB 2QRYA 1D9VA 4XKPA 3TODA 4WEDA 3KGCA 3PUWE 3OD7A 3HHGA 3DP4A 1LFGA 1B0HA 4LQ2A 1MQHA 3C9HA 4RK9A 4YZZA 4KR5A 2PBWA 3OSRA 3ILTB 5DT6A 5FTHA 5DEXA 4R73A 4F2QA 3KN7A 3TEPA 2O69A 1EU8A 4G68C 4FAJA 4HS7A 4IO2A 4AQ4A 2Y7WA 2XD3A 4NF6A 4C1TA 3CG3A 4PE5B 2NXOA 1QUJA 5H8FA 1R9QA 5H8NB 1UIVA 3LR1A 1MXUA 4DZ1A 3TKDA 1SBPA 3S4UA 4FORA 3SESA 4KPTA 1B2HA 4WXJA 4RPOA 5IKBA 4POXA 5TPAA 3UA8A 1B3GA 4GLIA 3PD8A 5H8HB 4XKNA 3PPRA 2B3BA 3FUZA 3O6IA 5CMBA 1R1NA 2ABHA 4LVQA 5AA4A 2RCAA 3IOWA 5CM6A 4IY5A 2DWAA 3S9NC 1A8EA 4EF1A 3L6HA 2I49A 4BLAA 4OEUA 4PFYA 3RUMA 2RCBA 3U1OA 4MH5A 2F36A 1MY1A 3G3IA 2G93A 5CRYA 2X7PA 4BDOA 1PDAA 2O68A 1MQDA 1S50A 2CZLA 1QULA 5LOMA 1RYOA 2UXAA 5AA1A 5HBCA 3KFMA 2PYYA 2REGA 2E1SA 4G4PA 2R6GE 2WKYA 2XX9A 3DP8A 3O6GA 2O51A 4H8IA 2H5YA 5KDTA 3ZS6A 3TUSA 3B6TA 3K1MA 1ZKBA 1QUIA 1M5EA 3TTRA 4MLQA 4GRKA 3QYTA 1LSTA 2XXUA 5I58B 3V8XB 4GQOA 3PU5A 4QFNA 1FQDA 2VD2A 1LB9A 1NH8A 4DXCA 4YB5A 4G8MA 3RT8A 4F31B 1MQGA 4QSCA 2DQVA 3MWBA 2DSFA 3A09A 3VVEA 3IK6B 1LAXA 3OOAA 4F22A 2ZYOA 4F19A 5CMKA 3S2VA 1M5BA 2A5SA 3RY3A 4Z0IA 4JWXA 3UIFA 5I57B 1B32A 5B7DA 1MDP1 3HHFA 2I4BA 4ZEBA 2I3VA 3DP6A 1I69A 2DE3A 2HAUA 2F34A 2XXWA 3FVKA 4JBZA 3OEKA 1QJMA 3CSBA 3VE1B 4U1OA 2D21A 1IUDA 4GOTA 1VR5A 2XXVA 3VXBA 3H7MA 3U94A 4JDFA 3M8UA 1ELJA 4LONB 1US5A 4H67A 3UORA 1IXHA 1IEJA 2OBGA 1MRPA 2UVJA 1I6BA 1MXYA 3OXNA 4YKKA 3FGSA 4LZ8A 2A5TA 4KCCA 5A5XA 1QVSA 3MBPA 4P0GA 4ECFA 3T9VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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