3I6VA

Crystal structure of a periplasmic his/glu/gln/arg/opine family-binding protein from silicibacter pomeroyi in complex with lysine
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
TVRMGTEGAYPPYNFINDAGEVDGFERELGDELCKRAGLTCEWVKNDWDSIIPNLVSGNYDTIIAGMSITDERDEVIDFTQNYIPPTASSYVATSDGADLSGIVAAQTATIQAGYIAESGATLVEFATPEETIAAVRNGEADAVFADRDYLVPIVAESGGELMFVGDDVPLGGGVGMGLRESDGELRGKFDAAITSMKEDGTLNTMIKKWFGEDAAVY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords periplasmic His/Glu/Gln/Arg/opine family-binding protein
publication title Crystal structure of a periplasmic His/Glu/Gln/Arg/opine family-binding protein from Silicibacter pomeroyi in complex with lysine
rcsb
source organism Silicibacter pomeroyi
total genus 67
structure length 218
sequence length 218
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i6vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i6vA02
1B7UA 2R6GE 3B7DA 3PUZE 2OWSA 5CMCA 1FCKA 1SBPA 4U4XA 1B4HA 5J1DA 3C34A 3C32A 3O28A 4RJZA 1MM7A 2I0CA 3CG3A 4FEBA 1CE2A 1QKAA 4FIMA 2Y7KA 1P99A 3DP8A 5I57B 1JW4A 3BKIB 3TFLA 1QVSA 4U1ZA 3BFTA 1B4ZA 4GQOA 1H43A 1MY0A 3VDFA 3MZBA 4FJPA 4F31B 1QUKA 4G8NA 3KJ7A 1VFEA 2XX7A 4F19A 4G2ZA 2H25A 5F7VA 3ECRA 4FE8A 4IO3A 3T9VA 1FTOA 1GGGA 4F1YA 2HXWA 4F22A 1EU8A 3Q25A 2DWJA 4ZECA 3FJMA 1FW0A 1FQEA 3L6HA 4NMYA 2UXAA 1SW5A 1B5JA 1ZKBA 5A5XA 4ESWA 4BDNA 4C0RA 4XXUA 5FTIA 1PB9A 3I5OA 2DP8A 4U21A 4NF8A 1NH8A 1RYXA 2F5XA 3FD3A 5H8SA 3FVOA 4ZEDA 2O84X 3N94A 4KCDA 4FATA 3THIA 3T66A 1YCJA 2OWTA 1TFAA 1R9QA 1SD3A 4ND9A 1B58A 3FXUA 1S7YA 5DEXA 5TPAB 1LB8A 1LSTA 2DYXA 4NF4B 1FTKA 3W15C 5I2NB 3CG1A 4KHZE 3TYHA 4EQBA 4DCXA 4OXVA 1B3HA 2Z22A 4HS7A 1OLAA 2NXOA 4N07A 4F3PA 1XVYA 4R6HA 4TLMB 1US5A 3OO6A 3UIFA 1SYHA 5KDTA 3G3KA 4F2OA 3U72A 3BBRA 2QRYA 3T9HB 2Y7IA 4EUOA 4R6YA 2V3TA 4BDQA 4OEUA 3IL1B 2B3BA 1A99A 4R2FA 1N3WA 3I6VA 1MXWA 2CZLA 3M3FA 3PMVA 5CI5A 1MY3A 3KOTA 3IORA 5IAIA 3FVGA 4U1OA 1PEBA 4JSDA 3V89B 3AXFA 4FECA 4WKMA 3F11A 4QFPA 1L5TA 4G68B 5EHSA 4PP0A 3SESA 1OMPA 1MY1A 3VVEA 3USDA 3PD8A 3O6HA 3TZAA 4F3GA 2DVZA 5ELVA 2PT2A 2NWJA 3K6VA 3C33A 1LFIA 5DVIA 5AA2D 5IKBA 2B3FA 1UQWA 2QJEA 3C36A 3SDFA 4E0WA 3RTFB 4G68C 4HCYA 3FVNA 1JW1A 1B3EA 4EDPA 4LA9A 3RGYA 1NKXA 3PU5A 1P1QA 1II5A 3UGWA 1NNPA 1DMBA 2V25A 4AB5A 4YKJA 4P0IA 1Y9UA 2QL3A 3MPLA 1DPEA 5ISUA 1BTJA 1MQJA 4EXLA 1TXFA 1ZBMA 3IJXB 2ABHA 5EYFA 1B3LA 2ZYMA 3TTRA 4H67A 1URGA 1RKMA 3CFXA 3PD9A 2UYEA 1MQIA 2D3IA 3M8UA 5I2KA 3QUJA 3OO8A 3CSBA 2I4BA 2QS3A 1O64A 3RN8A 1N7XA 2ZXTA 1URDA 1F9BA 2XXWA 4OFOA 2UVIA 4QFNA 3GBAA 2XD3A 5HPQA 2Q8JA 5I59B 1Y4TA 1SQYA 3H6WA 4QRZA 3H7MA 3K1PA 3K0VA 1LB9A 1N04A 2B65A 5KZTA 1QULA 4R72A 3SETA 4XKQA 2RCBA 4BLAA 3VXCA 1OVBA 2F6PA 4NF5B 1LAGE 3MZ1A 1IIWA 1N84A 4GF8A 2VGQA 4XKPA 2HAVA 3OENA 5JTYA 1O63A 4YAHX 1UTHA 3SEUA 5L9MA 2ZNSA 2O7UA 1RYOA 2QSXA 3OD7A 4BDLA 3OOAA 1B7ZA 5FHMA 3SEYA 3K6UA 4FORA 2XXVA 1LAHE 2G93A 4DIGA 3R7XA 3VE1B 3LUYA 3RUMA 5BUUA 5ITPA 4GXSB 1M5BA 3G3GA 2DXYA 3QXMA 1SI1A 1JETA 2XXTA 1MY2A 3H3GA 5KCJB 4OFJA 1OQHA 3CSGA 3ONMA 4LVQA 5L9SA 3OEMA 4OHNA 4O3AA 2YPNA 2PT1A 4LQ5A 1TT1A 1BP5A 3G3IA 4BDMA 2ZYKA 1YPNA 1OLCA 3G3FA 2I3VA 3ZKKA 4GLIA 3T93B 4H8IA 1H76A 4LZ8A 1I6AA 1MPBA 1Q1KA 4IGTA 1B5IA 3PUYE 1B40A 3MVWA 3PV0E 1P1WA 3VXBA 4GVOA 4LZ7A 3KN3A 3TTLA 3O29A 3U94A 4I1DA 4L17A 4YKIA 3T22A 3UA8A 5I56B 5I2NA 1Y4CA 1NL5A 1HSEA 4YKKA 4KFQA 3UN6A 4LUBA 4RPOA 2ONSA 1B52A 3HHGA 4M1VA 4OQOA 5DTBA 4X1DA 3SEXA 4JWOA 3DP4A 4YB7A 1LFHA 1POY1 3C9HA 1ANFA 2R9JA 4BDOA 1ZMGA 3TUSA 1US4A 2R71A 1NNFA 1AIVA 4C1UA 4QF9A 2NOOA 4ISUA 4F29A 4ECFA 4YMAA 1B46A 1GTKA 3TQWA 5B7DA 1DTZA 3C35A 4GIZA 4X9TA 5I58B 3MC2A 2ESNA 3K6XA 2E1SA 1B51A 1AOVA 1P1OA 5FTHA 3MAMA 4JWYA 1LGBC 1FTMA 3RY3A 2H4IA 3MPKA 1N7WA 4ESXA 3K6WA 2X7PA 5DYHA 1B5HA 4IY6A 4IO7A 4G77A 4NEDA 2V93A 3EQ1A 3PMXA 2REJA 4P11A 2F34A 5CM6A 2CMOA 4ZEBA 3PGFA 5CMKA 3VV5A 1LAFE 3U1OA 3E3KA 2BJJX 4JBZA 3UK4A 1B3FA 3RPWA 1LCTA 4R75A 3O66A 4EF2A 3D4GA 3EHUA 1AH5A 2RF1A 2HCAA 3MVZA 4QSCA 4NE4A 1NH7A 4F1VA 3JZJA 3T96B 3K02A 1P1NA 3V5AA 2QS4A 3FVKA 3QAXA 5CMBA 3RT6B 3E9XA 4AQ4A 3SEVA 4NF6A 1DOTA 2UVGA 1HSJA 1YAEA 1B3GA 1MQGA 4Q30B 1NFTA 5TP9B 3UORA 3KSJA 4PQJA 4KYDA 2FA7A 3R26A 4TOZA 3T9XB 2H9BA 4LONB 1EZOA 3MVYA 3RLFE 2O69A 3S2VA 3IOVA 3OELA 2RC8A 4KR5A 3CVGA 3KSXA 1OIBA 1Y1ZA 4XTCQ 2HEUA 3K1MA 1CB6A 4LQ2A 2GFEA 3LSFB 4FEDA 3N5LA 1I69A 2THIA 4OTEA 4NF5A 2D21A 1R6ZA 4QHQA 4QSEA 2P2AA 4I8CA 1MQDA 4MFIA 3LR1A 3IOUA 5H8HB 3S9LC 1HSLA 5ICQA 3Q27A 3IB0A 4ZEIA 2P0SA 4JXIA 1Z7NE 1Y20A 1MRPA 4GRKA 2RKMA 4GL8A 2NVUB 1D9YA 5K2XA 2ONKE 3PUVE 2A5TB 1JVXA 2OLBA 4ZE8A 3IOTA 3EF7A 4BDRA 5AE4A 3KGCA 1MXXA 1Y3NA 1POTA 2F7BA 4OWDA 1PB8A 3MP1A 3N6TA 1WVJA 3EN3A 4H8JA 4EQ9A 4POXA 1IUDA 3TTMA 2D5WA 1TFDA 2Y7RA 4NTLA 5FHOA 1B9JA 1OVTA 1MS7A 2VD3A 1B05A 3KZGA 2DWIA 4DDDA 2YJPA 3IK6B 3IO6A 1PDAA 4I9DA 4RPNA 4IO5A 4HCWA 1B7HA 4OESA 4ZS9A 3T9UA 1LBBA 3KFMA 5AA2B 1MPDA 3OO7A 1SDXA 4H0WA 4NWCA 1B6HA 4ZDMA 3KG2A 3H6TA 1J1NA 3TAJA 4YZZA 1TWYA 3P7IA 4ZEFA 4R9FA 3FJ7A 4OFLA 2XXIA 3TCHA 5I56A 5A5XB 4ONYA 4MH5A 3RTWB 3PPOA 3FATA 3MJNA 2F6GA 2PYYA 4RY1A 4IO4A 3RNNA 4NF8B 3GBBA 1PBQA 5CBRA 1IQ7A 1S50A 2KLFA 3TTNA 4R74A 3IO4A 2Y84A 2O7IA 3VFJA 3BFUA 3GLBA 3U93A 2G29A 2ALUA 5DEXB 3FUZA 3B6QA 4JSOA 2XXHA 4YMBA 2QPQA 3C31A 3OEKA 1SW2A 3IAZA 3PMWA 2I58A 1ZJLA 4OVJA 2DOJA 1XC1A 4O3BA 4TQUQ 5H8QB 1LAXA 1N0TA 4EXKA 5I58A 1R1NA 2V3QA 3CR9A 3TCFA 1BKAA 3HPIA 4WEPA 5AA1A 4UACA 1H45A 4YB6A 3MUQA 1Z7ME 5KDTB 3Q28A 1VSOA 5I57A 4U4SA 3TELA 4RK9A 5L8DA 1GV8A 3LSLA 2DSFA 1FQBA 2ZYOA 2DXRA 3TDJA 3GZGA 3WAFA 5M2VA 4HTGA 5JEIA 3PUXE 4YKPA 1MXZA 3VVFA 3DLNA 1UTBB 5ITOA 4KCCA 1SYIA 2H98A 3TMGA 5H8NB 2P1SA 2AL4A 3FJGA 4U22A 1QW0A 4P0GA 3K00A 1Y3QA 5CC2A 4F2QA 2O51A 2PVUA 3H06B 5BWJA 2RCAA 1ZTYA 4DZ1A 1NNTA 1EZ9A 3PPPA 2OZZA 3A09A 3IB1A 4PETA 2E0SA 2UYFA 1MPCA 4GWOA 3FIRA 4X48A 4YICA 3QIMA 4C1TA 3GXAA 4OETA 4OEVA 3O9PA 3ILUB 2AIXA 3HHFA 2XXPA 4DE8A 4FAJA 2Q9TA 2GHAA 4GFRA 4PE5B 3CI8A 3QUFA 5TPAA 4ELOA 2F35A 3SERA 4NF4A 1XS5A 5AA4B 4PFWA 1B0HA 3MQ9A 1FTJA 1LBCA 3RT8A 2F78A 1M5EA 3U8QA 1M5CA 5HM4B 5I2KB 2AL5A 2F7AA 2RC7A 1UIUA 1LFGA 4R9GA 3O6GA 3IR1A 1MH4A 4Z0IA 2ZNUA 2I48A 1FQCA 5DT6A 1MQHA 3QK6A 3TEPA 1A8EA 1NMUA 4RNSA 4TLLB 3I3VA 4GXAA 2O6AA 2XXXA 2HZLA 1B32A 4DCYA 1H44A 4XKNA 3MW0A 4ZE9A 3PUWE 3M3LA 4H65A 2DWHA 1IITA 4QSDA 1MDQA 3VVDA 3KOSA 1M5DA 3E13X 3LSXA 4ELQA 4G68A 4RXLA 1QUIA 1QJMA 1P1UA 2XD2A 2NUVA 2IA4A 1LCFA 3TCGA 5JTYB 2F36A 3K4UA 1OQGA 1UTHB 3LBSA 3FV1A 1ZU0A 3FXQA 4IO6A 3S9MC 3KBRA 3WAEA 4DLDA 1PB7A 3O6IA 4THIA 2VHAA 4MLVA 4QFLA 1IZ1A 4LP2B 2QMXA 1JEVA 3TQLA 1B0LA 4Z7EA 2Q2CA 3S9EA 3LC8A 4Q8RA 2H99A 2ONRA 1I6QA 1MXVA 1SW4A 1A55A 4R2BA 3FV2A 1XVXA 1DSNA 5AA2A 1B2HA 1B1XA 2Z8EA 1JNFA 4ZZEA 2QS2A 4IY5A 3IX1A 2X26A 1YTVA 4KYSA 3N26A 2M8CA 4IO2A 3CFLA 2PMSA 1MXUA 3W9WA 4XIGQ 3M3KA 1MXYA 1MY4A 2O1LA 3OSQA 1MG1A 3LSWA 2ZNTA 3G3HA 3OSRA 3ZSFA 1H3DA 2V3UA 4KPTA 2XXYA 3A3CA 5I59A 5LOMA 2Y7WA 4H5GA 3TTKA 1A7LA 1T0KA 1NNKA 3H6VA 4Q0CA 4PFUA 4ELRA 2QS1A 4KQPA 1QUJA 2IEEA 2I6EA 1FQDA 5H8FB 2I0BA 3S9NC 2A5SA 1SW1A 5HBCA 1MH3A 3VLVA 1M5FA 3HN0A 3IB2A 3MWBA 5H8QA 2GH9A 4LATA 3ODBA 3VLUA 4IGRA 5B70A 1GR2A 2OK2A 1N76A 1VR5A 4ELPA 5CBSA 4AB6A 1SI0A 2VP1A 4NWDA 1GVCA 2H5YA 2XHDA 3C4MA 4OERA 1XT8A 2DWAA 3FGSA 4ZZAA 2W7YA 5K2YA 5L9OA 4E0XA 2RINA 3VLWA 5JK4A 1UTBA 3EHTA 4O3CA 3N6UA 4GD5A 1A40A 2UVJA 3TODA 5KCJA 4GOTA 4I62A 3KJTA 5H8NA 2GHBA 1D3KA 1JVYA 4DXCA 4PFYA 1FQAA 1ZIUA 3PPQA 4JDFA 1AL3A 3EHSA 1VFDA 1FTLA 1PC3A 4JB7A 1WDNA 2PX1A 3ZKLA 2LAOA 3Q29A 1EZPA 3QYTA 3B6TA 2Z8DA 4G8HA 3U92A 1BIYA 5TU0A 1IXCA 4RYAA 2O1MA 2I4CA 3H03A 2DS9A 2FNCA 1JQFA 2REGA 1A8FA 1S9TA 4M4GA 3OO9A 2HQ0A 3KN8A 4EQ7A 4ZEKA 4DXBA 5AA4A 3Q26A 5EHMA 3A3UA 4YU0A 3SEWA 1XOCA 2I49A 3JV9A 3O97A 2ZYNA 4MBPA 1JW5A 4NF6B 3KN7A 3V83A 4F3BA 3EPEA 4KI0E 3FXRA 3G3JA 1IEJA 4N13A 4G4PA 3S4UA 2HFBA 5I84A 5CMMA 4HW8A 2QMWA 2X7QA 3CRBA 1A54A 1R9LA 1ATGA 4F39A 4RK2A 1LLSA 4MF3A 3D4CA 3G7WA 4X1BA 4R73A 3K1NA 3DELB 3IJOB 2HZKA 4IB2A 1UIVA 4XKRA 1AMFA 2F7CA 3MZ9A 3MP6A 1URSA 1XHYA 2RC9A 3V8XB 2GRVA 2XX8A 1PBPA 4EF1A 3OMBA 4GL0A 2Q88A 3IOWA 2PBWA 2XXRA 4OMBA 3DP6A 4WXJA 3R6UA 2DVCA 4RA1A 3HCQA 3W9VA 3KEIA 2F8DA 4G8MA 4R6KA 4WEDA 2AYSA 1Y3PA 1Q35A 1USYE 2Z8FA 1USYH 1WODA 2DE3A 4DXUA 1N3XA 4POWA 5DVFA 2I3WA 4OYVA 4JWXA 2OCUA 4UA8A 1JEUA 3MP8A 4Q5TA 3HO7A 3HV1A 3K2DA 3MVXA 3FASA 5FHNA 2XXUA 1B1HA 2XX9A 3DM0A 2FYIA 4PFTA 4N6PA 4OENA 1QKBA 2OBGA 4H5FA 2Q89A 4MLQA 4H6DA 3SKPA 4KYEA 5ICTA 2ZMBA 1EH3A 2OJTA 2Y7PA 1I6BA 4QFKA 2VOZA 2DQVA 3CIJA 1ELJA 3MBPA 3UP9A 2ANJA 5CRYA 2UVHA 5TP9A 1BLFA 3HSTA 4F3SA 3JYRA 3K01A 2XXQA 2HAUA 1IXHA 4H1XA 1D4NA 4LZ5A 1O7TA 1FQFA 1IXGA 3QSLA 1DPPA 3H6UA 4F18A 4U23A 5DVJA 3TKDA 2WKYA 2O68A 1ZLQA 2Z23A 3PPRA 1MDP1 4QFOA 1SVXB 3ZS6A 5H8FA 2DE2A 3OXNA 4YB5A 5AA3A 3RQTA 1DTGA 2F97A 3TPAA 2DE4A 5H8HA 3ILTB 4OZ9A 5F1QA 3L6GA 3O2AA 2VD2A 2Q2AA 3CFZA 4KD5A 4K3FA 1Y1MA 1KWHA 3E4RA 3FZVA 1IXIA 3B6WA 4F1UA 2YLNA 1MM6A 2A5TA 4U2RA 3PPNA 2V84A 3H4ZA 1D9VA 1VE4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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