4KYDA

Partial structure of the c-terminal domain of the hpiv4b phosphoprotein, fused to mbp.
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAADALKITVSEMIRDLFGDSDKSRKLLESINMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Binding protein, viral protein
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Phosphoprotein, chimeri
publication title Protein domain definition should allow for conditional disorder.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 139
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kydA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kydA01
2O84X 2F5XA 3FVKA 1M5FA 4K3FA 1GV8A 2CZLA 4I8CA 3MZ1A 3S9EA 3A3UA 1A99A 2AL5A 4X1DA 1MG1A 4LZ5A 3MP1A 2GHAA 2ZMBA 2IEEA 2ONKE 1MPCA 1B3EA 4Z7EA 5K2YA 3IOUA 4TOZA 1DMBA 3TYHA 4BLAA 4HCYA 3CVGA 1QVSA 3SEUA 1B4ZA 1QW0A 4F3BA 4F3GA 2HAUA 1IXGA 4BDRA 4O3BA 2G29A 1I69A 3PUWE 3C35A 3V83A 4JBZA 3U8QA 2DE3A 3N26A 1ELJA 4JWYA 3KN8A 1IITA 2W7YA 4MBPA 3MPLA 4LVQA 4LA9A 1B32A 4QSEA 1N7WA 3DP4A 2DYXA 4XXUA 4Z0IA 3C9HA 1Y1MA 4GD5A 4XKQA 2XXHA 1LFGA 2ANJA 3B6QA 3G3JA 1MM6A 2XD3A 1OLAA 1TFDA 3KZGA 1QUIA 1LGBC 2XX8A 3IB2A 2Z8FA 2QS1A 1Z7NE 4WEPA 2V84A 1J1NA 3IOVA 2ZNSA 3O97A 4ZEBA 4KQPA 5DVIA 3KGCA 3MBPA 1YTVA 2YPNA 2E1SA 2XXIA 4RA1A 3K6WA 3I5OA 1LB8A 2PT2A 2I6EA 5I58B 3Q27A 4ELOA 1LBBA 3K2DA 3ZS6A 3BFUA 2B3BA 4KCCA 1Y1ZA 3K02A 4G8MA 1LSTA 1US5A 2LAOA 1Q35A 2QS2A 5JTYA 2Z23A 1MQHA 1JQFA 2DVCA 2H25A 4M1VA 2F6PA 5JTYB 4LUBA 2PT1A 1PEBA 1TWYA 3D4GA 3O29A 3K6XA 2XHDA 3O66A 3CSBA 3DP8A 3PV0E 1NL5A 1ZBMA 3SEVA 1T0KA 4QRZA 2H5YA 1P1WA 4U21A 4QFNA 4I62A 4U1ZA 1S9TA 3OO7A 1SDXA 3FVOA 2F7BA 1R1NA 3K1MA 4N6PA 5BUUA 4Q8RA 3PGFA 2RC8A 3I6VA 1LFIA 3PUYE 2DXRA 2ABHA 1PB8A 3OO8A 3O9PA 4BDOA 3C36A 1LCFA 3V8XB 2Q2CA 3L6HA 1IXIA 1SVXB 1MDQA 3RTWB 2UVHA 2OWSA 2F36A 3SESA 4G68A 2ZYNA 3E4RA 5K2XA 4G68C 1FQCA 3C34A 3W9VA 3EF7A 3H06B 3CR9A 1JETA 1TXFA 5DEXA 4QFPA 1LB9A 3N5LA 5AA1A 3G3IA 3TTNA 4ZDMA 1B05A 1Q1KA 1XS5A 3O6HA 1ZU0A 4ND9A 4MH5A 3H6WA 1FQAA 1O64A 5HBCA 1MY2A 1EZ9A 3SERA 5CRYA 1FTKA 3QXMA 1NNPA 4OQOA 1M5CA 2RINA 1A8EA 2Q9TA 1R9LA 3DELB 4XKPA 2GRVA 5KCJA 3PPPA 2ZNTA 2V3UA 3O6IA 5ISUA 3E9XA 5M2VA 3IK6B 3CSGA 2XXVA 3KSJA 4BDLA 1JW4A 3KOTA 3R6UA 5AE4A 2A5TA 5EHSA 3GZGA 3K01A 4L17A 4R6KA 4BDMA 3PPNA 1MQJA 4R74A 3FV1A 2O7UA 4F1YA 4FEBA 4R75A 2GH9A 2F7AA 3TELA 3IR1A 4KHZE 4MLVA 4RJZA 4MLQA 4M4GA 2IA4A 1FQBA 5H8HA 4BDQA 4G4PA 2QPQA 4EQ9A 4X48A 5H8HB 2KLFA 4DLDA 5AA2D 2RC9A 1AIVA 3LSXA 1L5TA 2ALUA 4GRKA 3T93B 2DP8A 5I57A 3UGWA 2HQ0A 4QHQA 4XIGQ 4NF8B 4I9DA 1OQGA 3T66A 1B7HA 4TLLB 1NFTA 4GIZA 4EF2A 2I3VA 4F31B 2DS9A 3B7DA 3FIRA 2XXUA 3V89B 4LP2B 3VV5A 5CMBA 5L9MA 2B65A 4C1TA 3GLBA 4WEDA 1UTBA 1JVYA 4NF6B 3VXBA 2PBWA 2VHAA 4OENA 4F39A 4GL8A 1IXHA 1P1NA 3EQ1A 4KYEA 3UP9A 4JXIA 3U94A 1ZTYA 3OEKA 1LFHA 1B3HA 1N04A 2R71A 4EF1A 4F29A 3CIJA 5ELVA 5TPAA 5F7VA 5EYFA 1H43A 3FD3A 1US4A 3VLVA 1WODA 2DE4A 4H65A 4DE8A 2NOOA 1DTGA 1IZ1A 4QF9A 1LAHE 5DT6A 2AYSA 2XX9A 4WKMA 1HSEA 4P0IA 4XKNA 1N0TA 3PUVE 1OQHA 2V3TA 1FTLA 3HPIA 1O63A 5B70A 2R9JA 5ITOA 1MH3A 3CG3A 3FV2A 4ONYA 3IJXB 4EDPA 4ZE8A 3N94A 3K1NA 3RQTA 1DSNA 4H5GA 1Z7ME 2QS4A 5DYHA 4OTEA 1MQIA 3ZKKA 3H4ZA 2NWJA 2I58A 2O69A 4RY1A 1Y3NA 1Y20A 3K6UA 1MXUA 5H8NA 4ZEDA 1IIWA 1N7XA 3HSTA 2ZNUA 5A5XB 5H8NB 1PDAA 4YB7A 3KN7A 2O6AA 2PX1A 2UVJA 4QFLA 4THIA 2V93A 2Z8DA 3ZSFA 3TTLA 1SD3A 1BTJA 2I4CA 4HS7A 4P11A 1URSA 4LQ2A 3U93A 3HO7A 3HN0A 3PMWA 4NF4B 2OK2A 1ATGA 4JSOA 1LAXA 1NH8A 3R7XA 3RPWA 3RUMA 1AOVA 1FW0A 1SW5A 5AA4A 2HCAA 5AA4B 2QSXA 1YAEA 4IY6A 2FYIA 1IXCA 2Y7IA 3TQLA 1EZOA 5CMMA 3PPOA 1MXWA 4G77A 1OVBA 4XTCQ 3THIA 4POWA 2Y7KA 1B5JA 3C31A 4G2ZA 4F1VA 5CI5A 1B3LA 2A5SA 1XVXA 2OZZA 3MVZA 3M3FA 2E0SA 1PBQA 3RGYA 1I6AA 4U1OA 1PB7A 2ESNA 3T96B 3TQWA 5IAIA 1USYE 1XOCA 2H98A 4AB5A 4YICA 2F34A 5FHMA 3IX1A 4KR5A 5I56B 3S9NC 3MZ9A 1VE4A 5I58A 1P1QA 2RCBA 4KFQA 5CC2A 1MXYA 5JK4A 1DTZA 4O3CA 5I2NB 2HZKA 2P1SA 2HXWA 2Q88A 4R9GA 1POTA 3VFJA 5CBSA 4YB5A 4X9TA 4C1UA 3CRBA 3PD9A 2F6GA 3USDA 3FXQA 1AH5A 4QSDA 4H5FA 5DVFA 1R6ZA 2M8CA 4DIGA 4BDNA 1B3FA 4IO7A 1OMPA 1QUKA 4ZECA 3K00A 1QKAA 3EPEA 4ZS9A 2AIXA 3E3KA 3JYRA 2Y7RA 4OEVA 1B5HA 4LATA 1GGGA 1MY0A 3PUXE 4YKKA 3K0VA 5ICQA 5H8FB 1WDNA 2O7IA 1UTHB 1B0LA 3K6VA 1ZKBA 1PC3A 4N13A 4JSDA 1D9VA 4F19A 4RK9A 3GBBA 3G3GA 3IJOB 2F35A 3FJGA 1SYHA 3W15C 1FQFA 1VR5A 4H8IA 3S2VA 1H45A 2D3IA 3PMVA 2RKMA 3OMBA 4EQBA 3ONMA 2HFBA 3A3CA 4KI0E 4NMYA 1SI0A 1XC1A 5L8DA 1BIYA 1YPNA 4H67A 1EU8A 1LAFE 2QMXA 2YJPA 4DDDA 1B40A 1MM7A 3IOTA 3MC2A 4IY5A 4OEUA 5I59B 1EZPA 2OCUA 2CMOA 3RLFE 4YU0A 1B3GA 1MY1A 1CE2A 3UA8A 3FUZA 4U2RA 3CFXA 1B5IA 2HAVA 4E0XA 3TEPA 3TKDA 5HPQA 3TZAA 5L9SA 4EXLA 3KG2A 2YLNA 4IB2A 2O51A 1M5BA 1RKMA 3G3FA 5FTIA 4LZ7A 3L6GA 3OO6A 3Q28A 3HHGA 3TTKA 3IO6A 3Q29A 4KD5A 4H0WA 1URGA 3E13X 1Y4CA 1QULA 3FVNA 3M3LA 5TP9B 3PMXA 3UIFA 1RYXA 1A40A 2DXYA 3DP6A 3UN6A 3FVGA 2XXQA 4QFOA 1R9QA 1B52A 2Y7PA 3TPAA 1KWHA 5KDTA 2WKYA 1QJMA 3LBSA 5KDTB 2V3QA 3KSXA 1OLCA 2FA7A 4G8NA 3H6TA 1P1OA 4DZ1A 3VLWA 2DSFA 4EXKA 5CM6A 2BJJX 3EHTA 1XT8A 1SW2A 1HSLA 4YMBA 3A09A 3KJ7A 3MP6A 5HM4B 2VGQA 2Z8EA 1NH7A 3S9MC 1N3WA 1ZMGA 4MFIA 2Y7WA 4IO4A 3TMGA 1N3XA 4KCDA 3FGSA 4ZEIA 5AA2B 1MY4A 5H8SA 4F22A 1A54A 3UK4A 1B1XA 1MPDA 4NF8A 4YKIA 2NXOA 3LC8A 4FIMA 4YZZA 1B0HA 1JVXA 4ELRA 4OVJA 2P0SA 4YKJA 3IO4A 3QYTA 1D9YA 2PVUA 2GFEA 4NF6A 3Q25A 4N07A 4H8JA 3LSFB 3R26A 3JZJA 3AXFA 3DM0A 4FORA 4IO5A 3VLUA 5DVJA 3O6GA 3OOAA 4AB6A 2I49A 1F9BA 3U1OA 1SW4A 1LAGE 2XXRA 4ELQA 3SEWA 1ZJLA 3KFMA 4PE5B 2OJTA 3HHFA 2DWJA 1MQGA 1M5EA 3VDFA 3MVYA 4OZ9A 2O1LA 2I3WA 3TAJA 2QS3A 4EQ7A 3G7WA 1CB6A 1NNTA 3MW0A 2THIA 4FAJA 2VP1A 5LOMA 2O68A 1FQDA 3ODBA 4EUOA 3U92A 2REGA 2Q8JA 1MDP1 3W9WA 1A55A 2Z22A 1LLSA 3TCFA 2H99A 2DOJA 3P7IA 4OWDA 1P1UA 1M5DA 4OYVA 2QL3A 4AQ4A 3O2AA 2FNCA 3PPQA 3MVWA 4YB6A 1UQWA 4Q30B 2X7QA 4ZZEA 1EH3A 1XHYA 1FQEA 4POXA 4O3AA 3HV1A 1TFAA 4R6YA 2G93A 5H8QA 5A5XA 1FTOA 3TTMA 3S4UA 3WAEA 4YAHX 4F3PA 5H8QB 4NF5B 3RTFB 1B6HA 4R2BA 3B6WA 2ZXTA 2QRYA 3VE1B 1N76A 2ZYOA 3SEYA 1GR2A 1Y4TA 4ZEFA 2F78A 4NF4A 4P0GA 4DCYA 3TUSA 1IEJA 4MF3A 1MXZA 4PFTA 3G3HA 4JDFA 3OENA 1AMFA 2X26A 1UIVA 2XXTA 3IB1A 5FHOA 2PMSA 3OEMA 4KYSA 2XXXA 4ELPA 3LSWA 1B9JA 3C32A 3FJ7A 4YKPA 3G3KA 1BP5A 2XXYA 3K1PA 5FHNA 4PFWA 3OD7A 3TFLA 3QUJA 2VD3A 2NUVA 5EHMA 3FXUA 2F7CA 5I84A 2I4BA 3CFZA 1NMUA 1URDA 3QIMA 3I3VA 4F2QA 1SBPA 4C0RA 1IQ7A 2X7PA 3B6TA 2DQVA 2RC7A 4F3SA 2O1MA 4TQUQ 4GOTA 1LBCA 3FATA 5TU0A 3DLNA 2I0CA 3ZKLA 2DVZA 2UYFA 1MH4A 4OERA 3HCQA 1OVTA 1BLFA 4FE8A 3C33A 3V5AA 4DXCA 5CMKA 4RPOA 4GWOA 4Q0CA 5I56A 4PP0A 4U4SA 3RN8A 1VFEA 1SQYA 3CFLA 4PFUA 4IO3A 4QFKA 5I2NA 3MUQA 2B3FA 3IAZA 1FTMA 4QSCA 1B7UA 2XXWA 4KYDA 4GXSB 5CMCA 4IGTA 1Y9UA 3O28A 1MPBA 3TCHA 4ZZAA 3N6TA 4OFLA 3RNNA 2V25A 3RY3A 5KZTA 5F1QA 4R6HA 3CG1A 1ZIUA 4FATA 1MQDA 3MPKA 1IUDA 3KBRA 3Q26A 4NWDA 3ECRA 4FECA 5H8FA 2XD2A 1UTHA 4E0WA 4YMAA 2ZYKA 3KEIA 4R2FA 3ILTB 3RT6B 1PBPA 3GXAA 4H1XA 4DCXA 4ESWA 3BFTA 1B2HA 1YCJA 3QUFA 3BKIB 3EN3A 1PB9A 1I6QA 1ZLQA 3MJNA 3TDJA 5BWJA 4RXLA 4F1UA 1BKAA 3H3GA 4GL0A 4R72A 2AL4A 3H6UA 4H6DA 1QKBA 5I59A 4LZ8A 1RYOA 3EHSA 1SYIA 1GVCA 4Q5TA 4GF8A 1I6BA 3IORA 3T9UA 4R73A 1DOTA 2I0BA 4PQJA 4NEDA 3FZVA 4F18A 5AA3A 3OO9A 3SKPA 1DPPA 4JWXA 1POY1 1B7ZA 1AL3A 2Y84A 3N6UA 1O7TA 1D4NA 4U22A 1H3DA 5JEIA 3T9HB 4G68B 2DWHA 4FEDA 4GLIA 5TP9A 4GFRA 2XXPA 3T9XB 1H76A 4OFJA 2F8DA 3FJMA 5DEXB 3K4UA 3MZBA 2RCAA 1USYH 1NKXA 2ZYMA 1DPEA 4PETA 1B51A 4U4XA 3D4CA 4R9FA 4IO6A 3PD8A 3IL1B 1SW1A 1S50A 3WAFA 4RK2A 1LCTA 2Q2AA 3MWBA 4OFOA 1II5A 2I48A 1NNFA 2QJEA 4OETA 2P2AA 4UACA 1VSOA 2VD2A 5KCJB 2OBGA 1A7LA 1FCKA 2ONRA 5IKBA 3T22A 2R6GE 1HSJA 1JEUA 4NE4A 4WXJA 2A5TB 5AA2A 1B4HA 3EHUA 4HTGA 1MXXA 2PYYA 3KOSA 5ITPA 2ONSA 3QK6A 3IB0A 4X1BA 3T9VA 3PPRA 2NVUB 5DTBA 3LUYA 4JWOA 4ESXA 2VOZA 4ZE9A 3MQ9A 1MRPA 3SDFA 4ZEKA 1H44A 3MVXA 3PUZE 1B46A 3GBAA 5I57B 4ISUA 4LONB 2REJA 3H7MA 2UYEA 4UA8A 3VXCA 4RNSA 1MY3A 1JEVA 4OESA 3FXRA 4OMBA 4ECFA 4OHNA 3VVFA 5CBRA 1ANFA 1TT1A 3OSRA 4GXAA 4IGRA 1D3KA 4XKRA 3KJTA 1A8FA 5FTHA 3CI8A 4DXBA 1UTBB 3OELA 3U72A 1OIBA 3SETA 4PFYA 2XX7A 3H03A 3M3KA 2DE2A 3IOWA 3M8UA 3TODA 2UVIA 2D5WA 4RPNA 1MS7A 2H9BA 3S9LC 5ICTA 2RF1A 2H4IA 2UVGA 4LQ5A 3LSLA 4I1DA 3VVDA 4IO2A 5TPAB 1B58A 1NNKA 3BBRA 4U23A 3MAMA 3PU5A 2DWIA 3F11A 3UORA 2OLBA 3TCGA 4G8HA 3QAXA 1XVYA 3C4MA 3TTRA 3QSLA 3LR1A 4JB7A 4F2OA 1Y3QA 1JW1A 3OXNA 4HCWA 1Y3PA 3VVEA 5L9OA 4NWCA 1MXVA 1QUJA 2GHBA 4OXVA 3H6VA 2HEUA 3FASA 4DXUA 2DWAA 2D21A 1JNFA 4GQOA 4HW8A 3SEXA 5I2KA 1S7YA 3MP8A 4NF5A 1JW5A 1P99A 1WVJA 2OWTA 4RYAA 3OSQA 1B1HA 1UIUA 5I2KB 1SI1A 1N84A 4NTLA 1VFDA 3ILUB 2UXAA 4FJPA 5J1DA 1FTJA 5B7DA 4KPTA 3KN3A 3RT8A 3JV9A 4GVOA 2HZLA 4TLMB 2F97A 2Q89A 1GTKA 2QMWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZZWA 2O84X 1KZ8A 2F5XA 3FVKA 1M5FA 4K3FA 1GV8A 2CZLA 4I8CA 3MZ1A 3S9EA 3A3UA 1A99A 2AL5A 4X1DA 1MG1A 4O7MA 4LZ5A 3MP1A 2GHAA 2ZMBA 2IEEA 2ONKE 1MPCA 4H46A 3BIGA 1B3EA 4JVIA 4Z7EA 5K2YA 3IOUA 4TOZA 2Y5LA 1DMBA 3TYHA 4BLAA 4HCYA 3CVGA 1QVSA 3SEUA 1B4ZA 1QW0A 4F3BA 4P56A 4F3GA 2HAUA 1IXGA 4X04A 4BDRA 4O7IA 4O3BA 2G29A 1I69A 3PUWE 3C35A 3V83A 4JBZA 3U8QA 2DE3A 3N26A 1ELJA 4JWYA 3KN8A 1IITA 2W7YA 5IZ3A 4MBPA 3MPLA 4LVQA 4LA9A 1B32A 4QSEA 1N7WA 3DP4A 2DYXA 1FJ6A 5IZ3B 4XXUA 4Z0IA 3C9HA 1Y1MA 4GD5A 4XKQA 2XXHA 1LFGA 2ANJA 3B6QA 2QFLA 3G3JA 1MM6A 3CHGA 2XD3A 1OLAA 1TFDA 3KZGA 1QUIA 1LGBC 2XX8A 3IB2A 1LEVA 2Z8FA 2QS1A 1Z7NE 4WEPA 2V84A 1J1NA 3IOVA 2ZNSA 3O97A 4ZEBA 4KQPA 1LBVA 5DVIA 3KGCA 3MBPA 1FSAA 1NI9A 1YTVA 4MAGA 2YPNA 2E1SA 2XXIA 4RA1A 3K6WA 3I5OA 1LB8A 4NHBA 2PT2A 2I6EA 5I58B 4N15A 3ROJA 3Q27A 4ELOA 1LBBA 3K2DA 3ZS6A 3BFUA 2B3BA 2HHMA 4KCCA 1Y1ZA 3K02A 4G8MA 1LSTA 1NUXA 1US5A 2B4MA 2LAOA 1Q35A 2QS2A 5JTYA 2Z23A 4PDDA 1MQHA 1JQFA 2DVCA 2H25A 1CNQA 4M1VA 2F6PA 5JTYB 1FPGA 4LUBA 2PT1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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