2F78A

Benm effector binding domain with its effector benzoate
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
SVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNWLEHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
publication title Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
pubmed doi rcsb
source organism Acinetobacter baylyi
molecule tags Gene regulation
total genus 73
structure length 222
sequence length 222
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f78A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f78A02
2Q9TA 4YKPA 1JW4A 3I6VA 1JEUA 4IB2A 4QFKA 1IITA 2OWSA 2GHAA 3KOSA 4F3BA 5AA2A 4TLMB 3DP8A 2PBWA 2VOZA 2OWTA 2VD2A 4U22A 1NH7A 2F97A 3M3FA 2UYEA 4ZECA 4EQ9A 4F1VA 4BDLA 4OESA 3GXAA 3MVWA 2QS4A 5TPAB 4GIZA 4RK9A 3G3HA 2LAOA 1Y3PA 5H8SA 5H8FB 4KFQA 4ESXA 2ZMBA 3KSJA 3D4GA 1JW5A 3TYHA 5K2YA 4DDDA 2XD2A 2Z23A 3FJMA 1MY0A 1H45A 4NF8A 3G3GA 4G68B 5L9SA 2V93A 1ANFA 1FTOA 1XOCA 1XVYA 3G3IA 3Q29A 2DE2A 3HN0A 2PT2A 4H6DA 2F8DA 2A5TB 4OFLA 2GHBA 3RLFE 1US5A 4NF5B 5L9MA 3H6VA 1FQFA 3IO4A 3UORA 4OWDA 4QSEA 4X9TA 1YCJA 4OYVA 5I57A 3ECRA 1N04A 4PFUA 3S2VA 4DIGA 3FVGA 4KCCA 5CMCA 3H06B 3QSLA 4JBZA 1LFGA 1AL3A 4FIMA 1Y3NA 4ESWA 2XX7A 4YU0A 3FVKA 1B40A 1Y1ZA 5IAIA 5DEXB 5H8NA 3IOVA 1DSNA 4H0WA 4QFNA 3FD3A 3KBRA 4PQJA 1NL5A 2VD3A 3FUZA 3IO6A 4GL0A 1GVCA 1BIYA 3O9PA 1R1NA 1ZJLA 2H99A 2F6PA 3KFMA 3S4UA 1MM6A 4XKRA 2Z8DA 3N6TA 3N94A 1SI1A 3SESA 3T9UA 4EF2A 1YAEA 1MDQA 2OBGA 2GRVA 3CVGA 1VSOA 2B3FA 3M8UA 2P1SA 3RUMA 1BTJA 3FXUA 4G77A 3EN3A 5JTYB 4QSCA 2IA4A 3VVEA 4U4SA 1SDXA 3C34A 1HSJA 4F3SA 3TCGA 1POTA 4FORA 4U2RA 3K1NA 1S50A 1XHYA 3SEXA 3JV9A 1LB8A 2NOOA 3KG2A 3S9NC 3SEWA 4NF6B 2DWJA 4O3AA 4R75A 3LSLA 1SW1A 3R26A 3I5OA 2Y84A 3RTWB 4E0WA 3T66A 2WKYA 2ONKE 4H65A 3O66A 4EQBA 4NMYA 3MAMA 4FECA 3MJNA 3PMWA 2XXRA 3ZS6A 2RC8A 1FQAA 4XTCQ 1I6QA 3F11A 4ECFA 1B4HA 1ZLQA 4KD5A 5CMMA 4OETA 4H1XA 2GH9A 2DXYA 1OMPA 2O68A 1MS7A 3G3KA 4IO5A 3U93A 1QJMA 4G2ZA 5AA4A 1SI0A 1MY2A 3GZGA 4YB7A 2AL5A 2H25A 1Q1KA 3BBRA 4JSDA 1ZIUA 2A5SA 4NEDA 3TTRA 1B7HA 3W9VA 4LUBA 1ZKBA 2DE4A 4GLIA 1VE4A 1OIBA 5I2KA 3OD7A 4ONYA 3RY3A 4XKNA 2O7UA 2CMOA 3HCQA 4PP0A 3PUYE 4IY6A 2PVUA 4BDRA 1EZ9A 5AA2D 2RCAA 2UYFA 3MP1A 2H4IA 4GWOA 4C1UA 1KWHA 2XX9A 1AOVA 1FQEA 1OQHA 2QSXA 3K6WA 4GQOA 4X1BA 2XXWA 1BP5A 3EHTA 4MFIA 4QFOA 2I49A 4YKJA 1M5BA 1PBQA 3C33A 1US4A 5H8HB 2Y7RA 3VLUA 1YPNA 4KR5A 2DYXA 5M2VA 3UGWA 4BDOA 4GD5A 2O51A 3MZBA 4ZEKA 3M3LA 4QFPA 5DT6A 1QVSA 3E4RA 1N7XA 2F34A 3PGFA 3CR9A 4PFTA 5K2XA 1DOTA 3PD8A 1NNPA 3C31A 1CB6A 1JETA 1IQ7A 2RKMA 3PV0E 1Y4CA 2ONSA 1D3KA 2HFBA 3OENA 4JWYA 4JWOA 2DOJA 3K01A 1B3GA 3RT8A 2RC7A 5DVJA 2HZKA 3LSXA 5AE4A 5I58A 4ELRA 2HXWA 2HAUA 2ZYKA 4HW8A 1M5CA 1R6ZA 2YJPA 3VV5A 2OZZA 3UIFA 5KCJB 1QULA 1B7UA 5ICTA 3M3KA 2H98A 4Q30B 4U1ZA 3E3KA 3SERA 3K4UA 1RYXA 5CMKA 4H67A 4ZEFA 2PYYA 3DP6A 4E0XA 1IXCA 4X1DA 1TXFA 3T93B 4FATA 5EHMA 3OSRA 1LFIA 1SYHA 3K00A 5TPAA 1SBPA 1FCKA 2Q8JA 5H8FA 2DE3A 4F2OA 4QHQA 2P2AA 2R6GE 2VHAA 5TP9B 2VP1A 3IX1A 5KDTA 1NH8A 5AA1A 4BDNA 1Z7ME 4G68A 3R7XA 3H6UA 4NF4B 5CM6A 3O6GA 1FTKA 4JWXA 4X48A 1S9TA 1QKBA 4RK2A 1UTBA 3HO7A 3MZ1A 1B5HA 4FEDA 2DVZA 1VFDA 4WEDA 4F1UA 1B3EA 4KPTA 3FZVA 2H5YA 3WAEA 4R73A 3FVOA 1DTZA 2I48A 1UTHB 3DLNA 3OO7A 4K3FA 3T9VA 2XXVA 4LZ8A 2I0BA 2ANJA 4R9FA 3TCHA 5DEXA 1B5JA 1Y1MA 2PT1A 1O63A 4WEPA 1PEBA 1XT8A 4I62A 1XS5A 2AYSA 4O3BA 3V8XB 3KSXA 1LCFA 4LZ5A 3OELA 1USYH 4N6PA 2REJA 3A3CA 2R71A 1XVXA 2XX8A 1TT1A 3L6HA 2NWJA 1I6BA 1SQYA 3C4MA 4G68C 3IR1A 3VXBA 4RYAA 1BLFA 3LSFB 4GXSB 1JEVA 3H4ZA 5A5XB 1RKMA 5I84A 4GOTA 3SKPA 3EPEA 3TTLA 3PPOA 5JTYA 2HAVA 5LOMA 2ZXTA 1HSLA 4EDPA 5I56A 1MQHA 1OVTA 4UACA 4OENA 3LC8A 3C36A 4G8NA 5FHNA 3CRBA 1MXUA 3G7WA 3A09A 4DXBA 3TODA 1MPBA 4OZ9A 1TWYA 1LAHE 2X26A 2O1LA 3OMBA 1SYIA 2XD3A 2HZLA 3MUQA 3PUXE 1EU8A 1NNFA 4TQUQ 4NF6A 4PE5B 1JVYA 3ONMA 1URGA 2NXOA 4WXJA 3CI8A 1AIVA 1OQGA 4L17A 1SD3A 3MPKA 4LONB 3FIRA 4AB5A 1FTMA 1Y4TA 1RYOA 2DSFA 1EZPA 1A7LA 1DPEA 3KN3A 3PPPA 5AA2B 3QAXA 3TEPA 3CG1A 3DP4A 1VFEA 4EQ7A 1AMFA 4ZZEA 3FXQA 1NNTA 4POXA 3IOTA 1MXZA 1JVXA 1MXYA 3FJGA 1B5IA 4TOZA 2Z8EA 5I59A 3T96B 4PFYA 3GBBA 4OFJA 2QMWA 2ZYMA 4Q8RA 1P1OA 4RXLA 5B7DA 1QW0A 2F7AA 1MRPA 1Y20A 2Q2CA 1LCTA 3VVDA 3BFUA 1P1QA 2UVJA 1A55A 2ZNTA 5CRYA 3E9XA 1QUJA 4YAHX 1IZ1A 4HCYA 3B7DA 1MY1A 4NF8B 4F29A 2YLNA 4OVJA 1FQDA 3KJTA 3KGCA 4YICA 3FV1A 4EF1A 3N5LA 1OLCA 3VFJA 5HM4B 3PU5A 3S9LC 1ZU0A 4IO4A 4GFRA 1D9YA 1B1XA 3CFLA 1Y3QA 1PB9A 4UA8A 3TTMA 4U23A 3C35A 1MXVA 5I57B 4MF3A 3U72A 5FTIA 3KJ7A 2GFEA 2HQ0A 3IB1A 2I6EA 4FJPA 4R2BA 3IOWA 2XXUA 4H8JA 3I3VA 5ICQA 3MP8A 4KYSA 1FTLA 5H8NB 4G8HA 1MPDA 4N13A 4RPOA 4R6YA 5H8QB 4BLAA 1R9QA 3T22A 4KHZE 2XXQA 4P0IA 2ONRA 3S9EA 2ABHA 1BKAA 1PB7A 2X7PA 1P1UA 1EZOA 1LLSA 2X7QA 4RJZA 1PB8A 3G3JA 1ZTYA 1MXWA 1A99A 3N6UA 2XHDA 1H76A 1AH5A 4H8IA 1NNKA 3K02A 1O7TA 1L5TA 2F5XA 4OTEA 2ESNA 4R74A 3QUFA 3VVFA 1WDNA 3SDFA 2G93A 3PPNA 3O2AA 2YPNA 5JK4A 4IO2A 4HS7A 3BKIB 2M8CA 1M5DA 4OMBA 3SEVA 4Q5TA 4YB6A 3BFTA 4IO3A 3TZAA 2CZLA 1O64A 1MDP1 3QUJA 3OEMA 3IAZA 1A8FA 4RY1A 4IGTA 4DXCA 5CBSA 1IXHA 2O69A 4TLLB 1IXGA 5ELVA 3C32A 5BUUA 1B1HA 2XXXA 1TFDA 5TU0A 4DXUA 4OFOA 4ZE9A 4RA1A 4HCWA 5FHMA 3PD9A 3MP6A 3FVNA 3RQTA 3RTFB 1UIVA 3Q26A 3S9MC 4ELOA 2DWIA 1MPCA 4NE4A 3N26A 3TPAA 1MG1A 3OSQA 4LATA 1P1NA 4F19A 3O6IA 3TELA 5I2NA 1MQJA 4F3PA 4F3GA 5I2KB 1OVBA 3Q25A 4ZE8A 4G4PA 3MZ9A 3LUYA 2I4BA 3GBAA 4PFWA 3R6UA 4EXKA 1GV8A 3TTNA 4ZS9A 3Q27A 4ZEDA 2DVCA 4XXUA 3ZSFA 1HSEA 1SW2A 2F6GA 3HSTA 1XC1A 2DP8A 1A8EA 3THIA 3T9XB 1B0LA 3UN6A 4JB7A 4F39A 4R6KA 2Z8FA 3KEIA 4R6HA 1B7ZA 4ZZAA 4G8MA 3QK6A 1LAXA 4LA9A 2OCUA 3U94A 3P7IA 1ZBMA 1B51A 1R9LA 2F36A 2I4CA 3L6GA 4O3CA 2AIXA 3W15C 3O29A 4QF9A 3FGSA 4KYEA 4IGRA 4GXAA 4F31B 2DQVA 2A5TA 5ITPA 2PMSA 4NF5A 3MC2A 1EH3A 1USYE 2Q89A 5DVIA 1P1WA 3K6UA 1M5FA 2V3UA 3TDJA 3IL1B 4MLVA 4DCYA 3RGYA 1LBCA 2UXAA 5FTHA 3OO6A 4C1TA 1OLAA 1H43A 3IJXB 4OQOA 4ELQA 3A3UA 3MQ9A 4C0RA 4GF8A 4RNSA 1VR5A 3PUVE 4PETA 1WVJA 2Z22A 4BDQA 4ZEIA 3JYRA 3PPQA 3RNNA 3FXRA 2DS9A 2PX1A 3H6TA 4KCDA 4WKMA 1MH3A 3CG3A 2RINA 2O7IA 1B4ZA 2RF1A 3T9HB 3HV1A 1FQBA 2E1SA 4ND9A 1N76A 3KN8A 2V3QA 3K1MA 4FAJA 3IJOB 1B46A 3CIJA 1T0KA 1LGBC 4M1VA 3MVXA 4H5FA 4IO7A 1F9BA 1PBPA 1URSA 1B6HA 1CE2A 4P11A 5L8DA 1TFAA 3PMVA 3E13X 3MW0A 5HPQA 5KDTB 4GL8A 3HHGA 4YMBA 4F2QA 3IK6B 3MVYA 4F22A 4KI0E 3ZKKA 2G29A 3IB2A 2I3WA 2XXYA 1QKAA 4ZDMA 2DXRA 5JEIA 3IORA 2NVUB 2D3IA 1FTJA 3KZGA 1WODA 2D21A 3KN7A 1UTBB 1B3HA 1UQWA 1ZMGA 4H5GA 3TQWA 5ISUA 1B05A 1DPPA 3U92A 1II5A 2XXTA 3OOAA 3Q28A 4QRZA 1H44A 4GVOA 3OEKA 2R9JA 5CMBA 1J1NA 4LVQA 1GGGA 1N0TA 2O1MA 3U1OA 3MVZA 3TAJA 3USDA 4LQ2A 1B3LA 3O97A 4POWA 2ZNUA 4JSOA 5H8QA 2O84X 2F35A 4R72A 1NKXA 4N07A 4R9GA 1POY1 3LSWA 5L9OA 2RCBA 3PPRA 5HBCA 1B52A 1N3WA 1D9VA 1A40A 1PC3A 3SETA 2REGA 3UK4A 3G3FA 1B32A 1JNFA 4HTGA 2KLFA 2DWAA 2QRYA 2FA7A 2VGQA 3HPIA 3D4CA 4JXIA 3RN8A 1PDAA 2P0SA 4DLDA 3CFXA 1MM7A 4OERA 2AL4A 5J1DA 3EF7A 4Z0IA 3O6HA 2I0CA 4THIA 5I56B 1I69A 1I6AA 1B9JA 1LAFE 1MXXA 3IOUA 1Z7NE 4OEVA 2Y7KA 4KQPA 3LBSA 3EQ1A 5H8HA 3UA8A 3ILUB 2XXPA 1FW0A 4MLQA 3TTKA 4FEBA 2RC9A 2QS2A 2BJJX 3K1PA 3RT6B 4RPNA 3QYTA 4LP2B 3FASA 4NWDA 2Q2AA 1UIUA 1LB9A 1FQCA 3DELB 2Y7PA 4IO6A 2XXHA 3OXNA 1NFTA 4DE8A 1S7YA 5CC2A 2QJEA 5DYHA 2OLBA 3VLVA 3GLBA 2OK2A 4I1DA 2QMXA 2IEEA 1P99A 3SEUA 2QL3A 3K6VA 2O6AA 4U21A 3TUSA 2OJTA 2D5WA 2NUVA 1A54A 4AQ4A 2F7CA 3VXCA 1QUKA 4U4XA 4ZEBA 1D4NA 3TMGA 3MPLA 5EHSA 4QFLA 5I59B 2ALUA 5ITOA 2THIA 2F78A 3V83A 5KCJA 1SW5A 3HHFA 3CSGA 4YB5A 4FE8A 4QSDA 3U8QA 3B6QA 2V25A 4OXVA 1MQIA 5B70A 4EXLA 2UVHA 4MH5A 1N84A 1JQFA 3TQLA 4ELPA 3VLWA 2Q88A 5CBRA 3ILTB 4YMAA 3PUZE 4LZ7A 3RPWA 2V3TA 3QXMA 1IIWA 2ZYNA 3UP9A 1GR2A 5TP9A 5DVFA 1LAGE 1LBBA 2XXIA 3CFZA 3FV2A 1H3DA 5FHOA 5EYFA 1ATGA 4M4GA 4NF4A 5IKBA 3ODBA 1YTVA 1URDA 3K2DA 4GRKA 3KOTA 4P0GA 1MH4A 5F1QA 3TKDA 2HCAA 1GTKA 4YKIA 4XIGQ 1B3FA 4F1YA 4Q0CA 1LFHA 5AA4B 1IXIA 1NMUA 2QS1A 4XKQA 1B2HA 3H7MA 3PUWE 3IB0A 4XKPA 3B6WA 1IUDA 2I3VA 4NWCA 5F7VA 1UTHA 4DCXA 2HEUA 2ZNSA 5BWJA 1MQDA 3PMXA 3W9WA 5CI5A 1DMBA 2Y7WA 1Y9UA 3OO8A 4NTLA 4DZ1A 4IY5A 3C9HA 3CSBA 3ZKLA 4LQ5A 3B6TA 1B58A 2B3BA 2V84A 5AA3A 1Q35A 1SVXB 4I9DA 4MBPA 1SW4A 3WAFA 4YZZA 3SEYA 3TFLA 3EHSA 2B65A 2E0SA 3H6WA 3K0VA 3FJ7A 2I58A 3V5AA 4BDMA 3H3GA 1M5EA 1B0HA 5DTBA 4R2FA 2W7YA 3H03A 4YKKA 3V89B 2Y7IA 5A5XA 1DTGA 3AXFA 3MWBA 3VDFA 3LR1A 2FNCA 3TCFA 4EUOA 3OO9A 3O28A 1ELJA 1MQGA 2UVGA 4OEUA 4JDFA 3K6XA 1QUIA 2QS3A 3JZJA 2F7BA 4Z7EA 1IEJA 3VE1B 1JW1A 5KZTA 1MY3A 2FYIA 1MY4A 2H9BA 2DWHA 4I8CA 4KYDA 1LSTA 1N7WA 3FATA 3QIMA 3MBPA 3DM0A 4ISUA 5I58B 1N3XA 2QPQA 4OHNA 4AB6A 2UVIA 4F18A 3EHUA 5I2NB 2ZYOA 4U1OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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