2F78A

Benm effector binding domain with its effector benzoate
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
SVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNWLEHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Gene regulation
source organism Acinetobacter baylyi
publication title Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 73
structure length 222
sequence length 222
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f78A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f78A02
1AIVA 4BDOA 5L9OA 3PPNA 2RF1A 3KOSA 1NNKA 2QS2A 4MLVA 5CBRA 1JNFA 1XVYA 4Q5TA 3H6UA 5CRYA 1B32A 1ZKBA 3MP6A 1B40A 5CMCA 3CG1A 4DXCA 1UTHA 1MXWA 3S2VA 3W9WA 2RKMA 1VFEA 2ABHA 4MH5A 2O1MA 2H99A 4U1ZA 4ZEDA 3TUSA 3O28A 5JTYA 3M3KA 3OSQA 5AA2A 4GIZA 2W7YA 3MPLA 3T93B 5FHOA 1M5DA 3O9PA 3K00A 3IAZA 3UP9A 1P99A 4WXJA 2F34A 1EZOA 1ZBMA 5FHNA 3BFUA 3TCFA 3K1MA 1MXUA 1OVTA 3IB1A 1TFAA 1A55A 3RPWA 3FJMA 1LCTA 1MQIA 1LB9A 3PPQA 1JQFA 4JB7A 4F39A 1FW0A 4IB2A 4YMAA 4ECFA 2PX1A 3KOTA 4RPOA 4OWDA 4EDPA 3G3GA 2CMOA 4H8JA 3WAFA 3G3KA 2PBWA 3QIMA 3VVDA 2HCAA 4GVOA 4F29A 1TXFA 4QFLA 3RTFB 3DM0A 4LZ8A 3OENA 4GFRA 1MH4A 3PU5A 1B3EA 4GRKA 4Q0CA 2OWSA 1B7HA 3K2DA 4JSOA 3K02A 2OLBA 4ESXA 5FTIA 3EF7A 5H8FA 3FGSA 4OZ9A 2XHDA 1XHYA 1Y1ZA 1YTVA 3KGCA 2NOOA 4N07A 4YKJA 3C4MA 1Y3QA 3FJ7A 4KFQA 3LSFB 1NKXA 1P1OA 3HN0A 2VD3A 5DEXA 4POXA 5L9SA 3D4GA 4LQ2A 1UTBB 2FA7A 2O1LA 1N0TA 2X26A 5ELVA 3V83A 1LFGA 1NFTA 3R7XA 2A5TB 3HPIA 4IO4A 3QYTA 3TFLA 3TTMA 1Y4CA 4YICA 4MFIA 5TPAA 3O6HA 1US5A 1MXYA 1TT1A 3JYRA 4ELPA 3KN7A 5I2NB 5CM6A 5H8SA 1JW5A 3KN8A 4G68C 4QSCA 2REGA 2ZYMA 3C35A 2XX8A 2OK2A 1ZMGA 3E13X 1QUJA 1B05A 2Q88A 2D21A 2XXQA 3VDFA 4IO7A 2RCAA 2XXIA 2RINA 2NVUB 1B0LA 1AL3A 2ESNA 4QFNA 3HV1A 4PFUA 2IA4A 4FATA 2O7IA 4AQ4A 2B3FA 3E3KA 2XXWA 1N3WA 1D9VA 3E9XA 1SYHA 4OYVA 3WAEA 3MVXA 2QSXA 3CSBA 3K6VA 2XXHA 2ZNTA 3DP4A 4KR5A 1BIYA 4LA9A 1DTGA 4H0WA 3TYHA 3EHUA 1A54A 1MY0A 3HSTA 4KYSA 4R9GA 2V3TA 4ISUA 4RXLA 2BJJX 2RC7A 1DTZA 2XXUA 1MXXA 2UVJA 2I48A 2UYFA 4G68A 4JDFA 3K0VA 3U8QA 5ITPA 4IY6A 3VE1B 2ZNSA 3MVYA 2F7AA 4DDDA 1R1NA 3OSRA 5DYHA 3U72A 2DYXA 3ILUB 4IY5A 4R75A 2Q8JA 2H98A 3KN3A 2OCUA 1UIUA 1SW4A 5HM4B 1PDAA 3MC2A 2OBGA 5FTHA 1P1UA 1MY4A 3K6UA 4U1OA 1I69A 5H8QA 1POTA 1SBPA 3QUFA 2V25A 2ZYKA 4KI0E 3Q28A 2NXOA 2Z8FA 3KSXA 3ZSFA 1FQEA 1XC1A 4YMBA 2CZLA 4P0IA 4R9FA 3LSWA 4F31B 4TQUQ 2Y7RA 5I2KA 4NWDA 4EUOA 3TTLA 1N76A 1NNFA 1UIVA 1FTMA 2F78A 2F8DA 3FASA 3N26A 5ITOA 1H76A 1LCFA 3DP6A 3LUYA 1XVXA 3PD8A 4LZ5A 4F3BA 1H3DA 3U92A 4F1UA 4LZ7A 5L8DA 1ZU0A 5KDTB 3PD9A 2O69A 5K2YA 1FTLA 2PT2A 3IR1A 1IXGA 1LSTA 4G8HA 2HFBA 1DPEA 5B70A 1SDXA 3N6TA 4IO2A 2FNCA 3DELB 1QKBA 2NUVA 1B1HA 1S9TA 4AB6A 4IO3A 5I58A 1Y9UA 1O63A 4H6DA 3ZS6A 3K6WA 4NF5A 2I4BA 3KEIA 4PQJA 4E0WA 4TLMB 3M3FA 2Q9TA 2HZLA 1SYIA 4IO5A 1LAGE 4F2OA 4H8IA 1IZ1A 2F97A 3MWBA 3IL1B 4OENA 2G29A 1POY1 4OXVA 4U4SA 5H8HA 4DIGA 3V89B 2O7UA 3H4ZA 5H8HB 3JV9A 3UA8A 3KZGA 5I56B 5KZTA 1D4NA 3GXAA 3TTRA 5HBCA 3PUYE 5AA2D 2YJPA 4YB6A 3M8UA 4RY1A 1O64A 1Y1MA 3RTWB 1MXZA 3SEYA 2VHAA 5DVFA 2R71A 2RC8A 5AA1A 3MBPA 3CG3A 4H67A 5K2XA 3HCQA 3UN6A 3IO6A 2RC9A 2AIXA 3SEVA 3EQ1A 4RNSA 1B4ZA 3QUJA 2AL4A 4O3CA 4EQ9A 3UORA 5ICQA 2Y7WA 2VP1A 1LGBC 3FUZA 4I9DA 3RY3A 1B5HA 1P1NA 2I3WA 3GBAA 4G4PA 1OLCA 3PUZE 3B7DA 4ZEBA 3L6GA 4M4GA 1IITA 4R6KA 1MXVA 4N6PA 3SEWA 1B3FA 1MY3A 1UTHB 5AE4A 2GFEA 1MY2A 4EQBA 1UQWA 5A5XA 4FE8A 1GV8A 3TCGA 1LFIA 3CSGA 1RYXA 1B5IA 5JTYB 1AOVA 5AA2B 2XX9A 1RYOA 5JK4A 2ZNUA 3VLUA 2HAVA 4FECA 4XKRA 5TP9A 3I6VA 4F1VA 5B7DA 2HEUA 3FVOA 4G2ZA 2QPQA 3FATA 3PPRA 5L9MA 3MP8A 5DVIA 5LOMA 3EPEA 2O68A 5CMMA 1Y4TA 3KSJA 3S4UA 3H03A 2DE2A 3SEUA 2V93A 3SERA 3FV1A 4U4XA 3Q27A 3EN3A 4PFTA 1EH3A 3EHTA 1IEJA 1FTKA 4R74A 1A7LA 4O3AA 1M5CA 5CMBA 4BLAA 4M1VA 1NNPA 3IJXB 3UGWA 1MQGA 4C0RA 3TTKA 1EU8A 3PMXA 1PC3A 4WEDA 4QSEA 3SDFA 5H8NA 4GXSB 4ELOA 4EQ7A 1MRPA 3TDJA 2XXPA 1B3HA 5H8FB 3CR9A 1HSJA 4NTLA 2H9BA 2QRYA 2Y7KA 3C31A 2Q2CA 1PBPA 2F5XA 1URGA 2I0CA 3Q29A 1ZIUA 4KQPA 3MQ9A 4ZECA 2Z8EA 3TEPA 4NMYA 1DSNA 3SKPA 5DEXB 4X1DA 4YKPA 1EZPA 3IO4A 4H5FA 1MM6A 1R9QA 3C34A 2O6AA 2F35A 3U93A 4XIGQ 4WEPA 1WDNA 1P1QA 3U94A 3PPOA 5TPAB 1GGGA 5CI5A 3FIRA 1FTJA 2PYYA 4EF2A 1MG1A 4GLIA 1HSLA 4ZDMA 4AB5A 1MY1A 3V5AA 2QS4A 4X48A 1A8FA 4G77A 4YU0A 2ZMBA 1SW2A 3FV2A 3TZAA 2DVZA 2Y7PA 4ND9A 3N6UA 1US4A 3PMVA 3ILTB 1VFDA 3FZVA 4F2QA 5BWJA 3SETA 3VXBA 1YPNA 3MVZA 4EXKA 3T9VA 4KD5A 3H6VA 2XXTA 5M2VA 3OXNA 3S9NC 5AA4A 1XT8A 3OOAA 4MF3A 4NF4A 2DXRA 2UVIA 4GD5A 4FIMA 2V3UA 1SW1A 3ODBA 1OLAA 4PFYA 4BDNA 3TAJA 1ANFA 1PB9A 3SESA 4G8NA 1IUDA 3JZJA 3MPKA 3KG2A 2XXVA 1F9BA 3OO6A 4RPNA 4NE4A 5CBSA 2GH9A 4ZZEA 4OFJA 1A99A 1PEBA 5I84A 4F18A 3RT8A 4G68B 3BFTA 3H6TA 2GRVA 4KYEA 3G3FA 3K1PA 4PFWA 5J1DA 1IQ7A 2DXYA 3A3UA 1Q1KA 5I57A 2XD3A 4LUBA 1NH8A 2I3VA 2F7BA 4NF6A 3T9XB 1JW4A 2DS9A 2QJEA 3QSLA 4TLLB 3BKIB 1Q35A 2OZZA 3CFZA 3TKDA 4PE5B 4G8MA 3T22A 1B4HA 4L17A 3LR1A 1B1XA 3VXCA 1DPPA 2ONKE 4BDQA 4JBZA 1MQHA 5H8QB 1EZ9A 4Z7EA 4ONYA 3CFLA 1B3LA 3H3GA 3THIA 3FVKA 4GQOA 3V8XB 4OHNA 2UXAA 2A5SA 4OMBA 4EXLA 2QMWA 3FD3A 5EHMA 3QXMA 1P1WA 4OFOA 1QW0A 3OD7A 5I2KB 3PV0E 4HCYA 1T0KA 4MLQA 2DWIA 1GVCA 2RCBA 2DE3A 4FAJA 3T96B 1CE2A 1GR2A 1Z7NE 4KCDA 3S9EA 2DVCA 2I58A 5EHSA 2D3IA 1MQDA 1OMPA 4DCXA 5HPQA 4LONB 4YB5A 1FQBA 2IEEA 1FCKA 1JEVA 2LAOA 3N5LA 2QS3A 4R2BA 4U2RA 2P0SA 4F3PA 4OETA 4POWA 3UIFA 4U21A 1XS5A 3C9HA 1LAFE 2R6GE 1ZLQA 3DP8A 1SW5A 2XXRA 1VR5A 2Z23A 4TOZA 5DVJA 4QHQA 2R9JA 4P11A 3LC8A 2I6EA 2DWHA 3OMBA 5I58B 3C36A 4OVJA 5AA3A 1OQGA 2PVUA 3TTNA 3U1OA 1DOTA 4NF5B 3OO9A 1NL5A 1SVXB 1ZJLA 3TODA 1QKAA 3IOWA 3E4RA 2HZKA 1QUKA 2WKYA 3B6WA 3RT6B 4QFOA 2XX7A 4NF8A 4Z0IA 1B58A 2FYIA 3MAMA 4HTGA 3HHGA 2QS1A 3VLWA 2OJTA 1L5TA 4OEVA 4RJZA 5BUUA 4RA1A 4LQ5A 1LBBA 1JVYA 2ANJA 3VFJA 3ZKKA 1MM7A 1MQJA 1B9JA 4WKMA 4ZZAA 5I59A 3UK4A 3OELA 2PMSA 4YZZA 4FORA 1LAHE 1YCJA 4YAHX 1BLFA 4OEUA 4RK2A 1Y3PA 4IGTA 2DWAA 2DWJA 4LATA 4ZE9A 4F1YA 2KLFA 3FVNA 2H4IA 3N94A 2V84A 5DT6A 1URSA 3VVFA 1KWHA 1Y20A 1QVSA 4YB7A 2VOZA 1I6AA 4PP0A 2F6GA 3KBRA 1B7UA 3PGFA 1VSOA 3W15C 2H25A 4OESA 1LFHA 4XXUA 3F11A 1MPCA 1QUIA 3A3CA 4IGRA 3I5OA 1MS7A 3FJGA 3GBBA 1WVJA 1N3XA 3IJOB 3T66A 3ONMA 3G3IA 4RK9A 5FHMA 1A8EA 4XKPA 1S50A 1PB8A 2UVHA 2F36A 1N7WA 3SEXA 5A5XB 2XD2A 1ATGA 1B46A 1SI0A 2UVGA 1B5JA 4ZE8A 4KCCA 1OVBA 2DOJA 1ZTYA 4FEBA 1M5FA 1NMUA 4K3FA 4KPTA 3C32A 4JWYA 1AMFA 4DXBA 4THIA 3MJNA 1AH5A 3VLVA 4BDMA 4PETA 5TP9B 4YKKA 4I1DA 1JW1A 1LAXA 2Y7IA 3FXUA 3LSLA 2YPNA 3OEMA 3DLNA 1XOCA 2B65A 1JEUA 4IO6A 5ICTA 4H1XA 2Z8DA 3A09A 2V3QA 1URDA 4R2FA 2HAUA 3I3VA 4GL0A 3G3JA 2O51A 1B6HA 4DXUA 2ZYOA 2YLNA 5DTBA 1N7XA 1N84A 4UACA 3RGYA 4NWCA 4H5GA 1Y3NA 4JSDA 3MZ1A 1CB6A 1NH7A 5H8NB 4F3GA 2GHAA 1QULA 3O2AA 4ZS9A 1YAEA 4BDRA 3CVGA 1II5A 4BDLA 1LBCA 3PMWA 1IXCA 4R72A 1SI1A 3R26A 3PUVE 3GZGA 4QSDA 4N13A 1FQDA 2Q89A 4ELRA 2B3BA 2ONSA 1QJMA 2ALUA 1GTKA 1DMBA 4FEDA 3W9VA 3QAXA 3IK6B 1FQAA 3MUQA 3D4CA 4DLDA 1M5EA 1UTBA 3FXQA 3MZBA 4X1BA 4U23A 1BTJA 2ZYNA 1IXHA 2A5TA 1H45A 3K6XA 1FQFA 4I8CA 1MPBA 2XXYA 4F19A 1ELJA 5I2NA 1VE4A 4QFKA 4ELQA 3RUMA 3RLFE 2HXWA 3ZKLA 3TQWA 1B2HA 4DE8A 1I6BA 5IAIA 4Q8RA 4OERA 3CI8A 4GF8A 5EYFA 4OTEA 5JEIA 3OO8A 1M5BA 2DE4A 4E0XA 5AA4B 4LP2B 1O7TA 4GWOA 2F6PA 2D5WA 2UYEA 4C1TA 4NF4B 3C33A 4R6YA 3MVWA 1BP5A 3K01A 3LSXA 3M3LA 1S7YA 1SQYA 1FQCA 3FXRA 4YKIA 3OO7A 1HSEA 2X7PA 3Q25A 5F1QA 1NNTA 2ZXTA 3FVGA 1Z7ME 3MW0A 3TPAA 2AL5A 2P1SA 2VD2A 3O6GA 3AXFA 2QMXA 3Q26A 4ESWA 3RN8A 3TQLA 1USYE 1D9YA 2REJA 1WODA 3IOTA 1R9LA 3MP1A 4P0GA 5I57B 3TELA 3PPPA 1MDQA 3G7WA 4NF6B 2O84X 1FTOA 3GLBA 4RYAA 4DZ1A 5TU0A 4XTCQ 2X7QA 2THIA 4U22A 4JWOA 3CFXA 4KHZE 1BKAA 3HO7A 1J1NA 4GOTA 1OQHA 3RQTA 1R6ZA 1I6QA 2VGQA 5F7VA 2NWJA 3O97A 2F7CA 4ZEKA 3ECRA 4KYDA 3IB0A 4MBPA 4LVQA 1PBQA 2Q2AA 2DQVA 3CRBA 3T9UA 1PB7A 2DP8A 4F3SA 2I4CA 4I62A 4XKQA 4Q30B 3BBRA 3K1NA 2DSFA 4UA8A 3KJ7A 5IKBA 2OWTA 3G3HA 3K4UA 3LBSA 3O66A 4ZEIA 5KDTA 1JETA 4FJPA 2HQ0A 2AYSA 3IX1A 3PUWE 5CC2A 3O6IA 3H06B 3R6UA 3USDA 4HS7A 3B6TA 2I0BA 1B7ZA 3IOVA 1TWYA 3HHFA 3IB2A 1MPDA 5ISUA 3KJTA 3EHSA 2Y84A 1B0HA 4QFPA 4R6HA 1N04A 3S9MC 2ONRA 4QF9A 3H7MA 2PT1A 3QK6A 5CMKA 1D3KA 1SD3A 4F22A 4EF1A 4QRZA 3T9HB 3CIJA 3VV5A 3O29A 4C1UA 1RKMA 4XKNA 4HCWA 4R73A 1B3GA 2E0SA 1TFDA 3TCHA 2Z22A 1OIBA 2P2AA 2G93A 4NF8B 2QL3A 2I49A 3VVEA 1H44A 3H6WA 4JWXA 4O3BA 4OFLA 4H65A 3RNNA 5I56A 3IORA 2E1SA 4X9TA 4JXIA 1A40A 5KCJA 3L6HA 4ZEFA 4OQOA 1B51A 5KCJB 5I59B 3KFMA 1IIWA 3MZ9A 2H5YA 4GL8A 3PUXE 1LB8A 1LLSA 2XXXA 1H43A 3S9LC 3P7IA 1MH3A 3IOUA 4HW8A 1MDP1 1JVXA 3B6QA 2GHBA 1IXIA 3TMGA 4DCYA 4NEDA 4GXAA 1B52A 1USYH 3OEKA 2M8CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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