2R9JA

Ligand recognition in c-lobe: the crystal structure of the complex of lactoferrin c-lobe with nicotinamide at 2.5 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Ligand recognition in C-lobe: The crystal structure of the complex of lactoferrin C-lobe with nicotinamide at 2.5 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin'
molecule tags Metal binding protein
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2r9jA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2r9jA02
3PPRA 4R6KA 2UXAA 1RKMA 3MP6A 5TPAB 1YCJA 4JXIA 4ZDMA 1CE2A 3HSTA 1ZMGA 1D9VA 2Z22A 2DWJA 3OO8A 2DVZA 3WAFA 5AA2A 3V5AA 2ZYOA 1LB9A 3RPWA 1J1NA 3K1NA 2XX7A 1JNFA 1IQ7A 4BDRA 1I6AA 1QUKA 1AIVA 2H4IA 4GWOA 4Q0CA 3FVGA 2PT1A 3HPIA 1XS5A 4OEUA 1A54A 4F18A 2UVHA 4GVOA 3TELA 4EXKA 3ZKKA 1S7YA 3VLVA 1MH3A 3KFMA 4RK9A 2DSFA 3CFXA 2XXVA 2P0SA 3OO7A 3UGWA 3IOUA 3N94A 3EHUA 4BDMA 1TWYA 2F7CA 5K2YA 4F19A 4MLQA 3O6GA 3OOAA 4KPTA 5BUUA 3U94A 3TAJA 2UYEA 1USYE 5ICTA 5JK4A 4C1TA 3TUSA 3VVFA 2RINA 4OVJA 3VE1B 3I5OA 2XXTA 1P1WA 5H8SA 4P0IA 3KEIA 1SD3A 5FHOA 3QK6A 2FA7A 1MQIA 4G8HA 5ISUA 1ELJA 4ZZEA 1LCFA 3TEPA 1ZBMA 2H98A 1JW4A 4QF9A 2E0SA 4JB7A 5TP9B 1Y3NA 1FQAA 3H06B 2QMXA 3QUJA 1B1HA 1MG1A 5I57A 4NWDA 1KWHA 2PBWA 2V25A 4IO2A 3K01A 5ITOA 4G68A 3FUZA 3K6XA 4N13A 1FTLA 2XXWA 3FIRA 2RKMA 3ECRA 2PMSA 5EHMA 2D21A 2V3QA 3PPOA 5H8NB 4G68C 3VDFA 2IA4A 1NNKA 3IOVA 3WAEA 1N3WA 1MRPA 1D4NA 3K6VA 1MY4A 2XXYA 1HSJA 2VOZA 4OZ9A 1HSEA 2PYYA 2X7QA 1SVXB 4F3SA 2V84A 1S50A 1TFAA 5I2NB 5CI5A 2KLFA 3C32A 3JZJA 1UTHA 2F5XA 3DP4A 3TMGA 4G8MA 4MF3A 4R6HA 4UA8A 1A8EA 3JYRA 3T9XB 3U93A 4F29A 2QRYA 4AB6A 4YMAA 3BBRA 2ZXTA 1SI1A 2R6GE 4H5FA 1WODA 1LB8A 3QXMA 1LBBA 5FHNA 4AB5A 1GV8A 3RT8A 1B1XA 1PBQA 5AA2B 4KHZE 4RK2A 2DQVA 2B3BA 4PP0A 2HAVA 3QUFA 2D3IA 3KJTA 4F2QA 1B52A 3FXRA 3BKIB 3E9XA 1M5EA 1USYH 2BJJX 4H6DA 4GFRA 3ZKLA 2F7AA 3MP8A 4ISUA 5HBCA 4GRKA 5DEXA 3PUVE 3MC2A 1MQDA 4QSEA 3MVWA 4GD5A 4KD5A 2XXPA 3EHTA 1TT1A 3B6WA 2M8CA 1B5HA 3G3HA 1FW0A 1II5A 1SYHA 3UIFA 4F1VA 1Q1KA 4BDNA 1MXXA 3K1MA 4MBPA 3EN3A 3TTMA 3Q26A 5FHMA 5JEIA 2XD3A 3OXNA 4U21A 3RN8A 3VVDA 3KGCA 2LAOA 3SERA 5CC2A 4IO6A 1MXUA 3TQLA 4E0WA 3LBSA 4HTGA 4G77A 3DLNA 4OFJA 5DVFA 5AA1A 2O7IA 4GOTA 2PVUA 4OHNA 2CZLA 2H99A 4IO3A 3MPKA 3PUZE 4OXVA 3THIA 5I57B 5I56B 2DWIA 1ZJLA 3C33A 2XXQA 3FJGA 3KN3A 2FNCA 3PUWE 2DVCA 4G68B 1PB7A 1VE4A 4K3FA 4POXA 1F9BA 1JW1A 1IIWA 4NF8B 4NMYA 4JBZA 2RC8A 4BDQA 3TYHA 2RCAA 1ZLQA 4KYSA 3LC8A 3H6WA 4C1UA 3GBBA 2E1SA 3N6TA 5M2VA 3SKPA 3MVYA 3FASA 2FYIA 1EZOA 4LQ5A 2UVJA 1P1OA 5H8QA 3FV2A 3IORA 3FV1A 3KJ7A 2HXWA 5CMBA 5DT6A 3E13X 2Y7RA 1BKAA 1UTHB 2XX9A 1A7LA 4DIGA 5A5XA 3FD3A 3ILTB 3IO4A 3JV9A 1IZ1A 3OD7A 2GHBA 1WVJA 1PDAA 3OSRA 2UVIA 3IR1A 3H6UA 3TODA 4WEDA 2UVGA 3OMBA 2I49A 4YKPA 2ZYNA 1H3DA 4X1DA 2XD2A 3R7XA 3UORA 1CB6A 5I84A 3TCFA 3KSJA 3TPAA 1YTVA 3CRBA 3IB0A 2Y7PA 5B70A 1Q35A 5DEXB 2W7YA 3CFZA 3SETA 1MY0A 4XKQA 2QPQA 4H5GA 3P7IA 1EZPA 1JVYA 2YJPA 3EQ1A 3N6UA 1EU8A 1Y3PA 5CBRA 2I3WA 3RUMA 4NF4A 1FTKA 3LSXA 3PMXA 3MQ9A 4HCYA 3I3VA 4OQOA 2RCBA 4MFIA 2DE4A 2Y84A 4U4SA 2O51A 4LP2B 3ODBA 1B2HA 3FVKA 3IX1A 4ELRA 2R9JA 3N26A 2H9BA 1B7ZA 4MH5A 2F78A 3RNNA 3K00A 4KCDA 1M5BA 1JEUA 1JVXA 2A5SA 1SW5A 2ESNA 3TTNA 3SEYA 3TTLA 3A3UA 3TFLA 3MVZA 3K1PA 3N5LA 5K2XA 3V83A 2I48A 3T9UA 4FAJA 4F1UA 3S2VA 3U8QA 4YZZA 2HEUA 4OTEA 3O29A 4R72A 2YLNA 3E3KA 1MQHA 5I58A 2I4CA 1OVBA 3MW0A 2A5TB 5H8HA 5FTHA 1Y20A 4XKPA 2ZYMA 3H3GA 1H76A 2Z23A 4FORA 2I58A 4LATA 3CVGA 1IXIA 3FJ7A 4IGTA 3KN8A 1NNFA 3PMVA 4P11A 4Q8RA 4UACA 3VV5A 3C9HA 1A40A 1Z7NE 3T93B 4RPNA 4G4PA 3B6TA 1TXFA 3UA8A 3IJOB 4GQOA 2D5WA 1DPEA 2X26A 5AA2D 5CMKA 3QAXA 3DP8A 1Y4CA 3PU5A 4U23A 3CFLA 2VGQA 1MDQA 3IL1B 2DXRA 5ICQA 1B05A 1D9YA 4EF1A 2ZMBA 4PFTA 5ITPA 3R6UA 1B0LA 1DPPA 3T96B 2AL4A 4U2RA 2DE3A 4BLAA 1B6HA 1NL5A 3TZAA 1NFTA 2ZNTA 1OLAA 4NF6A 4R2FA 3GLBA 1VFDA 5LOMA 2GFEA 3G3FA 1WDNA 5KZTA 4KI0E 4IO5A 1B5JA 4NF4B 1UQWA 4WXJA 3CR9A 2P2AA 3O6IA 1S9TA 3HO7A 3DELB 4QFNA 3KZGA 2ZYKA 4I1DA 2H25A 4JSOA 2Q88A 1N04A 1US5A 1B9JA 4ZE8A 4OETA 4I62A 2DP8A 2NOOA 1B4ZA 1FQEA 3OSQA 3SDFA 1Y3QA 4AQ4A 1OMPA 1OQHA 3IO6A 2GHAA 1I6BA 3LSLA 4QFOA 1YPNA 2V93A 5KCJA 1O63A 2ABHA 1B58A 3K2DA 3KN7A 2QS4A 4DXUA 3O66A 3PPNA 3S9NC 1QULA 2GH9A 4F3PA 4EQBA 3FGSA 3AXFA 4ESWA 2QS1A 3E4RA 3Q28A 1M5DA 4FEDA 1RYOA 4R9GA 4Z7EA 3FVOA 4OENA 4H1XA 3UP9A 3EPEA 4P0GA 2XXHA 5H8HB 4KQPA 3BFTA 2F6GA 1A99A 4U1ZA 1MXZA 2Q8JA 1SI0A 4ZECA 4F1YA 3B6QA 3U72A 4RYAA 4X9TA 1H43A 2HZKA 3W9WA 4ZS9A 5FTIA 3M3LA 3EHSA 4BDOA 5AE4A 2ONRA 1GR2A 4H8IA 3PD8A 1LFHA 3UK4A 3DP6A 4QFLA 1B3HA 4G2ZA 2I0CA 2OLBA 4DXCA 2QS3A 4TOZA 1SW2A 4N07A 5L9OA 2Y7WA 4U4XA 2XXIA 1MY2A 1XVYA 1JQFA 1B32A 1XC1A 1MM6A 3RT6B 3M3KA 1NNTA 2THIA 3G3IA 4GL0A 3ILUB 1QUJA 2Q2CA 2HFBA 3PPQA 2O7UA 1MY1A 4F2OA 4GL8A 1NH8A 2QSXA 1PEBA 4NF6B 2NWJA 3IAZA 3SEXA 3FXQA 4JWYA 1TFDA 4X48A 4XTCQ 2DWHA 1URGA 1IXGA 4IO7A 4TQUQ 1LAFE 3C4MA 1IUDA 3QIMA 4YU0A 4DLDA 1FQBA 3C36A 2ONSA 4OWDA 1ZTYA 3T9HB 1N7XA 2RC9A 2I6EA 2Z8FA 3G7WA 4O3BA 2GRVA 3MP1A 4N6PA 1FTMA 1EH3A 2G29A 2ONKE 3O6HA 1IITA 1FTOA 3D4CA 2O84X 4F39A 4OYVA 1R9LA 1MS7A 3PGFA 2O1MA 3H7MA 5HM4B 3H4ZA 5KCJB 4PETA 3G3JA 1A8FA 2AL5A 2OBGA 2G93A 1NKXA 1N0TA 4YKIA 3OELA 3KSXA 2HAUA 3F11A 4GXSB 2WKYA 5ELVA 5DVIA 5IAIA 4Q5TA 3U92A 2O6AA 2REJA 2VD2A 4NEDA 4XIGQ 1DSNA 4H8JA 4YICA 4F3GA 4KFQA 3OENA 1ATGA 3LR1A 3KOTA 3SEWA 4PFUA 1OVTA 3H03A 1VFEA 1ZIUA 1QJMA 1JETA 2Y7KA 2F35A 3L6HA 4NTLA 3GXAA 3RGYA 2PT2A 2XXXA 3IOTA 2OZZA 1SDXA 1H44A 2I4BA 3L6GA 3DM0A 1US4A 1Y1MA 3TTKA 1LCTA 3R26A 4LZ5A 3T9VA 4FATA 1XT8A 4POWA 1POTA 3W15C 3S9EA 3PUYE 2NVUB 3T66A 4G8NA 4NF5A 1BLFA 1SW4A 4LQ2A 5TP9A 1UIUA 4DDDA 3MZBA 3ZS6A 2DS9A 4WKMA 3OO9A 4JWXA 1B5IA 2Y7IA 2QS2A 3RQTA 4YKJA 4E0XA 3U1OA 5EYFA 4OMBA 5L9MA 1BP5A 1NNPA 1AMFA 1FQCA 1MPDA 4IY6A 5EHSA 2B65A 4O3AA 1B3GA 3RTWB 2X7PA 2F8DA 4TLMB 3TCHA 2DOJA 1LBCA 1OLCA 3MAMA 1QVSA 4R6YA 1LLSA 2DWAA 1OIBA 2H5YA 2QMWA 5F7VA 4HW8A 1B3FA 1PBPA 4OFLA 1P1QA 3SEVA 4LA9A 3IJXB 1GTKA 2B3FA 1LAHE 1Y9UA 3K4UA 4R75A 1MPCA 5BWJA 4X1BA 3FZVA 3MUQA 5H8QB 2ZNSA 3M3FA 5AA3A 1P1UA 3MZ9A 4ND9A 2Q89A 4PFWA 4ZEIA 2VD3A 5H8FA 1XVXA 3PMWA 4QSDA 1MXVA 5A5XB 4GIZA 4IB2A 4F31B 4ECFA 1LFIA 3VLWA 2Q2AA 1B40A 4PQJA 1HSLA 1Y4TA 4FJPA 2OWSA 4QRZA 3PUXE 4LONB 4YB6A 2F36A 2V3TA 1DMBA 3O9PA 2YPNA 1P1NA 2F6PA 3TDJA 4GXAA 3LSFB 4YAHX 3MPLA 4R2BA 1B7UA 1XHYA 3PD9A 4OERA 3B7DA 2ZNUA 4F3BA 4XKRA 4ELPA 5JTYA 4BDLA 1MH4A 2F34A 3QSLA 3H6VA 2R71A 3G3GA 1MY3A 2DYXA 3CSBA 1MXWA 3HN0A 4LVQA 4OFOA 2Q9TA 3TTRA 4U1OA 3TQWA 3VFJA 2OK2A 3KOSA 1IXCA 5I2KA 4NF5B 3G3KA 3QYTA 3BFUA 5L9SA 3CG3A 5TU0A 4YMBA 1RYXA 2O1LA 1UTBA 3FXUA 5KDTA 2F97A 5I56A 4ZEDA 2HZLA 4PFYA 1ZU0A 4XKNA 3GZGA 1QUIA 1I6QA 4ESXA 4H0WA 3K02A 4NF8A 2AYSA 4LZ7A 5AA4A 3MZ1A 3ONMA 3CSGA 4YB5A 2VHAA 4KYEA 1MQGA 4GLIA 1DOTA 3Q27A 5CBSA 1NH7A 4GF8A 3TKDA 1B7HA 4NWCA 5I59A 1MQJA 1VSOA 4RA1A 1SBPA 4JDFA 2XXUA 1OQGA 4EF2A 3HV1A 1BTJA 1URDA 4R74A 2V3UA 5I58B 4RXLA 2NUVA 4ELQA 2PX1A 4ELOA 4H67A 1N7WA 3IK6B 2RF1A 1N3XA 4THIA 1GGGA 5H8FB 1POY1 3Q29A 3RLFE 1LSTA 2O69A 1FQFA 1ZKBA 3FJMA 1B0HA 4LZ8A 3H6TA 1MXYA 3KG2A 4I8CA 4QFKA 3W9VA 1LGBC 1H45A 1EZ9A 4RPOA 4FIMA 1SQYA 2Z8EA 1IEJA 3S4UA 3GBAA 3RY3A 3O28A 1FTJA 3RTFB 1M5FA 2HQ0A 5CM6A 3LUYA 4JWOA 1XOCA 4YB7A 1D3KA 4H65A 5CRYA 1JW5A 1VR5A 1PB9A 1FCKA 1MM7A 1JEVA 1SW1A 1IXHA 4L17A 1O7TA 4ZEFA 2REGA 4KYDA 2OCUA 4HS7A 5JTYB 2IEEA 3OO6A 2XHDA 3A09A 3A3CA 2HCAA 1DTGA 4OESA 2I0BA 3FATA 5L8DA 1R1NA 4QHQA 4JSDA 4F22A 3ZSFA 2XXRA 4EQ7A 1B46A 1B4HA 4DCXA 5I2KB 5IKBA 4IO4A 1N84A 1P99A 1R6ZA 1I69A 2AIXA 1DTZA 3MJNA 1UTBB 2Z8DA 5KDTB 4LUBA 3CIJA 4Z0IA 3K0VA 1FQDA 3VXCA 5CMCA 4U22A 4C0RA 3SESA 3MWBA 5AA4B 3S9LC 1YAEA 3V89B 3CI8A 4PE5B 1A55A 3VVEA 5TPAA 1GVCA 4FECA 4R73A 1NMUA 1Y1ZA 2A5TA 3O97A 3EF7A 4KR5A 5I59B 4FE8A 1QW0A 2VP1A 3K6UA 4RNSA 1AOVA 3OEMA 3OEKA 1ANFA 1B51A 3D4GA 1O64A 3HHGA 4M1VA 4R9FA 2NXOA 2DXYA 4WEPA 4QFPA 4OEVA 4EUOA 5CMMA 2OWTA 4Q30B 3VXBA 4ZE9A 1MPBA 3CG1A 5F1QA 3PV0E 4DZ1A 1AH5A 5DYHA 5B7DA 1URSA 3MBPA 4DXBA 3HHFA 3C31A 2I3VA 4XXUA 1N76A 1MDP1 3I6VA 2ALUA 2UYFA 4EQ9A 3IB2A 5HPQA 1LFGA 3T22A 1T0KA 2F7BA 3IOWA 4RJZA 3UN6A 4IGRA 4KCCA 1PB8A 5DTBA 1AL3A 1B3LA 2DE2A 4RY1A 4NE4A 3SEUA 1SYIA 4I9DA 2ANJA 4O3CA 2CMOA 3C35A 3USDA 3S9MC 3IB1A 3HCQA 4QSCA 4ZEKA 3MVXA 4EDPA 2OJTA 1UIVA 2XX8A 4DCYA 5DVJA 4YKKA 4ZZAA 3VLUA 5I2NA 4ZEBA 2P1SA 1R9QA 4TLLB 4IY5A 4ONYA 1QKBA 4MLVA 3Q25A 1M5CA 2O68A 3KBRA 4HCWA 3PPPA 1LAXA 1B3EA 5H8NA 1Z7ME 2QL3A 3V8XB 1QKAA 4FEBA 1LAGE 3O2AA 3LSWA 2QJEA 4DE8A 3TCGA 4M4GA 3C34A 4EXLA 3FVNA 3M8UA 1BIYA 3K6WA 1L5TA 5J1DA 2RC7A 1PC3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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