2R9JA

Ligand recognition in c-lobe: the crystal structure of the complex of lactoferrin c-lobe with nicotinamide at 2.5 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin'
publication title Ligand recognition in C-lobe: The crystal structure of the complex of lactoferrin C-lobe with nicotinamide at 2.5 A resolution
rcsb
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2r9jA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2r9jA02
4OESA 1HSEA 2PMSA 3IR1A 4BLAA 4E0XA 2O1MA 3Q27A 1GR2A 3DLNA 1XS5A 4YKPA 3KJ7A 1Y4TA 4IO2A 4OYVA 4ZZAA 2F35A 1OMPA 1S7YA 4XKNA 1SW1A 2XXRA 2X26A 5KCJB 2RINA 4MF3A 1XT8A 4MFIA 4H8IA 3IB0A 1CB6A 3IK6B 1B4ZA 3KN8A 2O68A 3WAFA 4G8NA 2BJJX 4IO4A 3KN3A 2H4IA 4LZ5A 3MZBA 3RGYA 1Q1KA 1B3EA 2OLBA 4BDRA 4F3BA 2RCBA 3EF7A 2VOZA 3PMXA 1SQYA 2ZYKA 2V84A 3LR1A 3O66A 4WKMA 5I57B 4KCCA 3A09A 3HN0A 4GLIA 1EH3A 4BDOA 2VHAA 3VDFA 3DP4A 4M1VA 2X7PA 1UIVA 3IO6A 2RC7A 4XXUA 3R26A 3MPKA 2ABHA 3C35A 3K01A 2ZNUA 4N6PA 2QL3A 5I59A 1DOTA 1B51A 2R9JA 5ICTA 3C9HA 1I6QA 1ZTYA 2OCUA 2B65A 1AIVA 3KZGA 4R72A 1H3DA 3IAZA 4OTEA 4F3SA 2XXIA 2DWHA 4JXIA 4FECA 1IXHA 3G7WA 3T9VA 3CSGA 1DTZA 5I58A 4OVJA 2REGA 1PB7A 1QKAA 1YCJA 3MPLA 2A5SA 1N0TA 4DDDA 3IX1A 3QIMA 3L6GA 4QRZA 4H65A 1OQGA 3FV1A 4U21A 4I9DA 1IXCA 4X1BA 4F3GA 4RJZA 3MVZA 3R6UA 3V83A 4JWOA 3FVOA 2ONKE 3TYHA 3PUZE 2Z22A 3D4GA 3IO4A 4RA1A 1JVXA 1MPBA 5ICQA 2PT1A 4NF6A 3MUQA 4ZEBA 4BDNA 3ODBA 1PC3A 4IGTA 1LAFE 5TPAA 3IB1A 1EZ9A 4NF8A 3ILUB 5F1QA 3TTMA 2V3TA 5J1DA 2H25A 2NWJA 3E4RA 4DLDA 5I56A 3E13X 3H6UA 3S9MC 4NWCA 4DZ1A 4OENA 1B3LA 1QKBA 5AA2A 3P7IA 4EXLA 4YB6A 4U23A 1NNKA 2FYIA 3UORA 1MXZA 5FHNA 1MY2A 2HFBA 5I59B 3TTLA 1R9QA 3FJMA 4C1TA 1MQHA 3PUWE 3W15C 1B05A 2QS1A 1PEBA 3FIRA 3K1PA 3MWBA 1FTJA 4X9TA 1OLAA 4QFLA 2F7AA 3UK4A 4OFOA 4KQPA 1SYIA 2OZZA 3O28A 2ZNSA 3FXRA 3G3FA 4DCXA 1IXGA 1LAHE 2G29A 2XXWA 3RTFB 2XXUA 4U4XA 4OWDA 3RPWA 4ZEIA 3S9EA 3ZSFA 3KGCA 2XX9A 4H6DA 5DTBA 3E9XA 5CMBA 1WODA 4N13A 4F39A 1A99A 2RC8A 2DXRA 1O7TA 4Z7EA 3ZKLA 2GHBA 3RTWB 3U72A 2P1SA 3VLUA 3TCHA 1A40A 3B7DA 4NF5B 2CMOA 1OVTA 3W9VA 4ZEDA 3TQWA 1USYH 4PFYA 3TPAA 3G3KA 1A8FA 3U94A 5DEXA 1Y3NA 1Y3PA 5AA3A 4DCYA 3CFZA 4NF6B 4EXKA 3CFLA 2OWSA 4U4SA 4PP0A 1FQEA 4POWA 5TP9A 4G8HA 5TPAB 5JEIA 2H99A 4Z0IA 5ISUA 1LCTA 5LOMA 3EHTA 3MJNA 2I3VA 3H4ZA 4ONYA 2R71A 4NF8B 4TLMB 1JNFA 4QSCA 3OD7A 4GL8A 1MG1A 2R6GE 1MQIA 5I56B 4O3BA 1EZOA 4R74A 1US5A 3KOSA 2UYEA 1J1NA 1JETA 3CG3A 5L9MA 5AA2B 3QK6A 2Z8FA 1US4A 3BFTA 5BWJA 2XX8A 4C1UA 2P2AA 3FZVA 3Q28A 3PPRA 3HSTA 4F2QA 4PQJA 3H06B 3KOTA 1MXXA 3O6HA 3TUSA 3ZS6A 3OENA 1H45A 4G4PA 3IB2A 3OOAA 2ESNA 1VSOA 3FVGA 1LB8A 3B6TA 3IJOB 1BKAA 3TTRA 3RLFE 1FCKA 1SD3A 2UYFA 4TLLB 1SI0A 2PVUA 3C31A 1JW5A 3VVEA 2QS2A 5EHSA 3RNNA 4ZS9A 1SW2A 3V5AA 4M4GA 3PPNA 5DYHA 1F9BA 5H8HA 3H3GA 1M5EA 2PT2A 4F22A 4RY1A 4L17A 2DSFA 4ZDMA 1B7HA 1N3WA 1TT1A 4N07A 4AB6A 5DEXB 2AIXA 4LZ8A 2REJA 3MAMA 3EHUA 2M8CA 5TP9B 1FTLA 1D9VA 5H8FA 4QFPA 3TTKA 1QVSA 4KD5A 1JW1A 2YPNA 1SVXB 3G3HA 1IEJA 3OO9A 1P1UA 2DE3A 3UIFA 2DWJA 3MP1A 1HSJA 3RQTA 2DYXA 2I0BA 5JK4A 3VFJA 4ELOA 2Y7WA 4QFOA 3QYTA 1XOCA 1B4HA 5ITOA 2XXHA 2I4BA 1SYHA 4GVOA 5FTIA 1M5FA 3SEYA 3FV2A 3OSRA 5CM6A 1MH4A 4P0IA 2F97A 2HAVA 1MQJA 2Q88A 1BLFA 3LSLA 3SDFA 3RN8A 3OEKA 4TOZA 4AB5A 4JBZA 4YB7A 2X7QA 2G93A 3CSBA 3VXBA 1B32A 2DWIA 1B2HA 4I62A 4JDFA 2HZKA 1QW0A 1MXYA 3FVNA 3HHGA 4C0RA 3PGFA 1MQGA 1ZIUA 1B3HA 5IKBA 4H67A 3ONMA 5H8HB 1B7UA 5I2NA 2I48A 3T9UA 3HO7A 3N6UA 3RT6B 3TDJA 1GV8A 2B3BA 4OETA 4DXUA 3KEIA 2RC9A 3TCFA 2Q2AA 3FASA 2XXVA 4YMAA 2I49A 1OVBA 2Z8DA 3H6WA 1DSNA 4YKIA 3KJTA 4X48A 3GBBA 3SEVA 3BBRA 5CBRA 1Y1MA 1ZKBA 5H8FB 1O63A 4G68A 1ELJA 1LB9A 3IJXB 2F7BA 3KFMA 3Q29A 3VVDA 2IEEA 4GF8A 3CFXA 3M3KA 1D4NA 3JV9A 2XD3A 4IO6A 4IO5A 3C32A 1I6AA 1FQDA 3PD8A 3F11A 1I69A 1DPEA 3RY3A 1B5IA 1P1WA 2PBWA 4K3FA 1DTGA 2E1SA 2OBGA 3K02A 1POY1 4KHZE 4EQ9A 3U92A 3IOVA 2Y7IA 2ALUA 2Q2CA 5HM4B 1IXIA 3FXQA 3DM0A 4F1VA 4ZECA 1VFEA 4R6KA 5FHOA 3UA8A 1Q35A 1VE4A 1L5TA 4G77A 5L9SA 2ZYNA 4P11A 3D4CA 4YZZA 5CI5A 3C36A 2I6EA 3N94A 3MVXA 5FTHA 1LAGE 2AL4A 4LVQA 3O29A 4JWXA 4MBPA 5I2NB 4GFRA 3KSXA 1PBPA 1TFDA 4OFLA 4R9FA 3H6VA 2VD3A 3GXAA 3KBRA 3S9NC 1B0LA 3A3UA 1MY0A 4EQ7A 1MXUA 1IQ7A 5DVIA 4THIA 1UTBA 2THIA 4FIMA 4G68B 1IITA 5CMCA 2D5WA 3M3LA 4LUBA 4GL0A 1A8EA 1N84A 3BFUA 1MRPA 1ZU0A 4XKPA 1ANFA 1FQAA 1DMBA 2XXQA 4NMYA 2HEUA 3VXCA 3LSWA 3QSLA 4GD5A 1RKMA 4HCYA 4OERA 5H8NA 2DQVA 4F18A 4NF4A 3MVWA 5I58B 1DPPA 2XXTA 4G8MA 4IY5A 1OIBA 1NL5A 3TFLA 2D21A 4OZ9A 3DP6A 2I58A 2XD2A 3FATA 4BDMA 5CMKA 3SERA 3CVGA 3IOWA 3S4UA 4DIGA 3CG1A 5H8QA 1H44A 1MXVA 4RNSA 2UVHA 1ZLQA 3MW0A 3T9XB 3SEUA 3M3FA 3MP6A 1EU8A 2Y7KA 4NE4A 4U1OA 4MH5A 3IOUA 2F7CA 1M5DA 1YPNA 3SKPA 5JTYA 3S9LC 4PETA 3TQLA 1UTHA 3VLWA 2RF1A 1P99A 5K2XA 1A7LA 1QUJA 3OMBA 3FJ7A 4O3AA 4U22A 4FATA 4HTGA 3R7XA 4IGRA 4OFJA 1UTBB 4YICA 1FTKA 3U8QA 4KR5A 2OJTA 1Z7ME 3PPPA 4LQ2A 3CR9A 3MQ9A 5I2KA 3N6TA 2H5YA 1RYXA 1NNPA 3VE1B 1VR5A 3PUVE 3TTNA 4ND9A 2NOOA 3T22A 1FTOA 1MS7A 2QMXA 4QF9A 1PDAA 3GBAA 2OWTA 1LFGA 3O6GA 4PFWA 2I3WA 1B58A 3G3GA 3HCQA 2HCAA 3LUYA 4X1DA 3T66A 4OHNA 2VGQA 2AL5A 4NF4B 2O51A 1MM7A 4G2ZA 2AYSA 2YJPA 3TAJA 1P1QA 4JB7A 3K1MA 1P1NA 4PE5B 1NH7A 5H8QB 1AMFA 2NVUB 3N5LA 3SEWA 5M2VA 1D3KA 2O69A 1AOVA 1EZPA 3PPQA 4ESXA 4GXAA 3THIA 3OO7A 2A5TA 2DE4A 3SEXA 1ZJLA 3FD3A 2O6AA 1IUDA 5JTYB 2RKMA 4KCDA 1FW0A 1UTHB 4P0GA 1FQCA 3TELA 1N76A 1BIYA 2V25A 3T93B 2H98A 3K1NA 4ECFA 5KZTA 2CZLA 1B5HA 5DVFA 4Q30B 4RPNA 5AA1A 1TWYA 1FTMA 2QMWA 4Q5TA 3EQ1A 3HPIA 2GRVA 4GOTA 4NEDA 3QAXA 3FXUA 1LFHA 2E0SA 5I57A 4EDPA 2F6GA 4WXJA 1URSA 5EHMA 3MZ1A 5I2KB 2VP1A 4PFUA 1JEVA 4F31B 4H5FA 1VFDA 4RXLA 3A3CA 4RK9A 5B70A 1O64A 3C4MA 3ZKKA 3TKDA 2B3FA 3CRBA 1LCFA 1B7ZA 4DE8A 3OO6A 2DVCA 4QFKA 2RCAA 3TZAA 3K6XA 3N26A 4AQ4A 1SW4A 1JVYA 1R6ZA 1XVXA 2V3QA 3QUJA 3UN6A 4OMBA 4YMBA 2NUVA 1LAXA 1FQFA 5L9OA 3PUYE 1MPCA 3CIJA 4Q0CA 3S2VA 1B40A 1NMUA 2ZYOA 1LSTA 2F5XA 1GGGA 3H6TA 3V89B 1SDXA 3TCGA 4H5GA 4F1YA 1HSLA 3USDA 3PD9A 1POTA 5CMMA 5ELVA 4YKKA 4QSDA 1MM6A 1MXWA 3OEMA 2Y7RA 1R1NA 4HCWA 3EHSA 1B1HA 1H76A 1N7WA 2DS9A 3G3JA 4LATA 3TEPA 2NXOA 2A5TB 2DOJA 4RYAA 2UVGA 3I5OA 4R6HA 4H8JA 1RYOA 3WAEA 3SESA 1YTVA 1AH5A 1MDP1 5L8DA 1BP5A 4ESWA 1ZBMA 2FNCA 4EUOA 5CRYA 4POXA 3JYRA 3EN3A 1GVCA 5K2YA 3KN7A 4IB2A 1PBQA 1MY1A 2F34A 1Y9UA 4NTLA 3FJGA 4OEVA 2XXPA 4KYSA 4E0WA 4ELQA 2HXWA 3K0VA 3LSXA 2DE2A 4UACA 3T9HB 2O7UA 3JZJA 3VLVA 1SI1A 3LC8A 2GH9A 5KDTA 1Z7NE 3PUXE 1N7XA 3GZGA 1TXFA 2LAOA 2OK2A 4OXVA 3ECRA 4EF1A 2XXXA 1JEUA 4LONB 2GHAA 4FORA 1B3GA 2V3UA 1PB9A 4H1XA 1ZMGA 2H9BA 2O1LA 3EPEA 2YLNA 2QRYA 1B5JA 4JSOA 3K4UA 4LQ5A 2ANJA 2UVJA 2QS4A 4LZ7A 2ZXTA 1NNFA 1LBBA 1JW4A 1UIUA 2Q8JA 3DP8A 1MPDA 1I6BA 2ONRA 1IIWA 2GFEA 4Q8RA 5DT6A 4FAJA 4NF5A 1NH8A 1ATGA 3OSQA 4I8CA 2PYYA 2F36A 4XIGQ 2IA4A 4FE8A 3PMVA 5AE4A 4F3PA 3GLBA 1NNTA 1XHYA 4IO3A 2ZNTA 2HAUA 4YKJA 1USYE 2XHDA 3O6IA 4GQOA 3H03A 3PU5A 4FJPA 2F8DA 4QSEA 4F2OA 1FQBA 3PV0E 1M5BA 2O84X 2QPQA 4WEPA 5EYFA 5HPQA 3LSFB 2I0CA 3MBPA 1QUIA 3C33A 3OXNA 3MC2A 4F29A 5AA4A 4ZE8A 1Y20A 3KSJA 4RPOA 3M8UA 4R73A 4GRKA 3H7MA 1B3FA 3OELA 3VV5A 3FVKA 4YB5A 4ZZEA 2Q89A 1Y3QA 1M5CA 4MLQA 2XXYA 3E3KA 1MDQA 5KDTB 3Q26A 3RT8A 2FA7A 5ITPA 2UVIA 3HV1A 3SETA 3T96B 3W9WA 4R9GA 1H43A 3KG2A 4ZEKA 2HZLA 1SW5A 2Z8EA 3MZ9A 3IL1B 2PX1A 2Y84A 4O3CA 3QUFA 4DXCA 1AL3A 3U93A 1IZ1A 2O7IA 2QS3A 3O9PA 3TODA 4ELPA 1B46A 2QSXA 5B7DA 1UQWA 3K6WA 4QHQA 2UXAA 3U1OA 3V8XB 1QJMA 1QUKA 3I6VA 4U2RA 2DVZA 1B6HA 3K00A 2DXYA 3LBSA 4NWDA 3B6WA 3O2AA 2W7YA 1NFTA 4EF2A 4ELRA 3DELB 4R2BA 1TFAA 4R75A 1T0KA 3PMWA 4RK2A 1GTKA 4H0WA 4ZEFA 4ZE9A 4F1UA 4LP2B 1URDA 4YU0A 3IOTA 1PB8A 4JWYA 1D9YA 3QXMA 5I84A 4QFNA 1CE2A 5AA4B 5IAIA 3VVFA 2QJEA 4IO7A 5H8SA 4DXBA 2ZYMA 2V93A 4R6YA 1B0HA 4PFTA 1WVJA 2Y7PA 3BKIB 4IY6A 1R9LA 3I3VA 4KI0E 4WEDA 2KLFA 3O97A 4F19A 1II5A 3L6HA 4XKRA 1MY4A 5H8NB 1SBPA 1MY3A 4BDLA 2I4CA 1BTJA 5BUUA 4XTCQ 1XVYA 1Y1ZA 5A5XA 4GIZA 4HW8A 1LFIA 2VD2A 3RUMA 4TQUQ 3UGWA 4U1ZA 5CC2A 5F7VA 1S50A 1S9TA 5TU0A 5FHMA 1YAEA 5KCJA 1B52A 2Q9TA 2WKYA 3Q25A 2Z23A 5CBSA 1XC1A 2HQ0A 1MQDA 4JSDA 1B1XA 4OEUA 2ZMBA 1A54A 4GXSB 1B9JA 1N04A 4ISUA 5AA2D 5HBCA 3PPOA 4R2FA 3K6UA 2P0SA 3IORA 4I1DA 3G3IA 3K2DA 3K6VA 4FEBA 3TMGA 3C34A 4FEDA 1N3XA 4GWOA 3MP8A 1A55A 1NKXA 3MVYA 4KFQA 4G68C 2DP8A 4EQBA 4XKQA 1LBCA 4KYEA 3OO8A 4KPTA 3UP9A 4BDQA 1QULA 1OLCA 3B6QA 3AXFA 3CI8A 1Y4CA 3FGSA 1KWHA 4OQOA 1LGBC 4MLVA 2DWAA 1JQFA 2F6PA 4YAHX 3HHFA 2XX7A 2D3IA 3ILTB 1WDNA 4LA9A 4KYDA 2ONSA 1LLSA 2F78A 1MH3A 3FUZA 1OQHA 1URGA 4UA8A 5A5XB 4HS7A 1P1OA 5DVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FBDA 4OESA 5FBPA 1HSEA 2PMSA 3IR1A 4BLAA 4XFEA 4E0XA 2O1MA 3Q27A 1GR2A 3DLNA 1XS5A 4YKPA 3KJ7A 1Y4TA 4IO2A 4OYVA 4N15A 1YZ0A 4OVRA 4ZZAA 2F35A 1OMPA 1S7YA 4XKNA 1SW1A 2XXRA 2X26A 5KCJB 2RINA 4MF3A 1XT8A 4MFIA 4H8IA 4NHBA 3IB0A 1CB6A 3IK6B 5DW8A 4O8MA 4HXVA 1B4ZA 3KN8A 3GYYA 2O68A 3WAFA 4G8NA 2BJJX 4IO4A 3KN3A 2H4IA 4LZ5A 3MZBA 3RGYA 1Q1KA 1B3EA 5A5LA 2OLBA 4MNCA 4BDRA 4F3BA 2RCBA 3EF7A 4NN3A 1FPFA 2VOZA 3PMXA 5IZ3A 1SQYA 1NUZA 2ZYKA 2V84A 3U65A 3LR1A 3O66A 4WKMA 5I57B 3EKIA 4KCCA 3A09A 3HN0A 4GLIA 1EH3A 1NV7A 4BDOA 2VHAA 4M1VA 3DP4A 3VDFA 2X7PA 1UIVA 3IO6A 2RC7A 4XXUA 3R26A 3MPKA 2QFLA 3BIGA 2ABHA 4I3EA 3C35A 3K01A 2ZNUA 4N6PA 2QL3A 5I59A 1DOTA 1B51A 2R9JA 5ICTA 3C9HA 4MNPA 1LBVA 1I6QA 2PFYA 1ZTYA 2OCUA 2B65A 1AIVA 3KZGA 4R72A 1H3DA 3IAZA 2MKZA 4N8GA 4OTEA 4F3SA 1NV1A 2XXIA 2DWHA 4JXIA 2FHYA 4FECA 1IXHA 4GX3A 1RDYA 5I3SA 3G7WA 5EQ8A 3T9VA 3CSGA 1FTAA 1DTZA 5I58A 4OVJA 2REGA 1PB7A 2WYPA 1QKAA 1YCJA 3MPLA 2A5SA 1N0TA 4DDDA 4HE1A 3IX1A 3QIMA 3L6GA 4QRZA 4H65A 1OQGA 3FV1A 4U21A 4I9DA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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