2R9JA

Ligand recognition in c-lobe: the crystal structure of the complex of lactoferrin c-lobe with nicotinamide at 2.5 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Lactotransferrin'
publication title Ligand recognition in C-lobe: The crystal structure of the complex of lactoferrin C-lobe with nicotinamide at 2.5 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2r9jA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2r9jA02
1P1NA 2DE4A 3H06B 5DVJA 4Q5TA 4UA8A 1II5A 1JW5A 1LCTA 4I8CA 4UACA 4ZECA 4Q0CA 2NXOA 3DM0A 4N13A 4ZEDA 1GTKA 2ONSA 5H8SA 1RYOA 2O68A 4BDRA 5DVFA 1T0KA 2F8DA 2FNCA 2O7UA 3A3UA 2DP8A 1EZ9A 3RTFB 3T96B 2IA4A 5L9MA 4IGRA 2ZNUA 3HSTA 5CBSA 1MQGA 1B3GA 1XVYA 3G7WA 2QS1A 4X1DA 3CVGA 1A40A 4H8JA 2OBGA 3B7DA 4GXSB 3PD8A 1IXCA 5AA2D 2YLNA 4KHZE 1D9VA 5CC2A 1SYHA 2Q89A 4NWCA 1LAGE 3K2DA 3KEIA 3B6TA 1MY2A 5TP9A 1Y9UA 1A99A 4R2BA 5H8NB 1LLSA 3IX1A 4BDQA 3O6IA 4DIGA 3RNNA 4F3PA 2VHAA 1L5TA 5CM6A 3PPRA 4YAHX 1MY0A 3UORA 2F35A 4ZS9A 3SKPA 1GV8A 5KDTB 4NTLA 2RKMA 2HAVA 4C1TA 3K6XA 4IY5A 4FEBA 4HTGA 3IOWA 5JTYB 2XXWA 1O7TA 1BP5A 1IQ7A 2VD2A 1JW1A 3CRBA 4KFQA 5TPAA 1Y3NA 1VFDA 4KYSA 3U8QA 1M5CA 4M1VA 1MY3A 3H03A 2VD3A 5BUUA 4I62A 2GHBA 4IGTA 1B32A 2XXHA 5FTHA 2ABHA 3U92A 1BIYA 2DWIA 5AA4B 4ZE9A 4IO3A 4R2FA 3M3KA 3TPAA 1B3LA 1US4A 4NE4A 3K6VA 1N7WA 2XXTA 4LZ5A 4POXA 1MPBA 2QSXA 2Q9TA 4ELOA 3FXUA 4ND9A 4M4GA 1LBBA 1R9QA 4OQOA 4HW8A 3S4UA 3MQ9A 2DWJA 1P1QA 1MXYA 4BLAA 3K02A 3N94A 4OXVA 2UVHA 4GLIA 4X1BA 2LAOA 5EHSA 4NEDA 2RINA 1VR5A 3OO8A 1AL3A 1Y20A 3D4CA 1B4ZA 4QFPA 4ZEBA 2Q8JA 4RK9A 1ANFA 5I57A 3VLUA 2ONKE 1GR2A 2Z8DA 1IXIA 3KJTA 2W7YA 4YB5A 1WDNA 1Y3QA 3IJOB 3MAMA 2Z22A 4JDFA 3HHFA 3DP8A 4JWOA 1MY1A 3KGCA 3MC2A 1B5IA 5CI5A 3L6HA 2Q88A 5F7VA 1B1XA 3VVEA 3EN3A 2DVZA 5I58B 1TXFA 4E0XA 2O69A 2H4IA 4P0GA 1FQBA 4NF5A 2ZNSA 5DYHA 3Q27A 2F34A 1URGA 1M5FA 3E3KA 3R7XA 2OLBA 4KQPA 4O3AA 3PU5A 1UTBB 3MP8A 4KPTA 3FVNA 3ECRA 4IY6A 1B2HA 1A55A 3T9HB 5B70A 2F97A 2V3UA 2Y7RA 2V93A 3LUYA 2RCAA 3TTRA 4ZZEA 2HEUA 3H6UA 3JYRA 3LSFB 2R6GE 1OLCA 5L9OA 5I56B 3S9NC 4F22A 3PMXA 2HFBA 4QFLA 4H65A 2D3IA 3FXRA 4OFJA 1PB9A 3U72A 2PBWA 3K6WA 4XXUA 5EHMA 3KFMA 3C31A 3TYHA 2VGQA 3RTWB 3Q28A 1ZTYA 3RT8A 4FIMA 5H8FB 2OWTA 1N3WA 1LBCA 3C35A 3ZKKA 1JVXA 3TZAA 3KOTA 3TKDA 4F1UA 4R73A 2ZMBA 3H7MA 4ECFA 3OMBA 4AB5A 4G68B 2VOZA 3IB1A 4JBZA 1LAXA 2HXWA 3VXBA 4NMYA 3K6UA 1A54A 4G68C 2UXAA 3TAJA 2D5WA 1ZLQA 3T9UA 1FTMA 3USDA 1J1NA 3R26A 3R6UA 5CBRA 4FE8A 3QXMA 4RYAA 3PUVE 4ZDMA 3LBSA 4GFRA 1I6QA 4GL0A 4JSOA 1SW5A 4K3FA 2WKYA 4RPOA 3OENA 4F3BA 3VFJA 1AMFA 5H8HB 3WAFA 3G3KA 3OEMA 2I49A 5DEXB 2GFEA 2I48A 4O3BA 3OO7A 3QK6A 2O1MA 3MZBA 3RUMA 3MBPA 3O66A 4N6PA 4THIA 2O51A 1B4HA 3DELB 3IOVA 2A5TA 5HM4B 1JW4A 4IO7A 4P11A 2CZLA 3CG3A 2XXPA 3KJ7A 4BDMA 4LATA 3TMGA 2XXXA 4LVQA 2UYFA 3S2VA 3FV2A 1WVJA 3VLVA 3QYTA 3IK6B 4F3GA 3H4ZA 2P2AA 2PT1A 2QRYA 1N76A 1D9YA 3T22A 4GXAA 4LA9A 4DZ1A 4H5FA 3A09A 3TTLA 1LB8A 4IO4A 1JEVA 4RXLA 4KCCA 1QUJA 4F18A 1MH4A 4HCWA 3M8UA 3S9MC 4FATA 3FJGA 3MP6A 3CR9A 3TELA 4U22A 2H99A 3V5AA 4OEUA 3VE1B 5M2VA 4YU0A 5F1QA 1NNKA 1LB9A 1B3EA 4KI0E 5K2XA 2XXIA 4U1ZA 1MQJA 4ZEFA 3IAZA 3KSXA 5FHNA 3OXNA 5AA2A 4FEDA 3N5LA 1MPDA 4U2RA 3WAEA 1CE2A 4FECA 1POTA 2REJA 3I6VA 3G3HA 4ZE8A 3MVZA 2DXRA 1DPEA 2RCBA 3HV1A 3PMWA 2X26A 5JK4A 4XKRA 3ZS6A 1DMBA 4QFOA 1EZPA 5JEIA 4FORA 4U1OA 2Q2AA 2XX7A 3UN6A 4NF6A 1MRPA 1ZKBA 1LAFE 1M5DA 1XT8A 2PT2A 3FIRA 3B6QA 3MWBA 1H3DA 5I2KA 3HHGA 3KZGA 3UA8A 3IORA 2QJEA 4RNSA 5L9SA 5KCJB 1TFAA 2OK2A 3C36A 1AOVA 5TU0A 4YKKA 1MQHA 1XS5A 4R74A 3RQTA 1YPNA 4WEPA 3E13X 3PPOA 3HO7A 1UTHA 2KLFA 3GXAA 1P99A 4GOTA 1A7LA 3QAXA 2O6AA 2REGA 5I2NB 1RYXA 3U93A 3CSGA 3MUQA 2PMSA 3I5OA 5EYFA 3L6GA 4YB7A 2ZXTA 1DOTA 3N26A 2AYSA 3Q26A 1YAEA 4RA1A 3T9VA 4NWDA 3C34A 1OLAA 1B3HA 5DVIA 4E0WA 2GH9A 4TLLB 1RKMA 1FQAA 3K00A 1B7UA 2PYYA 4OESA 3K4UA 1NNFA 3V89B 2DVCA 3K1NA 1SYIA 3IOUA 2Z8EA 4F29A 3LR1A 2RC7A 5K2YA 1N84A 1B05A 1NKXA 4GQOA 4DXBA 1HSJA 3SDFA 3PD9A 3PUYE 2UYEA 3C33A 2HAUA 1ZBMA 5I59B 4DCYA 2DE3A 1AIVA 2XD3A 3MP1A 1NMUA 4JSDA 4NF8B 3K1PA 3IB2A 2FA7A 3CI8A 2PVUA 4R6YA 2I4BA 1JEUA 4Q30B 3PUZE 4NF4B 3I3VA 1FQCA 3VV5A 4ELPA 4JWXA 4GD5A 2ZNTA 4XKQA 1UIUA 2NWJA 2I58A 1SBPA 4GWOA 1M5BA 3TFLA 1Y1MA 3CSBA 3TQWA 3BFTA 3IO6A 5A5XA 4R72A 2RC9A 2VP1A 3OSRA 1I6BA 1O63A 1EZOA 3LC8A 3TDJA 3PPQA 4OYVA 4XKNA 2Y84A 4EUOA 1NFTA 2FYIA 2D21A 2F5XA 3EHUA 1NL5A 2QS2A 3V8XB 2X7PA 5IKBA 3SEXA 3MZ1A 3UIFA 1IXHA 2O1LA 1IXGA 4EF2A 2PX1A 1TT1A 4MFIA 4BDLA 4IO6A 4OENA 1NH7A 5H8QA 3P7IA 3W9VA 1QULA 5B7DA 1MY4A 3RT6B 3PPPA 3THIA 4RY1A 4N07A 3QSLA 1R9LA 3MPLA 4LZ8A 4IB2A 4GF8A 4G2ZA 3VXCA 1GVCA 1GGGA 1QVSA 1LAHE 5J1DA 2X7QA 3RLFE 3LSLA 2V3QA 5CMBA 2V25A 1XVXA 3PPNA 2AIXA 3TUSA 3B6WA 3QUJA 3CFZA 2XX9A 1PC3A 5TP9B 4PQJA 1MQIA 3A3CA 3TEPA 4YMAA 1JQFA 2E1SA 4GRKA 1P1WA 3G3GA 1R6ZA 3PGFA 2ALUA 2YJPA 1B46A 1Y3PA 2AL4A 1XC1A 3MVXA 3FVKA 2HZLA 4POWA 3CFLA 4JB7A 4BDNA 5DT6A 3O6HA 4DE8A 5H8NA 5TPAB 4GVOA 5LOMA 2DWAA 4EQ7A 4OFOA 2V3TA 3TCGA 1N0TA 3BFUA 2XX8A 3SERA 5KDTA 3TODA 1QUIA 5DTBA 4F3SA 2F78A 4OERA 4I9DA 5JTYA 3MVWA 4ESXA 1DTZA 2Z8FA 1KWHA 3HCQA 4U4XA 2F7AA 2R9JA 4QFNA 3SEUA 4ZZAA 1MG1A 3M3LA 3QUFA 2XXUA 1Z7ME 3CFXA 4HCYA 3DLNA 3OELA 3PUWE 1SI0A 5CRYA 1FTJA 2HQ0A 4F31B 4Q8RA 4X48A 1N3XA 2XXVA 3FV1A 3OEKA 3GBBA 4JWYA 4MF3A 4OETA 3TTNA 2Y7KA 3RGYA 3CG1A 4QSEA 1FQDA 5AA4A 4XTCQ 1OQGA 1S9TA 4KYEA 2NUVA 3PMVA 4HS7A 3SEYA 3MVYA 1PB8A 4G77A 4YICA 3GLBA 5I59A 1D3KA 3O28A 3ODBA 1QW0A 4OVJA 3G3IA 5ITOA 3O97A 5I57B 4QF9A 4R9GA 4KD5A 3OD7A 4C1UA 3H6VA 1I69A 1PB7A 5FHMA 3FGSA 2QS3A 4F39A 1MPCA 3G3JA 1LFIA 1SW1A 3E4RA 1CB6A 4WKMA 4LQ5A 3K1MA 1QKAA 1SDXA 3N6TA 2DSFA 1O64A 1MS7A 4PFYA 1PBQA 3N6UA 4NF5B 4OFLA 3IL1B 4TOZA 4C0RA 2QL3A 3F11A 2OWSA 2P1SA 2GHAA 3BBRA 1BLFA 1D4NA 4R6KA 3JZJA 1DSNA 1H45A 2R71A 2YPNA 4WEDA 1Y4TA 3FXQA 1BKAA 3S9LC 1HSEA 4MLQA 5I58A 1HSLA 2NOOA 3PV0E 3CIJA 1SI1A 4U4SA 1Q35A 2AL5A 1OVTA 2QPQA 4PETA 2H9BA 4KCDA 3VVDA 4ZEIA 3KN7A 3O2AA 1UTBA 1XHYA 3ILUB 1FTKA 1ZU0A 5ICQA 2Y7PA 2Y7WA 4DXUA 4FAJA 3KG2A 4MLVA 1H76A 1Z7NE 3DP4A 1B52A 3SEWA 1EU8A 3U1OA 4R6HA 3T9XB 2B3BA 1IUDA 4ELQA 3Q25A 4U21A 2ZYNA 3U94A 1B0LA 1URSA 4OTEA 3UGWA 4RPNA 3MPKA 3MJNA 1H43A 5I56A 1YTVA 2UVGA 1ELJA 4LP2B 1DTGA 4R75A 2XHDA 4R9FA 3VLWA 2DE2A 3AXFA 3MZ9A 2I0CA 2F7BA 2DS9A 1IIWA 4F1VA 3KSJA 1A8FA 3FZVA 2E0SA 1B40A 2O7IA 1VE4A 5FHOA 3HPIA 1QUKA 4KYDA 4OWDA 2UVJA 3FJMA 5H8FA 5IAIA 1Q1KA 1N04A 1P1UA 4DLDA 3SESA 5FTIA 2NVUB 2I3VA 4QHQA 2I6EA 1I6AA 1NNPA 3FUZA 3EHTA 4G8NA 1FTLA 4OMBA 4G68A 5KZTA 2UVIA 4I1DA 2RC8A 4IO2A 4DXCA 1BTJA 1M5EA 4AQ4A 5HPQA 4F2QA 4YB6A 3O29A 2HCAA 2F6PA 3O9PA 2H98A 4H0WA 1B7ZA 4AB6A 4MBPA 4EDPA 3LSXA 2DOJA 3EQ1A 1B0HA 2A5TB 1MXVA 3FATA 1LGBC 3ZSFA 1PDAA 5BWJA 3RN8A 3SEVA 2XXYA 2M8CA 3EF7A 2Q2CA 1MXUA 1A8EA 4EXLA 2ZYOA 5H8HA 1MQDA 1Y1ZA 4EQ9A 4YMBA 5ITPA 3T66A 3TCFA 3O6GA 5DEXA 1USYE 4ZEKA 3VDFA 3IOTA 3OO6A 2B65A 2THIA 2XXRA 1FQFA 3KN8A 4PFWA 3E9XA 4Z7EA 2O84X 2H5YA 3UP9A 3RY3A 1VSOA 3T93B 1MM7A 1B5HA 2OCUA 2ESNA 2I0BA 3W9WA 2XD2A 1LSTA 2DYXA 1JNFA 2Z23A 1FTOA 1VFEA 1OIBA 4H6DA 2QMWA 3DP6A 4H1XA 3H6TA 1ATGA 1R1NA 2I3WA 4GIZA 4YKIA 2ANJA 1AH5A 4L17A 1MXXA 1N7XA 5CMKA 2F6GA 4JXIA 1B3FA 1IZ1A 1POY1 3FVOA 3KN3A 4OHNA 5AA2B 3FJ7A 4G8MA 4G8HA 5CMCA 4FJPA 1NH8A 4WXJA 5L8DA 5ELVA 1B58A 2V84A 1TWYA 4PFTA 4QFKA 1SW4A 4EXKA 2B3FA 4QRZA 1SD3A 4NF6B 1B6HA 1MXZA 2F36A 4EQBA 4TLMB 4F2OA 2ZYKA 2QMXA 3UK4A 4YZZA 5I2KB 1EH3A 4OEVA 1URDA 4LONB 4P0IA 4RK2A 3JV9A 5HBCA 1MDQA 2RF1A 1LFHA 2BJJX 3OOAA 4Z0IA 2G93A 2A5SA 3S9EA 3EPEA 5ICTA 4XKPA 1XOCA 1UTHB 1S7YA 2I4CA 3D4GA 1FW0A 3TCHA 2QS4A 3VVFA 3GBAA 4OZ9A 1PEBA 1IEJA 3W15C 3C9HA 4QSDA 3M3FA 3ONMA 1ZJLA 1MM6A 4ISUA 5KCJA 3HN0A 3C4MA 5I84A 2XXQA 1YCJA 2P0SA 1UQWA 3C32A 1USYH 3ILTB 1MDP1 4RJZA 4BDOA 3G3FA 1B1HA 4LUBA 3FVGA 2OJTA 2GRVA 1QJMA 4H8IA 2Y7IA 4F19A 1DPPA 2DXYA 1US5A 4ELRA 2HZKA 3LSWA 5I2NA 1LCFA 2DQVA 4QSCA 4YKJA 4G4PA 1H44A 4LQ2A 1SW2A 4EF1A 4PP0A 1TFDA 3BKIB 3FD3A 3IR1A 4MH5A 3K0VA 5AA3A 3OO9A 1MH3A 1SQYA 3OSQA 3IO4A 5AE4A 3TTKA 1B9JA 1NNTA 4DCXA 1LFGA 1OQHA 4F1YA 3FASA 5AA1A 3ZKLA 3IB0A 1SVXB 4PE5B 5CMMA 1Y4CA 1OMPA 3PUXE 2ONRA 3MW0A 1S50A 1PBPA 1QKBA 1B51A 2OZZA 4X9TA 1FCKA 4YKPA 4H5GA 4ONYA 1WODA 4U23A 5A5XB 4XIGQ 2IEEA 1FQEA 3Q29A 3QIMA 4LZ7A 3GZGA 4NF8A 3H6WA 3SETA 1B5JA 1UIVA 3K01A 2CMOA 4ESWA 4NF4A 1P1OA 1ZIUA 3V83A 1ZMGA 2G29A 1JETA 1MXWA 3TQLA 3TTMA 4H67A 4IO5A 2ZYMA 5H8QB 3H3GA 4KR5A 3KOSA 1JVYA 3IJXB 4TQUQ 2H25A 3EHSA 1IITA 2DWHA 4O3CA 1F9BA 3RPWA 2F7CA 1B7HA 4PFUA 5ISUA 4DDDA 3KBRA 4GL8A 1OVBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I3SA 1P1NA 2DE4A 2R8TA 3H06B 1FBHA 2WYPA 5DVJA 4Q5TA 1BK4A 4UA8A 1II5A 3D1RA 1JW5A 1LCTA 4I8CA 4UACA 4ZECA 4Q0CA 2NXOA 3DM0A 5IGAA 4N13A 2Q8MA 4ZEDA 1GTKA 1RDXA 4PGNA 2ONSA 5H8SA 4MCOA 1RYOA 2O68A 4BDRA 5DVFA 1T0KA 2F8DA 2FNCA 2O7UA 3A3UA 2DP8A 1EZ9A 2WYKA 3RTFB 2IA4A 5L9MA 3T96B 4IGRA 2ZNUA 3HSTA 4GX6A 1MQGA 5CBSA 1B3GA 5IZZA 1XVYA 3G7WA 1NV3A 2QS1A 4X1DA 3CVGA 1A40A 4H8JA 2OBGA 3B7DA 4GXSB 3PD8A 1IXCA 5AA2D 2YLNA 4KHZE 1D9VA 5CC2A 1SYHA 2Q89A 2B4MA 4NWCA 1LAGE 3K2DA 5F24A 3KEIA 3B6TA 1MY2A 5TP9A 1Y9UA 1A99A 4R2BA 5H8NB 1LLSA 3IX1A 4BDQA 3O6IA 4DIGA 4JVCA 3RNNA 4F3PA 2VHAA 1L5TA 4PF6A 4I3YA 5CM6A 3PPRA 2QVRA 4YAHX 1MY0A 3UORA 2F35A 4ZS9A 3SKPA 1GV8A 1LEVA 5KDTB 1IMDA 4NTLA 2RKMA 4NN3A 2HAVA 4C1TA 3K6XA 4JVDA 4IY5A 4FEBA 4HTGA 3IOWA 5JTYB 2XXWA 1O7TA 1BP5A 1EYKA 1IQ7A 3B8BA 2QFLA 2VD2A 1JW1A 3CRBA 4KFQA 5TPAA 1Y3NA 5ET6A 3IFCA 1VFDA 4KYSA 3U8QA 4NF0A 1SPIA 1M5CA 4M1VA 1MY3A 3H03A 2VD3A 4MEVA 5BUUA 4I62A 2GHBA 4IGTA 1B32A 2XXHA 5FTHA 2ABHA 3U92A 1BIYA 3MYUA 2DWIA 4GX4A 5AA4B 4ZE9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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