2F5XA

Structure of periplasmic binding protein bugd
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
299
structure length
299
Chain Sequence
YPERPVNMVVPFAAGGPTDNVARSLAESMRPTLGETVVVENKGGAGGTIGTTQVARAQPDGYSILLMHAGFSTAPSLYKNPGYEPYTSFEPIGLVVDVPMTIIARGDFPPNNIKELAEYVKKNADKISLANAGIGAASHLCGTMLVEALGVNLLTIPYKGTAPAMNDLLGKQVDLMCDQTTNTTQQITSGKVKAYAVTSLKRVPTLPDLPTMDESGYKGFEVGIWHGMWAPKGTPKPVVDKLVKSLQAGLADPKFQERMKQLGAEVLTNEANPEALQAKVKQQVPQWAELFKKAGVEKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Bordetella pertussis BugD Solute Receptor Unveils the Basis of Ligand Binding in a New Family of Periplasmic Binding Proteins
pubmed doi rcsb
molecule keywords BugD
molecule tags Transport protein
source organism Bordetella pertussis tohama i
total genus 88
structure length 299
sequence length 299
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03401 TctC Tripartite tricarboxylate transporter family receptor
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f5xA02
3.40.190.150 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2f5xA01
1NFTA 5DYHA 3C34A 3IL1B 4EXKA 3FATA 1XT8A 3RGYA 2RF1A 4KYEA 2ZYKA 5DVFA 5BUUA 4Q8RA 4OMBA 2XXPA 4P0GA 2REJA 3S2VA 1NNKA 4JBZA 3WAEA 3H7MA 4IY5A 4E0XA 1UQWA 1T0KA 3K0VA 1P1QA 2OK2A 2RC7A 3TMGA 2OZZA 4ZEIA 3OD7A 3LSLA 3CVGA 3PUYE 3SEYA 3RT6B 3HHFA 2O1MA 2O7UA 3B6WA 4OEUA 3KN7A 4EXLA 2H25A 1R9QA 3VDFA 1VSOA 2Q2AA 1N04A 3DLNA 5I58B 1MRPA 1OQGA 5ITOA 4OXVA 1XHYA 4R75A 4FORA 1ZU0A 4HCYA 1N3XA 1I6QA 3FV2A 2DP8A 4H1XA 5I2KA 2WKYA 1UIUA 4FATA 4JSOA 1P1UA 3K6UA 3USDA 2REGA 1N76A 4ZEFA 4F3GA 4NF5B 3UN6A 4HCWA 3O28A 4YZZA 3T9HB 2Y7KA 1S9TA 5HBCA 2OJTA 2OWTA 4OESA 1MY2A 2ALUA 5JEIA 3MVYA 1MXYA 2HZKA 4IGTA 1H43A 3O6GA 1F9BA 1US5A 3PPRA 3ECRA 1JW5A 1LGBC 4KHZE 3OO6A 1B4ZA 4ONYA 1Y3QA 4NF4B 1UIVA 2Z8FA 2Q8JA 5AA2A 1N84A 2UVGA 4ZE8A 4H8JA 1WODA 3R6UA 3MBPA 1URSA 2Q9TA 1SW5A 3KJ7A 2Y84A 4FAJA 1UTBA 2QS1A 2F97A 1USYH 2DWIA 1I6AA 1GVCA 4KCDA 1FQAA 4U1ZA 1LCFA 1IIWA 2XXHA 4IB2A 3DM0A 2DE3A 1LFIA 2V25A 2I4CA 3M8UA 3LUYA 1MY3A 4N13A 3BBRA 3T9VA 1H45A 4KPTA 1EH3A 4X1BA 3IO4A 4THIA 4DE8A 3HN0A 4R9FA 3TODA 4F18A 3DP8A 4OZ9A 2QJEA 3CFLA 3KFMA 4H5GA 4RA1A 1B3EA 5TP9B 3IOVA 4LVQA 1MXUA 1UTHA 4RYAA 3PUVE 5I2NA 1B4HA 1QW0A 3U8QA 4MLQA 2RKMA 1VR5A 4PFTA 2O68A 4NMYA 1PB9A 3C9HA 3IB0A 1JVYA 2RC9A 2F34A 5EYFA 5CMBA 2QMWA 2HXWA 3OEKA 3F11A 2G93A 3T96B 3KEIA 4IO2A 2QS2A 4NF6B 2VHAA 3K1NA 3GZGA 3RQTA 4N6PA 1ATGA 3PUWE 1NKXA 4ZS9A 4QFKA 4GL0A 4YB5A 1ZBMA 5H8FB 4R74A 5IKBA 3TYHA 1IEJA 2BJJX 3C33A 3H6VA 3OXNA 4OFOA 1PBQA 3KN8A 2ZNUA 5BWJA 4GXSB 2B3BA 2XXTA 2O6AA 3Q29A 3OEMA 1M5BA 4U4SA 3U92A 4I62A 5JK4A 5ITPA 3VLUA 3FJ7A 4OFJA 1LAHE 3QYTA 3C31A 5FHNA 5H8NA 4YMBA 4NE4A 4E0WA 1N0TA 3K01A 3RNNA 1BKAA 2QS4A 4H5FA 2HCAA 4XTCQ 4TLLB 2PT2A 3CSBA 1URDA 2Z8EA 3OSRA 4F29A 4U2RA 3FUZA 4H8IA 1VE4A 3VXCA 4F3SA 2LAOA 3A09A 4F2OA 2ZNTA 2XX8A 4F22A 2UXAA 2DQVA 4GOTA 4JWXA 3TTLA 4MH5A 4MFIA 3B6TA 4MLVA 4RY1A 3A3CA 4BDMA 1A54A 2A5SA 2DE2A 1CE2A 4JWOA 5L8DA 1Y4CA 3OENA 2HAUA 2F6PA 1TXFA 4YKIA 3MP6A 3CSGA 3O6IA 4H6DA 5H8QB 4G77A 3HHGA 4RJZA 4GD5A 1BP5A 4QSDA 1DOTA 3FXRA 1PEBA 4F1UA 1QULA 3WAFA 3KG2A 1LAXA 2XD2A 1ZJLA 4G68C 3K1MA 2QS3A 3MC2A 1I6BA 4LONB 1Y4TA 4LZ8A 2X7PA 4NF8B 2DVZA 3M3FA 1M5FA 2F7CA 2I0BA 5JTYB 3PMXA 3Q26A 4LQ5A 4C0RA 2X7QA 3MAMA 2R71A 1H44A 5K2YA 4DZ1A 4NWDA 2VD3A 2HQ0A 1DTGA 5M2VA 4XIGQ 5DT6A 1AL3A 1SYHA 4EQ9A 4DXCA 3V83A 3MJNA 3C36A 5TPAB 4QFLA 1NMUA 4YAHX 3CG1A 3PV0E 4ELRA 1BTJA 3MPKA 3R26A 4G68B 3E4RA 3TEPA 3LBSA 2I0CA 4KR5A 1KWHA 1R6ZA 1A40A 2VOZA 2M8CA 3SEXA 4G8NA 2B3FA 3FV1A 4MBPA 2QSXA 3TQLA 1RYOA 1URGA 2GRVA 3H4ZA 3FXUA 2AYSA 2Q2CA 2RCBA 1WVJA 1O63A 4G2ZA 4R2FA 4QRZA 5H8HB 1NH8A 4DIGA 3TCHA 4EUOA 3K1PA 1ZTYA 2FNCA 4PQJA 2A5TA 1LFHA 1LAGE 4POXA 4QF9A 3C35A 2I3WA 3UORA 3D4CA 2D3IA 2DXRA 4DDDA 2P2AA 1AIVA 1MS7A 5EHMA 3M3KA 1TFAA 2ONSA 3TFLA 1Q1KA 3T9XB 2GFEA 3FVKA 4TOZA 2DYXA 3PD8A 1B7ZA 1MXZA 5TU0A 1YAEA 1JETA 3G7WA 1P99A 3O97A 3N6UA 1POTA 1O64A 1MDP1 2GHBA 2H9BA 2I3VA 5ICQA 3EF7A 3K02A 1IXGA 1B52A 1PC3A 3V89B 2VP1A 3HO7A 4GL8A 1Z7NE 1MM7A 1A99A 3W15C 4GWOA 2NWJA 4LUBA 1SD3A 4PP0A 3LR1A 3IAZA 4F2QA 4GXAA 5IAIA 3TTKA 3KJTA 1A55A 3VLVA 4QFNA 4R6YA 5KDTB 3MZBA 4RPOA 5DEXA 3IJOB 1XOCA 2V93A 4H67A 3IK6B 4C1UA 4YB7A 1B0HA 4WKMA 4BDQA 2F78A 2OBGA 2Z22A 5AA4B 4UA8A 1AOVA 1VFEA 3K4UA 5I56B 4R72A 3EPEA 4QFOA 4F1VA 4KYDA 1B40A 2RC8A 3HV1A 1FQCA 2OCUA 1B58A 1DTZA 4NTLA 5KCJB 1OQHA 4LP2B 5A5XB 5L9MA 5DTBA 1IZ1A 4BDRA 1P1OA 5CMKA 3QUFA 3ZS6A 4EF1A 3T9UA 2Y7RA 3OMBA 2R6GE 4FEDA 3MP8A 4O3BA 4HTGA 3UA8A 1JW4A 4ISUA 1A8EA 4U4XA 1QUKA 5AE4A 5CMCA 1MM6A 4C1TA 1MQHA 2ZYNA 3K6VA 4OQOA 3Q27A 1B3GA 5CBSA 4G4PA 1N7XA 3I3VA 4YU0A 3IX1A 4Q30B 4R6KA 5J1DA 1MY1A 1FTLA 1DPPA 3KOSA 2F7BA 3TQWA 4EF2A 1B51A 1D9YA 4BLAA 5CI5A 4OTEA 4YKKA 1ZLQA 1B5JA 4NEDA 4AB6A 4AQ4A 4BDLA 2I4BA 4YMAA 1SQYA 1GTKA 5I57A 1DMBA 1MQIA 4ZDMA 3TDJA 1TFDA 5I2KB 1D4NA 2D21A 4QSEA 1SYIA 2W7YA 2F6GA 3H06B 2V84A 1LBBA 5LOMA 4HS7A 4POWA 3BFUA 3BKIB 1GV8A 4Q5TA 1P1NA 4NF8A 3THIA 1I69A 3G3GA 2YJPA 4GF8A 2QPQA 1L5TA 3RPWA 2I58A 4FJPA 2E0SA 1B0LA 3EHUA 1HSLA 3QUJA 1OIBA 3IORA 3JZJA 4P11A 2XX9A 1MPCA 3M3LA 5AA2B 3KN3A 4AB5A 1NH7A 1S50A 4QHQA 1SDXA 3TTMA 1JVXA 1MPBA 2NXOA 1UTBB 1SI1A 3FIRA 3RT8A 1QUIA 3CRBA 2D5WA 4P0IA 1B5IA 3C32A 4I1DA 1US4A 3H6WA 3IOUA 4EQBA 3S9LC 2Y7IA 4ESWA 3UIFA 3G3IA 4O3AA 1Z7ME 3PPQA 1OLCA 2FYIA 4JB7A 4YB6A 2UVHA 1SVXB 2DWJA 5DVJA 3S9MC 3AXFA 3N6TA 4HW8A 1POY1 3EQ1A 1ZKBA 5CM6A 1LFGA 2XXUA 3UGWA 1RKMA 1B7UA 3MW0A 3KBRA 4PFUA 4NWCA 3G3KA 4IO4A 2IEEA 4OERA 2V3QA 5FHMA 5I84A 4ECFA 3RY3A 2KLFA 5I59B 1UTHB 4OWDA 4PE5B 1N3WA 5I2NB 3VVEA 3CG3A 4BDNA 4Z7EA 3PPPA 4R2BA 4R9GA 3N26A 2Y7PA 3U94A 3GXAA 1XVXA 1II5A 3E3KA 2O7IA 3KGCA 2DSFA 4ZE9A 1B05A 4M4GA 2UVJA 2ZYMA 4Z0IA 1IQ7A 2AL5A 4DLDA 1FCKA 1OVBA 4X48A 3ZKLA 2ONKE 1B9JA 2GHAA 1IITA 3GBBA 4I8CA 4IO6A 3EN3A 3DP4A 2OLBA 1TT1A 1FQBA 1HSEA 5I58A 2DOJA 3VV5A 3PU5A 3O2AA 1EU8A 3RLFE 1B3FA 2DE4A 4L17A 2UYFA 1B2HA 1YPNA 5ISUA 4FIMA 3T22A 2H5YA 3LC8A 5B7DA 3FVGA 5AA3A 1WDNA 1FW0A 3PUZE 2I6EA 2DWHA 3IB2A 3HCQA 4RXLA 1H76A 2AL4A 2E1SA 3LSWA 4PETA 4H65A 2XXYA 3TTNA 4DCYA 3OO9A 5L9SA 3KZGA 3PPOA 4NF5A 4YICA 3ILTB 4TLMB 1MH3A 3B6QA 1EZOA 4YKPA 1GR2A 1LAFE 1NNPA 3W9VA 1M5DA 2P0SA 1Y3PA 1LCTA 4UACA 1P1WA 2XXXA 1FTJA 4DXUA 4GQOA 5ELVA 3IOWA 2O1LA 4FEBA 4RNSA 4NF4A 3TAJA 1OMPA 2FA7A 1OVTA 3SEUA 4OVJA 3EHTA 1EZ9A 4M1VA 2GH9A 5CBRA 3PMWA 4ELPA 3O29A 4KCCA 1MXWA 4IO7A 2DS9A 3ONMA 4F39A 4ZEKA 2ABHA 3N94A 1FQDA 4PFYA 2XXRA 2YPNA 1FTMA 4YKJA 3B7DA 3OO7A 3MWBA 3MVWA 3SEVA 4JWYA 1DPEA 4XXUA 3GLBA 4GIZA 3VE1B 1GGGA 3S9EA 3ZKKA 4ELOA 4F3PA 3TTRA 4N07A 2V3UA 2AIXA 3OELA 1MQGA 3MVXA 3HPIA 1MXXA 2XD3A 2HFBA 4DXBA 3K6WA 1IXHA 3LSFB 4KYSA 3TUSA 3FZVA 3I5OA 4X1DA 3IR1A 2Q89A 2VD2A 1SW1A 2B65A 5TP9A 2ESNA 1USYE 3VLWA 5H8SA 1MQJA 5FTIA 5FTHA 4I9DA 1NNTA 1QVSA 1A8FA 2PX1A 3L6GA 3CI8A 4OENA 1MY0A 1B7HA 2R9JA 3CR9A 1VFDA 3ODBA 1M5CA 3FJGA 3MPLA 2RINA 1JW1A 1PB8A 3SETA 1CB6A 3TZAA 1J1NA 2F7AA 2XXIA 2H98A 2PBWA 4K3FA 3GBAA 5L9OA 3JYRA 1Y1MA 1Y1ZA 3MZ9A 2Q88A 3E9XA 2HAVA 3IOTA 1PB7A 1Q35A 4NF6A 2Y7WA 4FECA 1IXIA 4PFWA 4IGRA 1LSTA 3D4GA 2XX7A 4GLIA 5H8FA 3T66A 1OLAA 2X26A 4F31B 3H6UA 4JDFA 4WEDA 3P7IA 3MQ9A 5B70A 3FD3A 4F19A 4KQPA 2UYEA 3U1OA 1N7WA 3EHSA 3G3JA 3QXMA 2PT1A 1QKBA 2XXQA 3I6VA 1Y20A 2A5TB 3TCFA 3VVDA 3MP1A 4WEPA 5KZTA 5EHSA 3U93A 5F7VA 3RTWB 2NVUB 3H6TA 2PYYA 4EQ7A 5F1QA 4LZ7A 4FE8A 4GRKA 2ZMBA 3W9WA 1LB9A 3OO8A 2UVIA 3SKPA 3FVNA 3DP6A 3IJXB 1ELJA 3SEWA 4RPNA 2HEUA 4F3BA 4IO3A 5HM4B 3OOAA 3KSJA 3RUMA 1SW2A 4U21A 1ZMGA 1LBCA 2XXWA 2HZLA 2ZNSA 4KFQA 3O9PA 5CRYA 3VFJA 4ZEBA 3LSXA 2I49A 2XHDA 2F8DA 3TELA 3MZ1A 2F5XA 3FGSA 5H8QA 5I59A 3JV9A 4TQUQ 3PMVA 2I48A 1Y9UA 1JEVA 3ILUB 3SESA 3BFTA 3C4MA 1ANFA 2DXYA 1D3KA 1HSJA 3FJMA 5AA1A 2H99A 4XKNA 3KOTA 3RTFB 1MG1A 2Z8DA 4G8HA 5DEXB 4F1YA 4XKQA 1QJMA 1B3LA 4OETA 1YTVA 5JTYA 4RK2A 3L6HA 3Q25A 3H3GA 3TPAA 3PPNA 4KI0E 3QIMA 1QKAA 3U72A 1B6HA 1M5EA 1JEUA 4ND9A 4OYVA 3UK4A 4DCXA 1B3HA 3PUXE 1MXVA 3SERA 3MUQA 1Y3NA 1YCJA 2QL3A 3UP9A 2PVUA 3TKDA 3SDFA 1MQDA 3DELB 3CIJA 3CFXA 2O51A 3G3FA 3QK6A 1EZPA 5TPAA 2PMSA 4XKPA 3S4UA 1XVYA 1QUJA 1DSNA 4G8MA 1ZIUA 4IO5A 3N5LA 3IB1A 4G68A 2RCAA 1NNFA 3K2DA 1RYXA 5FHOA 4ZZAA 4XKRA 1NL5A 1H3DA 1IUDA 2ONRA 2O69A 4U1OA 1JNFA 2DVCA 4RK9A 1B5HA 3H03A 3V5AA 4IY6A 1JQFA 1XC1A 3VVFA 3Q28A 5H8HA 3T93B 1B1HA 1R9LA 4U23A 3VXBA 4R6HA 1SI0A 1TWYA 2F35A 3V8XB 4O3CA 1LB8A 2YLNA 1FTKA 5I57B 1A7LA 2QRYA 4H0WA 4X9TA 2IA4A 4KD5A 4LZ5A 4MF3A 2NOOA 1PBPA 3S9NC 4R73A 5K2XA 3FXQA 2ANJA 3KSXA 2NUVA 1PDAA 3HSTA 1LLSA 4EDPA 3K00A 4GFRA 4LATA 1AH5A 5CC2A 1FQEA 3K6XA 4ESXA 1IXCA 3O66A 4OHNA 3R7XA 3PD9A 2CZLA 1MDQA 1BIYA 3QAXA 3QSLA 4JSDA 2ZXTA 1O7TA 3OSQA 1BLFA 1MY4A 4LQ2A 1B1XA 4ZZEA 5AA2D 5H8NB 4JXIA 4Q0CA 3IO6A 1B32A 2P1SA 2ZYOA 2F36A 4ZECA 3FVOA 4GVOA 4BDOA 2CMOA 5DVIA 2V3TA 2QMXA 4OEVA 3G3HA 2H4IA 5CMMA 3PGFA 5KDTA 1B46A 4OFLA 4QSCA 3TCGA 3MVZA 4QFPA 4WXJA 3ZSFA 4ELQA 4U22A 1D9VA 1S7YA 4LA9A 2DWAA 5HPQA 1MPDA 2XXVA 2Z23A 5AA4A 5ICTA 1MH4A 3FASA 1SBPA 5I56A 3A3UA 3CFZA 3O6HA 2THIA 3RN8A 2G29A 2O84X 2OWSA 1R1NA 1XS5A 1FTOA 1SW4A 5KCJA 1FQFA 3E13X 2VGQA 5A5XA 4ZEDA 1AMFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NFTA 5DYHA 3C34A 3IL1B 4EXKA 2ZZXA 1FPDA 4P9KA 2HHMA 3FATA 2B4MA 1XT8A 3RGYA 2RF1A 4KYEA 2GQ1A 2ZYKA 5DVFA 5BUUA 4Q8RA 4OMBA 2XXPA 4P0GA 4JVDA 2REJA 4AS5A 3S2VA 1NNKA 4JBZA 3T0JA 4OVSA 3WAEA 4H45A 3H7MA 4IY5A 4E0XA 1UQWA 4FBPA 1T0KA 3K0VA 4I3EA 1P1QA 2OK2A 2RC7A 3TMGA 2OZZA 4ZEIA 3OD7A 3LSLA 3CVGA 3PUYE 3SEYA 3RT6B 3HHFA 2O1MA 2O7UA 3KC0A 3B6WA 4P56A 4OEUA 3KN7A 4EXLA 2H25A 1R9QA 3VDFA 1VSOA 2Q2AA 1N04A 4MNPA 3DLNA 5I58B 1MRPA 1OQGA 4DI4B 5ITOA 4OXVA 1XHYA 4R75A 4PFRA 1FJ9A 4P8BA 4FORA 3MSTA 1ZU0A 4HCYA 1N3XA 1I6QA 3FV2A 2DP8A 4H1XA 5I2KA 2WKYA 1UIUA 4FATA 4JSOA 1FBEA 2CZHA 1P1UA 3K6UA 3USDA 2REGA 1N76A 3PTYA 4ZEFA 4F3GA 4NF5B 3UN6A 4HCWA 3O28A 4YZZA 3T9HB 2Y7KA 1S9TA 3T1BA 5I3SA 5HBCA 2OJTA 2OWTA 4OESA 1MY2A 2ALUA 2XWVA 5JEIA 3MVYA 1MXYA 2HZKA 4IGTA 2L5VA 1H43A 3O6GA 1F9BA 4O7MA 1US5A 3PPRA 3ECRA 1JW5A 1LGBC 4KHZE 3OO6A 1B4ZA 4ONYA 1Y3QA 4NF4B 1UIVA 1DK4A 2Z8FA 2Q8JA 5AA2A 1N84A 2UVGA 4OA4A 4H8JA 4ZE8A 1WODA 3R6UA 3MBPA 4N15A 1URSA 2Q9TA 1SW5A 3KJ7A 2Y84A 5ET5A 5ET7A 4FAJA 1UTBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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