4LATA

Crystal structure of phosphate abc transporter, periplasmic phosphate-binding protein psts 1 (pbp1) from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a in complex with phosphate
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
ESITAVGSTALQPLVEVAADEFGTIHVGKTVNVQGGGSGTGLSQVQSGAVDIGNSDVFAEEKDGIDASALVDHKVAVAGLALIVNKEVDVDNLTTEQLRQIFIGEVTNWKEVGGKDLPISVINRAAGSGSRATFDTVIMEGQSAMQSQEQDSNGAVKSIVSKSPGAISYLSLTYIDDSVKSMKLNGYDLSPENISSNNWPLWSYEHMYTLGQPNELAAEFLNFVLSDETQEGIVKGLKYIPIKEMKVEKDAAGTVTVLEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Crystal structure of phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein PstS 1 (PBP1) from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A in complex with phosphate
rcsb
molecule keywords Phosphate-binding protein PstS 1
total genus 87
structure length 260
sequence length 260
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4latA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4latA02
1JW1A 2XXRA 2RCBA 4FATA 4MH5A 5JTYB 4EF2A 3O6GA 3C4MA 2V93A 3CIJA 4ELPA 3CVGA 4O3CA 4ZEDA 4RYAA 1LB8A 1A40A 1MH3A 5I2NA 4OZ9A 3UIFA 2Y7PA 1B6HA 1NKXA 4KPTA 4NF5B 5ITPA 3KZGA 3VLVA 3RQTA 2DWJA 1GGGA 1DMBA 1P1QA 5ICTA 3W9VA 1UIUA 4DIGA 4GOTA 3Q25A 4JWYA 4QSDA 1SDXA 1EU8A 3H6UA 1IUDA 2QS4A 3K0VA 3MAMA 3C35A 3F11A 3PUZE 4Z0IA 3FVKA 4F1YA 4ZS9A 1SBPA 4GQOA 4MFIA 2ANJA 4LZ8A 1MY1A 1ZTYA 3TTLA 4O3AA 4R6YA 4DXBA 4YAHX 2F36A 1OQGA 1MH4A 3OEKA 2DXRA 1F9BA 3THIA 3QUFA 1LFIA 4G8MA 5KZTA 5TP9B 1NH7A 1MY3A 2H9BA 3TTKA 1QW0A 2X7QA 3PMVA 1A55A 4EXKA 3VE1B 4F3GA 1I6BA 5IAIA 4KYSA 2UYFA 3BKIB 3O6HA 3S4UA 4ZEFA 4BDMA 3SEUA 4LA9A 2I3WA 3HHGA 4R75A 4JWXA 3KG2A 1S50A 4H65A 3CI8A 3MVYA 4RPNA 3EQ1A 3OENA 1FTMA 4ESWA 3E3KA 5TU0A 4YKPA 2XXTA 2UVHA 3MUQA 4RXLA 3G3HA 1B0HA 4F2QA 2Q9TA 2X7PA 4XIGQ 4G68C 1SW5A 3RN8A 5A5XB 1UQWA 2XD3A 1SI1A 1GTKA 3UORA 3S9LC 3HPIA 3C33A 2VHAA 1LAHE 4G4PA 1A54A 1PB8A 3UA8A 4LQ2A 3FV2A 4JXIA 1B58A 5H8FB 1LAGE 4OHNA 3VV5A 3TZAA 4Q8RA 1N84A 4M1VA 3KN3A 4U2RA 2F7AA 4O3BA 3SESA 4YB7A 4OEUA 3A3CA 1N7WA 3Q26A 1JVYA 4ECFA 1CB6A 2OZZA 1JQFA 3R26A 1UTHB 1VE4A 3QXMA 1XOCA 5I58A 4NMYA 2F78A 5I57B 1PBPA 1B0LA 4X48A 1A7LA 3GXAA 1O7TA 2DE2A 3TKDA 2M8CA 2Z8DA 5K2XA 3PGFA 4OXVA 5CBRA 4X1DA 3HSTA 2BJJX 4K3FA 1DSNA 2V84A 1OLAA 1BLFA 4TLLB 3CG1A 3GBAA 4GVOA 2ZYKA 2I4CA 1PB9A 1VFEA 3TUSA 3JV9A 4KYDA 3SEWA 2FYIA 4E0WA 4KI0E 2Y7KA 4N6PA 4XKPA 4FE8A 4JSDA 2XXVA 3PPRA 3O97A 4NWDA 2ZMBA 4NEDA 2OK2A 4BDOA 4KYEA 5IKBA 1MY4A 2FNCA 2R71A 3MZ1A 3QK6A 1URGA 4TOZA 1MQHA 3OO6A 2XXYA 2ZNUA 3OOAA 4ZECA 1SYHA 1MXWA 4QFOA 4R9FA 1FTLA 2CZLA 4LONB 1OQHA 2E0SA 3B6TA 4H8IA 4X1BA 4KCCA 2XX9A 1B4HA 4GLIA 4DCXA 1II5A 4FEDA 1I69A 1R9LA 2ZYOA 4LZ7A 1MM6A 3E13X 3EHTA 4FECA 4LUBA 5ISUA 3GBBA 2QS3A 3CFXA 4DXUA 4WEDA 2DVCA 4ZZEA 1B3GA 2KLFA 4U4SA 1QUJA 4KCDA 3KFMA 5CM6A 3OXNA 1B51A 4LVQA 4R74A 4RPOA 3IOUA 4U22A 1LCFA 1AL3A 5CMMA 3U1OA 2XXHA 3VVFA 2CMOA 3K1PA 2DXYA 5AE4A 4R2FA 1B32A 3TMGA 3KBRA 1S9TA 2F6GA 2LAOA 1FCKA 3PMWA 2HQ0A 4QF9A 1ZBMA 4YMAA 3T93B 5L8DA 2Q89A 3PV0E 3TEPA 1P1UA 3ONMA 4N07A 2OWTA 4NF6A 3FVGA 4AB5A 3O6IA 5HPQA 3G7WA 4GL0A 2H98A 2DE3A 1SD3A 3HCQA 2QS2A 4RY1A 3TTMA 1LSTA 4NWCA 1N76A 1XT8A 4ZDMA 1BKAA 1JVXA 3IR1A 2Z23A 3O2AA 2O6AA 4IGTA 3OEMA 3I5OA 1B1XA 2G29A 1B5HA 4KHZE 3MJNA 4QHQA 4AQ4A 3PMXA 3MVWA 1MPCA 3VXCA 3QUJA 1PEBA 1DPEA 5H8NB 2OBGA 1GR2A 2Z22A 3EHSA 4QSCA 1N04A 3C9HA 5H8HB 4YMBA 1LAXA 2GHAA 4M4GA 2NOOA 3CSBA 3G3IA 4NF4A 4C1TA 3H06B 1EZPA 3LSLA 2YPNA 2ZNSA 3IORA 4IO4A 3T66A 1Q1KA 1ANFA 2AIXA 1LB9A 3SDFA 5FTHA 2VOZA 3N94A 3T9HB 2XHDA 3H6WA 2Y84A 2HXWA 3HN0A 5K2YA 1S7YA 2HCAA 2P1SA 3VXBA 1POTA 5DEXB 3K00A 2B65A 3S2VA 2ZYNA 3IB0A 2QS1A 4QSEA 1I6QA 5DTBA 1PB7A 4IO5A 3VFJA 3C31A 4F1UA 3IB2A 3RNNA 2YLNA 3C32A 1USYH 3G3JA 4PFTA 3VLUA 1B3FA 3OSQA 1MXYA 1R1NA 3MWBA 5JK4A 5JTYA 3FZVA 3TTNA 3KJTA 3RPWA 3SEYA 4AB6A 2ZXTA 1B3HA 2Q8JA 2UVJA 1RYXA 2D3IA 4OETA 1BTJA 4NF5A 1R9QA 2H4IA 1VSOA 3KSXA 2V25A 2DVZA 4POWA 1TFDA 3OO9A 3MZ9A 2DSFA 4ISUA 2RF1A 1P1OA 3LBSA 4JWOA 5L9SA 3OO7A 3U72A 3V5AA 5F1QA 4WXJA 5H8QB 3A3UA 1SW1A 3U92A 4EXLA 1LAFE 4U23A 1M5BA 1LBCA 3M8UA 3PU5A 4G8NA 4ZZAA 4ESXA 4JSOA 1US4A 2O7IA 3L6GA 3LSXA 1Y1MA 3OSRA 5BWJA 3KEIA 4FORA 5TP9A 2Z8FA 4YB5A 3JYRA 4DXCA 4WKMA 1JEUA 2AL4A 2WKYA 5M2VA 4LP2B 3OD7A 1XVYA 1XVXA 3K6UA 2PYYA 3H03A 3K02A 1GVCA 1JETA 1MQGA 4F3PA 3C36A 4R2BA 3UP9A 3PPQA 2REGA 4DDDA 2NXOA 1YPNA 4MLQA 4QFLA 3LR1A 5HBCA 1EZOA 3FJGA 3VDFA 3I6VA 1B3LA 3OMBA 1B52A 4IO7A 3FATA 4GWOA 3I3VA 4E0XA 5TPAB 1DPPA 1URDA 1SVXB 4N13A 5AA2D 4YB6A 3DLNA 4KR5A 1YTVA 2HFBA 4UACA 3TDJA 4Z7EA 1TXFA 1FQAA 5B7DA 4YKKA 2DE4A 5A5XA 2I0CA 4PE5B 4I8CA 1QKBA 4HS7A 4I1DA 3KOTA 1QUIA 3HHFA 3MC2A 4MBPA 4WEPA 4X9TA 3ZKKA 4HW8A 2O1LA 5EYFA 2VD3A 3FASA 4XKNA 1IIWA 5H8FA 3O28A 4RK2A 3MP8A 4FJPA 4F2OA 3B6QA 1ELJA 2H5YA 3DM0A 4PETA 1DTGA 4XKQA 2XXUA 2VGQA 3RLFE 4OWDA 5DYHA 3U93A 2AL5A 1LFHA 1MY0A 4GXSB 2P0SA 2XXXA 4EDPA 4OQOA 4OFOA 1LCTA 1B9JA 2W7YA 3QSLA 3TCHA 3KJ7A 5KDTB 4IGRA 1B05A 3PD9A 4F3SA 5B70A 1TFAA 1UTHA 3B7DA 3MPLA 4F31B 5I57A 4F29A 3M3FA 4BDRA 1OVBA 3V8XB 2H25A 4H67A 2HAUA 3G3KA 4TLMB 3CG3A 3TYHA 3T9VA 1OVTA 5L9MA 2RCAA 1LLSA 4L17A 2XX8A 4TQUQ 1FTJA 1B5IA 4NE4A 3AXFA 3DP6A 1JNFA 4IB2A 5CMBA 3ZSFA 2QL3A 3RTFB 3T9XB 1MDP1 2NVUB 4U1OA 3K01A 3LSFB 1IQ7A 1JEVA 3TCFA 1O64A 1EH3A 1YCJA 4F19A 3RGYA 2DP8A 4PFUA 1QULA 2D21A 1NNFA 2PBWA 3WAEA 5CC2A 1AOVA 2O69A 4OERA 1MXVA 1MY2A 1OLCA 4KQPA 5I2KB 4HTGA 1DTZA 3EN3A 2ESNA 2QMWA 4Q0CA 3S9MC 2GH9A 4R72A 5DVIA 5KCJB 1QJMA 1URSA 3PUXE 5EHSA 4FIMA 4QFKA 2HAVA 4H6DA 2AYSA 1EZ9A 2R9JA 1MDQA 4NF8B 3PD8A 4EQ9A 3OO8A 1NH8A 3D4CA 5I84A 4G8HA 2Y7WA 4G2ZA 1LGBC 1HSEA 4LATA 3ILUB 1NMUA 3GLBA 3M3KA 4THIA 2Y7IA 3N5LA 1N7XA 3K6VA 4OMBA 2RKMA 1VR5A 2PVUA 4ZE8A 3UGWA 2THIA 1MQIA 3JZJA 1N3XA 3IJOB 4NTLA 3FXRA 2ZNTA 3MVZA 1LBBA 3OELA 3VVDA 1M5DA 2REJA 3FV1A 3H6VA 3UN6A 1RYOA 4EQ7A 1Z7NE 4ZE9A 4KD5A 5I56B 4JBZA 1SYIA 4OEVA 3K4UA 2OWSA 2HZKA 2F5XA 1TWYA 5DVFA 3PPNA 4XXUA 4C1UA 3T22A 1PDAA 4ZEBA 3TPAA 1PC3A 2F34A 1FTOA 2GRVA 4RJZA 1XS5A 3QIMA 1MXZA 1MS7A 1UTBB 5ITOA 2IA4A 5J1DA 3D4GA 2ZYMA 3VLWA 3FVNA 3TCGA 1D4NA 4IY5A 5I59B 3U8QA 1QUKA 4BLAA 4P0IA 1ZU0A 3CSGA 3PPPA 4MF3A 1WODA 1FW0A 1ZJLA 3EHUA 1UTBA 3MW0A 5H8NA 2DS9A 4U21A 4R6HA 1OIBA 5FHMA 4ONYA 5H8HA 2ABHA 3MP6A 2F6PA 1FQDA 5I2NB 4DZ1A 1B1HA 3BFTA 2RC9A 1B3EA 1SW2A 2DWAA 3FUZA 4ZEIA 1MM7A 4JDFA 2PMSA 1UIVA 2PT2A 3IAZA 4JB7A 1M5EA 2XXPA 3IO6A 1IXGA 4OFLA 1T0KA 5CMKA 2I4BA 5DEXA 1TT1A 3SETA 1M5CA 1RKMA 3K6WA 4U1ZA 2H99A 1B7UA 2X26A 4HCWA 4QFPA 2P2AA 3H7MA 3S9NC 1B5JA 2HZLA 4U4XA 1B7ZA 2F7BA 3H4ZA 3T96B 2Z8EA 1IXCA 2A5TB 3U94A 2Q2CA 2VD2A 2DYXA 5CMCA 1B46A 1IXHA 5BUUA 3RUMA 3K1MA 2E1SA 1MQDA 3KN8A 3CR9A 1WDNA 1N3WA 2ALUA 3IX1A 4OENA 3G3FA 3FXUA 5CBSA 2HEUA 4OVJA 1IXIA 4FAJA 3SKPA 4IO6A 3CRBA 1Y20A 1H44A 1N0TA 2A5TA 3PUVE 4H8JA 1US5A 1Y3PA 4H5FA 3IOVA 5AA2B 4GIZA 2UYEA 1FQFA 3N6TA 5FHOA 5ELVA 4EUOA 4OTEA 4HCYA 5DT6A 3MBPA 4ZEKA 2RC7A 1L5TA 1A8FA 2O68A 1Y9UA 4H1XA 2PT1A 1BIYA 5H8QA 3MVXA 4GD5A 3N26A 1WVJA 5ICQA 5AA4B 1Y4CA 5HM4B 2FA7A 3PUYE 3E9XA 3V83A 3P7IA 1HSJA 5AA2A 3ZKLA 2UVIA 3A09A 2OJTA 3C34A 3CFLA 1I6AA 1Y4TA 4OESA 4YICA 4GF8A 3SERA 3H6TA 2V3TA 5AA4A 1OMPA 4P11A 1DOTA 1MPDA 4G77A 3TTRA 1SW4A 3T9UA 4YZZA 3IO4A 3K6XA 5CI5A 1Y3NA 1B7HA 1NNKA 3O66A 4F3BA 3KSJA 1MXUA 4ELQA 2I58A 2V3UA 1B4ZA 2QMXA 2V3QA 3LC8A 2OLBA 5AA3A 1PBQA 3MP1A 5TPAA 3IL1B 4XTCQ 4RNSA 5I58B 3HV1A 4F39A 1FTKA 4DLDA 2R6GE 1H45A 1H3DA 1FQCA 3IK6B 4H5GA 2NUVA 1MG1A 5EHMA 2UXAA 4I62A 1FQBA 4PFWA 4XKRA 1CE2A 2RC8A 3GZGA 3Q28A 3H3GA 3RTWB 2XD2A 2B3BA 2F35A 4FEBA 2DQVA 5F7VA 1AMFA 1IITA 4IY6A 1B40A 5CRYA 1XC1A 3KN7A 2GFEA 3PPOA 4EF1A 4OYVA 5DVJA 4BDQA 1GV8A 2PX1A 2I49A 3IOWA 3KGCA 3USDA 3QYTA 3ZS6A 3G3GA 3FJ7A 4OFJA 1A99A 3RY3A 4PP0A 4R73A 3TELA 1MPBA 1M5FA 3N6UA 4BDNA 4R9GA 5FHNA 3FXQA 3L6HA 3E4RA 5KDTA 1SI0A 1HSLA 4LZ5A 3M3LA 2F7CA 3FD3A 1KWHA 1AIVA 4ELOA 3MZBA 3W9WA 1AH5A 3DELB 4GRKA 3R7XA 3LUYA 2DOJA 2UVGA 1XHYA 2O51A 3Q29A 3EPEA 3FJMA 4QRZA 3IJXB 2D5WA 1D3KA 3LSWA 1ZLQA 3DP4A 1Y3QA 1ZMGA 2GHBA 4YU0A 2ONKE 3K2DA 2XXIA 2Q2AA 3IOTA 1FQEA 3RT8A 1P99A 3FIRA 3B6WA 1JW5A 3WAFA 3W15C 4R6KA 3CFZA 3PUWE 3Q27A 4LQ5A 1P1NA 4GFRA 3TQWA 3IB1A 2QPQA 3VVEA 3K1NA 1QVSA 5AA1A 2O1MA 4RK9A 4QFNA 3TFLA 1SQYA 4DCYA 3HO7A 2Y7RA 3FVOA 1NNPA 4ND9A 2DWIA 3TAJA 3BFUA 3O9PA 3UK4A 5I2KA 2F8DA 2A5SA 4IO3A 3ILTB 4F18A 2DWHA 1B2HA 1JW4A 2I0BA 4P0GA 2VP1A 1IZ1A 1D9YA 3EF7A 3MQ9A 5KCJA 4YKIA 1A8EA 2O7UA 1VFDA 1J1NA 1NFTA 4NF6B 2I48A 4NF8A 4G68B 2QSXA 1ATGA 4UA8A 3S9EA 2YJPA 4ELRA 4GXAA 2RINA 4YKJA 2Q88A 4H0WA 4MLVA 4C0RA 3QAXA 1R6ZA 1IEJA 3TODA 4PFYA 2XXWA 1H43A 1BP5A 1YAEA 5L9OA 1QKAA 1NNTA 4G68A 3DP8A 1NL5A 2F97A 3SEXA 4RA1A 3KOSA 2NWJA 3SEVA 4DE8A 3TQLA 3FGSA 3V89B 5FTIA 1D9VA 5I56A 4NF4B 4EQBA 1MXXA 3ODBA 1P1WA 2O84X 5JEIA 4KFQA 2XXQA 4I9DA 4POXA 3R6UA 1H76A 4GL8A 5H8SA 1MRPA 1LFGA 2QJEA 3RT6B 2I6EA 2ONRA 4PQJA 4Q5TA 3ECRA 1ZIUA 3MPKA 1Q35A 4Q30B 1O63A 1Z7ME 2IEEA 2OCUA 4F1VA 4IO2A 2QRYA 1ZKBA 1USYE 2ONSA 2G93A 4F22A 5I59A 3BBRA 1Y1ZA 5LOMA 4BDLA 2XX7A 2B3FA 1POY1 2I3VA 1MQJA 3O29A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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