1I6BA

Structure of equine apolactoferrin at 3.2 a resolution using crystals grown at 303k
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
b'APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of equine apolactoferrin at 303 K providing further evidence of closed conformations of N and C lobes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LACTOTRANSFERRIN
molecule tags Metal transport
total genus 168
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6bA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6bA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6bA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6bA03
3TCFA 2B65A 4H0WA 5DEXA 1S50A 3EN3A 1LAHE 4FIMA 4DLDA 3WAFA 2E1SA 4HCYA 1B3FA 3KJ7A 5AE4A 1MQHA 2I0CA 2VGQA 3JV9A 3GBBA 1N84A 4DIGA 4DXBA 1PB7A 3SEWA 3PPPA 4WXJA 3TTMA 1SI1A 4OHNA 4POXA 1MRPA 3T22A 4JDFA 1XVXA 4DE8A 4ESXA 4O3BA 1GVCA 2LAOA 2NUVA 5I58A 2DXYA 2HZKA 4F19A 1Y4CA 2I3WA 1N3XA 2XXWA 4FORA 2OLBA 4OESA 2QMXA 2R71A 5H8NA 3K01A 3EPEA 3C35A 3OO6A 4IY6A 2XX8A 4ZE9A 1NH7A 3FVGA 4AQ4A 1Q35A 3IOWA 2DE4A 1B3GA 3F11A 4YKIA 3DM0A 4TLMB 5HPQA 4NF6B 2F35A 1JNFA 2H99A 2QSXA 3K02A 3PD8A 3CG3A 4XXUA 5TP9B 1UQWA 3PUVE 5ICQA 2Z8FA 1N3WA 1LBCA 3N94A 1O63A 5KCJB 4RPOA 5ITPA 2Y84A 1LGBC 4TQUQ 1JW4A 3MVWA 4IO2A 5DT6A 3HO7A 1FW0A 3IK6B 1OQHA 5L9MA 5ITOA 4YU0A 1IUDA 1UTBA 3UN6A 2OZZA 2HQ0A 2R6GE 1DPEA 2ZYNA 4KD5A 4PFTA 1IXCA 3U94A 3OELA 2ALUA 1FQAA 1B5JA 1FTJA 4OMBA 4OENA 5B7DA 1NKXA 5H8SA 4GXAA 3SESA 5CBSA 5HM4B 1B58A 1DOTA 2ONSA 2VHAA 4GL8A 3TYHA 1A54A 4EXKA 3QXMA 4RJZA 1QKAA 4R9FA 1ANFA 3KSJA 3CRBA 2AYSA 4G8MA 1SI0A 1FQCA 4ELRA 1QW0A 2Q9TA 4GQOA 1AOVA 1VR5A 3V8XB 4KI0E 5CMBA 5CM6A 4ZS9A 4POWA 3K6WA 2DE3A 3LC8A 3LR1A 1B46A 4NMYA 1KWHA 4NWCA 1JVXA 2QS4A 3LSFB 1J1NA 4ELQA 5H8NB 3QYTA 1MQIA 5I57A 3KEIA 1JQFA 4Z7EA 1POTA 1D3KA 1MS7A 1NNKA 3KZGA 4RPNA 1MH4A 5FTIA 1ZTYA 3PPOA 4FAJA 4XKQA 1LFGA 4PFWA 4KPTA 4JWXA 3MVYA 4MF3A 4ZEDA 1OLAA 1R9LA 5H8FB 3TDJA 4U22A 3K6UA 3BFUA 3PUYE 1QUJA 4F3SA 3VXCA 3CIJA 1TT1A 2OWTA 4OQOA 3FVOA 1GGGA 4NF4A 2RCAA 4N13A 5KDTA 3MZ1A 3FATA 4KFQA 1JW1A 4XTCQ 4YAHX 4U1ZA 2M8CA 2PT2A 5B70A 1B05A 3CI8A 4OXVA 1D9VA 1B3LA 4NF5B 4KYDA 1PBPA 1P99A 2O7IA 2V25A 4FJPA 3V89B 1N0TA 4YKKA 5DTBA 4FATA 3M8UA 3DP6A 4BDLA 3TTRA 4Q8RA 1MPCA 4JSOA 3TTNA 2DWIA 1AH5A 3QSLA 4G4PA 3HV1A 3I5OA 3IJXB 1N7XA 4BDMA 4P0IA 3BKIB 2D3IA 3PV0E 1M5DA 2O51A 4OFLA 1URGA 1MY0A 1MXVA 3D4CA 1XVYA 2X26A 4R74A 2O84X 2XX7A 5DVJA 2Z23A 2ZXTA 5EHSA 3C34A 2ZNSA 5L9OA 4IGTA 3SEVA 3A09A 2V3UA 4GOTA 3HN0A 1ATGA 2DWHA 1ELJA 1P1NA 4XKRA 2B3BA 3T9UA 2Y7WA 3MP8A 2X7PA 3RY3A 1LLSA 4R6HA 4F2OA 4I62A 3IOUA 1R1NA 5TPAB 4JB7A 3MPLA 4X1BA 1AMFA 2IA4A 1OVTA 2AL5A 3DLNA 4IO4A 5AA4A 4X48A 4BLAA 2Z8EA 4PQJA 3JYRA 3SKPA 4NF4B 1B5IA 1NH8A 1YAEA 4YZZA 3DP4A 1B3EA 4N6PA 2ESNA 3I6VA 1XHYA 5M2VA 1VFDA 4YICA 3PMXA 2DXRA 2RINA 2I4CA 3MZBA 3D4GA 2NXOA 5H8HA 4F1VA 3MP6A 3MZ9A 2F97A 3O2AA 3Q28A 1LCFA 3QAXA 3UORA 2AIXA 3QUJA 3E3KA 1JEVA 4OYVA 3TKDA 5FHOA 1NFTA 2I4BA 3W9WA 2QJEA 2XXPA 3EQ1A 3L6HA 1EH3A 3E4RA 4GF8A 1SW1A 3G3KA 1JW5A 1VFEA 4HW8A 3W15C 1PDAA 3Q26A 3G3JA 3HPIA 4G77A 3TQLA 4QRZA 2I6EA 4EDPA 3ZS6A 3C9HA 1QUIA 3FASA 4YB6A 5KZTA 5JTYB 3OO9A 2XXTA 1SD3A 4IGRA 3FJ7A 4Q5TA 1IXGA 1FTMA 2DP8A 4BDQA 2XXXA 2YPNA 3B7DA 3O28A 2UVJA 4YB7A 3ONMA 3N6TA 2ABHA 1T0KA 4IY5A 2VOZA 4WKMA 5KCJA 5CBRA 4LP2B 3ZKKA 2QS3A 1B51A 2VP1A 4GIZA 2PX1A 2XHDA 1B40A 2GRVA 3GLBA 3C36A 2RC9A 4PETA 1IITA 3W9VA 4QF9A 5ELVA 4F39A 1FQFA 4M4GA 3T9VA 1GTKA 4DCXA 2I0BA 2PYYA 3KFMA 4GL0A 3S9LC 5CMKA 2UVHA 1USYE 5CC2A 4MLVA 5H8HB 4NE4A 3O9PA 3N6UA 2R9JA 1H44A 3RN8A 4OEUA 1US5A 1EZPA 4ELOA 4F3BA 3RUMA 3RQTA 1XT8A 1JETA 1OIBA 1FQBA 1RYOA 1YCJA 3O29A 2B3FA 3GZGA 4ZE8A 4RY1A 4I1DA 1MPDA 1A40A 4FE8A 3KG2A 4THIA 4F22A 2Y7IA 4LA9A 4GRKA 2O68A 2QL3A 1URSA 3FZVA 1QUKA 3IR1A 4YB5A 2F36A 2FA7A 1MY2A 1QKBA 4LATA 4LZ5A 4MBPA 4MFIA 4R9GA 4R2BA 4XKNA 2GHAA 5H8FA 1MDQA 3GBAA 4JSDA 2F7AA 3FXRA 3N5LA 4H1XA 2I49A 1XS5A 1VSOA 5I2NB 1ZBMA 3MW0A 4GWOA 2Y7RA 2DQVA 5ISUA 1QULA 3VFJA 4YMBA 2RCBA 1S9TA 2H5YA 3MPKA 2X7QA 1TXFA 5EYFA 4E0WA 2F7BA 1B0LA 2E0SA 2RC7A 3V83A 3U8QA 2V3TA 4QFKA 2Q2CA 4AB5A 1JEUA 3IB1A 2DS9A 1BIYA 4DDDA 1DSNA 1P1OA 2G29A 3VE1B 3VLWA 4LQ2A 4PE5B 4NF5A 4XIGQ 1NNPA 3CSBA 2ONRA 2O69A 2XXYA 4QFOA 2Q88A 1OVBA 3G3IA 1GV8A 4U1OA 3HHGA 5K2XA 4OVJA 3PUZE 3KJTA 1IQ7A 1SVXB 5CI5A 1DTGA 3PUXE 2PT1A 3SEXA 5ICTA 1UIVA 2DVZA 4ZEKA 5FHNA 3FUZA 1O7TA 4BDOA 2A5SA 3Q29A 4ELPA 1MY1A 3VLVA 4RK9A 2ZYKA 3KN8A 3PPRA 3VVDA 2DVCA 4DZ1A 4OZ9A 1JVYA 4ZECA 3FGSA 4RYAA 4OETA 2O1MA 1A55A 3VLUA 3FV2A 1UTHB 5J1DA 2H9BA 1OMPA 1B7HA 4RXLA 2UYEA 4F3PA 3QUFA 4WEPA 1MM7A 4ECFA 3MUQA 3ILTB 4U2RA 1Y1MA 3R6UA 2RF1A 3RPWA 1Y4TA 1IIWA 5TPAA 3IOTA 2XD2A 5K2YA 5I84A 4QHQA 1D4NA 2Q8JA 4RNSA 2UVIA 3K2DA 2I3VA 1MDP1 3TELA 4ZEIA 3G7WA 3T66A 2CZLA 3T9XB 3OEKA 1MPBA 5I56B 4IB2A 5JK4A 5CMMA 4LUBA 4OEVA 1PB9A 4NWDA 4F31B 2QS2A 4YMAA 1P1QA 3R26A 3MP1A 3CFLA 1LAXA 1SDXA 4GVOA 2ZMBA 3RTFB 3CFXA 3CR9A 1PC3A 1LB8A 2OK2A 3EHSA 1ZKBA 3K6VA 4HCWA 5L9SA 4F1YA 3FVKA 3B6TA 4YKPA 3FD3A 4IO7A 1YTVA 4KHZE 3E13X 5A5XB 1LAGE 3M3FA 5CMCA 4GLIA 1A8EA 3FJGA 4U4SA 3VVFA 4QSDA 2OCUA 1FTOA 3CVGA 4BDNA 3RLFE 4G68C 1US4A 2BJJX 1ZMGA 3IOVA 4TLLB 1USYH 4FECA 5JTYA 4I8CA 4KR5A 5TU0A 1NL5A 3UIFA 1Y3QA 4R6KA 1B7ZA 2Q89A 3H3GA 4H8IA 3TEPA 2HFBA 2PMSA 3FXQA 2DE2A 3HCQA 2QS1A 4QSCA 1A7LA 3H4ZA 2REJA 3HHFA 3C33A 2UYFA 3IL1B 5AA2D 1B52A 3S9MC 3K4UA 1AIVA 2NWJA 4G68A 3FXUA 1EZ9A 2NVUB 4PFYA 5BWJA 2WKYA 1M5BA 1SQYA 4GD5A 1SW4A 2VD2A 3T93B 3KN3A 4EQBA 4OFOA 3K6XA 2O1LA 3MQ9A 4OTEA 3I3VA 3RT6B 3USDA 1SBPA 4Q0CA 3H6TA 1L5TA 5CRYA 3LSXA 1MQJA 4DCYA 5I2KA 3A3UA 3BBRA 2KLFA 4E0XA 2F5XA 3IORA 1Z7ME 3MVXA 1ZLQA 3PPNA 4I9DA 3C4MA 3WAEA 4R75A 4KQPA 3TTLA 3RNNA 4C0RA 2P1SA 2Q2AA 3TODA 2DWAA 3UP9A 3N26A 1Y9UA 1NMUA 3TUSA 5H8QA 1BKAA 2AL4A 1I6QA 1MY3A 4M1VA 1D9YA 3TTKA 1WVJA 4JBZA 2D21A 3Q25A 1B9JA 2I58A 1HSEA 5L8DA 1N76A 1BLFA 1B6HA 4R6YA 1VE4A 1H45A 2XD3A 3SEUA 5FHMA 2HAVA 3O6GA 2D5WA 3M3LA 4OFJA 4JWOA 3K00A 3KBRA 4QFLA 4XKPA 3SETA 4P0GA 5I2NA 2F8DA 3SEYA 1LAFE 4ZZEA 2XXHA 3H06B 4EQ7A 2O6AA 4G68B 5BUUA 3LSWA 2G93A 3PD9A 1PEBA 4U4XA 3E9XA 3ODBA 4G2ZA 3KGCA 4R73A 3R7XA 3RTWB 2ZYMA 3G3FA 3M3KA 4LZ7A 5I2KB 1AL3A 3GXAA 2Z22A 2RKMA 1FCKA 1BP5A 4GXSB 1I6AA 3K1MA 2FNCA 5DVIA 3S2VA 4F2QA 4ND9A 3SDFA 1TFDA 3RT8A 1B3HA 4O3AA 3HSTA 1FQEA 2HCAA 3T96B 2F6PA 1IXHA 3S4UA 2DSFA 3C31A 5H8QB 2DOJA 4QFNA 3FIRA 1GR2A 2GH9A 3TCGA 3K0VA 3EHTA 2XXVA 4NEDA 1R6ZA 2I48A 3QIMA 3LBSA 5F7VA 1UTHA 4ZEFA 3H7MA 2GHBA 2V3QA 4ISUA 1M5FA 1R9QA 5F1QA 3S9NC 2DYXA 2QRYA 4G8NA 5LOMA 1FTKA 4TOZA 1SYHA 3L6GA 4C1TA 1MM6A 4F3GA 4KYEA 4X9TA 1LFHA 2XXQA 4IO5A 4RA1A 1B1XA 2HAUA 3OOAA 3IB0A 2IEEA 5I56A 3C32A 2PBWA 3G3GA 3TZAA 3EF7A 3H6UA 3MVZA 2Y7PA 1DMBA 2ONKE 3P7IA 1SYIA 2ANJA 3VVEA 5AA2B 2YJPA 2QMWA 2OBGA 5FTHA 3U93A 2XX9A 3G3HA 1B0HA 1PB8A 3TMGA 1URDA 4H6DA 2H4IA 2RC8A 1POY1 1H76A 4ESWA 1FQDA 3OSRA 2GFEA 1UIUA 5DEXB 1MY4A 3OSQA 2V84A 3MC2A 1ZU0A 1Y3PA 4NTLA 1CE2A 3CSGA 3LUYA 5I59A 1OLCA 1N7WA 5IAIA 3VV5A 4H65A 4H5GA 1Y3NA 4JWYA 5A5XA 2A5TA 1IZ1A 2DWJA 4FEDA 1IEJA 1M5CA 3KN7A 1Q1KA 2FYIA 3IJOB 3U92A 3DELB 2P2AA 4F29A 4ONYA 1H3DA 1MQDA 1HSJA 3U72A 2H25A 2HZLA 4AB6A 4EUOA 3O97A 1PBQA 3DP8A 4ZEBA 2XXRA 3PUWE 5I58B 4QFPA 4QSEA 2THIA 3ZKLA 4NF8A 1B7UA 1OQGA 3B6QA 4RK2A 3KOSA 4F18A 3THIA 4N07A 1XOCA 4R2FA 3PU5A 4H67A 1A99A 1S7YA 2O7UA 4OWDA 4F1UA 1DTZA 4LZ8A 5AA1A 2HXWA 3ILUB 3IX1A 2ZNUA 3S9EA 3Q27A 3PPQA 2F6GA 3FJMA 1MH3A 1H43A 4EF1A 1CB6A 4O3CA 1WODA 4JXIA 2UXAA 4UA8A 2P0SA 2HEUA 1YPNA 1Z7NE 2VD3A 1UTBB 3PMWA 3CG1A 2ZYOA 3UGWA 4H5FA 5DYHA 4P11A 3V5AA 4K3FA 4C1UA 5AA3A 1QVSA 2F7CA 2OWSA 3TAJA 1MQGA 5I59B 1HSLA 5JEIA 3K1NA 1RKMA 3LSLA 3OENA 2A5TB 2CMOA 4Q30B 4MH5A 1LSTA 4EQ9A 3K1PA 1II5A 4LQ5A 1DPPA 1MXZA 1MG1A 2QPQA 3EHUA 3PMVA 3H6VA 3O6HA 4HS7A 1Y1ZA 1MXUA 2H98A 4FEBA 4NF8B 4EXLA 1I69A 2XXUA 4YKJA 4BDRA 1P1WA 3KSXA 4U23A 5I57B 1A8FA 1B1HA 3BFTA 1B5HA 2Z8DA 3H03A 3PGFA 1TWYA 1XC1A 2UVGA 4X1DA 1LBBA 4KCCA 3QK6A 1P1UA 2F34A 1ZJLA 4LONB 2ZNTA 5IKBA 4WEDA 3O6IA 3TCHA 4HTGA 1RYXA 2NOOA 1TFAA 3OXNA 3UA8A 4IO6A 4ZDMA 2F78A 2Y7KA 3B6WA 3IB2A 3MAMA 1WDNA 4UACA 4OERA 3VXBA 4KCDA 4EF2A 1NNTA 5KDTB 3RGYA 4MLQA 1B2HA 4Z0IA 4LVQA 1EU8A 3OO7A 4R72A 1B4ZA 1FTLA 5EHMA 3U1OA 3MWBA 1MXWA 3IO4A 3MBPA 3O66A 1LCTA 1N04A 3UK4A 3IO6A 3JZJA 3OEMA 3OD7A 4PFUA 1IXIA 4U21A 1Y20A 4GFRA 3FVNA 5DVFA 1EZOA 1I6BA 3IAZA 3A3CA 4L17A 3TPAA 4PP0A 3AXFA 4ZZAA 1B4HA 2W7YA 1SW5A 3KOTA 1B32A 3ECRA 3T9HB 2V93A 4DXUA 5HBCA 4DXCA 3CFZA 1SW2A 3TQWA 2OJTA 3OMBA 1QJMA 2PVUA 2YLNA 4NF6A 1ZIUA 3TFLA 4G8HA 1MXXA 3SERA 3MJNA 5TP9A 1O64A 2REGA 1LB9A 4KYSA 3ZSFA 1M5EA 3VDFA 4H8JA 4IO3A 1NNFA 5AA2A 3FV1A 1LFIA 5AA4B 2XXIA 3OO8A 1BTJA 1F9BA 1MXYA 3H6WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TCFA 1KA1A 2B65A 4H0WA 4OVTA 5DEXA 1S50A 3EN3A 1LAHE 4FIMA 4DLDA 3WAFA 2E1SA 4HCYA 1B3FA 3KJ7A 5AE4A 1MQHA 2I0CA 2VGQA 4NHBA 3JV9A 4NQ8A 3GBBA 1N84A 3LUZA 4DIGA 2FHYA 4DXBA 1PB7A 3SEWA 4AS5A 3PPPA 4WXJA 3TTMA 1SI1A 4OHNA 3T1BA 3U65A 4POXA 1MRPA 3T22A 4JDFA 1XVXA 4DE8A 4ESXA 5LTCA 4O3BA 4PCDA 1GVCA 3E79A 2LAOA 2DDKA 2NUVA 2ZZVA 5I58A 2DXYA 2HZKA 4F19A 1Y4CA 2I3WA 4NN3A 1N3XA 1FJ9A 2XXWA 4FORA 2OLBA 4OESA 2QMXA 2R71A 5H8NA 3K01A 3EPEA 3C35A 3OO6A 4IY6A 2XX8A 4ZE9A 1NH7A 3FVGA 4AQ4A 1Q35A 3IOWA 2DE4A 1B3GA 3F11A 4YKIA 1NV0A 1FBCA 3DM0A 1KA0A 3BIHA 4TLMB 5HPQA 4JVDA 4NF6B 4X04A 2F35A 1JNFA 2H99A 2QSXA 3K02A 3PD8A 3CG3A 4XXUA 5TP9B 1UQWA 3PUVE 5ICQA 2Z8FA 1N3WA 1LBCA 1INPA 3N94A 1O63A 5KCJB 4RPOA 5ITPA 2Y84A 1LGBC 4TQUQ 1JW4A 3MVWA 4IO2A 1NI9A 2CZKA 5DT6A 3HO7A 1FW0A 3IK6B 1OQHA 5L9MA 5ITOA 4YU0A 1IUDA 1UTBA 3UN6A 2OZZA 2HQ0A 2R6GE 1DPEA 2ZYNA 4KD5A 4PFTA 1IXCA 3U94A 3OELA 2ALUA 1FQAA 3IFCA 1YYZA 1B5JA 1FTJA 4OMBA 3D1RA 4OENA 5B7DA 1NKXA 5H8SA 1IMFA 4GXAA 2BJIA 3SESA 5CBSA 5HM4B 1B58A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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