1I6BA

Structure of equine apolactoferrin at 3.2 a resolution using crystals grown at 303k
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal transport
publication title Crystal structure of equine apolactoferrin at 303 K providing further evidence of closed conformations of N and C lobes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LACTOTRANSFERRIN
total genus 168
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6bA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6bA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6bA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6bA03
1A8EA 4GL8A 4DXUA 1QUKA 2NXOA 4EF1A 1XOCA 4F3BA 2IA4A 1PC3A 4C0RA 4N13A 1B3EA 3OEMA 4C1UA 3M3KA 4ELPA 3H4ZA 1N04A 4PFWA 3ILUB 1I6QA 2REGA 4LQ5A 2ESNA 1FCKA 4Z0IA 2RCBA 1VE4A 2H25A 1Y20A 3FV2A 3U92A 1OLAA 4QFOA 1SI0A 2O7UA 4H65A 1MS7A 2Y7RA 4NF6B 3KFMA 1TXFA 1Y3QA 3THIA 4RA1A 2D3IA 2PYYA 1H3DA 4FE8A 3C4MA 4YKPA 1JVYA 4YKIA 1MH3A 1LLSA 3TMGA 4ELQA 5CBRA 1XHYA 2ALUA 3MP1A 4YMAA 4G4PA 3SERA 2FYIA 3O66A 1B05A 2IEEA 5JK4A 1B0LA 4H5FA 1SDXA 5KCJA 1FTLA 3LSFB 1ZBMA 3FASA 5KDTA 2UXAA 4TOZA 1VR5A 4OESA 3PD8A 2QMXA 3OO8A 2ONRA 3ZKKA 1JNFA 1B0HA 4LUBA 4GLIA 5I57A 2F6PA 3TPAA 3C9HA 3BKIB 2Q9TA 3V83A 1A55A 3VDFA 1IEJA 3N6TA 5TP9A 5I56A 3MZBA 3IJOB 4MBPA 3FIRA 4FORA 2PBWA 2WKYA 4LZ7A 2P1SA 2ONSA 1FTMA 3TUSA 5EHMA 4DIGA 3FV1A 4H8IA 2AL4A 3TCFA 4OETA 3SKPA 3O6IA 4WKMA 2Z8FA 1SD3A 4KD5A 5ICQA 5H8NA 3K01A 3GLBA 2QJEA 3MBPA 2RC7A 1MXXA 4KHZE 1SBPA 4YKKA 1R6ZA 4KI0E 2UYEA 1OVBA 4I8CA 4R72A 1SVXB 1URDA 1M5EA 5KCJB 3Q26A 4F18A 1FTJA 1MQGA 3HHFA 4O3CA 3FXQA 3ILTB 5I59A 1VSOA 1OIBA 3IB2A 2V25A 1ZKBA 3K00A 4BLAA 2UVHA 3VVDA 3VLWA 3E13X 4QHQA 4ZE9A 5I57B 1D9YA 5EHSA 1AIVA 1NH7A 4HW8A 4OENA 5KZTA 5TP9B 1LBBA 1LAHE 1B5HA 5I56B 3HN0A 3VVFA 1O64A 2R71A 3CI8A 3H6UA 4R74A 3QYTA 5I2KA 2CZLA 2B65A 5CI5A 3TFLA 1ANFA 1TFAA 3KGCA 3CG1A 3T9HB 4Q8RA 3G3KA 3QXMA 3KJ7A 2A5SA 3FATA 3MP8A 3OENA 5FTIA 1R9LA 5F7VA 5H8NB 2ZNSA 1MQDA 4LP2B 3HHGA 1VFDA 3VXCA 4HS7A 3EHTA 3FZVA 1P1OA 2DE4A 4ECFA 5L9MA 3P7IA 5HPQA 3TTKA 4F22A 1LGBC 1UTHB 4PETA 3CG3A 4DXBA 3U8QA 2D21A 4R75A 3RY3A 1B5IA 1PBPA 5FHMA 2E1SA 3MWBA 4XKNA 2QS2A 4JXIA 2OWSA 1M5CA 1Z7NE 4R6YA 3T93B 3GXAA 1SW1A 2H99A 3S9MC 3FXRA 2AYSA 4GOTA 5I2KB 3UP9A 4OEUA 1MDP1 4QFLA 2RF1A 1Q1KA 2O1LA 1ZIUA 5DEXA 3HV1A 4IO4A 1OQHA 3MJNA 3VLVA 4ZEBA 3G3FA 2HZKA 1LCFA 2VD2A 4U2RA 1HSJA 1B7UA 3O6HA 3PUXE 4JWXA 1N7XA 3FXUA 3RNNA 2DWHA 3IOWA 5M2VA 3O2AA 1MY3A 2RINA 3H6WA 1XS5A 4UACA 5AE4A 3RN8A 2RC9A 1Y9UA 3ZSFA 5A5XA 3BBRA 1RYXA 3TTRA 1FQEA 1J1NA 3IAZA 3KN8A 2NOOA 3PPRA 3N5LA 3LR1A 3PUWE 1D3KA 5AA4A 1JETA 1NH8A 2P0SA 3U94A 1ELJA 1FTOA 5ISUA 1SW5A 4LATA 2Y7PA 3PV0E 2ABHA 5DEXB 1IQ7A 1IXCA 2I0CA 4POXA 3IJXB 4ESXA 1FQCA 3DP6A 3QSLA 4KYSA 5FHNA 3L6GA 3T9UA 1M5DA 2XXWA 2ZYMA 2HZLA 2DE3A 4XIGQ 1XVYA 3IX1A 1D9VA 3FGSA 1PB8A 2ZMBA 4F29A 2R6GE 4GFRA 4RYAA 3F11A 4WEDA 1CE2A 2DVZA 3IO6A 1PB7A 3TEPA 3TDJA 3I3VA 4ZS9A 2F8DA 2HAUA 3PPNA 1LCTA 3KOTA 1MY2A 4H1XA 2F7BA 4R6KA 3MQ9A 1MDQA 4JB7A 3E9XA 2M8CA 4LZ8A 3CFLA 1URGA 2ONKE 4OHNA 1M5FA 5AA4B 4R9FA 4FAJA 1Y4TA 2REJA 3KSJA 3LUYA 4RK9A 2F7CA 4XKQA 4GIZA 3OSQA 1DMBA 1BKAA 2DSFA 1IXIA 2F97A 4F1UA 3B6WA 1UTBA 2PVUA 3H3GA 3UORA 2F6GA 3C33A 2XXHA 2Q8JA 1B3HA 3GZGA 3KBRA 1B3GA 4EQ9A 5DT6A 2X7QA 1EZPA 3QUJA 2R9JA 1N3XA 3OXNA 4F19A 4FEDA 3KEIA 2Y7WA 4ELRA 3T9VA 1BIYA 4G2ZA 1NKXA 3C34A 4DXCA 4GXAA 4IY6A 2LAOA 4F2QA 2Z23A 4OQOA 3KJTA 4JWYA 4AB6A 3I6VA 2E0SA 1I6AA 2O6AA 3JV9A 2FNCA 4X48A 4JSDA 1R9QA 2Y7KA 2THIA 4AQ4A 4IB2A 2DP8A 3PPPA 3VFJA 1WVJA 1MPCA 4YAHX 4I62A 4U1OA 2HQ0A 1PEBA 2H98A 4Z7EA 3ONMA 3QK6A 1YPNA 2F5XA 3Q27A 4G68C 3HCQA 1UTBB 4RY1A 1F9BA 1MXZA 1Y1MA 4F3GA 4P11A 2OJTA 4U1ZA 4LVQA 1H44A 3PMVA 1B51A 3N26A 1B3LA 3TYHA 5TPAA 3CR9A 1IXHA 4OFOA 3UIFA 4F31B 5ITPA 2XD3A 2YJPA 3FVNA 4WEPA 5H8FA 5AA2D 1Y3NA 4X9TA 3CFZA 1YCJA 3MUQA 5H8HA 2I4CA 2HCAA 2ZYKA 2F34A 3RTFB 3BFTA 3OO6A 3I5OA 4QSDA 2GHBA 5I58A 4P0IA 5ICTA 3W9WA 4X1BA 4HTGA 1A99A 3TQLA 1JVXA 4P0GA 2G93A 3IB0A 4KQPA 1GGGA 3IOTA 3HSTA 2ZYNA 4K3FA 5JTYA 4OVJA 1ZLQA 4ZEIA 4NMYA 5CMMA 3UK4A 2Z22A 2Z8EA 1P99A 2QL3A 4IGRA 2DS9A 1MRPA 2NWJA 5TPAB 3OOAA 1FQAA 1SYHA 4BDQA 3CSGA 1GR2A 3U72A 3S2VA 5KDTB 5EYFA 2QSXA 4KYEA 5H8FB 3MP6A 2H5YA 1MXYA 3MPKA 3OSRA 5I2NA 3G3GA 1B58A 2D5WA 3VVEA 1B40A 1B4HA 1S50A 1I69A 2VHAA 1AL3A 3H6TA 1IXGA 1S7YA 3QAXA 1FW0A 4AB5A 1II5A 4TQUQ 3RPWA 1RKMA 1QUJA 2I3WA 1N3WA 1B9JA 3DELB 3K4UA 3IR1A 2I3VA 3SDFA 2NUVA 1GV8A 4IO6A 5JTYB 1BTJA 2GH9A 1IIWA 2OBGA 1EH3A 2DVCA 2VOZA 2ZXTA 4U21A 1B46A 3TZAA 3B6QA 3RQTA 3EPEA 4ISUA 3SEXA 3ECRA 3FJ7A 4YB7A 4RNSA 4WXJA 3Q25A 3VV5A 3O29A 3G3JA 2XX9A 4GVOA 4JDFA 3TQWA 3CRBA 1SW4A 3RTWB 2FA7A 3MZ1A 1WODA 3KZGA 4FEBA 1P1UA 2XXQA 5I59B 3K02A 5BUUA 4OXVA 4U23A 2O51A 5I2NB 3T9XB 1Q35A 4OTEA 2ZNTA 4ZDMA 4KPTA 4QFKA 4KR5A 2BJJX 1MH4A 1PB9A 1MXVA 4KCCA 1XT8A 4QFNA 1I6BA 4EDPA 1JW1A 2G29A 2V3TA 3K6UA 1QJMA 5H8QA 3T96B 2H9BA 5L9OA 5AA1A 3TTMA 1JEUA 4EXLA 4LONB 3KG2A 4MFIA 2I49A 3PMXA 2UVJA 3R6UA 2UYFA 3CIJA 1XC1A 2O84X 3H7MA 3PUZE 3H06B 3VE1B 5CRYA 2I58A 1YAEA 2PX1A 2X7PA 4QSEA 2XXUA 4R73A 2HXWA 4IO5A 3B7DA 4GF8A 3EHSA 1N0TA 1LAXA 1UQWA 4F39A 1LFGA 1B7ZA 2DOJA 3SEWA 1AH5A 4FECA 3MVWA 4DLDA 4NE4A 3SETA 2CMOA 1QVSA 2OZZA 1NNKA 4JBZA 1B6HA 4RXLA 5ELVA 3M3FA 1MM6A 5CMBA 1YTVA 1ZJLA 1ZMGA 2I4BA 1DTGA 5B70A 1IZ1A 5FHOA 1RYOA 4GL0A 2I0BA 1TT1A 5ITOA 3QUFA 3LSLA 3LC8A 1MXWA 1GVCA 4ELOA 5AA2A 3JYRA 2XX8A 1LFHA 3OD7A 3CVGA 3IK6B 3CFXA 1LB8A 1P1WA 4PE5B 3MAMA 4FATA 4MLVA 4MLQA 1IUDA 1LAGE 4ESWA 4OMBA 5A5XB 4H5GA 1EU8A 2V84A 3TKDA 2V3QA 4ZZAA 3MVYA 1MY0A 3EQ1A 5JEIA 1MQHA 1MQJA 1NL5A 1AOVA 3WAFA 4BDNA 2UVIA 3O28A 1SW2A 3K1MA 4NWDA 1NMUA 5K2XA 3E3KA 3M8UA 1S9TA 1Y1ZA 4FIMA 3G7WA 4G68A 2XXPA 1OQGA 3S9LC 2ANJA 4PQJA 4POWA 1ZU0A 4NTLA 4OWDA 2XXTA 4KFQA 2O68A 1A54A 4Q30B 4UA8A 3S9EA 4GD5A 1PBQA 3T22A 3FVGA 4IGTA 1JW5A 1QUIA 3LBSA 3UGWA 1DSNA 3AXFA 1MPBA 4R2BA 1B7HA 4N6PA 4O3AA 1MG1A 2F36A 1N7WA 3H6VA 2Y7IA 4PFUA 5CBSA 5DYHA 2Q2AA 4LQ2A 2QRYA 1H76A 3E4RA 5IAIA 3D4GA 4R6HA 4HCYA 1USYH 1JW4A 1L5TA 3HPIA 3K6XA 1QKAA 3TCGA 3RLFE 4JSOA 4F3PA 3IOUA 1DPPA 1H43A 2UVGA 2Q2CA 2VP1A 3N6UA 1LFIA 4XKRA 4BDRA 3MVZA 5F1QA 1N84A 2OK2A 3MC2A 4G68B 4YICA 2A5TA 3PUVE 4GXSB 3PGFA 5H8SA 1UIUA 3QIMA 3OELA 4ONYA 2F78A 1QW0A 4QFPA 3SEYA 3U1OA 4DCYA 5DVFA 4YB6A 3FVKA 4I1DA 3S4UA 3FUZA 4IO3A 4BDLA 3SESA 1KWHA 2B3FA 3DP4A 2Q89A 4M1VA 2KLFA 1US5A 5LOMA 3ZKLA 4R9GA 2OWTA 1LB9A 3KSXA 1LBCA 4EF2A 4QF9A 1OLCA 2W7YA 2QS4A 4YZZA 2QPQA 3FJMA 5DTBA 3IB1A 3HO7A 3KN3A 3EF7A 4EUOA 4Q0CA 1O7TA 2DWJA 2I48A 4PFTA 3A09A 4OFLA 2GRVA 4BDOA 3FD3A 4E0XA 1PDAA 2GHAA 3OEKA 1GTKA 2OLBA 3SEVA 2A5TB 3RUMA 5CC2A 2RC8A 3GBAA 2DQVA 5K2YA 4ND9A 3LSWA 2NVUB 3D4CA 1SQYA 4RPOA 3M3LA 3IORA 4M4GA 4DZ1A 1CB6A 5AA3A 3K2DA 4XKPA 4OZ9A 4NF4A 3G3HA 1P1NA 4G8NA 3OO7A 4L17A 4EQBA 2XHDA 2ZYOA 1VFEA 2QS3A 4GQOA 3OO9A 4U4SA 3R7XA 1B2HA 3C35A 2V3UA 2OCUA 5H8HB 3H03A 2PT2A 2PMSA 1B3FA 4ZE8A 1MPDA 5TU0A 1EZOA 5I58B 2ZNUA 4H8JA 1UTHA 4OERA 4EQ7A 2HFBA 4QSCA 3C36A 4F3SA 2PT1A 4Q5TA 4KCDA 3OMBA 4EXKA 1NFTA 2DXRA 4XXUA 4DCXA 4ZZEA 3V5AA 3PMWA 1IITA 3IL1B 5J1DA 1OMPA 1JQFA 5L9SA 3O97A 1MXUA 4YMBA 1WDNA 3IOVA 3S9NC 3USDA 2YPNA 3G3IA 3TCHA 4YKJA 4G8MA 4NF4B 1Z7ME 1HSEA 3PPOA 4ZEFA 3N94A 2Z8DA 3MZ9A 2B3BA 4XTCQ 1BP5A 1B52A 4NF5A 2XD2A 2GFEA 1DPEA 1DOTA 1A8FA 1USYE 3V89B 3C32A 3TAJA 1XVXA 3MPLA 1JEVA 3K0VA 1N76A 2XX7A 3TTNA 4X1DA 4O3BA 3RT8A 3LSXA 3KOSA 1R1NA 3TTLA 1M5BA 4H0WA 1OVTA 1SYIA 2RCAA 3A3UA 4BDMA 2RKMA 3DP8A 4R2FA 1B4ZA 1B32A 1LSTA 3MVXA 2DWIA 1O63A 1Y3PA 4TLMB 5CMKA 4U4XA 3T66A 2O1MA 4RPNA 3ODBA 1EZ9A 1NNPA 2Q88A 4YU0A 2Y84A 3R26A 3O6GA 1AMFA 3FVOA 1TFDA 1B1HA 4PP0A 2I6EA 4IO2A 3O9PA 3PPQA 4NF5B 2DXYA 3TELA 1MY4A 3K6WA 1POTA 4LZ5A 4GWOA 4YB5A 3PD9A 4I9DA 4U22A 1HSLA 5IKBA 2XXYA 3PU5A 2DWAA 1H45A 4OYVA 1URSA 5DVJA 1NNFA 2O69A 1UIVA 3GBBA 3WAEA 1ATGA 3B6TA 3CSBA 4H6DA 4TLLB 4C1TA 1DTZA 5H8QB 3L6HA 3W15C 4JWOA 4ZEKA 3UN6A 2F35A 1A40A 3PUYE 4FJPA 2XXRA 3A3CA 3W9VA 1D4NA 3RT6B 3KN7A 2XXIA 2X26A 4G8HA 1B1XA 2VD3A 1SI1A 5I84A 2YLNA 1MY1A 5DVIA 5CM6A 4NWCA 4RJZA 5FTHA 4OFJA 1FTKA 2DE2A 3Q28A 1QKBA 4GRKA 2O7IA 1A7LA 3ZS6A 3EN3A 3V8XB 1FQDA 3MW0A 3SEUA 4NF8A 3BFUA 2XXXA 2HEUA 4F1VA 4RK2A 3IO4A 4E0WA 3K6VA 2P2AA 1BLFA 4N07A 4H67A 1POY1 3DLNA 2XXVA 4NEDA 1Y4CA 3VXBA 1T0KA 1US4A 4ZEDA 1B5JA 1FQFA 2AIXA 1NNTA 4G77A 3TODA 2V93A 2HAVA 4DDDA 2VGQA 4MF3A 3K1PA 2H4IA 1ZTYA 4MH5A 4F2OA 1FQBA 3JZJA 4KYDA 1P1QA 5B7DA 3RGYA 4NF6A 2AL5A 2F7AA 1LAFE 1TWYA 4LA9A 5HBCA 5HM4B 5L8DA 4THIA 4F1YA 5BWJA 4PFYA 2QMWA 1QULA 4HCWA 5AA2B 4IY5A 4QRZA 3UA8A 3FJGA 3C31A 3Q29A 4ZECA 3K1NA 3EHUA 1MQIA 2QS1A 3U93A 3VLUA 4OEVA 5CMCA 4DE8A 3DM0A 4NF8B 4IO7A 2DYXA 1MM7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A8EA 4GL8A 4DXUA 1QUKA 2NXOA 4EF1A 1XOCA 4F3BA 2IA4A 1PC3A 3A29A 4C0RA 1FBDA 4N13A 1B3EA 1Q9DA 3OEMA 4C1UA 3M3KA 4ELPA 4OVRA 3H4ZA 1EYKA 4GX4A 1N04A 4PFWA 3ILUB 1I6QA 1FPLA 2REGA 4LQ5A 4JVDA 2ESNA 1FCKA 3D1RA 4Z0IA 2RCBA 1VE4A 4PAFA 2H25A 1Y20A 4JVIA 3FV2A 3U92A 1OLAA 4QFOA 1SI0A 2O7UA 4H65A 1MS7A 2Y7RA 4NF6B 5ET5A 3KFMA 1TXFA 1Y3QA 3THIA 4RA1A 2D3IA 2KQZA 2PYYA 1H3DA 4H45A 4FE8A 3C4MA 4YKPA 1JVYA 4YKIA 1MH3A 5IGAA 1LLSA 3TMGA 4ELQA 5CBRA 4GX3A 2BJIA 1XHYA 2ALUA 3MP1A 4YMAA 4G4PA 3SERA 1NUYA 3MYUA 4OVTA 2FYIA 3O66A 1DBZA 1B05A 2IEEA 1IMFA 5JK4A 1B0LA 1LBVA 4H5FA 1SDXA 5KCJA 1FTLA 4N15A 3LSFB 1ZBMA 2Y5KA 5IZ3B 3FASA 5KDTA 2UXAA 4TOZA 1VR5A 4OESA 3PD8A 4P8BA 2QMXA 3OO8A 2ONRA 3ZKKA 1JNFA 1B0HA 4LUBA 4GLIA 5I57A 2F6PA 3TPAA 3C9HA 3BKIB 2Q9TA 3V83A 1A55A 3VDFA 1IEJA 3N6TA 5TP9A 1NUWA 5I56A 3MZBA 3IJOB 3RPLA 4MBPA 3FIRA 4FORA 2PBWA 2WKYA 1AWBA 2QFLA 4P9KA 4LZ7A 2P1SA 2ONSA 1FTMA 3TUSA 5EHMA 3KBZA 4DIGA 3FV1A 4MEVA 4H8IA 1FPDA 2AL4A 3TCFA 4OETA 3SKPA 4GWUA 3O6IA 4WKMA 2Z8FA 1SD3A 3SZPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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