4GVOA

Putative l-cystine abc transporter from listeria monocytogenes
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
236
structure length
236
Chain Sequence
VQTITVGTGTQFPNVCFLDENGKLTGYDVELVKEIDKRLPGYKFKFKTMDFSNLLVSLGAGKVDIVAHQMEKSKEREKKFLFNDVAYNNFPLQLTVLDSNNSINSTKDLAGKRVITSATSNGALVLKKINEEQGNNFEIAYEGQGSNDTANQLKTGRADATISTPFAVDFQNKTSAIKEKVVGDVLSNAKVYFMLGKDETKLSKKVDEALQSIIDDGTLKKLSEKWLGADYSKEQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Lmo2349 protein
publication title Putative L-Cystine ABC transporter from Listeria monocytogenes
rcsb
source organism Listeria monocytogenes
molecule tags Transport protein
total genus 85
structure length 236
sequence length 236
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gvoA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gvoA01
1ZMGA 3AXFA 1Q1KA 2XX7A 1QUJA 4H1XA 4ELPA 3MVYA 4FE8A 4FAJA 1H45A 4QSDA 4GQOA 1MQDA 2Z8DA 4BDLA 1TWYA 4U21A 3JZJA 3U72A 5B7DA 1VR5A 2VD2A 5DVJA 2UVGA 2RCBA 4QSEA 3PPQA 3W9WA 2ZMBA 2I6EA 2GHBA 2RINA 1UTHB 3T9VA 4KCCA 5CC2A 2UVIA 2D3IA 4C1TA 1Y9UA 1ZIUA 1VFDA 2UYFA 2F97A 3KN7A 1FQEA 1JEUA 2I0CA 5I84A 4C1UA 1URDA 1FW0A 3U8QA 3UORA 3TYHA 3MP8A 3DM0A 4H65A 3O9PA 5I57B 4QFPA 3FUZA 4R72A 1MDP1 4P0IA 3L6GA 2HFBA 5EYFA 5ITOA 3VFJA 1MXVA 1FTOA 1B5IA 1NMUA 4EQBA 3HCQA 2VGQA 4TQUQ 1MQJA 2I3VA 3E3KA 1D3KA 3U92A 1ZKBA 2XXQA 1L5TA 1SYHA 2H99A 4BDRA 4OEUA 3FZVA 3B6QA 3THIA 4H0WA 2A5SA 4NWDA 1OVTA 3RTFB 1EZOA 1IXIA 1B3GA 1M5FA 1WODA 1AOVA 2PVUA 1NNKA 5HPQA 2XXTA 4M4GA 2B65A 3O97A 4X9TA 2UVHA 1GR2A 4ZEIA 2HEUA 3SERA 3IO6A 3MVXA 2ZNTA 2HAVA 4FEDA 5KDTB 3PU5A 2O69A 1B4ZA 2YPNA 2A5TB 1UQWA 3PUYE 1QUIA 2H4IA 3T9UA 4PFYA 4OFLA 3SESA 5H8QB 1H3DA 1FQDA 1Y3QA 4G8HA 1JQFA 4LZ5A 5H8HB 2ZXTA 3O2AA 1SW5A 3H6TA 1LB8A 1UIUA 5KCJB 2DSFA 2CZLA 1DSNA 4RYAA 3CR9A 4KQPA 1OQGA 1Z7NE 3FXRA 3HHGA 3IR1A 1MH3A 4TLMB 4F1VA 4POWA 5TU0A 3SEVA 1IEJA 3RT8A 4I62A 3SEXA 3K01A 3KOSA 4R6HA 5ITPA 3OO9A 2H5YA 2QRYA 3CSBA 2ONKE 4MFIA 5CMBA 5CMMA 4QF9A 3GZGA 2QS4A 4OENA 1R9LA 3MPKA 2QS3A 2F5XA 4BDOA 4FIMA 5I2NB 3SDFA 1DTZA 1F9BA 1IXCA 1FTKA 2AL4A 2UVJA 3K1PA 1ELJA 2DE2A 1URSA 3FXQA 5TP9B 2FA7A 4Q30B 5FHMA 3GBBA 1SI1A 1UTBB 1B1HA 2AL5A 1BTJA 3RQTA 4MH5A 4DXBA 4DXCA 4NWCA 4F3PA 4NEDA 5HBCA 4GD5A 1B3FA 4R6YA 2GFEA 1B4HA 2A5TA 1WVJA 4H5GA 3UIFA 4IO3A 2FYIA 3D4CA 5AA2B 1BLFA 1NNTA 1CB6A 2O68A 3TCFA 5A5XA 4E0XA 3M3KA 5H8QA 4FEBA 2NXOA 5H8HA 1R9QA 3BBRA 4C0RA 5I58B 4PP0A 5KCJA 4YZZA 4KFQA 3IOVA 1P99A 2I48A 2CMOA 1LGBC 1LB9A 3R7XA 1P1WA 1S7YA 3MZ9A 3C34A 3G3JA 1II5A 3FVGA 3ODBA 5FTHA 4PQJA 3H6WA 4GFRA 2DQVA 4EXLA 4GL0A 4RK2A 1AMFA 2DP8A 2ZYMA 3B7DA 4U4SA 4IGTA 4NTLA 5CBRA 1EU8A 2VP1A 4Q5TA 3USDA 4F1UA 2P1SA 2Q2CA 3HHFA 1J1NA 2O7IA 3IB0A 2UXAA 4G4PA 5H8FB 1ZJLA 4MF3A 3A3UA 4WEPA 4KYDA 4FATA 3KSJA 3EHTA 4RY1A 4EUOA 3EF7A 1WDNA 3FJMA 5TP9A 1EH3A 1IIWA 4AB5A 2DVZA 5EHSA 4YAHX 2I4BA 1S9TA 3VLWA 3IAZA 3QYTA 1MXYA 2OK2A 2OWSA 4ZE9A 4LONB 3ZSFA 1KWHA 3G3KA 3Q28A 2I0BA 5AA2A 4MLQA 4YICA 3EN3A 5IAIA 3E13X 1B51A 2IEEA 2HZLA 1MQHA 1O63A 4GLIA 1ZLQA 2H9BA 2Y7IA 4BLAA 4OFOA 3V5AA 4KYEA 3W15C 2DWIA 4ELQA 2F7BA 3TQLA 4N07A 2F7AA 2ABHA 4OMBA 1SD3A 3C33A 4X48A 1JVXA 2XXYA 5I2KB 1RYOA 1AH5A 3SKPA 1P1UA 3OENA 3FJGA 4G8MA 5L9MA 3N94A 1FQAA 4O3BA 1UIVA 4QFKA 1I69A 2Y7RA 1LAGE 1PEBA 3KEIA 2RC7A 1MQIA 2RKMA 2QSXA 4EF1A 1ATGA 2XD3A 4YMAA 4OHNA 1JEVA 3TAJA 1LBCA 1B32A 1B3EA 4ZEBA 4LQ5A 4KPTA 1MXXA 3SETA 4NF4B 5DYHA 3UGWA 1D9YA 3IORA 1M5BA 2E0SA 3CVGA 3A3CA 4F2QA 2X7QA 3TEPA 1US4A 1B5HA 2DE4A 2HQ0A 3KGCA 3TTMA 1XT8A 3W9VA 4YKPA 4ISUA 3PMVA 4RK9A 2Q2AA 3T96B 2PBWA 4JSOA 3HN0A 5AA4B 1B7HA 3CFLA 3DP8A 3OOAA 2Q9TA 1JETA 1H76A 4THIA 1SW2A 4TLLB 3MAMA 3K6VA 4ELOA 4YKJA 3H6UA 2DOJA 4KR5A 4P11A 1LBBA 4NF6B 3E9XA 1TFDA 4IGRA 5I2KA 1BIYA 3ILUB 4IO5A 4PFUA 3M3LA 4U23A 5AA1A 3MC2A 4EQ7A 2ZYKA 4YB5A 1USYE 2ESNA 1YPNA 3C9HA 3RPWA 4RXLA 1OLCA 1EZ9A 2E1SA 2I4CA 3BKIB 4PETA 2QMXA 4NF8B 1B46A 4JWOA 3TTRA 4GIZA 2X26A 4AB6A 1MY3A 3TKDA 2F78A 4DCXA 1AIVA 2F36A 4I1DA 2REJA 3MBPA 3K02A 3RNNA 2Y7KA 2Q8JA 5CMKA 1B0HA 1SVXB 4LP2B 3UP9A 1N3WA 1MM7A 4LUBA 1SI0A 4OYVA 1A40A 1NFTA 4OTEA 1A54A 4U22A 4QHQA 5AA4A 2O6AA 1NNPA 4U1ZA 3BFUA 2GH9A 1DTGA 1Y3NA 2ONSA 4LZ7A 5HM4B 3LC8A 4OXVA 1USYH 2RC8A 1XHYA 2AYSA 1T0KA 4FORA 3MZ1A 1MDQA 1VSOA 3HV1A 1JNFA 4NF6A 3K4UA 4ECFA 1LAHE 1PBQA 1UTHA 3RTWB 3F11A 2F6PA 3I5OA 3IO4A 3LR1A 3U1OA 1FQFA 3FATA 3C31A 2ONRA 2DWAA 3Q26A 5CI5A 2ZNSA 1HSLA 5I57A 4BDNA 2WKYA 2V3UA 2W7YA 4NF8A 3O29A 1P1QA 4GXAA 1N0TA 4YU0A 1POTA 4G68C 4GOTA 2PX1A 2XXRA 3PPPA 1I6AA 5FHNA 1TFAA 3JYRA 3GLBA 2Z23A 2OJTA 2ZNUA 2Z8FA 4JWYA 4KCDA 2THIA 3SEWA 3LSWA 2XXVA 1IXGA 4OETA 3O6GA 2R9JA 2G29A 3MP6A 3TTLA 2VHAA 4U2RA 1QKBA 4HW8A 1MY0A 4F31B 3RLFE 4OWDA 3PPRA 1PB8A 1CE2A 5F1QA 3RT6B 4LVQA 3PPNA 1OLAA 3H4ZA 1I6QA 5K2YA 4E0WA 3S9MC 3RY3A 2X7PA 1LCTA 3QAXA 4QFOA 1FCKA 4F3SA 4YMBA 5KDTA 3KG2A 2DE3A 5DEXB 5I56B 2Z22A 1A8EA 4BDMA 4G8NA 3KSXA 2XXUA 3Q25A 4JDFA 1Q35A 1Z7ME 4F1YA 4H8JA 2DS9A 1HSEA 2OWTA 4XKQA 1XVXA 4Z7EA 4X1BA 1R6ZA 2V3QA 4Q8RA 3TTNA 5BWJA 3K1NA 3ZS6A 3S9EA 3PD9A 1M5EA 4I8CA 2P2AA 3ECRA 5DT6A 2PT2A 2QJEA 3DELB 3IJOB 5CMCA 1EZPA 3MVWA 2DXYA 4IO6A 5IKBA 4DZ1A 1MY4A 1MM6A 1QUKA 5ELVA 2XXHA 1TXFA 2P0SA 4NE4A 1QKAA 2F34A 1YAEA 1P1OA 1B6HA 2F8DA 5ICQA 4YB7A 4EQ9A 3IOUA 3TDJA 2O7UA 2O1MA 5I2NA 1B05A 4FJPA 2H98A 5F7VA 4O3AA 1OQHA 2XXWA 3T66A 4F3BA 4LZ8A 5AA3A 3C32A 1IZ1A 3LSXA 4IO7A 3PGFA 3MWBA 5AA2D 1UTBA 4XKPA 4JB7A 2V25A 2Y7PA 1B2HA 4MBPA 4R9GA 3FVOA 2GHAA 4QSCA 2RF1A 3UN6A 3Q27A 1SBPA 5DEXA 3TCGA 4ZDMA 3TELA 2O51A 3WAFA 3WAEA 4ZEKA 5I59B 4DLDA 2KLFA 1P1NA 1Y3PA 1POY1 2VOZA 1MY2A 2ANJA 5JTYB 4DXUA 2B3BA 4F3GA 4KYSA 3MJNA 3FIRA 4TOZA 5I58A 1FQBA 3EHUA 1TT1A 1QULA 4HS7A 2V93A 5ICTA 1A55A 4POXA 4DDDA 2XXXA 3HPIA 1H43A 3HO7A 3H06B 3VXBA 2D21A 1ZBMA 2H25A 4N13A 1SW4A 2F35A 3KZGA 5TPAB 4GXSB 1GGGA 3FVNA 2DVCA 1N7WA 3G3GA 4JSDA 1BP5A 3CFXA 3IX1A 4ZECA 5FHOA 3KBRA 4R74A 3R6UA 2HCAA 3M8UA 5H8FA 1YTVA 3KN3A 5J1DA 3H7MA 4EF2A 2O1LA 4Q0CA 3CSGA 4NF5B 1B0LA 5ISUA 1S50A 1NNFA 3K00A 2M8CA 2OLBA 1MPDA 3FGSA 1O64A 1OVBA 4RNSA 5LOMA 2HAUA 3OD7A 4WEDA 3S2VA 3TFLA 4ONYA 4N6PA 5K2XA 3QSLA 2R71A 5DVIA 3OO7A 2UYEA 3PPOA 3TPAA 1N04A 2ALUA 3G3FA 3PMWA 3OEMA 5CRYA 3K2DA 1D4NA 4JWXA 3V89B 1FQCA 1B40A 1QW0A 4QFNA 1N7XA 5CBSA 3VDFA 1DPEA 2F7CA 3N5LA 3SEUA 1M5CA 1SQYA 2XX9A 1PBPA 3K1MA 3B6TA 3QK6A 5TPAA 5FTIA 3TQWA 2PT1A 2QS2A 4DIGA 3ZKLA 2LAOA 5DVFA 1US5A 3PUXE 1XC1A 3C36A 1RKMA 1RYXA 5H8SA 1QVSA 1MS7A 1DMBA 4P0GA 3K6XA 4U4XA 1GV8A 4OFJA 3MW0A 4NF5A 2YJPA 3O6HA 1R1NA 2I3WA 3ZKKA 1MPCA 1MRPA 1JVYA 1LAFE 4NF4A 3LSFB 4LQ2A 3FJ7A 3RN8A 4OZ9A 4RJZA 4F2OA 1SW1A 3VXCA 4MLVA 4F29A 3JV9A 3VVFA 1B7UA 2BJJX 3KJ7A 4YB6A 4ND9A 2DYXA 2XD2A 1H44A 3HSTA 1URGA 2HZKA 3G3HA 4H6DA 3Q29A 2HXWA 3SEYA 4R73A 1XOCA 1LFHA 3VV5A 1JW1A 1MXZA 4ZZEA 5L8DA 4PFTA 1JW4A 4UA8A 1LLSA 4ESWA 4GL8A 1MG1A 4OEVA 1MH4A 4R9FA 2QS1A 1HSJA 1OIBA 2NUVA 3D4GA 2RCAA 3M3FA 4IY5A 4F18A 3UK4A 2OZZA 1NKXA 3MVZA 2NVUB 3OXNA 4IB2A 1VFEA 3OMBA 1LSTA 3A09A 2FNCA 2V84A 4OERA 1GTKA 2Q88A 3N6TA 1MPBA 1XS5A 1D9VA 3OELA 3L6HA 4I9DA 1JW5A 2DXRA 3CI8A 3KFMA 3FXUA 3PUVE 2QL3A 4UACA 2XHDA 4R2FA 3T9HB 2R6GE 1SDXA 1XVYA 5A5XB 3O28A 3K6UA 4KD5A 3VLUA 3LSLA 4ZE8A 2QMWA 3V8XB 3K6WA 1ZTYA 3GXAA 2B3FA 2XXIA 4O3CA 1B9JA 3G3IA 3H6VA 1MY1A 1DPPA 5JK4A 2DWHA 3TTKA 2QPQA 3CIJA 3EPEA 1MXUA 1PB7A 4ZEFA 1A7LA 1OMPA 3DP4A 3QUFA 1Y4CA 1FTMA 3GBAA 5BUUA 3KJTA 4RPOA 4FECA 4HCYA 3FV2A 4F22A 1GVCA 2G93A 4L17A 4R6KA 1Y20A 4QRZA 1A8FA 3U94A 4IY6A 1B3LA 3TUSA 3TZAA 3OSRA 5H8NB 3PMXA 4YKKA 4LA9A 3IB2A 3R26A 2OCUA 2Q89A 3VVEA 2GRVA 3VLVA 4HTGA 4XTCQ 4ESXA 3KN8A 4H8IA 3O66A 4G68B 4RPNA 4BDQA 3MQ9A 3LBSA 3OSQA 1Y1MA 1LCFA 4ZS9A 1B5JA 4OESA 1B3HA 1IXHA 2O84X 4R75A 2F6GA 4ZZAA 3UA8A 5B70A 2XXPA 4AQ4A 3CG1A 1NH7A 4KHZE 3VVDA 2AIXA 2Y7WA 3TODA 3QXMA 3I6VA 3QUJA 3BFTA 3IL1B 1Y1ZA 1N76A 2Z8EA 4M1VA 3PD8A 3PUWE 3FV1A 3H3GA 2YLNA 3ONMA 3C35A 3MP1A 3S9LC 4G2ZA 3T22A 1ANFA 1BKAA 2ZYOA 3V83A 3DP6A 1FTLA 3PV0E 1IITA 4JBZA 1LAXA 1I6BA 3T93B 4IO2A 4OQOA 1N84A 5JEIA 3IK6B 3RGYA 3MPLA 4DCYA 3EQ1A 1B58A 4WKMA 1MXWA 3OO8A 5H8NA 4Z0IA 1MQGA 4X1DA 3S4UA 2Y84A 3CRBA 4KI0E 4XKNA 2I49A 2NWJA 3FVKA 1PC3A 3RUMA 4GRKA 4QFLA 2VD3A 1LFGA 3IOTA 2PMSA 2NOOA 4EDPA 3QIMA 4YKIA 2OBGA 4LATA 5I56A 4G68A 3DLNA 5KZTA 5EHMA 1LFIA 4F39A 3N6UA 5L9OA 1AL3A 1B52A 2I58A 3IJXB 3TCHA 4XXUA 1QJMA 1PDAA 5L9SA 4HCWA 3E4RA 3P7IA 4GF8A 1N3XA 4OVJA 1A99A 1B7ZA 3CG3A 4GVOA 3IB1A 2V3TA 4ELRA 3LUYA 3B6WA 4IO4A 2D5WA 4R2BA 3S9NC 4JXIA 4ZEDA 3H03A 3ILTB 1DOTA 1NL5A 3I3VA 2XX8A 4XIGQ 3EHSA 4U1OA 3C4MA 1VE4A 3T9XB 1YCJA 1ZU0A 3TMGA 1NH8A 2IA4A 3IOWA 4NMYA 3OEKA 1PB9A 4XKRA 4K3FA 4PE5B 4H5FA 5CM6A 2RC9A 3FD3A 3O6IA 4EXKA 3KOTA 4WXJA 5DTBA 5AE4A 3N26A 3G7WA 3K0VA 2PYYA 4RA1A 2REGA 1IUDA 3CFZA 1IQ7A 1Y4TA 3MUQA 3VE1B 3MZBA 4DE8A 4G77A 1M5DA 5I59A 4H67A 1O7TA 3FASA 1FTJA 4PFWA 5JTYA 3OO6A 1SYIA 5M2VA 1B1XA 4F19A 3PUZE 4GWOA 2ZYNA 2DWJA 3U93A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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