1D3KA

Human serum transferrin
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVQHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of two mutants (K206Q, H207E) of the N-lobe of human transferrin with increased affinity for iron.
pubmed rcsb
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d3kA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d3kA02
2F97A 2DE2A 3KOTA 4M1VA 3IL1B 1R9LA 3OEMA 3A09A 2XXVA 4PFYA 1MH3A 3G3HA 3T96B 4YB5A 2DVZA 1FTMA 4KPTA 2ZXTA 4ZZAA 4ZEKA 3FUZA 2PYYA 4PE5B 3IB0A 3ILTB 1YAEA 1LAHE 3QK6A 5L8DA 3TKDA 3LC8A 4G8NA 1FTJA 2F6PA 1PC3A 4U23A 5F7VA 3SEVA 3Q28A 1I6QA 1LFHA 3DM0A 1EZPA 4GL0A 4QFLA 3ZSFA 3IORA 1F9BA 4ONYA 1QUJA 2E0SA 2O7IA 3H4ZA 4ZEIA 1B46A 2HQ0A 4KR5A 5I57B 1B7UA 1OLAA 4I8CA 2YLNA 5I2NB 1MY0A 4X1BA 3CVGA 1H45A 2CZLA 3EHUA 1Y9UA 2DS9A 3B7DA 1MQJA 1QVSA 2P2AA 2O84X 1MY2A 2XD3A 1SDXA 1QULA 1AL3A 4YU0A 2V3QA 5TPAB 5L9SA 1GR2A 2CMOA 2GH9A 5KDTA 3KG2A 1SW1A 1ZIUA 3WAFA 2D3IA 5H8FB 1MDP1 2B65A 3O66A 3K1NA 2HCAA 4JSOA 1IXIA 1AIVA 4E0WA 5AA4A 4EQBA 2VD2A 1AMFA 1Y4TA 5FHMA 1YTVA 1SBPA 3TCHA 4HCYA 4GXSB 1SVXB 1MXYA 1PB8A 5CMCA 1BTJA 3M3FA 3KFMA 4N6PA 4U2RA 4F22A 1N7XA 2Q8JA 4P0GA 2Q2CA 3OO6A 3MP6A 5I58B 4F3BA 3O6GA 1O7TA 3MPLA 5L9MA 1MXXA 1SW5A 4YKKA 4H8JA 4RXLA 1MQIA 4HTGA 2XD2A 1B58A 1H43A 4GFRA 2THIA 4YKJA 1PB9A 4RK2A 3RTFB 2AIXA 1M5FA 4OYVA 3FD3A 1JVXA 3S9MC 1QJMA 1UTHB 4NWDA 2DWJA 5H8NA 2ZYOA 4KYSA 2NOOA 2XXTA 3GBAA 4PFWA 4P0IA 1XC1A 1B3GA 3TPAA 4JXIA 1EZ9A 1B51A 3KGCA 4QSEA 3TFLA 4R9GA 3HCQA 4HS7A 1M5DA 3W9WA 3D4GA 4THIA 4AB6A 3EN3A 1KWHA 5AA1A 4XKQA 5CBRA 4EXLA 1B1HA 3RTWB 2F35A 3CSBA 5ICQA 5K2YA 3FVNA 3H06B 3E4RA 3K00A 2ZNUA 1BLFA 1D9VA 4NF5B 2XXHA 4JWXA 3H6UA 2Z8EA 4MFIA 4U21A 2X7PA 3V83A 4MBPA 4NWCA 5CMKA 5LOMA 4N07A 1P1OA 1N3WA 3FV1A 1B40A 1TT1A 3D4CA 4RK9A 3TCGA 1O63A 3PD8A 4ZECA 5H8HB 2ONSA 5CMBA 3FJGA 4BDNA 3CR9A 3G7WA 1VSOA 3QAXA 1P99A 4FEBA 2X26A 4KI0E 2I6EA 4F1VA 4U4SA 1BP5A 5DEXB 3U72A 2Q9TA 3R26A 2OZZA 2F5XA 4IY5A 4H1XA 3B6TA 3LSFB 1B5JA 3VFJA 3H6WA 2O7UA 3BFTA 4FJPA 3TTNA 4G8MA 1UQWA 1B32A 3V5AA 1D4NA 3S9LC 1BIYA 2ESNA 4NF4B 4PFTA 1FQFA 5TP9B 4NF6A 3U8QA 4BDRA 3G3KA 3IOWA 3MVYA 3Q27A 2QRYA 3GBBA 1I6AA 1R6ZA 2F7BA 3IB2A 1NH8A 3ZKKA 1MY4A 2UXAA 3KN8A 3FZVA 4NEDA 1POTA 3MBPA 3C31A 5AA2B 1UTBB 2NXOA 3B6WA 1B0LA 5IKBA 2XXWA 4X9TA 1IXHA 4AB5A 2AYSA 1OMPA 3P7IA 1FCKA 3I5OA 2GHBA 4FE8A 3KBRA 3FVGA 5JTYA 3C34A 1USYE 5B70A 4PETA 4Q0CA 3MVXA 3QUJA 4KYEA 1GGGA 5I56B 4QSCA 2OK2A 4IO3A 4X1DA 2HAVA 1JETA 3TTKA 1MDQA 4P11A 3SETA 3KZGA 4Q8RA 4OFOA 2A5SA 3SERA 3T93B 1A54A 4F31B 3U1OA 2XXQA 1S9TA 3KN3A 2F34A 3T9VA 3C36A 1B0HA 2HXWA 4MF3A 2DXYA 1A8EA 1POY1 5AA3A 2F7CA 2XX9A 3E9XA 5FHNA 5ITOA 1Y4CA 4G8HA 4H65A 4LQ2A 3U92A 1O64A 4R72A 1FQDA 2DXRA 3OOAA 3E13X 1MS7A 1MY3A 4IO7A 4YB7A 5K2XA 4F1YA 3OD7A 2YJPA 2XHDA 4NF8B 2Z8FA 3TEPA 2RINA 1ZMGA 4GQOA 5A5XA 1B6HA 1D3KA 4GOTA 3MP8A 1LFGA 4XKPA 4QFPA 4RJZA 4H67A 3ZKLA 4LZ7A 4R73A 3K1PA 3UP9A 4LZ5A 1LGBC 3WAEA 3FJ7A 3PMWA 4R9FA 4I1DA 4FEDA 3UK4A 4ELRA 5ELVA 1A7LA 1I6BA 1URSA 1B05A 3K0VA 3TDJA 4O3CA 1GV8A 1AOVA 4JWOA 1SQYA 3O6IA 1Q35A 2DSFA 1ELJA 3KJTA 1FTKA 2AL5A 2FYIA 2PBWA 3O2AA 1NH7A 4LATA 3C4MA 5KCJA 3N6TA 1US5A 5I2KA 1IIWA 3RQTA 3HHGA 3RPWA 4F18A 2LAOA 5EHSA 3FXQA 2QS4A 1M5EA 1B7ZA 1IZ1A 4WKMA 1ATGA 4ND9A 3ILUB 1HSJA 3PUXE 3JZJA 1EH3A 4OVJA 3S4UA 3O6HA 3ZS6A 2R6GE 3VE1B 5TU0A 1SI0A 4YKPA 3RNNA 2OWTA 3JYRA 3K6VA 2Z23A 4C0RA 1TXFA 4YAHX 4G68A 1QKAA 1N0TA 4IO5A 1DSNA 4O3BA 3TTRA 5HM4B 3T9UA 2NVUB 2HZKA 4RPOA 5I59A 2D5WA 1Y3PA 4LP2B 2XXPA 3OMBA 1TFDA 1Q1KA 4C1UA 3PUYE 4Q30B 1LB8A 2XXXA 3TTLA 1H76A 1LBCA 3IOVA 3OSRA 1FQAA 1H3DA 4XTCQ 4LQ5A 3TMGA 3RY3A 1B7HA 3PMVA 1B4HA 4EUOA 2ZYMA 3QUFA 3MZ9A 2QMXA 3VLUA 3K2DA 1LBBA 3G3JA 4QFOA 3G3FA 5BUUA 2M8CA 4YB6A 2H4IA 3TAJA 3I6VA 2I48A 4OERA 1SW2A 4JBZA 4LUBA 4HW8A 3K1MA 2OCUA 3MPKA 1B3HA 3CFXA 3PPRA 2OBGA 1A99A 3K02A 2Y7WA 2I0CA 2QPQA 1NNPA 5IAIA 4EF2A 4EDPA 1JEVA 3DP4A 5DTBA 5I57A 1B9JA 2UYFA 4K3FA 1P1QA 5I2NA 3K6UA 5CM6A 4WXJA 2V25A 5J1DA 1QUIA 3VDFA 2YPNA 5DVIA 2REJA 2A5TB 3PU5A 4R75A 3USDA 1ZLQA 2UYEA 2F78A 3IJXB 4LVQA 5TPAA 1MXVA 3K01A 3PV0E 3MC2A 4FORA 4IB2A 3PUZE 3E3KA 1NL5A 5H8FA 2QJEA 4DLDA 3IO6A 1BKAA 3H6TA 2BJJX 1S50A 3Q29A 2KLFA 2XX8A 2Q89A 1Y20A 5AA2D 1H44A 1LAGE 3SEYA 1IXGA 4RPNA 2UVJA 1B2HA 1PB7A 5H8QB 4QRZA 1P1UA 4GLIA 1UIVA 2ZNSA 2Y7IA 4C1TA 1IEJA 4BDMA 3LUYA 4TOZA 5I58A 4G4PA 2QL3A 1B5IA 5EYFA 3PPQA 2Z8DA 3W15C 1FTOA 1XT8A 3F11A 2QS1A 4IY6A 3QXMA 4G68C 1D9YA 4U1OA 4U1ZA 3C9HA 3OEKA 1HSLA 1NFTA 3QSLA 4BDOA 4OENA 1UTHA 4EQ9A 4MLQA 1LLSA 4RA1A 3UORA 1WDNA 3H03A 3UN6A 3C35A 3SKPA 3MQ9A 3A3UA 3CG3A 4GVOA 2Y7RA 3IB1A 4BDQA 3IK6B 4H5FA 2H5YA 2GRVA 1ZJLA 5H8SA 5FTIA 2RC9A 3K4UA 4O3AA 2I3WA 1XHYA 3EHTA 1LAXA 1B5HA 3G3IA 3EF7A 4GD5A 4DXUA 3M3LA 4U22A 2XXRA 3O28A 3CFZA 2OLBA 2O69A 2B3BA 2I4CA 3EQ1A 1LAFE 1FW0A 2XXUA 4NF5A 3MVZA 1SW4A 4H8IA 1A55A 1IUDA 4WEDA 2NWJA 1OVTA 3K6XA 4IGRA 3O29A 3KJ7A 4PQJA 3EHSA 1VE4A 5DT6A 2UVGA 3CSGA 3HV1A 1Y3NA 2DOJA 4H5GA 5CI5A 5H8HA 4KCCA 1URDA 3OXNA 1NMUA 2REGA 4ELOA 4F1UA 3KOSA 4NTLA 1CB6A 2H98A 4GIZA 3RLFE 3MAMA 3FJMA 5DEXA 1OIBA 2I58A 2D21A 4Z7EA 5AE4A 1YPNA 3MVWA 2IEEA 1MXZA 5ISUA 4H6DA 1HSEA 4ZDMA 1DMBA 2QSXA 3BKIB 5HPQA 1Z7NE 3QYTA 1MY1A 2VHAA 2P0SA 1TFAA 4IO6A 2E1SA 4XKRA 1NKXA 3TTMA 5FTHA 5F1QA 2HZLA 4NF4A 1S7YA 2PT1A 3M8UA 3TODA 5TP9A 2F6GA 2R71A 2DQVA 5M2VA 4DXBA 4XXUA 1Y1MA 1GTKA 3JV9A 4OETA 3HO7A 1TWYA 4UACA 4KFQA 3U94A 1IXCA 3M3KA 1Y1ZA 3H3GA 3N94A 4DCYA 2I0BA 4G77A 1SYIA 1A40A 3TELA 4KYDA 3TQLA 1URGA 5AA2A 1UTBA 4RYAA 4R74A 4DDDA 3CFLA 4OQOA 3W9VA 1MQDA 3GLBA 4GRKA 2ZYNA 3U93A 1AH5A 3VXBA 3GZGA 2QS3A 3LBSA 4OTEA 4IGTA 3GXAA 4FATA 2P1SA 2ANJA 3KEIA 2GFEA 4JDFA 5DVJA 5I56A 1J1NA 3OO8A 1JW1A 4KCDA 2G93A 3PPPA 4Q5TA 2DWHA 1P1WA 4U4XA 3ODBA 1MM7A 2I3VA 4JB7A 1CE2A 3VLWA 1OQGA 1RKMA 2DE4A 5KDTB 3SEWA 1XVXA 5FHOA 1LB9A 2UVIA 2V3TA 3RT6B 3FXUA 3OSQA 3TCFA 2V3UA 2Y84A 1PBPA 3R7XA 4BDLA 2ZMBA 5AA4B 4GL8A 4FECA 5JEIA 2DWAA 3PGFA 4YICA 3L6HA 1JW5A 4KD5A 4PFUA 1ZU0A 3QIMA 2DP8A 4NF8A 1B3LA 5BWJA 3IJOB 4JWYA 1ZBMA 3T9HB 3VV5A 1SD3A 3T66A 3O97A 4OFJA 3AXFA 2Q88A 3VXCA 1YCJA 5B7DA 2ONKE 1US4A 2ZNTA 3MWBA 1RYOA 4MLVA 3IOTA 4ECFA 4ZZEA 1B3FA 3IOUA 3MZBA 4NMYA 1B4ZA 5H8NB 4POWA 2H9BA 4YMBA 4FIMA 2W7YA 1MPDA 3DELB 3DP8A 4F3PA 3LSXA 4GWOA 3TUSA 3IX1A 4I9DA 2FA7A 1SI1A 4ESXA 1PEBA 3LR1A 3LSWA 1XOCA 4IO2A 3B6QA 5CBSA 3CG1A 1MXUA 1GVCA 2PMSA 3OENA 2IA4A 4F19A 1QW0A 3VVEA 4GXAA 2PT2A 4MH5A 2B3FA 1VFDA 2Y7PA 3MW0A 4ZEFA 3SEXA 2RC8A 1DOTA 1WVJA 3T9XB 3CI8A 2QS2A 4H0WA 3S2VA 3I3VA 2GHAA 1Y3QA 2VOZA 4LZ8A 1R9QA 1UIUA 4G2ZA 5DVFA 3VVDA 2NUVA 4OWDA 2XXYA 1B52A 4M4GA 2XXIA 1WODA 5CC2A 3O9PA 4F2OA 3FASA 1MG1A 3R6UA 1NNKA 5KZTA 2XX7A 2HEUA 1XS5A 3FIRA 2ONRA 4QFKA 2FNCA 4GF8A 3OO7A 1JVYA 2VGQA 3BFUA 3UGWA 4R2BA 2O6AA 4BLAA 2RC7A 3BBRA 2F8DA 4FAJA 4F3SA 1DPEA 4RY1A 4NF6B 5L9OA 2VD3A 5JK4A 2G29A 3FV2A 2O51A 2RCAA 1N76A 3DLNA 1M5CA 1PDAA 5CRYA 1QKBA 4N13A 3ECRA 1MPCA 1OQHA 5I84A 3OO9A 2OWSA 3A3CA 4R6YA 4QSDA 3RT8A 2F36A 1SYHA 3SEUA 2VP1A 4POXA 3N5LA 3THIA 1NNTA 1JW4A 4HCWA 3HN0A 3T22A 4OZ9A 4QHQA 4ESWA 3G3GA 4ELQA 1I69A 4EXKA 4ZEBA 2O68A 5JTYB 2QMWA 3MP1A 4OMBA 1MQGA 2A5TA 1LCFA 1EZOA 1IQ7A 2I4BA 5ICTA 4KHZE 1FQEA 2ZYKA 3CIJA 3HHFA 2DYXA 2PVUA 2RF1A 3LSLA 2DVCA 4I62A 4TLMB 4EQ7A 2H99A 3FGSA 3MJNA 4R6KA 4XKNA 3HPIA 3K6WA 3PPOA 5ITPA 3PUWE 3H6VA 4DIGA 1MH4A 4ELPA 3FVKA 1N7WA 1MPBA 5H8QA 4OEUA 3SESA 5DYHA 2UVHA 3VVFA 3PMXA 2O1LA 1LCTA 1MXWA 3L6GA 3MZ1A 4RNSA 1EU8A 3IO4A 4QF9A 1DTGA 4QFNA 4E0XA 2HFBA 4R6HA 1ZTYA 5EHMA 2PX1A 3ONMA 3KSXA 2AL4A 1T0KA 4TLLB 2ABHA 5HBCA 5A5XB 1P1NA 1USYH 1N04A 4OEVA 3S9NC 3PD9A 2V93A 3FATA 2I49A 2DE3A 3SDFA 1M5BA 3N6UA 1FTLA 1N3XA 4LONB 1R1NA 3FVOA 4F29A 4EF1A 1QUKA 1FQCA 2Z22A 4ZE8A 1IITA 3CRBA 3TQWA 3Q26A 3TZAA 3VLVA 4DE8A 3RGYA 4ZS9A 1L5TA 1ANFA 3V8XB 1B3EA 4WEPA 1LFIA 4DCXA 4UA8A 4OFLA 1N84A 4F2QA 3PUVE 3RN8A 4Z0IA 3HSTA 1A8FA 3KSJA 4R2FA 3IR1A 4YMAA 4DXCA 4JSDA 2V84A 1JNFA 3UA8A 5KCJB 4X48A 4YZZA 3IAZA 1PBQA 5I2KB 4AQ4A 4KQPA 3C33A 2WKYA 2X7QA 3N26A 3TYHA 1MQHA 1ZKBA 4DZ1A 2Q2AA 3MUQA 4ISUA 5CMMA 3UIFA 3RUMA 3S9EA 2R9JA 4YKIA 3FXRA 1MRPA 3KN7A 4NE4A 4TQUQ 4PP0A 4OESA 1FQBA 4LA9A 4ZE9A 3Q25A 3EPEA 1VR5A 4F39A 2O1MA 4L17A 1DPPA 3DP6A 1DTZA 1VFEA 1OVBA 4G68B 1B1XA 4OHNA 4XIGQ 1MM6A 1OLCA 1NNFA 1JEUA 4OXVA 4F3GA 1RYXA 1Z7ME 3V89B 3H7MA 1LSTA 2ALUA 2RCBA 3PPNA 2RKMA 2Y7KA 2H25A 1II5A 2HAUA 2OJTA 4IO4A 4ZEDA 5I59B 2DWIA 3C32A 2F7AA 1XVYA 1JQFA 3OELA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MNCA 2F97A 2DE2A 3KOTA 4NG7A 4N8GA 4M1VA 3IL1B 1R9LA 3OEMA 3A09A 2XXVA 4N4UA 4PFYA 1MH3A 3G3HA 2JJKA 5IM2A 3T96B 4YB5A 2DVZA 1FTMA 4KPTA 2ZXTA 4NX1A 2XWKA 4ZZAA 4ZEKA 3FUZA 2PYYA 1IMBA 4PE5B 3IB0A 3ILTB 1YAEA 1LAHE 3QK6A 5L8DA 1LEVA 3TKDA 3LC8A 4G8NA 1FTJA 2F6PA 1PC3A 4U23A 5F7VA 3SEVA 4MX6A 5EQ7A 3Q28A 1I6QA 1LFHA 5EQ8A 3DM0A 1EZPA 4GL0A 4QFLA 3ZSFA 3IORA 1F9BA 1NUWA 1NI9A 4ONYA 2DDKA 1QUJA 2E0SA 4OANA 2O7IA 1KA1A 1FJ9A 3D1RA 3H4ZA 4ZEIA 1B46A 2HQ0A 4UABA 4NHBA 1K9YA 4KR5A 5I57B 1B7UA 1OLAA 4I8CA 2YLNA 5I2NB 1MY0A 4X1BA 1NV4A 3CVGA 1H45A 2CZLA 3EHUA 1Y9UA 2DS9A 3B7DA 1MQJA 1QVSA 2HHMA 2P2AA 2O84X 1MY2A 2XD3A 1NV7A 1SDXA 1QULA 1AL3A 4YU0A 2V3QA 5TPAB 5L9SA 4H46A 1GR2A 4JVDA 2CMOA 2GH9A 5KDTA 3KG2A 1SW1A 4PGPA 1ZIUA 3WAFA 2D3IA 5H8FB 1MDP1 2B65A 3KC1A 3O66A 3K1NA 2HCAA 4JSOA 1IXIA 4X04A 1AIVA 4PCDA 4E0WA 5AA4A 4EQBA 2VD2A 1AMFA 1Y4TA 5FHMA 1YTVA 1SBPA 3TCHA 4HCYA 4GXSB 1SVXB 1MXYA 1PB8A 5CMCA 1BTJA 5IZ3A 3M3FA 3KFMA 1YZ0A 4MAGA 4N6PA 4U2RA 4F22A 1N7XA 2Q8JA 4P0GA 2Q2CA 3CHGA 3OO6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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