1D3KA

Human serum transferrin
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVQHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
publication title Crystal structures of two mutants (K206Q, H207E) of the N-lobe of human transferrin with increased affinity for iron.
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Metal transport
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d3kA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d3kA02
2XXXA 3B6QA 3ZSFA 5I2KA 1SD3A 2OK2A 5ITOA 3VLUA 4THIA 4NF5A 2PMSA 4H5GA 4JDFA 1MY2A 3WAEA 1A54A 3U94A 1LAGE 2X7PA 1IIWA 4GOTA 5K2YA 2GH9A 1SYIA 1OIBA 2WKYA 2F35A 2RC9A 3ECRA 1Q1KA 1QUKA 2B3FA 1D9VA 4YB6A 5BWJA 2H5YA 2Y7WA 3G3IA 4PE5B 1XOCA 4POXA 1I69A 3N5LA 3T9HB 1OLCA 3IL1B 3EHSA 4PFUA 5I57B 2NWJA 1B7UA 2QS2A 4JWYA 4YZZA 1N84A 2PT1A 1Y20A 3PPQA 2Q2AA 4IO6A 1PB9A 4OEVA 3M3KA 4BDOA 1VE4A 4EDPA 1UTHA 4N6PA 3SEYA 4FEBA 5CC2A 3H3GA 5JEIA 2E1SA 3VLVA 2OJTA 4R75A 1Z7ME 5AA4A 2I0CA 4LZ5A 1WVJA 1SYHA 3I3VA 3G3FA 2F78A 2NUVA 1JVYA 2ZYNA 5KZTA 1MQIA 1MH3A 3W9VA 2V25A 2I49A 1EZ9A 4G77A 3SKPA 4UACA 1N3XA 4MLQA 4YAHX 2M8CA 1LBBA 3LSFB 2ESNA 4POWA 1R1NA 4DXBA 3B6TA 4LATA 1VFEA 1FQFA 1NMUA 3A09A 5TP9B 4JB7A 1MS7A 2I6EA 3FASA 2ZNTA 5I2NB 3RT8A 5ITPA 2R6GE 4DDDA 3PPNA 4H8IA 3FVNA 4RK2A 1UIVA 3MZBA 1H43A 3T9UA 3LUYA 1B1HA 1NL5A 1Z7NE 2I4CA 3RTWB 3UORA 2Q89A 2O68A 2Y7IA 4IGRA 5A5XA 5H8QB 5ISUA 4G8HA 2HAUA 3FGSA 4F19A 1R9LA 4KCCA 3GBBA 4G8NA 3SDFA 4ZEBA 4XTCQ 3HPIA 4FE8A 3W15C 4H5FA 2REJA 3SEXA 1YAEA 5ICQA 4U1ZA 5L9MA 3K6WA 3PUVE 1EU8A 4I9DA 2DE3A 4G2ZA 3OSQA 3HV1A 1D3KA 5JK4A 3GLBA 4JBZA 3DP8A 4R73A 3KJTA 2YJPA 1P1QA 1UTHB 1US5A 1QW0A 3IJXB 3A3CA 5AA4B 1XHYA 2PYYA 4YMBA 4H6DA 1F9BA 1WDNA 1BP5A 3FJGA 4NF4A 5KCJA 3VVDA 1JEUA 3TCFA 2RCBA 4RA1A 4QHQA 1NH7A 2ZNSA 1GTKA 3TTNA 3BFUA 3O9PA 4G8MA 4XKRA 2H99A 3OO9A 3K0VA 2O6AA 2Q9TA 1TFAA 1MG1A 3QYTA 5H8SA 1MDP1 3IAZA 3ILUB 1CE2A 4EQ7A 1USYE 3H4ZA 4EF2A 1T0KA 3TTMA 3SEWA 3HSTA 2X26A 4F1UA 2AYSA 4FEDA 4DCXA 4F1YA 1UTBB 1A7LA 4G4PA 5EHSA 4YB7A 3K4UA 5A5XB 2R9JA 4OENA 2QRYA 3S4UA 4F22A 2LAOA 2FA7A 1MXVA 3LR1A 3KSJA 5I58A 3KOSA 2RF1A 3Q29A 3I6VA 4YB5A 3PMXA 2I3VA 2CMOA 4Q8RA 3RLFE 1B2HA 4KQPA 1JEVA 4QFPA 1MPCA 1POY1 1MDQA 2XD3A 4LZ7A 1LAXA 3OD7A 3OEKA 3TAJA 3OSRA 4R72A 2HZKA 1A8FA 3H6TA 1SW5A 3FD3A 1B1XA 4JSDA 1PDAA 2Z8FA 3U1OA 3HN0A 1N7XA 3VXBA 2GHBA 3FJ7A 3A3UA 2XXIA 3HHFA 4HCYA 2QSXA 1LB9A 2I4BA 3VFJA 5DEXA 1QVSA 4EXLA 1P1NA 2GRVA 4MH5A 1B5JA 4RXLA 2F7CA 4ZS9A 5EHMA 3O97A 2XX9A 3TEPA 2RINA 3IO6A 5H8FA 1B6HA 4OETA 4OYVA 3TQWA 2D3IA 3SESA 3O66A 1ATGA 1ZMGA 1H3DA 3VV5A 4PP0A 2F6PA 1US4A 4NEDA 4EXKA 4X9TA 2VD2A 3BFTA 3O29A 3KSXA 1XC1A 3O6IA 2O7UA 2E0SA 3Q27A 3IB1A 2DP8A 1LB8A 1PBPA 4P0IA 3HCQA 1B7HA 4O3BA 2DYXA 3PMWA 1DTGA 5I56B 3RNNA 5CBSA 4KYEA 2PX1A 3QUFA 3K01A 4OXVA 3CIJA 2O69A 1OQGA 2Q88A 5BUUA 2F5XA 4AB5A 1NKXA 5DVFA 3S9NC 2XXVA 2ZYMA 4E0WA 1B46A 1DSNA 2ALUA 5IAIA 1N04A 5I57A 5HM4B 4NF8A 2V93A 2VOZA 1MY3A 4O3AA 2ZMBA 4I8CA 1MXXA 3SERA 2GFEA 2B65A 3V8XB 1FTJA 2ONSA 2OWTA 4H8JA 5DEXB 1R6ZA 3UP9A 3DP6A 3C33A 1LGBC 5AA2D 2OWSA 3N6UA 1NNPA 2H98A 2AL5A 4MF3A 5HBCA 2DE2A 5FTIA 3DM0A 2V84A 1MY4A 4N13A 3E3KA 4GIZA 1BKAA 4R6YA 1D4NA 4NE4A 3IR1A 1EZOA 3FJMA 3TTLA 2XD2A 3C35A 4U1OA 3CG1A 4IB2A 3N94A 4WKMA 1ZLQA 3RPWA 1S50A 4GRKA 4GXSB 2FNCA 1B40A 3OXNA 3H6VA 5TP9A 3KN7A 4LQ5A 3GBAA 1SBPA 4R9GA 3KZGA 2OLBA 4ZEDA 5I2NA 4G68B 4F3GA 1IITA 2Z23A 4ZE8A 1M5CA 1XT8A 1II5A 2IEEA 1PBQA 3FVGA 4GWOA 3Q25A 3CFLA 3FV1A 5FHOA 1MQGA 2YLNA 1N7WA 5H8QA 3G3HA 1J1NA 2AIXA 1OVBA 1LSTA 3PUYE 3SETA 5CMKA 5AA3A 4F31B 4OFOA 1Q35A 3GXAA 3JZJA 1BTJA 4LQ2A 1FCKA 2HXWA 4OWDA 4ZE9A 2O7IA 2OZZA 3U92A 1IQ7A 4NF8B 3IJOB 4F3SA 1H45A 2HAVA 2RCAA 3OELA 1OMPA 3MVZA 4H0WA 4WEPA 4YKKA 4GL8A 3W9WA 1LFGA 3OEMA 1B4HA 2XXQA 2D5WA 1LCFA 2F36A 3TTRA 1ELJA 1SI0A 1LBCA 4RY1A 3MPLA 5FHMA 3UN6A 5FHNA 1POTA 3TYHA 1IXGA 1ANFA 3TFLA 4YMAA 4C1UA 2ONRA 4KHZE 2HCAA 4OHNA 4JWXA 3HO7A 1ZU0A 3FZVA 1TXFA 3MWBA 4BDNA 1URGA 3PV0E 3KG2A 2Q2CA 4YKJA 2ZXTA 3VXCA 3PPRA 3IK6B 2UYEA 1FQEA 5TU0A 1FTOA 1B0HA 4UA8A 1AIVA 1SDXA 1B4ZA 1QULA 2XXRA 4TQUQ 1NFTA 1UTBA 1TWYA 2DE4A 2UYFA 3IOWA 4HS7A 2YPNA 3H6UA 4RK9A 1SQYA 3RY3A 3KFMA 3T66A 4ZZEA 4AB6A 1IEJA 1QUIA 1MH4A 2F97A 2I0BA 3O6GA 5F7VA 3M8UA 3ONMA 4ONYA 4XKQA 4GVOA 3S9MC 5B7DA 1AH5A 2Y7KA 3FXRA 4NWCA 2ONKE 4Z0IA 3KN8A 3TPAA 2AL4A 2XHDA 4Q0CA 4RNSA 1N3WA 2XXTA 4ZZAA 2DVCA 3UA8A 5CMBA 3MPKA 4JXIA 1H76A 2OCUA 3CI8A 2O1LA 3QK6A 2F6GA 3S9EA 2UVIA 2QMWA 3OO7A 1B3GA 1A8EA 1JQFA 5FTHA 1JETA 1SW2A 2W7YA 3K2DA 1AOVA 1OVTA 3CRBA 5I84A 1IUDA 3CVGA 1MM6A 3TKDA 4GLIA 1MXZA 1UQWA 4ZEIA 1FQAA 2UVJA 1FQBA 3O28A 4RYAA 3LSLA 3VVFA 3TQLA 4OQOA 3PUXE 3TUSA 1LLSA 1VSOA 3MP6A 4TLLB 4Q30B 2HEUA 2QS4A 5DVIA 3N26A 2BJJX 1XS5A 1WODA 4QSEA 5H8HB 2V3UA 2NVUB 1S7YA 3TDJA 4U21A 3K00A 5I56A 3H7MA 3U93A 3IB0A 2PBWA 1B0LA 4BDQA 1NNTA 3TZAA 1LCTA 3TCGA 4ND9A 3KOTA 3QUJA 4GF8A 4K3FA 3G7WA 4QSCA 3FIRA 4YU0A 2IA4A 3KBRA 1JW4A 1URDA 4EF1A 3FXUA 4F2QA 3PD8A 3RTFB 2ABHA 3IORA 1JW1A 2VGQA 1HSEA 1B3EA 1A40A 3PU5A 3MBPA 3K6VA 3E13X 4GQOA 4ZEFA 4Q5TA 1B5IA 1AMFA 2XX8A 3VVEA 3FUZA 2A5SA 3F11A 5LOMA 4F29A 3H03A 4GD5A 4QFLA 1RKMA 1MY1A 2ZYOA 3ZS6A 3B7DA 4G68A 3SEUA 3R6UA 3C32A 2XX7A 1FTKA 1P1WA 1ZBMA 3OMBA 3PPPA 1M5BA 4PQJA 3S9LC 4PFWA 2F7BA 3IB2A 3WAFA 5DT6A 3OENA 2VHAA 4OESA 4H67A 2G29A 3THIA 4QSDA 5F1QA 4R6KA 3DELB 1L5TA 3K1PA 3R26A 3EHUA 1Y3QA 2DQVA 3G3KA 1B7ZA 4HCWA 3TTKA 4KCDA 3CG3A 3QSLA 4DIGA 1NNKA 2XXWA 1P1OA 1SW4A 4XKNA 2RC7A 1RYOA 4X1DA 1CB6A 1IZ1A 4OZ9A 1XVYA 3OO8A 1I6QA 3USDA 4YICA 3KEIA 4XIGQ 1YCJA 1Y4CA 4R6HA 4PFYA 4EUOA 3QXMA 1I6BA 1PB8A 1GV8A 5JTYA 2F8DA 4R74A 1TT1A 4PFTA 1A55A 5CMMA 4MLVA 3UIFA 4F3BA 1Y9UA 1B52A 2DSFA 1QKBA 4DE8A 4NF6B 3JYRA 3TMGA 1O63A 5DVJA 2F34A 1NNFA 1B3LA 1B32A 2G93A 4BDMA 5TPAB 5CRYA 1B3FA 4LVQA 4EQ9A 4MFIA 3IOVA 1AL3A 4GFRA 4TOZA 3RUMA 1S9TA 2QS3A 4G68C 1USYH 4ELRA 2V3TA 1B3HA 3I5OA 3KGCA 2I58A 4IO2A 4L17A 2XXHA 2DWJA 2I48A 1PEBA 1SW1A 1H44A 2X7QA 4HW8A 5CI5A 3GZGA 2HQ0A 1NH8A 5CMCA 4DCYA 4RPOA 2UXAA 1MPDA 3LSWA 3K1NA 5K2XA 3H06B 4OERA 3Q26A 3V5AA 5JTYB 2REGA 1A99A 2P0SA 3HHGA 4LZ8A 5AA1A 4KI0E 1MPBA 5KDTA 3EHTA 1B58A 1DMBA 4FAJA 3EN3A 2HZLA 5AA2B 5EYFA 3V83A 3TCHA 3K1MA 1B05A 4OFJA 4X1BA 5IKBA 4JWOA 4YKIA 2VP1A 4OFLA 3FV2A 3CFZA 5H8NB 2UVGA 2QJEA 2O1MA 4GXAA 3CSBA 3MZ9A 5I2KB 1LAHE 1HSJA 4FATA 3TODA 1JVXA 1M5FA 4NF5B 4BDRA 4F39A 4WEDA 5ELVA 4XKPA 3VDFA 1MXYA 1N76A 4DZ1A 3C4MA 2KLFA 1MQJA 3G3GA 3H6WA 5DTBA 3T22A 3T93B 4DXUA 3RT6B 2Z8EA 4JSOA 4X48A 3C36A 4XXUA 2R71A 3ILTB 4QFKA 5H8HA 3G3JA 4IO3A 5L9SA 3PGFA 2CZLA 2QMXA 1DPPA 1MM7A 4KFQA 4IO5A 5I59A 4U2RA 3VLWA 4WXJA 4H1XA 4FJPA 2PVUA 4E0XA 1M5EA 4EQBA 3BKIB 3UK4A 5J1DA 3Q28A 4TLMB 1IXCA 1SI1A 2H9BA 5HPQA 1R9QA 3MC2A 1M5DA 1DTZA 3CSGA 3PPOA 2XXYA 3PD9A 3B6WA 3MW0A 4U23A 3MVWA 4OVJA 1Y1ZA 2ANJA 1EH3A 4R9FA 4NMYA 3V89B 5KDTB 4NWDA 3QAXA 2ZNUA 1Y3PA 3VE1B 2RC8A 2Q8JA 2B3BA 2HFBA 3L6GA 2DOJA 4KR5A 4ELPA 2THIA 4IO7A 3SEVA 4FIMA 1DPEA 1MY0A 4OEUA 3MQ9A 4OTEA 2FYIA 3FVOA 3T96B 1MXUA 3RQTA 2XXPA 2DS9A 3OOAA 3PUZE 1O7TA 3JV9A 4M4GA 1VFDA 3U8QA 3DLNA 4FECA 1Y3NA 4QF9A 1OQHA 1URSA 1JNFA 2Z22A 4N07A 1LFIA 4R2BA 2XXUA 1VR5A 1FQDA 3C31A 1UIUA 5I59B 2D21A 1D9YA 4DXCA 1P99A 2ZYKA 2V3QA 3EF7A 1O64A 1FW0A 3LBSA 2H25A 4P0GA 3N6TA 4NTLA 1Y4TA 1BLFA 5L9OA 5DYHA 3R7XA 4HTGA 5CM6A 4U22A 2O51A 2O84X 3O2AA 1DOTA 4KYSA 1PB7A 1B51A 1GR2A 5B70A 4GL0A 2P2AA 4ELQA 2Y84A 4H65A 4LONB 1QJMA 2DWIA 3RGYA 3IOTA 3MUQA 2NOOA 3BBRA 4ESXA 3LC8A 4NF4B 3O6HA 5KCJB 3QIMA 4OMBA 2NXOA 4ESWA 4RPNA 1QKAA 2DXRA 2PT2A 4KPTA 3K6UA 3K02A 3CFXA 4QFOA 1MQDA 2QL3A 4AQ4A 4C0RA 3K6XA 3KJ7A 4C1TA 3MP8A 3T9XB 1N0TA 3MZ1A 1IXHA 3D4CA 4LA9A 4U4XA 2DWHA 3OO6A 5L8DA 3D4GA 4F2OA 3RN8A 2H4IA 4ISUA 4R2FA 4DLDA 2UVHA 3MVXA 1LAFE 4I1DA 1YTVA 2GHAA 1MQHA 2A5TA 1YPNA 4ELOA 3E4RA 4NF6A 4F1VA 4ZECA 1TFDA 3EPEA 3LSXA 5CBRA 1BIYA 5I58B 3PMVA 5TPAA 3ZKKA 1XVXA 3S2VA 4PETA 4LUBA 1ZJLA 2QS1A 2Z8DA 1PC3A 1MRPA 4IO4A 4KYDA 2DVZA 4LP2B 4O3CA 3C34A 4ZEKA 1ZTYA 3TELA 1FTLA 1MXWA 5M2VA 4BDLA 2DXYA 4ECFA 1IXIA 3U72A 1QUJA 1FTMA 4QFNA 2OBGA 2DWAA 2P1SA 4IY6A 3FXQA 4F3PA 1I6AA 1ZIUA 3C9HA 3T9VA 3ZKLA 3M3LA 2VD3A 3PUWE 3IO4A 3FVKA 1ZKBA 4BLAA 3MJNA 4MBPA 3M3FA 3AXFA 1SVXB 2I3WA 1P1UA 3P7IA 4FORA 3MAMA 4P11A 1FQCA 1JW5A 1Y1MA 4QRZA 4Z7EA 3MVYA 1GGGA 3FATA 3DP4A 3IOUA 2Y7RA 3KN3A 4M1VA 1GVCA 3IX1A 4RJZA 1HSLA 4KD5A 4F18A 3CR9A 1RYXA 5AE4A 1LFHA 4YKPA 2F7AA 3E9XA 3UGWA 5ICTA 4IY5A 5H8FB 3L6HA 2Y7PA 4IGTA 1B5HA 1B9JA 2QPQA 4ZDMA 4I62A 5AA2A 4U4SA 2RKMA 2A5TB 3MP1A 1KWHA 3EQ1A 3ODBA 5H8NA 1OLAA 1EZPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XXXA 3B6QA 3ZSFA 5I2KA 1SD3A 2OK2A 2XA5A 5ITOA 4MEVA 3VLUA 4THIA 4PFIA 4GWZA 4NF5A 2PMSA 4H5GA 4JDFA 1MY2A 3WAEA 1A54A 3U94A 1LAGE 5FBPA 2X7PA 1IIWA 4GOTA 5K2YA 2GH9A 1SYIA 1OIBA 2WKYA 2F35A 1IMFA 3B50A 2RC9A 5I7IA 3ECRA 1Q1KA 1QUKA 2B3FA 1D9VA 4YB6A 5BWJA 2H5YA 2Y7WA 3G3IA 4PE5B 1XOCA 4POXA 1I69A 3N5LA 3T9HB 1OLCA 3IL1B 3EHSA 4PFUA 5I57B 2NWJA 4MIJA 4P47A 1B7UA 2QS2A 1NV2A 4GBVA 4JWYA 4YZZA 1N84A 2PT1A 1NUYA 1Y20A 1FJ9A 1LBVA 3PPQA 4MJOA 5IZ3B 2Q2AA 4IO6A 1PB9A 4OEVA 3M3KA 2WBBA 4BDOA 1VE4A 4EDPA 1UTHA 4N6PA 5I3SA 3SEYA 4FEBA 5CC2A 3H3GA 5JEIA 2E1SA 3VLVA 2OJTA 4R75A 1Z7ME 5AA4A 2Y5LA 2I0CA 4LZ5A 1WVJA 1SYHA 5ESYA 3I3VA 3G3FA 2F78A 2NUVA 2XWIA 1JVYA 2ZYNA 5KZTA 1MQIA 1MH3A 3W9VA 2V25A 2I49A 1EZ9A 4G77A 3SKPA 4UACA 1N3XA 4MLQA 4YAHX 2M8CA 1LBBA 3LSFB 2ESNA 4POWA 1R1NA 4DXBA 2CZHA 3B6TA 4LATA 1VFEA 1FQFA 1NMUA 3A09A 5TP9B 4JB7A 1MS7A 4N15A 2I6EA 3FASA 2ZNTA 4P56A 5I2NB 1RDZA 3RT8A 5ITPA 2ZZWA 2R6GE 4DDDA 3PPNA 4H8IA 3FVNA 4RK2A 1UIVA 3MZBA 1H43A 3T9UA 3LUYA 1B1HA 1NL5A 1YZ0A 1Z7NE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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