5ITOA

Structure of the periplasmic binding protein m117n-noct from a. tumefaciens in complex with octopine
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
DYKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPNTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Fitness costs restrict niche expansion by generalist niche-constructing pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
total genus 86
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5itoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5itoA02
4F2OA 1N7WA 4YMAA 1QW0A 5AA2D 4XIGQ 3K1NA 1ZTYA 1LGBC 3V8XB 2O69A 2NUVA 3AXFA 2YJPA 4HTGA 4U22A 1LLSA 3SERA 4G2ZA 4GF8A 4P11A 1IQ7A 1FQAA 4OFJA 1MRPA 2VP1A 5I59A 2XXQA 3JYRA 1SW2A 1H3DA 1MY3A 1B9JA 4MF3A 1UTBA 2RKMA 1II5A 3N26A 1OIBA 3WAEA 3VLUA 5AA2A 4DCXA 4ZDMA 4Q0CA 4QFPA 1VFEA 3C31A 1FQFA 3K6WA 2F35A 4RXLA 4POXA 3OXNA 5I58B 2FYIA 5EHSA 1GVCA 4R75A 3S9NC 3O6IA 3KOTA 1MQJA 2O68A 2XXRA 3QXMA 1B6HA 3LUYA 4WXJA 5CBSA 3O28A 2Z8FA 2DE4A 2QMWA 5EYFA 5H8HB 1B52A 1B4HA 3QYTA 5FHMA 5I57B 1OQHA 1POY1 1USYE 4YICA 1B7ZA 1M5BA 4YU0A 2I3WA 3TTMA 1B7HA 1GV8A 3LSFB 4F19A 4O3BA 4X1DA 3IOTA 1IXGA 2ZYMA 5LOMA 1WODA 4IO6A 1MQHA 3OEMA 4WEDA 4DXBA 2F8DA 2I58A 3MVZA 2AYSA 3IOVA 3A3CA 4H65A 4FECA 1R1NA 3MP6A 1JVYA 5I58A 4FEDA 5CMMA 3C35A 3KG2A 3PUZE 2RC7A 3M3FA 4ELPA 1H44A 4G77A 3N94A 3TTRA 3T66A 1UIUA 1UTHB 3RT8A 1LFIA 2VD3A 5H8HA 2I6EA 1OVBA 3I3VA 3IORA 4O3AA 5I57A 2NXOA 4KFQA 2KLFA 1LAGE 2RCAA 4QFOA 1MQIA 2DE3A 1P1WA 2DOJA 3RY3A 1Z7ME 1GR2A 2D5WA 3T9VA 3IL1B 5H8FB 3U8QA 1ZIUA 1A7LA 3MUQA 3FGSA 1QULA 3MW0A 4GXSB 4I62A 3PPRA 3O6GA 3LSWA 4U21A 4OETA 3TQWA 1NNKA 5BWJA 1SD3A 3K4UA 4F3SA 4GD5A 1UTHA 1M5CA 2RF1A 3ONMA 2ZXTA 5I2NB 1DPPA 4FEBA 3QUJA 3M3LA 1IXCA 4AQ4A 1I6QA 4OENA 3H03A 1BTJA 3GZGA 1RYOA 3MVWA 1IZ1A 4R6YA 1MM7A 3C9HA 3FV1A 3VVDA 2RC9A 3G3HA 3IOUA 2H99A 4O3CA 5H8FA 3CG3A 4Q30B 3TKDA 1VFDA 1NH7A 5TU0A 4F1UA 2QMXA 4F22A 4LUBA 2W7YA 2Y7IA 4F3PA 2F7BA 4P0IA 4JDFA 2ZYNA 3O97A 2ZNTA 5I2NA 4QFKA 1Z7NE 3OOAA 2QJEA 3A09A 3FJ7A 4LVQA 1FQEA 3IB0A 4F39A 2H25A 3HPIA 4YZZA 1EU8A 3OO7A 3B6QA 3KOSA 2DWHA 3MZ1A 3MJNA 3QK6A 1ANFA 4NF8B 5ICTA 1SW5A 2O7IA 3OD7A 3IB1A 4ECFA 5KZTA 1DSNA 4JSOA 4R72A 4I1DA 1OLCA 4OESA 3O66A 2FNCA 3B6WA 4NF5B 1EZOA 4OXVA 4F29A 4AB6A 3T22A 1B5HA 3H7MA 2REJA 2RC8A 1MPDA 3E3KA 4DCYA 3H6TA 2PYYA 4LQ2A 4BDQA 3VVEA 4G8MA 2VGQA 1LFGA 2WKYA 5L9OA 2QS1A 1DTZA 4N6PA 3VLVA 1IUDA 1MQGA 5JEIA 2ZYOA 1D9VA 2DQVA 1US4A 4QSCA 4YKIA 2GHBA 4NF8A 1MXXA 3TEPA 1MY0A 1SW1A 1B40A 3ILUB 3OO6A 5CMBA 1BLFA 2ALUA 3VE1B 4NF5A 3CR9A 2Q88A 2BJJX 2NOOA 2XXVA 2I4BA 3PUVE 5AE4A 1N7XA 3LSXA 2HAVA 2E0SA 4ZEIA 3RN8A 1AL3A 4E0WA 4ZZEA 5DVFA 3Q27A 2QS3A 4I9DA 3TFLA 4DZ1A 2XXWA 2HQ0A 3UIFA 1F9BA 2A5SA 4HW8A 5KCJB 4OTEA 3KSJA 1Y4CA 3TCGA 3MVYA 1TFDA 1SI1A 4NWDA 1XHYA 3KEIA 4Q8RA 4IO3A 5K2XA 4EUOA 5B7DA 3G3JA 5H8NB 2UYFA 3SETA 4M1VA 1TXFA 1Q35A 4OYVA 3K2DA 1ZMGA 5EHMA 1PBPA 4ZEKA 5IAIA 3CFLA 2V3QA 5AA3A 3FJGA 1YPNA 2HCAA 1MG1A 4H6DA 3RNNA 2CZLA 3CFZA 3R6UA 4LONB 4NF4B 1D3KA 2OJTA 4JWXA 4H5GA 1A8EA 4FIMA 2DYXA 1B46A 3K02A 2M8CA 5HPQA 4TOZA 4DXCA 2ZMBA 1Y3PA 1JW1A 4NTLA 2XXHA 3H4ZA 5KCJA 2QS4A 2Y84A 3EHSA 3HSTA 4LA9A 1IITA 3ILTB 4KPTA 2O51A 5I59B 2H5YA 5H8QB 1LCFA 4OQOA 1LAHE 3K6XA 4GOTA 2Z23A 1FTLA 1A55A 5H8NA 1P1NA 4N13A 4G68C 3SEYA 4R2BA 4F31B 4ZS9A 3H6VA 1NH8A 4RJZA 1O7TA 3CIJA 3T9HB 3LR1A 1Q1KA 1QJMA 4K3FA 3KBRA 3DP8A 3PPNA 4NF4A 3E4RA 2HXWA 4MFIA 4EF2A 3PPQA 5B70A 2DSFA 1A99A 3OO9A 4R73A 1L5TA 5JTYB 5H8QA 2I0CA 4BDNA 4LP2B 3ZKKA 2XD3A 2ONSA 4NMYA 3C4MA 2Q89A 4DE8A 1XC1A 3BFUA 2OCUA 2ABHA 1QUJA 3KJ7A 2F7CA 2OBGA 1JEVA 1UIVA 4Z0IA 2IA4A 4PQJA 3THIA 3TTKA 1XS5A 3TQLA 3OMBA 4YKPA 3LC8A 1PC3A 3PU5A 3H6WA 1URSA 2P1SA 1R6ZA 3OSRA 4DLDA 4MLQA 4F2QA 1H76A 3KN8A 4QHQA 4G8NA 5JTYA 4LQ5A 1I6AA 2DVCA 3C34A 4PFTA 1Y4TA 3JZJA 5AA1A 2GRVA 1AIVA 2F97A 5IKBA 4XXUA 3RTFB 1RYXA 1NMUA 3FVNA 1VR5A 3K1PA 1B2HA 4GL0A 1B7UA 3S9MC 3TAJA 4OERA 1O63A 3MZ9A 4HCYA 4NF6B 4ND9A 2GHAA 2PT2A 3JV9A 5CMCA 4IO5A 3MBPA 2Y7RA 3U1OA 2I4CA 3IAZA 3K0VA 3T96B 4FATA 3D4GA 4JSDA 2B65A 2G93A 2NWJA 4TLLB 4DIGA 2RINA 1IXIA 1QKAA 3QIMA 2THIA 3VFJA 4C1UA 2HEUA 4KYSA 3MZBA 3T93B 2DXYA 4KCCA 2RCBA 4P0GA 4F1YA 3DELB 1FTKA 1AMFA 4MBPA 1SW4A 4NF6A 3HO7A 4XTCQ 1OLAA 3IB2A 4KYEA 1B3LA 4EXKA 3TCFA 4KHZE 3PV0E 2D3IA 2XXIA 2F78A 4H8IA 2XXUA 2Y7PA 2DVZA 1N0TA 4RYAA 4KCDA 4U1ZA 3EN3A 4XKQA 2V25A 2UVGA 2DXRA 3F11A 3SEVA 3MPLA 1I69A 3MP1A 4X48A 1BKAA 2GH9A 1Y1MA 5M2VA 3UORA 4QSEA 3DLNA 1SBPA 4RA1A 4X9TA 1YTVA 1OVTA 4H8JA 4ISUA 4F3GA 2A5TB 3IO6A 1B1XA 1SVXB 2UYEA 4ELOA 4OHNA 2XX7A 5L8DA 2B3FA 1N76A 4H5FA 2P0SA 1Y3NA 4I8CA 4R9GA 4ZE9A 1FTMA 3V83A 2QSXA 4BLAA 1SYIA 3MVXA 3TMGA 4ELQA 5ISUA 1P99A 1B5IA 4G4PA 3L6GA 1HSLA 2PMSA 2O6AA 3FXQA 1N04A 2VOZA 4PP0A 2YPNA 3FV2A 3HCQA 5F1QA 4JBZA 2Q9TA 2LAOA 1LAXA 4OFLA 1PB8A 4IGRA 1NNFA 3HHFA 4PE5B 3V5AA 1MXYA 4UACA 2XXPA 4GIZA 3R26A 4WKMA 3GXAA 3ZSFA 1XVXA 3TPAA 2OWTA 3MAMA 3USDA 2A5TA 1AH5A 1MQDA 4FJPA 4QSDA 5DVJA 3EPEA 3IK6B 4JXIA 2F34A 3TYHA 1NFTA 2ONRA 2Z22A 3FATA 3MQ9A 3U72A 5FHOA 4XKPA 1Y9UA 2QPQA 3O29A 3D4CA 3LBSA 3UA8A 4L17A 3DM0A 5L9MA 4R2FA 4QF9A 5DEXB 4BDLA 4AB5A 2PX1A 1EH3A 1I6BA 4POWA 2XXXA 3FIRA 5ITPA 1FTJA 4RY1A 1GTKA 1PDAA 3SEXA 4ZECA 4EQ9A 2ZNUA 4HCWA 4DDDA 3IJOB 1MM6A 4IY5A 3CI8A 4PFYA 3FZVA 4U1OA 2AL4A 3R7XA 1BIYA 3PD8A 3OEKA 1J1NA 2HZLA 3VDFA 1LFHA 1QUKA 4JWYA 2XX9A 4GRKA 1B58A 3BBRA 3TELA 4IGTA 2Z8EA 1N84A 3VXCA 2FA7A 4EDPA 1PBQA 2H4IA 5A5XA 5I2KB 1MXUA 5DEXA 3CSGA 1QUIA 3E13X 4BDMA 3SESA 3C36A 1H43A 3QSLA 2HFBA 4GQOA 1A54A 1ZU0A 4OVJA 4LZ7A 5I84A 3KGCA 3S2VA 5FTHA 3KZGA 5F7VA 2Q2CA 3K6VA 1VSOA 1LAFE 2ANJA 2X7PA 3MWBA 3KN3A 3TZAA 4M4GA 2O7UA 4QFNA 1WDNA 3VV5A 3PUYE 3KN7A 1NNPA 4FAJA 1B32A 3CVGA 1PB9A 1ZLQA 1D4NA 2XXTA 1MY4A 3L6HA 5I2KA 2NVUB 1B0LA 1OMPA 4GXAA 4OMBA 3Q29A 1R9QA 2QRYA 3LSLA 2XX8A 4OWDA 5CC2A 2F7AA 4Z7EA 2Z8DA 2I0BA 1ZKBA 4ZZAA 1B3GA 2OZZA 3DP6A 1MY2A 3P7IA 4R6HA 4C0RA 4F3BA 1MPBA 1JEUA 3PMVA 1VE4A 4FORA 1M5FA 3FVOA 3PD9A 4ONYA 2REGA 4UA8A 1P1UA 5DYHA 2P2AA 4Q5TA 4OEVA 4WEPA 3SEUA 1DPEA 2CMOA 1TFAA 3OELA 1XVYA 3WAFA 3H6UA 1IEJA 2QS2A 2I49A 3H06B 3B7DA 2V93A 3FVKA 1P1OA 2UVHA 5TP9A 1M5EA 1HSJA 2ZYKA 1PB7A 3RT6B 4EQ7A 1ELJA 3T9UA 4KD5A 1B3HA 4C1TA 4YAHX 4GVOA 5ICQA 3VVFA 3K01A 1FW0A 2H9BA 4U23A 4ZE8A 2O1LA 4JB7A 3GBAA 1FTOA 1O64A 3H3GA 1ZBMA 4GWOA 3TODA 2DE2A 5CMKA 4YB5A 2V3UA 1QKBA 1B4ZA 1DOTA 1NL5A 3GLBA 2E1SA 3M8UA 5AA4B 3G3IA 5CM6A 3TTLA 4XKRA 1MH3A 4ZEDA 1DMBA 2ESNA 3IX1A 4E0XA 4GL8A 1FQCA 4RK9A 1LCTA 3W15C 4OEUA 4DXUA 4ZEBA 4NE4A 4KR5A 2V84A 1B0HA 1IXHA 2B3BA 3Q28A 3W9WA 2R9JA 3S9EA 4PFWA 3E9XA 1OQGA 2DWJA 1URDA 3BKIB 3EF7A 1N3WA 3HN0A 2DS9A 4KYDA 3N5LA 3U92A 3EHUA 4PFUA 4QFLA 4RK2A 1FQDA 3CG1A 4YB7A 5AA4A 1EZ9A 1MDQA 1MPCA 2AIXA 3B6TA 2UVJA 5ELVA 3OSQA 1LBCA 4FE8A 1JW5A 1B51A 1HSEA 1SI0A 4YKJA 1LBBA 2HZKA 1JVXA 4BDRA 1NNTA 1NKXA 3ODBA 2D21A 3UGWA 3KJTA 3DP4A 1B3FA 2VD2A 4IO4A 2R71A 3O6HA 2DWIA 5L9SA 1JETA 2V3TA 2IEEA 4KI0E 4MH5A 4R9FA 3SKPA 4OZ9A 1MXWA 1SQYA 1MDP1 1UQWA 2I3VA 3QAXA 3N6UA 4TLMB 3HV1A 3PUXE 3ZS6A 4RPOA 3K1MA 5JK4A 3BFTA 4GLIA 4EQBA 1ATGA 2HAUA 1MXZA 1RKMA 5CRYA 3KFMA 3TTNA 1A40A 5I56B 4YMBA 1GGGA 1URGA 3RQTA 3PMWA 1JNFA 4R74A 3FJMA 4F1VA 2OLBA 3A3UA 3Q25A 2QL3A 2UXAA 3V89B 2ONKE 4LATA 5FHNA 4GFRA 3UN6A 3PGFA 3U93A 2GFEA 3CSBA 2Y7KA 1ZJLA 1XT8A 1Y20A 3CRBA 3PPPA 4LZ8A 1CE2A 3G3FA 1R9LA 1S7YA 3IR1A 3S9LC 3I6VA 4IO2A 4XKNA 3FUZA 2VHAA 3N6TA 4YB6A 3W9VA 4H1XA 3HHGA 4JWOA 4THIA 5I56A 1USYH 2Q2AA 2O1MA 3C33A 4H0WA 1S9TA 3FASA 2PVUA 2F36A 1FQBA 5BUUA 5CBRA 2UVIA 3RUMA 4LZ5A 2OK2A 1Y3QA 5FTIA 4NWCA 3UP9A 3CFXA 4U4SA 4U4XA 1B1HA 1LB8A 3FXRA 3FD3A 2G29A 3MP8A 4ELRA 1MS7A 3SDFA 1IIWA 2ZNSA 3RTWB 5K2YA 3GBBA 3IJXB 5A5XB 3TUSA 4ESXA 1B5JA 2YLNA 4OFOA 1EZPA 4KQPA 4H67A 1KWHA 5TPAB 1QVSA 1DTGA 3K00A 2H98A 3M3KA 5J1DA 1S50A 1CB6A 3S4UA 5HM4B 5H8SA 4NEDA 4IB2A 3VLWA 4N07A 1MXVA 4R6KA 1B3EA 4EXLA 3PMXA 3Q26A 4YKKA 1MY1A 3EHTA 3RGYA 5DVIA 1T0KA 1US5A 4ESWA 4G68B 1D9YA 1LSTA 3FVGA 4PETA 3OENA 3QUFA 1Y1ZA 4G8HA 5KDTB 4F18A 1LB9A 1A8FA 2PBWA 2X26A 3U94A 2Q8JA 1B05A 4U2RA 4MLVA 2I48A 2X7QA 5TPAA 3MPKA 4ZEFA 2O84X 3T9XB 1JW4A 1BP5A 1FCKA 2Y7WA 3MC2A 3IOWA 2DP8A 1TWYA 3ZKLA 3I5OA 5DTBA 4BDOA 4IO7A 1JQFA 3PUWE 1M5DA 3FXUA 4EF1A 1SDXA 4G68A 1WVJA 2F6PA 2XHDA 1N3XA 4RNSA 1TT1A 3KSXA 4X1BA 1H45A 5KDTA 3C32A 2XD2A 2DWAA 2AL5A 3G3GA 4RPNA 3TCHA 4TQUQ 3RPWA 1AOVA 1MH4A 5TP9B 3G3KA 1YAEA 3IO4A 3SEWA 2PT1A 3O2AA 3VXBA 3PPOA 2R6GE 5DT6A 3K6UA 3O9PA 1SYHA 4HS7A 1POTA 1P1QA 3ECRA 3EQ1A 3RLFE 1UTBB 2F5XA 1PEBA 5CI5A 5ITOA 2F6GA 5AA2B 2OWSA 3OO8A 4QRZA 5HBCA 2XXYA 4IY6A 1XOCA 1YCJA 3G7WA 3UK4A 3TDJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F2OA 1N7WA 4YMAA 1QW0A 5AA2D 4NAPA 4XIGQ 5IM2A 3K1NA 1ZTYA 1LGBC 3V8XB 4GWWA 2O69A 2NUVA 4N8GA 3AXFA 2YJPA 1LBYA 4HTGA 4U22A 1FRPA 1LLSA 4G2ZA 3SERA 4GF8A 3BIGA 4P11A 4PF6A 1IQ7A 1FQAA 4OFJA 1MRPA 2CZKA 2VP1A 5I59A 2XXQA 3JYRA 1SW2A 4MJOA 1H3DA 1MY3A 1B9JA 4MF3A 1UTBA 2RKMA 1II5A 3N26A 1OIBA 3WAEA 3VLUA 5AA2A 4DCXA 4ZDMA 4Q0CA 4QFPA 4PC9A 1VFEA 3C31A 1FQFA 3K6WA 2F35A 4RXLA 4POXA 3OXNA 5I58B 2FYIA 5EHSA 1GVCA 4PCDA 4R75A 3S9NC 3O6IA 4I3YA 3KOTA 1NI9A 1MQJA 4P3LA 2O68A 2XXRA 3QXMA 1B6HA 3LUYA 4WXJA 5CBSA 3O28A 2Z8FA 2DE4A 4GWZA 2QMWA 5EYFA 5H8HB 1B52A 2JJKA 3ROJA 3UK4A 1B4HA 3QYTA 5FHMA 5I57B 1NV1A 1OQHA 3BIHA 1POY1 1USYE 4YICA 1B7ZA 1M5BA 4N8YA 5EQAA 4YU0A 2I3WA 3TTMA 1B7HA 1GV8A 3LSFB 4F19A 4O3BA 4X1DA 3IOTA 1LBWA 1IXGA 2ZYMA 5LOMA 1WODA 4IO6A 1MQHA 3OEMA 4WEDA 4DXBA 2F8DA 2I58A 3MVZA 2AYSA 3IOVA 3A3CA 4H65A 4FECA 1R1NA 3SZPA 3MP6A 1JVYA 5I58A 4FEDA 5CMMA 3C35A 3KG2A 4LN5A 3PUZE 2RC7A 3M3FA 4ELPA 1H44A 4G77A 3PTYA 3N94A 3TTRA 3T66A 1UIUA 1UTHB 3RT8A 1LFIA 2VD3A 2ZZVA 5H8HA 2I6EA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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