1GV8A

18 kda fragment of n-ii domain of duck ovotransferrin
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
159
structure length
159
Chain Sequence
SYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHRGDIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATTEQKLCRQCKGDAKTKCLRNAPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGTRQPVDSYKTCNWARVAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Iron transport
publication title The Mechanism of Iron Uptake by Transferrins: The X-Ray Structures of the 18 kDa Nii Domain Fragment of Duck Ovotransferrin and its Nitrilotriacetate Complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords OVOTRANSFERRIN
total genus 45
structure length 159
sequence length 159
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-02-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1gv8A00
4LONB 2M8CA 3Q25A 4X1BA 4IO6A 1B3EA 2R71A 3T9VA 3I3VA 5TPAB 1LLSA 1AOVA 2HEUA 2RF1A 1MY0A 2XXPA 2P1SA 3FIRA 1IXIA 2DS9A 1DOTA 4MH5A 1XS5A 1WODA 1USYH 4G68A 1KWHA 4NF4A 2HZKA 1POTA 1N0TA 3TFLA 1CE2A 4MLVA 3TAJA 4UACA 4DLDA 3O6IA 4NF6B 2V84A 4NF4B 2ZNSA 3IAZA 3OEMA 4ZEFA 4GL8A 4H65A 3FD3A 3E9XA 2B3BA 1LFGA 1N84A 1Y3NA 4KCCA 5H8FA 1OVTA 1URSA 4NF5B 4ZEKA 3H06B 3O29A 1B7UA 4IY6A 2UVGA 1MH4A 2E0SA 4MFIA 2HFBA 1DMBA 1TT1A 4FATA 1P1NA 3KSXA 3MUQA 4JXIA 4GL0A 2I0BA 4ZDMA 1LCFA 5EYFA 3W9WA 3K1MA 2F6GA 2REJA 5AA2B 4NE4A 2PT2A 3U94A 3EHTA 4Q0CA 3SDFA 3ZSFA 3IB1A 3BBRA 3MP1A 3A3CA 3GZGA 2XXUA 2OLBA 5FTHA 2V3TA 4ZEDA 3C4MA 4LQ2A 4U23A 3VE1B 3K4UA 4EXKA 1MDP1 4R75A 4GLIA 5DYHA 2W7YA 5I2NB 1H44A 4OERA 3TCFA 3CR9A 2QS1A 3HPIA 5H8QA 1QULA 3KOTA 3FVKA 3DM0A 1GV8A 4PETA 3LUYA 3TTRA 4N07A 4GOTA 2A5TB 2VHAA 3VVDA 1OLAA 2Z8EA 2Z23A 4QRZA 4RK2A 1XC1A 1ZMGA 3A3UA 2Y84A 4M1VA 5CBSA 3FZVA 1UTBA 3Q27A 4RK9A 3RT6B 2I0CA 3MJNA 1XT8A 1Z7NE 4U1OA 2Y7WA 4NTLA 5CMKA 1LAXA 3MPKA 5I2KA 3K01A 3PUXE 1EZOA 2VD2A 2DE2A 4R74A 1M5FA 2ABHA 1FTMA 1N7WA 1UIUA 5FHNA 4TLLB 2XD2A 1R9LA 2DE4A 4PQJA 1B7ZA 5H8NB 3ZKKA 2HCAA 4OWDA 3OD7A 3PPPA 3WAEA 4LVQA 4N13A 2OBGA 4JB7A 4L17A 1MS7A 5CRYA 2PT1A 1QJMA 3G3FA 3N26A 2F36A 4BDQA 2F97A 4X9TA 3JZJA 1B5IA 1GR2A 4ECFA 4IGRA 3R7XA 1P1QA 1LSTA 1PBQA 5KCJB 1YPNA 3FXQA 2XX9A 4OZ9A 2DP8A 1ELJA 4G2ZA 1MM7A 2ZYMA 3OENA 4KYSA 3PPRA 1SQYA 1YAEA 3UP9A 5I58B 4XXUA 1B7HA 2ALUA 2GRVA 4M4GA 5L8DA 2ONKE 2LAOA 1J1NA 2AL4A 1ZTYA 3FJGA 4PFYA 2XX8A 3FVOA 3ONMA 3S9LC 1LGBC 3C9HA 1LFHA 3PMVA 3EHSA 5JTYA 4H1XA 1MDQA 3IJOB 1CB6A 2DWAA 3G3HA 4N6PA 1B2HA 3PPOA 4KD5A 4WEPA 3M3LA 4OEVA 5L9OA 4U4SA 3TDJA 4YKKA 3T9UA 4U2RA 1P99A 3HCQA 3HHFA 3PMXA 3DELB 4JBZA 1MY2A 3PPQA 1TXFA 2DQVA 1MPDA 4R6KA 3L6HA 4F3PA 3DP6A 4JWYA 2OK2A 3G3KA 3RN8A 3K0VA 3T93B 2I4CA 4IY5A 2D5WA 4IO2A 2GHBA 3O6GA 4FEDA 3DP4A 2QL3A 2H4IA 1M5BA 3LSLA 1Y9UA 2HQ0A 3IOUA 2UVHA 4QSCA 3RY3A 3OO6A 2XXTA 3U8QA 3W9VA 5CMCA 1T0KA 2RC9A 4ZEBA 4BDMA 1O63A 2X7PA 2ZMBA 3SEXA 2HXWA 1URDA 3D4GA 1USYE 2Y7RA 4H5FA 3QAXA 5CBRA 4HCYA 2I6EA 2Y7IA 4FE8A 4OFJA 4DCXA 1ZLQA 3EN3A 1VFEA 4XKNA 1S9TA 4R2BA 3U1OA 2H25A 4KPTA 4NF8A 3U72A 3O9PA 3Q29A 1TFDA 1NH7A 2RC7A 2V3QA 3H6UA 4I9DA 4C0RA 1B0LA 2PX1A 2FA7A 5H8HB 2VD3A 2FYIA 1GVCA 1SVXB 2AIXA 1OQGA 3MVYA 4RY1A 3SEUA 1QUJA 3RTWB 2O7IA 4H8JA 4I1DA 1B58A 3SEYA 3T66A 3EPEA 2O1MA 4AB6A 5KDTA 3TKDA 3ECRA 3EF7A 4YMBA 1OLCA 1MPCA 3IL1B 3R6UA 4P11A 1B9JA 1QVSA 3KGCA 5AA4B 3ILUB 2THIA 5FHMA 4F29A 4FJPA 1US5A 3TCHA 1P1WA 3QXMA 1B05A 5FHOA 4ESXA 2ZYKA 1UTHB 2QSXA 3FVGA 5DT6A 3K00A 1IEJA 1FTLA 3EQ1A 2Y7KA 1N76A 4C1UA 5DVIA 4TLMB 2DVCA 4YKIA 1B1HA 4RPOA 2RCAA 4BDLA 2OWSA 1BLFA 4HTGA 3QUFA 1DTZA 1R9QA 3VLVA 3PUVE 1SYIA 5ITPA 4U1ZA 5EHMA 2WKYA 1DSNA 4TQUQ 4E0XA 4IO3A 3OSRA 1EU8A 4JSOA 1IZ1A 3LSXA 1FQCA 3ILTB 3O2AA 3VXBA 1D3KA 4QFOA 4G8NA 4ESWA 1N3WA 2PBWA 2F7BA 3S4UA 2PYYA 2R6GE 2UYEA 4F22A 2IA4A 1B3LA 1URGA 1YCJA 2DYXA 4WXJA 3OO9A 1JW1A 4ELRA 1JNFA 2Q8JA 1MY3A 3OO7A 3FJMA 3JYRA 3N6UA 2F6PA 2UVJA 3MVWA 4WEDA 2Z8DA 4EUOA 4RYAA 1NKXA 4NMYA 3I5OA 3MPLA 2O84X 3RUMA 3KJTA 3M8UA 2XXRA 5DVFA 1FTJA 3MAMA 2QRYA 3G7WA 4G68B 3KSJA 5KZTA 1WDNA 2O1LA 3C32A 4PFTA 3VLWA 3BKIB 5ICQA 2XXIA 2ZYOA 2XHDA 4OETA 3UK4A 3KN3A 1EZ9A 1NFTA 4YKJA 1LB9A 1B3FA 5H8FB 1AMFA 2AL5A 3RQTA 1OMPA 4PFUA 2NUVA 4ZEIA 1NNPA 2GHAA 3FASA 3OXNA 4F19A 3PUYE 2DXYA 1IXCA 1Y20A 4O3CA 1PBPA 2QJEA 4F2QA 3MP8A 1IUDA 2ANJA 3V5AA 4Q30B 1IXGA 4R6HA 4RNSA 2YLNA 3CSGA 4DZ1A 4EQBA 3GBAA 3SERA 1TWYA 2DWHA 4DXBA 2OCUA 4F1YA 3TQLA 4EDPA 1IXHA 4F39A 1OQHA 1S7YA 3UGWA 1UQWA 3TELA 2YPNA 1ZBMA 1NMUA 3V83A 3P7IA 3U93A 4F1VA 1VE4A 3MZBA 5H8QB 1MQGA 4QSDA 5HPQA 2XXQA 1Y1ZA 2O69A 4G77A 5ICTA 1D9VA 2DVZA 3IJXB 4KHZE 1SW1A 1I6AA 3FV2A 4LZ5A 4YZZA 1SW4A 4U4XA 3C36A 1SI1A 1LB8A 1UTBB 4R9FA 1VR5A 1N7XA 3H6TA 1BP5A 2Z22A 1MH3A 2UYFA 3PUZE 4FEBA 3RPWA 4LA9A 5JK4A 3FV1A 3IR1A 5I2KB 2GH9A 2H5YA 1MXYA 5DTBA 2QS4A 1B40A 1AIVA 3FVNA 2Q88A 1II5A 4QFLA 4DXCA 5B7DA 1S50A 1D4NA 5I59A 3SETA 4F18A 3SKPA 4I62A 2NOOA 1SD3A 2F34A 4FAJA 4ONYA 2D21A 3QSLA 1B0HA 2Q2AA 4LQ5A 5I84A 3V89B 1BKAA 1H3DA 2FNCA 1RKMA 3D4CA 4H67A 3IO6A 1B4HA 1NNKA 4ELQA 4GWOA 4OMBA 1A54A 1SW5A 1Y3PA 2Z8FA 4U22A 1D9YA 1POY1 2XD3A 2BJJX 1US4A 1H76A 3H6VA 3CI8A 3LSFB 5A5XA 5CMBA 2DXRA 1DPPA 1LAGE 3KN7A 3TODA 3PD9A 2KLFA 4RJZA 3O66A 3LSWA 5L9SA 1Y4CA 5I56A 2I3WA 1DPEA 4YKPA 5JTYB 2Q9TA 1FQDA 3PGFA 3BFUA 3E3KA 4RA1A 1M5EA 4ELPA 2XXWA 4QFPA 5DEXA 4YB6A 4OQOA 1A8FA 2QS3A 1Z7ME 3LR1A 2R9JA 1B51A 3KZGA 3HHGA 3A09A 3S9NC 1N04A 2AYSA 1MQIA 2I49A 1MY1A 4THIA 5EHSA 5F7VA 1MXUA 4K3FA 5TP9A 3T22A 3VVFA 2F7AA 4Z7EA 2VOZA 4X1DA 3CVGA 1MXVA 2V25A 1O64A 4JSDA 3IK6B 1B5JA 1FCKA 1NNTA 1BIYA 4F3SA 4ZE8A 2XXYA 4RXLA 3RTFB 3RGYA 3B6TA 3VFJA 4QHQA 4NWDA 1TFAA 3ZS6A 3HO7A 1JVYA 1MM6A 5B70A 4MF3A 4HW8A 2F5XA 2CZLA 3OELA 2B3FA 3MBPA 5AA2D 3LBSA 4GIZA 4G8HA 3Q28A 4KYEA 2DSFA 3TQWA 4NWCA 4NF8B 2PMSA 1IITA 3H03A 4TOZA 4GRKA 3MW0A 2QPQA 2OZZA 4DXUA 1H45A 3TPAA 3K02A 3HV1A 4KCDA 5I57A 2NXOA 3UORA 4DCYA 1NL5A 2V93A 4GXSB 1JVXA 4HCWA 3G3JA 1LBBA 3FATA 5KDTB 3CRBA 3CSBA 3RLFE 3S9MC 3SESA 4OYVA 2VGQA 3TTKA 3TEPA 4X48A 1JW4A 3O97A 1LAHE 4HS7A 3CFXA 4OXVA 3K6WA 3N5LA 1LAFE 1XVYA 4ISUA 4OHNA 4ZZAA 1SDXA 3JV9A 1PEBA 2HAUA 3S9EA 4WKMA 3OMBA 5CM6A 3TMGA 3H4ZA 4GFRA 5IKBA 2Q2CA 1A99A 4DE8A 3B6QA 2I4BA 1ZKBA 2P2AA 3EHUA 1Y1MA 1DTGA 4Q5TA 4XKRA 1EZPA 1ZU0A 1MQJA 3VDFA 1FQAA 1PDAA 3IOVA 2O7UA 4JDFA 2UXAA 4IO4A 3VXCA 1FQEA 3C35A 3TTMA 3MVZA 2I58A 3QK6A 1O7TA 3MZ9A 1SI0A 3U92A 1AL3A 4F1UA 1L5TA 2ZXTA 3FXRA 1WVJA 5LOMA 3C33A 4MBPA 2XXHA 3MQ9A 4EF1A 1I6BA 5ISUA 4GQOA 1B32A 4OEUA 4F2OA 4ELOA 3PD8A 4BDNA 1B6HA 5TPAA 3VLUA 4BDOA 2F35A 3K1NA 2RC8A 1GGGA 2G29A 4QSEA 1PB8A 3IOTA 3KN8A 4KYDA 3IO4A 3Q26A 1Y3QA 4IO7A 4YICA 4PFWA 1XVXA 4ZECA 4R72A 3MC2A 3MWBA 4NF6A 2F8DA 5H8SA 1ZIUA 2E1SA 4ND9A 1RYXA 5AA3A 1MG1A 1SBPA 4FORA 3FGSA 4GVOA 4FIMA 2GFEA 4YB5A 3ZKLA 4NF5A 1LBCA 3KEIA 4R73A 1H43A 3F11A 1FTOA 4XKQA 2UVIA 1MRPA 4OENA 1QKAA 1R1NA 2V3UA 3OSQA 4POWA 1VFDA 3CG3A 1AH5A 3THIA 1IIWA 5CC2A 4C1TA 5AA2A 3KJ7A 5J1DA 4EQ9A 4H5GA 2DOJA 3W15C 2QMXA 1JETA 3AXFA 5I2NA 4F31B 3R26A 3UN6A 1NH8A 2QMWA 1P1UA 2NVUB 5DVJA 3CIJA 3G3IA 1FW0A 1R6ZA 4LUBA 4GF8A 1B5HA 1M5DA 3KBRA 3RNNA 3FJ7A 1N3XA 2A5TA 1BTJA 3O28A 1PB7A 3H6WA 4G8MA 1A8EA 1FQBA 4KR5A 3WAFA 4KFQA 2RINA 3FUZA 4EXLA 5CI5A 4ZZEA 5M2VA 1JQFA 4OFOA 4JWXA 3BFTA 4Q8RA 3PV0E 3HSTA 1B3HA 2DWIA 4QFNA 3SEWA 3FXUA 2XXXA 4POXA 4IGTA 4AB5A 2ONRA 2I48A 2REGA 3USDA 2ZNTA 3VVEA 5H8NA 1HSLA 2H9BA 3KOSA 4LATA 1MXXA 1UIVA 1RYOA 1LCTA 1ATGA 2F7CA 3K2DA 4JWOA 5I59B 4XTCQ 1PB9A 3S2VA 3N94A 2ONSA 4DDDA 2ESNA 2Q89A 1IQ7A 1Q35A 5KCJA 4MLQA 5FTIA 4BDRA 2NWJA 1JW5A 4R9GA 2G93A 2YJPA 1GTKA 1SYHA 2VP1A 1SW2A 3UIFA 5I58A 3TCGA 4YAHX 2F78A 4OESA 1QW0A 4OTEA 4RPNA 5A5XB 1M5CA 5HM4B 4H6DA 3DP8A 1JEUA 5AE4A 3PUWE 1ZJLA 4ZS9A 3IX1A 2DE3A 3MP6A 1A40A 5BWJA 4YB7A 3IORA 5TU0A 5I56B 3LC8A 1B46A 1B52A 4LZ7A 1I6QA 3GLBA 1MY4A 1MPBA 2A5SA 1EH3A 3QYTA 4OVJA 2CMOA 1B3GA 4H8IA 3E4RA 5DEXB 2X26A 4YU0A 3C34A 3L6GA 3RT8A 3E13X 2OJTA 1FQFA 3T9HB 1XOCA 4LZ8A 3H7MA 4IO5A 4I8CA 2Y7PA 5JEIA 5TP9B 3IB0A 3QUJA 1MXZA 4H0WA 4GXAA 2I3VA 4F3BA 4IB2A 4QFKA 3HN0A 4PE5B 1LFIA 2B65A 3TUSA 2HAVA 4QF9A 5BUUA 2XX7A 1I69A 3GBBA 3OO8A 1QUIA 3K6VA 3GXAA 2XXVA 4KQPA 3M3KA 3OOAA 4EF2A 4O3AA 3IOWA 3M3FA 4NEDA 1YTVA 2X7QA 1A55A 1F9BA 3PPNA 1Y4TA 2H99A 1ANFA 1XHYA 3CG1A 3IB2A 5H8HA 4KI0E 2O68A 2RKMA 4XKPA 2OWTA 3K6XA 5ELVA 4F3GA 2H98A 5AA1A 4Z0IA 4R6YA 1OIBA 4U21A 3SEVA 5I57B 2DWJA 1MXWA 2HZLA 1B4ZA 1FTKA 3QIMA 4R2FA 1QKBA 1OVBA 3K1PA 1MQHA 5AA4A 2D3IA 1P1OA 3G3GA 5F1QA 3T9XB 3TZAA 2O6AA 2ZYNA 1HSEA 3CFZA 2PVUA 2QS2A 3C31A 4O3BA 1UTHA 3B7DA 3KFMA 5CMMA 4FECA 5ITOA 3TYHA 3TTNA 3VV5A 5HBCA 1MQDA 1HSJA 4ZE9A 2O51A 5L9MA 1Q1KA 3V8XB 3K6UA 4DIGA 4UA8A 3CFLA 3DLNA 2RCBA 4EQ7A 3O6HA 3I6VA 1A7LA 3H3GA 2ZNUA 1NNFA 4GD5A 4YMAA 3B6WA 4E0WA 3T96B 2P0SA 1B1XA 3N6TA 5IAIA 3KG2A 3TTLA 3MZ1A 4P0GA 3OEKA 1VSOA 4G4PA 4AQ4A 3ODBA 4G68C 1QUKA 4XIGQ 4P0IA 5K2YA 3PMWA 3UA8A 4OFLA 2IEEA 4BLAA 3PU5A 3MVXA 1JEVA 4LP2B 5K2XA 1PC3A 4PP0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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