4IB2A

Crystal structure of a putative lipoprotein (rumgna_00858) from ruminococcus gnavus atcc 29149 at 1.76 a resolution
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
SSEDAKTIKVAASATPHAEILEQAKSILKKEGYQLEVTVFDDYVQPNEVVESGEFDANYFQHVPYLESFNEEKGTHLVDAGDIHYEPFGIYPGTKKSLDEISEGDKIAVPNDTTNEARALLLLQDNGIITLKDGAGLNATVNDIEENPYNVEIVELEAAQVARVTGETAYVVLNGNYALEAGYSVAKDALAYEKSDSEAAKTYVNIIAVKEGNEKEEKIQALVKALKSDEIKEYIEKTYDGAVIPFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Putative Lipoprotein
publication title Crystal structure of a putative lipoprotein (RUMGNA_00858) from Ruminococcus gnavus ATCC 29149 at 1.76 A resolution
rcsb
source organism Ruminococcus gnavus
molecule tags Transport protein
total genus 84
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ib2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ib2A02
1R9QA 3ILTB 3FJMA 3PPPA 4QRZA 2ZNTA 2O69A 3PUVE 5I2KB 1S7YA 3N26A 4E0WA 1CE2A 1DPPA 1P1UA 1EZOA 2F8DA 4GWOA 3SERA 4KI0E 5H8FB 5CMCA 2QRYA 1XVYA 4YB7A 4R75A 4WXJA 1FCKA 1B52A 1YTVA 1Y9UA 2IEEA 2VHAA 4EQ7A 1ZBMA 1A8EA 4YKKA 3MP8A 2DWIA 4LA9A 1MY2A 3G3JA 3MZBA 4ND9A 2FA7A 5KDTA 4YU0A 1B3EA 4OFOA 4N6PA 3TEPA 1UTHA 4I62A 1H76A 5H8QA 1MY4A 3QK6A 3N5LA 2REJA 2RC9A 1FQEA 5B7DA 4LQ2A 1MQIA 5DEXB 4GVOA 1Y1MA 1A55A 3TTNA 2VD2A 3H6UA 3PMXA 3IB2A 5CMMA 4YKPA 3TYHA 1OQGA 4EDPA 4XIGQ 2F97A 3RTWB 5H8HB 1JEUA 3E4RA 2AYSA 3U72A 4RJZA 4ZEFA 2GHBA 1N84A 4I9DA 1LB8A 4IO5A 4F2OA 2F7AA 4OENA 4JWXA 1GR2A 4TLMB 4H0WA 1VR5A 3UN6A 1A99A 5AE4A 2XXWA 4JSOA 4F1VA 1ZMGA 5FHMA 2XX8A 3HV1A 2X26A 4XKPA 4ZZEA 3L6GA 3GXAA 1IXGA 1MQJA 3HN0A 4BDRA 3OXNA 5KDTB 3FV1A 3H03A 4F19A 2Q2AA 1MY1A 1UQWA 2BJJX 4LUBA 1UTHB 5H8QB 5K2YA 1B7UA 1XVXA 1USYE 3MVZA 3O2AA 2AIXA 1IUDA 1H3DA 3K1PA 3MPLA 3FD3A 4OVJA 4ZEDA 3U93A 2B3BA 2X7PA 2DOJA 4IO2A 1MXZA 2DYXA 3OOAA 4RPOA 1YPNA 1LCTA 3ZKLA 3EPEA 4EQ9A 3LBSA 1UIVA 3EQ1A 3I3VA 1NNPA 3K02A 2ONKE 1RYXA 3HSTA 1N7XA 1US4A 1MG1A 4R73A 3B6TA 1IXCA 4F3SA 1IZ1A 1FTJA 1BLFA 3QUJA 1PDAA 2YLNA 1SYHA 4RXLA 4LZ8A 1B3FA 3MJNA 4POXA 4PFWA 4DLDA 3FXRA 1B5IA 2XXXA 1QUJA 3LSXA 3R6UA 2CZLA 4X48A 4NF5A 3FVNA 1B46A 2V84A 1TFAA 4AQ4A 3WAFA 3S2VA 2I58A 1H45A 4G68C 3TZAA 1XS5A 2B65A 2P0SA 3SETA 2OWSA 4OEUA 1MQDA 3FJ7A 2Q2CA 2HAUA 1UIUA 1FQBA 3KZGA 3DELB 1SW2A 4MLQA 2RCBA 4H1XA 3PPOA 4IB2A 3CVGA 3Q25A 1WODA 4GXSB 4GL8A 3MAMA 4DE8A 4ZDMA 4ZS9A 4E0XA 3IB1A 1JNFA 4ZEKA 1O7TA 4FE8A 3PUZE 4YMAA 4IY5A 1LBBA 3OENA 1MY3A 4OZ9A 3SEYA 3VXBA 4HCYA 3KN7A 4OETA 3PD9A 3CFLA 1D9VA 3QUFA 4U2RA 1Y3QA 3CIJA 4PFTA 4I1DA 2Y84A 4KYEA 2O68A 4LZ5A 4RNSA 1MDQA 3G3HA 1T0KA 4G68A 3C34A 1Z7ME 1URGA 4NF5B 4DXCA 5AA4A 3H6VA 3DP6A 5F7VA 3IL1B 2GRVA 4HTGA 3AXFA 3OEMA 1PBQA 3WAEA 3T93B 1FQAA 1SI1A 1JVXA 1PBPA 2ONRA 2R6GE 4H65A 1P1OA 4Q8RA 2IA4A 1SW5A 1M5CA 5I56A 4H8JA 4OWDA 2ANJA 3SEVA 2D3IA 3CFXA 1BIYA 4LP2B 2DP8A 5AA2A 5ITPA 2Z8FA 3UIFA 1QKBA 1I6AA 3R7XA 4ZEBA 1OLAA 2DWHA 2O84X 2Z23A 5I57B 1OMPA 2CMOA 4DDDA 3C9HA 4F29A 5ISUA 2HCAA 2OLBA 4X9TA 2PT1A 1S9TA 1M5BA 5JTYA 5CBSA 1SI0A 3QSLA 4JDFA 2Q89A 4MBPA 3KFMA 2XXPA 3W9VA 3IOWA 4RYAA 3IX1A 4YZZA 4KR5A 3T9HB 5AA4B 4ZZAA 3I6VA 3H3GA 5DVJA 1A54A 3VLWA 2UVGA 1M5DA 2QS4A 3MBPA 3D4CA 4X1BA 2DE2A 5CC2A 4RA1A 1EZ9A 4BDMA 3Q28A 3PMVA 5L9MA 3USDA 2ABHA 1NH8A 3RNNA 5I56B 4LQ5A 3FVKA 2ESNA 3OO7A 4H5FA 1IXIA 3VVDA 1PC3A 4DIGA 1I69A 1AMFA 3M3FA 1HSLA 3O28A 3CG1A 3O97A 3IOTA 4G77A 3U92A 4R72A 2QS2A 4FECA 4U21A 3FVGA 1MDP1 4QFKA 3KGCA 1D3KA 5JTYB 2A5TA 4GL0A 2ALUA 3VLUA 2ZYOA 3OO9A 3PMWA 3LSLA 3ZKKA 4F31B 5CMKA 4C1UA 2O7IA 3O6IA 1B3LA 2XX7A 3MUQA 3K01A 3D4GA 3LR1A 5FHOA 1ZLQA 5L8DA 3GBAA 1KWHA 4ZEIA 2XD3A 4ESWA 5TP9A 4KD5A 1B5JA 1URDA 3PU5A 3S9MC 1EU8A 1OVTA 1Y4TA 5K2XA 1GGGA 1PB7A 3HPIA 4R74A 3KEIA 1D4NA 3UA8A 4GXAA 2FNCA 3CR9A 2DXRA 4H8IA 4GQOA 5CI5A 4ISUA 3V8XB 2GH9A 4QFPA 3TPAA 1DPEA 4YKJA 4OHNA 1FW0A 4IY6A 4OYVA 3RGYA 1SBPA 4R9FA 2R9JA 4ELQA 2QSXA 4TQUQ 3DLNA 3MZ1A 1MQGA 2X7QA 2YJPA 2Y7IA 2D21A 3K1NA 4F3BA 4XKQA 4EUOA 3Q26A 1SQYA 3LSWA 1AOVA 2Q88A 4GD5A 4G8NA 2A5TB 3VFJA 4H6DA 2DQVA 5FTIA 3RPWA 1US5A 3LC8A 3VVEA 4NF6A 2UVHA 3G3GA 3VDFA 3KJTA 4R6KA 1AL3A 2V25A 1YCJA 1PEBA 3BFTA 1LCFA 3H6TA 2XHDA 1Q1KA 4F22A 4KYDA 4Q0CA 3OD7A 3QAXA 3IK6B 3SKPA 1USYH 1R6ZA 2R71A 2HZKA 2H98A 1B51A 3KN8A 3RT6B 1O64A 3PUXE 3RY3A 5TP9B 3OMBA 2NXOA 4U4XA 1HSJA 4XXUA 2I6EA 3QIMA 4PQJA 1TT1A 5M2VA 1H43A 2DE4A 2QS1A 1MH3A 1BKAA 2XXRA 4AB6A 1Y3PA 5I84A 3KG2A 1TFDA 2OZZA 3C32A 3ODBA 1POTA 3TODA 5B70A 2Z22A 3RLFE 3E3KA 3SDFA 5CBRA 4U1OA 3V83A 2I4BA 4FEBA 4RPNA 1MPDA 2I49A 5AA2D 3S9LC 1QVSA 4OFJA 3FUZA 3B6QA 2F6GA 5IKBA 3K6VA 3ECRA 5I58A 4QF9A 4NF6B 1LAFE 1S50A 3C36A 4PE5B 1II5A 4NF8A 5DYHA 3KOTA 2NOOA 2PT2A 2QL3A 3MVWA 1BTJA 1DMBA 4OQOA 4OESA 3M8UA 1N3XA 1MPCA 1ATGA 1N7WA 1OLCA 3MP6A 3EHUA 3K6WA 2H4IA 2RF1A 1B2HA 3W15C 1LAHE 2UVIA 3IJXB 4YKIA 4PETA 1B7ZA 4DZ1A 2XXTA 5I59A 3K6XA 4RY1A 2Y7RA 3M3KA 5A5XA 4OTEA 1FTMA 1XOCA 5ELVA 1LB9A 5DTBA 4P0IA 1OQHA 5DT6A 3ZS6A 4EF2A 2H5YA 1FQDA 3G3FA 1QUKA 1ZIUA 1P99A 5F1QA 1LFHA 3PD8A 4IGTA 4YMBA 3E13X 1YAEA 2V93A 4EXLA 1BP5A 1LBCA 3Q27A 5FTHA 1GVCA 1SDXA 5I58B 1M5FA 3LSFB 3TCHA 3TQWA 3TELA 4NF8B 2DSFA 3ILUB 1QKAA 4HCWA 2NWJA 1CB6A 3RQTA 1B40A 4XTCQ 2P1SA 3F11A 5JK4A 1FQCA 3FZVA 2PX1A 3CFZA 4JWYA 4EXKA 1ANFA 3C35A 4LATA 1MXXA 3VV5A 2RC8A 4FORA 4YAHX 1A7LA 3LUYA 3TUSA 4X1DA 2QJEA 3PPNA 3S9NC 3DP8A 3KBRA 1GTKA 5AA1A 4P11A 1N3WA 5I59B 3MC2A 2RCAA 5A5XB 3TKDA 1SYIA 4I8CA 5CRYA 4BLAA 3BFUA 1LFIA 2HQ0A 3KJ7A 1JW4A 2QMXA 2V3UA 3PV0E 2M8CA 5L9SA 4KFQA 1P1NA 1TXFA 1FTOA 2YPNA 4AB5A 4DXUA 2XXQA 1XHYA 4NWCA 1JW1A 2UYEA 3JV9A 3MVXA 4MLVA 4L17A 5KCJA 1ZU0A 3CSBA 3PPRA 4M4GA 1FTKA 2ZYMA 2F36A 2OWTA 3BBRA 1B5HA 1IITA 1DTZA 3TTRA 1RYOA 2H9BA 3SEWA 5J1DA 1LAXA 2F78A 5BWJA 3IB0A 4ZECA 3K0VA 4OXVA 1DOTA 1MS7A 4BDOA 3R26A 1B7HA 3OO6A 3FIRA 4F39A 3B7DA 4IO6A 1SW1A 4G68B 4EQBA 3FJGA 5JEIA 3TCFA 2A5SA 2OK2A 3TTKA 2UXAA 3UK4A 2E0SA 4FATA 2VOZA 4PFUA 3TMGA 3RUMA 4YB5A 2O1LA 2QMWA 3CSGA 4FAJA 5LOMA 3A3CA 4UA8A 5AA3A 1JQFA 2ONSA 4FEDA 4O3AA 1OVBA 1VSOA 4R2BA 1Y1ZA 4F1YA 1FQFA 4DXBA 1MM6A 2XX9A 4QSCA 2PBWA 1IIWA 4P0GA 2HAVA 3CG3A 5I2NA 1B0LA 2HEUA 1NFTA 1QJMA 2NUVA 1JW5A 1PB9A 5ITOA 5L9OA 4ZE8A 5DVIA 4H5GA 3N94A 3G3KA 2O1MA 3MQ9A 4GFRA 1B1XA 3IOVA 1LLSA 1B4ZA 5AA2B 2DE3A 3O9PA 1WVJA 4OERA 5KCJB 1LSTA 1B32A 4POWA 4QFOA 2I0BA 3GLBA 4Z0IA 4RK2A 4ESXA 3DM0A 1EZPA 3FXQA 2PYYA 2QS3A 2XXIA 3T9XB 4LONB 4N07A 3MZ9A 3FV2A 2QPQA 1JEVA 4IO4A 4R6HA 3V5AA 4F1UA 2Q8JA 1SD3A 3JYRA 1B3GA 3FATA 1MXUA 2PMSA 1OIBA 3DP4A 4KCCA 1R1NA 4G4PA 1SW4A 5H8HA 3EF7A 3K2DA 1B05A 3VE1B 2H25A 3I5OA 4QHQA 2AL5A 2F34A 1IQ7A 3N6TA 3H06B 5I2NB 2ZNUA 3MWBA 1GV8A 3SEXA 3PGFA 2Z8EA 1MM7A 2O7UA 3IR1A 3A3UA 3OELA 4UACA 3UP9A 4GIZA 3IJOB 4ONYA 5CMBA 1NNFA 3SESA 3CI8A 1IEJA 4RK9A 1EH3A 3KSJA 4C0RA 2O6AA 3C31A 4Q5TA 2F6PA 4JB7A 1P1WA 3O66A 2Q9TA 2GHAA 2I4CA 2G29A 4IGRA 5H8NA 4R6YA 3EHSA 4MF3A 2I48A 1QUIA 2REGA 1MXVA 4HW8A 4KCDA 2F7CA 4KPTA 3W9WA 4F2QA 3MW0A 1NNTA 4KHZE 3VXCA 3G3IA 2D5WA 2Y7KA 2I0CA 3KOSA 2W7YA 1B1HA 1ELJA 5EHSA 1O63A 4NE4A 3TDJA 1N76A 2VD3A 2OJTA 1NNKA 3EHTA 4KQPA 3PPQA 4U1ZA 3MPKA 2VP1A 2HFBA 3RN8A 1P1QA 4G2ZA 1ZTYA 2LAOA 1ZKBA 4OFLA 2Z8DA 4EF1A 2F7BA 1MY0A 3OSRA 4NF4A 1XT8A 1SVXB 4R9GA 1DSNA 4JBZA 4YICA 3U94A 2UYFA 1B4HA 1A40A 1H44A 3T9VA 3IO4A 2E1SA 3HO7A 3THIA 3B6WA 1VFDA 3C4MA 4M1VA 5DVFA 4IO3A 5BUUA 1IXHA 4O3CA 3O6GA 1RKMA 5HPQA 5H8NB 4THIA 4O3BA 3KSXA 1B6HA 2PVUA 3IAZA 2I3WA 4R2FA 1B0HA 1MXYA 3QYTA 4NEDA 1AIVA 4U23A 3HCQA 1MRPA 1MQHA 3MP1A 2DWJA 4GLIA 4GOTA 4MH5A 2ZXTA 2DWAA 3KN3A 1M5EA 1AH5A 3T96B 1F9BA 4NTLA 5CM6A 4LZ7A 1PB8A 5TPAA 3U1OA 1Q35A 2DXYA 2XXUA 3OSQA 4N13A 3RT8A 1QW0A 1B58A 1MXWA 3V89B 3RTFB 2ZYKA 2P2AA 4NF4B 3FVOA 3TTLA 2XXYA 4MFIA 1JETA 2OBGA 2WKYA 5ICQA 3UGWA 4TOZA 4ZE9A 3T9UA 4DCXA 3K6UA 5KZTA 3SEUA 3A09A 1ZJLA 1L5TA 1R9LA 1B3HA 3UORA 3H6WA 1FTLA 1I6QA 3MVYA 3QXMA 4XKNA 4H67A 2F35A 1LGBC 2HXWA 3IO6A 3S4UA 2GFEA 1QULA 1UTBA 2G93A 4HS7A 1HSEA 5EHMA 5HM4B 4JSDA 4NMYA 4NWDA 2XD2A 3PUWE 2Y7PA 3K00A 2ZYNA 2XXHA 4TLLB 3T22A 4LVQA 1VFEA 3BKIB 4WEPA 3TCGA 5I57A 1N0TA 4QFLA 3HHFA 1POY1 2VGQA 3JZJA 4FJPA 3N6UA 3HHGA 5TPAB 2ZNSA 3M3LA 2XXVA 3OO8A 3ONMA 2RKMA 1N04A 3E9XA 4QFNA 4WKMA 1I6BA 3PUYE 3S9EA 3H7MA 2V3TA 3K1MA 1TWYA 4DCYA 2DVCA 3K4UA 3O6HA 2I3VA 3TQLA 2DVZA 4BDLA 4PP0A 3H4ZA 4KYSA 1LAGE 4U22A 4G8MA 4XKRA 1VE4A 4ELRA 4WEDA 1D9YA 1Z7NE 5HBCA 3TFLA 1UTBB 4GRKA 4JXIA 3O29A 3TAJA 1DTGA 1J1NA 1NMUA 4G8HA 4F3GA 1WDNA 3ZSFA 5H8SA 4F18A 3TTMA 4PFYA 3GZGA 1NH7A 3CRBA 4BDNA 4ECFA 4Z7EA 2RINA 3C33A 4Q30B 1MPBA 3U8QA 3VLVA 3IORA 4ELOA 4OMBA 4IO7A 1Y4CA 1A8FA 2H99A 3OEKA 2KLFA 5I2KA 1Y20A 2ZMBA 4FIMA 3EN3A 4OEVA 3FGSA 5H8FA 3GBBA 2F5XA 4QSDA 2UVJA 4K3FA 5FHNA 2FYIA 1JVYA 1LFGA 4YB6A 5EYFA 3VVFA 3FXUA 2V3QA 4GF8A 2OCUA 3FASA 2HZLA 1B9JA 3IOUA 4ELPA 1XC1A 5ICTA 2THIA 2DS9A 1MH4A 1Y3NA 4C1TA 3P7IA 5TU0A 4F3PA 3L6HA 2RC7A 3T66A 2Y7WA 4BDQA 4U4SA 1NL5A 4QSEA 5IAIA 2O51A 1URSA 1NKXA 2AL4A 3G7WA 2NVUB 5DEXA 3Q29A 4JWOA 2B3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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