4IB2A

Crystal structure of a putative lipoprotein (rumgna_00858) from ruminococcus gnavus atcc 29149 at 1.76 a resolution
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
SSEDAKTIKVAASATPHAEILEQAKSILKKEGYQLEVTVFDDYVQPNEVVESGEFDANYFQHVPYLESFNEEKGTHLVDAGDIHYEPFGIYPGTKKSLDEISEGDKIAVPNDTTNEARALLLLQDNGIITLKDGAGLNATVNDIEENPYNVEIVELEAAQVARVTGETAYVVLNGNYALEAGYSVAKDALAYEKSDSEAAKTYVNIIAVKEGNEKEEKIQALVKALKSDEIKEYIEKTYDGAVIPFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Ruminococcus gnavus
publication title Crystal structure of a putative lipoprotein (RUMGNA_00858) from Ruminococcus gnavus ATCC 29149 at 1.76 A resolution
rcsb
molecule keywords Putative Lipoprotein
total genus 84
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ib2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ib2A02
3LSWA 3UP9A 4ZZAA 3PU5A 4OMBA 5K2XA 1XVYA 2XXIA 2YJPA 4ZDMA 4KYSA 4F31B 1P1OA 3TTKA 4DLDA 1BTJA 1FTKA 3IR1A 4TOZA 1DPEA 4JXIA 5I2KA 2Q8JA 4BDQA 2HZKA 4F3SA 3UIFA 3TTMA 3TCFA 3DM0A 4IY6A 5K2YA 4OZ9A 3T9XB 3FVGA 4MH5A 3C9HA 4X9TA 3QSLA 4GQOA 3L6GA 5TP9B 3N5LA 1MDQA 1D4NA 1SW2A 1OLAA 2Z23A 3O9PA 2F78A 3Q27A 2XXWA 1N7XA 4PFTA 4EQBA 5ELVA 5CBRA 3K1PA 1B40A 1PBPA 4POXA 4LZ8A 3JYRA 2O1LA 3B6TA 3KJ7A 2DYXA 4JDFA 4QHQA 3ZKKA 5TU0A 5ISUA 3MAMA 3USDA 3IX1A 3G7WA 2F36A 3D4GA 3KG2A 3TPAA 3QK6A 3TFLA 3MQ9A 3G3HA 3FATA 3VVDA 2VP1A 2XXXA 3G3GA 3PPPA 1DPPA 4M4GA 2VHAA 3SEYA 3FXQA 4RXLA 4LVQA 4LATA 4PP0A 3OO9A 4XKRA 2UVJA 4R75A 2PT2A 3LC8A 1B32A 4ND9A 1N04A 4FAJA 3ECRA 4NF8A 2OBGA 3MWBA 1M5DA 3MP6A 2HAUA 1B4HA 3A09A 3VXCA 3PUVE 3G3KA 4I8CA 1LB9A 5EHSA 1N3XA 2GHBA 2H99A 3IOUA 2AL5A 1UTHA 2HAVA 2OCUA 1GR2A 4PE5B 3QYTA 3ZS6A 3D4CA 4IGRA 1MXXA 4OYVA 1R6ZA 1NNFA 3O66A 2H25A 3K01A 4KYDA 1NKXA 5CI5A 4G8MA 4H8IA 4H6DA 3ODBA 4YKJA 2NVUB 2I3VA 2XXUA 4H5GA 3BBRA 2FYIA 4C1TA 2O68A 1Z7ME 4LQ2A 1WVJA 1EZPA 3Q28A 2ZNSA 4BDNA 2ABHA 3RNNA 3LSXA 3OO7A 1B2HA 1B3EA 4QSCA 2B65A 4POWA 1MM6A 1LBBA 4LONB 3DP8A 3K1MA 4MLQA 2I6EA 4JBZA 2HFBA 1M5FA 2XD3A 2O6AA 3TCGA 1N3WA 2HZLA 3TTNA 3OSQA 5FTIA 2OWSA 1OQHA 4QFOA 4JWYA 3K00A 2DWJA 5L9SA 3EHUA 2Q88A 3VDFA 1B3GA 1B4ZA 2P2AA 2D5WA 1O7TA 4U21A 4YKIA 2QSXA 4P0IA 2F5XA 3CRBA 2V25A 3TMGA 5H8QB 3MPKA 3EPEA 3I3VA 1LAGE 3E4RA 1MXZA 3PMXA 1JETA 3N6UA 3IAZA 1FCKA 3CSBA 2DE4A 4AQ4A 1CE2A 4C1UA 2YLNA 4NF6B 3PMVA 1B0LA 1IXIA 3CFZA 4OXVA 3FJGA 2DWHA 4ELPA 1USYH 1TT1A 1IITA 3GZGA 4ZEFA 2W7YA 2QMWA 4RK9A 3TTLA 1B3FA 2KLFA 2UXAA 4DDDA 4ELRA 1XC1A 3JV9A 5M2VA 5I59A 4H1XA 4LP2B 2ALUA 3PPNA 1Y20A 1QJMA 3IB2A 5IAIA 1KWHA 4XIGQ 3ONMA 5H8FA 3C35A 1SQYA 3T9UA 1B7ZA 1P1QA 2VD2A 1AOVA 3MVYA 1WDNA 3H06B 3CSGA 5HPQA 1GTKA 4YMAA 1US4A 4NF4A 3W9VA 1FW0A 2GFEA 1Y1MA 4JSDA 3FD3A 2O51A 1VFEA 3KOTA 2OWTA 4F19A 5I2KB 3HPIA 2QS3A 1TFAA 1ZU0A 2BJJX 5HBCA 1H44A 3PPQA 4JB7A 1ZKBA 3EQ1A 2DXYA 3Q25A 3MBPA 1ZBMA 1B3HA 2UVIA 2F7CA 5CBSA 1I6AA 4QF9A 1S7YA 4EUOA 4GRKA 2DSFA 2V93A 2NOOA 3U72A 3EN3A 3G3FA 4X1DA 5B70A 3UA8A 3ZKLA 2WKYA 1ANFA 1SBPA 3T22A 3M3KA 4LA9A 5F7VA 4AB5A 4GF8A 1QUJA 4IO2A 1MRPA 1OQGA 4THIA 2H4IA 4HCYA 4RPNA 1OVTA 1HSEA 3C36A 5AA2A 3V83A 2XXRA 1SD3A 4NWCA 1P1UA 4QFNA 4O3AA 4EF2A 3V5AA 3PUWE 5I84A 3KN3A 1MY0A 4F1VA 4U1ZA 5IKBA 1P99A 4Q5TA 3KEIA 4NF8B 5AA2D 2VOZA 4EDPA 4OQOA 3U93A 1N0TA 1LAXA 3MJNA 4KCDA 3HV1A 1MY3A 1MQHA 2XXPA 3DP4A 1D3KA 1UTHB 4QFPA 3AXFA 4GD5A 1H3DA 3QXMA 4RNSA 3THIA 3OELA 3GXAA 3SEXA 3SEUA 5FTHA 4FE8A 2ZMBA 3U94A 4GL0A 5DVJA 2OZZA 5L9OA 2QS1A 4ECFA 4FJPA 1LB8A 1PEBA 4OFJA 1XHYA 5L9MA 3RT8A 2UYEA 1RYXA 3KGCA 3MW0A 3E9XA 1FTMA 3KN8A 5LOMA 4E0WA 2AL4A 2I4CA 4P11A 5ITOA 1LSTA 3H6WA 1R9LA 3RQTA 4OVJA 1OVBA 4F3GA 4GVOA 2Y7RA 5CMCA 3H03A 2M8CA 3T9HB 4XTCQ 5JTYA 4ZEBA 1A8EA 2E0SA 4Z0IA 4IO5A 4M1VA 3OO8A 4PFUA 4YZZA 5H8HA 3Q26A 3LSLA 1FQCA 1LFIA 2X26A 5A5XA 3CR9A 3K02A 1JEVA 2I3WA 3W15C 4ZE9A 3H6TA 1XVXA 2ZYOA 3M8UA 4NMYA 1O63A 1MXVA 4OHNA 3IJXB 2R9JA 4GFRA 4ZE8A 1J1NA 3SESA 4RYAA 2QPQA 5I2NA 3E3KA 4X1BA 4PFYA 2P1SA 5AA1A 4OERA 3KN7A 3GBAA 4C0RA 4H5FA 1URGA 4KCCA 1DTGA 2VGQA 1B6HA 1TWYA 3IOWA 5AA4A 1XOCA 4F3BA 1T0KA 3SKPA 3O2AA 3O6GA 3K0VA 2H9BA 4RJZA 5HM4B 3S4UA 4IO3A 3K6VA 2UVHA 1QULA 5FHOA 3UGWA 1NH7A 3EHTA 4F1YA 2RINA 4F3PA 4ESWA 4LQ5A 5H8SA 1LLSA 2PT1A 3S9NC 2F7BA 4PFWA 2OK2A 3MZ1A 1I6QA 2B3FA 3T96B 2PVUA 1Y3PA 1Y3QA 2HQ0A 3QUJA 4R73A 4PETA 3S9EA 1PBQA 1FQDA 1MXWA 5I59B 3MC2A 3MP8A 5F1QA 5H8FB 1MY1A 3TEPA 2QMXA 1UIVA 1B51A 3C31A 4OESA 3IB0A 1IUDA 2V3UA 1DMBA 2A5TA 2FA7A 1N84A 4NF4B 3SETA 1TXFA 3VLVA 4ZEIA 3O6HA 1IXGA 1S50A 5KCJA 2I48A 2O1MA 4U2RA 2REJA 1NL5A 1PB8A 1BIYA 1RKMA 4KQPA 3PPRA 2X7PA 3CIJA 4JWXA 1NMUA 3PUXE 4BDOA 1NFTA 2Z8FA 3TQWA 3PD9A 2DE2A 3H3GA 4WXJA 3OO6A 4FEDA 1UTBA 4HW8A 1JVXA 1Y4CA 3C32A 5BWJA 3IO4A 5FHNA 2DWAA 1B9JA 2CZLA 4DCXA 3TTRA 3KBRA 3VV5A 4MLVA 2RCBA 2HCAA 4HCWA 2XX9A 3M3FA 3VFJA 3VLUA 4ESXA 4FEBA 4QSDA 2X7QA 4YKKA 2XXTA 4N6PA 3BKIB 4RPOA 3V8XB 5DEXA 4NE4A 2OLBA 1GGGA 3EHSA 2V3QA 3VVEA 2XHDA 3H4ZA 3QIMA 5AA2B 4EXLA 4GXSB 1GVCA 4MFIA 4JSOA 4LZ5A 3KSJA 3IO6A 4R74A 1N7WA 4YMBA 3I5OA 2A5SA 5JK4A 2UYFA 4IO4A 2Q89A 2ONSA 1IQ7A 4H8JA 1GV8A 4R6HA 1QUIA 1YTVA 2NUVA 4BDRA 4RA1A 3R6UA 4L17A 4RK2A 3EF7A 5KZTA 3MZBA 4QFLA 3TODA 2RC8A 2H5YA 3N94A 2D3IA 1DTZA 2QJEA 1JVYA 2G29A 2D21A 3OEKA 1SW4A 3O6IA 3TYHA 2F7AA 3CG1A 1LGBC 1QKBA 2VD3A 3K6WA 1SYHA 3Q29A 4KR5A 4ONYA 3DLNA 2ZYMA 1UIUA 1XT8A 2O7IA 2H98A 1EZ9A 5ICTA 3A3UA 4NTLA 3IOTA 1OIBA 4F2QA 2ZNUA 4RY1A 1MG1A 1SW5A 1B1HA 5I58A 1LFGA 1VFDA 3G3IA 3FXRA 4G68A 3WAFA 4XKQA 3H7MA 4NWDA 1JW4A 2GRVA 5JTYB 3CFXA 5H8HB 1POY1 1OMPA 4E0XA 3SERA 3FV2A 5A5XB 3PMWA 4P0GA 4BDLA 5CM6A 1H76A 2F6PA 4ZEDA 4NEDA 5H8NA 3V89B 4QFKA 1A40A 4IY5A 4GL8A 2V3TA 3IK6B 4FORA 5AA3A 1Y9UA 4U23A 4I9DA 5CRYA 3SEWA 3FIRA 1SDXA 4ZEKA 3C33A 2DS9A 5TPAA 1Q35A 1A99A 4IGTA 5AA4B 4MBPA 3W9WA 1MQDA 2AYSA 3FVNA 1FQFA 1LBCA 2AIXA 1JW1A 4OETA 5DYHA 3ILTB 5ITPA 4R9GA 1MXUA 1AIVA 4AB6A 5CMKA 3HO7A 2NWJA 4OTEA 1VR5A 1I6BA 3RY3A 3FJMA 3K2DA 1IZ1A 4DXCA 3O29A 4R2BA 3PUYE 1L5TA 1FQEA 4WEPA 2DP8A 4F2OA 1RYOA 3U8QA 1NNKA 5I56A 5CMMA 4YB6A 1POTA 2Y7KA 2A5TB 3I6VA 1H45A 4EQ7A 1BLFA 1IXCA 2ONRA 1MM7A 1QVSA 5KCJB 1B3LA 2XXQA 3RT6B 4Q30B 3K4UA 4TLMB 1NH8A 3ZSFA 1SW1A 2ANJA 1IIWA 4U22A 3FZVA 2XXYA 1JQFA 2Q2CA 3FV1A 1B05A 2Y7IA 3HHFA 3MPLA 3IJOB 4UACA 1XS5A 1LCFA 4OFLA 1UTBB 4PQJA 5KDTA 2Q2AA 4OENA 4I62A 3K6XA 2Z8EA 4KI0E 2XXHA 4DXUA 4Q8RA 4KHZE 1MQGA 3U1OA 3B6QA 3SEVA 3OXNA 1JNFA 1BKAA 2XX8A 2F35A 4KPTA 2IEEA 4IO6A 2E1SA 4EF1A 5DEXB 3N6TA 2O69A 2ONKE 2Y7PA 4U4XA 4R72A 3T9VA 5BUUA 4DE8A 5EYFA 1EU8A 1ZLQA 4NF5A 2Z22A 1BP5A 3F11A 4F1UA 1FTLA 3K6UA 2XD2A 4GLIA 2F8DA 3DELB 3KOSA 1B46A 1A55A 1A8FA 1S9TA 4OFOA 3B7DA 5I57A 2DQVA 2RKMA 1ZJLA 1B5JA 1M5BA 4OEVA 1AL3A 4KYEA 3IOVA 2B3BA 3MVWA 1EZOA 4WEDA 1B5HA 3KSXA 1YAEA 1F9BA 3RTFB 4N07A 2DVCA 2ZXTA 4LZ7A 3O97A 2F6GA 1MXYA 3FXUA 4R9FA 1HSJA 2PBWA 2Y7WA 1MPDA 5DT6A 2F34A 1ZTYA 2RC9A 1UQWA 2PMSA 2HXWA 2FNCA 3WAEA 1B7UA 2DE3A 2Y84A 1H43A 3RPWA 4YAHX 3KFMA 2I0CA 4DIGA 4BLAA 3T66A 4O3CA 2O84X 1AMFA 3C34A 2QS4A 3TZAA 1DSNA 1URSA 1Y4TA 3P7IA 4YKPA 1PB9A 2GHAA 1VE4A 3CG3A 4F18A 1D9VA 5I58B 1P1NA 1LAHE 4G68B 3MUQA 4FECA 1LFHA 2I0BA 3MP1A 2P0SA 1B5IA 4OWDA 2LAOA 3OENA 3OEMA 5DVFA 5CMBA 3RN8A 4U4SA 1B58A 1FTOA 3CVGA 4XXUA 1B52A 4KFQA 4H67A 5TP9A 3PV0E 4R6KA 2O7UA 3TCHA 4FIMA 5H8NB 3CFLA 5JEIA 4F29A 5EHMA 1SVXB 4KD5A 2F97A 1Y1ZA 4QSEA 2I49A 2G93A 3PGFA 4EQ9A 1HSLA 5AE4A 1MY2A 2R6GE 4G8NA 4DZ1A 1D9YA 3PD8A 3S2VA 2QL3A 2RCAA 3GBBA 1NNPA 4YB7A 4H65A 5TPAB 4G4PA 1LCTA 1MPCA 3DP6A 4G2ZA 1MS7A 1MQJA 1MDP1 3HCQA 3R26A 3RTWB 1DOTA 1US5A 4GWOA 3S9LC 1WODA 3VLWA 4I1DA 3FGSA 3FVKA 1N76A 2QRYA 2CMOA 4ISUA 1A54A 1ZMGA 1PB7A 2ESNA 2DOJA 3MVXA 3PPOA 3IB1A 1B0HA 1ELJA 3O28A 1SYIA 1QKAA 2DVZA 4YICA 4ZS9A 3RGYA 4G8HA 2OJTA 4O3BA 3RLFE 1VSOA 2XX7A 1AH5A 1A7LA 4YU0A 3M3LA 1TFDA 4H0WA 2DWIA 3VE1B 5I56B 1OLCA 4R2FA 3S9MC 2ZNTA 4G68C 1M5CA 3IORA 1SI0A 3OMBA 5DTBA 2I4BA 3K1NA 1FQBA 5L8DA 4F39A 4ZECA 3LUYA 4U1OA 4G77A 1FTJA 3LBSA 3ILUB 3B6WA 1PDAA 1YPNA 2Q9TA 1JW5A 3VXBA 3U92A 2THIA 4N13A 4UA8A 2IA4A 3A3CA 4GOTA 3MVZA 5CC2A 4LUBA 1B1XA 1IEJA 2REGA 1I69A 4ELQA 4JWOA 3JZJA 3UN6A 1ATGA 4X48A 1NNTA 4Z7EA 4BDMA 4XKPA 1IXHA 4IB2A 1PC3A 4TQUQ 1R1NA 4GIZA 2RF1A 5KDTB 4TLLB 1MPBA 3N26A 2XXVA 3FASA 1CB6A 4OEUA 5FHMA 3TUSA 3FVOA 3OD7A 4Q0CA 1Y3NA 3TAJA 4HS7A 3OOAA 3QAXA 3PUZE 4R6YA 3TQLA 5I2NB 3CI8A 4DXBA 3KJTA 5DVIA 1Q1KA 3QUFA 3LR1A 2YPNA 3H6UA 2Z8DA 3RUMA 2HEUA 1USYE 3HN0A 2ZYNA 3GLBA 2PYYA 3LSFB 3R7XA 4EXKA 1Z7NE 3HSTA 3H6VA 4NF5B 2DXRA 2V84A 4QRZA 1P1WA 1MH3A 3UK4A 4F22A 5H8QA 3BFTA 3MZ9A 3TDJA 1II5A 2UVGA 4MF3A 1R9QA 1B7HA 3IL1B 4FATA 5I57B 3T93B 1URDA 1JEUA 4NF6A 1SI1A 3G3JA 4YB5A 3UORA 2QS2A 1O64A 4IO7A 1MH4A 3C4MA 4GXAA 5J1DA 1MQIA 2GH9A 3SDFA 4WKMA 4XKNA 4K3FA 5ICQA 1FQAA 3E13X 2R71A 1M5EA 4DCYA 1ZIUA 3OSRA 1YCJA 3L6HA 4ELOA 3FUZA 1QUKA 2PX1A 3BFUA 2ZYKA 3HHGA 4HTGA 3VVFA 1LAFE 4ZZEA 3TKDA 1QW0A 2I58A 5B7DA 1EH3A 3TELA 2NXOA 1MY4A 2RC7A 3KZGA 3FJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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