4IB2A

Crystal structure of a putative lipoprotein (rumgna_00858) from ruminococcus gnavus atcc 29149 at 1.76 a resolution
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
SSEDAKTIKVAASATPHAEILEQAKSILKKEGYQLEVTVFDDYVQPNEVVESGEFDANYFQHVPYLESFNEEKGTHLVDAGDIHYEPFGIYPGTKKSLDEISEGDKIAVPNDTTNEARALLLLQDNGIITLKDGAGLNATVNDIEENPYNVEIVELEAAQVARVTGETAYVVLNGNYALEAGYSVAKDALAYEKSDSEAAKTYVNIIAVKEGNEKEEKIQALVKALKSDEIKEYIEKTYDGAVIPFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Putative Lipoprotein
publication title Crystal structure of a putative lipoprotein (RUMGNA_00858) from Ruminococcus gnavus ATCC 29149 at 1.76 A resolution
rcsb
source organism Ruminococcus gnavus
molecule tags Transport protein
total genus 84
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ib2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ib2A02
5DT6A 4GL0A 1MXXA 2F6PA 2DVZA 4G4PA 1OVTA 1NNFA 1SI0A 5CBSA 3FVGA 3VLWA 3H06B 4F19A 4PQJA 1LAXA 1SYIA 1B3GA 2R9JA 3QYTA 4HTGA 4AB5A 4MLVA 3T93B 4FAJA 5JTYA 4XXUA 1MDQA 4IO4A 1AMFA 4ZEBA 4I9DA 1II5A 1LBBA 2DVCA 4OERA 4F3GA 3MC2A 2O1LA 1O63A 4F3PA 2XXTA 1B52A 4KYEA 3ONMA 2ZYNA 4LQ5A 1USYE 2HAVA 4QF9A 1LFIA 3MVYA 3KN7A 2F7AA 1IXHA 5EYFA 1A40A 2ANJA 4ZEFA 1IITA 1QW0A 4NF6B 3E3KA 4BDQA 4OENA 1B46A 2ZNUA 1PB8A 4ESWA 2X26A 4P0GA 2UYFA 1P99A 5TP9A 3I5OA 2E1SA 4KHZE 4IO3A 3DM0A 4KYSA 4GOTA 4QFKA 2A5SA 4F22A 2I4BA 3CRBA 1A99A 3UORA 3MJNA 1AH5A 1MQIA 4YKKA 4YKPA 1N76A 4GD5A 5CMKA 4KCCA 1FTOA 3U1OA 3Q26A 1Y4CA 4EQ9A 2O1MA 3KFMA 3SEXA 5JEIA 1ZMGA 1DTZA 2H98A 4TQUQ 3O6HA 2V3UA 3IJXB 5FHNA 3MP1A 3W9VA 4NF5A 2XXQA 2RC7A 1MY3A 4RK2A 2XD3A 3ODBA 3LR1A 3KSJA 1I6QA 4DCYA 2DXYA 2QRYA 5AA4A 3KJTA 4NWCA 3KJ7A 4WEPA 3IJOB 1LLSA 4C0RA 1I6AA 1ZJLA 4U4XA 3RN8A 4MLQA 1UQWA 1OVBA 3N6UA 1MQHA 1MXYA 3CSGA 2P2AA 1PB9A 3CFZA 3PUVE 4FJPA 3JV9A 2NUVA 1EH3A 3G3HA 5ITPA 2XHDA 4PETA 4OWDA 5KDTB 3TUSA 3T96B 4EQBA 3MZBA 3R26A 1TT1A 3C4MA 2LAOA 3VLUA 4DE8A 3ZKKA 1NFTA 4JDFA 3I6VA 3M3FA 3LC8A 5CMBA 5ISUA 2QMXA 4YICA 3LSFB 3FJMA 4GXSB 4RXLA 1B1HA 3FGSA 3RQTA 1GVCA 2UVJA 2I3WA 1R1NA 3T22A 5I2NA 3O97A 3RTFB 4F1YA 4PE5B 4POWA 3RPWA 1JVXA 2FYIA 1SDXA 4OFJA 5B70A 4YKJA 1TWYA 1B3LA 3Q28A 1XHYA 3U94A 5KZTA 4ZZAA 1B32A 1I69A 1UIVA 3IK6B 3K2DA 1LCFA 1MH4A 2CZLA 1AL3A 3OD7A 3TPAA 3GZGA 1LBCA 4THIA 2D3IA 3HN0A 2GRVA 4TOZA 1CB6A 1SD3A 4MF3A 1B6HA 5DYHA 2P0SA 3I3VA 4IGTA 3HSTA 1POTA 4HCWA 3K00A 4U22A 5I84A 3FV2A 4R6HA 1ZBMA 2RC8A 1FQEA 2H5YA 4JWOA 3MPLA 1LB9A 3RNNA 3V83A 3P7IA 4U23A 3SDFA 3PV0E 3TYHA 2PMSA 3CIJA 4HW8A 3T9XB 4H67A 2HEUA 3Q25A 3K6VA 2V84A 3N6TA 1LAFE 1PDAA 1ANFA 2I4CA 3S9EA 4FE8A 3QAXA 1US5A 1POY1 3S2VA 1NNPA 3C36A 5TPAB 4H5GA 1B2HA 4OMBA 1GGGA 5JTYB 4ISUA 4XIGQ 3C9HA 3G3KA 3QXMA 3TTKA 3AXFA 4FEBA 5F7VA 2PBWA 5I56B 1Y20A 4LUBA 4IO2A 5FTIA 4OFOA 3FZVA 2OWTA 1JEUA 3UK4A 4I8CA 1IZ1A 2XX7A 5KDTA 1ATGA 1XC1A 4BDRA 1B3EA 3HCQA 4G8NA 3TEPA 4JSDA 4QSEA 1A8FA 3QSLA 4NF8B 1XVXA 1H3DA 2Y7WA 4F1UA 4TLMB 4H8IA 1MPBA 3V89B 4OEUA 3G3FA 4XKPA 4H6DA 1MQGA 3O66A 5BWJA 1M5CA 3KSXA 3Q29A 5TP9B 2H9BA 4AB6A 2AIXA 1SVXB 5IKBA 2QS4A 2NWJA 4QFPA 1LAGE 1HSLA 4DIGA 5I59B 1FQDA 1B7HA 4OYVA 4ECFA 1O64A 2O7IA 1IXGA 1LAHE 4QFOA 2QS3A 2ZYMA 2ONSA 3CFXA 4F3SA 2OLBA 4GXAA 3GBBA 3K1NA 4GLIA 1A8EA 4N6PA 5AA2D 2I3VA 1QUJA 2OJTA 1WDNA 1IXIA 1JW4A 1QULA 3SERA 4OESA 1T0KA 1P1NA 2B3FA 1FQBA 2ALUA 1B5JA 3ILUB 1JQFA 5AA4B 3C31A 5CM6A 2I6EA 1DMBA 3KEIA 5KCJA 4DZ1A 4F39A 2REJA 2Z8FA 3O2AA 4XTCQ 2ZYKA 1JVYA 4KFQA 1MXZA 5TPAA 3H6WA 5L9MA 2D5WA 4ZZEA 1FQAA 3K02A 2GH9A 5K2XA 4H8JA 1N0TA 3KN3A 1GR2A 2M8CA 3BFUA 1H45A 1NH7A 5I56A 5CI5A 3WAFA 5B7DA 4G2ZA 3VE1B 3D4GA 4WXJA 1BLFA 1MY4A 3FD3A 3C33A 4R6KA 4KD5A 1Y1ZA 5I2NB 4IY6A 4O3AA 4FIMA 1DPEA 1VFEA 5AE4A 3U93A 1N3XA 3RGYA 2YJPA 3O9PA 3ECRA 1MM7A 3TCFA 1Y3NA 4NF8A 4HS7A 1P1WA 4HCYA 1QUIA 1SW2A 1MXUA 1FTKA 1PEBA 3K6XA 4G68C 1Y3PA 4FATA 4LZ5A 4YB7A 3BFTA 5TU0A 2YLNA 2Q8JA 1FTLA 3S9MC 4GIZA 2O7UA 2RC9A 1QUKA 1D3KA 5DTBA 4BDNA 1VR5A 2GHBA 2DWHA 2F6GA 3FJGA 2R71A 1LB8A 5I59A 2HAUA 2VGQA 3O6GA 1A54A 4EQ7A 5AA3A 2Z22A 2REGA 4YMBA 2QS1A 3VXBA 5H8NB 2DYXA 3DP6A 2RKMA 1US4A 2VP1A 1B3HA 2NOOA 3T9VA 1OLCA 4ZS9A 3B6WA 1BKAA 1S9TA 1B7ZA 3K6UA 3FXRA 3H6TA 4N13A 4R72A 4X1BA 4EDPA 1MXVA 3CFLA 4ZE8A 3D4CA 3KOTA 4PFUA 1B0HA 2CMOA 3KN8A 1OMPA 3PPNA 4JSOA 1RYXA 1QJMA 3O29A 1OQHA 3G3GA 4MBPA 1GV8A 4NWDA 4QSDA 3MAMA 4IO6A 3TTRA 2HFBA 2Y7PA 3ILTB 3FVKA 1EZ9A 1B40A 1URGA 3K6WA 4KCDA 1NNTA 1OQGA 3G3IA 2Y7RA 3FUZA 4WEDA 3C32A 4KR5A 5DVJA 4R6YA 3S4UA 4EF2A 3VVFA 4H65A 3OXNA 1FTJA 4OZ9A 3H3GA 5H8QA 1EZPA 1P1QA 4NEDA 3ZSFA 2OK2A 2DE2A 3GLBA 2W7YA 4N07A 3THIA 2AL4A 1HSJA 4F29A 4GL8A 3DP8A 3ZKLA 3C34A 4LATA 1TFAA 1QKAA 4E0XA 5K2YA 1MG1A 1JETA 3U8QA 1UTHB 2UVHA 4BDMA 1NH8A 4FEDA 1MPDA 4I62A 5IAIA 4P11A 3OSQA 1ZKBA 4ZEKA 3MBPA 3IO4A 1WVJA 1Y1MA 2FNCA 4YKIA 2THIA 2NVUB 2G93A 1D9YA 2DSFA 2V93A 5DVFA 2IA4A 4QFLA 4GVOA 5FHMA 4KQPA 4R73A 3HHFA 2PVUA 3HO7A 1EU8A 3O6IA 4RPNA 1AIVA 1N3WA 1R9QA 3PPOA 4M4GA 1DPPA 3U72A 4U21A 2WKYA 4RA1A 1SBPA 3A3UA 4JB7A 2GFEA 2DXRA 1H76A 5H8NA 3B7DA 2AL5A 4Q5TA 1AOVA 1BTJA 4LZ7A 3H6UA 3PUXE 4GWOA 1VE4A 5A5XA 4UA8A 4RY1A 1JW1A 2I48A 3N26A 3OO8A 4LONB 1YCJA 1RYOA 2VD2A 5KCJB 4R75A 3V5AA 3Q27A 3FJ7A 4ZDMA 1B5IA 1N7WA 1JEVA 4PFTA 1MM6A 2D21A 3H4ZA 2ONKE 3A3CA 4C1UA 1XT8A 2UYEA 3SEVA 5EHMA 4NMYA 1B0LA 2XD2A 1HSEA 1B7UA 3FXUA 3IOVA 1B4ZA 2HQ0A 5M2VA 4ND9A 2XXRA 2B3BA 1BIYA 3MPKA 4LVQA 2I58A 1URDA 3TTMA 4YMAA 4RPOA 2AYSA 3PGFA 2F97A 4OVJA 2OWSA 1CE2A 1A55A 5HBCA 1NMUA 4DXBA 3IB1A 2ZMBA 3L6GA 2PT2A 1XVYA 2F34A 2OCUA 4ZECA 1Y9UA 3TTLA 2RINA 1UTHA 2KLFA 2PX1A 3K4UA 1MY2A 5DEXB 1SI1A 3QIMA 2O6AA 2O51A 2A5TB 4I1DA 5L9SA 3OO6A 2DS9A 1MQJA 2I0BA 4IGRA 4R2BA 5CRYA 1PB7A 3W15C 3HPIA 4E0WA 1B51A 2XXYA 3EPEA 3OEKA 4F31B 1DOTA 4GF8A 3W9WA 5HM4B 1QKBA 3HHGA 1SYHA 1QVSA 3CSBA 4OHNA 4ONYA 5CC2A 1R9LA 1DSNA 4NTLA 1URSA 3MZ9A 1R6ZA 1MXWA 2F8DA 2XXIA 3SKPA 3RTWB 3PUYE 3IAZA 3SEUA 1EZOA 1MPCA 4RJZA 2QS2A 4ELQA 1B58A 2Y7IA 3EN3A 5H8HB 2ZXTA 3H7MA 3MWBA 4FORA 2Z8DA 2V3QA 3A09A 3FATA 4YB6A 3CG3A 4EUOA 3JYRA 2XXPA 3C35A 2P1SA 2DWJA 3PPQA 1RKMA 1D4NA 5I2KA 1TFDA 5H8SA 1SW4A 3UA8A 3DELB 1ZIUA 3MVWA 3K1PA 3V8XB 2PYYA 3MUQA 2H99A 3UP9A 5H8QB 1GTKA 3WAEA 1B5HA 2F78A 4G68A 1LSTA 4POXA 2I0CA 2OZZA 1O7TA 3CR9A 4X48A 4F3BA 4LZ8A 3OEMA 4R9GA 4X9TA 1MS7A 2F36A 3FIRA 1YAEA 3IR1A 3QK6A 4KI0E 3TKDA 3MZ1A 3O28A 1N84A 2Q9TA 3S9NC 3IOUA 4BDOA 1N7XA 2QSXA 4U4SA 1XS5A 5L8DA 1P1UA 2XXVA 5I58B 3VLVA 3MP8A 2I49A 1S50A 3PPRA 4PFWA 1LFGA 2ZNTA 4JXIA 4JBZA 5DEXA 1M5DA 5FTHA 3H03A 5I57B 4OFLA 2Q2CA 4NF4B 5CMCA 3QUFA 2VD3A 4O3BA 3UN6A 3TODA 2A5TA 4MH5A 4L17A 4GQOA 1XOCA 4O3CA 3VXCA 1UTBB 3TCHA 3TTNA 1YTVA 3UIFA 2UVIA 3EHSA 3B6TA 3EHTA 1FQFA 3PMVA 3TMGA 1M5BA 3CI8A 4DXCA 4EF1A 5A5XB 3LSLA 2Z23A 2RF1A 3TZAA 1KWHA 3IOTA 5AA2B 1JNFA 5H8FB 4UACA 5F1QA 2DE3A 4MFIA 4X1DA 1Q35A 2R6GE 4TLLB 2OBGA 4GFRA 5EHSA 3IOWA 4XKNA 4QFNA 2QJEA 2YPNA 4U1OA 3FV1A 4F2OA 2RCBA 3BBRA 2ABHA 2V25A 1ZLQA 1B4HA 1TXFA 4NE4A 2Q88A 1B3FA 3SEYA 3PMXA 5H8HA 2HCAA 4Q0CA 1VSOA 4ESXA 3VFJA 2FA7A 5ICQA 4AQ4A 4DDDA 1OLAA 1PBPA 4P0IA 2Y84A 3R6UA 3OO9A 1MRPA 4ELPA 1ZTYA 4ELOA 3IL1B 1PC3A 3T9HB 2ZNSA 2HXWA 2DWIA 5ICTA 4PFYA 1FTMA 2F5XA 4G8MA 3RY3A 3S9LC 2UVGA 5AA1A 1B1XA 1IEJA 4Q30B 2XXHA 3USDA 4R9FA 3IB0A 5JK4A 3VDFA 4XKQA 3MVZA 4OXVA 2Q89A 3K0VA 3OO7A 3OENA 2XXWA 2XXXA 1IQ7A 1ZU0A 2X7QA 1WODA 4OQOA 3RUMA 2NXOA 3N5LA 4IB2A 4IY5A 3DP4A 2V3TA 3E13X 4WKMA 1N04A 3DLNA 3G3JA 3OSRA 3T9UA 2XX9A 3PU5A 4K3FA 3BKIB 3MQ9A 1PBQA 1I6BA 1F9BA 3IORA 4DCXA 4EXKA 4R2FA 3TQLA 1IXCA 1LGBC 4QHQA 4IO7A 1L5TA 5L9OA 3JZJA 4LP2B 5DVIA 5I58A 3LUYA 1SW1A 1OIBA 3E4RA 3KG2A 1MH3A 4NF6A 4ZEDA 3MW0A 4EXLA 5I57A 2IEEA 4NF4A 4LA9A 2O68A 4RNSA 2DWAA 4GRKA 1UTBA 1NKXA 4OETA 4OEVA 3SETA 4ZE9A 5CBRA 2H4IA 4DXUA 4H0WA 3KOSA 1S7YA 3FVNA 1FCKA 3M3KA 2G29A 4BLAA 3ZS6A 2BJJX 3E9XA 4OTEA 1NNKA 5AA2A 5FHOA 5H8FA 1LCTA 1VFDA 3PD8A 2VHAA 4ZEIA 5BUUA 4H5FA 3GBAA 3LSXA 4C1TA 5ELVA 1BP5A 2GHAA 2O69A 3SESA 4YU0A 3T66A 1B9JA 3OMBA 3MP6A 5I2KB 4DLDA 4F1VA 2QPQA 4RK9A 2Z8EA 3KGCA 1DTGA 1P1OA 3HV1A 3UGWA 4PP0A 2DE4A 1Y3QA 3B6QA 4M1VA 1M5EA 5J1DA 4FECA 2DP8A 3TDJA 4G68B 2Y7KA 2DQVA 2F35A 3U92A 2E0SA 3CG1A 3VVDA 1NL5A 3N94A 3G7WA 1MDP1 2XX8A 4QSCA 3IX1A 3QUJA 3TELA 3TQWA 1UIUA 2XXUA 4Q8RA 1Z7NE 3FXQA 1IUDA 2Q2AA 1MQDA 2O84X 4LQ2A 1Z7ME 2QMWA 1MY0A 4JWYA 5CMMA 3PPPA 1D9VA 3L6HA 1USYH 3FVOA 1YPNA 2ZYOA 4ELRA 3KBRA 3OOAA 4JWXA 2B65A 2HZKA 3SEWA 2QL3A 2PT1A 3M3LA 3K01A 1Q1KA 1IIWA 1B05A 4RYAA 4H1XA 2RCAA 3MVXA 3EQ1A 4F18A 3VVEA 3IB2A 4KPTA 3F11A 3PD9A 4F2QA 3CVGA 4R74A 3M8UA 3EF7A 1JW5A 4YZZA 3LSWA 1SQYA 3PUWE 3K1MA 3R7XA 4IO5A 1J1NA 3FASA 2UXAA 3EHUA 4Z7EA 1H44A 3OELA 2F7BA 3RLFE 4YB5A 1FQCA 1ELJA 4U2RA 5ITOA 1LFHA 2H25A 1MY1A 2HZLA 2X7PA 3IO6A 5HPQA 3H6VA 3VV5A 3PUZE 1SW5A 3TFLA 2DOJA 3TCGA 1H43A 4U1ZA 1M5FA 4G8HA 1A7LA 5LOMA 1FW0A 4NF5B 1Y4TA 3KZGA 4Z0IA 4KYDA 3PMWA 3LBSA 4BDLA 3RT6B 3TAJA 2ESNA 2F7CA 3GXAA 4YAHX 2ONRA 4XKRA 4G77A 3RT8A 2VOZA 4QRZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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