3ODBA

Haemophilus influenzae ferric binding protein a -iron loaded -open conformation
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAATAVAKAFEQETGIKVTLNSGKSEQLAGQLKEEGDKTPADVFYTEQTATFADLSEAGLLAPISEQTIQQTAQKGVPLAPKKDWIALSGRSRVVVYDHTKLSEKDMEKSVLDYATPKWKGKIGYVSTSGAFLEQVVALSKMKGDKVALNWLKGLKENGKLYAKNSVALQAVENGEVPAALINNYYWYNLAKEKGVENLKSRLYFVRHQDPGALVSYSGAAVLKASKNQAEAQKFVDFLASKKGQEALVAARAEYPLRADVVSPFNLEPYEKLEAPVVSATTAQDKEHAIKLIEEAGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Iron-utilization periplasmic protein
publication title The role of vicinal tyrosine residues in the function of Haemophilus influenzae ferric binding protein A.
pubmed doi rcsb
source organism Haemophilus influenzae
molecule tags Metal binding protein
total genus 113
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3odbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3odbA02
4OQOA 3SESA 5J1DA 1OVBA 2QL3A 5ITOA 2UYFA 1NNKA 3OSRA 3FATA 3K4UA 3TTNA 4F3PA 1JW1A 3QSLA 3PD8A 2H9BA 4F22A 3DP4A 1OIBA 1SVXB 1B58A 2RCBA 2CMOA 4EXLA 4BDLA 3GBAA 2O51A 3UN6A 4TQUQ 3MZBA 4U4SA 1B6HA 3O66A 2XXYA 4R74A 3Q27A 3C9HA 3M3LA 4RYAA 1A55A 3H6WA 4PFYA 4LUBA 2D3IA 4OEVA 2H4IA 4C1UA 3VLUA 1MQJA 2O1MA 4Q30B 5ICTA 5L9MA 4GLIA 1FTMA 3Q29A 1B1HA 4F3BA 3CFLA 4YKPA 3IJXB 1Y3NA 2OWTA 1B0HA 3C31A 5BWJA 1B40A 1R6ZA 3MZ1A 3TELA 4FORA 3S9LC 1UIUA 5F1QA 2DE3A 4H8IA 4PE5B 3VXBA 4NEDA 2AIXA 4BDMA 3TDJA 1N3XA 2HFBA 2UYEA 4LA9A 1D9YA 4ZE8A 3TAJA 1MPDA 1DPPA 1NH8A 4DDDA 2FA7A 3PGFA 1OQHA 4NF8B 1UTHA 4DXUA 4P0IA 1HSLA 1BIYA 3U93A 4OESA 3H06B 4YZZA 2PX1A 1ZJLA 3VLWA 3OO9A 4F3SA 4R2BA 3GBBA 2F7BA 1JW4A 3KSXA 4Q0CA 3T22A 1FTOA 1Q1KA 3JZJA 4ESXA 3EQ1A 1JNFA 5I58B 1DTGA 2H25A 4M4GA 3TCHA 3LSWA 3TODA 2I3WA 1JEVA 1XT8A 4DXBA 4IO6A 5ELVA 1Y4TA 3TYHA 2F8DA 2V3QA 4QRZA 1IXGA 4MH5A 4RJZA 5I2NA 4EF2A 1I6AA 2VP1A 2HZLA 3A3UA 5CI5A 1QW0A 1MS7A 1MRPA 1FTJA 1N3WA 2Q89A 2ONRA 4BDRA 1TFDA 3DLNA 3KJ7A 1JQFA 3KFMA 1POY1 4NF4A 4H65A 4ZZAA 5TPAA 1AIVA 3K6VA 1LB8A 5CMMA 1TFAA 2IEEA 5AA4A 3K02A 4DZ1A 5I57A 1Y9UA 3CVGA 1IXIA 1P1OA 3H6VA 3KOSA 3PU5A 4DCYA 2XX9A 3CR9A 3PUXE 2OZZA 4KYEA 2O7UA 4E0XA 2R6GE 1FQBA 3MP1A 3T9VA 3T9HB 2GHAA 4HW8A 3RLFE 3MVYA 4R2FA 4OFOA 2RF1A 4QFNA 4WKMA 1SBPA 4KQPA 3H03A 2E1SA 1MY4A 3OO8A 4G68A 4NWCA 5DVJA 2Y7KA 4RPOA 2THIA 4Q5TA 2O1LA 3MZ9A 3P7IA 3H4ZA 1P1UA 2O68A 3T66A 1CB6A 1S7YA 1DTZA 3B6QA 1B9JA 4UACA 1FQFA 3KOTA 5DVIA 3OMBA 3MVZA 1R9LA 2RC7A 3U72A 2ANJA 1IZ1A 2YLNA 4Z7EA 3IAZA 4GRKA 1MXZA 1US4A 3O9PA 3V89B 3WAFA 2DVZA 1BTJA 3ILTB 4GOTA 4OETA 4F2OA 5DEXB 2NWJA 4RPNA 4XKRA 5DVFA 2HEUA 1PDAA 2XD2A 4YKIA 3G3GA 1MQGA 5FHMA 4ZS9A 4FECA 2DWIA 4YICA 3E9XA 3CSBA 1S9TA 1Q35A 3OXNA 1A40A 4MFIA 3FVOA 4NF5A 1Z7NE 1M5FA 3C33A 1EU8A 4LATA 3FXQA 3TKDA 3HHGA 1DPEA 1MG1A 1SW1A 3S2VA 2NOOA 2H5YA 4ELRA 5H8SA 1YTVA 1P1NA 1PC3A 4EUOA 2Q2CA 3QYTA 1Z7ME 2PYYA 1HSJA 3MPLA 2VD3A 4PETA 3PPPA 3IJOB 5FHOA 4YAHX 3OSQA 4H6DA 4GXAA 1SI1A 2A5SA 1II5A 2I48A 1GV8A 2QS2A 4MBPA 2QSXA 1QKAA 3W9VA 2ZNTA 2ZNUA 4DCXA 2V3UA 1AOVA 2F7AA 3SEVA 5I59A 2D21A 1B7UA 1IITA 2ZYKA 3TQLA 4XXUA 1LBCA 4GL0A 2GFEA 4BDNA 3EN3A 2PT2A 1H45A 4DIGA 5ISUA 3KN7A 2XXHA 1VR5A 3KN3A 2NVUB 3ODBA 4OFLA 4O3AA 5FTIA 1UQWA 3PUVE 3H6UA 3HO7A 4R9GA 4ESWA 4Q8RA 4E0WA 2Q8JA 4PFUA 3KJTA 4N13A 1LSTA 3E4RA 4IY5A 1ELJA 1URSA 3L6HA 1B3FA 1GGGA 1SQYA 2UXAA 3K00A 4WEDA 3SEXA 4F19A 3TTLA 1PEBA 2OBGA 3IOVA 3K01A 3IO6A 3MWBA 3S9NC 1O7TA 4R75A 2AYSA 1XVYA 3MBPA 2F5XA 3EF7A 1QULA 1D3KA 1OLAA 4HTGA 1MXYA 2I0CA 2Z8FA 4IO5A 4U22A 3IB0A 2DVCA 2AL5A 1B3GA 3HSTA 5KDTA 3KZGA 4JWOA 2LAOA 2A5TA 3JYRA 1USYH 2F6GA 2RC8A 3RNNA 5I84A 3MQ9A 1MDQA 1VFDA 4K3FA 1URGA 5JEIA 2UVJA 4GD5A 4ZEDA 4OZ9A 4IO7A 4F2QA 2G93A 4QFPA 1JVXA 5A5XB 4PFTA 1DSNA 4GVOA 3TUSA 4THIA 2HZKA 2QS4A 1MY2A 3THIA 1L5TA 3W15C 3U94A 3N6TA 4EQ9A 1OQGA 4EXKA 3ZS6A 1SW2A 3HV1A 2GHBA 1AH5A 3RTWB 1LB9A 4G2ZA 4O3BA 2HQ0A 4AQ4A 3SDFA 1IQ7A 4NE4A 3KBRA 3DP6A 2ONKE 3PUZE 4NMYA 2ONSA 3PMWA 2Q2AA 4QF9A 2H98A 1NMUA 2FYIA 3DELB 2M8CA 4ONYA 3LC8A 1NFTA 1MH3A 2Y7PA 4IGTA 2Q9TA 3GLBA 5KCJB 3ILUB 4YMAA 1TT1A 2I4CA 1OVTA 1Y3QA 2REGA 3T93B 5H8HB 1BLFA 2PMSA 1NNFA 2NXOA 3CSGA 1B51A 1YAEA 1O64A 1LFIA 1VE4A 4RK9A 4H5FA 2P1SA 4QFOA 4POWA 2Y84A 1N04A 2F78A 3K1NA 1J1NA 3LBSA 1PBQA 3VVEA 3H6TA 5JTYA 4GWOA 4TOZA 3UK4A 3FUZA 3IOUA 1QUKA 1HSEA 2B65A 2VGQA 3FVGA 1Y3PA 3TQWA 1MPCA 3PUWE 2F6PA 3OO6A 3OO7A 1RKMA 3TTKA 1JEUA 5TP9B 2XXQA 4ELQA 1QJMA 1B7ZA 3N5LA 2HXWA 2V84A 1LLSA 2H99A 4QSDA 4F3GA 5H8FA 1OMPA 1VSOA 4G68C 1GTKA 2I58A 1FQEA 5JK4A 5L9OA 3K0VA 2OJTA 2ABHA 5BUUA 5H8QA 4FAJA 4L17A 3RN8A 2G29A 5IKBA 3CRBA 1QUIA 4M1VA 3A3CA 3V8XB 1B05A 2I3VA 4ZECA 2F35A 4NWDA 4X1BA 4G77A 5EHMA 1ZBMA 3PUYE 4U4XA 1A7LA 4JWXA 4OXVA 3PPOA 3QAXA 5EYFA 1EZOA 1SYHA 5IAIA 3I6VA 4U1ZA 3TTMA 4GFRA 2UVGA 3QUFA 4ZZEA 3KN8A 4YKKA 2Q88A 1N7XA 3PPQA 5F7VA 4G8NA 4MLQA 3ECRA 3MJNA 3R7XA 4AB5A 2QPQA 4LQ2A 1B2HA 1Y1ZA 2V93A 3B6TA 2R9JA 3EHTA 1N0TA 1B3LA 1B5HA 3RPWA 4ZEIA 1A8EA 3Q26A 4N07A 3AXFA 4YMBA 1B7HA 1NKXA 4H0WA 4BLAA 5I2KB 1Y4CA 1SD3A 4YB6A 3RT6B 1M5DA 4H8JA 3EPEA 5AA1A 3QXMA 3KG2A 5L8DA 5B7DA 3FVKA 3DM0A 4U23A 4Z0IA 5H8NB 5AA3A 3FV2A 4HCYA 5AA2B 3UP9A 4PQJA 1MXUA 4FEDA 4OYVA 1ZIUA 3BBRA 3N94A 1MM6A 4U1OA 1LFGA 4ZEKA 3Q28A 1I6QA 3PV0E 4KI0E 2O69A 4OWDA 3MVWA 3TPAA 2Z8EA 3LUYA 4UA8A 1NNPA 1USYE 2I4BA 3IL1B 3U92A 2ZNSA 4XKQA 1I69A 1BKAA 2QJEA 3VFJA 4QFKA 1M5EA 4NF6B 3H3GA 3O29A 2VHAA 3M3KA 1MY0A 2QMWA 3VVDA 3PMXA 3FGSA 4U21A 1UTBB 4OENA 1O63A 4FIMA 3FIRA 4XKPA 4X9TA 5CC2A 3D4CA 2ZYOA 1MPBA 2XX7A 4NF8A 3LSFB 5EHSA 3N26A 1H44A 1D9VA 2HAVA 4IY6A 2UVIA 4JSOA 3JV9A 3H7MA 2Y7IA 4ECFA 3O6HA 1ZMGA 1URDA 4DE8A 3RTFB 2DWAA 3U8QA 1IIWA 1PB8A 3M8UA 3FZVA 3EHSA 3MW0A 3UORA 3LSXA 3Q25A 2XXTA 1B52A 2F7CA 3CIJA 3K1MA 1S50A 4LP2B 1EZPA 1DMBA 4WXJA 1WDNA 3PPNA 3L6GA 4YU0A 5I56A 1FTKA 4LZ8A 1RYXA 2NUVA 4DLDA 3TTRA 5LOMA 1SDXA 4LVQA 1XHYA 2FNCA 1LFHA 2F97A 1P99A 1A54A 1R1NA 1UTHB 2XXVA 4ND9A 2Z8DA 1B32A 4QSEA 4O3CA 1RYOA 1QVSA 2F34A 3VXCA 1EH3A 2IA4A 2E0SA 2ALUA 1B1XA 4IB2A 4F1VA 4FE8A 3G3JA 2ZXTA 1UIVA 4P11A 2YPNA 1LCFA 3B6WA 4X48A 4IGRA 1H76A 2REJA 4QFLA 2R71A 3G7WA 3FXRA 3HPIA 3OEMA 5I2NB 3BKIB 4IO4A 3ZKLA 5CM6A 4JBZA 3T96B 1XS5A 2F36A 3E13X 5HM4B 4LZ7A 4PFWA 3SEWA 2XXRA 1FCKA 1VFEA 3FV1A 1FQAA 4NF4B 3RT8A 3K6UA 4XKNA 5TPAB 1I6BA 4EQ7A 5FHNA 2GRVA 5CRYA 5AA4B 4GL8A 4P0GA 1IXCA 5I57B 1Y20A 3OELA 4QSCA 4JXIA 5DEXA 1YPNA 3CG1A 4OEUA 5CBRA 4NTLA 4U2RA 1H3DA 1DOTA 3F11A 3UGWA 4ZDMA 1XOCA 4F1YA 3C36A 4EQBA 3ZKKA 1A99A 4OERA 4G68B 3S9EA 3PD9A 1Y1MA 1B46A 2DWJA 2DP8A 1LAXA 3IOTA 1MY1A 2X26A 4F1UA 4ISUA 2DS9A 1SW4A 3U1OA 1LAGE 1B5IA 1SI0A 1B4HA 4KPTA 4ZEBA 2UVHA 3BFTA 3R6UA 3UA8A 2HCAA 3IOWA 4PP0A 2OWSA 4OFJA 4GF8A 3TCFA 3CFXA 4R73A 3DP8A 4GIZA 2DWHA 2I0BA 4G8HA 4KCDA 3VV5A 1US5A 3PMVA 3VLVA 2I6EA 1N84A 3TMGA 3SEUA 3BFUA 4XIGQ 1PB9A 4XTCQ 1B5JA 2GH9A 4NF5B 3FJMA 4OTEA 3S9MC 3SEYA 2XXWA 2DYXA 2Y7RA 5M2VA 4R6KA 4RK2A 2RKMA 2RCAA 4GQOA 3RQTA 1P1WA 2QS3A 3S4UA 4POXA 1MXWA 2HAUA 1F9BA 2DOJA 1FW0A 2O6AA 3E3KA 3C34A 4FJPA 4KHZE 2O7IA 2YJPA 4KR5A 3K6WA 4G8MA 3MUQA 3TZAA 1B3EA 3MP8A 1N7WA 4FEBA 2XXUA 3RGYA 2V25A 4WEPA 1SW5A 3HCQA 4EDPA 2W7YA 2VD2A 3T9UA 2D5WA 5I59B 2ZYMA 1MQHA 1GVCA 3IX1A 4I62A 4X1DA 3D4GA 1PB7A 2PBWA 2PT1A 5TU0A 1AMFA 3C32A 5K2YA 1B4ZA 3HHFA 5I56B 2OLBA 3GZGA 4ELPA 5CMBA 4H5GA 3M3FA 1XC1A 3IK6B 4AB6A 5CMCA 1ZLQA 3CFZA 4LONB 1MM7A 3CG3A 4MF3A 4BDOA 1SYIA 1IEJA 3SETA 4F18A 3MP6A 3O6GA 4TLLB 1LBBA 5A5XA 1FQCA 4I1DA 4KD5A 4YB7A 4G4PA 3OD7A 4MLVA 1MH4A 3O6IA 4ELOA 4OMBA 2AL4A 5FTHA 4F29A 1CE2A 3VVFA 1JVYA 4JB7A 1PBPA 3B7DA 5B70A 3WAEA 2X7QA 4R6YA 4OHNA 3TCGA 2ZYNA 3HN0A 1TXFA 4OVJA 5ICQA 1LAFE 4BDQA 2XD3A 3C35A 1IXHA 2QMXA 1BP5A 1JW5A 2DXYA 5KDTB 3IR1A 3K6XA 3QIMA 3FXUA 3PPRA 2A5TB 3IO4A 5AE4A 2QS1A 4YB5A 1LAHE 2V3TA 3VE1B 1M5CA 3IORA 2ESNA 3ONMA 1MQDA 5HPQA 3W9WA 2KLFA 1T0KA 2RC9A 1TWYA 5KCJA 5DTBA 3OEKA 4IO2A 2P0SA 2PVUA 4KCCA 5H8HA 2O84X 3O2AA 4KYSA 2RINA 4JSDA 3USDA 2Z23A 4R72A 1KWHA 4ZE9A 5CBSA 3O97A 1MY3A 3TFLA 3G3HA 3VDFA 4KYDA 4F31B 2DXRA 2I49A 4RNSA 3FVNA 1NH7A 1R9QA 3V83A 3KSJA 3EHUA 5TP9A 2BJJX 4FATA 1B0LA 1QKBA 1A8FA 3FD3A 3UIFA 1ZKBA 3KEIA 5L9SA 4KFQA 1MXVA 2Y7WA 3K2DA 3FASA 5I58A 3C4MA 3N6UA 1ATGA 1P1QA 2OCUA 4H1XA 4R6HA 3TEPA 2ZMBA 3A09A 3I3VA 3FJGA 4QHQA 1D4NA 1MQIA 4IO3A 1GR2A 1MXXA 2CZLA 2DE4A 3MAMA 4HCWA 5JTYB 1B3HA 1WODA 3QUJA 3OENA 3SERA 4C0RA 3LSLA 1AL3A 4JWYA 2WKYA 3MVXA 1LCTA 1OLCA 3O28A 4ZEFA 4RY1A 2XXIA 4H67A 3R26A 2XX8A 1JETA 4YKJA 3FJ7A 2QRYA 1ZU0A 2OK2A 5H8FB 2B3FA 5KZTA 3KGCA 4TLMB 4LQ5A 1N76A 4C1TA 3GXAA 1WVJA 4R9FA 1FQDA 2P2AA 5H8QB 5AA2D 5I2KA 1ANFA 4HS7A 4DXCA 2B3BA 3I5OA 2XHDA 2X7PA 3SKPA 3G3IA 3ZSFA 4GXSB 3RY3A 2XXPA 3MPKA 3G3KA 5H8NA 5AA2A 1LGBC 5DYHA 4EF1A 5ITPA 1YCJA 1POTA 3G3FA 2DQVA 3OOAA 3QK6A 3IB1A 5CMKA 3T9XB 1QUJA 1XVXA 2Z22A 3K1PA 5DT6A 4JDFA 1H43A 4RA1A 3RUMA 2DE2A 4N6PA 1ZTYA 2VOZA 4I9DA 4F39A 1IUDA 3LR1A 1MDP1 2XXXA 1EZ9A 3V5AA 4NF6A 3IB2A 1NNTA 2DSFA 5K2XA 1M5BA 1FTLA 1NL5A 4I8CA 4RXLA 4LZ5A 5HBCA 3CI8A 3MC2A 1UTBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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