2ONKE

Abc transporter modbc in complex with its binding protein moda
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
NVKLKVFHAGSLTEPMKAFKRAFEEKHPNVEVQTEAAGSAATIRKVTELGRKADVIATADYTLIQKMMYPEFANWTIMFAKNQIVLAYRNDSRYADEINSQNWYEILKRPDVRFGFSNPNDDPCGYRSLMAIQLAELYYNDPTIFDELVAKNSNLRFSEDNGSYVLRMPSSERIEINKSKIMIRSMEMELIHLVESGELDYFFIYKSVAKQHGFNFVELPVEIDLSSPDYAELYSKVKVVLANGKEVTGKPIVYGITIPKNAENRELAVEFVKLVISEEGQEILRELGQEPLVPPRADTAVPSLKAMVEVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of an ABC transporter in complex with its binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Archaeoglobus fulgidus
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein
total genus 102
structure length 311
sequence length 311
chains with identical sequence J
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2onkE01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2onkE02
4YZZA 3OO7A 3VLUA 1QUIA 2F78A 5KZTA 1FTJA 1B51A 1OLAA 1Q35A 1USYE 3P7IA 4PQJA 1Y3PA 4OFJA 4YB6A 3V8XB 4ELOA 2IEEA 4EXKA 5IAIA 2PMSA 3O2AA 5ITPA 3FXQA 3PGFA 3ODBA 5CMMA 2DP8A 2DWAA 2O7UA 3A3UA 1I6AA 1MXZA 5L9MA 1US5A 3FXUA 1FCKA 2GFEA 2PYYA 1UTBB 1BTJA 2PVUA 3H7MA 3I5OA 3IO6A 1P99A 3KFMA 3PPRA 4H8JA 4XTCQ 4HS7A 2XXQA 1IIWA 3PV0E 4G8HA 3FUZA 2ZYMA 4KQPA 4FATA 2ZXTA 2FA7A 3M3KA 4DXUA 3MJNA 1MDQA 3TTKA 3D4GA 3QUFA 1B4ZA 4QFLA 4XXUA 1BIYA 2XD3A 4EQBA 3RTFB 1B52A 1LBCA 3FVKA 5DVIA 1TT1A 2Y84A 4KFQA 2ONSA 3K6UA 3FV1A 3PUXE 2H4IA 4BDMA 3E9XA 4ZE8A 4ZEIA 3VXBA 1D4NA 1XHYA 1N84A 1UIUA 3L6GA 3MAMA 1VFDA 2Z23A 4L17A 1S7YA 4WXJA 3EHTA 5H8SA 3A09A 1SI0A 1I69A 1ZIUA 3N6UA 1B3EA 2I58A 4IO5A 4ZEBA 1GVCA 5AA2B 1QULA 4FJPA 1NMUA 3N5LA 3FVNA 1UQWA 1QJMA 3WAFA 4F1YA 1A8EA 3K2DA 4DCXA 3G3IA 3IX1A 2GH9A 3TELA 1P1WA 1MQDA 4NWDA 5H8QA 3T9VA 3OELA 1JW5A 2AIXA 1DTGA 2YLNA 3E4RA 4H5FA 5CC2A 4EXLA 2RC8A 5TP9B 4PFWA 1SBPA 5ICTA 1FQFA 2Q88A 2XXIA 3FGSA 3U8QA 2DYXA 5EHSA 5I57A 5TP9A 2HQ0A 2DSFA 4C0RA 2NUVA 3U93A 1Y20A 1ATGA 2V84A 1MQGA 2QS1A 1B3FA 1QKBA 3PU5A 5DVFA 2I3WA 2OLBA 4H65A 5I57B 4YKPA 1TFAA 4ZEDA 3JZJA 3TTRA 1PDAA 3IOWA 4OVJA 5KDTB 1S9TA 1IEJA 3IB2A 1M5DA 4XIGQ 3U1OA 4POXA 4O3AA 4FAJA 1ANFA 3G3GA 3RLFE 3Q26A 1RKMA 1LAHE 1B7HA 3TCGA 4QSDA 2UVIA 2OZZA 3CVGA 5KDTA 4KCDA 4AQ4A 1HSLA 4MF3A 4MBPA 2V3UA 2FNCA 3RY3A 2OCUA 4HTGA 4O3CA 3EPEA 4MLQA 1MPCA 1FW0A 3BBRA 1M5FA 4QFPA 3OO6A 1QW0A 3IR1A 1H3DA 3OD7A 2NVUB 1DMBA 3PMXA 3PPQA 5CBSA 4N07A 3KEIA 2D5WA 1UTBA 3MVZA 1MPDA 3PPNA 4R9FA 3EHUA 1JEVA 4U1ZA 5H8QB 3V89B 1JW4A 4RNSA 3PMWA 3HN0A 2O69A 4DXBA 4YMAA 4IGRA 4EQ7A 4GRKA 2QMXA 1MXVA 4Z7EA 1NH8A 2XXTA 2ANJA 1LCFA 1R1NA 1VSOA 1ZBMA 4JWYA 5HBCA 5BUUA 5I2KA 2F7CA 3OEMA 3TUSA 3AXFA 2LAOA 1A99A 3OEKA 1M5BA 3TDJA 5I58B 4G68B 4LP2B 1B2HA 3K1NA 3LSLA 3CSBA 1ZU0A 3MZ9A 4Q0CA 4IO7A 2HZKA 5L8DA 3RGYA 2D21A 1F9BA 4ZEKA 4HW8A 3PPPA 4ZEFA 3S2VA 3S9MC 1ZTYA 2GRVA 3GBBA 4G68A 3MZBA 5CI5A 5FTIA 2O1MA 4ISUA 5AA2A 3IOTA 4ONYA 3FJ7A 4KR5A 3G3KA 1A7LA 1FTLA 2F6GA 4E0WA 4U4XA 3K1PA 2RINA 2AL5A 1Q1KA 2B3FA 4F2QA 3SEYA 5H8NB 1TFDA 1YTVA 4JWOA 4F3SA 3E13X 1R9QA 4PFTA 4RA1A 1IXIA 3DP8A 4G8MA 2B3BA 5I2NA 4UA8A 2ZNUA 1ZKBA 3CFZA 3RNNA 1XVYA 5IKBA 3EF7A 1LAFE 5DTBA 5I56A 1N04A 2Y7RA 1N0TA 4R74A 3KSXA 4FIMA 3TQLA 3KJTA 4Q8RA 3TCHA 4ND9A 5B7DA 1HSEA 2ABHA 1FTKA 2XXWA 1XOCA 4GD5A 1VR5A 1DPPA 1TXFA 2XXUA 3TZAA 5I56B 1B1XA 1UTHB 2QSXA 3C35A 4NF5B 2PT1A 3CIJA 1Y4CA 3I6VA 1P1UA 1MDP1 2QRYA 4WEPA 1A55A 1JETA 4EDPA 5AA4A 3TODA 2QJEA 1S50A 3LSFB 4OEVA 4OERA 3UK4A 4TLLB 5DVJA 3PUYE 2XXVA 1ZJLA 4NF5A 2Q8JA 3TEPA 1LB8A 2DE3A 5AA4B 4DDDA 1AOVA 1POY1 4QSEA 2X7PA 3PUVE 4OZ9A 5FHOA 4BDOA 3TKDA 1WVJA 4F1UA 1NNPA 1A40A 1B1HA 4GXAA 3CFLA 3FATA 4KD5A 1YCJA 3E3KA 4IB2A 4WKMA 3KZGA 2Q2AA 3M3FA 4IY6A 5A5XB 4TLMB 2HCAA 4R72A 2ZNTA 3IL1B 1GTKA 3K6WA 3H6VA 3D4CA 1MH3A 1R6ZA 1USYH 1XC1A 1EZPA 2ZYKA 3SESA 4ZZAA 2Z8DA 3THIA 3EHSA 5A5XA 1OQGA 4OXVA 1CB6A 1WODA 5K2XA 2UXAA 4R75A 3VVFA 4Q30B 2F5XA 3SETA 1SW1A 1NNFA 4K3FA 3IK6B 1O63A 5I2KB 3VXCA 3K6XA 3MC2A 1EU8A 1JVXA 1NNKA 1D3KA 2OWTA 3Q25A 5CMCA 2ZYNA 3RPWA 4NMYA 3A3CA 2R71A 3ILTB 5I58A 1MXXA 4G68C 5F7VA 5L9OA 4QFNA 4HCYA 1B0HA 3HPIA 3PD8A 4R2FA 1FQCA 2CZLA 1VE4A 3FV2A 3MWBA 1LSTA 2RF1A 1H45A 3LSXA 5BWJA 1HSJA 1PB9A 4RPOA 5DT6A 3EN3A 3SEWA 2P2AA 3R26A 4LZ7A 4FEDA 2OWSA 4F3PA 1Z7ME 3LC8A 1MQIA 4OFLA 4OYVA 3ZKKA 3IJXB 4NEDA 1H43A 5DYHA 3IB1A 2R9JA 4QHQA 1MY3A 2F7AA 3MZ1A 1AMFA 5H8NA 3SERA 3T93B 4ZE9A 1MY1A 2PT2A 1MY0A 2Q9TA 2QPQA 2VGQA 3K00A 4M4GA 4UACA 1SW4A 1PEBA 1MQJA 5I2NB 2RKMA 3GZGA 4FEBA 4ZS9A 5F1QA 4NF6A 1OVBA 2VHAA 2DWJA 3OXNA 4C1TA 5AA2D 3HO7A 4NWCA 3KN3A 4IO4A 2V25A 2HXWA 3KSJA 4OHNA 3CSGA 2ZMBA 1MM7A 1OVTA 1Y1MA 3FVOA 2QS3A 2REGA 3OSQA 4YMBA 1DSNA 1US4A 1Y3QA 2P1SA 2ONRA 2F34A 1BP5A 4FORA 1B7UA 1UTHA 3N26A 4YICA 2NWJA 1I6BA 4EF1A 3K02A 4QFKA 2W7YA 1LBBA 1QUKA 1B40A 3MP6A 2E0SA 3T66A 4OWDA 2Y7KA 4ZDMA 2A5SA 1SI1A 4NE4A 2RC9A 2M8CA 2V93A 3RN8A 4G4PA 2NOOA 4LA9A 4WEDA 1MY2A 2YJPA 2H25A 1N7XA 1LAGE 2O84X 4U23A 3U94A 3ZKLA 5I59A 3CG1A 5M2VA 1MM6A 5JEIA 2I0CA 2XXRA 3CRBA 2I0BA 3IOVA 4N6PA 4MLVA 2DXRA 3K01A 4X1DA 2E1SA 4E0XA 2YPNA 3H3GA 1B46A 2RCAA 4JWXA 4R2BA 3UA8A 3C9HA 2IA4A 3LBSA 5CM6A 4BDNA 4I62A 1MRPA 5HM4B 1P1QA 2XXHA 3G3FA 4IO2A 1B5IA 3O6IA 1II5A 3TTMA 1ELJA 3KBRA 4X1BA 1SDXA 3T22A 1GR2A 4F39A 4F1VA 3S4UA 4H5GA 3VVDA 4DLDA 4GOTA 3IORA 3FVGA 1T0KA 1LFIA 1LB9A 1J1NA 1SYIA 1NNTA 4IY5A 4LONB 4OTEA 4I8CA 2KLFA 4F29A 3RTWB 1MXWA 3MVWA 1EZOA 4AB5A 3LSWA 3OO9A 4JDFA 2X7QA 3HHGA 4P0IA 3W9WA 2ESNA 4EUOA 1B0LA 1SVXB 3OMBA 2I4CA 4GF8A 4F3GA 2XXPA 5FHNA 2R6GE 3MBPA 4H67A 5EHMA 3RQTA 4NTLA 4BLAA 2AL4A 1FQBA 2F97A 2OK2A 2ONKE 3K4UA 4LATA 4ESXA 3UN6A 5DEXA 3TPAA 4OFOA 3UGWA 2DWIA 4GL0A 4N13A 2Y7IA 2PX1A 3C32A 4PP0A 3FZVA 2Z8EA 5K2YA 2BJJX 1IQ7A 4R6YA 4THIA 5AA1A 4ELQA 3FASA 3OOAA 4GXSB 4X48A 3Q29A 3QK6A 4NF4A 3BFUA 1R9LA 2ZYOA 1OMPA 3KN8A 4YB5A 3TAJA 4GLIA 2H5YA 4BDQA 1NKXA 3GBAA 5AA3A 1B4HA 2DS9A 2G93A 2DWHA 2XHDA 3G3JA 4LUBA 1JEUA 4NF6B 3B7DA 3HHFA 3EQ1A 4IGTA 3IJOB 3KG2A 3MQ9A 4OETA 2QS2A 1QUJA 3VE1B 4ECFA 3O9PA 1H44A 3QAXA 4LQ2A 3QXMA 4PFYA 2QL3A 2XXXA 4AB6A 4P0GA 3V5AA 1Y9UA 5I84A 1LAXA 3C36A 3MUQA 2O68A 4GIZA 5AE4A 2HAUA 3BFTA 4GWOA 3SDFA 4POWA 1N7WA 3OENA 1IZ1A 1O7TA 2QS4A 5I59B 3VLVA 4ESWA 4I9DA 4U21A 4U1OA 4F31B 1H76A 4JSDA 2ALUA 2HEUA 1LGBC 5CRYA 4YU0A 3HSTA 5ELVA 3S9EA 5ICQA 3SEVA 3G3HA 1IUDA 4PE5B 5KCJA 5JK4A 1SD3A 4OMBA 4OESA 3FIRA 4R6HA 3UIFA 4ZECA 3MW0A 3O29A 1GV8A 3BKIB 4NF8B 4U22A 1PC3A 5KCJB 4KYDA 2F7BA 1IXGA 3FD3A 1AH5A 4DZ1A 2D3IA 1Y4TA 1N3XA 4JSOA 1A8FA 2GHBA 2HAVA 4KYEA 4MFIA 4O3BA 5H8HA 3W9VA 4XKQA 1SYHA 2Z8FA 3GXAA 3IAZA 4DE8A 4Z0IA 1OIBA 1M5EA 1FTMA 1CE2A 1ZMGA 2OJTA 4H1XA 1DOTA 5CMKA 1LFHA 3S9NC 1FQAA 3C4MA 4QF9A 5CMBA 3LR1A 5H8HB 3T9XB 4F22A 1VFEA 5H8FB 4MH5A 1AL3A 3G7WA 4KYSA 1OLCA 2UVGA 3O66A 1B7ZA 4JXIA 4R6KA 3B6WA 4R9GA 2O1LA 3MVYA 4YB7A 4BDRA 1POTA 3N94A 4JB7A 3M3LA 1M5CA 4RXLA 1XT8A 3B6TA 3K1MA 3H6UA 1BLFA 2H99A 4FECA 5DEXB 3KOTA 2WKYA 1MY4A 3HCQA 5JTYB 3DP4A 5ITOA 4U2RA 3JV9A 3DM0A 1D9YA 3UP9A 1MS7A 1ZLQA 3RT8A 3KGCA 1FQDA 3CFXA 4QFOA 3MP1A 1EH3A 1RYOA 4G8NA 2UVJA 1B3HA 5CBRA 4NF4B 1O64A 3PD9A 4H0WA 1A54A 4DCYA 1B32A 3SEUA 3O6GA 1B5HA 3MPLA 1URSA 1JVYA 3MP8A 4LQ5A 4F3BA 1IXHA 1GGGA 1TWYA 1I6QA 4FE8A 2F36A 3IB0A 1MPBA 3M8UA 3T9HB 3TYHA 3K6VA 5L9SA 1PBQA 1B05A 2A5TA 4GQOA 1FTOA 4XKRA 2CMOA 2I49A 2V3TA 3L6HA 1XVXA 2I4BA 4TQUQ 4U4SA 4X9TA 5EYFA 2UYFA 3TMGA 1LLSA 2XX8A 4RPNA 1SW2A 3TQWA 4DXCA 5B70A 2X26A 2A5TB 2GHAA 4KHZE 2FYIA 1SW5A 3FXRA 3WAEA 1PBPA 4EQ9A 3RUMA 4M1VA 1XS5A 3N6TA 4IO3A 4EF2A 3SEXA 3H03A 3VFJA 2XXYA 2Y7PA 4ZZEA 2XX9A 1DPEA 1DTZA 2AYSA 4Q5TA 4OENA 3GLBA 1B6HA 3O6HA 1QVSA 3PPOA 1FQEA 2Q2CA 3QUJA 2Q89A 4YAHX 3UORA 3DELB 2UYEA 1URGA 1N3WA 3H06B 3H4ZA 1EZ9A 2F6PA 4IO6A 4YKJA 1URDA 3ZSFA 1IXCA 1NL5A 1PB7A 3JYRA 2F35A 3O97A 4KPTA 3KOSA 3IOUA 3U72A 2H98A 4KCCA 4I1DA 5FTHA 3USDA 2DVCA 2G29A 2I48A 3T9UA 4NF8A 1OQHA 3H6WA 1KWHA 2I6EA 3H6TA 1IITA 2I3VA 4OQOA 3I3VA 3QYTA 4GVOA 3ILUB 2O51A 1SQYA 2XD2A 2REJA 2Y7WA 3PMVA 4QRZA 4LZ8A 5TU0A 4YKKA 1D9VA 3KN7A 3Q28A 1B3GA 4RK9A 1MH4A 3R6UA 4RYAA 2H9BA 1JNFA 1YAEA 3FJGA 4QSCA 3S9LC 2NXOA 4OEUA 1NH7A 1B5JA 3DP6A 1MXYA 1Y1ZA 3PUWE 4G77A 3DLNA 4G2ZA 4RJZA 2VD2A 3R7XA 3VVEA 1UIVA 3QIMA 2XX7A 5H8FA 1MXUA 2DOJA 1N76A 2Z22A 4F2OA 1AIVA 5J1DA 5FHMA 4F19A 1LFGA 3HV1A 4LZ5A 4XKPA 3KJ7A 1Z7NE 5HPQA 1BKAA 3RT6B 4ELPA 4KI0E 1B58A 1YPNA 3MPKA 4GL8A 4PETA 4PFUA 2DE2A 4HCWA 4TOZA 3TFLA 4RK2A 4XKNA 5JTYA 2O7IA 3SKPA 3TCFA 1MG1A 3C34A 2QMWA 2RCBA 1JQFA 2ZNSA 3C31A 2RC7A 3ONMA 1NFTA 1B9JA 2VOZA 3B6QA 3ECRA 5TPAB 3VLWA 3W15C 3ZS6A 2THIA 5LOMA 3OSRA 2F8DA 4H8IA 4RY1A 3VV5A 1QKAA 2DE4A 3QSLA 3C33A 3LUYA 3OO8A 4H6DA 5TPAA 4ELRA 3V83A 4F18A 3IO4A 1RYXA 3PUZE 3CI8A 3O28A 4P11A 4C1UA 2HFBA 5ISUA 1LCTA 3Q27A 1WDNA 1Y3NA 3TTLA 2B65A 4R73A 2DVZA 2HZLA 4LVQA 3U92A 2P0SA 2VP1A 1L5TA 3FJMA 3K0VA 3TTNA 1MQHA 4BDLA 4GFRA 1P1NA 2O6AA 3T96B 4DIGA 1B3LA 1P1OA 2OBGA 2UVHA 2VD3A 3VDFA 2DXYA 2V3QA 3MVXA 4YKIA 1PB8A 3F11A 1JW1A 3CG3A 3CR9A 2PBWA 4JBZA 2DQVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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