2ONKE

Abc transporter modbc in complex with its binding protein moda
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
NVKLKVFHAGSLTEPMKAFKRAFEEKHPNVEVQTEAAGSAATIRKVTELGRKADVIATADYTLIQKMMYPEFANWTIMFAKNQIVLAYRNDSRYADEINSQNWYEILKRPDVRFGFSNPNDDPCGYRSLMAIQLAELYYNDPTIFDELVAKNSNLRFSEDNGSYVLRMPSSERIEINKSKIMIRSMEMELIHLVESGELDYFFIYKSVAKQHGFNFVELPVEIDLSSPDYAELYSKVKVVLANGKEVTGKPIVYGITIPKNAENRELAVEFVKLVISEEGQEILRELGQEPLVPPRADTAVPSLKAMVEVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
source organism Archaeoglobus fulgidus
publication title Structure of an ABC transporter in complex with its binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein
total genus 102
structure length 311
sequence length 311
chains with identical sequence J
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2onkE01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2onkE02
5J1DA 1Y3QA 4OZ9A 2DYXA 1DMBA 3OO9A 5H8HB 3GLBA 3OD7A 3A3UA 1MRPA 4QRZA 1WDNA 4ZZAA 2V93A 1LBCA 4ELPA 4DXBA 2ZNSA 3VXBA 3OENA 4GF8A 5H8FB 4MLVA 4NF5A 3KN7A 3K6UA 3I5OA 2DE2A 2O1LA 3FVNA 1PB8A 5CBRA 3IR1A 1JEUA 1MQDA 1ANFA 2Z23A 4BDOA 5KCJA 2Y7WA 3EHUA 4I8CA 1Y3NA 2NUVA 1SD3A 4F1YA 3U72A 3D4CA 3CFLA 3JV9A 1RYXA 5I57B 2THIA 5AA2A 3TODA 3FVOA 2XX7A 1M5FA 1JETA 3KFMA 5HM4B 4KCCA 5KDTB 1P1QA 3E13X 3CRBA 3PPRA 4NF6A 3OO7A 1B32A 4JWYA 4GRKA 4YKKA 4F31B 5JTYB 1MY0A 1QUKA 4FAJA 1CE2A 2H9BA 4ZEIA 3U8QA 3EHSA 1LAXA 2F35A 2I0CA 2YLNA 3M8UA 1FQEA 1JVYA 3H6WA 1USYE 1RYOA 3VVEA 2VD2A 3MP1A 1MH3A 4O3CA 4GOTA 4E0XA 5DVIA 3MVZA 1Z7NE 4YICA 2Q2AA 5AA2D 1D4NA 2QL3A 3T22A 2HAUA 4NEDA 2I3VA 3PMVA 4OEVA 3KG2A 4QHQA 1URGA 2XXQA 4LP2B 4JXIA 1SI1A 1B4ZA 1MQIA 3T9XB 5BWJA 3IAZA 3TTKA 4PP0A 4IO2A 3OXNA 1ZTYA 1NH8A 2B3FA 2OWSA 2OWTA 4O3BA 3BBRA 5I58B 3RGYA 1OIBA 3KOSA 1XS5A 3QXMA 1UTBA 2DP8A 3KZGA 1TT1A 2VD3A 1J1NA 2F97A 4DLDA 4U21A 2Y7RA 1MPDA 3OEMA 4ESXA 4FORA 2HFBA 4U1ZA 2ZXTA 3JYRA 3RUMA 3K6WA 3A3CA 1ZBMA 1BLFA 2F78A 4YAHX 2RCAA 5A5XB 5I56A 2GHBA 2HXWA 3KN3A 1N7XA 4OTEA 2DVZA 4EF2A 3LSFB 1IZ1A 4EQBA 3LSXA 4BLAA 4JSOA 4XIGQ 1N04A 3KBRA 2X7PA 5FTIA 2A5TB 3QUFA 5F7VA 2XXIA 4Q8RA 4XTCQ 3CIJA 4G8NA 5I2KB 4ELQA 5H8HA 3CR9A 4ISUA 1MM7A 5FTHA 4XKPA 3FXQA 4GXAA 2I4BA 2DVCA 4UA8A 3C4MA 5H8FA 3UIFA 3TYHA 2I58A 3V8XB 1B7ZA 4R2BA 4LATA 3DLNA 4R72A 2UVHA 1FTKA 2VHAA 5AE4A 5I59B 1ZJLA 1YPNA 1Q1KA 5KZTA 1IUDA 1LSTA 3HO7A 4KQPA 3VLWA 3Q26A 1Z7ME 2UXAA 4JDFA 3PPQA 4H0WA 2Z8DA 4XXUA 5I57A 1B7HA 4N13A 2I0BA 2FNCA 2HCAA 3PMXA 1MPBA 1PDAA 5KDTA 2NVUB 1HSEA 2XXRA 3FXRA 4PETA 1BKAA 2F7AA 3DP6A 4FEDA 3IORA 2UVGA 3LR1A 2GFEA 2OLBA 5TP9A 5JTYA 2Q89A 4GD5A 3VVFA 2DOJA 1OQHA 4U2RA 3O6HA 2Q8JA 2F6GA 4FJPA 1JW1A 3WAEA 3QAXA 1ATGA 3CI8A 3MZBA 1FTMA 3ILTB 1Y9UA 2G93A 5ITPA 4PFYA 3MPKA 2M8CA 1NMUA 4R6YA 1SW2A 1S50A 4IO3A 1IXGA 3TQWA 4NE4A 3K0VA 4RY1A 4JWXA 4R75A 4FIMA 4NMYA 3K2DA 3O9PA 3VFJA 1PC3A 1BTJA 2HQ0A 3ZKLA 5I58A 4AB5A 2ZNUA 1B5IA 5DEXB 2OZZA 4POWA 1VFDA 4OMBA 2QJEA 4PE5B 4AB6A 3I3VA 4IB2A 4OQOA 4G2ZA 4XKNA 2B3BA 1F9BA 1B46A 5H8NB 3FUZA 2PYYA 3PUWE 1ZKBA 3RNNA 4G68B 4IGTA 4JWOA 4MBPA 5EHMA 4TLLB 4U4XA 4P0IA 3K01A 2GH9A 1B0HA 4JSDA 1B3EA 5A5XA 2ZYNA 4EQ7A 2W7YA 1I6QA 3MZ9A 1R9LA 3H4ZA 5AA1A 2H25A 3W9VA 2ONKE 1MXXA 1A55A 3MBPA 1I6BA 2F36A 3RPWA 4H8IA 2OCUA 3K1PA 2A5TA 3VXCA 4DXUA 3EPEA 4ZECA 1NNFA 2ZYMA 3PUVE 2H4IA 3BFUA 1R1NA 1US5A 5I2KA 3IO6A 1XOCA 4DXCA 3S4UA 3FJ7A 1T0KA 1S9TA 3MP8A 5K2YA 3FV1A 2AL4A 3OO8A 4BDQA 5I59A 3N6TA 3TTNA 3ZKKA 4EUOA 1FQDA 2O6AA 4H8JA 3MQ9A 3CFZA 2UVJA 2YJPA 1O7TA 3ZS6A 2I49A 1KWHA 4KD5A 1UIUA 3OSRA 3FV2A 4LZ7A 4GWOA 4F1UA 3HPIA 4F1VA 2QRYA 1ELJA 1POY1 3IJOB 2O51A 1NH7A 3Q25A 3PUZE 4M4GA 2REGA 2XXVA 2IEEA 1Y1ZA 4MLQA 3FATA 1M5DA 2H99A 2PMSA 1PBPA 3H6UA 1WVJA 1N76A 3TUSA 4LQ2A 1MG1A 4KYEA 4G8HA 4RNSA 1QKBA 1LB8A 2E1SA 1UIVA 3N6UA 1NNPA 1B40A 4Q30B 3G3IA 1PEBA 1A8EA 3OMBA 2V3QA 3H3GA 3W9WA 1ZLQA 3PD8A 4GL0A 3SERA 3G3KA 1BIYA 3S9MC 3H06B 1MDQA 1QKAA 3FASA 1VSOA 2XXPA 3FJGA 3IB2A 3U93A 1XT8A 1MY3A 5DEXA 5LOMA 1CB6A 3O6IA 3N94A 2NXOA 4X48A 4R2FA 1Y3PA 3WAFA 5B7DA 4F3BA 5TP9B 5H8NA 1SW5A 4ELOA 3OELA 4IO7A 5H8QB 4G68A 4TOZA 4IGRA 3KJ7A 3PV0E 3UN6A 1NFTA 3O29A 5DYHA 5CMBA 4YKPA 4OVJA 4Z7EA 2Q2CA 2DWJA 1MQJA 3LBSA 3RN8A 1N3WA 2F7CA 3GZGA 5CMMA 2DWIA 4TQUQ 1M5EA 1FQAA 3DELB 2AIXA 4MH5A 1ZU0A 5DVJA 4G77A 1R9QA 4HW8A 3P7IA 4HS7A 4C0RA 4DCXA 4EQ9A 3G3JA 4OENA 4OYVA 4GQOA 3O6GA 3E4RA 5I2NB 3RLFE 3T66A 3PPPA 2ONRA 2AYSA 3E9XA 3PGFA 2XXUA 4U4SA 5L9OA 3SEYA 1H3DA 4LONB 3RT6B 2OJTA 4R6HA 4OETA 3VVDA 2DXYA 5AA4B 4OXVA 1AH5A 1GTKA 3MZ1A 4DZ1A 2F5XA 4U1OA 4QFNA 4QSCA 4ZEDA 1FQFA 3N26A 4X9TA 2Q9TA 3B6TA 3OSQA 1MDP1 3U1OA 1P1UA 4C1TA 3TZAA 2VP1A 3QIMA 3TPAA 3BKIB 1O63A 2ALUA 4OEUA 1B1HA 4DE8A 4NWDA 2ZNTA 1MPCA 3IOWA 3DM0A 4C1UA 3TTMA 4F3SA 3RQTA 2QS2A 3JZJA 3L6HA 2RC9A 1MY1A 2XXHA 3FJMA 5CRYA 4N6PA 2G29A 4H5FA 2RC7A 5AA3A 1PBQA 1JEVA 1DTZA 3UA8A 1EU8A 1IQ7A 3W15C 4F3GA 4XKQA 2X26A 3C9HA 2XD2A 3IL1B 1LCTA 3O66A 2ABHA 2I48A 4RXLA 3SDFA 1JVXA 2RC8A 4EXKA 1Y1MA 2NWJA 4Z0IA 3IB1A 1LLSA 3VLUA 1B5HA 1B52A 3CFXA 3TCHA 1YAEA 4F2QA 2UYEA 5JK4A 2P1SA 3CSBA 1SBPA 2O84X 4THIA 1EZPA 4E0WA 3R7XA 1LAGE 1TWYA 1YCJA 3PU5A 1S7YA 5H8QA 2XXYA 1B3HA 2F7BA 3Q28A 5HPQA 1DPEA 4M1VA 2R9JA 3IOUA 1N0TA 5K2XA 1B6HA 1SDXA 1FQCA 3GBAA 3KEIA 3TQLA 1B4HA 1MS7A 3USDA 1A99A 2Y7PA 4P11A 3FZVA 4JBZA 1MXYA 4BDNA 3M3KA 1H44A 4F3PA 2QS4A 3VV5A 2QMXA 1TFDA 5I2NA 4ELRA 3TFLA 3GBBA 4OFJA 1SW4A 2HEUA 1ZMGA 1MH4A 4DCYA 4QSDA 3SEWA 3K4UA 4ONYA 4QFKA 4HTGA 4X1DA 3T96B 3G3GA 2UYFA 3EQ1A 4GLIA 5DVFA 4KYSA 3EF7A 4R74A 5AA4A 5CC2A 5IAIA 3T9VA 3MW0A 2Z8FA 1OQGA 4G8MA 1B51A 4I62A 2QMWA 3TCGA 2VGQA 1LCFA 1Q35A 2DSFA 3PUYE 1QVSA 4LQ5A 2O68A 3TDJA 3H6TA 3U92A 1JW5A 4BDLA 1A7LA 2F8DA 2HZKA 3SESA 3V89B 1AIVA 4ZS9A 4H1XA 3ILUB 3C32A 3OOAA 2QS1A 3OO6A 1AOVA 3MC2A 2V25A 1GR2A 3K6VA 2H98A 2XXTA 3S2VA 3TTLA 4XKRA 1OVTA 3TKDA 2CMOA 1D9VA 4P0GA 4R6KA 3U94A 3O97A 1URSA 4LA9A 1N7WA 1FQBA 3IB0A 3QSLA 4KR5A 5DT6A 2QS3A 2REJA 2V84A 4NWCA 4YB5A 5I84A 4F18A 1EZOA 4RA1A 2A5SA 5CMKA 5F1QA 4NTLA 1II5A 3I6VA 4JB7A 4U22A 3CG1A 1P1OA 2Z22A 4IO4A 4ECFA 2RKMA 1P1WA 2Z8EA 4RPNA 5CBSA 2R71A 3HV1A 3MUQA 2P0SA 3UP9A 2Q88A 1QUJA 1LFHA 1PB7A 2D21A 3A09A 4GXSB 2DWAA 3KGCA 1USYH 2ONSA 4MFIA 3DP8A 4NF4B 4NF8B 1NKXA 4OWDA 1I6AA 3T9HB 4YKJA 3D4GA 4KYDA 1LAHE 2UVIA 1B0LA 4Q0CA 3TTRA 4WEDA 2XX9A 3TAJA 4PFWA 3MAMA 2OK2A 3BFTA 4RPOA 3MPLA 3MJNA 4IY5A 2I3WA 1GVCA 5TPAB 3R6UA 4PFUA 3H7MA 2XXXA 3L6GA 3MVXA 2F6PA 4R9GA 2KLFA 3G7WA 3B6QA 3OEKA 1OLCA 4LZ8A 4POXA 3KJTA 4ZEFA 3ECRA 4OHNA 3FVKA 1XC1A 4YU0A 5BUUA 3LSWA 1BP5A 1LB9A 1MQGA 3SEVA 1DOTA 1LGBC 3SEXA 2X7QA 1B1XA 2B65A 2ZYOA 3MVWA 2PX1A 1TFAA 4I1DA 1VFEA 4BDRA 2PT1A 4YMBA 1XVYA 1US4A 4HCWA 3ZSFA 3EHTA 2I4CA 2DE4A 2YPNA 5L9SA 4PQJA 4PFTA 5B70A 4FE8A 3VLVA 4H5GA 3MWBA 2Y7IA 1B58A 1Y4TA 4RJZA 3PPOA 1H45A 4DDDA 3T9UA 4Q5TA 3H6VA 2PT2A 3KOTA 2XX8A 1QW0A 1YTVA 1A8FA 3K1NA 3N5LA 1DSNA 4K3FA 3VE1B 1VE4A 4BDMA 4DIGA 1TXFA 3E3KA 1MXVA 5DTBA 1B9JA 1OVBA 2DQVA 2D3IA 2FYIA 3MP6A 3GXAA 1N84A 4KPTA 3TMGA 4F2OA 4G68C 1IEJA 1UTHB 2PBWA 1P99A 5L9MA 1QULA 4YB7A 1IIWA 1I69A 4ZE8A 1LFIA 4H67A 3RY3A 1EH3A 1Y20A 1RKMA 2DS9A 3KSXA 3EN3A 5JEIA 2F34A 1NNTA 1IXCA 4ZDMA 4N07A 4EDPA 3SEUA 3HN0A 3CSGA 1IITA 4OFOA 3QYTA 3FGSA 3LC8A 1A54A 1FTLA 4IY6A 2ANJA 5FHMA 1M5BA 4OESA 3UK4A 3F11A 4H65A 4NF4A 4NF8A 3M3FA 3ONMA 1LAFE 1GV8A 2DE3A 5ISUA 5FHOA 5CI5A 3B6WA 5IKBA 3AXFA 3R26A 1MXUA 1SYHA 1SYIA 3DP4A 2HAVA 3PPNA 5CMCA 2O7UA 3PUXE 5HBCA 4KI0E 3ODBA 4ZEBA 3LSLA 4R9FA 4AQ4A 5TPAA 2AL5A 4OERA 3SETA 3O2AA 2XHDA 1OLAA 2XD3A 5ELVA 5L8DA 2R6GE 2Y84A 2CZLA 1B3GA 1MY2A 3FIRA 1Y4CA 4L17A 2DWHA 3QUJA 1B5JA 1NNKA 5ICTA 1P1NA 2H5YA 2V3TA 5ICQA 3Q29A 2I6EA 2RCBA 4WXJA 3S9NC 3M3LA 2XXWA 3MVYA 1MXWA 4RK9A 3PMWA 2NOOA 3CG3A 4QFLA 3CVGA 4EXLA 4WKMA 4RK2A 5M2VA 1MQHA 1OMPA 2BJJX 1L5TA 2Y7KA 2V3UA 3THIA 2QSXA 4ZE9A 3Q27A 3HSTA 1AL3A 3V5AA 4KCDA 2RF1A 3QK6A 4RYAA 1URDA 2D5WA 3O28A 5EYFA 4ZEKA 1GGGA 1NL5A 1MM6A 4LVQA 1DTGA 3VDFA 1O64A 1SQYA 4U23A 4UACA 3S9EA 3IX1A 4LZ5A 4NF5B 3K00A 4FEBA 4GIZA 4QFOA 1XHYA 1JW4A 1H43A 1LFGA 3UGWA 5KCJB 2O69A 1DPPA 1UQWA 5ITOA 1HSLA 3RTFB 4EF1A 1UTHA 4IO6A 1LBBA 5AA2B 4IO5A 4G4PA 1QUIA 3FD3A 4OFLA 4FECA 3T93B 2GRVA 3SKPA 1H76A 1B2HA 4NF6B 4WEPA 5TU0A 3HCQA 2LAOA 2OBGA 2GHAA 1JQFA 1B05A 2RINA 4H6DA 1IXHA 1JNFA 2VOZA 4LUBA 5EHSA 3KSJA 3IOVA 4QF9A 1N3XA 2WKYA 4O3AA 1PB9A 4ESWA 3K6XA 3IJXB 4FATA 3V83A 3S9LC 4I9DA 4QFPA 1QJMA 1SVXB 4F39A 1B7UA 3K1MA 3RT8A 1AMFA 1FW0A 2DXRA 2HZLA 4HCYA 4YB6A 4KHZE 3PD9A 5CM6A 1FCKA 3KN8A 4F19A 1B3LA 5H8SA 3C34A 1FTJA 2QPQA 3C31A 1SW1A 3B7DA 1UTBB 2ESNA 1XVXA 2FA7A 1FTOA 1MY4A 2E0SA 4TLMB 1EZ9A 3HHFA 3FVGA 4X1BA 4YMAA 1IXIA 3IK6B 1B3FA 4GVOA 4GFRA 4GL8A 1R6ZA 1VR5A 4ZZEA 2P2AA 1ZIUA 4KFQA 1WODA 3G3HA 1SI0A 4YZZA 1A40A 2PVUA 4YKIA 2ZYKA 2O7IA 3IO4A 3C36A 2O1MA 3HHGA 1D3KA 5FHNA 5I56B 3TCFA 3C35A 4R73A 3C33A 1POTA 1MXZA 3H03A 3IOTA 3UORA 4MF3A 2ZMBA 3G3FA 4F22A 3LUYA 3TELA 4ND9A 3RTWB 3K02A 1D9YA 2IA4A 4F29A 4QSEA 1HSJA 3FXUA 3TEPA 1M5CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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