2Y7KA

Dntr inducer binding domain in complex with salicylate. monoclinic crystal form
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
DPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFTELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Burkholderia sp. dnt
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
total genus 69
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7kA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7kA02
4NE4A 3IOTA 4POXA 3TTRA 1IEJA 4JWXA 2V3QA 1YPNA 3KG2A 3S4UA 2E1SA 3PD9A 4LVQA 2Q8JA 2IEEA 3GZGA 1BKAA 2I48A 1ELJA 1NMUA 2ZYNA 2ONSA 2H9BA 4OFJA 3V8XB 4WXJA 3SKPA 1B51A 3MVZA 4IO2A 4UA8A 3KFMA 1UIUA 4GL8A 1EZPA 1FW0A 2UYEA 4IO3A 4PFTA 4JSOA 3E3KA 5FHMA 5H8HB 4XTCQ 2V84A 3A09A 3RUMA 1VR5A 1J1NA 3MVWA 2Q2CA 3MC2A 4TLLB 4GF8A 3H6VA 2QL3A 4IO7A 2A5TB 3RY3A 2OLBA 1LCFA 1LGBC 4KD5A 2CMOA 3PPPA 3UN6A 5DVIA 3C33A 3R7XA 1N04A 3K6WA 3H4ZA 3QAXA 4KQPA 3IAZA 5BUUA 4N13A 4KHZE 4NF6A 3FIRA 4QFLA 3RTFB 3HCQA 1Y3NA 2Q88A 3BKIB 4PQJA 3Q27A 3TZAA 2XXUA 2F35A 1AOVA 1ZKBA 3G7WA 2VGQA 1DMBA 5ITPA 2I0CA 3MP8A 4RYAA 2ZXTA 1UIVA 1VFDA 3QYTA 5EHMA 5J1DA 1EZOA 3B7DA 4ELPA 1B0HA 2ANJA 1H44A 2VD2A 4ND9A 1I69A 1A55A 1SD3A 3IX1A 1FQEA 3GLBA 3IB1A 1TT1A 3ODBA 3IORA 4R9FA 2REJA 5I2KA 5F1QA 1MPCA 1H43A 2QS4A 5EYFA 4G2ZA 1IIWA 2ONKE 3PUZE 2QSXA 4C1UA 4R9GA 4X9TA 2DE3A 2F7AA 2GHBA 2XHDA 3N26A 3IO4A 4RJZA 1NKXA 4DXCA 1Y20A 1Y4CA 3RN8A 3CSGA 1Z7NE 4THIA 4BDLA 2PT2A 4ZEKA 1A8FA 4TOZA 3TUSA 3CG3A 5IKBA 3TKDA 1MY1A 4GWOA 2QRYA 1UTBB 4IO6A 3FATA 5A5XB 4NMYA 1II5A 4G8MA 4U1ZA 3O9PA 5JTYB 3M3KA 2ABHA 3HV1A 2DE2A 2Z8DA 4Q0CA 4QRZA 3R26A 2XXHA 5DEXB 2H5YA 4MH5A 4HTGA 1LFGA 4KFQA 1Q35A 3GBBA 1FCKA 3OSRA 1LCTA 1DTZA 2UXAA 3U94A 3SETA 4X1BA 5I59A 3U92A 4OEVA 4XKRA 4BDRA 4ELRA 3K1PA 1D4NA 2G93A 2W7YA 1S7YA 1IXIA 4YU0A 3RT6B 2Z22A 1SYIA 1R9QA 4F2QA 5ICQA 2XXYA 3IOVA 3OELA 3W9WA 4Z7EA 5AA2B 3TQLA 4ISUA 2XXWA 4YICA 1FTKA 4OTEA 1FQCA 4HCYA 5LOMA 1JVYA 3C31A 3KJTA 4ZEBA 1GGGA 1H76A 3C34A 3KOSA 2H4IA 1MXZA 1MDP1 4GOTA 4TQUQ 1OIBA 1O64A 2I4BA 1B5JA 3BFUA 3M3FA 1OQGA 2E0SA 4NEDA 3MP1A 2NXOA 1A7LA 5F7VA 2I58A 2X7QA 5I58A 2LAOA 2XD2A 1PDAA 2DS9A 1MXYA 2QPQA 2H98A 3TCHA 3EHTA 1XOCA 3SEYA 2Z8EA 1S9TA 3VDFA 3PGFA 5TPAA 3FZVA 1Y3QA 1DOTA 4PFWA 4FATA 3AXFA 4M4GA 3S9NC 1XVYA 1WDNA 3PPQA 3PV0E 3KN8A 1N7WA 3Q29A 3R6UA 3TTKA 1PBQA 1HSLA 1IZ1A 4OHNA 4OYVA 3CFXA 4LUBA 3UIFA 2HQ0A 3RNNA 4G4PA 4I62A 2R71A 5CMCA 4GL0A 2XXPA 2B3FA 1NFTA 3VVFA 2YPNA 3DP4A 4ZZAA 3TMGA 4NTLA 4FAJA 2H99A 4NF6B 1MRPA 3L6HA 2AL5A 1MQJA 3OO6A 1OVBA 3ZSFA 1N3WA 1BLFA 3K6XA 2OCUA 3MZ9A 1B58A 1A40A 4O3AA 4EF2A 2ZMBA 3MPLA 1XS5A 1GTKA 3C4MA 1Y1MA 4FIMA 3KGCA 1POY1 1B7UA 5I2KB 3ILUB 1URDA 2V3TA 3KN3A 4R73A 5HM4B 2DVZA 4PP0A 4OQOA 1D9YA 1A54A 4UACA 4OENA 5DYHA 2AIXA 4JBZA 2VHAA 3FVNA 3SEVA 1LAFE 2PBWA 3K02A 4XKQA 4G8HA 5FHNA 4F2OA 3LSXA 3RGYA 5B70A 3K1NA 4DE8A 1UTHA 1MXXA 3V89B 1B05A 1MH4A 1CB6A 3WAEA 4MLVA 4C0RA 1NNKA 2I3WA 1IQ7A 4G68C 1SW2A 4P0IA 4IY5A 3FGSA 2Y7PA 1B3LA 4ECFA 4H67A 5DVJA 5B7DA 2QS3A 2HXWA 1B9JA 4N6PA 1MY3A 2YJPA 3EHUA 3H6UA 1TFDA 1LFIA 4EUOA 3FXUA 1B6HA 4KPTA 5TU0A 1OLCA 1P99A 4KYSA 1SYHA 3FVKA 2DP8A 2F97A 5I2NA 3BBRA 5HPQA 5I59B 1FQDA 1MPBA 4JDFA 4IO4A 4QFNA 2OZZA 3VE1B 2Y7RA 4F29A 3KN7A 4JWYA 1A8EA 4OFOA 3PPOA 4OERA 3PUXE 3C32A 3OO8A 5ITOA 3I3VA 2XX9A 1SI1A 3CRBA 2RINA 2IA4A 1MS7A 1WVJA 3QSLA 4Q30B 2DWIA 3I6VA 3TFLA 3VFJA 5BWJA 1XVXA 1M5CA 5H8SA 3S9MC 2Q2AA 3F11A 3MPKA 2RKMA 3K00A 4H0WA 3VXBA 4DDDA 2HEUA 4U4XA 4DXBA 4MBPA 4GXAA 4I1DA 3OEMA 1N7XA 3FJMA 3DLNA 1EU8A 2FYIA 3O97A 5CM6A 1R6ZA 2QMXA 1I6AA 4Z0IA 3FVOA 5I58B 4Q8RA 3JV9A 4R75A 3D4CA 4LATA 2P0SA 1OMPA 4I9DA 4JB7A 1ZLQA 1MM7A 2VOZA 4QFOA 1URGA 3CFLA 1P1OA 3M3LA 4KR5A 2G29A 5TPAB 3T22A 2REGA 1M5FA 3O29A 3N94A 2XXIA 3T93B 1B1HA 2I49A 1JW1A 3G3HA 5CBSA 4R72A 2ZYOA 5CRYA 3VVEA 3IK6B 1I6QA 5I56A 4NWCA 1IUDA 1QUKA 3IO6A 3USDA 3OEKA 4X1DA 3KJ7A 4LQ5A 1TXFA 2D5WA 4EQ7A 1B52A 1PBPA 1GR2A 3TTLA 3FV1A 4U22A 4RY1A 3PUVE 4RK2A 5L9MA 3K1MA 3MQ9A 1B2HA 1MXUA 1PB7A 2O7UA 4NF5A 4FEDA 1IITA 3IOUA 3OO7A 4GIZA 1LAGE 1NNPA 3T96B 4OFLA 3SEUA 1P1WA 2NUVA 3O2AA 3FXQA 5H8NA 5CMKA 3ZS6A 3QK6A 1QUIA 4ESWA 3PMVA 1EZ9A 1JNFA 3RPWA 1XHYA 2AL4A 2ONRA 3OMBA 3V5AA 1MQDA 1MY2A 3RT8A 2DWJA 2DXRA 4F3BA 1Z7ME 4XKPA 2UYFA 4ZEFA 3SERA 4DLDA 4IGRA 5JK4A 2GHAA 1H45A 2WKYA 4KCCA 2PX1A 1FQBA 2O6AA 4F3GA 3FASA 2VP1A 3MVXA 1DSNA 2HZKA 2R6GE 3LC8A 3G3KA 1DTGA 4BLAA 1KWHA 1MDQA 2ESNA 4GQOA 1OLAA 3IOWA 3EF7A 1R1NA 2RF1A 1DPEA 2P1SA 1MPDA 3MAMA 3N6UA 3TYHA 1AMFA 1D3KA 3IL1B 1FTMA 2F6GA 5H8QA 3RQTA 2X26A 5I2NB 4QHQA 4RPOA 2PMSA 4G77A 1B7ZA 4LONB 4XKNA 1FQAA 4XXUA 3LR1A 1LLSA 4KYEA 1ZIUA 4LZ7A 3UA8A 4RA1A 2O1MA 2O7IA 1SBPA 2FNCA 3S9EA 2UVJA 4GLIA 3GBAA 4RK9A 4F18A 3HHFA 1ZMGA 2XX8A 1MXWA 4C1TA 1AIVA 2AYSA 5JEIA 3OXNA 2KLFA 5CMBA 5DTBA 1ZJLA 4U2RA 4HS7A 3T66A 1S50A 1BIYA 4YKPA 3SEXA 3B6QA 1QJMA 4M1VA 3T9HB 5FHOA 1EH3A 5H8FA 3TTNA 1SI0A 5AA3A 3RTWB 2DYXA 3OOAA 3H7MA 1B5HA 4BDNA 1GV8A 3B6WA 1OQHA 1IXCA 4F31B 3C9HA 3K4UA 4O3BA 1B46A 2RCBA 3IJOB 5KDTA 2QJEA 3OENA 4YKKA 2Q9TA 3H6WA 1UQWA 2THIA 4K3FA 1QUJA 3W15C 2QMWA 3IR1A 4AQ4A 5EHSA 3PPNA 1RKMA 2O68A 1USYH 3MP6A 2GFEA 3HSTA 4IY6A 3TPAA 5AA1A 5I57A 2NWJA 2PVUA 1MG1A 2ZNTA 5I56B 4PETA 1JW5A 1Y3PA 2UVGA 1B3FA 4GD5A 2DVCA 4KI0E 3K6UA 3LSLA 5A5XA 1N84A 1SVXB 1NH7A 2I0BA 5KCJA 5JTYA 1VE4A 2F34A 2F6PA 3E4RA 1P1NA 4LZ8A 3LSWA 4U23A 2D3IA 4GVOA 5FTIA 3G3IA 2B3BA 4U1OA 3U1OA 4RXLA 3L6GA 1Y1ZA 4NF5B 4FORA 1NNTA 4NF4A 3UORA 3T9VA 1ATGA 4YKIA 3G3FA 3T9XB 3OD7A 4QFKA 4ZDMA 2H25A 4R6YA 1YCJA 5H8NB 4N07A 1USYE 1HSEA 2OWTA 3THIA 3TDJA 2B65A 3N5LA 1QVSA 4U4SA 3E13X 1P1QA 4RNSA 3EQ1A 3TCFA 2DSFA 1B4HA 4O3CA 4G68A 2RC8A 3ECRA 3SDFA 2OJTA 1MH3A 1PB9A 4R6HA 4NF8A 5ELVA 2NVUB 3O6GA 1B3EA 2I4CA 4ZECA 4X48A 3K01A 3O28A 2FA7A 3Q28A 2QS2A 4F3SA 3A3CA 5K2XA 1TWYA 5AE4A 3E9XA 5CMMA 4Q5TA 4YAHX 2Y7IA 2V93A 3QXMA 4R2FA 3K6VA 4FEBA 1B4ZA 2QS1A 4F22A 5IAIA 2RC9A 3PPRA 1FTOA 1B0LA 1O63A 2UVHA 5DT6A 1B32A 3DM0A 4E0WA 2ALUA 4ZZEA 2Z23A 2DWAA 2O69A 1NL5A 2ZYMA 1US4A 3G3JA 3H03A 4F1VA 4IO5A 4ZS9A 3UK4A 1GVCA 5H8QB 1NH8A 3PUYE 4OETA 2HAUA 4HW8A 4OMBA 5CBRA 1P1UA 4BDQA 4QF9A 1MY4A 5L8DA 4WEDA 1IXHA 3TELA 3CIJA 3M8UA 2OBGA 4BDOA 4P11A 3CR9A 2XXTA 2X7PA 3ILTB 1MY0A 4KYDA 5FTHA 1MM6A 1SDXA 3VVDA 3G3GA 1A99A 1LBCA 1FQFA 2F5XA 4ZEIA 4DIGA 3QUFA 1AL3A 3FXRA 4DCYA 2Y7WA 4H6DA 1AH5A 4R74A 1JEVA 2Y84A 3N6TA 4GXSB 1QKBA 2DOJA 3CFZA 1LAHE 2DWHA 3JYRA 1T0KA 5H8FB 4OEUA 3ZKLA 1HSJA 4MF3A 2F7BA 3D4GA 5M2VA 5TP9A 4MFIA 3I5OA 1PEBA 5KDTB 4TLMB 3IB2A 1SW1A 3LUYA 4GRKA 3A3UA 3HHGA 2XXQA 3H6TA 3IB0A 1I6BA 3MUQA 4EQBA 3HPIA 2XD3A 3CI8A 3VLWA 3C35A 2O51A 2D21A 2DE4A 2P2AA 2GH9A 3Q26A 2HCAA 1VFEA 5I57B 4OXVA 4MLQA 1M5EA 4OESA 4OZ9A 4JWOA 4F1YA 4F39A 4YMBA 1JVXA 3FUZA 1YTVA 4AB5A 4NWDA 4AB6A 4L17A 3DP8A 1POTA 4P0GA 1WODA 2F36A 3U72A 5KCJB 4H5GA 2PYYA 1ANFA 3JZJA 3FJ7A 2ZNSA 5I84A 3PMXA 5AA4A 2V25A 3PUWE 3CVGA 1B3GA 2DQVA 1MQGA 4NF4B 1N76A 1MXVA 2OWSA 3PMWA 4F19A 3HO7A 4GFRA 3PU5A 1JEUA 1FTLA 1UTHB 5L9OA 3S2VA 4DXUA 1QKAA 4H1XA 2XXRA 2HFBA 2GRVA 3H3GA 4ZE9A 1Y4TA 4OWDA 1M5DA 4F3PA 3TTMA 3RLFE 3TAJA 2XXXA 1O7TA 4G68B 3EPEA 4WKMA 1CE2A 4DZ1A 1MQIA 3V83A 2Z8FA 4I8CA 4POWA 3S9LC 1ZBMA 3OO9A 4NF8B 4QSDA 3MZ1A 1QW0A 4KCDA 2Q89A 3P7IA 3EHSA 2RC7A 2F8DA 3MBPA 3K0VA 3O6IA 5H8HA 4PE5B 4QFPA 1RYXA 1IXGA 1QULA 4ELQA 4YKJA 4RPNA 4U21A 4LA9A 2YLNA 3MWBA 5CC2A 2A5TA 2I6EA 4LZ5A 3SEWA 3PD8A 1DPPA 3KZGA 3KBRA 1JETA 1LFHA 3KSJA 5L9SA 4ELOA 3CG1A 4QSEA 1D9VA 5K2YA 1N0TA 1MQHA 2ZYKA 2A5SA 3ONMA 3QUJA 2DXYA 2XX7A 3HN0A 2NOOA 4PFYA 3FJGA 4HCWA 4R2BA 1LBBA 3KEIA 2O84X 3O66A 3SESA 1F9BA 3VV5A 4H5FA 3H06B 3W9VA 3K2DA 3DP6A 4PFUA 3B6TA 2HZLA 5ISUA 1URSA 1SW4A 1XC1A 1VSOA 3IJXB 1YAEA 2ZNUA 1ZTYA 4JXIA 3VLUA 4H65A 1LAXA 1M5BA 2HAVA 3Q25A 4OVJA 1B7HA 1OVTA 3OSQA 4ZEDA 3MZBA 3VXCA 3KOTA 1SQYA 2XXVA 5AA2D 1LB8A 1US5A 4QSCA 1L5TA 3EN3A 2Y7KA 4XIGQ 1BTJA 2V3UA 1R9LA 1LSTA 1PB8A 3BFTA 3ZKKA 2R9JA 2UVIA 2PT1A 3LSFB 3DELB 1B5IA 3FVGA 5TP9B 1NNFA 3MVYA 4ONYA 4JSDA 4LP2B 3C36A 4WEPA 5HBCA 3VLVA 1UTBA 1RYOA 3U8QA 1JQFA 2I3VA 1FTJA 1Q1KA 2F78A 1LB9A 4YB5A 3GXAA 4H8JA 4E0XA 5KZTA 1B1XA 3TEPA 5ICTA 5DEXA 1H3DA 1PC3A 4IB2A 3CSBA 3KSXA 3T9UA 4LQ2A 1B40A 4G8NA 3TODA 2F7CA 2BJJX 2RCAA 4FE8A 3LBSA 4FECA 4F1UA 1JW4A 3TCGA 1BP5A 4YB7A 4EXKA 4ZE8A 3UGWA 3WAFA 4BDMA 2OK2A 2M8CA 4FJPA 4ESXA 4EQ9A 5CI5A 1Y9UA 4DCXA 5DVFA 3FD3A 4YB6A 4EDPA 3FV2A 4YMAA 4EXLA 4EF1A 5AA4B 5AA2A 1ZU0A 4H8IA 3UP9A 3U93A 1B3HA 4YZZA 4R6KA 1XT8A 1SW5A 3QIMA 3TQWA 3O6HA 3MW0A 2CZLA 2O1LA 4IGTA 1N3XA 2VD3A 3MJNA 1TFAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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