2Y7KA

Dntr inducer binding domain in complex with salicylate. monoclinic crystal form
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
DPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFTELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
molecule tags Transcription
source organism Burkholderia sp. dnt
total genus 69
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7kA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7kA02
3IOVA 4OERA 1A55A 4G8HA 2HAUA 1P1OA 1SYIA 3B6WA 2R9JA 3MPKA 4JWXA 1XVYA 4RXLA 4E0XA 1H44A 5AA4A 3EQ1A 3HPIA 3KBRA 4BDMA 4Z0IA 1D3KA 4F3SA 3MVXA 5I2KA 4F18A 4ZE9A 5L9SA 4G68A 3Q25A 3A09A 2O6AA 4H5FA 4LZ7A 4TOZA 2KLFA 3IK6B 3OEMA 1TWYA 3LR1A 3MZBA 3C9HA 2O68A 4ZEFA 3IOTA 5DVFA 2B3FA 1VFEA 4NE4A 3KFMA 3K6WA 2D21A 2OCUA 1JEUA 1ZJLA 3GBBA 2XD2A 3UN6A 3KEIA 4DIGA 3MWBA 4TQUQ 3B7DA 2I48A 2DP8A 4N6PA 3A3CA 4ECFA 3SDFA 1Y3QA 3LC8A 2O7IA 3FXQA 2HCAA 3PD9A 1M5CA 2F6PA 3M8UA 2UYFA 2LAOA 4BDQA 4WEDA 2XXTA 3IOUA 1MPCA 4BDOA 1B3EA 3TTNA 2VP1A 3PUYE 3Q28A 1SD3A 3IO6A 3S9EA 4F31B 4LP2B 3OO7A 2XXRA 4E0WA 2DE3A 4LQ5A 2BJJX 4Q0CA 1XC1A 4H67A 1ZU0A 2Q89A 3T9UA 3DP4A 1B40A 3OO9A 2H99A 3PD8A 4H1XA 3PU5A 1MY4A 2I0BA 4NF5B 3FJMA 1VFDA 4IO5A 1O63A 1OLCA 3PMWA 4IB2A 2G29A 1US5A 3BBRA 1YTVA 3TODA 4TLLB 3PPPA 1PEBA 4POXA 4LQ2A 1QUJA 4YKIA 5HBCA 5TP9B 2VD2A 2F7BA 1IXGA 3QUFA 1XT8A 5K2XA 5CM6A 1DOTA 4R2FA 2DQVA 2Y7PA 3I3VA 1Q1KA 4F22A 3SESA 3K0VA 5HM4B 3E13X 4GL0A 1P1QA 1D9YA 4IO7A 4YICA 3UGWA 2ZNUA 1FTLA 1Y4CA 4I9DA 4NF5A 1LAFE 1B0HA 4JXIA 2VOZA 3W9WA 3KGCA 2IEEA 4OENA 5EHSA 3LSLA 3G3IA 4ZE8A 1N76A 1N84A 4P0IA 2GHAA 4DDDA 2H4IA 4IGRA 1I6AA 2PT2A 4QFKA 1FTKA 5ITOA 1P1UA 4YAHX 3H4ZA 4FEBA 3U93A 3ZS6A 1LCFA 5AA2A 1IXCA 1POTA 4XXUA 4HTGA 3RUMA 4AB5A 1JETA 3WAEA 1OVBA 1F9BA 5FTIA 1USYE 1QULA 3OEKA 3BKIB 2DS9A 4OZ9A 4LZ8A 4X9TA 1GGGA 1MXWA 5H8QB 3VVEA 1TXFA 3KOSA 1AIVA 4NMYA 1P1WA 3KJTA 4ND9A 4MF3A 5L9OA 2REGA 4DZ1A 2P2AA 3EN3A 5I84A 1LAGE 1M5DA 5IAIA 4G77A 3K00A 1PB8A 2RF1A 3O2AA 1MY3A 2Z8EA 2YJPA 4HW8A 4HCWA 4RYAA 2THIA 1B7UA 2OLBA 2XX8A 1TFDA 1M5BA 2DXYA 2AYSA 4KYEA 1IZ1A 2QS4A 1MPBA 3IAZA 1R9LA 4P11A 2F78A 2Y7RA 3TZAA 3CFLA 4RPOA 2F36A 1POY1 4GQOA 1SW4A 1US4A 4ONYA 2A5TA 1I69A 1NMUA 3TCHA 5I58A 3OXNA 1TT1A 4IO6A 4XKRA 1B52A 1MG1A 2F7CA 3B6TA 3RN8A 3MPLA 2O69A 1B1XA 1DMBA 4MLVA 5B7DA 4U2RA 2YPNA 1SVXB 4PQJA 4UA8A 1N7WA 1H3DA 4THIA 1AMFA 4MLQA 4X48A 1LFGA 1B5JA 2O1LA 2V3QA 1MQDA 1B3HA 1R6ZA 3L6GA 1LAHE 2NOOA 3PPOA 1SYHA 3IL1B 3MC2A 3RLFE 1Y1ZA 1IXIA 1LAXA 3PMVA 2PT1A 3CVGA 2M8CA 4GOTA 1FCKA 4MH5A 4RK9A 5DEXA 3U1OA 2F97A 4R9FA 1B05A 1FW0A 3TTMA 3RPWA 1B5HA 2X7QA 4QSCA 4DLDA 4JSOA 2XXUA 4U1OA 5TPAB 2HQ0A 4RPNA 1EH3A 4C1TA 3CIJA 1S7YA 3LSFB 3SKPA 2HXWA 1YPNA 2RINA 2NXOA 4H0WA 4NF8B 4R6KA 4LVQA 3QYTA 5CBRA 4U4XA 4I1DA 2X7PA 5I57B 3TKDA 4R9GA 1GVCA 1O7TA 2O7UA 4KFQA 3GBAA 3PPQA 2Q2CA 4POWA 3TPAA 4OWDA 3U8QA 3N26A 5TPAA 2Z8FA 5CRYA 4F3BA 2CMOA 2V3TA 2NWJA 1OQGA 5H8HB 4NF8A 3TEPA 3KN7A 5I57A 3JYRA 1VE4A 2IA4A 1MXZA 2XXPA 4G8NA 1GR2A 3O9PA 3N6UA 1ZLQA 1URDA 5BUUA 3CSBA 4Z7EA 2HFBA 2DVCA 2QS2A 1MXUA 3MAMA 4OHNA 1N0TA 2Q9TA 4QFOA 3MP6A 3FV2A 4EQ7A 2RCBA 3MW0A 5AA4B 1Y20A 3SETA 2OWTA 3FATA 1PDAA 3R26A 4Q5TA 1RYXA 2PYYA 4OETA 3CSGA 5CMBA 1SW2A 2CZLA 2FA7A 4EF2A 5H8NB 2DXRA 2VD3A 4NWCA 4LZ5A 1MM7A 1FQEA 4XKNA 3HHGA 3LBSA 3A3UA 3DP6A 4QRZA 3H6VA 4H8JA 3F11A 3G3HA 3HCQA 1EZOA 4R6YA 3M3LA 4ZECA 2UVJA 2XXIA 2H9BA 4OQOA 4ZEBA 3MP8A 3FZVA 3TDJA 4X1DA 3S9MC 5FHMA 3MJNA 3ZKLA 3N5LA 4YB5A 2GHBA 2Y7KA 5H8NA 2H25A 1ZMGA 4P0GA 3OMBA 2UYEA 4XIGQ 1DPPA 1BLFA 4U4SA 1FQDA 4PFYA 3VLUA 4GRKA 2VHAA 2DWJA 1WDNA 4FE8A 3DM0A 4F39A 1A40A 5KZTA 3TTLA 1SI1A 3U72A 4XKQA 2XXYA 4GFRA 4ELRA 4HCYA 3K2DA 3FVGA 4YU0A 3VE1B 3KSJA 1PBQA 3UA8A 4O3CA 3KZGA 1KWHA 1LGBC 4F19A 4R74A 3MQ9A 4R2BA 1PB7A 3AXFA 4YB6A 2D5WA 3OO8A 4LATA 3IO4A 2DYXA 4PP0A 2PBWA 2QPQA 3S2VA 5K2YA 5ICTA 5DTBA 5F7VA 4LONB 3H6TA 3CG3A 4G4PA 2ONSA 4QFLA 5AA3A 2XXWA 2Y7WA 4QFPA 2F5XA 4IY5A 4U1ZA 3OD7A 4OYVA 3IR1A 3FJ7A 3T96B 2XX9A 4C1UA 2QSXA 5AA1A 1JW1A 1B32A 3TCGA 1MDP1 4JDFA 1LB8A 3C4MA 3IB2A 1LCTA 3K02A 2ZMBA 2O51A 2XX7A 3TAJA 2E0SA 1OVTA 2HEUA 4KR5A 3FXRA 1FTOA 5H8FA 4YMBA 1ELJA 1JVYA 2PX1A 4GD5A 2I3WA 1IUDA 3SEXA 5IKBA 4OMBA 3PV0E 3CG1A 3O29A 3VLVA 1YAEA 1RKMA 4DXUA 5AA2B 4XKPA 3FIRA 3RQTA 3D4GA 2HAVA 3T9VA 3O97A 4EQBA 4OEVA 4OVJA 3CFXA 3PPNA 2I6EA 5CMKA 1ZTYA 3PPRA 3OO6A 1Y4TA 5I59A 3GZGA 2DOJA 3KOTA 5ICQA 1LBBA 3ONMA 4ZDMA 3H3GA 1JEVA 2QRYA 1QUKA 1B7HA 5DT6A 4KCCA 4NF6B 1WVJA 3BFTA 4ZS9A 3KG2A 2DE4A 1Y1MA 2V84A 1SQYA 1B5IA 1FQAA 4FECA 3V5AA 1XS5A 5ELVA 1GTKA 1NKXA 3RGYA 2RCAA 5M2VA 1AL3A 2ZXTA 1QKBA 3EF7A 3S9NC 3MVWA 1VR5A 4O3BA 1BP5A 1MRPA 3H6UA 2A5TB 3IX1A 5DVIA 1AH5A 1I6BA 5I58B 4YKJA 4NF6A 4TLMB 4ZEDA 5CMMA 3FUZA 4KCDA 3OSRA 2I0CA 1ANFA 1B3GA 1P1NA 3U94A 3VXBA 3K1NA 1SBPA 2HZKA 5J1DA 3K6XA 4GL8A 3V83A 4RJZA 1HSJA 3FV1A 1B7ZA 1LFHA 4WEPA 4YKKA 2Q2AA 1SI0A 3OELA 1MY1A 4H8IA 4QF9A 3L6HA 5BWJA 1OMPA 1IITA 4U23A 3QXMA 3IB0A 2P0SA 3S4UA 2F6GA 5DEXB 4FJPA 3QIMA 2F8DA 4KYSA 4PFUA 2QMXA 1R1NA 2VGQA 4KD5A 2PVUA 1VSOA 3TCFA 4ELQA 3EHTA 3PMXA 2AIXA 2UVHA 3HN0A 5HPQA 2ONRA 1IIWA 2V93A 4NF4B 2Q8JA 4RNSA 4ESXA 3H03A 1N3WA 3T93B 5EHMA 1A99A 4U22A 4K3FA 4RY1A 1UTHA 2B65A 2UXAA 2QS1A 2QS3A 3OSQA 1MH4A 4IO2A 4IY6A 4OEUA 2OZZA 1CE2A 4GXAA 4KYDA 3W9VA 3LUYA 1JVXA 5KDTB 4F1UA 1IQ7A 1HSLA 4QFNA 2OK2A 3K1MA 3N94A 3UORA 1MDQA 3RT8A 1Y3PA 2F7AA 3VDFA 4IO3A 3VVFA 4NF4A 5CC2A 3G3FA 1XVXA 4GVOA 4ISUA 3ILUB 4OXVA 1A54A 1JQFA 4H5GA 3FJGA 1SW5A 1UTBA 3Q29A 5B70A 3EPEA 4KHZE 1MXYA 5KDTA 5FTHA 2XXXA 1ZIUA 1JW5A 2D3IA 3QUJA 3H06B 2AL4A 2WKYA 2ZNSA 3FVOA 4KI0E 4F3GA 5DVJA 2V25A 4DXBA 2UVGA 4PFWA 1DSNA 4WKMA 4M4GA 3T9HB 1S9TA 1L5TA 3VXCA 2V3UA 1H43A 1NNKA 1SW1A 4M1VA 4ZZEA 1MS7A 1BKAA 1I6QA 4QSEA 1B2HA 1MXVA 4ELPA 3USDA 5AE4A 3TTKA 4EUOA 3MZ1A 4BLAA 5AA2D 4RK2A 2RKMA 1IXHA 3QK6A 3C36A 5TU0A 3TFLA 3P7IA 3G3KA 3VFJA 3VV5A 4AQ4A 3R7XA 3W15C 3M3FA 3MVYA 1Z7ME 3JV9A 5I2NB 3V89B 4F3PA 2Z8DA 4DE8A 3I5OA 4WXJA 3N6TA 4UACA 1FTMA 1QVSA 3K4UA 3IORA 3FVNA 3RTFB 3UP9A 1EZPA 2GH9A 4R6HA 3O6IA 1FQFA 3LSWA 3VLWA 4U21A 4O3AA 2DWHA 1XOCA 1MQGA 4BDLA 4YB7A 1MPDA 3T66A 1NNTA 3MVZA 5I2NA 4DCYA 1R9QA 4HS7A 1NNPA 1MQJA 4DXCA 4I8CA 2I4CA 1NL5A 3O28A 3KJ7A 1B0LA 3GLBA 2R6GE 4GWOA 5JTYB 2Z22A 1MXXA 3M3KA 2H5YA 1LB9A 2DE2A 2XXHA 1M5FA 4L17A 4F2QA 4GF8A 3DP8A 1ZBMA 3CI8A 3PUZE 4QSDA 3I6VA 4GLIA 1RYOA 1UQWA 4EXLA 3FXUA 3ZKKA 1S50A 3ODBA 3O6GA 4OFJA 1J1NA 2Y7IA 4BDRA 3E4RA 5L8DA 4F29A 1UIVA 2XHDA 5JTYA 1OQHA 4GIZA 4F1YA 1LLSA 2ZYOA 4R73A 2O1MA 2Q88A 1B1HA 3TUSA 2I3VA 5A5XB 3SEWA 1B3LA 4NEDA 3RTWB 4LUBA 3MBPA 4G8MA 3C35A 4MBPA 5KCJB 5H8FB 2I49A 3E9XA 1LSTA 3IJXB 4AB6A 4JSDA 1A8EA 2UVIA 2OBGA 2GFEA 3MP1A 3E3KA 2A5SA 1DTGA 1B6HA 1JNFA 2AL5A 3G7WA 5A5XA 1T0KA 3ILTB 4IGTA 1H45A 4MFIA 4ELOA 3PUWE 3EHSA 2ZYNA 3OENA 3HSTA 3K01A 3SEVA 5KCJA 4EXKA 2ONKE 1CB6A 3PUXE 1OLAA 3C31A 5I59B 1PC3A 4LA9A 4NTLA 1IEJA 4JBZA 1QW0A 4DCXA 3C33A 2R71A 1EU8A 1MQIA 2I58A 3Q26A 1N7XA 3TELA 1GV8A 3JZJA 3K6UA 4H65A 3H7MA 1URSA 2XXQA 3EHUA 3T22A 4FORA 3KSXA 1BTJA 4R75A 2ZYMA 4Q8RA 5FHNA 4R72A 3BFUA 2O84X 2GRVA 4ZEIA 3PGFA 3D4CA 2Z23A 4YKPA 2DWAA 1Y9UA 1TFAA 4N07A 2ZNTA 4KQPA 1PB9A 1MH3A 5H8SA 3K6VA 5TP9A 3CFZA 2XD3A 4YMAA 2FYIA 1MY0A 2F35A 3O6HA 4PE5B 4OFLA 3KN8A 4NWDA 2RC7A 4PETA 3Q27A 4H6DA 1B51A 1JW4A 1NH7A 1MQHA 3IB1A 3UK4A 3MZ9A 4GXSB 3O66A 2ANJA 4FAJA 2H98A 5DYHA 1AOVA 1USYH 2ESNA 4RA1A 3UIFA 2QL3A 3V8XB 3CRBA 1P99A 3QSLA 4ZZAA 3WAFA 5ISUA 2QMWA 2F34A 1B4ZA 2DVZA 5JEIA 3TMGA 1DTZA 2B3BA 3FVKA 1M5EA 2DSFA 3C34A 4I62A 4BDNA 5LOMA 3HHFA 3G3GA 2ABHA 4ZEKA 5H8QA 4Q30B 3HO7A 3R6UA 3HV1A 1B46A 5FHOA 1FQBA 3TTRA 2ALUA 3ZSFA 1UTHB 4OTEA 3IOWA 1H76A 2RC9A 5CBSA 3SEYA 3THIA 1BIYA 1DPEA 2Y84A 2G93A 4F2OA 3FGSA 4FEDA 1B3FA 3SERA 2W7YA 2NUVA 3TYHA 3CR9A 1UIUA 3VVDA 3FD3A 4OFOA 3PUVE 4YZZA 3T9XB 1O64A 1A7LA 2REJA 1UTBB 4OESA 4JWOA 2I4BA 1PBPA 1EZ9A 2RC8A 3RNNA 2DWIA 4EF1A 1FQCA 1A8FA 1Y3NA 4X1BA 1Z7NE 3QAXA 1D9VA 1QKAA 2OWSA 5JK4A 4N13A 1Q35A 3RY3A 2NVUB 1D4NA 3RT6B 3DELB 4G68C 1YCJA 1WODA 3DLNA 3G3JA 1LFIA 1OIBA 1B4HA 3H6WA 1URGA 2FNCA 1XHYA 4IO4A 4KPTA 4QHQA 3S9LC 3KN3A 3TQWA 1B58A 3C32A 2X26A 4FIMA 1QUIA 2OJTA 1NH8A 1FTJA 4JB7A 2QJEA 2PMSA 2YLNA 2XXVA 1N04A 4EDPA 4G2ZA 1MY2A 5I56B 5F1QA 3K1PA 5CMCA 3ECRA 1ZKBA 1QJMA 3LSXA 4F1VA 3OOAA 2HZLA 5ITPA 1SDXA 3B6QA 4JWYA 3TQLA 1ATGA 5EYFA 4ESWA 1HSEA 3U92A 1LBCA 4XTCQ 5L9MA 1B9JA 4C0RA 1II5A 2E1SA 5H8HA 5I56A 3IJOB 3FASA 3MUQA 1NFTA 5CI5A 4FATA 1MM6A 1N3XA 2P1SA 3SEUA 4EQ9A 4PFTA 5I2KB 3GXAA 1NNFA 2ZYKA 4G68B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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