2Y7KA

Dntr inducer binding domain in complex with salicylate. monoclinic crystal form
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
DPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFTELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
molecule tags Transcription
source organism Burkholderia sp. dnt
total genus 69
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7kA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7kA02
3RTWB 4OFLA 1IZ1A 3SERA 3BFUA 3T96B 4RYAA 2LAOA 3RT8A 2ZYOA 2BJJX 3CR9A 1NNKA 3C35A 4Q30B 3PPQA 3SEUA 2O84X 3K1PA 2A5SA 3SDFA 3C32A 1B0LA 1XOCA 2I3VA 4ECFA 3VLVA 2P1SA 3CI8A 2V3UA 2F7AA 4X48A 2Y7IA 1B7ZA 3RY3A 3K6VA 1EZOA 1DTGA 5I59B 3KFMA 4PETA 1JNFA 2O51A 4KD5A 1AMFA 1PEBA 1EH3A 4ESWA 3L6GA 4IO6A 1PBQA 2I6EA 2DXRA 3WAFA 3KJ7A 4OERA 4WEDA 2XX9A 3JZJA 4XIGQ 1GR2A 1NNPA 4LONB 2DVCA 4OMBA 3T22A 4JSOA 2XXVA 4F3BA 3GZGA 1PBPA 2CZLA 4NF5A 4ZEIA 2O7UA 5AA2B 5I58B 2F5XA 2F6PA 3CIJA 1POTA 4XKPA 1UQWA 1JETA 1B3GA 2V84A 1BIYA 4THIA 4NE4A 4X1BA 3CSGA 2Y7PA 1NNTA 1M5BA 1S50A 3HO7A 1B52A 4KQPA 4U23A 3LSWA 2H98A 4DCYA 3QSLA 4HS7A 1QW0A 1SQYA 1SBPA 1ELJA 5CMKA 3DLNA 2Z8FA 5TPAB 1USYE 3IK6B 4GL8A 4DXBA 3ONMA 3N26A 3T9HB 1FQBA 2XX7A 3OO8A 4PFUA 4DXUA 4OETA 1B7UA 1MQHA 4FJPA 4KHZE 4G68B 3DELB 1A99A 1VFDA 4BDQA 1WODA 3PD9A 2QS3A 4NTLA 5F1QA 2D3IA 1P1WA 2CMOA 3OENA 3PMXA 3U94A 1UTBB 4DZ1A 1P99A 1LB9A 3CG1A 5L9MA 4BDLA 1Y1ZA 1YCJA 4ZEFA 1Y3NA 5FHMA 4GLIA 4EQ9A 3HCQA 4YZZA 3IJXB 3KSJA 2AIXA 2G93A 3VXBA 4F31B 1LB8A 1YPNA 4OESA 3KN3A 4R6HA 1IIWA 5M2VA 3IO6A 1RKMA 2P0SA 3KZGA 3TEPA 4RJZA 2A5TA 3FV1A 5TP9B 1QKBA 1Y9UA 2D21A 4EF1A 1A55A 1WVJA 3TCFA 4R9FA 3TELA 5J1DA 3A09A 4YKPA 1N7XA 1T0KA 3PUYE 4U4SA 1JQFA 4HCWA 2OK2A 3G3IA 2ALUA 3T93B 1RYOA 5I56B 3ILTB 5DT6A 2NWJA 5FHNA 1LAHE 2F35A 4F18A 4QFNA 5I2KA 2DVZA 4F39A 3VVFA 4WXJA 1B51A 5ITOA 1MXVA 4N07A 2HZLA 3Q25A 1XVYA 2DXYA 3HPIA 4OTEA 4QFOA 2V25A 3TTMA 1IXIA 3CVGA 1US4A 1B4HA 5DVJA 2AL5A 3IB0A 1MXUA 4U2RA 2V3TA 2RKMA 3TQLA 2VOZA 1MH4A 4H67A 4YU0A 5H8NA 4I1DA 3O28A 3KOSA 4NF4A 3K4UA 1SW5A 1MY4A 4Z7EA 4JWOA 4G8MA 1LFGA 3C31A 4EUOA 3CRBA 3OD7A 1B05A 1N7WA 5H8HB 4I8CA 2REJA 1O7TA 5AA4B 2GHBA 1IXGA 3K6WA 2ZNTA 3KN7A 3LBSA 1B0HA 4LQ2A 5EHSA 5CBSA 1R1NA 2DSFA 3SESA 3K0VA 3N6UA 3GLBA 4LVQA 3TZAA 3JYRA 3SKPA 2XHDA 2NOOA 3B7DA 2ZYKA 1GTKA 2NXOA 2QSXA 1AIVA 5DYHA 2Z22A 3PUWE 4JWXA 1FCKA 3I5OA 3K00A 5KDTB 1CE2A 4JSDA 1URDA 1QUJA 2Q88A 5AA1A 4PE5B 3RUMA 2ESNA 4R72A 4GOTA 2B65A 1MDP1 4TLMB 3FATA 4O3CA 2F36A 4R9GA 3OXNA 2I4CA 5I2NA 1F9BA 3S9LC 4ONYA 4I62A 4KI0E 4IY5A 3OEKA 1QUIA 1M5DA 3MQ9A 3GBBA 5CMCA 1XT8A 4ZZAA 1O63A 1OQHA 4F2QA 2X7QA 3K2DA 3KEIA 4C0RA 4QFLA 4FEDA 2UXAA 5B7DA 2E1SA 1AOVA 5L9OA 1D9YA 4G8HA 4ZEDA 1UTHA 4LQ5A 4KR5A 3MC2A 3TKDA 3VDFA 1A40A 2VD2A 3UN6A 2I58A 5I57A 1Q1KA 5KCJA 1OLCA 3VV5A 1B9JA 3PMWA 3CG3A 5A5XA 2DWAA 2RINA 2DOJA 1DPEA 3ZS6A 1FTKA 2HXWA 5HPQA 1ATGA 4O3AA 5CMBA 3H6WA 1D3KA 3S4UA 1QKAA 5EHMA 2ONRA 1ZIUA 3BFTA 3UP9A 3K01A 1FQAA 3E13X 3FIRA 2I49A 2PBWA 1HSEA 4OFOA 4NF5B 4QF9A 2XXRA 5H8FA 3B6QA 3N5LA 2Y84A 4ELRA 1LCFA 1H45A 3H03A 3PPRA 4FIMA 2GFEA 2Q9TA 4POXA 4GXSB 1OQGA 2H9BA 1MXXA 4TLLB 4IY6A 3K6UA 1DPPA 3S9MC 5CM6A 1PB9A 3HSTA 3OEMA 3I3VA 4DIGA 1A54A 1MH3A 3IJOB 3H6TA 2Z23A 3UIFA 2VGQA 4O3BA 3TTRA 4C1TA 5IAIA 5AE4A 3C34A 2RC8A 4X1DA 4IO5A 3P7IA 3IORA 3DP4A 2W7YA 1O64A 3TCHA 2PT1A 2R71A 3MAMA 1MRPA 4GQOA 3G3FA 4WKMA 1B1HA 3Q28A 3IO4A 1B4ZA 3LSXA 5L8DA 1MPBA 4G8NA 3VLUA 1MPDA 3OO7A 2OWTA 3FZVA 3E4RA 1TXFA 1Q35A 3DP8A 2O7IA 2REGA 3PUVE 2HZKA 3WAEA 3UGWA 3CFLA 1N0TA 5H8QA 1IXCA 3PPOA 4PFWA 4OVJA 3PV0E 1MS7A 4POWA 1MG1A 3S9EA 3IOTA 5JTYB 3O66A 2Q8JA 3U72A 2GRVA 5JEIA 2PVUA 3FJGA 3O29A 4NWDA 4Z0IA 3G3KA 3QUJA 5JK4A 5LOMA 1JEVA 1B5HA 3Q27A 4NF6A 4RK2A 3EHTA 4ZE9A 1N3WA 2XXTA 3OSQA 4N13A 3KJTA 2HAVA 2UVJA 2E0SA 1GGGA 1FTJA 4EXKA 3ZKLA 2A5TB 1D4NA 4ESXA 3C33A 1B46A 3RLFE 3TAJA 4H5FA 4HCYA 2Y7WA 4F3GA 3K1MA 4UACA 3PGFA 4DDDA 1TT1A 3KOTA 4U4XA 5CMMA 1LAGE 3M3LA 4ZS9A 4YB5A 1DTZA 2DS9A 3MZ9A 5ICQA 3O6HA 5I2KB 4E0XA 2ZNUA 3SEYA 1B58A 4R2BA 3AXFA 4MLQA 1I69A 3U8QA 3KGCA 4KYDA 4Q5TA 2Y7RA 4YB6A 5I59A 2H25A 4HTGA 5H8NB 2XXHA 3FVKA 3MW0A 2WKYA 2QL3A 5CBRA 4AQ4A 3IR1A 3LSFB 4NF4B 1FW0A 3N6TA 2RC7A 4NF8A 3IOUA 3PD8A 1PB8A 3N94A 4C1UA 4ND9A 3KG2A 3H6VA 3G3GA 2H4IA 2F8DA 2ZYNA 1YAEA 2XXXA 3R6UA 1B2HA 4F3SA 2VHAA 2VD3A 3M3KA 3ZKKA 4QRZA 1MPCA 1P1NA 1BTJA 3H4ZA 1LBCA 3KBRA 5AA2A 1MDQA 1IITA 3K1NA 5HM4B 2I4BA 1Y3QA 1LBBA 4NEDA 3MVZA 4RK9A 3FJ7A 3H7MA 4LZ8A 2XD3A 3O97A 3TCGA 2PYYA 1PDAA 1P1QA 1POY1 1SYIA 2ZYMA 3L6HA 3LR1A 2QS2A 3VVDA 4N6PA 3TDJA 2Z8DA 5B70A 3U92A 3MP6A 4GIZA 4RPOA 4H8JA 2HFBA 2OBGA 4OWDA 1FTLA 4QFKA 1B7HA 5DEXB 4KCDA 1B5JA 3IOWA 1TFDA 4BDOA 4FAJA 2GHAA 3V8XB 2D5WA 4ZECA 3OO9A 4IGRA 4KPTA 2XD2A 1MY3A 2ABHA 4ELQA 5I2NB 1IUDA 3O6GA 1EZ9A 3UA8A 2G29A 1M5EA 1MM7A 4XKQA 1OLAA 4FATA 4U1OA 1LGBC 2V93A 5H8SA 1FTOA 1ZU0A 1ZJLA 2B3FA 1B3FA 1KWHA 2DYXA 4MBPA 4F1UA 3PPPA 1HSLA 1UTBA 3PU5A 1LCTA 2O68A 1N84A 3E3KA 4EXLA 3M3FA 4EF2A 1BP5A 4YAHX 5IKBA 4Q0CA 1I6QA 3MZ1A 3KSXA 5KCJB 1EU8A 3MWBA 4OENA 1IEJA 4PQJA 4U1ZA 4YKKA 1LFIA 4EQ7A 2M8CA 2X7PA 3TMGA 4P0IA 3H6UA 4G2ZA 4RNSA 4QFPA 3K6XA 1Z7ME 2I0BA 1LLSA 4JDFA 1P1OA 1OVTA 1M5CA 4OQOA 1SW4A 2OZZA 1BLFA 3MP8A 5I56A 3LUYA 4IO7A 4QSCA 2RC9A 4F19A 4LP2B 4YMAA 4R74A 3G3JA 4XKNA 1FQEA 1XS5A 3RGYA 1H3DA 5I84A 4GF8A 3BKIB 4R2FA 2FYIA 3MPLA 1SI0A 2DE4A 3ODBA 1TFAA 3UORA 2XXUA 4EQBA 2DE3A 2XXYA 2I0CA 1PC3A 3MJNA 2O6AA 3RNNA 4LATA 1URGA 1NH8A 1B3LA 4IB2A 3O9PA 1LAFE 3TFLA 3C9HA 3S2VA 1YTVA 1MXZA 2I48A 2ZMBA 1ZBMA 3K02A 3MVXA 3LSLA 1NNFA 3T9UA 4YKJA 5AA4A 1PB7A 3F11A 4JB7A 3FUZA 4PFYA 4H65A 2F34A 1S9TA 1Y20A 5H8QB 4FE8A 4MF3A 3CFZA 1L5TA 2V3QA 4YKIA 3PMVA 1SDXA 3W9VA 1ZLQA 2F78A 4QSEA 1B40A 1OVBA 3QYTA 3SEXA 2IEEA 4NF6B 1P1UA 3VFJA 1EZPA 4XXUA 1N76A 2YJPA 3HN0A 1Y3PA 1B32A 3FXRA 4YICA 3TTLA 3QUFA 1UIVA 4LZ7A 5ITPA 4KYEA 1QUKA 3V5AA 4TQUQ 5TU0A 1Z7NE 4IO2A 4QHQA 2ZXTA 1JVXA 2THIA 1SD3A 3UK4A 1Y4TA 4AB6A 4BDMA 4PFTA 3I6VA 1AH5A 1IXHA 4AB5A 1ZTYA 1WDNA 3EHSA 4LA9A 3MP1A 1DOTA 2O69A 2PT2A 1LFHA 2B3BA 5KZTA 1S7YA 1HSJA 4FEBA 3EF7A 4DLDA 4GL0A 5CI5A 4F3PA 2HAUA 1VSOA 3IX1A 4NMYA 2GH9A 1UIUA 1JW1A 2Z8EA 4IO4A 3RT6B 5L9SA 1MQJA 3TODA 4ZDMA 1B6HA 1NL5A 3B6WA 1Y4CA 2HQ0A 3SETA 4ELOA 4ZEKA 3FVGA 3V83A 2ANJA 4NF8B 1J1NA 3IAZA 2Q89A 2KLFA 2F97A 1N04A 4H5GA 4UA8A 1B1XA 4M4GA 3QAXA 2DE2A 1ZMGA 1QVSA 3C36A 4XKRA 4ISUA 2H5YA 4QSDA 4E0WA 4H6DA 3E9XA 2XXWA 2RCAA 4OFJA 3R7XA 2AL4A 3PUZE 1JVYA 3MVYA 1GV8A 1H43A 3ZSFA 3FVOA 1MY1A 4JWYA 4JXIA 1QULA 1A7LA 4ZE8A 1CB6A 5CRYA 3Q26A 4MFIA 3LC8A 4H1XA 2QMWA 2XXPA 1FTMA 4WEPA 1NFTA 5BWJA 1MY2A 3CFXA 1M5FA 3DM0A 1B3EA 1FQCA 1LAXA 1FQDA 3SEVA 1SW1A 3RN8A 3EN3A 2HCAA 2ONKE 3Q29A 3T66A 4R6YA 1LSTA 5K2YA 1QJMA 4KCCA 2YPNA 4ZEBA 1I6BA 3FASA 1JW4A 2QPQA 2QRYA 4U22A 4R75A 5JTYA 2F7CA 2QS4A 5AA3A 3HHFA 3PUXE 4F29A 3FGSA 4ZZEA 4GFRA 4G68C 2R6GE 5I58A 3IL1B 4G77A 3U93A 3O2AA 1JEUA 1USYH 2R9JA 3T9VA 1SVXB 1URSA 3A3UA 2DWIA 4OEUA 2UYFA 4P0GA 3C4MA 3IB1A 5DTBA 3ECRA 3RTFB 2Y7KA 2H99A 4R6KA 2RF1A 4GVOA 4R73A 5BUUA 3T9XB 1SI1A 2QJEA 2ZNSA 5ISUA 2UYEA 4DCXA 4I9DA 3IB2A 2QS1A 3EHUA 1ZKBA 2VP1A 2F6GA 3G7WA 4NWCA 1D9VA 3GXAA 1GVCA 2HEUA 5CC2A 3FXQA 2F7BA 2I3WA 4YB7A 5TPAA 3OELA 3TTNA 3D4GA 3TYHA 4GRKA 2X26A 2XXQA 3GBAA 1NMUA 4GWOA 1OIBA 4G68A 3IOVA 4LUBA 2QMXA 4BLAA 3THIA 2YLNA 1MQIA 4U21A 3QXMA 2UVIA 4FORA 3BBRA 1JW5A 3VXCA 4YMBA 4RA1A 1MXWA 2OLBA 5ICTA 1XC1A 1UTHB 2NVUB 4MLVA 3A3CA 4X9TA 3FVNA 3FJMA 2DWHA 2P2AA 3EQ1A 2O1LA 4F22A 4RY1A 4P11A 3U1OA 1R9QA 3MUQA 1DSNA 1R6ZA 3FD3A 5I57B 2Q2CA 3G3HA 1VR5A 3HV1A 4LZ5A 2Q2AA 3TQWA 3OSRA 5A5XB 3SEWA 1RYXA 1BKAA 1MY0A 2RCBA 4MH5A 4Q8RA 3CSBA 3OO6A 1N3XA 3VLWA 2UVGA 1H76A 2DQVA 3HHGA 1IQ7A 5TP9A 3PPNA 4EDPA 3H06B 5HBCA 1SYHA 1US5A 3RPWA 3H3GA 4IGTA 3M8UA 1MQDA 1A8FA 4OEVA 5EYFA 4G4PA 3TUSA 1XHYA 4XTCQ 5F7VA 3FXUA 5DVIA 4KFQA 1ANFA 2DWJA 1MM6A 5FTHA 2UVHA 5H8FB 4HW8A 2O1MA 3D4CA 1H44A 4DXCA 3EPEA 2PMSA 3V89B 2FA7A 3MZBA 4H8IA 4BDNA 5ELVA 3JV9A 1R9LA 5DVFA 4F1YA 1OMPA 5DEXA 1II5A 3DP6A 1NH7A 3B6TA 3W15C 3QIMA 3QK6A 3TTKA 4OZ9A 5FHOA 4GD5A 1B5IA 2XX8A 4OHNA 4OYVA 2PX1A 3ILUB 3R26A 3OMBA 1DMBA 4DE8A 1MXYA 4L17A 2ONSA 3MVWA 4RPNA 2OCUA 1TWYA 2DP8A 3OOAA 3O6IA 4K3FA 4RXLA 4FECA 3RQTA 4KYSA 5AA2D 5H8HA 4F1VA 5FTIA 4M1VA 2OJTA 3MPKA 4OXVA 4ELPA 3KN8A 1I6AA 1VE4A 1NKXA 4JBZA 4GXAA 2IA4A 3MBPA 2XXIA 1SW2A 3USDA 3VE1B 2NUVA 1FQFA 3S9NC 1AL3A 3TPAA 2AYSA 5K2XA 3VVEA 1A8EA 1MQGA 3FV2A 5KDTA 1VFEA 1B3HA 4PP0A 4TOZA 4F2OA 2FNCA 3W9WA 1Y1MA 4H0WA 4IO3A 4BDRA 1XVXA 2OWSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RTW B;  4OFL A;  5ET7 A;  1IZ1 A;  3SER A;  3BFU A;  3T96 B;  4RYA A;  2LAO A;  3RT8 A;  2ZYO A;  1FBH A;  2FVZ A;  2BJJ X;  3CR9 A;  1NNK A;  3C35 A;  4Q30 B;  3PPQ A;  3SEU A;  1FPL A;  2O84 X;  3T0J A;  3K1P A;  2A5S A;  3SDF A;  3C32 A;  4MNC A;  4MNP A;  1B0L A;  1XOC A;  4DI4 B;  2I3V A;  1KA0 A;  4ECF A;  3VLV A;  2P1S A;  3CI8 A;  2V3U A;  2F7A A;  4X48 A;  2Y7I A;  1B7Z A;  3RY3 A;  3K6V A;  1EZO A;  1DTG A;  5I59 B;  3KFM A;  4PET A;  4NN3 A;  2VPN A;  1JNF A;  2O51 A;  4KD5 A;  1AMF A;  1PEB A;  1EH3 A;  2Q74 A;  4ESW A;  3L6G A;  4IO6 A;  1PBQ A;  1IMB A;  2I6E A;  2DXR A;  3WAF A;  1NV0 A;  3KJ7 A;  4OER A;  4WED A;  2XX9 A;  3JZJ A;  4XIG Q;  3MYU A;  1GR2 A;  1NNP A;  4LON B;  2DVC A;  4OMB A;  3T22 A;  4JSO A;  2XXV A;  4F3B A;  3MST A;  4NF0 A;  3GZG A;  3RYD A;  1PBP A;  2CZL A;  4NF5 A;  4ZEI A;  2O7U A;  4PGP A;  5AA2 B;  5I58 B;  2F5X A;  2F6P A;  3CIJ A;  1POT A;  4XKP A;  1UQW A;  4AS4 A;  1JET A;  1B3G A;  4OA4 A;  2V84 A;  1BIY A;  4THI A;  4NE4 A;  4X1B A;  3CSG A; 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