4QFPA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with val-thr
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
b'QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
source organism Pseudoalteromonas
molecule tags Peptide binding protein
total genus 160
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfpA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfpA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfpA02
2H98A 3DM0A 1WODA 1B51A 4EQBA 3VXCA 3KN3A 3TTKA 4E0WA 1MY1A 1FQAA 3FJGA 1IZ1A 1Z7NE 4F19A 2Q8JA 3IL1B 2Y84A 1JVYA 1OMPA 1MXVA 4H8IA 4K3FA 1LFIA 4O3AA 3R26A 1PBQA 3VLUA 2DXYA 1N3XA 2I4BA 3T93B 4ND9A 5ICQA 2OK2A 1MXUA 3RN8A 1Q35A 4P0IA 3MP1A 2I0CA 1DTZA 1RYXA 1WVJA 4G8MA 1ZIUA 2Y7WA 3O2AA 1XVYA 3FV1A 1H45A 4BDNA 3KEIA 3RPWA 3L6GA 4YKKA 2ZNUA 3CIJA 3R6UA 2RC8A 3K2DA 3MBPA 4F3PA 5CMBA 4XKPA 3E3KA 4GF8A 1P1OA 5TU0A 1P99A 4PFUA 3FASA 3C31A 4NF5B 5H8NA 1LAHE 1OVTA 3T9UA 3MWBA 2DE2A 3SDFA 4XKRA 1DMBA 1DPEA 2QMWA 1JVXA 4U1OA 4OESA 3OENA 2DWHA 4C1UA 1JW5A 5B70A 4NF4A 3T22A 4F1VA 1B3EA 2Q88A 3QUJA 4U23A 3IB2A 3K1PA 2VD3A 4AQ4A 4GXSB 1MXYA 1JW4A 4NTLA 4QSCA 3OD7A 2CMOA 3H6VA 3U92A 4QHQA 5AA2B 4I1DA 1FTKA 2Z22A 4JWXA 4P0GA 4FAJA 4EDPA 5HPQA 3TDJA 1R1NA 1QVSA 4Q5TA 4BDOA 1MH4A 5CMKA 4ZEIA 4ZS9A 1MQJA 2NWJA 1N7WA 3SESA 1LCFA 3THIA 1SYHA 3DLNA 3MUQA 4Q8RA 3OO7A 3BFUA 1OQGA 4POWA 1AH5A 4EF1A 2DWJA 1IXCA 5H8HA 3UGWA 4OYVA 3TTLA 1M5DA 4NF5A 5FTIA 3OEKA 1XHYA 2YPNA 2UVIA 2OJTA 5ICTA 2WOPA 4DXCA 1US5A 4WEPA 4R74A 1B5IA 4DCYA 5KCJB 4PE5B 3ODBA 4TLLB 4LATA 5FHMA 1A55A 4QFLA 3M3FA 3FXQA 4BDMA 5DVFA 3FXRA 5K2YA 2XX9A 5CMCA 3RT6B 2WKYA 5TPAB 4WEDA 3K6WA 3V8XB 4UA8A 1MM7A 2QMXA 4NWCA 3OO6A 1H44A 3TELA 1B7UA 1LBBA 1EZPA 2RC9A 2ANJA 3PAMA 4OFOA 3OO8A 3H06B 5J1DA 4OETA 4GLIA 4G4PA 3LBSA 2PBWA 1UTBB 2ZYKA 2R9JA 3KOTA 1GVCA 4ZEBA 2RF1A 3U93A 1B7ZA 2Q2AA 1MXZA 3KZGA 3M3LA 1LAGE 1N0TA 3CVGA 2ZNTA 2F7BA 3MJNA 4FATA 1FTOA 4JDFA 1B32A 4U22A 2AIXA 4F18A 1ZTYA 2IEEA 4GRKA 3OELA 2AL4A 5L9MA 4ZECA 5DT6A 2VOZA 1R9QA 2XXPA 4IO5A 3S2VA 1DSNA 3QIMA 1GV8A 1QW0A 3V89B 1MH3A 2I3VA 5I59A 4XKQA 3KN8A 4QSEA 1OLAA 4DZ1A 1LB8A 2ONRA 4DE8A 4O3BA 3RYAA 1MQDA 3UORA 5KCJA 3PMWA 2UYEA 5H8QB 1YCJA 2UYFA 3EN3A 3K00A 1LAFE 4WKMA 1IITA 3LVUA 4NWDA 2D21A 2ZYNA 3TKDA 1TFDA 2XD3A 3ECRA 4R6KA 3K0VA 1Y4TA 3V5AA 5TPAA 4RA1A 3OO9A 3PUVE 2P1SA 2OCUA 2I6EA 5A5XB 3PUWE 5I2KB 3FJ7A 1SDXA 1M5EA 3H7MA 1SI1A 2RCBA 3RGYA 3M8UA 3PGFA 1YAEA 2A5SA 3IAZA 1CE2A 3CFXA 3UP9A 3W15C 1H76A 1P1WA 2UVHA 1FQDA 1LGBC 2PT2A 3L6HA 4IY5A 1URSA 2X7QA 4YZZA 3OEMA 3PU5A 1Y9UA 1QKAA 2Z8EA 3MC2A 3FJMA 3HO7A 4ZEDA 3EF7A 3MQ9A 2A5TB 3TMGA 4N07A 4KR5A 3OMBA 4U4XA 3K6UA 4XIGQ 2O7IA 4MLVA 4DCXA 4ZE9A 1BKAA 2V3UA 3PPOA 2XX7A 1LBCA 1OVBA 4RJZA 2YJPA 3SKPA 4DIGA 1B4ZA 3FXUA 5H8QA 1XOCA 2Z8DA 3CI8A 4EF2A 4ZDMA 4F1YA 4JSOA 4EQ9A 2NXOA 1Q1KA 2DP8A 4IGTA 2PMSA 4YICA 4ZEKA 2X26A 4LONB 2QS3A 4RYAA 1MQHA 1R9LA 4RPNA 1URDA 3CFZA 4JXIA 3ILUB 4P11A 3CRBA 4FECA 3UA8A 4IB2A 1S7YA 3QSLA 3KOSA 1P1NA 3CR9A 3K4UA 4HCYA 3TTMA 3UIFA 1XT8A 5H8SA 3O28A 2V84A 4KI0E 1Y20A 1O63A 1SW2A 1R6ZA 1VSOA 2HZLA 3S9MC 2GFEA 1B3FA 5HM4B 1MRPA 2Y7IA 2DVCA 3IX1A 1N7XA 2QS4A 4FORA 1FQFA 3ONMA 4YB5A 4Z7EA 1SW5A 4PFWA 5JTYA 1NNKA 2QPQA 4DLDA 2I49A 3FD3A 2ABHA 3QXMA 3KSXA 2DWIA 4F2OA 2WOLA 3IOUA 4PQJA 3FGSA 3Q28A 5LOMA 5KDTA 4IO2A 2HCAA 3CFLA 4FEDA 3C9HA 2H99A 4EXLA 3DELB 3MAMA 2Y7PA 4PP0A 2M8CA 1B3GA 2W7YA 1UIVA 3A09A 4NEDA 2FA7A 3C33A 2XXYA 5I57A 4H5FA 4KYEA 1QULA 4U4SA 3SERA 3Q25A 4G68B 3B6WA 2REGA 3U8QA 3I3VA 4PFYA 5ISUA 3HSTA 3OXNA 3W9VA 1N04A 4XTCQ 4HTGA 3T66A 1A40A 1MXWA 4H67A 4YMAA 2NUVA 4F3BA 3Q27A 5ITPA 2PT1A 3G3GA 4ELOA 4PFTA 2GHAA 1Y3NA 1MPCA 3OSRA 5TP9B 2DYXA 2HFBA 5BWJA 2RKMA 5CC2A 4OVJA 1I6BA 3N94A 4R2BA 5I2NB 1ATGA 1PDAA 1TWYA 2XHDA 3U72A 1PB7A 3PUXE 1ZLQA 3VLVA 2V3QA 5CI5A 2ALUA 1PB9A 4FJPA 2ONSA 3TZAA 3N6TA 1ZBMA 5F7VA 3FUZA 4BDLA 2O7UA 3MW0A 1USYH 4LA9A 1FTMA 4F22A 4GL0A 5ITOA 4AB6A 3VLWA 2O84X 2VD2A 4QFOA 4BDRA 2H25A 3KBRA 1YTVA 3W9WA 4H8JA 4TOZA 1P1UA 4KCDA 4F3SA 5I58B 4FIMA 1A8FA 1BP5A 5CBSA 4X1BA 2XXTA 3CSGA 3ZSFA 2XXWA 4IO6A 2OLBA 1BTJA 2VGQA 2F7CA 3IOWA 4HW8A 2B65A 4QFKA 4Q30B 3IR1A 5BUUA 1QKBA 4G2ZA 4R72A 5L8DA 5JEIA 1B52A 1MS7A 2HAVA 1OIBA 3CG1A 4QSDA 2G93A 3MZBA 5TP9A 1MQIA 1LCTA 1NNFA 3B6QA 3U94A 1ZU0A 4NF8B 3EHSA 4GOTA 5I2NA 3R7XA 2Q89A 3MVXA 1D9YA 1B5HA 1POTA 3PUYE 1SBPA 3IJXB 4N6PA 3GLBA 2RINA 3FZVA 1DPPA 4F1UA 5L9OA 1Y3QA 3K6VA 3QAXA 1JEUA 3RTWB 4GD5A 3D4CA 2P2AA 2UVGA 5FHOA 3GBAA 3IORA 4MLQA 2DS9A 4X1DA 1UQWA 5EHSA 1EZ9A 2O1MA 3CSBA 4OEUA 3ILTB 4OFJA 2XX8A 3SEXA 2B4MA 1WDNA 4H65A 1IQ7A 3IJOB 4M4GA 2AYSA 1B1XA 1URGA 1SI0A 1S50A 5AA2A 3HHGA 3A3CA 4F39A 3ZS6A 3QYTA 2Z23A 3FVKA 2F5XA 4H1XA 4RXLA 2F34A 2REJA 2I58A 2THIA 4RK9A 3D4GA 1MG1A 2OBGA 3O97A 3ZKKA 2E0SA 3PPQA 5EYFA 3EQ1A 3S9NC 3A3UA 1JW1A 3T96B 3JYRA 2DOJA 5AA1A 1Y1ZA 3E13X 5IKBA 3PPPA 5I56B 1O7TA 3KGCA 3KN7A 3FV2A 1Y4CA 2HAUA 1S9TA 2F6PA 1D3KA 3RLFE 3H6TA 1UTHB 2QL3A 3BFTA 3C32A 3VFJA 1IUDA 2Q2CA 4H5GA 4IO3A 4JBZA 3JV9A 1M5FA 3O6PA 1UIUA 2NOOA 5M2VA 3TQLA 5H8FB 3H4ZA 3TUSA 4NF6B 4YB6A 1MDQA 4R9FA 2Z8FA 4JWOA 4ZZAA 4KD5A 4C0RA 2ZYOA 2Y7KA 3B6TA 3CHGA 2XXRA 4R6YA 2DQVA 4F31B 1NH7A 3IK6B 1UTBA 4OZ9A 3TCGA 3PMVA 4Q0CA 4ESWA 2GRVA 2QSXA 1O64A 2YLNA 1B5JA 4JWYA 1JNFA 4OEVA 3OOAA 3KSJA 3BKIB 2DVZA 3UK4A 1VFDA 3EHUA 3FTOA 1PB8A 3QK6A 4XKNA 1MY3A 1SYIA 3RUMA 5HBCA 1POY1 1DTGA 4M1VA 4TLMB 2XXUA 2XXHA 4U2RA 2P0SA 1HSJA 5FHNA 3S9LC 4NMYA 4KHZE 5JK4A 2O68A 5CBRA 4EXKA 3K02A 1I69A 5FTHA 3S4UA 2VP1A 4TQUQ 4LZ5A 1XS5A 2H4IA 4I9DA 3U1OA 3MP6A 4XXUA 4GFRA 1MY0A 1LFGA 3C34A 3PPRA 3TAJA 3IB0A 4MBPA 4OENA 2DXRA 2ONKE 3RNNA 4GQOA 3PD8A 4LUBA 3HHFA 1Y1MA 3HPIA 1MM6A 2HQ0A 3HV1A 3OSQA 1MDP1 2E1SA 5DEXB 4RK2A 4OHNA 3N26A 5A5XA 1EH3A 4IGRA 1MXXA 5I84A 3DRIA 1HSLA 5I2KA 3H6WA 3O6GA 4L17A 4LVQA 4POXA 3MP8A 1XC1A 4X9TA 4C1TA 4KCCA 1CB6A 2I4CA 3KJ7A 3MPLA 3LSWA 4GXAA 4DXUA 1N84A 3RQTA 4ELPA 2D3IA 3LSXA 5H8NB 3CG3A 1B6HA 1Z7ME 3B7DA 1BIYA 4OXVA 3KG2A 3H03A 4MH5A 4NE4A 2A5TA 1OQHA 3Q29A 1ZJLA 3VE1B 4G8NA 5DVIA 2F78A 1EU8A 1RKMA 1SW1A 1LFHA 4NF4B 4JSDA 3O66A 3GZGA 1D9VA 1TFAA 1LB9A 1SVXB 3IO6A 1VR5A 2F97A 4ECFA 4FEBA 4ZEFA 1IEJA 3VV5A 3FIRA 3HN0A 3C4MA 4BLAA 3DRJA 5K2XA 3TCHA 2ZNSA 4GIZA 1US4A 2XXIA 1FQEA 3MZ9A 5B7DA 3DRFA 2V25A 4IO4A 3T9VA 2BJJX 4U21A 1MPBA 5DEXA 4JB7A 2F35A 4ELRA 2F6GA 1QUIA 2H5YA 3MPKA 2Q9TA 2HZKA 4HCWA 3RY3A 1ELJA 4EQ7A 3VDFA 1MY4A 5DYHA 5DVJA 2KLFA 4RY1A 4OFLA 5DTBA 3TFLA 2HEUA 3DP4A 4G77A 3LSFB 1H3DA 5H8HB 1JEVA 2DSFA 4OERA 1YPNA 3H3GA 3G7WA 1OLCA 3LC8A 4LQ2A 2ESNA 3IOVA 4R75A 2QJEA 1B7HA 1DOTA 1IXIA 3K1NA 2QS2A 1I6QA 2H9BA 3PV0E 3G3FA 4GVOA 3WAEA 1B58A 2GHBA 3S9EA 4YU0A 4R6HA 3O9PA 3P7IA 1FW0A 3O6HA 1A99A 3E9XA 3F11A 2B3BA 1GR2A 3N6UA 5CMMA 1N76A 4F3GA 1PC3A 1LAXA 1LLSA 4KYSA 4LQ5A 2DE3A 1QUJA 4G68A 1EZOA 2D5WA 1SW4A 4YAHX 3V83A 3DRHA 1A8EA 1N3WA 3FVNA 4H6DA 5IAIA 1NFTA 3SETA 3SEUA 2PYYA 3I5OA 3MZ1A 1M5BA 4EUOA 1HSEA 3O29A 3UN6A 4QRZA 2ZMBA 2UXAA 3VVFA 3PPNA 4ONYA 3IOTA 2HXWA 1ANFA 4KQPA 1BLFA 1NNPA 2X7PA 2PX1A 3RT8A 3I6VA 1VE4A 4LP2B 3HCQA 3K01A 2I48A 2F7AA 1QJMA 1XVXA 4GWOA 3SEVA 3GXAA 2XD2A 5I59B 1B1HA 1B0LA 2ZYMA 3KFMA 3PMXA 4ZZEA 4LZ8A 1KWHA 1VFEA 3DP8A 3E4RA 4F29A 2XXVA 1J1NA 4R9GA 1PEBA 5L9SA 3TODA 3C36A 3DP6A 1RYOA 5I58A 1FCKA 1IXGA 3G3HA 3G3IA 2F36A 2DE4A 1H43A 3FVGA 4U1ZA 4KPTA 3EPEA 4UACA 4YKIA 3Q26A 5ELVA 1NH8A 4I8CA 3T9HB 1L5TA 5AA3A 4PETA 5KZTA 3SEYA 3TCFA 1TT1A 1AL3A 4OMBA 2QRYA 4G8HA 1M5CA 4FE8A 1A54A 2Y7RA 2XXQA 4NF8A 3TEPA 2ZXTA 2QS1A 1B9JA 3IO4A 4DDDA 1IXHA 1AMFA 1B46A 5CRYA 3H6UA 2O6AA 2PVUA 4QFPA 3AXFA 3FVOA 4LZ7A 2UVJA 1Y3PA 1NL5A 2F8DA 3LSLA 4QF9A 3KJTA 2GH9A 2LAOA 3USDA 1B3LA 4GL8A 1NNTA 5EHMA 4H0WA 3TPAA 4HS7A 3PUZE 5CM6A 1MPDA 1AIVA 1JQFA 1ZKBA 5AE4A 4ELQA 4WXJA 1FTJA 5AA4B 1B40A 3TYHA 3VVDA 3DRKA 3TQWA 3RTFB 3N5LA 1IIWA 1ZMGA 3VVEA 2WOKA 1PBPA 3G3KA 4MF3A 2O69A 3O6IA 3QUFA 2OWTA 3VXBA 4X48A 1NMUA 3EHTA 2R6GE 2O51A 1GGGA 4RNSA 2O1LA 1FQBA 4O3CA 1JETA 2OZZA 4BDQA 1FQCA 2AL5A 4N13A 5F1QA 3WAFA 2OWSA 5I56A 4YKJA 1MQGA 3MVWA 3GBBA 3M3KA 5JTYB 1D4NA 4IY6A 2XXXA 4KYDA 1B4HA 1MY2A 2I3WA 1II5A 1F9BA 1UTHA 2RCAA 2V3TA 4OTEA 3JZJA 4YKPA 4G68C 2I0BA 1B2HA 4AB5A 4ISUA 3IB1A 5KDTB 1TXFA 3PD9A 2RC7A 3FATA 2DWAA 4RPOA 1GTKA 1A7LA 5H8FA 4MFIA 2G29A 2NVUB 1P1QA 2B3FA 4YMBA 4QFNA 3LUYA 4NF6A 4R73A 2FNCA 1B3HA 1USYE 5I57B 4R2FA 4DXBA 1FTLA 3BBRA 3K1MA 1NKXA 3ZKLA 4IO7A 2B4LA 4ESXA 2CZLA 3TTRA 3G3JA 5AA4A 3RYBA 3T9XB 3SEWA 4KFQA 3C35A 4OQOA 4Z0IA 3K6XA 1LSTA 2R71A 2FYIA 1I6AA 4THIA 1QUKA 1AOVA 1SD3A 4YB7A 4ZE8A 2IA4A 4E0XA 1B05A 3LR1A 4OWDA 3TTNA 4I62A 1B0HA 1SQYA 3DRGA 3MVZA 3MVYA 4F2QA 2VHAA 2V93A 1T0KA 5AA2D
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2H98A 3DM0A 1WODA 1B51A 4EQBA 2L5VA 3VXCA 3KN3A 3TTKA 4E0WA 1MY1A 1FQAA 3FJGA 1IZ1A 1Z7NE 4F19A 2Q8JA 3IL1B 2Y84A 1JVYA 1OMPA 1MXVA 4H8IA 4K3FA 1LFIA 4O3AA 4GWSA 3R26A 2WEFA 1PBQA 3VLUA 2DXYA 1N3XA 2I4BA 3T93B 1FJ6A 4ND9A 5ICQA 2OK2A 1MXUA 3RN8A 1Q35A 4P0IA 3MP1A 2I0CA 1FPGA 1KA0A 4P3LA 1DTZA 5F24A 1RYXA 1WVJA 4G8MA 1FJ9A 1ZIUA 2Y7WA 1FRPA 3O2AA 1XVYA 3FV1A 1H45A 3MSTA 4BDNA 1QGXA 3KEIA 3RPWA 3L6GA 4O8MA 4YKKA 3QMFA 2ZNUA 3CIJA 3R6UA 2FHYA 4H45A 2RC8A 1YZ0A 3K2DA 3MBPA 1IMDA 4F3PA 5CMBA 4XKPA 2HHMA 3E3KA 4GF8A 1P1OA 5TU0A 1P99A 2QVVA 4PFUA 3FASA 3C31A 5EQAA 4NF5B 5H8NA 1LAHE 1OVTA 3T9UA 3MWBA 2DE2A 3SDFA 4XKRA 1DMBA 1DPEA 2QMWA 1JVXA 2ZZVA 4U1OA 4OESA 3OENA 2DWHA 4C1UA 1JW5A 5I5PA 5B70A 4I3EA 4N4UA 1KA1A 3ISPA 4NF4A 3T22A 4F1VA 1B3EA 2Q88A 3QUJA 4U23A 3IB2A 3K1PA 2VD3A 4AQ4A 2BJIA 4GXSB 1MXYA 1JW4A 4NTLA 2F3DA 1RDXA 4QSCA 3OD7A 2CMOA 3H6VA 5EYHA 1DK4A 4IR8A 3U92A 4QHQA 5AA2B 4I1DA 1FTKA 2Z22A 4JWXA 4P0GA 4FAJA 4EDPA 5HPQA 3TDJA 4I40A 1R1NA 1QVSA 1KZ8A 4Q5TA 4BDOA 1MH4A 5IZ3B 5CMKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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