4QFPA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with val-thr
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Pseudoalteromonas
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
total genus 160
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfpA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfpA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfpA02
3ECRA 1QKBA 2DXRA 4G2ZA 3KGCA 5AA2D 1TFAA 3C31A 3OENA 2B4MA 2F35A 3LC8A 3FXQA 1YTVA 3TELA 4C1UA 1DOTA 2DXYA 2KLFA 1MPDA 1IXCA 1LCFA 2Q2AA 4H5FA 3K6VA 4EXLA 1OLCA 1S50A 2UVHA 3TCGA 4NF6B 2P1SA 3MP1A 4GFRA 2RC7A 2H25A 4H8IA 4GXAA 2R71A 3W9VA 2O6AA 1P1NA 2NWJA 2R6GE 3T22A 1LAHE 3R7XA 2DYXA 1SW4A 4R6HA 4ELQA 1MM7A 1OLAA 5I2KB 3SESA 1LBBA 1H3DA 4KCCA 1ZIUA 1POTA 3K1MA 2P2AA 1H44A 3OMBA 1B40A 2D21A 1H43A 4ZE9A 3E3KA 2VOZA 4HS7A 4XTCQ 5FTIA 3KSJA 1D3KA 4MF3A 1Z7NE 3H6WA 2XXTA 3K02A 3SEVA 1Y3QA 2X7QA 1A40A 1IQ7A 4QSCA 2I58A 4KYEA 2QS3A 4OEVA 5A5XA 4WEPA 2Y7RA 4F31B 1ZU0A 4ZE8A 5I84A 4EQ7A 3DP8A 4YAHX 5KZTA 2A5TB 3PMVA 3FVNA 1B3FA 4O3AA 4TOZA 3SEUA 4NF4A 1EZ9A 2Y84A 4XKNA 4G8MA 1QUIA 2VD2A 1MQIA 1MXXA 2F5XA 3D4CA 4P0IA 4Z7EA 3B6TA 1UIUA 4RJZA 4LATA 3UK4A 3PUWE 1QUJA 1FQBA 4I9DA 1FTLA 3C35A 4IY5A 2I0CA 3KZGA 4F3PA 2W7YA 3TPAA 5B7DA 1EU8A 4NF8B 5H8FA 3UIFA 2FYIA 2DVCA 1RYXA 5FTHA 2GH9A 5ICQA 1JEVA 4G68C 3FD3A 1B0HA 1NMUA 1S7YA 3LR1A 1B0LA 3S9LC 3MUQA 1OQGA 1PBQA 2HZKA 1QVSA 1LAFE 2O51A 4JWOA 2Z23A 3BFTA 1URSA 3MZ1A 4F3GA 2GHAA 4AQ4A 5AA3A 3GLBA 4N07A 4PP0A 4KR5A 1B58A 4GD5A 5H8HA 3KEIA 3OELA 4U22A 3T93B 5I58A 4OESA 3IJXB 3FGSA 4F3BA 2DWHA 3CFZA 3TTKA 2NOOA 4RYAA 5B70A 4OENA 1I6BA 4THIA 2AIXA 2D3IA 4Q0CA 4R73A 4IB2A 1ZMGA 3RPWA 4JXIA 3FV1A 3KJTA 3HV1A 1B1HA 3OO9A 4KPTA 5JEIA 4R72A 4ZEKA 4GOTA 4BDNA 3B6QA 3THIA 2XX7A 2V25A 5I59A 3K6WA 3M8UA 1FTJA 3H6UA 1HSEA 3MQ9A 4H1XA 1PC3A 3RYBA 3CSBA 3H7MA 5AA4B 4AB5A 3U1OA 2XHDA 1ZBMA 1MDQA 5ICTA 3MZBA 2RF1A 4F29A 4YMAA 4GWOA 4DXCA 4IO5A 3MWBA 3IB0A 1H45A 4ESWA 3KBRA 3FTOA 3T9XB 1JVYA 2Z22A 1VFEA 3MP6A 2HFBA 1TWYA 2XD2A 3SDFA 2DE2A 3MVWA 1D9VA 2ALUA 1QJMA 2XD3A 3PUZE 4RPOA 3KN3A 1GTKA 5CI5A 1B6HA 1NNPA 4H0WA 3KN8A 3FJMA 2NVUB 1FQCA 2QMWA 1T0KA 3EN3A 2REGA 1NNFA 3OXNA 5L9MA 2PVUA 3PU5A 4QFNA 3MPLA 3BKIB 4U4XA 1SW5A 4GF8A 2ABHA 1JW5A 4R6KA 4PFWA 2F34A 4WEDA 4GRKA 1ZLQA 3EHSA 3MVXA 3UN6A 3V5AA 4NF5A 3TTMA 2ZNUA 3T9UA 4ISUA 1KWHA 3TUSA 3IJOB 3QYTA 3CSGA 1B3HA 5I2NA 3JV9A 5HBCA 1AH5A 4QF9A 2RCAA 1N3WA 4DDDA 1PB7A 3UA8A 1SI0A 3SERA 5KDTA 4HCWA 1US5A 2QSXA 1XHYA 4F1YA 3HSTA 1N0TA 3K6UA 4LP2B 1ANFA 4LONB 4F19A 2OLBA 5JK4A 3PUXE 3VV5A 2H9BA 1MXYA 3RQTA 1JNFA 3H6VA 3K00A 1CB6A 4BLAA 5KCJA 4NEDA 1SW2A 1MPCA 3E13X 3LSFB 3L6HA 2Z8EA 4RY1A 3MZ9A 2O68A 4YKJA 4KD5A 4MLQA 3E9XA 1US4A 1D4NA 5FHMA 3CG3A 3MVZA 4ZDMA 2F78A 3IAZA 4U21A 3L6GA 4X48A 5ISUA 2ONSA 4LVQA 1FW0A 1CE2A 1LAGE 1B46A 2IEEA 3RN8A 5HPQA 3B6WA 3PPNA 3E4RA 3OSRA 4QFPA 1HSLA 4OMBA 3SETA 1N3XA 1MXUA 2LAOA 2I4BA 4U1OA 4EQBA 3O2AA 3PGFA 1A8FA 3QSLA 3QAXA 4OETA 1TXFA 2GRVA 2F6PA 2DS9A 4RA1A 2PT1A 3W9WA 5AE4A 3N6TA 4K3FA 2ZNSA 3T9HB 3DRGA 3EF7A 3KJ7A 3DRFA 1AMFA 2ZYOA 1WODA 1A99A 2Q9TA 4YB5A 1Y4CA 2XX9A 3EHTA 4AB6A 5H8QB 1NH7A 4GL8A 4P0GA 3PV0E 4BDMA 1B7HA 4GL0A 3RTFB 3LVUA 4ESXA 1BIYA 1XT8A 3LUYA 2DSFA 3PPQA 3TKDA 2XXXA 1UQWA 3GBAA 3U94A 3RGYA 4LZ7A 3A3UA 4NF6A 2H5YA 3QUJA 4X9TA 1B4HA 4LQ2A 1MY3A 4OWDA 2UVGA 2WOKA 3G3IA 2ZNTA 2B65A 2AYSA 4LZ8A 1XOCA 3N6UA 2V84A 2Y7PA 1Z7ME 1FQEA 4ZZEA 1DTZA 5I2KA 4R6YA 2PX1A 1LAXA 2PBWA 2XXRA 1M5FA 2F7AA 1B51A 1R9QA 2DWAA 1F9BA 4QFKA 3H4ZA 5AA1A 4OYVA 4TLMB 3G7WA 5TP9B 2UYFA 3PAMA 2V93A 3OOAA 4Z0IA 2O1MA 1MRPA 3K0VA 4BDOA 2DP8A 1UTBA 2ZXTA 2OWSA 1MH4A 3ZKLA 3O97A 3FVOA 1MG1A 2RC9A 4KI0E 2WKYA 5K2YA 3D4GA 1WDNA 1FCKA 3U92A 3G3HA 1B5IA 2A5TA 1PB8A 4F1UA 2I3WA 4IO3A 1VFDA 2CMOA 2V3QA 1M5CA 1B7ZA 3MVYA 5FHOA 2THIA 1JEUA 1DTGA 3LBSA 5CBRA 1B1XA 1TT1A 2F8DA 4H65A 3FUZA 3W15C 3U8QA 5DTBA 3HN0A 2P0SA 4LUBA 4QSEA 4TQUQ 2H98A 3DP6A 1B5JA 4F3SA 1IZ1A 1BP5A 1O7TA 4ONYA 3TEPA 2OBGA 1Y3NA 2OWTA 3OEMA 4FATA 2O84X 1UIVA 4NF8A 3O6GA 1Y1ZA 1OIBA 1NNTA 1EZPA 4QRZA 4ZEIA 2VHAA 3GBBA 1N7WA 4PQJA 3MC2A 4MBPA 2HZLA 1A54A 4EXKA 4FORA 4IGTA 1NFTA 4R75A 2DVZA 4OFOA 3S9EA 4MFIA 3TQLA 2PYYA 2X26A 3H03A 3RTWB 4XKQA 3S4UA 2M8CA 2QS1A 1R1NA 5CRYA 1FTOA 2QJEA 3IX1A 4NTLA 1SQYA 3WAEA 3ILTB 3MW0A 3FZVA 3T66A 2Y7IA 4YKKA 4NWCA 2VD3A 3H6TA 4UA8A 2O69A 2V3UA 3KOSA 1GGGA 1EH3A 3R26A 5L8DA 1PDAA 1QKAA 4N6PA 3TAJA 3Q26A 4H67A 1NL5A 3OO6A 4C0RA 3USDA 3C4MA 1MY4A 3FJ7A 4E0XA 4POXA 4OFLA 2F97A 1AL3A 3IOUA 1Y1MA 3G3KA 2FA7A 4ECFA 2H4IA 3UP9A 3DRKA 3GXAA 2R9JA 4IO2A 4R2BA 4MLVA 1VR5A 3FXRA 4F39A 2NXOA 1SYHA 4N13A 1N7XA 2F7BA 5IAIA 2Q8JA 5F7VA 4YKIA 3S9MC 1USYH 4LZ5A 3TTLA 4OEUA 4G68B 5CM6A 2GHBA 1OVTA 1Y3PA 3ILUB 5AA4A 2PMSA 3VXCA 3LSLA 4F2QA 2B3BA 1BLFA 5H8NB 4U23A 4PFUA 1UTHB 4R2FA 3H3GA 3KG2A 4EQ9A 1B7UA 1FTMA 2ZYKA 2QS2A 4XIGQ 2YLNA 4GXSB 4C1TA 2DE4A 4ZZAA 3ZKKA 4IGRA 1VSOA 1Y9UA 1O64A 3TCFA 3DELB 3HCQA 3Q27A 2ONRA 5AA2B 3SKPA 2OZZA 4U2RA 3V83A 1N04A 3CIJA 1MH3A 5JTYB 1LB9A 4RK2A 4PFTA 3CI8A 3HHGA 4IO7A 5CMBA 3CVGA 2F7CA 2DOJA 5ITPA 1SYIA 2XXUA 3TYHA 4UACA 1P1OA 1MQHA 4OHNA 3SEWA 2B4LA 3S9NC 1GVCA 1A55A 3N94A 2YJPA 2E0SA 1RYOA 1J1NA 4YU0A 5I57B 2IA4A 4IO4A 3DRIA 4XXUA 5TPAB 3O6IA 1SI1A 4NE4A 3EHUA 1POY1 3CFXA 3QXMA 4EUOA 2G93A 1HSJA 2XX8A 3PPPA 3JYRA 3DRHA 4WKMA 2H99A 3AXFA 1MY2A 3CHGA 2A5SA 2HAUA 2UYEA 1A7LA 3CFLA 3C32A 4ND9A 4H5GA 3RYAA 1LB8A 5K2XA 4OFJA 4BDQA 2ONKE 2Y7KA 2V3TA 4QSDA 3O6PA 1BKAA 2O7UA 3BFUA 5M2VA 3RT8A 3IK6B 3VLUA 5DVFA 4TLLB 5DYHA 2Y7WA 1A8EA 1NH8A 4I62A 3ZS6A 1B9JA 3VVEA 3JZJA 2ZMBA 3RNNA 1MXZA 4I8CA 4JBZA 1P99A 4Q5TA 1M5EA 3IB2A 5I56B 1EZOA 1SD3A 4JSDA 1SDXA 3U72A 3RY3A 3HO7A 2WOLA 3IOTA 4DXUA 2FNCA 3K2DA 1JETA 3M3KA 2ZYNA 5DEXB 4RNSA 4F2OA 3O66A 4M4GA 2AL4A 5H8QA 3T96B 4ZEFA 5CMKA 1MPBA 1DPPA 1QW0A 2Z8FA 3FIRA 1L5TA 3VVFA 3IORA 3PD9A 4OQOA 5J1DA 1N84A 3HPIA 4RXLA 1URGA 2XXWA 3MJNA 1YAEA 1MY1A 4YKPA 3K1PA 1N76A 1ZKBA 3Q29A 5IKBA 3QIMA 3U93A 1D9YA 1R6ZA 2I3VA 1Y20A 4RPNA 3KN7A 4NWDA 1M5BA 3QUFA 2OK2A 3RUMA 1O63A 3ONMA 2ESNA 4ZS9A 3OO7A 5ITOA 4OVJA 1IUDA 3CG1A 2I0BA 4OXVA 3IL1B 4F18A 1H76A 1Q35A 1MDP1 4G8HA 3DLNA 4HCYA 2Q88A 2XXIA 3A09A 4FE8A 3LSXA 3TTNA 3IR1A 4POWA 5DVJA 4GIZA 4IO6A 4Q8RA 3C9HA 3UORA 1B5HA 1QUKA 1TFDA 3G3JA 2I4CA 5TP9A 4HW8A 1FQFA 2AL5A 2D5WA 3EPEA 1MM6A 3K6XA 1I6AA 4BDRA 1JW1A 3EQ1A 2X7PA 1YPNA 2XXYA 4L17A 4H8JA 1B3EA 3DP4A 1JW4A 4X1BA 1JVXA 1R9LA 4QFOA 1B3GA 4PFYA 2DQVA 4ELPA 3VXBA 2G29A 2F36A 3G3FA 3FATA 1S9TA 1SBPA 4OZ9A 4QHQA 1YCJA 2I6EA 1UTBB 4JWYA 5A5XB 1ZTYA 4KHZE 3C33A 2RCBA 3ODBA 2CZLA 4E0WA 2PT2A 1P1QA 3V8XB 1B05A 3PMWA 5EHSA 4KFQA 1IXGA 4U1ZA 5EYFA 4DCYA 1B4ZA 1ATGA 3ZSFA 5CMMA 2QPQA 3TMGA 4PE5B 3I6VA 4NF4B 3VFJA 3TQWA 2B3FA 3O6HA 4P11A 5BWJA 1IIWA 3T9VA 3C34A 2XXQA 4BDLA 2XXPA 1MXWA 2HQ0A 4XKRA 3CR9A 3MAMA 5EHMA 3HHFA 3KOTA 4ELRA 3TCHA 3TDJA 1XVYA 1DSNA 2QS4A 4DZ1A 5H8FB 2QL3A 1I6QA 1QULA 3V89B 2BJJX 2REJA 2UVIA 3PMXA 4ZECA 4JDFA 1LFGA 4GVOA 5LOMA 3O28A 5CMCA 4PETA 4KYSA 3GZGA 3OD7A 2Q2CA 3FJGA 2E1SA 3LSWA 5DVIA 3IB1A 1SW1A 4G77A 4FAJA 1MXVA 5DT6A 3PPOA 5H8SA 4G4PA 5H8HB 3PPRA 1LBCA 3KSXA 5I58B 3IO6A 3K4UA 3WAFA 3P7IA 3QK6A 4KCDA 4YICA 2DWJA 1LFHA 4G8NA 1JQFA 3TZAA 1OMPA 1PBPA 4FIMA 1B3LA 3O29A 3DM0A 2WOPA 2Z8DA 1MQGA 1B52A 4KQPA 1P1WA 2XXVA 4G68A 3FXUA 1NKXA 1LFIA 2DWIA 1IXHA 1M5DA 4XKPA 3RLFE 1FQDA 5H8NA 3SEXA 1RKMA 3F11A 3TTRA 4F1VA 5I59B 3TODA 4JWXA 3I5OA 4ELOA 1UTHA 4RK9A 2OJTA 1AOVA 3MPKA 4EF1A 2DE3A 4NMYA 4FJPA 2O7IA 4M1VA 4R9GA 2UVJA 1P1UA 1PB9A 5AA2A 3PD8A 3K1NA 4WXJA 4ZEBA 3KFMA 4OERA 2YPNA 2VP1A 3C36A 3N26A 5JTYA 5L9OA 3I3VA 1Q1KA 5CC2A 4DIGA 1IITA 5CBSA 5HM4B 4O3CA 4F22A 3H06B 5TU0A 3Q25A 4R74A 1BTJA 3VVDA 4DE8A 1B32A 4YMBA 5L9SA 4JSOA 2RKMA 1PEBA 4IY6A 1MQDA 3PUYE 4FEDA 3FVGA 1ZJLA 4MH5A 3VDFA 1GR2A 4FEBA 4GLIA 3TFLA 3BBRA 3Q28A 2HXWA 4X1DA 5I57A 1VE4A 4H6DA 4NF5B 1LGBC 1XC1A 5TPAA 2QRYA 3IOVA 1MY0A 4EF2A 5I2NB 3SEYA 2Q89A 3OSQA 2RC8A 4QFLA 3G3GA 3M3FA 2VGQA 4KYDA 1Y4TA 3FVKA 2RINA 4Q30B 1XVXA 1OQHA 3O9PA 3OEKA 5KDTB 4DLDA 1WVJA 4FECA 2OCUA 4DCXA 3VLVA 4DXBA 5ELVA 1FQAA 2F6GA 2HEUA 4R9FA 4LQ5A 4YB6A 4OTEA 1LLSA 2QMXA 2I49A 1GV8A 1OVBA 5KCJB 3N5LA 1ELJA 1URDA 3CRBA 4O3BA 3IOWA 4LA9A 4GQOA 1MS7A 1NNKA 3MP8A 3PUVE 1LCTA 3S2VA 2XXHA 3K01A 1II5A 1IXIA 5FHNA 4YZZA 2O1LA 1AIVA 4I1DA 4U4SA 4ZEDA 4EDPA 2NUVA 3IO4A 1MQJA 2UXAA 1FTKA 3OO8A 2ZYMA 3DRJA 1IEJA 5F1QA 3UGWA 5I56A 4YB7A 1B2HA 3RT6B 1XS5A 2GFEA 4HTGA 1USYE 1I69A 2I48A 5DEXA 3VLWA 1SVXB 1DMBA 1DPEA 2HAVA 2HCAA 4JB7A 3M3LA 3FASA 3MBPA 1LSTA 3B7DA 3VE1B 2ANJA 3FV2A 3A3CA 5BUUA 3R6UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XWIA 3ECRA 4MCOA 1QKBA 2DXRA 4G2ZA 3KGCA 5AA2D 1TFAA 3C31A 3OENA 2B4MA 2F35A 3LC8A 3FXQA 1YTVA 3TELA 4C1UA 1DOTA 1NV7A 3E79A 2XWOA 3U65A 2DXYA 2KLFA 1MPDA 1IXCA 1LCFA 2Q2AA 4H5FA 2Y5KA 3K6VA 1FPLA 4EXLA 1OLCA 1S50A 2UVHA 3TCGA 4NF6B 2P1SA 4P47A 3MP1A 4IR8A 4GFRA 2RC7A 2H25A 4H8IA 2WEFA 1VDWA 2CZKA 4GXAA 2R71A 4G61A 3W9VA 2O6AA 5LDZA 1P1NA 2NWJA 2R6GE 3T22A 1LAHE 3R7XA 2DYXA 1SW4A 4R6HA 4ELQA 1MM7A 1OLAA 5I2KB 3SESA 1LBBA 1H3DA 2PCRA 4KCCA 1ZIUA 1POTA 3K1MA 2P2AA 1H44A 3OMBA 3ISPA 1B40A 2D21A 1H43A 4ZE9A 2CEYA 3E3KA 2VOZA 4HS7A 4XTCQ 5FTIA 3KSJA 1D3KA 4MF3A 1Z7NE 3H6WA 2XXTA 3K02A 3SEVA 4MX6A 1Y3QA 2X7QA 1A40A 1IQ7A 4QSCA 2I58A 4KYEA 2QS3A 4OEVA 5A5XA 4WEPA 4PAIA 2Y7RA 4F31B 1ZU0A 4ZE8A 5F24A 5I84A 4EQ7A 3DP8A 4YAHX 5KZTA 2A5TB 3PMVA 3FVNA 1B3FA 4O3AA 1NUXA 4PBQA 4TOZA 3SEUA 4NF4A 1EZ9A 2Y84A 4XKNA 4G8MA 1QUIA 1NUYA 2VD2A 1MQIA 1MXXA 1FRPA 2F5XA 3D4CA 4P0IA 5DW8A 1IMEA 4Z7EA 3B6TA 1UIUA 4RJZA 4LATA 3UK4A 3PUWE 1QUJA 1FQBA 4I9DA 1FTLA 1LBZA 2XXKA 4PDHA 1FBDA 3C35A 4IY5A 2I0CA 3KZGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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