4QFPA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with val-thr
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
source organism Pseudoalteromonas
molecule tags Peptide binding protein
total genus 160
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfpA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfpA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfpA02
1ZKBA 3CG3A 1I6QA 1B40A 1N04A 1SW5A 3S9EA 3C32A 3MVZA 4ZZAA 1B58A 1IUDA 3T9HB 1UTBB 3UA8A 3MBPA 1QULA 3KGCA 3DRJA 2OCUA 4LONB 2NOOA 2ZXTA 1H43A 4G4PA 1A55A 3IOTA 4MF3A 5HM4B 4ECFA 2NUVA 3UK4A 1SW4A 4RJZA 1MRPA 3RTWB 4F3PA 4KYSA 1I6AA 3CVGA 1IXIA 4NMYA 4TOZA 1P1NA 2XXHA 2VOZA 3I3VA 5AA2D 3H7MA 4P11A 1B3EA 4JDFA 5KDTB 3G3JA 2I6EA 4GVOA 3K1MA 1B6HA 1B3GA 2GRVA 5KDTA 2H4IA 4NE4A 1GVCA 2OBGA 4U1ZA 4BDLA 2RC8A 4TLMB 1B3HA 1MH4A 2DXYA 3K00A 1OIBA 2R9JA 3M8UA 3T96B 3FVNA 4K3FA 1Q35A 3H3GA 1FQEA 3G3GA 4N13A 2I4BA 1WODA 3VVDA 5HBCA 2UYEA 3DRGA 1Y3PA 3PMXA 4GQOA 3FATA 3TCHA 1USYE 1MPCA 1TWYA 4OQOA 3K6WA 3S9MC 1SQYA 1JEVA 4BDRA 1TXFA 2F7AA 4R2FA 3ZKLA 4YICA 3IB2A 4IGRA 2D21A 3LVUA 4Q5TA 3QUFA 4F3SA 3O28A 3KFMA 1IXHA 3I5OA 3TTNA 1YAEA 1NH7A 4PETA 3RYBA 3HPIA 3KN8A 1LAGE 1SI0A 2YPNA 3FASA 3GBAA 2B3BA 3OSRA 1DPPA 1BIYA 3OELA 2IEEA 4OFLA 1EZOA 2QSXA 4N07A 1LB8A 1PEBA 3MAMA 1US4A 3FJMA 3H03A 1IXCA 2W7YA 2X7PA 1PBQA 3O9PA 4DDDA 2B3FA 3G3IA 1LAHE 3IL1B 4C1TA 3OXNA 3V89B 2ZYMA 3HCQA 3H6TA 5I57B 3LSXA 3DP6A 4F22A 4N6PA 1IQ7A 3FGSA 3JYRA 1MY1A 2D5WA 5CBRA 4H67A 4EQ9A 3T22A 1OLCA 1FW0A 1B7UA 5FTHA 4JSOA 4XKNA 2GFEA 4NTLA 1US5A 3LC8A 3MP6A 3F11A 4R6HA 5K2XA 1Y4CA 3MWBA 3PU5A 1A99A 5AE4A 2I49A 1BKAA 2Z8EA 5AA4B 4GF8A 1M5BA 1POY1 3OOAA 2Q9TA 1NNTA 5AA3A 5ELVA 2I0BA 1Y3NA 3FXUA 3PAMA 5CMBA 3RN8A 1FQAA 3RUMA 4QFLA 4MLVA 4ZE9A 4EXKA 2NVUB 1LGBC 4U4SA 1D4NA 3FUZA 3RY3A 4U2RA 3RT8A 1YCJA 4OVJA 2QS4A 3IJOB 2ONSA 4WEPA 3T9UA 3DELB 4RXLA 1XVYA 2FA7A 3IJXB 1Y3QA 3CIJA 3T9XB 4G8MA 4NF8B 4G68B 1QUJA 2VP1A 3UN6A 1SYHA 1B51A 1ANFA 3EHTA 3E13X 3U1OA 3VLUA 4F1VA 3FVGA 2R6GE 5L9SA 3VE1B 3H6VA 1URSA 3OEKA 1B9JA 4HW8A 4OZ9A 3PUZE 5EYFA 4BDQA 2R71A 3TTMA 1D9VA 4OESA 1F9BA 3EF7A 3SDFA 2F8DA 3D4CA 4YZZA 3TODA 3FXRA 2UVHA 1B7ZA 2HXWA 1MDP1 3U92A 1ZJLA 1OVTA 1R1NA 1H76A 2I48A 2ZYOA 3K01A 4PP0A 1LBBA 2XXRA 1O63A 3LSLA 2X26A 3TFLA 2Y7RA 1B0HA 1D9YA 2YLNA 1ATGA 2XXVA 1B05A 2DVZA 2O6AA 2XXPA 1B32A 4ZECA 2P1SA 3ZSFA 2QMXA 1EZPA 3I6VA 5FHNA 3EPEA 4ELRA 3KJTA 4R73A 4R9FA 2HAVA 2XD2A 2OLBA 3DRFA 3KN3A 2ZNTA 2OWTA 2O1LA 1N7WA 4DCYA 3IORA 4H65A 1OQGA 4FJPA 2VD2A 2ZYNA 3PGFA 3FVKA 3TUSA 3K6XA 1NMUA 1A8EA 4EXLA 1B3FA 4EQ7A 1H44A 1A8FA 3CG1A 4DXBA 4ZS9A 1B2HA 1URDA 4XKQA 4YKIA 4RK2A 4ZZEA 3IOVA 2PVUA 4F29A 2V3TA 4Q8RA 5H8SA 3V8XB 4XTCQ 3VVEA 3RNNA 1PBPA 4KYDA 4OTEA 4NF4B 2Z8FA 1Y4TA 2V93A 4MFIA 4PFYA 3ZS6A 2WOPA 4M1VA 5B7DA 4NF4A 1MH3A 3LR1A 4RY1A 4KYEA 1PB7A 3MJNA 1LFGA 4F19A 4AQ4A 4EDPA 3TEPA 4ZEKA 4QFOA 3K1NA 1OLAA 2Y84A 1SW1A 4ZEFA 5DVJA 1S7YA 3O66A 1VFDA 1QUIA 2OK2A 1VSOA 1B1HA 2F97A 4ZEBA 4ONYA 2DYXA 4GOTA 3UGWA 1N0TA 3KSXA 2RF1A 4GD5A 2UYFA 4O3AA 3TZAA 5I56B 3IB0A 4ELQA 2O1MA 1O7TA 1ZTYA 2O51A 4F3BA 1B5IA 5I56A 3M3LA 4H1XA 4H5FA 1A40A 3GXAA 3IO4A 4F2OA 5H8HA 2DQVA 4G77A 4E0XA 2Y7WA 2QPQA 1FQBA 1O64A 3PD8A 4X1BA 1HSLA 1AMFA 3VVFA 3B6WA 4LZ7A 3ECRA 2A5SA 3W15C 1MXXA 4RYAA 4LA9A 4O3BA 4YMBA 1EZ9A 2QS3A 3S9NC 3H6UA 3K0VA 1JETA 4HS7A 5DTBA 3IAZA 3K1PA 4OWDA 3SKPA 1ZBMA 1SBPA 3KSJA 4ZEIA 3OO9A 3VLWA 3E3KA 3K6UA 2HEUA 3DP8A 1FCKA 1JW5A 2THIA 4NWCA 2NWJA 4JSDA 1R9LA 4HCYA 3C4MA 2WOLA 2REGA 3T9VA 1LCFA 1MG1A 3DP4A 1A7LA 2FNCA 2KLFA 5TU0A 2O7UA 4U22A 3L6GA 3Q27A 1RYXA 4OEUA 3K4UA 3QAXA 2Y7KA 2PMSA 3GZGA 3DRIA 2O68A 4QFKA 2V25A 3RTFB 1VFEA 5L9OA 3EN3A 1MS7A 1S9TA 3LBSA 2XXQA 2ZNUA 1B3LA 2B4LA 1LLSA 5JTYB 4H8JA 4ESWA 4U21A 2ESNA 1ZIUA 2V3UA 3IO6A 1B46A 5JTYA 2ZNSA 1B5HA 2HZLA 1P1UA 1GV8A 1OMPA 1AIVA 1SI1A 3TKDA 3O2AA 1N76A 3FV2A 2DS9A 3TCFA 4OYVA 3PUVE 4THIA 4DXUA 2QS2A 4ZDMA 3C9HA 2F5XA 2Z22A 5M2VA 3JV9A 5CC2A 3K2DA 3QSLA 4P0IA 3OO8A 4IO7A 3A09A 3OMBA 5CM6A 2VD3A 4UA8A 1QW0A 1RYOA 1Y20A 3ODBA 4GWOA 4IB2A 4FORA 4E0WA 2XXXA 3KOSA 2B4MA 4ELPA 1Q1KA 4FEDA 1GR2A 3N5LA 4GXAA 4LQ5A 3N6UA 3MZBA 5TP9A 4IGTA 4TLLB 4XKRA 1Y1MA 2NXOA 2Q2CA 1MPBA 4RPNA 1MXVA 1FQDA 2HQ0A 4ZEDA 2E0SA 3SESA 4DIGA 4JBZA 3CRBA 1H3DA 3KEIA 2VHAA 2YJPA 1ZLQA 1R6ZA 3VDFA 3A3CA 1SVXB 4DXCA 5FHOA 2ONRA 4FEBA 5I2KB 4ZE8A 1II5A 2HAUA 2Z8DA 3C31A 4F18A 2AL5A 5ICQA 2QMWA 1B0LA 4G8NA 2REJA 1MY0A 5I2KA 3GBBA 4IY5A 1JNFA 1P99A 3CFZA 1YTVA 4F31B 3C33A 3OEMA 3FVOA 3H4ZA 3OSQA 4R74A 4YAHX 1MM6A 1MY4A 1PC3A 2PT1A 3THIA 2UVJA 2RINA 3UIFA 1MPDA 5TPAB 5ICTA 3AXFA 4YU0A 3RQTA 4XXUA 3SEUA 4JXIA 3MPKA 2H9BA 1SW2A 3W9WA 2DWJA 2OWSA 4HCWA 4LQ2A 4RNSA 4EF2A 5TPAA 3S2VA 4PQJA 2LAOA 3U94A 4IY6A 4FAJA 1JVYA 1USYH 1LAFE 3PPOA 1MXZA 4Z0IA 4QRZA 5DVFA 5BWJA 1AOVA 2H98A 1I6BA 3QUJA 3FJGA 3CR9A 3TPAA 1AL3A 1JW1A 4FE8A 3VV5A 5F1QA 5ITPA 2DVCA 2P0SA 3TTRA 4OFOA 5L9MA 5IAIA 2WOKA 4F39A 5BUUA 3VXBA 1TFAA 4RA1A 5DVIA 3BFUA 4XIGQ 1Z7ME 1DSNA 3QYTA 3G3FA 1XS5A 2PYYA 3ZKKA 4U4XA 3U93A 1UIVA 5H8QA 2I3VA 2XX8A 4ELOA 1ZMGA 2PBWA 1NNFA 4YB7A 3P7IA 4FECA 3SEYA 5DYHA 5CBSA 3FZVA 3VFJA 4Q0CA 3JZJA 3Q25A 3QXMA 1P1QA 4LVQA 4OMBA 1FTLA 1QKBA 1MQGA 4YKJA 3OO6A 3RGYA 1LCTA 2F6PA 1B7HA 1OVBA 3KN7A 4C1UA 3SEWA 4F3GA 2Q89A 1B1XA 3T66A 1MQJA 5JEIA 1LFIA 4YMAA 3BBRA 4QFPA 1EU8A 3IB1A 3MPLA 5FHMA 4L17A 1DTGA 2F36A 1FTKA 1P1OA 3IOWA 3KG2A 3HHFA 3TQWA 3DRKA 1UTHA 3LSFB 1DMBA 1B5JA 2F7CA 3DM0A 3SETA 4GXSB 2GHAA 3BKIB 3FXQA 1POTA 2Q8JA 2A5TB 5I58A 4KQPA 3L6HA 4AB5A 5AA2A 2DWAA 2QRYA 5HPQA 1NNPA 1MQIA 1LFHA 2A5TA 3SERA 4EF1A 4I8CA 3HN0A 1BLFA 2E1SA 4KD5A 2UVGA 3V83A 1XT8A 5A5XA 1ZU0A 4YKPA 4I9DA 2DXRA 4H6DA 3T93B 2RKMA 1SD3A 1MQDA 3LSWA 1JW4A 2DE2A 3O29A 4G68C 3ONMA 1L5TA 3IR1A 4MBPA 5LOMA 2DWIA 1EH3A 2XD3A 4NF6B 2DSFA 4M4GA 2Z23A 2F7BA 1LAXA 1N7XA 1FTMA 3PV0E 4NF6A 2UXAA 3SEXA 4XKPA 4R75A 3CSBA 3MQ9A 5H8HB 5AA1A 3C35A 5I2NB 3HHGA 1TFDA 3PMWA 2XXWA 1UTBA 3N94A 1OQHA 5I2NA 4JWOA 4DE8A 2F6GA 4H8IA 4KR5A 1IIWA 2Q2AA 1MXUA 3ILTB 4KFQA 2G93A 5K2YA 3LUYA 3USDA 4U1OA 2I3WA 2HCAA 2I0CA 2QS1A 1I69A 3E9XA 5KZTA 1IEJA 5DEXB 1AH5A 3MP1A 1JQFA 4AB6A 1H45A 2XX9A 4GFRA 1CE2A 1D3KA 2M8CA 5DEXA 3K6VA 5CMKA 2V84A 5FTIA 3C34A 1RKMA 4QSCA 4WEDA 2DWHA 3KOTA 2P2AA 4FATA 1XVXA 3ILUB 4F1UA 1FQCA 2B65A 4NF5B 3H06B 3MW0A 4P0GA 1M5CA 4QSEA 4MH5A 1M5DA 1GTKA 4NF5A 1J1NA 3UORA 2XXIA 1R9QA 4QF9A 1PB9A 1LB9A 3Q29A 3RLFE 3KZGA 4X48A 4PFWA 1NNKA 2HFBA 3VLVA 3PUXE 4YB6A 4QSDA 1SYIA 4PFUA 3G3HA 4OHNA 5H8FB 1ELJA 3FIRA 1Y9UA 4I1DA 1URGA 4R72A 2DE4A 4YB5A 4IO6A 4ND9A 4F2QA 4GRKA 3SEVA 1QVSA 2DP8A 5H8FA 4Q30B 4BDMA 3IK6B 2F78A 3Q26A 2I58A 2ALUA 4R9GA 1M5EA 3DLNA 3O6PA 3MZ9A 2DOJA 1MY2A 4RPOA 2XX7A 4IO4A 3Q28A 4NWDA 3DRHA 3K02A 1LSTA 5CRYA 4I62A 1XC1A 2RCBA 2RCAA 3EQ1A 3TELA 2FYIA 1N3XA 5F7VA 3TAJA 3TTKA 3RT6B 1QUKA 3MUQA 3N26A 4LP2B 4IO2A 1XHYA 4JWXA 1HSJA 3CFXA 2ABHA 3OO7A 1VR5A 4KPTA 2Q88A 2D3IA 1MY3A 4H5GA 1IZ1A 3HO7A 5TP9B 4BDNA 3EHUA 2O84X 2GHBA 2AIXA 4C0RA 1P1WA 2OJTA 1PDAA 3RPWA 5J1DA 5I57A 4G8HA 2QJEA 3PPPA 5ISUA 3FJ7A 4IO5A 3H6WA 3PPRA 1WDNA 1QKAA 3QIMA 4EQBA 2IA4A 4GLIA 3VXCA 1FTJA 1T0KA 3N6TA 4BDOA 4GL0A 4WXJA 2ANJA 3V5AA 3MC2A 5KCJB 2G29A 1Z7NE 4QFNA 2CMOA 3PPQA 3PMVA 3B7DA 3RYAA 4POXA 5KCJA 2XXTA 3B6TA 4WKMA 1FTOA 2H25A 3MVYA 1Y1ZA 5DT6A 4OFJA 5CI5A 4LZ5A 3R26A 2AYSA 1SDXA 1NFTA 1TT1A 4LUBA 5JK4A 3EHSA 3C36A 4UACA 2I4CA 5EHMA 2O7IA 5AA4A 1KWHA 3TYHA 1YPNA 3R7XA 2QL3A 3E4RA 5I84A 4KHZE 1MXWA 3PUYE 4OERA 3O97A 4DLDA 1UQWA 3PUWE 3TCGA 2XXUA 4EUOA 4KI0E 4Z7EA 3TMGA 3WAEA 1MM7A 4O3CA 3CFLA 2PT2A 4MLQA 2H99A 1B4HA 1JVXA 4RK9A 5CMMA 3GLBA 3OENA 4IO3A 3HV1A 2ZMBA 3WAFA 2Y7IA 1M5FA 4DCXA 4NF8A 1A54A 4G68A 1NKXA 3CI8A 1UIUA 4KCDA 3HSTA 2X7QA 3IX1A 3M3KA 5I59B 5H8QB 1B4ZA 2CZLA 2DE3A 2VGQA 3TDJA 3CSGA 2OZZA 4NEDA 5I59A 3MVWA 3MZ1A 4X1DA 5CMCA 1DTZA 2ONKE 4KCCA 3S4UA 1VE4A 3U72A 1QJMA 4OEVA 1MDQA 4LATA 5B70A 1HSEA 3BFTA 4DZ1A 2HZKA 1NH8A 4PE5B 1IITA 5H8NB 4X9TA 1B52A 3PPNA 3KJ7A 3QK6A 4YKKA 2BJJX 5H8NA 1FQFA 2V3QA 1N84A 1MXYA 4POWA 2PX1A 1UTHB 3B6QA 3FV1A 4F1YA 3U8QA 4R2BA 1DOTA 3S9LC 4JWYA 3FD3A 3G7WA 2H5YA 2XHDA 2O69A 4H0WA 4R6YA 4G2ZA 3MVXA 3IOUA 3OD7A 4LZ8A 1JEUA 1BP5A 5I58B 5AA2B 1IXGA 1BTJA 4OETA 4JB7A 1N3WA 3PD9A 5EHSA 4HTGA 3M3FA 4GIZA 4ESXA 1MQHA 4ISUA 1WVJA 1GGGA 2Y7PA 3FTOA 5A5XB 2AL4A 3D4GA 3MP8A 1XOCA 4OXVA 2F34A 1LBCA 4FIMA 5IKBA 5L8DA 3TQLA 4PFTA 4GL8A 1S50A 3UP9A 4BLAA 3W9VA 4OENA 3A3UA 3G3KA 3TTLA 2ZYKA 1NL5A 2RC7A 1PB8A 2UVIA 4QHQA 4TQUQ 1DPEA 2XXYA 3O6GA 1CB6A 4R6KA 3R6UA 3CHGA 2GH9A 4U23A 5ITOA 3O6HA 2WKYA 2RC9A 3O6IA 2F35A 3KBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q9DA 1ZKBA 3CG3A 1I6QA 1B40A 1N04A 1SW5A 3S9EA 3C32A 4H46A 4PAFA 3MVZA 4ZZAA 1B58A 1IUDA 3T9HB 1UTBB 3UA8A 3MBPA 1QULA 3KGCA 3DRJA 2OCUA 1LBWA 4LONB 2NOOA 2ZXTA 1H43A 1K9YA 4G4PA 2F3DA 1A55A 4PTKA 3IOTA 2XWIA 4MF3A 5HM4B 4P1LA 4ECFA 2NUVA 3UK4A 1SW4A 4RJZA 1MRPA 3RTWB 4F3PA 4KYSA 1I6AA 3CVGA 1IXIA 4NMYA 4TOZA 1P1NA 2XXHA 2VOZA 3I3VA 5AA2D 3H7MA 4P11A 1B3EA 4JDFA 5KDTB 3G3JA 2I6EA 4GVOA 3K1MA 1B6HA 1B3GA 4N6DA 2GRVA 5KDTA 2H4IA 4NE4A 1GVCA 2OBGA 4U1ZA 4BDLA 2RC8A 4TLMB 2CZKA 1B3HA 1MH4A 2DXYA 3K00A 1OIBA 2R9JA 3M8UA 3T96B 3FVNA 4K3FA 1Q35A 3H3GA 1FQEA 4MEVA 3G3GA 4N13A 2XWVA 2I4BA 4MNPA 4LN5A 1WODA 3VVDA 1CNQA 5HBCA 2UYEA 3RPLA 3DRGA 1Y3PA 3PMXA 4GQOA 3FATA 1IMBA 3TCHA 1USYE 4MIJA 4XFEA 1MPCA 1TWYA 4OQOA 3K6WA 3S9MC 1SQYA 1JEVA 1FBHA 4BDRA 1TXFA 2F7AA 4R2FA 1FTAA 3ZKLA 4YICA 3IB2A 4IGRA 2D21A 3LVUA 4Q5TA 3QUFA 3O28A 3KFMA 4F3SA 1IXHA 3I5OA 3TTNA 1YAEA 1NH7A 4PETA 3RYBA 3HPIA 3KN8A 1LAGE 1SI0A 2YPNA 5DW8A 3FASA 3GBAA 4MHFA 2B3BA 3D1RA 1DPPA 3OSRA 1BIYA 3OELA 2IEEA 5EQ9A 4OFLA 1EZOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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