4XKQA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and cd medium supernatant)
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
total genus 169
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkqA01
1IXHA 2DWIA 4EQ7A 2H25A 3ZS6A 1IITA 2QMWA 3K4UA 2P2AA 3U94A 5H8HB 2OWSA 2F6GA 4KR5A 1NL5A 4EF2A 1LAXA 4FEDA 1CB6A 3QAXA 1QJMA 2B4MA 2F7AA 2I0BA 3RTWB 2PVUA 3T9VA 1A40A 3SESA 1M5DA 3B6QA 3G3HA 2HFBA 3W15C 4GFRA 5HM4B 4O3AA 2QS3A 3QXMA 3V89B 1P1NA 4HCYA 1MM7A 1AMFA 4OFJA 3TFLA 3V83A 3MQ9A 4MLVA 3EHTA 3K2DA 2HZKA 2RF1A 2RKMA 3QIMA 1B3EA 1XT8A 4HCWA 1JW4A 1MY2A 4C1TA 4LZ5A 3TTNA 4F19A 1P99A 1M5FA 3FIRA 3LC8A 3MP6A 3U72A 1LCTA 1JETA 2GHBA 2IEEA 1MXUA 1I6BA 4I1DA 1TT1A 3W9WA 2O1LA 1XS5A 3MWBA 2RCAA 4G68C 3CI8A 2V93A 4L17A 4WXJA 1N3XA 1DSNA 3S4UA 3PD8A 3PUZE 2DE4A 2ZXTA 4JWXA 3G3JA 2Z8DA 4OZ9A 3DRJA 2Y7WA 5CMBA 1MH3A 3C4MA 5JTYB 3QYTA 2ZNTA 3EHSA 2THIA 3PU5A 2CZLA 1Y1MA 5CI5A 2A5TA 3HV1A 3VFJA 2AYSA 3ONMA 5I56A 3BBRA 3RUMA 1LAHE 3TODA 4N07A 1A7LA 4KD5A 1B2HA 4YB7A 1B52A 4JXIA 5EHSA 1NNKA 3ILTB 4NF6B 1R9LA 3VDFA 4H5GA 3O6HA 3PPQA 2ANJA 3OXNA 1Y20A 4NF8B 1MQDA 5KZTA 4O3BA 1FQEA 1PB7A 4XKNA 4F3PA 3OEKA 5I2KB 3RT6B 1ZMGA 4P0GA 3TQWA 2R6GE 2DXRA 5KCJB 1QUKA 1IIWA 5DT6A 3OO7A 4RA1A 4F29A 2NWJA 1O64A 5TP9B 1B1HA 4U21A 1URDA 4ND9A 4POWA 5FHNA 5AA2A 4YZZA 3T66A 3ECRA 3TCHA 2DVCA 3TTKA 1B9JA 1MQJA 4GWOA 1WODA 1DTZA 5ISUA 1NNFA 5CRYA 1B1XA 3CFXA 2XXRA 1SW5A 3H06B 3R6UA 1D4NA 3T93B 4BDLA 2DE3A 4G2ZA 1B7ZA 1B5IA 4LZ8A 4NF4B 3C33A 4ZDMA 3SDFA 2PT2A 2V3QA 3TELA 4EQBA 3EN3A 3JYRA 3KZGA 3N6TA 3K1MA 1OQHA 1GTKA 3IB0A 4LA9A 4GIZA 3RT8A 5H8HA 3KEIA 4NTLA 3N5LA 1EZOA 3S2VA 3MUQA 1OQGA 3TTLA 1JW1A 3VXCA 1H43A 3FVKA 1L5TA 3TKDA 4TQUQ 3PUWE 4DXBA 1Y9UA 4PETA 4OFLA 3F11A 5DEXB 1M5CA 1ZBMA 2F97A 4F39A 3GLBA 1UIUA 3LUYA 3SETA 1OVBA 2E0SA 3VLUA 2CMOA 4ESXA 5ICTA 4DCXA 1B40A 1PEBA 4ECFA 4IY6A 1B5JA 4QFLA 1Q35A 1O63A 4UACA 3S9MC 2ABHA 4RXLA 4GF8A 4KYDA 4FAJA 3CR9A 2HAVA 3W9VA 2VHAA 3RY3A 5A5XA 3KBRA 1LBBA 3PUXE 2OWTA 1WDNA 1N0TA 2UVGA 2ONKE 2DQVA 2QL3A 2XD2A 1N84A 1QKBA 4FE8A 1BIYA 3PPRA 5KDTB 4F3SA 1NNPA 1MXXA 3CFLA 1J1NA 4HW8A 4ZE8A 2HAUA 4OYVA 2XX7A 1QW0A 1PBPA 4QFOA 1LB9A 5JTYA 2X26A 2PX1A 4GD5A 4ONYA 2KLFA 3RGYA 3UORA 3VV5A 2O84X 3U93A 4M1VA 1UQWA 4KCCA 1Z7NE 4P0IA 1II5A 1VFDA 2ZNUA 1LSTA 3FJGA 1SQYA 4R75A 2V84A 1AL3A 3RNNA 2Z23A 5ELVA 1B6HA 4RNSA 2I4BA 4NF6A 3MJNA 4F3GA 1VE4A 2O7UA 1SYIA 3MBPA 3RN8A 5I2KA 2DWHA 4OESA 1B51A 4R6HA 4YKIA 4F1UA 1B05A 1LB8A 5KCJA 2XXHA 5ICQA 4U1OA 4RPOA 3HHGA 3MVWA 4QFPA 3IO6A 4OTEA 5CMKA 4HTGA 4IO6A 2Y7IA 3Q26A 4G8HA 1OIBA 4O3CA 3PPOA 3CIJA 1RKMA 1KWHA 5JK4A 4EUOA 3UK4A 4EXKA 1IXGA 1UTBB 3Q28A 4I8CA 2WOPA 3PAMA 4KQPA 3OD7A 3DLNA 3DRIA 3PGFA 3IOVA 4DCYA 2Z8FA 3FXUA 2FNCA 3HPIA 5AA2B 5AA4B 3L6GA 1URSA 4EXLA 5K2XA 3RYBA 1DPEA 4FEBA 1FTKA 3LVUA 3K02A 4YAHX 4ZZEA 2OJTA 4ZS9A 4NWCA 4QRZA 4KPTA 4YKJA 2B3BA 1DTGA 4IGTA 3N6UA 4OXVA 4R2FA 3TPAA 1MY4A 1HSLA 2QSXA 3G7WA 2V3UA 3ZKLA 5I57B 2HQ0A 5DEXA 3BFUA 4PP0A 4DXUA 3KSJA 3OELA 2Y7PA 2D5WA 2AL5A 1A8FA 1R6ZA 3SEYA 4JSDA 4WEDA 1D9VA 1GVCA 4I62A 3N94A 1B7UA 1NMUA 2HZLA 3ODBA 4ELRA 1SW4A 4QFNA 2Q9TA 3KSXA 4THIA 2NVUB 3QUFA 3M3LA 2F8DA 1ZIUA 3O97A 3DRHA 3EHUA 1A55A 1PB9A 4BDOA 4EF1A 2F34A 4QSCA 4YU0A 5CMCA 1H3DA 3K1NA 2PMSA 1MXZA 2Z22A 5AA3A 1A54A 4YMAA 3OMBA 1POY1 2F78A 4IO3A 1LCFA 3IO4A 5KDTA 1S7YA 4F1VA 1Y1ZA 4RY1A 3CG3A 4YB6A 5I2NB 5M2VA 4G77A 5A5XB 1H45A 2DP8A 1GGGA 3KFMA 2DXYA 4WEPA 3KG2A 5F1QA 3Q25A 4FORA 2Q88A 1R9QA 1SDXA 3O2AA 2B3FA 1IZ1A 1SI0A 2PYYA 2ONRA 3LSLA 3H7MA 3IB1A 4OERA 3C9HA 4G8MA 4OWDA 4G4PA 3DM0A 3O66A 4GL8A 3OO6A 1XOCA 3IB2A 4BDQA 1P1WA 1Y4TA 1N76A 1CE2A 2I4CA 1N3WA 3E9XA 3HCQA 4NWDA 4RPNA 3D4CA 2ZYMA 4GXSB 3K0VA 3FVNA 2A5SA 3LBSA 3HHFA 2D3IA 3R7XA 1EZ9A 4X48A 4MLQA 4N13A 3GBAA 1MDP1 2W7YA 3KJ7A 2I58A 1B46A 2XX8A 1P1OA 4ZEKA 2VD3A 2GHAA 1UTBA 4ESWA 4ISUA 1P1QA 2UXAA 2VP1A 3TDJA 1QUJA 3CVGA 1Z7ME 2H99A 3H6VA 2UVHA 4AB6A 3O9PA 3VVDA 1US4A 4XIGQ 3UN6A 1F9BA 5AA4A 2ESNA 2G29A 3KN8A 4NE4A 2QRYA 5IAIA 4F18A 3UA8A 4ZE9A 2O7IA 2AL4A 3TCGA 1IEJA 2YLNA 3N26A 2QMXA 1XHYA 3C35A 1PDAA 4R9GA 5L9OA 1NKXA 3FV1A 1UIVA 1EZPA 4TLMB 3I5OA 1TFAA 5B7DA 2RINA 5H8NA 1B3GA 2PBWA 3PUVE 3H6WA 4NF5B 3DP4A 3WAEA 1FQDA 4N6PA 3I6VA 1USYH 5I57A 3B7DA 2QPQA 3UIFA 5BUUA 3FASA 1LLSA 3P7IA 3H6TA 5F7VA 5L9MA 3SEXA 1Y4CA 5CBRA 2UVJA 1PC3A 1ZJLA 2IA4A 1OMPA 1H44A 3BKIB 1EU8A 4F31B 3A09A 4GRKA 2G93A 4LONB 4JB7A 4JDFA 3MAMA 1BTJA 3GXAA 4XTCQ 2I3VA 4GOTA 1B7HA 2H5YA 3IK6B 3IJXB 4PE5B 3SKPA 1QULA 4PFWA 1LFGA 3E13X 2I3WA 4H67A 2FYIA 2OCUA 3EPEA 5CBSA 2Q2CA 3U8QA 4KI0E 5I2NA 1I6AA 4G68B 3O29A 3FXQA 3AXFA 4R6KA 1NNTA 2X7PA 1B4HA 5CM6A 1MDQA 3MC2A 2ALUA 4R72A 1EH3A 2P0SA 1ZU0A 3TYHA 3VVFA 2WOLA 1AOVA 4AQ4A 3JV9A 2O69A 3ZSFA 3C34A 5HPQA 1B0LA 2WOKA 1JW5A 3K6VA 4IO2A 2ZYOA 2Y84A 1YAEA 2ZYKA 4GLIA 4X9TA 4JSOA 3GBBA 4EDPA 4XKRA 1FTJA 4P11A 2VOZA 1OLAA 3CG1A 3T22A 1MQIA 3E3KA 3MZBA 3C36A 2O51A 3G3GA 4F22A 1DPPA 2DS9A 4TOZA 1QUIA 4LUBA 4BDMA 3G3KA 3PUYE 1MPBA 2R71A 3USDA 2Y7KA 5ITOA 3VXBA 1GV8A 1RYXA 5H8QB 1ANFA 1D3KA 2Q8JA 5K2YA 2V3TA 3QUJA 2XXPA 1PB8A 1MXWA 3VLWA 3DELB 3TMGA 1VR5A 2NOOA 4LP2B 1GR2A 3MP1A 3U92A 2ZMBA 4KYSA 5FTHA 3SEUA 3KGCA 4ZZAA 1URGA 2QS2A 3RPWA 1FW0A 4WKMA 1N7WA 4H8JA 4JWOA 1TWYA 1MRPA 4OMBA 3THIA 2O6AA 4FJPA 3A3UA 3PMVA 3C31A 5TPAB 3O6IA 2NUVA 2DOJA 1ZTYA 2Y7RA 2XXYA 2RCBA 4E0XA 1I6QA 3A3CA 4UA8A 2XD3A 3O28A 3FXRA 1YTVA 2WKYA 1OVTA 4MH5A 2H98A 3QSLA 2FA7A 3FZVA 4NF5A 1MXYA 3LSXA 4IB2A 1OLCA 3T96B 2DE2A 2XXUA 3FVGA 5I58B 2O68A 1IXCA 2DYXA 4LQ2A 1FQCA 5DYHA 3PD9A 2QJEA 4H0WA 5H8NB 4ZEBA 4U22A 3KN3A 4IO4A 4RJZA 5I84A 5DVIA 1D9YA 3JZJA 2H4IA 3SEWA 1US5A 1TFDA 4PQJA 2VGQA 4MBPA 3UGWA 4PFYA 3TAJA 3CFZA 1SD3A 2D21A 3KOSA 1LAFE 1HSJA 4K3FA 5CC2A 4MF3A 1XVYA 4F1YA 1ZLQA 4H8IA 3DP8A 1VFEA 4BDNA 3DRGA 5L8DA 4RK9A 3RYAA 5HBCA 1FQFA 1SVXB 3FGSA 3D4GA 4G68A 3HN0A 1UTHB 1MS7A 2F6PA 2HEUA 4ELOA 4XKPA 1B0HA 1YPNA 2UVIA 4G8NA 1JEUA 2I0CA 1MQGA 4LATA 2X7QA 3IAZA 1POTA 4XKQA 3H6UA 4C1UA 3K6XA 3OSQA 1B3HA 2YPNA 3IX1A 1B32A 1SW2A 5CMMA 4LQ5A 3TQLA 3IJOB 4AB5A 5EYFA 4PFUA 3IL1B 2XXQA 3LSWA 2HCAA 3DP6A 4OEVA 3T9HB 1M5BA 3RQTA 4PFTA 4OETA 2NXOA 3VE1B 4H6DA 4KCDA 1FQBA 1Y3PA 1NH7A 2F36A 2Q2AA 4GQOA 2OLBA 2I48A 2PT1A 4DE8A 3FUZA 3FTOA 2YJPA 5H8FA 3B6TA 1LFIA 4F3BA 3M8UA 4Q30B 1B58A 3PV0E 5H8QA 3OO8A 4YMBA 1MPDA 3IORA 1MG1A 4ELQA 3ZKKA 1FCKA 4QSDA 3FATA 3CHGA 2QS1A 4DDDA 3UP9A 1MY1A 2RC8A 5DVJA 1RYOA 2GFEA 1Q1KA 3WAFA 1BLFA 4NMYA 3MPLA 2B4LA 1VSOA 3O6PA 4U2RA 3B6WA 5J1DA 4U4SA 4QSEA 5DTBA 4IO5A 4YKKA 1ATGA 4YKPA 1FTMA 3FVOA 3RLFE 2I49A 4ZEFA 2O1MA 1R1NA 3MVXA 2R9JA 3K6UA 3TZAA 4E0WA 2XHDA 5TPAA 4QFKA 4IY5A 3G3IA 1FQAA 2DSFA 1FTOA 5DVFA 2B65A 4Q5TA 1BKAA 2ZYNA 2VD2A 4KFQA 4DLDA 3T9UA 2DVZA 5JEIA 4DXCA 3MZ9A 4MFIA 3V8XB 4LZ7A 4OENA 2F35A 2AIXA 5FTIA 4H1XA 2ONSA 2OZZA 3CSGA 4GVOA 4NEDA 3ILUB 5I58A 3EF7A 1O7TA 4R2BA 4OHNA 3MVZA 3CSBA 4BLAA 4ZEIA 5I59B 3OOAA 2XXVA 1S50A 1SI1A 1HSEA 3K6WA 3C32A 1MY3A 4M4GA 1SYHA 2DWAA 1YCJA 1JEVA 3H3GA 4KHZE 3U1OA 3DRFA 3M3KA 2RC9A 4Q0CA 1FTLA 3MVYA 3K1PA 3DRKA 2GRVA 4R73A 4ZEDA 5AE4A 1LBCA 4H5FA 5AA2D 1M5EA 1IQ7A 3S9EA 1MPCA 3G3FA 4KYEA 3MPKA 2QS4A 1JQFA 3OENA 3HO7A 2XXXA 1N04A 1SBPA 4R6YA 3FD3A 1A99A 4U4XA 1UTHA 3R26A 2Q89A 4Q8RA 4XXUA 2F5XA 1T0KA 1SW1A 3FJMA 1ELJA 2ZNSA 1WVJA 3MP8A 3VLVA 2E1SA 2M8CA 5FHMA 4FECA 4HS7A 2REJA 4RK2A 4R74A 4RYAA 4C0RA 4OEUA 3KOTA 4X1DA 3KN7A 1NFTA 1Y3QA 1IUDA 3BFTA 3PMWA 3KJTA 4FIMA 2UYEA 4YICA 1BP5A 2UYFA 1JNFA 3OSRA 5AA1A 4X1BA 4F2QA 3E4RA 3Q27A 3K01A 4U23A 1TXFA 2LAOA 1N7XA 1MH4A 3TTMA 3LR1A 3HSTA 1MQHA 2HXWA 4ELPA 3PMXA 1MY0A 2OK2A 3O6GA 1XC1A 4JWYA 1A8EA 1QVSA 4DIGA 4EQ9A 5IKBA 2BJJX 2Z8EA 4GL0A 3Q29A 3EQ1A 3H4ZA 2GH9A 3TCFA 3IOTA 2RC7A 1B4ZA 3L6HA 3I3VA 4U1ZA 5BWJA 1LFHA 4R9FA 5H8FB 2XXIA 3IR1A 4H65A 4OQOA 1Y3NA 3TEPA 3LSFB 2DWJA 3IOUA 4QHQA 4TLLB 1IXIA 1JVYA 4I9DA 1LGBC 2A5TB 4NF8A 5L9SA 2V25A 4YB5A 3S9NC 3OEMA 4BDRA 1QKAA 5I56B 3QK6A 1B5HA 3VVEA 2XX9A 4ZECA 4QF9A 3MZ1A 4Z7EA 3CRBA 4LVQA 5FHOA 5TU0A 4JBZA 2I6EA 1DMBA 3S9LC 2F7CA 1S9TA 5TP9A 2P1SA 1B3LA 3K00A 5H8SA 3FJ7A 4OVJA 4FATA 2REGA 1AIVA 3GZGA 1PBQA 4GXAA 1XVXA 1NH8A 3FV2A 3V5AA 1MM6A 3PPPA 3OO9A 2F7BA 4DZ1A 5LOMA 3SEVA 3IOWA 4POXA 3MW0A 1P1UA 5I59A 4F2OA 3H03A 1JVXA 5EHMA 2OBGA 4NF4A 2XXTA 1I69A 4IO7A 3TUSA 1USYE 3RTFB 3M3FA 1B3FA 4OFOA 1DOTA 5B70A 2XXWA 2H9BA 3SERA 5ITPA 3T9XB 4Z0IA 1AH5A 4IGRA 3PPNA 1LAGE 3TTRA 1H76A 1ZKBA 1MXVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IXHA 2DWIA 4EQ7A 2H25A 3ZS6A 1IITA 2QMWA 3K4UA 2P2AA 3U94A 5H8HB 2OWSA 2F6GA 1EYKA 4KR5A 3EKIA 1NL5A 4EF2A 1LAXA 4FEDA 1CB6A 3QAXA 1QJMA 2B4MA 2F7AA 2I0BA 3RTWB 3SZPA 2GQ1A 2PVUA 1NV3A 3T9VA 1A40A 3SESA 1M5DA 3B6QA 2HXRA 2WYKA 3G3HA 2HFBA 3W15C 4GFRA 5HM4B 4O3AA 2QS3A 3QXMA 1P1NA 4N8GA 4HCYA 1MM7A 3V89B 1AMFA 4OFJA 3TFLA 3V83A 3MQ9A 4MLVA 3EHTA 3K2DA 4PGNA 2HZKA 2RF1A 2Q74A 2RKMA 3QIMA 4XF5A 1B3EA 4GWZA 1XT8A 4HCWA 1JW4A 1MY2A 4NHBA 4C1TA 4LZ5A 4MMPA 3TTNA 4F19A 1P99A 2WBBA 1M5FA 3FIRA 3LC8A 3MP6A 3U72A 1LCTA 1JETA 2GHBA 2IEEA 1MXUA 4P9KA 1I6BA 4I1DA 1TT1A 3W9WA 2O1LA 1XS5A 3MWBA 2RCAA 4G68C 3CI8A 2V93A 5F24A 4L17A 4WXJA 1N3XA 1DSNA 3S4UA 4GWXA 3PD8A 3PUZE 2DE4A 2ZXTA 4JWXA 3G3JA 2Z8DA 4OZ9A 3DRJA 4G61A 2Y7WA 5CMBA 1NV4A 1MH3A 3MYUA 3C4MA 1FBFA 5JTYB 3QYTA 2ZNTA 1SPIA 3EHSA 2THIA 1DCUA 3PU5A 2CZLA 1Y1MA 5ET8A 5CI5A 2A5TA 3HV1A 3VFJA 2AYSA 3ONMA 5I56A 3BBRA 3RUMA 1LAHE 3TODA 4N07A 1A7LA 4PDDA 4KD5A 1B2HA 4YB7A 1B52A 4JXIA 1NNKA 5EHSA 3ILTB 4NF6B 1R9LA 2P3VA 3VDFA 4H5GA 3O6HA 3PPQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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