3S9MC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, cryocooled 1
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
Knots found
sequence length
674
structure length
517
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 114
structure length 517
sequence length 674
chains with identical sequence D
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC03
1H76A 3TEPA 5KZTA 4Q30B 3VFJA 4F3GA 2DXRA 3IB1A 5IAIA 4X1DA 3CFLA 2OLBA 1VE4A 2H25A 2XHDA 3B6TA 1I69A 1QULA 1EZ9A 2UYFA 5TU0A 4P0GA 4FECA 4F3BA 4QHQA 5I56B 1SW5A 5DYHA 1OVBA 2PX1A 3ZKKA 5KDTA 4N07A 2E0SA 3HSTA 4YMAA 1B3HA 2DYXA 2F34A 1A55A 2V25A 4ZEBA 3Q29A 1D4NA 2ABHA 3N94A 3CFXA 2UXAA 3S9NC 4R74A 3O9PA 4OYVA 4IO5A 4DXCA 1D3KA 3TCGA 2GFEA 4WKMA 1Y9UA 4I8CA 1L5TA 3OENA 3C32A 3H4ZA 4FE8A 1B3FA 1OMPA 4OFOA 3T9XB 2DQVA 1NKXA 1PB9A 3RQTA 4NF5B 1NFTA 1URSA 4KPTA 5TPAA 4QFNA 1LAGE 1B32A 4YKKA 2QRYA 4RXLA 3H6TA 4BDLA 2RKMA 3K01A 1I6AA 4NF6B 4O3AA 2FYIA 4MLQA 3TCFA 4JSOA 1P1OA 1P1NA 3IORA 2DSFA 2UVJA 1QKAA 2O1LA 4X48A 1DTZA 3CG3A 4OXVA 3O6HA 4RNSA 3KEIA 1II5A 5DEXB 3CIJA 2HFBA 2XX8A 5I56A 3ECRA 3H6UA 1SVXB 1MY3A 3IJOB 1XT8A 3V89B 1FQCA 2B3FA 3ZS6A 5F1QA 3IR1A 3EN3A 3IX1A 4F1UA 1EH3A 1YCJA 3LSLA 2ONSA 2DS9A 4ZECA 1B0HA 1XS5A 3EQ1A 3OSQA 4PFWA 1LBBA 2QSXA 2RCAA 1B9JA 4HW8A 4GL8A 4F18A 4MF3A 3U8QA 3D4CA 3N5LA 1EZPA 4RYAA 2NWJA 2ZXTA 4ZDMA 3C36A 1SI0A 2ZYNA 1ZMGA 3TAJA 1LCTA 1PB8A 3SEXA 1LLSA 3RTWB 3PMXA 1N3XA 3TTLA 3MVZA 3FJMA 3KSXA 1QUIA 4NF6A 4ZE9A 3TYHA 5CC2A 5JEIA 3TTKA 3QXMA 3IL1B 1DMBA 1B0LA 2XXQA 3ILTB 1MXUA 3DP6A 2HXWA 3O6GA 1Q1KA 5DEXA 4NWCA 1VFEA 1D9YA 1GVCA 2VGQA 1AH5A 2VHAA 4QFLA 3LSXA 3RLFE 3RY3A 1BLFA 2B65A 2H5YA 2KLFA 2O7UA 2P2AA 4DLDA 1VFDA 4BDOA 5DVIA 2DVCA 1P1QA 2XXPA 3QK6A 3FGSA 3D4GA 3MJNA 4Q5TA 3LBSA 4K3FA 3K1NA 2HZLA 2XXWA 1JEVA 2X26A 4F22A 1MQIA 3Q26A 5FHOA 4LONB 4IGTA 4YMBA 4GXAA 1Y1MA 1UTBB 4WXJA 3V8XB 5FHNA 5HPQA 1Y1ZA 3W9VA 3C9HA 3KOSA 4R9GA 4ZE8A 3K0VA 3V5AA 4MH5A 3RUMA 4O3BA 3LSWA 3TCHA 4OFLA 5AE4A 2ZNUA 1SW4A 1SD3A 1A8EA 1SW2A 3FASA 4OETA 4H67A 4PETA 5CMKA 1H44A 2XXVA 1MS7A 3HHFA 5AA2D 3PUXE 3U92A 2DE2A 3GLBA 3QIMA 4X1BA 4F3PA 1FQFA 4JWOA 2AL5A 3RNNA 3VVEA 3CSBA 2R71A 3C34A 1N0TA 3DLNA 4BDRA 4WEDA 4OEUA 1YTVA 3PPNA 1IXIA 3QSLA 4U21A 1RKMA 1J1NA 3FXQA 4F19A 3S4UA 3RT8A 4EQ9A 3DM0A 1FTLA 5DVFA 1B6HA 1LAHE 4OEVA 5LOMA 3OSRA 2X7PA 3PD8A 1IXGA 3IK6B 3TTMA 1MM6A 2HEUA 4X9TA 4HCWA 3EHTA 3B6QA 1BP5A 4NF4B 3OEKA 1N84A 3S9MC 4R6YA 1MY1A 2H99A 3UN6A 2Z8EA 3C33A 2DWIA 1MXVA 2UVIA 3FXRA 2RC9A 4POXA 2THIA 2V93A 1B4HA 1B3EA 4ND9A 1FTKA 3MVYA 1M5EA 3VLUA 3OOAA 1MQDA 5TP9A 3MP8A 2HCAA 1M5FA 1XHYA 1ELJA 4GXSB 5HBCA 3V83A 2Q88A 4I9DA 1A54A 4DE8A 1OQHA 4TLMB 5L8DA 4IO7A 1GGGA 1TT1A 1A8FA 3CG1A 1QJMA 3M3FA 1B46A 2F36A 4OESA 3MUQA 3O2AA 5I58B 3M8UA 1P99A 3OEMA 1MY0A 3ODBA 4H65A 4RK9A 2R9JA 3H03A 3R6UA 3MZBA 1POTA 4NE4A 2DVZA 4NF4A 3RGYA 4NMYA 2OK2A 4NEDA 3GXAA 2Y7WA 1MH4A 2QS4A 1DPEA 1PEBA 2YPNA 3TFLA 4H1XA 2I0CA 1AMFA 3O28A 2XX9A 1S50A 1B40A 3FVOA 5CMCA 2BJJX 3MP1A 3PUVE 4IO3A 2ZYKA 1MDQA 2CMOA 3UIFA 1MXZA 4JBZA 4OFJA 3LC8A 3OELA 5J1DA 2W7YA 3K6UA 3PPRA 4KYEA 3T22A 4XKQA 3IO6A 4RY1A 2OWTA 3MZ1A 1PB7A 2F6PA 2P0SA 3DELB 4LA9A 3UK4A 1Y3PA 2V3UA 1SI1A 1HSLA 4G8HA 3MPKA 2DP8A 1LFIA 4LP2B 3UORA 4ZZEA 4FATA 3OXNA 5I58A 1Z7ME 1Y20A 5KCJB 2X7QA 3OO8A 4ELQA 2O1MA 4P11A 2F78A 1JEUA 3UGWA 3K1PA 1US4A 3FIRA 1B2HA 1JQFA 3PGFA 4KFQA 3IOWA 4OWDA 1B05A 4JDFA 4NTLA 1WVJA 2P1SA 4IB2A 3SESA 2A5SA 1QKBA 1MH3A 1NNKA 1NMUA 2V3TA 1MM7A 4IO2A 1ZLQA 2GRVA 5CRYA 1B1HA 4BDNA 3USDA 3IOVA 2DOJA 1FQBA 3SDFA 4O3CA 1B58A 1N7XA 2OCUA 2RCBA 4NF8B 3FATA 2QJEA 1XVXA 1T0KA 3G3IA 1MPBA 4RK2A 4XKPA 2HAUA 4FEBA 3TZAA 3E3KA 2F35A 4THIA 3K6WA 4LZ8A 4AB5A 4C1TA 4IY6A 2XXXA 4IGRA 4R2BA 2G93A 3THIA 5DT6A 2HZKA 4RPOA 3QUJA 1MY2A 5CMBA 3VLWA 4H6DA 4AB6A 3VE1B 5KCJA 3BBRA 1MRPA 2AL4A 3PPPA 2I6EA 3SEVA 4KHZE 5EHSA 3MBPA 4PFYA 1B3GA 4LQ5A 4HCYA 1IXCA 4OENA 4JWYA 5L9MA 4E0WA 4MBPA 1B4ZA 4QFKA 4U2RA 3N26A 1QVSA 1URGA 3Q27A 1LB8A 4IY5A 4H5FA 5H8SA 2QS2A 3FVKA 2I48A 1VSOA 3L6GA 4MFIA 3U1OA 4GD5A 4U1ZA 2Y84A 1M5CA 4LQ2A 4HS7A 3KJ7A 5I59B 3C31A 4XTCQ 4NF8A 1MXYA 4TLLB 2Y7IA 1XOCA 3KFMA 1TWYA 3KBRA 2IEEA 2B3BA 2H9BA 3ILUB 2YLNA 3DP8A 3QAXA 1IEJA 1ZIUA 4ZS9A 1NH8A 4YKIA 4G68B 5H8HB 3LR1A 3FJ7A 1JNFA 5JK4A 2F97A 4WEPA 4F2QA 1FQDA 2DE4A 3K4UA 1Z7NE 4I62A 1NL5A 1LB9A 4ELPA 4Z7EA 3QUFA 4ECFA 4OTEA 5AA3A 4LATA 4M1VA 3TUSA 3AXFA 1JVYA 3IB0A 1PBQA 2PMSA 3PPOA 4EXKA 2OJTA 3TDJA 3U94A 1BTJA 4G8NA 3HV1A 3KOTA 4QSDA 1URDA 1F9BA 3MVXA 1SQYA 2ONRA 2D21A 4E0XA 4XXUA 4JWXA 3TKDA 3I6VA 1CB6A 3TPAA 3EHUA 3O66A 3R7XA 3PMWA 1OLAA 2NUVA 5I59A 2VP1A 2I58A 3PMVA 4EQ7A 4L17A 3WAEA 4UA8A 5H8NA 4YB5A 5H8FB 3BKIB 1TFDA 4LZ7A 1AL3A 1LAXA 2ANJA 2M8CA 5EYFA 3U93A 2QMXA 3GZGA 1H43A 3OMBA 1R9LA 4G68A 4GF8A 5H8HA 3PUZE 5TP9B 5H8QA 3SEUA 4EXLA 5B7DA 1MPCA 4N13A 4Z0IA 2H98A 3C35A 4GLIA 1WDNA 1IITA 3VLVA 2OWSA 3M3KA 1MXWA 4F31B 3F11A 4QSEA 3PUYE 4M4GA 3T9HB 1I6QA 1ANFA 4H0WA 3FUZA 2GHBA 2Z23A 4GWOA 4F1YA 5L9SA 3MZ9A 3MAMA 3PD9A 1OVTA 4KD5A 2PT2A 3B7DA 2O51A 3K6VA 3I3VA 4QRZA 3O97A 4PFUA 4F1VA 3EF7A 3RTFB 1B7ZA 3FV2A 4F29A 3MW0A 5ITPA 5FHMA 3RT6B 3K2DA 3A3UA 4JB7A 3CI8A 4QSCA 1N76A 3ZSFA 1JETA 2Z8DA 5ISUA 4DXBA 1EU8A 5AA2B 3SEWA 4YZZA 2OBGA 4MLVA 5CBSA 4PP0A 1R9QA 2CZLA 4DDDA 5H8FA 1ZTYA 4G8MA 4EF2A 3IAZA 2IA4A 3T96B 3FXUA 1SDXA 1MQGA 5M2VA 4IO4A 4DXUA 2FNCA 3MPLA 3MVWA 5BUUA 2I49A 1P1UA 3OO7A 3QYTA 3FZVA 2XXUA 3Q28A 4G68C 2F7AA 5ITOA 5JTYB 2Y7PA 1DOTA 3CRBA 4TOZA 1N3WA 1JW4A 3BFUA 4YICA 1OQGA 4XKNA 1UIVA 4YB7A 2E1SA 2XXIA 3T66A 1A40A 2QMWA 4ONYA 3TTNA 3MQ9A 2VD2A 3K1MA 4POWA 3HCQA 4OHNA 1QUJA 1Q35A 1OIBA 2ZNSA 3ONMA 5F7VA 1JVXA 1LCFA 4KYSA 5AA2A 1S9TA 2F7BA 5CBRA 4F2OA 4GVOA 1FW0A 1XVYA 4LUBA 3HO7A 4YKPA 2Z22A 3W9WA 1N7WA 1MY4A 3G3GA 1SYHA 2UYEA 1SYIA 3RPWA 4FORA 1N04A 1BKAA 1US5A 3H06B 3CVGA 4OVJA 1NNTA 2I4BA 4GQOA 3P7IA 4H8IA 5FTHA 2F6GA 1B5HA 2NOOA 3VVDA 1VR5A 2Q2CA 2ZYOA 5JTYA 1RYOA 3BFTA 1EZOA 4YKJA 3K02A 1LAFE 1M5BA 3T9VA 1Y4CA 3LSFB 1UQWA 1YAEA 4UACA 3CSGA 1LGBC 1GTKA 1B1XA 1PDAA 3JV9A 3RN8A 5I2KB 3CFZA 1GR2A 1LBCA 1UTHB 2QS3A 3L6HA 4KCCA 4C0RA 3U72A 4U22A 2YJPA 2QS1A 1FQEA 3ZKLA 4FJPA 2Y7KA 2WKYA 1R1NA 2FA7A 4P0IA 5ELVA 3S9EA 4R9FA 4YB6A 4R2FA 1FTMA 2D5WA 4U4SA 1FTJA 2DWJA 2OZZA 4YAHX 2DWHA 2RINA 4BDMA 3TELA 3FJGA 3LUYA 1ATGA 2Q8JA 1HSJA 2DWAA 5EHMA 1UIUA 4GIZA 4RPNA 1SBPA 1PBPA 2I4CA 4Q0CA 4R6KA 4ELOA 5I57B 3JYRA 3C4MA 3TTRA 3H7MA 3TQLA 4GOTA 2HQ0A 2A5TB 4QF9A 2F5XA 1A99A 4KI0E 4F39A 2GH9A 4LZ5A 3SETA 1IUDA 4PQJA 2ESNA 4G4PA 2AYSA 2V3QA 5I2KA 1ZJLA 4DZ1A 1NNPA 1NNFA 2NXOA 1UTHA 3EPEA 3N6UA 5AA4B 5K2YA 4ZZAA 2XD2A 1Y3NA 4H8JA 4PFTA 1H3DA 1R6ZA 4DCXA 4F3SA 5A5XB 3IOTA 4U4XA 1FTOA 4ISUA 2DXYA 1WODA 5CM6A 3WAFA 3PU5A 2PYYA 1MPDA 4NF5A 4OZ9A 3KSJA 5BWJA 2ONKE 4XKRA 1B7HA 4PE5B 3KN3A 3SERA 4FAJA 3GBBA 5H8NB 4AQ4A 1LSTA 3H6VA 3UP9A 3H6WA 3O6IA 2LAOA 4EF1A 1O64A 2XXTA 3G7WA 4U23A 5H8QB 3OO6A 5I57A 2XXHA 1M5DA 4EUOA 3E13X 1I6BA 4GL0A 1PC3A 3IB2A 3PUWE 4G77A 3W15C 2A5TA 1AIVA 3G3JA 2F8DA 4TQUQ 5HM4B 4ZEFA 1ZU0A 1S7YA 1LFHA 2XXYA 2O69A 3VDFA 1O63A 3H3GA 3PV0E 2O84X 1JW1A 4FEDA 4H5GA 3TODA 1TFAA 4G2ZA 4OMBA 2QPQA 5AA4A 3TQWA 4ESXA 1Y4TA 1OLCA 3B6WA 3OD7A 2QL3A 1MG1A 4R73A 4GFRA 1NH7A 2O7IA 4R6HA 5A5XA 3KN8A 2DE3A 5DTBA 5I2NB 3N6TA 4ESWA 3GBAA 1Y3QA 1FCKA 5ICTA 1O7TA 4ZEKA 5CI5A 3IO4A 1ZKBA 4YU0A 3MWBA 5CMMA 2ZYMA 1B5JA 2I3WA 5FTIA 4I1DA 3MP6A 2NVUB 2I0BA 4DCYA 3HHGA 3E4RA 1MQJA 5I84A 3I5OA 1QW0A 3TMGA 2PBWA 2UVHA 3KJTA 3A09A 3R26A 2GHAA 3E9XA 1P1WA 4KCDA 3KGCA 3S9LC 3G3HA 2XX7A 3JZJA 1TXFA 2XD3A 1AOVA 4QFPA 5ICQA 2I3VA 3CR9A 4ZEDA 1DPPA 5DVJA 4HTGA 3IOUA 1H45A 4KYDA 1CE2A 1XC1A 2AIXA 4C1UA 2REJA 1FQAA 1A7LA 4LVQA 3EHSA 1KWHA 5AA1A 3G3FA 1USYE 3FV1A 3VXCA 3A3CA 3VVFA 1POY1 5I2NA 3T93B 2REGA 4N6PA 2V84A 2PT1A 4GRKA 3VV5A 1UTBA 3FD3A 2VD3A 4IO6A 4U1OA 3S2VA 2ZMBA 2D3IA 2UVGA 4BLAA 1ZBMA 2F7CA 2ALUA 4QFOA 2G29A 3SKPA 3HPIA 4R72A 2RC7A 3IJXB 3T9UA 1SW1A 1USYH 3FVGA 4RA1A 1MXXA 4R75A 5L9OA 1B7UA 3FVNA 1IXHA 5IKBA 4OQOA 5KDTB 3DP4A 3M3LA 4KR5A 1DSNA 1IQ7A 3O29A 5K2XA 2H4IA 1B51A 2Q9TA 2RC8A 1HSEA 3KZGA 1DTGA 1JW5A 1B52A 3K6XA 3PPQA 4JSDA 1BIYA 2RF1A 1B3LA 4XIGQ 2Q2AA 2PVUA 2HAVA 4RJZA 3UA8A 2R6GE 1YPNA 1B5IA 4EDPA 2ZNTA 5B70A 1IIWA 1GV8A 3MC2A 1QUKA 4EQBA 4OERA 3OO9A 4JXIA 1RYXA 4KQPA 4FIMA 4BDQA 1IZ1A 3G3KA 3VXBA 2Q89A 4NWDA 4ZEIA 5TPAB 2Y7RA 2Z8FA 3SEYA 2VOZA 4ELRA 1MQHA 1D9VA 2O6AA 3Q25A 2XXRA 1MDP1 3K00A 3KN7A 2O68A 3KG2A 4Q8RA 3HN0A 1LFGA 4DIGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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