3S9MC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, cryocooled 1
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
Knots found
sequence length
674
structure length
517
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transport protein
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
total genus 114
structure length 517
sequence length 674
chains with identical sequence D
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC03
4FIMA 4G68C 4OYVA 2VGQA 3PUVE 5CC2A 2XX8A 3C34A 2XXTA 5FHMA 1D9VA 1CB6A 3RTFB 4U2RA 3WAFA 1JW4A 2Q2CA 1MY3A 3FXUA 4GF8A 2OCUA 4OESA 1B3GA 3QYTA 4Q0CA 5K2XA 4HS7A 1H44A 4PP0A 1IIWA 1B32A 2D21A 2F8DA 1IITA 3MVWA 1BTJA 1URDA 4OMBA 1GTKA 2RF1A 3IOVA 4G2ZA 4MLQA 4LZ5A 5ITOA 3ZKLA 3OEMA 1PEBA 3H3GA 3OXNA 3RT8A 3VDFA 2XXIA 2WKYA 1FTLA 4G8HA 1US5A 1SD3A 4OERA 4PFWA 1CE2A 1B3HA 1ZTYA 4POXA 5CI5A 2QS1A 4P0IA 1MM6A 1PC3A 2QS3A 4F31B 5F1QA 5I2KA 1UTHB 1XVXA 3MP8A 2P1SA 2GH9A 2XXXA 2Z23A 4MFIA 3VV5A 3PD9A 2O69A 1VE4A 3EHTA 3G3FA 5H8HA 3N5LA 2AIXA 5AA2B 3QK6A 3FASA 1B4HA 2OWSA 5CMMA 1TXFA 5TPAA 2HAVA 3FJ7A 3O97A 3PD8A 1F9BA 3R6UA 1ZJLA 5JTYB 4FJPA 1O64A 2VD3A 3L6GA 4KPTA 3R26A 3IO6A 2F35A 3C32A 4E0WA 1LLSA 2I48A 3KSJA 3Q28A 3HCQA 3T96B 3LR1A 1M5BA 1Y3NA 3PMVA 4UA8A 1Y4TA 2DP8A 2NVUB 4NF8B 4THIA 5I57B 2GHAA 2THIA 3OELA 2ZNUA 4FEBA 4LATA 4NWDA 5B7DA 1FTJA 1UIUA 2XXHA 4E0XA 5JEIA 4KI0E 3LC8A 2AL5A 4YKJA 3TCGA 2Y7KA 5L9SA 1UTBA 1OLAA 1Y1MA 4GXSB 2FYIA 2ONSA 4F2OA 1B40A 2F34A 4G77A 4H8IA 1USYH 3TTNA 3U92A 4O3BA 4H1XA 4Q30B 2I3WA 3PUYE 1SW4A 2F6PA 2O68A 3H6TA 3MZBA 5H8SA 1FCKA 3QUFA 3VLVA 2RCAA 1B6HA 4LQ2A 5L8DA 1MY4A 4H5FA 2CMOA 4BDNA 1H45A 5DEXB 2H99A 1L5TA 3U94A 3GBBA 4JB7A 1B1HA 1LGBC 3O6IA 5KCJB 4XXUA 3MVYA 1A54A 3OOAA 4YB6A 4KQPA 3TTLA 2QJEA 3V8XB 3D4CA 3IOTA 2F97A 3B7DA 4BLAA 2DVCA 2A5SA 1MM7A 1O7TA 2A5TB 4GXAA 4TOZA 1XOCA 5DYHA 3UGWA 1M5CA 3VVFA 4F3BA 2ONRA 4NF6B 4U23A 1N7XA 1QUIA 1FTKA 3PPPA 1ZIUA 2F7BA 4EF1A 1B46A 1YAEA 5TU0A 3TDJA 4QFPA 4RK9A 1HSEA 4WEPA 4ELQA 5JK4A 3S4UA 3K1NA 3DLNA 3G3JA 3V5AA 4IGTA 4GL8A 2UVHA 3FGSA 3OO9A 4AB6A 3T9XB 2E1SA 1Z7ME 2PX1A 1LCFA 3K6UA 4GQOA 4I1DA 3C4MA 2O84X 3FXQA 4LZ7A 4BDQA 4ELRA 2OBGA 2H5YA 2UVJA 3OO8A 4N13A 4I8CA 3PPNA 3R7XA 4YICA 3M8UA 1WODA 4IO3A 2I3VA 3O2AA 2DE4A 4QHQA 3TELA 5A5XB 4F19A 5AA4B 4KYDA 3PUWE 4YB7A 3O6HA 1GV8A 5AA2D 2HQ0A 1LAXA 1P1WA 2VD2A 3RT6B 3TCHA 4LUBA 5H8QA 4ZEDA 2XXWA 5CBSA 2Z8DA 1MXVA 1TT1A 2OWTA 3B6WA 1OIBA 4M4GA 2VHAA 1MH4A 1POY1 2YLNA 3EN3A 1N3WA 2XXUA 2QS2A 3JV9A 5M2VA 3LBSA 1POTA 1R9LA 2V25A 1LB8A 1S50A 2OJTA 5CM6A 4I9DA 1SVXB 2Q8JA 2QRYA 3H06B 4U4XA 4LA9A 2ZYMA 1GR2A 4R6HA 3RUMA 3TTMA 4EUOA 1XS5A 3SEUA 1LFIA 3A3CA 2RC7A 3MP1A 2XD3A 3AXFA 1J1NA 2H25A 1IXGA 4JWXA 5KDTB 3Q27A 1MG1A 1N84A 2H9BA 5I2NB 1USYE 3HPIA 1FQDA 2F36A 2R71A 3VFJA 1PB7A 5FHOA 2NWJA 1AMFA 5B70A 4DCYA 1MDP1 2XXVA 3MUQA 3PU5A 4NEDA 4QRZA 4YKIA 4BDLA 3RQTA 2P0SA 4PETA 5I2NA 4AB5A 2DXRA 1MQJA 1FTMA 3EHSA 3IB2A 3TQLA 3K2DA 1B7ZA 3GLBA 4QFNA 3QSLA 4IO5A 4WXJA 3RTWB 4R74A 2HEUA 3DELB 3K1PA 4ONYA 4FAJA 3IORA 2XD2A 3C31A 3V89B 4R6KA 2YJPA 1B0LA 1XVYA 4EXLA 1WDNA 2DWIA 2XXYA 3L6HA 1MY2A 5L9OA 1JEVA 2D5WA 2B3FA 2X7PA 3KFMA 2I4BA 1SYHA 3MAMA 1OQHA 3FVKA 4OZ9A 4H0WA 4X9TA 5EHSA 3SDFA 3FZVA 4OHNA 3W9VA 1NH8A 3KJ7A 3BFUA 3PMXA 1B2HA 3S9NC 1DPPA 3IJOB 2NUVA 2Q9TA 3FATA 1DTZA 3JZJA 2DWAA 3RN8A 1SDXA 3LSFB 2Q88A 3PMWA 3RGYA 1NFTA 3OMBA 1UTBB 5CBRA 5F7VA 1SW1A 4RY1A 1MS7A 3UP9A 4G4PA 2HCAA 2ZYOA 1Q1KA 3KOTA 3MBPA 5DVFA 4RXLA 1A55A 2DWHA 1B3EA 2PYYA 2ZYKA 3KN8A 3USDA 4BDRA 5CMKA 3DP8A 1MRPA 3FVNA 4KHZE 2VOZA 3I6VA 2HAUA 4ZEIA 3VXBA 4FEDA 4RJZA 4XKNA 1JQFA 4F3GA 2ZYNA 3KEIA 2DQVA 3SEXA 2DWJA 3S9EA 2HFBA 3K00A 3P7IA 4F2QA 3EF7A 3S2VA 3FXRA 3ONMA 4Q5TA 1B9JA 2IA4A 2R9JA 4DLDA 1MPDA 4OWDA 2O51A 1PB8A 3Q25A 3K0VA 1NH7A 1A7LA 1MQIA 5AA2A 3TZAA 4YZZA 3S9LC 2H98A 2Y7RA 2ZMBA 4G8MA 3FUZA 3G7WA 4KCCA 3F11A 3EHUA 4R9GA 5TP9A 5H8FA 5I84A 1B5HA 1P1UA 1UTHA 2NXOA 2PT2A 1BP5A 5KDTA 3BFTA 3KG2A 1IXCA 1NL5A 4QSCA 3FV2A 4L17A 2Z8FA 1SYIA 4GLIA 3ILUB 4ELOA 4GL0A 4DZ1A 3N6UA 3THIA 1JEUA 1TFDA 2ZNSA 4OVJA 3QXMA 5AA4A 3ZS6A 3SEVA 4YMBA 4YU0A 4DXCA 4NF5B 3MVXA 5H8NA 1NNKA 4YMAA 3FJMA 4XKPA 1B52A 3K4UA 1ZKBA 1OMPA 4KYSA 4NWCA 4DXUA 4EQ9A 1FQAA 1FQBA 5H8FB 1SQYA 1OQGA 2DS9A 4MBPA 2GRVA 3OSQA 4IY6A 3E9XA 3MZ1A 1H43A 3VVEA 1M5EA 5ISUA 4PFTA 4GOTA 4K3FA 1B3FA 2B3BA 1RYOA 3T9VA 1II5A 3UORA 1GGGA 5IKBA 3O66A 4ISUA 5FTHA 1RKMA 4ZZAA 4ECFA 5AA3A 4OQOA 1YTVA 5TPAB 3SKPA 4DXBA 1AH5A 1SI1A 2KLFA 4GFRA 5I2KB 3DP6A 3HHGA 4JSOA 5KZTA 3LUYA 3RLFE 1MQGA 2QMXA 1AL3A 3IO4A 3IAZA 2UXAA 3LSLA 5HM4B 1AIVA 1JVYA 1M5DA 2YPNA 2FA7A 4WKMA 5HBCA 1FW0A 1QKAA 1MXYA 5CMBA 1B5JA 1B1XA 1URGA 1Z7NE 2ANJA 3ZKKA 3Q29A 4F1YA 2I6EA 1B0HA 4GIZA 1B7UA 3W15C 3WAEA 1MDQA 1YCJA 5ELVA 1US4A 4F1UA 5ICTA 2O1LA 4U4SA 2RKMA 5L9MA 3V83A 3UIFA 1SBPA 1MH3A 4U22A 4ZEFA 3OD7A 4PFUA 4H5GA 5I56B 1LFGA 1A8FA 2Z8EA 1VSOA 1LCTA 3CIJA 3MWBA 3PPQA 4F18A 1DSNA 1B51A 1Y9UA 5DTBA 1H76A 2O1MA 4QF9A 3W9WA 1XT8A 1QW0A 3T93B 1B05A 3M3LA 4R72A 3B6TA 1VFEA 4C1TA 2I49A 1N76A 3VVDA 4EXKA 1ZLQA 2ESNA 3KN3A 2F78A 2DYXA 4U1OA 4QFKA 4KR5A 1P99A 5ICQA 4JBZA 4GRKA 1Y3QA 4R2BA 2F5XA 2XXQA 3ODBA 1PB9A 2V3QA 4RK2A 4WEDA 4HW8A 1LFHA 3K6WA 4IB2A 4R73A 5JTYA 4ZE8A 4TLLB 1AOVA 3IB1A 3UA8A 4N07A 3Q26A 3I3VA 4JWYA 5CMCA 3A3UA 1VFDA 2H4IA 3H6WA 3QIMA 4IO4A 4BDMA 3DP4A 2ZNTA 1BKAA 1TFAA 4YAHX 5I59B 4GWOA 3FIRA 1A40A 1MXUA 2O6AA 1UIVA 1Y20A 5H8QB 1NMUA 2O7UA 3TAJA 4F39A 2AYSA 2F7CA 3BKIB 3RY3A 3SETA 3MJNA 1LAGE 2R6GE 5CRYA 3TTRA 3H6VA 3O28A 3HV1A 4NF4A 2ALUA 3IL1B 1DOTA 4F3PA 1OVTA 4M1VA 1B3LA 1ELJA 1QKBA 2Q89A 3DM0A 3H6UA 3K6VA 3PUXE 1SW5A 1Y3PA 4LP2B 4OXVA 5I56A 3MZ9A 3VE1B 5EHMA 3G3KA 3EQ1A 3JYRA 1UQWA 2RCBA 2REJA 2V3UA 3I5OA 3HSTA 4OTEA 3TCFA 2G93A 2CZLA 4EF2A 3CFLA 5DVJA 2Y7IA 1I6QA 4R75A 4U21A 4C1UA 3MPKA 1YPNA 2I0CA 3N26A 4NF5A 5H8NB 2D3IA 2O7IA 1SW2A 2UVIA 1IXHA 1LBBA 2Y7WA 2F7AA 2V84A 1N3XA 3HN0A 3OO6A 4G68B 1QUKA 2I0BA 4JDFA 1MQDA 2HXWA 1QVSA 3CFXA 3O9PA 4H65A 2GFEA 2XHDA 4BDOA 1IUDA 3K02A 4YKPA 2PVUA 5FTIA 1XHYA 3B6QA 5I58A 4DDDA 1JVXA 4PQJA 3PV0E 2ABHA 1MY1A 4FORA 4IY5A 5DVIA 2Q2AA 4H6DA 3G3GA 4NF8A 3GXAA 3HO7A 3C9HA 1A99A 4F3SA 4IO7A 1A8EA 2DXYA 3O29A 4ESXA 2B65A 3BBRA 1QULA 1H3DA 3OO7A 1IEJA 1PDAA 1FQCA 2UYEA 3LSXA 3KBRA 4NMYA 3CG3A 3KOSA 1DMBA 4XKRA 1GVCA 3G3IA 2DSFA 1IZ1A 3CRBA 2I58A 5FHNA 3SEWA 3UK4A 3FD3A 3MP6A 3QAXA 1FTOA 3KGCA 4FE8A 1WVJA 1IXIA 1KWHA 1S7YA 4YB5A 3SESA 2UVGA 2P2AA 2XX7A 2XXPA 5AA1A 1JW5A 1EZOA 4Z0IA 1VR5A 4NF4B 3CSGA 3E3KA 2RINA 2E0SA 3KN7A 3K6XA 3IOUA 3TYHA 3SERA 1I6BA 2X7QA 4R2FA 4XIGQ 1EZPA 3N6TA 4QSEA 1T0KA 1FQEA 3E13X 2QPQA 3PPRA 3VXCA 4DIGA 4ELPA 5DT6A 2LAOA 2ONKE 2Z22A 3CVGA 5I57A 4AQ4A 1D4NA 2W7YA 4PFYA 4OEUA 4X1DA 4YKKA 4ZEKA 2OK2A 4X48A 4EQBA 1B4ZA 4H67A 3IR1A 4IO2A 4OFLA 1MQHA 1JETA 1R9QA 4EDPA 1NNFA 3C36A 4G68A 4R9FA 3T66A 5BWJA 2DE3A 3PGFA 4QFLA 3ZSFA 3T9HB 1ZBMA 1JW1A 5BUUA 1B58A 4OFOA 4Q8RA 2RC9A 3LSWA 1TWYA 1MY0A 3D4GA 1OVBA 1MXZA 4O3CA 1LBCA 5H8HB 1HSLA 1NNPA 4N6PA 1ANFA 4H8JA 4F29A 3H4ZA 1XC1A 3IK6B 3KJTA 1Q35A 3E4RA 3FVOA 2A5TA 3CSBA 4KYEA 5I58B 3U72A 3OEKA 1OLCA 2AL4A 4JSDA 2XXRA 5HPQA 4RNSA 5AE4A 4LQ5A 4C0RA 4O3AA 1BLFA 1EZ9A 3O6GA 1N7WA 4RPOA 2RC8A 1RYXA 2Y7PA 2ZXTA 3H7MA 3IB0A 3IX1A 3QUJA 4RYAA 3KZGA 5TP9B 4DE8A 2HZLA 3K1MA 1BIYA 4Z7EA 2REGA 2FNCA 3PUZE 5EYFA 1P1NA 2GHBA 2OZZA 2X26A 4NTLA 3OSRA 5K2YA 3M3FA 2Y84A 1P1QA 3MW0A 4OEVA 4XKQA 1NNTA 2IEEA 2V3TA 4ND9A 2G29A 4RA1A 2DVZA 1LAHE 1O63A 3TODA 4ZS9A 1MXXA 1MXWA 4ZE9A 1EU8A 3CG1A 1ZU0A 3HHFA 1B5IA 3KSXA 1Y4CA 3RPWA 1S9TA 5A5XA 4OENA 1LAFE 1Y1ZA 3FV1A 1N04A 4R6YA 4I62A 3IJXB 2UYFA 5LOMA 3MVZA 4XTCQ 3GBAA 4DCXA 3C35A 2M8CA 3TPAA 1QUJA 2OLBA 4EQ7A 5KCJA 3U8QA 3TKDA 1QJMA 1LSTA 4KD5A 3GZGA 3T9UA 3S9MC 3EPEA 3U93A 4IO6A 4UACA 1N0TA 5DEXA 3C33A 4F22A 5J1DA 2DE2A 1NKXA 3FJGA 4KFQA 3PPOA 3VLWA 3CFZA 3ILTB 4HCWA 4ZDMA 4GD5A 2I4CA 3N94A 4ZEBA 3TEPA 3TMGA 3G3HA 1SI0A 1URSA 4LVQA 3K01A 1DPEA 2V93A 1HSJA 4QFOA 4FATA 1M5FA 3MC2A 4LZ8A 4LONB 3FVGA 1DTGA 3RNNA 4F1VA 4HCYA 1FQFA 4NE4A 2XX9A 4P0GA 3MQ9A 1ZMGA 3M3KA 1I6AA 1PBQA 3OENA 1R6ZA 2PBWA 3T22A 1P1OA 4JXIA 3H03A 2QS4A 1B7HA 4KCDA 3VLUA 3U1OA 5IAIA 4QSDA 3SEYA 5ITPA 3TUSA 2VP1A 4GVOA 5I59A 1JNFA 4TQUQ 3UN6A 3CI8A 4IGRA 4PE5B 1MPBA 2DOJA 4X1BA 4ZZEA 4MF3A 3IOWA 1PBPA 2PT1A 1EH3A 2PMSA 4HTGA 1D3KA 4OETA 4FECA 1IQ7A 2F6GA 2HZKA 3A09A 2NOOA 4G8NA 3TTKA 2QL3A 2QSXA 4P11A 4TLMB 4RPNA 3TQWA 4ESWA 1MPCA 1I69A 3MPLA 4POWA 4MLVA 4OFJA 4NF6A 1R1NA 1ATGA 4JWOA 3CR9A 3ECRA 3TFLA 1D9YA 4U1ZA 4ZECA 1LB9A 2QMWA 2BJJX 4MH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G68C 2QFLA 2VGQA 2XX8A 5FHMA 3RTFB 4PBHA 4GF8A 4PBQA 1H44A 2D21A 2F8DA 5ITOA 4G2ZA 4MLQA 3ZKLA 4PFWA 1SD3A 1MM6A 1PC3A 3T1BA 5F1QA 1UTHB 1EYIA 2GH9A 4GBVA 1VE4A 5H8HA 5CMMA 3O97A 3PD8A 1ZJLA 4FJPA 2VD3A 3T96B 1M5BA 1Y4TA 4NF8B 5I57B 2THIA 4FEBA 5A5LA 1NV6A 2ONSA 4G77A 4Q30B 3H6TA 5ET7A 4PE3A 4PC9A 4H5FA 1L5TA 1B1HA 1LGBC 3O6IA 3TTLA 3RYDA 4BLAA 1MM7A 2VPOA 4PTKA 4TOZA 3UGWA 2ONRA 4U23A 1FTKA 1IMDA 2QVUA 3PPPA 1B46A 5TU0A 3TDJA 4QFPA 4ELQA 3K1NA 2QVRA 4GQOA 3ROJA 3FXQA 4LZ7A 4BDQA 3OO8A 4YICA 1WODA 2I3VA 5A5XB 4F19A 4YB7A 1GV8A 3O6HA 2HQ0A 4NQ8A 1LAXA 4MX6A 5CBSA 3TCHA 4LUBA 1MXVA 2ZZXA 2FBPA 2XXUA 5M2VA 5IZ1A 1K9ZA 1R9LA 2V25A 1S50A 2QRYA 4N8GA 3SEUA 3MSTA 3MP1A 2H25A 4GWUA 3Q27A 1N84A 4PGNA 2F36A 5FHOA 4DCYA 4BDLA 3RQTA 4MNIA 1FTMA 3K2DA 4QFNA 4IO5A 2HEUA 3K1PA 3IORA 2YJPA 3L6HA 5L9OA 2B3FA 2X7PA 3MAMA 3T93B 3FVKA 3IFAA 1B2HA 3IJOB 2Q9TA 3RN8A 2Q88A 3OMBA 1UTBB 5F7VA 3KOTA 2PYYA 1B3EA 2CEYA 5EQ8A 5CMKA 4GWSA 4KHZE 4O8MA 3VXBA 4RJZA 4XKNA 1CNQA 3KEIA 2HFBA 4F2QA 4GX6A 3S2VA 4OWDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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