3OXNA

The crystal structure of a putative transcriptional regulator from vibrio parahaemolyticus
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
215
structure length
213
Chain Sequence
PQQCDQTFTIATTDYAMQTILPFALPRIYQEAPNVSFNFLPLQHDRLSDQLTYEGADLAICRPTGPVEPLRSEILGRVGVLCLLSKQHPLANQEMSLDDYLSHPHAMIAISDGVKALIEQALIDKPQRKMVLRAYHLEAALAIVLPIIITVPADLAYLVAERYDLVVKPLPFQFTPFDYSMIWHARCEHSPAQEWLRSVVREECSRLIAKRIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The crystal structure of a putative transcriptional regulator from Vibrio parahaemolyticus
rcsb
molecule keywords Putative transcriptional regulator, LysR family
molecule tags Transcription regulator
source organism Vibrio parahaemolyticus
total genus 48
structure length 213
sequence length 215
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oxnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oxnA02
3T66A 2Q2CA 3PPQA 4LZ7A 5H8FB 3MP8A 3EN3A 5TPAA 2XXWA 1FCKA 3G3JA 1JW5A 3IX1A 4JDFA 4LVQA 1BTJA 4DDDA 2XXUA 4R9FA 3U8QA 1P1NA 1JETA 5AA1A 2A5SA 3DP8A 1IQ7A 2THIA 3HN0A 4EXKA 1VFEA 2I6EA 1H43A 1PB9A 4R72A 4H5GA 4MLVA 4GL0A 4ZEFA 5CMBA 1CB6A 2ZMBA 3KBRA 1H3DA 4F22A 5I56A 1MY0A 3BBRA 4XKRA 3MQ9A 1H44A 2I49A 3JYRA 5H8HB 3KN7A 4G8HA 3E9XA 2PMSA 1M5BA 1B2HA 5H8NA 5I2NB 1FQFA 3EHUA 1SW1A 4C1UA 1YTVA 2HAUA 4GXSB 2Z22A 1US4A 4LZ5A 1IUDA 2VHAA 4F31B 2XXYA 1P1WA 4LP2B 2IEEA 1B5IA 4YKIA 2REGA 3O6HA 3K6WA 3TTRA 1FTLA 3HCQA 5I2KA 2OWSA 4ZE8A 4RA1A 3IJXB 4X9TA 4R2BA 4PP0A 2V3UA 2XD3A 1NNTA 3FVGA 4BDNA 1DTZA 3LUYA 4I8CA 3MZ1A 2DE3A 4IO2A 4X48A 3UIFA 4DCYA 4NF6B 1QKBA 3CFZA 2XXRA 4GLIA 4R75A 4XKQA 5TU0A 4G8NA 4Q8RA 5A5XA 4NMYA 3IOTA 3FXUA 5BUUA 1A99A 1VE4A 4RPOA 3DP4A 4BLAA 1OIBA 3VXBA 2DWAA 5FHMA 4F1UA 4DXCA 3MBPA 3EQ1A 4AB5A 4KFQA 3PPPA 1I6AA 1QULA 3T9UA 1VSOA 1QJMA 1A8EA 1ZKBA 3TTNA 3LSXA 2P0SA 1B05A 3S9LC 3E13X 1N7XA 2VOZA 4G68C 4Q5TA 3RTFB 4ESWA 2DS9A 4BDQA 4NTLA 5AA2A 1FQAA 3MVZA 3RT8A 2X26A 1VFDA 3TTMA 2XXIA 3K1MA 4M4GA 3HHFA 4O3CA 1B52A 3R26A 3VXCA 1I69A 3UGWA 1SI1A 2NWJA 4U2RA 4G68B 4QRZA 2PT1A 1N7WA 4TLLB 4TQUQ 1SD3A 3C36A 3VVDA 3SESA 2XXQA 1D9VA 4GFRA 4GL8A 3MZBA 3M3FA 4KHZE 1MM6A 3VV5A 4ZEBA 3PUYE 1PDAA 4QHQA 2F36A 4GF8A 1LAFE 4OFLA 1SBPA 2XXXA 3VFJA 2PX1A 3HPIA 1LFIA 3PD8A 1YCJA 4GWOA 4ESXA 3G3IA 2AL4A 1S50A 1QUJA 3KEIA 4FATA 3EHTA 4XIGQ 3IOWA 3GBAA 5F1QA 4H67A 3CSGA 4GOTA 4WKMA 1MH4A 1OVBA 5H8QA 4AQ4A 4BDOA 3B7DA 4IY6A 2F7AA 2G29A 5L8DA 3Q28A 4RK2A 5JTYB 3VLWA 1MM7A 1UQWA 3MPKA 1QW0A 2UVHA 4QFKA 4U23A 1MXWA 2E1SA 1UTHA 2QPQA 2F7CA 1DPEA 3H3GA 3T9HB 3KSJA 2Q9TA 4OQOA 3IJOB 1MXVA 2V93A 4HCYA 2Q89A 2UYEA 3D4CA 2VGQA 3USDA 3D4GA 4HW8A 5LOMA 3N94A 1N3WA 4RK9A 3IOUA 3K6VA 5K2YA 3BKIB 5IAIA 3O6IA 4F29A 1TWYA 3UN6A 2RCAA 4MF3A 3TCHA 2CZLA 4RXLA 1LFHA 4OMBA 3PUVE 3JZJA 3Q26A 3OD7A 5DVJA 4H8IA 2HXWA 3G7WA 1JW1A 4HTGA 4R6YA 1WVJA 2RF1A 1J1NA 1B6HA 3IO6A 2NUVA 2YJPA 1PC3A 3SERA 4KQPA 4PE5B 4ELRA 1XT8A 2Q88A 2WKYA 4FE8A 4U4SA 2YLNA 1URSA 2ZYMA 4H8JA 4DXUA 3UP9A 2Y7WA 2DOJA 1R9QA 2RC7A 4Q0CA 3C35A 1MXUA 4QFOA 4TOZA 3T96B 2OLBA 1MY1A 3OOAA 3TYHA 1NNFA 3TFLA 4EQBA 2O7UA 5KDTA 4PFYA 4ZZAA 5I84A 1US5A 5KCJA 1P1OA 1Y20A 4DXBA 1MQDA 2PBWA 4RY1A 2VP1A 1FQEA 5K2XA 3KGCA 3EHSA 4EQ7A 1IITA 4ND9A 3BFTA 2RCBA 4UACA 4WEPA 4YMBA 1H45A 1BP5A 4N6PA 4LQ5A 1BLFA 3KOSA 4U22A 2I58A 1A40A 1MPBA 2OZZA 2DVZA 3GBBA 1FQCA 3OSQA 4GVOA 5ELVA 2A5TB 1OLAA 1GTKA 1JW4A 3RY3A 3S2VA 1Q1KA 4FEDA 3EF7A 3K01A 2PVUA 4OETA 3PPOA 4OYVA 3N6UA 4RNSA 5I57A 1OVTA 4XXUA 3PD9A 4Q30B 1EZ9A 2XXTA 1IXIA 2ANJA 5H8FA 3MP1A 2O69A 4AB6A 4OFJA 4Z7EA 1LCTA 3GZGA 1MXXA 1IXHA 2F6GA 4O3AA 4IY5A 1T0KA 4JBZA 2AYSA 5CM6A 3FXQA 1ZJLA 2Q2AA 4YICA 3IOVA 4F18A 2XXHA 1DOTA 3KZGA 2H25A 3RQTA 5AA4B 4LUBA 1PB7A 5I59B 3C33A 1MDP1 4RYAA 2FNCA 2I0CA 4ELPA 4ZE9A 1N04A 5TPAB 2REJA 1AL3A 3Q27A 3PU5A 1WODA 4JWOA 5DEXA 3H4ZA 2H4IA 2I3WA 3W9VA 1O63A 4GRKA 2RINA 2D5WA 1B32A 1N84A 2QS1A 4IGTA 2GRVA 2QL3A 5F7VA 4ONYA 3PMWA 4KI0E 1XS5A 1MXYA 2Y84A 1FW0A 1SQYA 1MY2A 1R6ZA 2F7BA 3S9EA 4ZEIA 2BJJX 4F3BA 4LONB 3L6GA 3TCGA 3W15C 2X7PA 2Z23A 4JSOA 3MC2A 5I56B 1POTA 2M8CA 1D4NA 1MS7A 2XXPA 5AA3A 3O6GA 3CRBA 4ZDMA 3G3GA 3KSXA 1S7YA 1YPNA 1YAEA 2GFEA 3FVOA 3FVNA 2Z8FA 1R9LA 4IB2A 3RPWA 2B3FA 1USYH 4MBPA 3LR1A 4RJZA 5CBRA 1AOVA 1SVXB 3MPLA 4OTEA 1B3LA 2Y7PA 4F2QA 3S9NC 4H6DA 4U1OA 3FASA 4YB7A 4KR5A 4POXA 1TXFA 2DQVA 2PT2A 5ICTA 2ZNUA 5I2KB 4ELOA 1F9BA 1O7TA 1HSEA 1Y9UA 5J1DA 3KN3A 4YU0A 1SW4A 3C31A 2FA7A 2ONSA 4EXLA 3HO7A 2HQ0A 4LQ2A 3SEUA 5EHMA 3H6VA 4F39A 4NF5A 1B7HA 4I62A 2F5XA 3GLBA 4QFLA 2DP8A 3BFUA 4IO7A 3QIMA 4N13A 5A5XB 2DWIA 4ISUA 3FJMA 2XHDA 3QUFA 1L5TA 3TMGA 1QVSA 2UVGA 4OENA 3ZKKA 1B3GA 4EUOA 4KCDA 4F1VA 2O68A 1JVYA 5IKBA 5HM4B 2I48A 1VR5A 1XC1A 3FVKA 1GV8A 1II5A 1MQGA 4ZEDA 4OWDA 4EF2A 4GD5A 1B7ZA 5AA2B 3ODBA 2HZLA 4H65A 2FYIA 2Z8DA 4ZEKA 1ZIUA 1RYOA 3CSBA 3KOTA 5FTHA 4UA8A 4OERA 3TODA 2O84X 1CE2A 1MQIA 2V3TA 3H6UA 4N07A 1BIYA 2KLFA 5JEIA 2O51A 1IXCA 1JNFA 3V5AA 1LBBA 3SETA 3FIRA 3IB1A 5ISUA 1I6QA 3FGSA 1PB8A 1QUIA 1MG1A 1EU8A 2DYXA 2ABHA 5FHNA 2QMXA 3H6TA 3B6WA 1HSLA 4X1BA 1OQHA 1LBCA 3THIA 5I58B 3R6UA 4QSEA 4BDMA 3IR1A 4U1ZA 4NWDA 3TTKA 2DSFA 4GXAA 4IGRA 2QJEA 4LZ8A 4ZECA 5H8QB 4DIGA 4YKJA 3K02A 3QUJA 1A8FA 2Y7KA 1GGGA 4O3BA 2O1LA 3QYTA 1TT1A 3DM0A 5DVIA 1JQFA 5DTBA 2NOOA 4KYSA 4DLDA 3TPAA 5CI5A 1PBPA 2XXVA 1FTOA 3IAZA 4F3SA 3CVGA 1P99A 1XVYA 2IA4A 2QS3A 3PPRA 2F78A 3HV1A 3FV2A 3CR9A 3G3KA 3Q25A 3TELA 3FJGA 1B46A 2CMOA 1N76A 1NH7A 4NF4B 2VD2A 2XX7A 5TP9B 1B1HA 3LSLA 3K0VA 4DCXA 3TQWA 3KFMA 2ZYOA 5L9OA 4E0XA 3VE1B 1B1XA 3SEWA 1B58A 3OELA 3MVYA 2ONKE 2F35A 2R6GE 3B6QA 2DXYA 3EPEA 3IB0A 1XHYA 3A3UA 4OESA 4ELQA 2OK2A 4FEBA 3T9XB 2LAOA 2RC9A 4NF8B 3W9WA 3ILUB 1Y1ZA 4C1TA 2F6PA 3R7XA 3GXAA 2DXRA 3WAEA 3TAJA 3SEVA 3SEXA 1B9JA 2QMWA 5CMCA 3V89B 1MPDA 4Z0IA 4QFNA 3O97A 4YZZA 4JWXA 5KDTB 2R71A 5CRYA 3DLNA 1NNKA 1SW5A 3M3LA 1FTJA 3MVWA 3PMXA 5KCJB 4YKKA 4MFIA 3PMVA 3VLUA 3O2AA 4G77A 1IEJA 1Q35A 2A5TA 2GHBA 4ECFA 4F3GA 2DVCA 4G8MA 4JSDA 3S9MC 2AIXA 4OEUA 3HHGA 2F8DA 5FHOA 2OWTA 1FTKA 3K00A 3H03A 1M5CA 3KN8A 1UTBB 3SDFA 2DWHA 4OZ9A 4QSCA 4F1YA 2O7IA 1XOCA 4JWYA 1SW2A 2P1SA 1LAGE 3PUXE 4FORA 4IO3A 3T9VA 2XD2A 2PYYA 3TTLA 5CMMA 2VD3A 3G3FA 3I5OA 5AA4A 2P2AA 4GIZA 3RN8A 4RPNA 5I59A 3A09A 3O66A 4YAHX 1AH5A 4FECA 1N3XA 2QS2A 2V3QA 2G93A 5FTIA 3PUZE 1O64A 4THIA 1B0HA 3LSWA 1GVCA 2DE4A 1FQDA 1Z7ME 5AE4A 4WEDA 4HS7A 4OXVA 3I3VA 2D21A 1B51A 2O1MA 4ZZEA 5H8HA 1MY3A 2UVIA 3CG3A 2XX9A 3K1PA 3CFXA 1B4ZA 1SYIA 4R6HA 4U21A 5I2NA 2O6AA 3N26A 2XX8A 1A54A 3FJ7A 3O29A 4BDLA 1MH3A 2OBGA 1ZBMA 1A7LA 3RTWB 1OQGA 5DEXB 1JVXA 1MPCA 2QSXA 2E0SA 3P7IA 2RKMA 3DP6A 3U72A 5ITPA 4EF1A 3K4UA 5L9MA 3QSLA 4E0WA 1NH8A 5HBCA 1LB9A 1ZLQA 3C4MA 3T22A 3U1OA 3RLFE 2ONRA 2I3VA 3SEYA 4PFWA 3AXFA 3I6VA 1JEUA 1DMBA 2ESNA 3RGYA 4X1DA 3CG1A 5H8NB 4XTCQ 3VVEA 1M5DA 3OEMA 4YMAA 5DVFA 2Y7IA 3JV9A 4NF6A 4IO6A 1NFTA 5CC2A 5H8SA 1D9YA 3OENA 1EZOA 3SKPA 3IORA 4DZ1A 3E3KA 3ILTB 3S4UA 4OVJA 2H99A 1PBQA 3FUZA 1IXGA 1Y1MA 1MXZA 2GH9A 5EHSA 4I1DA 4R6KA 3T93B 1EH3A 1M5EA 5B7DA 1NKXA 3O28A 4TLMB 1LSTA 1Y3NA 1B3FA 2DE2A 2QRYA 4MLQA 2H98A 3MUQA 1LCFA 3QAXA 1NNPA 2ZYNA 3CI8A 3C32A 4YKPA 4P0IA 5HPQA 3FATA 3OO6A 2F34A 3WAFA 1ZMGA 1DPPA 4NEDA 3H06B 1KWHA 1OLCA 2ZYKA 2DWJA 1PEBA 4FAJA 4LA9A 1P1UA 2QS4A 2UVJA 1RYXA 3CFLA 3H7MA 4NF5B 1H76A 2B3BA 4G68A 1HSJA 4F19A 2ZNSA 5CMKA 2X7QA 3RNNA 3ZKLA 2HEUA 3ONMA 4H5FA 3IL1B 3K6UA 1WDNA 2H9BA 4C0RA 1I6BA 4KD5A 4KYDA 3FD3A 3C34A 1BKAA 2I0BA 3CIJA 3N6TA 1B3EA 1Y4TA 2F97A 3N5LA 3MP6A 3LC8A 1IZ1A 1POY1 2NVUB 1AMFA 3OO9A 1AIVA 4PQJA 3TEPA 3QXMA 1LGBC 2ZXTA 5ICQA 4R73A 4YB6A 1ELJA 3Q29A 3PUWE 3U93A 1N0TA 1LLSA 3L6HA 3MWBA 2OCUA 2HFBA 4POWA 4KPTA 3FXRA 1DSNA 4ZS9A 2GHAA 4G2ZA 3TQLA 4KCCA 5BWJA 2H5YA 3KJ7A 1XVXA 1B4HA 3U94A 1SDXA 5CBSA 4NE4A 3B6TA 5I58A 5JTYA 3ECRA 3G3HA 4XKPA 1S9TA 2B65A 4GQOA 1B5HA 4F2OA 5L9SA 4WXJA 1QUKA 1MRPA 4PFUA 1NL5A 5DT6A 1B40A 3UORA 4QFPA 4KYEA 3C9HA 3LBSA 1MY4A 3TDJA 4P0GA 1P1QA 4EQ9A 1URDA 2Q8JA 3ZS6A 1ZTYA 4NWCA 5AA2D 1Y3PA 3E4RA 1DTGA 3IK6B 3TZAA 1EZPA 3H6WA 3MAMA 4FJPA 3IO4A 4JXIA 4PETA 3U92A 1UTHB 4MH5A 4P11A 4OEVA 5M2VA 5ITOA 1R1NA 4R74A 4QF9A 1TFAA 3M8UA 2V25A 3TUSA 3V8XB 4IO4A 2OJTA 4U4XA 1TFDA 1D3KA 4R9GA 3VDFA 1ANFA 4NF4A 1ATGA 1QKAA 5TP9A 1B0LA 1MQJA 4G4PA 4IO5A 3LSFB 4H0WA 4OHNA 2NXOA 3TKDA 3UA8A 4I9DA 3F11A 3MVXA 3OSRA 3O9PA 2UYFA 4H1XA 1RKMA 4QSDA 4NF8A 3A3CA 1MDQA 2RC8A 1UIUA 4L17A 4PFTA 1LFGA 4YB5A 1LB8A 1LAHE 4HCWA 1FTMA 2YPNA 5EYFA 3MZ9A 1B3HA 2HCAA 1LAXA 4BDRA 3KG2A 2HZKA 1URGA 2I4CA 2W7YA 1MQHA 3M3KA 3V83A 3PV0E 1SYHA 5JK4A 3OO8A 1JEVA 4XKNA 3RUMA 4M1VA 1IIWA 2Z8EA 3FZVA 2I4BA 3TCFA 4R2FA 2V84A 5DYHA 3MJNA 1Y3QA 3OMBA 1Z7NE 4K3FA 3RT6B 3K6XA 5B70A 1UTBA 4OFOA 2R9JA 3OEKA 1ZU0A 3HSTA 1OMPA 4JB7A 4FIMA 1A55A 3KJTA 1M5FA 3UK4A 3QK6A 2D3IA 3K2DA 2Y7RA 3PPNA 3K1NA 2UXAA 1USYE 3PGFA 3IB2A 3VVFA 4LATA 4DE8A 1UIVA 1B5JA 3OO7A 1NMUA 2AL5A 4EDPA 3ZSFA 1GR2A 1Y4CA 3MW0A 2ALUA 4F3PA 5KZTA 1SI0A 3FV1A 3DELB 1FQBA 1B7UA 5I57B 2HAVA 3OXNA 2ZNTA 3VLVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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