2Y7RA

Dntr inducer binding domain
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
MDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia sp.
molecule tags Transcription regulator
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
total genus 63
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7rA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7rA02
2XXRA 4Q8RA 3R6UA 4XXUA 5TU0A 2XX8A 1IEJA 5IKBA 4ISUA 3K6UA 3KJTA 3PMVA 1PC3A 1XS5A 5I2NB 3SEVA 1USYH 2V3UA 1UTBA 3OMBA 5H8HA 2QJEA 4F2QA 4F1VA 1OQHA 4H6DA 5H8NB 1IXGA 4WEDA 5K2YA 2DWHA 4G68B 2I4BA 3KGCA 4ELRA 2DWJA 4ESXA 2AL4A 3OELA 4GRKA 1H43A 4F39A 1MY3A 4YB5A 4L17A 2I3VA 3IK6B 3ZKKA 2FA7A 3QK6A 3QUFA 4FIMA 4JDFA 4NEDA 4RNSA 1EZPA 1EZOA 1A8FA 2HXWA 2DE4A 4ESWA 2H99A 1MY4A 3MVXA 4OERA 3KZGA 2V3TA 3SEXA 2GH9A 4DXBA 3LBSA 2D3IA 1UTBB 1OVBA 1LAGE 2DP8A 4FORA 4O3AA 2Q89A 4ZS9A 5H8HB 4ONYA 3RNNA 2XD2A 4GXAA 4H8JA 2UVHA 1B3GA 1D4NA 2O69A 4IY6A 3FXRA 3QAXA 3K00A 4G8MA 3BKIB 4U1ZA 4YKIA 1YTVA 3H6WA 3TTLA 1AIVA 3FV1A 5FHOA 1NMUA 4EQBA 1AMFA 4OHNA 4PP0A 4U1OA 4HTGA 4JWOA 2HZLA 3EN3A 4ND9A 1JW1A 2DSFA 2UVGA 2V84A 3DLNA 1GVCA 1B1HA 1CE2A 4EF1A 4LATA 5AA4A 1B05A 2AL5A 3C34A 3C4MA 3IJXB 4GFRA 1LB8A 3VVFA 3FXUA 3C36A 4RY1A 4R9FA 2Y7WA 3K1PA 1OMPA 2OWTA 3TQLA 5A5XB 1MDP1 1RYXA 3SDFA 3C33A 1LAHE 4WKMA 2F34A 1MPDA 2Y7RA 3FZVA 3IOTA 5L8DA 1DPPA 4U2RA 4LZ5A 3S9MC 3L6HA 3PPPA 3T9HB 3PUWE 1P1UA 5TPAB 4PFYA 3IORA 1QKBA 2NOOA 4ZDMA 4ZE9A 2XXIA 3Q26A 1B1XA 4BDRA 1LSTA 1TXFA 2Z23A 3EPEA 1FTJA 2O1LA 3T66A 3WAFA 1FW0A 2UXAA 4NMYA 4H0WA 1D9YA 2FNCA 2YJPA 5JK4A 5I59A 2Z8FA 3JZJA 4KYEA 3G7WA 4QFKA 1USYE 1SW2A 1N84A 4G4PA 4LA9A 5L9SA 5CI5A 4OYVA 4RPOA 5KZTA 3E4RA 3MW0A 2Y84A 3ILTB 2NWJA 5HPQA 1EH3A 5I56A 3MAMA 2O68A 2Q2CA 1HSJA 2Y7KA 4U22A 1XC1A 4RJZA 5AA4B 1EU8A 3KSJA 2PT2A 1IQ7A 1LGBC 2REJA 4N6PA 4Q30B 5DVIA 4JWXA 2I0CA 3TAJA 3GBBA 1NNKA 3HCQA 4IY5A 1JW5A 1XHYA 2AIXA 1N04A 3K4UA 4OEUA 1B5JA 2R9JA 4N07A 4QFPA 3O6HA 1JVXA 2PVUA 2UVIA 4BDMA 1FQBA 1FTLA 1WODA 3K0VA 4IO3A 1FCKA 3VVDA 3TTNA 1SD3A 2VOZA 5CBSA 1MY0A 1NL5A 2H5YA 3O9PA 2P0SA 5CM6A 5IAIA 4P11A 1SI0A 2F78A 4F1YA 1H45A 1ATGA 2ZYKA 3TCFA 2DYXA 3A3CA 1XT8A 4MLQA 5H8SA 1MS7A 1NNPA 2OBGA 4ELPA 3UA8A 4HW8A 4LQ5A 4FEBA 4EDPA 2GFEA 1GR2A 1L5TA 1MQDA 1SYIA 3E9XA 5H8NA 2ALUA 4Q5TA 5AA2B 4Z7EA 2I6EA 4H8IA 4NF6B 4KQPA 5I2NA 2I3WA 1ZKBA 4G77A 1Y4TA 2XXPA 4POXA 2DOJA 3CFLA 3H03A 1UIUA 5JTYB 4GL0A 5I58B 3MPLA 3FVKA 3DM0A 3WAEA 1SDXA 4POWA 1KWHA 5CC2A 1JEVA 3K2DA 3MQ9A 3PMWA 4KCDA 1IXCA 2ZNTA 3K6WA 3O97A 4MBPA 3DP6A 4BDOA 1LFIA 1YPNA 5BUUA 1P1NA 4E0WA 4DIGA 3OEKA 4ELOA 4F1UA 3O28A 3ILUB 4H1XA 1FQFA 4I62A 3SETA 2H4IA 3IAZA 1B4ZA 1M5CA 4PFUA 5H8FB 3PPOA 1QUIA 1B9JA 5BWJA 3EQ1A 3CRBA 2V25A 3LSFB 4ELQA 4NE4A 1UIVA 3B6QA 5EYFA 3H6TA 2DE3A 3CSGA 2X26A 3O2AA 4TQUQ 1N7WA 3ZKLA 2I0BA 4ZZAA 1DTGA 3FASA 3PGFA 4QSEA 3O6IA 3IOWA 1QKAA 3MZ9A 1B46A 4GL8A 4H5FA 1QUKA 2DVCA 1QW0A 4KD5A 2F7CA 4NF6A 2XXWA 2XXUA 5AA2A 2BJJX 4FAJA 1B7UA 2QS4A 1LLSA 3MVYA 3O29A 1R9QA 3OO6A 5B70A 2W7YA 3S9LC 3EF7A 5DYHA 3T9VA 4F29A 3RTWB 3U8QA 2RF1A 3CIJA 2OZZA 3OO8A 1Y20A 1B3EA 1XOCA 2I4CA 3IX1A 1B7HA 3VXBA 3DP8A 2QPQA 4WEPA 3CVGA 1FTOA 1B0HA 2DXYA 2O51A 4R73A 3SERA 3OSRA 5ICQA 3IOUA 4YICA 1F9BA 1MXYA 3IB0A 5ICTA 2OJTA 3KOSA 4XTCQ 4NF8B 3EHSA 2NVUB 3T9UA 1VFEA 4RK2A 2RC7A 3C35A 3TCHA 3OEMA 2XXQA 4LQ2A 3FATA 5JTYA 3MP6A 1SW1A 3K1NA 4PFTA 1AOVA 1M5FA 4ZZEA 1S9TA 3QUJA 3QYTA 4WXJA 3UN6A 3K02A 4F19A 4YMBA 4JSOA 5I57B 1N76A 1VSOA 1PB7A 3FUZA 3IO4A 4IB2A 3O6GA 4JB7A 4QFNA 4YB6A 1DTZA 4OQOA 5CMCA 4NF8A 3PMXA 4C1UA 3G3HA 3U94A 3SESA 3VLVA 4DDDA 1H76A 1ZTYA 5I56B 2Q88A 2QMWA 4JSDA 3TZAA 3KBRA 2R71A 3KG2A 4E0XA 1UTHA 3DP4A 4NWCA 5AE4A 1BIYA 4ZE8A 1QVSA 3OO9A 4M1VA 2ZNUA 2F7AA 3W15C 4F3GA 2Y7IA 1I6AA 4QHQA 5M2VA 2F35A 3LUYA 3N6UA 3U1OA 4NWDA 2UYEA 3MPKA 5DT6A 1OLAA 1P99A 2VGQA 3JYRA 2UVJA 3USDA 3D4GA 4RPNA 4DXCA 3M3KA 3V8XB 3MBPA 1DPEA 4KHZE 4R2BA 3SKPA 1B5IA 2DVZA 3IOVA 3MVZA 4GF8A 4LP2B 4ZEDA 5ITOA 3RPWA 4KPTA 1JEUA 4O3CA 5A5XA 4MF3A 3H06B 3MP8A 2QS1A 3A09A 3GXAA 2HQ0A 4OVJA 1BKAA 4F3PA 3LR1A 2B65A 2F36A 1MDQA 2RKMA 4OFOA 3LSWA 5I2KA 1ZLQA 2V3QA 3FD3A 1MM7A 1B2HA 3VFJA 3QIMA 2PYYA 3DELB 1QULA 1FQDA 4JXIA 3GLBA 1MXVA 4QSCA 2ABHA 3UK4A 4LZ8A 1SQYA 1TWYA 3G3KA 5AA3A 3RN8A 1M5DA 1Y3PA 3S4UA 4X1BA 4EQ7A 2QS3A 1RYOA 4ZECA 1LFHA 2E1SA 2PT1A 1QJMA 1MH4A 2VP1A 3KFMA 3TPAA 3V89B 1Y9UA 2O7IA 4EXLA 3VXCA 4QFLA 3UGWA 1JVYA 5F1QA 5TP9A 3KN3A 4LUBA 3IO6A 4U21A 1MQIA 5ITPA 4G8HA 2ZYOA 3OXNA 4MLVA 1Y3NA 4TLLB 1IITA 5ELVA 4G68C 1LCFA 2IA4A 2RCAA 2ZYNA 3B6TA 1MH3A 1TT1A 1ZMGA 3FJGA 2G93A 1N3WA 3KEIA 1P1QA 1R9LA 2M8CA 4NF5A 5KCJB 3VLWA 2GHBA 3G3GA 3PD8A 4F3BA 1WDNA 4K3FA 2QL3A 4Q0CA 3ZS6A 4AB6A 5KCJA 1URGA 1D3KA 1MM6A 1N7XA 4H67A 4MFIA 4PE5B 1R6ZA 5DEXB 1SYHA 2A5SA 3TKDA 1MG1A 1NKXA 1Q1KA 4GIZA 5HBCA 4GVOA 3E13X 3Q29A 2XX9A 3G3IA 5EHMA 4ZEKA 5TP9B 3H7MA 3S9NC 5L9OA 1DSNA 3QSLA 1SVXB 2B3FA 2XXYA 1Q35A 3HSTA 1MPBA 4OESA 1IUDA 3K01A 1DOTA 2D5WA 4X48A 4BDQA 3FXQA 1IIWA 2F6GA 1SBPA 2E0SA 3MJNA 4H5GA 2YLNA 1I6BA 2A5TB 1EZ9A 2HEUA 1JW4A 3OENA 5H8QA 3MUQA 3RUMA 3MC2A 1A40A 1PB8A 1NNFA 1S50A 4I9DA 3PUZE 2O6AA 4FATA 2KLFA 1QUJA 5I2KB 4OEVA 2OK2A 2D21A 3LC8A 4R2FA 4OZ9A 3RLFE 1Y1MA 3N26A 4OMBA 1DMBA 2NUVA 3R26A 4U4XA 5DVFA 3ECRA 1A55A 3LSLA 1B7ZA 3MZ1A 3RQTA 2IEEA 3TELA 3TTMA 3VLUA 3HPIA 2RINA 2Y7PA 3KN8A 3MP1A 4HCWA 5I59B 3U92A 1BP5A 2B3BA 4OTEA 4YKPA 3K6VA 1A8EA 1GTKA 2PMSA 4I8CA 5F7VA 1N3XA 1PBQA 1S7YA 4DE8A 3IB1A 1RKMA 2P2AA 4XKRA 4OETA 1A54A 4ZEBA 4F31B 3TMGA 1WVJA 1P1OA 2HFBA 3M3FA 3OSQA 1ZU0A 4XKPA 3HHGA 3TUSA 4P0IA 1LB9A 1US5A 1NH7A 2XXXA 4UACA 3IJOB 1A99A 3TTKA 5CBRA 1HSEA 1VFDA 3ONMA 4IGTA 1GV8A 3FJMA 4F22A 3UORA 4H65A 2CZLA 4R72A 1UTHB 4OENA 4XKNA 1ELJA 3S2VA 1CB6A 1VE4A 3V83A 1POTA 4DCYA 1ANFA 3PUVE 4HS7A 3MWBA 4YAHX 4DXUA 3E3KA 3HO7A 1MY1A 4EXKA 5AA2D 4IGRA 4DLDA 4LONB 1PDAA 4IO4A 3PUYE 4GQOA 3V5AA 2A5TA 4BDNA 3UIFA 3IR1A 4XIGQ 1ZJLA 2DS9A 1Z7NE 1MQJA 1R1NA 2F8DA 2G29A 3TYHA 3BFUA 3CSBA 4R9GA 4FEDA 1OVTA 1LBBA 4U4SA 2O84X 2X7QA 2V93A 3THIA 1B4HA 4RA1A 5LOMA 4OFJA 2XX7A 1OQGA 4NF4B 4R6HA 4X1DA 1JQFA 5HM4B 2Q9TA 5DTBA 3HHFA 4QSDA 2GHAA 2F6PA 4JWYA 2H9BA 4GXSB 2DXRA 5DEXA 4I1DA 2R6GE 3BBRA 1MXZA 1ZIUA 3B7DA 4PFWA 1URDA 3N5LA 4LZ7A 2ANJA 4RK9A 3HN0A 4C0RA 2OLBA 1MXWA 2YPNA 3G3FA 3TFLA 3Q28A 4ECFA 4NF5B 1JETA 4ZEFA 5L9MA 3UP9A 4BDLA 3PUXE 4G68A 3TQWA 3MZBA 1TFDA 3I3VA 1MQHA 3KSXA 2O7UA 2GRVA 2OWSA 4MH5A 4QF9A 3CI8A 2I58A 3W9VA 2ONSA 4IO6A 4YKKA 1OIBA 5FHNA 3FJ7A 3FVGA 1B51A 1B3HA 1A7LA 4OWDA 1YCJA 1NFTA 3CFXA 5JEIA 3RY3A 3ZSFA 1LCTA 2THIA 3CFZA 1PB9A 2HAVA 3FGSA 3M8UA 3I6VA 5AA1A 3TDJA 4YMAA 1O7TA 2REGA 4G8NA 1H44A 1PBPA 2I48A 3A3UA 3BFTA 3N6TA 1UQWA 4R6KA 4XKQA 2UYFA 3B6WA 1B52A 3K1MA 3U72A 2QMXA 1MXXA 1NH8A 2WKYA 3VVEA 5I84A 4KYDA 2X7PA 3TCGA 2Z22A 3GZGA 1T0KA 2ZXTA 3S9EA 4IO7A 2XXTA 1O63A 4QFOA 4O3BA 3SEYA 1N0TA 2Q2AA 1D9VA 5ISUA 3D4CA 1MPCA 4TLMB 3EHTA 4R75A 5I58A 4IO5A 3RT8A 1M5BA 2ONRA 4YU0A 2Q8JA 3M3LA 3PPQA 3L6GA 4OXVA 3RT6B 1P1WA 1SW5A 1SW4A 1VR5A 1Y3QA 1MY2A 4M4GA 2HZKA 2QSXA 4X9TA 1FTKA 2F97A 1YAEA 3EHUA 1OLCA 1B3FA 4OFLA 3T9XB 4EQ9A 3VDFA 4TOZA 4DCXA 4THIA 1XVYA 1IZ1A 2PBWA 4KCCA 5CMBA 2XXVA 3TEPA 1B40A 1SI1A 1Z7ME 4GLIA 4RXLA 1LAFE 3P7IA 1AL3A 1B6HA 4GWOA 4KYSA 2VD3A 5CMKA 4GD5A 3JV9A 4GOTA 5KDTB 1I69A 2ZNSA 3PPNA 4JBZA 2H25A 4NF4A 5CMMA 3U93A 1MQGA 3H4ZA 1XVXA 3TODA 3IL1B 3OO7A 1PEBA 2DQVA 1MXUA 4IO2A 1I6QA 4NTLA 4HCYA 1MRPA 1IXIA 1LFGA 2P1SA 3MVWA 2NXOA 4KI0E 4N13A 3RGYA 2ZMBA 1J1NA 2XHDA 3I5OA 3H6UA 4FECA 3F11A 3AXFA 4QRZA 2XXHA 3Q25A 2RC8A 3T96B 1Y4CA 1ZBMA 4EF2A 5FTIA 3RTFB 1IXHA 2Z8DA 1LAXA 4FE8A 3H6VA 5DVJA 2ESNA 3CR9A 2RCBA 3HV1A 4C1TA 3FVOA 2HAUA 4KR5A 5EHSA 1BLFA 4YZZA 1B0LA 2QRYA 4F2OA 3GBAA 2FYIA 3CG3A 5KDTA 4ZEIA 3R7XA 4BLAA 1M5EA 2RC9A 2DWAA 3IB2A 2DWIA 4Z0IA 3T93B 2QS2A 1O64A 4U23A 1URSA 2ZYMA 3C32A 1POY1 5I57A 1BTJA 3OOAA 3G3JA 3KOTA 5B7DA 5J1DA 1B3LA 5FTHA 2VD2A 1B58A 1H3DA 1FQEA 2AYSA 3QXMA 2PX1A 3FV2A 3KJ7A 3SEWA 1B5HA 1TFAA 4G2ZA 3C31A 3K6XA 3N94A 1B32A 3W9WA 1HSLA 3PU5A 4EUOA 3PD9A 5TPAA 4YB7A 3H3GA 5CRYA 1JNFA 2VHAA 3ODBA 4DZ1A 2F7BA 1AH5A 1Y1ZA 3C9HA 4KFQA 4PETA 3O66A 4P0GA 4R6YA 2HCAA 1US4A 3LSXA 4PQJA 4RYAA 1FTMA 2H98A 2OCUA 3PV0E 4YKJA 3FVNA 1LBCA 3PPRA 5FHMA 3SEUA 3T22A 2CMOA 3Q27A 3VV5A 4F18A 1GGGA 4LVQA 3VE1B 2DE2A 2XD3A 3FIRA 3KN7A 4AQ4A 2Z8EA 5H8FA 2I49A 4FJPA 1FQAA 4AB5A 3CG1A 4F3SA 3TTRA 3OD7A 1FQCA 4R74A 5H8QB 4UA8A 2ONKE 2F5XA 1II5A 1NNTA 2O1MA 2LAOA 5K2XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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