2Y7RA

Dntr inducer binding domain
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
MDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription regulator
source organism Burkholderia sp.
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
total genus 63
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7rA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7rA02
1QUIA 1OLCA 5I58B 2Q2AA 4G4PA 3KOTA 1P1QA 5ITPA 4LZ8A 1MXYA 4KCDA 1WODA 4GIZA 4NWCA 1IXHA 1XOCA 3K1NA 4R73A 3IORA 1Y1MA 1FQBA 3H4ZA 5CBSA 2O1LA 1LBCA 4IO2A 3CR9A 3MP8A 2XXUA 1OQHA 3KN8A 3OXNA 3K0VA 1R9LA 3T9HB 1MXWA 1VFEA 4DE8A 1B52A 4XKRA 2R6GE 4XKPA 1N3XA 2F7AA 3EF7A 4NMYA 1PB7A 3HHGA 3KBRA 3PGFA 3D4CA 2NUVA 4BDNA 4G8MA 1B3HA 2VP1A 5JTYA 4X9TA 3K02A 1JVXA 1IEJA 3DELB 3RT8A 2ONRA 4R75A 3MPKA 1EZ9A 4F2OA 1AMFA 2F6GA 2OBGA 4HCWA 3T96B 1B32A 2HAUA 4ONYA 4U2RA 1OVTA 1MS7A 4H5FA 2RCAA 2DWIA 1MQDA 3PV0E 2DXYA 3QIMA 5AE4A 1IUDA 1YPNA 4U21A 1BTJA 2RKMA 3WAEA 1B7ZA 4QRZA 4OEUA 3L6HA 4POXA 3TTLA 4POWA 2W7YA 4YKPA 2H98A 2V84A 1N76A 5F7VA 1J1NA 3L6GA 2O7IA 3B6QA 4JSOA 2HQ0A 3Q28A 5CM6A 3QSLA 1PDAA 5DEXB 2H25A 1M5CA 2DOJA 5B70A 1MDQA 3R7XA 2ZYOA 2V3QA 4BLAA 1QJMA 5KZTA 3PD9A 3TELA 3TTNA 4R2FA 3B7DA 2I3VA 4YB7A 1XHYA 3T9UA 5CI5A 1UTBB 2QL3A 5H8SA 1EZPA 4XTCQ 2I4BA 3S9MC 2F34A 4H67A 2I6EA 5DVJA 1FQDA 3U93A 1MPBA 1GV8A 1B0HA 2I58A 3TTRA 3G3IA 3CG3A 2ESNA 1TWYA 1LFGA 2QMXA 3C36A 3VV5A 4EXLA 4F18A 3PPNA 1MH4A 5H8FA 3KG2A 3OO8A 3VE1B 3G7WA 4EQBA 4KR5A 4F22A 3FVNA 1B7HA 3PPQA 4GRKA 3OENA 3TTMA 5L8DA 2OCUA 2NXOA 1LAHE 1B5IA 2V25A 3U92A 1IXIA 4PFYA 4ISUA 1AIVA 2F5XA 1R1NA 3MZ9A 3VFJA 2HCAA 3OEKA 4IO3A 2DSFA 4PETA 1B51A 2XXTA 1WVJA 4OFJA 1LCFA 3H6VA 3T66A 5AA3A 2PMSA 2GHAA 2Y7RA 4MLVA 1QUKA 1UQWA 1Y3QA 3EHUA 3RQTA 4ESWA 2PT1A 3VLWA 2XXIA 4U1ZA 4F39A 1OVBA 5HBCA 3B6TA 1H45A 2V3UA 3S2VA 2B3BA 4KYSA 1MXVA 3SETA 4F1VA 2UVJA 1CB6A 1FQFA 1DPEA 3TCFA 4YB6A 1JEVA 5I58A 1KWHA 5CC2A 3U94A 3BFTA 3A3UA 3GZGA 3EHTA 3TMGA 4PQJA 5DTBA 5ITOA 3UORA 3PMWA 4HCYA 3B6WA 4IGTA 4OESA 4LP2B 3CIJA 4IO6A 4IGRA 4KHZE 2B3FA 1SBPA 3MZ1A 2BJJX 1JETA 1S7YA 3JV9A 2OLBA 2ANJA 1EH3A 3MVXA 2DWAA 1JW5A 3M3FA 4O3AA 2DE2A 2YLNA 4OZ9A 2V3TA 4LVQA 1B3GA 3PMXA 2UXAA 1MXUA 4LATA 2OWSA 2QMWA 1OQGA 1UIUA 3IAZA 3USDA 2XXRA 4ZEBA 2XXWA 3TPAA 3DP6A 5TP9B 3H6WA 1Y1ZA 2Z23A 1S9TA 4NF6B 3MC2A 3PD8A 1B5JA 2QPQA 3CG1A 5DVIA 3SESA 3JZJA 2ZNUA 3OEMA 4XKQA 5H8HB 1P1WA 1PBQA 3LSFB 2F78A 2HZLA 3U1OA 3VVFA 2Z8FA 4MF3A 3H6TA 2IEEA 3IOTA 3MUQA 2XD3A 3TFLA 3VDFA 2UVHA 3K6XA 4WEPA 5DEXA 1LGBC 1POY1 2DYXA 3O9PA 1GGGA 3RNNA 4F3PA 1Z7NE 3CFXA 2OK2A 4ELOA 5K2YA 3EHSA 4GD5A 1UTBA 4GFRA 1ELJA 4Z7EA 1HSEA 5CRYA 3SEYA 3PPOA 4EF2A 4AQ4A 2F6PA 4H1XA 3TEPA 4JWYA 4QSCA 1MM6A 3HSTA 4HW8A 3V89B 5I2NB 2ZYKA 3QK6A 1S50A 1ZU0A 4THIA 5TPAB 3MWBA 5EHSA 4BDMA 5CMBA 3GXAA 1NH8A 4GQOA 4NF8A 2UYEA 1ANFA 1JNFA 3FXRA 2O7UA 2ZNTA 2VGQA 3UP9A 3RPWA 3MVZA 1H76A 2NVUB 2I3WA 2Y84A 4H5GA 3N5LA 2F8DA 2RC9A 4R74A 1MY3A 4ZS9A 4YMAA 3FXQA 1AH5A 3FVKA 3RTWB 5AA4B 2F35A 2ZYNA 3O6HA 4FEBA 1B3LA 1LAFE 4ZDMA 3Q27A 4P0IA 4N13A 3LSWA 1PEBA 3TKDA 3BBRA 4DLDA 3GBBA 1SW1A 4QFLA 2O69A 3W15C 5FTIA 2AYSA 2X7QA 4H65A 1SW4A 1MXXA 4DXBA 3MBPA 4ZECA 4OWDA 3N26A 3UA8A 3TYHA 3GBAA 3ZS6A 3IB1A 3IJXB 1NNPA 4MBPA 3G3HA 4BDQA 3ZKLA 2G93A 5H8NB 1SI1A 5L9OA 1H3DA 4RA1A 3C32A 1ATGA 2DE3A 2HXWA 4FJPA 1A54A 2ZNSA 3N6UA 5I2KB 1B40A 4KYEA 4WXJA 2D5WA 4XIGQ 3G3GA 3SDFA 3PMVA 3RUMA 2P0SA 2H99A 2VD3A 1AOVA 3PPPA 4FORA 2I0CA 4DCYA 3VXCA 5IAIA 4OVJA 4EF1A 2D3IA 1ZJLA 3IB0A 1SVXB 4ZZAA 1FCKA 3EN3A 4RJZA 3SEVA 1B5HA 4GXAA 3PUYE 4EUOA 2QS2A 3FGSA 2AL4A 3O6IA 4KPTA 1MQIA 3H03A 3MZBA 5H8QB 2A5SA 3DP8A 1A40A 1QW0A 3VVDA 3K1MA 3C33A 1DTZA 1B05A 4YKJA 5A5XA 2ALUA 1QVSA 3HV1A 1XVXA 1QKBA 5DYHA 2XX9A 2YJPA 1II5A 1B0LA 5I84A 4RXLA 1M5FA 1XVYA 1DTGA 3W9WA 1MM7A 2G29A 4JDFA 3I5OA 4EDPA 1EU8A 1IZ1A 3PUZE 2UVIA 2QS4A 4TLLB 1JQFA 2XXYA 4JWXA 3RT6B 4OERA 1WDNA 2PBWA 4OMBA 2Y7IA 3RTFB 2RF1A 4Q30B 2Q9TA 1JEUA 5TP9A 4R6HA 1VSOA 3CFLA 4NF8B 3FUZA 1YTVA 1OMPA 3ODBA 4NF6A 2E0SA 3FXUA 3LSXA 1O63A 4RPNA 1O7TA 2X26A 4EQ9A 5H8HA 3O29A 4TQUQ 2HFBA 4IO5A 1A8FA 4OETA 4Q8RA 3KN7A 1FTOA 1I6QA 1B2HA 1VE4A 3SEUA 3CVGA 1PBPA 3UN6A 3H7MA 3OD7A 1MDP1 1BP5A 3O2AA 2Q8JA 5BWJA 3R6UA 4YB5A 4I62A 4F3BA 3VLUA 1OLAA 1QULA 3E9XA 3KJTA 1JW4A 1SI0A 4MH5A 3OSQA 4Z0IA 5BUUA 2FYIA 1LSTA 2XX8A 3I3VA 4KFQA 4KQPA 3IOUA 1P1NA 3IL1B 1FW0A 1NFTA 1MXZA 3VVEA 2XXQA 1MY0A 1NKXA 3IR1A 1LCTA 3V8XB 4U22A 3GLBA 3LC8A 4GWOA 2ZXTA 1GTKA 4OYVA 2WKYA 5EYFA 1RKMA 5L9MA 1MH3A 3Q26A 3PUWE 1MRPA 3S9NC 3S4UA 1BLFA 5L9SA 5CBRA 4F31B 3KFMA 3OOAA 4TLMB 2DWJA 2IA4A 4YICA 5I2NA 4F3SA 5CMKA 1UIVA 3UK4A 5TPAA 4H8JA 3D4GA 4QSEA 4ELRA 1FTKA 4DDDA 1SQYA 2ABHA 2Q2CA 3PUXE 1B9JA 3EPEA 3THIA 1TT1A 5K2XA 1B1HA 1MG1A 3T9VA 3RGYA 1ZMGA 4G68A 1URGA 3T22A 2O51A 3HPIA 4QFNA 3A3CA 3KGCA 4QSDA 4JWOA 3K01A 4DCXA 4UA8A 1USYH 3BFUA 3ECRA 3H06B 5AA4A 1F9BA 3IOWA 1B7UA 2GH9A 2F7CA 1H43A 2RC8A 2THIA 2DQVA 4U4XA 5A5XB 4IO7A 5HPQA 5KDTB 4ZEDA 1R6ZA 4KD5A 4FECA 1NNTA 3M3KA 1N04A 5CMCA 2QS3A 3HHFA 3MP6A 3FIRA 3WAFA 1URDA 2HEUA 4RK2A 1FTJA 3OMBA 5H8NA 4JXIA 1T0KA 4OEVA 1IITA 5J1DA 1M5EA 1SYHA 2XXPA 1D4NA 3TQLA 1IXGA 3C34A 5I2KA 3H6UA 4TOZA 1AL3A 2REGA 1UTHB 2NOOA 4R9FA 1B1XA 3N94A 3O6GA 1Y3PA 4KYDA 3SKPA 3SERA 3KOSA 5AA2B 2RINA 3PU5A 4NF5B 2E1SA 4E0XA 2F7BA 3ONMA 1USYE 3KJ7A 1SW2A 1B6HA 3PPRA 5JEIA 2PVUA 3V5AA 5H8QA 4LZ7A 4LQ2A 1LAGE 3T9XB 1LFIA 2DXRA 4IB2A 1ZBMA 2I49A 4F3GA 3IX1A 2B65A 4H0WA 2DE4A 2HZKA 3ILTB 1EZOA 3W9VA 2O6AA 3TODA 4C1UA 3H3GA 5DT6A 1IQ7A 1LFHA 3K6UA 2O68A 3K4UA 2H9BA 1FTMA 1SD3A 1DMBA 4OFLA 4PP0A 4F29A 4LONB 1FQCA 4AB5A 2O1MA 1B3EA 3S9LC 3DM0A 4NEDA 4QFPA 4BDRA 4HS7A 3CSBA 3HO7A 1DOTA 3IO6A 4NWDA 2VOZA 5AA1A 2GFEA 3CFZA 4OTEA 1GVCA 3G3KA 4M1VA 3A09A 3G3JA 1D3KA 3CRBA 1US5A 1PC3A 1N7XA 2RCBA 3OO9A 2DVCA 4G68B 4ZE8A 4K3FA 3E13X 1B4ZA 1POTA 1MQHA 1ZTYA 1ZKBA 1LLSA 2F36A 1SW5A 3QUJA 1A55A 4WKMA 2CMOA 4ZEFA 1JVYA 2HAVA 2ZMBA 1QKAA 4I8CA 3VXBA 2Z8DA 2M8CA 3MQ9A 1YCJA 2PT2A 4ZEIA 2GRVA 1DPPA 5FHOA 1Y20A 4QFOA 1FQEA 1MY4A 3FASA 1XC1A 3TCGA 5FHNA 4ZZEA 4EXKA 4F2QA 4QHQA 4F1YA 4U4SA 2V93A 4F19A 4F1UA 2PX1A 1A7LA 4P11A 4NF4A 2OJTA 1XS5A 4X48A 3KSXA 3MP1A 1BIYA 3QUFA 3HN0A 1Q35A 1MY1A 1RYOA 1D9VA 1DSNA 1N3WA 5JK4A 4I9DA 4BDOA 3MPLA 3QAXA 4AB6A 4WEDA 3K1PA 4LZ5A 1B46A 4RNSA 2XD2A 2XHDA 2A5TB 4PFTA 2Z22A 1R9QA 2FNCA 2ONKE 4YAHX 1M5BA 3K2DA 1LB9A 3SEXA 4YMBA 1TFAA 2XXXA 4E0WA 4OHNA 3UIFA 1IIWA 4L17A 3FJGA 3V83A 3Q29A 3DLNA 3KZGA 2AIXA 1FQAA 2UVGA 4G8NA 1LB8A 4QFKA 3MVYA 1MPCA 2P1SA 5I59B 3OELA 5FTHA 4ELQA 3TZAA 5KDTA 2R71A 5KCJA 1NNFA 2REJA 3FATA 1PB8A 1MPDA 2Q88A 3KEIA 5ELVA 4FE8A 4U1OA 1L5TA 5I57B 3O28A 4KI0E 3IB2A 3QYTA 4HTGA 1NL5A 1Y3NA 1A99A 1LBBA 3EQ1A 1P99A 4IO4A 5I56B 1P1UA 3KSJA 3C35A 4OQOA 3IK6B 3FJ7A 3O97A 3Q25A 2X7PA 2Y7PA 2QS1A 2XXHA 1Y9UA 1Y4CA 2I0BA 3FJMA 4MLQA 3C4MA 2LAOA 4P0GA 3PUVE 4ECFA 3FVOA 4DXCA 1UTHA 1P1OA 4ZEKA 4OENA 4R72A 4FATA 4YKIA 1B4HA 4N07A 2VHAA 3UGWA 1SDXA 2XX7A 4X1DA 5AA2A 1MQJA 2AL5A 3N6TA 4NF5A 3IOVA 2OWTA 4PFWA 3TTKA 3U8QA 2OZZA 4R9GA 4YU0A 3RY3A 2CZLA 5EHMA 1BKAA 5DVFA 1A8EA 4OFOA 2I48A 1MY2A 3ZSFA 4NE4A 3RN8A 1MQGA 1H44A 2ONSA 3JYRA 3FD3A 5LOMA 4GL0A 4MFIA 3G3FA 3HCQA 1XT8A 3C9HA 5HM4B 3C31A 2ZYMA 2O84X 4YZZA 3FZVA 2FA7A 4FIMA 3FV2A 2QSXA 2XXVA 3K00A 3P7IA 3FV1A 2VD2A 3ILUB 4NF4B 3IO4A 4M4GA 5JTYB 3LR1A 4FEDA 1VR5A 3TUSA 5M2VA 3VLVA 4ELPA 4JBZA 3DP4A 1GR2A 5F1QA 4GF8A 4RPOA 4G8HA 4JSDA 1OIBA 4LQ5A 4PFUA 4G68C 1ZLQA 1VFDA 1NMUA 1B3FA 3ZKKA 4H8IA 1NNKA 2D21A 3M3LA 1RYXA 3F11A 5CMMA 1US4A 5ICTA 2GHBA 3MJNA 3OO7A 4UACA 1HSJA 5ICQA 4ESXA 4RK9A 3LUYA 5ISUA 1NH7A 3K6WA 4I1DA 1O64A 2NWJA 3S9EA 4C0RA 4GLIA 5KCJB 4YKKA 4DXUA 4R6YA 1D9YA 2R9JA 3T93B 4NTLA 5TU0A 3KN3A 3MVWA 3LBSA 3QXMA 2RC7A 4H6DA 4BDLA 3MW0A 4GL8A 3SEWA 3TQWA 1LAXA 2QRYA 1SYIA 4N6PA 2DWHA 2DS9A 3I6VA 4DIGA 3M8UA 1I6AA 4EQ7A 2Y7WA 4GVOA 4FAJA 3TCHA 2A5TA 1N84A 1ZIUA 1B58A 4JB7A 5B7DA 4GOTA 4Q5TA 1N0TA 3CI8A 3TDJA 2DP8A 5H8FB 3TAJA 2Z8EA 1Q1KA 1JW1A 1M5DA 3CSGA 4DZ1A 4KCCA 4XXUA 4IY5A 5AA2D 2H5YA 1N7WA 3RLFE 4RY1A 3MAMA 4ZE9A 2QJEA 2Y7KA 1YAEA 1URSA 4LUBA 4G77A 4RYAA 4LA9A 1I6BA 1I69A 3OSRA 2YPNA 2PYYA 1Z7ME 2Q89A 5I59A 4R6KA 4XKNA 3E3KA 4U23A 2KLFA 2H4IA 3E4RA 4OXVA 4O3CA 5I57A 2F97A 5FHMA 3K6VA 5IKBA 2I4CA 1TXFA 4C1TA 1TFDA 1IXCA 3LSLA 3BKIB 4O3BA 4PE5B 2P2AA 2UYFA 4R2BA 4Q0CA 5I56A 1FTLA 3O66A 3R26A 4X1BA 4G2ZA 1QUJA 3IJOB 2DVZA 3U72A 1PB9A 4QF9A 1Y4TA 3OO6A 4GXSB 4ND9A 4IY6A 3FVGA 1CE2A 3AXFA 1HSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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