2Y7RA

Dntr inducer binding domain
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
b'MDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
source organism Burkholderia sp.
molecule tags Transcription regulator
total genus 63
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7rA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7rA02
4JWYA 3VVEA 2I6EA 1PEBA 4RXLA 4KYDA 2DVCA 1GV8A 3I3VA 2NOOA 4G4PA 2RC8A 4F1VA 1FQEA 2PT2A 1MXXA 3ZKLA 1B7UA 1I6QA 5DVIA 3HHFA 2O1LA 4F19A 5BUUA 4GLIA 4X48A 3FXUA 2XD2A 1D4NA 2AL5A 3OSQA 2B65A 1CB6A 1I6BA 2X26A 2ONRA 3IORA 3QAXA 1MY3A 3OO6A 2I49A 2O7IA 4YKKA 4OFLA 3O66A 3PPRA 4MF3A 1PBPA 1ZMGA 1HSJA 3FVGA 2XXVA 3CI8A 4C0RA 5H8HA 5L9OA 1SYHA 5AA2D 1DOTA 3O9PA 4WEDA 3V89B 3TDJA 2PVUA 4U1OA 1RYXA 5L8DA 3UGWA 2VD2A 2BJJX 1DTZA 3M3FA 3QXMA 4WKMA 2ZMBA 1LFHA 1JVYA 4GL0A 4OXVA 4XTCQ 3DM0A 1R9LA 2O84X 1EZ9A 1WVJA 3HV1A 3PMVA 1O64A 5EHMA 1F9BA 2RC7A 4I62A 2OWSA 2V93A 1JW1A 2AYSA 1VR5A 4XXUA 3U72A 2ZNUA 3TEPA 1NNTA 3UORA 3Q28A 4OETA 5K2XA 4NF8A 2P0SA 2P1SA 3PV0E 3H4ZA 3W15C 3S9NC 5F1QA 4ISUA 1AH5A 1QVSA 3RGYA 4DXCA 3MVXA 5H8QA 4DIGA 2HZLA 5H8NB 3QIMA 2OLBA 2R9JA 2Y7IA 3SKPA 4ZEFA 3ZSFA 1I6AA 1Y20A 3L6GA 2PT1A 5H8FA 1LAGE 1B05A 3TMGA 4O3AA 1B1XA 4ZDMA 4LZ8A 4OEVA 3FV2A 2LAOA 3FXQA 3DELB 3PD9A 4TLLB 1SYIA 4PFWA 3KG2A 4Z7EA 4RY1A 3PUYE 1B4HA 2DSFA 4LQ5A 4GWOA 3BBRA 1NMUA 1MQDA 4FEBA 1MY0A 3UA8A 1RKMA 2M8CA 1TFDA 1FTMA 1JEVA 4EXLA 3PMWA 1USYE 4GF8A 1A40A 1IZ1A 1II5A 4U21A 3RQTA 1OLCA 1S7YA 4K3FA 5KDTB 4N6PA 4GL8A 3AXFA 1MPBA 4RA1A 2R6GE 2DWHA 4H67A 3VDFA 1P1WA 4BDQA 1QULA 3OELA 2XXWA 3C33A 5EHSA 3DP4A 4R75A 3LC8A 4EQ9A 1JQFA 3R26A 3EHUA 3TTRA 4WXJA 5DTBA 4PETA 2UVJA 2H25A 3MW0A 3CRBA 4FIMA 5CC2A 1US5A 1IITA 1UTHB 4ZEIA 4HW8A 2ESNA 3FXRA 5DVJA 1AOVA 4JXIA 2GRVA 4JWOA 1B9JA 4OVJA 3TCHA 1MQGA 3LUYA 3FVOA 2XX8A 1B40A 2NUVA 3SEYA 5H8NA 4F3SA 4IO4A 4NF5A 1VE4A 2XXYA 4HCYA 4IO7A 1NH7A 2VP1A 3MVWA 2IA4A 4H0WA 3FATA 2YJPA 1LCTA 3HPIA 1YPNA 1URGA 2XXQA 3CFXA 3OEMA 4RYAA 4H5GA 3K6WA 4OESA 5I58B 5I2NA 3K01A 2ZYNA 4R74A 1UQWA 2F5XA 3N94A 4OFJA 2F36A 2DXYA 2YLNA 1J1NA 3SEVA 4ZE8A 4MBPA 4R2FA 3TELA 5A5XA 5AA4A 3IB0A 5TP9B 5CMBA 1B5HA 4RK2A 3TCGA 1JVXA 1MQJA 2Q2CA 3SEWA 4ZZEA 4F29A 3TTNA 4TOZA 3KN7A 2QS1A 1H45A 1JW4A 4YB7A 5CMKA 3SEUA 2V25A 2IEEA 1NFTA 3K02A 3K0VA 3MWBA 4FJPA 2HZKA 1WODA 3HN0A 1FQBA 2HXWA 3BKIB 2AIXA 1B2HA 4YU0A 3G3IA 1XC1A 3MQ9A 1MQIA 4U23A 1P1UA 5H8HB 1MDP1 3U94A 4OZ9A 2VGQA 3ZKKA 1OQHA 1B3GA 2HQ0A 3FGSA 1BTJA 2DXRA 4GIZA 3T96B 1B4ZA 5M2VA 1MXYA 1QUKA 3RPWA 1LSTA 2CZLA 3UK4A 3C35A 2O68A 4G2ZA 1A7LA 1B3EA 1FTJA 4HS7A 3Q29A 1M5DA 4YICA 5DYHA 4YKJA 2Z8EA 1DSNA 1P1QA 3I5OA 5DT6A 5AA3A 3U1OA 3MZ9A 1M5EA 1QKAA 5B70A 5ELVA 3ILUB 1ZLQA 4XKRA 2ZYMA 4THIA 5JEIA 4O3CA 4U4XA 3RT6B 4QRZA 1YTVA 3K1MA 4FORA 3C31A 5H8QB 5I2KA 4G68A 2QMWA 4GVOA 3SDFA 2CMOA 4KHZE 1A99A 3O29A 4BDMA 2ZYKA 1B3FA 3S9LC 2B3BA 5H8FB 4GQOA 3GBAA 4H8JA 2I4CA 3TQWA 4ZS9A 1JETA 4RK9A 1MPDA 4WEPA 3G3KA 1ZKBA 2PYYA 4DCXA 3U8QA 4RPNA 2QMXA 3V8XB 4IO3A 3TYHA 2AL4A 4X1BA 2VOZA 4QFPA 1S9TA 4R9FA 2D3IA 2OZZA 4AB5A 1HSEA 2Z8DA 2XXTA 3H6VA 3EPEA 3BFTA 3K1PA 3PUWE 2XD3A 4I9DA 2DS9A 3B6QA 4EDPA 2E1SA 1MS7A 5L9MA 2Q2AA 4YKPA 2F6GA 3IX1A 3LSLA 2GFEA 2Z23A 4G8NA 2I0CA 4POWA 1PC3A 3E4RA 3CVGA 4DXBA 5FTIA 1WDNA 1YAEA 4G8HA 1DTGA 4IO2A 2Y7PA 3VXCA 2OK2A 2DOJA 3MPKA 2F6PA 1MDQA 3TUSA 3KZGA 3HSTA 4U2RA 1XVXA 1Z7ME 4KYEA 3VVDA 1FTLA 3KN3A 1N0TA 1GGGA 5ITPA 1A8EA 4ZEKA 3RTWB 4MH5A 4XKNA 3O6GA 3K6UA 4OFOA 3EHSA 1MY4A 5FHMA 1MY1A 3LSFB 1ZJLA 1T0KA 5KZTA 3N26A 4JSDA 1SD3A 1H43A 1FW0A 1UTBB 3E9XA 1A8FA 4GFRA 2ANJA 3FVKA 1LGBC 2OJTA 5CMCA 3PPOA 3OO9A 3KJ7A 5DEXA 1D3KA 4ONYA 4NF4A 4U4SA 4Q30B 5EYFA 4NF5B 3KEIA 2XX7A 4LA9A 1SVXB 5I56B 5AA2A 5ITOA 4R6KA 1B3HA 1FTKA 3E13X 4LQ2A 3PPNA 2GHBA 3MBPA 5FTHA 4TLMB 1MXWA 5I2NB 3MUQA 2Y84A 3ECRA 1LLSA 1SW2A 3RY3A 2Z22A 3EN3A 3K00A 4PFTA 4OHNA 3IJOB 1I69A 5K2YA 4N07A 4DZ1A 3WAEA 1NNFA 1Z7NE 1MH4A 3TPAA 1LFGA 4G68C 4DE8A 5A5XB 5AA4B 3N6TA 2F7CA 1FQAA 3MC2A 5H8SA 3T9XB 3KOTA 3IK6B 4XKQA 2G29A 4IB2A 4IO6A 1B32A 5TPAA 2A5TA 2Y7WA 3I6VA 3M8UA 4POXA 3S9EA 1MXUA 3S9MC 4M1VA 1N84A 2E0SA 1TXFA 2VHAA 2I3WA 1MXZA 3D4GA 1IXHA 4R9GA 4YMBA 5HPQA 4FE8A 1O63A 4OENA 3SERA 3TAJA 4IO5A 1JEUA 4OEUA 4F31B 2V3QA 1QKBA 4MLVA 4LP2B 1LB8A 2HEUA 1AIVA 4FATA 3IJXB 1Y3QA 4H8IA 3TQLA 3WAFA 4O3BA 3SESA 2O69A 3PU5A 1R1NA 3IOUA 4C1TA 4ZEBA 3DP8A 4ZECA 4H5FA 2XXUA 3T9UA 2XX9A 3PUZE 4HTGA 3S4UA 4GRKA 4OTEA 3PUVE 5IKBA 1BLFA 2Y7RA 4NEDA 3B6WA 2QJEA 1M5FA 2ZNSA 1UTBA 4Q0CA 4EQ7A 3Q26A 1PDAA 3KFMA 4ECFA 4KR5A 1GTKA 2OBGA 1YCJA 2R71A 5J1DA 2PX1A 3GLBA 3MP6A 1FTOA 4EF1A 4ND9A 1R6ZA 1BP5A 4KI0E 1GVCA 4YAHX 1UIVA 5FHOA 4NMYA 5I84A 3MVZA 2FA7A 3N6UA 5I56A 1IXCA 3JYRA 5CRYA 3T22A 2UVIA 1B0HA 1ZU0A 1Y1ZA 2V3TA 4I8CA 3TKDA 5I2KB 4G68B 4LZ7A 1N7XA 4BDRA 2HFBA 3IR1A 4QSDA 1B1HA 1TT1A 3MZ1A 4LVQA 2Q88A 4U22A 2QRYA 5JTYA 1D9YA 3OMBA 2VD3A 3FZVA 1NNKA 3K2DA 1SW1A 2I4BA 2QS3A 2WKYA 2YPNA 2GH9A 3QK6A 5FHNA 3CSBA 1URDA 4R72A 2RC9A 1B52A 1B0LA 4KD5A 1N3WA 2NWJA 1VFDA 1LAFE 1NH8A 3SETA 4XKPA 3TZAA 3CG3A 3TFLA 4ELRA 4IGTA 4TQUQ 4F2QA 3F11A 2QS2A 4OMBA 4JSOA 4OWDA 2F78A 1MG1A 5AA1A 2ZNTA 3VE1B 3FV1A 5CMMA 4EUOA 1RYOA 2F97A 1A55A 1XT8A 4JB7A 1AMFA 2H98A 1SDXA 3OEKA 4H65A 3EF7A 1VFEA 3G3FA 1BIYA 3MJNA 3CIJA 1NL5A 1Y9UA 2H99A 4I1DA 2Q8JA 3H6UA 4ESWA 4NTLA 5ICTA 2QSXA 1QUJA 2XXXA 3A09A 1B3LA 1B7ZA 4PFUA 1XHYA 1TFAA 4RNSA 4BDNA 4YB5A 1LCFA 4PP0A 5BWJA 3MP8A 3IL1B 4LONB 4EF2A 5I59A 1N04A 5DEXB 4EXKA 4NF4B 3L6HA 5CM6A 2I48A 1MH3A 2XXIA 4F3PA 3G3JA 4UA8A 4IGRA 3TODA 1USYH 5AA2B 5B7DA 4LZ5A 1ZBMA 2UXAA 3OXNA 4GD5A 2F8DA 4R2BA 3W9WA 2QL3A 3C4MA 3CR9A 2O7UA 1Y4TA 2X7QA 4NF6B 1H44A 1OMPA 3IOVA 3W9VA 2PMSA 1B5IA 3FVNA 3B6TA 3KGCA 3FJMA 4F18A 4MFIA 4KFQA 4Q5TA 4F1YA 1IEJA 3Q27A 5CBRA 2ONSA 4R6YA 4ESXA 1SW5A 1KWHA 3PD8A 4MLQA 2H9BA 4YKIA 4PFYA 2DVZA 1NKXA 3ILTB 3C9HA 2ONKE 3KOSA 3OOAA 2QPQA 4ZZAA 1PB9A 2Z8FA 5TPAB 2A5TB 2H5YA 1P1OA 3PPPA 1N76A 3G7WA 2REJA 3O28A 3RN8A 3QUJA 3EQ1A 4LATA 3H6WA 2UVGA 3MP1A 4QHQA 1N3XA 4IY5A 4OQOA 1OVBA 2FYIA 3GXAA 1OLAA 3Q25A 3VFJA 4KPTA 1CE2A 1MY2A 4Q8RA 3C32A 4P0GA 4IY6A 4F22A 3GZGA 4RJZA 4P0IA 4QSCA 4NE4A 2ZYOA 1ANFA 4KQPA 3OENA 2XXHA 2RF1A 1IQ7A 3THIA 3KSXA 3K6VA 1EU8A 5LOMA 2RKMA 3HCQA 1EH3A 3RLFE 1JW5A 3V83A 3IB1A 3FD3A 1M5CA 3ZS6A 3LBSA 4UACA 3QSLA 3VV5A 3CFZA 4DLDA 2ZXTA 3UIFA 3IO6A 3O6IA 4AB6A 3DLNA 3MPLA 1P1NA 2THIA 2RINA 3T93B 5HM4B 5KCJA 3GBBA 4PE5B 2DYXA 1SI1A 3FJGA 4F1UA 5I57A 1XVYA 3C36A 4G8MA 3T9HB 3RTFB 3IAZA 5DVFA 1MM6A 1MXVA 3DP6A 4NF6A 1FQCA 3PGFA 4JBZA 3OO8A 4FAJA 3RUMA 2DE4A 2Q9TA 1FQDA 5JTYB 1BKAA 4KCDA 3KBRA 1LAXA 2OCUA 2O6AA 1B46A 2X7PA 4XIGQ 3VXBA 4DCYA 3ONMA 1GR2A 1OVTA 1ATGA 3IB2A 1B51A 2G93A 2I0BA 2I3VA 1ZIUA 1QJMA 3JV9A 3M3KA 3LSXA 2REGA 2HAVA 3LSWA 1SQYA 4PQJA 2HCAA 3KN8A 3B7DA 5AE4A 5IAIA 3H3GA 2W7YA 3G3HA 3PMXA 3PPQA 1TWYA 4JDFA 3H6TA 1DMBA 3FASA 1IXIA 1SI0A 1LB9A 4P11A 1ELJA 3IOTA 4F2OA 1L5TA 1QW0A 3KSJA 3IOWA 2A5SA 2DQVA 2Q89A 4QFOA 4QFKA 2I58A 3RT8A 3FUZA 3D4CA 4QFLA 3G3GA 1Q35A 1MQHA 1DPPA 3A3CA 3MZBA 3VLUA 2UYFA 2ALUA 3KJTA 2Y7KA 2D21A 5ISUA 3H7MA 5L9SA 3M3LA 1Y4CA 4NWDA 1LAHE 3MAMA 1POTA 5CI5A 1NNPA 1A54A 4GXAA 3TTKA 1QUIA 4YZZA 5I59B 1LBCA 1US4A 4R73A 5HBCA 1DPEA 2F35A 4OERA 1HSLA 3T66A 4EQBA 2UYEA 3JZJA 1Y3NA 3U92A 2DWIA 4QFNA 4ELPA 4M4GA 1FQFA 1PB8A 1PBQA 1JNFA 2GHAA 4G77A 2NXOA 1XOCA 2HAUA 1MPCA 1M5BA 4DDDA 3K1NA 2DP8A 1PB7A 2RCBA 4X1DA 3P7IA 4KCCA 2QS4A 3CG1A 2D5WA 3V5AA 3OSRA 3K6XA 1MRPA 2DWJA 1MM7A 3TTLA 1IXGA 3TCFA 4RPOA 4LUBA 1O7TA 3O97A 1N7WA 3BFUA 3IO4A 1B5JA 1B6HA 2XHDA 4KYSA 3A3UA 3LR1A 1AL3A 3T9VA 5F7VA 3FJ7A 4JWXA 3VVFA 2P2AA 3TTMA 2H4IA 4Z0IA 3UP9A 2O1MA 4YMAA 1D9VA 4E0WA 5JK4A 1Q1KA 3K4UA 5KDTA 3USDA 4FEDA 3RNNA 4C1UA 4ELOA 3OO7A 3H03A 1H3DA 3UN6A 4F39A 4X9TA 4QF9A 1SBPA 2DE3A 1VSOA 4OYVA 4E0XA 3VLVA 1UIUA 2OWTA 3VLWA 3U93A 2NVUB 2V84A 4ZE9A 1OQGA 1EZPA 3R6UA 4BDOA 4F3BA 3R7XA 4QSEA 4GOTA 2PBWA 2ABHA 4U1ZA 1S50A 1R9QA 2B3FA 2KLFA 2V3UA 2F7BA 3E3KA 3PUXE 4BLAA 5ICQA 3QUFA 1UTHA 2DWAA 1XS5A 3EHTA 1URSA 2UVHA 4L17A 2FNCA 1P99A 1LFIA 1H76A 5CBSA 3O2AA 2F7AA 2XXRA 2XXPA 4NF8B 2F34A 3N5LA 3HO7A 1POY1 1ZTYA 3OD7A 5KCJB 3S2VA 3O6HA 4F3GA 2DE2A 1Y3PA 4GXSB 5I57B 5TU0A 4BDLA 4ZEDA 3MVYA 1LBBA 1IIWA 3ODBA 1B7HA 1IUDA 3CSGA 5I58A 1Y1MA 4YB6A 3SEXA 4HCWA 3QYTA 4FECA 4H1XA 4DXUA 3C34A 2RCAA 1OIBA 4ELQA 3HHGA 3FIRA 1SW4A 4NWCA 4AQ4A 4N13A 4H6DA 2O51A 1FCKA 1EZOA 4R6HA 3CFLA 3H06B 5TP9A 1B58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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