2Y7RA

Dntr inducer binding domain
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
MDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia sp.
molecule tags Transcription regulator
total genus 63
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7rA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7rA02
3T9XB 4NWCA 2Q8JA 1PDAA 1RYOA 3MVYA 4F3BA 4BDRA 4NTLA 2ZYOA 1N3WA 2H5YA 1EH3A 3T9VA 1F9BA 3K4UA 1FQAA 3PUYE 5JTYA 4Q8RA 2ZYMA 3DLNA 2VOZA 4H5GA 2O68A 4KCCA 5EHSA 1R1NA 3IJOB 1P1OA 1ANFA 2HAVA 4C0RA 4R9GA 4MF3A 1B9JA 1BKAA 4GVOA 1Y3QA 2ZMBA 5JEIA 1O63A 2D21A 4OHNA 3DP4A 4LVQA 1AH5A 5B7DA 1WVJA 5KZTA 4QFKA 4U1ZA 3ZKLA 3PD9A 2H4IA 2KLFA 3LSLA 3C31A 1MY3A 4KQPA 5K2XA 3L6HA 4PP0A 3KFMA 1NKXA 4EUOA 1R9LA 4R6HA 5AE4A 2DQVA 4MBPA 2V3UA 3O29A 3QXMA 4R9FA 2M8CA 1PB9A 4NF8B 4XXUA 1LCTA 4LZ7A 3V5AA 5H8FA 1URGA 3K1PA 3KN7A 3S4UA 1BLFA 2XXXA 4G2ZA 4K3FA 5I58A 5ITOA 2DWHA 2CZLA 3OO8A 3VE1B 1LFGA 1FQDA 3FXUA 3H6VA 3O6HA 2P2AA 4P0IA 5TU0A 1MXWA 4LQ2A 1OQGA 2Q89A 3IR1A 3U72A 4Q0CA 4KD5A 1IQ7A 4X9TA 3T96B 3SEXA 1D3KA 2A5TA 3K00A 4KYDA 5A5XB 2HZKA 4H65A 4JSOA 3FVGA 1M5BA 5ELVA 4YMAA 5FHMA 3TCGA 3N6TA 4EF2A 4XKRA 4ZZAA 3UA8A 4G8NA 1R6ZA 2F5XA 4YICA 3OD7A 4GD5A 4OENA 1QKAA 4NEDA 4YKJA 2GH9A 5M2VA 1MS7A 4Q5TA 3RN8A 3VVFA 2NXOA 3KN3A 2Z8FA 3UIFA 3QIMA 2RC9A 3OOAA 4DXUA 3LC8A 4DLDA 4R72A 4EXKA 5I2KA 2RCBA 4ZEKA 4HCWA 1LFHA 4KYSA 1B4HA 3TTKA 2P0SA 2I48A 4G8HA 4GQOA 5CC2A 3ODBA 3M3KA 4OVJA 2ZYNA 3I5OA 2I0BA 1WDNA 3QAXA 2Y7IA 1NNPA 3OO7A 1B2HA 1FTOA 5I56A 3G7WA 2I58A 5FTHA 1FTKA 1LAHE 1B4ZA 3CFZA 1N04A 4XIGQ 4PFUA 3IK6B 4ZZEA 3TTMA 4XKNA 4F2QA 3FXQA 4U23A 2X7PA 5K2YA 4BDQA 4YZZA 3RT6B 2YPNA 1NNTA 5H8QB 4U2RA 1N3XA 3PMWA 4F1UA 3PD8A 4POWA 2ANJA 1ZU0A 2GHBA 1B3HA 3S9NC 3U1OA 3IJXB 3GBBA 3RTFB 2F6PA 2DWJA 2FYIA 1B51A 3PMVA 5CBRA 1M5DA 3TFLA 4BDNA 2GRVA 1MXYA 3KJTA 3IO4A 3T9HB 4GL0A 3K6VA 1VR5A 3VLUA 3MZ1A 5TP9A 1FQFA 4RNSA 3C36A 3TAJA 3H3GA 5CRYA 3TCFA 1DMBA 4GXSB 1LCFA 3CFXA 1SBPA 2ZXTA 4X1BA 3CRBA 4GFRA 3IB1A 4X48A 2V3TA 4ZECA 4YKPA 3T66A 4KPTA 3ZSFA 3PU5A 1SI1A 3K2DA 3K0VA 4DDDA 4KYEA 3R6UA 4IGRA 3IX1A 4ESXA 4ELOA 3OXNA 3FJMA 1MXXA 2PVUA 3A3CA 5CMMA 3S9LC 3S2VA 4FECA 5DEXB 2Z22A 3JV9A 4R2FA 4N13A 2R6GE 1N76A 2G93A 1JVYA 1H45A 5AA2D 4R73A 3TKDA 1PB7A 3QK6A 4NF5B 4IY5A 2OWTA 1NL5A 4RYAA 4IO2A 1JETA 3AXFA 1AOVA 4WXJA 1AIVA 1M5CA 3Q27A 3EPEA 4QSEA 2O1LA 2H25A 3MZ9A 4FIMA 3MP1A 3HCQA 1IEJA 4OESA 1YCJA 2OZZA 4G4PA 3OSRA 4EQ7A 4YMBA 1OVBA 3TTLA 3UN6A 4ND9A 3MPKA 4XKQA 1Y1ZA 2DVZA 3D4GA 1IXGA 2E0SA 3GLBA 2UVIA 1QULA 3UP9A 4DIGA 2QMWA 2XX7A 1UTHA 1LBCA 1LB8A 3OELA 4F31B 1IZ1A 2IA4A 1IXCA 1D9VA 1USYH 3OSQA 3N94A 3EQ1A 3KN8A 4JWOA 2I4CA 4F3PA 3C33A 4F3GA 1NNFA 4FORA 1B40A 4RJZA 2REGA 1P1NA 3H6WA 1B5IA 1NH7A 4BDOA 3D4CA 4IB2A 3MP8A 1TFDA 3RTWB 5HPQA 3MP6A 2NWJA 4HCYA 3QYTA 3VVEA 4FJPA 3MQ9A 1JW4A 1LAFE 3SEUA 3T93B 3N26A 4XKPA 1KWHA 4OXVA 2Q88A 2XXVA 1SDXA 3RLFE 3CSBA 2V3QA 3EHSA 4JDFA 2G29A 4TLMB 3HV1A 1YAEA 2D5WA 5L9MA 1OLCA 2O7UA 1US4A 3RPWA 2HEUA 3LSFB 5EHMA 4ONYA 3B6TA 5I2NB 2O84X 3TYHA 4R2BA 1I69A 3O66A 4F2OA 2HCAA 2NUVA 2I4BA 3USDA 4QSDA 1LGBC 4OZ9A 3IOUA 4OWDA 3VLWA 1SW2A 2ONRA 4NMYA 3IL1B 5ISUA 3U92A 3LUYA 1PB8A 4NF8A 1H44A 1US5A 3ILTB 1B46A 4KI0E 4YB6A 2QSXA 2Y7RA 1B7ZA 1O64A 4AB6A 1A99A 1H76A 1Q1KA 1BIYA 5DTBA 4RA1A 2XXUA 2AL4A 3HN0A 1MM6A 3MVWA 2Q2AA 4OTEA 1FQEA 4FEDA 4ZEBA 2PYYA 4KCDA 4QFLA 4ZEIA 2PMSA 1RYXA 3ILUB 3T22A 4TOZA 1QJMA 1SVXB 4F1YA 2F97A 4OEUA 1IXIA 1N7XA 3MC2A 3RQTA 1B32A 2ZNTA 3CG3A 1OLAA 1Z7ME 4DCYA 5I57B 1XVYA 4O3BA 3PUWE 1WODA 5AA4A 1OIBA 3KOTA 3R26A 4I62A 1N7WA 3BFTA 2DSFA 3W9WA 4QRZA 5ICQA 4WEPA 1Y3NA 1MY0A 5AA1A 1XHYA 4LZ8A 3V83A 1HSEA 2F6GA 2W7YA 5DVIA 2VGQA 2DXYA 3PGFA 5JTYB 1A8EA 3IOVA 4EDPA 2DYXA 4H8JA 3SEWA 2FNCA 4TQUQ 5DT6A 4H6DA 2VD3A 1UTBA 2UVGA 4ZE9A 1L5TA 4BLAA 3IB2A 1OVTA 4Z7EA 2Y7WA 1B7UA 3PPOA 1SYIA 3Q26A 1ATGA 2ZYKA 1SI0A 3Q25A 5AA2A 4FAJA 5HBCA 1HSLA 3CR9A 4NWDA 3E9XA 1MXUA 4DXBA 1LFIA 2V93A 5BUUA 3G3HA 4POXA 3OEKA 4M4GA 1MDQA 2UVHA 1ZJLA 2XD2A 4QFNA 4NF6A 4PETA 1MRPA 5H8FB 3TZAA 3N5LA 3SETA 3BFUA 4GF8A 3EN3A 3O2AA 3K6WA 4DZ1A 5I58B 4JB7A 3G3FA 3RGYA 4F22A 3PPRA 1B58A 2B65A 1ELJA 3FUZA 3B7DA 1IUDA 2XXPA 1A54A 2A5TB 3VXCA 2RCAA 5CM6A 2A5SA 3HSTA 4PFTA 3B6QA 1XVXA 1QVSA 2VD2A 1GV8A 3FVNA 5H8HB 1MY1A 2E1SA 3MUQA 1MPBA 2DWIA 4YB7A 5KCJB 1ZTYA 4GLIA 1DTZA 1A7LA 5FHOA 1B0HA 3MVZA 3TUSA 1MM7A 1Y4TA 2ALUA 2VHAA 2OLBA 3SDFA 5I2KB 3OENA 5TPAA 3QUFA 4JSDA 2QS1A 4NF5A 4DE8A 4P0GA 4LZ5A 1J1NA 4UACA 4YAHX 1MQHA 2ZNSA 3MZBA 5I56B 2Z8DA 2F34A 3C9HA 5I59B 5CMCA 3RT8A 1MH3A 1S7YA 1XC1A 4N6PA 1B3FA 3PPQA 3LSWA 2DE3A 4HTGA 4YB5A 5CBSA 3FV1A 3ZKKA 4WEDA 4H1XA 1MQIA 4YKIA 2GFEA 1NMUA 3KBRA 3VFJA 2ESNA 2WKYA 3LBSA 1P99A 4ZEFA 4RY1A 4GOTA 3TTNA 2B3BA 1MQDA 1Z7NE 2Y84A 1N0TA 2DE4A 4ZS9A 1D4NA 4RXLA 1CE2A 4QF9A 1QUJA 1EU8A 1I6BA 3LSXA 2XD3A 1M5EA 2HXWA 3KG2A 4KHZE 3B6WA 4E0XA 3CIJA 4FE8A 4ELPA 1DPEA 2ONKE 3DM0A 5BWJA 2DS9A 3PV0E 3H6TA 2PT1A 5CMBA 3TPAA 4N07A 5KDTB 1H3DA 1B3GA 5JK4A 3KZGA 1OMPA 1BTJA 3ONMA 2X7QA 1LAGE 3C4MA 1A40A 1FTJA 4OMBA 1PEBA 3EHTA 4I9DA 3GXAA 3WAEA 1VSOA 3FV2A 2ABHA 3HO7A 4TLLB 3F11A 1DSNA 1B1XA 1ZIUA 2F7AA 4G68C 3IOWA 4OETA 4GRKA 3SEVA 1B05A 1MY2A 3QSLA 1JVXA 5B70A 1JW5A 2YJPA 1EZOA 4OEVA 3BBRA 1JW1A 4G68B 1YTVA 2YLNA 2GHAA 3TQWA 1YPNA 5I2NA 4EF1A 4NE4A 2QRYA 3TELA 3M3FA 2F35A 1Y4CA 3R7XA 3H03A 5ITPA 2XXIA 3CVGA 5L9SA 3W9VA 4GIZA 5L8DA 3OO9A 4G8MA 1Y1MA 2I3WA 4U4SA 2UYEA 4RK2A 4QFOA 4Z0IA 3U93A 1B5JA 1O7TA 1MDP1 4LA9A 4O3CA 4C1UA 3RNNA 2P1SA 4KFQA 4I8CA 2H98A 3EHUA 3G3GA 1B1HA 4YU0A 1SW1A 3H06B 3KGCA 2V25A 2V84A 4U21A 3MWBA 3UORA 5H8SA 5EYFA 4YKKA 2Y7PA 2F8DA 3K02A 1VE4A 1S50A 5AA3A 2XXYA 2I0CA 4XTCQ 2QS4A 4ISUA 5FTIA 4JWXA 1FQCA 1XS5A 1VFDA 4LONB 3OO6A 4QHQA 3VVDA 4JWYA 1FTLA 2XXHA 1Y20A 1VFEA 4UA8A 3K1MA 3UK4A 3FJGA 1FW0A 2OK2A 4NF4B 1FQBA 2UXAA 5H8NB 2B3FA 1RKMA 2Q2CA 5I84A 1CB6A 2ONSA 4R75A 3IB0A 3V8XB 4L17A 1URSA 1A55A 4LUBA 2O1MA 2HQ0A 3DP8A 2I6EA 3PPPA 2F78A 1B52A 1MPDA 1GTKA 1I6AA 2XXWA 2QL3A 5DYHA 1N84A 5IAIA 2O6AA 1SD3A 5A5XA 4PE5B 1MQGA 4ZEDA 1I6QA 4PFYA 3CI8A 3CFLA 1MXZA 3T9UA 2DXRA 3BKIB 4PQJA 3EF7A 2DE2A 2QMXA 2O51A 3RY3A 4DXCA 3MPLA 4F1VA 1JQFA 4C1TA 4GWOA 3PUZE 1HSJA 2QS2A 2OWSA 2H9BA 4BDMA 1B7HA 4GXAA 4JXIA 1QUKA 2R71A 4IO4A 5DVFA 5FHNA 3MBPA 4IGTA 2OJTA 1GR2A 2CMOA 3UGWA 1P1QA 1R9QA 3C32A 4MLQA 1EZPA 4GL8A 3S9MC 1Y3PA 3TQLA 1XT8A 5H8QA 4FATA 4I1DA 3IOTA 2F7CA 1LB9A 4DCXA 3KEIA 4EXLA 2D3IA 3C34A 4OFJA 3KSXA 5F7VA 1GVCA 4QSCA 4MLVA 4EQ9A 3G3KA 2UYFA 3E4RA 2REJA 4O3AA 4AB5A 1TWYA 1B0LA 3VLVA 1AL3A 1H43A 2DP8A 3QUJA 5H8HA 1LBBA 2HZLA 4LQ5A 5L9OA 4MFIA 4ELRA 5KCJA 3KOSA 2I3VA 1TXFA 3MW0A 2RC7A 5AA4B 4G77A 2HFBA 3VXBA 2XXTA 4H67A 3WAFA 3SESA 1B6HA 3Q29A 1PC3A 4ESWA 3TMGA 3G3JA 1UIVA 3DELB 3O28A 2XXRA 2UVJA 4ECFA 2QS3A 5CI5A 3PPNA 4ZDMA 1NNKA 2DWAA 5I59A 3ECRA 1PBQA 1UIUA 3O6GA 4RPOA 3IAZA 4H0WA 1GGGA 3FZVA 1MH4A 1B5HA 4IO5A 2O69A 2PX1A 3VV5A 1UTBB 5LOMA 1SQYA 1IXHA 5CMKA 1P1UA 4IY6A 1MY4A 4HW8A 3PUVE 4F39A 3O9PA 2QJEA 3FD3A 3ZS6A 5DEXA 1M5FA 1LAXA 4EQBA 1POY1 1NH8A 1LSTA 1JEUA 3TEPA 3DP6A 1FTMA 3N6UA 5AA2B 2HAUA 2RC8A 2AIXA 4ELQA 4WKMA 2OCUA 1B3LA 1FCKA 2I49A 2BJJX 1MXVA 2XXQA 5DVJA 4PFWA 4NF6B 3TDJA 1JEVA 2Q9TA 5KDTA 1POTA 1Y9UA 3CG1A 1DOTA 1MQJA 3HPIA 4ZE8A 3FATA 4R6YA 3FJ7A 3RUMA 4THIA 3VDFA 1T0KA 4R6KA 4Q30B 1ZKBA 4AQ4A 4F3SA 3MAMA 1NFTA 2QPQA 1BP5A 2XX8A 3H6UA 4RK9A 3O97A 3PMXA 3OEMA 1DTGA 2FA7A 1EZ9A 2O7IA 5ICTA 3HHGA 4G68A 4LP2B 4IO3A 3HHFA 1PBPA 3SERA 4M1VA 2X26A 2PT2A 4IO6A 1URDA 3IO6A 1TT1A 4H8IA 3SKPA 3MJNA 2IEEA 2OBGA 3FVOA 2F36A 5TP9B 4RPNA 4HS7A 1IIWA 4U4XA 3TODA 2RKMA 3W15C 4LATA 2LAOA 5TPAB 1P1WA 2AL5A 1SW5A 4IO7A 5HM4B 4OFLA 2VP1A 3TTRA 4OERA 4QFPA 1B3EA 3IORA 1LLSA 4FEBA 5F1QA 4E0WA 1DPPA 3G3IA 3M3LA 1SYHA 3L6GA 1OQHA 3E13X 1SW4A 2Z23A 2PBWA 3H7MA 4OYVA 1JNFA 4KR5A 2ZNUA 1ZBMA 4OQOA 1AMFA 1ZLQA 2NVUB 2RINA 3MVXA 1USYE 3M8UA 4OFOA 4U22A 1ZMGA 3KJ7A 4X1DA 1QW0A 3I3VA 3JYRA 1S9TA 5J1DA 2THIA 3CSGA 3V89B 4R74A 3K01A 2NOOA 3K1NA 3A09A 3FIRA 1QKBA 3K6UA 3U94A 4JBZA 4BDLA 3FXRA 2DOJA 2F7BA 4NF4A 5H8NA 3PUXE 3E3KA 2RF1A 4H5FA 2DVCA 1UQWA 4F18A 3H4ZA 1IITA 2XHDA 2AYSA 4F19A 3JZJA 1II5A 4P11A 1MG1A 3C35A 3P7IA 1TFAA 3THIA 1D9YA 3FGSA 4MH5A 3LR1A 2H99A 3A3UA 1QUIA 3KSJA 3GZGA 3O6IA 3GBAA 4F29A 3Q28A 3FASA 2XX9A 1MPCA 1UTHB 1A8FA 3S9EA 2Y7KA 3FVKA 5IKBA 3OMBA 5I57A 3K6XA 1Q35A 3I6VA 2Z8EA 2R9JA 3SEYA 3TCHA 3U8QA 1XOCA 4U1OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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