5DEXA

Crystal structure of glun1/glun2a nmda receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, phenyl-acepc
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
282
structure length
269
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of subunit selectivity for competitive NMDA receptor antagonists with preference for GluN2A over GluN2B subunits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
molecule tags Transport protein, receptor
source organism Rattus norvegicus
total genus 70
structure length 269
sequence length 282
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-26
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dexA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dexA02
5BUUA 1XS5A 1LCFA 3KN3A 3IOVA 1LLSA 4THIA 3TCFA 1QUKA 1XHYA 4YB6A 3HCQA 3H3GA 2I6EA 2XX8A 1Y3PA 2REGA 2F34A 1N84A 3L6GA 4HCWA 2NVUB 2CZLA 3OO8A 1SVXB 3Q25A 1Q1KA 3MPKA 4JWOA 5DVIA 4LQ5A 3CI8A 3SEXA 4PQJA 4M4GA 4G68A 2FYIA 5I2KA 3PPNA 4YB5A 3QUJA 4U23A 1PB9A 4OFJA 3ZKLA 3FD3A 2V84A 3VDFA 1P99A 2B3FA 1OQGA 1LB9A 1B0LA 2O84X 3IB0A 3Q29A 2ZYMA 4H8JA 2QMXA 1LSTA 5EHSA 1IXIA 5ITPA 5ICTA 1GV8A 3PD8A 3SEYA 3IX1A 1MQJA 1D3KA 2R71A 3HHFA 1ZMGA 1JW4A 3K1NA 3HSTA 5I2KB 4EXLA 4NWCA 3M3LA 2F7AA 3UN6A 4FATA 3MVXA 3ILUB 2FNCA 3K4UA 4QSDA 4F1UA 5DTBA 3OEKA 3S9EA 5DVFA 3I5OA 5ISUA 3N6TA 1YTVA 1P1QA 1B0HA 4YB7A 1B4ZA 1A7LA 2AYSA 3B6WA 2HAUA 3O28A 4JBZA 4ND9A 3TODA 2HZLA 3BFTA 3G3KA 3EHSA 2H4IA 4ZEDA 3JYRA 1MY1A 2E0SA 2XXIA 3ZSFA 3SETA 1SYHA 1B52A 5L9MA 2ABHA 2GFEA 5I56B 3G3FA 2F6PA 3KBRA 2B65A 3TCGA 1D4NA 2DQVA 3PUWE 2UVIA 1Y1MA 5DEXB 3IJOB 4QFKA 4ELOA 4PE5B 1M5CA 2X7QA 2ZNUA 3IOTA 3RUMA 1IIWA 1ATGA 3KEIA 3H06B 3IK6B 3TFLA 3RPWA 1P1UA 1ANFA 4I9DA 2Y84A 4N07A 4HW8A 2DS9A 3QYTA 3RTFB 1TXFA 4ZECA 2PT1A 3MP1A 3FVOA 2HCAA 3B6QA 3FATA 1SW2A 1RKMA 2UYFA 3GLBA 3VVDA 1B6HA 2YJPA 4I62A 2ONKE 1DTZA 4E0WA 4RJZA 5I57A 4KD5A 4DDDA 2UVGA 3QSLA 5H8SA 4FJPA 4H5GA 1H3DA 3QAXA 3PU5A 1XVXA 1ZTYA 1MY4A 4Z0IA 1EZOA 2H9BA 3DP4A 4Q30B 4JSDA 3ECRA 1A54A 3VVEA 2LAOA 2R6GE 3K6WA 3RT8A 2O1LA 2RCBA 4H0WA 4YZZA 1NL5A 1US4A 4OEUA 5L8DA 4Q5TA 1B3GA 4KR5A 3KN7A 1IXHA 3K1PA 4XKNA 4QFNA 2OBGA 2Y7RA 1NNFA 3U94A 2V3UA 2Q9TA 4MLQA 4DE8A 1MXWA 2BJJX 5TU0A 5M2VA 1UIVA 3S9LC 3C34A 2H25A 5I2NA 1XOCA 3IB1A 3GBAA 2XXXA 4LZ5A 2HZKA 2VD3A 5AA2D 4R2BA 1VR5A 1SD3A 3VXCA 2P2AA 3N6UA 4Q0CA 4YKIA 1LAXA 4ISUA 4U21A 1LFGA 1MXZA 2Z8DA 1MXVA 2ESNA 2O68A 3MUQA 3UGWA 3EQ1A 3TMGA 3C31A 5HPQA 4GFRA 4NF4A 3M8UA 4UA8A 5AA1A 1LBCA 2H5YA 1VE4A 1IZ1A 2VOZA 4R9FA 1MG1A 3S9NC 2ZYKA 4XIGQ 4HS7A 2VP1A 2XXHA 5I59A 4F39A 2DWAA 4POXA 3TTRA 1P1NA 2ONSA 4PP0A 4PFTA 5CI5A 1USYE 4R6KA 1B7HA 3BKIB 3IB2A 3EHUA 4IGRA 1BKAA 4G8MA 4F1YA 3K6XA 1BTJA 3FXRA 4LQ2A 1AOVA 4ONYA 1N04A 3U92A 2A5SA 1GTKA 4NF4B 4C0RA 2OCUA 4FAJA 3FVKA 4KYDA 3SESA 3B7DA 2I4BA 1PB8A 2AIXA 5EYFA 4KHZE 4NE4A 4F2QA 1QKBA 1OQHA 3CIJA 4NF5B 2Y7IA 2O1MA 4KCCA 3HO7A 3T22A 3ODBA 4MFIA 1HSLA 3TQLA 3M3KA 3KFMA 3F11A 4F31B 4YU0A 3H6VA 4IY6A 2F97A 2CMOA 4EQ7A 5BWJA 3OD7A 4FORA 4MH5A 4YMAA 3T93B 1XT8A 3TDJA 2RKMA 2XX9A 3DM0A 3QIMA 4R74A 4LONB 2DSFA 3KOSA 1SW4A 3MW0A 3OO6A 3Q28A 2XXVA 3IAZA 4LZ7A 3H03A 4NMYA 1MY0A 4C1UA 3PUYE 2GHAA 2O69A 4GOTA 2I0BA 1PB7A 1B7UA 3WAEA 5TPAB 4MF3A 1TFDA 4JSOA 3PPOA 3TTLA 1I6QA 1D9YA 3G3GA 3SKPA 3OEMA 3FZVA 4FE8A 3U8QA 4GF8A 3IORA 4XXUA 3PUVE 5HM4B 4Z7EA 1F9BA 3A3UA 3O2AA 1OVTA 4JB7A 5KZTA 2QMWA 1USYH 4GXSB 4F3SA 4ZEFA 2R9JA 1LAHE 1MS7A 4GD5A 4WEPA 5H8HB 5TP9B 5ICQA 3HPIA 2Z22A 1QVSA 1Z7NE 2DE3A 1YAEA 3TPAA 1M5DA 2D5WA 3GZGA 2F6GA 2QS1A 2VHAA 2NWJA 2XXQA 1QULA 1TWYA 4OWDA 4F3BA 5I58B 3VV5A 1URGA 1DTGA 2DWIA 3S2VA 4OMBA 3KJTA 4OENA 5H8QB 3JV9A 4ELPA 2V25A 1POTA 3T66A 4IO6A 3DLNA 4F18A 1R6ZA 3EPEA 2I3VA 3FGSA 1B32A 2GRVA 4G68C 3FV1A 2I3WA 3SEVA 2F7BA 3OSQA 1B7ZA 4PETA 5H8NA 3U93A 1BLFA 1JW5A 4G8NA 3OO9A 1LFIA 3SDFA 2WKYA 3CFXA 1WVJA 4ECFA 4AQ4A 1UTHA 3PUZE 1PBQA 4DIGA 1MQIA 2Q89A 4G68B 1ZJLA 1JQFA 2ANJA 4X1DA 3UA8A 3O6IA 3LC8A 5AA2A 1HSJA 1IXCA 1B46A 1O7TA 2P0SA 3K00A 2NOOA 4N6PA 4DCXA 3FJGA 3THIA 4U22A 3RNNA 4PFWA 3V89B 4RPOA 2HFBA 4ZEKA 3MZ9A 3WAFA 2ZNTA 5KDTA 1AL3A 2XD3A 1FQAA 2XXUA 3MP6A 1SYIA 4O3AA 1B1XA 3VE1B 4G4PA 1B51A 2Q88A 1B4HA 1QUJA 4RXLA 4AB5A 1WODA 3O9PA 1XVYA 3ZS6A 3DELB 1I6AA 1R9QA 2PYYA 5F1QA 4F1VA 5AA3A 3K6VA 2XX7A 2A5TA 2PT2A 2Y7WA 1R1NA 3FJMA 2VD2A 1N3WA 4EQBA 2O7UA 1NNPA 4N13A 1Y1ZA 5ELVA 1B3FA 2ZYOA 4YICA 3U1OA 1FQFA 1OIBA 5CBSA 4DCYA 3LBSA 3ZKKA 2ZNSA 1B1HA 3CG1A 2G29A 4LATA 3PGFA 4P0GA 4OVJA 5CMMA 2I48A 4IB2A 2DWHA 3MVWA 3FXQA 3L6HA 4FEBA 4GL0A 5H8FA 4RNSA 1ZU0A 2QPQA 3R6UA 1DMBA 3UIFA 4OEVA 1N3XA 4FECA 3CSGA 4NTLA 3FVNA 3BFUA 4X48A 1NNKA 3E3KA 3OXNA 3TYHA 3W9WA 5K2XA 3SEWA 3IL1B 3PMWA 1XC1A 4NF8A 4EF2A 1IUDA 2OZZA 4F22A 2OJTA 2Z8EA 3C32A 3FVGA 1II5A 3DP8A 4YAHX 3KSJA 5JEIA 4TLMB 3RY3A 5I57B 4L17A 3IJXB 5H8FB 5K2YA 2F7CA 5L9OA 3VLWA 2F8DA 1Y3NA 1N7WA 4ESXA 2DYXA 1L5TA 5AE4A 3R26A 4TLLB 3DP6A 3U72A 4R9GA 4OTEA 4NF8B 3FUZA 1AIVA 2XXTA 1MXXA 3TTNA 4QFPA 5FHNA 4EF1A 4H6DA 2H99A 3IO6A 4OETA 2YLNA 3KJ7A 2PVUA 4U4XA 1QKAA 3TCHA 3JZJA 4AB6A 4MBPA 2HQ0A 3LUYA 5JTYA 3IR1A 3QK6A 3VVFA 4H1XA 3RN8A 1QJMA 3I6VA 3IOUA 5I2NB 4RPNA 2PBWA 2I0CA 3RLFE 4GLIA 4OERA 1HSEA 2NUVA 4RY1A 3OOAA 2ALUA 5I84A 2QJEA 2QSXA 4QFOA 1FTMA 2PMSA 1Y9UA 3KZGA 2RCAA 3FJ7A 3V8XB 5JTYB 1GVCA 2QS3A 4H5FA 1B40A 1VSOA 1LB8A 1URDA 2OK2A 4R6YA 1B5HA 3FXUA 2QS2A 4O3CA 5CC2A 1FTLA 5CMBA 1LGBC 1NKXA 3QUFA 2VGQA 2THIA 4M1VA 1H44A 3USDA 4DXUA 5LOMA 1FTOA 2ZXTA 4NF6A 5I59B 4G77A 2F78A 1QUIA 1N7XA 4PFUA 3H4ZA 3BBRA 1WDNA 1SQYA 3KGCA 4PFYA 3TEPA 1DPEA 5F7VA 1MDP1 4R75A 2P1SA 4DXCA 2HXWA 3MQ9A 1DPPA 1OLAA 3Q26A 1IXGA 4QSCA 1MH3A 4UACA 1I69A 1SI0A 1H76A 1N0TA 1Q35A 1MXYA 3H6WA 1TFAA 4F29A 3GBBA 2OWSA 4RYAA 1NNTA 1M5FA 2V3TA 3PMVA 4U2RA 2UVJA 1JETA 4GXAA 1NMUA 4ESWA 2X26A 3PPQA 3CFZA 3QXMA 1FQEA 5JK4A 1AH5A 4KPTA 2AL5A 3C35A 4XKQA 3O6HA 4NEDA 5FTIA 2W7YA 4TOZA 1FQDA 2OLBA 3KSXA 3VXBA 3MC2A 4LUBA 4KQPA 5CBRA 3VFJA 2GHBA 3G3JA 1EZ9A 4EUOA 5DVJA 4ZE8A 4C1TA 4BLAA 2RC7A 3TQWA 2REJA 1P1WA 2QRYA 1MRPA 3KN8A 3OELA 4ZEIA 3K2DA 1B58A 3K01A 3CVGA 3W15C 1PDAA 3LSWA 3TTKA 4U4SA 4R73A 1EH3A 2O7IA 1SW5A 3C33A 1PBPA 4LP2B 2Q8JA 1B9JA 4EDPA 3T9VA 4H8IA 4HCYA 1Y20A 3V83A 2O51A 3RTWB 3G3HA 3HHGA 4IGTA 4OFLA 2Z8FA 3ILTB 2Z23A 3LSFB 4YMBA 4DXBA 2XXYA 2DE2A 3K1MA 4QRZA 1DSNA 3OMBA 1Y3QA 4JDFA 4NWDA 3OENA 4IY5A 4ZS9A 4GVOA 1NH8A 3O66A 2QL3A 2Y7PA 2F36A 4JWXA 1BP5A 1D9VA 4WEDA 2Y7KA 2XD2A 1M5BA 1B3HA 1IEJA 3PPPA 1OMPA 4GIZA 3EN3A 4I8CA 1S50A 1ZBMA 1LAGE 3EF7A 2AL4A 1B5JA 3PUXE 2GH9A 1MQDA 1YCJA 1RYXA 4JWYA 2F35A 3KOTA 1PEBA 5ITOA 3V5AA 4RK2A 1SDXA 4KFQA 2NXOA 1Z7ME 3CG3A 4POWA 4KCDA 5H8NB 4OZ9A 2DE4A 3I3VA 2YPNA 5IKBA 2ONRA 5FHMA 3AXFA 2UVHA 1MPDA 1T0KA 1B3LA 2I49A 5I56A 5DYHA 1M5EA 3PMXA 4BDRA 1FTKA 4MLVA 5DEXA 3KG2A 2XXWA 1UTHB 3N26A 3PPRA 3MZ1A 4X1BA 4BDOA 4LZ8A 4RA1A 4R2FA 4LA9A 5CMCA 1SI1A 3R7XA 3C4MA 4ELQA 2ZYNA 4R72A 3FV2A 5AA2B 5IAIA 3N5LA 1JEVA 4ZZAA 2FA7A 1A8EA 2HAVA 4OXVA 4K3FA 3VLUA 1OVBA 5B70A 4GWOA 5FTHA 4GQOA 4R6HA 1SW1A 3OSRA 3RGYA 3H7MA 5KDTB 3MP8A 1N76A 1MH4A 4IO4A 3SERA 3MJNA 2KLFA 1A40A 1LAFE 1ELJA 4OYVA 3D4GA 2X7PA 4FIMA 2RC9A 1UTBA 1DOTA 1MM6A 2PX1A 1MPCA 1AMFA 1CE2A 2A5TB 5B7DA 4H67A 2G93A 2F5XA 4OQOA 3N94A 3TUSA 3E13X 1MY3A 3GXAA 4KYEA 1VFDA 3TELA 2XHDA 1BIYA 2RINA 3G3IA 1MXUA 4ZDMA 4QHQA 2ZMBA 3A3CA 1J1NA 1UTBB 3HN0A 4FEDA 3MPLA 4ZE9A 3H6TA 1LBBA 2DOJA 4ZEBA 5AA4A 2Q2CA 3TTMA 3CFLA 4X9TA 3O6GA 1FQCA 1URSA 5EHMA 4U1OA 1Y4TA 5L9SA 1MQHA 3OO7A 3G7WA 4JXIA 3K02A 2DVZA 1S9TA 4G2ZA 1LCTA 4WKMA 3O29A 1B05A 3A09A 3CRBA 1P1OA 1EZPA 4BDLA 1GGGA 3T9UA 1PC3A 2Q2AA 2D21A 3ONMA 2DVCA 2QS4A 3K6UA 3E4RA 1MM7A 3C36A 5AA4B 2RC8A 2XXRA 1OLCA 3S4UA 1US5A 2OWTA 3MVZA 4WXJA 4F3PA 4KYSA 4U1ZA 1EU8A 3UORA 1NH7A 2I58A 4DLDA 2V93A 4YKPA 5CM6A 4QSEA 1O63A 4QF9A 4LVQA 1SBPA 3HV1A 2M8CA 5FHOA 4EQ9A 1A8FA 3W9VA 4QFLA 1UIUA 1YPNA 4YKKA 1MDQA 3T96B 4P0IA 1VFEA 4TQUQ 3RQTA 4NF5A 1NFTA 1B5IA 2XXPA 4IO7A 4BDNA 3PD9A 4E0XA 1IQ7A 3P7IA 4F19A 4GRKA 3TAJA 1H45A 2DXYA 1JVXA 1CB6A 1LFHA 3MAMA 4OHNA 2D3IA 1QW0A 5DT6A 3S9MC 2DWJA 3T9HB 2V3QA 1FTJA 1H43A 1MY2A 2H98A 4XTCQ 1A99A 4IO5A 1MQGA 3C9HA 5KCJA 4XKPA 4IO2A 3T9XB 3K0VA 1KWHA 3UP9A 3D4CA 2DXRA 4OESA 3VLVA 3FASA 1FQBA 2UYEA 2UXAA 4DZ1A 4O3BA 4BDMA 5CRYA 3MBPA 1ZLQA 4F2OA 1S7YA 4G8HA 2IA4A 3IOWA 1MPBA 2IEEA 5TPAA 3FIRA 4NF6B 3MZBA 4YKJA 1IITA 1O64A 4ELRA 3Q27A 1JEUA 5KCJB 2B3BA 4OFOA 4F3GA 4HTGA 5A5XA 4H65A 3TKDA 1FW0A 1R9LA 1RYOA 3LSLA 3PV0E 4P11A 2HEUA 5J1DA 4XKRA 1UQWA 1A55A 3M3FA 4I1DA 2RF1A 5H8HA 5TP9A 3SEUA 3CR9A 4KI0E 1FCKA 1JNFA 2DP8A 1JVYA 3O97A 1I6BA 3B6TA 1ZKBA 3CSBA 1POY1 3RT6B 5HBCA 1B3EA 3MWBA 3H6UA 1TT1A 4ZZEA 2I4CA 1GR2A 5I58A 5A5XB 3LSXA 3UK4A 4GL8A 3TZAA 2E1SA 3IO4A 4EXKA 3LR1A 1JW1A 4BDQA 2O6AA 3EHTA 5H8QA 4Q8RA 5CMKA 1B2HA 4IO3A 3MVYA 1Y4CA 1ZIUA 3E9XA 4RK9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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