4ND9A

The putative substrate binding domain of abc-type transporter from agrobacterium tumefaciens in open conformation
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
280
structure length
280
Chain Sequence
AQVVVSSKIDTEGGVLGNIILAVLNQNKIETTDRIQLGATPVVRKAITAGEIDIYPEYTGNAAFFFSKADDPLWKDAAKGYEEAKTLDYDANKIVWLAPSPANNTWAIALRKDVADKNNLKTLSDFGKYVAGGGTVVLAASSEFVNSAAALPAFQTTYGFTMKPDQLITLSGGDTAATIAAAANQTNNANAAMVYGTDGGIAPSGLVVLEDDKHVQPVYQPAPIIREEVLKKHPNIEELLKPVFEKLDLATLQDLNARVQVGGEQAKTVAMDFLTKNGFA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium fabrum
publication title The putative substrate binding domain of ABC-type transporter from Agrobacterium tumefaciens in open conformation
rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Proline/glycine/
total genus 96
structure length 280
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nd9A01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 4nd9A02
4GVOA 4H0WA 1FQEA 1MXXA 3IL1B 1UQWA 3TDJA 4DCYA 3O6GA 4DCXA 4F29A 1B0HA 3CIJA 3RUMA 1MY1A 2XXRA 1IXIA 2QS2A 4JSOA 3C35A 4IB2A 3H3GA 4JDFA 5B70A 1FTLA 5CI5A 1MG1A 5B7DA 4JB7A 2Y7KA 1EH3A 3VE1B 2PT2A 5H8FA 1SYIA 1B4ZA 5L9SA 3N94A 4OXVA 2V93A 4ELOA 2NXOA 2O7IA 5KCJA 4I62A 1A40A 4O3BA 3G3IA 2UYEA 3PMWA 3PU5A 4R9GA 3Q28A 3K6XA 4JWXA 1VFEA 1D9VA 1QJMA 4YKIA 2QRYA 3PPNA 3CI8A 4OVJA 3UP9A 2O68A 4QRZA 3U72A 1AH5A 3OELA 3MZ1A 4NWCA 2F78A 3PUZE 1Y1ZA 3IOWA 2B3BA 2OWSA 2ANJA 3E13X 1Y3NA 3SERA 1MXWA 5L9OA 1J1NA 1LSTA 4C1UA 3TQLA 5CM6A 3FZVA 2H25A 3S9MC 3K6UA 1PBQA 5TPAA 3FVKA 2Z8DA 3OMBA 3PD8A 2QMWA 3K00A 1M5FA 3W15C 2XXYA 2H5YA 2V3UA 2XXQA 1P1UA 4N07A 4POWA 4UA8A 2DOJA 3ILTB 2DQVA 2H9BA 3JV9A 4IO7A 2I49A 3PUVE 2OBGA 1B5JA 5JEIA 3VLUA 4R2BA 3G3FA 2CZLA 1WDNA 4P0IA 4TLMB 4HCWA 4Q5TA 4RPNA 3F11A 1EZOA 3MVZA 4NE4A 5DEXB 3KJTA 3MVXA 3U1OA 1Y3QA 5F1QA 2Y7RA 1IUDA 1OLAA 1Q1KA 1I6QA 1USYE 2O84X 2UVGA 3N6UA 2RCAA 3OENA 1N84A 1FTKA 1PC3A 3V5AA 2V84A 5DT6A 3EF7A 3S2VA 1ANFA 1BP5A 3DLNA 4G8MA 4DXBA 1FQFA 1LB8A 4N6PA 1SW1A 2XXVA 1MXVA 3BKIB 5EYFA 3TCFA 1UTHA 3KEIA 3FGSA 2QMXA 1JVYA 4P0GA 4FIMA 1YTVA 4E0XA 4YB5A 1QKBA 3PGFA 4RY1A 3UA8A 3EHTA 1UTBA 3FD3A 2OCUA 1PB8A 1H44A 5I59A 3CFXA 3T9HB 1PB9A 3TODA 4R75A 1TFDA 5L9MA 3WAFA 3RT6B 1VE4A 5AA4A 2ZNTA 1A8FA 3QSLA 1TWYA 1DMBA 1HSEA 1B40A 5JK4A 3PUWE 5AA2A 1SW5A 3IOTA 2I3WA 1S50A 3HCQA 3FVOA 3GZGA 3VVEA 3RT8A 3KFMA 1ZLQA 3IJOB 4PFTA 2NWJA 1VFDA 4YB6A 2PT1A 2V3TA 3K1NA 3S9NC 1CB6A 1EZPA 3OSRA 4RA1A 4NF8B 2PYYA 1B4HA 4LZ8A 1DPPA 3A09A 2ZMBA 3QK6A 4U4XA 2Q8JA 3IB1A 5H8FB 1A54A 5TU0A 2HEUA 4R74A 1LBCA 1Y1MA 2VD2A 2PMSA 4KFQA 1B7UA 1S9TA 1LCTA 1FCKA 2F6PA 2XD3A 3UK4A 3TCHA 1MXYA 2NUVA 2Z22A 3TCGA 3DP4A 1R9LA 4DE8A 1N7XA 2AYSA 4POXA 1MQGA 3LR1A 2Y7IA 3IO6A 3KBRA 1RYXA 3LSFB 5HPQA 3C31A 5ITPA 3VLWA 1I6BA 3QXMA 1GV8A 3ONMA 1NH8A 1ZIUA 2DSFA 4QFOA 4RK9A 5AA2D 4NF4A 5ITOA 1MS7A 1N7WA 4H8IA 4XKQA 4KYDA 4F3SA 3RTFB 2V3QA 3G3KA 4TOZA 4F1YA 1NH7A 2F7CA 4ECFA 1OQHA 1EZ9A 1Z7ME 3FJ7A 3BFUA 1O7TA 3MBPA 3PPOA 4O3CA 5CMBA 4QFKA 1PDAA 4C0RA 3OOAA 3VXBA 1Y4TA 1NKXA 1POY1 3TTKA 1LAFE 4R73A 4X9TA 3ZSFA 3HHFA 4F3PA 4IGRA 5AA3A 5KDTA 4OEUA 5A5XA 2ESNA 1XC1A 2QS3A 1BTJA 4QHQA 1LFIA 3OO8A 4FECA 1ZJLA 2F7BA 1B5IA 3CSGA 5TP9A 2I58A 4G68C 1I6AA 3SEUA 3ODBA 1NMUA 3SDFA 3PPRA 2REJA 4G2ZA 1AIVA 1N04A 2YJPA 3UIFA 4BDOA 3H6VA 4BDRA 4NF5B 3PPQA 5I2KA 4BDMA 1P1NA 3P7IA 1BLFA 2Q2AA 4O3AA 3RTWB 1B3GA 1FQBA 4R72A 4ZEKA 4ZECA 3CFZA 1UTBB 3EHSA 1B5HA 3G7WA 5I59B 3TTRA 3O29A 2GFEA 5H8HA 3R7XA 3IB0A 1QUJA 4G68A 1JQFA 1H76A 4XIGQ 1NNKA 1TFAA 4MBPA 2HFBA 4LUBA 2I48A 1B3LA 4YB7A 4MFIA 1A7LA 4KCDA 3KJ7A 1B7HA 2P0SA 4NF6B 1MH3A 3GLBA 4IO2A 2H99A 2RF1A 3TUSA 2HCAA 3LC8A 2VGQA 4GFRA 4GL8A 5AA1A 3Q29A 4IO4A 2P2AA 4HS7A 1SI1A 3OSQA 2AL4A 3OXNA 5I57B 1F9BA 4U1OA 3M3KA 2ZYOA 1B3HA 4EXKA 1S7YA 1USYH 2I0CA 3O28A 5H8QA 4THIA 3KSXA 4M1VA 3MVWA 1IXGA 1QUKA 2RKMA 4NWDA 2UXAA 1VR5A 1OVTA 4OQOA 3HSTA 3KG2A 5IAIA 3FXUA 2FYIA 1URDA 2A5TA 2G93A 4ZZAA 2DVZA 3S9EA 3MUQA 1ZBMA 3FIRA 1MPBA 3VDFA 2THIA 3FJGA 4HW8A 4Z7EA 4LVQA 3C33A 1HSJA 2BJJX 3MP1A 4P11A 4PFUA 4AB6A 1MH4A 2XXHA 2ONSA 1H45A 4BDNA 1JEVA 4DDDA 2REGA 1B3EA 2NVUB 1AOVA 2DXRA 2R71A 1MQJA 2IEEA 4NF4B 4OESA 3IOUA 3FXQA 3KN8A 5DVJA 4IGTA 5I2NA 3N5LA 1NNPA 3N26A 4EDPA 1LAGE 4ZEIA 2F36A 2GH9A 1UIUA 2RC8A 1O64A 3DM0A 2KLFA 1O63A 3LBSA 3PMXA 1IZ1A 4NEDA 5DVFA 3TYHA 1OMPA 2I0BA 4KYSA 2XXXA 4KD5A 4OENA 3V83A 2F35A 3IK6B 3TELA 3HPIA 2ZNSA 2ZYMA 1Z7NE 1R9QA 4ZEBA 1FQAA 4U23A 3PD9A 1N3XA 1MXZA 1YPNA 5H8NB 4F22A 4OEVA 2DE2A 3OO9A 4YMAA 1IXCA 1B7ZA 3S4UA 4PFYA 1R1NA 4ZE9A 1P99A 2X7PA 1JW4A 5JTYA 3K02A 2H4IA 2XXWA 4KPTA 1YAEA 1XVXA 5I58A 3G3JA 2X7QA 4RXLA 2DWHA 1L5TA 3UN6A 4G8NA 3KOSA 1CE2A 5CMMA 4KHZE 4L17A 1OVBA 5DTBA 4F3GA 5CMCA 3IB2A 4QSEA 2Q88A 3KN7A 3B6TA 3MP8A 5DVIA 3RPWA 2DP8A 1D3KA 1A8EA 3TEPA 2B65A 4G8HA 3M3FA 4EUOA 1ELJA 4TLLB 4X48A 3TPAA 1QUIA 2DYXA 3PMVA 4OWDA 2PX1A 2F34A 5ICQA 1NFTA 5F7VA 4ZS9A 4F19A 4F31B 3SEYA 3C32A 1B6HA 5FHOA 3E4RA 1MQIA 4LA9A 2OWTA 1BIYA 2HAUA 4X1BA 1SW4A 3RN8A 2XX7A 2QSXA 1MPDA 3MJNA 4Q0CA 2AIXA 4LZ7A 1FTOA 1FQDA 2XXUA 3M3LA 4E0WA 2XXIA 2F5XA 3PUYE 4IO6A 4DZ1A 3IOVA 3BBRA 3DP8A 4YMBA 3RNNA 3GBAA 1LCFA 2LAOA 2ONRA 5KCJB 4RJZA 4YKKA 4G4PA 3CSBA 2RCBA 4IO3A 1A55A 1ZMGA 4I9DA 4H65A 2XD2A 3PUXE 4U1ZA 3L6HA 3H6WA 4OFOA 1B2HA 3K2DA 1II5A 1URGA 1HSLA 3CFLA 1XOCA 3FXRA 3GBBA 2WKYA 1POTA 4PFWA 2DWIA 3OEMA 4EQBA 2QS1A 3USDA 1KWHA 4ELRA 4QF9A 2HAVA 3QYTA 2OJTA 4ISUA 5DYHA 1LB9A 5TPAB 1H43A 2VD3A 2ALUA 1M5EA 3IJXB 4QSCA 3B7DA 4U22A 3KGCA 2FNCA 3LUYA 3TTNA 2ZXTA 5IKBA 1Y4CA 2XX8A 2O1LA 1MY0A 3FUZA 3CG3A 4GIZA 4EXLA 2VP1A 4UACA 4Q30B 2Z23A 3SETA 3EHUA 4LP2B 4YZZA 3KOTA 1MPCA 4OERA 3ECRA 1ZKBA 4OETA 4FJPA 2GRVA 3RGYA 1DSNA 4R6YA 4JWOA 4EQ9A 4OZ9A 3V89B 1D4NA 3O6IA 3I6VA 3KN3A 1XVYA 1M5BA 1MY3A 5LOMA 1PEBA 2OZZA 3ZKLA 4JBZA 2YPNA 4WKMA 1SYHA 3U93A 3Q25A 4LQ5A 1GTKA 2E1SA 4K3FA 3MVYA 2DS9A 4N13A 3K1MA 4WEDA 1UTHB 3EPEA 3QUJA 3THIA 4PETA 3LSLA 3O97A 1ZU0A 1IIWA 2O1MA 5M2VA 3HHGA 1GVCA 3T9UA 3U94A 4RNSA 2Z8FA 1SI0A 5EHMA 4XTCQ 4PP0A 2QJEA 3TFLA 3B6WA 4I1DA 3GXAA 1Y3PA 2ABHA 4YU0A 4MLVA 3MZ9A 4IY5A 3C9HA 4GRKA 5AA4B 1MM6A 4AB5A 2UVJA 4F2OA 3QUFA 2Q2CA 2NOOA 1Y20A 1QW0A 3D4GA 1B1XA 5J1DA 5AA2B 3H03A 5ISUA 2X26A 3QIMA 3MQ9A 1VSOA 5CC2A 2VOZA 3Q26A 3T9VA 3A3UA 4YKPA 3TKDA 2O51A 3R6UA 4OFLA 4GXSB 2PVUA 3IAZA 3MWBA 2P1SA 5FHMA 4MH5A 4WEPA 3K0VA 4LONB 2R9JA 3RY3A 4LZ5A 2UYFA 1MY4A 1TXFA 4FE8A 2M8CA 4NF8A 1B0LA 1LFGA 4TQUQ 2R6GE 3TQWA 1IQ7A 1B32A 2I6EA 4XKPA 1Q35A 2ONKE 5BWJA 2HQ0A 4YICA 3C36A 2O69A 1ZTYA 2XXPA 3HO7A 4U2RA 3N6TA 2DWAA 4RPOA 1B52A 5CBSA 3W9WA 4GF8A 5I84A 2Y7WA 3FASA 1DTGA 3H6TA 4GD5A 4F1UA 4DIGA 4LATA 3G3HA 3SESA 3MPLA 4IY6A 1B58A 4GQOA 4EQ7A 3SEWA 1UIVA 1NNFA 1B05A 1MRPA 4OTEA 2RINA 4MF3A 3H06B 1N3WA 4GXAA 4R2FA 1MDP1 1JW5A 3ILUB 3HN0A 4ELPA 2GHBA 1JW1A 5FTHA 3K6VA 3K1PA 1QKAA 4OMBA 5KZTA 4NMYA 1LBBA 3D4CA 1SBPA 3PPPA 4MLQA 4M4GA 4BDQA 2XHDA 2FA7A 2QS4A 1TT1A 1FW0A 2HXWA 4NTLA 4U4SA 3H4ZA 2YLNA 3MPKA 4R6KA 4DXCA 1FTJA 4Q8RA 2CMOA 1MM7A 4OFJA 4ND9A 3O6HA 1IEJA 3IR1A 2DXYA 2V25A 4DXUA 5KDTB 2XX9A 4DLDA 4ESWA 3MZBA 5A5XB 3E3KA 3KSJA 5HM4B 2DVCA 3U92A 5I56A 3S9LC 4H5GA 1BKAA 5TP9B 3A3CA 3KZGA 2Y84A 2IA4A 3RQTA 1XT8A 2W7YA 5H8SA 2O6AA 1B51A 3WAEA 1RYOA 2OK2A 4FEBA 1GR2A 5I2KB 4LQ2A 2RC9A 3TAJA 4QFNA 3ZKKA 4KCCA 3JYRA 1IXHA 3CG1A 2A5SA 1QULA 1LLSA 4ZEFA 4KI0E 4NF5A 1FTMA 2F7AA 3VVFA 3O66A 4ESXA 2D21A 4U21A 3CVGA 2DE3A 4QFLA 5H8HB 4RK2A 4WXJA 3SKPA 4GLIA 4G68B 4JWYA 4F2QA 3FV2A 2ZYKA 3QAXA 1DOTA 5CBRA 1D9YA 1DTZA 1OLCA 3VFJA 3T96B 3IORA 3MP6A 4KQPA 4C1TA 2HZKA 4ZEDA 2ZNUA 2F8DA 1URSA 4H6DA 3O2AA 4HTGA 3C34A 3T9XB 3EQ1A 4XKNA 1LGBC 2OLBA 4RYAA 4F18A 3FVNA 3UGWA 3K6WA 3VV5A 4NF6A 1OIBA 4BLAA 3TTMA 2I4CA 3TMGA 1WODA 5H8QB 1YCJA 4KR5A 1JEUA 2B3FA 1RKMA 1OQGA 5K2YA 5I57A 2O7UA 4F3BA 4EF1A 1MQHA 3T66A 4JXIA 5HBCA 2I4BA 2RC7A 3FVGA 4X1DA 1LAHE 5ELVA 1XS5A 3BFTA 2DWJA 2A5TB 3O9PA 2HZLA 3EN3A 4KYEA 1GGGA 1N0TA 1US5A 3K01A 4ZE8A 3PV0E 2GHAA 3Q27A 3I3VA 3H7MA 1Y9UA 1T0KA 1AL3A 5K2XA 2H98A 3MC2A 5FTIA 2G29A 3CRBA 1NNTA 4ZZEA 1US4A 3H6UA 3VLVA 1ATGA 3G3GA 1JETA 1PBPA 3SEXA 1H3DA 4I8CA 1B9JA 2PBWA 1WVJA 3OD7A 5CRYA 1LFHA 5AE4A 1IITA 4R9FA 4FAJA 1M5DA 1JVXA 4EF2A 4ZDMA 3W9VA 4PQJA 3K4UA 5I2NB 2Q9TA 1EU8A 2QL3A 3OEKA 3R26A 2AL5A 1R6ZA 1XHYA 3V8XB 4OHNA 2D3IA 1N76A 2Z8EA 3I5OA 3DELB 4XKRA 1AMFA 1MDQA 1B1HA 3FV1A 4GWOA 2UVIA 3L6GA 4JSDA 5CMKA 3MAMA 3U8QA 4HCYA 3DP6A 3FJMA 3LSWA 5L8DA 4H67A 5BUUA 1JNFA 2Y7PA 1QVSA 4F39A 4YAHX 4AQ4A 2VHAA 4G77A 3OO7A 1MY2A 3MW0A 1SD3A 1SQYA 2I3VA 3AXFA 1I69A 4XXUA 1B3FA 3JZJA 1M5CA 5I56B 3T22A 4F1VA 3VXCA 3CR9A 4QSDA 5EHSA 3T93B 4Z0IA 5DEXA 5JTYB 3TZAA 5H8NA 3IX1A 1P1QA 5I58B 2XXTA 3M8UA 4OYVA 1DPEA 2UVHA 2ZYNA 3SEVA 4BDLA 2QPQA 2F6GA 3E9XA 1NL5A 4GL0A 2Q89A 1SVXB 4R6HA 4FATA 3LSXA 3IO4A 1MXUA 4ELQA 2D5WA 4IO5A 1LAXA 1P1WA 3ZS6A 3OO6A 4FEDA 3RLFE 4PE5B 4H5FA 3UORA 5ICTA 3VVDA 1SDXA 4YKJA 4GOTA 2E0SA 2F97A 1P1OA 1PB7A 1FQCA 3C4MA 3FATA 3B6QA 4H1XA 1SW2A 4H8JA 1MQDA 5FHNA 3TTLA 4QFPA 3HV1A 1A99A 2DE4A 4ONYA 1B46A 4FORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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