2PX1A

Crystal structure of the complex of bovine lactoferrin c-lobe with ribose at 2.5 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title crystal structure of the complex of bovine lactoferrin C-lobe with Ribose at 2.5 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2px1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2px1A02
3C34A 2B65A 4FEDA 1P1OA 2RC8A 4IO2A 3KN7A 1A8FA 5TP9B 3FGSA 5B7DA 1R9QA 5JTYA 3K6VA 3DP4A 2QSXA 2YLNA 4GQOA 5HM4B 1D9YA 5DVIA 1US5A 3CVGA 2F5XA 3LSLA 1XT8A 2REGA 2GHBA 4ZE9A 2Y7IA 2XHDA 4IGTA 1DPPA 2V3QA 1NH8A 1QVSA 4BDRA 2H5YA 3O97A 3O66A 2Z23A 1OVTA 4OERA 2OWTA 1ZU0A 1SW1A 2Y84A 3BKIB 1B2HA 3IO4A 3S9MC 1VE4A 2UYEA 4GLIA 3Q29A 2DE3A 1WVJA 3V8XB 5AE4A 3ILUB 3FATA 3FIRA 4KI0E 1EH3A 3EQ1A 2ONSA 2OWSA 3R7XA 4XKPA 4O3AA 1EZ9A 4IY5A 4NF6A 3PPPA 1UIVA 4GVOA 3MVWA 2QS1A 3K6UA 2YJPA 5I57A 1LAFE 4G8HA 2DWIA 2VD2A 3JZJA 3EHSA 3Q27A 4ELQA 1M5CA 2FYIA 1UTHA 2HZKA 4R2BA 4AB6A 4OTEA 3VVDA 1Y3NA 3VFJA 3IOWA 4F3BA 5I2NA 1LFIA 1FQEA 3U1OA 2R71A 4GWOA 3MAMA 2Y7WA 3O29A 3H7MA 2UYFA 2F8DA 1ZLQA 4ZEFA 3MZ9A 5I2KA 1USYE 3K4UA 1II5A 3AXFA 2H9BA 1QUKA 4BLAA 4PQJA 1SI0A 3KSJA 4F1VA 5KCJA 2V93A 2XXTA 3TTRA 4GL8A 3TPAA 1PBQA 5AA4A 1POTA 3MZ1A 2O7IA 2R6GE 3PUXE 4JWOA 4QSEA 3M3FA 2V25A 4PFWA 4YMAA 1MDP1 2VD3A 1M5BA 1DPEA 1M5EA 3TTNA 3S2VA 4DIGA 5H8QA 1PDAA 3BFTA 3HPIA 4UACA 4TQUQ 4ZS9A 4R72A 1YAEA 3Q28A 1ATGA 3T96B 2UVIA 3PUYE 4YZZA 4GD5A 3FXUA 2DS9A 2PX1A 4XXUA 3H6UA 2CZLA 1PB7A 2XXXA 2XXRA 2A5SA 2I6EA 3EN3A 1N0TA 2O1LA 2V84A 3RGYA 1ELJA 3H6WA 1IEJA 2QL3A 2OBGA 2QMXA 2ABHA 3FVOA 5I56A 4YB6A 4NF5A 5ICQA 3JV9A 3S9EA 1JEUA 3CG1A 3ILTB 4IY6A 1Z7NE 4KYDA 3LSWA 4ZECA 3M8UA 5DT6A 2QS2A 4F3PA 1P1QA 4H8JA 4EQ9A 4EUOA 1O64A 2OK2A 5B70A 4RPNA 3SERA 4FECA 3RQTA 2Q88A 3FVKA 1PC3A 1FQAA 3C36A 1N84A 4NWCA 1DMBA 4L17A 1Z7ME 1Q1KA 5K2YA 3IX1A 3CFXA 2Y7PA 1Y4TA 1BKAA 5CMMA 1CE2A 3Q25A 4ISUA 1P99A 4EQ7A 3RN8A 3TKDA 4DDDA 1AOVA 2P0SA 3UA8A 2B3BA 4R6KA 5H8SA 3P7IA 3OSQA 4G68B 3DLNA 3KBRA 4HCWA 2PT2A 3MP8A 5CRYA 4PFYA 2XX9A 3E13X 4LZ8A 3TELA 1B1XA 3SETA 1OLAA 2F7CA 4R6HA 3T93B 5L9MA 2ZNSA 3C31A 3VXCA 4OEVA 1SDXA 1SVXB 5JK4A 4IO7A 2ANJA 3GZGA 3FJ7A 5TU0A 1XOCA 3FUZA 2LAOA 1A8EA 3GBBA 4OESA 2ONKE 4DZ1A 2XXWA 4MFIA 1UQWA 1WDNA 2I3WA 2R9JA 1LLSA 1USYH 1FQCA 2B3FA 2PYYA 1FTOA 5KDTA 3HV1A 1SBPA 2DVCA 2WKYA 4P0GA 2ONRA 3MJNA 3THIA 3L6HA 1XVYA 5JTYB 1H3DA 1SW4A 4R9FA 1MPCA 3H06B 3SEXA 1B1HA 1SW2A 4O3CA 3E4RA 1QJMA 2ZNTA 2HEUA 3JYRA 1URGA 3SESA 3O2AA 2ALUA 1JVXA 1B9JA 3B6WA 2O6AA 2ESNA 3OO7A 4LONB 3VLWA 4RNSA 3G3KA 3N5LA 1MQJA 1SYHA 3G3GA 4R6YA 1P1NA 4ZZEA 1MG1A 4POWA 3OSRA 3C35A 3G3FA 3MC2A 4RY1A 3KZGA 3PMXA 2ZYOA 1R9LA 4WEDA 3FXRA 1N3WA 1A7LA 4Q30B 4I8CA 1IXCA 2DXYA 2FA7A 1LSTA 5M2VA 1I6QA 3KN8A 3K1MA 1R1NA 1FTMA 4KYEA 3W9VA 3LR1A 2DXRA 4RXLA 1D9VA 1JW5A 1P1UA 4RYAA 3V83A 3RPWA 4KCDA 3G3JA 3O28A 4LQ5A 4DXUA 5H8FA 1AMFA 4FIMA 1B40A 2G29A 1FTKA 4QFNA 5CC2A 3DM0A 1UTHB 4NWDA 3OOAA 4C0RA 2XD2A 3PMVA 3ZKLA 3FD3A 4JWXA 1B4ZA 3D4CA 3SEWA 3PPRA 2F36A 4ELRA 1LAXA 1FW0A 2QS3A 1O63A 3K1PA 4G77A 2O69A 5I2KB 3RNNA 1MQDA 1SW5A 3B6TA 1Q35A 1LCFA 2H4IA 4RA1A 4H5FA 4P11A 2VHAA 3IL1B 4DXCA 4YAHX 3K01A 5L9SA 4DXBA 1B58A 2GH9A 4QFLA 4OETA 3T9HB 4EQBA 2VP1A 3PD9A 3K00A 1Y9UA 3OD7A 4KFQA 2V3TA 3FVNA 4NF4B 3PUZE 1FCKA 1I6AA 1OQHA 1NNPA 1MY1A 2AYSA 4OXVA 5IKBA 1UTBA 1DTGA 3KGCA 4OHNA 1B4HA 4GL0A 3MQ9A 5CMBA 2NUVA 3GXAA 1B3FA 4H65A 1FTJA 3V89B 4IO4A 3C4MA 1QW0A 3EF7A 1M5FA 2VOZA 4R73A 1Y1ZA 2GRVA 3H6TA 3HO7A 1T0KA 4U1ZA 4F3SA 4LP2B 3O9PA 5I56B 4AQ4A 4NF5B 2QJEA 4ZE8A 2OCUA 1B46A 4ZEBA 4IB2A 3A3CA 1BIYA 4QHQA 4EDPA 1A99A 3LBSA 3F11A 5DTBA 1MRPA 1EZOA 4OENA 2Q8JA 2OZZA 3SEUA 4FAJA 4RK2A 1N7XA 3TODA 1OIBA 4NE4A 1NNFA 3TYHA 3MPKA 2H98A 1JEVA 2GHAA 3FJGA 5ISUA 3IOUA 4U2RA 3VVFA 2UVHA 4ELOA 3E9XA 2AIXA 1MY3A 4YKJA 4QSDA 1NL5A 1N3XA 4QFKA 1H44A 3UGWA 2DE2A 1MXXA 5TP9A 3S4UA 4RPOA 5AA2D 5AA2B 4GOTA 3TZAA 2Y7KA 5EHSA 3ECRA 3K2DA 1LBCA 4QFOA 1LGBC 1BP5A 4N13A 2NVUB 3WAFA 2VGQA 2F6GA 3CIJA 3QUJA 3M3LA 3TUSA 4GF8A 3CSBA 3O6HA 4KPTA 1HSLA 2F34A 2X7PA 2THIA 3R6UA 1US4A 2Q9TA 4F18A 3KOTA 3FXQA 3TTLA 4F3GA 2Q2CA 1B7UA 4NMYA 5K2XA 3N26A 1EU8A 1MPDA 4DLDA 4X1BA 3DP8A 3MP6A 5KDTB 1IQ7A 5L8DA 4H5GA 3U8QA 3U92A 4FJPA 4NTLA 1QUJA 5DEXB 1P1WA 2F7BA 5I59B 3CSGA 4I62A 4KQPA 4BDOA 1B05A 3A3UA 3GLBA 1Y4CA 2XXQA 3WAEA 2IA4A 5DYHA 1MM7A 3CI8A 4ESXA 3I3VA 3T9UA 1MPBA 3HN0A 5KZTA 1B6HA 2H99A 3H3GA 1FQFA 3UN6A 4FE8A 4HCYA 5ITPA 1MXVA 4X1DA 3UORA 1MXUA 2O68A 4EXKA 5FHMA 4QFPA 1NNKA 3KG2A 1Y3PA 3IR1A 4KR5A 1MQIA 5L9OA 3DP6A 1B3EA 1LFGA 4H0WA 3CRBA 3HCQA 5H8HB 5JEIA 1N76A 1H76A 4KD5A 5BUUA 3T9XB 1MS7A 3IOTA 3W15C 4ESWA 1R6ZA 2CMOA 4RJZA 3TMGA 4G4PA 3IB2A 2RCBA 3G3IA 4DCYA 5TPAB 3VLUA 3OO6A 4G68C 1POY1 4LZ7A 4H1XA 2IEEA 4TLMB 2KLFA 4Z0IA 2Q2AA 4Q5TA 4U23A 2Z22A 3EHUA 4NF8A 4PE5B 5H8FB 4WXJA 5CMKA 5LOMA 4GXSB 2HFBA 3ONMA 4HW8A 4H6DA 2HXWA 3M3KA 1IXHA 5HPQA 4TLLB 3PPNA 2D21A 1JETA 2F35A 3LSXA 3K6XA 2RKMA 3N6UA 3MPLA 3RT6B 3ZSFA 2UXAA 5BWJA 3VLVA 3T66A 1MDQA 3CR9A 3VVEA 5DVFA 4THIA 4WEPA 5AA1A 5CBRA 1FQDA 1JQFA 4M1VA 4QSCA 1ANFA 1H45A 3RLFE 2O51A 5F1QA 3KEIA 4XKQA 3VXBA 2RCAA 1URSA 1NNTA 1D4NA 4C1UA 3SDFA 3TQWA 1GV8A 3TFLA 3KJ7A 3O6IA 1QULA 2I58A 3EHTA 4DE8A 3UIFA 3FVGA 3K02A 1XHYA 4G8MA 4XKRA 1GTKA 4G8NA 1D3KA 2DSFA 4H8IA 3PUVE 4R75A 4POXA 4KCCA 3UK4A 1PBPA 3FZVA 2I48A 1NMUA 4F1YA 1IXIA 1IXGA 4PFUA 3K0VA 1OQGA 5CMCA 4YMBA 4MLVA 3LSFB 2Q89A 1MM6A 2XXIA 4JXIA 1N04A 3TAJA 4DCXA 3OELA 1LB8A 4EF1A 4NF6B 1F9BA 1PEBA 1L5TA 1DTZA 1GGGA 4G68A 4YKKA 3MVXA 1SQYA 5ELVA 1MY0A 5I57B 2GFEA 3OO9A 4F2OA 3TCHA 2E1SA 5I58A 3CG3A 3QSLA 4G2ZA 3I5OA 3RUMA 4FATA 3TDJA 3IB0A 3MBPA 1MY2A 4KHZE 3OO8A 5I2NB 2V3UA 1LB9A 1XC1A 3TCGA 3H03A 2A5TA 3QYTA 1TFAA 3C32A 3PPOA 3OEMA 2DQVA 3QAXA 4PETA 3SEVA 4OWDA 4F22A 2XXYA 2DVZA 1B5IA 4JWYA 1S9TA 1Y1MA 5H8NA 3OMBA 3Q26A 3TEPA 4MF3A 3G7WA 5KCJB 3DELB 1HSEA 4ECFA 3SKPA 3HHGA 4Q0CA 2E0SA 1Y3QA 2ZMBA 4ZZAA 4KYSA 5AA4B 4F1UA 4ZEDA 2I49A 4PP0A 2Z8EA 3ZS6A 2F6PA 3PV0E 3RTWB 4OFJA 4IGRA 4RK9A 2HQ0A 4U1OA 4E0WA 4OEUA 5EYFA 3CFLA 5CI5A 2DWJA 2O84X 4ZEIA 2XXVA 3OEKA 1XVXA 1O7TA 5H8QB 1GR2A 2O7UA 1SI1A 4BDMA 4I9DA 4E0XA 4JSDA 5HBCA 1S7YA 2QRYA 4BDLA 4WKMA 1VFEA 4Z7EA 2AL5A 2I0CA 3D4GA 2YPNA 5A5XA 1NH7A 1FTLA 4YB7A 2XD3A 1JW4A 4LATA 4GRKA 4H67A 3BBRA 1IZ1A 4OVJA 1RYOA 4R9GA 4GIZA 1MXZA 1WODA 1MH3A 2G93A 3USDA 4ELPA 4P0IA 3MZBA 3I6VA 4LUBA 2ZYKA 1LCTA 2I3VA 3TQLA 3PGFA 4O3BA 4JB7A 5IAIA 2F78A 2QMWA 2RF1A 3ZKKA 1ZIUA 5J1DA 3RY3A 3VE1B 4PFTA 3IK6B 2AL4A 4C1TA 4U21A 5AA3A 3C9HA 4JBZA 1HSJA 1RKMA 2RC9A 1OMPA 4GXAA 2D5WA 4F31B 3E3KA 1RYXA 1QKBA 3FJMA 4OFLA 3UP9A 3IO6A 2X7QA 3TTKA 1A40A 2NWJA 1FQBA 1B3GA 4LZ5A 1B52A 1VR5A 2PBWA 1VSOA 1I6BA 2I4CA 4FEBA 1S50A 3HHFA 3T22A 2XXUA 1NFTA 4NF8B 4HTGA 3IJXB 4MBPA 1YTVA 3PMWA 2QS4A 1BLFA 3B6QA 4R2FA 4LA9A 1N7WA 1QKAA 4NF4A 4F2QA 2XXPA 2OJTA 1PB9A 4IO5A 3IORA 3K1NA 1OVBA 4XKNA 1JVYA 3KJTA 2XXHA 3PPQA 2I4BA 1MQHA 4HS7A 1LAGE 1XS5A 3OENA 3H6VA 4IO6A 5DVJA 1B3LA 4XTCQ 2F97A 2DE4A 1B5JA 2ZXTA 4QRZA 1AH5A 3G3HA 3EPEA 2I0BA 1H43A 1IIWA 4FORA 2Y7RA 4IO3A 3R26A 2PVUA 4BDQA 3N94A 3FASA 3KSXA 1ZTYA 2REJA 2RINA 4YKIA 4U4SA 1PB8A 3MVYA 3A09A 4M4GA 3TTMA 1MH4A 1A54A 1J1NA 3LC8A 2H25A 2P1SA 4OFOA 2O1MA 3U72A 3PUWE 4F19A 3U94A 1LFHA 5ITOA 2DWHA 2F7AA 4OQOA 1JNFA 1MXWA 4ZDMA 4OZ9A 4OMBA 2QPQA 2M8CA 5FHOA 4UA8A 4QF9A 4JSOA 2XX7A 4I1DA 3QK6A 2OLBA 4X48A 5FTHA 3N6TA 4U4XA 4MLQA 4TOZA 1ZKBA 1TXFA 5CBSA 3RTFB 1MY4A 3KN3A 3IOVA 4YB5A 4EXLA 2HZLA 5F7VA 5I58B 5CM6A 3S9LC 2NXOA 2HAUA 1CB6A 5AA2A 4OYVA 4F29A 1SD3A 2BJJX 2UVGA 5FHNA 4LQ2A 1B51A 3LUYA 1B5HA 2A5TB 1MXYA 4Q8RA 1IUDA 3MP1A 5ICTA 1MQGA 3QIMA 2PMSA 3OXNA 2ZYMA 3PU5A 2D3IA 4N6PA 3PD8A 5I84A 5H8NB 3W9WA 3K6WA 2PT1A 1VFDA 3SEYA 1AL3A 2DWAA 3S9NC 1B7ZA 1YCJA 3KFMA 1Y20A 3MW0A 2HAVA 4BDNA 2RC7A 1IITA 4N07A 1TT1A 3C33A 2NOOA 1DOTA 2DYXA 3GBAA 4YKPA 2X26A 5DEXA 4ND9A 5I59A 3HSTA 2P2AA 3IAZA 4EF2A 3RT8A 1B0HA 4YU0A 1UTBB 3QXMA 1B0LA 2UVJA 1A55A 2W7YA 3L6GA 1JW1A 4GFRA 3MWBA 4MH5A 3VDFA 4F39A 3V5AA 4X9TA 4NEDA 1ZBMA 1GVCA 3IJOB 5H8HA 5A5XB 5EHMA 3TCFA 3KOSA 3ODBA 1ZJLA 1LBBA 2HCAA 1QUIA 1ZMGA 3T9VA 3H4ZA 3VV5A 1OLCA 2Z8DA 4JDFA 4ONYA 4YICA 4LVQA 3FV2A 1AIVA 5TPAA 3O6GA 1I69A 1B32A 2ZNUA 3U93A 1TFDA 4XIGQ 1DSNA 4R74A 3FV1A 1EZPA 1B3HA 3IB1A 3CFZA 1YPNA 2XX8A 2Z8FA 1KWHA 1URDA 3MUQA 2FNCA 3B7DA 4ZEKA 2ZYNA 1M5DA 2DP8A 4AB5A 3QUFA 3MVZA 1NKXA 1LAHE 4U22A 1SYIA 1B7HA 1UIUA 2DOJA 1BTJA 3BFUA 5FTIA 1TWYA 4K3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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