2PX1A

Crystal structure of the complex of bovine lactoferrin c-lobe with ribose at 2.5 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
b'YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title crystal structure of the complex of bovine lactoferrin C-lobe with Ribose at 2.5 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2px1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2px1A02
2F6PA 2QSXA 2V3QA 1IXIA 5H8NB 1B05A 4OMBA 1D9YA 4EQBA 3LSWA 4HCWA 4DXCA 1SD3A 1SI1A 3E9XA 1N84A 5JEIA 2UVGA 5H8HA 1MPCA 4R9FA 1JEVA 3U72A 3O9PA 4OERA 3U93A 4R73A 1MY1A 3PPQA 2LAOA 3PD8A 1GR2A 1N0TA 2QJEA 3ILTB 3MVZA 1MDQA 1JEUA 2A5TA 4MLVA 3KZGA 3AXFA 1GTKA 3FD3A 2Y7KA 2I3VA 1QKBA 3KOTA 2RF1A 1MQIA 3K0VA 4H0WA 5CMCA 3VXBA 4WXJA 4DXUA 2IEEA 2PMSA 2Y7IA 4MBPA 4GFRA 5L9SA 1NNKA 4RK9A 5CC2A 1I69A 3FGSA 4R6YA 2Q9TA 3H3GA 5HM4B 3TTNA 3RLFE 2HAUA 4YKJA 2X7PA 4DCXA 3O66A 4EUOA 4E0WA 5J1DA 1A7LA 2PT2A 2VD2A 2HZLA 4WKMA 1MQDA 3PPOA 1DPPA 3K6UA 1B4ZA 3K2DA 3SEUA 2XHDA 1PEBA 2ONKE 1LFHA 4G8HA 4JWOA 1FTJA 1LFGA 5AA3A 3LSLA 4MF3A 1B3FA 1B9JA 3KGCA 4KR5A 3G3KA 3A3UA 4YAHX 2ANJA 4NE4A 3MC2A 3TYHA 1VFEA 3O6GA 2QS2A 1IEJA 4RA1A 3IORA 4ZDMA 4N6PA 1LB9A 4R2FA 1NL5A 2DS9A 2ABHA 2Z22A 4N07A 3H4ZA 1AMFA 3N6UA 3EHTA 4EDPA 1TXFA 4NWCA 4NF4A 1JVXA 1GVCA 4C0RA 2DYXA 5F7VA 1QJMA 4NF6B 1VFDA 5CMMA 1O7TA 3K6VA 1JETA 1B2HA 2DE4A 5TPAA 2XXWA 4ZZAA 1MXYA 3FXQA 4YKKA 3IO4A 4ZEBA 1IZ1A 4JWYA 1A40A 4F2OA 5CBSA 2PYYA 4M4GA 4ND9A 4KPTA 1FQCA 2ZYMA 5HPQA 1B6HA 1MY4A 4DCYA 2H4IA 3DP6A 3T9UA 3UIFA 3O6IA 3TZAA 3MP1A 2OCUA 1MPDA 3TPAA 3TMGA 3IOWA 1Y3QA 3FJGA 3OXNA 3N6TA 4THIA 1BKAA 1FQBA 3FXUA 4IO5A 4ELOA 1TFDA 1MXXA 4EQ9A 2O68A 1H43A 1XS5A 1XC1A 1OLAA 3JZJA 3RNNA 1SQYA 4F29A 3ECRA 1M5BA 4IO4A 3L6GA 1DTGA 4LQ2A 2XX8A 3USDA 4LATA 5H8FB 1MQHA 4FIMA 2NUVA 3MZBA 3V8XB 1B3LA 3MQ9A 1PB7A 2G93A 4ELRA 1R6ZA 4GL0A 3G7WA 3L6HA 3MUQA 4GRKA 4KD5A 4DXBA 3OELA 2IA4A 4F1VA 2Q88A 4OFLA 5L8DA 2R6GE 5FHNA 5I84A 2O69A 2P1SA 1WDNA 1VSOA 3OEMA 1DTZA 5I59A 2ZNUA 5CBRA 4OQOA 3R26A 3KG2A 2REJA 3M3LA 2GHAA 4JXIA 2GH9A 5ICQA 3S9NC 5DEXA 1MY2A 1PC3A 1ZLQA 3O28A 1M5FA 2HEUA 4EXKA 1SYIA 2Y7WA 2THIA 2UYEA 2WKYA 4TLLB 2XXHA 2ZNTA 1LAFE 4U1OA 3G3JA 1Y3NA 4H8JA 4ZEIA 2I4CA 2F34A 5AA1A 4XXUA 5AA2D 3P7IA 1RYOA 1FQEA 3CSGA 4JBZA 5JTYB 1MG1A 5H8QB 1NMUA 3CRBA 3OO9A 2VOZA 4F2QA 4FECA 5DVFA 1Y1ZA 5I58B 4GD5A 4YICA 2F8DA 5I2KB 4DLDA 4TOZA 3TDJA 1LFIA 4NF5A 3EHUA 4GWOA 1Q35A 2DVCA 3PUZE 4IO2A 3D4CA 1P1QA 5H8SA 4XKQA 1MXUA 4ZECA 2REGA 2B3FA 4OENA 4BDOA 2O6AA 2VGQA 2VD3A 5I2NA 3PGFA 4NF8A 3SEYA 5F1QA 2XXPA 3OO8A 1ZKBA 3VLUA 2XX7A 2I3WA 4O3AA 5A5XB 3RN8A 1FQFA 1QUJA 1P1OA 4OFJA 5I56A 1DMBA 2HQ0A 1EZOA 1ZTYA 2UYFA 2E1SA 2I4BA 2F35A 4U1ZA 4RY1A 1D4NA 3QAXA 4GIZA 3RT6B 3CFLA 3Q28A 3SKPA 1LAXA 4GXSB 1DPEA 4RJZA 3LBSA 3VDFA 3O29A 1P99A 1DOTA 1EH3A 1I6AA 3KJTA 4ZEFA 3IOTA 1HSEA 1Y9UA 4WEDA 3WAFA 1IXHA 3LR1A 3VXCA 3RUMA 1ZJLA 4MH5A 1S9TA 5EHSA 1ELJA 3Q26A 3A09A 3T66A 3VVDA 2XXXA 3TCHA 3K01A 4UA8A 5TP9B 5B70A 3GXAA 1IXGA 4F39A 1ANFA 5ICTA 4QSDA 2F7BA 1GV8A 3TAJA 2QL3A 3TODA 2I0CA 4YMBA 1B7HA 1MDP1 4HW8A 4OETA 1NNPA 3MZ1A 4NTLA 3W9VA 4KYDA 3SEXA 3FVNA 4U2RA 1YAEA 1D9VA 4EQ7A 1DSNA 5DYHA 4KCDA 3UA8A 3PV0E 3UK4A 3T22A 2YJPA 3FUZA 1PBPA 3PPNA 1LAHE 1Z7NE 1IXCA 3KOSA 1QW0A 4YB5A 3C4MA 2ZMBA 4E0XA 1T0KA 1H44A 3K1MA 4LVQA 5CMBA 1LBBA 4N13A 1I6QA 5DT6A 4MFIA 3CI8A 3FXRA 4QRZA 3H03A 2DP8A 5FHOA 2OWSA 4Q0CA 1P1WA 2YLNA 4G68B 1FTLA 1R9QA 3MAMA 3ZS6A 3JYRA 1XHYA 2I58A 3QXMA 1YTVA 3DP8A 2ZYKA 1B46A 3TEPA 4AB5A 3RTWB 5AA4B 4PFUA 5KCJB 3K6WA 4DIGA 1FTKA 2RC8A 3HCQA 3I5OA 2XX9A 3V5AA 4G8NA 1UTBA 5CMKA 2XXRA 5AA2B 2Z23A 2UVJA 4O3CA 4KYSA 1URSA 1OQHA 2VP1A 4I8CA 4F3PA 5ELVA 1MRPA 3MVWA 2Z8DA 1IIWA 1MY3A 1HSLA 4TLMB 5K2YA 4JDFA 3KN8A 5KDTA 3UP9A 2XXUA 1WVJA 1NNTA 2V84A 1N3XA 2H99A 4BDMA 3VLVA 1AH5A 4U22A 3THIA 3KJ7A 1LCTA 2DVZA 1P1NA 4G68C 3OOAA 4OEUA 2I48A 3E13X 2DQVA 5EHMA 1B0HA 4JB7A 3Q27A 4OWDA 1PBQA 3SEWA 2PVUA 3FJMA 4FE8A 1B5IA 5BWJA 1USYH 5IAIA 2OBGA 1TWYA 1JVYA 3IL1B 1N76A 1EZPA 4ZEKA 4I1DA 1POTA 1B40A 3MVXA 4R6KA 3T9XB 3HV1A 5L9MA 2OLBA 2ZNSA 3C34A 3VE1B 3TTRA 4IY6A 2XXTA 3EPEA 4YKPA 1BIYA 2Y7RA 3MW0A 1MQJA 3QSLA 4KQPA 3HHFA 2I0BA 1JQFA 1CB6A 4QHQA 4PP0A 4K3FA 5H8HB 4H65A 2A5SA 1MQGA 3FZVA 3EN3A 1NH8A 2XXYA 4XKRA 4ZEDA 3TELA 1VE4A 3OMBA 1VR5A 3K1PA 5L9OA 2A5TB 3IOUA 3N94A 1I6BA 4HS7A 4F19A 3OO6A 2NWJA 2DWIA 2NXOA 1UTHA 4I62A 4YU0A 1NH7A 3W9WA 3PPRA 5I57A 1FQDA 2P0SA 2HZKA 3DM0A 4TQUQ 4BLAA 3KEIA 1MH3A 2RKMA 4GVOA 4R2BA 3TFLA 3M3FA 5IKBA 3B7DA 2BJJX 3KSXA 3PPPA 2QRYA 5FTHA 2ESNA 3H6VA 1MPBA 1O64A 4RK2A 3VVEA 4ZE9A 4R75A 2F7CA 4OESA 3CFZA 4H5FA 4Q5TA 1B52A 3O2AA 4RXLA 5M2VA 4QSCA 3QK6A 1ATGA 4PQJA 3IB2A 3GBBA 3SETA 3LC8A 4PFYA 2GFEA 2ZYOA 4F3GA 1H76A 3T9HB 3CVGA 1O63A 4LONB 2OK2A 5H8NA 2DXRA 3K6XA 1SVXB 1YPNA 2ZYNA 3KN7A 1AIVA 3W15C 4ELPA 2FA7A 4NMYA 3E3KA 4YB6A 4NF4B 2DXYA 2GRVA 4ECFA 1P1UA 2W7YA 2O7IA 1B1XA 2F5XA 2AL5A 1A55A 4FEDA 4F22A 1Y1MA 2V25A 2ALUA 3PD9A 1M5EA 5TPAB 3DP4A 1B0LA 2X7QA 4H6DA 4Z7EA 2OJTA 4F31B 2QS3A 4DZ1A 2RC9A 3C36A 1AOVA 3B6WA 3LUYA 3FVKA 3IOVA 4LP2B 1FTMA 1PDAA 2I6EA 3A3CA 4FAJA 3D4GA 3MPKA 4R9GA 4OEVA 2AYSA 1XOCA 1B3EA 2V3UA 4R6HA 1R1NA 2PBWA 1LCFA 2D3IA 2UVHA 5EYFA 3TCGA 2AIXA 2XXVA 1FQAA 1OIBA 2Y84A 2F78A 1OVBA 4Q8RA 4POXA 5K2XA 5KZTA 3RQTA 4U23A 3MBPA 4RPOA 4XKPA 4POWA 1B1HA 1JW5A 3RPWA 4IB2A 3Q29A 4F3SA 1Y3PA 2FYIA 2H5YA 4FEBA 2QPQA 2E0SA 4ELQA 3VLWA 3FVGA 4U4SA 2RCAA 3IJOB 4BDRA 2R71A 1N3WA 5CI5A 1D3KA 2HAVA 3HPIA 1B4HA 1NFTA 5JK4A 4QF9A 4AQ4A 4RYAA 1J1NA 4ZS9A 3TQLA 3ZKKA 3FV1A 3MJNA 3PU5A 2RINA 3KSJA 3H6TA 1L5TA 3HSTA 5HBCA 1Z7ME 4KCCA 1URGA 1JW1A 4NF6A 4P11A 4XKNA 1H45A 2UXAA 5I59B 3SDFA 3BFTA 3CIJA 3TTKA 2D21A 3F11A 4P0IA 2DOJA 4JSDA 5CM6A 4OHNA 2KLFA 3SERA 2XXIA 3PUYE 3MP6A 2R9JA 3MWBA 2XD2A 1PB8A 3IK6B 5DEXB 1HSJA 1SW1A 3IAZA 3IX1A 4BDQA 3O97A 3CR9A 1TT1A 3U8QA 1MXWA 3HHGA 3FASA 4MLQA 1XVYA 4EXLA 1LAGE 4H67A 2F36A 5ITPA 1QUIA 1NNFA 2X26A 3CSBA 3B6QA 1BTJA 3RGYA 4G2ZA 1RKMA 1US5A 1B7UA 3H6UA 4ONYA 5FTIA 3K02A 3C31A 4X9TA 1RYXA 2FNCA 3R7XA 1B58A 4KHZE 4ISUA 3ZSFA 1S50A 1OVTA 3ODBA 3MZ9A 5H8FA 3OENA 2ZXTA 3CG3A 3K1NA 3B6TA 2DSFA 2O1LA 4OXVA 3S2VA 4NF5B 2CMOA 4KYEA 4H1XA 3FVOA 3TUSA 3OSRA 4G8MA 3O6HA 4GF8A 3ZKLA 2XXQA 4GXAA 4O3BA 1URDA 3M8UA 1NKXA 3PUVE 3E4RA 4R74A 3G3FA 3BKIB 5I2NB 4OTEA 1M5DA 1M5CA 2Z8EA 3G3IA 4NF8B 4LQ5A 1BP5A 4LZ5A 1UQWA 3RT8A 4WEPA 4GQOA 4C1TA 3SESA 3TKDA 2Q2CA 5I56B 1H3DA 2V3TA 1MXZA 3IJXB 3JV9A 2Z8FA 1EZ9A 4IGTA 4QFKA 2O84X 4OZ9A 1POY1 3TQWA 1PB9A 4X1BA 1LSTA 1Q1KA 3Q25A 4LZ8A 2UVIA 3H6WA 2F97A 2Y7PA 3OEKA 1JNFA 4R72A 3PMXA 4RNSA 3UORA 1LB8A 3KBRA 3UN6A 3S9EA 1N7XA 4PFWA 1OLCA 4IY5A 1SBPA 4H8IA 3S4UA 1Y4CA 2B3BA 5FHMA 1A8EA 2HFBA 1OMPA 5TU0A 3LSXA 5JTYA 5H8QA 4Q30B 1MH4A 3U94A 1ZU0A 4P0GA 3K4UA 1B5HA 1XVXA 2GHBA 4DDDA 5I58A 1II5A 3MPLA 3IB0A 5I2KA 4GL8A 3LSFB 3CG1A 1CE2A 1MM7A 2P2AA 3QYTA 1ZMGA 1IQ7A 1FCKA 2ONSA 3T93B 3C35A 3ILUB 3IR1A 4EF2A 1B7ZA 3MP8A 4X48A 4AB6A 4I9DA 2OZZA 3S9LC 3QUFA 1XT8A 2D5WA 3PUXE 4YZZA 2PT1A 3I3VA 4IO6A 4IO7A 4PFTA 3FJ7A 1QUKA 2O1MA 4NEDA 2H25A 3VVFA 4QFNA 3PMWA 1SW4A 5DVIA 4ZE8A 5A5XA 3QIMA 1LLSA 4PE5B 3IO6A 4HTGA 3TCFA 4KI0E 4ESWA 1FW0A 4ESXA 2H9BA 4G4PA 4YMAA 3UGWA 5AE4A 1OQGA 2Q2AA 3HO7A 4PETA 4C1UA 1R9LA 5BUUA 1EU8A 4NWDA 1JW4A 4JWXA 3C9HA 4LUBA 3BBRA 2NVUB 2ONRA 4XIGQ 2M8CA 4KFQA 3C32A 3U92A 4ZZEA 1GGGA 1YCJA 1UTBB 3KN3A 1MY0A 4FORA 1LBCA 1F9BA 3IB1A 1MM6A 1UIUA 3CFXA 1LGBC 3RTFB 4M1VA 1FTOA 3GLBA 3I6VA 5ITOA 3GBAA 5TP9A 2F7AA 3EF7A 2YPNA 1S7YA 2QS1A 1KWHA 1SDXA 3U1OA 5KDTB 1QKAA 2QMWA 3N26A 1B32A 3H06B 3FATA 2DWAA 4G77A 3K00A 4UACA 3M3KA 3H7MA 4QFLA 3OD7A 4BDNA 3FIRA 1A8FA 1A54A 4YB7A 3EHSA 2G29A 3TTLA 4Z0IA 2F6GA 4GLIA 3DLNA 5B7DA 3QUJA 1B3HA 1ZIUA 4OYVA 4U4XA 1SW5A 1SI0A 1B3GA 1IITA 2Q89A 4DE8A 5CRYA 1MXVA 3GZGA 2O7UA 2O51A 4RPNA 1B5JA 1ZBMA 5DTBA 2DWHA 4F1YA 4FATA 4F18A 3ONMA 2H98A 2QS4A 2HCAA 4X1DA 1QULA 4G68A 1N7WA 3N5LA 4FJPA 4H5GA 5ISUA 1B51A 4OVJA 4JSOA 3G3GA 5AA4A 2AL4A 5KCJA 2DE2A 1QVSA 3EQ1A 4L17A 1A99A 3TTMA 2VHAA 4LA9A 4F3BA 1MS7A 1IUDA 2QMXA 1SYHA 2NOOA 2RCBA 2V93A 5DVJA 3S9MC 2OWTA 3MVYA 4OFOA 5AA2A 3OSQA 3PUWE 3V83A 3VFJA 3C33A 3T96B 4IO3A 4QSEA 2CZLA 3WAEA 1UTHB 1USYE 1Y20A 1US4A 5I57B 2RC7A 1BLFA 3VV5A 4LZ7A 3BFUA 4BDLA 2PX1A 4YKIA 4IGRA 3G3HA 3V89B 4F1UA 1AL3A 1TFAA 2DE3A 2I49A 5LOMA 3DELB 3R6UA 1UIVA 4QFPA 4HCYA 2HXWA 3SEVA 1Y4TA 3RY3A 3HN0A 2B65A 2XD3A 3KFMA 3T9VA 4GOTA 4U21A 1N04A 2Q8JA 4QFOA 3FV2A 1SW2A 3OO7A 3PMVA 2DWJA 4EF1A 1WODA 4XTCQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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