3MPLA

Crystal structure of bordetella pertussis bvgs vft2 domain (double mutant f375e/q461e)
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
235
structure length
233
Chain Sequence
HPAYSAREQQWMADHPVVKVAVLNLFAPFTLFREQFGGISAAVLQLLQLRTGLDFEIIGVDTVEELIAKLRSGEADMAGALEVNSARESFLSFSRPYVRNGMVIVTRQDPDAPVDADHLDGRTVALVRNSAAIPLLQRRYPQAKVVTADNPSEAMLMVANGQADAVVETQISASYYVNRYFAGKLRIASALDLPPAEIALATTRGQTELMSILNKALYSISNDELASIISRWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Virulence sensor protein bvgS
publication title Periplasmic domain of the sensor-kinase BvgS reveals a new paradigm for the Venus flytrap mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Bordetella pertussis
molecule tags Signaling protein
total genus 70
structure length 233
sequence length 235
ec nomenclature ec 2.7.13.3: Histidine kinase.
pdb deposition date 2010-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mplA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mplA02
1MXVA 5CMCA 3FJ7A 2Q2AA 1LSTA 1P1WA 2ONRA 1LAXA 2DE2A 1LB9A 4F2QA 2FYIA 4Q30B 1SQYA 3T9UA 1POY1 4F39A 2I6EA 1OIBA 4G68A 3PPNA 4H8IA 1RYXA 3S2VA 2XX8A 3QUFA 2H99A 4U4SA 3OEKA 3PPQA 1JW1A 4R6YA 5M2VA 3E13X 1M5BA 5HM4B 2UVGA 3KN3A 3TCGA 3G3HA 4EUOA 1NKXA 5DTBA 4YKIA 2QS1A 2OZZA 4LA9A 1POTA 1M5FA 3IO6A 3VLVA 1DSNA 4ONYA 3GZGA 4XIGQ 1FQFA 3L6HA 2NOOA 4JWOA 5ELVA 4P0GA 4H5GA 4QFOA 1UIUA 3OSRA 5DYHA 3VLWA 4ZZEA 2ZYKA 1SYHA 2F7CA 1ANFA 1ZU0A 3CG1A 1LB8A 1JEUA 2HEUA 5H8HB 4LZ5A 4OETA 3MPKA 1XVYA 2Q9TA 4JDFA 4EXKA 4IO4A 1B40A 1USYE 5HBCA 5H8NA 3GLBA 3JYRA 4XKPA 3UA8A 3FVKA 4KR5A 3M3KA 4EF1A 3GBBA 3C31A 2AIXA 2ZNTA 1D3KA 5LOMA 4R6HA 2PVUA 3O6HA 3OO8A 3K1NA 5DEXA 4OEUA 4XKRA 3CFLA 3O28A 5BWJA 3T9HB 3ODBA 3S9MC 4R74A 2DWJA 3QAXA 4QF9A 2X7PA 2RC7A 3GXAA 3MZBA 3UIFA 4RPOA 2F36A 3VVFA 4GWOA 5EHSA 1BTJA 1TFAA 5I57A 3KG2A 1FCKA 1MS7A 4HTGA 4DXBA 2XXXA 1O64A 3ILUB 5CC2A 4OYVA 3N5LA 3F11A 1QUIA 1AOVA 4LUBA 2Q8JA 2XXIA 4RNSA 1R9LA 1B7ZA 4DZ1A 1IIWA 3TFLA 2GHBA 1MY2A 3C35A 2O7UA 4M1VA 3IB0A 3VVDA 3SEXA 4EF2A 4XXUA 3V8XB 1JVXA 1P1NA 3OEMA 1B3LA 4TQUQ 3WAFA 3IOWA 4R9FA 2AL4A 3KN7A 3V83A 3H6VA 3LSFB 1NMUA 5DT6A 1FTJA 1YCJA 3MP6A 4NWDA 2HAVA 1SI1A 2GHAA 2QPQA 1SVXB 3PMXA 3K00A 1MQGA 4ZEKA 3TTMA 3RT8A 3I6VA 2VP1A 1OVBA 3VXCA 4RYAA 1MXYA 2V3UA 5I58A 3LSWA 4ZE9A 1UTHA 3OMBA 1B3FA 2OJTA 4ECFA 3CIJA 3IO4A 5CRYA 1L5TA 3SESA 1Y3QA 4P0IA 4BDQA 3QSLA 3KSJA 3LBSA 3K4UA 3MVWA 1FQCA 3C34A 1N84A 3TCFA 2XXTA 1EU8A 3G3JA 1P1QA 4U2RA 1LBCA 1DPEA 4AB5A 1URDA 3T9VA 3KOTA 1N04A 1QULA 1S9TA 2BJJX 1JVYA 5ISUA 3CVGA 3SEWA 3QUJA 2HZLA 2DXRA 3RQTA 2ZXTA 3EHTA 3G3KA 4ZZAA 2XXWA 3MVYA 3S9EA 4LZ8A 1MPBA 3KEIA 2LAOA 3FATA 3FUZA 2X7QA 2DE4A 3FXQA 3LSXA 1PEBA 4GXSB 1AIVA 5BUUA 1A99A 1B6HA 3M3FA 3CRBA 1J1NA 3BFTA 5H8QA 2ZYOA 4IO6A 1B05A 2A5SA 3TTNA 4ELPA 1MY0A 1RKMA 1MQIA 4GL8A 2YPNA 1SD3A 4MFIA 4C1UA 4PE5B 1N3XA 3S9LC 4C0RA 2OCUA 1URGA 1MY3A 3MVXA 4E0XA 1SDXA 2H98A 2H5YA 4H5FA 2UYFA 5JTYB 5IAIA 1IQ7A 2R71A 4PFTA 1CB6A 3H6WA 4ELQA 5DVFA 3C9HA 1Y20A 4G68C 5AA1A 3IL1B 4FATA 3DLNA 4OZ9A 2XX9A 3FD3A 1A8EA 3BKIB 3OD7A 4DIGA 2QRYA 2O1MA 4X1DA 1ZIUA 3VLUA 3FASA 4TLMB 4ZDMA 4QRZA 4KHZE 2PX1A 4BDOA 2F6PA 3IORA 2E0SA 4KCDA 1SBPA 3HHFA 3U1OA 4XKQA 2XD3A 3U94A 1OVTA 2OLBA 1QUKA 4U23A 2DQVA 1FW0A 4NF8A 5H8SA 4H0WA 1CE2A 4JWXA 1H45A 1P99A 5AA2B 3OENA 2F34A 1XC1A 3VDFA 1ZJLA 1MQJA 1XT8A 3MWBA 1AL3A 4F29A 3ONMA 4NMYA 3W15C 4JB7A 4IGTA 4GOTA 4FE8A 4ZEFA 1I6AA 1SW5A 1H44A 1H43A 3IB1A 1MG1A 4MBPA 4POWA 3WAEA 1SYIA 4EQBA 1Y4TA 4EQ7A 4YKKA 2DYXA 3Q28A 5FHOA 4R2BA 1P1OA 2Z8EA 2R6GE 3O97A 5IKBA 2ONKE 1IXGA 4NEDA 1M5CA 4GFRA 3I5OA 3TZAA 2I4BA 3VV5A 2RKMA 3V89B 3Q25A 1II5A 2XXQA 5I59B 3S9NC 5JK4A 4R9GA 5CMMA 2I3WA 5ICTA 3RTFB 3SEYA 2DWAA 1MXXA 1B51A 1JW4A 1D9YA 4FEBA 1JNFA 3SEUA 3CFZA 1HSEA 4H6DA 3PUWE 3K6XA 3N6TA 4FORA 1LFIA 4BDNA 3MZ9A 4F3PA 5KDTB 5EYFA 1FTLA 1OLCA 1Y3NA 1VFDA 2UVIA 3TTKA 3G7WA 1Y3PA 3U92A 5AA4B 4OVJA 4G77A 2NUVA 4IO3A 2REGA 1YAEA 2X26A 2XXPA 3MP1A 4DE8A 1A7LA 1B46A 3TEPA 1Q35A 3N26A 4BDRA 3TQLA 1Y1MA 3HO7A 4F18A 4RK2A 3O2AA 4LONB 4QFKA 5H8HA 2DS9A 2Z22A 1UTBB 1B9JA 4E0WA 4UACA 3C36A 4XTCQ 1MQDA 3QK6A 4I9DA 1NNPA 4LZ7A 3RTWB 1QVSA 5CM6A 1MH3A 4RXLA 5FTHA 4GRKA 4NF4B 1IEJA 5F7VA 2HXWA 3TODA 2H25A 2QJEA 1MH4A 2DWIA 1FQEA 2ZMBA 1JW5A 3KZGA 4NTLA 4O3AA 1B5HA 4JXIA 2DSFA 3FGSA 3OXNA 5J1DA 3MVZA 1BKAA 3K02A 1ZTYA 1LCFA 2PT1A 2PT2A 2F8DA 3TCHA 2QS4A 4LQ2A 2QSXA 2F7AA 4YMAA 3HHGA 4X9TA 4ZEBA 1JEVA 2ZNUA 5I56B 3IK6B 3R7XA 3H7MA 4PP0A 4I62A 3FIRA 4RA1A 4R75A 3CG3A 2XXHA 5KCJB 4FJPA 2D21A 3MZ1A 4NWCA 1GR2A 1M5EA 1B5JA 1B58A 2HQ0A 2VD3A 4LP2B 1VSOA 3UP9A 3EHSA 3QXMA 5L9OA 3MQ9A 1GV8A 4EDPA 4PFYA 4KFQA 4LVQA 2ANJA 3D4GA 1IXIA 4THIA 2Z8DA 1GTKA 2W7YA 2VHAA 2HAUA 2XXUA 3PUXE 2FA7A 4HCWA 1US5A 2RCAA 4LATA 1MPDA 5AE4A 1T0KA 4BDMA 3UORA 1IXHA 2O84X 5FHMA 2ABHA 3R26A 4RJZA 2VD2A 5CBSA 3GBAA 1PDAA 1SI0A 5DVJA 2DVZA 4ELOA 4IO5A 4GXAA 2I0CA 2XXRA 2P2AA 1MXUA 1XS5A 2AL5A 1OQHA 3EPEA 2QS2A 1OQGA 1LBBA 3L6GA 1IXCA 2O69A 2ZNSA 4POXA 3D4CA 2NXOA 3A09A 3FV2A 3PU5A 2HCAA 2FNCA 3B6QA 3W9WA 2O6AA 4YAHX 4U21A 3TQWA 3RUMA 4G8HA 3K2DA 1PBQA 1Y1ZA 5I84A 3K1MA 3FV1A 2AYSA 4ZEDA 2G93A 4BDLA 1A55A 3CR9A 3LC8A 2ONSA 3TTRA 1TXFA 1B7HA 3PUYE 4IB2A 2PBWA 3IAZA 4DXUA 1XHYA 4QSCA 4FECA 4F2OA 2F97A 1I6BA 2GH9A 2PMSA 3B7DA 3VVEA 4EQ9A 3FVGA 4MLVA 3IOVA 4R2FA 3EF7A 2Q89A 5ICQA 4KQPA 4O3BA 4R6KA 2I48A 3H6TA 3FXUA 2I0BA 3KSXA 5I2KB 1PB8A 1GVCA 3UN6A 4I8CA 3TTLA 4U22A 1M5DA 3OSQA 2Y7WA 3MUQA 4R72A 3KOSA 1BP5A 1US4A 4WXJA 4NE4A 4F22A 4Q0CA 1N0TA 5JTYA 3K1PA 2E1SA 5A5XB 1YTVA 2D5WA 2VGQA 4G4PA 4NF6B 1QUJA 3CSGA 1FTMA 3DP8A 4K3FA 5ITPA 4JSDA 2B3BA 4GD5A 5AA3A 2I49A 4F3GA 1Z7NE 3A3CA 2OWTA 4JWYA 1LGBC 4YKPA 3SETA 2RF1A 1UIVA 1ATGA 3A3UA 1FTOA 3TDJA 4P11A 2UYEA 3H4ZA 3HSTA 2Z8FA 3AXFA 4WKMA 1SW1A 3OO9A 1O63A 3S4UA 1IUDA 3H06B 2Y7RA 1LAGE 2OBGA 1WDNA 3MW0A 3PUZE 5I2NB 1VFEA 5TP9B 5AA2A 3DM0A 2XD2A 3E9XA 3SEVA 3UGWA 1B3GA 1MDP1 5CMKA 1ZKBA 2P1SA 1IZ1A 1MRPA 3IB2A 4UA8A 4DLDA 3RY3A 4X48A 2QL3A 4DCYA 4ZEIA 3PPOA 1HSLA 3EN3A 4GL0A 5L9SA 5FHNA 3THIA 1MXZA 4OESA 1PB9A 2DVCA 4OFLA 3KBRA 3LUYA 1IITA 1LCTA 4NF5B 2O68A 4PETA 1MQHA 3H3GA 1QJMA 1Y4CA 3PMWA 2DWHA 1MDQA 1R9QA 1S50A 1B3HA 4H67A 1B52A 1EZOA 2F35A 3BFUA 3TKDA 1O7TA 3DELB 1HSJA 4OENA 3KN8A 1NNKA 1Y9UA 5I59A 2R9JA 2B65A 3E3KA 5FTIA 3RNNA 1QKBA 1AMFA 3IX1A 4G2ZA 3RLFE 2V25A 3QIMA 4F19A 2I3VA 2Y7IA 5TPAB 3C33A 3TUSA 1DOTA 5TU0A 1DTZA 5B70A 1FTKA 2HZKA 4PFWA 4N6PA 2Z23A 2RC9A 3H03A 5KDTA 1MXWA 4PFUA 4ESXA 2VOZA 1NH8A 4X1BA 3OELA 4YB5A 1TWYA 4OXVA 5H8FB 2NWJA 3FJGA 5AA4A 1VE4A 3E4RA 1B2HA 2DXYA 4JSOA 3HCQA 3C32A 1EZ9A 3N6UA 1MM6A 1LFHA 3ZKLA 2A5TB 4FIMA 4H8JA 1BIYA 2REJA 3IJXB 1UTBA 4OTEA 3O66A 2F78A 4H1XA 4O3CA 1B7UA 1B4ZA 4GQOA 1EZPA 2KLFA 4KYDA 4RPNA 1DTGA 4YB7A 3Q26A 4G68B 4NF4A 2IA4A 3RT6B 4DDDA 1MM7A 2XX7A 3B6TA 3O29A 1A40A 2Q2CA 4XKNA 2Y7KA 2CZLA 3FZVA 4H65A 3ZKKA 3DP6A 3HPIA 4BLAA 3MBPA 3ZSFA 4U4XA 1DPPA 1B1HA 1R6ZA 3IOTA 3TAJA 1N7XA 1D4NA 2GFEA 4YMBA 5I56A 4IY5A 2QS3A 1B3EA 4WEPA 4KPTA 1XOCA 4TLLB 4WEDA 3LR1A 3PPPA 5K2XA 5KCJA 2UXAA 3IOUA 2RINA 4Q5TA 2ZYNA 5H8NB 1R1NA 4Z7EA 3VXBA 2B3FA 3ECRA 3G3FA 5JEIA 3TELA 1XVXA 4IO7A 4GIZA 1I6QA 3KGCA 3VE1B 5DEXB 1NFTA 3FJMA 3IR1A 1WVJA 3RN8A 4OEVA 4QFLA 1P1UA 1LAHE 4QSDA 4OQOA 1B5IA 2QMWA 2F7BA 4N13A 5L9MA 3FVOA 1H76A 3PMVA 3U8QA 1LAFE 5KZTA 1NNFA 3SKPA 3KFMA 4YICA 4GVOA 4ZE8A 2XXYA 2QMXA 4G8NA 5F1QA 1ZMGA 3TYHA 5I57B 4F31B 4AQ4A 3O9PA 3EQ1A 4KYEA 2IEEA 2F5XA 3TMGA 3CFXA 1FQBA 1PC3A 1SW2A 2HFBA 3UK4A 3M3LA 3PGFA 3O6IA 1NL5A 4RK9A 1A54A 1FQDA 3MC2A 3W9VA 4ISUA 4KD5A 3C4MA 2P0SA 3MAMA 3K6UA 1RYOA 3B6WA 2V84A 3LSLA 3HN0A 4EXLA 1B32A 3T66A 3R6UA 1BLFA 1UQWA 5L8DA 3T9XB 2THIA 1Q1KA 2O7IA 1PB7A 5DVIA 1B1XA 3OOAA 4ZS9A 5CBRA 4TOZA 2I4CA 3Q29A 1A8FA 4IY6A 2OK2A 3PD8A 3PV0E 4PQJA 3Q27A 4DCXA 3SERA 4MLQA 3VFJA 4QSEA 2RCBA 1H3DA 4U1OA 2Q88A 1I69A 3T93B 4GF8A 1TT1A 5B7DA 5I58B 1KWHA 2ESNA 1UTHB 1JQFA 4R73A 3MJNA 1USYH 2PYYA 5I2KA 1N76A 4HS7A 3G3GA 1ZLQA 2DOJA 1NH7A 1MY4A 4LQ5A 2H9BA 4F3BA 3JZJA 3U93A 4HCYA 3TPAA 4YB6A 5AA2D 4GLIA 3JV9A 3MP8A 5K2YA 3RGYA 3KJ7A 4HW8A 2WKYA 4L17A 4M4GA 1EH3A 4Q8RA 5A5XA 1GGGA 4NF6A 3U72A 4MF3A 2NVUB 1OLAA 3HV1A 1PBPA 3IJOB 2O1LA 2YJPA 4KYSA 4OMBA 4ELRA 3V5AA 4KCCA 1ELJA 4RY1A 1JETA 4IO2A 1B4HA 5EHMA 4OWDA 4JBZA 3SDFA 5CI5A 4F1YA 1YPNA 3KJTA 3O6GA 4OERA 3FVNA 4QFNA 4U1ZA 3BBRA 4YKJA 2V93A 3M8UA 5H8QB 3ZS6A 1ZBMA 3G3IA 2UVHA 3FXRA 4Z0IA 2YLNA 3RPWA 2XHDA 5I2NA 1D9VA 5CMBA 5TP9A 4F3SA 1LLSA 1LFGA 4QFPA 2ZYMA 2DE3A 4G8MA 2RC8A 2XXVA 3USDA 2G29A 4YZZA 3ILTB 3PD9A 4I1DA 4FEDA 1B0LA 4DXCA 1QKAA 2H4IA 1WODA 3P7IA 4OHNA 4YU0A 1B0HA 3CSBA 3MPLA 1TFDA 3K0VA 2OWSA 2GRVA 3N94A 4FAJA 1DMBA 4NF5A 3K6WA 2Y7PA 1N7WA 3OO6A 2DP8A 3T96B 2UVJA 2M8CA 1AH5A 2F6GA 4ND9A 4F1VA 4F1UA 4NF8B 1QW0A 4ESWA 2I58A 1SW4A 1N3WA 5TPAA 4QHQA 3H6UA 4AB6A 1URSA 3PPRA 4KI0E 4OFJA 3EHUA 4C1TA 1S7YA 1OMPA 2D3IA 3T22A 1Z7ME 3I3VA 4N07A 5HPQA 4MH5A 2V3TA 1NNTA 5H8FA 3CI8A 3PUVE 1F9BA 1MPCA 2CMOA 3K01A 1FQAA 1VR5A 4IGRA 2V3QA 3OO7A 2ALUA 3QYTA 1MY1A 5ITOA 3DP4A 3K6VA 4OFOA 2Y84A 2O51A 2A5TA 4ZECA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1TFAA 5I57A 3KG2A 1FCKA 4FBPA 1RDXA 1MS7A 4HTGA 4DXBA 2XXXA 1O64A 3ILUB 5CC2A 1YYZA 4OYVA 3N5LA 1RDZA 3F11A 1QUIA 1AOVA 4LUBA 2Q8JA 2XXIA 4RNSA 1R9LA 1B7ZA 4DZ1A 1IIWA 3TFLA 3FXBA 3KC1A 2GHBA 1MY2A 3C35A 2O7UA 4OVTA 4M1VA 3IB0A 3VVDA 3SEXA 4EF2A 4XXUA 3V8XB 1JVXA 4O7MA 1P1NA 3OEMA 1B3LA 4NX1A 4TQUQ 3WAFA 3IOWA 4R9FA 2AL4A 3KN7A 3V83A 3H6VA 3LSFB 1NMUA 5DT6A 1FTJA 1YCJA 3MP6A 4NWDA 2HAVA 1SI1A 2GHAA 2QPQA 1SVXB 3PMXA 3K00A 1MQGA 1D9QA 4ZEKA 3TTMA 3RT8A 3I6VA 2VP1A 1OVBA 4GBWA 4N81A 3VXCA 4RYAA 1MXYA 2V3UA 5I58A 3LSWA 4ZE9A 1UTHA 3OMBA 1B3FA 2OJTA 4ECFA 3CIJA 3IO4A 5CRYA 1L5TA 4PFRA 3SESA 3IFCA 1Y3QA 4P0IA 4BDQA 3QSLA 3KSJA 3LBSA 3K4UA 3MVWA 1FQCA 3C34A 1FJ9A 1N84A 4OVRA 3TCFA 2XXTA 1EU8A 3G3JA 1P1QA 3PTYA 4U2RA 1LBCA 5LDZA 1DPEA 4AB5A 1LBVA 1URDA 3T9VA 3KOTA 4PTKA 1N04A 1QULA 1S9TA 2BJJX 3RPLA 1JVYA 5ISUA 2FBPA 2F3DA 1INPA 3CVGA 3SEWA 3QUJA 2HZLA 2DXRA 3RQTA 2ZXTA 3EHTA 3G3KA 4ZZAA 4XEQA 2XXWA 3MVYA 3S9EA 4LZ8A 1MPBA 3KEIA 1EYIA 2LAOA 3FATA 3FUZA 2X7QA 2DE4A 3LUZA 3FXQA 3LSXA 3SZPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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