2I49A

Crystal structure of apo form of bicarbonate transport protein cmpa from synechocystis sp. pcc 6803
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
398
structure length
398
Chain Sequence
MPETANIKLGYIPIVEAAPLIIAQEKGFFAKYGMTGVEVSKQANWASARDNVTIGSQGGGIDGGQWQMPMPHLITEGIITNGNKVPMYVLAQLITQGNGIAVAPMHEGKGVNLDITKAADYIKGFNKTNGRKFKAAHTFPNVNQDFWIRYWFAAGGVDPDTDIDLLAVPPAETVQGMRNGTMDAFSTGDPWPYRIVTENIGYMAGLTAQIWPYHPEEYLAIRADWVDKNPKATKALLKGIMEAQQWIDDPKNRPEVVQIVSGRNYFNVPTTILESPFKGQYTMGDGQPAIDDFQKGPLYWKDGIGNVSYPYKSHDLWFLTESIRWGFHKNAIPDLDTAQKIIDKVNREDLWREAATEAGFTADIPSSTSRGVETFFDGITFDPANPSAYLQSLAIKKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Synechocystis sp.
publication title The Structure of a Cyanobacterial Bicarbonate Transport Protein, CmpA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bicarbonate transporter
total genus 140
structure length 398
sequence length 398
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13379 NMT1_2 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i49A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i49A01
5JEIA 1FTOA 2XX9A 5AA2D 5F1QA 3LR1A 2P2AA 1EH3A 4NF5B 4LVQA 2O69A 1B7ZA 4C0RA 3MZ1A 5H8HA 3O6HA 4E0XA 2DP8A 2VD2A 2VD3A 4OFLA 4OZ9A 3SEVA 4H1XA 5EHSA 1XS5A 4OXVA 2V3UA 4G4PA 2X7QA 3PPPA 4XIGQ 4LONB 2Y7IA 2PX1A 2XXPA 2Z23A 2ZNTA 2O7UA 3ONMA 4QFKA 3I6VA 4KHZE 1Y9UA 3WAFA 1A8FA 3EHSA 4R2FA 1FTMA 1PEBA 3G3KA 4NF6B 2OK2A 4R73A 3FVNA 2I58A 4KYEA 2DXYA 3HN0A 1LCTA 1O7TA 3K00A 3H06B 3OO6A 3B6WA 3H6UA 1YCJA 5I2NB 2F6GA 2ZYNA 2KLFA 4PETA 4IY6A 3G3HA 4OVJA 5DEXA 2UVIA 1SI0A 1I69A 4JSOA 3R6UA 1PBPA 4HW8A 4ZZAA 1P99A 4U21A 1UTHA 3O66A 3IOWA 1EZPA 1OVBA 1PB7A 3IOUA 1MH3A 3KZGA 5M2VA 1EU8A 1PB9A 3OO8A 3FV1A 5CRYA 5TU0A 1AOVA 1JEUA 4U1ZA 1MG1A 2DQVA 4MBPA 3T96B 3K6XA 4WXJA 3B7DA 4OYVA 5I59B 4RK2A 2RKMA 4OMBA 3OO7A 1A99A 5H8QB 1HSLA 1QVSA 3O29A 1MXUA 3E4RA 1ZIUA 2LAOA 4N6PA 2NVUB 1B3FA 4EXKA 3W9VA 3MAMA 1B2HA 3B6TA 4GWOA 4YZZA 2I4CA 2HXWA 1GVCA 1IQ7A 2QPQA 1IIWA 3S9EA 4IO6A 3PD8A 4X48A 3IOTA 1DOTA 1H76A 1LAHE 5I56A 3KGCA 4THIA 3ILUB 4C1TA 2Q8JA 2DE4A 3FV2A 3TYHA 2I4BA 5BWJA 1L5TA 2F7BA 5L9OA 4N07A 5IKBA 3PV0E 3CG1A 5JTYA 1URDA 1SW4A 1T0KA 4P11A 2X26A 2HAUA 1BIYA 4BDLA 1B6HA 1B5IA 4OTEA 5AA4A 3T9VA 5J1DA 3LSWA 1HSEA 1MS7A 4RNSA 1XOCA 4XKRA 4U2RA 3PPOA 2QL3A 3GLBA 1UIVA 3KG2A 3LUYA 5HM4B 1PB8A 3C31A 4KYSA 3JZJA 3UN6A 5TP9A 3UP9A 3G3JA 5KDTA 4IO7A 3GBAA 3PUYE 4R74A 1JW5A 4H5FA 4U23A 3RPWA 2GFEA 3EF7A 1D3KA 5I57A 4ELRA 1YTVA 1IXIA 1B5HA 4KI0E 2AIXA 5ICTA 3MBPA 1I6QA 3RN8A 1TFAA 4NWCA 2OZZA 2Y7RA 4NF4A 2WKYA 3F11A 3CG3A 3TKDA 3LSLA 4R6YA 4RPOA 1H3DA 1WVJA 1WDNA 4YKPA 5H8SA 5CBSA 4HTGA 1URGA 3OO9A 3DM0A 4M4GA 1B9JA 4GLIA 4GVOA 3KFMA 3RT8A 2V3TA 3VXCA 4NWDA 3U72A 3H3GA 3LBSA 4NTLA 5I2KA 2OJTA 3B6QA 1MY4A 3VVDA 3M3KA 2DYXA 1FTJA 2D21A 1MRPA 2O68A 4GRKA 1SQYA 2QRYA 1B1HA 2FA7A 3KSJA 2O84X 2QS3A 4Q30B 1II5A 4F3GA 3E3KA 2F97A 1UIUA 2QMWA 4GQOA 3UGWA 4GL0A 5ITPA 1ATGA 3MJNA 4R72A 3C36A 3FIRA 3Q25A 1ELJA 1USYE 4G68A 1OIBA 4AQ4A 4EF1A 1BKAA 1VFDA 1D4NA 3GXAA 2Z8FA 3K1PA 4QF9A 4POWA 4PFYA 1SD3A 4LQ5A 1NNKA 3JYRA 5FTHA 1MPCA 5KCJB 3FATA 3K02A 2OLBA 3G3IA 3VE1B 3DP6A 5H8NA 3A3CA 4G8HA 3K6UA 4PP0A 1MPBA 1US5A 1POTA 1M5CA 4NEDA 3OEKA 1MM7A 4XKQA 1B0HA 4ISUA 4YB7A 5H8HB 3VVFA 3CVGA 1DPEA 2DS9A 3HCQA 3T9HB 1JETA 4ZDMA 2IEEA 3H6VA 1N3WA 3GZGA 1NFTA 3EHUA 4QSCA 1VR5A 4DXUA 3TCGA 2I48A 2M8CA 3TTMA 3KJ7A 1B3HA 4I8CA 4OENA 1BP5A 2DWJA 4ESXA 4YMBA 1B1XA 4OFJA 4F22A 2AL4A 2V93A 5L9MA 3IL1B 3JV9A 3RUMA 3BFUA 2ZYMA 1VSOA 3U94A 1N0TA 5CMBA 1R9LA 2XHDA 4DCYA 3E13X 1IEJA 2HZKA 5FHOA 3SETA 2QMXA 4YICA 3U93A 5CMKA 3HV1A 4DZ1A 2IA4A 3SKPA 3TODA 4BDOA 4F1YA 2ZYKA 1POY1 5BUUA 1FQDA 3FVKA 4EQBA 3EPEA 1EZOA 1B46A 3IR1A 3I5OA 3T66A 3RTWB 4JSDA 1LBCA 3H03A 1SW2A 2XXUA 4F2QA 2UVJA 2F6PA 1B05A 4R2BA 1XT8A 3QK6A 2HCAA 2VGQA 1Y3PA 4JB7A 1B4ZA 3MZ9A 1Y4CA 1I6AA 2H25A 1Y1MA 3TCHA 3ZS6A 2NOOA 4PQJA 2DE2A 4YAHX 2YLNA 2XXVA 1PDAA 2ESNA 3UIFA 3VLWA 2PVUA 1B52A 3FJ7A 3IB0A 1BLFA 1LAGE 4DIGA 1Y4TA 1LSTA 1UTBA 5ICQA 3Q27A 4MLQA 1QKAA 2F35A 4GIZA 4RK9A 3M3LA 2RF1A 1AIVA 3SDFA 1N7WA 1N7XA 1MQHA 1FQCA 1LFHA 1RYOA 3P7IA 1SW5A 2I3WA 3PGFA 1IZ1A 3FD3A 2YJPA 3S4UA 4H6DA 3K6WA 3N6TA 3V89B 5CMMA 3MP1A 3Q29A 1GV8A 5JTYB 5AE4A 4ZEKA 4R6HA 4WEPA 1P1WA 4KYDA 3TELA 2ZMBA 4I62A 2F78A 2E1SA 3TFLA 3TQLA 1IXCA 1FQAA 4NF5A 3T9UA 3FASA 4E0WA 4I9DA 3C32A 4R9GA 2W7YA 4P0IA 3HSTA 3CSBA 1KWHA 4F1VA 3ZKLA 4X1DA 1AMFA 5KDTB 2VOZA 2RC9A 1LBBA 4EF2A 4C1UA 2F5XA 3DP8A 4HCWA 2BJJX 5I57B 2AYSA 3IK6B 3T22A 2ONKE 4O3BA 1B0LA 1Y3NA 2GH9A 1LAXA 5I58B 4U22A 3OSRA 4FATA 2UYEA 2R9JA 4NF4B 4K3FA 5DVJA 4YB6A 1SI1A 4Q5TA 4BLAA 3QUJA 2B3FA 4POXA 2RC7A 4GXAA 3VVEA 2H99A 3FVGA 3G7WA 4LA9A 3V5AA 4YKJA 4FJPA 1DPPA 4ZE9A 4ZEDA 4JWYA 3ZSFA 4YKIA 5DTBA 4FIMA 3KN3A 4AB6A 3DELB 1A55A 3TMGA 1H44A 4Q0CA 2ONRA 1F9BA 1QJMA 3RGYA 2P0SA 3N94A 2A5TA 3A3UA 5I2NA 2REJA 3O6GA 4GD5A 1XC1A 1LB9A 1LGBC 1XVYA 1S9TA 2HZLA 4H0WA 4F29A 3FJGA 4G68B 1R6ZA 3O2AA 1ZTYA 4F19A 3LSFB 4NE4A 2ZYOA 1SYHA 4NF8B 4TOZA 5DVIA 2XXRA 3IORA 5ELVA 2Y84A 5I59A 2GHAA 1A40A 4FAJA 4FECA 5H8QA 4MF3A 1J1NA 2UVHA 2Z22A 4P0GA 2UXAA 1ZKBA 3PD9A 4ELOA 3MVWA 3QXMA 4ESWA 3K2DA 5JK4A 2XXHA 1GGGA 4FEBA 2O6AA 2VHAA 1R1NA 3CR9A 3MVXA 1NMUA 3S9MC 2B3BA 4H5GA 2XXIA 2PYYA 3R26A 3VV5A 4F31B 2G93A 5H8FB 1B7HA 3T9XB 3VXBA 3I3VA 4IO4A 1XHYA 3RTFB 1OQHA 3MP8A 3OOAA 2D5WA 2UYFA 3L6HA 4PFWA 4GL8A 4LATA 2I49A 3PUZE 2HAVA 3G3FA 4BDQA 4R9FA 1TT1A 1SYIA 2DWAA 4RYAA 5TPAB 4ZECA 3RT6B 1MY2A 5ITOA 3MWBA 3SERA 4PE5B 3SEWA 2F8DA 4AB5A 4ZS9A 2OCUA 1DTGA 1VE4A 4UACA 1CE2A 2F7CA 4XXUA 3UORA 3O97A 5AA2A 2XD2A 2HFBA 4ZE8A 3OENA 4IGTA 1NNTA 3TAJA 4ECFA 4JWOA 1JW1A 5I84A 3OMBA 3QIMA 1QKBA 4QSDA 1B3LA 1GTKA 5FTIA 1B58A 2NWJA 3EN3A 1A54A 1B5JA 3T93B 1N04A 3HHGA 1USYH 3IO6A 3ODBA 3KN7A 2XXTA 1N3XA 1MXWA 4O3CA 4HS7A 3C4MA 1DSNA 1FTKA 3KBRA 3K01A 4MH5A 3SEXA 4BDRA 1R9QA 3V83A 3TTNA 5HBCA 3MZBA 1Y1ZA 3K1MA 1AL3A 3KN8A 4KQPA 1ZJLA 2Q2AA 4MLVA 4FE8A 4RY1A 2I0CA 3PPRA 1QUKA 3IB1A 3EQ1A 4RPNA 4EQ9A 4KPTA 2RC8A 3KJTA 2V25A 2QS1A 2E0SA 3EHTA 3FUZA 5A5XA 2Q89A 2H9BA 3U92A 3PUXE 4F18A 2ZXTA 1IXHA 1Y20A 4X1BA 4RXLA 1SW1A 2X7PA 4OETA 1JQFA 1M5EA 2XXWA 2XXQA 1YPNA 4XKPA 1PC3A 3MC2A 2F36A 2REGA 2PBWA 2I6EA 4QRZA 1MY0A 4OHNA 5L8DA 3CSGA 5KCJA 3BBRA 3VFJA 4OFOA 5KZTA 4R6KA 1LLSA 3OXNA 5DEXB 2NUVA 3IAZA 3V8XB 3MW0A 2ZNUA 3H6TA 1UTHB 3FXRA 4EDPA 1O64A 1FW0A 2QJEA 3VLUA 1FTLA 1TXFA 1LB8A 4KD5A 4QFPA 1N76A 2ALUA 1JNFA 2Q2CA 4YB5A 3K1NA 4IB2A 3TTKA 2Z8EA 1YAEA 1JVYA 5DVFA 1MH4A 1MXZA 1LFGA 5ISUA 3RY3A 1MDQA 1TFDA 1IUDA 5K2YA 1SVXB 4F3SA 5EHMA 2DWHA 1FCKA 1IXGA 3FXUA 4OERA 2DE3A 3D4CA 4LP2B 3PUWE 2XD3A 4EUOA 1A8EA 4XTCQ 1D9YA 5CI5A 2QS4A 1OMPA 4Z7EA 2Y7WA 4GFRA 1MQJA 3Q26A 4EXLA 4U4SA 2ZNSA 1S50A 3S9NC 5I56B 4QFLA 3MQ9A 1BTJA 5K2XA 2AL5A 4JDFA 3TUSA 3L6GA 4U4XA 1Z7ME 4HCYA 3N5LA 3FGSA 1NH8A 2F7AA 3HHFA 2DSFA 2UVGA 1RYXA 2NXOA 4F2OA 2YPNA 5FHNA 4DLDA 1B32A 4IO3A 2A5TB 1ANFA 2OWSA 5AA4B 1JVXA 2V3QA 3RNNA 2P1SA 3U1OA 4TQUQ 3RLFE 1JEVA 4YKKA 1A7LA 3CFXA 4ELQA 3K4UA 1P1OA 3MVYA 1UQWA 4XKNA 2RCAA 4M1VA 1M5DA 1MM6A 3VLVA 3O28A 2O1LA 5TP9B 3DLNA 3PPQA 4DE8A 1MQDA 3SEUA 2I0BA 1MY1A 2I3VA 4H8JA 1H45A 1MQGA 2Y7PA 3OEMA 4O3AA 1XVXA 2H5YA 4GOTA 3RQTA 1NKXA 3MP6A 3KSXA 4JBZA 4H65A 3OELA 2PT1A 2DVZA 2Q9TA 4G8MA 1OLCA 4F3PA 4TLMB 5CBRA 4NMYA 4YMAA 3LSXA 2ANJA 4X9TA 4OEVA 2CMOA 3QYTA 4ZEIA 2PMSA 4G8NA 4ZZEA 1QUJA 4BDMA 2Y7KA 4NF6A 4KFQA 1LAFE 3CFZA 5I2KB 2RCBA 3U8QA 1P1QA 3G3GA 3IB2A 3FVOA 4KR5A 1B3EA 4ONYA 3PMVA 1DTZA 3CRBA 1ZU0A 1SBPA 4DCXA 1B4HA 3TTLA 5IAIA 1QW0A 1NNFA 4QFOA 3GBBA 4RJZA 3CI8A 3ILTB 5AA3A 2HEUA 4OEUA 4ND9A 1LCFA 5EYFA 4G68C 3C35A 2H4IA 3THIA 3CIJA 1AH5A 3TQWA 5B7DA 2DVCA 4G77A 4PFTA 5FHMA 2XXXA 1O63A 4BDNA 4FEDA 1FQEA 1MXXA 1QUIA 1ZLQA 4UA8A 4OESA 1I6BA 4KCDA 1RKMA 5HPQA 1QULA 3W9WA 3FZVA 5AA2B 3S9LC 3M8UA 1B40A 1MY3A 5H8NB 3A09A 3UA8A 2R71A 4GF8A 3USDA 4I1DA 4H8IA 4LZ5A 4YU0A 4RA1A 1ZMGA 1Z7NE 1MXVA 2FNCA 5LOMA 4OQOA 3SEYA 1H43A 2R6GE 2Z8DA 1GR2A 3OSQA 3BKIB 4H67A 2QS2A 1CB6A 3QAXA 4IY5A 3QSLA 3MUQA 3UK4A 5I58A 3D4GA 4F3BA 2H98A 3H7MA 4LZ7A 1FQBA 4WKMA 2XX7A 4JWXA 2RINA 3TDJA 3H4ZA 2O1MA 2QSXA 3K6VA 4IGRA 2PT2A 3PMWA 3IJOB 3PPNA 2O7IA 2OBGA 1Q35A 1EZ9A 4F39A 2O51A 5F7VA 1MDP1 3C34A 3ECRA 1S7YA 3PMXA 2GHBA 2Q88A 3N26A 3S2VA 3W15C 3CFLA 1PBQA 1DMBA 1B51A 2DWIA 4PFUA 4N13A 3WAEA 2HQ0A 4DXCA 1OLAA 5A5XB 3QUFA 3FJMA 4IO5A 3TTRA 1M5FA 4IO2A 5CC2A 3VDFA 1US4A 1P1NA 3DP4A 4MFIA 5DT6A 1NH7A 2DXRA 1IITA 4ZEFA 4ZEBA 5CMCA 1B3GA 3MPKA 1JW4A 1OVTA 1MPDA 3KEIA 1M5BA 4R75A 4NF8A 2THIA 3TCFA 2GRVA 5DYHA 3TZAA 4G2ZA 3HPIA 1NL5A 4LQ2A 1ZBMA 2B65A 1NNPA 5B70A 4U1OA 4ELPA 1URSA 1SDXA 4DXBA 3SESA 1N84A 3AXFA 4LUBA 4TLLB 4F1UA 3C33A 1Q1KA 3MVZA 3MPLA 4WEDA 3R7XA 1WODA 3O9PA 3PUVE 1HSJA 3OD7A 4QFNA 3IJXB 3N6UA 3O6IA 5AA1A 3Q28A 1LFIA 2ONSA 4KCCA 3BFTA 5L9SA 5H8FA 2V84A 3TEPA 2XX8A 2VP1A 5CM6A 2FYIA 4L17A 1UTBB 2OWTA 1TWYA 3E9XA 3KOSA 2ABHA 4FORA 1D9VA 3HO7A 3LC8A 4Q8RA 1VFEA 1OQGA 1MQIA 3PU5A 3TPAA 1MXYA 3IO4A 1P1UA 5TPAA 2DOJA 1FQFA 4LZ8A 4JXIA 4GXSB 3KOTA 4Z0IA 1B7UA 3M3FA 3K0VA 2F34A 2CZLA 4OWDA 2A5SA 3C9HA 2D3IA 4EQ7A 1Y3QA 4DDDA 2XXYA 2G29A 3IX1A 3FXQA 3H6WA 4QHQA 4QSEA 3ZKKA 3IOVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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