1I6QA

Formation of a protein intermediate and its trapping by the simultaneous crystallization process: crystal structure of an iron-saturated intermediate in the fe3+ binding pathway of camel lactoferrin at 2.7 resolution
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
ASKKSVRWCTTSPAESKKCAQWQRRMKKVRGPSVTCVKKTSRFECIQAISTEKADAVTLDGGLVYDAGLDPYKLRPIAAEVYGTENQPQTHYYAVAIAKKGTNFQLNQLQGLKSCHTGLGRSAGWNIPMGLLRPFLDWTGPPEPLQKAVAKFFSASCVPCVDGKEYPNLCQLCAGTGENKCACSSQEPYFGYSGAFKCLQDGAGDVAFVKDSTVFESLPAKADRDQYELLCPNNTRKPVDAFQECHLARVPSHAVVARSVNGKEDLIWKLLVKAQEKFGRGKPSAFQLFGSPAGQKDLLFKDSALGLLRIPKKIDSGLYLGSNYITAIRGLRETAAEVELRRAQVVWCAVGSDEQLKCQEWSRQSNQSVVCATASTTEDCIALVLKGEADALSLDGGYIYIAGKCGLVPVLAESQQSPESSGLDCVHRPVKGYLAVAVVRKANDKITWNSLRGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGPLFKDTDSCRFDEFFSQSCAPGSDPRSKLCALCAGNEEGQLKCVPNSSERLYGYTGAFRCLAENVGDVAFVKDVTVLDNTDGKGTEQWAKDLKLGDFELLCLNGTRKPVTEAESCHLPVAPNHAVVSRIDKVAHLRQVLLRQQAHFGRNGEDCPGKFCLFQSKTKNLLFNDNTECLAKLQGKTTYDEYLGPQYVTAIAKLRRCSTSPLLEACAFLMR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords LACTOFERRIN
publication title Protein intermediate trapped by the simultaneous crystallization process. Crystal structure of an iron-saturated intermediate in the Fe3+ binding pathway of camel lactoferrin at 2.7 a resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
total genus 171
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-03-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6qA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6qA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6qA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6qA03
1QW0A 3U93A 2CMOA 1M5DA 4NWDA 1SYHA 5B7DA 2H9BA 1JEUA 4KFQA 4NF6B 4YAHX 4EQBA 2XXWA 4OZ9A 2DE4A 2F78A 4POXA 3K6UA 1UIVA 2I6EA 4EXLA 1ANFA 2G93A 2VP1A 5AA1A 3O97A 3A3UA 3KFMA 4POWA 3T96B 4DXCA 4OYVA 2IEEA 4EQ7A 4ZZAA 1UIUA 1TT1A 1BP5A 4H0WA 4ZEIA 2XD3A 1SYIA 3FVNA 3G3IA 2HFBA 4F29A 2HZKA 3CSGA 3KN3A 3VLWA 4QFKA 2I3WA 1SI1A 3ILUB 4N13A 3H3GA 3VVEA 4XTCQ 2OBGA 2O84X 4G2ZA 3B6TA 1B7ZA 4EDPA 3FXUA 1B58A 3RGYA 1NH8A 3S9LC 3RPWA 1OVTA 3B6WA 3SEWA 4YMBA 1LB9A 3CFLA 5H8SA 2DE3A 3PPRA 2XX8A 4C0RA 4P0GA 4PFYA 1HSJA 4I1DA 3MP6A 3SEUA 1MH4A 3U1OA 4IY5A 4ELRA 4BDLA 3LSLA 1B4HA 3M3KA 2OK2A 2DE2A 2O69A 1M5EA 4K3FA 1B0HA 4GL8A 3UN6A 5TU0A 3HSTA 1XVYA 2DP8A 3MUQA 4U4SA 4HCYA 4R75A 2O51A 4GFRA 4WXJA 4XKQA 3PD8A 4M1VA 2D21A 1QULA 5KZTA 1B3FA 1P1WA 3M3LA 3CVGA 2DWJA 2HQ0A 4YKPA 2DXYA 3VDFA 1UTHA 2W7YA 5ICQA 3V8XB 3PMVA 3C9HA 3CIJA 3SDFA 4Z7EA 1Y1MA 4AB6A 4LP2B 4ZEFA 1ZMGA 1DSNA 1I69A 3O2AA 1A8EA 2RF1A 4LUBA 3RTWB 4ELQA 3KBRA 3B6QA 1UTBA 1VSOA 1JW1A 2XXRA 3TTRA 3KGCA 2XXIA 4XKNA 3MP8A 1SI0A 5M2VA 4IGTA 2O6AA 1MH3A 2QPQA 4G8MA 2DXRA 2REJA 3OMBA 1US5A 3KN8A 1AIVA 2F8DA 3CR9A 5CMCA 4OEVA 3QSLA 4R9FA 2NOOA 5AA2A 3CG3A 3BFTA 1B4ZA 4KPTA 2Y7WA 3UIFA 3V89B 2I4CA 2ONRA 1LFIA 4I62A 1MQJA 1B32A 4F2OA 4X1BA 1N84A 4R73A 2VD2A 4PQJA 1JW4A 2HCAA 2Y7IA 2HAUA 4UACA 4JSOA 2KLFA 2Z8EA 2ONSA 5K2YA 4F2QA 3PUYE 5AA4A 4LZ7A 3SERA 4NMYA 5AA2D 1SW2A 5JK4A 4DCXA 1NL5A 3PPQA 2H5YA 3BKIB 5ISUA 4OENA 1UTBB 3GXAA 4N07A 1NNPA 1N0TA 4C1TA 3G3KA 1PB7A 3O29A 1I6BA 1O63A 3RT6B 1B9JA 4M4GA 1Y3QA 3RT8A 1D4NA 1GTKA 4YB5A 3A09A 5AE4A 4ZEDA 3HN0A 2F7CA 1PBQA 4NF4A 1GGGA 5F1QA 4U2RA 5AA2B 2VGQA 1N7WA 3U72A 4ISUA 3W15C 2ZXTA 2QL3A 4YU0A 5DTBA 2HXWA 1MQGA 1B3GA 4PFTA 4ZDMA 2THIA 5I59A 3VVFA 4QHQA 4I9DA 4OFLA 4KCDA 2F5XA 3K1MA 4TLLB 1BIYA 2H99A 2AIXA 4KYSA 3OD7A 2GFEA 4LQ5A 4PE5B 4GOTA 2QMWA 1B1HA 5AA4B 1IITA 5JEIA 3W9VA 1OVBA 1LAHE 5TPAA 1Y20A 3EHSA 3U92A 5DEXA 2AYSA 1P1NA 4EXKA 1T0KA 4DCYA 2DYXA 5AA3A 1ZJLA 1B51A 5HBCA 1B0LA 2DVCA 4H65A 4FEDA 3TCFA 3FJ7A 4OFJA 3I6VA 3W9WA 3VVDA 4FORA 2A5TA 2CZLA 3K6XA 4FEBA 4R9GA 4XKPA 3KEIA 1MM7A 1URSA 3K6WA 1II5A 4MH5A 5I59B 3H7MA 3TYHA 3AXFA 4F22A 2XXHA 1OLAA 1IEJA 3PUWE 1BKAA 1IQ7A 1NMUA 1NNFA 4H5FA 2Y7RA 4TLMB 1A40A 1M5BA 4IO3A 3PU5A 3R7XA 4IO7A 1VR5A 4HCWA 4HS7A 4IO4A 1B52A 1EZOA 3S9EA 4GL0A 3CSBA 3FIRA 3EQ1A 1R1NA 5TPAB 1B5IA 5L9OA 5I2KB 3RTFB 1PC3A 4GVOA 1ZTYA 4XXUA 4YKJA 2ZNUA 4JB7A 2Q88A 5DEXB 4FATA 2RCBA 3UA8A 1P1QA 1QUIA 1WVJA 1OIBA 3HHFA 2ZYKA 2Z23A 5FHMA 1MXZA 1HSEA 2I49A 5L9MA 4QFPA 4PFUA 2YPNA 1IXGA 3MZBA 3HCQA 1YPNA 4ESXA 2V3QA 4P0IA 1FQCA 2A5TB 3R26A 1ATGA 1H44A 4KYDA 3IJXB 1D9VA 3U94A 4JDFA 2BJJX 3O6GA 4QSEA 3C34A 4WKMA 1LGBC 1NFTA 2XXXA 4F1UA 4R74A 4RK2A 1LFGA 2I0BA 5BWJA 4H67A 1FQFA 2QS3A 4RK9A 2DS9A 1IXIA 3S2VA 1LB8A 2AL5A 4G8NA 5EHMA 1QVSA 4GLIA 3MZ1A 2OCUA 5I56A 2QMXA 4KR5A 1N7XA 1R9LA 3ZSFA 3PUZE 4R6HA 3JYRA 2X7QA 3OO9A 1HSLA 5BUUA 3IB1A 4MFIA 2F35A 4U21A 3H6UA 3GLBA 3Q28A 4G68A 3N5LA 3KG2A 1B3EA 3MAMA 3RUMA 2RC9A 1B46A 1LSTA 3PPNA 3L6HA 4FAJA 2V3UA 2PMSA 2V25A 4ZEKA 4AQ4A 3K00A 4XIGQ 1FTMA 3T9HB 4ONYA 4R6YA 3VXBA 2D5WA 1A8FA 5CRYA 3O6HA 3VLVA 3C4MA 2HZLA 3KZGA 3M8UA 1ZKBA 4QFOA 3KOTA 4OFOA 3HHGA 3QUFA 3OEKA 1R6ZA 1MPBA 4O3AA 5I56B 1XHYA 2XXYA 3C36A 3IB0A 3OOAA 3LR1A 4NWCA 1KWHA 4ELOA 4O3CA 1JVYA 1CE2A 5I2NA 4JBZA 1CB6A 5K2XA 3IK6B 4G68B 2O1MA 4H1XA 1P1OA 3LUYA 2UVGA 2XX9A 4NEDA 1QUJA 2UVHA 1EZ9A 1LBCA 1AH5A 4E0WA 3OSRA 1VE4A 4PFWA 3C32A 4JWYA 1JQFA 1SD3A 4O3BA 4LA9A 4ZE9A 3BBRA 1N3WA 2I48A 1QKAA 5I57A 5IKBA 3LSWA 5J1DA 3IOTA 3TTNA 4OETA 3CFZA 3CI8A 4F1YA 4RNSA 3IOWA 1MY2A 2X26A 1JEVA 1YTVA 4U1ZA 1MY3A 3ODBA 3P7IA 3OELA 3K01A 3OEMA 1O64A 4THIA 4Q0CA 2F6PA 2PX1A 5FTIA 5H8FA 5JTYA 3E9XA 2PT2A 3O66A 3UK4A 2YJPA 5I2NB 1MPCA 3MVWA 3B7DA 4H8JA 3UORA 4DLDA 2B65A 5ITPA 4HW8A 3H6VA 3Q26A 4Q30B 3FVOA 1TXFA 1NNTA 1DPPA 3O6IA 1Z7NE 3U8QA 2A5SA 1EZPA 2F34A 4LQ2A 4F3GA 1ZIUA 4LZ5A 3GBAA 1ZU0A 2F6GA 3OENA 1B40A 5I57B 1NH7A 3TEPA 4RJZA 1VFEA 1UTHB 3S9MC 3Q25A 4TOZA 2P1SA 4ZECA 4PP0A 3KJ7A 4MLQA 4F39A 2GHAA 3H03A 5HPQA 3OSQA 2D3IA 3IB2A 3IL1B 3FV1A 4WEPA 3K02A 4JWXA 4YKKA 2M8CA 3ONMA 4GQOA 4R2FA 3TDJA 2Y7PA 3RLFE 4QSDA 5CMBA 3T93B 1B5HA 3HPIA 3C31A 5H8FB 3EHUA 5JTYB 5CI5A 3N6TA 4ECFA 5I84A 3PUVE 1LBBA 2Q2AA 2ONKE 4MLVA 4OTEA 1BLFA 1H43A 2ZMBA 1Q35A 3BFUA 3D4GA 3TQLA 1WODA 1TFDA 4U4XA 1I6QA 1YCJA 1A99A 4LZ8A 4IGRA 5IAIA 4IY6A 2B3BA 1MQIA 3MC2A 2H4IA 2PVUA 3PMXA 2DWHA 4F18A 3MW0A 2Q8JA 1USYE 4I8CA 3G3GA 2DWAA 3N94A 1UQWA 4EUOA 3LC8A 3S9NC 2XXQA 4GXSB 3C33A 4ND9A 2RKMA 3A3CA 1BTJA 4OESA 1DMBA 4EF1A 3CG1A 3K1NA 3K6VA 3RNNA 5LOMA 3DP6A 3KSJA 2DVZA 4NE4A 1DTGA 2F36A 5CBSA 2O7IA 4U23A 1LAFE 3TPAA 4L17A 4EQ9A 1MXWA 3MPKA 5CM6A 3K0VA 3G3FA 2ZYNA 3I3VA 3R6UA 1JVXA 2ANJA 3N26A 3PPPA 1YAEA 2ZYMA 4NF4B 4DDDA 4DXBA 2LAOA 3Q27A 3TAJA 3FZVA 1GR2A 2GH9A 3TMGA 3TTKA 1B6HA 2YLNA 4GIZA 4YZZA 1JW5A 1MXVA 1LFHA 3TTLA 1B7HA 1FTOA 3MP1A 2IA4A 2E1SA 3PD9A 3RY3A 3F11A 5CMKA 2Y7KA 3IR1A 4ELPA 1URDA 3JZJA 3GBBA 1URGA 5DYHA 4X48A 2REGA 2UYFA 2QRYA 2XXVA 5DVIA 5H8QA 2V93A 3ZKLA 4RPOA 5DVFA 1PB8A 3H4ZA 1XC1A 1MDP1 4H5GA 2FA7A 2OLBA 1OMPA 3ZKKA 4AB5A 4IB2A 3WAFA 3Q29A 2F7AA 3VE1B 1IUDA 2XX7A 1OQGA 4KI0E 4BDMA 4LONB 4BDNA 1AL3A 3MVYA 4F3SA 2UVIA 4BDOA 1IXCA 1QKBA 5H8NA 1EH3A 3ZS6A 4PETA 1B05A 3RN8A 2I0CA 4YICA 3LSFB 4GWOA 3SETA 3IX1A 4RPNA 1ZLQA 3N6UA 3PGFA 1FQBA 2O7UA 4GD5A 1VFDA 1IZ1A 4BDRA 4GF8A 1WDNA 3FVKA 5FHOA 3FXQA 2DSFA 3EF7A 1MXUA 5B70A 1GV8A 4F31B 2Z8FA 1POTA 3SKPA 2ESNA 3IO4A 5H8QB 2RC7A 3OXNA 1MRPA 1SW4A 1SW1A 3KN7A 1MXXA 3PUXE 2ZNSA 1SBPA 1Y3NA 4NF5A 4KYEA 1MM6A 3S4UA 2FYIA 4Q8RA 3PV0E 3K1PA 2UXAA 1SDXA 1D9YA 2XXTA 3TODA 2Q2CA 2Z8DA 5H8NB 3EN3A 2NWJA 4G8HA 1H3DA 3FUZA 3GZGA 4FE8A 1J1NA 3L6GA 4X1DA 4G4PA 2VOZA 2QJEA 2P0SA 3FATA 3DELB 4OXVA 4KHZE 1Y9UA 4DE8A 1LAXA 1JNFA 4E0XA 1FTKA 3USDA 3T9UA 3FV2A 1DTZA 1M5CA 1QUKA 2UVJA 1XVXA 1AMFA 5KCJA 1NKXA 3FJMA 3FVGA 4KQPA 4H6DA 3ILTB 1MG1A 2X7PA 1MXYA 4ZE8A 3OO8A 4P11A 4QFLA 4ESWA 2ALUA 3EHTA 3EPEA 2G29A 4NF5B 4RXLA 3H6TA 2Q89A 4OQOA 4F1VA 4N6PA 3KJTA 3E13X 1DPEA 1B7UA 3IOUA 3E3KA 5CBRA 3E4RA 3DP4A 4QFNA 5DVJA 2V84A 1FQEA 1B2HA 3C35A 1M5FA 1ZBMA 2GHBA 4R6KA 2Z22A 3H6WA 4WEDA 3H06B 1B3LA 2NXOA 4FJPA 1Q1KA 4KCCA 3VLUA 4LVQA 3TQWA 3QXMA 1SQYA 5A5XA 3TZAA 4F3PA 1POY1 3PPOA 3FXRA 3IORA 1RYOA 1MQDA 5TP9A 5I58A 1FCKA 4JSDA 5EHSA 4BDQA 4OVJA 5F7VA 2UYEA 3V5AA 3MQ9A 2B3FA 4IO5A 1LCFA 1N3XA 4JWOA 3KOSA 3THIA 3I5OA 2VHAA 3SESA 1QJMA 5KCJB 1Y4CA 1PBPA 2O68A 3PMWA 3FGSA 4U22A 1SW5A 2PBWA 2AL4A 1P1UA 4JXIA 1DOTA 1S9TA 4GRKA 2HEUA 3MVZA 1A55A 2OWTA 4DXUA 1MPDA 3QUJA 3SEXA 1FTLA 2OZZA 5ELVA 1LCTA 1H76A 1PB9A 3LBSA 3FJGA 5DT6A 4RY1A 4ZS9A 3LSXA 1A7LA 2OWSA 2OJTA 3WAEA 3IOVA 2QS1A 4GXAA 3T9XB 2ZYOA 4OHNA 2F7BA 1XT8A 3G7WA 3G3HA 4NF8A 3TCHA 5L9SA 5A5XB 2RC8A 4IO2A 3OO6A 5TP9B 5I58B 3D4CA 1H45A 1NNKA 1F9BA 4OERA 2RINA 1B1XA 4RA1A 2I4BA 3IAZA 5CMMA 5L8DA 4H8IA 2QS2A 3MJNA 1LLSA 2NUVA 4MBPA 4QSCA 3OO7A 4FIMA 2NVUB 1MY1A 4MF3A 4KD5A 1Y4TA 3TELA 1N76A 3RQTA 4QF9A 4BLAA 3HV1A 1EU8A 4G68C 2H25A 5HM4B 4G77A 1MY4A 1A54A 3T22A 1MQHA 5FHNA 4DZ1A 5EYFA 3TTMA 3O9PA 1Z7ME 3M3FA 3SEYA 1N04A 3MPLA 2QS4A 1S50A 4U1OA 2HAVA 1O7TA 1OQHA 1XS5A 2Y84A 3JV9A 3MZ9A 4YB6A 4NF8B 3TKDA 1R9QA 4NTLA 2QSXA 1IIWA 3QK6A 2DWIA 2H98A 3QAXA 1PEBA 1IXHA 2P2AA 3UGWA 2XXPA 4OMBA 2FNCA 4YMAA 1MDQA 4EF2A 1TFAA 2XD2A 3CFXA 1Y3PA 5KDTA 3K2DA 2XXUA 4YB7A 1PDAA 3FD3A 4IO6A 1XOCA 1SVXB 1FW0A 3T9VA 1US4A 1LAGE 3TFLA 2I3VA 1MY0A 4RYAA 4DIGA 4C1UA 2R6GE 4ZZEA 4LATA 2F97A 5I2KA 3DM0A 1D3KA 1GVCA 3VXCA 3FASA 4OWDA 2DOJA 1Y1ZA 3ECRA 1RYXA 4X9TA 3VFJA 1S7YA 3MVXA 3MBPA 3CRBA 5H8HA 3SEVA 1RKMA 4R72A 2I58A 1P99A 3MWBA 1FQAA 4OEUA 1OLCA 3G3JA 2PYYA 3DLNA 4YKIA 1B5JA 2XHDA 5FTHA 1B3HA 2VD3A 4Q5TA 3V83A 2DQVA 4R2BA 2Q9TA 4UA8A 5KDTB 4NF6A 5ITOA 3VV5A 3TUSA 1MS7A 3IJOB 1JETA 3DP8A 3K4UA 2R9JA 3TCGA 4Z0IA 1ELJA 5ICTA 3KSXA 3QYTA 2RCAA 2O1LA 2R71A 4F3BA 2WKYA 2GRVA 1USYH 1FTJA 4QRZA 4TQUQ 3UP9A 3IO6A 1I6AA 4FECA 4ZEBA 5H8HB 1L5TA 4XKRA 3QIMA 3T66A 4HTGA 1TWYA 3HO7A 2E0SA 1FQDA 2PT1A 3O28A 2ABHA 4F19A 5CC2A 2V3TA 2ZNTA 1AOVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QW0A 3U93A 2CMOA 1M5DA 1FPBA 4NWDA 1SYHA 2B4LA 5B7DA 2H9BA 1JEUA 4KFQA 4NF6B 4YAHX 4EQBA 2XXWA 4OZ9A 2FVZA 2DE4A 2F78A 4POXA 1NV2A 4P3LA 1RDXA 3K6UA 1UIVA 2I6EA 4EXLA 1ANFA 4N8YA 2G93A 2VP1A 5DW8A 5AA1A 3O97A 1IMAA 3A3UA 3KFMA 1NUYA 4POWA 3T96B 4DXCA 4OYVA 2IEEA 4EQ7A 4ZZAA 1UIUA 3E78A 3T0JA 1TT1A 1BP5A 4H0WA 4ZEIA 2XD3A 2R8TA 1SYIA 3FVNA 3G3IA 2HFBA 4F29A 2HZKA 3CSGA 3KN3A 3VLWA 4QFKA 2I3WA 1SI1A 3ILUB 4N13A 3H3GA 3VVEA 2PFYA 5LDZA 4XTCQ 2OBGA 2O84X 1FRPA 4G2ZA 3B6TA 1B7ZA 4PFRA 4EDPA 1LEVA 1NV3A 3FXUA 4HE2A 1B58A 3RGYA 1NH8A 1D9QA 4PTKA 3S9LC 3RPWA 1OVTA 3B6WA 3SEWA 4YMBA 1LB9A 3CFLA 5H8SA 2DE3A 3PPRA 2XX8A 4C0RA 4P0GA 4PFYA 1HSJA 4I1DA 4I3YA 3MP6A 4N6DA 3SEUA 1MH4A 4QXDA 3U1OA 4PAKA 2B4MA 2CZIA 4IY5A 4ELRA 4BDLA 3LSLA 1B4HA 3M3KA 2OK2A 2DE2A 2Q8MA 4P1EA 4MNIA 2O69A 1M5EA 4K3FA 1B0HA 4GL8A 2KQZA 3UN6A 5TU0A 3HSTA 1XVYA 2DP8A 3MUQA 4U4SA 4HCYA 4R75A 3PTYA 2O51A 4GFRA 4WXJA 4XKQA 3PD8A 4M1VA 2D21A 5I7IA 1QULA 2PFZA 5KZTA 1B3FA 1P1WA 3M3LA 4FBPA 4N6KA 3CVGA 2DWJA 2HQ0A 4YKPA 2DXYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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