The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
112
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sequence length |
318
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structure length |
318
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Chain Sequence |
VFGAKYTLRFGHVLAPGEPYHQAFLKWAKAVEEKTNGDVRIEVFPSSQLGVEEDIIEQIRMGAPVGWNTDSARLGMYVKDIGVMNLAYFIDFMGAKTPEEAIEVLKKIKQSPTMQKWLKELEQRFGIKVLSFYWVQGYRHFVTNKPIRKPEDLNGLRIRTPGAPAWQESIRSLGAIPVAVNFGEIYTAVQTRAVDGAELTYANVYNGGLYEVLKYMSETGHFLLINFEIVSADWFNSLPKEYQKIIEEEMDKAGIEVSLKIMKELEEEYKQKCIEKGMAVIPASEIDKEAFMEKAKQAYKNLGLENALNQLIKEVKGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligand binding protein
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| source organism |
Thermotoga maritima
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| publication title |
Structural analysis of a periplasmic binding protein in the tripartite ATP-independent transporter family reveals a tetrameric assembly that may have a role in ligand transport.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
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| total genus |
112
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| structure length |
318
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| sequence length |
318
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03480 | DctP | Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PGN A; 2PFZ A; 4MNC A; 2HPG A; 5CM6 A; 5IGA A; 4PBH A; 2CEX A; 4NGU A; 2WYP A; 4UAB A; 2XXK A; 4P47 A; 2CEY A; 4O8M A; 3U65 A; 4NX1 A; 4NF0 A; 4N8G A; 5I7I A; 4OAN A; 4OA4 A; 4P56 A; 4PFR A; 4N4U A; 4YIC A; 4P9K A; 4N6K A; 4PAF A; 2XWI A; 4PDH A; 3FXB A; 4OVQ A; 4NHB A; 4MNP A; 5IM2 A; 4XF5 A; 4PCD A; 4DI4 B; 4MCO A; 4PGP A; 4X04 A; 4MIJ A; 2VPO A; 2V4C A; 4PBQ A; 2XWV A; 2XA5 A; 2HZK A; 4PFI A; 4PFB A; 4NN3 A; 5IZZ A; 4P8B A; 4LN5 A; 4MAG A; 4P1E A; 4PF6 A; 2VPN A; 2XWK A; 4O7M A; 4NQ8 A; 4MMP A; 4PAK A; 2HZL A; 4PET A; 4NG7 A; 3B50 A; 4N8Y A; 4N91 A; 5I5P A; 4O94 A; 4MNI A; 4DI3 D; 4XFE A; 4MHF A; 4OVS A; 2XWO A; 4N15 A; 4N17 A; 2ZZW A; 2ZZX A; 4YZZ A; 2WX9 A; 3GYY A; 4XEQ A; 4PE3 A; 2ZZV A; 4P1L A; 4MX6 A; 4P3L A; 4N6D A; 2WYK A; 4OVP A; 4PF8 A; 4OVT A; 4PDD A; 4OVR A; 5LTC A; 2PFY A; 4PAI A; 4X8R A; 4NAP A; 4MEV A; 4PC9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DE2 A; 4R2F A; 4KYE A; 1FQA A; 1MPD A; 5DYH A; 5ELV A; 3M3K A; 3TUS A; 4PBH A; 1NUZ A; 3VXB A; 4ZEI A; 4H8I A; 3T0J A; 2GFE A; 1NKX A; 4FEB A; 3BBR A; 2F7C A; 1D3K A; 4P56 A; 1HSL A; 4GWZ A; 4KR5 A; 2XXV A; 4IB2 A; 2I3W A; 3ONM A; 2G93 A; 1P1N A; 1SYI A; 3K1P A; 4EXL A; 2VPO A; 1RDZ A; 1WOD A; 2HAU A; 2Z8E A; 2THI A; 1IMA A; 5IZ3 A; 2F97 A; 1MY4 A; 4ELO A; 1PB8 A; 1CNQ A; 2Y7W A; 2ONR A; 3E9X A; 4JVC A; 3RY3 A; 1JVX A; 5I2N B; 3HHF A; 2WKY A; 3TDJ A; 5EQ9 A; 1R1N A; 2R8T A; 4N15 A; 2F36 A; 2DYX A; 2HFB A; 5AA4 B; 1QKB A; 5FTI A; 2QRY A; 3OEK A; 1IMB A; 3MZ9 A; 4QSD A; 5I57 A; 1YXI A; 4G8H A; 4ND9 A; 2QS1 A; 2F6G A; 1NI9 A; 3QYT A; 5L8D A; 3IFA A; 3DM0 A; 1SI0 A; 3LSW A; 4N6D A; 4XIG Q; 4YKP A; 4BDQ A; 1BK4 A; 4JDF A; 4OVR A; 2DP8 A; 4GLI A; 4PC9 A; 1POT A; 2QVR A; 1IEJ A; 4ZDM A; 1P1W A; 2CZL A; 5IGA A; 1O64 A; 2CEX A; 1D9Y A; 3K01 A; 3WAF A; 5T3J A; 3O29 A; 4UAB A; 2Y7I A; 4HTG A; 2OJT A; 2XX8 A; 4BLA A; 3U65 A; 1B3L A; 3FJG A; 2XX9 A; 4O7I A; 2V25 A; 3N94 A; 3G3F A; 3FVN A; 1B3F A; 4YAH X; 1F9B A; 1NUW A; 3O28 A; 3PTY A; 3IB2 A; 3IJO B; 3QSL A; 3T93 B; 3TPA A; 1NUX A; 4FED A; 4F3G A; 3QXM A; 3E78 A; 2RC7 A; 4PFI A; 3DEL B; 1B58 A; 3TOD A; 4I62 A; 2R71 A; 4H46 A; 1FPD A; 2Y84 A; 4GF8 A; 4R75 A; 3Q26 A; 3VLW A; 4NF5 B; 2FA7 A; 3SES A; 1LEV A; 1N76 A; 1SDX A; 1R6Z A; 3EF7 A; 1LAG E; 1IXH A; 5JEI A; 4JVD A; 2ZZW A; 2F78 A; 4OVJ A; 3U92 A; 4Q30 B; 1XVY A; 1WVJ A; 4ZEB A; 3EPE A; 4PTK A; 3S2V A; 2I6E A; 2DDK A; 1TXF A; 2F3D A; 3USD A; 1MQD A; 1ZU0 A; 4YMA A; 4NF4 A; 3MW0 A; 3U93 A; 1MDP 1; 4F1U A; 4OEN A; 4YB6 A; 2FHY A; 2QS4 A; 4G61 A; 1NMU A; 3TTL A; 4QSE A; 2F8D A; 2PFZ A; 1B5I A; 1P1Q A; 1UQW A; 5F24 A; 3MC2 A; 2XXX A; 1Z7N E; 1B1X A; 3KSX A; 5J16 A; 1UIU A; 4LAT A; 1EH3 A; 2DVZ A; 4C1T A; 4OAN A; 3VVF A; 1K9Y A; 3S4U A; 1ZIU A; 3D4C A; 1MXZ A; 3H6T A; 2FYI A; 3O6G A; 2O51 A; 3T1B A; 5H8S A; 3SEW A; 3HFU A; 2D5W A; 1A40 A; 5I59 B; 5L9O A; 4ELP A; 1G0H A; 5JTY A; 4OFL A; 1DK4 A; 3QIM A; 4XKP A; 5DEX B; 3PPN A; 1XVX A; 3DP4 A; 3A29 A; 1PBQ A; 4LQ2 A; 3FXU A; 4PFB A; 3H6W A; 2O7U A; 4Q0C A; 4IGR A; 1YCJ A; 3V83 A; 5TU0 A; 4OWD A; 1MY1 A; 2O1M A; 4H67 A; 2XXY A; 3LSF B; 4RPN A; 2HZL A; 4GWY A; 4RPO A; 1H44 A; 4G2Z A; 3HO7 A; 2Q8J A; 3IK6 B; 2FVZ A; 2PT2 A; 3PUW E; 3MWB A; 3EN3 A; 3CVG A; 3KGC A; 4QBA A; 4MF3 A; 1ZJL A; 4PE3 A; 5TPA B; 1H43 A; 4PQJ A; 3CG3 A; 2UVI A; 3GBA A; 3C9H A; 4I1D A; 3RPL B; 1AOV A; 3RT6 B; 1JQF A; 1M5D A; 2QSX A; 5H8Q A; 4PF8 A; 1DCU A; 2PFY A; 5KCJ A; 1OVT A; 4YKI A; 4MEV A; 5DVI A; 1SW5 A; 4H5G A; 3FXQ A; 4N81 A; 3ZS6 A; 4EF2 A; 5J1D A; 4X48 A; 1FBH A; 4GX4 A; 3MVY A; 5EYG A; 2B65 A; 1EZ9 A; 4OMB A; 3O2A A; 1Q35 A; 1A54 A; 1LBY A; 3KOT A; 4N8G A; 4F3S A; 1FQD A; 5ICQ A; 3RTF B; 4RK9 A; 1LST A; 5ESY A; 3O6I A; 5HM4 B; 1ELJ A; 2FIE A; 3TQW A; 4ESX A; 4F2O A; 1BP5 A; 2HQ0 A; 1MQG A; 4NWD A; 4FEC A; 5CRY A; 2RF1 A; 4N07 A; 2V4C A; 5ITP A; 1EZO A; 1MG1 A; 1PEB A; 4HS7 A; 4DXC A; 3LR1 A; 1MRP A; 3MPL A; 4GBW A; 2O84 X; 1FBG A; 1US4 A; 4GBV A; 2O69 A; 1PC3 A; 3CSG A; 1NNK A; 4BDR A; 1FBD A; 5KDT A; 4NG7 A; 5LDZ A; 2YPN A; 4KFQ A; 1FCK A; 4NWC A; 1FPG A; 2Y7K A; 2XWO A; 1B3H A; 4XKQ A; 4GWU A; 2XXP A; 1TFA A; 2ZZX A; 2WX9 A; 4HE1 A; 2Y7P A; 2WBD A; 1O7T A; 3BIH A; 3O97 A; 1FW0 A; 2R9J A; 4UA8 A; 4AS5 A; 3FD3 A; 2WYK A; 4OVP A; 1URD A; 3KN7 A; 4PDD A; 4PAI A; 2OWZ A; 4OQO A; 3DP8 A; 3H06 B; 5H8N B; 4I3E A; 3FAS A; 2ZYM A; 3ILU B; 3ILT B; 4K3F A; 4OES A; 3T9X B; 4MNC A; 1PB7 A; 3TQL A; 4OET A; 4IO4 A; 3TMG A; 1AIV A; 4OHN A; 1FBC A; 4BDM A; 1OMP A; 2KR0 A; 1QUK A; 1J1N A; 3LUY A; 1IQ7 A; 4KCD A; 1IME A; 4HCW A; 4OA4 A; 1FPB A; 3CI8 A; 2P3V A; 2HCA A; 4N4U A; 3FXB A; 3L6H A; 4THI A; 3EQ1 A; 1P99 A; 2BJI A; 1Y1M A; 1LBZ A; 1UTH B; 2QPQ A; 2QS3 A; 3KFM A; 5EQA A; 2V3T A; 5H8H A; 3ODB A; 4ESW A; 1MY2 A; 4H0W A; 2DWI A; 3TAJ A; 1I69 A; 3UIF A; 4X1B A; 3UGW A; 1FQE A; 3VFJ A; 4OER A; 1EYK A; 3HN0 A; 4QF9 A; 3IB1 A; 4GWO A; 3HHG A; 1KA0 A; 5AA4 A; 4IGT A; 4U1O A; 3TTN A; 5CBS A; 3A3C A; 2WBB A; 4O7M A; 1HSJ A; 2ZYO A; 2ONK E; 3MP1 A; 3VXC A; 2BJJ X; 2H98 A; 4YKK A; 3GBB A; 3EHT A; 4O3B A; 1A8F A; 1VE4 A; 1H45 A; 1FSA A; 3KJ7 A; 2O6A A; 4DDD A; 4BDN A; 1USY H; 1N7W A; 3I3V A; 4GWW A; 1OQG A; 1N7X A; 2A5S A; 3RN8 A; 2QS2 A; 4G8N A; 4ONY A; 4RYA A; 1QUJ A; 2DSF A; 5A5L A; 4I40 A; 3K00 A; 3PPO A; 5CMB A; 1AMF A; 5FHM A; 2A5T A; 4LZ7 A; 1VDW A; 4E0W A; 4WEP A; 2MKZ A; 2QJE A; 1IXI A; 1L5T A; 3N6U A; 3DLN A; 4RY1 A; 2Y5L A; 2DVC A; 2I49 A; 2ZYN A; 3SDF A; 1GV8 A; 4ZZE A; 2F35 A; 1YAE A; 5ET8 A; 4EXK A; 4MH5 A; 5AA2 A; 3TKD A; 5AA3 A; 3QUF A; 5AA2 D; 4KCC A; 4MLV A; 1ZLQ A; 1NFT A; 4OEU A; 1VFE A; 1Y4T A; 4P0I A; 4YIC A; 2DE4 A; 3C4M A; 4NTL A; 2GHB A; 1GR2 A; 3FJ7 A; 5KZT A; 2Z8D A; 4ECF A; 2KQZ A; 2I4B A; 4NF5 A; 1SD3 A; 4RA1 A; 1EYI A; 3W9W A; 5H8F A; 3AXF A; 4AS4 A; 2VD3 A; 4FAJ A; 2RKM A; 4KPT A; 3ECR A; 4F31 B; 1YYZ A; 3PPQ A; 3P7I A; 2XD3 A; 3Q29 A; 4AQ4 A; 1FTJ A; 4Z7E A; 3PD9 A; 1IUD A; 1MQH A; 4ZE9 A; 4M1V A; 2I0C A; 2VD2 A; 2P2A A; 3OO9 A; 3PMW A; 4R2B A; 1IIW A; 3LSL A; 3OO7 A; 3V89 B; 3S9L C; 2F3B A; 2UXA A; 3F11 A; 1FPJ A; 2PT1 A; 1B3E A; 3VLV A; 5I84 A; 4F3P A; 4EQ7 A; 3IOT A; 3C36 A; 4G68 A; 4P3L A; 3PPP A; 4R73 A; 1INP A; 3N5L A; 2OWS A; 3ZKK A; 1IIT A; 4PGN A; 1SW4 A; 2V84 A; 4R6Y A; 3FV1 A; 3GLB A; 4BDL A; 1FRP A; 2WYP A; 2JJK A; 4AB6 A; 3BKI B; 4O8M A; 4EF1 A; 5I3S A; 1ZTY A; 2VGQ A; 4NF6 A; 5ITO A; 1B40 A; 5DEX A; 3K1M A; 1FBP A; 3PD8 A; 5FHO A; 1SI1 A; 2XXI A; 2NXO A; 5I2K B; 4PAF A; 1ZBM A; 3C32 A; 2LAO A; 3MST A; 1VR5 A; 4YB7 A; 3QK6 A; 1KWH A; 2NOO A; 3IOU A; 5EHM A; 1QW0 A; 3JYR A; 4H6D A; 1ZKB A; 3T96 B; 1JW5 A; 2VHA A; 4QFP A; 1QUI A; 4EQB A; 3GXA A; 1Z7M E; 2OBG A; 1BIY A; 1DOT A; 3BFT A; 3SZP A; 3I5O A; 3Q28 A; 5TPA A; 4QFL A; 4R9F A; 4Q8R A; 3RPL A; 3OSR A; 1ZMG A; 5ICT A; 2FNC A; 1LBV A; 4IO2 A; 3SEY A; 2REG A; 3FV2 A; 4ZS9 A; 1NUY A; 3V5A A; 3PGF A; 2B3F A; 2PMS A; 4KYD A; 1FPK A; 2DWJ A; 1MPC A; 1B2H A; 2DWH A; 4X8R A; 5AE4 A; 2Q89 A; 1JVY A; 4LQ5 A; 1US5 A; 3B8B A; 1AH5 A; 3T9H B; 5A5X B; 1YZ0 A; 3CR9 A; 4GVO A; 4JWY A; 3D1R A; 3MZB A; 4JSO A; 4G4P A; 1MH3 A; 1KZ8 A; 2CEY A; 3WAE A; 3RUM A; 4MFI A; 1B4Z A; 4O3A A; 3H6V A; 4JVI A; 1MXU A; 3RQT A; 1B05 A; 2CZK A; 1Y3Q A; 3SEU A; 3H4Z A; 1D9Q A; 1SBP A; 1B0H A; 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