4P0IA

Structure of the pbp noct
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
KSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPMTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASPKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 85
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4p0iA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4p0iA02
4X9TA 4OEVA 3G7WA 4KYSA 2Q9TA 1B7ZA 1UQWA 4JB7A 4TLMB 4IB2A 4EDPA 4DXBA 1F9BA 4KCCA 3K1NA 1N0TA 2OJTA 1MM6A 1PB9A 4NF4B 4KFQA 4GIZA 5I2NB 2E0SA 1SI0A 5CM6A 1H76A 1OVTA 1M5EA 3Q27A 3FASA 3P7IA 2VOZA 1ZBMA 3TTNA 4WEDA 3PUZE 1DPPA 2XXYA 1B5HA 1MPDA 1B3HA 5TP9B 3KFMA 4NWCA 3VE1B 4PQJA 2QRYA 3RT6B 3KN7A 4TLLB 1LBBA 2XHDA 4O3CA 3TEPA 2YJPA 3H6TA 2Q2AA 3MPKA 1FTMA 3SETA 1XS5A 3TQWA 4U22A 4LZ7A 3MVWA 4YMAA 4OESA 4ONYA 4KHZE 4OTEA 3C32A 4THIA 3O97A 4KYDA 3R26A 1JQFA 1M5FA 5EYFA 2UVJA 2XXRA 3OELA 1RKMA 5CRYA 5EHSA 4PFYA 1P99A 3TMGA 5I58B 3OXNA 4DDDA 5BWJA 1B0HA 3FD3A 3MZBA 1A7LA 5L9SA 2I6EA 4JWXA 2O69A 5FTIA 4U21A 4ZE9A 3UK4A 4O3BA 1B05A 2F97A 2F78A 2Y7KA 3SEVA 4NF8B 3CFZA 1T0KA 1A40A 1US5A 3MWBA 5TPAA 4QFPA 5DYHA 4RXLA 2HAVA 1WODA 2NVUB 2QS4A 3MP6A 4G8MA 4Q0CA 3MP1A 1NMUA 4I1DA 1AOVA 1A54A 2HEUA 3Q29A 4N6PA 4YB6A 2ANJA 1H44A 3VVDA 1I69A 1TFAA 3K6UA 4P0GA 1Y3NA 2QSXA 1UTBB 1QKBA 2PMSA 4QF9A 1ELJA 4FAJA 2E1SA 3ZKLA 3OO8A 3EPEA 3OO7A 5L9MA 2A5SA 1P1UA 2RC7A 3KN8A 5DTBA 3KSJA 4LONB 1MXYA 4LP2B 5HBCA 4BLAA 2YPNA 2X7QA 3Q28A 5H8NB 5ELVA 2I3VA 4JDFA 5CBSA 2Q8JA 3N94A 2DE3A 4DCXA 1SW1A 3OO9A 4G68C 2DP8A 2WKYA 4G77A 4OERA 3QSLA 5I56B 1B7HA 4EUOA 4KI0E 1OQGA 4GWOA 3T96B 5F7VA 5CBRA 2UVGA 1MG1A 2Y84A 2QS1A 3HPIA 3K1PA 3RLFE 1MH4A 3IX1A 3R7XA 3MZ1A 3FXUA 3IJXB 5CMKA 3MC2A 2XXIA 4QSCA 5K2XA 4U1ZA 1PB7A 5H8SA 2H98A 4DE8A 3VLVA 1MY4A 1Y1ZA 1VR5A 3TTRA 2NXOA 3IR1A 5I57B 3F11A 4MLVA 2VP1A 1B32A 4C1TA 4IO7A 5AA4A 4PP0A 2ZNTA 3T93B 4R73A 3PPNA 3LR1A 2I0CA 3VLUA 3PMVA 3S9EA 3H03A 4NF5A 3MQ9A 3I5OA 5CMMA 1B5IA 3H7MA 1QKAA 4DLDA 1XC1A 3KJTA 3LSWA 1LAFE 3DP4A 3EHSA 1PC3A 4MLQA 3HN0A 4EQ9A 4F29A 4M4GA 2XXHA 1OLCA 4POXA 4Z0IA 4PFWA 1Q35A 4YAHX 2O7UA 3TAJA 3PUVE 4AB6A 3ILUB 3TKDA 1OVBA 4WXJA 1I6QA 1NNFA 1WVJA 3IOWA 2NWJA 2Q2CA 4IY5A 3FV1A 3DELB 1SW5A 1BIYA 3A3CA 1EZPA 2Q89A 3ZSFA 3PMWA 3K6WA 4R2FA 3FV2A 3MUQA 1USYE 4F1UA 3DP8A 1M5CA 5AA1A 1B3EA 1MY2A 1FQBA 4LQ2A 2H5YA 4KQPA 4G68A 3FVGA 1URGA 3MP8A 4KCDA 1PDAA 1R9LA 4GFRA 4GQOA 1MDP1 2I4BA 4C1UA 4YU0A 2RF1A 2ESNA 3IOUA 1ZU0A 2DWIA 3I6VA 2NOOA 2RCAA 3W9WA 1OMPA 2XD3A 1LB9A 5H8QB 2A5TA 1N3WA 2REJA 4X48A 1IXGA 2CMOA 2FNCA 4F2QA 1PBPA 3IB0A 1UIVA 3IB1A 5JEIA 5L9OA 1HSLA 1YAEA 1FTKA 2F8DA 3U1OA 2AIXA 2NUVA 5CMCA 3WAFA 4Q8RA 4YKJA 3G3HA 1KWHA 3QIMA 3S9MC 5TPAB 1EZ9A 4FEDA 4H67A 3O66A 3BKIB 3C33A 2F6PA 2VD3A 1TXFA 3Q26A 3PMXA 4R74A 4DXUA 4RY1A 2HQ0A 2OWSA 4I62A 3EHUA 2ZYMA 3FZVA 4OXVA 3FJMA 1FQCA 3OSQA 2HFBA 4GOTA 3S9NC 5I59A 1EZOA 2PYYA 5B70A 3GBAA 3SDFA 1SW2A 4JSDA 2Y7IA 3CRBA 4OFJA 1FQDA 5AA2B 4XKPA 3W15C 3EHTA 3FGSA 1EU8A 5HM4B 3TTLA 1P1QA 4KPTA 1Z7ME 4F3GA 1PEBA 4F18A 4R75A 3O6IA 5JTYA 2PVUA 1A99A 3OD7A 1H3DA 5CMBA 3R6UA 3RNNA 4R6KA 1NL5A 3VXCA 3FXQA 1CB6A 1MQDA 2Z8DA 2YLNA 1ZLQA 3RUMA 4L17A 1URSA 5A5XA 3KG2A 2IA4A 3IOVA 3K2DA 4NMYA 1DTGA 5M2VA 4DIGA 1LGBC 3K01A 5DVIA 3MVXA 3V89B 2V3QA 1DMBA 3RQTA 3OOAA 4N07A 4FIMA 1DOTA 1A55A 2I58A 1VE4A 4OFLA 1Y3QA 2X26A 3RT8A 4F1YA 3E4RA 2ZNUA 1OQHA 2QS2A 2XXXA 4IGRA 2O51A 1BLFA 3U72A 2GFEA 2QS3A 4H0WA 4EXLA 1SDXA 1O63A 4NTLA 3O6GA 3FJ7A 1LAGE 3H4ZA 2DVCA 1WDNA 3O9PA 3RTFB 4OEUA 4NWDA 1JEUA 4IO4A 1IXHA 3M3LA 3SKPA 4QSEA 5FHNA 2GHBA 2ZYOA 1AIVA 4G2ZA 1QW0A 1XVXA 5AA4B 1DPEA 3C34A 3B6QA 2O7IA 3G3IA 3K4UA 2ONRA 4OENA 4ZEFA 1LCTA 3CFLA 3VLWA 4NF5B 2QMWA 4FE8A 2DOJA 1IEJA 3EF7A 4LA9A 4YB7A 3TDJA 3PPRA 3T9VA 2V3UA 4U2RA 1JVYA 5KDTA 1IITA 4FORA 2OZZA 3TCFA 4NF6A 1XOCA 1AH5A 2ZMBA 3IORA 3UA8A 3T22A 4EF2A 4R72A 2RINA 1MQIA 3E9XA 2O84X 1UIUA 1LFHA 2OLBA 2XD2A 2G93A 4HCYA 4JWYA 3EN3A 1EH3A 3K1MA 3HSTA 5ICQA 5H8FA 3L6GA 4QFKA 3V83A 4JWOA 2RC9A 4F19A 3FVNA 3UORA 2REGA 4F3PA 1GGGA 1MXUA 1H43A 3KOTA 3PPPA 2CZLA 2XXWA 4IO2A 2UYFA 5J1DA 1MM7A 2Z8FA 1IZ1A 1CE2A 3GBBA 1VSOA 2XXTA 3K6VA 4QRZA 4GF8A 5CC2A 4G68B 3PUYE 4OWDA 3JZJA 2F35A 4ELQA 4JBZA 3HO7A 4HTGA 2QPQA 2VHAA 3T9HB 4YB5A 1Y20A 1LFGA 2DWHA 3QYTA 3FUZA 1MPBA 1FTOA 3PD9A 1Y3PA 4R2BA 3QK6A 3FIRA 2A5TB 4N13A 3FATA 4YZZA 3PV0E 1FQEA 3O2AA 1B3FA 3DP6A 4GL0A 2VD2A 5ISUA 3KEIA 4E0WA 4XTCQ 1Y4CA 2Y7WA 4IGTA 1SW4A 2F34A 3H06B 3K00A 5AA2D 2UXAA 1B1XA 3VVEA 2Y7RA 4DZ1A 4F3SA 1MXWA 1N04A 3S2VA 4QFOA 5ITOA 4RK9A 3IL1B 4ZZAA 4U23A 3CSBA 4R9FA 4ELOA 3CG3A 4K3FA 4IY6A 4RNSA 4NEDA 3IB2A 4POWA 1R9QA 4GVOA 2AL4A 5KCJA 4PE5B 2ONKE 1NNPA 1POY1 4WKMA 3S9LC 3IOTA 2RKMA 4I9DA 1P1NA 3H3GA 1ANFA 2HXWA 4TQUQ 3L6HA 3USDA 3D4GA 4F1VA 2G29A 2B3BA 3IJOB 1NH8A 4OHNA 3A09A 2F36A 4EXKA 1MXVA 4H6DA 1URDA 3OENA 1NKXA 1B2HA 3ECRA 1JETA 2HAUA 3G3KA 4EQ7A 5JTYB 4IO6A 4ELRA 3C31A 4RJZA 2X7PA 4PFTA 3QUFA 4YKPA 1JW4A 4ESXA 3LUYA 1TT1A 3TCGA 3KJ7A 1LSTA 1ZMGA 4P11A 3T9XB 5A5XB 2ZYKA 3CR9A 1B0LA 3KGCA 3HV1A 4OYVA 5JK4A 3H6UA 3G3GA 3K0VA 1MPCA 1YPNA 4FATA 3ODBA 4G8HA 3MJNA 4KD5A 3IK6B 1GVCA 2OK2A 2QJEA 4M1VA 3N5LA 4RA1A 5F1QA 1OIBA 4LUBA 4GLIA 3MZ9A 5I2KA 2GRVA 4KR5A 3VFJA 1MY0A 2D21A 2UVHA 1BTJA 1P1WA 3B6WA 3SEWA 3CFXA 4G8NA 3ZKKA 2F7AA 3I3VA 1TWYA 1SYHA 3S4UA 3LBSA 4BDRA 1MH3A 1B4ZA 5H8HA 3RPWA 1N76A 1UTHA 1VFDA 4LZ8A 3E13X 4F39A 2DWAA 3M3FA 2F7BA 4ECFA 4F22A 4MH5A 4RYAA 4FEBA 1PB8A 4EF1A 1M5DA 4MF3A 4BDLA 3QAXA 3PUWE 1QVSA 5HPQA 5KDTB 3B7DA 4G4PA 4NF6B 1NH7A 4ZEBA 3C4MA 5FHMA 3MPLA 4H8IA 3HHFA 2XXQA 2ABHA 1N7WA 3VDFA 2R6GE 3AXFA 2DXRA 3O29A 4MFIA 3FJGA 3C9HA 2GH9A 4BDQA 2DE2A 2P0SA 3C36A 5DVFA 1HSEA 5H8FB 4H5GA 1PBQA 3U8QA 4X1BA 2RC8A 2P1SA 1Z7NE 2I49A 3RY3A 4F31B 2XX8A 1GV8A 4XXUA 3MW0A 5TU0A 4RK2A 1NNKA 4ISUA 2DWJA 4X1DA 2O1MA 2I0BA 4BDOA 4P0IA 4YKIA 4XKQA 2P2AA 1DTZA 1B7UA 4HCWA 4F2OA 1D3KA 3MAMA 4JXIA 3TCHA 1YCJA 3VXBA 5AA3A 5BUUA 3SEUA 3HHGA 4H8JA 4U1OA 4LQ5A 1LCFA 1B46A 2Z23A 3QUJA 1S7YA 2GHAA 3DLNA 4ELPA 4TOZA 3MVZA 4JSOA 1QULA 3BBRA 2DQVA 2HZKA 3MBPA 1N7XA 1DSNA 2DE4A 3Q25A 5DEXA 4R6HA 2DXYA 4AQ4A 4C0RA 1MXXA 1M5BA 2ZYNA 1D9VA 1B3LA 1LAXA 1YTVA 1B1HA 1IQ7A 1MRPA 1VFEA 3U94A 4ZZEA 4FECA 4PETA 5DVJA 1I6AA 4ZECA 3THIA 3PPQA 4GRKA 1B5JA 3PGFA 1JW5A 3PD8A 1IXCA 5H8QA 5IAIA 2DVZA 1US4A 3C35A 2B3FA 5KCJB 2UYEA 3LC8A 1LBCA 3N6TA 3BFTA 2ZXTA 1LB8A 5IKBA 2LAOA 4H1XA 3IO4A 1MQJA 1MQHA 1P1OA 3UGWA 1ZIUA 1S9TA 3KSXA 1IXIA 3QXMA 3GLBA 2XXVA 3IO6A 1LAHE 2O68A 3SESA 3G3JA 2Q88A 1QUIA 3VVFA 1J1NA 2XX9A 3LSFB 2VGQA 4DXCA 5L8DA 2XXUA 1I6BA 2OBGA 2O6AA 2O1LA 4HS7A 2DS9A 3SEXA 5AE4A 3TQLA 4Z7EA 3UIFA 3TYHA 3MVYA 3N6UA 1QUJA 3FVOA 3SEYA 1Y4TA 1XT8A 2HCAA 3N26A 3W9VA 2DSFA 1NNTA 3K02A 2B65A 4LZ5A 1FW0A 1HSJA 5AA2A 4KYEA 3UN6A 2IEEA 3RGYA 2F5XA 2FYIA 4QFLA 3H6WA 4XKNA 4H65A 5FHOA 4NF4A 4R6YA 2BJJX 3KBRA 4OETA 3SERA 5I2KB 1O64A 5I2NA 1SI1A 1SBPA 1MXZA 1TFDA 1JW1A 4XIGQ 3RTWB 2PBWA 3D4CA 3U93A 3TTMA 3CG1A 3TTKA 4GXSB 3G3FA 2OCUA 4NE4A 2FA7A 5TP9A 3CVGA 5H8HB 1AMFA 4MBPA 4I8CA 3JYRA 3M8UA 1UTHB 3H6VA 4ZDMA 4ND9A 3LSLA 4RPOA 3O28A 4IO3A 1B4HA 1FQFA 3BFUA 3KZGA 3KOSA 4UACA 5KZTA 3FXRA 4UA8A 2F7CA 4OMBA 1SQYA 4OFOA 4OQOA 4FJPA 4QFNA 2UVIA 4OZ9A 4PFUA 4Q30B 1OLAA 1B3GA 2R9JA 2DYXA 3KN3A 1JEVA 1N3XA 5LOMA 3OO6A 1D9YA 1B58A 4AB5A 2PX1A 1Y1MA 4BDNA 1Q1KA 5I58A 3V8XB 4ZEIA 5I59B 2I48A 5FTHA 3CSGA 4ZS9A 4LVQA 1FTLA 5B7DA 1A8FA 2ONSA 3JV9A 4F3BA 1D4NA 3ILTB 3ONMA 2PT1A 4QSDA 5EHMA 1AL3A 1B40A 3OMBA 3FVKA 4NF8A 4YICA 1NFTA 1B51A 1GTKA 3A3UA 4ZE8A 4YMBA 2D5WA 4RPNA 1BKAA 4O3AA 1XHYA 2V84A 2H25A 2AYSA 4HW8A 1SD3A 5CI5A 2H99A 1RYXA 2V25A 1QJMA 3LSXA 3CIJA 3WAEA 4WEPA 1MDQA 1ATGA 4H5FA 3TZAA 3U92A 3T66A 2R71A 2XXPA 1ZTYA 1MY3A 3OEKA 4QHQA 4ESWA 2KLFA 4IO5A 3V5AA 2OWTA 2XX7A 3M3KA 1JNFA 1UTBA 2ZNSA 4BDMA 1FCKA 1R6ZA 3TFLA 3HCQA 4DCYA 4XKRA 2W7YA 4EQBA 3TELA 5DEXB 2I3WA 2AL5A 5ICTA 1N84A 1O7TA 5DT6A 3PPOA 1B6HA 3PU5A 2F6GA 2Z22A 3IAZA 1POTA 1BP5A 1MQGA 4ZEDA 2QMXA 2Z8EA 4U4XA 5H8NA 2D3IA 1RYOA 2PT2A 1IIWA 5K2YA 1FQAA 2M8CA 4LATA 1GR2A 3E3KA 1ZKBA 2HZLA 1B9JA 3RN8A 3VV5A 3EQ1A 2Y7PA 5I56A 1H45A 4GD5A 3TODA 2THIA 3GXAA 3UP9A 2H4IA 4ZEKA 2ALUA 5ITPA 3TPAA 1JVXA 1Y9UA 4YKKA 1XVYA 1ZJLA 1II5A 1SVXB 4U4SA 3K6XA 4Q5TA 1MS7A 2QL3A 1A8EA 3TUSA 3PUXE 3OSRA 4GXAA 1L5TA 2V3TA 1IUDA 5I57A 3OEMA 3CI8A 3T9UA 3B6TA 2I4CA 1LLSA 3DM0A 1S50A 4E0XA 1SYIA 1LFIA 1QUKA 4R9GA 2RCBA 3O6HA 3ZS6A 1FTJA 1R1NA 4OVJA 1B52A 2V93A 1USYH 5I84A 2H9BA 4GL8A 1MY1A 3GZGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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