4P0IA

Structure of the pbp noct
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
KSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPMTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASPKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 85
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4p0iA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4p0iA02
1MRPA 1GGGA 1HSLA 2CZLA 4G68B 1USYH 1VFDA 2ONKE 5A5XB 3C31A 4Z0IA 3TTNA 2RINA 3OXNA 2GHBA 4KCDA 4U4XA 2HAUA 2XD3A 3SKPA 2O7IA 2PX1A 1IXIA 4FAJA 2QS3A 4XTCQ 2XXWA 3B7DA 2ONSA 1US5A 4RK2A 2V25A 5H8HA 3L6GA 1AL3A 2QJEA 3FVNA 4H8IA 4DXCA 3IX1A 4GRKA 3LC8A 2ZNTA 1IXHA 2RKMA 4IB2A 1DPPA 1ZKBA 4GIZA 1D9YA 3S2VA 3T9VA 2OJTA 2ALUA 3VVEA 2FA7A 2DYXA 3MZ9A 1LBBA 3IB1A 3MAMA 4YKPA 4BLAA 4R9GA 1CE2A 1O63A 1S9TA 3K2DA 4C0RA 3E4RA 1H43A 3G3JA 4ELRA 1QUIA 3LUYA 3O6IA 2F35A 2F5XA 3IAZA 3MZBA 3H3GA 2UVGA 3MP1A 4Q30B 1UQWA 2OWSA 1NNFA 3OO9A 2RF1A 1FW0A 3U72A 1QVSA 4NWCA 3ONMA 1XT8A 4XIGQ 4DDDA 3QUFA 2O6AA 4GVOA 3BFTA 3PUVE 3MZ1A 5H8QB 2XXYA 3IO4A 3DM0A 2G93A 5DVIA 2V3UA 5I59B 5F1QA 3I5OA 4RJZA 1S50A 3KOTA 1TWYA 1MDQA 1ZBMA 5IKBA 2F36A 3G3HA 3N6TA 3TDJA 2NVUB 4F19A 5KZTA 4H8JA 5AA1A 1MH4A 4FECA 4PE5B 3LSLA 1EU8A 5TP9A 3OO8A 3SEXA 3OO7A 3FXRA 5JEIA 3PPQA 3VXBA 2QSXA 3OENA 4BDOA 1MQGA 2DOJA 3ECRA 2XHDA 2HAVA 3U92A 4PP0A 1LAGE 5B70A 3VE1B 4DE8A 3QK6A 4R2FA 4EXLA 3Q28A 4IY6A 1ZTYA 5I2KA 4TQUQ 2I48A 2F34A 3UORA 3SEUA 3KN3A 4ZE9A 3O29A 1JVYA 2QL3A 3SEVA 3QUJA 2RCBA 1GTKA 4E0XA 1QUJA 1B58A 3HN0A 3LSFB 3MVWA 1Y1ZA 5CM6A 3PU5A 4M1VA 3K6WA 1B1HA 2E1SA 1BKAA 3C32A 2B65A 2Z8EA 1D9VA 3CI8A 3TCFA 4IO7A 3S9EA 3T9XB 4PFYA 4H5FA 4Q8RA 1FTJA 3T96B 2AL4A 4R74A 4THIA 4YKJA 3ODBA 2IEEA 5AA2B 4H67A 2HQ0A 2M8CA 1JW5A 2I3VA 4MLVA 4N6PA 1O7TA 5HBCA 3KGCA 4QSDA 3K01A 3OSQA 1MY0A 4R9FA 3H7MA 1Y20A 2X7QA 2AIXA 5HPQA 4U4SA 2R6GE 3GXAA 2ZYMA 3H06B 1II5A 5CBSA 4FORA 1FTMA 4ELQA 2XXTA 1B3FA 2CMOA 3JV9A 1A54A 4ND9A 1POTA 3DP6A 2I6EA 3N5LA 2PMSA 3TUSA 4ISUA 2DE2A 4LA9A 1AMFA 4G8MA 1FQBA 4KPTA 4ZECA 1B3LA 1P1UA 1XS5A 3EQ1A 4LUBA 4R75A 2UVIA 3PUWE 3UIFA 4PFWA 3O6HA 1FTLA 5AA4A 1ELJA 2Y7IA 4NTLA 3C35A 1UTHB 2Q2CA 2P2AA 4I1DA 2D5WA 2XXXA 2F78A 3S9LC 2W7YA 3KG2A 3MBPA 2R71A 2UXAA 3PUZE 1IXGA 1Q35A 4Q5TA 1PEBA 3CIJA 4OTEA 5TPAB 1NNPA 3WAEA 4U23A 3DELB 3SEYA 2X26A 4H6DA 1MQJA 3EHUA 3UGWA 3T93B 4F3BA 1RYOA 1QKBA 1QULA 1ZLQA 3PMWA 3U1OA 4YZZA 3TPAA 1DSNA 4U21A 4GFRA 4G68A 1NFTA 5A5XA 1MXVA 3IB2A 1B4ZA 4YICA 4AQ4A 4TLLB 3Q25A 5JTYB 1P1QA 3T66A 4UACA 2DP8A 5DT6A 1B9JA 4EXKA 3VLVA 4FEBA 3U94A 4HS7A 4DCXA 2ZYKA 3IK6B 1VE4A 2F7AA 4N13A 2Y84A 4G4PA 1OQHA 3IJOB 1OLCA 1MS7A 3HPIA 4PETA 4OFJA 5K2XA 2PVUA 5J1DA 1EZ9A 2DQVA 1B40A 4DXUA 4JXIA 2H98A 1MH3A 4LQ5A 1BP5A 1JQFA 5L9MA 1AH5A 1DMBA 2UVJA 3F11A 4XKPA 4JWOA 4C1TA 4ECFA 5DYHA 2I3WA 3K1NA 3TMGA 2P0SA 3V83A 3BFUA 4F29A 5I2NB 4ZEIA 4YMAA 1JEUA 3B6TA 4GLIA 2I0CA 3QSLA 1HSEA 3I3VA 4TOZA 5L9SA 1PBQA 3DP8A 1DTZA 2HXWA 5CMKA 4JSDA 3MWBA 3N26A 3HCQA 1MQDA 2PT1A 3Q27A 4QFLA 3FZVA 5ELVA 1B0HA 2QMWA 3OMBA 3HHFA 5H8QA 3OO6A 4Q0CA 2NUVA 4WXJA 2OK2A 2GFEA 1JW1A 4OEVA 3N6UA 4QFKA 1B32A 3M8UA 3KOSA 4P0IA 4E0WA 3PD8A 1B4HA 3MVYA 1USYE 1XOCA 4R6KA 3K6UA 1MXYA 2PBWA 2XXUA 2V3QA 4XKRA 1IITA 2B3FA 4DXBA 4GOTA 1J1NA 4KFQA 4ONYA 2HZLA 3L6HA 1BLFA 2H5YA 3CRBA 5CMBA 4DCYA 1KWHA 4GQOA 1US4A 1VSOA 4YU0A 1LFGA 3K6XA 3IR1A 4F39A 3RQTA 3ILUB 1SDXA 2QS2A 1B7HA 4F31B 5ITPA 1MDP1 3N94A 2RC8A 3IOUA 4P0GA 4EQ9A 4FATA 4BDQA 2XX9A 3RTFB 3CVGA 5H8NB 4YAHX 3LR1A 3KN7A 1A8FA 3EN3A 4F3PA 4X9TA 1NH8A 4KQPA 2VGQA 3FV1A 1N84A 3H6WA 3SEWA 3AXFA 4ZS9A 1B51A 3FIRA 1LGBC 2HEUA 4LZ8A 4LZ7A 4F1YA 4G2ZA 3HSTA 1N76A 4EDPA 3KJTA 1LFHA 2VHAA 4C1UA 2Y7KA 3KN8A 4IO3A 1WDNA 1B3HA 4GL8A 2DVZA 1A40A 5KCJB 1QW0A 5AA2A 4IY5A 1M5FA 1DPEA 3SETA 3UN6A 2O84X 4IO5A 2DWAA 1N3XA 4PFTA 3PPNA 3OEMA 1T0KA 3HHGA 1NNTA 1P1OA 3PPOA 1Y4TA 1LAHE 1SI1A 1PDAA 2F7CA 1DOTA 1ZIUA 4RYAA 4OWDA 1M5CA 5CI5A 1BIYA 3CR9A 3TTKA 3VDFA 1Y4CA 4OESA 3MP8A 3TCGA 1LB9A 1Y3PA 5H8HB 1OLAA 5I58B 2A5TB 2FNCA 4M4GA 3FVKA 1LAFE 3FXUA 4F3SA 4OFLA 1P1WA 1UTHA 2Z8DA 3PUXE 2LAOA 1I6BA 1SD3A 1SI0A 3THIA 1FQCA 1B6HA 2Y7PA 3KSJA 4KR5A 4GF8A 3KEIA 3MPKA 5TPAA 2B3BA 4OQOA 2AL5A 4LATA 1N3WA 1N04A 4XXUA 1SW2A 3FXQA 1OVTA 3CFZA 1UIUA 2ZXTA 5EHMA 2REGA 3SESA 1JNFA 1MQIA 5FHNA 1B3GA 2Q9TA 4OETA 5JTYA 5ISUA 2HFBA 1AOVA 2XX8A 2VD2A 1A8EA 2BJJX 1BTJA 2DWJA 3OEKA 4ZZEA 5ICQA 1EH3A 3P7IA 3K1MA 3HV1A 1IQ7A 4YB6A 3KFMA 3FVOA 3W9WA 1MPDA 3H03A 4ZZAA 4H65A 1H44A 3BKIB 4N07A 1NH7A 5I57B 2QS4A 5DEXB 3O66A 1MXWA 4U1ZA 1MXXA 4GXAA 1MM7A 3CG3A 3EHSA 1IUDA 5FHOA 3CG1A 2Q2AA 2UYFA 3C4MA 3RY3A 5L8DA 2RCAA 2Z23A 1OMPA 4R6YA 5I2NA 1PB8A 4XKQA 3M3LA 1P1NA 2Z22A 3ZKKA 5CMCA 3FD3A 1Y3QA 2REJA 4RA1A 3ILTB 3S9NC 3IOVA 1CB6A 3KSXA 3Q26A 4X1BA 3QXMA 4Z7EA 5I2KB 1P99A 3CSGA 1B2HA 1LB8A 2QPQA 4QFOA 2OBGA 4F2OA 4OVJA 1D3KA 4K3FA 1H45A 4OHNA 4NF6B 1A99A 3C34A 4QFNA 4H1XA 2DXRA 3B6WA 1YAEA 1SW4A 3MP6A 4F3GA 1RKMA 2Y7RA 4KYDA 1B7ZA 5LOMA 4ZEKA 1RYXA 1R9QA 5I56B 1LFIA 5K2YA 2ANJA 3U93A 4NF8B 1URGA 4YB5A 4KI0E 2H99A 3QYTA 4RNSA 5FHMA 3S9MC 5KDTB 2NWJA 4R73A 1FQAA 5BUUA 4H5GA 1FQDA 1TT1A 2YPNA 4OYVA 2NOOA 2ZMBA 3GZGA 2DWIA 2XXIA 4OZ9A 4EF2A 3TODA 3TCHA 3V5AA 5H8FB 4ZEBA 3R6UA 1MPCA 1TFDA 2GRVA 4EUOA 3IOWA 4F2QA 2DVCA 5H8NA 3W9VA 5HM4B 3SDFA 1Y1MA 2I0BA 4KCCA 1R1NA 3USDA 2XXHA 3FATA 4RPOA 2XX7A 2UVHA 4JB7A 2OZZA 5H8SA 1JEVA 3TTRA 1SQYA 3TQLA 1D4NA 2OWTA 1GV8A 1LBCA 1DTGA 1Y9UA 1Q1KA 2DE4A 4YB7A 3W15C 2O7UA 5AA2D 4F1UA 4HW8A 1MM6A 4MFIA 1XVYA 2Q89A 1GR2A 3TAJA 3MPLA 3VFJA 4AB6A 3MVXA 1I6QA 2Q8JA 3OOAA 3BBRA 5KCJA 5I59A 5L9OA 3FGSA 3A09A 1YPNA 2V84A 4I8CA 1PC3A 2ONRA 1LAXA 3UK4A 4OXVA 4JDFA 4OENA 2VP1A 3SERA 3TYHA 2P1SA 4EQ7A 1VR5A 1N7WA 2VOZA 2F97A 2DWHA 4U22A 4R2BA 3K1PA 4RPNA 3RUMA 4OERA 2O69A 3TQWA 3QIMA 2VD3A 3H6TA 3K02A 1EZOA 1NL5A 3IL1B 1GVCA 1MY1A 2F7BA 2Z8FA 3Q29A 5FTIA 1I69A 2THIA 1PB7A 3CSBA 4NE4A 2ABHA 2XD2A 2XXQA 2D3IA 1B52A 1ATGA 4RY1A 4MH5A 1B5JA 4NWDA 4ZDMA 1B5IA 3E3KA 5I58A 2A5TA 2ZNUA 3GBAA 4ZEDA 4ELPA 4LVQA 1MPBA 3O9PA 3PUYE 4KYEA 3D4CA 2DSFA 1FQFA 3H6VA 1UTBB 4NF5B 3VLWA 1EZPA 4QSCA 1OIBA 1PB9A 5EYFA 3PMVA 2YLNA 4MBPA 4PFUA 1YCJA 4EF1A 1NMUA 2F8DA 3OSRA 3R7XA 5I84A 3MUQA 4QF9A 3FJMA 5CMMA 4QFPA 3RN8A 2XXVA 4RXLA 4R72A 3UP9A 2O1LA 3C36A 1WODA 3PV0E 3RLFE 3CFLA 1HSJA 1M5BA 2ZYNA 4NEDA 1Z7ME 3G3GA 1ANFA 4KHZE 3WAFA 2RC7A 3EHTA 1SBPA 1VFEA 3G7WA 1M5EA 5BWJA 3G3KA 2FYIA 4F18A 1S7YA 3IJXB 1N7XA 1NKXA 3MW0A 3TFLA 1L5TA 4YKIA 3OELA 4QRZA 3R26A 1H3DA 4GD5A 3T9HB 3TTLA 5B7DA 1Z7NE 4NF4B 5CC2A 2XXPA 1WVJA 3IOTA 1FCKA 5CRYA 2XXRA 3GBBA 2KLFA 3FJGA 1A7LA 4QSEA 5I57A 4P11A 5DEXA 3FVGA 1MY4A 4KD5A 3RT8A 1IEJA 5DVJA 3TZAA 1LLSA 4LONB 1IIWA 2O1MA 3E9XA 2QMXA 4XKNA 3RTWB 4BDRA 4TLMB 4F22A 1QKAA 1JW4A 2AYSA 1QJMA 4F1VA 5F7VA 3GLBA 5DVFA 1LSTA 5FTHA 3EF7A 3FUZA 3O28A 4LQ2A 1O64A 4WEPA 3VVFA 1FTKA 3UA8A 3MQ9A 2I58A 4PQJA 1IZ1A 1R9LA 2R9JA 3PPRA 3LSXA 3O97A 1LCFA 3T9UA 3U8QA 3PD9A 2DS9A 1MXUA 4GXSB 4DIGA 2V93A 2I49A 2V3TA 3PGFA 4FE8A 1UIVA 3KZGA 3KBRA 4JSOA 4NF6A 4POXA 4POWA 1FTOA 4LZ5A 3PPPA 4UA8A 3MC2A 1XVXA 4OFOA 2OCUA 4HCWA 3IB0A 4I62A 2HZKA 3JYRA 2QS1A 3KJ7A 1I6AA 3IORA 3I6VA 5I56A 1JVXA 3K0VA 3A3UA 5TU0A 4IO6A 4ZE8A 1Y3NA 4G8HA 2I4BA 4NF8A 2HCAA 1YTVA 4IO2A 5EHSA 1N0TA 5KDTA 4ESWA 2H4IA 3G3FA 1OQGA 2X7PA 4JWYA 4YMBA 4X48A 2G29A 5CBRA 3ZSFA 1NNKA 3MJNA 4WKMA 3TTMA 2UYEA 2ESNA 3LBSA 3QAXA 5H8FA 4GL0A 3E13X 5TP9B 2QRYA 3M3KA 1SVXB 1PBPA 4EQBA 4O3AA 3H4ZA 4DLDA 4HTGA 4OMBA 4BDNA 1H76A 3VLUA 4RK9A 4JBZA 3FJ7A 3A3CA 1MG1A 2WKYA 4ESXA 4QHQA 1B0LA 4L17A 2YJPA 4GWOA 1B3EA 2OLBA 3D4GA 2E0SA 5JK4A 3VVDA 4KYSA 2Y7WA 3HO7A 4O3CA 2D21A 3VV5A 1POY1 3CFXA 5AE4A 3O2AA 3FASA 2NXOA 1ZJLA 1B46A 3ZKLA 2A5SA 3O6GA 4G8NA 3B6QA 2I4CA 3MVZA 1SW5A 3EPEA 4G77A 4U1OA 2DXYA 3DP4A 1R6ZA 2ZNSA 1B7UA 3V8XB 5AA3A 1XC1A 3DLNA 3VXCA 1SW1A 3V89B 1ZU0A 1JETA 2GH9A 3C33A 1MXZA 1B5HA 4I9DA 4LP2B 2F6GA 2H9BA 1OVBA 5ICTA 1MQHA 1SYIA 3RGYA 4G68C 1URDA 3TKDA 4IGTA 4JWXA 2F6PA 4ZEFA 1ZMGA 3PMXA 3G3IA 1FQEA 4IO4A 3TEPA 4MF3A 4IGRA 4H0WA 4O3BA 4DZ1A 1SYHA 4R6HA 1TXFA 3M3FA 1UTBA 4NF5A 3K6VA 4HCYA 3IO6A 1MY2A 1A55A 2GHAA 5ITOA 1URSA 4YKKA 4ELOA 5M2VA 3TELA 3LSWA 2Q88A 3RPWA 1B05A 1B1XA 3RNNA 2ZYOA 4NMYA 1MY3A 1M5DA 2PT2A 1TFAA 3OD7A 4WEDA 4OEUA 1F9BA 4U2RA 3ZS6A 1IXCA 1LCTA 2O51A 4FIMA 2DE3A 3K4UA 3FV2A 4BDLA 5AA4B 4MLQA 4X1DA 3S4UA 3T22A 2H25A 3C9HA 2PYYA 5DTBA 4AB5A 3JZJA 2O68A 3H6UA 4BDMA 5IAIA 1XHYA 4FEDA 4FJPA 2RC9A 1QUKA 3K00A 3RT6B 2IA4A 4NF4A 1AIVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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