1B05A

Structure of oligo-peptide binding protein complexed with lys-cys-lys
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Peptide binding protein
total genus 185
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b05A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b05A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b05A02
3GZGA 2UVHA 3K2DA 3IORA 1IXGA 3TDJA 2GHBA 1MPDA 4F3GA 2F8DA 3MVYA 2PVUA 4OZ9A 4HTGA 1P1WA 4IGRA 4OXVA 4H1XA 2F7AA 4RK9A 1I6AA 3Q29A 1FQCA 3H6WA 1OIBA 4YKIA 1I69A 1B3FA 1HSEA 1ANFA 3U93A 1A8FA 4E0WA 2I48A 3EHTA 1QUIA 2IA4A 3MUQA 4ZEFA 2I58A 2O51A 1S7YA 5I2KA 1QULA 1SYHA 5I59A 3CIJA 3QK6A 4DXCA 2QS2A 3RTWB 3OO9A 5TPAB 3MBPA 4OESA 4QSCA 3FTOA 3ODBA 3O6PA 2DS9A 1B4HA 1NMUA 1VR5A 3O6IA 4F3BA 1B52A 2XXQA 4RK2A 3QXMA 3FVNA 2V25A 3FJGA 3N26A 3M3KA 2D21A 2I0CA 1B05A 4DLDA 4NF8B 2OK2A 4JXIA 1YTVA 4LZ8A 2RC7A 4F2QA 3LBSA 2REGA 1Y9UA 4OYVA 2GFEA 2DSFA 4YAHX 3E9XA 5DVIA 2VD2A 4FAJA 1ZKBA 2HZKA 3SEVA 1N76A 4X1DA 2OLBA 1BTJA 3H06B 1B58A 4H5FA 4UA8A 1I6BA 3DRFA 4XKRA 4N6PA 3PUWE 3PPRA 2P2AA 2YPNA 1URSA 4QHQA 3O6HA 3K4UA 4E0XA 4BDNA 2R6GE 3Q27A 3OOAA 5F1QA 2NXOA 4G68C 3BFTA 3OO8A 2F7BA 2BJJX 4LA9A 3SERA 3MWBA 5DVJA 2UVJA 3LSXA 3LVUA 4KFQA 4IB2A 3RUMA 4EQBA 1ZU0A 3P7IA 3C4MA 1UIUA 1P1QA 3KSJA 4GD5A 2ANJA 4R72A 1WVJA 4MLVA 1JW5A 1B3LA 3PPNA 4OENA 1A54A 4OETA 1AH5A 2O68A 4I9DA 3VXCA 1LAXA 5KCJB 2LAOA 1AOVA 4R6KA 1AIVA 1ATGA 4YB7A 5F7VA 1N84A 3R26A 4ISUA 1CB6A 5DTBA 5CC2A 2I0BA 4ZE9A 1T0KA 3DLNA 2B3BA 2NWJA 2VGQA 2XX8A 3V83A 1MXVA 3Q25A 5TPAA 4R6YA 1B3EA 3OSRA 4YKPA 3FV1A 1IIWA 3PAMA 3MP6A 3C34A 2I6EA 3FXRA 5L9MA 4PFTA 3MPLA 4NEDA 1OVTA 1FTLA 4RPNA 4X1BA 4OFJA 1B7UA 1M5DA 4NF8A 1SW1A 4Q5TA 2F36A 4O3CA 3T9VA 3TEPA 3GBAA 2F35A 3K0VA 3K01A 2HAUA 2DWHA 4N07A 2IEEA 3PU5A 1IITA 4IO4A 2M8CA 1URDA 3QAXA 5L9OA 4NMYA 4YKKA 1JQFA 3D4GA 4FIMA 2UYEA 1VE4A 3RLFE 2XX9A 1PBPA 1B0LA 2VD3A 3ILUB 2Z8FA 2Q8JA 3VE1B 3A3UA 1H44A 1LAHE 5LOMA 3TCHA 1N0TA 4X48A 4QFPA 5B7DA 2RCAA 2XXIA 1QUJA 2Y7KA 1N3WA 2D5WA 1N7XA 1USYH 3AXFA 3U8QA 4DE8A 1EZOA 4U21A 1XS5A 1Z7NE 3DRIA 5KZTA 1GVCA 3BKIB 1FQBA 2Q88A 3CHGA 1PB8A 1XT8A 4OFLA 2VOZA 4KYDA 3IB2A 3TCFA 3KN3A 4F29A 4DCXA 1QUKA 4IO7A 1D3KA 5TU0A 1MH3A 5KCJA 3FASA 5A5XB 1N3XA 2NOOA 2V84A 1FTOA 4R9FA 4LUBA 3PUVE 2Y7PA 4LP2B 4OQOA 3O28A 1N04A 4NF5A 1GTKA 5I2NB 3C33A 3V89B 4JWXA 1TWYA 4RJZA 4LZ5A 3MAMA 2X7QA 3PV0E 1MY3A 4Z0IA 2XXTA 3PPPA 3W9WA 1US5A 4POWA 1FTKA 3VDFA 4PETA 4RPOA 3FZVA 3EHUA 1FTJA 2I4BA 4KR5A 3VXBA 1EZ9A 4PFWA 4POXA 3KZGA 1F9BA 3LUYA 3KG2A 4GXAA 2DVZA 2OWTA 3TTMA 1MPBA 5TP9B 1NNFA 5K2YA 3HPIA 3JYRA 1Y4CA 2B4MA 5HPQA 3FD3A 3V8XB 3OO7A 2NUVA 4QFLA 2Y84A 4MF3A 5I56B 4QSDA 3ZS6A 1MQGA 3U72A 2X26A 2F5XA 2QS3A 1EZPA 1NL5A 5K2XA 4HCYA 3OO6A 1EU8A 4P0GA 3S4UA 1JW1A 2ZNSA 1IUDA 1BKAA 5I84A 3IOTA 2QSXA 3IAZA 3OXNA 4EXLA 4R2FA 3K6XA 4U4XA 2WOKA 3R7XA 3U92A 2P1SA 4AQ4A 4GF8A 1B1XA 3LSWA 1S9TA 4PQJA 4MFIA 4ESXA 5CMKA 1UTHB 4M1VA 1AMFA 2UVIA 3KJTA 4IO3A 3DM0A 2XX7A 3IOUA 4QRZA 2QMWA 2DOJA 3TAJA 4ONYA 2YJPA 3CFLA 4F19A 5JEIA 5CMMA 3TCGA 3VVFA 2DWIA 2QMXA 3K1PA 1SW4A 4KCDA 4F31B 1SW2A 2ONKE 3O2AA 4FECA 5A5XA 2DYXA 1BP5A 3O97A 1PBQA 2I4CA 1B6HA 2DVCA 1URGA 1A7LA 1M5CA 4FEDA 5I2NA 1POY1 1M5EA 4IGTA 2W7YA 5DEXB 1Y1MA 1JNFA 1XHYA 5FTIA 3UIFA 3MJNA 1MXWA 4ECFA 4L17A 3TYHA 3V5AA 1MDQA 3IJXB 3QSLA 2E1SA 4BDRA 3GXAA 3FATA 1DTZA 1NNTA 4Q30B 4LVQA 4LQ2A 4U23A 3I5OA 5TP9A 2X7PA 3TQLA 1AL3A 3FIRA 3OELA 3O66A 5I56A 2OJTA 4QFNA 2UXAA 3TTNA 2F7CA 2XXXA 2HXWA 4AB5A 1NNPA 1WDNA 4GIZA 3U94A 4BLAA 3T96B 4XKNA 3SEWA 4ZEDA 4RA1A 5H8HB 1R1NA 2ZNTA 2H5YA 3MPKA 1MDP1 4YB5A 4PFYA 4U4SA 3S9EA 1QKBA 3H6TA 1JVYA 4R2BA 3ZSFA 4PE5B 3HSTA 3LC8A 4FJPA 1R9QA 4NF4B 1UTHA 3L6GA 5JTYB 5ISUA 1IQ7A 2Z23A 4AB6A 1PB7A 5AA1A 3Q26A 3ZKKA 3VLWA 3SEUA 1SI0A 5AA4B 3SETA 5IAIA 1A99A 1MM7A 2ESNA 3G3KA 3TTKA 3QUJA 1MH4A 1B5IA 3B6WA 2F78A 1WODA 4O3BA 4LONB 1TFDA 2VHAA 3D4CA 3OD7A 2RC8A 2XXYA 2NVUB 3IOVA 1RYOA 4H8JA 3PUYE 4ZS9A 2O69A 1L5TA 3PMWA 1MQDA 2ABHA 1JEUA 1MRPA 5AE4A 4ZZEA 1OQHA 5DEXA 1B32A 2XXVA 3C36A 4ZZAA 4R74A 5ICQA 1TXFA 1Y3NA 4ZEKA 1TT1A 1M5BA 3VVDA 4G77A 3MZ9A 3PPQA 4TLLB 1B2HA 4GWOA 3B7DA 1P99A 5FTHA 2CMOA 4ZDMA 1UIVA 5ITPA 1SQYA 3G3JA 3RT6B 3QYTA 1B5HA 3TTLA 1PEBA 2XXPA 3IJOB 2AYSA 2I3WA 1MY4A 2O1LA 2UYFA 3SEYA 3RYBA 1US4A 3Q28A 1D4NA 4OVJA 3VLVA 1IXIA 2PMSA 1IEJA 3C32A 2H99A 1MY1A 2H9BA 5H8HA 2XHDA 2D3IA 1HSJA 5CRYA 1Z7ME 1IXCA 2XXUA 4C0RA 3HCQA 2O6AA 3A09A 2DQVA 3KFMA 1BIYA 1O64A 3G3IA 4G2ZA 2RINA 3K02A 1B0HA 3CG1A 4F1VA 3FUZA 4NF4A 5JTYA 4YU0A 2B4LA 1ZJLA 3OEKA 4GLIA 3JV9A 4G8HA 1Y3QA 1PC3A 2H4IA 1S50A 5AA4A 1FCKA 2FA7A 3FVOA 4JSOA 3FV2A 3IB0A 3T9HB 1B51A 1YCJA 2QJEA 3IO6A 4ZEIA 1MXYA 2F6PA 2Z8DA 4TQUQ 2DE4A 3ZKLA 3S9LC 1LAFE 4HW8A 3SDFA 4XKPA 4JSDA 2AIXA 3IK6B 5AA2B 5I58B 4ESWA 4NTLA 3RY3A 1VSOA 3RNNA 1VFDA 4O3AA 4XXUA 4DZ1A 3PMVA 5CI5A 3FJ7A 2Z8EA 1B5JA 3DRJA 3E3KA 3G3GA 2Y7RA 3TKDA 1Y4TA 2DWAA 3DP8A 2KLFA 3N5LA 3TTRA 3TQWA 1LBCA 5AA2D 4FATA 3MQ9A 3CG3A 4KYSA 3I3VA 3THIA 1MY2A 4WEPA 1MM6A 1NH8A 3OENA 4F3SA 4GFRA 3B6TA 3MP1A 4WXJA 3R6UA 3G7WA 3GLBA 3KSXA 4H67A 2Q9TA 2XXWA 2O7IA 5H8NB 2HQ0A 4I1DA 1II5A 2RF1A 3DRHA 4P0IA 2Q2CA 3VFJA 4KHZE 1O63A 1R9LA 3FGSA 3MVXA 4M4GA 2QRYA 3CVGA 2H25A 3TMGA 1DSNA 4JWOA 1ELJA 3HV1A 2ZNUA 3RGYA 2OCUA 1FQFA 4WEDA 3DRKA 1LBBA 4EXKA 3UK4A 1Q1KA 4KPTA 3RYAA 2GH9A 1ZBMA 4F3PA 1J1NA 4JB7A 1N7WA 3ONMA 5AA2A 5I58A 4K3FA 1QW0A 1JVXA 2H98A 3QUFA 2ZYOA 3BFUA 3VV5A 4UACA 2DP8A 1DPEA 4DIGA 2I49A 4JDFA 1FQAA 3HN0A 3CSBA 4IO6A 2FNCA 4ZECA 1SW5A 1H76A 2WKYA 3T9UA 4EDPA 3RN8A 3KEIA 4NWCA 3K1MA 3U1OA 1LLSA 3W15C 1B7ZA 3CI8A 4IY6A 5L9SA 2V3UA 1PB9A 3IB1A 3PUZE 1P1NA 5KDTB 3A3CA 4ELOA 3MZ1A 5DT6A 3CR9A 1ZLQA 2FYIA 3TELA 5H8NA 4YB6A 5B70A 3KN8A 1O7TA 5ICTA 3T66A 1IXHA 4H6DA 4PP0A 4KCCA 2VP1A 2DXYA 1LAGE 2QL3A 1OQGA 1LGBC 2AL5A 4F1UA 2RC9A 4R6HA 4OWDA 4QFKA 3B6QA 1XC1A 4HS7A 4TOZA 4C1UA 1H45A 3FJMA 4N13A 3N6UA 2CZLA 2YLNA 1MG1A 3PD8A 3QIMA 3CSGA 2ALUA 1B46A 3SEXA 2THIA 4YZZA 3EF7A 3N94A 3H7MA 4RNSA 3ECRA 4NE4A 5I57B 3TZAA 2GRVA 1XVYA 3FVGA 3USDA 2PX1A 4X9TA 1A55A 3MP8A 2V93A 1B3GA 2DXRA 5EYFA 2UVGA 2GHAA 3PD9A 4I62A 1UQWA 4XIGQ 5M2VA 3CFZA 3MVZA 4EF2A 5H8FB 3K1NA 3MC2A 4LATA 1UTBB 3MVWA 2O84X 3L6HA 3PMXA 4G68B 3HHGA 5FHOA 1GGGA 3KN7A 4TLMB 2HZLA 2Y7WA 1BLFA 3FXUA 1R6ZA 3OMBA 4DXUA 1PDAA 1OMPA 2G29A 3KBRA 3I6VA 3E13X 1NFTA 1POTA 3IL1B 5FHMA 5KDTA 4RY1A 4G8MA 4BDLA 4RYAA 2PT2A 2RCBA 2XD2A 1FQDA 4G4PA 4C1TA 2HFBA 2HAVA 2AL4A 5BUUA 1Y20A 2PBWA 3VLUA 3PUXE 5J1DA 1H43A 3FVKA 5DVFA 3O6GA 3H6VA 5AA3A 4F39A 3CFXA 3ILTB 5ELVA 5IKBA 3UORA 3RTFB 1D9YA 1B3HA 3N6TA 4U1ZA 1VFEA 2O7UA 5EHSA 4KQPA 1SI1A 2QPQA 2QS4A 4JWYA 1JW4A 4GL8A 1Q35A 1LFHA 3SESA 3F11A 5I57A 4IY5A 1DTGA 4KI0E 2ONRA 3TUSA 1KWHA 3KJ7A 3LR1A 5CMBA 2OZZA 2Q89A 4H65A 2Q2AA 3UN6A 1MS7A 5HBCA 3IR1A 1OLCA 5HM4B 1OLAA 4U2RA 3VVEA 1ZIUA 3T93B 5H8FA 5ITOA 1UTBA 1TFAA 4R75A 1CE2A 4FE8A 3K6WA 3EQ1A 4G68A 1B7HA 4Q0CA 4DCYA 1SDXA 4H5GA 1Y3PA 2A5TB 1A40A 1FQEA 3MW0A 3O9PA 1ZMGA 4H8IA 4GQOA 1JEVA 1I6QA 4OERA 2Y7IA 4PFUA 2DE3A 4NF5B 1NH7A 3KOSA 4F2OA 3RPWA 4OEUA 3E4RA 4OEVA 1MQJA 4GRKA 2V3TA 4NWDA 4EQ9A 4MBPA 3TPAA 4DDDA 2WOPA 4THIA 3M3LA 4F1YA 2XD3A 4QFOA 1DMBA 4HCWA 3M8UA 2E0SA 4P11A 3H4ZA 3CRBA 3DELB 2REJA 4IO5A 4QSEA 4EUOA 3HHFA 5BWJA 1B40A 4OMBA 4JBZA 1M5FA 2HEUA 1ZTYA 3WAFA 4BDMA 3S2VA 3T22A 1MXZA 1GR2A 3O29A 1B1HA 4H0WA 4GL0A 3MZBA 2XXRA 4YKJA 5JK4A 2F34A 3DP6A 3UP9A 4EF1A 1D9VA 1GV8A 4NF6B 3C9HA 1RKMA 1SD3A 3RT8A 1YPNA 1A8EA 4XTCQ 4ELQA 3K6VA 2G93A 2ZYMA 3IX1A 4U1OA 4ZEBA 4YMBA 3H6UA 3GBBA 1SBPA 1FTMA 2A5SA 1HSLA 1MXUA 4LZ7A 1B9JA 2Z22A 5CBSA 3M3FA 4R73A 4F18A 2A5TA 3H03A 3KOTA 2RKMA 4EQ7A 2O1MA 4OFOA 5FHNA 5H8QB 3LSFB 2DWJA 3OEMA 2QS1A 3WAEA 2DE2A 3EHSA 4GOTA 1OVBA 2XXHA 2WOLA 3UA8A 4KD5A 1H3DA 3OSQA 4ELPA 4IO2A 2F97A 4YMAA 2B65A 2F6GA 2OWSA 4YICA 2PT1A 3IO4A 3PPOA 3H3GA 3RQTA 2ZXTA 3TODA 4QF9A 3T9XB 4FEBA 1DPPA 3EN3A 2R9JA 4DXBA 1MQHA 4OHNA 3DP4A 1IZ1A 1JETA 3S9MC 1SYIA 2ZYKA 3DRGA 1MXXA 3TFLA 4MLQA 1RYXA 1LFGA 4WKMA 4BDQA 4RXLA 1LCFA 5L8DA 5CBRA 1Y1ZA 4Q8RA 2HCAA 1MY0A 1QVSA 4NF6A 5I2KB 3C31A 4MH5A 5I59B 4F22A 1LCTA 2I3VA 1FW0A 1MPCA 2B3FA 3IOWA 1DOTA 3JZJA 5DYHA 2ZYNA 4ELRA 4XKQA 3G3HA 1B4ZA 1QJMA 1USYE 3BBRA 3C35A 1QKAA 4I8CA 4LQ5A 4ND9A 5EHMA 1SVXB 3K6UA 4Z7EA 3SKPA 3FXQA 4ZE8A 1P1UA 3KGCA 1XOCA 3K00A 4GVOA 1NNKA 1LB8A 1NKXA 1MQIA 1LFIA 4R9GA 4U22A 3EPEA 4G8NA 4GXSB 1EH3A 4FORA 1XVXA 3LSLA 5H8SA 4BDOA 3W9VA 1LSTA 4OTEA 3S9NC 2ONSA 4KYEA 3UGWA 2PYYA 2OBGA 5CMCA 2P0SA 2V3QA 5H8QA 2R71A 1YAEA 3PGFA 5CM6A 1LB9A 2ZMBA 1P1OA 3HO7A 3G3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GZGA 2UVHA 3K2DA 3IORA 1IXGA 3TDJA 2GHBA 1MPDA 4F3GA 2F8DA 3MVYA 4PF8A 2PVUA 2FVZA 1CNQA 4OZ9A 4HTGA 1P1WA 4IGRA 4OXVA 4H1XA 2F7AA 5EQ9A 2PCRA 4RK9A 1I6AA 3Q29A 1FQCA 3H6WA 1OIBA 4YKIA 1I69A 1B3FA 1HSEA 1ANFA 3U93A 1A8FA 4E0WA 2I48A 3EHTA 1QUIA 5ET7A 1KZ8A 2IA4A 2MKZA 3MUQA 4ZEFA 1NV1A 2I58A 2O51A 1S7YA 5I2KA 1QULA 1AWBA 3A29A 1SYHA 5I59A 4PGPA 3CIJA 3QK6A 4DXCA 2QS2A 4N17A 5LTCA 3RTWB 3OO9A 5TPAB 3MBPA 4OESA 4QSCA 3FTOA 2CEXA 5IZ1A 3ODBA 3O6PA 2DS9A 1B4HA 1NMUA 1VR5A 3O6IA 4F3BA 1B52A 2XXQA 4RK2A 3QXMA 3FVNA 2V25A 3FJGA 3N26A 3M3KA 2D21A 2I0CA 1B05A 4DLDA 5EQAA 4NF8B 4PC9A 2OK2A 3RPLB 4P9KA 4JXIA 1YTVA 4LZ8A 2RC7A 4HE0A 4F2QA 3LBSA 4GWUA 5A5LA 2REGA 1Y9UA 4OYVA 2GFEA 2DSFA 4YAHX 2CZIA 3E9XA 5DVIA 2VD2A 4FAJA 2XWKA 1ZKBA 2HZKA 3SEVA 1N76A 4X1DA 2OLBA 1BTJA 4LN5A 3H06B 1B58A 4H5FA 4UA8A 4JVIA 1I6BA 3DRFA 4XKRA 4N6PA 3PUWE 3PPRA 2P2AA 2YPNA 1LBYA 1URSA 4QHQA 3O6HA 3K4UA 4E0XA 4BDNA 2R6GE 3Q27A 3OOAA 5I3SA 5F1QA 2WYPA 2QVRA 2NXOA 4G68C 3BFTA 3OO8A 2F7BA 2HHMA 1FJ6A 2BJJX 4LA9A 3SERA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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