1B05A

Structure of oligo-peptide binding protein complexed with lys-cys-lys
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 185
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b05A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b05A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b05A02
2Y7KA 1DTGA 2D5WA 1OLCA 3BFTA 2KLFA 4C0RA 3U72A 3A09A 4MLQA 5I56B 2AL5A 2DP8A 3QYTA 2XXQA 3JV9A 1H76A 1P1QA 1S9TA 2UVHA 2I3WA 2ZNTA 5L9OA 4TQUQ 2UYEA 3SEUA 1M5EA 2O7UA 4Q8RA 2DSFA 3DP8A 2E1SA 4E0XA 3O6GA 4PP0A 1H3DA 2G29A 2QS1A 1Y3PA 4GXAA 5H8SA 3IB0A 3H3GA 3H6UA 3IJXB 1UTBA 3T93B 5EYFA 2I3VA 2ABHA 1B7HA 2LAOA 3TCHA 2D21A 3ECRA 3DRGA 3FV2A 1QKAA 1IXIA 5LOMA 3MBPA 1JW1A 4BDRA 1QUJA 4NF4A 3HO7A 4R2BA 5BWJA 4BDNA 3CFXA 1Y4TA 4DLDA 2HEUA 4ONYA 4YU0A 4QSDA 4K3FA 3VV5A 2Z23A 4R9FA 2HFBA 4G68B 2P2AA 3GBBA 1Y9UA 1LFIA 1Z7NE 5HBCA 4F2QA 4WEDA 5EHSA 4ELQA 3FGSA 1BIYA 4KHZE 4ISUA 4R75A 4ZEFA 3O6PA 4DXCA 2PBWA 3O2AA 4PE5B 3K6UA 2F6PA 3FVGA 5H8HB 4JSDA 4UACA 1HSJA 4OWDA 5A5XA 5A5XB 4JBZA 4ZDMA 3DM0A 1N04A 1N0TA 3IB1A 1PBPA 1WODA 2ONRA 5IAIA 4F1VA 4F2OA 3OENA 2F7AA 2ALUA 4O3BA 3G3GA 3VVEA 1D3KA 5DVFA 5CBRA 1MXWA 3FXUA 5K2XA 3MAMA 2H98A 4DDDA 4ZE9A 4YKPA 4N07A 1Y1ZA 1XVXA 1YTVA 4R72A 1URGA 4U4XA 4I1DA 1A8FA 3OSRA 4IB2A 2P1SA 1SI1A 1B3EA 1B5JA 1BKAA 4R73A 3MWBA 1SW1A 1D9VA 4ELOA 1SYIA 5H8QA 3O29A 4JB7A 1MY4A 2NUVA 1TFDA 1FTLA 1A54A 5DT6A 4BLAA 1MQJA 4YICA 2UVIA 5L9MA 4YMAA 5J1DA 3OELA 3OEKA 2I4CA 1FQAA 2QRYA 5B70A 2O69A 3O9PA 5I58A 5I58B 1MQDA 1BTJA 2M8CA 3DRKA 1YAEA 4YZZA 1MXVA 2F7CA 2QS4A 2Q8JA 2Q89A 3G3IA 3KOSA 1Y3QA 2R9JA 4M4GA 3DP6A 2HAVA 1USYE 3K01A 4BDLA 3MZ1A 1MQHA 4OFOA 4OFLA 2QPQA 4QSCA 2H9BA 4RJZA 3E13X 1IITA 2V84A 4M1VA 5CI5A 4GXSB 4F22A 4JWOA 1PB7A 3N6UA 4OXVA 5AA3A 3H4ZA 3RTWB 3E4RA 1IXHA 1B4ZA 1Y4CA 3SKPA 4PFTA 4LP2B 3IOVA 3PMXA 1ZIUA 3VXBA 3PU5A 4MLVA 3T9VA 1FQDA 2Y7PA 1TFAA 4Q30B 4DXUA 5FHNA 4YMBA 3G3KA 5EHMA 3K4UA 1B3FA 4H65A 1EU8A 1VE4A 2V25A 3TCFA 4DXBA 2OCUA 4H1XA 2HAUA 4LVQA 4KCCA 2DS9A 2PT1A 2V3UA 1LBCA 2XX7A 2P0SA 1NNTA 2OZZA 1ATGA 3TDJA 4XIGQ 4ND9A 3VE1B 1MPBA 4PFUA 2F34A 4THIA 1QKBA 3FVNA 3K1MA 1ZJLA 2RC9A 4LQ5A 3WAFA 3V8XB 1LB9A 3LSFB 3RQTA 4WXJA 1S50A 3IR1A 5AA4A 3FTOA 3KN3A 3EN3A 5AA4B 1LFHA 1SD3A 3PMWA 2F36A 4Q0CA 3HSTA 3O6IA 4Z7EA 3KBRA 3BKIB 3N6TA 2DXYA 3UN6A 1M5CA 3ILTB 5JK4A 4FE8A 4QF9A 3W9VA 2HCAA 3RYAA 3L6HA 4IO6A 4RK9A 1PBQA 2F97A 4N13A 3LSXA 1QJMA 1IZ1A 4OTEA 2I0BA 3OO7A 1RKMA 4ZS9A 1JVYA 5HM4B 4Q5TA 5H8FA 3OO8A 5L9SA 2XXYA 3MP6A 4IO7A 2O1MA 1LAFE 3TTLA 3RGYA 3PUXE 1MRPA 4H8JA 3ZSFA 3G3HA 4KYDA 1VR5A 3VLUA 1LAHE 3DELB 2OLBA 2F7BA 1FTMA 1ANFA 3T66A 4R9GA 2UXAA 4JSOA 2H99A 2F6GA 4NF5A 3TEPA 1IXCA 1OVTA 1B46A 2QS2A 4EXLA 1NKXA 3LR1A 2XD2A 5CBSA 2WOLA 3DRJA 3USDA 3KZGA 4LONB 5DTBA 1MY0A 4JWYA 3I6VA 4RPOA 4U1ZA 3KSJA 1GV8A 3P7IA 3B6WA 1Z7ME 3KFMA 1DPPA 4F31B 4QFOA 3K6WA 1Y1MA 2A5TA 2A5TB 4AQ4A 1I6BA 1UIUA 2QJEA 3MP1A 3MVXA 4YB5A 4OVJA 1R6ZA 2Q2CA 3TUSA 3FUZA 2I6EA 3FD3A 4FORA 1SW2A 3HCQA 3RUMA 4F1UA 3VDFA 3OO6A 3TELA 3VXCA 1IEJA 5FTHA 4ZZAA 2GH9A 5I2NA 5I2NB 1PC3A 3PPNA 1ZLQA 4OEUA 2AIXA 1H45A 4XXUA 1UTBB 4NE4A 3PD9A 5I2KA 5H8NA 4F39A 3A3UA 2X26A 2H25A 1VFEA 3MZBA 1M5BA 2ZNSA 5ICTA 2DWIA 1PDAA 3R7XA 4NF8A 4NF4B 4NF8B 3DRFA 2RKMA 3Q27A 5CC2A 4NF6A 4NF6B 3IO4A 1J1NA 2GRVA 2OJTA 3N26A 4QSEA 4ZECA 3TKDA 3B7DA 2HXWA 4PQJA 3K02A 3I5OA 2DE3A 5FHOA 2XHDA 2GHAA 3KOTA 4G77A 2WOPA 4NWCA 1A40A 1Y3NA 4U2RA 1B5IA 3C36A 3W9WA 3PAMA 3H6TA 4JWXA 1A55A 2ZYNA 3MUQA 3ILUB 3FVOA 3FJGA 3R26A 3CIJA 1FTOA 1R9QA 1PB8A 1JEVA 3VFJA 4XKPA 3TTRA 2F78A 4IY6A 2ZYKA 4H5FA 3H6VA 3LUYA 1A7LA 3CVGA 4F18A 1JVXA 2QS3A 2XXTA 4FIMA 1MXUA 2R6GE 5I57A 3FXRA 3M3FA 4IO3A 1M5DA 2VD2A 4HCYA 3LVUA 3TFLA 3MVZA 3S9MC 3QIMA 1OMPA 1O63A 3MVWA 3E9XA 2Y84A 3TPAA 1LCFA 3UP9A 4EUOA 3RT6B 1NH8A 3TZAA 5JEIA 3PPPA 3IJOB 3UGWA 1B32A 1ELJA 4YKJA 3KG2A 2Q2AA 4GLIA 3C34A 4GVOA 3MJNA 1JNFA 1MPCA 4R74A 3O66A 1MM7A 2O51A 3QAXA 1URSA 3M3KA 3FJMA 2Z8DA 4X1DA 5H8QB 2PT2A 1SW4A 4YB7A 1MXYA 1SW5A 4NEDA 2RINA 3CSBA 5DEXA 3SEVA 5DEXB 3S9NC 2PX1A 3Q28A 2VGQA 2B4MA 4PETA 1SI0A 4AB6A 1QUIA 3LSWA 3IO6A 3FASA 3KJ7A 1SQYA 4H67A 4OMBA 5I59A 3QUFA 3MPKA 4UA8A 1P1OA 2NVUB 2THIA 2B65A 1URDA 1JW5A 5F1QA 4C1TA 2CMOA 4FAJA 1AIVA 4WEPA 2E0SA 1B0LA 3E3KA 2PMSA 1EZ9A 2HZKA 1P99A 3ZS6A 4U4SA 2DOJA 1IQ7A 3CRBA 4RPNA 4P0IA 4WKMA 1LAXA 3FATA 5IKBA 3V5AA 3CSGA 3MPLA 4O3CA 4RA1A 4QRZA 1B3HA 4G68C 5HPQA 3OOAA 1YPNA 3G3FA 4QFKA 2HQ0A 1FTKA 1P1UA 3HV1A 2B3BA 1UQWA 5JTYA 1Y20A 5JTYB 1B1XA 1US5A 2WOKA 1XS5A 3C33A 3U8QA 3T96B 3HPIA 4O3AA 5ISUA 1JEUA 3AXFA 4GOTA 4ESXA 3KN7A 1JQFA 4FATA 3FV1A 4DZ1A 1N3XA 3MVYA 3SETA 1USYH 3H7MA 1B40A 1WDNA 4U1OA 3C32A 1FQFA 1VFDA 3RT8A 4XKNA 4X9TA 1NH7A 3DLNA 5M2VA 2QL3A 3FVKA 1OQHA 3IB2A 5TP9A 2RCBA 5TP9B 2H5YA 3TODA 3UORA 1PB9A 1CB6A 3B6QA 3IORA 4FECA 3FZVA 2NWJA 3K1NA 4DCXA 1LLSA 5L8DA 4U21A 3KGCA 3DRHA 4F3SA 1GR2A 1H44A 5AA2A 4GF8A 3IOTA 2NOOA 1B2HA 1B58A 4ZZEA 1B7ZA 1MY1A 3PUZE 4H5GA 3MQ9A 2ZYOA 5ICQA 3K6XA 2DWAA 4YB6A 1LGBC 2F5XA 1B05A 4GRKA 4F3PA 5KCJA 3T9XB 5KCJB 1UTHA 4KPTA 1F9BA 3O6HA 3U93A 1UIVA 1OIBA 1WVJA 1HSEA 3PUWE 4TOZA 3L6GA 4YAHX 3JYRA 3IL1B 2O6AA 3OO9A 4KR5A 2XX8A 4GL0A 1FQEA 1MH4A 2UYFA 1SBPA 4OENA 2DE2A 1DTZA 3D4CA 3T9UA 2X7PA 3S9LC 1AL3A 1N7WA 5H8FB 3SEWA 1FTJA 2AYSA 1FQCA 2BJJX 2Y7IA 3D4GA 3B6TA 2REJA 1B3LA 1NNFA 3GXAA 2R71A 2D3IA 3PMVA 1US4A 3OXNA 4KQPA 4GD5A 3EHSA 5TPAA 3TTNA 5TPAB 1XC1A 3MW0A 3JZJA 1XT8A 2CZLA 1R9LA 4KYEA 1JW4A 4LZ5A 3CG3A 4H6DA 3SERA 2DVZA 4NF5B 3FJ7A 3OD7A 5CRYA 4ZE8A 4LZ8A 1B7UA 1B6HA 4I9DA 4KD5A 4XKRA 3C4MA 5F7VA 1MXZA 3U94A 2I58A 2O84X 3I3VA 4Z0IA 3RTFB 1LB8A 4EF2A 2I48A 4BDOA 2B3FA 4IO5A 3CHGA 3IOWA 2F35A 3IAZA 2XXIA 1B4HA 3Q29A 2DWHA 2NXOA 2ANJA 2Z8EA 3MZ9A 2WKYA 4RK2A 2XX9A 1GGGA 2XXUA 1S7YA 1LCTA 3MC2A 5I56A 1MY3A 2GHBA 4F3GA 2B4LA 5CMCA 4YKIA 4LA9A 4P0GA 1LBBA 3QSLA 3IOUA 3TTKA 1NMUA 2XXVA 1AH5A 3ODBA 2OBGA 1MS7A 1DMBA 3KN8A 1TWYA 3SESA 1RYXA 1QW0A 3VVDA 4ZEDA 2ZMBA 3FIRA 4IGRA 1AMFA 2FNCA 2XXXA 1MM6A 1SDXA 1FQBA 4R6KA 5I2KB 5H8NB 4KI0E 2DYXA 4MFIA 3CFZA 1XVYA 5CMMA 4F3BA 2OWTA 1FCKA 4E0WA 4OZ9A 4G8MA 3Q26A 1EZPA 3TCGA 4KYSA 2Q9TA 1DSNA 2W7YA 3EPEA 3LBSA 3WAEA 1CE2A 5ITOA 2DWJA 3CG1A 3RN8A 3IX1A 1I69A 4POWA 1II5A 4IY5A 1O7TA 1DOTA 2VHAA 3M8UA 2X7QA 5CM6A 1B5HA 3OMBA 3Q25A 3TAJA 3HHGA 1ZU0A 2DQVA 1YCJA 2DXRA 2V3TA 1A8EA 3ZKLA 2YPNA 3OSQA 4KFQA 4OHNA 4G68A 1ZTYA 1XOCA 3S4UA 3K00A 1MDQA 2RC8A 2ZXTA 1RYOA 5FTIA 3U1OA 3ONMA 1KWHA 1MDP1 2RF1A 4F1YA 2Y7WA 1QVSA 3BBRA 2XXRA 1NFTA 2I49A 3T22A 3SDFA 1MY2A 1ZKBA 1DPEA 3N5LA 4BDMA 4I8CA 3KSXA 2GFEA 5K2YA 3PGFA 1N84A 3H03A 2G93A 4GWOA 5H8HA 4ECFA 5I57B 3CR9A 4KCDA 4HTGA 1B52A 2IA4A 1QULA 3GBAA 4X48A 4RXLA 3PPOA 5AA1A 3SEXA 1P1NA 3MP8A 4ZEBA 5CMBA 1QUKA 4MH5A 3UA8A 2VD3A 4N6PA 1B9JA 2ESNA 1BLFA 1EH3A 4LUBA 3RNNA 5AA2D 4LQ2A 1Q1KA 3QXMA 3RY3A 2YJPA 4QFPA 3RYBA 3K1PA 3H6WA 4ESWA 1POY1 3TTMA 1JETA 2HZLA 2OK2A 2V3QA 4RNSA 3H06B 3V83A 1LSTA 2FA7A 1ZBMA 3EHTA 1BP5A 4X1BA 4FEBA 2VP1A 2ZNUA 2UVJA 4GL8A 4NWDA 3TQLA 1HSLA 3GZGA 3DRIA 5I59B 3S9EA 1I6QA 1NNKA 4U23A 3PD8A 2Q88A 4G4PA 3C9HA 4DCYA 3F11A 4OEVA 5AE4A 3T9HB 2XD3A 4JXIA 4ELPA 4NTLA 2F8DA 3S2VA 5DYHA 3LSLA 5DVJA 1LFGA 1PEBA 4I62A 3K0VA 1EZOA 2DVCA 1TT1A 4H8IA 3OEMA 3O28A 2H4IA 1Q35A 4OERA 1MXXA 5FHMA 4U22A 5TU0A 1NL5A 2O7IA 3G7WA 1POTA 3EF7A 3FXQA 4P11A 1XHYA 4EQ9A 4QFNA 1LAGE 3EHUA 4EDPA 5ELVA 1B1HA 1GTKA 4FEDA 4G8NA 2UVGA 5DVIA 5KZTA 3TMGA 2XXHA 1L5TA 5I84A 4GQOA 2XXPA 3N94A 2YLNA 2PYYA 3G3JA 1B3GA 3PPRA 2QMXA 2Z22A 1T0KA 3U92A 4DIGA 3VVFA 1N76A 1IXGA 2V93A 3V89B 3TYHA 4EQ7A 4HW8A 5CMKA 1IIWA 4IO4A 2RC7A 2A5SA 3PUVE 3KEIA 5BUUA 1OQGA 3CFLA 3RLFE 3SEYA 4OFJA 4LZ7A 5AA2B 5KDTA 1M5FA 3QK6A 5KDTB 1R1NA 2AL4A 4BDQA 4TLMB 2PVUA 3PPQA 1B51A 1N3WA 4G2ZA 3EQ1A 1OVBA 4F29A 3A3CA 3BFUA 3PUYE 3C35A 1N7XA 2REGA 1P1WA 4OESA 1MPDA 5ITPA 1D4NA 1UTHB 2XXWA 3QUJA 4L17A 3O97A 1GVCA 4OETA 4R6HA 1MQIA 4EXKA 1VSOA 4POXA 1SVXB 3CI8A 4C1UA 4QHQA 4NMYA 4HS7A 4PFWA 4G8HA 4EF1A 4GFRA 2I0CA 2QMWA 3TQWA 4MF3A 3K2DA 4ELRA 3K6VA 3UIFA 3ZKKA 3DP4A 3UK4A 4QFLA 4RY1A 2ONSA 2I4BA 4JDFA 3M3LA 2FYIA 1D9YA 3HN0A 4RYAA 4H0WA 1NNPA 4R2FA 4LATA 4ZEIA 1MH3A 5B7DA 1I6AA 2ONKE 1B0HA 3THIA 1H43A 2DE4A 2Y7RA 4PFYA 3W15C 1ZMGA 3VLWA 3C31A 4XTCQ 1OLAA 4XKQA 3HHFA 1MQGA 4EQBA 2RCAA 4ZEKA 2IEEA 2ZYMA 3R6UA 1TXFA 2O68A 1AOVA 4IGTA 3PV0E 4YKKA 4GIZA 2O1LA 1IUDA 1A99A 3VLVA 4OYVA 4FJPA 2QSXA 4IO2A 4DE8A 4HCWA 3GLBA 3RPWA 2Z8FA 1SYHA 1FW0A 4AB5A 1O64A 3LC8A 4MBPA 3KJTA 2VOZA 4OQOA 4F19A 4TLLB 1MG1A 3IK6B 2OWSA 4R6YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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