2QPQA

Structure of bug27 from bordetella pertussis
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
PNKPLDIIVTFPPGGGTDMLARLIGNYLTESLGQTAVVENRPGASGNVGARLVADRAPDGYSLLMVNSSFAVNPGVFRNLPFDPKKDFAAVINVAYVPSVFVVPAGSKYKTLGELMAAAKQTNTQVTYGSCGNGTPQHLAGELLNVSAKTHMVHVPYKGCGPALNDVLGSQIGLAVVTASSAIPFIKAGKLQALAVTSKERSALLPEVPTVAEQGVAGYELNQWHGLLVPGATPMAVRQKLYDGIAKVMQRDDVQKKLADLGYSTASDGPEVFQKMVETDIDRFSALTKQIGLKVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords protein Bug27
publication title Structure-based mechanism of ligand binding for periplasmic solute-binding protein of the Bug family.
pubmed doi rcsb
source organism Bordetella pertussis
molecule tags Transport protein
total genus 96
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03401 TctC Tripartite tricarboxylate transporter family receptor
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qpqA02
3.40.190.150 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2qpqA01
1N7XA 3IOVA 4I1DA 1OLCA 4R6KA 1MS7A 3IO6A 4GF8A 5AA2A 4X1DA 2PT2A 5TU0A 2XX7A 1GVCA 2A5TA 1R9QA 4HTGA 3I5OA 1FQBA 3LBSA 2HZKA 1B5HA 3DP8A 4HCYA 2Q9TA 2AYSA 2ZNUA 1N84A 3VLUA 2ZYNA 3QUJA 4GVOA 2F35A 3C34A 3BFUA 5BUUA 3W15C 5KCJB 1LFGA 3IO4A 4I62A 4OQOA 5JK4A 2V25A 3K1NA 4OEVA 3MP1A 3TCGA 4YB7A 2VD2A 4F39A 3RN8A 2Q89A 4ELRA 1D4NA 5EYFA 1JVXA 2OWTA 1LB9A 3LSWA 4ZDMA 3EHSA 4NTLA 3CVGA 4F3BA 3OO9A 3LR1A 4DCYA 3RTWB 3DP6A 2GHBA 3H6UA 2H9BA 4YU0A 1ANFA 3DELB 4GL0A 2FNCA 2B65A 2D5WA 4GWOA 4DXBA 4BDLA 2HEUA 2HXWA 4PE5B 4F3GA 3SEXA 5F1QA 4DDDA 1A55A 5I59A 3ILTB 3K1MA 1UTHA 5DVJA 1J1NA 4EDPA 4Z0IA 4ELOA 3EPEA 1M5DA 1MXZA 1MDP1 2V84A 3HO7A 4LQ2A 3HHGA 4OFLA 3T9XB 3V5AA 2AIXA 2DE2A 2PX1A 1WDNA 4YB5A 1N7WA 2UVIA 3VXCA 3H6TA 4LA9A 1R9LA 3FVKA 2I48A 3K0VA 3TFLA 3FXUA 2H25A 3KOSA 4GD5A 5B7DA 1SI0A 5EHSA 1B4ZA 4PFTA 1R1NA 5TPAA 2QS3A 2W7YA 3MVXA 3OO8A 3EF7A 5AE4A 3T66A 5I2NA 3UORA 1B52A 3Q25A 4DIGA 1DTGA 4UA8A 3C32A 3KG2A 4OEUA 1LGBC 1NNKA 3S9MC 4RPOA 1XT8A 1URGA 2XXIA 1FW0A 3BBRA 3MP8A 3FVGA 1AIVA 4YKJA 5H8NB 1DTZA 1B51A 1OQHA 1FQFA 2QMXA 2XXVA 4MBPA 1Y3PA 4R72A 4G8NA 4F1VA 3FD3A 4F22A 4ZEIA 1PBQA 1A99A 3OO6A 3PMXA 4HS7A 4XKNA 2WKYA 3FXQA 5CMCA 3IOUA 2UXAA 4FJPA 4IO7A 2F7AA 1CE2A 2V3QA 3ZSFA 4N07A 1B46A 1LAXA 4G2ZA 3RTFB 3KJTA 3HCQA 2FA7A 2HAVA 3G3IA 1FTJA 4MFIA 3VDFA 4H65A 1YAEA 5TP9B 1MQGA 3O28A 2P2AA 2DWAA 3M3KA 1FQDA 3F11A 3RPWA 1RYOA 3KFMA 1ZJLA 2DXRA 4H8IA 2UYFA 2O1MA 4DCXA 4QSCA 1HSLA 3GXAA 4EXLA 1Y3NA 2ZXTA 2DOJA 4H67A 4H1XA 2Y7RA 4TLLB 4QRZA 3TTMA 3IB1A 1MXVA 5B70A 2I6EA 4YMBA 1LSTA 4MLVA 5H8FA 1N76A 3EHUA 3K4UA 4EQ9A 3JZJA 2I3WA 3G3FA 5I58A 3SEVA 3MVZA 3TDJA 1JQFA 3KN7A 1DOTA 1POY1 5I2KA 2PT1A 2XXQA 3VE1B 3V89B 3H3GA 2X26A 3CRBA 5DT6A 4H5GA 4U22A 1LCFA 2F7CA 4NF5A 3M3FA 1LAGE 1ELJA 4POWA 2ONSA 4NF6A 4XTCQ 1FQCA 1H43A 2D21A 1I69A 3U94A 5CMKA 3QYTA 5CMBA 5HPQA 4JXIA 3VV5A 3K6VA 4I8CA 3U92A 4EQBA 1SW5A 4JBZA 4E0WA 4MF3A 1IITA 3HSTA 3R7XA 3HV1A 2DSFA 1B4HA 3FUZA 3PUZE 3T96B 4KI0E 2E1SA 4WXJA 2V3TA 5BWJA 1AOVA 2V93A 1SW4A 3JYRA 3T9UA 4KYEA 3I3VA 2XXTA 4LONB 1OLAA 4H0WA 3IX1A 4PFYA 1PBPA 1MXWA 1H45A 3USDA 1EZPA 3CG1A 4ZEBA 1OQGA 1IIWA 3UP9A 3AXFA 3OXNA 1N0TA 4EUOA 3FV2A 2HQ0A 1XVXA 3Q28A 2ANJA 1NH7A 3MZ9A 2H98A 5H8QB 2I3VA 4G77A 1IXHA 3MVWA 1B32A 4BDNA 2R71A 4ESWA 1LFIA 2XXPA 4ESXA 1ZLQA 4QSDA 1TFDA 3TYHA 3QK6A 4GQOA 3G3GA 3PGFA 1IXGA 4ECFA 1TWYA 1P1QA 4R9GA 5J1DA 4HW8A 2OWSA 3LSFB 4K3FA 3KEIA 5CBSA 5CM6A 4OMBA 4IGRA 3RGYA 2AL4A 4NE4A 3ODBA 3O9PA 4OWDA 3SDFA 5JTYB 3VLWA 2THIA 4IY6A 1FTKA 4X1BA 5CC2A 3MQ9A 4WEDA 1LAHE 3B7DA 4KCCA 4RY1A 2NOOA 3RUMA 1PEBA 4EXKA 3PMVA 2Y7KA 1MY1A 3OEKA 5DYHA 4DXUA 1DPEA 1I6AA 1PB7A 3PPOA 5JEIA 3MAMA 4TLMB 5L9MA 4G68C 4YMAA 1B9JA 4R6YA 1O64A 3RT6B 4BLAA 1QKBA 3W9WA 3K00A 4QSEA 3HHFA 3E13X 1SVXB 2O68A 1PB8A 3N26A 1JW5A 2DVCA 4OENA 1A8FA 2REJA 4IY5A 2IEEA 2VP1A 1IXCA 4KFQA 4MH5A 3OO7A 1F9BA 5HBCA 3E3KA 3S2VA 1IUDA 5L8DA 1B7ZA 2XHDA 2GH9A 4AB5A 1NNTA 2GFEA 1YPNA 3PPPA 2DWJA 1PB9A 3KGCA 3HN0A 4H8JA 2UYEA 2DE3A 2QS4A 1T0KA 4Q8RA 1B5JA 4WKMA 3VFJA 2NWJA 1EZ9A 1O63A 3CFXA 1A8EA 1B3GA 4RK2A 3UGWA 5K2XA 1XS5A 2DE4A 2X7PA 3OMBA 3U93A 2E0SA 3TTKA 1Y4TA 3RT8A 4R6HA 5KZTA 4G8HA 3S9EA 3RLFE 1MM6A 1TXFA 3H03A 1MRPA 4Q0CA 1B05A 4H6DA 2O7IA 2G29A 1QW0A 3QSLA 1S9TA 2XXRA 3DLNA 4F1YA 2OLBA 3E9XA 3OSRA 1XOCA 3TTNA 1US5A 3EN3A 4DLDA 3FGSA 5H8NA 5ICQA 4FATA 3FZVA 1MQJA 3K1PA 4Z7EA 1B3FA 3ILUB 4U4XA 3T9VA 2Z8FA 1URDA 3B6TA 4F29A 4LQ5A 2DP8A 5FTHA 5CRYA 3PUWE 3CFLA 1FQEA 4LZ5A 4POXA 5EHMA 2YPNA 2Q2CA 3C36A 1WVJA 3TKDA 4OYVA 5CBRA 5CI5A 5I56B 3TCFA 3LSLA 3U72A 3IJOB 3L6GA 3PUVE 3QXMA 3R6UA 1MY3A 4I9DA 1QULA 5TP9A 3RY3A 1D3KA 4TOZA 3H6WA 2RF1A 4PP0A 1UIUA 4HCWA 4KR5A 2F5XA 3I6VA 3G3KA 4C1TA 4GOTA 5H8SA 1IQ7A 4NWDA 2M8CA 4DXCA 4GL8A 2ZYMA 1SD3A 3M3LA 3QAXA 3SERA 1SDXA 4O3CA 3FVNA 1BLFA 2OCUA 1JW4A 2DVZA 5FHOA 3N6UA 4FEBA 2Z8EA 3CG3A 4ZZAA 1S50A 3O6GA 3GZGA 1B0HA 4N13A 1Y1ZA 2XXXA 3V8XB 3UK4A 4JWOA 2Q8JA 3IJXB 2QJEA 1Z7NE 3UIFA 1MDQA 4QFPA 1P1OA 1ZBMA 4NF8A 2V3UA 4JDFA 2PBWA 1JVYA 4R2BA 4ND9A 4C0RA 4M4GA 3IB2A 5AA3A 4TQUQ 1URSA 2DWHA 4L17A 2ONKE 3MBPA 1PC3A 1QUKA 3K01A 4JWYA 1B7UA 1BKAA 3SKPA 3A3UA 2ESNA 4FIMA 1JEUA 1VFDA 3C35A 3GBBA 3TTRA 4BDMA 1UQWA 1RKMA 1TFAA 3KBRA 3DP4A 3PPQA 1NNPA 4GXSB 4ISUA 1ZTYA 2YLNA 3UN6A 2VD3A 1ZMGA 3CI8A 1BIYA 1Y1MA 1B2HA 1Y20A 3KJ7A 1OVTA 3OD7A 5DEXB 5AA1A 4NF8B 3TMGA 3GBAA 3P7IA 4BDRA 3MPLA 2VOZA 1QUJA 4IO2A 3T9HB 1B6HA 2F6GA 1N3WA 2ONRA 1UIVA 1UTBA 1XHYA 3D4CA 2Y84A 1AL3A 4F2OA 5I84A 3BFTA 4RPNA 3OOAA 5HM4B 1MH3A 4FE8A 2H4IA 4XKRA 1MPDA 3PMWA 3O66A 3IK6B 4F1UA 1MQDA 4YKPA 3ZKLA 3C33A 5H8QA 2RC9A 2I49A 4OTEA 3PV0E 4ELPA 3D4GA 3Q29A 4NEDA 2RINA 1FTOA 4YB6A 4ZE8A 3ZKKA 2H99A 3O97A 4KYDA 3FJ7A 1OVBA 4NF4B 3TELA 2XXUA 3MC2A 3C31A 4QFNA 4LVQA 2QSXA 1B7HA 2OJTA 1UTBB 1H44A 1SW1A 4U4SA 4FEDA 1Q1KA 1B3EA 5ISUA 1MH4A 3Q26A 1Q35A 1B1XA 5JTYA 3ONMA 2F97A 3PU5A 3PPNA 2GHAA 2RCAA 2HAUA 1DSNA 5ELVA 4C1UA 5ITPA 1H3DA 1ZIUA 3TEPA 3KOTA 3MPKA 4U21A 1O7TA 3UA8A 3EHTA 3M8UA 3TQLA 5A5XA 3FXRA 2QL3A 5I57B 2OBGA 1DMBA 1B0LA 2Z23A 1B3LA 3CIJA 1WODA 1IXIA 1VFEA 1AMFA 1USYH 3QIMA 2D3IA 1A54A 2O6AA 2GRVA 4THIA 1EH3A 3B6WA 1JW1A 1YTVA 2QMWA 3R26A 2CMOA 4OFJA 4QFOA 1NFTA 4LZ8A 2NXOA 2VHAA 1SBPA 2F6PA 4JSDA 2UVGA 1N04A 4UACA 4RK9A 3TPAA 2AL5A 2DS9A 4IGTA 5IKBA 5AA4B 3O29A 3MW0A 3O6IA 4DZ1A 1VR5A 2PVUA 3BKIB 3A09A 1NH8A 4R2FA 1FQAA 2A5SA 4LP2B 1JETA 1SW2A 4G68B 2DQVA 3V83A 1B1HA 3LSXA 2O51A 1ATGA 5A5XB 4OHNA 4PQJA 3OELA 1VE4A 4FAJA 4OESA 4ZS9A 3L6HA 1ZU0A 1XC1A 4YICA 3O2AA 1SYIA 1QVSA 1Z7ME 3FJMA 1D9YA 3H4ZA 4ZECA 1Y4CA 4GIZA 2PYYA 1AH5A 4H5FA 1ZKBA 3G3JA 2DYXA 1Y3QA 4X48A 2FYIA 2Y7PA 2I0BA 4AQ4A 1LBBA 3H6VA 5DTBA 1MG1A 1P1UA 1MY4A 4EQ7A 3VLVA 4ZE9A 3FATA 5AA2B 3G7WA 4ZEKA 4KCDA 4U1OA 1SI1A 5K2YA 4JSOA 5H8HA 3O6HA 3TTLA 3SESA 4AB6A 2Y7IA 4KD5A 1POTA 1D9VA 2A5TB 2CZLA 2BJJX 3SETA 1PDAA 3WAEA 2O84X 2F8DA 4G8MA 4LZ7A 1TT1A 2O1LA 1II5A 1LLSA 2P1SA 1RYXA 4F3PA 4IO6A 4ZEFA 4LATA 3OSQA 4RNSA 5I56A 4P0GA 1I6BA 2R6GE 1Y9UA 1QKAA 2B3FA 4OERA 4U2RA 4OZ9A 3TODA 3OEMA 4BDOA 2ABHA 1QUIA 2NUVA 4FORA 2QPQA 3K6XA 3W9VA 2Z8DA 4XKQA 1MPCA 2Q2AA 1GGGA 3VVFA 4ZEDA 4KPTA 3MZBA 4IO5A 4YKIA 3T93B 5H8HB 1HSEA 3IAZA 1S7YA 5DVIA 1FCKA 1LB8A 1BP5A 1LBCA 4P11A 2P0SA 3K6UA 4QF9A 3HPIA 3ZS6A 2PMSA 3PPRA 1QJMA 4U1ZA 3OENA 3KN3A 2QS1A 2XXYA 3IOWA 4RJZA 4XXUA 4GRKA 2XX8A 4MLQA 3WAFA 1MY2A 1MXYA 4PFWA 3MP6A 3MZ1A 4RYAA 3TQWA 1B40A 1HSJA 3SEYA 1DPPA 3K02A 5I59B 3LUYA 1UTHB 1NKXA 3SEUA 3U8QA 1LFHA 3FASA 1MM7A 3K2DA 4YKKA 3T22A 3FIRA 3ECRA 2VGQA 4RXLA 3CSBA 1LCTA 2I4CA 1OMPA 1YCJA 1BTJA 4EF1A 3IOTA 2F78A 3MVYA 3VVDA 4O3BA 1NMUA 4IO3A 4F3SA 2X7QA 2O7UA 2OK2A 3THIA 4F18A 3C9HA 4XKPA 5F7VA 5CMMA 1P1NA 1P1WA 1JNFA 5TPAB 1MXUA 3G3HA 5FHMA 3S9NC 5I2NB 4GLIA 2RC7A 5DEXA 4NWCA 2RCBA 3PUYE 4F19A 1A7LA 3S9LC 4OFOA 4JB7A 2Y7WA 4R73A 1GV8A 3VXBA 3U1OA 1SQYA 2I4BA 3IB0A 2ZNTA 2XXWA 3IR1A 5KDTA 2F34A 2NVUB 3PUXE 4DE8A 1LAFE 4WEPA 3FJGA 1EU8A 3VVEA 3QUFA 1SYHA 2YJPA 4QFKA 3SEWA 2G93A 2ALUA 3CFZA 3FVOA 4P0IA 4N6PA 1MXXA 3Q27A 3KZGA 4RA1A 1XVYA 4G4PA 4NF4A 4R9FA 3EQ1A 2I0CA 4YZZA 1US4A 2R9JA 3PD9A 1H76A 1FTMA 2Z22A 1EZOA 3KSJA 2UVHA 1GTKA 2H5YA 3PD8A 2RKMA 4GFRA 2QS2A 5KDTB 3GLBA 4IB2A 4R74A 1OIBA 1MQHA 3MWBA 1MY0A 1VSOA 3N94A 2IA4A 2I58A 2Q88A 3KN8A 3RNNA 4NMYA 3KSXA 4ELQA 5IAIA 2ZNSA 4Q5TA 4KYSA 4XIGQ 4OXVA 4U23A 1JEVA 4GXAA 3TUSA 5I57A 1M5FA 5H8FB 2O69A 4M1VA 1FTLA 3IORA 5M2VA 1I6QA 4QHQA 5AA2D 4ONYA 1IEJA 1A40A 5I58B 5DVFA 4OETA 5FTIA 5I2KB 1B3HA 3FV1A 3IL1B 3CSGA 3H06B 1L5TA 5LOMA 2UVJA 4EF2A 3E4RA 4KQPA 1MQIA 4PETA 4FECA 2B3BA 2DWIA 3A3CA 1B5IA 4O3AA 1M5EA 2XD3A 4NF5B 1NL5A 4QFLA 1IZ1A 3K6WA 2XD2A 1KWHA 5AA4A 5ITOA 2HCAA 2F7BA 4NF6B 4X9TA 4OVJA 1M5CA 4ZZEA 2RC8A 3N5LA 2LAOA 1M5BA 2F36A 3LC8A 4F2QA 1B58A 4PFUA 2DXYA 2XX9A 4G68A 1USYE 4JWXA 4KHZE 1R6ZA 5FHNA 1P99A 4R75A 3TCHA 3B6QA 3H7MA 5ICTA 4E0XA 4F31B 2REGA 3TZAA 4BDQA 2KLFA 3MUQA 1CB6A 4Q30B 3S4UA 2HFBA 2ZYKA 5L9SA 1MPBA 2XXHA 3MJNA 5KCJA 1GR2A 2ZMBA 1N3XA 5L9OA 3JV9A 3CR9A 3TAJA 3RQTA 4IO4A 2OZZA 1NNFA 2HZLA 2ZYOA 3C4MA 3DM0A 3N6TA 4LUBA 4YAHX 2QRYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PGNA 1N7XA 3IOVA 4I1DA 1OLCA 4R6KA 1MS7A 3IO6A 4GF8A 5AA2A 4X1DA 2PT2A 5TU0A 1RDXA 2XX7A 1GVCA 2A5TA 1R9QA 4HTGA 3I5OA 1FQBA 3LBSA 4PFIA 2HZKA 1B5HA 3DP8A 4HCYA 4IR8A 2Q9TA 2AYSA 2ZNUA 1QGXA 4KXPA 1N84A 3VLUA 1RDZA 2ZYNA 3QUJA 2Y5KA 4GVOA 2WEFA 4UABA 2F35A 3C34A 2CEXA 3BFUA 5BUUA 3W15C 5KCJB 1LFGA 3IO4A 4I62A 4OQOA 5JK4A 2V25A 3K1NA 4OEVA 3MP1A 3TCGA 4YB7A 2VD2A 4PFBA 4F39A 3RN8A 4DI4B 2Q89A 4MJOA 4ELRA 4I3EA 1D4NA 5EYFA 2ZZVA 1DBZA 1JVXA 2OWTA 1LB9A 5EQAA 1NV2A 3LSWA 4ZDMA 3EHSA 4NTLA 3CVGA 4F3BA 2CZKA 3OO9A 1LBWA 3LR1A 4DCYA 3RTWB 3DP6A 2GHBA 1NI9A 3H6UA 4G61A 2H9BA 4YU0A 1ANFA 3DELB 4GL0A 2FNCA 2B65A 2D5WA 1NV3A 4GWOA 4GWUA 4DXBA 4BDLA 2HEUA 2HXWA 4PE5B 4F3GA 3SEXA 5F1QA 4DDDA 1A55A 5I59A 3ILTB 3K1MA 1UTHA 5DVJA 1J1NA 4EDPA 4Z0IA 4ELOA 3EPEA 1M5DA 1MXZA 1MDP1 2V84A 3HO7A 4LQ2A 3HHGA 4OFLA 3T9XB 3V5AA 2AIXA 2DE2A 2PX1A 1WDNA 2WX9A 4YB5A 1N7WA 2CZIA 2UVIA 3VXCA 3H6TA 4LA9A 4OVPA 1R9LA 3FVKA 2I48A 3K0VA 3TFLA 3FXUA 2H25A 1FBHA 3KOSA 4GD5A 5B7DA 1SI0A 5EHSA 1B4ZA 3T0JA 4PFTA 2CZHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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