2QPQA

Structure of bug27 from bordetella pertussis
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
PNKPLDIIVTFPPGGGTDMLARLIGNYLTESLGQTAVVENRPGASGNVGARLVADRAPDGYSLLMVNSSFAVNPGVFRNLPFDPKKDFAAVINVAYVPSVFVVPAGSKYKTLGELMAAAKQTNTQVTYGSCGNGTPQHLAGELLNVSAKTHMVHVPYKGCGPALNDVLGSQIGLAVVTASSAIPFIKAGKLQALAVTSKERSALLPEVPTVAEQGVAGYELNQWHGLLVPGATPMAVRQKLYDGIAKVMQRDDVQKKLADLGYSTASDGPEVFQKMVETDIDRFSALTKQIGLKVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords protein Bug27
publication title Structure-based mechanism of ligand binding for periplasmic solute-binding protein of the Bug family.
pubmed doi rcsb
source organism Bordetella pertussis
total genus 96
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03401 TctC Tripartite tricarboxylate transporter family receptor
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qpqA02
3.40.190.150 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2qpqA01
4NF4A 3MAMA 5JTYA 3C32A 1B3LA 4H1XA 3HHFA 2ONSA 4KD5A 3C4MA 1IXGA 1ZIUA 4LONB 3O9PA 2F7CA 2DQVA 2UVHA 4LZ5A 3BKIB 4JXIA 3QAXA 4F22A 3TEPA 1MM7A 3AXFA 5HPQA 3TQLA 2ALUA 5I56B 3G3JA 3SESA 4EQBA 5TP9B 4IO7A 4OMBA 3N94A 1TFAA 3DP8A 1POTA 1SDXA 4ZEIA 3DP6A 5KCJA 5ITOA 3O6HA 4OWDA 1JVYA 1PB9A 1XT8A 3MP1A 1JW4A 3G3GA 4TOZA 4DXCA 2PX1A 2O6AA 4FAJA 2O69A 1PC3A 1IIWA 3FVGA 3IB1A 3QK6A 4ZECA 4BDLA 5L9OA 2HAVA 3CI8A 1LAFE 2G29A 1F9BA 2H99A 1VE4A 1B46A 3KBRA 4RY1A 5A5XA 3K1PA 1YPNA 2F5XA 3K0VA 3L6HA 3K1NA 2THIA 5ELVA 1M5BA 2NOOA 3CG3A 1XC1A 4OESA 4I8CA 4FE8A 4KHZE 3R6UA 2X26A 3QUJA 3HCQA 2O1MA 1NH8A 4IO6A 3OSQA 1OLAA 1B4HA 4LQ2A 3Q29A 5L8DA 4NMYA 4ESWA 4O3CA 4IY5A 3LC8A 4EXLA 1Q1KA 3FXRA 1ZMGA 2Z8DA 3U8QA 3MQ9A 1Q35A 1A8FA 5LOMA 1XHYA 3FV1A 1L5TA 4EQ7A 1CB6A 2ZNSA 4F3BA 1UTBA 1JW5A 1LAXA 2F35A 1VFEA 1HSJA 4KR5A 3QIMA 2VGQA 3OXNA 1QULA 1NFTA 5I58A 3FVKA 5HM4B 5AA4B 1FQBA 5H8SA 1IXHA 4F2OA 3BBRA 3M8UA 1QJMA 1OQGA 1I6QA 2AL5A 4HCWA 1YAEA 1LFHA 3CRBA 4F18A 1B5IA 2F7AA 4YU0A 3PD8A 3FV2A 3EQ1A 2GHAA 1JQFA 1I6BA 3K6WA 1Z7NE 4P11A 4F19A 3PU5A 1MY3A 1S50A 1URGA 2P0SA 4G68C 4YMAA 2XHDA 4YKKA 3MJNA 3FJ7A 4E0WA 2X7QA 1AIVA 1IUDA 2QSXA 1GV8A 1GVCA 3MVYA 4X9TA 2XXYA 3M3LA 5L9MA 4RK2A 3RTFB 1MXZA 3IJXB 4HS7A 4PETA 4H67A 3B6QA 4G77A 4EF2A 4OQOA 4GD5A 4BDRA 3IJOB 1B3GA 3PPOA 1DTGA 1MY1A 5I57A 3OEKA 1FQEA 2XX9A 1B5HA 4POWA 4R6HA 1SYIA 2UYFA 1B4ZA 1UTHA 4N07A 1XOCA 1Y3NA 4WEDA 3GXAA 1MG1A 5H8HA 3G3FA 1P99A 3H6WA 3K6UA 1S7YA 2XXPA 3MWBA 1MDQA 3E4RA 3N6TA 1A54A 1B32A 4ZEDA 2XXUA 1MQGA 4PFTA 4RJZA 3O29A 3QSLA 2F97A 1ZJLA 4OYVA 5I2NB 3THIA 4G68A 1OLCA 1FQDA 1B7HA 3V83A 2RCAA 3IR1A 3FUZA 5CBRA 3VXCA 5TU0A 5F7VA 3GLBA 1NNFA 2UYEA 4C1TA 5AA1A 4JSDA 1B7ZA 4PE5B 4WKMA 3PPRA 4N13A 1ZTYA 1UQWA 3KSXA 4EXKA 4OXVA 3KN3A 2M8CA 4XXUA 1KWHA 1AOVA 1WODA 1Y1MA 1D3KA 1MQDA 3MP8A 4YB5A 1AL3A 3CFXA 1IXCA 4NF5B 5FHMA 4E0XA 3JZJA 4H5GA 1SI0A 4MLQA 3PUVE 3PMVA 3OO9A 1MXVA 3T93B 1ZU0A 2F6GA 3EHTA 3RY3A 3SEWA 2I0BA 4EDPA 1QVSA 1AH5A 2RKMA 2A5TA 3IX1A 3G7WA 4AQ4A 2Y84A 4ELOA 3I3VA 2LAOA 3TYHA 4M4GA 3F11A 2OLBA 1OVBA 3IOUA 3PUYE 5I2KA 2YPNA 4RPOA 4ONYA 2DVZA 1YCJA 4GQOA 4YICA 2HCAA 4GIZA 3FASA 4RA1A 3H6UA 1VR5A 4F1VA 2PYYA 3SETA 1IZ1A 1I6AA 1NNTA 1SBPA 4FECA 3DELB 5I59A 2P2AA 3EPEA 3UA8A 3LSLA 2DXYA 5DEXA 1LBBA 2QPQA 2B65A 3K4UA 3FXUA 1B2HA 3KEIA 4QFLA 5DVIA 3QXMA 4YMBA 4GXAA 5H8NA 4NWDA 2NWJA 3EN3A 2ONRA 5ICQA 4G8NA 1I69A 1MH3A 2O51A 5DVFA 2ZYOA 1EZ9A 4NF6B 4DIGA 4YB6A 3E9XA 4KCCA 3FZVA 3TTKA 3SEYA 1SQYA 3UK4A 3EHSA 2RC7A 4KFQA 1BTJA 2RINA 2FNCA 1JW1A 4ELRA 2OWTA 3WAEA 3K01A 1QKBA 4QF9A 4DLDA 2F8DA 5F1QA 5KCJB 1DMBA 1MY2A 2QL3A 4R9GA 4R73A 4ZEFA 4R6YA 3OO6A 4YKIA 2PT2A 1N04A 3GZGA 1ZLQA 4Q30B 4GVOA 3CFLA 1NL5A 4H0WA 1USYE 4QSEA 1EU8A 3PPQA 1B05A 5A5XB 2DWJA 4ECFA 5H8FA 1GGGA 2V25A 1JEUA 4GWOA 3LSXA 1NKXA 3FVOA 4QHQA 3CR9A 4MH5A 4YAHX 1MPDA 2ZXTA 3MVZA 3PUWE 4OFJA 5EHSA 4F1UA 1MRPA 1B5JA 1P1QA 4JWOA 3WAFA 4F2QA 1LAHE 2H25A 3JV9A 3VVFA 3ZS6A 4Z0IA 2D21A 3IO6A 3Q27A 3O6IA 2XX8A 3KJTA 5KDTA 2Q2CA 4KYDA 4WEPA 3V89B 5ITPA 3A3UA 5CBSA 1ANFA 4H8IA 5I56A 3T22A 5TP9A 1SW1A 1M5DA 4BLAA 2DS9A 4QFKA 4MFIA 4ESXA 3CFZA 1EZOA 2Y7KA 3PUXE 3IL1B 1NNKA 3RT8A 5I58B 5FTIA 5JEIA 2H4IA 3U92A 5KZTA 4QFPA 5FTHA 5DVJA 4BDOA 3CG1A 4IO4A 1ZKBA 3I5OA 3VV5A 5IAIA 1PB8A 1Y3PA 1Y4TA 2ANJA 4NTLA 1FTMA 1HSEA 3GBAA 2HZLA 1XVYA 1FTLA 4ZDMA 3TTMA 3H7MA 4DXBA 2OCUA 3ILTB 1XS5A 5TPAB 1NMUA 2G93A 1R1NA 1MM6A 4NF8B 3K6VA 2ZYNA 3D4CA 3KOSA 3FGSA 4FEDA 4KI0E 3ILUB 4GOTA 1N3XA 3K1MA 4LA9A 3T96B 1FQFA 3PPPA 1D4NA 3C31A 4K3FA 1AMFA 4EQ9A 1RYOA 1A40A 3TCFA 2DSFA 4JDFA 3FJGA 2F7BA 5AA2A 5H8QB 1UTHB 5FHOA 3EF7A 1LCFA 3TTRA 4DXUA 3VDFA 3HN0A 2D5WA 3O6GA 1TXFA 4OFLA 3LR1A 2GRVA 4R6KA 3IOWA 2W7YA 2V3UA 4IY6A 2Q9TA 2RF1A 2O7UA 1SYHA 4TLLB 2VD2A 4U2RA 2ZNTA 3PUZE 1MPCA 1B1XA 2NVUB 1LCTA 1GTKA 3M3FA 3SEXA 2Q89A 5IKBA 4NWCA 4GL0A 5B7DA 3PPNA 1OQHA 4ISUA 4LUBA 4P0IA 1H3DA 3V8XB 2Z8EA 4JWYA 1OVTA 3ZSFA 1QUIA 3MZ9A 5AE4A 1B3EA 4G2ZA 2OWSA 4BDMA 2O84X 1N7WA 3SEUA 1JETA 2R71A 3Q28A 1LGBC 1R9QA 5ISUA 2QS1A 2GHBA 4FEBA 2DP8A 2XXQA 3BFTA 3K00A 1LB8A 2D3IA 3R26A 2OK2A 4P0GA 3PMXA 2DE2A 3VE1B 3H06B 2UVGA 1RKMA 4G8HA 3IOVA 2Q88A 2XXIA 1FQAA 3S2VA 3H6TA 3DLNA 4KCDA 4R2FA 4YB7A 4OEUA 4RPNA 4ZEKA 2REJA 4UA8A 1MXXA 4BDQA 4U22A 4HW8A 3VVEA 1FW0A 3M3KA 2A5TB 4PFYA 3HPIA 5DT6A 3IB0A 1II5A 4OHNA 1N3WA 5I2NA 3IOTA 4JB7A 1T0KA 3PGFA 1MS7A 1LB9A 4KYSA 1EZPA 1IITA 1M5FA 4H65A 3TTNA 2Y7WA 1SW4A 1BIYA 1O63A 3VXBA 3SDFA 1M5EA 1RYXA 4U1ZA 3C9HA 4HCYA 1VSOA 5EHMA 2NUVA 4R75A 3P7IA 4U21A 1IEJA 5I59B 3OMBA 3PD9A 1O64A 2KLFA 2I3WA 1H44A 2AL4A 2RCBA 3B6WA 1Z7ME 1DOTA 4ZE8A 1PBPA 1D9VA 5CM6A 3B6TA 1D9YA 5H8NB 4JBZA 4JWXA 4GRKA 4NF5A 3TQWA 2DWHA 3ODBA 3VFJA 3LBSA 1R6ZA 3C36A 3EHUA 2GFEA 3RTWB 1B6HA 3R7XA 4U23A 1SW2A 3C33A 5CI5A 4GFRA 4XKQA 1WVJA 4X48A 3IK6B 1M5CA 3CVGA 2UVJA 4F3GA 2GH9A 3TDJA 2OZZA 4NF4B 1XVXA 5JTYB 3TELA 4I9DA 3UORA 3MBPA 4TQUQ 3L6GA 1DTZA 3B7DA 3RN8A 2QRYA 3FVNA 2DVCA 2UVIA 1USYH 2OBGA 3VVDA 2CZLA 4MF3A 2I3VA 2YLNA 1MY4A 4C0RA 3IAZA 4OENA 5JK4A 3V5AA 4OERA 1N76A 2VD3A 5J1DA 2QJEA 4R72A 3TKDA 3MUQA 1DSNA 5H8FB 1TFDA 2RC9A 4DDDA 1QW0A 3K02A 3E13X 1PEBA 3HSTA 3UGWA 3KZGA 1B0HA 1P1WA 4DE8A 1B9JA 4F39A 3MZ1A 3N26A 2IEEA 2ZMBA 2PMSA 4NF6A 2OJTA 1IXIA 1B40A 4GL8A 2PT1A 2HQ0A 3RQTA 3LSWA 1PB7A 4OTEA 1QUJA 3W9VA 5KDTB 5L9SA 3O66A 2FA7A 3OO8A 5I84A 4H5FA 1P1OA 4KQPA 2V3TA 3N6UA 3UIFA 3T9UA 1QUKA 2ZYKA 3U93A 1OMPA 3E3KA 1B7UA 1SD3A 3RT6B 5CMMA 1DPEA 2Z23A 4LZ7A 4MLVA 4F3SA 4QSDA 1TWYA 1URDA 1A99A 1UTBB 1MQJA 3FIRA 1H76A 2XD2A 3H6VA 2BJJX 1LSTA 3Q25A 4I62A 2PVUA 4OZ9A 1SI1A 4I1DA 4MBPA 2HXWA 2I4CA 5CMCA 3FATA 2H5YA 1MXUA 3A3CA 2E1SA 2QMXA 1A55A 3T9XB 2Y7IA 4F29A 1BKAA 3G3KA 4GXSB 4N6PA 1Y1ZA 3S4UA 1N7XA 2QMWA 3KFMA 1JNFA 1PBQA 5DYHA 3RNNA 4QRZA 2V93A 3SERA 4Q0CA 4Q8RA 2DWAA 1N84A 4LZ8A 3ZKLA 1J1NA 3RGYA 2XX7A 2I0CA 3MC2A 2B3FA 3SKPA 2E0SA 2DYXA 3IB2A 4PFUA 4YKJA 3KOTA 1SVXB 1ELJA 5AA2B 1POY1 4NE4A 1LLSA 2DE3A 4OEVA 3G3IA 2YJPA 1B0LA 2QS4A 3VLVA 4ZZEA 3OD7A 2I4BA 5B70A 3UP9A 3MVWA 1A8EA 4XKNA 1UIVA 1NNPA 1JVXA 2F36A 3N5LA 4GLIA 3H3GA 4DCXA 5CMBA 5I57B 3U1OA 1LBCA 4X1DA 4XTCQ 2UXAA 1OIBA 3FD3A 5FHNA 3Q26A 2Y7RA 1WDNA 2O7IA 3VLUA 3KJ7A 3S9LC 4LQ5A 2DWIA 3S9EA 2ONKE 4FIMA 4RYAA 4LVQA 3GBBA 4RNSA 3H03A 3G3HA 5H8HB 4QSCA 2VP1A 3O2AA 5TPAA 1MXWA 4DCYA 3KGCA 1URSA 2HEUA 2QS3A 3OOAA 5DTBA 4ZZAA 4NF8A 5AA4A 3C35A 4G4PA 3RPWA 3MP6A 3ECRA 1TT1A 1MPBA 4G8MA 1S9TA 2Q8JA 1MQHA 3TPAA 1US5A 3FXQA 3TAJA 5BUUA 1P1NA 1ATGA 3OELA 3K6XA 3ZKKA 3U94A 1IQ7A 2O68A 3MPLA 2XXWA 4G68B 2DE4A 3MW0A 4O3BA 3RLFE 3T66A 3OEMA 3CSGA 4GF8A 3T9HB 5H8QA 4LATA 1NH7A 2I6EA 3W15C 1B3FA 1MY0A 3JYRA 5ICTA 3TCHA 3BFUA 3LUYA 4U4XA 1FTJA 2XD3A 4OFOA 1B1HA 3C34A 4X1BA 4YZZA 4WXJA 3RUMA 4EF1A 3OENA 4PFWA 2ABHA 5AA2D 3OO7A 2I49A 4QFNA 3KSJA 1VFDA 4L17A 1P1UA 4IGRA 3PV0E 5CC2A 1BP5A 3D4GA 1QKAA 1FCKA 3CSBA 4AB5A 3KN8A 4IO5A 4O3AA 3OSRA 2A5SA 1DPPA 4TLMB 4THIA 3H4ZA 1US4A 4R2BA 3K2DA 1H43A 3TTLA 3HHGA 4HTGA 1SW5A 4QFOA 3TZAA 4ZS9A 4AB6A 4ZEBA 2ZYMA 2ZNUA 2X7PA 3T9VA 3LSFB 3CIJA 2Y7PA 2PBWA 3TODA 1PDAA 4U4SA 4ZE9A 1R9LA 4F31B 4Z7EA 1O7TA 2P1SA 2AYSA 3IORA 4FJPA 4UACA 1B52A 5K2YA 5I2KB 2V84A 4F1YA 4F3PA 2CMOA 1CE2A 1LAGE 4R74A 1EH3A 1MXYA 2XXTA 5AA3A 2WKYA 4IB2A 2F34A 3DM0A 1ZBMA 2Q2AA 2HZKA 3MZBA 3QYTA 4Q5TA 4DZ1A 4YKPA 1Y9UA 3HV1A 3TCGA 4ND9A 3TFLA 2R9JA 4FORA 4IO2A 1LFIA 3FJMA 1Y3QA 3S9NC 1N0TA 5DEXB 1FQCA 4OVJA 3IO4A 2R6GE 2IA4A 3U72A 1A7LA 4H8JA 1B3HA 3TMGA 5CRYA 4NEDA 4M1VA 1Y20A 4IO3A 1GR2A 4XIGQ 3HO7A 4RXLA 4OETA 1UIUA 2DOJA 2I48A 1HSLA 1MH4A 4JSOA 5M2VA 2FYIA 3QUFA 4KPTA 3KN7A 4ELPA 2Z8FA 3VLWA 4R9FA 2QS2A 3MPKA 3SEVA 2XXXA 2H98A 2AIXA 3W9WA 2O1LA 1LFGA 2XXRA 5EYFA 1H45A 3DP4A 3ONMA 3O28A 3PMWA 4U1OA 3KG2A 4PP0A 5CMKA 3USDA 4LP2B 1B58A 4FATA 1Y4CA 2HAUA 3A09A 3MVXA 3UN6A 1YTVA 2ESNA 2HFBA 3I6VA 1MDP1 4H6DA 3TUSA 2F78A 5HBCA 2VOZA 4PQJA 1FTKA 3O97A 1JEVA 5K2XA 2B3BA 4ELQA 2F6PA 4EUOA 1MQIA 4XKPA 2REGA 1BLFA 4RK9A 4KYEA 2RC8A 4BDNA 2I58A 2XXVA 5BWJA 4IGTA 1B51A 4POXA 2NXOA 2DXRA 4XKRA 4C1UA 2Z22A 2VHAA 2V3QA 3S9MC 2H9BA 2XXHA 1FTOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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