3OO6A

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMDRDTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
source organism Actinoplanes
publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
total genus 147
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo6A02
2E1SA 4F1YA 1FTJA 3Q29A 4AB5A 1D9YA 3QSLA 4NEDA 3N6UA 3OENA 3OO6A 5H8NA 3VV5A 3R26A 1YAEA 3JYRA 4LUBA 4UA8A 5I2KB 3PUWE 1M5CA 2D21A 1B2HA 4GLIA 4H5FA 2XXYA 3FVKA 3L6HA 1ZMGA 1MQDA 1S7YA 1OVTA 4RJZA 2HQ0A 3EHSA 1PDAA 1USYH 1NNPA 4TLLB 2HFBA 3MVYA 1MDP1 2Q2AA 4Z0IA 2OZZA 2D3IA 4ND9A 5CMKA 1I6AA 5H8FA 3G3HA 4GL0A 3MWBA 1RYOA 3FATA 4F3PA 3D4CA 1P99A 5I84A 2P0SA 3FVOA 1JVXA 1TT1A 1CE2A 2CZLA 2RF1A 3O6IA 1B5JA 2OWTA 1PEBA 4OYVA 1H45A 3IOTA 1IXCA 3V5AA 3IOUA 4OFJA 2H5YA 3FGSA 1B1XA 3W15C 2UVGA 5KCJA 4I8CA 3IOVA 2VD3A 3H3GA 3IR1A 4Q30B 4OHNA 3G7WA 3IO6A 5ITPA 3O66A 3H6WA 3TMGA 2F6PA 5B70A 3USDA 2QJEA 3CVGA 1B3HA 5DVIA 3ZKKA 3K1PA 4IO2A 4PETA 4WEPA 4OESA 5K2XA 3S4UA 2F78A 2V3TA 3MPLA 2O1MA 3T93B 1FQCA 5I2KA 4ELRA 5L9SA 1MDQA 2ALUA 3IB2A 3UGWA 1Y4CA 2H25A 1QKBA 4DCXA 1AL3A 2UVJA 1VFDA 1MQJA 3DP4A 1Y1ZA 1TWYA 1XC1A 1TFAA 4PFTA 4IGRA 3IO4A 1EZPA 4R2FA 2ZYKA 3TYHA 1USYE 1LCTA 2X26A 1QVSA 2DE4A 2Z23A 1B9JA 3PU5A 4H1XA 1UTBB 1WDNA 4JSOA 1JETA 3QUJA 2YLNA 2I0CA 1IQ7A 3B6QA 1QUJA 1URDA 4LA9A 2R6GE 1B4HA 2GFEA 3V8XB 2AL5A 3V89B 3SEUA 4IY6A 1URSA 5EYFA 1ZKBA 2O84X 1JVYA 1B52A 4QSCA 4N07A 3SETA 3DP8A 1LBCA 2DS9A 1ZLQA 4RK9A 4LATA 1MH4A 2QMWA 1B7ZA 3PMVA 3G3FA 2ESNA 4P11A 4BDMA 1ZJLA 4DLDA 4N6PA 2G29A 2M8CA 4OQOA 4OVJA 4G8HA 4QFPA 1OIBA 3OELA 1MPDA 4GQOA 4U1OA 4NF5B 2THIA 5CRYA 3DP6A 2P2AA 4EF2A 3G3GA 1IEJA 4F3SA 1T0KA 1B3GA 1MPCA 1JNFA 3S2VA 4OEUA 2QMXA 1BP5A 4HCWA 3CG3A 3U8QA 1OQGA 2F35A 3P7IA 1A8FA 4R9FA 2PYYA 3FXQA 5ELVA 1N76A 2O6AA 3KN8A 5JTYB 4GRKA 1UTBA 1H76A 3OOAA 1NNKA 2Y7KA 3WAFA 1SW5A 4ZZEA 1FQAA 4G77A 4LQ5A 3K4UA 3C36A 1UTHB 4JB7A 3K1MA 2I48A 4U1ZA 4Q0CA 5F7VA 1NNTA 3IB1A 1A7LA 3MP1A 2Y7IA 3KN3A 2DWIA 4FAJA 2O51A 3RQTA 4RXLA 4NMYA 3OO7A 3KOSA 4GWOA 4QFNA 2YPNA 1NL5A 4R72A 5AA2D 1LLSA 1FCKA 3PPQA 3SEYA 4KQPA 3H7MA 2DXRA 3TDJA 1R9QA 3C33A 3VE1B 5DVFA 4L17A 4XKNA 1ANFA 3DLNA 4FECA 1FTMA 4FIMA 3FJMA 1OVBA 1MXVA 2B3FA 4FEDA 4ONYA 5CC2A 4M4GA 2QS1A 4ZDMA 1EZ9A 3A3UA 3ODBA 4BDQA 4JDFA 3U93A 1JW4A 3IORA 3R6UA 1PB7A 3UP9A 2F97A 2DE3A 3KOTA 2O7IA 2Q89A 3PV0E 4Q8RA 3TPAA 4RYAA 1BKAA 4XKQA 1DSNA 2X7QA 2XXXA 3PPRA 5JTYA 4KPTA 2XHDA 3FUZA 4X48A 1FQDA 3OXNA 1Y4TA 4F3GA 4NWCA 3MJNA 4IGTA 1UTHA 2CMOA 4KFQA 2FYIA 4F29A 2FA7A 1S9TA 1ZIUA 4JWOA 1TFDA 4OFLA 2ONRA 3B7DA 1MQGA 3CSBA 4F31B 3VXCA 3L6GA 1MXYA 3S9MC 4YKJA 2IA4A 5I59B 3C34A 1SDXA 1H44A 3LSXA 3G3KA 4XKPA 3IJXB 3HSTA 4F18A 2NXOA 4KD5A 1IUDA 5ITOA 4KCCA 2PX1A 3IOWA 2H4IA 1L5TA 1ZTYA 2O69A 2A5TB 2DWAA 4PFWA 4H0WA 1HSJA 3TKDA 4M1VA 1OQHA 2VHAA 3TTRA 1MPBA 4NF6B 3T96B 3I6VA 2I3WA 3D4GA 5HPQA 1MQIA 3N26A 5BUUA 5LOMA 3RTFB 1SI0A 2ABHA 4G68C 4MFIA 2UYFA 3TODA 4YZZA 4FE8A 4QSEA 1IITA 3CI8A 3TCGA 1P1WA 4YB6A 4DZ1A 1MQHA 4E0WA 4YKIA 1FQEA 1XHYA 4X1BA 2Z8FA 3MPKA 1UIVA 1LGBC 2V3UA 2O68A 4N13A 1B6HA 4DIGA 1MXWA 1FTKA 2X7PA 4PP0A 3TUSA 3KN7A 2UVHA 1PB9A 1QKAA 3ECRA 3SERA 1AH5A 2UVIA 1S50A 1LFHA 4DDDA 3UN6A 2F6GA 2H9BA 1B3FA 4IO5A 1US5A 2RCBA 1Y3QA 1LB9A 5IAIA 1N3WA 4DXBA 4PFYA 2A5TA 4F2OA 3QUFA 4OETA 1ATGA 3UIFA 1PBPA 5AA2B 5FTHA 4R2BA 4RA1A 4G4PA 3Q25A 4C1UA 3U92A 4NF6A 4F3BA 4PFUA 1O64A 2YJPA 3CIJA 3H06B 3Q27A 4THIA 3E4RA 2PBWA 2DOJA 2ZNTA 3T9HB 5AA1A 4ZEBA 4LZ5A 5DTBA 3TTKA 2QS2A 4R74A 4AB6A 1B5IA 4IY5A 2OBGA 4YU0A 1B3EA 3FASA 4MLQA 3U1OA 1M5DA 3PUVE 1Y3PA 4KHZE 3ZKLA 5J1DA 2REJA 1LAHE 4YICA 1NH7A 1VSOA 1P1OA 1POTA 1O7TA 3S9NC 5M2VA 4QF9A 2PVUA 2DQVA 1Z7ME 4R6KA 5IKBA 2XXWA 1B46A 2XD3A 2HXWA 1B0LA 5HM4B 5TP9B 1WVJA 3O6HA 4EQ7A 1B0HA 3OD7A 2Y7RA 2H99A 1SD3A 2NUVA 4H67A 3HPIA 2RKMA 1Y20A 3KJ7A 3VDFA 3FXUA 3K01A 2XX8A 1MY2A 3U72A 5AA2A 2D5WA 1RKMA 5DEXB 2Q9TA 1SYIA 2B65A 3EQ1A 1KWHA 4EQ9A 4BDNA 3V83A 1XS5A 3EPEA 4GOTA 3VVDA 3CG1A 3UA8A 5TU0A 3IK6B 4IO7A 4QFOA 1MM6A 2I0BA 5AE4A 1JEUA 1QUIA 3IX1A 2ZYMA 3LBSA 4TLMB 3CFXA 3OSQA 1URGA 1P1NA 3PD9A 2RC8A 2DWJA 3EHTA 1R1NA 5H8HB 3O97A 1SW4A 1LAFE 4ZEIA 4BDRA 1LCFA 2RCAA 1MY1A 2ZXTA 4QFKA 4NTLA 4KCDA 1DOTA 1UIUA 5TP9A 3TEPA 1LB8A 2DE2A 2Z22A 2DXYA 3ONMA 4GF8A 2BJJX 3RT6B 3UORA 3I5OA 2Y7WA 4U21A 2QS4A 5EHMA 1MM7A 4RY1A 5A5XB 2OJTA 1A8EA 1LFIA 3TQWA 1LAGE 4RPNA 3M3LA 1MS7A 4MBPA 4I62A 2WKYA 5FHNA 5DEXA 1Y1MA 1BLFA 1DTGA 2HZKA 4DXUA 3FV1A 5HBCA 2V93A 2B3BA 3MBPA 4QFLA 2XXIA 4XIGQ 1QW0A 4O3BA 3K6XA 3KEIA 1VE4A 3HV1A 1DTZA 1N7WA 5FHOA 1OMPA 5FHMA 3M3FA 1PBQA 3B6WA 4XKRA 1B3LA 4AQ4A 2Y7PA 3QIMA 1I6QA 2XXRA 4GL8A 4HTGA 1EH3A 4O3AA 3S9EA 5ICTA 3H6VA 4OFOA 1GTKA 2H98A 3GBAA 1MY3A 3C35A 4NF5A 2QRYA 1VFEA 3TZAA 1A40A 3SDFA 2PMSA 1HSEA 4WKMA 1Q35A 2XX9A 3MZ9A 1GR2A 1VR5A 4YB7A 2ANJA 1AOVA 5A5XA 3KBRA 1M5BA 2ONKE 3FXRA 4OENA 1POY1 3KSJA 3LR1A 2NOOA 3K6VA 3H03A 4ZE8A 1I6BA 3TTNA 2VP1A 5DYHA 4JWYA 1N04A 1B1HA 2PT1A 1Y9UA 4C0RA 1MG1A 3TFLA 3PUZE 4Q5TA 2F7BA 2Q2CA 3RT8A 3MP8A 4YMBA 3I3VA 2Z8EA 1GV8A 4WXJA 4IB2A 2XXUA 2XXTA 3OEMA 3F11A 2AIXA 2HZLA 4OMBA 3SEVA 3K00A 1FTLA 2Z8DA 3FIRA 1N7XA 1EU8A 1QJMA 1LSTA 3HO7A 3WAEA 4POWA 3VLVA 4QSDA 2DVCA 4HCYA 5AA4B 1J1NA 4RPOA 3PUXE 3T9UA 1AIVA 1M5EA 5L9OA 3E13X 4XTCQ 2AL4A 2O1LA 3G3JA 2GHAA 4X9TA 3TQLA 4KR5A 3KGCA 1IXHA 4U23A 2F34A 2I4CA 5DVJA 5H8FB 1P1UA 2F7CA 3HHFA 4I9DA 4OERA 4P0GA 2OK2A 4IO6A 5CBSA 2V84A 2ZNUA 1LAXA 1MXUA 1NNFA 4C1TA 3U94A 4OXVA 3O28A 3MZBA 4NWDA 1SI1A 2UYEA 1D9VA 4XXUA 2I4BA 4H65A 4K3FA 3K6WA 2F36A 3RN8A 2R71A 3RLFE 1LBBA 1HSLA 1II5A 1SBPA 4DXCA 4P0IA 4R9GA 3BFTA 3OMBA 4KYSA 4H8IA 4LQ2A 3PMWA 3FVGA 2IEEA 3DM0A 2QL3A 5EHSA 1FW0A 4UACA 3RY3A 3EF7A 2GHBA 3VVEA 3CFZA 3R7XA 2VD2A 1NMUA 4GFRA 1SQYA 5I59A 1QULA 4ISUA 2DP8A 3OO8A 4ESWA 4YKKA 3DELB 1YTVA 2ONSA 3VXBA 4JXIA 3IAZA 2QS3A 1EZOA 5AA4A 1AMFA 1FTOA 4QRZA 4LP2B 1ELJA 3PPOA 2ZYOA 3IJOB 3FJ7A 3C4MA 5TPAB 4PE5B 4LZ7A 3MZ1A 2DYXA 2ZYNA 2I58A 3H4ZA 1B4ZA 3SKPA 3MVWA 1D4NA 3FVNA 1O63A 1JQFA 1LFGA 1B7HA 1OLAA 2XXHA 3H6UA 4H8JA 2DVZA 1Y3NA 4EQBA 3O6GA 3CR9A 3B6TA 3FD3A 3K1NA 3GBBA 2RINA 4BDLA 3C31A 3JZJA 3PMXA 4YAHX 2HAVA 4GVOA 3VVFA 3H6TA 4R6HA 3G3IA 4G8MA 1JW1A 1I69A 3UK4A 3T9VA 1NH8A 5CMCA 2V3QA 2XXQA 4YB5A 3ZS6A 5JEIA 3A09A 5H8SA 4IO3A 3S9LC 3O2AA 5K2YA 3O29A 1NFTA 3A3CA 2ZNSA 1R6ZA 5JK4A 3PGFA 1MRPA 1DPPA 5ICQA 4TOZA 4NF8B 4ELQA 1WODA 1NKXA 3N5LA 3TTMA 1B40A 3BBRA 4MLVA 3VFJA 3T9XB 1XVYA 3MC2A 2RC9A 3KZGA 2XX7A 1MH3A 3TTLA 5TPAA 4Z7EA 4OEVA 3QK6A 1F9BA 3IL1B 4KYDA 2OCUA 2R9JA 4NE4A 2RC7A 3OO9A 5H8QB 5I58B 3W9WA 2XD2A 3FV2A 2PT2A 3RUMA 1RYXA 2OWSA 2Y84A 3MW0A 3EN3A 3OSRA 3OEKA 2HAUA 1DMBA 4E0XA 1GVCA 3MVZA 1SVXB 4ZECA 1FQFA 3E3KA 5CMBA 3GXAA 3M8UA 3SESA 4DE8A 3LC8A 3K0VA 2NWJA 3RTWB 3Q28A 4EXKA 2F5XA 4BLAA 4FJPA 2QSXA 3TCFA 3JV9A 4H6DA 2O7UA 3TCHA 3HCQA 5DT6A 3LSWA 3T66A 3MQ9A 4NF8A 4ZE9A 3AXFA 2VOZA 4FATA 4MH5A 4NF4B 1US4A 5I57B 3TELA 5I2NB 3HN0A 4FORA 1P1QA 2E0SA 2F8DA 2NVUB 3N6TA 4MF3A 3GZGA 4ELOA 4PQJA 3PPNA 3O9PA 5CBRA 2V25A 3GLBA 3N94A 5B7DA 4GXAA 4LONB 4YKPA 3KSXA 2HEUA 3RGYA 1B32A 5BWJA 5H8QA 4JWXA 5I58A 5F1QA 1N3XA 4EDPA 2P1SA 3K2DA 3VLUA 4QHQA 1YPNA 1IXGA 3BFUA 5KDTB 1MXXA 3QXMA 5L8DA 1N84A 1B51A 3FJGA 2DWHA 3FZVA 4G68B 5CMMA 3KJTA 4O3CA 1YCJA 1D3KA 3RNNA 4F22A 1OLCA 1IXIA 1BTJA 1JEVA 3K02A 1PB8A 5KZTA 2OLBA 4JBZA 3CSGA 3Q26A 4ELPA 2A5SA 5H8HA 2AYSA 1B5HA 4BDOA 3CFLA 1PC3A 4U22A 3CRBA 4EF1A 3KFMA 4GD5A 4OTEA 3MVXA 3PPPA 4RNSA 4ZS9A 4R6YA 2KLFA 1B05A 4ZEDA 2XXPA 5FTIA 4F1VA 4FEBA 4NF4A 5I57A 2GRVA 5I2NA 1CB6A 4U4XA 1IIWA 1A55A 3THIA 4H5GA 5I56B 1A54A 2ZMBA 2I3VA 2VGQA 3W9VA 4ECFA 4DCYA 3EHUA 4G8NA 4F2QA 4I1DA 4F1UA 3MP6A 3PUYE 2XXVA 1MXZA 2I6EA 4EXLA 4HW8A 3QYTA 5CM6A 3C9HA 4JSDA 1M5FA 1ZBMA 3RPWA 5KDTA 1MY4A 2G93A 1TXFA 4G68A 4G2ZA 4F19A 2UXAA 4LZ8A 3SEXA 5ISUA 1A99A 3VLWA 1XT8A 1H3DA 5H8NB 2W7YA 4U2RA 4ZEKA 4IO4A 3SEWA 3ZSFA 2HCAA 4HS7A 3TAJA 1GGGA 4R73A 4KI0E 5AA3A 4KYEA 4OWDA 2I49A 1ZU0A 3LSLA 3E9XA 1B7UA 4ESXA 4YMAA 2QPQA 3K6UA 1N0TA 4R75A 2GH9A 2Q8JA 4OZ9A 1XVXA 4RK2A 4EUOA 3HHGA 1IZ1A 1R9LA 1FQBA 3IB0A 1MY0A 4TQUQ 2DSFA 1H43A 5CI5A 3LUYA 1XOCA 4POXA 3KG2A 3LSFB 2Q88A 5I56A 3T22A 1SW1A 4GIZA 4GXSB 4X1DA 3ILUB 3QAXA 3MUQA 3C32A 2LAOA 1Z7NE 2REGA 1SW2A 4WEDA 4U4SA 4F39A 1B58A 1Q1KA 2F7AA 1JW5A 2FNCA 4ZEFA 3M3KA 5KCJB 3MAMA 4LVQA 1QUKA 1DPEA 3ILTB 1BIYA 3BKIB 1UQWA 5L9MA 3PD8A 1SYHA 4ZZAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E1SA 4F1YA 5IZ1A 1FTJA 3Q29A 4AB5A 1D9YA 3QSLA 4KXPA 4NEDA 3N6UA 3OENA 3OO6A 5H8NA 3VV5A 3R26A 1YAEA 3JYRA 4LUBA 4UA8A 5I2KB 3PUWE 1M5CA 2D21A 1B2HA 4GLIA 4H5FA 2XXYA 3FVKA 2P3VA 3L6HA 1ZMGA 1MQDA 2XWOA 1S7YA 3KBZA 1OVTA 4RJZA 2HQ0A 3EHSA 1PDAA 1USYH 1NNPA 4TLLB 2HFBA 1FBFA 3MVYA 1MDP1 4PDDA 2Q2AA 1RDXA 4Z0IA 2OZZA 2D3IA 4ND9A 5CMKA 1I6AA 5H8FA 3G3HA 1FTAA 4GL0A 3MWBA 1RYOA 3FATA 4F3PA 3D4CA 1NV4A 1P99A 5I84A 2P0SA 3FVOA 1JVXA 1TT1A 1CE2A 2CZLA 5EYHA 2RF1A 5IZZA 3O6IA 1B5JA 2OWTA 1PEBA 4OYVA 1H45A 3IOTA 1IXCA 3V5AA 3IOUA 2QVRA 4OFJA 2H5YA 3E78A 3FGSA 1B1XA 3W15C 2UVGA 5KCJA 4I8CA 3IOVA 2VD3A 3H3GA 1NUYA 3IR1A 4Q30B 4OHNA 4O94A 3G7WA 3IO6A 5ET8A 5ITPA 3O66A 2GQ1A 3H6WA 3TMGA 2F6PA 5B70A 3USDA 2QJEA 3CVGA 1B3HA 5DVIA 3ZKKA 3K1PA 4NN3A 4IO2A 4PETA 4WEPA 4OESA 5K2XA 4NF0A 3S4UA 2CZIA 2F78A 2V3TA 3MPLA 2O1MA 3T93B 1FQCA 5I2KA 4ELRA 3LV0A 5L9SA 1MDQA 2ALUA 3IB2A 3UGWA 1Y4CA 4P1LA 2H25A 4O8MA 1QKBA 4DCXA 1AL3A 4HE1A 2UVJA 1VFDA 1MQJA 1FPBA 4MJOA 3DP4A 1Y1ZA 1TWYA 1XC1A 1TFAA 4PFTA 4IGRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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