3OO6A

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMDRDTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
source organism Actinoplanes
total genus 147
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo6A02
2VOZA 2F5XA 4H0WA 1NNTA 1LFHA 3FZVA 1OIBA 4NF8A 4DE8A 4DLDA 1JW5A 1B3FA 2ABHA 4U1OA 2H99A 2QS1A 1JW1A 4NEDA 4N07A 2ZNSA 4GWOA 3TTKA 1B4ZA 1B5IA 1I69A 3VLWA 1P1UA 3GBBA 3T9HB 3DLNA 3OO9A 4FEBA 5AA2B 4H8IA 1XVXA 4F2QA 4QFKA 1WVJA 3R6UA 3RUMA 3TKDA 1SI0A 2X7QA 4UA8A 5CC2A 2Y7IA 4YICA 5M2VA 4BDRA 2O1MA 1YAEA 3VVEA 4PFYA 4L17A 2Q88A 3MVZA 1IUDA 2DE2A 1QUJA 4YKKA 3G3HA 3C9HA 1BTJA 2Q89A 4YMAA 4F19A 3LSLA 1MPCA 5L9MA 1DSNA 1B3HA 3OO6A 5KDTA 1AMFA 4KPTA 2Z22A 5I57B 3O29A 3TTNA 3MWBA 2Z23A 2DXYA 1A40A 2I48A 3TFLA 4G68C 1Y3NA 5K2YA 2V3TA 1P1NA 1B7HA 1LFIA 2DWHA 3RTFB 2E0SA 5AA2A 3FVKA 5L9SA 3H06B 3T9XB 2I4CA 3MZ9A 1ZMGA 1B46A 4IO7A 4LONB 1A7LA 4OXVA 3ZKKA 4FAJA 3Q28A 2HFBA 2X7PA 4OTEA 4Q8RA 4JWXA 1EU8A 1N76A 1EZPA 1M5CA 4BDQA 2B3FA 3IO6A 1ATGA 1M5DA 1PBQA 4U1ZA 3ZKLA 3FGSA 1H43A 4MLQA 1LBBA 1N04A 1DTGA 2UYFA 1YCJA 3DM0A 3I6VA 3SEWA 3PMXA 2OLBA 1P99A 3FXRA 1DMBA 3FXUA 3KJTA 2DQVA 2X26A 3KEIA 2E1SA 3MPLA 4G77A 3K1PA 1RKMA 2G93A 4H65A 3HO7A 3U94A 1II5A 1D4NA 1EZOA 5H8NA 4U4SA 4F3GA 1O63A 5CMBA 4RK2A 3FJMA 1P1WA 3L6GA 4JDFA 1GVCA 4DXBA 5I2KA 2PYYA 3SEXA 2XXVA 5H8HB 1FQBA 4R9GA 4ZE8A 3VV5A 4I62A 3M8UA 2A5TB 4U23A 4ESWA 2XHDA 3TCFA 5DEXB 1OLAA 2HZKA 3JYRA 2F36A 1Y20A 2HEUA 2DS9A 2QL3A 1P1OA 3CRBA 2OWTA 1LCFA 2VD3A 1DTZA 1JEUA 1SW4A 4LA9A 4TOZA 5KCJB 4OWDA 4LVQA 3TEPA 1A55A 2F6PA 3TCHA 1VR5A 4GVOA 2D21A 3SEUA 2F7CA 4EXLA 4K3FA 1QKAA 4FECA 4NWCA 3PPRA 1SW5A 1QUIA 2O7UA 3UK4A 3T96B 2QMWA 5L8DA 1N3WA 4F2OA 3SETA 5ELVA 1NNFA 3IR1A 1Q35A 4LQ5A 4JSOA 1USYE 4NF6B 1B0HA 4U21A 2F97A 4Z0IA 2RC8A 2RCAA 4QFNA 1XVYA 1FQEA 1QKBA 4PQJA 1B51A 3IB0A 3LSXA 5H8HA 1IXGA 5FTIA 3IJXB 1B6HA 1MDP1 1SDXA 2HQ0A 2DXRA 1TWYA 1HSLA 2ALUA 2DWJA 1R9LA 3K6VA 4EF1A 1US5A 4OESA 5TPAA 1B7ZA 2UVIA 4BLAA 3OSQA 4ELOA 2B65A 3RT6B 1LB9A 2YLNA 1KWHA 3DELB 1MQGA 1NL5A 4ZEIA 1POY1 4PP0A 3V5AA 3T22A 3WAEA 1OVBA 4KFQA 4GOTA 4FIMA 4H5FA 3VXCA 3CI8A 4X9TA 2P1SA 3HN0A 3UA8A 4KYDA 5H8QB 3CFZA 3K6WA 2R9JA 1QULA 1B9JA 4R72A 4MLVA 3THIA 3QXMA 1CE2A 3H6UA 4E0WA 5CRYA 5JK4A 2Q2AA 1Y4CA 3ECRA 2I58A 3E4RA 3HHGA 3K1MA 4R9FA 1LGBC 4RPNA 4QFOA 1IIWA 5I2NA 4ISUA 4GXAA 5CBRA 1MQHA 5CM6A 3QK6A 2F35A 1Y1ZA 2AYSA 3K0VA 3RY3A 1US4A 4RNSA 2RF1A 4ZEKA 2DE4A 3TDJA 3PPQA 5CBSA 1ANFA 3FASA 1FTKA 3ILTB 4QFPA 4RA1A 3PMVA 1F9BA 3Q26A 2I6EA 3BFUA 2FNCA 4ZZEA 2I3WA 3B6WA 4ZZAA 4GLIA 3TAJA 1TFDA 1TFAA 2Y7WA 2XXWA 3IX1A 3PV0E 4IY5A 3FV1A 3I5OA 5IAIA 1ZBMA 4EF2A 1CB6A 3FXQA 1UIUA 3SESA 2PMSA 2XXRA 4RK9A 3UIFA 4F29A 3N26A 4R6YA 4LATA 3LSFB 1PBPA 3SEYA 3PUYE 3RNNA 3MJNA 1MPBA 4P11A 2PT1A 4G8NA 3OEKA 4U2RA 4O3CA 4QFLA 2Q8JA 2Y7PA 3K01A 5AA4B 1IXIA 1FW0A 2R6GE 3CG1A 3KZGA 1MQDA 4NF5B 4NF4A 3HPIA 1B3EA 3PD9A 3MZBA 3Q25A 3V83A 1QJMA 3KBRA 3I3VA 1FQCA 3MP1A 1IZ1A 1B0LA 2DVCA 3VE1B 1TXFA 1QW0A 4OENA 3TCGA 3CFXA 3FV2A 3SEVA 3PMWA 4R73A 4LP2B 1ZKBA 5J1DA 1N7XA 4XKQA 1WDNA 1D9YA 4R75A 3TZAA 5I84A 2XX7A 4WEDA 5JTYA 2UVJA 1MXXA 2QS3A 4F1UA 2F8DA 4ZS9A 2OJTA 3EF7A 4YMBA 4RYAA 3H03A 4ECFA 4ZEBA 4HCWA 4MBPA 1PDAA 4OHNA 4Q0CA 3H7MA 1R9QA 4DXCA 4YU0A 1FTLA 1EZ9A 3BKIB 3MAMA 2AL4A 5AA4A 3B6TA 1LAFE 2PX1A 3EHUA 1H45A 4NF5A 1LCTA 2Y84A 4PETA 3FJ7A 4XKPA 1ZLQA 2NOOA 2AIXA 3U1OA 2PVUA 2OZZA 1EH3A 3CFLA 1UTHB 4LZ5A 2GH9A 3IOUA 1POTA 4QSDA 1B7UA 2XX9A 1SW2A 1YTVA 1GGGA 2XXHA 1NMUA 3HSTA 3MBPA 1N7WA 2H9BA 5TP9B 2Z8DA 4EQBA 3PUXE 4QRZA 2NXOA 1B05A 1ZU0A 1MY4A 1GTKA 1MXYA 4POWA 4WEPA 3K4UA 2ANJA 1GV8A 4G8MA 3KOSA 3C35A 1T0KA 1SI1A 3O6IA 3R7XA 3L6HA 1B32A 2YJPA 3LC8A 4KD5A 4OFOA 4YKJA 3PUVE 2I49A 5DVIA 2ZYOA 1OQHA 4ELRA 1SD3A 5I58B 3ODBA 3K00A 5DTBA 3T93B 3C36A 4GF8A 1Z7ME 4DCXA 1SW1A 3USDA 2NVUB 4C0RA 3H3GA 4DXUA 4IB2A 4YB7A 3OXNA 1Z7NE 5DYHA 4QF9A 3AXFA 4ZECA 1I6BA 3M3KA 1RYXA 5FHMA 2H4IA 2DVZA 3KG2A 3D4CA 3KN7A 1A99A 1MM7A 5CI5A 5I57A 3MZ1A 5A5XB 1BP5A 2BJJX 4IO2A 3S9LC 5DVJA 2RC7A 2F34A 3MC2A 2XXXA 3N6TA 1LAGE 4NMYA 2KLFA 2Z8EA 2NWJA 4JWYA 1MY2A 4YKPA 3MP8A 3U8QA 1JNFA 2OWSA 1S50A 3Q27A 2D3IA 2UYEA 1NNKA 2VP1A 4DCYA 3UN6A 3EHTA 3KFMA 1FTJA 3HCQA 1UTBB 1MQJA 1DPEA 3MQ9A 3C4MA 5I58A 2QSXA 1M5FA 1B3GA 3B6QA 3LBSA 4GD5A 1AH5A 1JVXA 4G8HA 1DPPA 2F7BA 4YB5A 4C1UA 3HHFA 3OELA 3S4UA 3SKPA 4LQ2A 1VFEA 3OO7A 5AA1A 2O7IA 2Y7RA 4KR5A 4BDMA 3G7WA 1LFGA 1I6QA 3OSRA 4EQ7A 1B52A 5KZTA 3GXAA 5A5XA 1FQAA 1VSOA 3KSJA 4IY6A 4F3PA 2I0BA 2H5YA 2HAUA 5EHSA 4NTLA 3T66A 3W9WA 2AL5A 2A5TA 4G68B 2DWIA 5DEXA 4OYVA 3QSLA 1ZJLA 5F7VA 5DVFA 4MFIA 1WODA 4YKIA 3ILUB 2RCBA 4F1YA 2V3QA 2RINA 5HM4B 2ZXTA 1PB9A 1BLFA 1HSEA 3VDFA 3K6XA 3CR9A 3A3UA 4I8CA 2HAVA 2O69A 1PC3A 4LUBA 5KCJA 2O68A 3HV1A 2I4BA 3S9MC 3EQ1A 4H8JA 3H6TA 4FE8A 4BDLA 1O7TA 4ONYA 4IO4A 3UGWA 2O84X 5CMCA 3S2VA 4XXUA 2THIA 1URGA 4KQPA 2O6AA 4WXJA 3GLBA 3E13X 4HS7A 3VFJA 3VXBA 3VLUA 4XTCQ 3UORA 3IOWA 4NF6A 3RTWB 4KCCA 1N3XA 2DOJA 4JXIA 4G2ZA 1MS7A 5H8SA 3KJ7A 3IL1B 2GRVA 3E3KA 1Y9UA 3S9EA 4ZEDA 2Q9TA 3LSWA 1QVSA 4YZZA 3IJOB 2NUVA 3V89B 1MG1A 2DYXA 5I56B 4XKRA 4YAHX 4X1BA 2O1LA 2OBGA 4MF3A 4LZ8A 5FTHA 4EUOA 3TELA 1MDQA 3O28A 4R2FA 4ZDMA 2VD2A 4WKMA 4GQOA 1A54A 4GRKA 2F78A 4F22A 1NFTA 2P0SA 3G3KA 5IKBA 3TYHA 5AE4A 3C34A 3OD7A 4FJPA 3Q29A 5H8QA 5B7DA 2XXUA 3KSXA 2XXPA 1XS5A 3FATA 5K2XA 3G3JA 1A8EA 3V8XB 3H6WA 3TTLA 1DOTA 3K1NA 3K6UA 4C1TA 1LAXA 1MXUA 3EN3A 4H5GA 4UACA 2Z8FA 3KN3A 4M4GA 1MY0A 2XXIA 2ZYMA 1S9TA 1FCKA 4O3AA 4ND9A 1SVXB 2UXAA 5ITOA 4F3BA 3PPNA 5B70A 4AB5A 5EHMA 3IOTA 4ELQA 3KGCA 2R71A 4R74A 4KYSA 4IO5A 4OETA 3IORA 2ONKE 3TQWA 4N6PA 1AOVA 4DZ1A 3MW0A 4FORA 3C32A 1B2HA 4H1XA 1USYH 3EHSA 2IA4A 4ESXA 1ZIUA 3CIJA 3FVNA 3KOTA 5CMMA 1H44A 3O97A 4IO6A 2DWAA 2GFEA 3O9PA 1SYHA 5KDTB 3OO8A 3C31A 2PBWA 4GL8A 3CG3A 2REGA 2XX8A 3A09A 4RXLA 1MPDA 4XIGQ 3N94A 2ZYKA 1XT8A 4OVJA 4F18A 3F11A 3GZGA 1IEJA 4FEDA 1Y4TA 3GBAA 3QIMA 3PUWE 1MH3A 3H4ZA 3IOVA 1RYOA 5LOMA 2A5SA 3PUZE 4F3SA 3FUZA 2DSFA 1I6AA 4AB6A 1MY3A 4Q5TA 3OENA 5HBCA 1ELJA 4KI0E 2CZLA 2ONSA 4R2BA 1OLCA 3S9NC 4F31B 4QHQA 5FHNA 4HCYA 2G29A 4GXSB 5EYFA 4M1VA 1S7YA 3TUSA 1P1QA 4H67A 3ZSFA 2V25A 3N6UA 1PB7A 3D4GA 2WKYA 2F6GA 1N0TA 4TQUQ 2I0CA 1SYIA 1IXCA 3OOAA 3CSGA 4I1DA 4NWDA 3O2AA 4THIA 3O6GA 4OERA 4O3BA 2W7YA 4U4XA 1SQYA 2ZNUA 5H8NB 1OQGA 5ICQA 1FTOA 1JW4A 5I2KB 5ISUA 1B40A 1NNPA 4P0IA 4G4PA 3TTRA 3MUQA 1UIVA 1UQWA 1J1NA 2FA7A 1JQFA 4AQ4A 3LUYA 3TODA 3FVOA 4XKNA 4ZEFA 2O51A 3RQTA 3RPWA 2VGQA 4OFJA 3BBRA 1UTHA 2VHAA 4OEVA 5L9OA 2B3BA 1XHYA 1MH4A 3BFTA 4X48A 1B5JA 1D3KA 3IB1A 3EPEA 3T9VA 3SERA 4RY1A 4BDNA 1GR2A 2XXYA 5ITPA 3IB2A 5TP9A 3OEMA 2HCAA 1FTMA 3FIRA 4PFUA 1YPNA 1MXVA 2ESNA 4DIGA 4RJZA 4YB6A 1ZTYA 1URDA 5I59B 2CMOA 3FVGA 1PB8A 1Y3PA 2QRYA 3JZJA 1B1XA 2QPQA 5TU0A 4HW8A 1R6ZA 2XD2A 2GHBA 4KHZE 3O66A 4TLLB 1Q1KA 4BDOA 3PPPA 3MVWA 3A3CA 1BKAA 4DDDA 5TPAB 4F39A 2ZMBA 3IAZA 4OZ9A 1AL3A 1JVYA 1JEVA 4N13A 4EDPA 1IQ7A 4Q30B 1BIYA 1MQIA 1AIVA 1PEBA 1VFDA 1MY1A 2YPNA 1MXWA 2V93A 3DP6A 2REJA 3M3LA 2FYIA 2IEEA 1XC1A 2UVHA 1JETA 4KCDA 4POXA 4PFTA 4X1DA 3W9VA 3CSBA 2D5WA 4EQ9A 3WAFA 5I59A 2M8CA 1L5TA 5BUUA 1B5HA 2RC9A 3PPOA 4OMBA 3MVXA 5H8FB 1IXHA 1LB8A 3RGYA 3PU5A 1TT1A 1UTBA 1OMPA 4HTGA 1M5EA 4GFRA 4IO3A 4Z7EA 3QUJA 4QSEA 4JBZA 1MXZA 3N5LA 4NE4A 5I2NB 4R6HA 3RLFE 4OFLA 2QS2A 3B7DA 2GHAA 3K02A 3G3IA 3VLVA 3R26A 2DP8A 3K2DA 5FHOA 4U22A 3U72A 4JB7A 4JSDA 2ZYNA 3U92A 3QUFA 5HPQA 1D9VA 2OK2A 4MH5A 1VE4A 1B58A 4PE5B 3PD8A 1OVTA 1HSJA 2HXWA 2V84A 3H6VA 2QMXA 4GIZA 1NKXA 4OQOA 4G68A 4GL0A 5JEIA 1H3DA 2ONRA 1B4HA 2F7AA 3IO4A 5H8FA 1LAHE 3MVYA 3RN8A 5CMKA 1SBPA 2H25A 5F1QA 1H76A 4QSCA 3DP4A 3O6HA 3C33A 1Y1MA 2QJEA 4H6DA 3UP9A 3QAXA 4OEUA 3M3FA 4NF4B 2XD3A 3W15C 4JWOA 3TMGA 4F1VA 1O64A 4KYEA 4TLMB 2OCUA 5DT6A 1LBCA 3DP8A 3P7IA 3G3FA 3U93A 3OMBA 3VVFA 4ZE9A 4NF8B 1QUKA 4ELPA 2RKMA 1MM6A 2ZNTA 1FQFA 3CVGA 2H98A 1B1HA 1MRPA 5BWJA 2DE3A 5JTYB 2HZLA 3FJGA 4IGRA 3MPKA 3E9XA 4LZ7A 1LSTA 3RT8A 2V3UA 2LAOA 2PT2A 2XXTA 2UVGA 2Q2CA 4I9DA 2Y7KA 3FD3A 3KN8A 3PGFA 4FATA 3IK6B 1FQDA 3LR1A 1XOCA 5ICTA 1LLSA 5AA3A 4R6KA 5AA2D 5I56A 1R1NA 2I3VA 3JV9A 1A8FA 1NH8A 4IGTA 3ZS6A 1M5BA 3MP6A 3TQLA 4EXKA 1N84A 2P2AA 3SDFA 1NH7A 4E0XA 3QYTA 3VVDA 1URSA 3TPAA 1Y3QA 3G3GA 4P0GA 1B3LA 4RPOA 4PFWA 1IITA 3TTMA 2QS4A 3ONMA 2XXQA 3T9UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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