1B3HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-cyclohexylalanyl-lysine
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 192
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b3hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b3hA02
5B7DA 3IORA 4M4GA 4RXLA 3S9NC 4F18A 3USDA 1II5A 1DPPA 4XIGQ 3O97A 1B58A 2Y7PA 3IJOB 4OFOA 2UXAA 4RPNA 3A09A 3VVDA 4IB2A 3CFLA 3M3FA 3EHTA 5TU0A 3T9UA 1YAEA 4F1YA 3HO7A 1MY1A 4RA1A 1NNFA 2CMOA 4KI0E 1Y4TA 2XXVA 3B6WA 3HN0A 4GQOA 1MM6A 2ONKE 1MQJA 4EF1A 3DP8A 1SW1A 1USYE 3QXMA 3C9HA 3E9XA 3S4UA 3C36A 3VLUA 4F22A 5FHOA 4U1OA 1SVXB 4N6PA 3CR9A 2OWSA 3Q26A 2AYSA 2DYXA 3BFUA 3EHUA 2H4IA 1JETA 1ELJA 1EH3A 3K6XA 1Q35A 3FXQA 3N5LA 5JTYB 3SEUA 3VLVA 2F8DA 1DPEA 1FTMA 3OXNA 3SEWA 1DMBA 3ODBA 4KCDA 4G68C 3L6HA 2DE4A 3DP6A 2XXTA 4NWCA 1US4A 2V84A 5L9SA 3MVZA 3DRFA 3ONMA 1WDNA 2PX1A 2Y84A 5IAIA 5EHSA 4EF2A 4PFTA 2I6EA 3IX1A 4FIMA 4F1VA 4EDPA 3HHGA 2Z8FA 4EXLA 5EYFA 3CI8A 4R9GA 5H8HB 4H8IA 5A5XA 1S9TA 1MDP1 4YKPA 1Y4CA 4BDMA 4KFQA 4G4PA 1PB8A 3JV9A 4PE5B 5TP9B 2V25A 3PPNA 1R6ZA 2PT1A 5L8DA 4DIGA 2ZYNA 2QPQA 2GHBA 2YJPA 2I58A 4R2FA 1MPBA 4P11A 1NNTA 2O68A 3FTOA 5ITPA 3S9EA 4R74A 3M8UA 1PBPA 4LZ5A 3N6TA 5H8QA 1MH3A 3HHFA 3CG1A 2PVUA 4NF6A 3FATA 3Q25A 3PPPA 5CMBA 2G29A 4ELQA 5BWJA 5I57A 4BDQA 3GZGA 3O66A 4PFUA 4XKPA 1QJMA 2R71A 1IQ7A 4YB6A 1I6QA 1POY1 1B9JA 3GBAA 4QFNA 3K02A 1SD3A 3CIJA 1B5IA 1A7LA 4HCWA 1LFGA 3B6TA 1B32A 3LSWA 4MLVA 1MXWA 1H43A 3SDFA 1LFHA 3KSXA 5DYHA 1AH5A 3FVKA 2D5WA 1ANFA 1Q1KA 3MUQA 3GXAA 3T9HB 3LR1A 2F5XA 1BIYA 3S9MC 4THIA 3TODA 1FQBA 1MQIA 4JWXA 3RN8A 3G3FA 4ZE8A 1N7WA 2ABHA 3FD3A 2I0BA 2ZYKA 4H67A 1B46A 4ELRA 4ZEKA 3KEIA 4OZ9A 2GH9A 4XKNA 1UTBB 3DM0A 3H06B 1TWYA 2UVJA 1URGA 3N26A 3TUSA 1NNPA 4MF3A 1O7TA 4OQOA 3G3IA 4WXJA 5DVJA 4OTEA 1MXZA 3DELB 1XS5A 3RPWA 1USYH 1NNKA 2BJJX 4RK2A 4U1ZA 2Q8JA 2F6GA 1B52A 3PPRA 2QJEA 3DP4A 5AA2D 2B4LA 4RJZA 3D4CA 4MH5A 2YPNA 3VXCA 2B65A 2G93A 3R26A 2NOOA 1PB9A 4KQPA 3TTNA 4G68B 3I3VA 3KZGA 2XXRA 2R6GE 2H99A 4KD5A 4JSDA 3JYRA 4N07A 1D9YA 4WKMA 3PAMA 4O3CA 3QK6A 1ZKBA 4RYAA 5B70A 5TPAB 2O51A 3H6TA 4JBZA 5I2NB 4LQ2A 3VVEA 4IGTA 1BKAA 1DOTA 3K4UA 1LBBA 2OWTA 4IGRA 4LUBA 2PT2A 5H8FA 3U8QA 3PUXE 2F7BA 3H03A 3W15C 4R73A 5DEXA 3SETA 1TFDA 4YKIA 3PMWA 2VD2A 3CG3A 2F7CA 3IOWA 2DXRA 3TTLA 4KCCA 1A99A 3L6GA 2Z23A 1LAFE 4BLAA 1US5A 3O2AA 1FQEA 1IEJA 3T96B 3PD9A 2ONRA 5AA4B 1RYXA 3MAMA 1ZTYA 2WOLA 3DLNA 2I49A 1B0LA 1H44A 5J1DA 5I58A 2Q2AA 3TAJA 3S9LC 3SEXA 3CVGA 3UORA 1YPNA 3IK6B 3TELA 3C4MA 4IO2A 4F2QA 1B40A 1JEUA 5I84A 5CM6A 1B3EA 3RTWB 2RKMA 2ZNTA 2F97A 4E0XA 3BBRA 2GRVA 4C1TA 1QUKA 3DRGA 3RTFB 1SYIA 2XXIA 2DWAA 5KDTA 2WOPA 3TTRA 2B4MA 4HS7A 4K3FA 3TYHA 1M5EA 2OLBA 3TMGA 1T0KA 4FE8A 1FW0A 1MQGA 2VOZA 2ZNSA 2O1MA 3DRHA 1N3WA 1B1HA 1OLAA 2B3FA 5FTIA 4G8MA 1MY2A 5AA2A 3G3KA 2OJTA 3GLBA 4ND9A 5F7VA 4LATA 4BDRA 2AIXA 3KOSA 1LFIA 2V93A 3LSLA 3QYTA 2HAVA 3KOTA 3TTKA 4OWDA 4U4XA 1M5FA 4L17A 4OESA 2GHAA 3THIA 2HXWA 4QHQA 3ZS6A 4P0IA 1FTKA 4ZEIA 4NE4A 1XT8A 2QMWA 3MP1A 3FVNA 3S2VA 3U94A 3UIFA 5JK4A 3KN3A 1D4NA 3MZ9A 3PUYE 4F1UA 3E13X 4MBPA 4H6DA 1VR5A 4QSEA 3G3GA 3H4ZA 5HBCA 3B7DA 2IEEA 2ZYMA 1A54A 3T93B 3ILUB 1Y3NA 4GF8A 2DXYA 3O29A 3FJGA 1LB9A 3QSLA 2XXQA 3VV5A 1HSLA 2H9BA 3FUZA 1Y1MA 5H8NA 2O84X 1R1NA 2X7PA 4ESXA 3FASA 1B4ZA 5IKBA 4XKRA 3ZKKA 5ISUA 3ECRA 2Q9TA 3E3KA 1Z7ME 1LSTA 5A5XB 1B1XA 1BLFA 2Z8DA 3OSRA 2ESNA 1S50A 1IIWA 1DTGA 4JWOA 3QIMA 2O6AA 1FQAA 4NF5B 1GVCA 4F31B 3CRBA 3TKDA 3RY3A 4YB7A 1PEBA 2E0SA 1JW1A 4Z7EA 3BFTA 4FEBA 1QULA 1LB8A 3G7WA 3C32A 1UTHA 1LAGE 5CRYA 4Q30B 4C1UA 3TCGA 4WEDA 4F3PA 2DP8A 4E0WA 1PDAA 5AA1A 4TQUQ 4OEVA 1LAHE 1GV8A 5DVIA 4GIZA 3MJNA 3KJTA 5CC2A 3TDJA 4NF6B 3R6UA 5DT6A 3KGCA 2XXWA 5I57B 1Z7NE 4DCXA 4ISUA 1FTOA 1B7ZA 4FATA 5I2KB 3IOUA 3RT8A 1NH7A 1AL3A 3MBPA 5CBSA 3C34A 3KJ7A 1SYHA 4DLDA 3TPAA 5L9MA 2THIA 4FJPA 3PPOA 5AA3A 1P1QA 2AL5A 1I6AA 2H98A 3H3GA 2I4BA 2D3IA 1URSA 3OO9A 4GXSB 4GL0A 2XXYA 3QUFA 3K1MA 1RYOA 5K2XA 4DXCA 2Y7WA 4ZECA 1WODA 3TCFA 2PBWA 1Y9UA 3Q29A 4C0RA 3I5OA 3HCQA 5FHMA 2F6PA 2Y7IA 2XXXA 5LOMA 3MW0A 2Y7RA 4YU0A 3TCHA 5JTYA 1FCKA 4OHNA 2WKYA 3IL1B 1MY4A 1Y3QA 2X26A 1HSJA 1Y20A 4LQ5A 3SERA 3K1PA 1EZ9A 4F29A 1B2HA 4PFYA 5H8HA 2O7UA 4IY6A 4DDDA 3WAFA 1MH4A 2HZLA 2REJA 3W9WA 5BUUA 4ZDMA 2A5TB 3O6HA 3EN3A 3HV1A 2OBGA 2I3VA 3UP9A 2Q88A 5TP9A 2B3BA 2OZZA 3KG2A 3CHGA 4JDFA 1GR2A 3CFXA 3UA8A 3PD8A 2UVHA 5CMMA 4OENA 4KR5A 3MVWA 2NVUB 1OQHA 3KN7A 3IB1A 1O63A 4RNSA 3IB2A 1QUJA 1A8FA 2RC7A 3K6VA 3O9PA 1MXXA 1QKBA 1IXHA 4KYEA 2Y7KA 5CBRA 2VD3A 1N76A 3PUWE 5I56B 5DEXB 4X1BA 4OVJA 1MG1A 3PUVE 2V3TA 2RINA 3MZBA 5ELVA 1B5HA 2RCAA 1OMPA 2I4CA 4NTLA 3LVUA 3EPEA 4H5FA 2FNCA 2V3UA 3M3KA 3G3JA 4IO3A 5F1QA 3O6PA 4FAJA 3OO7A 2XX7A 3PMXA 1LBCA 3G3HA 1P1UA 4YMBA 1OVBA 1P1OA 5HM4B 2KLFA 2XXHA 3PUZE 1R9LA 5KZTA 3W9VA 5ICTA 2H25A 1FQDA 4NWDA 4NF8A 1UTBA 5EHMA 1B0HA 5ITOA 2DSFA 1J1NA 2ONSA 1MQDA 1A40A 3IO6A 1B3HA 4IO4A 3ILTB 4BDNA 5KCJB 2RC8A 1B7UA 2Z8EA 3MC2A 3OD7A 1H76A 3C31A 3A3UA 1N0TA 4R75A 1JVYA 4UA8A 1JVXA 3F11A 2ANJA 5K2YA 1MY3A 4LP2B 4LVQA 3T9VA 1QVSA 2ZMBA 1AOVA 5CI5A 4U22A 3OO6A 4G68A 4LA9A 2QS1A 3UN6A 1N04A 3EF7A 4X1DA 4KHZE 1LAXA 3UGWA 3N6UA 1TT1A 4ECFA 3PPQA 4AB6A 4YKKA 3KSJA 1Y3PA 3IAZA 2F36A 3T9XB 2F34A 1JNFA 3OMBA 5TPAA 1EU8A 4I1DA 2P0SA 1IITA 3K2DA 5I2NA 2ZNUA 4ELPA 3SEYA 1NMUA 1D9VA 2RC9A 1URDA 4FEDA 2DWIA 4GD5A 4POXA 3MVYA 4MFIA 4BDLA 3N94A 3U1OA 1ZIUA 1UIUA 1EZPA 4ZEBA 5M2VA 3IO4A 1PB7A 5HPQA 2M8CA 4YICA 4EQBA 2DS9A 1JEVA 3H6VA 1BP5A 1XOCA 3SEVA 3Q28A 3R7XA 1ZU0A 4DXBA 4N13A 4ZZAA 1BTJA 1XHYA 3VDFA 4RY1A 3TZAA 3FGSA 1MQHA 4JSOA 4PQJA 2DOJA 3FV1A 3M3LA 1MXUA 1SW2A 2QS3A 3U72A 5AA4A 4JXIA 1CB6A 4LZ7A 2HAUA 4M1VA 1IUDA 1SQYA 2HFBA 4GWOA 2XD3A 3K6WA 4OMBA 3FJMA 1IXGA 3DRJA 2ZXTA 5I59A 4G77A 3VE1B 1B05A 4P0GA 1YTVA 3FVOA 3H6WA 3WAEA 4QFKA 3K0VA 4U21A 3EHSA 4GL8A 1OQGA 3RUMA 1MS7A 2P1SA 1LLSA 3FVGA 3V5AA 3RNNA 1TXFA 2F35A 2A5SA 3MP8A 1B51A 4X9TA 4R6HA 4UACA 3U92A 2VHAA 2DVCA 5DTBA 3KN8A 3MWBA 1Y1ZA 3ZKLA 3DRIA 2OK2A 4QFPA 4H0WA 4PETA 3OOAA 3HPIA 2P2AA 1VSOA 1SW4A 3PU5A 1FQCA 1P1NA 1ZBMA 2E1SA 3LSXA 1IZ1A 1TFAA 4NF4A 3OO8A 1KWHA 2F7AA 2XHDA 4QSCA 2IA4A 2QSXA 1GTKA 3FXUA 3JZJA 1A8EA 2HEUA 4GRKA 1PC3A 4H5GA 4OERA 3O6IA 4Q8RA 2UVGA 2XD2A 4F3SA 1B6HA 2PMSA 2I3WA 2D21A 2HCAA 1PBQA 1XVYA 4DXUA 1AMFA 5H8QB 3FJ7A 4NEDA 1A55A 3TTMA 5CMCA 3AXFA 2DE2A 2FA7A 1GGGA 1YCJA 1FQFA 3K01A 2CZLA 3HSTA 4TLMB 1MPDA 3TQWA 1XVXA 4YB5A 3PMVA 2RCBA 4ZS9A 2OCUA 1L5TA 4I8CA 3CSBA 3MVXA 4U4SA 5ICQA 2QS4A 3H6UA 4AB5A 3O28A 3Q27A 4O3AA 4FECA 1S7YA 3RYBA 2QMXA 3V83A 3IOTA 4EQ9A 1XC1A 1JQFA 4NF5A 4X48A 1D3KA 4OETA 2RF1A 3MQ9A 3T66A 1SBPA 4QFOA 1NH8A 2Q89A 2I48A 3KBRA 1M5BA 4R6YA 1SI1A 2UYFA 3U93A 4FORA 1SI0A 4OXVA 4ONYA 1VE4A 4JB7A 5AE4A 1B3FA 2NUVA 3EQ1A 1P1WA 4U23A 4TOZA 3MP6A 4POWA 4I9DA 2ALUA 5I2KA 4KYDA 4GFRA 2VGQA 2GFEA 3LUYA 4YKJA 3GBBA 4BDOA 1AIVA 4RK9A 5FHNA 3CFZA 2FYIA 1N3XA 1B4HA 2DVZA 2O1LA 2QS2A 1MXVA 4H8JA 1VFEA 1MM7A 3K1NA 4R6KA 3DRKA 1QKAA 1M5DA 4Z0IA 4ZE9A 2F78A 4XTCQ 1N84A 3K00A 4HW8A 4YAHX 5FTHA 3C35A 2Z22A 3E4RA 1B7HA 3K6UA 3QAXA 4ZEDA 4XXUA 2DWHA 3I6VA 3RQTA 4OFJA 2H5YA 3SESA 2W7YA 5H8FB 4QF9A 4NF8B 1CE2A 4F19A 4KPTA 3QUJA 1H45A 3VVFA 4F3GA 2HQ0A 3BKIB 2QL3A 3ZSFA 1MRPA 4I62A 3FV2A 2HZKA 3LC8A 2AL4A 1LGBC 4LZ8A 1DSNA 4O3BA 1POTA 4EXKA 2XXPA 3FIRA 2I0CA 4WEPA 1LCFA 2A5TA 1ZMGA 1I6BA 4QRZA 1SW5A 1NFTA 4U2RA 3RGYA 1LCTA 1MDQA 3CSGA 1I69A 2O7IA 5I58B 3KFMA 3V8XB 1SDXA 4JWYA 3RYAA 2YLNA 4GOTA 4OFLA 3T22A 4GXAA 1NKXA 3LBSA 3UK4A 2QRYA 4G2ZA 2XXUA 3MPKA 2V3QA 1N7XA 1MPCA 1ATGA 1UQWA 4NMYA 3LSFB 4R9FA 1RKMA 5KDTB 1IXCA 4F39A 1IXIA 1M5CA 2ZYOA 1B3GA 4H65A 5I56A 1ZJLA 5JEIA 4EUOA 4G8NA 3OELA 1OIBA 5AA2B 1R9QA 2Q2CA 4DE8A 1OVTA 4KYSA 3FZVA 1JW5A 1UIVA 3O6GA 3OEKA 3VLWA 4QSDA 1QUIA 1MXYA 5DVFA 3PV0E 4QFLA 4DZ1A 3IJXB 4R72A 1H3DA 3FXRA 3PGFA 1WVJA 4IO6A 2DWJA 4RPOA 4ZZEA 4G8HA 2LAOA 3TEPA 2NWJA 1OLCA 1P99A 1HSEA 2WOKA 4ZEFA 3OSQA 3TFLA 4GLIA 1ZLQA 5I59B 3A3CA 4H1XA 4F2OA 3B6QA 3H7MA 4IO5A 4Q5TA 1B3LA 2VP1A 2DE3A 2DQVA 4F3BA 2XX9A 3D4GA 4R2BA 1F9BA 3MPLA 2X7QA 4EQ7A 3VFJA 2UVIA 4ESWA 3IOVA 1FTLA 1VFDA 2NXOA 4IO7A 5H8NB 5KCJA 5CMKA 1JW4A 2UYEA 3SKPA 1O64A 4Q0CA 2PYYA 3V89B 1NL5A 5L9OA 3VXBA 4YMAA 1QW0A 3IR1A 4XKQA 4DCYA 4GVOA 4PP0A 4MLQA 4PFWA 2REGA 4NF4B 1EZOA 4AQ4A 3C33A 1DTZA 4OEUA 2XX8A 3OENA 1B5JA 4TLLB 3RT6B 4YZZA 3RLFE 3IB0A 2R9JA 4OYVA 1FTJA 2O69A 5H8SA 3P7IA 1UTHB 4ELOA 4HTGA 4IY5A 4LONB 4HCYA 3TQLA 1MY0A 3OEMA 3MZ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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