1Y3PA

Structure of algq1, alginate-binding protein, complexed with an alginate tetrasaccharide
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords AlgQ1
publication title Direct Evidence for Sphingomonas sp. A1 Periplasmic Proteins as Macromolecule-Binding Proteins Associated with the ABC Transporter: Molecular Insights into Alginate Transport in the Periplasm(,)
pubmed doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Sugar binding protein
total genus 171
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3pA02
1A8FA 3FVNA 4PP0A 3HSTA 1MH4A 3M8UA 2YLNA 1VE4A 4K3FA 3LSXA 2HAUA 1XOCA 5ISUA 4XXUA 1OVTA 2ABHA 1MQGA 3O29A 4YU0A 5K2XA 3IB1A 3T66A 4LQ5A 1MM7A 3S9MC 2F34A 2R71A 2F36A 2XHDA 3H6TA 3K6WA 2HXWA 3ZKLA 5KZTA 3IB2A 1N76A 3PGFA 1J1NA 1D4NA 1UTHA 5DEXA 2H98A 4U4SA 1B51A 1N3WA 2I4BA 5CMCA 1USYH 1M5DA 4U2RA 1XHYA 5K2YA 4OQOA 4UACA 1B32A 2Y84A 4G8HA 3MZ1A 1NL5A 4ZE8A 3T22A 3MW0A 4ZZAA 3K00A 3ONMA 3FD3A 1US4A 4GFRA 2XX9A 4TLLB 5KCJA 3FVKA 4GF8A 4BDMA 1TWYA 4ELPA 4G8MA 3IL1B 3N5LA 2V84A 1B1HA 4RJZA 3OOAA 3G3FA 3RT8A 3TTLA 5AA2A 4NTLA 4BDQA 3S9NC 1BP5A 4DXBA 1POY1 1JETA 2DQVA 2DWIA 1SD3A 2NWJA 4THIA 2XXUA 1M5BA 1Y20A 2V3UA 2ONSA 3V5AA 3K2DA 3S4UA 3MBPA 1URGA 2QRYA 5BWJA 4G68B 3ZKKA 1IEJA 3HHFA 4F19A 1MPCA 3R6UA 3U72A 1NNPA 2DVZA 3TODA 5LOMA 2GHBA 4H6DA 4PFUA 2HZLA 1JNFA 1IZ1A 1PDAA 3LC8A 1UQWA 4YICA 1DTGA 3W15C 4U23A 3OENA 1MQDA 5CMMA 2XXQA 4MH5A 1UTBA 3G3GA 4IO6A 4PFYA 3IX1A 3MP1A 2RKMA 3OD7A 4JBZA 1D3KA 1GVCA 1QJMA 1POTA 4LONB 4O3CA 1AH5A 1Y1ZA 5FTHA 1B3GA 4GQOA 5H8HB 1N7WA 4YKJA 4G2ZA 4NF4A 3PMVA 1LGBC 3PMWA 4IY6A 4GIZA 1LFIA 1FW0A 4X48A 1MH3A 1MXZA 3TTKA 2QMWA 4U21A 4BDLA 2NOOA 4NF8A 4F1VA 3KSJA 5FHMA 3U93A 1ZU0A 3IO6A 4GL8A 3S9LC 5B7DA 3SERA 4R2FA 5BUUA 1B05A 4F39A 3FUZA 3CVGA 4EF1A 4XTCQ 4R6KA 2GRVA 3KOTA 4IO2A 2LAOA 4F2QA 3KN8A 2OWTA 2O7UA 1S9TA 2FA7A 5H8NA 2XXWA 3R26A 4KQPA 5IAIA 1B46A 1QUIA 1WDNA 1B0LA 4IGTA 2XD3A 4Z7EA 1BIYA 1ZTYA 2XXHA 3C9HA 1PBPA 5M2VA 4M4GA 3KOSA 2DSFA 4Z0IA 3Q29A 4QFOA 3RPWA 5IKBA 1B6HA 3VXCA 1ANFA 2HFBA 2OLBA 2O84X 4RA1A 4WKMA 3MVWA 1JW5A 1MPDA 2H25A 5H8FB 1FQFA 2H5YA 3TTRA 4YMAA 4H5GA 1DPPA 3EHUA 4MLVA 3TUSA 4YKKA 2VHAA 1MY1A 2Y7IA 1LCFA 2O6AA 5KDTA 4FORA 1JVYA 1FQCA 1IUDA 3C33A 3M3LA 1PEBA 1P99A 1B3EA 2PMSA 3C35A 3O28A 1S50A 4C1TA 2HAVA 4ZEFA 5L8DA 3BBRA 5FTIA 1SW5A 3TTMA 4BDRA 5TPAB 5I2NA 1QVSA 5EHSA 5TP9B 1N3XA 3TQWA 3SEYA 4YAHX 1EU8A 3FATA 4OEVA 2O69A 3Q26A 2DS9A 2I6EA 4R74A 5AA4B 5CRYA 1B7HA 3CFZA 1IXGA 5I59A 4M1VA 2PT2A 3BKIB 3K02A 3PPPA 1XS5A 3U94A 2ESNA 1MXVA 1MM6A 5A5XB 2FYIA 4TLMB 2Z22A 2DE4A 1FCKA 4OZ9A 5B70A 3IK6B 4N13A 1O63A 4ESXA 5H8QB 4KYDA 4GLIA 2XX8A 1ATGA 3TZAA 4F31B 1MDQA 2HCAA 3E13X 4JWXA 1LB8A 2NUVA 2V25A 3LSFB 3OEKA 4ZEIA 3O9PA 4P0GA 1QULA 1VSOA 1P1QA 3UP9A 2OWSA 1HSLA 4PFWA 5AA1A 3UK4A 1SYIA 2H9BA 3PUYE 1CE2A 2Q89A 2A5SA 3TTNA 3TYHA 1Y4TA 2CZLA 4PQJA 1S7YA 3KSXA 4JWOA 3OO6A 2F5XA 3OO8A 3V83A 3FV2A 4NF6B 5I2KA 1LBBA 1R9LA 4BDOA 2RCAA 3Q27A 1MY2A 2AYSA 3TMGA 1FQDA 1IXIA 1HSEA 1VFDA 4POWA 1P1UA 3TKDA 5JTYA 3O2AA 1MY4A 1LB9A 1NH7A 5EHMA 3MPKA 2NVUB 3T9XB 3TELA 1MPBA 4NWCA 1LCTA 4O3AA 1LAHE 3H7MA 3WAFA 1XVYA 3PUWE 2ZYKA 3T9HB 1B4HA 3K1PA 4QHQA 1L5TA 3U92A 3TAJA 5CM6A 3IJXB 4DXCA 4KFQA 4BDNA 1M5FA 5FHNA 1NNFA 5J1DA 3JYRA 3O6IA 4H5FA 5I56B 2CMOA 4R6YA 3U1OA 2A5TA 4KCDA 1HSJA 2XXTA 4KYEA 4R9FA 2V3TA 2R6GE 4KCCA 2XXRA 4N6PA 3LBSA 4YKIA 2F8DA 2XXPA 3H6WA 4MFIA 3TEPA 2VP1A 3EQ1A 3MAMA 4GWOA 2VGQA 3D4CA 5AA3A 2DWJA 2ZXTA 3CG3A 3PPNA 1EZ9A 5TU0A 1FTLA 2QS1A 3M3KA 3V8XB 3LR1A 3H6VA 4FJPA 1A99A 2RC7A 5CC2A 4RXLA 3O6GA 1A40A 2REJA 2XD2A 1Y3NA 1GTKA 4I1DA 4P0IA 4LUBA 3PPOA 4H8JA 3MPLA 3C32A 2ZYNA 5L9SA 2Q2CA 3FXQA 2Y7PA 2ZNTA 4GXAA 3PUVE 3QIMA 1ZBMA 1SVXB 3RNNA 1H45A 1MRPA 1PB7A 1LAFE 3A09A 4KHZE 3MP6A 4RNSA 1R9QA 2PBWA 4FE8A 4OFLA 3PV0E 5HM4B 3M3FA 1SDXA 4KI0E 2F7BA 3K1MA 2XXVA 4I9DA 5DTBA 5DYHA 3KN7A 1JW1A 3GBBA 3ODBA 1ZJLA 2V3QA 3MVXA 3RT6B 5A5XA 4EUOA 3KFMA 1FTJA 1N0TA 1Z7ME 3PMXA 2PYYA 4IO7A 2QL3A 4PETA 2R9JA 2VD2A 3FXUA 4NEDA 1TFAA 3EPEA 3MWBA 4YKPA 1UIVA 1B0HA 3KZGA 1IQ7A 4QFLA 1O7TA 2I3WA 5CBRA 4OETA 5HPQA 3SEUA 4ZZEA 4OXVA 4FAJA 1EZPA 4GVOA 1B4ZA 4QSCA 4BLAA 3RUMA 1B3HA 3UN6A 3B6WA 3IOVA 3G3IA 4OERA 4TQUQ 4MF3A 3BFUA 4OVJA 3ECRA 4DLDA 1PBQA 2I58A 3E4RA 4LA9A 3VVFA 1PC3A 3TQLA 2Z8EA 1LFHA 2W7YA 2ZNSA 2F78A 3TCGA 2GHAA 2B65A 2QPQA 1B40A 2KLFA 1Y1MA 1ZMGA 3WAEA 3PU5A 1TXFA 3MQ9A 1B58A 3LSWA 3I5OA 3FGSA 4NF5B 5I57A 4PFTA 2ALUA 3H4ZA 5I58B 4E0WA 1LSTA 1II5A 3USDA 3PUXE 4TOZA 5DVIA 3QUJA 3RLFE 2GH9A 4F3GA 2QS3A 3MVZA 4F3SA 4GOTA 3HO7A 2UYEA 1QKBA 1MXWA 3SDFA 4LP2B 3SEWA 3FV1A 1XVXA 3DP8A 3THIA 2ZYMA 4IGRA 3Q28A 1P1WA 3RY3A 1OVBA 1LLSA 5AA2D 4U1OA 3QK6A 3OO7A 4IB2A 1N04A 4IY5A 4FEDA 3O6HA 4OFOA 3VFJA 2V93A 3PD8A 3W9VA 4XIGQ 3RTFB 3K6XA 2DWAA 1UTHB 4Q30B 1JW4A 5DEXB 1B3FA 4YB5A 3QSLA 3CG1A 3QUFA 3FJMA 2X7QA 1AMFA 4ELOA 3F11A 3UIFA 3RN8A 4DCXA 2REGA 5ITPA 3DELB 3HV1A 3O97A 5I84A 3GZGA 1NMUA 4RPNA 1ZIUA 4OESA 4RYAA 5KCJB 4DIGA 3EF7A 4QSEA 1AL3A 2F7CA 4FATA 2F97A 3CR9A 3FVOA 4O3BA 2P0SA 2AIXA 3HHGA 1EZOA 3RTWB 3SKPA 4WEPA 4EQ7A 1WODA 5AA2B 4QF9A 4OHNA 2ONKE 1FQAA 4JSDA 5AE4A 2UVHA 2I4CA 1MQIA 2FNCA 3IR1A 4QFPA 4ESWA 1RKMA 1Y9UA 1VFEA 1N84A 3C31A 2XXXA 3P7IA 1QW0A 1PB8A 2D3IA 3TCFA 2O51A 4U4XA 3B6QA 4G68A 5HBCA 3KGCA 4GRKA 2YPNA 1Q35A 2BJJX 1NNKA 5F1QA 3K0VA 1BTJA 4HW8A 1WVJA 3HPIA 2XXYA 3ILUB 4G68C 4RY1A 4ELQA 3MZBA 2HEUA 1UTBB 4FEBA 2OZZA 4DZ1A 3IOWA 3Q25A 3SETA 2DXRA 1A7LA 1MY0A 3T9UA 5ITOA 3UORA 3H03A 5H8SA 4NWDA 1A55A 3CSBA 3AXFA 1AIVA 4NF4B 3CI8A 4RPOA 1NKXA 1FTKA 1B2HA 1UIUA 1Y3QA 4P11A 2Y7RA 5H8HA 5L9MA 2Z23A 1N7XA 1JVXA 2P1SA 3TDJA 1R6ZA 4F22A 4NF8B 4X9TA 3I3VA 4LZ5A 4IO3A 2G93A 2Y7WA 4LZ7A 4ZS9A 1YCJA 2AL5A 3GXAA 4RK9A 4U22A 4H8IA 3B7DA 3QYTA 1Y4CA 3IAZA 2DE3A 4Q5TA 2Q88A 2RC9A 4ZE9A 2UXAA 1URSA 5ELVA 5H8NB 4OEUA 3K01A 1Y3PA 1GR2A 3N6TA 4YB6A 4AQ4A 4F1UA 1B5IA 4OMBA 4JDFA 1MY3A 1US5A 3IORA 2X7PA 2H4IA 5CMKA 3KJ7A 3KBRA 4EDPA 4OWDA 3K4UA 4YMBA 3T96B 2D5WA 3VLUA 3C4MA 3GLBA 1F9BA 4YB7A 2Z8FA 5EYFA 4F18A 3FJ7A 4YZZA 2ANJA 3EN3A 3N6UA 4NE4A 4JWYA 4ZEKA 4OFJA 2VD3A 2QSXA 3FVGA 4OTEA 5H8FA 1ZLQA 2UVJA 4F3BA 5KDTB 2RCBA 1MXYA 3E9XA 2Q9TA 1MXXA 3B6TA 5JK4A 1SI0A 2X26A 3L6HA 2PX1A 3LUYA 3C36A 4KPTA 3T93B 4LVQA 4OENA 3G7WA 1VR5A 4JB7A 3SEXA 4XKQA 2I0BA 3PUZE 5I2NB 1B1XA 2DWHA 4IO4A 3CFXA 5TPAA 4KR5A 3JZJA 3OMBA 1USYE 4G77A 4ISUA 3K6VA 5TP9A 1NFTA 4ZDMA 3FJGA 2YJPA 1KWHA 5I59B 3QXMA 1T0KA 4R6HA 2DXYA 3A3CA 1FTMA 1MQJA 2O7IA 4FECA 4NMYA 1B5HA 5AA4A 3H06B 1FQBA 3OELA 1URDA 3IJOB 1IXCA 2O1MA 1IIWA 2PVUA 1JQFA 4L17A 3KEIA 4H67A 1MQHA 1LAGE 3MC2A 1OQGA 2I0CA 3N94A 3UA8A 3TPAA 5H8QA 3VVEA 3MP8A 4H65A 1DSNA 5FHOA 2IA4A 2QJEA 1GGGA 4OYVA 4C0RA 2HQ0A 3C34A 2RINA 2HZKA 4R9GA 1B3LA 4R2BA 4ZEBA 1OMPA 3VXBA 1ZKBA 2F7AA 3OSRA 5L9OA 2AL4A 3O66A 3VE1B 4ELRA 1PB9A 3FIRA 3QAXA 4MBPA 4U1ZA 4Q0CA 1EH3A 4HCYA 3OO9A 5I2KB 3EHTA 1IITA 2ZYOA 3SEVA 3IO4A 5DVJA 1D9YA 3PPRA 2Y7KA 3RQTA 1CB6A 1I6QA 4NF6A 5ICQA 1H76A 1QUJA 2XXIA 1Q1KA 1D9VA 1TFDA 1DMBA 2NXOA 3G3KA 4ND9A 5JTYB 2RC8A 1SI1A 1R1NA 1O64A 3CRBA 4R73A 3VDFA 3DLNA 4F3PA 4G4PA 4KYSA 3DM0A 4HS7A 4EXKA 1SQYA 2F35A 2F6GA 1I69A 2DE2A 2H99A 2G29A 1RYOA 2I49A 4WXJA 1MDP1 4QRZA 5JEIA 3JV9A 5DVFA 5CMBA 3OSQA 1OLCA 2F6PA 3A3UA 4H1XA 2DOJA 3LSLA 2Z8DA 3FZVA 3G3HA 1M5EA 2DYXA 4IO5A 4EXLA 4XKNA 2THIA 2P2AA 1B5JA 4LATA 3UGWA 2A5TB 3BFTA 4I8CA 2Q2AA 4X1BA 4EQBA 4HCWA 2WKYA 4R72A 4GXSB 1ELJA 4GL0A 1B52A 4QFKA 1MS7A 3S2VA 5I56A 2M8CA 3TCHA 4QSDA 1SW1A 1NNTA 4R75A 3MZ9A 4EQ9A 4F1YA 3IOTA 2OBGA 3I6VA 4ZECA 3PPQA 1Z7NE 3N26A 2PT1A 3D4GA 5F7VA 4LZ8A 3PD9A 1YAEA 5DT6A 3T9VA 2I48A 3KG2A 3CFLA 3ZS6A 3H6UA 2UVIA 1A8EA 3MVYA 4C1UA 3K1NA 3VLVA 4KD5A 3OEMA 4AB5A 3ZSFA 4AB6A 3R7XA 1P1OA 4DCYA 3MJNA 2I3VA 3V89B 2D21A 1B9JA 4RK2A 1LFGA 3L6GA 1FQEA 1H43A 4N07A 2UYFA 2VOZA 1GV8A 1TT1A 3VVDA 2Q8JA 3KN3A 2IEEA 4ECFA 4XKPA 3CIJA 1YTVA 4DE8A 4ONYA 4DDDA 3G3JA 2ZNUA 3FASA 1LBCA 4EF2A 1IXHA 1MXUA 1SW2A 2OCUA 4I62A 1H3DA 2RF1A 3E3KA 5ICTA 4LQ2A 1FTOA 4HTGA 2O68A 1QUKA 4JXIA 4POXA 3DP6A 1JEVA 2QS4A 4MLQA 1LAXA 1QKAA 3GBAA 2ONRA 1B7ZA 4G8NA 3SESA 2O1LA 1SW4A 3EHSA 4WEDA 2QS2A 4H0WA 4JSOA 5CI5A 4XKRA 2E0SA 1I6BA 1M5CA 1MG1A 2GFEA 2DP8A 4F29A 4ZEDA 1YPNA 4X1DA 4PE5B 3S9EA 1DPEA 2ZMBA 3U8QA 1DTZA 3H3GA 3ILTB 1OIBA 2XX7A 3W9WA 1NH8A 3KJTA 3VLWA 1DOTA 1H44A 1SBPA 4Q8RA 1BLFA 4FIMA 3CSGA 3MUQA 2B3FA 1XC1A 4DXUA 1RYXA 2OJTA 4QFNA 1A54A 2OK2A 4E0XA 4F2OA 3FXRA 3IOUA 3RGYA 2E1SA 2DVCA 1B7UA 1P1NA 3DP4A 2UVGA 5I57B 3K6UA 1SYHA 4UA8A 1AOVA 1BKAA 1OQHA 1XT8A 2QMXA 2B3BA 3OXNA 4NF5A 4GD5A 3HN0A 3VV5A 5I58A 3TFLA 1I6AA 3HCQA 3IB0A 1JEUA 1OLAA 5CBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A8FA 3FVNA 4PP0A 3HSTA 1MH4A 3M8UA 2YLNA 1VE4A 4GWYA 4K3FA 3LSXA 2HAUA 1XOCA 5ISUA 1LBYA 4XXUA 1OVTA 2ABHA 1MQGA 3O29A 4YU0A 5K2XA 3IB1A 1FBFA 3T66A 4LQ5A 1MM7A 1FBPA 3S9MC 2F34A 2R71A 2F36A 2XHDA 3H6TA 3K6WA 2HXWA 3ZKLA 5A5LA 5KZTA 3IB2A 2Q8MA 1YXIA 1N76A 3PTYA 3T0JA 3PGFA 1J1NA 1D4NA 1UTHA 4MNIA 5DEXA 2H98A 4U4SA 1B51A 1N3WA 2I4BA 5CMCA 1USYH 1M5DA 4U2RA 5I5PA 1XHYA 3LV0A 5K2YA 4OQOA 4UACA 1B32A 2Y84A 4G8HA 3MZ1A 1IMAA 1NL5A 4ZE8A 1Q9DA 3T22A 3MW0A 4ZZAA 3K00A 3ONMA 3FD3A 1US4A 4GFRA 2XX9A 4H46A 4TLLB 5KCJA 3FVKA 4GF8A 4N6DA 4BDMA 1TWYA 4ELPA 4G8MA 3IL1B 3N5LA 2V84A 1B1HA 4RJZA 3OOAA 4GBVA 3G3FA 3RT8A 3TTLA 5AA2A 4NTLA 4BDQA 4P47A 3S9NC 1BP5A 1XI6A 4DXBA 1POY1 1IMBA 1JETA 4QBAA 2DQVA 2DWIA 1SD3A 2NWJA 5EQ9A 5ET7A 4THIA 2XXUA 1M5BA 1Y20A 2V3UA 2ONSA 3V5AA 3K2DA 3S4UA 1G0IA 5LTCA 3MBPA 2GQ1A 1URGA 2QRYA 5BWJA 4G68B 3ZKKA 1IEJA 3HHFA 1FPFA 4F19A 1MPCA 3R6UA 3U72A 1NNPA 2DVZA 3TODA 4P56A 5LOMA 2GHBA 2XWKA 4H6DA 4GWUA 4PFUA 1BK4A 2HZLA 1JNFA 1IZ1A 1FBCA 1PDAA 3LC8A 1UQWA 5I7IA 4YICA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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