1Y3PA

Structure of algq1, alginate-binding protein, complexed with an alginate tetrasaccharide
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords AlgQ1
publication title Direct Evidence for Sphingomonas sp. A1 Periplasmic Proteins as Macromolecule-Binding Proteins Associated with the ABC Transporter: Molecular Insights into Alginate Transport in the Periplasm(,)
pubmed doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
total genus 171
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3pA02
3T9XB 2XD3A 1I6BA 3LBSA 1P99A 2DE4A 3O29A 1GTKA 1B5HA 3RQTA 4R72A 1N7WA 4R73A 4K3FA 1B9JA 4MF3A 3UORA 3G3IA 5I2KA 3LSFB 4FORA 3RTFB 2G29A 4F22A 5K2YA 3FGSA 4GWOA 5LOMA 3PUWE 1B7UA 1RKMA 2QS3A 1B3HA 3K6UA 3I5OA 3IB0A 2I49A 4QSEA 1PBPA 3L6GA 2DE3A 4NMYA 3U72A 4R6YA 2XXIA 1MPDA 4R2BA 4JWYA 3S4UA 1LCTA 1DOTA 3CG1A 3EHUA 1B3FA 4ZZAA 1PEBA 4DLDA 2H4IA 5AA2B 1PB8A 5BWJA 3ECRA 2REGA 2FA7A 4IO3A 5DEXB 2HZLA 1FQEA 4JWOA 1MQIA 1TWYA 2O69A 2XD2A 3H6UA 2NVUB 1WODA 4NF5A 3IORA 4NTLA 1BTJA 2VHAA 1O7TA 4U21A 2A5SA 1A8EA 1SDXA 4YKIA 3U93A 1B4ZA 4JXIA 4C0RA 1A99A 3ZS6A 3M3FA 3I6VA 4U2RA 1N0TA 2XX8A 1PBQA 3VVDA 3IJOB 2XX7A 2HFBA 2R6GE 2B65A 2UXAA 4IGTA 1TT1A 1PB9A 3E4RA 3RNNA 3K4UA 1LBCA 4NEDA 3MBPA 3V5AA 3OO9A 3SEXA 1LB9A 1B6HA 4QFPA 4HW8A 3CSBA 4GD5A 1R9LA 2DWHA 1USYH 2DS9A 3C35A 2DP8A 3T22A 3KGCA 1QUJA 4NF4B 2DWIA 3E3KA 3HHGA 4NF8A 3JV9A 4QFOA 4YB7A 5B7DA 3LSLA 4EF1A 1AMFA 2A5TB 3GBBA 5FHNA 3KN7A 5KDTA 3S9EA 2QSXA 2NOOA 5EHMA 5I84A 2E0SA 4DE8A 4O3AA 2HQ0A 3K1MA 4TLMB 3TEPA 3SEYA 1ANFA 2QL3A 3S9LC 5DVJA 3AXFA 3SKPA 2ZNSA 4EF2A 5CC2A 2F36A 1IEJA 5I56A 1P1OA 3KSXA 2DWJA 4IO6A 1JQFA 4GIZA 1H43A 5CBSA 3QIMA 1MQGA 2O68A 1JW1A 1B58A 1MY2A 3ONMA 1D3KA 2V3QA 2B3BA 2O7UA 1DMBA 1NNTA 4DCXA 4KHZE 3OD7A 1SBPA 4G77A 1UTHB 2DQVA 3R7XA 1CE2A 2OWSA 3Q29A 4TLLB 4YU0A 3K6VA 3MVXA 2GFEA 2QMXA 3CFXA 2RC7A 4EXKA 2P2AA 3MVZA 1MPCA 1Y4TA 3C33A 4O3BA 3VXCA 2XXUA 3RTWB 1B40A 2RCAA 2CMOA 4FATA 5CBRA 4H8IA 5AA1A 2VGQA 2V3TA 2XXQA 3PPPA 5J1DA 1FQFA 3UN6A 1IXCA 4GL0A 3MJNA 4FE8A 3LSXA 4QFLA 1B46A 4FJPA 4IB2A 3L6HA 3ILUB 5EHSA 2RCBA 4YKKA 2ZYNA 1P1WA 3PPOA 3PU5A 5H8QA 5DTBA 3KJTA 4PETA 4F1VA 5DYHA 2I48A 3TAJA 1OLCA 4IO5A 2PYYA 4BDOA 3MC2A 2H25A 5KCJB 5CM6A 5F7VA 3JYRA 3FVGA 3G3JA 4NWCA 1MDQA 2F7AA 5I58B 1NKXA 3BBRA 1FTJA 3IJXB 4OZ9A 2FYIA 1I6QA 1A8FA 4PP0A 5H8HB 3TTMA 1MH4A 3FVNA 2DXRA 5AA2A 1LFIA 3FIRA 3MP8A 1URDA 1LSTA 3G3KA 1M5FA 3MVWA 3N94A 5DEXA 3RT6B 4L17A 1UTBA 4IO2A 1N04A 1ZJLA 1IXHA 2ANJA 4KFQA 1ZKBA 1MM6A 4EXLA 1XVXA 2O1LA 1ZBMA 3S9NC 4MH5A 2F34A 1SD3A 4M4GA 3CFLA 1B3GA 3DP6A 4N6PA 1MY3A 2ZNTA 2E1SA 1FTKA 1VFEA 4LZ5A 3DP8A 1NNFA 3WAEA 3MQ9A 4OWDA 2AL5A 2DVCA 4XXUA 3IO6A 1N76A 3TUSA 3Q27A 3UP9A 2LAOA 2Z22A 2P1SA 4XIGQ 2NUVA 5FHOA 4HCWA 4YMAA 4OXVA 1WDNA 3CIJA 3DELB 2UVHA 2HAUA 3QSLA 1LBBA 3TDJA 1UIUA 1KWHA 1S7YA 2W7YA 4G2ZA 1EU8A 5ITOA 1B51A 2ZYKA 1S50A 3FATA 3JZJA 1GGGA 1XC1A 1ZIUA 3FJ7A 1ZMGA 1IXGA 2ESNA 1Q1KA 3GLBA 4ONYA 4DZ1A 1IZ1A 2PVUA 4JWXA 3ZKKA 4NF4A 2IEEA 5HM4B 3LC8A 2I3VA 4G8NA 2XXYA 2PMSA 1H3DA 1VE4A 2ZYMA 3G3GA 2A5TA 3IOUA 3U8QA 4OEUA 2OZZA 5CMCA 5IAIA 1QUIA 1Y3PA 4MLVA 1LAXA 1XHYA 4GF8A 3O6GA 3FUZA 3TFLA 3OSRA 4ESWA 4BDMA 3PMVA 5DVIA 2NXOA 2H5YA 4R74A 3F11A 3A09A 1ATGA 4KR5A 1BLFA 4OETA 2OBGA 4R6HA 4ZEFA 4YKPA 1FTOA 4LP2B 3RUMA 2Z8FA 3HCQA 3K1PA 1A7LA 2UYFA 2ZXTA 2X26A 4YAHX 1JNFA 4OFLA 3VE1B 4FEBA 4PQJA 3THIA 3MZ9A 3IX1A 3TMGA 1UTHA 3DLNA 4RY1A 3Q26A 2ABHA 1HSEA 4FEDA 4RPNA 4G4PA 2M8CA 1R6ZA 4C1UA 4TQUQ 4PFYA 3TTRA 1NNPA 3SETA 1T0KA 3TCFA 2H9BA 4DXCA 3PV0E 4F2QA 1Y1MA 4ZE8A 3ZKLA 3K02A 1TFDA 4KCDA 2OK2A 4BDRA 3TTLA 2XXRA 1JEVA 4F1UA 1EZOA 4ECFA 3IK6B 3KN8A 3CSGA 5L8DA 1B0LA 3IO4A 4LZ8A 2QS2A 1B1HA 5BUUA 4JB7A 2O84X 3MZBA 3A3CA 1OVBA 1NH7A 3K01A 2I58A 4PE5B 2Q88A 3KG2A 2OLBA 2KLFA 4WKMA 1II5A 3TPAA 1YPNA 3K6WA 3KEIA 4G68B 4H67A 5CMMA 5I59B 1MY0A 1B3EA 1GV8A 5I58A 2HZKA 4FIMA 3HV1A 2DOJA 2F5XA 1JW5A 5AA4A 2F7BA 4QSCA 4GFRA 2WKYA 3T9HB 1N7XA 4RK2A 3U1OA 2ALUA 1MQDA 1MS7A 5H8HA 3PPNA 1EZ9A 3UGWA 3MW0A 1FTMA 3OELA 4DIGA 3KSJA 1D4NA 3O6IA 3OEMA 5EYFA 4P0IA 1VR5A 2XXWA 1JVYA 5TP9B 3MAMA 1Z7ME 3RLFE 3USDA 3H6WA 1Y20A 1Y4CA 3M3LA 3T96B 1MG1A 3PMXA 1NMUA 1SVXB 4ZECA 2D3IA 4RJZA 4KCCA 2QPQA 3CRBA 4XKQA 1IXIA 5L9SA 4DXUA 4OQOA 1NNKA 3KOSA 1J1NA 3FD3A 1Y9UA 2XX9A 3K6XA 5AE4A 2REJA 4QFKA 4LVQA 4RK9A 2VD3A 2H99A 2O7IA 5I2KB 4YB5A 4H65A 1MPBA 1YCJA 3TELA 5TPAA 1Q35A 1QW0A 1L5TA 4OERA 1AH5A 4OFOA 4BDQA 4OFJA 2NWJA 2AL4A 3T66A 4TOZA 1PB7A 4THIA 4H0WA 1N84A 1SYIA 1D9YA 1MRPA 1A54A 4LQ2A 4WEDA 4KQPA 2I6EA 1B7ZA 5JEIA 4HS7A 1M5EA 2FNCA 2BJJX 3C32A 4GXSB 4QSDA 3OENA 4X1BA 3OO6A 3MP1A 2Y7WA 3B6WA 3V89B 3KJ7A 5I57B 2P0SA 3IR1A 2O51A 2DYXA 4GLIA 3TCHA 2DSFA 4LONB 4QHQA 2F6GA 4H5GA 2PT1A 2HCAA 1P1NA 1ZTYA 3EHSA 3IOTA 5I2NB 3W9WA 1R9QA 4AB6A 3IAZA 1SW5A 4FECA 2UVIA 3V8XB 1MY1A 2AYSA 3HO7A 3LSWA 5FHMA 3TYHA 2I4BA 4NF5B 3W9VA 3O6HA 4ELOA 2PT2A 3OSQA 4EDPA 4NE4A 4F3GA 4X9TA 4WEPA 5DVFA 3PUZE 4YICA 3TODA 2V93A 1MXYA 4G68C 3HN0A 3IB1A 4H5FA 3PPQA 1WVJA 5IKBA 1Z7NE 4R75A 2B3FA 4ELPA 4ESXA 2RINA 2V25A 4U23A 2PX1A 2F35A 2F7CA 5H8FB 4IO4A 1DPEA 2QS4A 3U92A 4KYEA 4I62A 4KD5A 4IGRA 4PFWA 4F39A 3MVYA 3UA8A 3KBRA 4AQ4A 2XXXA 4MLQA 2Y7IA 5FTIA 1B7HA 4POWA 4GQOA 5K2XA 4EQ9A 1R1NA 4YB6A 4OMBA 5ELVA 2Y7KA 3T93B 2Z23A 5L9OA 1TXFA 3WAFA 3DP4A 3D4CA 1PC3A 1JVXA 3V83A 2V3UA 3CG3A 3C9HA 1SYHA 4F29A 1N3WA 1BIYA 3TQWA 4YZZA 2DVZA 4JSOA 2Z8DA 1QJMA 4BDNA 1DTZA 2X7QA 5M2VA 2CZLA 3BKIB 4Q5TA 1F9BA 2OWTA 4OYVA 4DDDA 4ZDMA 3VDFA 1HSJA 1Y3QA 3H4ZA 1XS5A 3HPIA 4MFIA 3MWBA 1FCKA 1B1XA 4LQ5A 1NFTA 5H8NB 5AA3A 1FQBA 2YLNA 2HXWA 2GRVA 3ILTB 3MUQA 4H8JA 2D21A 3VVFA 1MY4A 4H1XA 4Z7EA 1ZU0A 4F3SA 3OO8A 1M5DA 1ELJA 1EZPA 3IOVA 4E0XA 1D9VA 4QF9A 4Z0IA 3IL1B 4U4XA 4ELQA 1MXVA 5A5XB 3RT8A 2O6AA 1OLAA 2XXTA 2G93A 3C4MA 3VXBA 3H7MA 3TKDA 1NH8A 3GXAA 3N6UA 5HBCA 1I69A 3H3GA 5DT6A 3N6TA 3GBAA 4ZEDA 3CI8A 5TP9A 3SEVA 4I8CA 3VVEA 2AIXA 3OOAA 1DTGA 3S2VA 2X7PA 1POTA 4RYAA 3BFUA 3VLUA 4NWDA 3FV2A 4LZ7A 3TCGA 1H76A 4XKPA 1UQWA 4XTCQ 3T9UA 3FVOA 3KFMA 5ITPA 4GOTA 3MPLA 4EQBA 2OJTA 1GR2A 4Q0CA 3H6TA 5L9MA 2RF1A 4C1TA 1CB6A 1SW4A 5H8QB 4NF6B 2ZMBA 2I4CA 4IY6A 1FTLA 2I3WA 4H6DA 1MXUA 3FXRA 1B32A 1HSLA 4GVOA 3SDFA 1USYE 2F8DA 4OESA 1B05A 4DCYA 4OENA 1A55A 1MQHA 2XXPA 3M8UA 3R26A 4U4SA 4LUBA 4F3BA 1POY1 1US5A 3TTKA 3C36A 1M5BA 4BLAA 3FJGA 1B52A 2UVGA 5JTYB 3RPWA 5CRYA 4ZE9A 5I57A 4F1YA 2YJPA 4I9DA 3VV5A 3T9VA 1FQDA 3KZGA 1SQYA 4QFNA 2R9JA 4OTEA 1B5IA 5I2NA 3H06B 1UTBB 4ZEKA 3OEKA 4JSDA 1JETA 3CR9A 3DM0A 3KOTA 5KZTA 1B3LA 3PUVE 3FVKA 4U1ZA 4EUOA 1B0HA 1Y3NA 1MDP1 3O28A 1B5JA 2RC8A 5KCJA 1FQCA 3RGYA 2O1MA 2QJEA 5CMKA 3HHFA 1S9TA 2ONSA 4U1OA 4ND9A 1QUKA 2D5WA 3TQLA 3MZ1A 4R9FA 2Q9TA 1SI1A 1OMPA 4WXJA 2QRYA 4XKNA 1LFHA 5H8FA 4DXBA 3PD9A 1MM7A 4GL8A 4F3PA 3K2DA 1Y1ZA 3VLWA 1IITA 3LUYA 3UK4A 2Y84A 1EH3A 1IIWA 3SEUA 1BP5A 4LA9A 4F31B 1NL5A 4PFUA 4LATA 1JEUA 1H44A 5ISUA 4I1DA 5FTHA 3P7IA 3VFJA 3W15C 3IOWA 3K00A 3SESA 3FV1A 5ICQA 4N07A 3FXUA 3H6VA 3O9PA 5AA2D 1IQ7A 1QVSA 1XT8A 3VLVA 3N5LA 1FQAA 1LLSA 4RA1A 3M3KA 3TTNA 3S9MC 1B4HA 1SI0A 3QUFA 3MP6A 3OXNA 3Q28A 4IY5A 4KYSA 5H8NA 2XHDA 1B2HA 3D4GA 4OHNA 4QRZA 1I6AA 2Q89A 3A3UA 2F97A 4RPOA 1AOVA 2DXYA 4AB5A 3QYTA 2HEUA 4IO7A 3G3HA 3H03A 2HAVA 3FJMA 1ZLQA 5A5XA 4R2FA 3LR1A 2RKMA 4F2OA 3EN3A 3EQ1A 4ISUA 1XOCA 2RC9A 1OQGA 2R71A 3IB2A 1SW2A 1URGA 4R9GA 4GRKA 4ZEIA 4HCYA 2ZNUA 1VFDA 4YMBA 4KYDA 1UIVA 1AIVA 3PPRA 4BDLA 3PD8A 3EF7A 1YAEA 3O66A 3SERA 1QULA 3QUJA 4JBZA 2Q2CA 1BKAA 2Q2AA 1LFGA 4KPTA 3QK6A 2ONRA 1O64A 2OCUA 2GHAA 2I0BA 1MH3A 1US4A 3E9XA 4KI0E 3QAXA 1TFAA 4ZS9A 3K0VA 3C31A 1SW1A 4Q8RA 3O2AA 5B70A 4NF6A 3PUXE 5JK4A 2ZYOA 3EPEA 5TU0A 4E0WA 2XXHA 3G7WA 1RYXA 2GH9A 2F6PA 1LCFA 3RY3A 1N3XA 3E13X 4U22A 3B6QA 3UIFA 2THIA 1O63A 3G3FA 1LAGE 1RYOA 1LAHE 2VOZA 4RXLA 4P11A 1DPPA 3PUYE 3O97A 2QMWA 5AA4B 4RNSA 1OQHA 2DWAA 1PDAA 4X48A 4PFTA 5JTYA 1JW4A 3B7DA 2H98A 4N13A 1LAFE 4R6KA 2Z8EA 1H45A 2DE2A 1MXZA 3MPKA 3TZAA 2Y7RA 3FZVA 3K1NA 3R6UA 3ODBA 1QKAA 1MXWA 4OVJA 4NF8B 2QS1A 3GZGA 1P1QA 2YPNA 1MXXA 3CVGA 4EQ7A 5ICTA 3I3VA 1MQJA 5KDTB 2VD2A 1A40A 1VSOA 3RN8A 1YTVA 4MBPA 4Q30B 1XVYA 4O3CA 4ZEBA 4FAJA 3OMBA 3PMWA 4YKJA 4F19A 4ZZEA 1DSNA 5H8SA 2ONKE 1LGBC 4F18A 3PGFA 2UYEA 3C34A 3FXQA 1URSA 4UA8A 1M5CA 1FW0A 3QXMA 4G68A 1QKBA 5I59A 3CFZA 5I56B 1IUDA 4GXAA 5TPAB 3FASA 4ELRA 4POXA 4JDFA 1LB8A 2V84A 2XXVA 4G8HA 3Q25A 3N26A 1GVCA 4OEVA 3SEWA 3BFTA 1P1UA 4XKRA 3OO7A 5CI5A 2Q8JA 1OVTA 5F1QA 3HSTA 1OIBA 2UVJA 3EHTA 4G8MA 4M1VA 2I0CA 2Y7PA 5CMBA 2F78A 4UACA 3KN3A 2VP1A 3ZSFA 1AL3A 3B6TA 4HTGA 2PBWA 4P0GA 5HPQA 3U94A 2IA4A 4X1DA 2GHBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T9XB 2XD3A 1I6BA 5EQ7A 3LBSA 1P99A 2DE4A 3O29A 2P3VA 1GTKA 1B5HA 3RQTA 4R72A 1N7WA 4R73A 4K3FA 2WEFA 1B9JA 4MF3A 3UORA 3G3IA 5I2KA 3LSFB 4FORA 3RTFB 4PBQA 3NOHA 2G29A 4F22A 5K2YA 1IMAA 3FGSA 4GWOA 5LOMA 3PUWE 1B7UA 1RKMA 2QS3A 1LBZA 1B3HA 3K6UA 3I5OA 3IB0A 1NUYA 2I49A 4QSEA 2P3NA 1PBPA 3L6GA 2DE3A 4NMYA 3KBZA 3U72A 4R6YA 2XXIA 1MPDA 4MX6A 4MEVA 4JWYA 4R2BA 2Y5LA 3S4UA 1LCTA 1SPIA 1DOTA 5I3SA 3CG1A 3EHUA 1B3FA 4ZZAA 1PEBA 4DLDA 2H4IA 5AA2B 1PB8A 5BWJA 3ECRA 2REGA 2FA7A 4P56A 1LBWA 2VT5A 4IO3A 5DEXB 2HZLA 1FQEA 4JWOA 1MQIA 1TWYA 2O69A 2XD2A 3H6UA 2NVUB 4PE3A 3E78A 1WODA 4NF5A 3IORA 4NTLA 1BTJA 3PTYA 2VHAA 1O7TA 4U21A 5F24A 2A5SA 1A8EA 3KC1A 1IMEA 1SDXA 4YKIA 3U93A 1B4ZA 2Q74A 1FPGA 4JXIA 4C0RA 3EKIA 5J16A 1A99A 3ZS6A 3U65A 3M3FA 5DW8A 3I6VA 4U2RA 3ROJA 1N0TA 2XX8A 1FSAA 1PBQA 3VVDA 3IJOB 2XX7A 2F3DA 3T0JA 2HFBA 2R6GE 2B65A 2UXAA 4IGTA 1TT1A 4OA4A 1PB9A 3E4RA 3RNNA 3K4UA 1LBCA 4NEDA 3MBPA 3V5AA 2KQZA 3OO9A 4PGNA 3SEXA 1LB9A 1B6HA 4QFPA 4HW8A 3CSBA 4GD5A 1R9LA 2DWHA 1USYH 2DS9A 3C35A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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