1Y3PA

Structure of algq1, alginate-binding protein, complexed with an alginate tetrasaccharide
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Direct Evidence for Sphingomonas sp. A1 Periplasmic Proteins as Macromolecule-Binding Proteins Associated with the ABC Transporter: Molecular Insights into Alginate Transport in the Periplasm(,)
pubmed doi rcsb
molecule keywords AlgQ1
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
total genus 171
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3pA02
2ONRA 4R75A 1GGGA 1DMBA 1Y3QA 3ZKKA 1NH7A 1H43A 1O7TA 4LONB 3SEWA 4R2BA 1R1NA 3A3UA 4R2FA 1B6HA 1NNTA 1BLFA 2Q88A 1OVTA 1YCJA 3CI8A 3UGWA 4XKPA 3PUXE 4OFLA 3FASA 1FQDA 4OHNA 4E0WA 3C31A 5LOMA 1B4HA 1A8FA 2Z8EA 1B46A 3VVEA 4QFNA 3SDFA 2I48A 2OLBA 1ZJLA 3SESA 3H6VA 4K3FA 4R6KA 3IR1A 5TP9A 3FD3A 4KYEA 4P0GA 1Y3NA 1EZOA 1MDQA 2DXYA 3RY3A 4ZEKA 1XVXA 2ZYNA 4PFYA 1ZTYA 3K1PA 3MP8A 3JZJA 3SKPA 3C34A 3VDFA 2DWAA 3H7MA 3UN6A 3FIRA 4QFKA 3MPKA 2AYSA 2Y7RA 3DP4A 4RPOA 1H76A 4LA9A 1M5BA 1AH5A 3M3KA 1WDNA 1BKAA 4F1VA 3E4RA 1VR5A 3SEXA 1B9JA 3EHUA 4NF6A 1SD3A 3HHGA 1LBCA 5EHMA 3V5AA 5B7DA 5DTBA 3K2DA 1MY2A 3S9LC 1LFGA 4DCXA 2Y84A 2HAUA 2UVHA 3LSLA 3MW0A 1FTLA 4ZZEA 2NVUB 4XKNA 3IO4A 1B4ZA 2RC9A 1JW1A 1ZU0A 1USYE 5I59B 5FHOA 2B3FA 3M3LA 2D3IA 3KJ7A 1MXWA 1N7WA 5KZTA 1R9QA 4I9DA 4NE4A 4EXKA 2CZLA 1LLSA 1SI0A 5KDTA 3OELA 4R6HA 3TCFA 5FHNA 2QS3A 4N13A 1H3DA 4ISUA 2I6EA 3MVZA 2I58A 5CMMA 1P1OA 3PU5A 3K01A 2NOOA 3Q29A 4Q8RA 4KCDA 1MY4A 2PT1A 1N04A 4IB2A 2UVIA 1B7UA 3CFXA 4UA8A 1N3XA 2H98A 2DYXA 4RXLA 1P1NA 1ZKBA 3EPEA 4KR5A 4U22A 2Y7KA 2I3WA 4POXA 4G68A 1N84A 1D9VA 4RPNA 1MXXA 5K2YA 1II5A 3PMXA 1MPDA 5I57B 1DTGA 2PYYA 2I4CA 3TTNA 3VXCA 5HM4B 2F35A 3WAEA 2H9BA 3V89B 2HFBA 2R71A 5A5XB 3TUSA 2GHAA 4Z7EA 4PP0A 5ELVA 3Q27A 3H6TA 2OCUA 2Q9TA 3TTLA 4IY6A 5IAIA 4OESA 4UACA 1UQWA 3QYTA 3U72A 4MFIA 1QW0A 1B3FA 1TWYA 5H8QA 3VLUA 4JDFA 2QMXA 4OEUA 4R72A 3PMWA 4NMYA 2THIA 5I2NA 1O64A 2B65A 2XX9A 4KI0E 2YJPA 3TMGA 3I5OA 2O1MA 2DQVA 2GFEA 4F1UA 1QUJA 3OD7A 3KEIA 4IGRA 1LSTA 4XTCQ 1T0KA 2DE2A 5AA2B 4FORA 3FXQA 3H4ZA 1GR2A 5BUUA 5FHMA 4TOZA 3H3GA 1XOCA 2QL3A 1B5IA 5A5XA 1FQAA 3PPPA 2H99A 2F36A 2V3UA 4LUBA 4LVQA 1Z7ME 2BJJX 2XXXA 2XXHA 1VFDA 5J1DA 5I58A 4C1UA 1DSNA 3A3CA 3PV0E 2Q8JA 3O29A 3IOTA 2DE4A 1CB6A 4LATA 3MP1A 2FA7A 5ISUA 4OETA 3MQ9A 1MPCA 1MQIA 1MS7A 3K00A 2PT2A 3O6IA 3BFTA 2PBWA 2D21A 4XXUA 4Z0IA 3PD8A 1NNFA 4QSEA 3PUZE 4M4GA 4DXCA 3KSJA 2H5YA 3PD9A 4U1OA 1B3EA 1GV8A 3TQLA 3KOSA 1POY1 2DWJA 5JTYB 4WEPA 1IXGA 1MH4A 5TU0A 4FATA 4LZ8A 5CMKA 2IEEA 2X7QA 2OJTA 5AA2A 3MWBA 5DEXB 4FE8A 3TELA 3C32A 4U21A 4DXUA 4GOTA 4RNSA 1LAXA 2F34A 1UIUA 1Q35A 3CG3A 2O1LA 2RINA 3H6WA 4F3BA 5F7VA 5DYHA 3DM0A 1IXCA 1JVYA 2XXTA 4KYSA 5DVJA 5CMCA 2XX8A 2ANJA 3FGSA 3LSFB 2DOJA 1URGA 2DWIA 1I69A 4YB5A 3PPNA 4F3PA 3T9XB 1OMPA 1ZBMA 3M3FA 2RC7A 5AA4A 4OFOA 5CBRA 1B7HA 4KFQA 3LBSA 5H8HB 5FTHA 1HSLA 4YAHX 1OLCA 4X1BA 3G3FA 4NWCA 4NWDA 4I1DA 5AE4A 4ZE9A 2XXPA 5JTYA 1LAFE 3D4CA 1WODA 3S2VA 2XXRA 3ZSFA 4YB6A 1MQGA 2HCAA 3IOVA 4LZ7A 4OTEA 3H6UA 4GLIA 1H44A 2DVCA 1MY1A 1UTHB 4H67A 4IO3A 3VVFA 3HN0A 4JSOA 5H8SA 3MVXA 4JSDA 1SW4A 1XS5A 2XD2A 4OWDA 5TP9B 3MP6A 2DWHA 5F1QA 1MY3A 3E9XA 4M1VA 3K02A 3USDA 2VP1A 3MC2A 2HZLA 2F97A 1D4NA 2Z23A 2O6AA 1N76A 1PB8A 4YMAA 5AA3A 3UK4A 2ALUA 3MPLA 3ONMA 3G3HA 3KOTA 4LP2B 5H8HA 4ESXA 3FJMA 1VE4A 4DZ1A 5CBSA 3E3KA 3TFLA 4RA1A 3K6XA 2R9JA 4ESWA 1MH3A 4NF6B 1FQFA 2PMSA 2UYEA 4MH5A 3GBAA 1SW2A 2XX7A 1B3LA 3JV9A 1OVBA 2B3BA 1UTHA 1IEJA 1H45A 4N6PA 2ABHA 1A7LA 2QJEA 3TEPA 1S7YA 4RJZA 3OO6A 3MJNA 4R73A 3CG1A 3BKIB 1LAHE 2Y7WA 4ELQA 4ZEBA 3Q28A 5AA2D 3B7DA 2UVGA 4FECA 1OLAA 1ELJA 3FVNA 2O84X 4QFPA 3G3IA 1O63A 1IXHA 5H8FA 3T66A 5KDTB 2GRVA 3H03A 2P0SA 1I6AA 4F2QA 1AMFA 1MM7A 2V93A 3K0VA 4EXLA 4NF4A 1FTMA 5ICQA 3M8UA 2V3QA 4QFOA 3S9NC 2AL5A 3IJOB 3TCGA 2HZKA 3PUYE 4L17A 4IY5A 4QSCA 1IZ1A 4OEVA 1JW4A 1ZIUA 4X9TA 3ILUB 3QUJA 4ZE8A 1FQCA 1B05A 3TYHA 1B0HA 3THIA 4G68B 1J1NA 1QVSA 5KCJB 3CSBA 1OQGA 3ECRA 4YICA 1OIBA 1P99A 3GBBA 2Y7IA 3PPRA 5HBCA 2ZNSA 1GVCA 2FNCA 1JEUA 4MLQA 1MXZA 4YZZA 2REGA 3CIJA 2DXRA 2OK2A 3LSWA 2DP8A 3VLWA 1S50A 3FVOA 1MDP1 2RCBA 2RCAA 4H1XA 2XHDA 1FQBA 4THIA 3UA8A 1DPEA 1NFTA 3RGYA 3QIMA 2DVZA 5H8QB 3G7WA 5M2VA 2XXWA 1QKBA 1UIVA 4PETA 4OERA 5I2NB 3SEYA 3G3KA 3U1OA 4HW8A 4OFJA 1BIYA 4QHQA 4QSDA 2HQ0A 1B5JA 4PQJA 2O68A 2A5SA 3Q25A 2O51A 4H8IA 3KBRA 4EUOA 1B51A 1US4A 4EQBA 1MY0A 3VXBA 3OO7A 3N26A 5KCJA 1FTOA 4RYAA 1B5HA 1B58A 4ND9A 1SVXB 3PPQA 4I8CA 2DS9A 1PBPA 3CR9A 1Y9UA 3W15C 3RPWA 1XC1A 3KZGA 2QMWA 1BP5A 5I58B 1B1HA 1M5CA 1VFEA 3TQWA 3G3JA 1IUDA 4OZ9A 2ZXTA 2F5XA 1AOVA 3C33A 4WKMA 1NNPA 5I84A 2F7AA 4R9FA 1JETA 5ITPA 4DXBA 5B70A 2FYIA 1A55A 1UTBA 4ELRA 2VD2A 1MXYA 5BWJA 4MLVA 3B6WA 4X1DA 3TTRA 3TTKA 5EYFA 4AB5A 1MM6A 1M5DA 2F78A 4IO6A 3U94A 1P1WA 2ZYMA 4RK9A 3T22A 4U2RA 4U4SA 4TLLB 5CI5A 2NWJA 4IO5A 3O97A 3QK6A 1RKMA 1Z7NE 4YU0A 3MBPA 3FZVA 3HCQA 3MZ1A 3L6HA 1OQHA 1CE2A 3BBRA 3FXUA 2M8CA 5CC2A 1MRPA 4ONYA 3T9VA 3SERA 2ONKE 5AA4B 2XXYA 3KSXA 3C36A 4Q30B 3OSRA 1YPNA 3IX1A 3KN7A 1QUIA 4LQ2A 4H8JA 4U23A 2VHAA 4H5GA 3OO8A 4DLDA 4JB7A 2O7IA 3OXNA 2RC8A 2QS4A 1SW1A 1URDA 1MQDA 3DP6A 4TLMB 3FVKA 4PFWA 4P0IA 4F3GA 1N0TA 3ODBA 3OOAA 5FTIA 3U8QA 5I56A 3C9HA 3EHTA 4WXJA 2HEUA 3OEMA 3WAFA 2Q2AA 4GF8A 4GL8A 2LAOA 4NF5A 1PB7A 4KD5A 4H5FA 2Z8DA 4C0RA 3T93B 4IO7A 1VSOA 4JWOA 5I2KA 3OENA 1R9LA 3T9UA 3K6WA 4HCYA 2V84A 4ECFA 4GFRA 3HSTA 3FUZA 5EHSA 4R6YA 2ZYOA 4KQPA 1MPBA 1NMUA 2A5TA 4GQOA 3CFZA 1LFIA 3IB0A 1YAEA 2H4IA 4C1TA 1R6ZA 1IIWA 3E13X 3RNNA 3C4MA 1PDAA 4DIGA 4ZEIA 3RLFE 3QXMA 3OO9A 4IO4A 3TPAA 3GXAA 3DELB 4IGTA 1MQJA 4G2ZA 4N07A 4BLAA 4OQOA 3DP8A 3V8XB 3I3VA 3TAJA 2OWSA 2ZNTA 4PE5B 1Y3PA 1PB9A 4XIGQ 2AL4A 3MAMA 1N7XA 4EDPA 3MZ9A 4F18A 2OWTA 3HO7A 1Y4TA 3VLVA 2RKMA 1ZMGA 5DT6A 2KLFA 1LFHA 3F11A 5H8FB 1Y20A 3O6GA 3FV1A 1B0LA 3DLNA 3IJXB 2I49A 2QS1A 4BDRA 3TKDA 1L5TA 4G8HA 1M5FA 4NF4B 4OYVA 2V25A 1MQHA 3ZS6A 2F7CA 4GWOA 2GHBA 1SI1A 4YKIA 3TTMA 1A99A 3HPIA 4G77A 4YKPA 2I0CA 3LR1A 3TZAA 4AQ4A 3TCHA 4H65A 5TPAA 2IA4A 3TDJA 2Q89A 3RT6B 2AIXA 2NUVA 1ATGA 3O6HA 3P7IA 3UP9A 5H8NA 4U4XA 5DVFA 3U92A 2H25A 4ZEDA 1WVJA 2P2AA 4NF8A 3W9VA 2OZZA 3KN8A 2Z8FA 4G4PA 1ZLQA 1IITA 3K1NA 3RN8A 3GLBA 1B1XA 1XVYA 4R9GA 4P11A 4G8NA 4JXIA 3GZGA 1FW0A 2UXAA 3MVWA 4KCCA 5ITOA 4PFTA 2REJA 3SETA 4F1YA 4DCYA 3LSXA 1LB9A 3K1MA 3RT8A 3PMVA 2CMOA 1SBPA 4IO2A 3FV2A 3KFMA 2F6PA 3S9MC 4FEBA 4BDMA 2HAVA 1PC3A 4ZEFA 1ANFA 1D9YA 5L9SA 4Q0CA 2P1SA 3ILTB 4FEDA 3K6UA 4DE8A 1EU8A 4XKQA 4TQUQ 3R7XA 2UYFA 1LB8A 1Y1ZA 3HV1A 3VFJA 3QAXA 2NXOA 4XKRA 1JEVA 3RTFB 4F39A 5CMBA 1LGBC 1MG1A 3A09A 1NKXA 3RTWB 1FQEA 2QPQA 2V3TA 3PUWE 1EZ9A 3UIFA 4O3CA 2I0BA 3D4GA 3IORA 5JEIA 2GH9A 1D3KA 3HHFA 4NEDA 4GL0A 4BDOA 4HTGA 1UTBB 4JWYA 3L6GA 3FJGA 4O3AA 4JWXA 5L9MA 1B32A 3R6UA 1QUKA 3RQTA 4H0WA 1B3GA 1DPPA 3U93A 4X48A 2VOZA 3W9WA 4EF2A 1PEBA 4OMBA 2ZNUA 1YTVA 3C35A 1I6QA 2DSFA 4G68C 3PPOA 4EF1A 1BTJA 2D5WA 3IOUA 3S4UA 2VGQA 3TODA 2PVUA 1SQYA 1SYHA 2O69A 2XXQA 4GVOA 4EQ7A 2F7BA 1EZPA 1A8EA 2ESNA 2PX1A 5DVIA 3V83A 2F6GA 3QSLA 1QULA 5I59A 2E0SA 2ZMBA 3PGFA 4ZZAA 1RYOA 5AA1A 1Q1KA 3G3GA 4OXVA 3EF7A 3IB1A 1QJMA 1P1UA 4U1ZA 5CM6A 5IKBA 4GIZA 3O66A 4KPTA 1XHYA 3B6QA 4NTLA 3H06B 3IOWA 4RY1A 3KGCA 3CSGA 2RF1A 1P1QA 2YPNA 3N6TA 3JYRA 4FIMA 4F22A 5ICTA 2QSXA 3CVGA 3T9HB 2VD3A 4G8MA 3OMBA 2XXIA 2ZYKA 1M5EA 1F9BA 4BDLA 3KN3A 4F31B 4F3SA 5I56B 5I57A 1JNFA 4QFLA 1EH3A 3Q26A 4EQ9A 1A40A 1B52A 4WEDA 4NF5B 1LBBA 1FTJA 3MUQA 3CRBA 4BDQA 3FJ7A 4QF9A 2G93A 5I2KB 4JBZA 1B7ZA 3EHSA 2HXWA 2E1SA 4GXAA 3N5LA 1N3WA 1TT1A 3I6VA 1FCKA 1JW5A 2W7YA 1JVXA 4GD5A 2A5TB 4YB7A 4F19A 2XXUA 4LZ5A 1AIVA 1NH8A 1TXFA 4GXSB 4ZECA 3O9PA 1NNKA 4ELOA 1LAGE 1Y4CA 4AB6A 2ONSA 1KWHA 3FATA 3B6TA 1Y1MA 3VV5A 1QKAA 3LC8A 4MBPA 5HPQA 2QS2A 4RK2A 4OVJA 1SDXA 3R26A 3IO6A 2X7PA 3IK6B 4FAJA 3AXFA 4F29A 4HS7A 3MZBA 4POWA 3IB2A 3O2AA 4FJPA 2YLNA 3FXRA 3N94A 1DOTA 3CFLA 4MF3A 4ZS9A 4OENA 5K2XA 1SYIA 2XD3A 4YKKA 1XT8A 4DDDA 1TFDA 4ZDMA 1URSA 4PFUA 2DE3A 1SW5A 3SEUA 1LCTA 2QRYA 4E0XA 3RUMA 1S9TA 2I3VA 4F2OA 1DTZA 2R6GE 4Q5TA 3ZKLA 4H6DA 3PUVE 1GTKA 3T96B 4LQ5A 3EQ1A 1B3HA 1FTKA 1RYXA 1JQFA 1I6BA 3IL1B 3S9EA 2Y7PA 1US5A 5JK4A 2G29A 2Q2CA 5TPAB 2F8DA 3BFUA 5DEXA 1USYH 4O3BA 5L9OA 2Z22A 4GRKA 2XXVA 1AL3A 3MVYA 2O7UA 3FVGA 5L8DA 3IAZA 3OEKA 4R74A 1IXIA 4ELPA 3KG2A 5H8NB 3EN3A 1POTA 4I62A 1MXUA 3VVDA 1A54A 4QRZA 3UORA 1TFAA 1B2HA 3N6UA 1HSEA 4HCWA 3OSQA 2WKYA 2I4BA 4NF8B 1IQ7A 3K6VA 3K4UA 3VE1B 4BDNA 3O28A 1NL5A 4YKJA 1PBQA 3LUYA 2X26A 3KJTA 4YMBA 1MXVA 4KYDA 3SEVA 4KHZE 1B40A 1LCFA 3QUFA 2OBGA 1HSJA 5CRYA 2UVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ONRA 4R75A 1GGGA 1DMBA 1Y3QA 3ZKKA 1FRPA 1NH7A 1H43A 3PTYA 1O7TA 4LONB 3SEWA 4R2BA 1R1NA 3A3UA 3IFCA 2B4MA 4R2FA 1B6HA 1NNTA 1BLFA 2Q88A 1OVTA 1YCJA 3CI8A 3UGWA 4XKPA 3PUXE 4OFLA 3A29A 3FASA 1FQDA 4OHNA 4E0WA 3C31A 2F3BA 5LOMA 1B4HA 1A8FA 2Z8EA 1B46A 4MNPA 3VVEA 4QFNA 3SDFA 2L5VA 2I48A 2OLBA 2PCRA 1ZJLA 3SESA 3H6VA 4K3FA 4R6KA 3IR1A 5TP9A 3FD3A 2WX9A 4KYEA 4P0GA 1FPDA 1Y3NA 1NUYA 4H45A 1EZOA 5I7IA 1MDQA 2DXYA 3RY3A 4ZEKA 1XVXA 2ZYNA 2CZKA 4PFYA 1ZTYA 3K1PA 3MP8A 3JZJA 3SKPA 3C34A 3VDFA 2DWAA 3H7MA 3UN6A 3FIRA 4QFKA 3MPKA 2AYSA 2Y7RA 3DP4A 5J16A 4I3EA 4RPOA 1H76A 4LN5A 4PAKA 4LA9A 1M5BA 5IZ3B 1AH5A 3M3KA 1WDNA 1BKAA 4F1VA 3E4RA 1VR5A 3SEXA 1B9JA 3EHUA 4NF6A 1SD3A 3HHGA 1LBCA 5EHMA 3V5AA 5B7DA 4O7IA 5DTBA 3K2DA 2CZHA 5IZZA 1MY2A 3S9LC 3MYUA 1LFGA 4DCXA 2Y84A 2HAUA 1NUWA 2UVHA 3LSLA 3MW0A 1FTLA 4ZZEA 2NVUB 4XKNA 3IO4A 5LDZA 1B4ZA 2RC9A 1JW1A 1ZU0A 1USYE 5I59B 2WEFA 5FHOA 2B3FA 3M3LA 4X04A 2ZZXA 2D3IA 3KJ7A 1MXWA 1N7WA 5KZTA 1NV7A 4NX1A 1R9QA 4I9DA 4NE4A 4EXKA 2CZLA 1LLSA 1SI0A 5KDTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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