4EF2A

Crystal structure of a pheromone cob1 precursor/lipoprotein, yaec family (ef2496) from enterococcus faecalis v583 at 2.10 a resolution
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
243
structure length
243
Chain Sequence
DDSVLKVGASPVPHAEILEHVKPLLEKEGVKLEVTTYTDYVLPNKALESGDIDANYFQHVPFFNEAVKENDYDFVNAGAIHLEPVGLYSKKYKSLQEIPDGSTIYVSSSVSDWPRVLTILEDAGLITLKEGVDRTTATFDDIDKNTKKLKFNHESDPAIMTTLYDNEEGAAVLINSNFAVDQGLNPKKDAIALEKESSPYANIIAVRKEDENNENVKKLVKVLRSKEVQDWITKKWNGAIVPVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Methionine-binding protein
molecule keywords Pheromone cOB1/lipoprotein, YaeC family
publication title Crystal structure of a pheromone cOB1 precursor/lipoprotein, YaeC family (EF2496) from Enterococcus faecalis V583 at 2.10 A resolution
rcsb
source organism Enterococcus faecalis
total genus 76
structure length 243
sequence length 243
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef2A02
1SDXA 3LSXA 2F7AA 3A09A 2B3FA 4F3GA 5TPAA 3B6TA 4IB2A 2V93A 3TMGA 1Q35A 4BDNA 1JW4A 5DVJA 1FQFA 1QUJA 3V5AA 2NWJA 3P7IA 3E3KA 5AA2D 1POY1 2XXWA 3FZVA 3RY3A 2DWIA 4FORA 2RKMA 2PMSA 4IO5A 2DXRA 4JSDA 1MM6A 3JV9A 3OO7A 3I5OA 3VVFA 4MBPA 5M2VA 5TU0A 4HTGA 2PVUA 1MXZA 3OD7A 4AQ4A 4R6KA 3C4MA 3FXUA 4GXAA 3MVWA 4IO3A 4NF5A 1URDA 3N26A 3C36A 5I2KA 1NFTA 4ZE9A 4FEDA 1B6HA 3RGYA 4OWDA 3IJOB 3G3GA 4NF6A 4QFKA 2YPNA 1DTZA 4YU0A 2M8CA 1IEJA 2AL4A 4NF8A 1Y4CA 1JEVA 3QUFA 1SW4A 3O6IA 3KJ7A 1UIUA 3FVKA 2RC7A 2XD3A 4BDLA 1LAGE 3O6GA 2ONKE 5DEXA 3CFXA 2DE2A 5L9SA 2RINA 2I0CA 1TFDA 4ZZEA 3U1OA 4FEBA 4KPTA 3TCFA 2DXYA 2O1LA 4I1DA 2ESNA 1B52A 1POTA 3FUZA 3K6WA 4QFOA 3KN3A 4C1TA 5I57A 4KHZE 4OMBA 4YZZA 1B58A 5H8QA 4JWXA 4ZEKA 3V8XB 3IX1A 3L6HA 4EQ9A 4BDMA 3CI8A 1LCFA 3EHTA 3QXMA 3MW0A 3IAZA 2IEEA 4EDPA 1VSOA 1LBBA 3HCQA 3Q28A 3T66A 1URSA 3V89B 4NWCA 3BBRA 1BKAA 4X48A 1B2HA 4X1BA 4GXSB 4U4XA 5H8FA 3T9XB 4E0XA 2Q89A 4O3CA 4OFOA 3IJXB 4OYVA 4LONB 1HSEA 3HSTA 1GTKA 2QPQA 3H6VA 1L5TA 3K0VA 1Z7NE 5CC2A 2P1SA 3TTRA 1ZTYA 3H03A 3MZBA 4LATA 5ICQA 1ZBMA 3LBSA 4KCDA 4LQ2A 4BDRA 5EYFA 5AA2A 3HHGA 4DCXA 2PBWA 4KI0E 2XHDA 3SEXA 2F5XA 2UVIA 4NF5B 4KQPA 3RN8A 2Y7KA 4R73A 4YKKA 2ZYNA 3B7DA 4C1UA 2G93A 4AB6A 5B70A 3MQ9A 3LSWA 4NF8B 2XX8A 1B3LA 1B32A 4R9FA 5DEXB 3PPRA 3RT8A 2ZNUA 2I0BA 2XXUA 3TCGA 1P99A 4KCCA 1XVXA 5KCJB 1MXVA 2I58A 3H06B 1A55A 3O2AA 1P1UA 3W9VA 5I57B 4OESA 2D5WA 4XXUA 3L6GA 3HPIA 3N94A 4FJPA 2Y7RA 2Z23A 4KR5A 3KZGA 1MPDA 4RYAA 4R6YA 1Y3QA 3C34A 4XTCQ 1NMUA 4PETA 4JB7A 2F6PA 2XXRA 2RF1A 4RPOA 2GRVA 5LOMA 2NOOA 2QS3A 2O68A 4QSDA 4RK2A 4Z7EA 4HCWA 1B3HA 4ELPA 4BDQA 1XT8A 4XKRA 5ITOA 2XXXA 1N04A 3H6WA 3QAXA 1H45A 3OEMA 4OTEA 4YB6A 3C31A 2HFBA 3O29A 4R74A 3Q26A 3HN0A 2DS9A 4JWYA 1B0HA 1N3WA 4ELOA 3VLWA 2Y84A 1BLFA 4QFNA 1UQWA 5DVIA 5L8DA 3WAEA 2DP8A 4YMBA 1UTHA 3H3GA 1MQJA 4U1OA 3U93A 1A54A 1EZ9A 4ZE8A 2QL3A 2RCAA 1PBQA 3OSRA 2GFEA 1ZIUA 1WDNA 4XIGQ 2Y7WA 3MVYA 1B7ZA 4Q0CA 5AE4A 4ND9A 4GIZA 2F7BA 2GHAA 1UTBA 4KYEA 3M3LA 4Z0IA 2DWJA 3K01A 4C0RA 3D4GA 1NNKA 3Q25A 4MLVA 4U21A 1FQEA 2UYFA 4F2QA 3FD3A 3USDA 1EZOA 1FTMA 5KZTA 2XXTA 4LA9A 2AL5A 1AOVA 4G8MA 2P0SA 3CR9A 4YKJA 2ONRA 1B3EA 1AH5A 1A7LA 1MY4A 3OSQA 1YTVA 3ILTB 2ALUA 5H8HA 4THIA 3PMVA 5AA1A 2UVGA 2HCAA 4JXIA 1RYXA 4KYDA 3H7MA 2DVCA 1NH8A 4ZZAA 4BLAA 1BIYA 2PT1A 4XKPA 3MVXA 1OQHA 2ABHA 2D21A 1SYIA 1P1OA 2BJJX 4EXKA 3MVZA 4NF4B 4OXVA 1M5DA 4DCYA 3S4UA 3K00A 4UA8A 1MDP1 5I58A 1GVCA 2P2AA 3CG1A 2ZNSA 4OQOA 2F36A 1PDAA 3ILUB 4O3BA 3EPEA 1H43A 2QS2A 4F1YA 4YB5A 1H3DA 2R9JA 1S9TA 1FTKA 1PEBA 2DE4A 2THIA 3T9VA 3IOTA 4TLLB 4JSOA 1SBPA 1MY0A 4P11A 4RNSA 3C9HA 3N6TA 1OVBA 1SW1A 2ZNTA 4H8JA 2VGQA 2I48A 1FQBA 4EF2A 4U4SA 2H9BA 2OCUA 2NXOA 3O9PA 1Z7ME 4F3PA 1TT1A 4Q8RA 3W15C 1B1XA 2V3UA 2F97A 1FCKA 1QUIA 3LSLA 3PUWE 3SDFA 2I3WA 1UTBB 1TWYA 1OQGA 4WEDA 1HSJA 3LC8A 3RUMA 4LQ5A 4GVOA 3KN8A 1FTOA 4F2OA 1Y4TA 3EHSA 3H6TA 3RLFE 3C33A 3DP6A 5TP9A 1URGA 1LFIA 4N6PA 1LBCA 2NUVA 3M3FA 3CIJA 4DDDA 3OELA 3PV0E 2Q9TA 1LB9A 2F8DA 3ZKLA 2R6GE 3T9HB 1AMFA 5H8HB 1B05A 2H5YA 4ZDMA 1ZLQA 1QW0A 3HV1A 2PYYA 4U1ZA 3HHFA 4RXLA 5DTBA 3SEUA 5F1QA 1MXYA 1PB8A 3TZAA 5I56A 2CMOA 4XKNA 1PB7A 3THIA 4H1XA 3TTNA 2QSXA 3S2VA 2E1SA 3MPLA 1XC1A 1D9YA 1YPNA 4IO6A 1B4HA 2A5TA 3PPPA 3GZGA 1FW0A 3TPAA 1MM7A 1WVJA 2YLNA 4X9TA 4X1DA 4H0WA 4H5FA 3ZSFA 5KDTB 1N7XA 3LUYA 5EHSA 5H8NA 3TTKA 2O7IA 4F1UA 2PT2A 2OWSA 1JVYA 3KBRA 3QK6A 1JQFA 2YJPA 2Q8JA 3K4UA 3KGCA 3KJTA 3G3FA 4G4PA 1FQDA 4LZ8A 4G68A 1DOTA 2H99A 4N07A 1OMPA 3SKPA 5AA4A 4G68C 4GRKA 2DSFA 3RTFB 3K6UA 2REJA 5CM6A 5TPAB 2XD2A 1JETA 1MS7A 2DE3A 1JVXA 2QS1A 4U2RA 2HAUA 4YAHX 3R26A 5AA3A 3GBAA 1P1QA 4MFIA 3ONMA 1US4A 5IAIA 1I6QA 3S9NC 1QVSA 4LVQA 2Q2AA 3U92A 5DT6A 2ZXTA 3TTMA 1QKBA 2UYEA 3I3VA 1JW1A 3OENA 2DVZA 3TFLA 1MY2A 3IK6B 3MBPA 4DXBA 4QRZA 4EXLA 1O63A 3DP8A 5TP9B 4ESXA 4F18A 5J1DA 4F29A 3SEYA 1JW5A 1SW2A 2Q88A 4I9DA 1OVTA 4G8NA 1B5JA 2R71A 2XXPA 2I3VA 4NWDA 3QSLA 3KN7A 1IIWA 3C32A 5I2KB 3Q27A 4ELRA 1WODA 3FVOA 3KSXA 1XS5A 1MPBA 5I56B 3FVGA 4NF6B 4Q5TA 3OO6A 1CB6A 4FECA 3QUJA 5CMBA 3SESA 3PUYE 2Z8EA 5HBCA 4U22A 3PMWA 3OOAA 3SEWA 4FATA 1NH7A 4PP0A 2V3QA 5ITPA 1NNFA 4R72A 2A5TB 3IO6A 3GBBA 2VHAA 4OENA 3SERA 3O97A 3FIRA 2W7YA 3FXRA 3C35A 4FE8A 4FAJA 1F9BA 4MLQA 2NVUB 4H6DA 4I62A 2OK2A 2E0SA 5HPQA 1B3GA 3VV5A 5H8QB 1B4ZA 4YMAA 4KD5A 3DM0A 2A5SA 5FHNA 1IQ7A 3BFUA 2VOZA 4OETA 4LZ7A 4GL0A 4L17A 2V3TA 4IO4A 1MH3A 4G68B 2DWHA 1PB9A 5JK4A 4LP2B 3N5LA 3MC2A 2HAVA 1VFEA 1YCJA 3KEIA 3CFLA 2VD3A 4F1VA 4F3SA 5H8FB 1P1NA 4OEVA 1MQDA 3M8UA 3RPWA 1LB8A 3H6UA 1LGBC 3T96B 1XHYA 2VP1A 4IGRA 3O28A 3MP8A 4ESWA 1DSNA 4HW8A 4ZECA 3JYRA 4GWOA 2LAOA 4O3AA 2QMXA 3HO7A 5CMCA 1D4NA 3TELA 3UK4A 5ISUA 3A3CA 5JTYA 3PUXE 2Q2CA 1MQGA 3TQWA 4FIMA 1ELJA 3T93B 1B1HA 5AA2B 3MPKA 3MP6A 4GOTA 1Y1ZA 5CMKA 2O7UA 3GXAA 4EF1A 4AB5A 4NEDA 5BUUA 4LZ5A 1ZMGA 2F7CA 3ZKKA 4XKQA 2PX1A 3RNNA 1CE2A 5K2XA 2I6EA 4ECFA 2XXYA 1B7UA 3ZS6A 2Y7PA 3VLUA 4GD5A 3EQ1A 3UN6A 5DVFA 3PPQA 4IO2A 3I6VA 2RC9A 1US5A 3T22A 4R9GA 1FTJA 3MJNA 1J1NA 5I59A 3R6UA 1II5A 1QULA 1UIVA 1B7HA 1H76A 1LLSA 3K2DA 1ZJLA 1ANFA 2QS4A 3K1MA 2O6AA 4PFTA 4TLMB 4GFRA 1VFDA 2KLFA 5CI5A 2XXQA 3PGFA 3CG3A 3BFTA 1LSTA 4NE4A 3U94A 1BTJA 3T9UA 1QKAA 2DWAA 1IXCA 3IO4A 3K1PA 3TTLA 1Q1KA 4R75A 3KG2A 3KFMA 2ANJA 3SETA 3IL1B 4QHQA 4G77A 1MXXA 2Y7IA 4OEUA 2RC8A 4ZEBA 1GR2A 3ECRA 2Z22A 1LAFE 1OLCA 1O7TA 4G8HA 1SVXB 1TFAA 2XXVA 3OMBA 1OIBA 3R7XA 1JEUA 2ZYMA 3VDFA 2ZMBA 1P1WA 3N6UA 3OO8A 1UTHB 1VR5A 1OLAA 1ZU0A 5CBRA 4IGTA 1LAHE 4ONYA 1DPPA 5I84A 1FTLA 2XXIA 3U8QA 1B40A 4F39A 1B5IA 4M4GA 3G3HA 4JDFA 1MY1A 2QMWA 1QJMA 2B65A 2G29A 2HZLA 4EUOA 1B3FA 1IXGA 3Q29A 3UP9A 1IUDA 4QFPA 1M5CA 3K1NA 2CZLA 4BDOA 3OEKA 4DLDA 2FYIA 1IZ1A 5I59B 4YKPA 3DLNA 4JWOA 3IR1A 1MQHA 5HM4B 2O69A 1FQCA 4F31B 1MH4A 4DXUA 1A8FA 3S9EA 3EHUA 4M1VA 2B3BA 4TQUQ 3PD8A 4LUBA 1ATGA 3W9WA 4MF3A 3G3KA 3K6XA 1T0KA 4ZEIA 3AXFA 4NTLA 5L9OA 3VE1B 4OZ9A 5F7VA 2Z8DA 5I58B 1AIVA 4GQOA 4DZ1A 4N13A 2OZZA 4EQ7A 3FATA 5CMMA 1KWHA 2FA7A 3PPNA 2HEUA 4IY6A 5KCJA 3DP4A 2X7PA 3RT6B 4YKIA 4E0WA 1A40A 4POWA 5ELVA 5FHOA 4F3BA 1B5HA 3VVDA 3E9XA 5FHMA 3FGSA 3IORA 3CFZA 1BP5A 1LCTA 3CRBA 4GF8A 1B0LA 1MG1A 3MZ1A 3O66A 1MXWA 2ZYOA 3G3JA 4R6HA 3IOVA 4OFJA 3F11A 4QFLA 5I2NA 2WKYA 4R2FA 1A99A 4TOZA 1Y9UA 2UVJA 2XXHA 4IO7A 1NKXA 2IA4A 4G2ZA 4H65A 4NMYA 1N84A 2REGA 5ICTA 1YAEA 3UGWA 1XOCA 1USYE 3IB0A 2OJTA 3WAFA 4HCYA 3CSBA 3TKDA 3D4CA 1Y3NA 1USYH 2GHBA 1SQYA 3K6VA 4ISUA 4WKMA 3VXCA 3FJMA 1SW5A 3ODBA 4PFWA 1NL5A 1Y1MA 4MH5A 3GLBA 3PPOA 1NNPA 3CSGA 2DYXA 1A8EA 3JZJA 1R9QA 3B6QA 4U23A 4PFYA 3B6WA 1ZKBA 1JNFA 1I6AA 2I49A 4OHNA 2RCBA 4EQBA 1I69A 3IOUA 3RQTA 4H67A 3EF7A 1MPCA 1NNTA 5A5XA 2Z8FA 5FTIA 3UORA 1DPEA 4DIGA 3FV1A 4GL8A 1O64A 5CRYA 2AIXA 1PBPA 1M5FA 5IKBA 4P0IA 1IXIA 1D3KA 3H4ZA 3MP1A 3FVNA 1H44A 5H8NB 4RPNA 3FJ7A 2GH9A 1PC3A 3MZ9A 4RA1A 3E13X 2OBGA 3CVGA 2FNCA 2DOJA 4RK9A 1LFHA 3OO9A 3QYTA 3TUSA 1LFGA 2F35A 3IB1A 3M3KA 5FTHA 2HZKA 5AA4B 3G3IA 4KFQA 4DXCA 5H8SA 5JEIA 1B51A 2OLBA 5K2YA 1FQAA 4WXJA 4H5GA 1SI1A 3K02A 1EU8A 3BKIB 1DMBA 3TDJA 2XX9A 1S50A 4PE5B 5BWJA 3FASA 4NF4A 1I6BA 3S9MC 5I2NB 1LAXA 4ZEFA 4DE8A 1SD3A 1VE4A 1GV8A 1SI0A 1RYOA 2OWTA 3MWBA 4IY5A 3PU5A 1N0TA 1EZPA 2X7QA 4RJZA 3RTWB 4KYSA 4PFUA 2ONSA 2H4IA 4RY1A 2UVHA 3E4RA 3KSJA 4H8IA 4HS7A 4P0GA 4OVJA 3IB2A 3KOSA 1MXUA 2V25A 1DTGA 4ZS9A 1N76A 3FXQA 4WEPA 3A3UA 1MY3A 2F34A 1D9VA 2F78A 2HXWA 3UA8A 3V83A 1S7YA 4OFLA 3MUQA 1MRPA 2V84A 5CBSA 5DYHA 5A5XB 3U72A 2UXAA 3TCHA 3IOWA 1QUKA 2I4BA 1N7WA 4POXA 4ELQA 1Y3PA 1IXHA 2X26A 3FJGA 3VLVA 3LSFB 5L9MA 2I4CA 5EHMA 3VXBA 3QIMA 3SEVA 3O6HA 1XVYA 1GGGA 3PD9A 4YICA 4QSEA 1M5EA 4I8CA 1IITA 4QF9A 2O84X 3TEPA 4Q30B 4YB7A 2ZYKA 3VVEA 1R6ZA 1R1NA 1N3XA 3UIFA 1RKMA 1MDQA 4OERA 2O51A 3PUZE 1TXFA 3OXNA 1B9JA 4GLIA 3VFJA 4JBZA 2QRYA 3TAJA 3LR1A 2QJEA 1B46A 4F22A 4PQJA 3G7WA 3PUVE 3FV2A 3MAMA 1AL3A 1EH3A 4K3FA 4ZEDA 5B7DA 2H98A 1SYHA 3S9LC 2O1MA 2HQ0A 4R2BA 1Y20A 3TODA 3KOTA 5KDTA 2D3IA 5JTYB 3PMXA 2H25A 2F6GA 1MQIA 1M5BA 1R9LA 2DQVA 4QSCA 3TQLA 3EN3A 4UACA 3DELB 2VD2A 3TYHA 1HSLA 2AYSA 4F19A 2XX7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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